1 © Cepheid

Apport de la biologie moléculaire dans le dépistage des infections génitales Jérôme Venturella 04/12/2014

© Cepheid – v1

2 © Cepheid

Programme

1- La PCR?

2- IST : situation globale et impact chez la femme enceinte et

le nouveau-né

3- Recherche de Chlamydia trachomatis et Neisseria

gonorrheae

4- Cancer du col de l’utérus : détection Papillomavirus

3 © Cepheid

PCR

• La PCR est une technique de biologie moléculaire mise au point en

1985, par Karry Mullis.

• C'est une technique d'amplification génique, c'est-à-dire qu'elle permet

de repérer un fragment d'ADN ou de gène précis, même présent

en quantité infime dans un mélange, puis de le multiplier

rapidement.

4 © Cepheid

Réaction de polymérisation en chaine (PCR)

5 © Cepheid

Cycles PCR

6 © Cepheid

GeneXpert : un seul instrument pour toutes les étapes de la PCR

Résultats

Cartouche GeneXpert®

Echantillon patient

Extraction

Amplification

Identification

Ultrasonication

7 © Cepheid

Le temps d’obtention du résultat est crucial PCR GeneXpert vs. PCR en série et Culture

Résultat (Heures)

Va

leu

r M

éd

ica

le

0 12 24 48

Articles that look at time to result as crucial to maximizing diagnostic value:

1. Lance R. Peterson, M.D., Donna M. Hacek, M.T. (A.S.C.P.), Ari Robicsek, M.D., Case

Study: An MRSA Intervention at Evanston Northwestern Healthcare, printed in The Joint

Commission Journal on Quality and Patient Safety Volume 33 Number 12, December

2007

2. Lance R. Peterson, M.D., Rapid Diagnosis of Community-Acquired MRSA, printed in

Clinical Updates in Infectious Diseases, Volume Issue 3, October 2008

3. Eli N. Perencevich, MD, MS et al., SHEA Guideline: Raising Standards While Watching

the Bottom Line: Making a Business Case for Infection Control, Infection Control and

Hospital Epidemiology, Volume 28, Number 10, October 2007

Cep

heid

GX

Syste

m

Batc

h P

CR

Cu

ltu

re

8 © Cepheid 8

• Chaque jour, plus d’un million de personnes contractent une IST.

• Chaque année, 500 millions de personnes contractent l’une des quatre

IST suivantes: chlamydiose, gonorrhée, infection à HPV et trichomonase.

• Plus de 290 millions de femmes souffrent d’une infection à HPV, l’une

des IST les plus courantes.

Situation globale

http://www.who.int/mediacentre/factsheets/fs110/fr/

9 © Cepheid 9

Outre leurs conséquences immédiates, les IST peuvent avoir de graves effets.

• Certaines IST peuvent multiplier par trois voire plus le risque de contracter le

VIH.

• La transmission d’une IST de la mère à l’enfant peut entraîner une morti-naissance, un décès néonatal, un faible poids de naissance, une septicémie, une pneumonie, une conjonctivite du nouveau-né ou des malformations congénitales.

• L’infection à HPV est responsable chaque année de 530 000 cas de cancer du col de l’utérus entraînant 275 000 décès.

• Les IST comme la gonorrhée et la chlamydiose sont des causes majeures d’inflammation pelvienne, d’issues défavorables de la grossesse et de stérilité.

Conséquences

http://www.who.int/mediacentre/factsheets/fs110/fr/

10 © Cepheid

Chlamydia trachomatis Neisseria gonorrheae

© Cepheid – v1

11 © Cepheid 11

Impact chez la femme enceinte

• Certaines femmes peuvent être infectées sans le savoir car sans symptômes.

• Patientes infectées : 0,1 à 6 % de risque de développer une infertilité tubaire.

=> 2/3 des infertilités tubaires et > 1/3 des GEU.

Impact chez le nouveau-né

• Transmission mère-enfant pendant l'accouchement.

Parmi les enfants exposés à la naissance :

‒ Incidence conjonctivite néonatale = 15 %

‒ Incidence pneumonie néonatale = 7 %

‒ Hospitalisations = 1,4 %1

1Chlamydiae et grossesse, Joël Muhlstein, JNI 2012

Impact Chlamydiose: femmes enceintes et nouveaux nés

12 © Cepheid 12

Poster CNR Bordeaux

Prévalence C. trachomatis parmi les femmes

enceintes âgées de 18-24 ans nécessitant un

avortement: 11.5% ou en consultation de

routine anténatale: 7.1%.

En comparaison prévalence dans la population

générale: 3.6%.

13 © Cepheid 13

Impact chez la femme enceinte

• L’infection gonococcique peut influer sur l’évolution de la grossesse au cours des trois trimestres.

• Corrélation entre une cervicite gonococcique non traitée au cours de la grossesse et un risque 4 fois supérieur d’accouchement prématuré.

• Risque de rupture prématurée des membranes, de chorio-amniotite, de retard de développement intra-utérin ou d’infection postnatale plus fréquemment observé chez les femmes infectées.

• Risque d’accouchement prématuré estimé entre 14 et 23 %, et taux de mortalité in utero à environ 33 %, chez les femmes ayant une gonococcie non traitée.

Impact chez le nouveau-né

• Cervicite gonococcique responsable d’infection chez le nouveau-né, lors de l ’accouchement. L’infection se manifeste le plus souvent par une ophtalmie à gonocoques purulente et bilatérale, dont le risque est la cécité.

HAS / Service évaluation économique et santé publique / Décembre 2010

Impact Gonococcie: femmes enceintes et nouveaux nés

14 © Cepheid

En France

Infections à N. gonorrheae (NG)

Nombre en augmentation entre 2000 et 2010. 52% entre 2008 et 2009.

Infections à C. trachomatis (CT)

- Le nombre de dépistage et de diagnostiques de chlamydioses urogenitales continue à augmenter dans les 2 sexes - Propagation et gravité de cette infection liée à sa découverte souvent tardive, avec un retentissement plus grave chez les femmes [risques de salpingite, grossesse extra-utérine, stérilité] - Contamination inaperçue chez 60 à 70 % - Prévalence maximale chez les femmes de 18 à 24 ans.

15 © Cepheid

Dépistage ciblé et régulier des IST

16 © Cepheid

Recommandations HAS 2010

17 © Cepheid

Description du test Xpert CT/NG

Détection et différenciation automatisées et rapides de l’ADN génomique

de Chlamydia trachomatis (CT) et de Neisseria gonorrhoeae (NG)

Diagnostic des infections urogénitales à chlamydias et/ou à gonocoques

Test utilisable pour analyse des échantillons suivants provenant de

personnes asymptomatiques et symptomatiques:

- urines féminines et masculines (premier jet)

- écouvillonnages endocervicaux

- écouvillonnages vaginaux recueillis par les patientes.

18 © Cepheid

Pourquoi 3 cibles ?

Chlamydia trachomatis : bactérie intra cellulaire n’échangeant

qu’exceptionnellement son matériel génétique avec d’autres

espèces bactériennes.

ADN très bien préservé. Pas de risque de faux positifs.

Xpert CT/NG : cible d’ADN génomique beaucoup plus stable que

les cibles plasmidiques.

Neisseria gonorrhoeae : bactérie extra cellulaire

échangeant facilement et fréquemment son matériel

génétique avec d’autres espèces de Neisseria.

Problème de faux positifs résolu avec le choix de 2

nouvelles cibles.

19 © Cepheid

Importance du contrôle cellulaire

• Ecouvillons vaginaux auto-prélevés = échantillons de choix

– Facilité d’utilisation & préférence des patients par rapport aux examens pelviens

– Responsabilise le patient pour sa propre santé

– Diminue le temps technicien et les coûts associés

– Diminue le coût de l’équipement

– Sensibilité et spécificité équivalentes à celles des écouvillons endocervicaux

• Sample Adequacy Control

– Pour détecter la présence de matériel génétique humain

– SAC négatif: aucune cellule humaine détectée dans l’échantillon

Si prélèvement défectueux :

Avec Xpert CT/NG, résultat rendu invalide

Avec autres tests, résultat rendu négatif, en réalité faussement négatif.

20 © Cepheid

“LA” solution

Xpert CT/NG:

– Deux Nouvelles cibles pour NG, stables :

Meilleure spécificité

– Sensibilité élevée

– Nouvelle génération de contrôles

– Résultats plus rapides et fiables pour une meilleure maitrise du risque infectieux

– Résultat rapide (J0).

21 © Cepheid

Références bibliographiques

22 © Cepheid

Human Papillomavirus

© Cepheid – v1

23 © Cepheid

• L’infection persistante à Papillomavirus humain est la principale cause de cancer du col de l’utérus chez les femmes

• L’OMS estime à plus de 500 000 nouveaux cas le nombre de cancer du col de l’utérus par an

• Chaque 2 minutes, une femme meurt d’un cancer du col de l’utérus

• 85% des 275,000 décès annuels par an, se situent dans les pays en voie de développement où l’accès au dépistage et au traitement est souvent limité.

Situation globale Cancer du col de l’utérus

* http://www.uicc.org/gavi-roll-out-record-low-price-hpv-vaccines

24 © Cepheid

• HPV agent étiologique¹ dans 99% des cas de cancer du col de

l’utérus

• 71% des cas associés avec les génotypes HPV 16 et 18²

• 6% des cas associés avec le génotype HPV 45

Cancer du Col de l’Utérus Lien étiologique avec HPV

¹Doorbar J. Molecular biology of human papillomavirus infection and cervical cancer. Clin Sci (Lond). 2006;110(5):525-541 ²de SanJose, S.et al. Human papillomavirus genotype attribution in invasive cervical cancer: a retrospective cross-sectional worldwide study. Lancet Oncol 2010; 11: 1048–56.

25 © Cepheid

Recommandations françaises

Les recommandations en France:

- un frottis tous les trois ans entre 25 et au moins 65 ans, après deux frottis

normaux à un an d'intervalle.

Les patientes présentant un frottis dont le résultat est incertain (ASC-

US) peuvent bénéficier d'un test HPV, qui est une alternative à la

pratique d'un nouveau frottis après quelques mois ou d'une

colposcopie.

Le test HPV permet de faire le triage des femmes qui seront

adressées en colposcopie lorsqu'il est positif.

26 © Cepheid

Nouvelles indications

D'autres indications actuellement en évaluation :

- Suivi des femmes traitées (conisation):

Test HPV négatif rassurer durablement sur l'absence de récidive

- Dépistage primaire après 30 ans en association avec le frottis

Frottis et test HPV négatifs espacer intervalle du dépistage en toute

sécurité à trois ans. Projet CHU Reims

27 © Cepheid

• Test qualitatif pour la détection d’ HPV à partir d’échantillons de patients collectés dans le milieu en phase liquide.

• Amplification des cibles ADN par PCR en temps réel des 14 types HPV à haut risque

‒ Différenciation des types HPV 16 et HPV 18/45 (canaux séparés)

‒ Onze autres types à haut risque détectés dans des canaux combinés : - P3: 31, 33, 35, 52, 58; P4: 51, 59; P5: 39, 56, 66 et 68

• Technologie facile à utiliser et à mettre en œuvre

• Résultats disponibles en moins de 60 minutes

• Présence d’un contrôle cellulaire Prélèvement correctement effectué et échantillon contenant des cellules humaines

Description du test Xpert® HPV

28 © Cepheid

Performances cliniques – Castle et al

29 © Cepheid

Conclusion

Pour les CIN2+ et les CIN3+:

• Sensibilité clinique d’Xpert HPV équivalente à celle de COBAS

• Sensibilité clinique d’Xpert HPV légèrement meilleure que celle

d’Hybrid Capture 2

“hrHPV detection by the Xpert demonstrated excellent clinical performance

for identifying women with CIN2 and CIN3 that was comparable to that of

currently available clinically validated tests“

30 © Cepheid

Visit us at www.cepheid.com

Thank You.