Titre

Attribution des sources des maladies

infectieuses d’origine alimentaire :

Méthodes et applications

GT« Attribution des sources de maladies infectieuses d’origine alimentaire »

Membres : L Watier, JC Augustin, F Carlin, J David, P Fravalo, L Guillier, N Jourdan-Da Silva,

A Leclercq, S Le Hello, L Mughini-Gras, N Pavio, I Villena

Agents Anses : P Kooh, A Thébault, D Cuzzucoli, F Audiat-Perrin, N Arnich, M Sanaa

Définitions

Attribution des sources de maladies infectieuses transmissibles

par les aliments � Déterminer la proportion des cas directement attribuable à

l’alimentation

� Quantifier la part relative de différentes sources au fardeau des

maladies infectieuse transmissibles par les aliments

Sources� Réservoirs : humain, animal ou environnemental

� Véhicules : aliments, environnement (ex : eaux récréatives)

Pourquoi faire de l’attribution de sources ?

� Quels sont les principaux réservoirs animaux de l’agent pathogène ?

� Quels sont les principaux aliments responsables de maladies ?

� Quelles sont les principales voies de transmission de l’agent pathogène

(alimentaire, environnementale, interhumaine, contact avec les

animaux) ?

� Quelle est la part des maladies associée aux différentes pratiques mises

en œuvre tout au long de la chaîne alimentaire (transformation,

distribution, consommation) ?

Abattage Véhicule

Eg viande au détailConsommation InfectionRéservoir

Eg élevage

Cas sporadiques

TIAC/épidémie

Données nécessaires

Cas humains� Données d’investigation de cas

épidémiques ou sporadiques

� Collection de souches

Sources� Prévalence et fréquence de

contamination

� Collection de souches

Consommation� Fréquence et mode de consommation

Pathogène� Caractéristiques physiologiques

� Infectiosité

Principales approches décrites dans la littérature

Approches épidémiologiques � Etudes épidémiologiques sur des cas sporadiques

� Investigation d’épidémies

Approches fondées sur des données de typage microbiologique� Modèles de comparaison de fréquence

� Modèles fondés sur la génétique des populations

Appréciation quantitative de l’exposition ou du risque (AQE/AQR)

Elicitation des connaissances des experts

Approches épidémiologiques

Enquêtes sur cas sporadiques (enquêtes cas-témoins)� Comparaison de la fréquence d’exposition entre des cas et des témoins

� Identification de facteurs de risque (aliments, pratiques)

→ quantification de l’importance relative des sources

� Limites : Biais de sélection, de mémorisation, de confusion, etc.

Investigation d’épidémies� Attribution sur la base du nombre d’épidémies causées par chaque

catégorie d’aliments

� Identification des voies de transmission, des véhicules ou pratiques

→ hiérarchisation des sources

� Limites : Niveau de preuve lien cas/aliment insuffisant, surreprésentation de

certaines épidémies (nb malade important, type bactérien rare), etc.

Légumes semés

(comme les tomates),

œufs, poulet, autres

produits, porc, bœuf et

fruits.

Approches fondées sur des données de typage

microbiologique

Principe

Comparer la répartition des types microbiens issus de cas humains et des sources

→ quantification de l’importance relative des réservoirs

Prérequis

� Collections de souches (cas humains et sources)

� Méthodes de typage standardisées, harmonisées et discriminantes

� Répartition hétérogène des types parmi les sources

Limites

Robustesse des modèles, nombre de sources surveillées, etc.

Modèles de comparaison de fréquence

� Attribution des cas humains en fonction de la

fréquence des types dans les sources

� Prise en compte de l’exposition, capacité des

sources/types à provoquer l’infection

Modèles fondés sur la génétique des populations

� Attribution des cas humains fondée sur la proximité

génétique entre souches issues de cas humains et

celles issues des sources

� Pas de prise en compte de l’exposition

† : Norha et al. Molecular Epidemiology of Campylobacter coli Strains Isolated from Different Sources in New Zealand between 2005 and 2014. Appl Environ Microbiol 82:4363–4370.

C. coli†

Poules

Bovins

Environnement

Appréciation quantitative de l’exposition ou du risque

(AQE/AQR)

� Evaluation de l’exposition / risque des

consommateurs à un agent pathogène à

partir de sources connues

→ hiérarchisa/on voire quan/fica/on de

l’importance relative des véhicules et

des voies de transmission

� Limites : Complexité des modèles, quantité

importante de données requises

(contamination des sources,

caractéristiques physiologiques du

pathogène, pratiques des consommateurs,

dose/réponse, etc.), forte incertitude

† : Quantitative Assessment of the Relative Risk to Public Health from Foodborne Listeria monocytogenes Among Selected Categories of Ready-to-Eat Foods. USDA, September 2003

†

Elicitation des connaissances des experts

� En cas d’absence de données

directes/structurées, recueil structuré

des connaissances d’expert

→ identification, hiérarchisation voire

quantification de l’importance relative

de sources

� Limites : Biais de sélection des experts,

biais d’information lié au support

transmis à l’expert, biais lors de

l’agrégation, etc.

Estimation de la part des infections attribuable à la voie

alimentaire (hors eau) dans différentes études

nationales et internationales (Extrait)†

† : Attribution des sources des maladies infectieuses d’origine alimentaire, Partie 1. Revue des méthodes et inventaire des données. Avis Anses, 2017

Conclusion

L’attribution des sources des maladies infectieuses d’origine alimentaire permet :

� d’identifier et de hiérarchiser les sources d’importance pour la santé publique

� d’orienter les actions de surveillance et de contrôle

Mais, nécessite

� quantité importante de données de surveillance des maladies et des dangers

transmissibles par l’alimentation

� diversité et représentativité des sources surveillées → point essentiel pour

pertinence des résultats

� harmonisation et standardisation des méthodes de typage microbiologique

ainsi que le développement d’un protocole standardisé d’échange

� développement de travaux méthodologiques pour améliorer la robustesse des

résultats des modèles

GT « Attribution des sources des maladies infectieuses d’origine

alimentaire en France »

1er Rapport (juin 2017)

� Revue des méthodes d’attribution

� Inventaire des données de surveillance disponibles pour 16

dangers (bactéries, virus et parasites)

� Recommandations de méthodes et d’acquisition des données

pour la réalisation d’études d’attribution de sources en France

2e Rapport (délai : septembre 2018)

Analyse des données épidémiologiques

� Identification et hiérarchisation des aliments à l’origine

d’épidémies alimentaires en France (2006-2015)

� Identification des principaux facteurs de risques d’infections

sporadiques (méta-analyse des études cas-témoins)

Merci de votre

attention