21 mars 2017 Oracle au CHUV...Projet Data warehouse de recherche clinique Fournir une vue 360...

Oracle au CHUV

Pierre-Francois RegameyDirecteur des systèmes d’information - CHUV

Raphael ColsenetChef de projet BI – Cube Groupe Conseil Sarl

Oracle Digital Day21 mars 2017

Agenda

• Le CHUV en très bref

• Son système d’information

• Les stratégies

• ODA pour fiabiliser le SI

• Oracle Cloud en

support aux projets de

recherche clinique et

génomique

2

Le CHUV en très bref

Un des 5 hôpitaux

universitaires

suisses

Entièrement public

Collaboration avec

les HUG

3

3 missions de base

Soignerle savoir au service du patient

Enseignerla relève des professionnels de la santé

Rechercherles traitements de demain

4

Pôles d’excellenceCHU : multidisciplinaire complexe

Approche multidisciplinaire en oncologie

Synergies entre neurosciences cliniques & psychiatriques

Traitement médico-chirurgical des maladies cardiovasculaires

Transplantations de coeurs et reins

Centre de traitement de grands brûlés5

Chiffres clefs CHF 1,5 Mia de budget

1’468 lits

8’200 EPT

1’434 médecins

1’300 étudiants en médecine

(1ère – 6ème année)

46’337 cas d’hospitalisation

38’597 patients en urgence

3’802 cas ambulatoires / jour

2’976 naissances

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La stratégie 2014-2018

Multidisciplinaire -> partage d’informations -> SI

Un hôpital transversal, numérique et interconnecté

Dossier patient institutionnel eHealth

BiobanqueInstitutionnelleLausannoise

Projets deRecherche

Human Brain Project

Dossier médical personnel

Neurotech Project

L’IT du CHUV en quelques chiffres

Budget de CHF ~42 Millions

160 collaborateurs

12’000 postesde travail

13’000 téléphones IP

4’000 téléphonesGSM

200 applications centrales

1’000 serveurs9

~200 applications IT centrales

70 applications cliniques

Applications IT : stratégie d’achat et d’intégration

Fragmentation des applications et des

données…

Moteurs de bases multiples: Oracle,

SQLserveur, mySQL

Missions de l’hôpital

Clients et partenaires

Processusinternes

Apprentissageet futur

S3 Implémenter le nouveau SIRH

S2 Soutenir la recherche clinique et

translationnelle

S1 Développer le SI clinique

S4 Développer les échanges de données avec nos partenaires

Carte stratégique des SI 2014 - 2018

S10 Renforcer l'orientation service

de la DSI

S7 Gérer par priorités S8 Poursuivre la

fiabilisation du SI

S6 Centrer l'environnement de

travail sur l'utilisateur

S5 Développer l’accessibilité et la

mobilité

S9 Intégrer le processus

d’architecture d’entreprise du SI

S8 Poursuivre la fiabilisation du SITransformation : aujourd’hui, l’hôpital dépend du SI pour soigner !

• En 2018 les applications critiques sont définies par des niveaux de services (SLA) négociés avec les métiers prenant en compte notamment la disponibilité. Les niveaux délivrés sont mesurés et atteignent les objectifs des SLAs.

• Les applications critiques disposent d’infrastructures à tolérance de pannes et/ou redondantes.

12

Oracle Database Appliance

Un moyen de contribuer à la poursuite de la

fiabilisation du système d’information sur trois axes:

La conformité : l’entier du stack est validé par Oracle

La sécurité : toutes les versions d’Oracle Database admises sont sous support

La disponibilité : deux nœuds actifs

Oracle Database Appliance

DATAGUARD

Node 0: Environnement OLTP PRODNode 1: Environnement DWH

Pas (encore) de RAC entre les nodes

Node 0: Environnement DRNode 1: Environnement DEV + VAL

Pas (encore) de RAC entre les nodes

Site primaire Site secondaire

Notre expérience avec Oracle Database Appliance

La mise en œuvre et déploiement

• Intégration aisée dans le Datacenter : une journée de setup et configuration

• OAKCLI/ODACLI: outil spécifique ODA pour le déploiement de bases de données en une ligne de commande

• Reprise des workloads sur le deuxième nœud avec un effort modéré

o La virtualisation• La gestion des multiples vLan est complexe

• Des performances insuffisantes, très inférieures au déploiement type BareMetal

• La compétence du support et partenaires à améliorer

o La définition de l’appliance• ODA n’est pas une solution black-box !

-> nos DBAs doivent développer leurs compétences sur le système ODA

• ODA est un choix de conformité, on n’a pas la souplesse de configuration d’une solution Build your Own

Notre expérience avec Oracle Database Appliance

S2 Soutenir la recherche clinique et translationnelleTransformation : aujourd’hui, la recherche dépend des données

informatisées, Big data, …

• En 2018 le CHUV a déployé un

datawarehouse soutenant la

recherche clinique

• Les chercheurs disposent d’un

environnement applicatif mis à

disposition par la DSI ainsi que

d’un accès facilité et sécurisé aux

données du SI clinique

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Médecine personnalisée(ou médecine de précision)

2002 2015

Une révolution médicale en marche

Capitaliser sur les technologies

génomiques pour catalyser la

découverte et le développement de

thérapies.

Initiatives en cours

Initiatives en cours

Arc lémanique

Plateforme de soutien pour la médecine de précision au CHUV

Unité de valorisation des données et des échantillons

Soutenir les investigateurs du CHUV et de l’UNIL, ainsi que leurs partenaires dans leurs projets de recherche

3 unités - 27 collaborateurs

Unité Consentement Général

Unité de Laboratoire pré-analytique

Unité IT pour la recherche clinique (8 personnes)

• Equipe Data warehouse

• Bioinformaticiens

• Data scientist

• Data manager

Sous la responsabilité du Prof. Vincent Mooser

Projet Data warehouse de recherche clinique

Fournir une vue 360 degrés du patient aux investigateurs. Intégrer dans une vue consolider les informations cliniques des patients du CHUV en provenance des différentes applications du système d’information du CHUV (dossiers patients, échantillons

biologiques, analyses de laboratoire, données d’imagerie,

données et analyses génétiques…).

Mettre à disposition des médecins chercheurs des outils facilitant l’exploration et l’utilisation de ces données à des fins de recherche.

Offrir un environnement ultra performant et à la pointe de la technologie en ce qui concerne la sécurité, journalisation des accès aux données avec un respect intégral des contraintes légales liées à la recherche humaine.

Les défis technologiques

La diversité des données• Données structurées (cliniques, résultats labo,…)

• Données non structurées (notes dossier patient,…)

• Données génétiques

• Images – radiographies

Le volume de données / performance• Données génomiques très volumineuses

• 1 génome

• VCF: 1.1GB

• BAM (données brutes): 125GB

La sécurité des données• Données extrêmement sensibles – Cadre légal suisse

• Techniques de dépersonnalisation (K-Anonymization, Noise,..)

• Anonymisation des images et texte libre

• Données génétiques identifiantes intrinsèquement

• Collaboration avec EPFL

• Technique « differential privacy »

• Technique « homomorphic encryption »

La réponse technologique

Architecture cible

Data warehouse de recherche clinique

Molis

Soarian

Axya

Ultragenda

Diamic

Predimed

Sapphire

Pacs

Digistat

Gyroflux

Metavision

…

Applications sources

OMICS Données génétiques

Data warehouse de recherche clinique

Molis

Soarian

Axya

Ultragenda

Diamic

Predimed

Sapphire

Pacs

Digistat

Gyroflux

Metavision

…

Applications sources

Modèles de données

Interface tables (Staging area)

Healthcare/OMICS data model1200 entities – 14K attributs

Data warehouse de recherche clinique

Molis

Soarian

Axya

Ultragenda

Diamic

Predimed

Sapphire

Pacs

Digistat

Gyroflux

Metavision

…

Applications sources

Outils de chargement

Données cliniques : Oracle Data Integration

(> 1000 jobs de chargement)

Données génétiques : Oracle OMICS loaders

Data warehouse de recherche clinique

Molis

Soarian

Axya

Ultragenda

Diamic

Predimed

Sapphire

Pacs

Digistat

Gyroflux

Metavision

…

Applications sources

Application Tool Kit

Healthcare Common Datamart

Accélérateur – >100 entités

(dimensions, hiérarchies, facts,..)

Business Intelligence Tool - OBIEE

Data warehouse de recherche clinique

Molis

Soarian

Axya

Ultragenda

Diamic

Predimed

Sapphire

Pacs

Digistat

Gyroflux

Metavision

…

Applications sources

Infrastructure analytique dédiée

Oracle Exadata

Oracle Cloud

Oracle CloudAccélérateur et preuves de concept

Développement

Production

Oracle Data IntegratorSQL developer

OBIEEWeblogic

Molis

Soarian

Axya

Ultragenda

Diamic

Predimed

Sapphire

Pacs

Digistat

Gyroflux

Metavision

…

Applications sources

Notre expérience avec Oracle Cloud

Rapidité de mise en œuvre • Environ 3 jours après la signature du contrat pour l’environnement BD• 1 mois pour Oracle Healthcare Foundation

Flexibilité• Ressources serveur, espace disque,…• Gestion des utilisateurs, droits d’accès,…• Coût de la solution et durée d’engagement

Outils de développement• Complétement transparent selon les développeurs sur le projet

o Mise en garde• Cycle de développement uniquement – pas de production sur le CLOUD au CHUV !

• Condition de sécurité - cadre légal – protection des données• Anonymisation des données avant le transfert sur le cloud

• Virtual Machine peu performante, solutions alternatives envisagées

Merci de votre attention

RemerciementsProf. Vincent MooserNathalie Jacquemont

Nicolas RosatNicolas Pinaud

et leurs équipes