A propos de PubMed

http://www.pubmed.govprincipal accès gratuit à Medline

• MedlineMedical Literature Analysis and Retrieval System OnlineU.S. National Library of Medicinebase de données bibliographiques

• Contenu de Medline (source)biomédecine et santé, De 1966 à aujourd’hui+ de 4800 journaux scientifiques indexés+ de 18 millions de références9 articles sur 10 sont publiés en anglais7 références sur 10 ont des résumés500 000 nouvelles références par anDescriptions en langage contrôlé

A propos de PubMed

Medline a 35 ans, mais le premier Index Medicus date de 1879.

1964 : MEDLARS“Medical Literature Analysis and Retrieval System”

1971 : Première consultation à distance Medlars devient Medline

Années 80 : distributions sur CD-ROM de MEDLINE par des tiers comme OVID

96-97: MEDLINE accessible publiquement et gratuitement sur le WWW. PubMed “Public access to the Medical Literature Analysis and Retrieval System On-Line”

2004 : Arrêt de l’Index Medicus en format papier

Plus aucune référence n’est saisie à la main. (OCR + XML)

A propos de PubMed

PubMed est l’une des BDD développée par le « National Center for Biotechnology Information » NCBI

PubMed propose :

- Les articles trop récents pour être indexés dans Medline "PubMed - as supplied by publisher", "PubMed - in process"

- Les articles anciens non indexés OLDMEDLINE (1950-1965) et autres

- Des liens vers les articles sur les sites d’éditeurs

- Des liens vers les autres bases de données NCBI en biologie moléculaire et génétique notamment

A propos de PubMedSource

Lien vers l’éditeur

Titre

Auteurs et affiliations

Résumé

Type de publication

Descripteurs* pondération

Identifiant unique

Statut d’indexation

Recherche ATM

Comment fonctionne PubMed

Les termes de recherche signifiants sont comparés à plusieurs index dans cet ordre.

Les Termes MeSH (medical subject headings)Les noms de périodiquesLes noms d’auteurs

La requête est interprétée pour retrouvée un maximum de descripteurs MeSH.

« Automatic Term Mapping Process »

L’ensemble des résultats est retourné.

Recherche ATM

Exemples : Angina pain =>"angina pectoris"[MeSH Terms] OR ("angina"[All Fields] AND "pectoris"[All Fields]) OR "angina pectoris"[All Fields] OR ("angina"[All Fields] AND "pain"[All Fields]) OR "angina pain"[All Fields]

 Si la requête dans son ensemble ne correspond pas à un descripteur MeSH, elle est subdivisée.

Pressure point =>

("pressure"[MeSH Terms] OR "pressure"[All Fields]) AND point[All Fields]

Recherche

Quand un terme MeSH est trouvé, PubMed recherche automatiquement, toutes les références associées à ce terme ainsi qu’à tous les termes spécifiques.

C’est l’explosion.

Recherche

- La Troncature

s’effectue avec *

Ex. Nurs* = Nurse, nurses, nursing etc.

Seuls 600 variations sont effectuées.

- La recherche d’expression

s’effectue avec les guillemets " " 

Ex.

Interprétation de PubMed : "pressure point"[All Fields]

Attention ces deux opérations empêchent l’« Automatic Term Mapping Process »

Recherche

- Les mots vides (Stopwords)Un certain nombre de termes peu signifiants sont ignorés.about, during, with etc.

- Les opérateurs booléens

AND = références contenant l’ensemble des termes

OR = références contenant au moins 1 des termes

NOT = références contenant ce terme sont exclues

Si on utilise plusieurs opérateurs différents, il faut utiliser des parenthèses.

L’écran des résultats

- Les résultats Nombre Navigation

Revue de littérature : « Analyse découlant de l'examen de l'ensemble de la documentation touchant un sujet ou

un domaine particulier. »

Pas de résumé

Résumé seul

Accès gratuit au texte intégral

L’écran des résultats

- Les options d’affichage

Formats

« Citation » affichage des termes MeSH

« Medline » et « XML » lisibles par les ordinateurs

« Medline » affichage du titre original « Transliterated Title »

Nombre de résultats par

page

Tri par date, auteur ou périodique

Format des références

L’écran des résultats

- Exports des notices

« Text » et « file » aucun formatage

« Printer » pour l’impression

« clipboard » sélection temporaire (panier)

« E-mail » envoi par E-mail

« RSS feed »

nécessite Firefox ou un agrégateur

« Order » service US uniquement

Fonctionnalités : limitations

Attention, les limitations restent posées d’une recherche sur l’autre.

Une case « limits » est cochée, les limitations apparaissent surlignées en jaune.

Fonctionnalités : limitations

- Recherche par noms d’auteurs et de périodiques

Des listes déroulantes s’affichent.

On peut ajouter plusieurs noms et utiliser AND ou OR.

Il est préférable d’utiliser l’initiale du prénom pour limiter les homonymes.

Fonctionnalités : limitations

- Texte intégral, texte intégral gratuit, résumé

L’accès gratuit reste minoritaire (et la France est sous la moyenne).

- Date

Pré-sélections ou choix d’une période

Fonctionnalités : limitations

- Autres limitations

Langues

Ces sous-ensembles sont basés

sur des sélections de titres

Types de publications

Fonctionnalités : limitations

- Autres limitations

Notamment : le titre, le titre original et les mots clés majeurs

Fonctionnalités : historique

Les 100 dernières requêtes effectuées sont conservées.L’historique est vidée au bout de 8 heures d’inactivité.Les requêtes peuvent être combinées.« Preview » permet de visualiser le nombre de résultats

La recherche avancée

L’historique et les limitations sont également réunis dans la recherche

avancée.

Fonctionnalités : le panier

Le « clipboard » conserve une sélection temporaire de références.500 références sont conservées.Le panier est vidé au bout de 8 heures d’inactivité.

L’astérisque indique la présence de références dans le panier.Pour effacer une référence « send to » puis « clip remove ».

Fonctionnalités : détails

L’onglet « Details » permet d’obtenir l’interprétation des requêtes par PubMed.

Le bouton URL permet de sauvegarder une recherche (signets).

Les codes des différents champs

Fonctionnalités : articles apparentés

La fonction « Related articles » permet d’obtenir une sélection d’articles similaires.

Cette sélection s’effectue par comparaison des mots du titre, du résumé et des termes MeSH.

Le tri des résultats est effectué par pertinence et non par date.

Exercices pratiques

- Combien d'articles sur l'hépatite C depuis le début de l'année ? Combien en français ? Combien en accès libre et gratuit ?

- Quels sont les derniers articles du Pr. Luc Montagnier ?

- Quels sont les derniers articles du JAMA ?

- Le Pr. Montagnier a-t-il publié dans JAMA ?

Si oui, ajouter les références au panier, puis copier les dans un document Word.

Services : My NCBI

Inscription directe et gratuite.

Services : My NCBI

Sauvegarde des recherches

Alertes par e-mailIntitulé

Fréquence

Format

Services : My NCBI

Filters

Pour personnaliser l’interface

De nouveaux onglets peuvent être ajoutés.

Parmi les options de nombreux catalogues de bibliothèques.

Services : My NCBI

My NCBI collections

Permet de conserver des sélections d’articles indéfiniment à partir d’une sélection temporaire (clipboard). Maximun : 100 collections de 1500 références.

Vous pourrez retrouver et gérer vos collections depuis l’écran My NCBI

Depuis le clipboard, choisir Send to : My

NCBI collections

Services : MeSH Database

Recherche des termes MeSH à partir des termes ou des synonymes exacts.

Sont proposés : définitions, hiérarchie(s), liens connexes.

Possibilité de combiner les termes.

Contrôle de la pondération et de l’explosion.

Services : Single Citation Matcher

Pour retrouver une référence à partir d’informations incomplètes.

Il s’agit d’une présentation des « Limits » adaptée à la recherche à partir d’informations bibliographiques.

Services : Journals database

La base de données des périodiques qui alimentent PubMed (et les autres BDD de NCBI).

Pour chaque périodique on trouve des liens vers PubMed.

Exercices pratiques

- Combien d’articles ont pour sujet majeur le traitement médicamenteux de l’asthme depuis le début de l’année ?

- « Le concours médical » est-il indexé dans Medline ?

- Comment être alerter du dernier sommaire de « La revue du praticien » ?

- Faites apparaître les onglets « French » et « Free Full text » sur votre écran de résultats.

Sources et liens

http://www.pubmed.gov/

http://www.nlm.nih.gov/pubs/techbull/

http://nnlm.gov/training/work/

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/bv.fcgi?rid=helppubmed

http://doccismef.chu-rouen.fr/servlets/Simple?Mot=pubmed

http://www.bium.ch/wiki/doku.php?id=wiki:medline_et_pubmed

Ce support de cours :http://www.chu-rouen.fr/documed/pubmedadbs.ppt

Gaetan.Kerdelhue@chu-rouen.frNovembre 2008

Medical Subject Headings

- Plus de 20 000 descripteurs

- 11 niveaux hiérarchiques

- Utilisation de mots outils : Les qualificatifs (« qualifiers »)

- Arborescences complexes

1 terme => plusieurs arborescences

nombreuses relations connexes

- Pondération (« MeSH Major Topic »)

on distingue les thèmes majeurs d’un article (marqués *)

- « Check tags » tranches d’âge etc.

En savoir plus : Le MeSH

[A] - Anatomie [B] - Organismes (animaux, plantes, bactéries...)[C] - Maladies[D] - Produits chimiques, biologiques et pharmaceutiques[E] - Équipements et techniques analytiques, diagnostiques et thérapeutiques[F] - Psychiatrie et psychologie[G] - Sciences biologiques[H] - Sciences physiques[I] - Anthropologie[J] - Technologie aliments et boissons[K] - Arts et sciences humaines[L] - Sciences information [M] - Individus [N] - Santé (administration des soins)[Z] - Emplacements géographiques

- Relations hiérarchiques dans une même branche- Relations connexes  (voir aussi) entres les branches

de l’organe vers ses maladies, du virus vers la maladie, de la substance vers l’action pharmacologique

En savoir plus : Le MeSH

Les mots clés sont hiérarchisés,des termes généraux vers les termes spécifiques

Respiratory Tract Diseases

Lung Diseases

Pneumonia

Pneumonia, Bacterial

Pneumonia, Viral

Etc.

Vocabulaire contrôléOncogens

Tumor Initiators Carcinogens

Tumor Promoters

Explosion

En savoir plus : Le MeSH

Ces opérations sont incompatibles avec la troncature !

• Utiliser les qualificatifsEn anglais « qualifier » ou « subheading »

Le sens de chaque mot clé peut être précisé par un qualificatif.

Traitement et diagnostic de l’asthme s’écrivent :

asthma/therapy asthma/diagnosis

• Qualificatifs usuelsPour une maladie : Pour une substance :

/therapy /adverse effects

/drug therapy /administration & dosage

/complications /contraindications

/epidemiology

/TH

/DT

/CO

/EP

/AE

/AD

/CT

En savoir plus : Le MeSH

MeSH browserhttp://www.nlm.nih.gov/mesh/

MeSH databasehttp://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=mesh

Traduction française du MeSH

http://ist.inserm.fr/basismesh/mesh.html

Tous savoir sur le MeSH

http://ist.inserm.fr/basismesh/Tout_savoir_sur_le_MeSH2005.pdf

L’outil terminologie de CISMeF

http://www.chu-rouen.fr/terminologiecismef/

En savoir plus : Le MeSH