BCM 2002 - TRAVAUX PRATIQUES DE BIOCHIMIE

Section Bio-informatique (1 crédit, 33.3%)

Pour plus d’informations : http://www-bac.esi.umontreal.ca/~dbcm2002/

B. Franz LANG (responsable du cours)Département de Biochimie, Université de Montréal, 2900 Boulevard Edouard Montpetit, Pavillon PrincipalC.P. 6128, succursale ‘Centre Ville’, Montréal, H3C 3J7Bureau : H307-15Télécopieur: (514) 343-2210Courrier électronique: Franz.Lang@Umontreal.ca

Marie PAGEAU (responsable des laboratoires informatiques)

Emmanuel Noutahi (démonstrateur)Courrier électronique: emmanuel.noutahi@hotmail.ca

L'évaluation de l'étudiant(e) est réalisée en trois temps:

1. Examen sur cours théoriques (30 %)

2. Évaluation du travail en laboratoire (20 %)

3. Rédaction du cahier de laboratoire (5%)

4. Rédaction des rapports de laboratoire (45 %)

Formation d’équipes, cours théoriques, labos et examen

Le responsable du cours donnera deux cours théoriques, qui porteront sur les principes de

séquençage d’ADN et d’ARN, l’assemblage et l’interprétation de données de séquençage, et

l’analyse de gènes. Un examen couvrant cette matière (30% des points) aura lieu le 29

Novembre.

Mercredi, 13 septembre 10:30 – 12:30 (N-515) Formation d’équipes 13:00 – 16:00 (M-615) Labo: Introduction à l’utilisation de Linux.

Mercredi, 27 septembre 10:00 – 12:00 (Z-200) Théorie: Principes de séquençage d’ADN et d’ARN.13:00 – 15:00 (M-535-4) Labo: Séance 1 (détails sur esibac)

Mercredi, 11 Octobre10:00 – 12:00 (Z-200) Théorie: Assemblage et annotation de génomes.13:00 – 15:00 (M-535-4) Labo: Séance 2

Mercredi, 29 Novembre 10:00 – 12:00 (Z-200) Examen final (sur cours théoriques).13:00 – 15:00 (M-535-4) Labo: Séance 3

Rapports de laboratoires

Format: Introduction (1 à 2½ pages)

o N'oubliez pas de décrire et définir les concepts pertinents pour la compréhension de l'expérience.

o Appuyez-vous sur différentes sources et citez-les correctement.

Manipulation (¼ de page)o N'oubliez pas d'indiquer les valeurs de paramètres que vous utilisez, ainsi que

toutes modifications ou ajouts que vous avez apportés à l'énoncé. Vous pouvez faire référence à l'énoncé du site.

Résultats (2 à 5 pages)o Respectez les consignes du département sur le format des tableaux/figures.o Montrez tous les résultats pertinents pour l'expérience.

Discussion (3 à 6 pages)o Analysez de façon critique vos résultats, dans l'optique de l'énoncé du TP.

Référenceso N'oubliez pas d'inclure les références des logiciels utilisés.

Barème de correction (sur 15pts): Introduction : 2pts Manipulation : 1pt Résultats : 4pts Discussion : 5pts Mise en page, références & orthographe : 1pts Dépassement du cadre du TP : 2pts

o utilisation de logiciels alternatifs, comparaison de logiciels, assemblage complet et juste de la séquence, recherche théorique ou pratique plus poussée.

Remise: Les étudiants ont un délai de 2 semaines après la distribution du TP pour remettre leur rapport. Les étudiants devront remettre une copie électronique de leur rapport, ainsi qu'une copie papier.

Remise électronique (Avant 23h59 le jour de la remise)En utilisant la commande remise sur le serveur esilbac, remettre un fichier comprimé contenant le rapport (en format .pdf) et les annexes et résultats du TP.

Copie papier (Avant 10h00 le lendemain de la remise)Remettre la copie papier du rapport à Élaine Meunier au D-353

Retard:

Une pénalité est appliquée aux travaux remis après l'heure de remise.

1 jour de retard : 10%2 jours de retard : 30%3 jours de retard : 50%4 jours de retard : 100%