Documentation Médicale

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Comment interroger la base de données Pubmed?

Présentation réalisée par CARRON Ludovic, documentaliste au CIRD de

Ouagadougou

Objectifs

Consulter la base de donnée Pubmed de façon autonome

Connaître les principes de base de l’utilisation d’un langage documentaire

Réutilisation de ces principes avec d’autres bases de données

Plan de la présentation

Présentation globale de Pubmed Effectuer une recherche par sujet Fonctions avancées de Pubmed

Présentation

Pubmed est une base de donnée bibliographique porté sur les ressources documentaires biomédicales.

Pubmed est un service de l’US National Library of Medicine.

Possibilités de Pubmed

Recherche par sujet Recherche par auteur Recherche par périodique

Pubmed peut aussi permettre d’accéder au texte intégral de l’article.

Visite rapide de l’interface

Effectuer une recherche par sujet

Exemple de recherche : Je recherche des informations sur

la prévention du paludisme par les vitamines ou par les antibiotiques.

Mots-clefs : prevention; paludisme; vitamine; antibiotique;

Langues et langages documentaires…

Pubmed est une base de donnée américaine. Il convient de traduire en langue anglaise les termes employés pour notre recherche.

Pour cela, ce site peut être utile : http://terminologiecismef.chu-roue

n.fr/

Première équation de recherche dans Pubmed

Malaria AND Prevention AND (Vitamins OR Anti-Bacterial Agents)

391 résultats de recherche à l’équation.

Utilisation du Thésaurus de Pubmed, le MeSh

Le MeSh permet d’utiliser une liste organisée de termes, qui sont unifiés et organisés hiérarchiquement.

Pour trouver un terme du MeSH, il suffit de sélectionner la base de donnée MeSh et d’y entrer le terme recherché. Exemple de « vitamins »

Hierarchisation des termes dans le MeSH

Vers une nouvelle équation de recherche

Paludism => malaria Prevention => Prevention and

control (à ajouter en tant que sous sujet du terme « malaria »)

Vitamins => vitamins Anti-Bacterial Agents

Equation de recherche

"Malaria/prevention and control"[Mesh] AND ("Vitamins"[Mesh] OR "Anti-Bacterial Agents"[Mesh])

54 résultats trouvés

Opérateurs [mh] = [mesh] , descripteur meSH [majr] , descripteur meSH qui est thème

principal du document [mh:noexp] , descripteur meSH qui ne

prend pas en compte les spécifiques du descripteur

[majr:noexp] , descripteur meSH thème principal du document , ne prend pas en compte les spécifiques du descripteur

Equation de recherche

On souhaite que Malaria/prevention and control soit thème principal des articles recherchés.

"Malaria/prevention and control"[Majr] AND ("Vitamins"[Mesh] OR "Anti-Bacterial Agents"[Mesh])

26 documents trouvés

Lire la notice d’un document La notice apporte plusieurs

informations. Résumé, noms des auteurs, titre de

l’article, périodique de publication Le champs descripteur apporte de

l’information sur le contenu de l’article, et peut permettre de savoir très rapidement sur quoi porte l’article.

Accès aux documents

Sélectionnez l’article qui vous intéresse.

Cliquez sur l’icône qui apparaît en haut à droite de la fenêtre et qui permet d’accéder au document.

Les documents qui ne sont pas accessibles peuvent être consultés par commande via article@inist.

Exemple d’accès au document Dans le cas de cet exemple, le

document est accessible via la base de donnée Science Direct.

Le périodique concerné est consultable par les utilisateurs.

Lien : http://linkinghub.elsevier.com/retrieve/pii/S0306-9877(07)00483-5

Limitations à la recherche

On souhaite que les documents trouvés soient rédigés en français, ou que ceux-ci soient disponible en texte intégral.

Pour ces otions, il faut utiliser l’option « limits » de Pubmed

Equation de recherche

L’équation de recherche reste la même

Documents en français : 2 résultats Disponible en texte intégral : 5

résultats Documents disponible en français

ET en texte intégral : 0 résultat

Exercice (Application)

Votre patient, un adolescent alcoolique, souffre de malnutrition. Vous désirez vous renseigner afin de mieux le soigner. Quelle sera votre démarche afin de trouver de l’information à ce sujet?

Effectuez cette même recherche sans utiliser les descripteurs MeSh.

Équation utilisée Il s’agit ici d’une équation possible.

Cependant, d’autres équations de recherche sont possible pour répondre à cette question.

"Malnutrition"[Majr] AND "Alcoholism"[Majr] (Limits: Adolescent: 13-18 years)

14 résultats

Recherche d’une référence précise

Il faut utiliser l’onglet « Single citation Matcher », remplir les champs sélectionnés et lancer la recherche

Exemple : Trouvez tous les articles de M.Stefanov dans le périodique « Folia Medica »

Sauvegarde d’une recherche et veille thématique

Si un thème ou les travaux d’un chercheur qui travaille dans le même domaine que vous, vous intéresse, il est possible de connaître, via votre boîte e-mail, les nouveaux articles publiés et indexés dans Pubmed d’un auteur.

Pour cela, il faut s’inscrire sur le site de Pubmed.

Sauvegarde d’une recherche et veille thématique

Une fois cette opération effectuée, vous pouvez sauvegarder vos recherches.

Il est possible de recevoir des e-mails vous indiquant les nouveaux articles répondants à votre équation de recherche.

Conclusion

Utiliser les fonctions avancées de Pumed peut vous permettre de rechercher de l’information pertinente plus aisément.

Questions, remarques?

A consulter REPERE : Ressources Electroniques, Pour

les Etudiants, la Recherche et l’enseignement

http://issuu.com/elisaformist/docs/repere2008

Liste (exhaustive) de bases de données en langue française en sciences médicales :

http://doccismef.chu-rouen.fr/servlets/Logique?Mot=base%20de%20donnees.tr&aff=4&tri=100&datt=2&debut=0

A consulter Tutorial de Pubmed en langue

française http://urfist.u-strasbg.fr/supports/

bddbi_co/pubmed/m1001.html Recherche d'informations

médicales  sur Internet http://www.sfmg.org/Publication/

aide_publication/biblio_internet/index.htm

Merci de votre attention