© URFIST Rennes, Mars 20071 Introduction aux logiciels de gestion de références bibliographiques » Ecoles Doctorales - Nantes Marie-Laure Malingre URFIST

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Introduction aux logiciels de gestion de références

bibliographiques »

Ecoles Doctorales - Nantes

Marie-Laure MalingreURFIST de Rennes

Mars 2007


Outils de gestion bibliographique

Plan

1 - Contexte, définition et applications

2 - Typologie et panorama général des outils

3 – Grandes fonctionnalités des outils



Travail de recherche et gestion de la bibliographie personnelle Le travail de citation

Confrontation aux énoncés et travaux précédents, concernant le même sujet ou des sujets connexes / crédibilité scientifique

Le travail de recherche s’appuie sur un réseau de citations qui seront intégrées dans la publication (notes et bibliographie)



L’élaboration de la bibliographie Définition (A. Boulogne) : « liste de références ou de notices

bibliographiques classées selon certains critères pour permettre le repérage des documents référencés »

Rédaction de la bibliographie Constitution d’un corpus de références Identification et description précises des

documents référencés Transcription selon certaines règles + liens

entre texte, citation et référence.



La normalisationLa bibliographie doit être rédigée en conformité avec des normes d’écriture et de présentation des références :

Norme ISO 690 (Norme AFNOR NF Z 44-005 de 1987 pour les publications imprimées, livres et publications en série, leurs parties composantes et les brevets)

Norme 690-2 (Norme AFNOR Z 44-005-2) de 1998, pour les documents électroniques



La normalisation (suite)

Protocole MLA (Modern Language Association of America)

Protocole APA (American Psychological Association)

Pratiques mises en œuvre par les universitaires et les étudiants dans leurs travaux

Usages mis en place par les éditeurs de livres et de revues



Qu’est-ce qu’un logiciel de gestion de références bibliographiques ?

= outil spécialisé permettant de gérer des fichiers de références bibliographiques issus du travail de recherche, dans le cadre d’une base de données (base de références).

Outil d’assistance aux recherches documentaires et aux publications



Les logiciels de bibliographie personnelle permettent : D’organiser sa documentation D’intégrer automatiquement des résultats

de recherche documentaire informatisée D’intégrer les références de la base

personnelle dans une publication scientifique

De formater les références et de générer une bibliographie



Atouts de la gestion informatisée des références bibliographiques Au niveau du stockage et de la gestion des

références : facilités d’exploitation de gros corpus de références par la structuration en base de données

Au niveau de la publication : récupération des références lors de l’écriture d’un texte, formatage automatique des références selon les normes d’écriture en vigueur; saisie unique des données et choix d’un format d’édition

Au niveau du suivi de la recherche documentaire : liens entre la recherche sur bases de données et la base personnelle



Eléments constitutifs d’un logiciel bibliographique :

« Grilles modèles », regroupant dans des zones différenciées = champs, les éléments nécessaires à la description des documents cités (description bibliographique + mots clés + éventuellement notes de lecture)



Eléments constitutifs d’un logiciel bibliographique (suite) :

Dispositifs facilitant la récupération de références depuis des bases de données spécialisées

Fichiers de connexion Filtres

Mise à disposition de modèles d’édition conformes aux normes de publication

Styles



Eléments constitutifs d’un logiciel bibliographique (suite) :

Éléments complémentaires Gestion d’objets (images, graphiques, tableaux) Passerelles vers les traitements de texte Outils de partage des référence Aides à la saisie Lien vers texte intégral Fonctionnalités d’export …



Etapes et méthodologie Créer et alimenter une base de références

par saisie manuelle (aidée le cas échéant par des listes de termes)

Création de champs permettant la description des documents selon leur type et indépendamment de leur format d’édition

Saisie des données descriptives Annotations des références, attribution de mots clés …

par import de références à partir de banques de données connexion directe recherche dans une banque de données, sauvegarde des

résultats et utilisation de filtres d’import



Editer des références formatées en utilisant des styles spécifiques respectant les

normes et conventions d’écritures exigées Format de la référence bibliographique Format de la citation dans le texte Format de la note de bas de page

Application Intégrer, depuis la base de références, des

citations et générer la bibliographie dans un traitement de texte (Word, OpenOffice …)

Générer une bibliographie indépendante


2 - Typologie et panorama des outils

Evolution générale : À l’origine, limités à la gestion de

références saisies manuellement Saisie Recherche Tri

Multiplication des fonctions Lien avec la recherche documentaire Formatage et édition Interfaçage avec les logiciels de traitement de

texte Orientation Web



Un grand nombre de produits : Jusqu’à 70 progiciels de gestion de références / Environ une

vingtaine d’outils couramment utilisés

Des outils basiques et des outils professionnels aux fonctionnalités multiples et avancées

Des outils commerciaux et des outils gratuits

Des outils propriétaires et des outils libres

Des outils en local et des outils en ligne (web)

Des outils multi plates-formes ou qui peuvent varier selon les plateformes



Croissance significative de ces produits depuis les années 80

Quelques logiciels professionnels (commerciaux) sont bien connus et utilisés : EndNote ProCite Reference Manager

RefWorks

édités par Thomson ResearchSoft (ISI) de Thomson Corporation + WriteNotehttp://thomsonisiresearchsoft.com/



Il existe d’autres logiciels bibliographiques BiblioMacPC, Biblioscape/Biblioexpress,

Citation, Library Master, Papyrus, Bibliologic, Bookends Plus, Logidoc, RefBase, Hot Reference, Library Master,Bibliographix, Scribe …

Voir la liste proposée par Jean-Pierre Lardy (URFIST Lyon): http://urfist.univ-lyon1.fr/logiciels_gestion_doc.

html


2 - Typologie et panorama des outils Exemples de logiciels gratuits

BiblioExpress = version gratuite de Biblioscape pour les étudiants (http://www.biblioscape.com/biblioexpress.htm)

HotReference = logiciel en ligne (http://www.hotreference.com)

BibliOpera (http://www.bibliopera.mom.fr/) Bibus (http://bibus-biblio.sourceforge.net/), qui permet

d’insérer des citations dans openoffice ou dans word JabRef (http://jabref.sourceforge.net/), avec des

fonctions d’importation de données externes. BibDesk (http://bibdesk.sourceforge.net/) Zotero (Mozilla ; http://www.zotero.org/) Ooo (Open Office ;

http://fr.openoffice.org/about-downloads.html#fr)



Critères de comparaison et de choix proposés par Sandrine Royer-Devaux de l’Institut Pasteur : Formats de références disponibles (et possibilité d’en

créer de nouveaux) Possibilité de générer une liste de références à partir d’un

traitement de texte Formats d’éditions fournis (et possibilité d’en créer de

nouveaux) Possibilité d’importer depuis différentes sources

bibliographiques Capacité de la base Outils de recherche et de tri dans les bibliothèques de

références Options


2 - Typologie et panorama des

outils Voir la comparaison EndNote, ProCite, Reference

Manager et WriteNote sur le site de Thomsonhttp://thomsonisiresearchsoft.com/compare/

Voir les pages : Fourmi (URFIST de Paris) sur les logiciels de gestion de

références bibliographiques(http://www.ext.upmc.fr/urfist/fourmi/fourmibiblio.htm)

Quel logiciel choisir? de la Bibliothèque de l’Université de Montréal http://www.bib.umontreal.ca/LGB/choisir.htm

Etudes comparatives sur les logiciels de gestion bibliographiques / ENS http://www.ens-lyon.fr/Bibli/Technique/redactionpubli.php , (en particulier celle de Francesco Dell’Orso)



Quelques exemples : BiblioExpress

Progiciel gratuit pour la gestion des références

Version simplifiée de l’outil de gestion de références Biblioscape

Outil qui peut être téléchargé sur le site web de Biblioscape

Produit d’appel avec fonctionnalités de base Adresse : http://www.biblioscape.com/



Principales fonctionnalités de BiblioExpress Création, alimentation et gestion d’une base

de références Import et export de fichier au format

Biblioscape et EndNote Formatage selon des styles définis (ACS, APA,

MLA, Show All) Tri, recherche dans les références et

sauvegarde de recherches Intégration avec Word et Wordperfect



BiblioExpress (suite) Création d’une base de données

File > New Database et enregistrer la base sous un nom spécifique

Saisie des références Utiliser les champs appropriés en fonction du

type de référence Commande References > New reference Chaque notice permet d’afficher les

informations concernant le document



BiblioExpress (suite) Listes des références

Chaque référence saisie dans la base apparaît sous une forme abrégée dans la liste des références (auteur, titre, année…)

En ajoutant d’autres références, on constitue la bibliothèque de références

Classement des références en fonction des champs disponibles (par ordre alphabétique d’auteur, par année de publication)



BiblioExpress (suite) Insertion des références dans Word ou

Word Perfect Shoot Formatted : si le traitement de texte est

ouvert, la commande Shoot Formatted enverra la ou les références sélectionnées et formatées à l’endroit où le curseur est positionné dans le document

Shoot to Footnote : copie en note de bas de page

Shoot to EndNote : copie en note finale



BiblioExpress (suite) Définition d’un style

Styles prédéfinis : ACS, APA, MLA, Show All Show Preview

Permet de visualiser la référence dans le style choisi Recherche de références

Recherche rapide : fenêtre de saisie et icône de recherche rapide

Show Dynamic Folder : entrée de critères de recherche et de valeurs, avec utilisation des opérateurs + et –

Sauvegarde de requêtes



BiblioExpress (suite) Fonctions d’import et d’export des

références Import / export de références au format

Biblioscape : Menu File > Import / Export > Biblioscape Tag File

Import / export de références au format EndNote : Menu File > Import / Export > EndNote Refer File



Quelques exemples : EndNote

Outil commercial, professionnel Outil en local (+ récemment un module

Web) Édité par Thomson ResearchSoft (ISI) Site http://www.endnote.com Fournisseur français : Ritme,

http://www.ritme.com



Principales fonctionnalités d’EndNote La recherche documentaire :

Connexion directe à des bases de données distantes Intégration automatique de références sous EndNote

à partir des interfaces de recherche de bases de données

Import des fichiers de résultats issus de bases de données via des filtres d’import

Récupération de bibliographies rédigées avec un traitement de texte

Récupération de bases élaborées sous d’autres logiciels bibliographiques



L’organisation et l’exploitation de la documentation personnelle dans EndNote : Gestion des fichiers de références bibliographiques

organisés au sein de bases de données, permettant : La saisie manuelle de références (aides à la saisie) et

l’intégration d’objets (tableaux, graphiques); l’import de références

Le lien au texte intégral La modification et la mise à jour des références La recherche dans les références Le formatage bibliographique des références L’export des données sous d’autres formats



La rédaction et la publication scientifiques dans EndNote : Interface directe avec le traitement de texte

Word permettant : de créer des citations dans le texte en cours

de rédaction de générer une bibliographie, soit à la suite de

l’article rédigé, soit indépendamment de tout texte (possibilité aussi de générer la liste des tableaux, etc.)

de choisir un format d’édition déterminé = style (correspondant aux normes de présentation bibliographique des revues scientifiques)



Création / Ouverture d’une bibliothèque EndNote Offre au démarrage

Créer une nouvelle base (nommer la bibliothèque et l’enregistrer)

Ouvrir une base existante Chercher le bon fichier

avec « Browse »

Via le Menu : File > New File > Open > Nom de la

Base



présence d’une image

référence

Pour voir une référence dans un style donné

Nombre de références affichées sur nombre total



Auteur, année, identifiant unique

Champs de la référence

Type de référence

Naviguer dans les références



Quelques exemples : JabRef Qu’est-ce que JabRef ?

Application écrite en Java, utilisant nativement le format Bibtex pour enregistrer ses données

Outil gratuit et OpenSource (Licence GPL)

Cf. Fiche technique du Cemagref : http://ist.cemagref.fr/tutoriaux_de_gestion_bibliogr

aphique_article363.html



Principales fonctionnalités de JabRef Saisie des données dans les champs

existant dans BibTeX (Ajout possible des champs personnalisés, génération automatique des clés BibTeX, groupement des entrées, gestion partielle des autorités)

Fonctions de recherche Recherche par mots-clés Surlignage de certaines entrées Recherche par groupes / sous-groupes



Imports de données dans JabRef : Dans les formats suivants : BibTeXML,

Biblioscape, Biomail, CSA, INSPEC, ISI, JStor (tabulations), Medline, Ovid, REPEC (New Economic Paper), RIS, Refer/EndNote, Scifinder, SilverPlatter, Sixpack

Bases : Web of Science (ISI), ScienceDirect et EconLit (RIS), CAB, Francis (SilverPlatter), EndNote (RIS)

Option Fetch : recherche sur serveurs distants pour les bases Medline, CiteSeer



JabRef : Gestion du lien vers le texte intégral depuis la référence (pdf, ps, url, doi)

Export : html, BibTeXML, Harvard RTF, EndNote…

Citations : Liens vers éditeurs LaTeX Automatisation de l’attribution d’une étiquette

BibTeX de type AuteurDate (icône baguette magique)

Insertion de la référence à citer dans un fichier Latex par CTRL-K / CTRL-V {\citeToto2005}

Option « Push selection » to WinEdt (éditeur LateX)



Créer une base de

références

Import de données

Fonctions d’export

JabRef



Saisie manuelle

des données

JabRef



Choix du type de référence

JabRef



Saisie des données dans

les champs

JabRef



Quelques exemples : Bibushttp://bibus-biblio.sourceforge.net/wiki/index.php/Main_Page

Spécificités :

Gratuit (GNU GENERAL PUBLIC LICENSE) MultiOS avec quelques spécificités et plusieurs

développements à venir Connexion avec MsWord et OOo (sauf sous Mac

actuellement) Import/export avec format Endnote et Bibtex Manque un import en « texte » (tabulé) Orienté « Biomed » (connexion Pubmed et

EtBlast…)



Bibus



NDL : Notes de Lecture Qu’est-ce que NDL :

une base de données conçue pour faciliter les travaux d’études ou de recherche, avec 2 fonctionnalités principales : Enregistrement de références bibliographiques

d’ouvrages ou d’articles pour leur exploitation ultérieure

Production de fiches de lecture qui peuvent afficher des annotations sur les documents, des citations et des mots clés = originalité de NDL



NDL : Notes de Lecture (suite) Quelle est son origine :

Département de Lettres / Université Lyon 2 Contact : Anne-Marie Mortier

Quelles sont les conditions d’utilisation : Logiciel gratuit qui peut être librement adapté,

à condition de corriger la mention de version Disponible sous Windows, MacOS 9 et Mac OS X

Adresse de téléchargement : Le net des lettreshttp://sites.univ-lyon2.fr/lettres/ndl/about.html



NDL : Notes de Lecture (suite) Comment fonctionne-t-il :

Sous 2 formes : Une base de données FileMaker Pro Standard : elle

nécessite FileMaker Pro 6 = entièrement modifiable

Une application entièrement autonome (« runtime »), qui permet uniquement la modification des données

Téléchargement sous la forme d’un fichier compacté



NDL : Notes de Lecture (suite)Grandes fonctionnalités (cf. Anne-Marie

Mortier, Documentation de NDL) Utilisation d’une base de données pour

l’enregistrement de références bibliographiques et leur exploitation a posteriori

Exploitation parallèle de notes de lectures qui peuvent comporter des mots clés, des annotations personnelles et des citations

Fonctions de recherche dans n’importe quelle rubrique

Fonctions de tri des données



NDL : Notes de Lecture (suite) Impression avec choix de présentations et de classements

Exportation dans un fichier texte pour les traiter ensuite dans un autre logiciel

Jeu de préférences pour régler la mise en forme des documents imprimés et la syntaxe des bibliographies (méthode de référencement traditionnelle ou méthode « auteur-date » ou « 1er élément-date »)

Association de mots clés et de catégories aux références pour faciliter la recherche et mieux contrôler l’ordre des références lors des éditions



NDL : Notes de Lecture (suite)

Système de liens rattachant chaque article à sa revue et chaque note de lecture à l’article ou l’ouvrage annoté

Saisie une seule fois de la revue ou de l’ouvrage de rattachement, qui seront ensuite intégrés automatiquement à la saisie de chaque nouvelle référence bibliographique ou chaque note de lecture.



NDL : Notes de Lecture (suite) Fonctions de base :

Travail dans 4 fichiers : LIVRES = informations sur les ouvrages

(références, catégories, mots clés) ARTICLES = références des articles ou chapitres

(références, catégories, mots clés) NOTES = notes de lecture (annotations et mots

clés) PREFERENCES = préférences de l’utilisateur

notamment pour la syntaxe des références



NDL : Notes de Lecture (suite) Ouvrir une base

Icône Accueil (version standard) ou Notes de lecture (version runtime) pour ouvrir une base

Passer d’un fichier à l’autre Cliquer sur le nom des fichiers dans le menu

général / utiliser les icones placées en début des fichiers Livres, Articles et Notes

Choisir un modèle d’affichage des données : Fiche entière, Liste Réfs, Liste clés, Liste Mini



NDL : Notes de Lecture (suite) Saisir les données

Livres et périodiques dans le fichier Livres Champ type d’ouvrage (standard, périodique,

mémoire,non publié), obligatoire Code-livre = pour rattacher des articles ou des fiches

de lecture à l’ouvrage Rubriques de la références bibliographique (auteur

principal, auteurs secondaires, titre principal, titre & n° de volume, mention d’édition, dates, lieu d’édition & éditeur, collection& série, description matérielle, support, référence électronique, autres notes



NDL : Notes de Lecture (suite) Cas particulier d’un périodique : mention d’un

auteur assurant la coordination ou la responsabilité scientifique d’un n° = auteur secondaire

Le cas des mémoires : champ type de mémoire = type : discipline + date et lieu = date de soutenance et université de soutenance + directeur de mémoire = dans le champ notes

Rubriques personnelles : mots clés et catégories Ajouter un nouveau livre : menu Fichier >

Nouvelle fiche (affichage Fiche entière)



NDL : Notes de Lecture (suite) Les articles (fichier articles)

Le code livre = obligatoire Le code article La référence (champs nom, prénom, titre, pages

et dates de 1e parution et référence électronique) Mots clés et catégorie

Ajouter un article À partir de la fiche du livre (conseillé) Directement dans le fichier Articles



NDL : Notes de Lecture (suite) Les notes de lecture

Il faut avoir saisi l’article ou l’ouvrage auquel la note se rattache

Les rubriques d’une fiche Notes : code de la référence bibliographique liée, champ Notes, champ Extrait, champ Observations pratiques, rubrique automatique « modifié le »

Ajouter une nouvelle fiche Notes : à partir de la fiche du livre ou de l’article (menu Script > nouvelle fiche) ou directement dans le fichier Notes (menu Fiches > nouvelle fiche)



NDL : Notes de Lecture (suite) Trier les fiches

Commande Menu Fiches > Commande Trier Rechercher l’information

Requêtes prédéfinies : Scripts de recherche automatique accessibles par le menu Scripts de la barre de menus

Requêtes sur critères personnalisés Passer en mode recherche et saisir la requête Possibilité de requête exclusion



NDL : Notes de Lecture (suite) Requêtes multi-critères

ET : plusieurs critères dans la même fiche-requêteOU : critères dans des fiches-requêtes différentesSAUF : critères dans des fiches-requêtes différentes (avec fiche-requête exclusion)

Opérateurs de comparaison et opérateurs doublons Recherche de rubriques vides ou pleines Recherche de chaînes de caractères (troncature, mot

exact, expression)



NDL : Notes de Lecture (suite) Imprimer ou prévisualiser

Une bibliographie les notes de lecture

Exporter les données Exporter une bibliographie

Sélectionner les éléments souhaités + menu Scripts > Exporter la bibliographie



NDL : Notes de Lecture (suite)

Exporter des notes de lecture ou leur bibliographie Menu Scripts > commande Exporter > export des notes

ou export de la bibliographie des notes + format (tabulations) +ouvrir le traitement de texte et convertir le fichier texte au format « naturel » de l’application

Formater automatiquement les titres d’œuvres (activation des balises de style lors de l’export)

Remplacement des fins de ligne par des fins de paragraphe



Quelques exemples : Hot Reference Qu’est-ce que Hot Reference ?

Base de données bibliographique partageable

Outil gratuit, disponible en ligne à partir de son site web

Outil développé par Leandro Farias Estrozi

Adresse : http://www.hotreference.com//login.php



Fonctionnalités principales de Hot Reference Organiser les bibliographies en catégories Attacher des fichiers postscript, pdf, doc aux

documents Élaborer des bibliographies annotées avec des

commentaires personnels Autoriser d’autres utilisateurs, sélectionnés et

enregistrés, à accéder aux bibliographies personnelles et à les commenter



Fonctionnalités principales de Hot Reference

Formater automatiquement les bibliographies selon différents formats standards

Importer des fichiers issus du Web of Science (ISI), de PubMed (NLM) et de Bibtex (Latex)

Exporter des fichiers Bibtex de bibliographies



Quelques exemples : RefWorks Qu’est-ce que RefWorks ?

Logiciel de gestion de références bibliographiques, édité par la société CSA (Cambridge Scientific Abstracts)

Produit commercial Logiciel en ligne, accessible sur Internet,

par identification Adresse : http://www.refworks.com



Principales fonctionnalités de RefWorks Fonctions de base :

Créer sa base de données Par saisie manuelle Par import (PubMed, bases CSA, SUDOC, etc)

Organiser et gérer ses références grâce à des dossiers

Faire des recherches dans la base de données Générer une bibliographie avec un style défini Insérer des références dans un papier Exporter, partager ses références bibliographiques



Créer son compte

Se connecter

Compte établissement



Import direct dans RefWorks à partir des interfaces des bases de

données le permettant Bouton d’import direct sous RefWorks

Ex : ScienceDirect

Import d’un fichier de résultats Sauvegarde des résultats sous la forme d’un

fichier .txt Import sous Refworks via le filtre approprié



Importer à partir de Word dans RefWorks Utiliser les codes de champ RefWorks devant chaque

type de données (auteur, titre, type de référence) RT = Reference Type A1 = Primary Authors T1 = Primary Title …

Placer chaque type de donnée sur une ligne Champ RT en début Enregistrer au format .txt Importer les références avec le filtre « RefWorks

Tagged Format »



Pour modifier un style dans RefWorks « Éditer » le style à partir de la fenêtre

Bibliographie Bibliographie Citations dans le texte Notes de bas de page

2 composantes : Paramétrages = paramétrages globaux Format = choix, ordre des champs, ponctuation,

espaces, casse, pour chacun des 3 types de formatage et pour chaque type de référence



Le module Write-N-Cite de RefWorks permet : de sélectionner des références dans la base

RerfWorks d’intégrer les citations de ces références

dans un texte de générer la bibliographie correspondante

en fin de texte

Ce module doit être installé préalablement sur le poste



Quelques exemples : Bibliopera(http://bibliopera.mom.fr/)

Application Open Source (sous licence GPL) À la frontière entre les logiciels de gestion

d’informations bibliographiques et des logiciels de gestion de bibliothèque

Présentation de l’information paramétrable (feuilles de style XSL : MLA…)

Possibilité d’indexation hiérarchique ou par mots-clés Gestion étendue de listes d’autorité Annotations sur les notices bibliographiques Import de références : catalogues de bibliothèques

(norme Z3950), PubliCNRS, base bibliographique du CNRS

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