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Laurent Andréoletti (PU-PH)
Anciens et Nouveaux
Virus Respiratoires
Laurent Andréoletti (PU-PH)
Laboratoire de Virologie Médicale et Moléculaire, EA/IFR53
CHU et Faculté de Médecine de Reims
Virus et Infections Respiratoires
• Infections respiratoires hautes
Rhinite
Laryngite
PharyngiteOtite
• Infections respiratoires basses
Bronchites
Pneumonies
Enfants <2ans/ 0-5 ansAdultes immunocompétentsAdultes immunodéprimésPersonnes âgées > 65ans
Communautaires et /ouNosocomiales
Bronchiolites
Incidence annuelle de la pneumonie communautaire aiguëEnfants > adultes de moins 75 ans++ Enfants de moins de 5ans: 34 to 40 cases per 1000 (Europe et USA)
Pays en voie de développement =Europe = USA
Infections Respiratoires Communautaires
Etiologie des pneumopathies communautaires aiguës de l’enfantVirale dans 25 à 60 % des cas
McIntosh K, NEJM, 2002
McIntosh K, NEJM, 2002
Virus et Infections Respiratoires Basses de l’Enfant
Bronchiolite
460 000 cas /an (30 % de la population des moins de 2 ans)
Hospitalisations: augmentation de 9 % par an
Bronchiolites récidivantes= d’hyperréactivité bronchiqueBronchiolites récidivantes= d’hyperréactivité bronchique développement de l’asthme infantile
Exacerbation de l’asthme infantile
100 000 consultations /an aux urgences en France (2006)
Virus et Infections Respiratoires Basses
de l’Enfant En 2002
McIntosh K, NEJM, 2002
Identification de nouveaux virus respiratoires
Allander et al., 2005 Foulogne et al., 2006
Anciens et Nouveaux Virus Respiratoires en 2008
BOCAVIRUS Parvoviridae ADNPOLYOMAVIRUS KI & HU Polyomaviridae ADN
Virus et Pathologies Respiratoires
•• Infections respiratoires hautesInfections respiratoires hautes
•• Infections respiratoires bassesInfections respiratoires basses
RVH, Coronavirus , hMPV para influenza: Rhinite
ParaInfluenza Laryngite
Adenovirus Parainfluenza Pharyngite
VRS, Adenovirus Otite
•• Infections respiratoires bassesInfections respiratoires basses
Bronchites
Pneumonies
Bronchiolites
VRS, InfluenzaParaInfluenzaCoronavirus NL63,HKU
hMPVBocavirusPolyomavirus KI, HU
Anciens virus nouvellement identifiés
Emergence de nouveaux virus respiratoires
Surveillance viro-épidémiologique
Physiopathologie des Infections virales Respiratoires
VRS: la réponse inflammatoire participe au pouvoir pathogène
Days after infection
Oppenshaw, 2007 ESCV, Lyon
Epidemiologie des infections respiratoires virales
HRVs
RSVEVs
RSV
Infections virales au cours du temps chez des enfants souffrant deBronchiolite
HMPV
EVsHMPV
HRVs
Jacques et al. JCV 2006 Jaarti et al. EID 2004
Possibilités de co-infections respiratoires
Pourquoi documenter les infections virales
respiratoires ??
Permet d’établir un diagnostic étiologique
Prévention des infections nosocomiales
Diminution de la prescription inadaptée d’Antibiotiques
Meilleure prise en charge des patients
Diminution de la prescription inadaptée d’Antibiotiques
Utilisation rationnelle d’antiviraux
Suivi épidémiologique et virologique
Infection virale respiratoire : Le prélèvement nasopharyngé
Prélèvement de référence en pédiatriechez les 0 à 4 ans(CDC , WHO , 2007)
A
Infection virale respiratoire : Le prélèvement nasal
Prélèvement de référence pour les virusInfluenza chez l’adulte (Invs 2008)
Virocult
B
Prélèvement nasopharyngé à stocker à 4°c
PasteurCNR grippeGROG
Diagnostic virologique
• Recherche des anticorps = Sérologie = Diagnostic indirect
• Recherche du virus ou de ses constituants = Diagnostic direct
Diagnostic virologique directDiagnostic virologique direct
Culture cellulaire classique:MRC-5MA-104MDCK
Detection des Antigènes viraux par IFou techniques EIA
MA-104 MA-104
ou techniques EIA
Séroneutraisation sur culture par Ac
Detection moléculaire et identification par séquençage moléculaire:PCR TempsPCR Temps réelréel, TA cloning, séquençage des gènes codant pour les protéinesde surface ou de capside
GTG ACT CATCG ACCT G ATCT ACACTGGGG T AGTGC
180 190 200 210
2158 2557
1200
0
Influenza B
Influenza A
Anticorpsmonoclonal
Détection des antigènes viraux par Immunofluorescence
Cellule épithélialerespiratoire
VRS
Para influenzaI, II, III
Adénovirus
uv
Microscope
Rendu des résultats en 4 heures
Identification
Cellule épithélialerespiratoire infectée
virus libres
Détection des virus respiratoires par culture cellulaire
Rendu des résultats en 3 à 6 jours
Cellules permissivesEn culture
Anticorps monoclonaux
Interprétation des résultats virologiques
IF Culture Interprétation+ en attente Infection virale
+ + Infection virale
+ - Infection virale; prélèvement 4°c ??+ - Infection virale; prélèvement 4°c ??
- + prélèvement moyen: peu de cellules
Acellulaire + mauvais prélèvement
Acellulaire - mauvais prélèvement
- - Absence d’infection virale
Détection des infections respiratoires par culture cellulaire
11509 aspirations nasophayngées traitées par culture + IF
2444 (21.2%) de détections positives pour des virusrespiratoirescommuns
AdenovirusPara Influenza Virus III
Enterovirus
(10.3%)
Influenza Virus A
(10.%)
Adenovirus
(6.2%)
Para Influenza Virus III
(2.8%)Influenza Virus B
(0.9%)
Rhinovirus
(12.4%)
RSV
(55.2%)
Absence de détection des nouveaux virus respiratoires
Diagnostic virologique moléculaireDiagnostic virologique moléculaire
Detection moléculaire et identification par séquençage moléculaire:
PCR Temps réelPCR Temps réel TA cloning, séquençage
Développement des test de RT-PCR Temps réel multiplex (9 à 12 virus respiratoires)
Augmentation significative des taux de détectiondes virus respiratoires
+ 40 à +65 % de positivité
Diagnostic étiologique viral de la bronchiolite dunourrisson
VRS37%
NEGATIFS59%
INFL A1%PARA 3
3%
Diagnostic
+ 42%
Diagnostic virologique classique
Combinaison du diagnosticvirologique classique et de la
détection moléculaire
3%
NEGATIFS17%
E+RH9%
MPV9%
EV2%
RH22%
INFL A1%
PARA 33%
VRS37%
2ème agent étiologique
RV
22%
3ème agent étiologiqueMPVh
10%
VRS
Épidémiologie de la bronchiolite du nourrissonHiver 2001-2002
RVH
2 pics épidémiquesde RVH et EV au
mois de mars et mai
EV
18
16
14
12
10
sept Oct. Nov. Déc. Janv. Fév. Mar. Avr. Mai Juin.
RVH
MPVh
Cas de bronchiolitessurvenant au
printemps
10
8
6
4
2
0
Liste des souches de virus détectées
Barrettes de 8 puces à ADN
Lecteur de barrettes de puces à ADN
Exemple d’interprétation d’une puce à ADN Genomica.Positif RSV A et Bocavirus
Carré servant àaligner la Grille
de lecture
Carré servant àaligner la Grille
de lecture
Témoin deCI
RSV ARSV A
BOC 1BOC 1
BOC 2
Carré servant àaligner la Grille
de lecture
Témoin derévélation
Témoin derévélation
CI
CIRSV ABOC 1
BOC 2 BOC 2
Diagnostic virologique classique des souches virales
< 3 jours après le début des signes cliniquesEcouvillons- Nez-pharynx-Aspiration Rhinopharyngée
Examen immédiatImmunofluorescence (IF), EIA
Détection des antigènes NP A&B30Min. à 2 heures
Virus Influenza B
Virus Influenza A
30Min. à 2 heures
RT-PCR2 jours
Culture virale, Labo L2MDCK+Trypsine
2 à 4 jours
IF
IF
Test rapide EIA
Diagnostic virologique classique des souches virales
Détection des souches classiques virales à tropisme respiratoireDiagnostic journalier
Si période épidémique VRS=Tests rapides VRS
Prélèvement= ANP
Tests rapides VRS+
Tests d’Immunoflurescence
Monoclonal VRSAc polyvalents
Adeno, fluA, FluB,Parainfluenza I, II,III
Ac monoclonaux
+
1
2
Diagnostic virologique classique des souches virales
Si période épidémique Influenza=Tests rapides FLU A/B
+Tests d’Immunoflurescence
Prélèvement= ANP
Monoclonal FLU A Monoclonal FLU B1
Ac polyvalentsAdeno, fluA, FluB,Parainfluenza I, II,III
Ac monoclonaux+
Monoclonal FLU A Monoclonal FLU B
Monoclonal VRS2
3
4
Diagnostic virologique classique des souches virales
Si période hors épidémie de VRS et Grippe=Tests d’Immunoflurescence
Ac polyvalentsAdeno, fluA, FluB,
Prélèvement= ANP
VRS1
Adeno, fluA, FluB,Parainfluenza I, II,III
Ac monoclonaux+
VRS
hMPV2
CONCLUSIONS
Virus respiratoires : Rôle dans la bronchioliteExacerbation de l’asthme infantileInfections graves chez les greffés de poumonsInfections communautaires en réanimationInfections nosocomiales
Virus nouvellement découverts: BOCAVIRUS, SAFFOLD, hMPVrôle agent étiologique ou de cofacteur à démonter !!
Virus respiratoires : diagnostic classique; culture cellulaire, EIA, IF
Virus respiratoires : Diagnostic MoléculaireRT-PCR multiplex,
Avenir puces ADN: combinaison: bactéries+virus
Virus émergents : Recombinaison virus animal et humain: coronavirus, influenzaRisque pandémique!!
Unité de Virologie Médicale et
Moléculaire CHU de REIMS, EA/IFR53
•Laurent Andréoletti•Nicolas Lévêque•Véronique Brodard•Jérôme Jacques
RemerciementsRemerciements
Service de Pneumologie
•François Lebargy•Gaetan deslée•Jeanne Marie Perotin
Service de Pédiatrie A•Jérôme Jacques•Fanny RENOIS
Service de Pédiatrie A
•Jacques Motte•Michel Abely•Kathia Bessaci•Delphine Minette
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