Mendeley : gestion de références bibliographiques 2.0

©Club photo et Maxime Storn

Mendeley : gestion de références bibliographiques et collaboration entre chercheurs

Alain Marois – Bibliothèque de l'Ecole Centrale de Lyonalain.marois@ec-lyon.fr / www.twitter.com/amarois

Formation Mendeley Alain Marois - 27/04/2010

Plan

● Les logiciels de gestion de références

bibliographiques● Installation de Mendeley● Gérer sa bibliothèque de références● Citer en utilisant ses références● Partager, collaborer, gérer son identité numérique

Trop de références bibliographiques

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sur une idée originale de Valentin Vivier

Gérer sa bibliographie

● S'organiser● Capitaliser● Privilégier le fond sur la forme● Partager des références, collaborer● Découvrir de nouveaux travaux ?

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Des outils dédiés

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Besoins classiques...et émergents

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sur une idée originale de Martin Fenner

Mendeley 1/2

● Logiciel à installer + service en ligne (http://www.mendeley.com)● Windows + Mac + Linux● Modèle de Last.fm (partage de musique)● Version beta, gratuit, mais... ●...business model en évolution, mais...●... « what is free now will remain free »● Société basée à Londres

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Mendeley 2/2

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Installation de Mendeley

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Téléchargement : option 1

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Par défaut, téléchargement suite à l'initialisation d'un compte

Téléchargement : option 2

Il est aussi possible d'installer l'outil sans créer de compte à priori

Mendeley est disponible sur de nombreuses plateformes

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Installation : les plugins Word et OpenOffice

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Compatibilité word 2003 - 2007

Compatibilité OpenOffice

Vue d'ensemble de l'interface « Desktop »

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Collections, collections partagées, corbeille

Filtres (auteurs, journaux, tag, mots clés auteur

Liste des références

Détails, tag et annotations, références citées

Moteur de rechercheBarre d'outils

Créer sa bibliothèque de références

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Ajouter des références : via Mendeley Desktop

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Différentes stratégies :● Ajout d'un document ou d'un répertoire de documents● « Watch a folder », pour l'import automatique de PDF● Ajout de références au format EndNote, BibTeX, RIS, etc.

Ajout par « glisser-déposer » de fichiers PDF...

...et Mendeley extraira les descriptions du document PDF automatiquement

Ajouter des références : utiliser l'import web

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Un simple lien placé dans la barre d'adresse permet d'importer directement des résultats de recherche à partir des sites compatibles

Choisir les références dans la fenêtre dédiée, annoter, ajouter des tag

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Compatible avec Firefox, Chrome, Safari, Internet Explorer...

Import web : installation et compatibilité

Les principales sources d'information scientifique

http://www.mendeley.com/import

Synchronisation de sa bibliothèque de références

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Synchronisez votre bibliothèque Mendeley Dekstop avec votre compte en ligne

Gestion et édition en ligne de vos références

Si vous disposez d'un lot de fichiers PDF

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Indiquez le dossier à importer contenant les PDF

L'importation se déroule automatiquement et les références correspondant aux documents PDF apparaissent

Mendeley va chercher les informations décrivant les documents dans les bases de données d'information scientifique

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Si vous venez de EndNote

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Exporter en Xml, ou .txt avec le style RefMan(RIS)

Sélectionner les références à exporter

2 Dans Mendeley, choisir le format d'import RIS ou EndNote Xml suivant le format d'export EndNote

De la même manière, Mendeley peut importer des listes de références aux formats BibTeX, Zotero.sqlite, OVID,...

Gérer sa bibliothèque de références

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Des fonctions de gestion simples et utiles

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Affichez le PDF attaché à la référence pour lecture

Les références peuvent être marquées comme « à lire », « lues », « favorites »

Créez vos propres collections

Filtrez vos listes de références de façon aisée

Triez rapidement vos listes en cliquant sur les en-têtes de colonne

Collection créées par défaut : ●Toutes les références●Ajouts récents●Mes favoris●Références à vérifier●Mes publications●Publications non classées

Recherche incrémentielle et suggestion de recherche

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Mise à jour de la liste de résultat au cour de la frappe

Recherche dans les références et les PDF de toutes les collections

Mise en contexte et surlignage des termes recherchés

Suggestion de termes au court de la frappe

Utilisation avancée du moteur de recherche

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champs:terme à recherche

Exemples : ● author:harnad● keyword:Bacteria● publication:nature● tag:tools● title:« open access »

PDF : lecteur intégré + et recherche de mots-clés

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Surlignage du terme recherché dans le PDF

Outils d'exploitation avancée : notes, surlignage manuel, lecture plein écran, etc.

Ouverture des PDF dans des onglet dédiés

PDF : surlignez et annotez vos documents

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Annotation (avec auteur et date) Notes générales

Passage surligné manuellement

Listes des annotations avec leurs liens pour une navigation aisée

Classez et renommez automatiquement vos fichiers

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L'outil de gestion des fichiers et ses options

Classement et nommage paramétrables

Tools > Option > File Organizer

PDF : surlignez, annotez, ajoutez des notes

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Fichiers organisés automatiquement en arborescence

PDF (et autres fichiers) joints renommés

Prenez soin de vos métadonnées : homogénéisation des noms de journaux, auteurs, tag, etc.

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Passage surligné manuellement

Les entrées d'index peuvent être glissée-déposée les unes sur les autres pour homogénéiser leurs valeurs

Mendeley modifie automatiquement les références en conséquence

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Citer en utilisant ses références

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Citer dans Word et OpenOffice 1/2

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Placer son curseur à l'emplacement de l'appel de citation dans votre texte

Cliquer sur « Insert Citation dans la barre d'outil Mendeley de Word

Dans Mendeley, choisir la référence à citer

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Citer dans Word et OpenOffice 2/2

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L'appel de citation est intégré au format choisi à l'emplacement du curseur

Cliquer sur « Send Citation to Word »

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Éditer une bibliographie dans Word ou OpenOffice

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Finaliser son texte avec tous les appels de citation

Positionner son curseur à l'endroit où doit figurer la bibliographie

Cliquer sur « insert Bibliography »

Choisir un style bibliographique

La bibliographie est générée automatiquement

Vous pouvez changer le style : le document se met à jour

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Produire une simple liste de références formatées

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Sélectionnez des références

Déplacez les dans votre document (« drag & drop »)

La liste est au format sélectionné

Cela fonctionne aussi par copier-coller

Un vaste choix de styles bibliographiques

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Ooo : « Choose Citation Style » Word : « Other citations from Mendeley »

Recherchez et sélectionnez un style

Utiliser LaTeX / BibTeX : options de synchronisation de la bibliothèque de références

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Tools > Options > BibTeXPrise en compte de caractères spéciaux

Mise à jour automatique du fichier .bib

Un ou plusieurs fichiers. On peut imaginer le mettre sur un dossier partagé...Clés BibTeX éditables si besoin

référence par référence

Partager, collaborer, s'intégrer à une communauté en gérant son identité numérique

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Rendre une collection publique

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Les critères de publication des collections sont paramétrables pour chacune d'entre elles indépendamment des autres

Rendez vos collections publiques via « Edit Settings »

D'autres usagers pourront s'abonner à vos collections publiques. Vos modifications seront répercutées dans les Mendeley Desktop des autres membres abonnées. Les membres abonnées à une collection sont visibles, ainsi que l'auteur d'une collection

Créer une collection partagée pour collaborer

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Une collection partagée entre membres n'est visible uniquement que par ses membres. Vous pouvez inviter vos contacts à partager une collection que vous avez créée.Les références sont alors visibles et modifiables par tous les membres partageant la collection.Les fichiers PDF peuvent être mis en commun et annotés collaborativement.

Compléter son profil et sa liste de publications : l'identité numérique du chercheur

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CV du chercheur

Liste des publications du chercheur, mise à jour via une collection Mendeley

Contacts du chercheur

Collections publiques du chercheur

Contacter ce chercheur

Statistiques sur ce chercheur

Mendeley : un réseau social pour les chercheurs ?

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We define social network sites as web-based services that allow individuals to (1) construct a public or semi-public profile within a bounded system, (2) articulate a list of other users with whom they share a connection, and (3) view and traverse their list of connections and those made by others within the system.

Boyd, D.M., et N.B. Ellison. Social network sites: Definition, history, and scholarship. Journal of Computer-Mediated Communication 13, 2007, 210-230. Available from world wide web: <http://jcmc.indiana.edu/vol13/issue1/boyd.ellison.html>.

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Paramétrer la confidentialité de son profil

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Plusieurs niveaux de confidentialité

Se tenir informé

Valoriser son travail bibliographique et son expertise

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Inclure un bouton vers son profil dans votre signature de courriel ou sur son blog de chercheur

Créer par simple copier-coller une liste de publication mise à jour automatiquement

Trouver de l'aide

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Mendeley : participer, suivre l'évolution

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Alain Marois04.72.18.64.50

alain.marois@ec-lyon.fr

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Ressources

● Hull, Duncan, Defrosting the Digital Library: A survey of bibliographic tools for the next generation web. [cité 20 Avril 2010]. Disponible sur

le world wide web :

<http://www.slideshare.net/dullhunk/defrosting-the-digital-library-a-survey-of-bibliographic-tools-for-the-next-generation-web>.

●Hull, Duncan, Steve R Pettifer, et Douglas B Kell. Defrosting the Digital Library: Bibliographic Tools for the Next Generation Web. PLoS

Comput Biol 4, Octobre 2008, e1000204+. Disponible sur le world wide web : <http://dx.doi.org/10.1371/journal.pcbi.1000204>

● Mendeley Teaching Presentation [cité 20 Avril 2010]. Disponible sur le world wide web :

<http://www.slideshare.net/luiszz11/mendeley-teaching-presentation>

● Reiswig, Jennifer. Mendeley. 98, Avril 2010, 193-194. PubMed Central Link. [cité 31 Mai 2010]. Disponible sur le world wide web :

<http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC2859264/>

● Readwriteweb, Curt Hopkins Of. Mendeley Throws Open the Doors to Academic Data. The New York Times Avril 2010. [cité 31 Mai 2010].

Disponible sur le world wide web :

<http://www.nytimes.com/external/readwriteweb/2010/04/29/29readwriteweb-mendeley-throws-open-the-doors-to-academic-43750.html>

● Henning, Victor, et Jan Reichelt. Mendeley - A Last.fm For Research? Dans eScience, IEEE International Conference on, Vol. 0 of, 327-

328, [Los Alamitos, CA, USA]: IEEE Computer Society, 2008