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20es JNI, Lyon du 5 au 7 juin 2019 1
Les faux amis de la flore cutanée Comment prendre en compte les résultats ?
(Staphylococcus epidermidis, Cutibacterium acnes et Corynebacterium spp.)
E. Senneville CH G. Dron Tourcoing
CRIOAC Lille-Tourcoing Lille Université
20es JNI, Lyon du 5 au 7 juin 2019
Conflits potentiels d’intérêts
Consultant ou membre d’un conseil scientifique
MSD, Sanofi-Aventis, Mölnycke, Urgo, Baxter
Conférencier ou auteur/rédacteur rémunéré d’articles ou documents
Basiléa, MSD, Novartis, Pfizer, Bayer, Corrévio, Cepheid
Prise en charge de frais de voyage, d’hébergement ou d’inscription à des congrès ou d’autres manifestations
MSD, Pfizer, Sanofi-Aventis, Bayer, Débio, Correvio, Shionogi
Investigateur principal d’une recherche ou d’une étude clinique
MSD, Sanofi-Aventis
Intérêts financiers Aucun
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Faux amis de la flore cutanée et infections
• Cathéters • Matériel prothétique ou autre dispositif interne • Plaie chronique • …
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Cas clinique (1)
• Monsieur H., 71 ans, est à 18 mois d’une PTH de première intention pour arthrose • N’a jamais été bien • La radio est belle (selon le chirurgien); quelques zones de lyse osseuse au contact
de la tige fémorale (selon le radiologue); vous réservez (à juste titre) votre avis • Apyrétique; cicatrice un peu sensible et discrètement rénitente • La CRP a tendance à augmenter depuis 3 mois (passée de 8 à 26 mg/L), NFS
normale • Vous êtes parvenu à faire réaliser une ponction articulaire en consultation externe
par le chirurgien (le patient ayant échappé à l’antibiothérapie automatique-encore en vogue actuellement dans certaines sectes- par Pristinamycine)
• Résultat de la culture (à J7) : C. acnes sensible à tout excepté au métronidazole ; présence de « nombreux leucocytes »
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Faux amis (fausses amies)
• Faux(sses) à au moins deux titres :
– Sont là mais n’ont rien fait surprescription antibiotique
– Sont là mais on n’en tient pas compte échec patient
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Microbiologie des IPOAs
Tande AJ et al. Clin Microbiol Rev 2014
? « très nombreux leucocytes »
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Virulence et pronostic
• Virulents (S. aureus, Streptococcus spp., Enterococcus spp., BGN) • Non virulents (SCN, C. acnes, diphtéroïdes)
• Infections de prothèse ostéo-articulaire
– aiguës tardives (948 patients traités par DAIR : rémission = 56% ; 35-94%) – chroniques (4.570 patients traités par R1/2T : rémission = 90% ; 87 - 100%) – aucune différence selon le caractère « virulent » ou non « virulent » (Fink B et al. J Arthroplasty 2017)
• S. aureus vs. SCN : taux de rémission comparables (Holmberg A et al. Acta Orthop
2015; Geurts JAP et al. Acta Orthop 2013; Rodríguez D et al. Clin Microbiol Infect 2010)
• Rémission S. aureus > SCN (Kuiper JWP et al. Acta Orthop 2013) 7
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ICM 2018 : définition de l’IPOA
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- ≥ 4* échantillons - « no touch » - changement des outils de prélèvement
*Bémer P et al. J Clin Microb 2016
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Cas clinique (2)
• Monsieur H est admis 3 semaines plus tard pour changement en un temps de la totalité de ses implants
• Le lendemain de son admission il fait 38°C et une série d’hémoculture (flacon a/ana) est réalisée; il est porteur d’un cathéter périphérique mis en place à son admission
• L’anesthésiste décide de reporter le bloc • Le lendemain, l’interne du laboratoire signale que cette hémoculture est
positive à cocci à Gram positif « évoquant un staphylocoque » • L’anesthésiste prescrit de la vancomycine en intra-veineux • Le lendemain, le laboratoire confirme qu’il s’agit bien d’un staphylocoque
(S. epidermidis)
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Bactériémies sur cathéter
Fontela PS et al. Am J Infect Control 2012
Multicentrique; rétrospectif 58 unités de Soins Intensifs au Canada Voies centrales 891 épisodes / 446.137 cathéter-jours Taux d’incidence : 1,7 (adultes)
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Bactériémie à S. epidermidis
• Taux de contamination des hémocultures: 6-12% • Si positive à S. epidermidis , contamination :
> 90% si 1 positive en 48h < 10% si ≥ 2 en 48h
• Prévalence de la méti-résistance élevée (>40%) • Antibiotiques « utiles » anti-SERM : vancomycine, daptomycine,
ceftaroline, dalbavancine, linézolide, .. • Prescription des anti-SERM dans ce contexte : injustifiée > 1 fois sur 3
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Méti-résistance chez Staphylococcus spp.
Titécat M et al. Orthop Traumatol Surg Res. 2013
(CRIOAC Lille-Tourcoing)
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Bactériémies à staphylocoques en Pédiatrie CHU de Lille
Thèse de Doctorat en Médecine AG Chapoutot Lille 2015
1. HDJ/consultation 2. Urgences 3. Séjour médical 4. Séjour chirurgical 5. Réanimation
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Bactériémie à S. epidermidis
• Clinique – ? (fièvre, FC, PAs...; SIRS) : contradictoire (Rakhonen M et al.
Eur J Clin Microb Inf Dis 2012; Elzi L et al. Clin Microb Inf 2012)
• Contexte – Cathéter périphérique/central/autre – Présence d’un matériel prothétique (cardiaque, ostéo-
articulaire, autre)
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Bactériémie à S. epidermidis
• Biomarqueurs – CRP?, PCT?
• La souche – Identité (MALDI-Tof?) – Marqueurs associés à la pathogénicité
• mecA • Biofilm, adhérence, ..
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Bactériémie à S. epidermidis
• Délai de culture – et charge bactérienne
• < 16h : > 100 CFU/mL • > 20h : < 10 CFU/mL
– et pronostic • < 24h : mortalité et défaillance d’organe
• Qualité de Prélèvements • Ponction unique (4-6 flacons: 30-60ml) • Ponction périphérique (et/ou sur cathéter pour TDP)
Savithri MB et al. Crit Care Res 2011
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La solution?
“The accurate differentiation of a contaminant from a true pathogen relies on a multidisciplinary approach and the clinical judgement of experienced practitioners.” Dargère S et al. Clin Microb Inf 2018
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Cas clinique (3)
• En cours d’hospitalisation, Monsieur H. qui est diabétique de type 2 signale à l’équipe un mal perforant plantaire du coté controlatéral à sa PTH depuis 6 mois traité plusieurs fois par amoxicilline-acide clavulanique
• Actuellement il existe une inflammation autour de la plaie qui vous fait évoquer l’existence d’une infection et un prélèvement de la plaie a été fait par une infirmière qui est maintenant en vacances
• Le résultat du prélèvement indique « type de prélèvement non renseigné » mais un milieu de transport avec un fragment d’allure tissulaire est tracé
• La culture est positive à C. striatum, E. faecium et S. epidermidis (multi-résistants)
20es JNI, Lyon du 5 au 7 juin 2019
Eléments d’interprétation
• Examen direct - Concordance / culture - VPP d’un ED+ = 93% - VPP si CGP = 75% - VPP si BGN = 82%
• Quantification – Relation (> 105 UFC/g) avec infection non validée dans le mal
perforant diabétique
Abbas ZG et al. Int Wound J 2012
Spichler A et al. BMC Med 2015
20es JNI, Lyon du 5 au 7 juin 2019
Biomol
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Spichler A et al. BMC Med 2015
Le futur est (déjà) là
PCR assay virulence genes
20es JNI, Lyon du 5 au 7 juin 2019 21 Spichler A et al. BMC Med 2015
Le futur est (déjà) là
20es JNI, Lyon du 5 au 7 juin 2019 22
Nelson A et al. BMJ Open 2018
(1) presence of isolates likely to be pathogens; (2) the number of bacterial pathogens reported per
sample; and (3) the prevalence among likely pathogens of
resistance to antimicrobials” «decision by the microbiology laboratory to report
only pathogens that they deemed clinically significant»
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Microbiologie des ostéites du pied diabétique
Lesens O et al. CMI 2012
20es JNI, Lyon du 5 au 7 juin 2019
Documentation microbiologique de l’Ostéite du Pied Diabétique (OPD; approche médicale)
20es JNI, Lyon du 5 au 7 juin 2019
Authors N° pts
Methods % overall concordance
Lavery, 1995 36 Deep tissues / Bone biopsy 36
Slater, 2004 60 Swabs / Deep tissues 37
Kessler, 2006 21 Swabs / Deep tissues 19
Senneville, 2006 Senneville, 2009 Elamurugan, 2010 Malone, 2013 Couturier, 2019
76
31
144
34
38
Swabs / Bone biopsy
Needle aspiration / Bone biopsy
Swabs / Bone biopsy
Deep wound / Bone biopsy
Per wound / transcutaneous biopsy
17
24
38
73.5*
42
Couturier et al. Eur J Microbiol Inf Dis 2019
Documentation microbiologique de l’OPD : performance des prélèvements superficiels
Histologie
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Qualité des Prélèvements +++ et indications
• Pas d’infection : pas de prélèvement
• Infection de tissus mous : pas de prélèvement superficiel (écouvillons ) – Ponction – Biopsie – Curetage-écouvillon
• Chirurgie tissus mous ± os : per-opératoires + précautions (« no-touch » et changement des outils de prélèvement)
20es JNI, Lyon du 5 au 7 juin 2019
Les faux amis de la flore cutanée (S. epidermidis, C. acnes et Corynebacterium spp.)
Bactériémie : - Hémocultures
Répéter sur 48h 48h
Périphérique +/- cathéter
Identification d’espèce (délai de pousse +/- facteurs de virulence)
IPOAs : - Ponction articulaire articulaire - Prélèvements per- per- opératoires
Toujours si suspicion Multiples (4-5)
Désinfection cutanée cutanée « no touch », changer changer d’ustensiles
N prélèvements POS. ≥ 2 2 Leucocytes Biomarqueurs (local, syst.) syst.) Clinique++
Plaie chronique + Ostéite chronique chronique
Rien en l’absence d’infection
Prélèvements tissulaires Biopsie osseuse
Clinique Examen direct Histologie 27
PRÉCAUTIONS COMMENT PRENDRE EN COMPTE LES RÉSULTATS ?
SITUATIONS, PRÉLÈVEMENTS
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