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Faculté de médecine de Strasbourg C2i niveau 2 « Métiers de la santé » Année 2013/2014 T.P. ED 2 De PubMed au PDF : exemple d'utilisation d'une base de données bibliographique médicale PubMed : base de données médicales contenant des références d'articles de revues Les objectifs de cette séance : à partir d'un sujet de recherche, être capable de retrouver des articles scientifiques pertinents dans PubMed : savoir utiliser le MESH optimiser une recherche bibliographique dans PubMed retrouver le texte intégral des articles scientifiques 1. l' ENT et le portail documentaire : accéder aux ressources numériques de l'université depuis chez soi Si vous vous connectez au portail documentaire de l'université via votre identifiant et votre mot de passe ENT, vous aurez accès à la documentation électronique de l'UDS depuis chez vous . Pour cela, rendez vous sur le site web de l' UDS à cette adresse : http://www.unistra.fr/ et cliquez sur l'onglet "ENT" dans la barre de menu horizontale, gauche. Connectez-vous à l'ENT en cliquant sur le bouton rouge "CONNEXION" si vous avez déjà un mot de passe et un identifiant, sinon cliquez sur "Activation" pour créer votre identifiant et mot de passe grâce à votre n° INE se trouvant sur votre carte d'étudiant. SCD Santé/C2i Santé/ARomain/ 1 sur 16 Service Commun de la Documentation Cliquez ici pour accéder à l'ENT Connectez vous à votre ENT ou activez votre compte ENT

De PubMed au PDF : exemple d'utilisation d'une base …bu-outils.unistra.fr/.../C2i_niveau_2_TD_ED_2_PUBMED_2013-2014.pdf · Année 2013/2014 T.P. ED 2 De PubMed au PDF : exemple

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Faculté de médecine de StrasbourgC2i niveau 2 « Métiers de la santé »

Année 2013/2014T.P. ED 2

De PubMed au PDF : exemple d'utilisation d'une base de données bibliographique médicale

PubMed : base de données médicales contenant des références d'articles de revues

Les objectifs de cette séance : à partir d'un sujet de recherche, être capable de retrouver des articles scientifiques pertinents dans PubMed :• savoir utiliser le MESH• optimiser une recherche bibliographique dans PubMed• retrouver le texte intégral des articles scientifiques

1. l' ENT et le portail documentaire : accéder aux ressources numériques de l'université depuis chez soi

Si vous vous connectez au portail documentaire de l'université via votre identifiant et votre mot de passe ENT, vous aurez accès à la documentation électronique de l'UDS depuis chez vous.

Pour cela, rendez vous sur le site web de l' UDS à cette adresse : http://www.unistra.fr/ et cliquez sur l'onglet "ENT" dans la barre de menu horizontale, gauche.

Connectez-vous à l'ENT en cliquant sur le bouton rouge "CONNEXION" si vous avez déjà un mot de passe et un identifiant, sinon cliquez sur "Activation" pour créer votre identifiant et mot de passe grâce à votre n° INE se trouvant sur votre carte d'étudiant.

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Service Commun de la Documentation

Cliquez ici pour accéder

à l'ENT

Connectez vous à votre ENT ou activez votre

compte ENT

Une fois l'ENT ouvert, cliquez sur l'onglet "Documentation" dans le menu vertical et choisir "Portail documentaire de l'Université de Strasbourg" dans le menu déroulant.

Vous accédez ainsi au portail documentaire de l'université. Cliquer sur le cadenas tout à droite pour être reconnu par le portail.

Si vous vous connectez au portail documentaire de l'université via votre identifiant et mot de passe de l'ENT, vous aurez accès à la documentation électronique de l'UDS depuis chez vous.

2. La transformation du sujet de recherche en mots clés

Pour interroger une base de données il faut « parler son langage » : pour cela on se sert des mots-clés choisis dans le thésaurus MESH (en anglais : Mesh database)

Le thésaurus MESH est une liste contrôlée et hiérarchisée de mots-clés.

– contrôlée : les synonymes renvoient à un seul mot-clé

– hiérarchisée : les mots-clés sont organisés en termes génériques, qui se subdivisent en termes spécifiques en formant une arborescence.

Problème : PubMed est une base américaine qui s'interroge en anglais.Pour trouver les mots-clés anglais, nous allons nous servir du MESH bilingue, qui est une traduction faite par l'INSERM du MESH. C'est le préalable à la recherche PubMed : le MESH bilingue nous permet de traduire notre recherche en anglais.

2.1 Le MESH bilingue via le site CISMEF

Voici votre sujet :

►La pratique d'une activité physique chez les enfants atteints de mucoviscidose

SCD Santé/C2i Santé/ARomain/ 2 sur 16

Cliquez sur « Documentation »

puis « Portail documentaire de l'Université de Strasbourg »

Cliquer sur le cadenas pour être reconnu par le portail

• Déterminez les éléments importants dans le sujet pour repérer 3 mots clefs

activité physique + mucoviscidose + enfant

• Nous allons rechercher les équivalents MESH de ces mots clefs en interrogeant le MESH bilingue :Pour interroger le mesh bilingue, tapez "Mesh" dans la fenêtre de recherche du portail documentaire et cliquez sur "GO"

Dans la liste des résultats cliquez sur "mesh bibingue via cismef" pour faire apparaître la page d'accueil du mesh bilingue.

Une fenêtre de recherche apparaît grâce à laquelle vous pouvez rechercher les mots clefs MESH, comme indiqué ci-dessous :

Retrouvez le ou les mots clés anglais correspondant à « activité physique » :

• Tapez «physique » dans la fenêtre de recherche• Sélectionnez "mots clés MESH"(colonne de gauche)• Cliquez sur "o.k"

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Cliquez ici pour afficher la page d'accueil du mesh bilingue

Tapez « mesh » dans la fenêtre et cliquez sur « go »

Inscrivez le mot clé dans la fenêtre de

recherche et cliquez sur

« ok »

• Visualisez les définitions en cliquant sur chaque terme. Par exemple, cliquez sur "Exercice physique" : Vous obtenez les informations suivantes (fenêtreau centre de l'écran). :

• Choisissez les mots-clés Mesh adaptés au concept d'activité physiqueEducation physique et entrainement physique = Physical education and trainingExercice physique = Exercise Techniques d'exercices physiques = Exercise movement techniquesSports = Sportsaptitude physique =Physical Fitness

• Utilisez la même démarche pour le terme Mucoviscidose = Cystic fibrosis• Enfant : pas de mot clés à chercher. Nous prendrons ce terme en compte par la suite grâce à la recherche

avancée de PubMed

2.2 Le MESH Database

• Retournez sur la page d'accueil du portail en cliquant sur l'onglet ENT de la barre de navigation de Mozilla

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Sélectionnez les termes pertinents dans la liste des

résultats

Terme Mesh français

Terme Mesh anglais

Définition

Synonymes

• Recherchez la page d'accueil de Pubmed en tapant « PubMed » dans la fenêtre de recherche du portail.

• Recherchez les mots-clés dans "MESH Database"• Entrez dans le « Mesh Database » comme indiqué ci-dessous :

► Voyons le 1er concept : CYSTIC FIBROSIS • Entrez le mot-clé « cystic fibrosis » dans la fenêtre de recherche et cliquez sur GO

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Entrez dans le Mesh Database

Tapez « pubmed » dans la fenêtre de recherche et cliquez sur « GO »

Cliquez sur Pubmed-Medline pour afficher la page d'accueil de Pubmed

2.Cliquez sur « recherche » pour afficher la fenêtre de recherche

1. Cliquez sur l'onglet «  ENT » pour revenir à la fenêtre du portail

• Vous obtenez 9 résultats accompagnés des définitions de chaque terme.• Cliquez sur le terme le plus approprié.

• Une fiche détaillée apparaît. Déroulez cette fiche, elle précise : la définition du mot, les différentes approches du sujet, les synonymes (c'est une liste contrôlée) et l'arborescence (c'est une liste hiérarchisée).

• Lorsqu'il y a le choix entre plusieurs termes, cochez la case devant le terme adéquat, ici : "cystic fibrosis", puis allez dans le tableau de droite "pubmed search builder" et cliquez sur "Add to search builder". Sélectionnez "AND" (cf copie d'écran ci-dessous)

► Voyons le 2e concept : PHYSICAL ACTIVITIES

• Entrez le mot-clé « Sports » dans la fenêtre de recherche et cliquez sur GO• Cochez la case devant le terme « Sports »• Cliquez sur le bouton "Add to search builder"• Choisissez entre "AND ", "OR " ou "NOT ". Voir tableau ci-dessous :

Opérateurs logiques

ORPrésence de l’un ou l’autre terme ou des deux (à employer pour élargir la recherche)exemple : les Joueurs de Volley-ball OR les Joueurs de Basket-ball

ANDPrésence simultanée des deux termes. (permet de préciser la recherche)exemple : les joueurs de Volley-ball AND les joueurs de Basket-ball

NOTPrésence du 1er terme, exclusion du 2ème

exemple : les joueurs de Volley-ball NOT les joueurs de Basket-ball

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Pubmed Search Builder

Cliquez sur "Add to search

builder" pour envoyer votre

mot clé dans la boite de

recherche et sélectionner

« AND » 

• Appliquez la même démarche pour les autres mots-clés :"Physical Education and Training"[Mesh] OR "Exercise"[Mesh] OR "Physical Fitness"[Mesh] OR "Sports"[Mesh] OR "Exercise Movement Techniques"[Mesh]

• Placez les parenthèses au bon endroit. La question doit se présenter ainsi dans la fenêtre de recherche :"Cystic Fibrosis"[Mesh] AND ("Physical Education and Training"[Mesh] OR "Exercise"[Mesh] OR "Physical Fitness"[Mesh] OR "Sports"[Mesh] OR "Exercise Movement Techniques"[Mesh])

• A cette étape du travail, vous avez formulé votre requête dans le Mesh Database et vous pouvez l'envoyer dans PubMed, afin de retrouver des articles sur le sujet.

• Pour cela, cliquez sur le bouton « Search PubMed» : Combien de réponses obtenez-vous ?

3. La gestion des résultats dans PubMed

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Formulation de la requête

Cliquez sur « Search PubMed »

Colonne de gauche, vous pouvez affiner votre recherche en sélectionnant parmi les limites proposées.Vous pouvez en afficher plus en cliquant sur « more », puis sélectionnez la limite choisie et cochez là (la limite choisie devient bleue)

Encore plus de limites

4. conservez uniquement les parutions des 5 dernières années

• sélectionnez les articles rédigés en anglais et en français• limitez la recherche aux publications concernant les enfants• cliquez sur "SEARCH" : combien de résultats obtenez-vous ?

3.1 La fonction «History»

• Cliquez sur "advanced" (cf copie écran ci-dessus)

La rubrique "History"garde en mémoire la liste de vos recherches et leurs résultats pendant 8 H. Vous pouvez donc visualiser les résultats de la recherche sans limite en cliquant sur le nombre de résultats obtenus (colonne "Items found )

3.2 La fonction «Clipboard»

Clipboard = Panier qui peut contenir 500 références . Les articles sont stockés pendant 8 heures

• Cochez 20 articles

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• Ouvrez le menu « Send to » ,cochez « Clipboard » et cliquez sur "Add to Clipboard"

• Cliquez sur « Clipboard : 20 items» (menu vertical à droite de l'écran) pour visualiser la liste des publications sélectionnées.

• Supprimez 5 références :– cochez 5 articles– cliquez sur « Remove selected items »

• Envoyez-vous une référence du clipboard par e-mail en utilisant le menu "Send to"Vous pouvez de la même manière enregistrer ou imprimer le contenu du Clipboard.

5. La veille documentaire : « My Ncbi »

My NCBI : Création d'un espace personnel pour conserver les équations de recherche ainsi que les références pour une durée illimitée. My NCBI permet également de recevoir automatiquement par e-mail

les nouveaux articles parus sur un sujet de recherche.

4.1 Créer un compte

• Cliquez sur «My NCBI» en haut à droite de votre écran.

• Cliquez sur "Register for an account"

• Indiquez un nom d’utilisateur, un mot de passe, le mot de sécurité et les cinq caractères, ainsi que votre adresse e-mail, tel qu’indiqué dans le formulaire et cliquez sur "Register"

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Cliquez ici

Cliquer ici

4.2 Sauvegarder une équation de recherche

• De retour dans PubMed, cliquez sur «Save search» en dessous de la fenêtre d’interrogation.

• Donner un nom à la requête que vous voulez sauvegarder et cliquez sur "Save"

• Une fenêtre s’ouvre, qui vous rappelle votre équation de recherche et vous propose de recevoir un e-mail lorsqu’il y aura de nouveaux résultats. Pour cela, définissez la fréquence de la relance automatique de recherche dans PubMed, choisissez le format et le nombre de références, comme indiqué ci-dessous :

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Cliquez ici

4.3 Sauvegarder des références et constituer une collection

• Dans la liste de vos résultats, cochez les références à sauvegarder. • Utilisez le menu déroulant «send to» en choisissant «collections», puis cliquez sur "Add to

Collections"= même procédure que pour ajouter des références dans le clipboard (cf chapitre 2.2, pp.6-7)

• Une fenêtre s’ouvre, qui vous rappelle le nombre de références sélectionnées et vous propose de créer une collection pour les enregistrer ou d'ajouter ces références à une ancienne collection.: Entrez un nom de collection.et cliquez sur "Save" comme ci-dessous :

• Cliquez sur "My NCBI" pour retrouver votre collection.

6. De la lecture des résultats au texte intégral de l'article

5.1 Les différents modes d'affichage des résultats : le menu « Display Settings»

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Cliquez sur le menu « Display Settings» en haut à gauche de l'écran, sous le logo PubMed

5.1.1 « Summary » : le format d'affichage sélectionné par défaut

Les références sont classées par ordre chronologique décroissant. Elles sont affichées par défaut au format «Summary», c'est à dire que vous disposez des informations minimales pour identifier un article.

• Repérez les auteurs, le titre de l'article, le nom de la revue ainsi que les vol, n° et pages de cet article :

Physical training has several benefits for people with cystic fibrosis . Cox NS, Elkins MR.Br J Sports Med. 2011 Aug;45(10):835-6. Epub 2011 Jun 27. Review. No abstract available. PMID: 21708934 [PubMed - indexed for MEDLINE]

5.1.2 « Abstract »

– Choisissez «Abstract» dans le menu déroulant «Display Settings» pour faire apparaître le résumé des articles.

• Envoyez un article français dans le «Clipboard» (si le texte n'est pas en anglais, la langue est spécifiée) mais ATTENTION le titre et le résumé sont tout de même en anglais !!

– Cliquez sur " + MeSH Terms "ou sur " + Publication Types, MeSH Terms, Substances" pour déployer la liste des mots clés associés à l'article.

5.2 Le lien vers le texte intégral de l'article

Ce lien peut se faire de 2 manières :

➢ Par le logo du site web de l'éditeur

• Affichez les références au format "abstract" et retrouvez cet article dans la liste des résultats :

J Cyst Fibros. 2010 Sep;9(5):339-45. Epub 2010 Jul 2.Risks associated with exercise testing and sports participation in cystic fibrosis.

Ruf K, Winkler B, Hebestreit A, Gruber W, Hebestreit H.

Children's Hospital of the University, University of Würzburg, Germany. [email protected] BACKGROUND: Severe adverse reactions (SARs) associated with physical exercise have not been systematically studied in cystic fibrosis (CF).METHODS: Two surveys were conducted to assess the incidence of exercise-related SARs: a caregiver survey asking for complications associated with exercise testing and in-hospital training therapy and a web-based patient survey asking for problems with exercise.RESULTS: 78 of 107 CF facilities caring for 4208 patients responded to the caregiver survey, 256 patients answered the web-based survey. No SARs were reported for 713 exercise tests. With in-hospital training, the yearly incidence of exercise-related SARs such as pneumothorax, cardiac arrhythmia, injury or hypoglycaemia was <1% each, the respective lifetime incidences reported by the patients were 0.8-6.3%. 67% of the patients reported no SARs with exercise.CONCLUSIONS: Exercise testing is safe in patients with CF. Despite the limitations in quality of data, the incidence of exercise-related SARs appears low in this population.Copyright © 2010 European Cystic Fibrosis Society. Published by Elsevier B.V. All rights reserved.

PMID: 20584632 [PubMed - indexed for MEDLINE] Related citations

• Cliquez sur le logo pour arriver sur la page web de la revue et visualisez l'article au format PDF

ATTENTION : Vous aurez accès au texte intégral des articles uniquement s'ils sont gratuits ou si l'université est abonnée à la revue. Vous aurez accès aux abonnements de l'UDS depuis chez vous

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logo

uniquement en passant par l'ENT (cf §1 de ce support de cours).

➢ Par la liste des revues électroniques de l'UDS

Ce logo est pratique mais il n'est pas fiable à 100 %. Il n'est présent qu'a titre indicatif. Lorsque vous n'arrivez pas à accéder au fulltext d'un article en cliquant sur le logo, vous avez une seconde chance : la liste des revues électroniques de l'UDS

ETAPE 1 : Repérer le n° PMID (n° identifiant l' article) et faites un copier/coller du n°Health-related fitness and trainability in children with cystic fibrosis.Gruber W, Orenstein DM, Braumann KM, Hüls G.Pediatr Pulmonol. 2008 Oct;43(10):953-64.PMID: 18781654 [PubMed - indexed for MEDLINE]Related articles

ETAPE 2 : Rechercher la liste des revues électroniques de l'UDS en revenant sur la page du portail documentaire de l'université

ETAPE 3 :Retrouver le PDF de cet article

• Collez le n° PMID dans la fenêtre prévue à cet effet et cliquez sur GO:

• Affichez l'article en entier au format HTML puis PDF en cliquant sur GO

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PMID

Coller le n° PMID et cliquez sur OK

1. Cliquez sur l'onglet «  ENT » pour revenir à la fenêtre du portail

2- Cliquer sur l'onglet « revues électroniques »

3-Cliquez sur l'onglet « PMID »

Cliquez sur « GO »

5.3 Et si l'article n'est pas accessible sur le web ? : le SUDOC et les revues imprimées

Vous devez repérer la bibliothèque qui possède la revue sous forme papier pour faire une photocopie de l'article ou pour le demander en PEB (Prêt entre Bibliothèques). Pour cela, vous devez interroger le catalogue SUDOC :

SUDOC : Catalogue des bibliothèques universitaires de France.

Un catalogue de bibliothèque est la liste descriptive des documents que possède cette bibliothèque : livres, revues (et non pas articles de revues), thèses, etc.Un catalogue de bibliothèque permet de :• vérifier la disponibilité des documents• repérer des documents par auteur, titre, sujet, etc.Les catalogues de bibliothèques sont très souvent automatisés et accessibles par Internet. Ils sont alors considérés comme des bases de données.

• Retrouvez par exemple la référence de cet article dans Pubmed

Developmental and psychosocial issues in cystic fibrosis.Ernst MM, Johnson MC, Stark LJ.Child Adolesc Psychiatr Clin N Am. 2010 Apr;19(2):263-83, viii. Review.PMID: 20478499

grâce au formulaire de recherche du « Single Citation Matcher », au centre de la page d'accueil de PubMed.

• Faites un copier/coller du titre abrégé de la revue :Child Adolesc Psychiatr Clin N Am. dans la fenêtre "journal"

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Titre abrégé de la revue à

copier

Cliquez sur « single citation matcher »

pour faire apparaître une grille de

recherche

1-Collez ici le titre abrégé de

la revue et renseignez la

date, le volume le n° et la page de début de la

référence

2- Cliquez sur GO

pour afficher le résultat de

la recherche

• La référence de l'article s'affiche. Cliquez sur le logo du site web de l'éditeur pour accéder au texte intégral. Seul le résumé de l'article s'affiche. Si vous demandez le document en entier, l'éditeur vous demande votre mot de passe : la bibliothèque n'est pas abonnée à la version électronique de ce texte ! Il vous faut donc chercher la version papier Pour cela, vous devez interroger le catalogue SUDOC.

• Retourner sur la page d'accueil du portail documentaire et taper SUDOC dans la fenêtre de recherche

• Une fois le SUDOC affiché, choisissez la recherche avancée

• Faites un copier/coller du titre abrégé de la revue dans la fenêtre «mot du titre». Comme le titre est abrégé, utilisez la troncature * (cf ci-dessous).

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Cliquez sur «  recherche avancée »

1. Cliquez sur l'onglet «  Métalib -liste des ressources» pour revenir à la

fenêtre du portail

2.Cliquez sur « recherche » pour afficher la fenêtre de recherche

Tapez « SUDOC » dans la fenêtre de recherche et cliquez sur « GO » pour afficher la page d'accueil du SUDOC

Troncature : symbole permettant de rechercher différents termes ayant la même racine.Exemple 1 : dent* = dent ou dentaire ou dentiste...Exemple 2 : Child* Adolesc* Psychiatr* Clin* N* Am*

• Compléter le formulaire de recherche comme indiqué ci dessous

• La fiche de présentation de la revue apparaît. Cliquez sur « Où trouver ce document » pour visualiser la liste des bibliothèques qui possèdent cette revue

• Combien de bibliothèques possèdent cette revue ? 2 et dans combien de bibliothèque retrouverez vous votre article ? 1 Laquelle ? Bibliothèque de médecine de Strasbourg

Si la revue ne se trouve pas à Strasbourg, vous pouvez faire venir la photocopie de votre article. Il suffit de faire une demande de Prêt Entre Bibliothèques (Pour plus de détails, adressez-vous à la bibliothèque).

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4. Cliquez sur « rechercher »

1. Inscrire les mots du titre de la revue avec *

comme ceci :Child* Adolesc* Psychiatr* Clin*

N* Am*

2. Cliquez sur « aucun »

3. Cochez la case

« périodiques »

Cliquez sur « Où trouver ce

document »  pour afficher la liste des bibliothèques qui possèdent cette

revue

Cette bibliothèque ne possède qu'un n° de

cette revue en 2005

La bibliothèque de

médecine de Strasbourg

possède tous les n° de cette revue depuis

1992