26
Introduction Méthodes Utilisation de la morphométrie Phylogénie et diversité Lamellodiscus (Monogenea) parasites de sparidés Spéciations en cours? Timothée Poisot Olivier Verneau Yves Desdevises Stage de M2 effectué à l’Observatoire Océanographique de Banyuls-sur-Mer UMR CNRS 7628 “Modèles en Biologie Cellulaire et Évolutive” Univ. Paris 6 18 septembre 2008 Timothée Poisot (Obs. Banyuls) Spéciations chez Lamellodiscus 18 septembre 2008 1 / 13

Slides stage M2 (version jamais présentée)

Embed Size (px)

Citation preview

Page 1: Slides stage M2 (version jamais présentée)

Introduction Méthodes Utilisation de la morphométrie Phylogénie et diversité

Lamellodiscus (Monogenea) parasites de sparidésSpéciations en cours?

Timothée Poisot Olivier Verneau Yves Desdevises

Stage de M2 effectué à l’Observatoire Océanographique de Banyuls-sur-MerUMR CNRS 7628 “Modèles en Biologie Cellulaire et Évolutive”

Univ. Paris 6

18 septembre 2008

Timothée Poisot (Obs. Banyuls) Spéciations chez Lamellodiscus 18 septembre 2008 1 / 13

Page 2: Slides stage M2 (version jamais présentée)

Introduction Méthodes Utilisation de la morphométrie Phylogénie et diversité

Les monogènes

Parasites de poissons(principalement)Cycle de vie direct(hôte-environnement-hôte)Degré de spécificitéimportant

Timothée Poisot (Obs. Banyuls) Spéciations chez Lamellodiscus 18 septembre 2008 2 / 13

Page 3: Slides stage M2 (version jamais présentée)

Introduction Méthodes Utilisation de la morphométrie Phylogénie et diversité

Les monogènes

Parasites de poissons(principalement)Cycle de vie direct(hôte-environnement-hôte)Degré de spécificitéimportant

Ventouseantérieure

Hapteur�xé sur le�lament

Timothée Poisot (Obs. Banyuls) Spéciations chez Lamellodiscus 18 septembre 2008 2 / 13

Page 4: Slides stage M2 (version jamais présentée)

Introduction Méthodes Utilisation de la morphométrie Phylogénie et diversité

Les monogènes

Parasites de poissons(principalement)Cycle de vie direct(hôte-environnement-hôte)Degré de spécificitéimportant

Hôte 1

Hôte 2

Hôte 3

Parasite 1

Parasite 2

Parasite 3

Timothée Poisot (Obs. Banyuls) Spéciations chez Lamellodiscus 18 septembre 2008 2 / 13

Page 5: Slides stage M2 (version jamais présentée)

Introduction Méthodes Utilisation de la morphométrie Phylogénie et diversité

Les monogènes

Parasites de poissons(principalement)Cycle de vie direct(hôte-environnement-hôte)Degré de spécificitéimportant

Hôte 1

Hôte 2

Hôte 3

Parasite 1

Parasite 2

Parasite 3

Hypoth

èse!

Timothée Poisot (Obs. Banyuls) Spéciations chez Lamellodiscus 18 septembre 2008 2 / 13

Page 6: Slides stage M2 (version jamais présentée)

Introduction Méthodes Utilisation de la morphométrie Phylogénie et diversité

Lamellodiscus parasites de sparidésDesdevises et coll. (2002, Evolution)

L. elegansL. coronatusL. furcosusF. echeneisL. mormyriL. verberisL. drummondiL. virgulaL. imperviusL. parisiL. mirandusL. gracilisL. bidensL. hiliiL. knoeppfleriL. ergensiL. fraternusL. ignoratusL. baeriL. erythrini

Timothée Poisot (Obs. Banyuls) Spéciations chez Lamellodiscus 18 septembre 2008 3 / 13

Page 7: Slides stage M2 (version jamais présentée)

Introduction Méthodes Utilisation de la morphométrie Phylogénie et diversité

Lamellodiscus parasites de sparidésDesdevises et coll. (2002, Evolution)

S. cantharus

B. boops

S. salpa

L. mormyrus

D. sargus

D. cervinus

O. melanura

D. puntazzo

D. annularis

D. vulgaris

S. aurata

P. acarne

P. bogaraveo

D. dentex

P. pagrus

P. erythrinus

L. elegansL. coronatusL. furcosusF. echeneisL. mormyriL. verberisL. drummondiL. virgulaL. imperviusL. parisiL. mirandusL. gracilisL. bidensL. hiliiL. knoeppfleriL. ergensiL. fraternusL. ignoratusL. baeriL. erythrini

Timothée Poisot (Obs. Banyuls) Spéciations chez Lamellodiscus 18 septembre 2008 3 / 13

Page 8: Slides stage M2 (version jamais présentée)

Introduction Méthodes Utilisation de la morphométrie Phylogénie et diversité

Lamellodiscus parasites de sparidésDesdevises et coll. (2002, Evolution)

S. cantharus

B. boops

S. salpa

L. mormyrus

D. sargus

D. cervinus

O. melanura

D. puntazzo

D. annularis

D. vulgaris

S. aurata

P. acarne

P. bogaraveo

D. dentex

P. pagrus

P. erythrinus

L. elegansL. coronatusL. furcosusF. echeneisL. mormyriL. verberisL. drummondiL. virgulaL. imperviusL. parisiL. mirandusL. gracilisL. bidensL. hiliiL. knoeppfleriL. ergensiL. fraternusL. ignoratusL. baeriL. erythrini

Timothée Poisot (Obs. Banyuls) Spéciations chez Lamellodiscus 18 septembre 2008 3 / 13

Page 9: Slides stage M2 (version jamais présentée)

Introduction Méthodes Utilisation de la morphométrie Phylogénie et diversité

Évolution des Lamellodiscus : hypothèses

Transfert d’hôteMis en évidence pourGyrodactylus (e.g. Huyse etcoll. 2005)Supposé important pourLamellodiscus (Desdeviseset coll. 2002)

Spéciation indépendanteMis en évidence pourDactylogyrus (Šimková etcoll. 2004)Jamais étudié pourLamellodiscus

Timothée Poisot (Obs. Banyuls) Spéciations chez Lamellodiscus 18 septembre 2008 4 / 13

Page 10: Slides stage M2 (version jamais présentée)

Introduction Méthodes Utilisation de la morphométrie Phylogénie et diversité

Objectifs

Détection d’événements de spéciationÉvaluation du statut taxonomique

Timothée Poisot (Obs. Banyuls) Spéciations chez Lamellodiscus 18 septembre 2008 5 / 13

Page 11: Slides stage M2 (version jamais présentée)

Introduction Méthodes Utilisation de la morphométrie Phylogénie et diversité

Objectifs

Détection d’événements de spéciationÉvaluation du statut taxonomique

Timothée Poisot (Obs. Banyuls) Spéciations chez Lamellodiscus 18 septembre 2008 5 / 13

Page 12: Slides stage M2 (version jamais présentée)

Introduction Méthodes Utilisation de la morphométrie Phylogénie et diversité

Morphométrie

Timothée Poisot (Obs. Banyuls) Spéciations chez Lamellodiscus 18 septembre 2008 6 / 13

Page 13: Slides stage M2 (version jamais présentée)

Introduction Méthodes Utilisation de la morphométrie Phylogénie et diversité

Morphométrie

Timothée Poisot (Obs. Banyuls) Spéciations chez Lamellodiscus 18 septembre 2008 6 / 13

Page 14: Slides stage M2 (version jamais présentée)

Introduction Méthodes Utilisation de la morphométrie Phylogénie et diversité

Séquençage

18S (SSU) 5.8SITS 1

COI

500pb Taille variable

300pb

Timothée Poisot (Obs. Banyuls) Spéciations chez Lamellodiscus 18 septembre 2008 7 / 13

Page 15: Slides stage M2 (version jamais présentée)

Introduction Méthodes Utilisation de la morphométrie Phylogénie et diversité

Détecter de potentielles spéciationsPoisot et Desdevises (soumis, Parasitology)

PourquoiRôle adaptatif du hapteurMesures facilementidentifiables

AnalyseACPHierarchical clustering etbootstrap non paramétrique

Timothée Poisot (Obs. Banyuls) Spéciations chez Lamellodiscus 18 septembre 2008 8 / 13

Page 16: Slides stage M2 (version jamais présentée)

Introduction Méthodes Utilisation de la morphométrie Phylogénie et diversité

Spéciations entre les hôtes ?

D. sargus D. vulgaris O. melanura−6−4

−20

24

Lamellodiscus elegans ?

D. puntazzo D. sargus D. vulgaris L. mormyrus S. salpa

−6−4

−20

24

Lamellodiscus ignoratus

D. sargus D. vulgaris

−4−2

02

4

Lamellodiscus kechemirae ?

D. puntazzo D. sargus D. vulgaris

−8−6

−4−2

02

Lamellodiscus ergensi ?

Timothée Poisot (Obs. Banyuls) Spéciations chez Lamellodiscus 18 septembre 2008 9 / 13

Page 17: Slides stage M2 (version jamais présentée)

Introduction Méthodes Utilisation de la morphométrie Phylogénie et diversité

Spéciations intra-hôte ?Le cas de Lamellodiscus elegans sur Diplodus sargus

6 5 4 3 2 1 0 1 2 3 4

2.5

1.5

0.5

0.5

1.0

1.5

2.0

1st axis: 74.5 %

2nd

axis

: 9.

28 %

D. sargus 1D. sargus 1

D. sargus 2

D. sargus 2

D. sargus 2

D. sargus 3D. sargus 3

D. sargus 3D. sargus 6

D. sargus 6

D. sargus 7

D. sargus 7D. sargus 7

D. sargus 7

D. sargus 7

D. sargus 8

D. sargus 8D. sargus 8

D. sargus 8

D. sargus 9

D. sargus 9D. sargus 9

D. sargus 9

100

48

44

90

37

62

63

53

57

43

39

8

99

44

14

85

12

7

38

31

68

11

Hosts 1, 8 and 9

Hosts 2, 3, 6 and 7

Timothée Poisot (Obs. Banyuls) Spéciations chez Lamellodiscus 18 septembre 2008 10 / 13

Page 18: Slides stage M2 (version jamais présentée)

Introduction Méthodes Utilisation de la morphométrie Phylogénie et diversité

Spéciations intra-hôte ?Le cas de Lamellodiscus elegans sur Diplodus sargus

Value on first axis of PCA

Dis

tribu

tion

−6 −4 −2 0 2 4

0.00

0.05

0.10

0.15 D. sargus 1

D. sargus 1

D. sargus 2

D. sargus 2

D. sargus 2

D. sargus 3D. sargus 3

D. sargus 3D. sargus 6

D. sargus 6

D. sargus 7

D. sargus 7D. sargus 7

D. sargus 7

D. sargus 7

D. sargus 8

D. sargus 8D. sargus 8

D. sargus 8

D. sargus 9

D. sargus 9D. sargus 9

D. sargus 9

100

48

44

90

37

62

63

53

57

43

39

8

99

44

14

85

12

7

38

31

68

11

Hosts 1, 8 and 9

Hosts 2, 3, 6 and 7

Timothée Poisot (Obs. Banyuls) Spéciations chez Lamellodiscus 18 septembre 2008 10 / 13

Page 19: Slides stage M2 (version jamais présentée)

Introduction Méthodes Utilisation de la morphométrie Phylogénie et diversité

Vers une nouvelle phylogénie (18S)Poisot, Verneau et Desdevises (en préparation)

D. aequans

L. echeneis

L. furcosus

L. furcosus

L. coronatus

L. furcosus

L. drummondi

L. elegans

L. elegans

L. elegans

L. elegans

L. mormyri

L. verberis

L. obeliae

L. virgula

L. abbreviatus

L. abbreviatus

L. confusus

L. ignoratus

L. ignoratus

L. ignoratus

L. ignoratus

L. diplodi

L. ignoratus

L. neifari

L. neifari

L. neifari

L. neifari

L. baeri

L. erythrini

L. ergensi

L. ergensi

L. fraternus

L. sanfillipoi

L. kechemirae

L. tomentosus

L. knoeppfleri

L. falcus

L. falcus

L. ignoratus

L. ignoratus

L. bidens

L. hilii

L. gracilis

L. mirandus

L. parisi

L. impervius

0.89

0.57

0.99 (0.80)

1.00 (0.86)

0.95 (0.95)

0.94

1.00 (100)

1.00

1.00 (1.00)

0.79

0.93

0.91

1.00

0.64

1.00

0.94

0.78

0.66 1.00

0.93 (0.76)

0.92 (0.72)

1.00 (0.73)

0.94

0.79

0.60

0.77

1.00 (0.87)

1.00 (0.82)

0.64

0.99 (0.87)

2

1

E

MVB

LDB

MCO

“Éspèces” paraphylétiquesPas de congruence entremorphologie et génétique

Timothée Poisot (Obs. Banyuls) Spéciations chez Lamellodiscus 18 septembre 2008 11 / 13

Page 20: Slides stage M2 (version jamais présentée)

Introduction Méthodes Utilisation de la morphométrie Phylogénie et diversité

Vers une nouvelle phylogénie (18S)Poisot, Verneau et Desdevises (en préparation)

D. aequans

L. echeneis

L. furcosus

L. furcosus

L. coronatus

L. furcosus

L. drummondi

L. elegans

L. elegans

L. elegans

L. elegans

L. mormyri

L. verberis

L. obeliae

L. virgula

L. abbreviatus

L. abbreviatus

L. confusus

L. ignoratus

L. ignoratus

L. ignoratus

L. ignoratus

L. diplodi

L. ignoratus

L. neifari

L. neifari

L. neifari

L. neifari

L. baeri

L. erythrini

L. ergensi

L. ergensi

L. fraternus

L. sanfillipoi

L. kechemirae

L. tomentosus

L. knoeppfleri

L. falcus

L. falcus

L. ignoratus

L. ignoratus

L. bidens

L. hilii

L. gracilis

L. mirandus

L. parisi

L. impervius

0.89

0.57

0.99 (0.80)

1.00 (0.86)

0.95 (0.95)

0.94

1.00 (100)

1.00

1.00 (1.00)

0.79

0.93

0.91

1.00

0.64

1.00

0.94

0.78

0.66 1.00

0.93 (0.76)

0.92 (0.72)

1.00 (0.73)

0.94

0.79

0.60

0.77

1.00 (0.87)

1.00 (0.82)

0.64

0.99 (0.87)

2

1

E

MVB

LDB

MCO

“Éspèces” paraphylétiquesPas de congruence entremorphologie et génétique

Timothée Poisot (Obs. Banyuls) Spéciations chez Lamellodiscus 18 septembre 2008 11 / 13

Page 21: Slides stage M2 (version jamais présentée)

Introduction Méthodes Utilisation de la morphométrie Phylogénie et diversité

Lamellodiscus “ergensi”, “ignoratus”, ...

L. abbreviatus

L. abbreviatus

L. confusus

L. ignoratus

L. ignoratus

L. ignoratus

L. ignoratus

L. diplodi

L. ignoratus

L. neifari

L. neifari

L. neifari

L. neifari

L. baeri

L. erythrini

L. ergensi

L. ergensi

L. fraternus

L. sanfillipoi

L. kechemirae

L. tomentosus

L. knoeppfleri

L. falcus

L. falcus

L. ignoratus

L. ignoratus

0.93

0.91

1.00

0.64

1.00

0.94

0.78

0.66 1.00

0.93 (0.76)

0.92 (0.72)

1.00 (0.73)

0.94

0.79

0.60

0.77

2

1

ELe groupe “ignoratus” n’estpas monophylétique

Deux LITUs, falcus (1) andabbreviatus (2)Des individus dans leclade “ergensi” (E)

Diversité intra-LITU pourfalcus et abbreviatus ≈diversité intra-spécifiqueÉvolution morphologique 6=évolution moléculaire :pression de sélection forte !

Timothée Poisot (Obs. Banyuls) Spéciations chez Lamellodiscus 18 septembre 2008 12 / 13

Page 22: Slides stage M2 (version jamais présentée)

Introduction Méthodes Utilisation de la morphométrie Phylogénie et diversité

Lamellodiscus “ergensi”, “ignoratus”, ...

L. abbreviatus

L. abbreviatus

L. confusus

L. ignoratus

L. ignoratus

L. ignoratus

L. ignoratus

L. diplodi

L. ignoratus

L. neifari

L. neifari

L. neifari

L. neifari

L. baeri

L. erythrini

L. ergensi

L. ergensi

L. fraternus

L. sanfillipoi

L. kechemirae

L. tomentosus

L. knoeppfleri

L. falcus

L. falcus

L. ignoratus

L. ignoratus

0.93

0.91

1.00

0.64

1.00

0.94

0.78

0.66 1.00

0.93 (0.76)

0.92 (0.72)

1.00 (0.73)

0.94

0.79

0.60

0.77

2

1

ELe groupe “ignoratus” n’estpas monophylétique

Deux LITUs, falcus (1) andabbreviatus (2)Des individus dans leclade “ergensi” (E)

Diversité intra-LITU pourfalcus et abbreviatus ≈diversité intra-spécifiqueÉvolution morphologique 6=évolution moléculaire :pression de sélection forte !

Timothée Poisot (Obs. Banyuls) Spéciations chez Lamellodiscus 18 septembre 2008 12 / 13

Page 23: Slides stage M2 (version jamais présentée)

Introduction Méthodes Utilisation de la morphométrie Phylogénie et diversité

Lamellodiscus “ergensi”, “ignoratus”, ...

L. abbreviatus

L. abbreviatus

L. confusus

L. ignoratus

L. ignoratus

L. ignoratus

L. ignoratus

L. diplodi

L. ignoratus

L. neifari

L. neifari

L. neifari

L. neifari

L. baeri

L. erythrini

L. ergensi

L. ergensi

L. fraternus

L. sanfillipoi

L. kechemirae

L. tomentosus

L. knoeppfleri

L. falcus

L. falcus

L. ignoratus

L. ignoratus

0.93

0.91

1.00

0.64

1.00

0.94

0.78

0.66 1.00

0.93 (0.76)

0.92 (0.72)

1.00 (0.73)

0.94

0.79

0.60

0.77

2

1

ELe groupe “ignoratus” n’estpas monophylétique

Deux LITUs, falcus (1) andabbreviatus (2)Des individus dans leclade “ergensi” (E)

Diversité intra-LITU pourfalcus et abbreviatus ≈diversité intra-spécifiqueÉvolution morphologique 6=évolution moléculaire :pression de sélection forte !

Timothée Poisot (Obs. Banyuls) Spéciations chez Lamellodiscus 18 septembre 2008 12 / 13

Page 24: Slides stage M2 (version jamais présentée)

Introduction Méthodes Utilisation de la morphométrie Phylogénie et diversité

Lamellodiscus “ergensi”, “ignoratus”, ...

L. abbreviatus

L. abbreviatus

L. confusus

L. ignoratus

L. ignoratus

L. ignoratus

L. ignoratus

L. diplodi

L. ignoratus

L. neifari

L. neifari

L. neifari

L. neifari

L. baeri

L. erythrini

L. ergensi

L. ergensi

L. fraternus

L. sanfillipoi

L. kechemirae

L. tomentosus

L. knoeppfleri

L. falcus

L. falcus

L. ignoratus

L. ignoratus

0.93

0.91

1.00

0.64

1.00

0.94

0.78

0.66 1.00

0.93 (0.76)

0.92 (0.72)

1.00 (0.73)

0.94

0.79

0.60

0.77

2

1

ELe groupe “ignoratus” n’estpas monophylétique

Deux LITUs, falcus (1) andabbreviatus (2)Des individus dans leclade “ergensi” (E)

Diversité intra-LITU pourfalcus et abbreviatus ≈diversité intra-spécifiqueÉvolution morphologique 6=évolution moléculaire :pression de sélection forte !

Timothée Poisot (Obs. Banyuls) Spéciations chez Lamellodiscus 18 septembre 2008 12 / 13

Page 25: Slides stage M2 (version jamais présentée)

Introduction Méthodes Utilisation de la morphométrie Phylogénie et diversité

Lamellodiscus “ergensi”, “ignoratus”, ...

L. abbreviatus

L. abbreviatus

L. confusus

L. ignoratus

L. ignoratus

L. ignoratus

L. ignoratus

L. diplodi

L. ignoratus

L. neifari

L. neifari

L. neifari

L. neifari

L. baeri

L. erythrini

L. ergensi

L. ergensi

L. fraternus

L. sanfillipoi

L. kechemirae

L. tomentosus

L. knoeppfleri

L. falcus

L. falcus

L. ignoratus

L. ignoratus

0.93

0.91

1.00

0.64

1.00

0.94

0.78

0.66 1.00

0.93 (0.76)

0.92 (0.72)

1.00 (0.73)

0.94

0.79

0.60

0.77

2

1

ELe groupe “ignoratus” n’estpas monophylétique

Deux LITUs, falcus (1) andabbreviatus (2)Des individus dans leclade “ergensi” (E)

Diversité intra-LITU pourfalcus et abbreviatus ≈diversité intra-spécifiqueÉvolution morphologique 6=évolution moléculaire :pression de sélection forte !

Timothée Poisot (Obs. Banyuls) Spéciations chez Lamellodiscus 18 septembre 2008 12 / 13

Page 26: Slides stage M2 (version jamais présentée)

Introduction Méthodes Utilisation de la morphométrie Phylogénie et diversité

Merci de votre attention

Timothée Poisot (Obs. Banyuls) Spéciations chez Lamellodiscus 18 septembre 2008 13 / 13