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Projet ANRS 12134 et dynamique de la résistance
aux ARV :
2
Problématique
• Les échecs thérapeutiques liés à la résistance aux ARV
• La circulation et transmission des souches résistantes– Phénomène alarmant dans certains pays du nord
• Prévalences > 10% (Lapadula, 2008, Vercauteren et al., 2008 en
Belgique).
– Pays du sud à faible revenus, prévalences variables selon les
régions :
• 2,3% en zone rural au Burkina Faso (Tebit et coll., 2006) vs 8%
dans les grandes villes (Vergne et coll., 2006)
• Plus de 10% au Nigéria (Ojesina et coll., 2006)
3
Problématique
• Au Sénégal
– ARV introduits en 1998, gratuits en fin 2003
– Chez patients sous HAART
• Survenue de mutations de résistance comparable à celle
des pays du nord ANRS : 12% dans ANRS 1215/1290
(Laurent et coll., 2005)
• Pas de données dans ISAARV
– Peu de données sur la circulation de souches
résistantes dans la population
• Résultats de l’observatoire des résistances (ANRS 1257
en 2003-2005)
4
Objectifs
• Documenter la circulation de souches résistantes
(présence de mutations de résistance)
- Patients sénégalais VIH positif,
- non traités, immunocompétents
• Étudier le polymorphisme au niveau de la protéase et
de la transcriptase inverse
5
Méthodologie
• Echantillonnage
– 2003-2005 : Projet ANRS 1257
• 56 patients VIH-1 recrutés au CTA de Fann
(Dakar)
• Critères d’inclusion
– Naïfs de tout traitement ARV
– LT CD4/mm3, supérieur ou égal à 350
6
Méthodologie
• Echantillonnage
– 2007-2008 : Projet ANRS 12134
• 48 patients VIH-1 ont été recrutés au CTA et à
Roi Baudouin (Dakar)
• Critères d’inclusion– Sujets naïfs de tout traitement ARV
– Jeune > 25 ans et/ou LT CD4/mm3 > = 500 cell/mm3
– Délai de recrutement long (8 mois) car faible
prévalence du VIH
7
Méthodologie
• A partir du plasma– 2003- 2005 : technique IRD
• RT-PCR et amplification par RT PCR nichée d’un fragment de 1850 pb couvrant la totalité de la protéase et les 440 premiers AA de la RT
– 2007-2008 : technique ANRS• RT-PCR séparée des 2 fragments de protéase
et les 320 AA de la TI
8
Méthodologie
• Analyse des séquences avec algorithmes de
résistance
– HIV Stanford DB (v4.1.7)
– ANRS V2006.7
• Les majeures et les mutations mineures
associées à une résistance aux ARV ont été
recherchées
9
Méthodologie• Identification des sous-types/CRF
– alignement Clustal X avec des sous-types et recombinants de VIH
• Analyse phylogénétique – méthode du neighbour-joining.
• Recherche de recombinants – si fragments > 1000 pb
– analyses de similarité et de bootscan sur Simplot
10
Caractéristiques globales
• Date de la première séropositivité
(n=46)
– 3 avant 2003
– 10 entre 2003 à 2005
– 33 après 2006
2007-2008
11
Caractéristiques globales
Caractéristiques Nombre
Sexe Femmes 42 (87,5%)
Hommes 6 (12,5%)
Age médian 30,5 ans (20-59)
Médiane LTCD4(Cellules/mm3)
639,5 (214-1673)
Médiane charge virale (n=43)
4,1log copies/ml (2,1-5,6)
2003-2005 2007-2008
Caractéristiques Nombre
Sexe Femmes 45 (80,3%)
Hommes 11 (19,6%)
Age médian (n=49) 35 ans (20-53)
Médiane LTCD4(Cellules/mm3)
519 (350-814)
12
Caractéristiques globales
Centre de recrutement 2007-2008
Nombre depatients
%
CTA du CHNU de Fann 25 52,1%
CRCF Fann 14 29,2%
Hopital Roi Baudouin de Guédiawaye
09 18,7%
TOTAL 48 100%
2007-2008
13
Caractéristiques globales
Intervalle du taux de CD4
Nombre %
350<CD4 < 500 23 41
500 < CD4 < 750 31 55,4
CD4 > 750 2 3,6
TOTAL 56 100%
Intervalle du taux de CD4
Nombre %
CD4 < 500 5 11,1
500 < CD4 < 750 24 53,3
CD4 > 750 16 35,6
TOTAL 45 100
2003-2005 2007-2008
14
Caractéristiques globales
Charge virale plasmatique
Fréquence pourcentage
CV < 5000 12 27,9%
Log 3,7 < CV < 4 log 8 18,6%
CV > 4 log 23 53,5%
TOTAL 43 100%
2007-2008
15
Analyse phylogénétique
• Prédominance CRF02_AG n=39 (69%)
• Présence de nombreux variants : – A (n=1), A3 (n=1), B (n=3), C (n=2), D’
(n=1) – CRF06 (n=2) – Recombinants uniques n= 6
• CFR02/A3 (n=4), F/U (n=1), G/U/G (n=1)
2003-2005
16CPZ_GAB
94
100
100
100
68
68
90
100
100100
80100
100
90
100
75100
74
82
100
100
99
98
92
89
89
10086
79
165
88
84
100
85
59
74
38
92
40
100
95
0.02
CRF02
GCRF06
A3
DD’B
F1/F2
C
A2CRF01
A
KLH
CRF13CRF11J
2003-2005
17
Analyse phylogénétique
SOUS-TYPES N %
CRF02_AG 25 53
U/CRF02 4 8
CRF09/CRF02 3 6,3
CRF02/A3 1 2,1
CRF36/CRF02 2 4,2
U/CRF37 1 2,1
CRF11 2 4,2
TOTAL 38 80
• Prédominance CRF02_AG n=25 (53%)
• Présence de nombreux variants : – A3 (n=1), B (n=1), DD’ (n=2),
C (n=6 soit 12,5%) – CRF11 (n=2) – Recombinants uniques
• CFR02/X (n=10 soit 21%), • U/CRF37 (n=1)
2007-2008
Recombinants
18
79
63
757868
90
92 788772
9069
87
8972
9285
93
94
6382
79
85
90
0.02
CRF02_AG
CRF37_cpx
F1
CRF36_cpx
CR06_cpx
CRF09_cpx
CRF01_AE
A3
K
D
B
F2
C
H
CRF11_cpx
JCPZ
G
A1
Gène Protéase
CPZ.GA.88.GAB1
76 69
79
976047
92
79
96
1008094
91 71
9495
9592
77849291
97
78
667
1
80
100
83
98
97
69
0.02
CRF02_AG
CRF36_cpx
GCRF06_cpx
CRF37_cpx
A3
CRF01_AEA1
F
D
BK
CRF09_cpxH
J
CRF11_cpxCRF13_cpx
C
Gène RT
2007-2008
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MutationsClasse ARV
Nombre de souches
ANRS v2006.7
HIV db (v4.2.6)
K283KN INNTI 1 (CRF02) - DLV, NVP = I
EFV
2003-2005
Nombre de souches
Mutations PROTANRS
(v2006.7)
HIV db (4.2.6 Déc
2006)
1 K20I, I62V, G73S SQV/RTV =
I S
2L10V, I15V, K20I/R
SQV/RTV = I S
Résistance aux ARV
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Résistance aux ARV
Mutations deRésistanceGène RT
ClassARV
N Algorithmes d’interprétation
HIVDB ANRS REGA
T215ST INTI 1 I (D4T, AZT) I (D4T, ZDV)
S
G190E INNTI 1 R (EFV, NVP)I (DLV, ETR)
R (EFV, NVP)
R (DLV, EFV, NVP)
K103EK INNTI 1 I (DLV, NVP) S S
2007-2008
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Discussion
• ARV réduit morbidité and mortalité des PvVIH mais développement de résistance problème réel
• Fréquence de résistance aux Nucs : 3TC et/ou aux Non Nucs +++ Transmission de virus résistants
• Similarité résultats Mutations Majeures :
• Toni al 2007 (Abidjan Cote d’Ivoire)
• Derache et al 2007 (Bamako Mali)
• Ndembi et al 2007 (Yaoundé)
– Discordance entre algorithmes
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Conclusion
• Circulation faible de virus résistants
• Augmentation de leur fréquence
• Discordances entre algorithmes pour les
non B
– Nécessité de surveiller la circulation de
virus résistants Stratégies de 1ère ligne
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Equipes participantes
• Sénégal– Hôpital le DantecHôpital le Dantec
• Toure-Kane Coumba, Diop Ndiaye Halimatou,,,, Mboup Souleymane– Hôpital Fann Hôpital Fann Ngom Gueye Ndeye,,,,,,,,, Sow Papa Salif
Dieng Alé Baba, Diouf Assane ,,,,,,,,,Cilote Vanina
• FranceFrance– Laboratoire Retrovirus, Laboratoire Retrovirus, UMR 145 UMR 145 – Ayouba o Etard Jean François, Butel Christelle
Peeters Martine ,,,,,,Delaporte Eric
– Groupe ANRS 12134 (Sénégal et France)