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1 Projet ANRS 12134 et dynamique de la résistance aux ARV :

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Projet ANRS 12134 et dynamique de la résistance

aux ARV :

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Problématique

• Les échecs thérapeutiques liés à la résistance aux ARV

• La circulation et transmission des souches résistantes– Phénomène alarmant dans certains pays du nord

• Prévalences > 10% (Lapadula, 2008, Vercauteren et al., 2008 en

Belgique).

– Pays du sud à faible revenus, prévalences variables selon les

régions :

• 2,3% en zone rural au Burkina Faso (Tebit et coll., 2006) vs 8%

dans les grandes villes (Vergne et coll., 2006)

• Plus de 10% au Nigéria (Ojesina et coll., 2006)

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Problématique

• Au Sénégal

– ARV introduits en 1998, gratuits en fin 2003

– Chez patients sous HAART

• Survenue de mutations de résistance comparable à celle

des pays du nord ANRS : 12% dans ANRS 1215/1290

(Laurent et coll., 2005)

• Pas de données dans ISAARV

– Peu de données sur la circulation de souches

résistantes dans la population

• Résultats de l’observatoire des résistances (ANRS 1257

en 2003-2005)

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Objectifs

• Documenter la circulation de souches résistantes

(présence de mutations de résistance)

- Patients sénégalais VIH positif,

- non traités, immunocompétents

• Étudier le polymorphisme au niveau de la protéase et

de la transcriptase inverse

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Méthodologie

• Echantillonnage

– 2003-2005 : Projet ANRS 1257

• 56 patients VIH-1 recrutés au CTA de Fann

(Dakar)

• Critères d’inclusion

– Naïfs de tout traitement ARV

– LT CD4/mm3, supérieur ou égal à 350

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Méthodologie

• Echantillonnage

– 2007-2008 : Projet ANRS 12134

• 48 patients VIH-1 ont été recrutés au CTA et à

Roi Baudouin (Dakar)

• Critères d’inclusion– Sujets naïfs de tout traitement ARV

– Jeune > 25 ans et/ou LT CD4/mm3 > = 500 cell/mm3

– Délai de recrutement long (8 mois) car faible

prévalence du VIH

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Méthodologie

• A partir du plasma– 2003- 2005 : technique IRD

• RT-PCR et amplification par RT PCR nichée d’un fragment de 1850 pb couvrant la totalité de la protéase et les 440 premiers AA de la RT

– 2007-2008 : technique ANRS• RT-PCR séparée des 2 fragments de protéase

et les 320 AA de la TI

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Méthodologie

• Analyse des séquences avec algorithmes de

résistance

– HIV Stanford DB (v4.1.7)

– ANRS V2006.7

• Les majeures et les mutations mineures

associées à une résistance aux ARV ont été

recherchées

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Méthodologie• Identification des sous-types/CRF

– alignement Clustal X avec des sous-types et recombinants de VIH

• Analyse phylogénétique – méthode du neighbour-joining.

• Recherche de recombinants – si fragments > 1000 pb

– analyses de similarité et de bootscan sur Simplot

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Caractéristiques globales

• Date de la première séropositivité

(n=46)

– 3 avant 2003

– 10 entre 2003 à 2005

– 33 après 2006

2007-2008

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Caractéristiques globales

Caractéristiques Nombre

Sexe Femmes 42 (87,5%)

Hommes 6 (12,5%)

Age médian 30,5 ans (20-59)

Médiane LTCD4(Cellules/mm3)

639,5 (214-1673)

Médiane charge virale (n=43)

4,1log copies/ml (2,1-5,6)

2003-2005 2007-2008

Caractéristiques Nombre

Sexe Femmes 45 (80,3%)

Hommes 11 (19,6%)

Age médian (n=49) 35 ans (20-53)

Médiane LTCD4(Cellules/mm3)

519 (350-814)

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Caractéristiques globales

Centre de recrutement 2007-2008

Nombre depatients

%

CTA du CHNU de Fann 25 52,1%

CRCF Fann 14 29,2%

Hopital Roi Baudouin de Guédiawaye

09 18,7%

TOTAL 48 100%

2007-2008

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Caractéristiques globales

Intervalle du taux de CD4

Nombre %

350<CD4 < 500 23 41

500 < CD4 < 750 31 55,4

CD4 > 750 2 3,6

TOTAL 56 100%

Intervalle du taux de CD4

Nombre %

CD4 < 500 5 11,1

500 < CD4 < 750 24 53,3

CD4 > 750 16 35,6

TOTAL 45 100

2003-2005 2007-2008

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Caractéristiques globales

Charge virale plasmatique

Fréquence pourcentage

CV < 5000 12 27,9%

Log 3,7 < CV < 4 log 8 18,6%

CV > 4 log 23 53,5%

TOTAL 43 100%

2007-2008

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Analyse phylogénétique

• Prédominance CRF02_AG n=39 (69%)

• Présence de nombreux variants : – A (n=1), A3 (n=1), B (n=3), C (n=2), D’

(n=1) – CRF06 (n=2) – Recombinants uniques n= 6

• CFR02/A3 (n=4), F/U (n=1), G/U/G (n=1)

2003-2005

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16CPZ_GAB

94

100

100

100

68

68

90

100

100100

80100

100

90

100

75100

74

82

100

100

99

98

92

89

89

10086

79

165

88

84

100

85

59

74

38

92

40

100

95

0.02

CRF02

GCRF06

A3

DD’B

F1/F2

C

A2CRF01

A

KLH

CRF13CRF11J

2003-2005

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Analyse phylogénétique

SOUS-TYPES N  %

CRF02_AG 25  53

U/CRF02 4 8

CRF09/CRF02 3 6,3 

CRF02/A3 1 2,1

CRF36/CRF02 2 4,2 

U/CRF37 1  2,1

CRF11 2 4,2

TOTAL 38 80

• Prédominance CRF02_AG n=25 (53%)

• Présence de nombreux variants : – A3 (n=1), B (n=1), DD’ (n=2),

C (n=6 soit 12,5%) – CRF11 (n=2) – Recombinants uniques

• CFR02/X (n=10 soit 21%), • U/CRF37 (n=1)

2007-2008

Recombinants

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79

63

757868

90

92 788772

9069

87

8972

9285

93

94

6382

79

85

90

0.02

CRF02_AG

CRF37_cpx

F1

CRF36_cpx

CR06_cpx

CRF09_cpx

CRF01_AE

A3

K

D

B

F2

C

H

CRF11_cpx

JCPZ

G

A1

Gène Protéase

CPZ.GA.88.GAB1

76 69

79

976047

92

79

96

1008094

91 71

9495

9592

77849291

97

78

667

1

80

100

83

98

97

69

0.02

CRF02_AG

CRF36_cpx

GCRF06_cpx

CRF37_cpx

A3

CRF01_AEA1

F

D

BK

CRF09_cpxH

J

CRF11_cpxCRF13_cpx

C

Gène RT

2007-2008

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MutationsClasse ARV

Nombre de souches

ANRS v2006.7

HIV db (v4.2.6)

K283KN INNTI 1 (CRF02) - DLV, NVP = I

EFV

2003-2005

Nombre de souches

Mutations PROTANRS

(v2006.7)

HIV db (4.2.6 Déc

2006)

1 K20I, I62V, G73S  SQV/RTV =

I S

2L10V, I15V, K20I/R

SQV/RTV = I S

Résistance aux ARV

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Résistance aux ARV

Mutations deRésistanceGène RT

ClassARV 

N Algorithmes d’interprétation

HIVDB ANRS REGA

T215ST INTI 1 I (D4T, AZT) I (D4T, ZDV)

S

G190E INNTI 1 R (EFV, NVP)I (DLV, ETR)

R (EFV, NVP)

R (DLV, EFV, NVP)

K103EK INNTI 1 I (DLV, NVP) S S

2007-2008

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Discussion

• ARV réduit morbidité and mortalité des PvVIH mais développement de résistance problème réel

• Fréquence de résistance aux Nucs : 3TC et/ou aux Non Nucs +++ Transmission de virus résistants

• Similarité résultats Mutations Majeures :

• Toni al 2007 (Abidjan Cote d’Ivoire)

• Derache et al 2007 (Bamako Mali)

• Ndembi et al 2007 (Yaoundé)

– Discordance entre algorithmes

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Conclusion

• Circulation faible de virus résistants

• Augmentation de leur fréquence

• Discordances entre algorithmes pour les

non B

– Nécessité de surveiller la circulation de

virus résistants Stratégies de 1ère ligne

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Equipes participantes

• Sénégal– Hôpital le DantecHôpital le Dantec

• Toure-Kane Coumba, Diop Ndiaye Halimatou,,,, Mboup Souleymane– Hôpital Fann Hôpital Fann Ngom Gueye Ndeye,,,,,,,,, Sow Papa Salif

Dieng Alé Baba, Diouf Assane ,,,,,,,,,Cilote Vanina

• FranceFrance– Laboratoire Retrovirus, Laboratoire Retrovirus, UMR 145 UMR 145 – Ayouba o Etard Jean François, Butel Christelle

Peeters Martine ,,,,,,Delaporte Eric

– Groupe ANRS 12134 (Sénégal et France)