CONSEILS SCIENTIFIQUE ET DE GESTION DEPARTEMENT DE GENETIQUE ANIMALE

13-14 décembre 2005

Auzeville

Membres présents : Conseil scientifique : Jean-Pierre Bidanel, Bernard Charley, Bernard Coudurier, Jean David, Hubert de Rochambeau, Christian Diot, Vincent Ducrocq, Martine Yerle, Gérard Frelat, René Guyomard, François Hatey, Pascale Le Roy, Denis Milan, Jean-Claude Mocquot, Frédérique Pitel, Francis Minvielle, Christèle Robert-Granié, Etienne Verrier Conseil de gestion : Claude Chevalet, Alain Ducos, Catherine Beaumont, Loys Bodin, Marcel Bouffaud, Gilles Caste, Edmond Cribiu, Pascal Laurent, Philippe Mulsant, Anne Roig, Georges Saleil Invités : Daniel Allain, Nathalie Mandonnet, Eduardo Manfredi, Line de Mondini, Pierre Mormède, Jean-Michel Elsen Excusés : Harry Archimède, Christine Bertrand, Marie-Yvonne Boscher, Jacques Bouix, Alain Charcosset, Philippe Chemineau, Florence Demenais, Mathilde Dupont-Nivet, Sylvie Courtois, Didier Foulquié, Michel Georges, Raymond Julien, Philippe Leroy, Jean-Jacques Panthier, Jean-Louis Kessler,

La prochaine réunion des conseils aura lieu

les 10 et 11 mai 2006 à Paris. Mardi 13 décembre 2005 D Boichard salue la mémoire de Gérard Thébault, décédé le 10 décembre des suites d’une longue maladie. 1. Budget D Boichard présente le Budget 2005 du département. La dotation d’état est définie par le produit du nombre d’ETP (177,3) de cadres A (CR, DR, IR et IE) par la part chercheur fixée par la DG pour le département (12 775 euros). La part chercheur varie entre départements, celle de GA étant dans la moyenne et proche de celle des départements à activité comparable. Cette dotation fait l’objet d’un premier ajustement de -9464 euros liés au fait que certains agents animaliers sont affiliés à la MSA et que les coûts associés, précédemment pris en charge par les deux unités concernées, sont maintenant pris en charge par la DG. La dotation d’état s’établit donc à 2 255 671 euros. A cette somme s’ajoute d’une part : - une aide ciblée sur les UMR dans leur premier quadriennat, de 2900 euros par enseignant chercheur, soit 8700 euros pour les UMR GDA (2 EC) et NS Bordeaux (1 EC). - une aide exceptionnelle non reconductible, ciblée sur les UMR des ENV de 15 086 euros. - des crédits d’accueil de 328 163 Euros, permettant de financer des visiteurs étrangers (post doc, pré-docs) ou de cofinancer des thésards français (à hauteur de 50% maximum).

Le budget total comprend la dotation d’état mais aussi les recettes (ventes de produits mais aussi analyses) pour 3 120 321 euros (valeur 2004), les recettes du CTIG (très variables d’une année sur l’autre mais d’environ 1 500 000 Euros en moyenne), et les ressources contractuelles (2 246 890 Euros en 2004, ce qui est une bonne année, les années antérieures étant plutôt vers 1,7 M€en moyenne). Les contrats ont principalement pour origine l’Europe, les Ministères de la recherche et de l’agriculture, certaines régions de métropole, les deux régions des Antilles, et quelques organismes publics comme les Haras. Au total, nous avons bénéficié de 87 contrats en 2004, dont 40 de plus de 15 000 Euros. Les redevances sont en forte diminution (en particulier RN), et les 24 000 euros correspondants ont été intégralement versés aux unités (GEPA pour Orylag, LGC pour RN et SAGA pour Baléa). La dotation d’état (2299 k€, en comptant les UMR) a été répartie en 1485 k€ de dotation pour les unités de recherche, 515 k€ pour les unités expérimentales et 299 k€ pour le département. Le département dispose pour sa politique de 299k€ de dotation et de 44 k€ de ressources complémentaires (contrat SAM, GSE), soit 343 k€. Ce budget est utilisé à hauteur de : - matériel moyen : 83 k€ - autres crédits incitatifs : 162 k€, dont 2/3 environ pour des génotypages, mais aussi un set

d’oligonucléotides poulet - animation : 23,5 k€ (dont séminaire MCMC, conseils de département, séminaire

thésards…), - évaluations : 8 k€; dont 4 k€ pour l’évaluation du département (à noter que la DG et la

DS ont pris en charge l’essentiel du coût (67 k€) de l’évaluation du département). - documentation : 15 k€ (coût pour deux années) - soutien à des unités en difficulté : 15 k€ - fonctionnement du département : 43,5k€ La dotation aux unités de recherche est calculée de la façon suivante : La part chercheur varie de 6700 à 13700 euros par cadre A (hors UE, CTIG et plates formes). Cette différence est liée à la nature de l’activité (13000 € en « moléculaire pure », moins en général dans les autres cas), la localisation géographique (plus en province qu’à Jouy, 13000 à l’URZ). Des correctifs sont ensuite appliqués en fonction de demandes spécifiques de la DG (fluides dans certaines UMR) et du coût de fonctionnement des IE. Deux plates formes reçoivent un soutien spécifique (CRB et PICT). Les UMR reçoivent toutes une dotation du département fonction du nombre d’enseignants-chercheurs (EC). Cette aide est au minimum de 1133€ par EC et peut monter jusqu’à 4000€ lorsque des ressources ciblées sont fournies par l’INRA. La dotation aux UE varie de 0 à 159 k€ selon les unités. Le montant est lié au coût des programmes conduits ainsi qu’aux recettes réalisées. En moyenne, la dotation représente 15 à 20% du budget des unités, cette proportion variant de 0 à 80%. Deux unités hors département reçoivent une dotation, l’UE avicole (10 k€) qui héberge les lignées génétiques de la SRA, et la PEIMA (pisciculture expérimentale INRA des Monts d’Arrée, 12 k€). Cette dernière unité deviendra bidépartementale en 2006. Les crédits d’accueil (non reportables) ont permis de (co)financer 24 thésards et 4 post-doc.

V Ducrocq demande quelle est la position de la DG vis-à-vis des crédits incitatifs et de la modulation des dotations. D Boichard répond que la position générale est plutôt une augmentation des crédits incitatifs aux dépens de la dotation de base. Le département ne pratique pas non plus une modulation en fonction des performances des laboratoires, et cette modulation ne saurait être envisagée qu’en dernier recours, après insuffisance constatée des autres mesures d’incitation à la production scientifique. 2. Arbitrages scientifiques, ITA, thèses, post doc D Boichard présente le bilan de l’année : 23 départs pour des motifs divers (14 départs en retraite, 4 concours interne, 3 mobilités, 2 démissions) ; 20 arrivées (1 mobilité, 1 concours interne, 18 concours externes). Pour 2006, trois postes CR ont été arbitrés favorablement : CR1 Génomique et qualité de viande bovine, Limoges, suite à la mobilité de V Amarger ; CR2 Bioinformatique, LGC ; CR2 Génomique fonctionnelle de la glande mammaire, GPL (déjà proposé l’an dernier et non pourvu). Sept postes d’ingénieurs ont été demandés, dont un transversal. Les résultats (qui n’étaient pas encore connus à la date du conseil) sont les suivants. Sont arbitrés favorablement : IR Production porcine URZ ; IR Bioinformatique LGC/SAGA ; IE Transgénèse (remplacement N Chenais) LGBC ; IE CRB (remplacement F Piumi) LREG ; IE Génomique bovine – LGBC ; IE Transversal – Génopole Toulouse – LGC. Le poste d’IE sur la Génétique des Palmipèdes, suite au départ de MM Mialon (SAGA) n’a pas été accordé. Pour les AI-B-C, le quota initial est de 2 AI, 4TR et 3 AJT. Ce quota est diminué de 2 AJT suite aux succès en concours interne, et augmenté de 1 TR (compensation par Phase de la mobilité prévue de B Sepchat), 4 AJT (suite aux départs après concours interne, CI). A noter que les deux postes des AGT promus en CI sont remplacés par des AJT. Le quota final est donc de 2 AI, 5 TR et 5 AJT. Les arbitrages du département (qui ne devraient pas être modifiés par la DG) sont les suivants : AI Bordeaux NS, en compensation de la perte du personnel INSERM ; AI à GDA, en compensation du départ de C Joffrin ; 1 TR au CTIG suite au départ en retraite d’Y Bovy ; 1 TR à la PEIMA, pour préparer le transfert de Gournay et suite au départ de JP Hisieux : TR à GMC Alfort, en compensation d’un départ en retraite et d’une absence pour longue maladie ; 1 TR au LREG suite aux départs de C Urien et JC Save ; 1 TR au Rheu pour compenser le départ de B Sepchat ; 1 AJT à GDA suite au départ de JL Monvoisin ; un AJT secrétariat à l’UEPSA ; un AJT au Rheu suite au CI de P Roger ; un AJT à l’UE GFA suite au CI de C Moussu ; un AJT à CPA suite au départ de C Brun-Baronnat. Par ailleurs, une demande exceptionnelle de CDD a été faite conjointement par le département et le centre de Toulouse pour Carmaux, en sous-effectif important. Les problèmes urgents non résolus concernent le secrétariat de la SAGA et du LGC (un poste commun souhaitable), la perte non compensée au Pin, un sous-effectif prévisible à l’UEPSA, et le personnel pour l’informatique de la SGQA. En 2005, le département disposait de 12 mois de CDD d’ingénieur. Après remboursement d’un mois au département SAE2, 8 mois ont été accordés pour soutenir la démarche qualité du CRB au LREG (S Pollenne) et 3 mois en bioinformatique au LGC (L Duquenne). En 2005, 24 nouvelles thèses ont été débutées, ce qui est un chiffre plus élevé que d’habitude. Cinq sont liées à Rivage, 4 à l’ADAR. On bénéficie également de nouvelles sources de financement, comme l’IFREMER, le MAAPR, le MAE, le CNRS-BDI, la région Haute Normandie et l’INSERM. Parmi ces 24 thèses, 9 sont co-financées par le département à un

niveau variant entre 12,5 et 50%. On regrette un nouvel échec en Bretagne et Aquitaine, ainsi que l’absence de possibilité en Midi-Pyrénées. H de Rochambeau note que des bourses seront disponibles dans cette région en 2006. Plusieurs bourses sont de types CIFRE. Enfin, on note une certaine augmentation des bourses ministère. La liste des nouvelles thèses est disponible dans la Gazette numéro 9. 3. Point sur la préparation du 7ème PCRD Le conseil accueille Nicolas Trift, de la cellule Europe de la DARESE. Il présente d’abord un bilan du 6ème PCRD pour l’INRA : 25 M€ sur les 2 premiers appels, un budget moyen (pour l’INRA) de 350 k€ par projet, supérieur de 40% quand le projet est coordonné par l’INRA ; 101 projets acceptés sur 230. Le département GA a présenté un petit nombre de projets (7) mais il a obtenu un bon taux de réussite (4) dont Eadgene, seul REX coordonné par l’INRA, SABRE (un important PI touchant beaucoup d’équipes) et un EST (RIVAGE). A noter que le département est présent dans d’autres projets pilotés à l’INRA par un autre département. Parmi les outils du 7ème PCRD, il convient d’insister sur les ERA-NET (ou coordination d’outils nationaux), les plates-formes technologiques, et les infrastructures. Le 7ème PCRD sera basé sur 4 programmes spécifiques : « Cooperation » (9 thématiques), « People » (Marie Curie), « Capacities » (infrastructures), et « ERC » qui financera directement des projets d’excellence, comme la NSF aux USA. Les perspectives de financement 2007-2013 sont plus réduites qu’initialement prévu, du fait de la situation politique et budgétaire difficile de l’Europe. En conséquence, il y aura concurrence entre programmes, entre priorités, entre instruments, et certaines priorités ne seront pas soutenues. Parmi les priorités, l’ensemble « Food » (agronomie, biotechnologie, alimentation) ne devrait représenter que 5% du budget malgré un périmètre large. L’Environnement est un autre domaine possible pour nous, avec 5-6%. La Santé sera plus centrée sur le traitement des maladies humaines et nous concernera peu. Des plates formes technologiques sont créées : pilotées par des industriels, elle rassemblent également des scientifiques pour constituer des sortes de groupes de réflexion et de pression labellisés par l’Europe qui joueront un rôle essentiel dans la définition du contenu des appels d’offre. Ces plates formes technologiques écrivent d’abord un « vision paper » présentant une vision stratégique à 20-30 ans, puis un agenda stratégique de recherche ou SRA. Ces SRA seront la base des appels d’offre. Parmi les plates formes en cours, notons celles sur l’eau, la forêt, les énergies vertes, « Plants for the future », « Global animal health », « Food for life », « Animal breeding and reproduction (FABRE) » piloté par l’EFFAB. Pour bien faire représenter nos priorités dans les futurs appels d’offre, il est nécessaire de les faire reconnaître dès maintenant, avec un calendrier très court. Il est donc demandé de : - faire remonter au CD puis à la DARESE les projets de programmes souhaités en 2007-

2010, avec un titre, des mots clés, un porteur de projet INRA, le nom des partenaires, le nom du coordinateur. Délai : mi janvier.

- Participer activement aux plates formes et SRA (en particulier pour FABRE). L’INRA y a été représenté jusqu’à présent par P Monget (PHASE). Des volontaires doivent maintenant s’investir dans les groupes de travail. Le vision paper de FABRE sera déposé en février 2006. Une version provisoire est disponible sur l’Intranet du département.

D Boichard indique en conclusion que le département souffre d’un certain déficit en porteurs de projet et qu’il est crucial pour nos financements en 2008-2012 que de nouveaux porteurs apparaissent. Si la coordination des gros instruments s’avère trop difficile ou trop lourde, on pourra s’orienter vers des instruments plus simples comme les STREPS, SSA, ou COST. Il

indique également que la génétique animale est un domaine relativement restreint et que les partenaires possibles sont bien connus, l’INRA faisant partie des partenaires difficilement contournables avec WUR et BBSRC. Il convient de tirer parti de cette situation. 4. Etat de la situation dans le département en assurance qualité (A Roig) A Roig fait un historique de la politique de l’INRA. Deux objectifs prioritaires définis en 2000, la fiabilité des résultats mesurables et la traçabilité des travaux de recherche. En 2004, l’INRA a proposé son référentiel qualité et assuré un accompagnement. Depuis 2005, des audits conseils sont réalisés. Dans le département GA, trois objectifs sont affichés : la certification du CTIG, la certification du CRB Gadie, le niveau 1 du référentiel INRA pour les autres unités. Des efforts importants ont été consentis sur les deux premiers objectifs, le CRB est certifié et nous espérons que le CTIG, pour ses activités bovines, et la SGQA, pour les évaluations génétiques bovines, le seront début 2006. Pour les autres unités, la situation est variable et globalement il apparaît que le niveau 1 est atteint à 37%. Au cours de l’année 2005, on a observé une progression forte dans les UE mais moins importante dans les UR. Cette situation résulte d’une dynamique globale dans les UE qui a été souhaitée et appuyée par le département. Il apparaît qu’une politique similaire est à mettre en place maintenant dans les UR. A Roig fait les propositions suivantes : - instaurer des réunions qualité au niveau du département - créer une cellule qualité pour le département (réflexion collective) - recruter une personne pour le département Si la dernière proposition semble difficile à satisfaire compte tenu des arbitrages actuels, les deux premières sont très favorablement accueillies. Une cellule sera constituée autour d’A Roig avec au moins un représentant de génétique quantitative, de génétique moléculaire, d’une UE et un informaticien. Une réunion qualité du département pourrait se tenir avant fin mars. 5. Loi d’orientation et de programmation de la Recherche (F Hatey) F Hatey présente les principaux éléments que l’on peut retenir de la future loi d’orientation et de programmation de la recherche, suite à une présentation de la DG devant le Conseil Scientifique de l’INRA puis devant les PC et CD. Le processus est en cours puisque le projet a reçu les avis du Conseil Economique et Social et du Conseil d’Etat, qu’il est passé en Conseil des Ministres le 23 novembre, qu’une commission du Sénat l’examine en décembre 2005 et que l’Assemblée Nationale l’examinera en février 2006. Ce projet préconise un développement équilibré entre recherche fondamentale, recherches à finalité sociétale et recherches à finalité économique ; le rapprochement des acteurs de la recherche publique et le développement d’interfaces ; une stratégie globale et de long terme, avec une gouvernance rénovée, une politique de recherche dynamique et une sensibilisation de la société aux enjeux de la science. Ce projet définit 6 objectifs structurants : 1. Renforcer nos capacités d’orientation stratégique ; 2. Système d’évaluation unifié, cohérent et transparent ; 3. Rassembler, faciliter les coopérations entre les acteurs de la recherche ; 4. Carrières scientifiques attractives et évolutives ; 5. Innovation et liens recherche publique/privée ; 6. Intégrer le système français dans l’espace européen de la recherche (EER).

1.Renforcer nos capacités d’orientation stratégique : par la Création du Haut Conseil de la Science et de la Technologie (Consultatif, 12 à 20 membres, rôle non encore complètement défini) ; l’articulation des politiques nationales, européennes et régionales (EER, pôles de

compétitivité, PRES) et le renforcement de la culture de projet (Opérateurs de Recherche et Agences de moyens -ANR AII).

2.Bâtir un système d’évaluation de la recherche unifié, cohérent, transparent, avec la création de l’Agence d’Évaluation de la Recherche (AER). L’évaluation par les pairs sera généralisée à tous les travaux bénéficiant de financement public (institutions, projets, programmes, unités, personnes). Elle sera en principe adaptée pour prendre en compte la spécificité des missions. Elle sera indépendante des décisions qui en découlent. Elle sera réalisée par des experts reconnus, français ou internationaux. Elle sera transparente, avec des critères, des évaluateurs et des conclusions connus de tous. Elle débouchera pour les unités à une notation par l’AER et sera suivie de conséquences. Pour les personnels, elles continueront à utiliser les procédures propres aux organismes employeurs. Elle devrait toucher aussi les ingénieurs et techniciens. En ce qui concerne l’INRA, les procédures sont déjà majoritairement en place, il convient de formaliser les informations, les rendre les plus communicables et transparentes possibles. Se pose la question du rôle des départements : il garderait son rôle dans la composition des comités, la définition de la lettre de mission et bien sûr, dans décisions post évaluations. Le rôle des conseils de département devient flou. Pour les évaluations individuelles, il y a risque de mise en cause des concours par rapport aux rôles des CSS et des CEI.

3.Rassembler les énergies et faciliter les coopérations entre les acteurs de la recherche : Le but est de rapprocher les acteurs, accroître leur taille critique, assurer le rayonnement de la science française. Pour cela, divers outils sont créés : les PRES et Campus, et l’ANR. Enfin, les procédures administratives devraient être modifiées. Le PRES (Pôle de Recherche et d’Enseignement Supérieur) vise à une meilleure cohérence du potentiel de recherche et d’enseignement supérieur existant en un lieu donné. Le texte parle de « mouvement de rapprochement des acteurs », « Évolutions progressives et expérimentation », « volontariat entre acteurs de la recherche et de l’enseignement supérieur », « cadre fédératif d’accompagnement», « logique de coordination des activités et de mutualisation des moyens». On cherche donc à regrouper en laissant un large degré d’initiative à la base pour constituer des pôles plus gros et plus lisibles. Les PRES pourront être locaux ou dispersés, généralistes ou thématiques. Les projets les plus structurants bénéficieront d’une dotation spécifique en 2006 (équipement ou immobilier). Un PRES doit comprendre au moins un EPSCP (c’est-à-dire une université ou une grande école, publique ou privée) et doit regrouper tout ou partie de leurs activités et de leurs moyens afin de conduire des projets d’intérêt commun. Le PRES pourra avoir un statut varié : GIP, Etablissement Public de Coopération Scientifique – EPCS, ou Fondation de Coopération Scientifique – FCS. L’EPCS, structure nouvelle, est une sorte de GIP permanent créé par décret, dont les missions est à l’intersection de celle de ses membres. Sa gouvernance est spécifique : son président est élu par un CA de 25 membres dont 8 membres « internes » seulement. Se pose la question de la création d’EPCS « agricoles ». L’EPCS vise la mise en commun de moyens notamment, les grands équipements, la coordination écoles doctorales, la valorisation des activités en commun, des incertitudes restant sur la gestion commune des personnels. Le Campus, comme son nom ne l’indique pas, mobilise sur une thématique particulière des forces de recherche pouvant être géographiquement éloignées. Les Campus porteront un projet scientifique de haut niveau précisément délimité de qualité scientifique d’envergure mondiale, porté par plusieurs établissements couvrant une ou plusieurs thématiques de recherche. Ils seront peu nombreux, une dizaine de projets structurants devraient être sélectionnés sur appel d’offre. Trois sont pressentis : Paris (économie), Strasbourg (médicament), Saclay (technologie de l’information). Leur statut juridique sera celui d’une fondation (avec ses prérogatives fiscales) à l’exception près que tous les membres peuvent être publics (de ce point de vue, ce projet risque de ne pas être maintenu en l’état). La présence d’un EPSCP n’est pas obligatoire dans

un campus. Dernier outil, l’Agence Nationale de la Recherche (ANR) est un Etablissement Public Administratif dont l’objectif est de financer des projets sur appel d’offre. Son fonctionnement se veut souple. Les projets peuvent être thématisés ou non. L’ANR devrait favoriser les nouveaux outils, les PRES présentant d’« excellentes conditions » et les CAMPUS étant « éligibles » et une partie des fonds devraient leur être réservés. Enfin, pour rendre la recherche plus efficace, la Loi prévoit l’allègement de certaines procédures administratives, avec un mandataire unique pour les UMR, la simplification administrative pour les unités, la suppression du contrôle financier a priori, la simplification de la passation des marchés publics, et la modernisation de la gestion des ressources de la recherche universitaire.

4.Rendre les Carrières scientifiques attractives et évolutives : pour augmenter l’attractivité de la recherche, les Écoles doctorales seront plus puissantes et proposeront des formations doctorales rénovées, la période doctorale sera reconnue comme première expérience professionnelle, et les allocations doctorales seront revalorisées de +16 % en 2 ans. Un plan de recrutement ambitieux est annoncé (mais combien dans le public ?). 100-150 Bourses «Descartes» seront attribués à des jeunes chercheurs ou EC « de talent » qui recevront une prime, seront déchargés d’enseignement et auront accès aux concours sans condition. Les services d’enseignement devraient être mutualisés et allégés. Les séjours à l’étranger seront bonifiés, de même que les expériences en entreprise. Enfin, le volume des primes sera augmenté, en particulier pour l’encadrement, l’intérêt collectif, et sur la base de l’évaluation.

5.Innovation et liens recherche publique/privée : la loi veut encourager la recherche en entreprise. Elle vise le développement des jeunes entreprises innovantes, la mise en œuvre de grands programmes technologiques (AII), le renforcement du soutien à la recherche des PME, le développement des interfaces public/privé (label Carnot), le renforcement de l’attractivité du territoire pour la recherche des entreprises (pôles de compétitivité). Le Label Carnot est possible pour une structure publique menant des activités de recherche en partenariat avec des acteurs socio-économiques. Elle doit respecter une charte impliquant des de fortes compétences technologiques, un lien marqué avec la recherche académique, la capacité à conduire des projets complexes et des partenariats économiques déjà établis (au moins 10% de son budget à coût complet apportés par les partenaires). Le Label Carnot permet un abondement financier de l’Etat lié au volume et à l’accroissement des contrats conclus.

6.Intégrer système français dans Europe : l’objectif est de participer à la construction de l’EER en favorisant la mobilité et l’accueil, le recours à des experts européens pour l’évaluation, la création de laboratoires binationaux et européens. D’ici deux ans, 20% projets de l’ANR devraient faire l’objet d’appels d’offres communs avec des organismes européens. Il en résulte de nombreuses questions pour l’INRA : l’articulation des procédures internes d’évaluation et de l’AER (unités, personnels ; rôle des départements) ; les rôles respectifs et moyens financiers de l’ANR et des opérateurs (complémentaires…) ; l’intérêt d’identifier à l’INRA des structures « Carnot » (le département peut-il être labellisé ?) ; comment se positionner dans le nouveau dispositif marqué par l’émergence des PRES, pôles de compétitivité, campus, réseaux européens ? Comment articuler tout cela avec une politique scientifique nationale autour de nos objets et disciplines ? Concernant les PRES, il convient en tout état de cause de se positionner au mieux dans les écoles doctorales. 6. Brevets (B Coudurier)

L’EFFAB (European Forum of Farm Animal Breeders) vient de réaliser un inventaire des brevets déposés par Monsanto dans les domaines de la reproduction et de la sélection animale. B Coudurier présente les grandes lignes de ce travail. Certains de ces brevets semblent avoir un champ exagérément étendu (ex : région environnant le récepteur à la leptine chez le porc) ou relever davantage du sens commun que de l’invention (ex : organisation d’ensemble d’une entreprise de sélection porcine). Un autre de ces brevets concerne l’ensemble des animaux de ferme et consiste en une appropriation de fait de la méthodologie du BLUP assisté par marqueurs. Son application n’est antérieure au brevet que dans quelques rares cas (ex : indexation INRA bovins laitiers) d’où un risque pour les autres utilisateurs potentiels. L’EFFAB propose à ses membres un service de suivi des brevets, à coût partagé, jusqu’au moment où l’opposition devient possible. Il sera plus difficile et plus coûteux de procéder à l’opposition elle-même. Un brevet ne peut être contesté par un consortium. Des solutions devraient alors être trouvées pour qu’un des membres concernés porte le dossier à coûts partagés. Cette solution est-elle accessible financièrement et pratiquement à des entreprises privées de type PME, par ailleurs concurrentes ? En ce qui concerne les bovins, un partenariat à cet effet avec ICAR serait possible pour diminuer les coûts. Il n’est pas encore effectif. D Allain rappelle la chronologie des demandes de brevets : dépôt initial, maintien du secret pendant 18 mois, publication, dépôt national ou extension PCT, examen de la recevabilité du brevet par les offices de brevet, acceptation ou rejet (5 à 6 ans entre le dépôt et la décision de recevabilité). Des licences sont possibles après le dépôt, sans attendre la décision de recevabilité. En cas d’utilisation préalable de l’invention par un tiers, celui-ci peut être exempté de redevance. L’opposition au brevet peut être réalisée au cours d’une fenêtre relativement courte (12 mois, à confirmer) au cours de l’examen de recevabilité. Enfin, la durée de validité du brevet est de 20 ans à partir du dépôt. D Allain rappelle le coût d’une demande de brevet : le dépôt initial est de 7500€ en France. L’extension PCT coûte 8000€. Les extensions par pays sont les opérations les plus coûteuses. Elles dépendent des pays et de la durée, mais sur 10 ans, il faut compter environ 100 000€. V Ducrocq rappelle l’histoire du brevet déposé par l’Université Cornell sur l’utilisation de modèles statistiques utilisant les données de contrôle laitier mensuel. L’inventivité revendiquée (abusivement) était de même nature que dans le cas du MA - BLUP déposé récemment par Monsanto. Pourtant, les péripéties juridiques ne sont pas terminées et la contestation du brevet en Europe (notamment par l’Allemagne) a été particulièrement laborieuse. Le brevet MA - BLUP de Monsanto peut donc générer de réels problèmes dans l’avenir. Le débat s’ouvre sur la meilleure façon de s’organiser. Il faut trouver un volontaire et des financeurs. D Boichard a demandé conseil à la DISI mais n’a pas reçu de réponse à ce jour. Il ne semble pas facile de trouver en Europe un scientifique volontaire pour organiser l’opposition. Le nom de J Chesnais (Canada) est évoqué. 7. Genetics Selection Evolution (F Minvielle) Pour sa dernière intervention en tant que RS de la revue, F Minvielle indique qu’une centaine d’articles auront été soumis en 2005, en augmentation de 50% par rapport à 2000. Ils proviennent de 18 pays et le nombre de contributions du département continue à diminuer, en particulier concernant les articles théoriques. Cependant, le cœur de métier de GSE demeure la génétique quantitative dans ses aspects théoriques, appliqués ou expérimentaux. Le

développement dans le domaine de la génétique moléculaire est difficile, avec une augmentation entre 2000 et 2003, mais une baisse depuis. Pour F Minvielle, l’essor de GSE dans ce domaine passe par la soumission régulière de quelques articles de très bonne qualité par an, par les équipes du DGA. Les articles publiés dans le domaine de la génétique des populations naturelles/sauvages sont en très nette régression, ce qui a conduit les nouveaux RS H Hayes et P Baret à recentrer dès 2006 la revue sur les espèces animales d’élevage et expérimentales. Le nombre d’abonnements diminue lentement, ce qui est une caractéristique générale mais inquiétante des revues scientifiques, défavorable au modèle de paiement par le lecteur. Le facteur d’impact est en progression. Il a atteint 1,65 en 2004 et sera proche de cette valeur en 2005. Enfin, Francis Minvielle décrit son analyse des citations des articles de GSE publiés depuis 2000. En résumé, un tiers des articles ne sont pas cités au bout d’un an, 10 à 20% au bout de deux ans, mais très peu d’articles ne sont « jamais » cités. Les articles provenant du département sont plutôt plus cités que les autres. Les articles des numéros supplémentaires sont très peu cités et ont eu un effet très défavorable sur le facteur d’impact. Pour l’avenir, les recommandations de F Minvielle sont les suivantes : éviter les numéros supplémentaires qui coûtent cher en termes de facteur d’impact, essayer de diminuer les articles à 0 citation sur les 2 premières années, « privilégier » les articles d’auteurs qui publient très régulièrement leur travaux, commander annuellement un article de revue de qualité sur un sujet d’actualité et le mettre en début d’année en libre accès sur le site de GSE. F Minvielle indique que le rapprochement avec Animal Genetics est toujours à l’ordre du jour, mais que le dossier avance lentement. Les contrats avec les éditeurs ont été renouvelés, ce qui conforte la situation actuelle pour 3 ans et donne le temps de la réflexion. Pas de nouvelle récente par ailleurs sur la revue européenne soutenue par la FEZ devant regrouper RND, Anim Res, et Anim Sci. Cette nouvelle revue devrait être créée en janvier 2007. 8. Analyse sommaire des Productions du département en 2004-2005 (D Boichard). D Boichard présente la production en articles A dans le cadre du nouveau périmètre du département. En 2004, 155 articles ont été publiés. En 2005, 148 sont déjà identifiés, ce qui laisse présager un nombre comparable à celui de 2004. Les revues principales sont les mêmes qu’auparavant : génétique animale (GSE, Animal Genetics, Cytogenetics and Genome Research, Mamm Genome…), production animale (Livest Prod Sci, J Dairy Sci, J AnimSci, Meat Sci, Brit Poultry Sci…). On note une augmentation des revues BMC et une diminution de Genetics en 2005. Parmi les revues à fort FI, notons un article dans chacune des revues suivantes : Science, PNAS, JBC, Bioinformatics, J Gen Virol. Le CT2 représente environ la moitié des articles et le CT1 un tiers. On note peut-être une diminution (60% du total des articles, contre 75% sur 2000-2003) de la proportion d’articles où le département est leader (premier ou dernier signataire), ce qui constitue un point à surveiller. Enfin, D Boichard signale que seulement un tiers des articles lui sont communiqués par les équipes et rappelle que tous les articles doivent être envoyés dès leur parution à Annie Pech, avec copie pour les articles A au département. Il indique que la liste des publications 2004 vient d’être diffusée. Il regrette cette date tardive et souhaite que la liste 2005 puisse sortir au printemps 2006. Pour cela, il rappelle les consignes : envoyer les informations au fur et à mesure pour tous les supports (articles A, congrès, livres, autres articles, rapports de stage…), plus de traduction du titre à fournir, mais donner des mots clés simples, et répondre rapidement aux sollicitations d’A Pech. 9. Recommandations pour notre Politique de publication (F Minvielle)

F Minvielle rappelle que nos citations sont plutôt supérieures au facteur d’impact moyen (2) des revues dans lesquelles nous publions, ce qui signifie que nous pouvons viser plus haut. Il propose de choisir des revues de facteur d’impact supérieur à 2 peu ou pas utilisées jusqu’à présent qu’il passe rapidement en revue, et dont la liste est disponible sur le site du département. D Boichard conclut la journée avec une présentation rapide du site Web du département et de ses évolutions. Mercredi 14 décembre 2005 10. Intervention de Bernard Charley, DS APA Le Conseil accueille Bernard Charley, Directeur Scientifique APA. B Charley est un immunologiste du porc et vient du département SA. Il a un adjoint, Patrick Herpin et une chargée de mission, Catherine Christophe. Il indique que dans la mesure du possible, la DS participera aux conseils de département et aux commissions spécialisées par espèce. Parmi les éléments de sa lettre de mission, il mentionne d’une part la poursuite de la modernisation du dispositif expérimental et la mise en place, avec la DS PPV, d’un programme fédérateur de biologie intégrative, dit Agro BI doté d’au moins 700 k€ par an sur au moins 2 ans. A cette somme s’ajoute 500 k€ réservés à des opérations de séquençage et de soutien aux CRB. Parmi les étapes de ce programme, il rappelle le séminaire AIP séquençage en décembre 2004, le rapport sur Biologie Intégrative Végétale en février 2005, le recrutement de 3 ASC (mais aucun en APA), une note de synthèse sur AgroBI distribuée aux CD, une première présentation du programme au collège le 12 décembre 2005 et une journée de bioinformatique le 15 décembre. Ce programme aura plusieurs axes d’intégration : du gène à la fonction dans le but de donner un sens aux données génomiques (axe horizontal) ; du subcellulaire à l’organisme dans son contexte et inversement (axe vertical) ; comparatif et évolutif (axe tranversal) ; développement, cinétique, synchronisation (axe temporel). Les enjeux principaux sont : de tirer parti des flux de données en –omique, dépasser les approches seulement descriptives, mieux comprendre les mécanismes sous-jacents, et renforcer l’évolution convergente des disciplines pour décrire, expliquer, comprendre. Les verrous sont nombreux : bioinformatique et statistique, modélisation, acquisition des données, modèle descriptif de la démarche, intégration d’un certain nombre de dimensions : écophysiologie, génétique, expertises nécessaires dans de nombreuses disciplines. Pour cadrer le programme, il faut le différencier des actions existantes (ANR Blanche, Genanimal, Genoplante). Le cadrage n’est pas définitif dans la mesure où apparaît un nouveau programme ANR appelé Science des systèmes complexes qui semble très comparable et plus richement doté. Le programme se limitera à l’étude d’une question biologique au niveau d’un organisme : fonction particulière, caractère complexe, réponse aux bioagresseurs. Il privilégiera les actions utilisant les données de génomique, la modélisation et l’expérimentation. Côté organisation, le programme fonctionnera avec un groupe de travail INRA et un Comité scientifique INRA et extérieur. En 2006, les étapes seront les suivantes : lancement d’un appel à proposition (AAP) en janvier, clôture en mars, évaluation des projets par le CS de mars à mai, sélection finale par le comité de pilotage en mai, versement du soutien en juin. D’autres actions entreront dans le cadre du programme AgroBI : recrutements d’ASC, peut-être de post doc, animations et formations, séminaires inter EPST, mise en place d’un site Web, préparation d’un programme ANR de biologie intégrative. L’objectif 2007 est la poursuite d’AgroBI à travers un programme ANR. Avec 700 k€ par an, le programme

pourrait financer 7 à 10 projets sur 2 ans. Celui-ci serait réservé aux équipes INRA mais les projets pourront associer des partenaires non INRA. Les critères incluront la pluridisciplinarité, la présence de plusieurs équipes, la faisabilité (en particulier informatique), le pilotage par une unité INRA. Une discussion s’engage sur la place respective de Génanimal, Genoplante, AgroBI avec en particulier la question du recouvrement des thèmes et des comités. Il existe également un risque de difficulté importante pour les professionnels financeurs qui souhaitent réserver leur participation aux seuls projets qui les concerneront directement. Ce point est rediscuté plus tard lors de l’intervention de C Chevalet sur l’ANR. Un autre point de discussion est le montant financier d’AgroBI, considéré comme faible. On rappelle que le budget de l’INRA est tendu, que la masse salariale consomme 85 du budget et que 4 millions d’Euros seulement sont disponibles pour des actions incitatives. Ces sommes sont faibles par rapport à ce que représente l’ANR. De même, l’effectif de 3 ASC est considéré comme trop réduit pour être réellement incitatif et attractif, pour les équipes comme pour les étudiants. Le chiffre pour 2006 n’est pas totalement arrêté pour chaque action, mais le nombre total d’ASC sera de 6. D Boichard rappelle l’historique 2005 : suite à un appel d’offre, environ 25 sujets ont été proposés, 7 ont été retenus par une commission de sélection (dont 1 en génétique animale, proposé par GARen) et 3 ont été sélectionnés sur ces 7 par le collège de direction. Malheureusement, aucun sujet animal n’a été retenu parmi les trois. D Boichard insiste sur le fait qu’il faut préparer ces sujets dès maintenant et que les profils doivent être définis en interface entre un laboratoire de biologie et un laboratoire de mathématique (avec une forte ouverture hors DGA) et porter sur l’utilisation de données de génomique. C Diot indique que le profil 2005 proposé à Rennes portait sur l’annotation fonctionnelle par exploration des bases de données avec une équipe très reconnue de l’université de Rennes I. B Charley présente ensuite le programme de la réunion des DU APA qui aura lieu le 25 janvier 2006 dans le nord de Paris. Cette manifestation réunira les CD, adjoints, DU, animateurs de commission spécialisée, animateurs du réseau animalier, porteurs de revues, soit 120 à 140 personnes environ. Y seront présentés : les projets de la DS, les départements APA, 3 exposés scientifiques illustrant la biologie intégrative, les revues du secteur APA. Pour le département, H Hayes présentera GSE et A Eggen présentera le programme sur la syndactylie. D Boichard a choisi ce programme qui présente l’intérêt de combiner des travaux sur la variabilité génétique et sur la génomique fonctionnelle, qui est financé par Genanimal, repose sur un large partenariat, et utilise les unités expérimentales. Pour conclure, B Charley indique que la DS souhaite être proche des départements GA, SA et PHASE, mais également de CEPIA et MICA. Des réunions mensuelles dites BAPA sont prévues avec les chefs de département. 11. Transversalités avec GAP (D Boichard) La mise en place de transversalités avec GAP correspond à un souhait ancien du département GA mais aussi à une demande récente introduite dans la lettre de mission du CD GA. Les objets de recherche sont très différents mais globalement, les métiers sont très comparables dans les deux départements. Or, bien que nous utilisions les mêmes concepts et les mêmes outils, nos relations sont jusqu’à maintenant très limitées. L’objectif est donc d’échanger dans différents domaines pour profiter des acquis des deux départements et profiter de synergies. Le périmètre initial a été volontairement restreint à quelques thèmes mais il pourra progressivement être étendu, par exemple sur les interactions génétique x milieu ou quelques grandes fonctions comme la production des gamètes ou la

résistance aux maladies (en étendant la discussion à MIA et EA). Dans un premier temps, les actions se veulent centrées sur la génomique au sens large. Quatre thématiques ont été définies lors d’une réunion entre les CD GA et GAP. Chaque thématique est confiée à un binôme GA/GAP en charge de construire un programme et organiser un séminaire d’une à deux journées, si possible dans le premier trimestre 2006. 1) cartographie physique et comparée, animé par Laurent Schibler (GA) et Catherine Feillet (GAP Clermont). Sur une journée, ce thème pourrait couvrir l’utilisation des banques de BAC, la construction de cartes physiques, les hybrides d’irradiation, l’utilisation des données de séquence des génomes complets, l’organisation comparée des génomes, les outils bioinformatiques. 2) utilisation et analyse des données de transcriptome, animé par Christèle Robert (GA) et Jean-Pierre Renou (GAP Evry). Sur une journée, ce thème pourrait couvrir les choix technologiques, le type d’expérimentations conduites, les objectifs recherchés, les outils bioinformatiques et statistiques mis en œuvre. 3) analyse du polymorphisme, animé par D Boichard et A Charcosset. Sur deux journées, ce thème très large pourrait traiter de la détection sur génome entier et la validation de SNP ou d’autres polymorphismes, de stratégie de génotypage et bioinformatique associée, déséquilibre de liaison, cartographie fine de QTL et clonage positionnel, structure du génome, introduction à la diversité génétique (thème qui sera développé dans le 4). 4) Un quatrième thème traiterait de l’utilisation des nouvelles données de Génomique pour l’analyse de la diversité. Il serait programmé après les autres. Animé par E Verrier et un membre de l’équipe GAP de Montpellier, il donnerait lieu à une réunion spéciale de notre réseau diversité. Un calendrier volontairement court est souhaité : les trois séminaires pourraient avoir lieu d’ici la fin du premier trimestre 2006. La participation est volontairement restreinte à 30-40 personnes car il ne s’agit pas de formations ouvertes mais de séminaires d’échanges entre personnes impliquées couramment dans ces thématiques. Les départements fourniront une aide financière et logistique. Les membres du conseil réagissent très positivement à cette initiative. Ces séminaires ne doivent pas nuire à ou reproduire des activités déjà existantes. A une remarque sur l’intérêt d’ouvrir à d’autres départements comme MIA, il est indiqué que l’invitation de spécialistes est possible mais l’objectif est de s’informer mutuellement entre GA et GAP sur l’avancement des programmes et de rechercher des synergies. Il est également rappelé que les cultures sont parfois très différentes (par exemple, place de la cytogénétique, nature très différente des marqueurs utilisés jusqu’à maintenant (RFLP vs microsatellites), absence d’hybrides d’irradiation en végétal). Il convient dès à présent de réfléchir à des suites, en particulier les interactions génotype/milieu (y compris canalisation, normes de réaction, analyse statistiques de données en série). Un séminaire sur les éléments transposables est également suggéré. 12. Agence Nationale de la Recherche (C Chevalet) C Chevalet fait un historique d’Agenae, construit en partenariat avec 4 filières. Agenae comprend un Comité d’Orientation Stratégique COS (choix stratégiques), un Directoire Opérationnel, des comités par espèce. Ces structures sont en charge de l’élaboration d’un appel à projet, et du suivi des projets, et Agenae était un interlocuteur privilégié du Ministère de la Recherche. La structure officielle reconnue par le Ministère est Genanimal, dont le COS a la responsabilité du choix des programmes retenus et de la répartition des soutiens. La

cohérence entre Agenae et Genanimal était assurée jusqu’à maintenant par le fait que les deux COS avaient la même composition. Avec l’ANR, cette cohérence n’est plus maintenue car Agenae n’est pas reconnu et ses structures n’ont donc pas de légitimité, en particulier dans le choix des projets soutenus. Le Conseil Scientifique de Genanimal est chargé de l’évaluation des projets et établit un classement. Son COS a été recomposé en 2005 avec une diminution du nombre d’INRA (le moins possible est souhaité par l’ANR), l’arrivée de personnalités extérieures (C Nguyen et E Verrier). Le Conseil Scientifique garde la même composition, avec V Laudet comme président. Un changement important de fonctionnement est que l’ANR ne gère pas directement les programmes mais les délègue à d’autres organismes. L’INRA est délégué pour Genanimal et s’appuie sur les personnes en charge de l’animation scientifique, en particulier pour l’expertise des dossiers, la structure DIFAG/DISI mise en place pour cela n’étant pas fonctionnelle. Avant l’ANR, la mise en place des crédits était immédiate via l’INRA (FNS) ou le ministère (FRT). La mise en place des conventions est maintenant beaucoup plus complexe : entre la réponse du COS et la décision de l’ANR, une expertise des projets est réalisée sur le plan des montages financiers par OSEO-ANVAR, avec des documents spécifiques à fournir par les équipes. A la date du conseil, ces expertises demandées le 20 septembre 2005 n’étaient pas terminées (mais devraient l’être incessamment…). La signature des décisions implique la mise en place des conventions par l’INRA pour chaque projet et pour chaque équipe, de même que la préparation des conventions par les partenaires professionnels. Un seuil minimum de subvention est fixé à 10 k€, ce qui va impliquer des regroupements entre équipes et un partage savant des subventions de l’ANR et des professionnels entre équipes… Les projets finalisés sélectionnés en 2004 n’ont jamais été dotés, du fait de la suppression du FRT (1,225 M€). L’ANR financera ces crédits en 2005, sans réévaluer les projets. On peut espérer l’arrivée de ces crédits début 2006… La situation pour 2006 : Malheureusement, un très petit nombre (15) de projets a été déposé en 2005, ce qui s’explique aisément en particulier par le fait que les équipes ayant soumis en 2004 et non subventionnées n’ont pas re-soumis. Ce petit nombre est cependant mal considéré par l’ANR qui considère Genanimal comme trop proche de l’INRA. Il est donc nécessaire d’élargir les thématiques et les comités. Le périmètre est élargi à toutes les espèces d’intérêt socio-économique [cheval, chien, lapin (déjà inclus dans aviculture), espèces marines (crevette)], voire davantage. L’AAP sera ouvert au soutien des infrastructures, centres de ressources et informatique (ce qui constitue une opportunité pour le CRB et SIGENA). Le programme ANR donnera la possibilité de recruter du personnel sur projet. La distinction générique/finalisé n’existe plus, ce qui constitue une souplesse mais aussi un danger très important, car la sélection des projets risque d’être basée sur des critères identiques favorisant uniquement l’excellence scientifique. Le partage du financement entre ANR et partenaire professionnel n’est pas figé statutairement à 50%, mais les partenaires souhaitent le maintien de cette clause et négocient avec l’ANR l’introduction de la « parité » dans les projets finalisés qu’ils soutiendront. Ce soutien professionnel s’accompagnerait de critères supplémentaires dans les projets finalisés, en particulier de pertinence et de réalisme introduits par les professionnels. La question de la parité dans le financement est posée, globale ou par projet. A la question sur l’éventualité de la participation des filières correspondant aux nouvelles espèces, il est répondu que le système est libre car au contraire d’Agenae qui structure l’offre professionnelle sur 4 espèces, l’ANR ne reconnaît rien. Une organisation préalable des filières est nécessaire.

Une remarque est formulée sur la lourdeur des dossiers. Une partie de cette lourdeur pour l’utilisateur est liée aux fiches OSEO ANVAR ajoutées a posteriori mais qui seront harmonisées avec le reste du dossier à l’avenir. Pour alléger le travail des équipes, une étape de déclaration d’intention pourrait être ajoutée mais elle induirait un délais supplémentaire de 2 mois. Calendrier 2006 : animation scientifique le 3 janvier, réunion du COS en janvier, lancement de l’AAP en février ou mars, conclusion du COS en juillet, mise en place des crédits à l’automne. Un séminaire AGENAE est programmé les 28-29 mars au Futuroscope à Poitiers. 13. Evaluations (D Boichard) Trois évaluations d’unité sont en cours. Les documents sont disponibles sur le site intranet du département, à la page Evaluations. - L’évaluation de la Station de Recherches Avicoles a eu lieu les 24-25 novembre derniers.

Le point marquant est la réorganisation de l’Unité par le département Phase. Deux équipes (reproduction et comportement) quittent l’unité et rejoignent la PRC en constituant des équipes de taille plus importante. L’objectif est de privilégier l’organisation par thématique plutôt que par espèce. D Boichard souligne l’importance de conserver, voire augmenter quantitativement les forces dédiées aux recherches sur les oiseaux et de maintenir les collaborations qui existaient préalablement entre équipes de l’unité, en particulier avec l’équipe de génétique.

- L’évaluation de l’UMR de Bordeaux aura lieu le 15 Décembre 2005. Le projet consiste à fusionner les unités actuelles Neurogénétique et Stress (P Mormède) et Neurobiologie Intégrative (R Dantzer) dans une unité unique mixte avec l’Université de Bordeaux 2 et avec le CNRS, qui sera dirigée par Françoise Moos. La thématique centrale sera les relations entre Stress et Immunité. Si, dans un premier temps, cette fusion a été fortement encouragée par les deux départements AlimH et GA et par les deux DS NHSA et APA, les équipes ont su construire un projet qui apparaît satisfaisant. L’unité sera bi-départementale. Elle ne pourra pas rester dans l’Institut François Magendie (Inserm) et le problème des locaux semble en voie de résolution [Note : depuis le conseil, des locaux de taille suffisante ont été attribués dans la Faculté de pharmacie]. La commission d’évaluation est une commission CNRS présidée par Marcel Crest avec deux membres proposés par l’INRA, D Vaiman et J Epelbaum. P Mulsant représentera le département à cette évaluation.

- L’évaluation de l’UMR Cytogénétique des Populations Animales est programmée pour le 8 mars 2006. Le projet propose la fusion avec le Laboratoire de Génétique Cellulaire (qui deviendrait UMR) et la constitution d’une grande équipe de cytogénétique dans cette unité. Les deux sites seraient conservés.

Ces évaluations seront discutées lors du prochain conseil le 10 ou le 11 mai 2006. 14. Loi d’orientation agricole (D Boichard) D Boichard présente la situation actuelle de la nouvelle loi d’orientation agricole. Il s’agit d’une loi générale couvrant de nombreux domaines. Seul le point sur la génétique animale sera abordé ici. L’article 28 donne un nouveau cadre à la génétique animale et remplace de ce fait la loi sur l’élevage. Ces changements sont motivés par la nécessité de mettre la législation française en cohérence avec le droit européen, par un avis défavorable de la DGCCRF sur le monopole de l’insémination bovine, et par la volonté d’un certain désengagement de l’Etat. L’objectif est de donc de confier la responsabilité, l’organisation et

le financement de la génétique aux organisations professionnelles, tout en essayant de conserver un système organisé. Les discussions entre professionnels et représentants de l’Etat ont été longues (18 mois). Le résultat est traduit d’une part dans l’article 28, d’autre part dans un projet d’ordonnance. La loi a été votée avec quelques modifications mais sans remise en cause majeure du contenu négocié préalablement. L’ordonnance devrait être promulguée dans les prochaines semaines. Dans sa version initiale, l’Article 28 ne comprenait que l’autorisation du gouvernement à légiférer par ordonnance. Le Parlement a réinséré dans l’article les points les plus importants de l’ordonnance. L’article 28 compte 5 points : 1) création d’un service universel de distribution et mise en place de la semence des

ruminants en monte publique. Cette disposition supprime donc le monopole de mise en place (avec son obligation de service et sa mutualisation des coûts) et le remplace par un système concurrentiel. Dans les zones les moins rentables, un service universel garantit le service et l’Etat s’engage à participer au fond de compensation.

2) L’Amendement Simon (député de la région Charolaise et ancien ingénieur DDA et directeur de bovin croissance de la zone) prévoit la certification au 1er janvier 2015 des reproducteurs de monte publique et de leur semence. Il existe un flou sur la signification de la certification (génétique ? sanitaire ? inscription à un livre ?). Il existe par ailleurs une réglementation européenne qui interdit toute entrave au commerce des reproducteurs en race pure.

3) Création d’une interprofession génétique des ruminants, reconnue par les pouvoirs publics même si elle ne représente pas la totalité des opérateurs. Elle peut proposer à l’Etat des règles applicables à tous les éleveurs, même non adhérents à cette interprofession et elle peut demander à l’Etat de lever des fonds. JC Mocquot indique cependant que cette levée de fonds n’est pas envisagée pour l’instant, le FNE jouant ce rôle. On peut supposer cependant que cette possibilité sera utilisée quand les réserves du FNE, relativement limitées, seront épuisées. Les membres de cette interprofession sont les centres IA, les associations de races, les organismes de contrôle de performance, ainsi que l’APCA comme membre associé. L’Institut de l’Elevage et l’INRA sont également membres associés. Cette interprofession a trois objets : organiser et diffuser le progrès génétique ; définir les critères et méthodes de sélection ; gérer et maintenir les systèmes nationaux d’information génétique. Cette interprofession, qui aura une structure légère, sera créée très rapidement en 2006.

4) Le gouvernement est autorisé à légiférer par ordonnance pour le reste. 5) La date de mise en application est fixée au 1er janvier 2007. Ce dernier point devra être

revu, car il est trop tardif pour certaines clauses et trop précoce pour d’autres qui demandent de nombreux décrets et des attributions par appel d’offre.

L’ordonnance est ensuite présentée. A noter qu’elle a valeur de loi, même si elle ne passe pas devant le Parlement. Son champ couvre pratiquement toutes les espèces, équine, bovine, ovine, caprine, porcine, asine, cunicole, avicole, aquacole, carnivores domestiques, mais à des degrés variés. La Commission nationale d’amélioration génétique est maintenue, mais beaucoup de ses prérogatives ont disparu puisque les budgets d’Etat sont réduits. Elle aura entre autres à traiter des appels d’offre. Les instituts techniques se voient confier des missions d’intérêt commun et de recherche appliquée d’intérêt général. L’article 4 de l’ordonnance est dédié à l’INRA : l’INRA propose des méthodes d’amélioration génétique, et il assure les évaluations génétiques à partir de l’échelon national du système d’information qu’il gère. L’ordonnance traite ensuite des ressources zoogénétiques (caractérisation, conservation, sélection,

valorisation). A noter que dans le texte de l’article 28, le parlement a modifié la formulation concernant “effort spécifique pour les races locales” en rajoutant l’expression “, en particulier dans les zones de montagne”. Le conseil du DGA souhaite que les ressources génétiques ne soient pas restreintes aux seules populations de montagne. La suite de l’ordonnance concernent des espèces ou groupes d’espèces. Plusieurs paragraphes concernent les Ruminants. L’enregistrement et le contrôle de performances est confié à un organisme unique par zone d’intervention et par type de production, pour une durée déterminée par le ministre chargé de l’agriculture, à l’issue d’un appel d’offres (5 ans). Le contrôle de performances ne dépend plus de l’EDE. Le paragraphe suivant concerne la traçabilité (génétique, sanitaire) du système de stockage et de mise en place de la semence, une mesure essentielle dans un système dérégulé. Le paragraphe stipule que l’activité de monte publique sera soumise à déclaration préalable, ce qui semble nettement insuffisant. Une autorisation est nécessaire, impliquant le respect d’un cahier des charges. Les décrets devront prendre ce point en compte. Des décrets sont prévus pour définir l’enregistrement de l’ascendance, l’évaluation des reproducteurs, la tenue et l’agrément des livres généalogiques, la possibilité de reproduction non sexuée, la monte publique. L’enregistrement des filiations reste un monopole des EDE chez les ruminants, les Haras nationaux gardant leur prérogatives actuelles chez les chevaux. L’ordonnance crée un Organisme de sélection par race (UPRA rénovée), agréé, mais sans obligation d’adhésion. Quel avenir pour ce texte ? Il reste encore plusieurs inconnues : quelles modifications dans l’ordonnance avant sa promulgation ? quelle réaction du Conseil d’état ? quelle réaction à Bruxelles ? Une discussion s’engage sur les conséquences de cette loi. Il est encore très difficile de prédire l’évolution du système français. Les conséquences se font déjà sentir dans le domaine de l’insémination bovine, en pleine restructuration. Ce changement est potentiellement très important pour l’INRA : d’une part, il n’est pas certain que les structures nationales se maintiennent ; d’autre part, la concurrence va réduire les ressources financières du secteur et donc ses capacités de financement, en particulier en recherche et développement. Les UPRA sortiront sans doute très affaiblies de ce changement, tant politiquement que financièrement. L’interprofession est une solution pour éviter l’éclatement et maintenir une obligation de respect des règles. L’Institut de l’Elevage peut trouver un rôle fort, en particulier dans le management du système d’information mais sa situation dépendra beaucoup de la force de l’interprofession et de ses financements. Pour l’INRA, le maintien de ses responsabilités en termes d’évaluation génétique et de gestion du site national d’information génétique est un point essentiel à la fois en interne pour notre identité et l’orientation de nos activités (CT3), et en externe pour notre poids politique vis à vis de nos partenaires, et pour nos capacités financières. Début 2005, le CD a défendu un maintien de l’implication de l’Etat et de l’INRA avec deux arguments : d’une part l’intérêt de la société sur le long terme qui peut être très peu compatible avec l’intérêt économique des sélectionneurs sur le court terme ; d’autre part la nécessité du maintien d’un arbitre dans un système devenu plus concurrentiel. On note ensuite que le désengagement financier de l’Etat est très rapide. Lors de la dernière CNAG générale, le budget a été sensiblement réduit et 20% ont été mis en réserve dès maintenant, de sorte que seuls l’Instituts de l’Elevage et l’INRA sont relativement préservés, les EDE, les UPRA et Bovin Croissance subissant une très forte diminution. B Coudurier indique que le SYSAAF serait sans doute traité comme un institut technique et conserverait donc ses aides de l’Etat.

Enfin, D Boichard conclut sur le gros travail qui reste à réaliser, avec de nombreux décrets à écrire et mettre en place, travail auquel le département devra contribuer. 15. Modernisation du dispositif expérimental en productions animales (JM Elsen) JM Elsen présente son rapport transmis la semaine précédente à la Direction Générale. Il indique qu’il s’agit d’une co-production avec les départements PHASE, GA et SA. Les points de vue sont en général assez largement partagés par les co-producteurs mais le rapport n’est pas complètement consensuel et certains CD peuvent ne pas être d’accord avec certaines propositions. Il insiste sur le fait que ce rapport n’engage que lui et ne préjuge pas de ce que la DG décidera. Il insiste également sur le terme Modernisation, qui ne signifie en aucun cas régression ou élimination. Cette modernisation se justifie par l’évolution du contexte, en particulier l’émergence de la biologie moléculaire, mais plus généralement de l’évolution des pratiques de recherche basées sur l’observation, l’expérimentation et la modélisation. Cette réflexion est aussi motivée par l’évolution des orientations de l’INRA autour de son tripode Agriculture, alimentation, environnement. Enfin, on ne peut pas oublier les contraintes budgétaires, les UE représentant un coût important en terme de ressources humaines et d’entretien du patrimoine. Le rapport s’est basé sur des visites des unités expérimentales, divers rapports (Chassin, Lechopier), une bibliométrie issue des départements, et de nombreuses discussions. Le rapport compte 6 Chapitres : positionnement général, inventaire des besoins, description du dispositif, évaluation des unités, propositions de restructuration, gestion financière.

* Positionnement général : ce chapitre montre la nécessité d’un dispositif expérimental fort, pour la production scientifique, mais aussi les productions autres, et la connexion avec le développement ou l’enseignement. L’INRA doit continuer à expérimenter dans ses unités propres, car il est impossible de le faire totalement ailleurs. * Inventaire des besoins. Neuf objets de recherche sont identifiés : analyse de la variabilité génétique ; évaluation de méthodes de gestion des populations; analyse des régulations physiologiques ; facteurs d’amont sur la qualité des produits ; biotechnologies de la reproduction ; évaluation de systèmes de production ; observations clinique de maladies spontanées ou expérimentales ; analyse des interactions hôtes pathogènes ; méthodes de contrôle des maladies. * Description du dispositif : il est très varié en taille, en budget, en espèces, en nature d’expérimentations réalisées, en type d’installation et de confinement… On peut distinguer trois grands types d’UE : longue durée, grands effectifs (plutôt GA) ; courte durée (plutôt PHASE) ; contrôle sanitaire (plutôt SA). Le rapport fournit une description exhaustive des installations du secteur APA, ainsi qu’une présentation plus sommaire des installations de nos partenaires. * Evaluation des unités : l’évaluation concerne la productivité mais aussi la capacité à produire. Il convient en effet de dissocier les deux aspects, le premier dépendant fortement de la productivité des scientifiques travaillant avec l’UE. Deux approches sont utilisées pour mesurer la productivité : l’approche directe mesure la production scientifique et (mais plus difficilement) le transfert d’innovation ; l’approche indirecte mesure les moyens consacrés par les scientifiques (nombre de protocoles, de journées expérimentales…). Cette deuxième approche s’avère très hétérogène entre départements et difficilement utilisable. La capacité à

produire repose sur un bilan des moyens en terme de patrimoine (état des bâtiments, statut foncier), localisation géographique, ressources humaines, coûts de fonctionnement, statut sanitaire et insertion régionale. Il ressort de cette analyse que les unités sont difficilement comparables entre départements, tant les protocoles sont différents en nombre, en taille et en durée. Le nombre de publications par unité expérimentale ou par atelier d’UE est calculé sur 5 ans (1999-2003). Il est beaucoup plus faible en génétique animale que dans les deux autres départements. Même si ce constat s’explique, il n’est globalement pas favorable à GA pour un regard extérieur. Cependant, JM Elsen indique bien que la comparaison entre départements est difficile et que la notation qui en résulte est réalisée intra département. Le classement final des unités (ou ateliers dans les grosses unités) est basé sur une notation en trois classes d’isofréquence intra département (A/B/C) sur les 4 critères suivants : Ressources humaines (taille, encadrement, pyramide des âges) ; Patrimoine (fragilité, spécificité, investissements nécessaires) ; Budget ; Productions. L’approche est réalisée par espèce et tient compte du contexte, des redondances et des propositions d’évolution. Les propositions couvrent l’ensemble du secteur et pas seulement le département GA. Pour le lapin, il est proposé de : transférer les opérations de sélection commerciales aux partenaires à échéance fixée ; évaluer les projets scientifiques concernant les phanères, adapter le dispositif expérimental sur le site du Magneraud ; créer un grand pôle d’expérimentation cunicole en Midi-Pyrénées sur le site de Langlade pouvant accueillir les expérimentations des généticiens et physiologistes ; fermer les IE SAGA et SRC et l’EASM lapin ; créer éventuellement un élevage miroir de sauvegarde des ressources génétiques. Pour les caprins, un regroupement géographique sur Bourges (ou aux Verrines) est préconisé. Pour les salmonidés, la pisciculture de Gournay sera fermée et transférée à la PEIMA, avec sauvegarde sanitaire à Lees Athas. Ce projet est commencé, et il illustre bien les difficultés de tous ordres (humaines, financières, sanitaires) que peut poser un tel transfert. Pour les porcs, le rapport préconise de conforter la Guadeloupe, utiliser davantage le Rheu comme site d’expérimentation, fermer l’atelier de Bourges (ou l’utiliser comme site de sauvegarde), créer un pôle d’expérimentation en Poitou-Charentes ; clarifier la répartition des expérimentations entre Nouzilly et Saint Gilles. Chez les bovins allaitants, il est proposé de conforter Gardel, transférer la lignée INRA 95 à Midatest, évaluer le projet hypermuscularité non lié à la myostatine (pertinence, choix du modèle) dont dépend le futur de Carmaux ; fermer l’un des sites d’Auvergne (Marcenat ou Monts Dore) ; clarifier les projets pour l’ensemble Bourges - La Grêleraie - Le Pin-Borculo : où conduire l’expérimentation sur la précocité ? même question pour la qualité de la viande. Chez les bovins laitiers, le rapport propose de conforter Le Pin, fermer le troupeau de la PII (et compenser par une ouverture des autres troupeaux aux pathologistes), conduire à son terme le Physiopole d’Ile de France (Bressonvilliers), conduire la réflexion dans les domaines d’Auvergne, clarifier les rôles respectifs de l’UMR PL et de l’URH sur l’élevage bovin laitier. Chez les volailles, il s’agit de conforter Artiguères comme site pour les palmipèdes, aller vers la fusion des UE GFA et SRA à Nouzilly et afficher un grand pôle d’expérimentation en volaille à Nouzilly, réfléchir à la répartition des expérimentations entre INRA et AFSSA, clarifier nos besoins en termes d’Elevage alternatif. Chez les ovins (pour lesquels la capacité expérimentale est très importante avec environ 8 000 brebis), réfléchir à la pertinence de l’ovin comme modèle pour le bovin, réfléchir également à l’avenir de Langlade après la tremblante, conforter Bourges et la Fage, fermer l’élevage ovin de l’UMR PL, maintenir notre présence au Merle et y accueillir une partie des expérimentations de l’UMR ERRC.

Chez les chevaux, maintenir le dispositif actuel (qui n’est pas en GA). En conclusion, il est nécessaire : de clarifier les rôles des UR, dans un certain nombre de cas souvent dans le département Phase (Biotechnologie de la reproduction, Elevage des bovins laitiers, Croissance et développement des poissons, Elevage ovin) ; de maturer ou préciser certains projets comme la Génétique de l’hypermuscularité, la précocité chez les bovins allaitants, la Génétique des phanères ; de définir l’échéance pour le transfert des opérations de sélection commerciale ; de constituer des élevages miroir pour sécuriser nos ressources génétiques ; de conforter les UE/IE de proximité et de concentrer géographiquement par espèce pour les UE distantes. Dix propositions fortes d’évolution demandent à être évaluées en termes de solidité scientifique, faisabilité (RH, politique régionale), coût/bénéfice pour l’INRA par les PC et CD concernés, les chercheurs utilisateurs, et les DUE. Le sixième chapitre du rapport n’est pas présenté, il n’apporte pas de nouveautés par rapport aux discussions antérieures. Le conseil remercie JM Elsen pour cet exposé très bien construit. La discussion s’engage sur la notion de plate forme expérimentale ouverte qui correspond à plusieurs des évolutions proposées (pôle cunicole à Toulouse, pôle d’infectiologie, Physiopole,…). L’ouverture, avec une offre externe, ne semble réaliste si elle est accompagnée d’une augmentation de la capacité à expérimenter. Elle peut être dangereuse si elle traduit et affiche une sous-utilisation de la capacité. L’objectif de la majorité des propositions est plutôt le maintien de la capacité mais à moindre coût et avec une meilleure robustesse. Les regroupements proposés conduisent à une ouverture plus systématique entre départements. Ceci présentera des avantages scientifiques clairs mais aussi certaines contraintes, en particulier dans le financement des coûts expérimentaux qui devront être harmonisés. Sur Toulouse, il semble essentiel que les aspects santé puissent être traités dans le futur pôle expérimental lapin G Caste indique que l’ensemble des domaines bovins allaitants souffrent actuellement. A Carmaux, l’absence de décision se traduit par l’absence d’embauche et par une diminution progressive des effectifs, rendant la situation difficile aussi bien pratiquement que psychologiquement, car le personnel est inquiet. JM Elsen insiste sur le fait que la balle est pour l’essentiel dans le camp des scientifiques qui doivent proposer un projet convaincant et valoriser au maximum les expérimentations déjà réalisées. Le conseil note aussi que les recrutements actuels de jeunes scientifiques et la politique de valorisation rapide ne sont pas favorables à la conception d’expérimentations nouvelles et longues sur animaux de ferme. Il demande enfin si le transfert d’une autre espèce, par exemple des ovins, à Carmaux serait envisageable ? D Boichard indique qu’il est difficile d’ouvrir un poste à Carmaux qui souffre pourtant d’un sous-effectif marqué avant toute décision sur l’avenir du site, et qu’une demande de CDD exceptionnelle a été transmise à la DG par le Centre de Toulouse et le département. G Saleil pose la question des échéances et du devenir des hommes dans les sites menacés. F Hatey intervient dans le même sens en se faisant l'écho de la question que se posent les agents de Carmaux quant à l'avenir du domaine. JM Elsen indique qu’il n’est pas maître des échéances, et que son rôle s’arrête ici. La réflexion prendra encore du temps, au moins l’année 2006 pour la prise de décision, et sûrement plusieurs années pour la réalisation. Un exercice similaire est en cours dans le domaine végétal, et Guy Riba est en charge de la synthèse au niveau de l’Institut. La question du personnel, qui fait partie du processus de décision, sera abordée au cas par cas car elle dépend beaucoup des conditions locales.

D Boichard donne quelques éléments sur la position du département. A Langlade, à court terme, il est prévu de continuer la thématique tremblante en l’étendant aux caprins (sans traite). A terme, l’impact de l’infestation du milieu par le prion doit être étudié précisément pour déterminer si l’élevage ovin hors tremblante sera envisageable. Sur Bourges, la question doit être posée sur la capacité à terme de l’élevage, dans la mesure où une bergerie est à rénover et que deux possibilités sont offertes, une rénovation à l’identique en dur ou la démolition et le remplacement par une bergerie-serre, moins coûteuse mais moins durable. Concernant la spécialisation géographique par espèce, D Boichard est plutôt favorable à ce principe car cela faciliterait la gestion des ressources et donnerait une meilleure visibilité à chaque site. Il présente cependant deux inconvénients : d’une part, une harmonisation forte des financements et modes de gouvernance qui pourrait ne pas être à notre bénéfice, compte tenu du mode de financement de nos UE ; d’autre part, des transferts de troupeaux très coûteux et qui ne doivent pas se traduire par une perte importante de capacité expérimentale. Il note enfin que le problème des bovins allaitants est amplifié par l’arrivée récente, non-demandée, du troupeau allaitant du Pin (ex-Phase) dans le département, qui a ainsi augmenté notre capacité expérimentale. La Grêleraie présente des avantages mais elle est handicapée par sa petite taille et les problèmes de gestion du personnel qui en découlent. Enfin, Bourges souffre de son caractère hors-sol, pas vraiment représentatif de l’élevage bovin allaitant. E Verrier rappelle la complémentarité entre cryopréservation et conservation des lignées « respirantes ». Pour des lignées en cours d’étude cryopréservée sur la voie mâle seulement, une conservation respirante est nécessaire pour une reconstitution rapide (cas d’une thèse, d’un contrat européen…), alors qu’une reconstitution par back-cross successifs demande un délai certain. Il est également mentionné que le troupeau miroir présente l’avantage de maintenir une mission pour le personnel en place. Parmi les sites miroir, il est aussi fait état de la sauvegarde (urgente) des lignées aviaires de Tours au Magneraud. Une question est posée sur l’avantage à l’international que confère sa capacité expérimentale au département. Ce point, mentionné lors de l’évaluation du DGA, n’a pas été repris dans le rapport mais aurait pu y figurer. Une autre question est posée sur d’éventuelles recommandations sur les installations d’espèces modèles. Elles n’ont pas été abordées dans le rapport parce qu’elles sont relativement nombreuses, qu’elles exigent des moyens bien plus limitées et parce qu’elles ne posent pas de problème de valorisation scientifique des résultats. JP Bidanel indique que le niveau sanitaire de l’élevage porcin de Bourges n’est pas si mauvais que le laisse supposer JM Elsen, en dépit d’installations très vétustes. Il souhaite par ailleurs que l’on fasse une analyse approfondie sur l’avantage réel de grands regroupements. Parmi les conditions essentielles au bon fonctionnement, il faut selon lui aussi tenir compte du contexte externe. Par exemple, si un abattoir avec lequel on travaille vient à fermer, certains protocoles deviennent alors très difficiles à réaliser. A une question sur le financement de grosses opérations de transfert de troupeaux, il est répondu que des sources externes doivent impérativement être trouvées pour financer l’essentiel. Pour les réaménagements à Bressonvilliers, par exemple, la première tranche (acquise à ce jour) est permise essentiellement par la fermeture et la vente du domaine de Brouessy. L’INRA dispose d’un patrimoine immobilier et foncier dont une partie pourrait être mobilisée pour ces investissements lourds.

16. ADD (F Minvielle) F Minvielle fait un point sur l’AAP ADD. Quelques chiffres : 56 déclarations, 33 projets, 15 financés par l’ANR pour 7 millions (dont 5 de l’ANR), un budget par projet variant de 100 à 800 kEuros. Le département est globalement peu représenté dans les projets acceptés, il est partenaire de deux projets. P Phocas portait un projet de grande ampleur (496 k€), qui n’a pas été retenu. Ce projet portait sur les « Objectifs de sélection dans un cadre de développement durable » et rassemblait de nombreux partenaires INRA et autres. Il a été considéré comme intéressant et important, il entrait bien dans le cadre de l’appel d’offre dont un des paragraphes correspondait d’ailleurs au titre. Les critiques ont été essentiellement de trois ordres : pilotage un peu flou, projet intégrant trop de sujets n’apparaissant pas bien coordonnés entre eux, faiblesse de la contribution des sciences sociales. Ce projet sera repris, recentré sur moins de thématiques et resoumis au prochain appel d’offre (déclaration d’intention en février 2006, projet complet en mai). Il comprendra 4 « workpackages » : le bien-être animal (A Boissy), la limitation des rejets (S Grasteau), la limitation des intrants pharmaceutiques (H Garreau), et l’intégration de critères associés au développement durable en sélection (F Phocas). Il sera plus ambitieux sur les aspects économiques et sociaux et rédigé dans un style mieux adapté aux experts ADD. 17. Présentation de la lettre de mission du chef de département GA (D Boichard) D Boichard rappelle le contexte. Un premier mandat de 2 ans (octobre 2002 à octobre 2004) a coïncidé avec la restructuration des départements de l’INRA. Une première lettre de mission a été rédigée à la création du nouveau département GA à l’été 2004. Fin 2004, le mandat de D Boichard a été renouvelé. A sa demande, ce mandat a été limité à deux ans. L’année 2005 a ensuite débuté par l’évaluation du département. La nouvelle lettre de mission (rédigée en novembre 2005) combine donc la lettre de mission de 2004 et les recommandations de la DG suite à l’évaluation du département. Une lecture commentée est faite de cette lettre de mission. Parmi les points marquants : - un rappel de nos missions, l’analyse de la variabilité génétique et l’élaboration de méthodes de gestion de populations - la réalisation du SSD - un investissement toujours accru en biologie intégrative avec les autres départements, y compris GAP, CEPIA et MIA. - un élargissement du partenariat vers la société (transformation, consommateurs, environnement) - la modernisation du dispositif expérimental, le transfert à la profession des lignées à vocation commerciale - la définition d’un cadre clair de nos activités dans la nouvelle loi d’orientation agricole - une limitation de l’investissement dans la conception des outils génomiques comme les puces, une réflexion sur la protéomique - un investissement dans l’épigénétique avec Phase et dans les interactions hôtes pathogènes avec SA - la place des espèces modèles dans notre activité - une organisation davantage par projets - une réflexion sur notre organisation par discipline. La séance est levée à 17h20.

La prochaine réunion des conseils aura lieu les 10 et 11 mai 2006 à Paris.