APPEL D’OFFRES 2007-2009

CAHIER DES CHARGES POUR

DES FORMATIONS EN GENOMIQUE ET BIOINFORMATIQUE

INRA Versailles-Grignon Service de la Formation Permanente Contacts : Bénédicte TERRIER Responsable formation adjointe Tél. 01 30 83 37 17 / Fax : 01 30 83 33 40 Mél. : Benedicte.Terrier@versailles.inra.fr Dominique SORIN Gestionnaire Tél. 01 30 83 34 77 / Fax : 01 30 83 33 40 Mél : Dominique.Sorin@versailles.inra.fr Fait le : 23 JUILLET 2007 Réponse attendue pour le : 21 septembre 2007 A adresser par mel ou courrier à :

INRA Versailles-Grignon Service Formation Permanente Bâtiment n°10 RD 10 78026 Versailles cedex

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INTITULE DES FORMATIONS A ORGANISER EN INTRA-ENTREPRISE :

RECHERCHE ET MANIPULATION DE SEQUENCES ET DE BIOINFORMATIONS

GENOMIQUE COMPARATIVE ET ANNOTATIONS STRUCTURALES ET FONCTIONNELLES

CONTEXTE DE LA DEMANDE: Le centre de recherche publique de Versailles-grignon est impliqué dans l’étude du

génome des plantes et des micro-organismes en vue d'applications agronomiques, agroalimentaires (alimentation, nutrition, transformation des produits) et dans le champ de l’innovation, la production agricole et l’environnement.

Lors des recueils des besoins en formation pour l’année 2007, des demandes ont été exprimées dans les domaines de la génomique et de la bioinformatique. Ces demandes proviennent d’unités de recherche variées (Génomique Végétale, Génétique et Amélioration des Plantes, Biologie Cellulaire, Génie et Microbiologie des Procédés Alimentaires, Physiologie des Insectes, Microbiologie Chaîne Alimentaire), et concernent plus particulièrement un public de Techniciens, d’Ingénieurs et de Chercheurs.

Cette demande est à prévoir sur une période de 3 ans, à savoir sur des formations pouvant avoir lieu également en 2008 et 2009, par rapport aux demandes qui pourraient être exprimées lors des recueils des besoins en formation ultérieurs.

PUBLIC CONCERNE : Le public concerné pourra être : Techniciens de Recherche et Assistants Ingénieurs

(sous réserve de posséder le niveau de connaissances pré-requis), Ingénieurs d’Etudes, Ingénieurs de Recherches, Chargés ou Directeurs de Recherche, Doctorants et Post-Doctorants, amenés à travailler quotidiennement ou non dans les thématiques suscitées (voir liste des demandes en annexe).

OBJECTIFS: Afin de répondre au mieux aux demandes des Agents, nous souhaiterions mettre

place deux modules de formation qui pourraient se décliner de la façon suivante : Un premier module intitulé « Recherche et manipulation de séquences et de

bio informations » destiné aux agents amenés à utiliser des ressources informatiques afin de traiter et

analyser eux-mêmes leurs séquences biologiques, le pré-requis nécessaire étant d’avoir un niveau informatique correct et de connaître les bases de la biologie moléculaire.

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Ce premier module, nécessaire pour pouvoir rechercher et extraire des informations pertinentes dans des banques généralistes, pourrait être un pré-requis conseillé pour suivre le deuxième module ci-après décrit.

Pour information, les principales difficultés rencontrées dont nous ont fait part les

agents et leurs responsables, lors d’enquêtes préalables sont : un manque de bases en biologie moléculaire et génétique, qui doivent

pourtant être solides pour appréhender les démarches de génomique, la bonne exploitation des techniques de cartographie physique ainsi

que de mutagénèse (alors qu’elles sont souvent parmi les plus utilisées dans des unités telles que « Génétique et Amélioration des Plantes »),

une mauvaise maîtrise des outils d’analyse de séquences, et ainsi le besoin d’apprendre à mieux les utiliser.

Un deuxième module intitulé « Génomique comparative et

annotations structurales et fonctionnelles » Destiné aux agents (techniciens ou scientifiques) ayant suivi le premier module ou

possédant une relative maîtrise du contenu de celui-ci, afin de se perfectionner dans la manipulation d’outils bioinformatiques et dans leur utilisation, et ainsi maîtriser et comprendre les différentes méthodes pour extraire l’information biologique d’une séquence génomique et réaliser son annotation structurale et fonctionnelle.

RESULTATS ATTENDUS: Permettre aux Techniciens et Scientifiques de perfectionner leurs connaissances et

compétences dans les domaines de la génomique et de la bioinformatique, mais aussi de permettre aux scientifiques non biologistes, amenés à travailler en pluridisciplinarité, de maîtriser le vocabulaire et les concepts de leurs collègues biologistes.

Pour le premier module « recherche et manipulation de séquences et de bio

informations », il s’agira : - de présenter l’organisation des différents types de séquences et

d’informations biologiques accessibles dans les bases et banques de données internationales (car connaître la structuration de l’information est un pré-requis indispensable à leur recherche et à leur exploitation),

- de permettre aux agents de surmonter leur difficulté à cerner les principes de base, les limites et les avantages comparés des différents outils bioinformatiques disponibles,

- d’aborder les thèmes suivants (liste non exhaustive) : méthodes d’accès et d’interrogation, alignements par paires, matrices de similitude entre acides aminés, évaluation statistiques des résultats, utilisation de BLAST, FASTA, alignement d’une séquence nucléique contre une séquence protéique, alignements multiples et ses applications en phylogénie, utilisation du logiciel BLAST et algorithmie sous-jacente, introduction à GCG …

Pour le deuxième module « génomique comparative et annotations

structurales et fonctionnelles », il s’agira : - de présenter de façon détaillée des outils bioinformatiques disponibles pour

extraire de l’information biologique de séquences nucléiques et protéiques, Cahier des Charges formations Bioinformatique établi le 23 JUILLET 2007 Service Formation Permanente INRA Versailles Grignon Page 3 / 6

- de démonter l’importance de la génomique comparative pour l’annotation structurale,

- de démontrer l’importance des méthodes de caractérisation des familles multigéniques pour l’annotation fonctionnelle et la quête des gènes orthologues (ce point conduisant logiquement à proposer une partie pratique sur la reconstruction phylogénétique),

- de permettre aux agents de surmonter leur difficulté à cerner les principes de base, les limites et les avantages comparés des différents outils bioinformatiques disponibles,

- d’aborder les thèmes suivants (liste non exhaustive) :

• obtention d’une séquence génomique de qualité : génomes modèles, cartes physiques, différentes méthodes de séquençage, contigage de séquences brutes …,

• annotation structurale : banques de séquences nucléique et protéique, structuration et méthodes de visualisation (ARTEMIS, GENOME VIEWER…), bases de données dédiées aux génomes complets (TIGR, MIPS…), méthodes de prédiction des gènes eucaryotes, utilisation de la synténie (BLAST2, PIPMAKER…), annotation dans l’intergénie …,

• annotation fonctionnelle : recherche de similarités et motifs connus, (BLAST, INTERPRO…), prédiction de la fonction biochimique et biologique, classification fonctionnelle des gènes, évolution des génomes, définition des familles de gènes et de protéines, caractérisation des familles multigéniques…

CONDITIONS DE REUSSITE

Le repérage réel du niveau des participants semble être une étape primordiale, conditionnant la réussite de ces modules de formation. Du fait des niveaux et attentes pouvant être différents, un questionnaire de positionnement avant formation pourra être proposé à chaque stagiaire, pour chaque module de formation (sous la forme de deux ou de un seul questionnaire pour les deux modules), afin de déterminer son niveau de connaissances de départ (en biologie et en informatique), ses attentes et ses besoins. Cela peut également permettre au(x) formateur(s) de choisir l’affectation de chaque stagiaire dans le 1er et/ou 2ème module, au vu des réponses. Une autre des conditions de réussite sera la mise en place de formations adaptées au contexte de la recherche à l’INRA, d’où un travail préparatoire du prestataire dans les domaines visés par les formations. Le(s) formateur(s) devront donc impérativement prévoir un travail préalable de repérage des différents outils, systèmes et logiciels utilisés à l’INRA, afin de centrer les formations sur les besoins spécifiques de l’Institut.

FORMULE ENVISAGEE Du fait du caractère scientifique poussé des formations, il est possible d’envisager

toutes les modalités pédagogiques et d’animation (exposés / discussions en salle, TD / TP, rencontres et échanges avec des chercheurs spécialisés, co-animation …).

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CONTRAINTES ET LIEU: L’Organisme de formation pourra proposer que la formation se déroule dans ses

propres locaux si ceux-ci se trouvent en région parisienne. En cas de Travaux Dirigés ou Pratiques à effectuer dans le cadre des formations, le prestataire devra idéalement proposer dans ses locaux une salle de TP adéquate permettant de recevoir le groupe de stagiaires. Dans le cas où la formation ne pourrait avoir lieu que sur le site INRA de Versailles, la salle informatique du site possède 8 PC reliés à internet, mais l’Organisme s’engage alors à donner au service Formation Permanente, un mois au plus tard avant la date des formations, les différentes contraintes informatiques et besoins techniques et/ou logiciels spécifiques, et de s’impliquer avec le Chargé de maintenance informatique INRA dans la préparation des ordinateurs de la salle de formation.

DUREE DES FORMATIONS La durée de chaque formation est à proposer et elle ne devrait idéalement pas excéder

5 jours consécutifs. Il est possible de prévoir des intersessions, si cela est pédagogiquement cohérent. Compte-tenu du nombre maximum de stagiaires que le prestataire accueillera dans une session de formation pour chacun des deux modules, qui devrait être de l’ordre de 8 à 10 maximum, il serait préférable de prévoir deux séries de dates pour chacune des 2 formations (le potentiel d’agents INRA à former étant d’environ 26).

PERIODE ENVIDAGEE En réponse aux demandes exprimées dans les recueils des besoins 2006 et 2007, les premières formations devront avoir lieu au 2ème semestre 2007 (novembre ou décembre 2007), voire 1er trimestre 2008 au plus tard, hors vacances scolaires de la zone C.

MISE EN ŒUVRE, SUIVI ET EVALUATION DES FORMATIONS

Pour chaque formation mise en place, le prestataire devra prévoir : un recueil des attentes des stagiaires (à réaliser avant la formation pour une

meilleure adéquation entre les attentes des stagiaires et le programme de formation) + une synthèse écrite de tous les recueils, une feuille de présence, un support de cours adapté à chaque module de formation, dont la qualité sera

particulièrement appréciée, un questionnaire d’évaluation à chaud individuel adapté à la formation déclinée

+ une synthèse écrite de tous les questionnaires. un rendu à la FP du déroulement des formations et / ou une synthèse des

productions des stagiaires lorsque cela le nécessite ;

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un temps d’« assistance » après la formation, pendant lequel les stagiaires pourront (par mail ou téléphone par exemple, dans la limite du raisonnable) solliciter le(s) formateur(s) pour des réponses à une question scientifique ou technique abordée pendant la formation. une proposition d’évaluation à froid des effets de la formation sur les stagiaires.

FORME ATTENDUE DE LA REPONSE AU CAHIER DES CHARGES

La réponse peut être le fait d’un organisme ou de plusieurs associant leurs

compétences. En fonction de son champ de compétences, un organisme de formation peut tout à fait choisir de ne faire qu’une seule proposition de formation pour un seul des modules, ou bien au contraire de se positionner sur les deux.

La réponse au cahier des charges comprendra : une définition claire du travail de préparation réalisé par le prestataire et du

travail de préparation réalisé en collaboration avec l’INRA, les programmes, pré-requis nécessaires & modalités pédagogiques de chaque

module avec le profil détaillé de l’(des) intervenant(s) qui les animera(ont), un devis global de la prestation, une définition claire du suivi après formation (suivi des stagiaires, évaluation à

froid…)

SIGNIFICATION DES GRADES GRADE LIBELLE NIVEAU DE DIPLOME TR Technicien de la Recherche BAC AI Assistant Ingénieur BAC+2 IE Ingénieur d’Etudes BAC+5 IR Ingénieur de Recherche BAC+5 à BAC+8 TH Thésard BAC+8 en cours CR Chargé de Recherche BAC+8 Doctorat DR Directeur de Recherche BAC+8 Doctorat

ANNEXE : Tableau des demandes, recueils des besoins 2006 et 2007

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INRA VERSAILLESFormation Permanente

Versailles, le 20 juillet 2007

APPEL D'OFFRES FORMATIONS BIOINFORMATIQUE 2007 Agents en ayant exprimé le besoin via les recueils 2006 et 2007, ou directement auprès du Service Formation Permanente de l'INRA VG

Nom(s) Prénom(s) Tél. Mail Corps/statut Métier / Fonction Formation souhaitée Objectif visé

ANNEE 2006

ADAM-BLONDON Anne-Françoise 01 60 87 45 34 adam@evry.inra.fr CR Scientifique Annotation structuraleAnnotation de séquences BACs, interprétation critique de résultats de BLASTs

BAULAND Cyril 01 69 33 22 49 bauland@moulon.inra.fr IE Chef de projet Génomique appliquée à la sélection mise à jour

BIERNE Hélène 01 40 61 37 79 hbierne@pasteur.fr CR Scientifique

bioinformatique, analyse de séquences protéiques, comparaison de sequence, representation graphique de séquences protéiques

Etre plus à l'aise dans l'analyse des génomes et des bases de données en bioinformatique

BLAISE Françoise 01 30 83 37 53 blaise@versailles.inra.fr IE Ingénieur annotations structurale et fonctionnelle

CHAGUE Véronique 01 60 87 45 35 chague@evry.inra.fr Post Doc recherche

Annotation structurale et fonctionnellede la séquence à la fonction/Analyse statistique des expériences sur le transcriptome

utilisation courante

COLLONNIER Cécile 01 30 83 30 05cecile.collonnier@geves.fr IR Coordination scientifique

Génomique végétale Dernières avancées

FAIVRE RAMPANT Patricia 01 60 87 45 34 faivre@evry.inra.fr CR Chercheur Analyse de Séquences Acquérir une compétence

GAGNOT Séverine 01 60 87 45 37 gagnot@evry.inra.fr IE Bioinformaticienne Bioanalyse & Génomique fonctionnelle analyse des données de mon équipe

GAUDICHON Claire 01 44 08 18 29 gaudicho@inapg.inra.fr Maître de Conférence Enseignant-chercheur Protéomique

JÉHANNO Isabelle 01 30 83 36 55 isabelle.jehanno@jouy.inra.fr Adjoint technique laboratoire Biologie moléculaire et génomique fonctionnelle

Autonomie pour concevoir, réaliser et analyser les manip.

McKHAN Heather 01 60 87 83 87 mckhann@cng.fr IR Ingénieur Traitement de donnees - expression des genes

Mieux analyser les donnees d'expression

MHIRI Corinne 01 30 83 30 24 Corinne.Mhiri@versailles.inra.fr IR Ingénieur Bio-informatique analyse de séquences, méthodologies de la recherche de gènes, phylogenie

PELLETIER Julien 01 30 83 32 12 jpelleti@versailles.inra.fr Thésard recherche analyse des génomes, génomique fonctionnelle

exploitation du gènome de B mori pour le travail de thèse

PETIT Maud 01 30 83 30 24 maud.petit@versailles.inra.fr Thésarde recherche Phylogénie apprendre a se servir des logiciels pour faire des phylogénies

PETIT Maud 01 30 83 30 24 maud.petit@versailles.inra.fr Thésarde recherche Biologie Moléculaire et biotechnologiecomme la formation du 21 au 25 mars 2005 où mon inscription n'a pu être effectué

RAMEAU Catherine 01 30 83 32 89 rameau@versailles.inra.fr DR Chercheur Analyse de séquences ; phylogénie… Avoir un regard critique sur les résultats

RÉJASSE Agnès 01 30 83 36 30 agnes.rejasse@jouy.inra.fr AI laboratoire Biologie moléculaire et génomique fonctionnelle

Autonomie pour concevoir, réaliser et analyser les manip.

TRIBOUILLET Stéphane 01 30 81 54 55 tribouil@grignon.inra.fr AI Informaticien bioinformatique Savoir manipuler les outils utilisés au sein du laboratoire

INRA VERSAILLESFormation Permanente

Versailles, le 20 juillet 2007

MIQUEL Martine 01 30 83 33 20 miquel@versailles.inra.fr CR Chercheur QTL cartographer

Apprendre à se servir du logiciel de cartographie des QTL pour exploiter les resultats scientifiques

NORTH Helen 01 30 83 30 36 north@versailles.inra.fr CR Chercheur QTL cartographer

Apprendre à se servir du logiciel de cartographie des QTL pour exploiter les resultats scientifiques

ROYER Corinne 04 78 50 41 98 croyer@clermont.inra.fr CR Chercheur Clermont Fd. Annotation structurale et fonctionnelle

BRESSON Alois 01 60 87 45 36 bresson@evry.inra.fr Thèsard recherche Annotation structurale et fonctionnelle

BONNARME Pascal 01 30 81 53 88 Pascal.Bonnarme@grignon.inra.fr DR Chercheur annotation structurale & fonctionnelle 1er module proposé

BONNARME Pascal 01 30 81 53 88 Pascal.Bonnarme@grignon.inra.fr DR Chercheur recherche & manip séquences et de bio-informations 2ème module proposé

MONTALENT Pierre 01 69 33 23 78 montalent@moulon.inra.fr IE recherche recherche & manip séquences et de bio-informations

ANNEE 2007BONNARME Pascal 01 30 81 53 88 Pascal.Bonnarme@grignon.inra.fr DR Chercheur annotation structurale & fonctionnelle 1er module proposé

BONNARME Pascal 01 30 81 53 88 Pascal.Bonnarme@grignon.inra.fr DR Chercheur recherche & manip séquences et de bio-informations 2ème module proposé

BIERNE Hélène 01 40 61 31 38 hbierne@pasteur.fr DR Chercheur Bioinformatique -modellisation

BOURAND Alexa 01 30 81 54 46 alexa.bourand@grignon.inra.fr TR laboratoire Bioinformatique BLAST annotation sequence

MAÏBECHE Martine 01 30 83 31 12 maibeche@versailles.inra.fr Enseignant Chercheur recherche génomique fonctionnelle application aux projets de recherche

MALPEL Sébastien 01 30 83 31 12 smalpel@versailles.inra.fr Post-Doc recherche Bioinformatique: analyse des génomes et EST, génomique fonctionnelle

développement du programme génomique fonctionnelle insecte

PELLETIER Julien 01 30 83 31 12 jpelleti@versailles.inra.fr Thésard recherche analyse des génomes, génomique fonctionnelle

exploitation du gènome de B mori pour le travail de thèse

BRIGAUD Isabelle 01 30 83 31 12 ibrigaud@versailles.inra.fr Thésard recherche expression hétérologue in vitro, culture cellulaire, imagerie calcique

analyse fonctionnelle de gènes olfactifs

JOLY Emmanuelle 01 30 83 31 12 jacquin@versailles.inra.fr CR recherche Génomique fonctionnelle (RNAi) et imagerie fluorescente

application aux projets de recherche

CREPIN Delphine 01 69 15 70 75 delphine.crepin@u-psud.frChercheur "NOPA" Jouy en Josas

recherche & manip séquences et de bio-informations

Demandes émises les 2 années de suite