Prospectives du laboratoire de Biométrie et Biologie Evolutive Période 2007-2010

Prospectives du laboratoire de Biométrie et Biologie Evolutive

Période 2007-2010

La structure du laboratoireLes grands axes de rechercheMoyens pour la recherche

Locaux et plateaux techniquesLes personnels

L’enseignementConclusions

La structure du laboratoire

Rattachements demandés dans le cadre du contrat 2007-2010

Équipe « Epidémiologie et Santé Publique » P. Vanhems Equipe « Evaluation et Modélisation des Effets

Thérapeutiques » F. Gueyffier D. Kahn (DR INRA en détachement sur un poste INRIA,

UMR5558) H. Fritz (CR CNRS, CEBC) dans le cadre d’une demande

d’ATIPE

Modélisation Mathématique etBio-statistiqueBiomaths- Santé

Populations et Evolution

Etude des mécanismes génétiquesde l’évolution en relation avec leniveau populationnel et l’environnement

Approche phénotypique des mécanismes responsables de la dynamique adaptative des populations et des communautés

Approches biométriquesdes grands problèmes de santé publique

Génomique comparativeGénétique et

génomique évolutives

Ecologie évolutive

L. Duret C. Bernstein

JP. Flandrois

Comité de direction Méthodologique J. Lobry

Interactions durables F. Vavre

Les grands axes de recherche

Les grands axes de recherche

Méthodologies Génomique évolutive Ecologie évolutive Epidémiologie

Méthodologies Génomique évolutive Ecologie évolutive Epidémiologie

1-Méthodologies1-Méthodologies

Algorithmique Algorithmique

Les grands axes de recherche

Réglis : MF Sagot

REGuLarités : Inférence et Statistiques

Identifier des régularités, au niveau génomique et au niveau des réseaux, structurales ou fonctionnelles, qui pourraient représenter des indices d'une organisation profonde du vivant ?

1-Méthodologies1-Méthodologies

Algorithmique (Projet Réglis) Base de données (Génomique Santé) Les statistiques bayésiennes (Santé Génomique,

Ecologie) Ecologie statistique (Ecologie Santé) Les systèmes dynamiques stochastiques

Algorithmique (Projet Réglis) Base de données (Génomique Santé) Les statistiques bayésiennes (Santé Génomique,

Ecologie) Ecologie statistique (Ecologie Santé) Les systèmes dynamiques stochastiques

Les grands axes de recherche

2- Génomique évolutive2- Génomique évolutive

Structure et évolution des génomesStructure et évolution des génomes

Les grands axes de recherche

Génomicro : L. Duret

Elucider les processus évolutifs et révéler les contraintes fonctionnelles dans les génomes complets.

Génomique micro-évolutive

chimpanzé

macaque

Homme

2- Génomique évolutive2- Génomique évolutive

Structure et évolution des génomes Processus évolutifs (Projet Génomicro) Rôle des Eléments Transposables

Structure et évolution des génomes Processus évolutifs (Projet Génomicro) Rôle des Eléments Transposables

Les grands axes de recherche

3. Ecologie évolutive3. Ecologie évolutive

Fonctionnement des populations

et environnement

Fonctionnement des populations

et environnement

Les grands axes de recherche

Mobilité : D. AllainéHétérogénéité spatiale et mobilité de la grande faune. Applications à la conservation d’espaces et d’espèces menacées en Afrique et en Europe 

Un carnivore de montagne tempérée

Deux mésoherbivores de savane africaine

qui circulent sur de vastes espaces hétérogènes soumis à des pressions anthropiques

3. Ecologie évolutive3. Ecologie évolutive

Fonctionnement des populations et environnement (projet Mobilité) Gestion et conservation de la biodiversité

Relations « hôte-parasite » Approche écologique et modélisation Approche fonctionnelle

Fonctionnement des populations et environnement (projet Mobilité) Gestion et conservation de la biodiversité

Relations « hôte-parasite » Approche écologique et modélisation Approche fonctionnelle

Les grands axes de recherche

4. Epidémiologie4. EpidémiologieLes grands axes de recherche

Santé et Environnement

Pathocénoses et émergence des maladies transmissibles : un concept unificateur mis à l’épreuve sur des pathologies

exemplaires : D. Pontier

Equipe UMR« Ecologie évolutive »

ONCFSInstitut Pasteur

de Tunis Analyse de données et Modélisation

Épidémiologistes, biologistes de populations, médecins, virologues, généticiens, gestionnaires de la faune, mathématiciens, statisticiens

IRD« Conditions et territoires

d’émergence des maladies »

ENVT

+ Bordeaux

Etudier la co-existence de plusieurs pathogènessur leurs propriétés nosologiques et/ou la dynamique de la population d’hôtes.

4. Epidémiologie4. Epidémiologie

Santé et environnement Etude des facteurs écologiques et populationnels impliqués dans la

dynamique des infections (Projet Pathocénose) Confrontation réciproque des modèles épidémiologiques des

maladies transmissibles chez l’homme et l’animal (FIV HIV)

Epidémiologie des maladies non transmissibles Modélisation de l’incidence des maladies et de leur pronostic en

conjuguant les approches cliniques et populationnelles

Santé et environnement Etude des facteurs écologiques et populationnels impliqués dans la

dynamique des infections (Projet Pathocénose) Confrontation réciproque des modèles épidémiologiques des

maladies transmissibles chez l’homme et l’animal (FIV HIV)

Epidémiologie des maladies non transmissibles Modélisation de l’incidence des maladies et de leur pronostic en

conjuguant les approches cliniques et populationnelles

Les grands axes de recherche

Moyens pour la rechercheMoyens pour la recherche

Les Locaux Extension du PRABI

Les Locaux Extension du PRABI

Moyens pour la rechercheMoyens pour la recherche

Les Locaux Les plateaux techniques

Microscopie Biologie moléculaire Ecologie de terrain et écophysiologie

Les Locaux Les plateaux techniques

Microscopie Biologie moléculaire Ecologie de terrain et écophysiologie

Moyens pour la rechercheMoyens pour la recherche

Les Locaux Les plateaux techniques Les services communs

Informatique PCR Relation avec le « DTAMB »

Les Locaux Les plateaux techniques Les services communs

Informatique PCR Relation avec le « DTAMB »

Moyens pour la rechercheMoyens pour la recherche

Les Locaux Les plateaux techniques Les Plate-formes locales et centres nationaux

Les Locaux Les plateaux techniques Les Plate-formes locales et centres nationaux

Moyens pour la rechercheMoyens pour la recherche

Les Locaux Les plateaux techniques Les services communs Les Plate-formes locales et centres nationaux

Les Personnels ITARF et ITA : maintenir le savoir faire et surtout

augmenter l’aide technique.

Les Locaux Les plateaux techniques Les services communs Les Plate-formes locales et centres nationaux

Les Personnels ITARF et ITA : maintenir le savoir faire et surtout

augmenter l’aide technique.

L’enseignementL’enseignement Interaction forte entre recherche et enseignement

Disciplines enseignées Bioinformatique, Biostatistique, Biomathématique Génétique des populations, Evolution moléculaire, Ecologie évolutive

Filières de formation BioInformatique et Biomathématique (INSA) Biologie Moléculaire et Cellulaire (UCBL/ENS) Mathématique et Informatique du Vivant (UCBL)

Méthodes d’enseignement Technologie de l’Information et de la Communication pour

l’Enseignement

Interaction forte entre recherche et enseignement Disciplines enseignées

Bioinformatique, Biostatistique, Biomathématique Génétique des populations, Evolution moléculaire, Ecologie évolutive

Filières de formation BioInformatique et Biomathématique (INSA) Biologie Moléculaire et Cellulaire (UCBL/ENS) Mathématique et Informatique du Vivant (UCBL)

Méthodes d’enseignement Technologie de l’Information et de la Communication pour

l’Enseignement

L’enseignementL’enseignement

Master : mention Spécialité recherche et professionalisante

Responsable

EEME Ecologie Evolution Biométrie D. Pontier EE

aMIV Méthodes en Bioinformatique Moléculaire

D. Mouchiroud GGE

Modélisation en Epidémiologie et en recherche clinique

P. Roy BMS

Approche quantitative et Modélisation formelle pour l’Innovation Thérapeutique

F. Gueyffier BMS

Outils Mathématiques et Informatique pour le Vivant

AB Dufour EE

Rentrée 2004

L’enseignementL’enseignement

Master : mention Spécialité recherche et professionalisante.

Responsable

EEME Ecologie Evolution Biométrie D. Pontier EE

aMIV Bioinformatique D. Mouchiroud GGE

Biostatistique P. Roy BMS

Biomathématiques et pharmacologie F. Gueyffier BMS

Biométrie appliquée AB Dufour EE

S3 Epidémiologie P. Vanhems BMS

Rentrée 2006

Projet 2007

Master europeen regroupant les spécialités recherches de l’UMR 5558

Conclusions Conclusions Maintenir l’équilibre entre la biologie évolutive et la

biométrie,

Favoriser et développer les échanges intra et inter départements,

Améliorer notre visibilité au niveau national et international.

Maintenir l’équilibre entre la biologie évolutive et la biométrie,

Favoriser et développer les échanges intra et inter départements,

Améliorer notre visibilité au niveau national et international.