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Cloud IDV : an Innovative Portal for Cloud-based Life Imaging Activities Leila Abidi IDV - Sorbonne Paris Cité 20 Juillet 2017

Cloud IDV : an Innovative Portal for Cloud-based Life …cerin/VILLETANEUSE2017/...• CentOS 7 • Ubuntu • Windows 2012 R2 x64 standard english • Windows 2012 R2 x64 standard

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Cloud IDV : an Innovative Portal for Cloud-based

Life Imaging Activities

Leila Abidi

IDV - Sorbonne Paris Cité

20 Juillet 2017

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USPC - IDV

• IDV : Imageries Du Vivant.

• Programme interdisciplinaire de Sorbonne Paris Cité (Paris Descartes, Paris Diderot, Paris XIII, …).

• Fédération sur la thématique des imageries du vivant.

➢ Générer de nouveaux biomarqueurs.➢ Gestion de la donnée image à grande échelle.➢ Problématiques éthiques et juridiques.

Cloud IDV 205/07/17

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Les activités du programme USPC IDV

• Animation du réseau scientifique➢ Financements de projets de recherche interdisciplinaire➢ Valorisation / industrialisation➢ Education➢ Animation thématique (séminaires, journées, …)

• Mise en place de Cloud-IDV➢ Atlas➢ Instances plateforme – annotation➢ VM adaptées aux imageries du vivant et besoins connexes➢ Crowdsourcing➢ Autres services …

• Activités éthiques et juridiques➢ Anonymisation➢ …

05/07/17 Cloud IDV 3

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USPC - IDV

• 24 groupes / 10 sites.• 200 scientifiques (Biologistes, cliniciens,

physiciens, informaticiens, mathématiciens, ..)

• Variétés : 20 modalités, format fichiers images (tiff, dicom, bruker, …), open data and ontologies.

• Vélocité et Volume: 1 tera bytes/jour.• Différentes affiliations, labels, et

processus métiers. • Images cliniques et précliniques.

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05/07/17 Cloud IDV 5

Le Cloud IDV

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Objectifs

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• Construire un eco-système logiciel • Offrir un service d’appui aux recherches dans IDV pour

exploiter au mieux les grandes infrastructures • Permettre aux utilisateurs d’accéder à :

– une grande panoplie d’outils logiciels – une grande masse de données images

• Assurer un confort aux utilisateurs : – perturber au minimum leurs façons de travail actuelles – s’adapter à leurs usages

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Le cloud : infrastructure orientée Services

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• Tout est service (processeurs, stockage et de réseau) • On parle de ”Infrastructure as a Service” (IaaS)

Acquis et avantages: • Accéder à des niveaux de services beaucoup plus élevés :

– Fiabilité et performance, non atteints avec une installation standard sur site – Se concentrer sur les aspects les plus importants de la gestion des activités – Pas de perte de temps due au maintien et bon fonctionnement de

l’infrastructure. AUTOMATISATION – Le coût d’entretien du service Cloud comparé à l’exécution et l’entretien d’une

infrastructure interne à un laboratoire est moindre. MUTUALISATION

• L’installation et l’exploitation (infrastructures et logiciels techniques) sont à la porté de tous

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Traitement et persistance de données

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Storage

Dat

aset

Processing

Dat

aset

Storage and Processing

Dat

aset

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Partage de ressources

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VM 1 VM 2

HTTPSSH

Crowdsourcing(shared glossary edition, life

imaging annotation)

HR, platform, software, … as a Service User’ community contributions9

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Travail collaboratif

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VM 1

Dat

aset

1

Dat

aset

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Démonstration

• Accés au cloud : identifiants institutionnels (comme pour eduroam)• https://cumulus.parisdescartes.fr/

• Les VMs• Debian • CentOS 7• Ubuntu • Windows 2012 R2 x64 standard english• Windows 2012 R2 x64 standard english avec SQL Server 2012 et 2014• …

• Des templates prédéfinies• Ubuntu avec une trentaine de logiciels d'imagerie libres pré-installés• Ubuntu avec Matlab et quelques toolbox• …

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Les différentes Plateformes dans le cloud Cumulus

• Plateforme d'imagerie ePadhttp://pf-01.lab.parisdescartes.fr:1243/dcm4chee-web3/

• Plateforme PLM dans le cadre du projet DRIVE-SPC http://pf-01.lab.parisdescartes.fr:2345/tc/webclient

• Plateforme Sis4web de SisNComhttp://pf-01.lab.parisdescartes.fr:1323/sis4web/login.php

• Benchsyshttp://pf-01.lab.parisdescartes.fr:9001/

• Owncloudhttp://pf-01.lab.parisdescartes.fr:1253/owncloud/index.php/login

• …

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Life Imaging Activities

Leila Abidi

IDV - Sorbonne Paris Cité

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