9 nov. 2011 Marc Binard -Master Océano 2011 Développement d'une base de données océanographiques pour répondre aux besoins du projet RACE : Rapid Assessment

9 nov. 20119 nov. 2011Marc Binard -Master Océano 2011Marc Binard -Master Océano 2011

Développement d'une Développement d'une base de données base de données

océanographiques pour océanographiques pour répondre aux besoins du répondre aux besoins du

projet RACE :projet RACE :

RRapid apid AAssessment of the marine ssessment of the marine CCoastal oastal EEnvironmentnvironment


Développement d'une base de données Développement d'une base de données océanographiques pour répondre aux besoins du océanographiques pour répondre aux besoins du

projet RACEprojet RACE : : Rapid Assessment of the marine Coastal Rapid Assessment of the marine Coastal EnvironmentEnvironment

• Présence de l’ULg à Calvi depuis Présence de l’ULg à Calvi depuis le début de années 1970;le début de années 1970;

STSTAtion de Ation de REREcherches cherches SSous-marines et ous-marines et OOcéanographiquescéanographiques


Développement d'une base de données Développement d'une base de données océanographiques pour répondre aux besoins du océanographiques pour répondre aux besoins du

projet RACEprojet RACE : : Rapid Assessment of the marine Coastal Rapid Assessment of the marine Coastal EnvironmentEnvironment

• IntroductionIntroduction• Présentation des tables fondamentalesPrésentation des tables fondamentales• État des collectionsÉtat des collections• Exemples de requêtes et d’exportationExemples de requêtes et d’exportation• Exemple d’exploitationExemple d’exploitation•ConclusionsConclusions

9 nov. 20119 nov. 2011 Marc Binard -Master Océano 2011Marc Binard -Master Océano 2011

IntroductionIntroduction Collecte des données:Collecte des données:

• Beaucoup de producteurs;Beaucoup de producteurs;• Les formats évoluent, souvent les Les formats évoluent, souvent les

données originales ne sont plus données originales ne sont plus disponibles;disponibles;

• Les paramètres, les fréquences et les Les paramètres, les fréquences et les instruments changent au cours de temps.instruments changent au cours de temps.

L’utilisateur ne doit plus se soucier des L’utilisateur ne doit plus se soucier des ces problèmes mais il doit garder un ces problèmes mais il doit garder un maximum d’information sur chaque maximum d’information sur chaque mesure mesure


Présentation des tables Présentation des tables fondamentalesfondamentales

http://139.165.44.38/index.phpDonnées;Données; Stations.Stations.

Données des profiles CTD;Données des profiles CTD;


Tables fondamentalesTables fondamentales Timeseries Timeseries (465)(465)

• Identifiant uniqueIdentifiant unique;;• Distance par rapport au fond;Distance par rapport au fond;• Profondeur;Profondeur;• Début et fin de période;Début et fin de période;• Intervalle entre deux mesures;Intervalle entre deux mesures;• Code station;Code station;• Code scientifique;Code scientifique;


Tables fondamentalesTables fondamentales Profil (Profile CTD) Profil (Profile CTD) (267)(267)

• Identifiant uniqueIdentifiant unique;;• Manière dont le sondage est obtenu Manière dont le sondage est obtenu

tous les mètres;tous les mètres;• Date et heure de mesure;Date et heure de mesure;• Identifiant de la sonde;Identifiant de la sonde;• Code campagne;Code campagne;• Code station;Code station;• Code scientifique.Code scientifique.


Tables fondamentalesTables fondamentales Sample Sample (échantillon) (échantillon) (1407)(1407)

• Identifiant uniqueIdentifiant unique;;• Distance entre le fond et l’échantillon;Distance entre le fond et l’échantillon;• Profondeur;Profondeur;• Date et heure;Date et heure;• Code campagne;Code campagne;• Code scientifique;Code scientifique;• Code espèce;Code espèce;• Code station.Code station.


Tables fondamentalesTables fondamentales Data (Data (Données) Données) (5 176 311)(5 176 311)

• Identifiant uniqueIdentifiant unique;;• Date et heure;Date et heure;• Code échantillon ou code « timeserie »;Code échantillon ou code « timeserie »;• Paramètre mesuré;Paramètre mesuré;• Code scientifique;Code scientifique;• Code instrument de mesure;Code instrument de mesure;• Mesure;Mesure;• Numéro d’expérience.Numéro d’expérience.


Tables fondamentalesTables fondamentales Profdata Profdata (Données des profiles) (Données des profiles) (44 (44

253)253)

• Identifiant uniqueIdentifiant unique;;• Valeur mesurée;Valeur mesurée;• Profondeur;Profondeur;• Identifiant du profile;Identifiant du profile;• Paramètre mesuré.Paramètre mesuré.


État des collectionsÉtat des collections• La priorité a été donnée aux mesures La priorité a été donnée aux mesures « physiques » afin de tester les temps « physiques » afin de tester les temps de réponse de la base.de réponse de la base.• Les mesures « biologiques » contenues Les mesures « biologiques » contenues dans une base de données dans une base de données AccessAccess préexistante ont été importées. préexistante ont été importées. Les Les autres données ont été importées autres données ont été importées notamment via un formulaire développé notamment via un formulaire développé sur une page web.sur une page web.http://139.165.44.38/


État des collectionsÉtat des collections Il y a :Il y a :

• 112 112 campagnescampagnes (1988-2011); (1988-2011);• 267 267 CTDCTD mesurés depuis 1995 (26 320 mesurés depuis 1995 (26 320

mesures);mesures);• 465 « 465 « timesriestimesries » (1981-2011) au mât » (1981-2011) au mât

météo, minilog, etc. (5 176 311 météo, minilog, etc. (5 176 311 mesures);mesures);

• 1407 1407 échantillonséchantillons (1979-2009); (1979-2009);• 132 132 stationsstations;;• 134 134 paramètresparamètres de mesure; de mesure;• 20 20 instrumentsinstruments de mesure. de mesure.


État des collectionsÉtat des collections


État des collectionsÉtat des collections

Ces deux tableaux ont été obtenus Ces deux tableaux ont été obtenus en 10 secondesen 10 secondes par la requête: par la requête:SelectSelect tssta_codesta,dataparam_codeparam,count(datavalue), tssta_codesta,dataparam_codeparam,count(datavalue), Min(daytime), Max(daytime),Min(datavalue),Max(Datavalue)Min(daytime), Max(daytime),Min(datavalue),Max(Datavalue)fromfrom timeseries INNER JOIN data ON timeseries.codeds = timeseries INNER JOIN data ON timeseries.codeds = data.dasa_codeds data.dasa_codeds group bygroup by tssta_codesta, dataparam_codeparam tssta_codesta, dataparam_codeparamorderorder by tssta_codesta, dataparam_codeparam; by tssta_codesta, dataparam_codeparam;


Exemples de requêtes et Exemples de requêtes et d’exportationd’exportation

PostgreSQL permet beaucoup plus PostgreSQL permet beaucoup plus qu’Access: qu’Access:

• Véritable langage SQL;Véritable langage SQL;• Prise en charge de la gestion Prise en charge de la gestion

spatiale (Spatial PostgreSQL);spatiale (Spatial PostgreSQL);• Outil de gestion et Outil de gestion et

d’interrogation à distance d’interrogation à distance (pgAdmin);(pgAdmin);


Requêtes et exportationRequêtes et exportation Ouvrir pgAdmin et exécuter:Ouvrir pgAdmin et exécuter:

• select * from measuringdevice;select * from measuringdevice;• select codemeas, select codemeas, description,description,model from measuringdevice;model from measuringdevice;• select codemeas,description,model from measuringdevice select codemeas,description,model from measuringdevice

where("description"='sonde CTD');where("description"='sonde CTD');• select min(codemeas),max(codemeas),count(codemeas) select min(codemeas),max(codemeas),count(codemeas)

from measuringdevice;from measuringdevice;• Select Select

"daytime","profsta_codesta","depth","prdataparam_codepa"daytime","profsta_codesta","depth","prdataparam_codeparam","datavalue" ram","datavalue" from profil INNER JOIN profdata ON profil.codeprofil = from profil INNER JOIN profdata ON profil.codeprofil = profdata.prda_codeprofilprofdata.prda_codeprofilwhere ("depth" ='3') and ("prdataparam_codeparam" where ("depth" ='3') and ("prdataparam_codeparam" ='watertemp') and ("daytime"='1995-06-06')ORDER BY ='watertemp') and ("daytime"='1995-06-06')ORDER BY "profsta_codesta";"profsta_codesta";


Exemples d’exploitationExemples d’exploitation• Estimation de la température en TH_08 Estimation de la température en TH_08 sur base des mesures effectuées en T1 sur base des mesures effectuées en T1 pour le calcul des flux de chaleurpour le calcul des flux de chaleur• Estimation des conditions de vent au Estimation des conditions de vent au mât météo sur base des valeurs mât météo sur base des valeurs mesurées à l’aéroport pour le forçage mesurées à l’aéroport pour le forçage du modèle hydrodynamiquedu modèle hydrodynamique• Validation des modèlesValidation des modèles


1818

Exemples d’exploitationExemples d’exploitationEstimation de la température en TH_08 sur base des mesures effectuées en T1 pour le calcul des flux de chaleur


1919

Exemples d’exploitationExemples d’exploitationEstimation de la température en TH_08 sur base des mesures effectuées en T1 pour le calcul des flux de chaleur


ConclusionsConclusions• La base de données RACE garantit la La base de données RACE garantit la pérennité des mesures;pérennité des mesures;• Elle permet d’effectuer des requêtes Elle permet d’effectuer des requêtes complexes répondant aux besoins complexes répondant aux besoins spécifiques des différentes équipes de spécifiques des différentes équipes de recherche;recherche;• Le résultat des requêtes est facilement Le résultat des requêtes est facilement exporté sous forme de fichiers « texte » exporté sous forme de fichiers « texte » exploitable par différents logiciels.exploitable par différents logiciels.


ExercicesExercices•Données de Calvi en ligne (sous VPN)Données de Calvi en ligne (sous VPN)http://139.165.44.14:8080/mat_meteo.php•http://139.165.44.38/http://139.165.44.38/•Downloader Downloader http://139.165.44.38/pgadmin.zip


ExercicesExercices

•Mot de passe =Mot de passe = master_gher master_gher

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