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Délégation Ifremer Océan Indien Station de La Réunion Rapport d’activité 2010 Avril 2011

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Délégation Ifremer Océan Indien Station de La Réunion

Rapport d’activité 2010

Avril 2011

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Pour nous contacter : Ifremer, Délégation océan Indien Station de La Réunion Rue Jean Bertho 97822 Le Port Cedex � Standard : (00.262) (0)2.62.42.03.40 Adresse électronique : [email protected] Site WEB : http://wwz.ifremer.fr/lareunion

Iconographie : ®Ifremer (sauf indication)

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Fiche documentaire

Numéro d'identification du rapport : RST-DOI / 2011-02 Diffusion : libre, restreinte, interdite Validé par : Ronan LE GOFF Adresse électronique : [email protected]

Adresse WEB : www.ifremer.fr/lareunion

date de publication : 15 avril 2011 nombre de pages : 93 p. bibliographie : dans le texte et en annexes illustration(s): tableaux & figures langue du rapport : Fr

Titre et sous-titre du rapport : Rapport d’activité 2010 de la Délégation Ifremer océan Indien Rapport intermédiaire : OUI/NON Rapport définitif : OUI/NON Auteur(s) principal(aux) : Ronan Le Goff Jérôme Bourjea Loïc Le Rû Pierre Gildas Fleury Hugues Evano Michel Ropert Pierre Scolan Sarah Le Couls Alida Laurence Valérie Lemoine Jean Da cuhna Annie Perrine Touria Bajjouk Pascal Mouquet Delphine Muths Coordination/composition : Michel Ropert Ronan Le Goff

Organisme / Direction / Laboratoire IFREMER ; Délégation océan Indien ; Station de La Réunion Ifremer/Dynéco/Brest Aamp IRD puis RNMR

Cadre du rapport : rapport annuel d’activité Mots-clés : rapport d’activité 2010 ; Délégation Ifremer océan Indien ; Station Ifremer de La Réunion ; projets scientifiques Ifremer.

Résumé : Ce rapport présente les principales réalisations et les principaux projets de la Délégation Ifremer océan Indien en 2010.

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Rapport d'activité 2010 1 Délégation océan Indien

SOMMAIRE

1 AIRE DE COMPETENCE ET MISSIONS DE LA DELEGATION OCEAN INDIEN........ 3

2 L’EQUIPE ET LA REPARTITION DU TEMPS AGENT EN 2010 ......................... 4 2.1 L’équipe.............................................................................. 4 2.2 La répartition du temps agent en 2010 ................................... 6 2.3 Formations reçues................................................................ 7 2.4 Formations données ............................................................. 7

3 LA STATION DE LA REUNION : LOCAUX, LABORATOIRES ET MOYENS MATERIELS ................................................................................... 8

4 PRINCIPAUX RESULTATS ET PRINCIPALES REALISATIONS 2010 ................. 9 4.1 Le SIH et les suivis DCF ........................................................ 9

4.1.1 Le SIH (A0602 ; codes multiples dont A060204C) .............. 9 4.1.2 Les suivis DCF (A060102C) ............................................12

4.2 Le projet IOSSS-Espadon (A060512).....................................14 4.2.1 Les objectifs du projet ...................................................14 4.2.2 Réalisations 2010..........................................................15

4.3 Le projet HYDRORUN (A110303) : Plate-forme de modélisation hydrodynamique de l’île de La Réunion ...............19

4.3.1 Présentation de l'outil ....................................................19 4.3.2 Collectes de données de référence...................................20 4.3.3 Premiers développements des modèles ............................24 4.3.4 Perspectives et programmation 2011...............................27

4.4 Mise en œuvre de la Directive Cadre sur l’Eau (DCE) à La Réunion .............................................................................29

4.4.1 Contexte et objectifs .....................................................29 4.4.2 Le projet « Bon Etat » (A050407) et la création des

Groupes de Travail DCE .................................................30 4.4.3 Contribution au SinpMer (Système d’Information Nature

et Paysage Mer) ............................................................39 4.4.4 Utilisation d’images hyperspectrales et de données

Lidar pour la cartographie des habitats benthiques : les projets Spectrhabent OI (A050407C) et Bio Indication Volet 2 (A050407B).......................................................40

4.5 Projet « Plan de conservation des tortues marines » (A060513) .........................................................................51

4.5.1 Identification des différentes populations de tortues vertes à l’échelle du SOOI ..............................................51

4.5.2 Identification des couloirs migratoires des tortues vertes à l’échelle du SOOI ..............................................53

4.5.3 Tortues Caouannes : étude des interactions avec la pêcherie palangrière réunionnaise ...................................55

4.5.4 La base de données TORSOOI.........................................57 4.5.5 Etude de l’importance des îles du SOOI en tant

qu’habitat de développement pour les tortues marines ......58 4.6 Le projet CAMP – Connectivité des Aires Marines Protégées

(A110308) .........................................................................60 4.6.1 Les objectifs du projet ...................................................60 4.6.2 Réalisations 2010..........................................................61 4.6.3 Perspectives et objectifs 2011.........................................64

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Rapport d'activité 2010 2 Délégation océan Indien

4.7 le projet PAMPA : Indicateurs de Performance des Aires Marines Protégées (A110303) .............................................. 65

4.7.1 définition d’indicateurs de fréquentation (pression anthropique) ................................................................ 65

4.7.2 Définition d’indicateurs halieutiques ................................ 67 4.7.3 Ebauche de Tableau de bord (pour La Réunion) ................ 67 4.7.4 Conclusion et perspectives ............................................. 68

4.8 action PECHTRAD – Analyse des pêcheries traditionnelles sur la Réserve Naturelle Marine de La Réunion ....................... 69

4.9 Projet ANCRE : Analyse de la Petite Pêche Côtière Réunionnaise ..................................................................... 71

4.9.1 Le volet DCP ................................................................ 71 4.9.2 Le volet Démersaux ...................................................... 73

4.10 Les projets dans le domaine de la pisciculture tropicale ........... 75 4.11 Achèvement de la mise sous assurance qualité du

laboratoire d’analyses génétiques ......................................... 76 4.12 Le site WEB de la Délégation................................................ 78 4.13 Autres projets, autres activités ............................................. 78

5 AVIS ET ASSISTANCE A L’ADMINISTRATION ET AUX PARTENAIRES REGIONAUX.................................................................................79

6 PERSPECTIVES 2011 ......................................................................80

7 RAPPORTS, PUBLICATIONS, COLLOQUES, CAMPAGNES A LA MER. ................81 7.1 Publications à comité de Lecture........................................... 81 7.2 Posters scientifiques............................................................ 81 7.3 Rapport Scientifiques et techniques ou rapports de

conventions ....................................................................... 82 7.4 Rapports de missions .......................................................... 84 7.5 Exposés scientifiques à l’occasion de colloques,

symposium…...................................................................... 84 7.6 Interventions à l’occasion de réunions ou colloques

organisés par l’Etat, les collectivités ou les professionnels........ 85 7.7 Notes internes.................................................................... 85 7.8 participation/contribution à des comités pérennes de

gestion, suivi, coordination… ................................................ 85 7.9 Organisation ou contribution à des sessions de formation ........ 86 7.10 Documents techniques : ...................................................... 86 7.11 Encadrements d’étudiants.................................................... 87 7.12 Activité de Referee ; relecture/correction de manuscrits .......... 87 7.13 Autres publications : ........................................................... 87 7.14 Synthèse des indicateurs de production................................. 87

8 TABLE DES FIGURES :.................................................................88

9 TABLE DES TABLEAUX................................................................90

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Rapport d'activité 2010 3 Délégation océan Indien

1 AIRE DE COMPETENCE ET MISSIONS DE LA DELEGATION OCEAN

INDIEN

L’aire géographique de compétence de la Délégation (Figure 1) porte sur l’ensemble de l’océan Indien, et plus particulièrement sur les littoraux et ZEE (Zones Economiques Exclusives) de La Réunion, de Mayotte et des îles Eparses (1 million de Km²), ainsi que des îles et terres australes (un peu plus de 1.7 million de Km²)

Figure 1 : aire d’activité de la Délégation océan Indien (ZEE en bleu)

Depuis sa création, la Délégation a principalement développé ses projets de recherche et de surveillance dans le domaine de l’halieutique : suivi de l’activité de pêche réunionnaise, côtière et hauturière, échantillonnage des tailles de capture, projets spécifiques sur les DCP, sur les dorades coryphènes… Elle s’est également fortement impliquée sur les projets « tortues marines», espèces emblématiques à La Réunion, en contribuant à son élevage tout d’abord, puis en étudiant l’impact de cet élevage sur les populations sauvages, et enfin plus récemment en développant des projets de conservation depuis que l’UICN les a classées comme espèce en danger (Annexe 1 de la convention de Washington).

Depuis 2008, la Délégation développe également des compétences dans le domaine de l’environnement littoral et marin, ainsi que dans celui du suivi de la biodiversité et des impacts anthropiques et/ou liés au réchauffement climatique, et ce à l’échelle de l’ensemble des terres et eaux françaises de l’océan Indien.

Les activités de recherche, de surveillance et d’expertise menées par la Délégation en 2010 ont consisté en :

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Rapport d'activité 2010 4 Délégation océan Indien

• La poursuite et la pérennisation du Système d’Information Halieutique (SIH ; acquisition, gestion et synthèse des données permettant de suivre et qualifier l’activité halieutique),

• La poursuite du projet Pampa (élaboration d’indicateurs de performance des aires marines protégées),

• L’achèvement du montage et le lancement des projets CAMP (Connectivité des Aires Marines Protégées), Plan de conservation des tortues, IOSSS-Espadon (évaluation de l’existence d’un ou plusieurs stocks d’espadon à l’échelle de l’océan Indien), DCE (Directive Cadre européenne sur l’Eau), Hydrorun (développement de la plate-forme de modélisation hydrodynamique de La Réunion),

• Une contribution aux démarches SIE et SinpMer (Système d’Information sur l’Eau, et Système d’Information Nature et Paysages-milieu marin du Ministère en charge de l’environnement),

• Le soutien aux services de l’Etat par la réalisation d’expertises et l'émission d’avis, ainsi que par la participation aux instances de la CTOI1, de la COI2, du Comité de Bassin…,

• L’élaboration du projet « Ancre » sur la petite pêche à La Réunion,

• Le suivi des dossiers de construction du Pôle Scientifique Mer océan Indien et de plate-forme de R&D aquacole à Mayotte,

• L’animation du site WEB et le développement du SIG de la Délégation, ainsi que la mise en place des serveurs cartographiques Sextant océan Indien et Sextant REMATA (destiné à l’ensemble des services de l’Etat en océan Indien),

• La poursuite de la démarche d’assurance qualité pour le laboratoire d’analyses génétiques,

• La réfection des peintures intérieures et extérieures de la station et la poursuite de la démarche d’éco responsabilité pour la Délégation.

2 L’EQUIPE ET LA REPARTITION DU TEMPS AGENT EN 2010

2.1 L’équipe

L’effectif de la Délégation est passé à 8 agents permanents au cours de l’année 2010 avec l’arrivée de Michel Ropert, cadre de recherche en environnement littoral et marin. La répartition des tâches et missions au sein de l’équipe est à ce jour la suivante :

Ronan Le Goff, Délégué Ifremer pour l’océan Indien, Responsable de la Station de La Réunion et du Laboratoire Ressources Halieutiques,

1 Commission des Thons de l’Océan Indien : commission internationale en charge de la gestion des grands pélagiques à l’échelle de l’ensemble de l’océan Indien

2 Commission de l’Océan Indien : organe de coopération associant La France, Madagascar, l’île Maurice, Les Comorres et Les Seychelles.

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Rapport d'activité 2010 5 Délégation océan Indien

Jérôme Bourjea, Cadre de recherche. Responsable des projets IOSSS-ESPADON, CAMP et Plan de Conservation des Tortues ; Avis et expertises halieutiques,

Pierre Gildas Fleury, Cadre de recherche. Responsable thématique "Pêches et Ecosystèmes Halieutiques" : études d'aménagement des zones de pêche (DCP, récifs artificiels, AMP), diversification des productions, analyses statistiques ; avis et expertises halieutiques,

Michel Ropert, cadre de recherche en environnement, chargé de la coordination des projets Hydrorun, Spectrhabent et DCE ; responsable du SIG environnement de la Délégation et de la gestion des bases de données Q² et Sextant,

Annie Perrine, Secrétariat – Comptabilité,

Jean Da Cunha, Responsable logistique,

Loïc Le Ru, Technicien supérieur. Responsable du SIH,

Hugues Evano, Technicien supérieur. Responsable des données et du SIG halieutiques ; responsable de la coordination des campagnes IOSSS-ESPADON,

En outre, pour mener à bien ses différents projets, la Délégation a bénéficié en 2010 du renfort de 8 contractuels (VCAT, CDD ou stagiaire) dont les noms et fonctions sont donnés ci après :

Delphine Muths, Cadre de recherche : 12 mois en mise à disposition (par l’IRD via le projet Run Sea Science puis par la RNMR) au sein de la Délégation en tant que Responsable adjointe des projets IOSSS-Espadon et CAMP ; Responsable technique des analyses génétiques,

Pascal Mouquet, Cadre de recherche : 10 mois de CDD Aamp , avec mise à disposition au sein de la Délégation en tant que Responsable scientifique du projet Spectrhabent,

Sarah Le Couls, Cadre de Recherche : 12 mois en VCAT ; projets IOSSS-Espadon et CAMP. Responsable qualité du laboratoire d’analyses génétiques,

Julie Garric-Perales, Cadre de Recherche. 8 mois en VCAT ; projets DCE chimie/hydrologie/phytoplancton, SIE, SinpMer,

Pierre Scolan, Cadre de recherche. 12 mois en VCAT ; projets DCE benthos/biodiversité/SIG environnement, SIE, SinpMer,

Alida Laurence, Technicienne enquêtrice. 12 mois en VCAT ; projets SIH et PAMPA,

Valérie LEMOINE, Technicienne enquêtrice. 8 mois en VCAT ; projets PAMPA et SIH (prise de fonction en mai, création de poste),

Stéphanie Le Bonniec, stagiaire Master II sur PAMPA (6 mois, d’avril à fin septembre),

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Rapport d'activité 2010 6 Délégation océan Indien

Enfin, Jérôme Bourjea co-encadre Mayeul Dalleau qui réalise une thèse à l’Université de La Réunion et à Kélonia sur les tortues depuis la fin 2009.

2.2 La répartition du temps agent en 2010

La Délégation a disposé de 23364 heures de temps agent effectif sur l’année 2010, ce qui représente 15.3 équivalents/temps pleins, aux quelles il convient d’ajouter 701 heures de temps agent chercheur apportées essentiellement par le département Dynéco dans le cadre des projets Hydrorun, Spectrhabent et SinpMer/Q².

Au total, 2852 heures ont été consacrées à la gestion de la structure et de l’équipe ainsi qu’aux relations régionales (12% de l’activité effective totale ; Cf. Figure 2), 7828 heures aux projets se rattachant à la thématique « Environnement » (33%), 4796 heures à la thématique « Biodiversité et Aires marines protégées » (20%), et 8589 heures à la thématique halieutique (35%).

33%

35%

12%

20%

thématique environnem ent

thématique biodivers ité,aires marines protégées

thématique halieutique

coordination/ges tion de las tructure et relationsrégionales

Figure 2 : temps agent 2010 consacré aux différentes grandes thématiques d’activité

de la Délégation (soutien Dynéco compris).

Dans le domaine de l’halieutique, les deux projets majeurs de la Délégation en 2010 ont à nouveau été IOSSS-Espadon (4169 heures ; 19.7% du temps total consacré aux projets) et le SIH (3490 heures ; 16.5%). Le projet Ancre, dont 2010 représentait l’année de lancement, a mobilisé 664 heures de temps agent.

Dans le domaine de l’environnement, les projets « Bon état » et « Bio indication », développés dans le cadre de la DCE, ont nécessité respectivement 2120 et 1478 heures. 2930 heures sont été consacrées à Spectrhabent OI, et 200 heures à la mise en place des outils Q² et Sextant océan Indien (pour la DCE et le SinpMer).

Dans le domaine de la connaissance et de la protection de la biodiversité et de l’aide à la gestion des Aires Marines Protégées, les projets majeurs ont été « Camp » (2228 heures) et « Pampa » (2163 heures). 444 heures ont été consacrées au projet « plan de conservation des tortues ».

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Rapport d'activité 2010 7 Délégation océan Indien

16,5%

19,7%

0,1%

10,0%

7,0%

1,9%

10,5%

10,2%

13,8%0,4%

3,1%

1,1%

5,8%

SIH DCF IOSSS-Espadon Ancre

avis expertise halieutique (CTOI, DPMA...) modélisation hydrodynamique DCE bon état DCE bioindicateurs

plan de conservation des tortues Camp pampa Spectrhabent OI

SinpMer

Figure 3 : répartition du temps agent sur les différents projets en 2010.

2.3 Formations reçues

Cinq formations différentes ont été suivies par 4 agents de la Délégation pour un total de 94 heures.

Tableau 1 : Formations reçues en 2010

Nom Prénom Objet Heures

Le GOFF Ronan - Management 24

FLEURY Pierre Gildas - Stage gestion des conflits d’usage - Secourisme du travail

32 8

ROPERT Michel - Saisie sous Corémo 3 (données de benthos en zone corallienne)

15

SCOLAN Pierre - Saisie sous Corémo 3 (données de benthos en zone corallienne)

15

2.4 Formations données

Hugues Evano, Sarah le couls, Jérôme Bourjea et Loïc Le Rû ont dispensé a deux reprises en 2010 des cours dans le cadre des formations d’observateurs/contrôleurs des pêches organisées par les Taaf (la première pour la formation des observateurs Taaf embarquant sur les thoniers senneurs et sur les palangriers à Légines opérant dans les ZEE des Taaf, et la seconde pour la formation d’observateurs des 5 pays membres de la COI). Ces cours ont porté sur la reconnaissance des espèces cibles, accessoires et accidentelles des différentes flottilles et sur la réalisation de biométries et de prélèvements biologiques à des fins d’études. 50 heures de cours au total ont été dispensées.

Emilie Gauthier (Dyneco Nantes) et Michel Ropert ont dispensé deux jours de formation à la saisie et à l’extraction de données de la base

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Rapport d'activité 2010 8 Délégation océan Indien

Quadrige² aux partenaires réunionnais du Pôle Scientifique Mer et/ou producteurs de données utiles à la DCE (11 personnes).

3 LA STATION DE LA REUNION : LOCAUX, LABORATOIRES ET

MOYENS MATERIELS

La Délégation loue au Conseil Général de La Réunion les locaux de sa station du Port. Le bâtiment, d’une surface de 300 m² comprend 9 bureaux (15 places), une salle de réunion (avec visoconférence), un laboratoire humide (prétraitement des échantillons de poissons principalement) et un laboratoire d’analyses génétiques placé en 2010 sous assurance qualité (2 thermocycleurs, une centrifugeuse à plaque, une hotte à flux laminaire…). Le parc informatique comprend un serveur (changé en 2010), connecté au calculateur du centre Ifremer de Brest, un robot de sauvegarde, 15 PC et 6 portables. La connexion au serveur central brestois permet des sauvegardes automatisées toutes les nuits de l’ensemble des données informatiques de la station, ainsi que des connexions aux bases de données nationales de référence (Harmonie : données halieutiques ; Quadrige² : base de données « environnement » ; Sextant : base de données géoréférencées et géocatalogue). Cette connexion permet enfin de lancer, via le réseau, des sessions de calcul (simulations courantologiques).

Du point de vue administratif interne Ifremer, le Délégué dépend de la Délégation Générale à l’Outre-Mer, la station et ses personnels sont gérés par le Centre Ifremer de Méditerranée (en charge de la gestion de toutes les implantations dans les DOM), et le laboratoire d’halieutique est rattaché au Département d’Halieutique Méditerranéen et Tropical (basé à Sète, et qui regroupe tous les laboratoires d’halieutique des DOM). Cette organisation sera revue en 2011

Les dépenses (Tableau 2) en investissement et fonctionnement de la Délégation se sont élevées à 482 569 € en 2010, dont 103 886 € ont été consacrés à l’entretien général et la gestion de la station, et 378 683 € à la réalisation des projets (dont 315 000 euros en des sous traitance d’études ou en locations de navires de pêche, la Délégation ne disposant pas de moyen à la mer).

Tableau 2 : Répartition des dépenses de la Délégation en 2010 (k€ HT)

achats autres missions total fonctionnement investissement tota l généralstation 20056 63430 2373 85859 18027 103886projet bioindication DCE 155 110 265 265projet Bon état DCE 124 17615 17739 17739projet Camp 9006 91161 8972 109139 109139projet Ioss-Espadon 20544 117894 5367 143805 1098 144903projet Hydrorun 60000 60000 5587 65587projet Spectrhabent 817 40000 233 41050 41050

total 50702 390100 17055 457858 24712 482569

En ce qui concerne les recettes, elles ont été de 275 130 € en 2010. Nos principaux partenaires financeurs ont été la Diren de La Réunion (sur les projets « bon état » et « Spectrhabent »), le Conseil Régional de La Réunion, l’Union Européenne (FEP) et la DRAM de La Réunion (projet IOSSS-Espadon), le GIP RNMR (projet PechTrad) et les Taaf (formation des observateurs/contrôleurs embarqués de la COI).

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Rapport d'activité 2010 9 Délégation océan Indien

4 PRINCIPAUX RESULTATS ET PRINCIPALES REALISATIONS 2010

4.1 Le SIH et les suivis DCF

4.1.1 Le SIH (A0602 ; codes multiples dont A060204C)

Le SIH (Système d’Informations Halieutiques) est le réseau pérenne d'observation des ressources halieutiques et de l'activité des flottilles de pêche. Il est coordonné par l'Ifremer pour le compte de la DPMA 3 du Ministère en charge de l’Agriculture et de la Pêche (financements DPMA et de quelques conseils régionaux). Le SIH est chargé de l’élaboration des stratégies d’échantillonnage (cahiers des charges/spécifications techniques), d’une partie de la collecte des données, de leur stockage et de leur gestion, puis de leur mise à disposition, sous forme de données brutes ou traitées.

Ces données et connaissances servent à l’Ifremer pour :

• l’élaboration d’avis et d’expertises à l’intention des gestionnaires de l’activité halieutique (Ministère en charge de la pêche, Directions Régionales et Départementales des Affaires Maritimes, commissions internationales pour l’évaluation des stocks…), ou des représentants des professionnels (Comités Régionaux des Pêches, Chambres de Commerce et d’Industrie, armateurs et groupements…),

• la réalisation d’études et de travaux de recherche sur le fonctionnement des écosystèmes et leur exploitation,

• la production de synthèses orientées "communication" à destination des acteurs de la filière pêche et du grand public…

Toutes ces actions ont pour objectif de contribuer au développement économique durable des activités halieutiques, ce qui nécessite l’adaptation des niveaux de capture à ce que sont capables de supporter les stocks. Pour cela, le SIH recueille des données statistiques sur les captures et l’activité (LogBooks, fiches de pêche, enquêtes de terrain auprès des pêcheurs), mène des études économiques, échantillonne les captures sous criée ou « à la débarque » dans les ports, dans les entrepôts, en mer…, et enfin réalise ses propres campagnes à la mer d’évaluation des stocks, le plus souvent à bord des navires de recherche de la flottille océanographique française. Le SIH coordonne donc un réseau d’observateurs (agents Ifremer, ou sous-traitants) qui, à terre, échantillonnent les débarquements et réalisent des enquêtes dans l’ensemble des ports de pêche, et en mer, réalisent des embarquements sur les bateaux professionnels pour, notamment, observer les captures, accidentelles ou non, débarquées ou rejetées, mais aussi les techniques de pêche utilisées. Ces données sont en effet indispensables à la description fine de l’activité et à l’évaluation précise de son impact sur les écosystèmes.

Le SIH gère, développe et entretient la base nationale de référence des données halieutiques "Harmonie" en tenant à jour les référentiels (espèces, flottilles…), rédigeant les procédures et protocoles "qualité" à respecter pour obtenir des données fiables et standardisées, en développant l'interopérabilité avec d’autres bases et en créant des interfaces de saisie et d’extraction des données ainsi que des modules de synthèse (production d’analyses statistiques, de graphes, d’indicateurs, de

3 DPMA = Direction des Pêches Maritimes et de l’Aquaculture

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Rapport d'activité 2010 10 Délégation océan Indien

compilations de données, de cartographies automatisées...) et des modules de restitution de données élaborées4.

Le SIH est coordonné à La Réunion par la Délégation depuis 2005, ce qui a nécessité :

• d’adapter les référentiels, protocoles et procédures utilisés en métropole aux espèces et aux techniques de pêche locales…,

• de définir, tester, puis valider une stratégie d’enquête adaptée, notamment du fait de l'absence de criée et de la multiplicité des points de débarque,

• d’embaucher et former des enquêteurs de terrain et de créer le relationnel et les partenariats permettant de mener à bien ce réseau,

• et d’adapter les synthèses en élaborant des indicateurs pertinents localement.

Le réseau est aujourd’hui en place, et les principales tâches incombant à l’équipe de la Délégation sont les suivantes :

a) Suivi de la pêche côtière. Ce suivi est réalisé à partir des fiches de pêche (document déclaratif remis aux Affaires Maritimes par les patrons pêcheurs), par la réalisation d’observations (Figure 4) que nous menons directement auprès des pêcheurs à leur arrivée au port (acquisition des données relatives à la pêche de la journée), et au moyen d’enquêtes (au port et par téléphone depuis 2009) qui permettent de reconstituer l’ensemble du calendrier mensuel des marées.

Bilan Observations aux débarquements

96

740

354

168

464

1

7276

244

452486

0

100

200

300

400

500

600

700

800

2005 2006 2007 2008 2009 2010

Années

Nbr

e

Enquêtes

Observations

Enquêtes téléphoniques

Figure 4 : évolution du nombre d’enquêtes et d’observations annuelles réalisées

depuis 2005, date de mise en place du SIH à La Réunion

b) Contribution au suivi de la flottille palangrière (qui cible principalement l’espadon) et de ses productions. Notre contribution consiste à compléter les données déclaratives figurant dans les LogBooks (qui sont gérées par la DPMA) par des échantillonnages biologiques, réalisés par nos soins à la débarque, dans les magasins à marée ou les entrepôts

4 Pour en savoir plus sur le SIH : https://www.ifremer.fr/isih/ rubrique «accès public»

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Rapport d'activité 2010 11 Délégation océan Indien

frigorifiques, ou encore à l’occasion d’embarquements (Cf. également § suivant sur la « DCF »).

c) Élaboration de synthèses sur l’activité et les tonnages :

o Synthèses trimestrielles et annuelles à destination de la DPMA via la Direction Régionale des Affaires Maritimes,

o Synthèse annuelle relative aux débarquements de grands pélagiques (thons, espadons, coryphènes…) à l’intention de la CTOI5

o Élaboration de documents de vulgarisation (et participation à des réunions de présentation) pour le CRPMEM et le grand public.

Les synthèses produites comportent notamment des indicateurs d’activité (calendrier des activités par métier, suivi de l’effort par flottille et par métier), des indicateurs de production (synthèse des captures par segment, répartition géographique des captures et évolution des rendements par flottille), et des indicateurs d’état des principales ressources exploitées (évolution des rendements spécifiques, structure démographique des principaux stocks exploités). Au cours de l’année 2010, la Délégation a réalisé l’acquisition des données précitées, et a également synthétisé, avec le soutien de la cellule nationale de coordination SIH, les données réunionnaises acquises durant l’année 2009. Quelques chiffres clés sur la flottille réunionnaise en 2009 sont donnés à titre d’exemple par les Tableaux ci-dessous.

Tableau 3 : Caractérisation de la flottille réunionnaise

2009 Nombre de naviresNavires actifs à la pêche 236Navires inactifs à la pêche toute l'année 50

Total 286

Tableau 4 : Caractéristiques techniques du navire moyen à La Réunion

Longueur (m) Puissance

(kW) Jauge (U.M.S.)

Age (ans)

Effectif à bord (hommes)

8.00 105 19 12 1.8

Tableau 5 : Évolution de la flottille de pêche de 1998 à 2009

1998 1999 2000 2001 2002 2003 2004 2005 2006 2007 2008 2009Moins de 5 mètres 1 2 1 1De 5 à 7 mètres 237 214 222 211 210 209 201 203 205 200 192 191De 7 à 9 mètres 24 21 22 26 28 29 32 32 35 35 36 45De 9 à 12 mètres 20 23 21 22 25 24 25 24 25 27 27 2112 mètres et plus 19 20 25 27 30 27 25 26 27 33 31 29Total 300 278 291 288 294 290 283 285 292 295 286 286

5 CTOI : Commission des Thons de l’Océan Indien : commission internationale en charge de la gestion des thons et poissons à rostre dans l’océan Indien.

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Rapport d'activité 2010 12 Délégation océan Indien

4.1.2 Les suivis DCF (A060102C)

La "Data Collection Framework" (DCF6) de l’Union Européenne oblige les Etats membres à organiser la collecte de données halieutiques afin de les fournir aux organisations de pêche sous-régionales, régionales et mondiales pertinentes dans l’objectif de contribuer « à la gestion rationnelle des ressources bio aquatiques » ainsi que le demande le « code de conduite pour une pêche responsable » de la FAO (19957), adopté par plus de 170 pays des nations unies.

Il appartient donc aux Etats membres de l’UE de suivre les principaux métiers par zone de pêche afin, notamment, d’évaluer les distributions en taille trimestrielles des captures et les volumes des rejets. Les espèces à suivre sont listées par région. 16 espèces de grands pélagiques sont à suivre en océan Indien, dont l'espadon classé en groupe 1, c'est-à-dire espèce de première priorité. Les données collectées doivent avoir comme objectif d'atteindre un niveau de précision de +/- 25% pour les structures en taille et +/- 40% pour les volumes de rejets.

En océan indien, les objectifs fixés à la France par la DCF en matière d’échantillonnages biologiques des grands pélagiques sont respectivement de 18 observations à la mer et 144 observations à terre en ce qui concerne les senneurs, et de 36 observations à la mer et 24 observations à terre en ce qui concerne les palangriers. La Délégation est chargée de réaliser les 24 observations à terre de la flottille palangrière, l’ensemble des autres suivis incombant à l’IRD.

En 2010, nous avons pu échantillonner 25 marées au total, ce qui a permis de mesurer 3969 poissons, dont 1840 espadons (Tableau 6 et Figure 5).

6 https://datacollection.jrc.ec.europa.eu/current-legislation

7 http://www.fao.org/docrep/003/x9066f/x9066f00.htm

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Rapport d'activité 2010 13 Délégation océan Indien

Tableau 6 : Nombre de mensurations effectuées par la Délégation en 2010

espèce nombre de mensurations

espadon 1840

thon albacore 303

thon germon 788

thon patudo 473

espadon voilier 48

marlin bleu 69

lancier 85

requin soyeux 6

requin océanique 25

requin mako 25

requin renard 12

marlin noir 15

marlin rayé 44

requin peau bleu 22

divers requins 3

daurade coryphène 206

requin marteau 2

thon banane 3

TOTAL 3969

Figure 5 : Distribution des tailles des espadons échantillonnés en 2010

répartition en taille 2010 pour l'espadon

0

20

40

60

80

100

120

58 73 88 103

118

133

148

163

178

193

208

223

238

253

268

283

298

313

328

343

Longueur Max illa ire-Fourche (en cm)

nom

bre

d' in

divi

dus

mes

urés Nb= 1840

Lmf moy = 149.4 cm

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Rapport d'activité 2010 14 Délégation océan Indien

4.2 Le projet IOSSS-Espadon (A060512)

4.2.1 Les objectifs du projet

L’espadon (Xiphias gladius) est un poisson à rostre à haute valeur commerciale, exploité en océan Indien pour la consommation locale des pays riverains et pour l’export vers les pays d’Europe et d’Asie. Les captures oscillent ces dernières années entre 25 et 30 000 tonnes (95% à la palangre et 5% au filet dérivant ; capture mondiale de l’ordre de 70-72000 tonnes), ce qui correspond approximativement à la Prise Maximale Equilibrée (PME) évaluée par le Groupe de Travail « Poissons Porte-épée » (GTPE) de la Commission des Thons de l’Océan Indien (CTOI). Ce même GT conclu cependant également que (1) la qualité/quantité des données de pêche fournies, (2) le manque d’informations sur la biologie de l’espèce et (3) la méconnaissance de la structure du stock à l’échelle de l’océan Indien, ne permettent pas d’obtenir des évaluations de stock véritablement fiables pour cette espèce, et il recommande dans ses conclusions depuis plusieurs années que des projets scientifiques visant à une meilleure compréhension de la dynamique reproductive et de la structure du stock de ce grand pélagique soient initiés.

C’est suite à ces recommandations que le projet IOSSS-Espadon a été défini (2007-2009) et lancé (février 2009) sous financements FEP, Etat/DRAM, Conseil Régional de La Réunion et Ifremer. Ses objectifs sont :

a) de Déterminer la structure du stock d’espadon et sa dynamique spatiale à l’échelle de l’océan Indien en se basant sur plusieurs approches scientifiques :

(i) La génétique des populations (approche scientifique principale du projet) qui permet d’appréhender les niveaux d’échanges de patrimoine génétique, c’est à dire de reproduction croisée : si les échanges sont importants nous avons à faire à une seule population ; si les échanges sont nuls ou faibles, des sous-populations se différencient et elles méritent alors d’être gérées individuellement.

(ii) La collecte d’otolithes pour une future analyse de la morphologie et de la chimie des otolithes,

(iii) La collecte de parasites copépodes des espadons pour une future analyse de leur structure génétique (donnée pouvant renseigner sur la structure des populations d’espadon).

b) de compléter les données manquantes sur la biologie de l’espadon : étude de la reproduction (identification des zones et des périodes de reproduction), étude du comportement trophique (contenu stomacaux et isotopes pour l’identification des zones d’alimentation et du niveau trophique).

Ces données sont essentielles pour une évaluation fiable du (ou des) stock(s) d’espadon de l’océan Indien et une gestion raisonnée de cette ressource.

Le plan d’échantillonnage a été établi avec l’ensemble des partenaires du projet et il porte sur l’ensemble de l’océan Indien, chaque zone devant faire l’objet d’un échantillonnage stratifié dans le temps, i.e. en dehors et pendant la saison de reproduction, et ce sur deux années consécutives (pour un total de 2000 échantillons).

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Rapport d'activité 2010 15 Délégation océan Indien

4.2.2 Réalisations 2010

Equipe de projet en 2010 : J. Bourjea, coord. S. Le Couls, H. Evano, L. Le Ru et P.G. Fleury, Ifremer ; D. Muths, IRD puis RNMR ; F. Menard et M. Potier, IRD ; P. Grew, CSIRO/Australia ; Collaborations techniques internationales : AFRDEC (Thaïlande) ; CAP FISH (Afrique du SUD) ; APOLLO MARINE (Sri Lanka) ; SFA (Seychelles), SL (Mayotte).

Cette seconde année du projet avait pour objectif de : a) Réaliser la seconde année de l’échantillonnage stratifié dans l’océan

Indien en collaboration avec nos partenaires, et de résoudre les problèmes logistiques liés à la formation des observateurs, la collecte des échantillons et leur transport,

b) Réaliser l’extraction de l’ensemble des échantillons, de finaliser le choix des marqueurs génétiques à utiliser et de lancer les premières analyses génétiques,

c) Mettre en place une démarche qualité pour le laboratoire d’analyses génétiques et pour la gestion des données produites.

4.2.2.1 L’échantillonnage

2010 a permis de finaliser la collecte des échantillons et d’atteindre les objectifs initiaux fixés : 2500 échantillons de tissus ont été collectés pour la génétique (Tableau 7), 2335 espadons ont été mesurés, et 1682 gonades, 515 échantillons pour les analyses isotopiques et 665 otolithes ont été prélevés (Tableau 8). Ces échantillonnages ont été réalisés par nos soins (embarquement lors de marées professionnelles, montage et réalisation de campagnes scientifiques, ou encore échantillonnages « à la débarque » dans les ports de La Réunion) ou par nos partenaires.

Tableau 7 : nombre d’échantillons collectés pour la réalisation d’analyses génétiques en 2009 et 2010

(Pro. = Marées Professionnelles, Sci. = Campagnes Scientifiques ; Déb. = à la débarque).

Saison 1 (avril-juin

2009)

Saison 2 (octobre-décembre

2009)

Saison 3 (avril-juin

2010)

Saison 4 (octobre-décembre

2010)

Hors saison

d’échantillonnage

Total

Pro. 176 81 103 113 0 473

Sci. 0 296 98 115 0 509 Délégation Ifremer

Déb. 0 0 78 0 0 78

CAPFISH 37 111 50 En cours 87 285

CSIRO 95 72 0 0 119 286

MAYSHARK 0 96 23 84 0 203

SFA 0 98 85 55 0 238

AFRDEC 0 52 9 92 0 153

Apollo Marine 0 68 100 En cours 0 168

IRD Réunion 0 0 93 14 0 107

Total 308 874 639 473 206 2500

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Rapport d'activité 2010 16 Délégation océan Indien

Tableau 8 : nombre d’échantillons de gonades, d’estomacs, d’otolithes, de parasites, et pour la réalisation d’analyses isotopiques, collectés en 2009 et 2010

(* Pro. = Campagnes Professionnelles,* Sci. = Campagnes Scientifiques).

Gonades Isotopes Estomacs Otolithes Parasites

Pro.* 449 65 56 189 34 Délégation Ifremer

Sci.* 510 221 249 301 102

CAPFISH 275 0 0 0 0

CSIRO 0 0 0 0 0

MAYSHARK 199 0 0 0 0

SFA 65 59 0 0 0

AFRDEC 9 102 0 10 0

Apollo Marine 93 68 0 118 0

IRD Réunion 82 0 0 47 2

Total 1682 515 305 665 138

La Figure 6 ci-dessous présente la répartition géographique des échantillons génétiques collectés.

Figure 6 : Bilan de l’échantillonnage du projet IOSSS

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Rapport d'activité 2010 17 Délégation océan Indien

4.2.2.2 Les analyses génétiques

4.2.2.2.1 Développement de la banque de microsatellites

Au démarrage du projet, nous n’avions, a priori à notre disposition, que 11 marqueurs microsatellites pour l’espèce Xiphias gladius. Certains de ces marqueurs ont été jugés inadéquats pour mener des études en génétique des populations, soit par les auteurs de ces marqueurs eux-mêmes, soit lors de nos premiers essais (taux de polymorphisme inadéquat, présence d’allèles nuls, problème de neutralité). Comme l’utilisation de moins de 10 marqueurs microsatellites pose des problèmes en terme de robustesse des analyses statistiques, le développement d’une banque microsatellites a été contractualisé avec le CSIRO (contrat Ifremer N°09/1218125) : 22 nouveaux marqueurs ont été identifiés et les conditions d’amplification optimisées8. Les amorces correspondant aux marqueurs microsatellites développés ont été commandées et livrées en janvier 2010. La compilation de ces nouvelles amorces et des anciennes permet de disposer pour le projet d’un pool de 20 loci microsatellites fiables et utilisables. Les caractéristiques des 20 loci microsatellites sélectionnés sont détaillées dans le Tableau 9. Ce pool de microsatellites sera exploité sur l’ensemble des échantillons d’espadon collectés.

Tableau 9 : Caractéristiques des 20 marqueurs microsatellites testés et/ou

développés, et retenus.

8 Ce développement fait l’objet d’une note publiée dans une revue scientifique à comité de lecture : Conservation Genetics Resources (Cf.biblio, Bradman et al, 2010).

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Rapport d'activité 2010 18 Délégation océan Indien

4.2.2.2.2 Etat d’avancement des analyses génétiques.

L’extraction de l’ADN des échantillons d’espadon a été réalisée au fur et à mesure de leur réception. Fin 2010, 1423 échantillons d’ADN d’espadon ont été extraits. Le génotypage a débuté en mars 2010 (nous utilisons pour ce faire le séquenceur du CIRAD), et à la fin 2010, 864 espadons ont été génotypés au moyen des 20 marqueurs microsatellites précités.

Des réflexions sont en cours avec notre partenaire australien du CSIRO sur l’utilisation d’un autre marqueur mitochondrial, situé en dehors de la région de contrôle jusque-là utilisée dans les études génétiques sur l’espadon. En effet, cette région de contrôle est très polymorphe (presque un haplotype par individu) et ne montre guère de structure entre les différents océans. Le choix du marqueur mitochondrial qui sera utilisé pour l’analyse de l’ensemble des échantillons du projet Iosss-Espadon n’est donc pas arrêté à ce jour, mais la décision devra être prise tout début 2011.

4.2.2.2.3 Mise en place de la démarche qualité, et mise sous assurance qualité du laboratoire de génétique.

Compte tenu de l’importance potentielle des résultats du projet en terme de mesures de gestion de stocks, une démarche Qualité au sein du laboratoire d’analyses génétiques a été initiée dès 2009. Cette démarche a pour objectifs de garantir la fiabilité et la traçabilité des analyses effectuées dans le laboratoire. Dans ce cadre, un système documentaire Qualité a été rédigé (Cf. chapitre 4.11).

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Rapport d'activité 2010 19 Délégation océan Indien

4.3 Le projet HYDRORUN (A110303) : Plate-forme de modélisation hydrodynamique de l’île de La Réunion

Le projet HYDRORUN, initié à la fin de l'année 2009, vise à développer une plate-forme de modélisation hydrodynamique autour de l'île de La Réunion. Fin 2012, HYDRORUN proposera aux décideurs et gestionnaires du littoral réunionnais plusieurs outils d'aide à la décision en matière de préservation et de gestion de la qualité des eaux littorales. La plate-forme Web de pilotage de ces modèles numériques permettra, entre autre, de simuler les champs de courants (vitesse, direction), d'appréhender le devenir de rejets en mer, de calculer des trajectoires de particules dérivantes ou dévaluer des temps de résidence. Ces outils pourront également servir dans le cadre d’études d'impact d'aménagements côtiers.

Soutenu par l’Etat (Diren Réunion), Le Conseil Régional, l'Office de l'eau, le fonds FEDER Européen et l'Ifremer, le projet HYDRORUN repose sur une collaboration scientifique étroite entre l'Institut et différents partenaires de métropole (Laboratoire LOCEAN de l'Université Paris VI, ACTIMAR Brest, SAFEGE) et de la Réunion (PARETO, SAFEGE Réunion) reconnus pour leur expérience et leurs connaissances dans les différents domaines de compétence nécessaires.

4.3.1 Présentation de l'outil

D'un point de vue opérationnel, le cœur de la plateforme HYDRORUN repose sur 6 modèles locaux 3D d'environ 1 000 km² composés de mailles de 100 m de côté et de 20 cellules sur la hauteur d'eau (Figure 7 ; emprises jaunes). Ils couvrent la totalité du littoral réunionnais pour simuler avec précision les panaches de tout rejet à la mer (particules, pollution, contamination) et les déplacements des masses d'eau à petite échelle.

Figure 7 : représentation schématique du principe d'imbrication et de couplage des différents modèles développés dans le cadre du projet HYDRORUN

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Rapport d'activité 2010 20 Délégation océan Indien

Les conditions aux limites de ces modèles sont fournies par un modèle régional de plus grande emprise (initialement 200 km × 200 km, mailles de 1 km, 20 cellules sur la hauteur ; Figure 7, emprise rouge) couplé à un modèle atmosphérique et un modèle de houle. Le modèle régional permettra de reproduire les grands mouvements des masses d'eau à l'échelle régionale en fonction des conditions climatologiques.

Un troisième modèle numérique global, couvrant l'ensemble du sud ouest de l'océan Indien, et à mailles de 10 km de côté, complète le système pour permettre de calculer les conditions aux limites du modèle régional.

A terme, la plate-forme sera accessible via une interface Web de "pilotage" des modèles hydrodynamiques. Ouverte à tous les partenaires du projet, cette plate-forme "Mars Web" permettra le paramétrage et le suivi des simulations, puis la visualisation des résultats et leur exportation sous forme de produits évolués (images, données SIG, séquences animées,…).

HYDRORUN comprend 11 actions qui se répartissent selon 2 axes principaux :

1) Développement et couplage des modèles hydrodynamiques. Cet axe comprend également des acquisitions de données de référence (existantes ou nouvelles) ainsi que le développement, la mise en œuvre et le couplage des modèles de forçages (houle et atmosphère),

2) Adaptation de l'interface MarsWeb, plate-forme de paramétrisation et de visualisation des résultats des simulations.

Après une phase de montage longue, les travaux des différentes équipes impliquées ont réellement débuté le 20 avril 2010.

4.3.2 Collectes de données de référence

4.3.2.1 Bathymétrie

La bathymétrie est une donnée de base essentielle pour élaborer des modèles hydrodynamiques. De façon à disposer des données les plus précises et récentes possibles, des données bathymétriques provenant de différentes sources ont été agrégées : données littorales de Litto3D (SHOM/IGN ; projet initié par la Diren Réunion depuis 2009), données plus profondes de campagnes océanographiques récentes (2006) menées par l'Institut dans la zone de l'océan indien (missions ERODER et FOREVER), transmises par le département Géosciences Marines de l'Ifremer, et enfin données du MNT maillé à 300 m du GEBCO. Toutes ces données ont été expertisées puis combinées, ajustées et synthétisées par SAFEGE en charge du développement des 6 modèles locaux du Projet (Figure 8).

Figure 8 : Bathymétrie de référence utilisée dans le cadre du projet HYDRORUN (données notamment

issues des Campagnes ERODER et FOREVER,2006)

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Rapport d'activité 2010 21 Délégation océan Indien

Maitre d'ouvrage projet / Etude Nature donnée (type d e mesure) PériodeAutorisation accordée /

données transmises

Conseil Régional 974 route du Littoral Courant (Anderra, 2 points) Aout-sept 2000 oui / oui

CINOR

(Communauté Intercommunale Nord) STEP Sainte Marie Courant (Anderra, 1 point) Avril 2004 (22 js) oui / oui

CINOR

(Communauté Intercommunale Nord) Littoral Saint-Denis Courant (Anderra, 2 points) Août 2004 (22js) oui / oui

Mairie de Sainte-Rose STEP Ste Rose Courant (Anderra, 1 point) Mai 2005 (16js) oui / oui

Mairie de Saint-André STEP de St André Courant (Anderra, 1 point) Déc 2005 (16 js) oui / oui

CINOR

(Communauté Intercommunale Nord)STEP Sainte Suzanne Courant (Profileur AWAC) fév 2006 (15 js) oui / oui

Mairie du Port STEP du Port/possession Courant (Anderra, 1 point)mars 2006 (23js)Mai 2006 (20 js)

oui / oui

Mairie Saint Benoit STEP de Saint Benoit Courant (Anderra, 3 points) Août 2006 (18js) oui / oui

Mairie Saint-Pierre STEP Saint Pierre Courant (Profileur AWAC) juil 2007 (21 js) oui / oui

Laboratoire GéoSciences Réunion

(LGSR) Cambaie (St Paul) courant (Nortek) août-Oct 2007 oui / oui

Mairie de st Louis emissaire en mer Courant (Profileur AWAC) Sept-Oct 2007 oui / oui

Conseil Régional 974 Nouvelle route du Littoral Courant/Vent (bouée GEOS, 2 points) Nov 2008 à juil 2009 oui / oui

ARER(Agence Régionale de l'Energie

de La Réunion)Potentiel hydroliennes Courant, (ADCP, Colonne d'eau) Juil à Sept 2009 (3× ~35 js) oui / oui

Mairie Saint-Leu STEP Saint Leu Courant (Anderra, 1 point) Sept 2009 (1js) oui / oui

Société Seawatt PELAMIS Courant, (ADCP, Colonne d'eau) Sept-Nov 2009 (48 js) non / non

ADEME (Agence de l'Environnement et

de la Maîtrise de l'Energie) Projet climatisation

Courant, (ADCP, Colonne d'eau + Anderra, 1 point)

Fév-juin 2010 (73 js en 2 points)

oui / oui

CINOR

(Communauté Intercommunale Nord)STEP Sainte Suzanne Houle (Profileur AWAC) fév 2006 (15 js) oui / oui

Mairie Saint-Pierre STEP Saint Pierre Houle (Profileur AWAC) juil 2007 (21 js) oui / oui

Conseil Régional 974 Nouvelle route du Littoral Houle (bouée GEOS, 2 points) Mai 2008 à juil 2009 oui / oui

CETMEFBaie de la Possession

(point 97401 )Houle archives CANDHIS

(23 paramètres d'état de mer)Nov1996 - Sept 2009 oui (*) / oui

CETMEFPointe du Phare

(point 97402)Houle archives CANDHIS

(23 paramètres d'état de mer)fév 1997 - nov 1997 oui (*) / oui

CETMEFRivière des Galets

(point 97403)Houle archives CANDHIS

(23 paramètres d'état de mer)fév 1997 - sept 2010 oui (*) / oui

CETMEFPointe du Gouffre

(point 97404)Houle archives CANDHIS

(23 paramètres d'état de mer)mai 2000 - sept2010 oui (*) / oui

CETMEFSt Pierre

(point 97405)Houle archives CANDHIS

(23 paramètres d'état de mer)sept 2000 - sept 2010 oui (*) / oui

CETMEFSte Rose

(point 97406)Houle archives CANDHIS

(23 paramètres d'état de mer)Nov 2000 - fév. 2002 oui (*) / oui

CETMEFVincendo

(point 97407)Houle archives CANDHIS

(23 paramètres d'état de mer)Juil 2003 - mars 2009 oui (*) / oui

(*) Convention n° DELCE/DHSM/GMD/356-10

CO

UR

AN

TH

OU

LES

4.3.2.2 Données de Houles et Courants déjà existantes

Les modèles sont des logiciels informatiques qui doivent être calibrés et validés par confrontation des données qu’ils produisent (résultats des simulations) avec des mesures réalisées sur le terrain (houles, courants, paramètres hydrologiques). De nombreuses données déjà existantes à La Réunion (acquises dans le cadre de projets d’aménagement par les collectivités locales, communautés de commune, structures publiques ou privées, Laboratoires universitaires … ou dans le cadre de recherches) ont été récupérées par l’équipe de projet, ce qui a représenté un important travail d'identification des maîtres d'ouvrage, possesseurs des données, et d’obtention des autorisations d’utilisation (Tableau 10).

Tableau 10 : Sources de données déjà existantes de houle/courant utiles au calage

des modèles locaux.

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Rapport d'activité 2010 22 Délégation océan Indien

4.3.2.3 Acquisition de données courantologiques complémentaires (PARETO Ecoconsult/Ifremer)

Afin de compléter les données de calage déjà disponibles, des largages de bouées WOCE, capables de transmettre en temps réel leur position, ont été réalisés. Douze bouées de type WOCE DROGUE, développées par la Société Technocean (Floride, USA), ont été acquises dans le cadre du projet. Le matériel se présente sous la forme d'un flotteur sphérique (photo ci contre), d'environ 40 cm de diamètre, relié par un câble à une ancre flottante (ou drogue) située à 15 m sous la surface. La drogue est constituée d'un tube de tissu ouvert de 7 m de long et lesté. Après largage, la drogue se déploie à la verticale du flotteur. L'ensemble de l'électronique d'instrumentation se situe dans le flotteur. Il est composé d'un système de positionnement classique de type ARGOS auquel est couplé un système GPS, un émetteur et quatre capteurs (tension de batterie, immersion drogue, Température, GPS). Dès son activation, la bouée fournit des positions réactualisées toutes les ½ heures qui sont accessibles sur un serveur ARGOS (https://www.argos-system.org/).

Une première campagne de largages a été réalisée fin 2010 et a nécessité la venue sur l'île de Pascal LAZURE et Jean-François LEROUX (Ifremer DYNECO Brest) ainsi que de Stéphane POUS (Lab. LOCEAN, Paris VI) qui sont des spécialistes de ces opérations et qui ont formé les équipes locales de l'Ifremer et de PARETO qui mèneront seules les prochaines campagnes. Au total, 27 largages suivis de 24 récupérations de bouées ont été réalisés entre le 30 novembre et le 8 décembre 2010. Ces opérations à la mer ont été coordonnées par PARETO en lien avec l’équipe de la Délégation, en faisant appel à des navires de pêche professionnelle côtière depuis les 3 ports Réunionnais de Ste Marie (bateau "Charles V"), St Pierre (bateau "Tethis") et St Gilles les Bains (bateau "Portus Veneris").

Les trajectoires enregistrées sont données Figure 9 et Figure 10

Figure 9 : trajectoires court terme des bouées WOCE Drogue lâchées en zone

côtière autour de La Réunion fin 2010, et

récupérées moins de 72 heures après leur largage.

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Rapport d'activité 2010 23 Délégation océan Indien

Figure 10 : trajectoires long terme (et vitesses de dérive) de deux bouées WOCE Drogue lâchées fin 2010 et non récupérées afin de disposer de données au large.

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Rapport d'activité 2010 24 Délégation océan Indien

Les données ainsi acquises ont également été montées sous forme de vidéos, visualisables sur le site Web de la Délégation : http://wwz.ifremer.fr/lareunion/Les-projets/Modeles-hydrodynamiques

4.3.3 Premiers développements des modèles

4.3.3.1 Modèle hydrodynamique de grande emprise (Niveau I ; LOCEAN, Paris VI)

La réalisation d'un modèle hydrodynamique régional, centré sur La Réunion passe inévitablement par la prise en compte de la circulation des masses d'eau à l'échelle plus large de l'océan indien. Le laboratoire LOCEAN, en charge du développement du modèle Régional, dispose depuis 2007 d'un modèle de grande emprise (NEMO-IND4) qui propose plusieurs simulations réalistes avec des forçages atmosphériques, climatologiques ou interannuels. En s'appuyant sur les résultats de NEMO-IND4, il a été proposé d'élargir les frontières du modèle régional (appelé MARS-REU2km) à 500 km de coté en étendant les mailles à 2 km pour éviter d'alourdir les temps de calculs (Figure 11).

Figure 11 : emprises des différents modèles NEMO et MARS d’HYDRORUN

Parallèlement un affinement du modèle global NEMO-IND4, centré sur le Sud-Ouest de l'océan Indien a été développé. Appelé NEMO-SWIO12, ce modèle de grande échelle a pour objectif d'améliorer la représentation de la circulation générale aux frontières de la configuration régionale de premier niveau. Cette configuration intermédiaire (NEMO-SWIO12) présente autour de la zone "Réunion" des mailles de 9km au lieu de 27km pour NEMO-IND4, et devrait permettre d'étudier la variabilité de la circulation dans plusieurs régions clés de l'océan Indien (Canal du Mozambique et arc des Mascareignes). Une première évaluation du réalisme de ce modèle intermédiaire a pu être réalisée par LOCEAN (Figure 12).

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Rapport d'activité 2010 25 Délégation océan Indien

COURANTS DE SURFACE TEMPERATURE

SIMULATIONS

OBSERVATIONS

Figure 12 : Moyennes annuelles des courants et températures de surface issues des résultats du modèle NEMO-SWOI12 et des observations (source LOCEAN)

Cette figure illustre le réalisme du modèle et présente les moyennes annuelles des courants et de la température de surface au bout de 4 ans de simulation (en haut) comparées aux courants de surface issus de trajectoires de flotteurs (Lumpkin et al., 2005, en bas à gauche) et à la température de surface (1998-2006 ERSST.V3 ; Smith et al., 2008, en bas à droite)

4.3.3.2 Modèle hydrodynamique régional (Niveau II ; SAFEGE)

Entre le modèle Régional de premier niveau (Mars-REU 2km) et les modèles côtiers locaux (mailles 100 m), il a été décidé par le groupe de projet de réaliser un modèle de dimension intermédiaire à mailles de 450 m, ce qui n’était pas prévu initialement dans le projet. Ce modèle intermédiaire est, à la fin 2010, en cours de finalisation

4.3.3.3 Modèles hydrodynamique locaux (niveau III ; SAFEGE)

Les critères suivants ont été retenus pour formuler une première proposition de limites des emprises des 6 modèles locaux (maille 100 m) de la plate-forme HYDRORUN :

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Rapport d'activité 2010 26 Délégation océan Indien

• Chaque Masse d'eau DCE doit être intégralement contenue dans au moins 1 emprise de modèle,

• L'unité de la superficie de la Réserve Naturelle Marine de la Réunion doit être intégralement contenue dans au moins 1 emprise de modèle,

• Les frontières des modèles doivent respecter une distance minimale de :

o 5 km du pilote ETM (Energie Thermique des Mers) situé au large du Port,

o 8 km des principales agglomérations côtières (villes et zones à forte urbanisation)

o 8 km des principaux apports à la mer (rivières et ravines importantes)

o 8 km des émissaires des stations d'épuration

o 8 km des limites de l'enclos du volcan (zone d'écoulement des laves)

Les délimitations arrêtées sont donc les suivantes (Figure 13)

Figure 13 : Délimitations des 6 modèles locaux HYDRORUN selon les critères retenus.

Ste-Suzanne

St-Leu

St-Paul

St-Louis

Ste-Rose

Ste-Anne

St-Denis

St-Joseph

St-Benoît

Ste-Marie

Les Avirons

St-Philippe

Ste-SuzanneLa PossessionLe Port

S T L E US T L E U

V O L C A NV O L C A N

S T P A U LS T P A U L

S T P I E R R ES T P I E R R E

S T D E N I SS T D E N I S

S t B E N O I TS t B E N O I T

-20

-500

-1000

-50

-2000

-100

-3000

-50

-2000

-20

-100

-50

-50

-500

-50

-50

-20

-1000

-100

-100

ST LEU

LE PORT

ST PAUL

St ROSE

ST LOUIS

ST DENIS

ST GILLES

ST PIERRE

ST JOSEPH

St BENOIT

STe MARIE

Rav Du Gol Sud Enclos

Riv du Mât

St SUZANNE

Riv d'Abord

Nord Enclos

Riv St Jean

St PHILIPPE

Riv de l'Est

Grande Ravine

Riv. Langevin

Riv Ste Marie

LA POSSESSION

Rav. St Gilles

Riv St Etienne

Riv Des Roches

Rav GrdChaloupe

Rav des Avirons

Riv. d Remparts

Riv d Marsouins

Riv De St Denis

Riv. des Galets

Riv Basse Vallée

Etang Bois Rouge

ETM

55°50'0"E

55°50'0"E

55°40'0"E

55°40'0"E

55°30'0"E

55°30'0"E

55°20'0"E

55°20'0"E

55°10'0"E

55°10'0"E

55°0'0"E

55°0'0"E

54°50'0"E

54°50'0"E

20°50'0"S 20°50'0"S

21°0'0"S 21°0'0"S

21°10'0"S 21°10'0"S

21°20'0"S 21°20'0"S

21°30'0"S 21°30'0"S

HYDRORUNEmprise des 6 modèles hydrodynamiques Mars3D locaux

Carte N°.

Auteur(s) : mropert Date: 11/10/2010

<Double-Clic pour ajouter le numéro de la carte>Sources : IGN, SHOM, Ifremer-DOI, SAFEGE, ACTIMAR, LOCEAN

HYDRORUN!( Ravine/Rivière

!( Volcan

!( Urbanisme/Ville

" Step_points

!( projet_ETM

Périmètre

Ravine/Rivière

Volcan

Urbanisme/Ville

Périmètre 8km STEP

Projet Energ. Therm. Mer

Modèles LocauxModèles Locaux

Bathymétrie (Shom)

40Kilomètres

4 0 2 41 Milles nautiques Délégation de La Réunion

Légende

: plate-forme de modélisation hydrodynamique de l'I ler de La Réunion

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Rapport d'activité 2010 27 Délégation océan Indien

Le premier modèle local, dont le développement a débuté en fin d’année, est le modèle « St Leu », du fait qu’il englobe la RNMR.

4.3.3.4 Modèles atmosphériques et d'état de mer (action I-3 : ACTIMAR)

Les modèles hydrodynamiques régional (Niveau II) et locaux (niveau III) doivent être soumis au double forçage par les conditions atmosphériques et de houle. Ces forçages seront eux même générés par des modèles qui seront couplés aux modèles hydrodynamiques. C’est le partenaire ACTIMAR (Brest) qui est en charge du choix puis des développements/adaptations des modèles de forçage.

4.3.3.4.1 Modélisation atmosphérique

L'outil retenu pour la modélisation du vent et des flux de chaleur est le WRF (Weather Research and Forecasting) qui est un système numérique méso-échelle de nouvelle génération pour les prévisions météorologiques. Le développement du système provient d’une collaboration entre le National Center for Atmospheric Research (NCAR), la National Oceanic and Atmospheric Administration (NOAA), l'Air Force Weather Agency (AFWA), le Naval Research Laboratory, Oklahoma University, et la Federal Aviation Administration (FAA). WRF est conçu à la fois pour des prévisions opérationnelles et les besoins de la recherche atmosphérique.

Une première évaluation de la qualité du modèle atmosphérique a pu être réalisée en confrontant les sorties du modèle aux données observées à la station météorologique de St Denis Gillot. Une période de 2 semaines, du 14 au 28 février 2007, a été choisie pour tester différentes combinaisons possibles : cette période couvre des conditions normales et une situation cyclonique associée au passage de Gamède au nord de La Réunion. Ce travail a permis de commencer à ajuster les paramètres du modèle atmosphérique en procédant à de multiples re-jeux en regard à la fois du temps de simulation et des erreurs calculées sur la vitesse du vent et la température. La finalisation du calage est prévue pour la fin du premier trimestre 2011, conformément au prévisionnel initial.

4.3.3.4.2 Modélisation de l'état de la mer

Pour la modélisation régionale des états de mer, c’est le modèle Wavewatch III qui a été retenu. Il s’agit d’un modèle spectral de génération et propagation des états de mer. Il est particulièrement bien adapté au calcul des états de mer à petite et moyenne échelle, en domaine océanique et en mer continentale. Le code est maintenu par H.L. Tolman de la NOAA.

Pour les forçages des modèles locaux côtiers, c’est un modèle SWAN qui sera utilisé. Il s’agit d’un modèle spectral permettant le calcul des paramètres des vagues, dans les régions côtières, les lacs et les estuaires, à partir d’informations fournies sur la bathymétrie, les courants et le vent. Swan est un modèle de "troisième génération". Il n'impose aucune paramétrisation sur la répartition spectrale et directionnelle de l'énergie (ou de l'action d'onde) de la houle.

4.3.4 Perspectives et programmation 2011

Fin 2011, l'ensemble des modèles hydrodynamiques régionaux et locaux devront avoir été développés, calés et validés, notamment au moyen des données acquises dans le cadre des campagnes de largages des bouées dérivantes qui doivent se poursuivre durant le premier semestre 2011. Une incertitude demeure toutefois, liée au retard imprévu de la

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Rapport d'activité 2010 28 Délégation océan Indien

livraison finale du référentiel terre mer de Litto3D (bathymétrie « petits fonds » du pourtour de La Réunion). Ces données bathymétriques, beaucoup plus précises que les données actuelles du SHOM, devaient en effet être utilisées pour les 6 modèles locaux. Début décembre 2010, les données Litto3D n’étant toujours pas disponibles, décision a été prise par le groupe de projet de lancer le développement des modèles locaux en utilisant les données disponibles, tout en demandant au développeur (SAFEGE) d'évaluer la possibilité d'intégrer, a posteriori, le référentiel bathymétrique Litto3D dès sa livraison. Le surcoût lié à ce retard est en court de chiffrage.

En ce qui concerne la plate-forme MarsWeb actuelle, elle a été développée pour les modèles existants en métropole. Son adaptation au contexte réunionnais est prévue dans le courant du second semestre 2011. L'objectif est qu'elle soit opérationnelle pour la fin de l'année 2011, de telle sorte que des formations puissent être proposées aux partenaires réunionnais du projet à partir du second trimestre 2012.

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Rapport d'activité 2010 29 Délégation océan Indien

4.4 Mise en œuvre de la Directive Cadre sur l’Eau (DCE) à La Réunion

4.4.1 Contexte et objectifs

Le contexte environnemental réunionnais est complexe du fait des caractéristiques morphologiques et climatologiques locales. Ile volcanique (2 500 km²) culminant à plus de 3 000 m, La Réunion est soumise à un climat tropical humide et possède tous les records mondiaux de pluviométrie pour les périodes comprises entre 12 heures et 15 jours (jusqu’à 10 mètres/an dans l'Est, Source Météo-France). La saison chaude (novembre à avril) est propice à la formation de nombreuses perturbations tropicales dont les plus intenses, les cyclones, s'accompagnent de précipitations extrêmement abondantes (jusqu'à plus de 6 m en quelques jours) accompagnées de vents violents et de houles pouvant atteindre 10m. De ce fait, le relief très escarpé est travaillé par une érosion active générant un réseau hydrographique particulièrement dense qui adopte un écoulement torrentiel en période de pluies (novembre à avril) évacuant très rapidement les eaux douces chargées de nutriments et polluants vers l'océan.

Le littoral (200 km de linéaire côtier) est ainsi soumis à une pression d'autant plus importante que 80 % de la population (800 000 habitants en 2008) et l'essentiel des installations industrielles y sont concentrés. Les plages, localisées majoritairement dans la partie occidentale de l'île, la plus urbanisée, ne représentent que 40 km de linéaire dont 25 km abrités de manière discontinue derrière 4 récifs coralliens frangeants. En tant qu'Aire Marine Protégée, 3 de ces lagons constituent depuis 2007 la Réserve Naturelle Marine de la Réunion (RNMR, dont la gestion est assurée par un Groupement d’Intérêt Public, ou GIP).

Depuis le milieu des années 2000, différentes actions ont été menées à l'initiative de la Diren Réunion avec pour objectif de définir l’état des lieux ainsi que les réseaux de surveillance pérennes pour la DCE. Ces actions se sont appuyées sur de nombreux acteurs locaux (bureaux d'études, universitaires, GIP RNMR, associations) et métropolitains (en particulier le LER de l'Ifremer Toulon). Ces premières études et synthèses ont permis de proposer le découpage des masses d'eau côtières9 dès 2005.

De façon à renforcer sa contribution à la mise en place de la DCE à La Réunion, l’Institut, dont c’est une des missions nationales, à créé fin 2009 une Cellule Environnement au sein de sa Délégation océan Indien, station de La Réunion, (3 temps plein). Cette cellule environnement a pour mission de développer ou coordonner les projets d’acquisition de connaissances, de développement d’indicateurs d’état et de définition des réseaux pérennes, l’objectif étant d’être à même de réaliser l’ensemble des suivis (« réseaux de contrôle de surveillance ») imposés par la DCE dès 2013.

L’action de la cellule environnement de la Délégation s’est articulée autour 3 axes en 2010 : le projet Bon Etat, la démarche SinpMer, et le double projet Spectrhabent OI/Bio Indication.

9 13 Masses d’Eau Côtière (MEC) sont proposées à La Réunion dans le cadre de la DCE dont 4 Masses d'Eau Récifales (MER). 2 des MEC sont également classées à « Risque de Non Atteinte du Bon Etat » (RNABE) du fait du projet de création d’une nouvelle route littorale entre La Possession/Le Port et St Denis

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Rapport d'activité 2010 30 Délégation océan Indien

4.4.2 Le projet « Bon Etat » (A050407) et la création des Groupes de Travail DCE

Associant depuis 2008 les partenaires locaux de l’Arvam, de Pareto Eco-consult, du laboratoire Ecomar de l’Université de La Réunion et du GIP RNMR, ce projet « Bon état » est le projet central du dispositif de définition/coordination de la DCE développé par le tandem Diren de la Réunion/Délégation Ifremer océan Indien.

Ce projet a permis la création de 4 Groupes de Travail thématiques, associant les experts scientifiques locaux et les référents nationaux basés en métropole, chacun des GT devant, dans son domaine de compétence :

- identifier les données déjà acquises et utiles à la démarche DCE, à bancariser sous Quadrige² (Cf. chapitre 4.4.2.5),

- retenir les paramètres et définir les métriques permettant d’élaborer des indicateurs d’état des masses d’eau, simples à mettre en œuvre,

- définir les réseaux pérennes de suivi (choix des protocoles de prélèvement et d’analyses, choix des paramètres et des matrices, positions des stations, fréquences et périodicité des suivis…)

La composition des 4 Groupes de Travail est la suivante (Tableau 11) :

Tableau 11 : composition des 4 groupes de travail thématiques DCE Réunion

DIR

EN

Groupes de Travail R.

Le G

off

P.

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N.

Tap

ie

H.

Bud

zins

ki

CHIMIE X X X X X X X X X X X X X XPHYSICO-CHIMIE

& PHYTOPLANCTON X X X X X X X X X X X X X X X XBENTHOS SUBSTRATS

MEUBLES X X X X X X X X X X X X XBENTHOS SUBSTRATS

DURS X X X X X X X X X X X X X X X X X X X X X X(Membres des Groupes de travail en couleur)

Référents DCE Nationaux

GIP RNMRIRDIFREMER ONEMA

Appui local et extérieur

LPTCCEDREDélégation

Ifremer RéunionARVAM PARETOUniv ECOMAR

Ifremer TOULON

AA

MP

Le détail des résultats obtenus en 2010 par ces 4 GT est fourni dans le rapport RST-DOIRUN/2010-05 , Le Goff et al, 2010 (Cf. bibliographie), consultable et téléchargeable à partir du site web de la Délégation : wwz.ifremer.fr/lareunion page DCE.

Groupe par groupe, les principales conclusions des travaux 2010 sont les suivantes :

4.4.2.1 Le Groupe de Travail "Chimie" :

C’est aujourd’hui le groupe le plus avancé. A partir de l’analyse de l’ensemble des données disponibles, mais aussi des premiers retours d’expérience à l’issue des contrôles de surveillance réalisés en métropole, les recommandations formulées par le GT sont de réaliser les suivis dans le biote (modioles) et dans l'eau au moyen d’échantillonneurs passifs (DGT, POCIS et SBSE), les conditions hydrodynamiques locales et la

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Rapport d'activité 2010 31 Délégation océan Indien

granulométrie grossière des fonds rendant non pertinent un suivi dans le sédiment. Une liste des contaminants intégrant les molécules listées par la Directive et des molécules spécifiques, utilisées à La Réunion, a également été proposée et est en cours de validation. Enfin, le réseau de suivi (stations, fréquences) a été défini (Figure 14).

Figure 14 : positionnement des stations du réseau Chimie de la DCE eaux littorales

4.4.2.2 Le Groupe de Travail "hydrologie, physico-chimie et phytoplancton"

La question centrale posée à ce GT est de statuer sur la pertinence de différents indicateurs : indicateur d’eutrophisation reposant sur le paramètre phytoplancton, indicateurs MES, pH et carbonates sur les récifs coralliens. Ces questions ne sont pas tranchées à ce jour, et la réflexion se poursuivra jusqu’à fin 2011. Par contre, les bases d'un réseau de suivi hydrologique des masses d'eaux côtières et récifales sont posées : ce réseau, le RHLR (pour Réseau Hydrologique Littoral Réunionnais) s'appuiera sur les premiers suivis conduits sous maîtrise d'œuvre de l'Arvam dans le cadre du RNO Hydrologie, puis depuis 2008 pour la DCE. De même, différentes grilles ont été testées à partir des données déjà disponibles. L’exemple de la chlorophylle est donné ci après (Tableau 12).

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Rapport d'activité 2010 32 Délégation océan Indien

Tableau 12 : Evaluation de la qualité des masses d’eau réunionnaises au moyen de l’indicateur chlorophylle a. Application des 5 grilles chlorophylle développées en

Manche/Atlantique, en Méditerranée ou à La Martinique aux données RNO hydro Réunion et RHLR extraites de Q². La grille retenue est la même que celle qui est

utilisée dans les eaux Corses.Toutes les masses d’eau réunionnaises appartiennent à la classe « très bonne qualité » selon ce paramètre.

(Ancienne nomenclature) Est Med Est Med Ouest MedMed

Etangs

Type 3W Corse

Type 3W Type 2A Type 1Marti-nique

<0.75 <1.1 < 2.4 <5 < 0,10.75 - 1.22 1.1 - 1.8 2.4 - 3.6 5-10 0,1-1

1.22 - 2.44 1.8 - 3.6 3.6 -7.2 10-20 1-5

Chla (µg/l) 2.44 - 4.88 3.6 - 7.2 7.2 - 14.4 20-40 5-10

(Percentile 90) >4.88 N >7.2 N > 14.4 N >40 N >10

6 Rivière des pluies 0.33 0.33 0.33 0.33 0.33

12 Sainte-Marie 0.31 0.31 0.31 0.31 0.31

FRLC02 41 La Possession 0.34 0.34 0.34 0.34 0.34

23 Rivière de l'Est 0.54 0.54 0.54 0.54 0.54

29 Rivière du Mât 0.56 0.56 0.56 0.56 0.56

12 Saint-Benoit 0.26 0.26 0.26 0.26 0.26

22 Rivière des Galets 0.33 0.33 0.33 0.33 0.33

6 Rivière des Galets 2 0.24 0.24 0.24 0.24 0.24

10 Saint-Paul 0.18 0.18 0.18 0.18 0.18

FRLC06 29 Lagon Saline les Bains 0.22 0.22 0.22 0.22 0.22

FRLC07 41 Pointe de la Table 0.35 0.35 0.35 0.35 0.35

29 Lagon Saint Leu 0.19 0.19 0.19 0.19 0.19

12 Lagon Saint Leu Corne 0.14 0.14 0.14 0.14 0.14

29 Rivière Saint Etienne 0.40 0.40 0.40 0.40 0.40

12 Saint-Louis 0.14 0.14 0.14 0.14 0.14

6 Lagon Saint Pierre 0.33 0.33 0.33 0.33 0.33

11 Lagon Saint Pierre Ravine Blanche 0.22 0.22 0.22 0.22 0.22

FRLC12 41 Grande Anse 0.46 0.46 0.46 0.46 0.46

FRLR06 23 Lagon Saint Gilles-les-Bains 0.18 0.18 0.18 0.18 0.18

OR1 0 Large de Ste Rose - - - -

OR2 40 Large Hermitage 0.26 0.26 0.26 0.26 0.26

Nbr

Don

nées

FRLC08

FRLC09

FRLC11

FRLC01

FRLC03

FRLC04

Enfin, il appartiendra également à ce GT de statuer en 2011 sur la mise en œuvre de systèmes d'enregistrement haute fréquence, de type MAREL, et sur les paramètres indispensables à suivre.

4.4.2.3 Le Groupe de Travail "benthos de substrats meubles"

Ce GT a mené une réflexion sur l’adaptation aux spécificités locales des indices AMBI et M-AMBI, utilisés en métropole (et en Europe) pour la macrofaune endogée. Les premières simulations réalisées sur des données existantes et mises à disposition par le laboratoire Ecomar (L. Bigot et P. Frouin) montrent que les adaptations à prévoir sont mineures (quelques espèces spécifiques à La Réunion sont à ajouter à la liste « AZTI » des espèces européennes, et certains groupes de polluo-sensibilité de métropole doivent être ajustés). Ce travail a débuté fin 2010 en collaboration entre L. Bigot et P. Frouin du laboratoire ECOMAR et les cellules REBENT et DCE de l’Institut. Il s’achèvera mi 2011 quand les données acquises fin 2010/début 2011 (Arvam/Diren) dans les zones portuaires de l’île, a priori les plus dégradées et représentatives du « mauvais état », auront pu être intégrées. Le positionnement des stations du suivi du réseau pérenne est également quasi achevé à la fin 2010 (hors zones portuaires ; Figure 15).

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Rapport d'activité 2010 33 Délégation océan Indien

Figure 15 : Carte des stations du réseau DCE "Benthos de substrats meubles" dans

les masses d’eau côtières de La Réunion. En rouge, stations du contrôle de surveillance, et en vert (étoiles), stations du contrôle opérationnel ; les stations en

zones portuaires seront positionnées mi 2011.

4.4.2.4 Le Groupe de Travail "benthos de substrats durs" et la re-définition du projet "Bio Indication" (A050407B)

Ce GT est, fin 2010, le moins avancé du fait de la difficulté à définir des indicateurs de l’état de santé des récifs coralliens, et plus particulièrement des indicateurs retranscrivant les niveaux de dystrophie (dystrophie qui se manifeste par des développements macro algaux au milieu ou sur les colonies coralliennes). Le constat du manque de données et connaissances en la matière a amené le GT à définir un projet dédié à cette problématique, et à proposer à l’Onema (ainsi qu’à l’Office de l’eau de La Réunion) son financement via le projet Bio Indication déjà en cours.

Le projet Bio Indication s’inscrit en effet depuis 2009 dans le cadre de la convention nationale entre l’Onema et l’Ifremer qui a pour objet la mise en place de la DCE, en métropole et dans les DOM. Le GT a proposé de remanier profondément le projet Bio Indication initial ou plus précisément ses deux premiers volets10 « eutrophisation » et « MES », et de les fusionner en les réorganisant afin d’atteindre l’objectif de définition

10 Bio Indication comprend un autre volet, dont l’objectif est d’utiliser des images hyperspectrales et des données Lidar pour cartographier les zones coralliennes, les secteurs de développement algaux, les herbiers, …, et de réaliser un certain nombre de cartes de synthèse permettant d’appréhender l’hétérogénéité spatiale en zone lagonaire, ou des cartes de pourcentage de recouvrement par du corail mort…, i.e. des cartes synthétiques directement utiles pour apprécier l’état de santé et/ou de dégradation des masses d’eau lagonaires. Ces aspects sont développés au chapitre 4.4.4 traitant de l’utilisation d’imagerie hyperspectrale et de données Lidar.

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Rapport d'activité 2010 34 Délégation océan Indien

d’indicateurs d’eutrophisation simples, et basés sur différentes espèces de macro algues en compétition avec le corail. Le lien avec les pressions sera étudié via les paramètres physico-chimiques explicatifs que sont les nitrate, nitrite, ammonium et phosphate (considérés comme des « proxys des pressions »). Les paramètres biologiques (coraux, algues) relevés seront ceux des suivis de type « GCRMN », mais adaptés à la problématique. Au final, l’objectif est de proposer des métriques et des seuils adaptés au contexte récifal réunionnais.

2010 a donc permis de définir la stratégie globale de ce « nouveau projet », c’est-à-dire d’arrêter la stratégie d’échantillonnage, de mettre en place les partenariats nécessaires (maîtrise d’ouvrage : Onema ; Maîtrise d’ouvrage déléguée : Ifremer Réunion ; Maîtrise d’œuvre et conduite opérationnelle : Arvam ; collaborations : Ecomar, Pareto Eco-consult, GIP RNMR), de monter et faire valider le dossier de projet et enfin de lancer les premières opérations terrain (en fin d’année). Les indicateurs, et le réseau de suivi correspondant, devront être définis au plus tard mi 2012. Le rapport annuel 2010 de ce projet Bio Indication est consultable et téléchargeable sur le site de la Délégation wwz.ifremer.fr/lareunion rubrique DCE.

4.4.2.5 Le déploiement de Quadrige² à La Réunion

Un des objectifs fondamentaux de la DCE est d'assurer une bancarisation fiable et pérenne de l’ensemble des données utiles à l’évaluation de la qualité des masses d’eau (données déjà acquises, dans le cadre d’études ponctuelles, d’études d’impact, de réseaux déjà en place…, ou qui le seront via les réseaux de la DCE). Cette bancarisation est en effet la condition sine qua non pour permettre d’évaluer les évolutions de la qualité des masses d’eau, et vérifier l’efficacité des politiques et des programmes de mesures qui seront lancés.

Le SinpMer a retenu 5 bases comme bases nationales de référence en milieu marin, dont 3 sont développées et gérées par l’Ifremer : Harmonie pour les données halieutiques, Quadrige² (Q²) pour toutes les données environnementales, et notamment celles de la DCE, et Sextant pour toutes les données géo référencées (Cf. chapitre 4.4.3 sur le SinpMer).

En ce qui concerne les données produites par la DCE, ou celles qui sont « DCE utiles », leur intégration dans la base Quadrige² est obligatoire, pour leur sécurisation, mais aussi parce que l’outil permettant la réalisation des bilans et des rapportages européens, le S3E (Système d’Evaluation de l’Etat des Eaux), ne fonctionne qu’à partir de Q².

La mise en place de la base Q² à La Réunion a représenté un travail conséquent en 2010, tant pour l’équipe de la Délégation (150 heures) que pour la cellule Q² de l’Ifremer Nantes (Dyneco ; de l’ordre de 150 heures également).

Avec l'aide de l'ARVAM, un important travail de collecte de métadonnées a été réalisé pour identifier les données déjà existantes à La Réunion, et pertinentes pour la DCE (i.e. données susceptibles de contribuer à la définition des indicateurs et des grilles d'évaluation, à l'état initial des masses d'eau, à la mise en place des réseaux pérennes). Un atlas de métadonnées, regroupant une cinquantaine de fiches (études, projets,… ; Figure 16) a ainsi été constitué, première étape de toute intégration dans Q².

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Rapport d'activité 2010 35 Délégation océan Indien

Figure 16 : Description des différentes fiches constituant l’atlas de métadonnées.

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Rapport d'activité 2010 36 Délégation océan Indien

La bancarisation des données hydrologiques (RHLR) s’est poursuivie (11063 données bancarisées à la fin 2010 ; Cf. Tableau 13), celle des données de benthos de substrat meuble a débuté (la bancarisation des données du projet Cartomar, de certaines études d’impact, et de la thèse de doctorat de L. Bigot d’Ecomar sera achevée à la fin du premier trimestre 2011), tout comme celle des données « chimie » des projets Cartomar (sédiments) et PEPS (échantillonneurs passifs ).

Tableau 13: données hydrologiques déjà bancarisées sous Q²

Année RHLR RNOHYD Nb total de

données

2002 1 243 1 243

2003 3 281 3 281

2004 2 836 2 836

2005 1 209 1 209

2006 424 424

2007 536 536

2008 755 755

2009 779 779

Nb total de données 1 534 9 529 11 063

Enfin, un très important travail concernant les données de benthos de substrat dur a également été mené en 2010, en relation très étroite entre la cellule Q², l’équipe de la Délégation, l’Arvam et Pareto Eco-consult : toutes les données de type GCRMN sont en effet stockées depuis une dizaine d’années dans le logiciel Corémo3 développé par l’Arvam et Pareto. Les modalités de leur transfert sous Q² ont été définies (transfert devant être achevé mi 2011 au plus tard), et un cahier des charges permettant le co-développement de la version 4 de Corémo, alliant l’interfaçage convivial de saisie et d’extraction des outils Corémo, et la sécurisation du stockage via Q² (et les disques de sauvegarde du SISMER) ainsi que l’interopérabilité avec l’ensemble des bases du SinpMer, a été rédigé (développement en 2011/2012 sous financement Ifrecor).

4.4.2.6 Conclusion sur le projet Bon état.

Le projet Bon état s’est achevé en octobre 2010. Ses conclusions relatives à l’avancement de la mise en place de la DCE à La Réunion sont synthétisées dans le Tableau 14 aux deux pages suivantes.

Il sera suivi d’un dernier projet DCE, le projet « Bon état II » (Deal Réunion/Ifremer, en collaboration avec l’Arvam, Pareto Eco-consult, le laboratoire Ecomar de l’Université de La Réunion et le GIP RNMR) qui aura pour objectif de finaliser l’ensemble des indicateurs et réseaux, dans les domaines de la chimie, de l’hydrologie et du phytoplancton, du benthos de substrats meubles et du benthos de substrats durs, et ce d’ici à la mi 2012 de façon à pouvoir lancer les 4 réseaux du contrôle de surveillance dès début 2013.

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Rapport d'activité 2010 37 Délégation océan Indien

Tableau 14 : Etat d’avancement de la DCE à La Réunion fin 2010 : quelles données, quels indicateurs, quels suivis, et que reste-t-il à faire pour pouvoir initier les réseaux

du contrôle de surveillance.

GT Chimie GT Hydrologie GT Benthos de substrat dur

GT Benthos de substrat meuble

Identification des études déjà réalisées et pertinentes pour la DCE

Oui : CARTOMAR, modioles et étude "Echantillonneurs passifs"

Oui : réseaux RNO, RHLR et suivi blanchissement coraux + études ponctuelles, dont thèse P. Cuet

Oui : présente étude, tous les suivis GCRMN (de niveau "expert", réalisés par des spécialistes),

Oui : étude CARTOMAR + études d’impact (notamment de rejets de sucreries) + thèse L. Bigot permettent de disposer de données en sites impactés

Identification des données pertinentes pour l’établissement des indicateurs (valeurs "extrêmes")

Sans Objet : seuils NQE ; NQE non fixées à ce jour pour quelques substances (action ne dépendant pas du GT, mais de la cellule ARC)

Oui : données RNO, RHLR et suivi blanchissement

Oui : données déjà présentes dans la base COREMO du GIP Réserve Naturelle Marine de La Réunion + données Université. La définition d’1 indicateur "eutrophisation à macro algues en zone lagonaire" nécessite une nouvelle étude (bio indication/Eutrolag)

Oui : données des études d’impact ; étude complémentaire Diren lancée en 2010 dans les zones portuaires avec résultats attendus fin 2011/2011.

Identification des données à bancariser Q²

Oui : données "CARTOMAR" et données "modioles"

Oui : RNO et RHLR

Oui : données COREMO GIP RNMR

Oui : uniquement CARTOMAR + étude zone portuaire 2010

Création des "stratégies Q²"

Oui : réalisé

Oui : réalisé

En cours : en cours également le développement de modules automatisés de transfert des données de COREMO vers Q² (action cellule nationale Q²)

Oui : réalisé

Bancarisation effectuée

en cours Oui, réalisée (jusqu’en 2009)

Oui : sous COREMO : objectif du transfert Q² mi 2011 (action cellule nationale Q²)

Non : à réaliser en 2011

Développement des modules Surval d’extraction/valorisation

Non : à réaliser en 2011 (action cellule nationale Q²)

Oui/non : réalisé, mais non opérationnel fin 2010 ; opérationnalité prévue mi 2011 (cellule nationale Q²)

Non : réflexion en cours au sein de la cellule nationale Q², mais problématique beaucoup plus complexe que pour les autres "compartiments" ; résultats au plus tôt fin 2012

Non : à réaliser en 2011 (action cellule nationale Q²)

Formation Q² des producteurs de données

Oui : formation dispensée à La Réunion par la cellule nationale Q² en Oct 2010

Oui : formation dispensée à La Réunion par la cellule nationale Q² en Oct 2010

Formation COREMO dispensée en Sept 2010 par PARETO (COREMO sera maintenu et Q² développera des modules de transfert automatisés)

Oui : formation dispensée à La Réunion par la cellule nationale Q² en Oct 2010

Définition du (ou des) indicateurs (s)

Oui : listes de molécules à suivre définies, y compris liste "locale"

Partielle : indicateurs oxygène et chlorophylle définis ; indicateur phytoplancton rejeté (non pertinent) ; indicateur température à finaliser ; réflexions en cours pour d’éventuels indicateurs CO2, pH

Réflexion en cours dans le cadre du présent projet et du projet Pampa : indicateurs coralliens quasi définis (achèvement réflexion mi 2011) ; indicateurs d’eutrophisation à macro algues en zone lagonaire à définir dans le cadre du projet Bio-Indication/Onéma-Ifremer et Eutrolag (Feder/CG974/OLE +Diren ?) entre fin 2010 et mi 2012 ; espèce sentinelles à valider

En cours : M-Ambi Réunion quasi achevé : il reste à attribuer un groupe de polluo-sensibilité à quelques espèces (à l’issue de l’étude zone portuaire 2010), et à compléter le référentiel européen de Borjea avec les espèces réunionnaises (mi 2011)

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Rapport d'activité 2010 38 Délégation océan Indien

GT Chimie GT Hydrologie GT Benthos de substrat dur

GT Benthos de substrat

meuble

Réseau pérenne : localisation des stations de suivi

Oui: au moins pour une première réalisation du réseau en 2012 ; révision/réduction envisageable ensuite

Oui: au moins pour une première réalisation du réseau en 2012 ; révision/réduction envisageable ensuite

Oui, partiellement: le réseau utilisera ses propres données, ainsi que celles acquises par le GIP RNM dans le cadre de son plan de gestion ; positionnements respectifs des stations des 2 réseaux à parachever

Oui: au moins pour une première réalisation du réseau en 2012 ; révision/réduction envisageable ensuite

Réseau pérenne : définition des fréquences annuelles ou par plan de gestion

Oui Oui Oui Oui

Réseau pérenne : définition des méthodes de prélèvement

Oui: Réflexion achevée sur les méthodes et matrices en fonction des substances ;

Oui (pour principaux paramètres) : Mais réflexion reste à achever sur paramètres CO2, pH, et sur réalisation de flores phytoplanctoniques

Oui: GCRMN expert avec extension "algues" ("GRCMN DCE") ; exclusion de la méthode MSA utilisée dans le présent projet, ou des méthodes Reef Check

Oui

Réseau pérenne : définition des méthodes d’analyse

Oui: Réflexion achevée

Oui: sauf sur éventuels nouveaux indicateurs

Oui/partielle : Reste à définir pour l’indicateur d’eutrophisation à macroalgues en zone lagonaire qui sera retenu à l’issue de Bio-indication et d’Eutrolag

Oui

Réseau pérenne : organisation de la phase opérationnelle et chiffrage

En cours : Chiffrage à finaliser et organisation à définir

Oui: Hydro (RHLR) le réseau RHLR est défini et mené annuellement depuis 2008 (précédemment RNO Hydro) ; adaptations vraisemblablement à prévoir en fonction des "nouveaux indicateurs" qui seront retenus

En cours En cours

Date prévisionnelle de première réalisation du réseau de contrôle de surveillance, et remarques

Première réalisation en 2012 ; Document de définition à produire fin 2011. Première version "exhaustive" de façon à pouvoir éventuellement réduire le réseau ensuite (doubles matrices/méthodes lors de la première réalisation pour certaines molécules)

Réseau annuel déjà en cours sur 2010 et programmé sur les années suivantes

Vraisemblablement 2012 pour la partie pente externe ; en zone lagonaire les études Bio-indication et Eutrolag (fin 2010/mi 2012) représenteront la première année du réseau.

2012

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Rapport d'activité 2010 39 Délégation océan Indien

4.4.3 Contribution au SinpMer (Système d’Information Nature et Paysage Mer)

Ainsi, qu’indiqué précédemment, le SinpMer identifie 5 bases de données comme bases nationales de référence en milieu marin, dont 3 sont développées et gérées par l’Ifremer : Harmonie pour les données d’halieutique (Cf. § SIH), Q² pour les données environnementales et Sextant pour les données géoréférencées et les couches de base cartographiques.

Q² : 2010 a donc permis d’identifier de toutes les données « DCE utiles » déjà disponibles à La Réunion et d’entamer la définition des « stratégies », c'est-à-dire la préparation au sein de Q² des différents champs permettant leur bancarisation. 2010 a également permis de préparer le transfert de l’ensemble des données de type GCRMN acquises par le GIP RNMR et ses partenaires depuis une dizaine d’années (transfert qui sera effectif à la fin du premier trimestre 2011), et de bâtir un cahier des charges pour la réalisation de Corémo V4, base de stockage de toutes les données « coralliennes », tant pour la DCE que dans le cadre de l’Ifrecor.

2010 a également permis à la cellule Q² de l’Ifremer Nantes (Dyneco) d’effectuer une seconde mission longue à La Réunion, pour la DCE, mais également pour préparer la sécurisation par intégration dans Q² des données « tortues », acquises depuis 30 ans par Kélonia et Ifremer, aujourd’hui stockées dans la base de données Torsooi (Cf § Tortues) et des données Cétacés acquises par l’association Globice. Comme pour Corémo 3, la stratégie consiste à développer des produits informatiques permettant une automatisation des transferts, l’objectif final étant de conserver la convivialité de saisie et d’extraction offerte par les outils Torsooi et Globice, tout en assurant la sécurisation et l’interopérabilité du système Q².

Sextant : Sextant est un outil de stockage, de gestion, de diffusion et de partage de données géoréférencées, qu’il s’agisse de cartographies mais aussi et surtout de couches cartographiques de base. Sextant a été développé par l’Ifremer, au départ (10 ans) pour ses besoins propres, afin de mettre à disposition de l’ensemble de ses Directions, Départements et équipes, des données de base identiques, condition sine qua non pour que les productions cartographiques de l’Institut soient échangeables, inter opérables. Il s’agissait également d’offrir à nos partenaires extérieurs, producteurs de couches de base (comme le SHOM, ou l’IGN par exemple) un seul interlocuteur au sein de l’Ifremer, en charge des négociations et contractualisations relatives à l’acquisition de produits et données à diffusion restreinte, puis de leur tenue à jour. Cet outil Sextant a connu nombre de développements sur ces dernières années, une cellule de 4 personnes (cellule nationale Sextant basée à l’Ifremer centre de Brest) y étant dédiée. Les fonctionnalités de Sextant en font un outil interservices par excellence, et l’expérience de la Mimel (Mission Interservices de le Mer et du Littoral, associant l’ensemble des services des Préfectures de Basse Normandie, de Haute Normandie et de la Préfecture Maritime de la Manche et de la Mer du Nord) a permis de démontrer tout son intérêt : Sextant Mimel est l’outil de partage et de mise en commun des données cartographiques de tous les services précités depuis 2007.

Trois serveurs Sextant ont été créés en 2010 pour l’océan Indien :

- le premier, « Sextant Délégation OI » est uniquement destiné aux membres de la Délégation océan Indien et aux agents (métropolitains ou des DOM & TOM) de l’Ifremer.

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Rapport d'activité 2010 40 Délégation océan Indien

- « Sextant océan Indien » a pour vocation d’être mis à disposition des partenaires du Pôle Scientifique Mer océan Indien (pôle en phase finale de définition avant construction, et qui réunira l’ensemble des acteurs de la recherche marine en océan Indien) et représentera l’une des contributions de l’Ifremer au Pôle.

- Enfin, « Sextant REMATA » (pour REunion, MAyotte et Taaf), à l’instar de ce qui a été réalisé pour la MIMEL, sera le serveur cartographique de l’ensemble des services de l’Etat en océan Indien. La convention entre le Préfet de La Réunion, coordinateur de l’Action de l’Etat en Mer en océan Indien, le Préfet de Mayotte, le Préfet des Taaf et l’Ifremer sera signée en 2011, après dispense d’une formation aux services concernés par la cellule nationale Sextant.

4.4.4 Utilisation d’images hyperspectrales et de données Lidar pour la cartographie des habitats benthiques : les projets Spectrhabent OI (A050407C) et Bio Indication Volet 2 (A050407B)

4.4.4.1 Le contexte

L’Etat, par l’intermédiaire des Services de la DDE/DIREN de La Réunion et du Ministère de l’Écologie, de l’Énergie, du Développement durable et de l’Aménagement du territoire, a décidé le lancement du projet Litto3D ® sur les îles françaises de l’océan Indien (Réunion, Mayotte et Iles Éparses). Ce projet consiste en la réalisation d’un modèle numérique de terrain continu entre la terre et la mer, donnant une représentation tridimensionnelle de la forme et de la position du sol sur la frange littorale. La constitution de ce référentiel a été confiée à l’IGN (Institut Géographique National) pour la partie terrestre et au SHOM (Service Hydrographique et Océanographique de la Marine) pour la partie marine. Elle repose sur l’acquisition de données au moyen d’un capteur laser aéroporté (Lidar bathymétrique pour la partie mer et altimètre laser pour la partie terrestre).

A cette occasion, l’État, les Terres Antarctiques et Australes Françaises (Taaf), l’Agence des Aires Marines Protégées (Aamp) et l’Ifremer se sont associés dans un projet de cartographie par télédétection hyperspectrale (projet Spectrhabent OI). Des images ont été acquises simultanément aux levés bathymétriques Litto3D grâce à l’incorporation, lors des mêmes vols, d’un capteur hyperspectral en plus du Lidar bathymétrique. La mutualisation des moyens mis en œuvre a permis une réduction des coûts liés aux différentes missions, notamment pour celles menées dans des secteurs géographiques isolés et difficiles d’accès (îles Eparses).

Spectrhabent OI a pour objectif le développement d’une nouvelle méthode de cartographie par télédétection pour les habitats benthiques subtidaux du pourtour des îles françaises de l’océan Indien, et l’évaluation de la pertinence de cette méthode pour une application à d’autres secteurs côtiers (facilité de mise en œuvre, précision des cartographies, coûts…). L’information bathymétrique apportée par le Lidar devrait permettre pour la première fois de corriger, de manière automatique pour tout pixel immergé de l’image, l’atténuation du signal lumineux dans la masse d’eau et de s’affranchir ainsi d’un problème récurrent de la télédétection en milieu sous-marin.

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Rapport d'activité 2010 41 Délégation océan Indien

Le projet « Bio Indication à La Réunion » (convention Onema/Ifremer) a pour objectif, en s’appuyant sur les données et méthodes de traitement de Spectrhabent OI, de réaliser des cartographies, à l’échelle de l’ensemble de la zone lagonaire de La Réunion, des secteurs coralliens, des zones d’herbier, des zones à forte couverture algale… ainsi que des cartes de synthèse (par exemple d’hétérogénéité spatiale) utiles à l’évaluation de la qualité de ces secteurs dans le cadre de la DCE, et représentant des données de base qui, dans le cadre des suivis à long terme (contrôle de surveillance), permettront de statuer sur l’évolution des secteurs coralliens.

4.4.4.2 Les principes de la méthode

Une image hyperspectrale est composée d’un empilement de plusieurs centaines de bandes spectrales (Figure 17). Ces bandes adjacentes de quelques nanomètres de largeur, permettent de réaliser un échantillonnage continu du spectre lumineux, sur une gamme de longueurs d’ondes s’étendant généralement de l’ultraviolet au proche infrarouge (400 à 1000 nm, jusqu’à plus de 2500 nm pour certains capteurs). Acquises depuis un vecteur aéroporté volant à basse altitude, elles sont de résolutions spatiales décimétriques à métriques, ce qui permet une bonne reconnaissance des objets au sol. La haute résolution spectrale de ces images aéroportées permet, après application des corrections atmosphériques, de reconstituer finement le spectre de réflectance des objets, avec une résolution proche de celle enregistrée par un spectroradiomètre au niveau du sol.

Figure 17: Représentation schématique d'une image hyperspectrale en trois

dimensions (x,y, longueur d'onde).

Une «image» hyperspectrale peut donc a priori, mieux qu’une simple photographie aérienne qui ne permet pas de différencier les différentes longueurs d’ondes (elle ne restitue, tout comme le perçoit l’œil humain, qu’une composition colorée de trois larges bandes spectrales s’inscrivant dans le «visible»), permettre d’identifier la nature des objets ou structures, à la condition que leur «signature spectrale» soit connue. En effet, les objets ou structures n’absorbent pas tous de la même manière la lumière solaire incidente : l’absorption se fait à des longueurs d’ondes préférentielles, ce qui a pour conséquence que la réflectance mesurée (part réémise, ou réfléchie, de la lumière incidente) est variable avec la longueur d’onde (on parle de spectre de réflectance). Ce spectre est dépendant de la

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Rapport d'activité 2010 42 Délégation océan Indien

nature et de la composition de la cible analysée. Chaque objet peut donc en théorie être identifié à partir de son niveau de réflectance et du panel de longueurs d’ondes auxquelles il absorbe ou renvoie le rayonnement. Chaque type d’objet, chaque type de structure, possède ainsi une «signature hyperspectrale» qui lui est propre (Figure 18).

Figure 18 : La réflectance est la fraction de la lumière incidente réfléchie par la cible

(en haut à gauche)

Les objectifs des deux projets parallèles Spectrhabent OI et Bio Indication sont donc de :

• constituer une banque de signatures hyperspectrales, contenant les signatures de toutes les structures, types de fonds, développements coralliens ou algaux… caractéristiques des zones littorales et subtidales des îles françaises de l’océan Indien,

• pouvoir ré-identifier de façon automatisée, via une chaîne de traitement informatique de reconnaissance/discrimination de spectres qui est à développer, ces structures à partir des images hyperspectrales acquises par avion,

• cartographier, de manière automatisée et globale, les structures ou objets «reconnus», et de constituer des cartes dites «d’habitats benthiques».

Un autre objectif des deux projets est de vérifier l’efficacité de la méthode et des chaînes de traitement développées. Les cartographies ainsi réalisées devront donc être validées, par confrontation des structures «prédites» (i.e. définies par le calcul) avec les structures réelles (que l’on identifiera en plongée, dans le cadre d’opérations qualifiées de «Vérité Terrain»). Le niveau de concordance entre prévisions et Vérité Terrain permettra d’évaluer l’efficacité de la méthode, et d’envisager les modifications à y apporter afin de minimiser les coûts et durées d’acquisition et de traitement des données, tout en permettant d’obtenir la

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Rapport d'activité 2010 43 Délégation océan Indien

précision et la sensibilité (capacité de discrimination entre les différentes structures) souhaitées.

4.4.4.3 Etat d’avancement du projet à la fin 2010

4.4.4.3.1 Acquisition des données en 2010

La livraison des données Lidar et hyperspectrales a connu d’importants retards par rapport au prévisionnel initial du projet Litto3D : après examen des données acquises en 2009, notamment sur La Réunion, des survols complémentaires ont été exigés par le SHOM à son sous traitant, les données Lidar livrées ne répondant pas au cahier des charges initial (faible densité de points bathymétriques, forte turbidité, zones de déferlement). Ceci a eu pour conséquence qu’à la fin 2010, soit avec plus d’un an de retard, nous ne disposions pas encore du jeu de données complet (livraison espérée au plus tard à la fin du premier trimestre 2011).

Dans le but d’intégrer au maximum la diversité des récifs coralliens des différentes Iles du sud ouest de l’océan Indien, le catalogue de signatures spectrales in situ, débuté en 2009 sur les îles Glorieuses, le banc de Geyser, Mayotte et La Réunion, a été complété courant mai et juin 2010 au cours d’une mission de terrain sur les îles Juan de Nova et Europa. Le but de ces acquisitions complémentaires de signatures pures était de produire une librairie spectrale aussi complète et exhaustive que possible permettant une meilleure compréhension des phénomènes radiométriques, et, a priori, une précision accrue lors de la phase de traitement des données hyperspectrales.

4.4.4.3.2 Organisation du développement des chaînes de traitement

Un atelier de travail d’une semaine a été organisé en octobre 2010 sur La Réunion afin d’initialiser la phase de développement méthodologique et de traitement des données hyperspectrales et Lidar. Cet atelier a réuni les partenaires d’Ifremer/Dynéco Brest, de l’Aamp, de l’Arvam, de Pareto Ecoconsult, et de la Délégation. Il a permis de fixer une organisation entre les partenaires, et a également eu pour objectifs de permettre à l’équipe Ifremer de Dynéco Brest de mieux s’approprier le contexte local et de répondre à ses principales questions concernant :

- les acteurs du projet lors de la phase de développement méthodologique,

- le niveau de détail des habitats de récif à cibler et le référentiel typologique à utiliser,

- les zones tests sur lesquelles le développement méthodologique sera effectué,

- les attentes plus spécifiques dans le cadre du projet Bio Indication, et les apports de cette technique à la DCE,

- la disponibilité des données (Imagerie, Lidar et données de terrain).

Les décisions suivantes ont été prises :

a. Le référentiel typologique retenu pour la cartographie est celui développé par l’Arvam. Les objets récifaux concernent trois éléments :

• La géomorphologie, • Le substrat, • Les biocénoses/peuplements en place.

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Rapport d'activité 2010 44 Délégation océan Indien

L’entrée principale est la géomorphologie en visant le niveau 3 référencé dans le catalogue d’habitats proposé par l’Arvam (13 entités y sont listées). Sur chaque zone géomorphologique, il faut examiner par la suite les possibilités de distinction du benthos. Une approche hiérarchique qui intègre la problématique de changement d’échelle doit cependant être mise en place.

b. S’agissant des besoins de la DCE et des attentes particulières dans le cadre du projet Bio Indication, les entités retenues sont le substrat dur, le corail mort, le corail vivant, la couverture algale, les herbiers et un paramètre permettant de traduire l’hétérogénéité du milieu (indispensable pour pouvoir positionner certaines stations de suivi DCE).

c. Sur les 6 sites pilotes (i.e. de développement des algorithmes) préconisés initialement, l’équipe de projet a retenu en priorité 1 la zone « Passe de l’Ermitage », en priorité 2 la zone « Roche Marocain » et en priorité 3 la zone de «Sud de la coulée 2007 ».

d. L’équipe de projet a convenu de tester l’utilisation de plusieurs outils et méthodes résumés dans le Tableau 15 suivant :

Tableau 15 : liste des développements/traitements à développer et à tester

Il a également été retenu de tester : - La « Cotation de dalles » (% Corail vivant, Corail mort, Autres) - L’agrégation des données hyperspectrales et bathymétriques

ainsi que ses produits dérivés, sachant la valeur ajoutée du Lidar par rapport a ce qui a été fait dans le domaine jusqu'ici.

- Les données à basse altitude sont également à examiner sur les trois zones test.

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Rapport d'activité 2010 45 Délégation océan Indien

4.4.4.3.3 Elaboration et premières analyses de la librairie spectrale

2010 a également permis une première analyse de la librairie spectrale. De cette analyse il ressort la mise en évidence d’un certain nombre de caractéristiques spécifiques des différents types de nature de fond constitutifs des récifs coralliens. Ces résultats ont fait l’objet d’un rapport RST Ifremer publié en août 2010 (Mouquet Pascal, Quod Jean-Pascal (2010). Spectrhabent-OI - Acquisition et analyse de la librairie spectrale sous-marine. http://archimer.ifremer.fr/doc/00005/11647/).

Il ressort notamment une forte similarité spectrale de l’ensemble des coraux analysés (qu’ils soient de la forme bleue ou brune ; Figure 19), compliquant les discriminations possibles entres les différents types coralliens.

Figure 19 : Signatures spectrales des différentes formes coralliennes.

Les coraux appartiennent à l’une ou l’autre des deux formes spectrales brune ou bleue. La forme brune, la plus fréquente, est caractérisée par une réflectance faible entre 400 et 550

nm, suivie de trois pics (ou « épaulements », c’est-à-dire des maximums peu marqués) vers 575, 600 et 650 nm (générés par la présence des pigments photosynthétiques

contenus dans les zooxanthelles symbiotiques). Chez la forme bleue, le premier pic à 575 nm est généralement absent, laissant un plateau de réflectance entre 600 et 650 nm. La disparition de ce pic serait due à l’action d’une protéine contenue dans le corail hôte, dont

le pic d’absorption se situe autour de 560 nm.

Au contraire, les coraux présentent des particularités spectrales par rapport aux autres groupes, les algues notamment (Figure 20). La réalisation de cartographies Corail vs Algues devrait donc être envisageable.

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Rapport d'activité 2010 46 Délégation océan Indien

Figure 20 : Spectre de formes coralliennes et d’algues. La comparaison des spectres des formes coralliennes avec des spectres algaux (BMA, RMA) met en évidence des différences significatives entre les coraux et les algues. Grâce à leurs compositions

pigmentaires spécifiques, ces deux types de « cibles » peuvent toujours être discriminés par les caractéristiques des figures d’absorption et notamment par les

positions et largeurs des pics de réflectance.

4.4.4.3.4 Premiers traitements des données Lidar

Des MNT (Modèles Numériques de Terrain) Lidar à 5 mètres de résolution ont pu être générés par le SHOM à partir du jeu de données Litto3D de 2009, notamment sur l’Ile de la Réunion.

L’objectif est d’utiliser cette donnée comme support pour l’approche géomorphologique de cartographie des récifs coralliens.

Il est possible d’améliorer la résolution du MNT pour une analyse plus fine qui tient compte de la grande hétérogénéité spatiale du milieu récifal. Un test a été effectué sur la zone de l’Ermitage (Figure 21). Des sondes Lidar ont été intégrées dans le logiciel ISATIS et une interpolation a été réalisée par krigeage pour générer un MNT à plus grande résolution, l’objectif étant d’atteindre la résolution d’1m si la densité finale des points le permet.

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Rapport d'activité 2010 47 Délégation océan Indien

Figure 21 : Génération de MNT à partir de sonde Lidar

Ces tests ont également permis de résoudre les questions techniques de prétraitements et de mise en cohérence des données imagerie/Lidar et notamment celui du système de projection en X,Y et Z.

La génération du MNT final est cependant en attente de la livraison complémentaire par le SHOM de sondes «Lidar bathymétrique » acquises en 2010.

4.4.4.3.5 Premiers traitements d’imagerie hyperspectrale

Il était prévu que les opérations de prétraitements des images hyperspectrales soient réalisées par Actimar dans le cadre d’un contrat Actimar/Aamp (toujours en attente de signature fin 2010). Parmi ces prétraitements, les corrections de la réflexion spéculaire et l’effet de la colonne d’eau sont tout à fait primordiaux. En attendant ces livraisons, l’équipe de projet a entrepris des tests de ces corrections sur les zones pilotes. L’ensemble des algorithmes a été implanté à l’aide du langage IDL.

a) Correction des réflexions spéculaires

Les images en réflectance issues de la phase 1 du projet présentent en certains endroits des réflexions spéculaires importantes (l’inclinaison de la surface de l’eau induit des reflets du soleil dans la direction du capteur). Comme on peut le voir sur l’exemple de la Figure 22, image de gauche, ces réflexions empêchent la distinction entre les différents objets du benthos.

Nous avons utilisé l’algorithme présenté par Hedley et al. [2005] pour corriger ce phénomène. La Figure 22, image de droite, illustre les résultats obtenus par cette méthode. On constate que la majorité des réflexions spéculaires n’apparaît plus. Les éléments du benthos se distinguent alors plus facilement les uns des autres.

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Rapport d'activité 2010 48 Délégation océan Indien

Figure 22 : Zone pilote de la passe de l'Ermitage en fausses couleurs. La profondeur

est partout supérieure à 2,30 m. A gauche, l'image en réflectance brute. A droite, l'image en réflectance corrigée par la méthode de Hedley et al [2005].

La principale limite à l’application de cette méthode est la profondeur. Cet algorithme se base sur l’hypothèse que le benthos n’apporte aucune contribution dans la bande du proche infrarouge. Or, même si le rayonnement proche infrarouge est très vite absorbé par la colonne d’eau, cette hypothèse reste fausse pour des eaux aussi peu profondes que le lagon (environ 1 m de profondeur). On restreindra donc l’utilisation de cet algorithme à des zones plus profondes, telles que la pente externe.

b) Correction de la colonne d’eau

L’eau de mer absorbe une partie du rayonnement qui la traverse en fonction de l’épaisseur de la colonne d’eau et de la longueur d’onde considérée. Les grandes longueurs d’ondes sont les plus absorbées, c’est pourquoi au-delà de quelques mètres le rouge n’apparaît plus alors que le bleu et le vert restent toujours visibles.

La méthode proposée dans le rapport de synthèse Spectrhabent OI (partie 1/2) permet de corriger le signal radiométrique de l’absorption de la colonne d’eau. La Figure 23 montre le secteur de la Passe de l’Ermitage avant et après la correction de la colonne d’eau.

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Rapport d'activité 2010 49 Délégation océan Indien

Figure 23 : Lagon de la Passe de l'Ermitage (fausses couleurs). A gauche, image en

réflectance sans aucune correction. A droite, image en réflectance après correction de l’absorption de la colonne d’eau.

On constate dans la partie lagonaire que la correction augmente le contraste de l’image. Les motifs du sable sont mieux dessinés et les herbiers sont plus contrastés.

Là encore, l’application de cette méthode est limitée par la profondeur. En effet, au-delà de quelques mètres, lorsque le signal est presque entièrement absorbé, le rapport signal/bruit devient très faible et rehausser le signal entraîne une croissance exponentielle de l’erreur due au bruit de mesure. Il devient alors impossible de retrouver la réflectance du fond. C’est ce qui explique la présence de la couleur rouge au niveau de la pente externe. Au-delà de cette profondeur, les données ont été masquées car l’on sait que l’application de cette méthode engendrerait trop d’erreurs.

Cette correction se heurte aussi à la différence de résolution entre le MNT (pixel de 5 m de côté) et l’image (pixel de 40 cm de côté). Tous les pixels de l’image contenus dans une même maille de MNT subiront la même correction. Or, au sein d’une même maille, la bathymétrie peut varier de plus de 3 m au niveau de la pente externe. Ainsi, un autre algorithme permettant de déterminer la bathymétrie avec une résolution égale à celle de l’image est en cours de développement en cette fin 2010. Elle se base sur une méthode développée par Mishra et al., 2007.

4.4.4.3.6 Conclusion

Les projets Spectrhabent OI et Bio Indication ont rencontré en 2010 des retards par rapport au prévisionnel initial. Ces retards trouvent leur origine dans:

• les livraisons tardives, et encore partielles, des données Lidar et hyperspectrales, du fait de la qualité jugée inacceptable par le SHOM des acquisitions aériennes sur La Réunion en 2009, et de l’obligation faite à son sous traitant de réaliser de nouveaux vols en 2010. La livraison finale des jeux de données complets est aujourd’hui prévue pour la fin du premier trimestre 2011. En cas de non respect de ce nouveau délai, les deux projets risquent de ne pouvoir être menés à leur terme,

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Rapport d'activité 2010 50 Délégation océan Indien

• des délais plus longs que prévu initialement pour établir ou renouveler les conventions de collaboration entre différents organismes partenaires.

Néanmoins, des avancées ont été obtenues :

• la base de signatures spectrales pures (« librairie spectrale ») est achevée, et les campagnes de terrain réalisées partout dans les îles françaises de l’océan Indien ont permis d’obtenir les signatures de plus de 700 « cibles » différentes.

• les premières analyses du signal montrent que les réflectances, par exemple entre les structures coralliennes et les algues, apparaissent comme suffisamment différentes pour que leur discrimination soit envisageable.

• Une méthode pour la réalisation d’un MNT à partir des données Lidar a été testée sur le site pilote de l’Ermitage, et ses résultats sont tout à fait satisfaisants,

• Des tests de méthodes de correction de la réflexion spéculaire et de correction de la colonne d’eau ont été menés, et donnent des résultats satisfaisants, mais pour certaines hauteurs d’eau seulement, et d’autres méthodes, adaptées aux différentes profondeurs rencontrées, devront être testées.

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Rapport d'activité 2010 51 Délégation océan Indien

4.5 Projet « Plan de conservation des tortues marines » (A060513)

La Délégation travaille depuis sa création sur les tortues, espèces emblématiques à La Réunion. Plusieurs projets ou actions sont actuellement en cours, tous menés en collaboration, et tous concourrant à l’élaboration à l’horizon 2012 d’un catalogue de recommandations pour l’élaboration du plan de conservation des tortues des îles et eaux françaises de l’océan Indien. L’équipe de la Délégation contribue actuellement a plusieurs projets menés par Kélonia (observatoire des tortues marines à La Réunion), en tant qu’assistant scientifique, ainsi qu’au projet SWIOFP (South West Indian Ocean Fishery Project), grand projet régional (à l’échelle du SOOI) financé par le GEF11 via la Banque Mondiale et par la France via le fonds FFEM12. La thématique principale du SWIOFP est halieutique, mais un de ses volets traite des tortues, en tant qu’espèces pouvant être capturées accidentellement par les flottilles de pêche. Il s’agit donc de caractériser les comportements migratoires des tortues marines en vue d'identifier les périodes et les zones les plus « à risque » vis-à-vis des activités de pêche (i.e. générant le plus de captures). Pour ce faire, des marquages au moyen de balises Argos ont été programmés entre 2009 et 2011.

Enfin, dans un souci de standardisation des données collectées sur les tortues marines, et de leur interopérabilité avec les bases de données nationales (Q² notamment), la base de données tortues marines «TORSOOI», développée par Ifremer et Kélonia depuis les années 90, a été remaniée, un volet qualité y ayant été additionné.

Les principales réalisations en 2010 ont été les suivantes :

4.5.1 Identification des différentes populations de tortues vertes à l’échelle du SOOI

Dans la suite de l’étude menée en 2009 au Mozambique, et grâce à un partenariat avec le Mozambique, les Seychelles et le Kenya, une nouvelle analyse régionale a été réalisée pour réviser la phylogéographie de la tortue verte à l’échelle du SOOI (Figure 24, Figure 25) en s’appuyant sur l’outil de génétique des populations.

11 GEF = Global Environmental Fund

12 FFEM = Fonds Français pour l’Environnement Mondial

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Rapport d'activité 2010 52 Délégation océan Indien

Figure 24 : répartition des échantillons génétiques analysés dans le cadre de la révision de la structure des populations de tortue verte dans le SOOI ; chiffres entre

parenthèses = nombre d’échantillons

Figure 25 : représentation graphique de la fréquence des 3 principales clades dans

les populations de tortues vertes échantillonnées.

Les conclusions de cette étude sont les suivantes :

- Les nouvelles analyses génétiques permettent de distinguer 4 populations dans le SOOI, 2 dans le sud du canal du Mozambique déjà identifiées lors de l’étude précédente (Europa et Juan de Nova – Figure 25 gauche), et 2 dans le nord du canal du Mozambique (plateau Seychellois, Figure 25 droite, et le reste des sites du nord de la zone, Figure 25 centre).

- En ce qui concerne les deux populations du nord du canal du Mozambique, l’une est clairement centrée sur l’archipel des Seychelles (dominée par la clade 3, Figure 25 droite), et l’autre, plus diffuse, regrouperait les individus se répartissant sur les différents sites de

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Rapport d'activité 2010 53 Délégation océan Indien

ponte du nord du canal (dominée par la clade 2 Figure 25 centre ; population « NMC » pour North Mozambique Channel).

- La population NMC présente une hétérogénéité certaine, du fait de son aire de répartition importante (>2500km), avec des différences marquées entre les individus échantillonnés dans les secteurs les plus distants (ex : Tromelin vs Mozambique).

- Il est possible que la zone Tromelin soit à la limite d’un 5ème stock, centré sur le plateau des Mascareignes (La Réunion, Maurice et Rodrigues). Une étude approfondie de cette zone est indispensable pour confirmer cette hypothèse

Les implications de cette étude en terme de conservation régionale sont donc de premier ordre.

4.5.2 Identification des couloirs migratoires des tortues vertes à l’échelle du SOOI

L’identification des couloirs migratoires des tortues vertes à l’échelle du SOOI repose sur 2 projets en cours : les projets SWIOFP13 et « DYMITILE » (DYnamique MIgratoire des Tortues vertes dans les ILEs Françaises du sud ouest de l’océan Indien). Tous deux visent à déterminer les couloirs migratoires après la saison de ponte, et à évaluer les risques d’interaction avec les pêcheries hauturières. Pour ce faire, en relation étroite avec Kélonia, nous fixons des balises argos sur les carapaces de tortues vertes en ponte sur les sites d’Europa, Juan de Nova, Glorieuses et Tromelin. 30 balises argos ont été déployées en 2009, et 25 en 2010.

Les premiers résultats de cette étude (Figure 26) montrent que : - Les tortues vertes nidifiant dans les îles françaises du SOOI

fréquentent, après leur période de reproduction, des habitats d’alimentation se répartissant sur la quasi-totalité des côtes des pays voisins,

- Pour une aire de ponte donnée, les trajets migratoires et les zones d’alimentation des femelles varient selon la période de ponte de la tortue dans l’année (durant le pic de ponte, ou en dehors de celui-ci).

Plus de 20 marquages complémentaires sont prévus en 2011. Au terme de cette étude, une évaluation fine de la fréquentation des différents habitats d’alimentation ainsi que des interactions potentielles en pleine mer avec les pêcheries hauturières (senne pélagique et palangre) seront réalisées.

13 SWIOFP = South West Indian Ocean Fishery Project

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Rapport d'activité 2010 54 Délégation océan Indien

Figure 26 : Trajets migratoires de tortues vertes entre leurs sites de ponte et leurs

aires d’alimentation.

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Rapport d'activité 2010 55 Délégation océan Indien

4.5.3 Tortues Caouannes : étude des interactions avec la pêcherie palangrière réunionnaise

Les équipes de Kélonia et de la Délégation travaillent déjà de longue date sur les interactions entre les tortues Caouannes et la pêcherie palangrière réunionnaise. Les tortues capturées accidentellement par les palangriers réunionnais sont soignées au centre de soins de Kélonia, puis relâchées en mer. A ce jour, 13 tortues ont été équipées de balises Argos à capteur de profondeur. Les trajets de ces tortues sont présentés sur la Figure 28 page suivante.

Les premiers résultats de cette étude montrent que : - la dispersion des tortues semble en première approche

aléatoire, les trajets enregistrés jusqu’à présent ne permettant pas de mettre en évidence de comportement spécifique

- les profils de plongée montrent clairement que les caouannes fréquentent préférentiellement les profondeurs exploitées par les palangriers (0- 80 mètres ; Figure 27).

Figure 27 : Répartition moyenne des profondeurs de plongée des tortues caouannes marquées au moyen de balises Argos dotées de capteurs de

profondeur.

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Rapport d'activité 2010 56 Délégation océan Indien

Figure 28 : trajets des tortues caouannes capturées accidentellement par les palangriers réunionnais et relâchées après marquage Argos.

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Rapport d'activité 2010 57 Délégation océan Indien

A nouveau, les connaissances produites par ce projet vont être importantes pour l’élaboration des recommandations scientifiques pour l’élaboration du plan de conservation des tortues caouannes. La prochaine étape consistera à évaluer l’impact des paramètres environnementaux sur les déplacements de cette espèce (température de surface, courants, …) et d’affiner les connaissances sur les périodes d’interactions potentielles entre les tortues et la flottille palangrière (fréquence des plongées, périodicité, couplage avec la stratégie des palangriers, analyses spatiales de l’effort de pêche/zones fréquentées par les tortues…).

4.5.4 La base de données TORSOOI

Les tortues marines du SOOI font l'objet de programmes d'étude et de suivi depuis plus de 30 ans, qui ont abouti à la collecte d'informations relatives à leur biologie, leur écologie, ou leur comportement. Afin d'homogénéiser et standardiser l'ensemble de ces réseaux de collecte, de renforcer les collaborations existantes, d'en développer de nouvelles, et de faciliter les échanges d'information, Kélonia et l'Ifremer, en partenariat avec l'Université de la Réunion et l'IRD (IREMIA et UMR Espace-Dev), se sont associés pour développer la base de données TOrtues marines du Sud Ouest de l'Océan Indien (TORSOOI).

TORSOOI est destinée aux pays et organisations menant des programmes de suivi sur les tortues marines dans la région SOOI. Les cinq espèces de tortues marines présentes dans cette région sont concernées : la tortue verte (Chelonia mydas), la tortue imbriquée (Eretmochelys imbricata), la tortue caouanne (Caretta caretta), la tortue olivâtre (Lepidochelys olivacea), et la tortue luth (Dermochelys coriacea).

Cette base de données a été développée dans un souci de standardisation des protocoles de collecte et des formats de données en suivant les recommandations du IUCN14 Marine Turtle Specialists Group et de l'IOSEA MoU 15. TORSOOI permet d'enregistrer et de sauvegarder des données relatives au marquage (bagues, télémétrie), aux pontes et aux émergences, à l'échantillonnage biologique (génétique, isotopes…), à la photo identification, aux captures accessoires et aux mortalités. Elle permet d'inventorier les différents suivis par site étudié, de générer des rapports sur les différentes données enregistrées, et propose des fiches standardisées de collecte de données sur le terrain. La propriété des données est garantie par un accès sécurisé par nom de compte utilisateur et mot de passe. Les données ne sont accessibles que par son propriétaire, et celui-ci est seul à pouvoir décider si et avec qui il souhaite les partager.

Associé à la base de données TORSOOI, un SIG permet de caractériser et localiser les habitats de ces espèces à plusieurs échelles dans la région SOOI, en y associant les données relatives à leur biologie et leur comportement. Cet outil de cartographie et d'analyse spatiale permet de produire des supports de communication et de synthèse visuels à la fois pour les scientifiques, les gestionnaires, et le grand public.

Enfin, TORSOOI sera inter opérable fin 2011 avec la base de données Quadrige² (base nationale de référence pour les données

14 UICN = Union Internationale pour la Conservation de la Nature

15 IOSEA MoU = Indian Ocean and South East Asia Memorandum of Understanding. Ce mémorandum qui vise à la mise en application de plans de conservation en océan Indien découle de la « Convention for Migratory Species », traité inter gouvernemental pour la conservation de la faune sauvage et de ses habitats à l’échelle mondiale

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Rapport d'activité 2010 58 Délégation océan Indien

« environnementales » du SinpMer) et interviendra en complément de la base de données régionale de l'IOSEA MoU.

Les principaux résultats contenus dans TORSOOI sont : - 476 524 traces comptées dans les îles éparses Françaises, - 41 932 marquages/relectures de tortues dans ces îles, - Plus de 88 trajets migratoires et 121 nids suivis.

L’ensemble de la base est sous assurance qualité, ce qui repose notamment sur :

- un contrôle automatique à la saisie, - un contrôle manuel obligatoire, - une attribution systématique d’un critère qualité à chaque

donnée.

Enfin, à la fin du développement de la base TORSOOI, une série de posters présentant les principaux résultats et les principales fonctionnalités a été éditée (Figure 29).

Figure 29 : posters de synthèse édités dans le

cadre du sous projet TORSOOI

4.5.5 Etude de l’importance des îles du SOOI en tant qu’habitat de développement pour les tortues marines

Dans la continuité des missions réalisées ces 4 dernières années dans les îles Eparses, une campagne « tortues » a été réalisée en 2010 dans les lagons de Europa et Juan de Nova. L’objectif était d’étudier les taux de résidence et de croissance des immatures de tortues vertes et imbriquées. Cette étude repose sur la capture des immatures par la technique du « boat Jumping ».

Figure 30 : la technique du « boat jumping » Phases de prospection en annexe (en haut à

gauche), de saut (en haut à droite), de capture (en bas à gauche) et de relâché de la tortue après

mensuration et marquage (en bas à droite)

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Rapport d'activité 2010 59 Délégation océan Indien

Cette mission a permis d’affiner les régressions taille/poids présentées sur la Figure 31. Ces régressions doivent être, à ce stade, prises à titre indicatif. Une première analyse ne semble pas montrer de variation sur la relation taille/poids chez les immatures de tortues vertes et imbriquées à Europa, ainsi qu’entre les tortues vertes à Europa et Juan de Nova. En d’autre termes, pour des tailles faibles comprises entre 40 et 70 cm de longueur curviligne de carapace, il n’y a pas de différence significative entre les tortues vertes d’Europa et de Juan de Nova, ni de différence entre les tortues vertes et imbriquées présentes à Europa. Cependant, les premiers résultats des marquages/relectures semblent montrer une réelle différence dans les taux de croissance, les immatures de tortues imbriquées se développant plus rapidement que les immatures de tortues vertes par exemple.

y = 0,0002x2,8666

R2 = 0,9475

y = 6E-05x3,1087

R2 = 0,9771

y = 7E-05x3,1004

R2 = 0,9839

y = 0,0001x2,9605

R2 = 0,9503

0

10

20

30

40

50

60

70

80

20 40 60 80 100

Taille (cm)

Poi

ds (

kg)

EUR EIEUR CMJDN EIJDN CMPuissance (JDN CM)Puissance (JDN EI)Puissance (EUR EI)Puissance (EUR CM)

Figure 31 : Relation taille/poids pour les tortues vertes et imbriquées capturées à Europa (bilan des données 2006-2010) et Juan de nova (données 2007-2010)

EUR = Europa, JDN = Juan De Nova, CM = tortues vertes et EI = tortues imbriquées

Toutes ces données, acquises en 2010, par l’ensemble de ces programmes, viennent compléter le pool de connaissances déjà acquises sur les tortues dans le SOOI, et permettent d’envisager la rédaction de recommandations pour l’élaboration par la France du plan de conservation des tortues dans ses territoires et îles de l’océan Indien à l’horizon 2012 (contractualisation en cours avec la Diren/Deal de La Réunion à la fin 2010).

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Rapport d'activité 2010 60 Délégation océan Indien

4.6 Le projet CAMP – Connectivité des Aires Marines Protégées (A110308)

4.6.1 Les objectifs du projet

Les aires marines protégées (AMP) sont mises en place pour aider à la préservation de la biodiversité marine, à une échelle supposée supérieure à celles des limites de la réserve. S’il existe un consensus sur les effets positifs des réserves marines (sur la taille et l’abondance des espèces) au sein de leurs propres limites, une efficacité réelle en terme de protection de la biodiversité globale nécessite que les AMP soient intégrées en un réseau suffisamment dense pour que les AMP s’alimentent les unes les autres. La Commission de l’Océan Indien (COI) a d’ailleurs pour objectif de définir un tel « réseau » d’AMP couvrant le Sud Ouest de l’Océan Indien (SOOI) et même une partie des côtes africaines du canal du Mozambique.

Le but du projet CAMP (financement UE-Fonds POCT-OI, Conseil Régional de La Réunion, Etat-DIREN, WIOMSA16 et Ifremer) est d’estimer la connectivité effective entre différents secteurs de la zone considérée afin de mieux comprendre les échanges de populations, et d’apporter des éléments pour la constitution ce réseau. Les questions auxquelles CAMP souhaite pouvoir répondre sont :

• les populations des différents secteurs fonctionnent elles démographiquement de façon indépendante ?

• quels sont les secteurs connectés et existe-t-il des secteurs « isolés » ?

• toutes les AMP projetées seront-elles aussi productives en terme de migrants ?

Pour ce faire, une stratégie régionale d’échantillonnage (à l’échelle du SOOI et de quelques secteurs de la côte est africaine) a été définie et conduite, et l’outil de génétique des populations a été appliqué à trois espèces cibles de poissons inféodés aux secteurs récifaux : Epinephelus merra (Serranidae), Lutjanus kasmira (Lutjanidae) et Myripristis berndti (Holocentridae).

Cette méthodologie a pour objectif de préciser l’historique de colonisation des îles et côtes du secteur d’une part, et, d’autre part, de cerner les échanges actuels entre populations. Pour ce faire, en plus du

16 WIOMSA = West Indian Ocean Marine Scientific Association : regroupe la plupart des chercheurs et organismes spécialisés dans les sciences de la mer dans le SOOI ; bénéficie d’importants financements suédois.

©

Lieske&

Mye

rs

Epinephelus merra

Lutjanus kasmira

Myripristis berndti

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Rapport d'activité 2010 61 Délégation océan Indien

marqueur mitochondrial utilisé lors de la phase préliminaire du projet (2008), un second marqueur génétique, de type nucléaire (microsatellites) sera utilisé.

4.6.2 Réalisations 2010

Equipe de projet en 2010 : J. Bourjea (coordinateur), H. Evano, L. Le Ru (Ifremer), D. Muths (IRD, puis RNMR) ; Emmanuel Tessier (RNMR), Gavin Gouws et Monica Mwale (Afrique du Sud, SAIAB) ; Collaborations techniques nationale et internationales : TAAF, DAF (Mayotte), IRD La Réunion, SFA (Seychelles), PMM (Mohéli), Shoals Rodrigues (Maurice), KEMFRI (Kenya) et Université de Dar el Salaam (Tanzanie)

2010, seconde année du projet avait pour objectif d’ : a) achever la phase d’échantillonnage (en collaboration avec nos

partenaires), b) achever les analyses génétiques en laboratoire (volet ADN

mitochondrial et microsatellites), c) initier la phase de traitement des résultats.

4.6.2.1 L’échantillonnage et les analyses en laboratoire

1726 poissons ont été collectés (Tableau 16). La totalité des sites initialement prévus a été prospectée (Figure 32), avec plus ou moins de succès selon les sites et surtout selon les espèces (plus grande difficulté de capture des M. berndti).

L’ADN de la plupart de ces poissons a été extrait dans l’objectif de séquencer un fragment du gène mitochondrial et de génotyper le plus grand nombre d’individus (plus de 85% des poissons échantillonnés ont été analysés ; les 15 % restants correspondent à des échantillons surnuméraires (plus 50 poissons d’un même secteur) et à des problèmes de conservation des tissus principalement). Les analyses en laboratoire sont à ce jour terminées. Il reste désormais à valider les résultats bruts, et à exploiter les données produites.

Tableau 16 : nombre d’échantillons collectés pour la réalisation d’analyses génétiques

entre 2009 et 2010

Species:Marker : Ech mtDNA Microsat Ech mtDNA Microsat Ech mtDNA MicrosatMohéli 18 18 18 46 46 46 51 46 48Europa 50 45 48 50 45 50 50 40 48Geyser 31 31 31 39 39 39 35 35 35Glorieuse 54 46 48 59 50 48 58 43 48G. Comoros 50 44 44 52 46 48 55 46 48JDNova 40 37 38 50 46 50 50 34 48Kenya 13 11 10 15 10 15 14 13 13Maldives - - - 21 19 21 92 30 40Mayotte 53 46 48 60 53 48 10 9 10Maurice 3 1 0 48 40 44 46 30 46Rodrigues 1 1 0 48 40 44 48 44 48Ile Sainte Marie 30 21 30 14 14 14 48 45 48Nosy Be - - - 36 35 36 - - -Réunion 46 44 44 46 36 46 122 115 110Seychelles 2 2 0 16 16 16 23 23 23Tanzanie - - - 22 20 21 13 10 10Pacifique - - - - - - 4 4 0Nlle Calédonie - - - - - - 11 11 0Total 391 347 359 622 555 586 719 567 623

M. berndti L. kasmira E. merra

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Rapport d'activité 2010 62 Délégation océan Indien

Figure 32 : répartition

géographique des échantillons génétiques

collectés pour le projet CAMP.

4.6.2.2 Exploitation des résultats

4.6.2.2.1 Développement des banques microsatellites

Les banques microsatellites ont été développées pour les trois espèces par Genoscreen (France). Des tests ont été menés sur nos échantillons et nous avons pu identifier 13 loci polymorphes pour ces trois espèces. 2 publications ont été soumises pour faire valider ces nouvelles banques microsatellites :

- Muths D. et Bourjea J. Isolation and characterization of thirteen polymorphic microsatellite markers from the bluestriped snappers Lutjanus kasmira and L. bengalensis

- Muths D. et Bourjea J. Characterization of thirteen new polymorphic microsatellite markers from the honeycomb grouper Epinephelus merra

La troisième banque microsatellites fera également l’objet d’une publication en 2011.

4.6.2.2.2 Analyses des données de M. Berndti

Le travail d’exploitation des données a commencé par l’espèce Myripristis berndti. Cette espèce présente une répartition pantropicale, de l’Afrique du Sud à l’est du Pacifique. L’analyse des séquences mitochondriales a été effectuée sur 353 individus échantillonnés dans 10 localités du SOOI (Figure 33) afin de compléter une phylogéographie pré-existante de cette espèce (ciblée sur le Pacifique) mais surtout de voir les patrons de connectivité dans le SOOI.

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Rapport d'activité 2010 63 Délégation océan Indien

Figure 33 : répartition géographique des échantillons génétiques de M.

Berndti collectés pour le projet CAMP.

Les haplotypes présents dans le SOOI apparaissent différents de ceux principalement représentés dans l’océan Pacifique, confirmant ainsi la rupture génétique qui existe entre océans Indien et Pacifique (Figure 34).

Figure 34 : Réseaux d‘haplotypes dans les océans Pacifique et Indien.

Ce réseau représente les relations entre les différents haplotypes (en noir, les échantillons du SOOI et en blanc ceux du Pacifique) : on constate une hétérogénéité claire des distributions en fonction du lieu d’échantillonnage.

En plus de cette disparité entre océans, il existe des différences au sein du SOOI. La distribution de la diversité n’y est pas homogène ; l’absence de certains haplotypes fréquents et la présence d’haplotypes rares induisent des différentiations entre populations. Ainsi les populations périphériques du Kenya, d’Europa et de La Réunion apparaissent isolées

PAC SWIO

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Rapport d'activité 2010 64 Délégation océan Indien

des 7 populations centrales qui semblent former un ensemble plus homogène, donc plus interconnecté (Tableau 17).

Tableau 17 : Valeur de différentiation par paire de populations Фst entre les 10

échantillons de M. berndti (valeur de Фst en dessous de la diagonale et probabilités associées au dessus : en gras p < 0.05)

Cette différentiation des populations périphériques vis-à-vis d’un ensemble central plus homogène, donc présentant des échanges d’individus importants, reste à confirmer avec les données des génotypes microsatellites.

L’intégration finale des 2 marqueurs et des 3 espèces devrait permettre d’esquisser une première synthèse de connectivité au sein de la zone SOOI sur les trois modèles biologiques étudiés par le projet CAMP.

4.6.2.2.3 Mise en place de la démarche qualité, et mise sous assurance qualité du laboratoire de génétique.

Comme pour le projet IOSSS-Espadon, et compte tenu de l’importance potentielle des résultats du projet CAMP en terme de définition du réseau d’AMP du SOOI, une démarche Qualité au sein du laboratoire d’analyses génétiques a été initiée dès 2009 afin de garantir la fiabilité et la traçabilité des analyses effectuées dans le laboratoire (Cf. chapitre 4.11)

4.6.3 Perspectives et objectifs 2011

L’objectif principal de 2011 est de finaliser les analyses génétiques des marqueurs mitochondriaux et nucléaires pour les 3 espèces cibles. Au terme de ces analyses, le projet CAMP prévoit :

1- de rédiger, en partenariat avec les partenaires scientifiques, des publications scientifiques sur les niveaux de connectivité de ces trois espèces dans le SOOI,

2- de diffuser cette information auprès des gestionnaires. Un travail de vulgarisation de l’information acquise sera donc conduit à cet effet.

3- de rédiger, en partenariat avec les partenaires gestionnaires, des recommandations scientifiques qui contribueront à la réflexion sur la mise en réseau des aires marines protégées dans le SOOI.

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Rapport d'activité 2010 65 Délégation océan Indien

4.7 le projet PAMPA : Indicateurs de Performance des Aires Marines Protégées (A110303)

Le projet national PAMPA (Performance des Aires MArines Protégées ; financement Aamp, IFRECOR, RNMR et Ifremer) vise à établir un tableau de bord pour le suivi des performances des AMP. Pour ce faire, le projet cherche à tester et valider des indicateurs de suivi des ressources, des usages et de la gouvernance en s'appuyant sur 7 Aires Marines Protégées, dont la Réserve Naturelle Marine de La Réunion (RNMR).

Les partenaires réunionnais du projet sont la RNMR, le bureau d'étude PARETO Ecoconsult, l'IRD (département de Géographie) et la Délégation. Notre contribution consiste en l'analyse des données de fréquentation et de pêche, dans et aux abords de la réserve, et en la réalisation d’enquêtes de perception du rôle de la RNMR dans la gestion de la pêche, qu’il s’agisse de pêche côtière embarquée, de chasse sous-marine ou encore des pêches à pied traditionnelles.

Le projet devant s’achever en mai 2011, 2010 avait pour objectif le traitement des données tests et le développement des indicateurs et du tableau de bord. De nombreuses réunions de travail entre partenaires réunionnais ont été nécessaires, et deux ateliers « nationaux » ont été organisés : l’atelier « Indicateurs pour l'outremer » (La Réunion, 30 août-3 sept. 2010), et l’atelier « tableau de bord » (Brest, 13-17 décembre 2010).

En ce qui concerne le WP3 « Maintien et développement des usages » sur lequel nous sommes plus particulièrement impliqués, PAMPA a retenu 2 grands types d'indicateurs d'usage :

- des indicateurs de fréquentation (prenant en compte les activités comme la pêche, le nautisme et le tourisme balnéaire),

- des indicateurs halieutiques ciblés sur les différentes activités de pêche et visant à évaluer l'état des pêcheries au moyen d’indicateurs classiques de rendements (Captures Par Unité d'Effort –CPUE- par technique de pêche), ou d'état des stocks (poids individuel moyen par espèce et composition des captures), et d’un indicateur de sélectivité en ce qui concerne la pêche au capucin nain Mulloidichthys flavolineatus (taux d’espèces non ciblées rejetées).

4.7.1 définition d’indicateurs de fréquentation (pression anthropique)

Les indicateurs retenus comme étant les plus pertinents reposent sur des comptages (réalisés en ULM) du nombre d’embarcations ou de pratiquants de différentes activités au sein des différentes zones de la réserve. Les densités en bateaux ou en pratiquants constatées dans les 5 secteurs les plus fréquentés pour chaque activité constituent les indicateurs finaux de fréquentation.

A cet effet, une base de données a été créée, et des sorties automatisées de tableaux et de graphiques (sous « R ») permettent de visualiser les indicateurs en mettant également en avant le statut de protection des zones concernées (Z1, zones protégées en rouge, Z2, protection partielle en orange et Z3, sans protection particulière en jaune). A titre d’exemple l’indicateur ainsi produit pour l’activité de pêche

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Rapport d'activité 2010 66 Délégation océan Indien

traditionnelle (pêche à pied et chasse sous marine) dans la réserve est donné par la Figure 35.

Figure 35 : indicateur « fréquentation pêches traditionnelles » au sein de la RNMR ; nombre

de pêcheurs par ha sur les 5 secteurs les plus fréquentés, et statut

(niveau) de protection des secteurs

On notera que 4 des 5 zones les plus fréquentées sont interdites à ce type d’activité, ce qui démontre l’intérêt d’utiliser ce genre d’indicateur au sein d’un tableau de bord destiné au gestionnaire de la réserve afin qu’il oriente ses mesures de gestion et de police.

Les indicateurs testés et retenus en 2010 au sein de la thématique « fréquentation » portent, pour ce qui concerne la partie marine de la réserve, sur la pêche embarquée, la chasse sous marine, la plongée (bouteille), la plaisance (voile et moteur), et la pratique du jet-ski, du surf, du kite-surf, ou du charter. Pour la partie côtière de la réserve, les indicateurs retenus reposent sur les activités de pêche à pied, de baignade, de nage avec palmes, masque et tuba, et « d’occupation de la plage » (Cf. le Tableau 18 donné à titre d’exemple)

Tableau 18 : indicateurs de fréquentation de la partie côtière de la RNMR, exprimés en nombre moyen total de pratiquants sur l’ensemble de la réserve (colonne Nb total

RNMR), et en nombre de pratiquants par ha sur les 5 zones les plus fréquentées (colonnes suivantes). PMT = Palmes, Masque et Tuba. Le code couleur correspond

aux niveaux de protection : rouge = Z1 zone protégée, orange = Z2 protection partielle et jaune = Z3 sans protection).

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Rapport d'activité 2010 67 Délégation océan Indien

4.7.2 Définition d’indicateurs halieutiques

Les indicateurs halieutiques testés et retenus en 2010 pour la RNM de La Réunion sont :

- la CPUE moyenne par espèce cible et par niveau de protection des secteurs en réserve (Z1, Z2, Z3) : la baisse des rendements (capture par unité d’effort, ou CPUE) est en effet un clignotant classique et majeur pour la gestion des pêches car elle résulte en général d’une baisse des stocks : assurer le maintien des stocks permet d’assurer le maintien des activités de pêche sur les AMP. En outre, quand il s’agit de pêche professionnelle, la rentabilité économique de l'activité est directement liée à la CPUE.

- le poids moyen des individus des espèces cibles, en tenant compte des niveaux de protection : la baisse des tailles individuelles (en poids ou en longueur) des animaux pêchés est également un clignotant classiquement utilisé en gestion des pêches : elle représente une des premières manifestations de captures trop importantes, impactant l’état du stock.

- la fréquence (en %) des 5 espèces les plus capturées : la composition spécifique des captures peut en effet mettre en évidence la régression de certaines espèces, dont la cause peut-être naturelle et momentanée (mauvais recrutement naturel, d’autant plus visible que les espèces sont à durée de vie courte), mais aussi liée à une surpêche de certaines espèces. En ce cas, le gestionnaire doit envisager la prise de mesures de protection spécifiques.

En outre, pour le cas particulier de la pêche traditionnelle au capucin nain à la senne de plage, un indicateur de sélectivité a également été développé. Cette technique de pêche génère en effet des mortalités de diverses espèces, capturées en même temps que les capucins, et qui ne survivent pas à cette capture. Si un faible pourcentage de destructions accidentelles est tolérable, il convient néanmoins pour le gestionnaire de veiller à ce qu'elles n'atteignent pas des taux trop élevés (qui restent aujourd’hui à définir), ce qui justifierait une modification de la réglementation de cette pêche.

L’indicateur sélectivité de la pêche aux capucins s’exprime par le pourcentage du nombre d'individus rejetés sur le nombre total (capucins + prises accessoires et accidentelles) d’individus capturés.

4.7.3 Ebauche de Tableau de bord (pour La Réunion)

Le suivi de ces indicateurs doit à terme permettre la constitution d'un tableau de bord. A la fin 2010, la plupart des données d'usage disponibles ne présente cependant pas le recul historique suffisant (seulement 2 ou 3 années, depuis la création de la réserve fin 2007) pour permettre de déterminer des tendances ni surtout de positionner les limites des classes d’évaluation ou d’appréciation. Très vraisemblablement, à l’instar de ce qui se fait par exemple dans le cadre de la DCE, le tableau de bord comprendra 5 classes d’appréciation des effets de la réserve sur le maintien et/ou le développement d’usages durables au sein de la réserve, allant du niveau « très bon », qui permet le développement de nombreux usages, durables et équitables, au niveau « mauvais », nécessitant la prise de mesures radicales par le gestionnaire (Cf. Tableau 19 ci-dessous).

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Rapport d'activité 2010 68 Délégation océan Indien

Tableau 19 : schématisation des différentes classes d’appréciation du tableau de bord

« maintien et développement d’usages durables au sein de la RNMR ». Les indicateurs sont aujourd’hui définis, mais les jeux de données disponibles ne présentent pas encore assez de recul dans le temps pour permettre d’établir les valeurs seuils entre les différentes classes.

Niveau seuils

Très bon (utopie, idéal du gestionnaire)

Développement d’usages durables, nombreux et équitables

?

Bon () Développement d’usages durables mais peu équitables

?

Moyen (commence nécessiter une action)

Conflits et menaces occasionnels ?

Médiocre (action soutenue)

Conflits et menaces récurrents ?

Mauvais (action radicale)

Conflits et menaces généralisés ?

4.7.4 Conclusion et perspectives

Un colloque de clôture du projet PAMPA se tiendra début avril 2011, réunissant les équipes ayant travaillé sur les 7 AMP pilotes (scientifiques et gestionnaires) afin de synthétiser les avancées obtenues et les outils développés, et d’envisager la prolongation de projet. Quelles que soient les décisions qui seront prises, la gestion durable des activités au sein de la RNMR nécessite le parachèvement de la mise en place du tableau de bord pour la RNMR (permettant de visualiser des tendances temporelles et de définir des classes d'appréciation), ce qui implique de poursuivre le suivi dans le temps des différents indicateurs de performance. Cette mission sera menée par les éco-gardes de la réserve, et la Délégation contribuera aux synthèses à venir via le projet PECHTRAD (Cf. § suivant), mais aussi, pour ce qui est de l’activité de pêche professionnelle ou plaisancière embarquée, via le réseau SIH.

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Rapport d'activité 2010 69 Délégation océan Indien

4.8 action PECHTRAD – Analyse des pêcheries traditionnelles sur la Réserve Naturelle Marine de La Réunion

La Réserve Naturelle Marine de La Réunion (RNMR) a été récemment (2007) créée dans le but de préserver et gérer le récif corallien et le lagon de la côte ouest de l'île de La Réunion. Dans cette zone, les pêches à pied traditionnelles et la chasse sous-marine font donc maintenant l'objet d'une réglementation, d'un contrôle et d'un suivi scientifique afin d'optimiser la gestion de ces pêcheries exercées principalement à titre de loisir. Dans le but d'analyser les données collectées par les éco-gardes et d'optimiser le suivi, un contrat annuel est signé entre La RNMR et le Délégation.

Le rapport de contrat 2009, publié en 2010, dresse un premier bilan du suivi des éco-gardes de la réserve en 2008-2009 sur ces activités de pêche, avec le double objectif :

- d'améliorer la méthodologie : stratégie d'échantillonnage, standardisation de la terminologie, mise en place d'une base de données,

- d'acquérir une série historique de données qui permette de suivre l'évolution des pêches traditionnelles au sein de la RNMR et d’élaborer des aides à la gestion.

Les données collectées (Tableau 20 et Figure 36) montrent que la senne de plage ciblant le capucin nain (Mulloidichthys flavolineatus), la pêche à la canne munie d’un moulinet et la chasse sous-marine donnent des rendements comparables, voisins de 0,5 à 1 kg/heure/pêcheur. La canne à pêche sans moulinet (gaulette ; photo ci contre) est par contre moins performante avec 0,2 à 0,3 kg/heure/pêcheur. Le rendement de la pêche à pied des poulpes ("zourites"), plus difficile à estimer, serait un peu supérieur (1,7 kg/heure/pêcheur). En outre, les quelques données sur la chasse sous-marine de nuit montrent un rendement nettement plus élevé (3,5 kg/heure/chasseur en moyenne) qui prouve que cette activité doit être davantage suivie.

Tableau 20 : Données comparées des différents types de pêche traditionnelle sur le récif corallien de La Réunion (CPUE = Capture par Unité d’Effort) ; données

collectées par les éco-gardes de la RNMR.

2008 2009 2008 2009 2008 2009 2008 2009 2008-jour 2009-jour NUIT

Nombre de pêcheurs/ équipe 3.2 2.8 1.4 1.3 1.3 1.6 1.7 1.9 1.5 1.5 1.8

Durée d'une sortie de pêche (h) 1.2 1.2 1.4 1.5 2.2 2.2 2.3 1.7 2.9 1.5 2.5

CPUE (kg/h/pêcheur) 0.95 0.8 1.7 1.9 0.3 0.2 0.8 0.3 1.5 0.6 3.5

IC (CPUE) --- 0.2 0.7 2.2 0.1 0.1 0.5 0.2 0.6 0.4 2.7

NPUE (nombre/h/pêcheur) 95 82 2.2 2.2 3.8 1.9 1.8 2.3 2.9 2.7 13.6

IC (NPUE) --- 23 1.1 2.9 1.2 0.9 1.2 1.4 1.9 1.3 7.9

Chasse sous-marineCapucin Zourite Gaulette Moulinet

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Rapport d'activité 2010 70 Délégation océan Indien

Figure 36 : CPUE comparées des différentes pêches traditionnelles exercées dans la

RNMR

Enfin la coopération entre la RNMR et l’Ifremer s'est traduite par la réalisation d'une base de données (Figure 37) permettant un archivage pluriannuel standardisé des données de pêche traditionnelles. Cette base sera peu à peu transférée aux éco-gardes en 2011.

Figure 37 : schéma organisationnel de la Base de données PechTrad.

Cette synthèse annuelle des données de terrain des éco-gardes de la réserve a donné lieu à l'encadrement d'une stagiaire master 2 en Génie Urbain et Environnement de l'Université de La Réunion : Données historiques de pêche à pied à La Réunion - Collecte, Analyse et Base de données. 19 avril – 19 septembre 2010. Le rapport d'analyse (tenant lieu de rapport de contrat) sera publié début 2011.

Un nouveau contrat a été signé en fin 2010 visant à intégrer les données 2010 et des données plus anciennes. D’un point de vue méthodologique, il faudra à l’avenir réussir à mieux appréhender le nombre de pratiquants des divers types de pêche et les pics de fréquentation, afin de pouvoir extrapoler les rendements aux captures annuelles totales.

0

1

2

3

4

5

kg /

heu

re /

pêc

heu

r

Captures par unité d'effort (CPUE)

2008 2009

0

1

2

3

4

5

kg /

heu

re /

pêc

heu

r

Captures par unité d'effort (CPUE)

2008 2009

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Rapport d'activité 2010 71 Délégation océan Indien

4.9 Projet ANCRE : Analyse de la Petite Pêche Côtière Réunionnaise

Suite aux réunions tenues en 2009 avec la DRAM17 et le CRPMEM18 sur le manque de connaissances sur la Petite Pêche Réunionnaise, la Délégation a défini en 2010 un projet de recherche, baptisé ANCRE pour « ANalyse de la petite pêche Côtière REunionnaise ». ANCRE s'appuie sur l'outil SIH nouvellement développé à La Réunion et comprend 4 axes d'étude ainsi qu’un un axe de pilotage et de communication :

- 1-optimisation du parc de DCP19 ancrés : enquête du CRPMEM, suivi SIH, relations avec les paramètres hydrodynamiques, améliorations technologiques (DCP++), maintenance et gouvernance,

- 2-état des capacités de capture des poissons démersaux (démarrage début 2011),

- 3-réalisation et analyse d’essais de diversifications techniques (casiers, nasses, palangres à calmar),

- 4-analyse technico-économique des différents métiers de la petite pêche réunionnaise et de leurs interactions (atouts et contraintes de la polyvalence).

- 5-implication des professionnels dans le projet (comité de pilotage, communication).

Les objectifs corollaires du projet sont, grâce aux méthodes et outils qui seront mis en œuvre pour atteindre les objectifs centraux précités :

- de mieux cerner l’activité de petite pêche réunionnaise dans toutes ses composantes afin de contribuer à son développement durable,

- d’associer le plus étroitement possible les professionnels au projet, ce qui passe par la création de panels de pêcheurs motivés, et qui devrait se traduire par un meilleur remplissage de leurs propres fiches de pêche, pour le bien du SIH.

La durée prévisionnelle du projet est de 4 ans (2011–2014) ; les différents volets démarreront au fur et à mesure de leur validation (et de leur financement).

4.9.1 Le volet DCP

Les deux premières actions du volet « DCP » ont été menées dès 2010, sous maîtrise d’ouvrage du CRPMEM. La première consiste en la réalisation d’une enquête historique et socio-économique auprès des

17 DRAM : Direction Régionale des Affaires Maritimes ; DMSOI (Direction de la Mer dans le Sud de l’Océan Indien) depuis début 2011

18 CRPMEM : Comité Régional des Pêches Maritimes et des Elevages Marins

19 DCP = Dispositif de Concentration de Poissons ; ici, il s’agit d’une bouée ancrée par grande profondeur et sur la ligne de mouillage de laquelle sont rajoutées divers dispositifs comme des films plastiques, des cordages, de vieux filets… le tout présentant la particularité d’attirer les poissons pélagiques, dont les thonidés, les poissons à rostre, les coryphènes…

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Rapport d'activité 2010 72 Délégation océan Indien

professionnels sur l’apport du parc de DCP ancrés depuis sa mise en place. Elle vise à évaluer l’effet positif de l’installation de ce parc, et le rôle structurant qu’il joue au niveau de la flottille de petite pêche, en permettant une exploitation beaucoup plus significative des grands pélagiques, et en diminuant par là même la pression de pêche exercée sur les stocks de démersaux qui sont fragiles. Les résultats de cette enquête seront disponibles mi 2011. Ils serviront de base à la définition plus précise de la suite de ce volet DCP, tout à fait primordial pour le développement durable de la petite pêche réunionnaise.

Parallèlement à cette enquête socio-économique, le CRPMEM a mené une étude sur les différents types de DCP aujourd’hui disponibles sur le marché. En effet, les DCP utilisés jusqu’à présent à La Réunion, de fabrication artisanale, ont une durée de vie très courte (1 à 2 ans), et l’arrêt des subventions européennes pour leur remplacement à partir de 2010 a eu pour conséquence la diminution notable du parc courant 2010 : fin 2010, il ne restait en effet plus que 15 DCP opérationnels (sur 33 en début d’année ; Figure 38).

Figure 38 : état du parc de DCP de La Réunion fin 2010 (données CRPMEM).

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Rapport d'activité 2010 73 Délégation océan Indien

L’objectif de cette seconde action était donc de rechercher des DCP ancrés plus performants. Ceci a conduit à la réalisation d’une mission d'expertise conjointe CRPMEM-Délégation Ifremer en Guadeloupe fin février 2010 de façon à échanger avec les professionnels guadeloupéens, ainsi qu’avec l’équipe locale de l’Ifremer, et de constater de visu la tenue à la mer de nouveaux modèles de DCP ancrés, dont ceux de la société PLK-Marine, retenus par le CRPMEM de La Guadeloupe.

Ces nouveaux modèles (DCP mono-bouée "POLKA" de 600 litres ; photo ci contre) sont plus onéreux à l’achat, mais apparaissent comme étant beaucoup plus résistants, avec des durées de vie, encore à valider, annoncées entre 10 et 20 ans. Suite à ces premiers contacts, et dans le cadre du projet DCP++20, La Réunion pourrait être retenue comme un des sites pilotes d’expérimentation et bénéficier de l’implantation de 3 de ces DCP dernière génération. La pose de ces 3 DCP permettrait de lancer les autres actions du volet ANCRE-DCP, et en particulier l’étude de l’influence de l’hydrodynamisme sur les capacités d’agrégation des DCP, connaissance indispensable pour l’optimisation du positionnement des DCP les uns par rapport aux autres à l’avenir.

Ce volet DCP de ANCRE est jugé indispensable par tous les partenaires locaux, et il constituera une des priorités 2011 de la Délégation.

4.9.2 Le volet Démersaux

La DRAM, de plus en plus sollicitée par des demandes de subvention FEP pour l’acquisition de vire-lignes électriques permettant aux professionnels de cibler les espèces démersales profondes, a organisé deux réunions techniques en août et octobre 2010 afin de contribuer à la définition du volet Démersaux profonds (DMX), souhaitant le lancement de cette étude sous maîtrise d'ouvrage de l’Ifremer dès le tout début 2011.

Les objectifs de ce volet d'étude ANCRE-DMX sont de :

- faire un bilan des connaissances sur la biologie (croissance, reproduction) des principales espèces,

- réaliser une campagne de pêches expérimentales afin de comparer les captures qui seront réalisées (espèces, rendements, tailles des prises) avec celles qui avaient été enregistrées il y a 10 ans (en 2000) à l’occasion d’une

20 DCP++ est un projet conduit par la société PLK-Marine, en coopération avec plusieurs PME bretonnes, et labellisé par le pôle Mer Bretagne. Son objectif est d’optimiser l'instrumentation sur les DCP POLKA en déployant sur 2 zones pilotes intertropicales deux mini parcs de 3 DCP, et en y conduisant le suivi scientifique ad hoc. Ce projet bénéficiera du financement FEP Bretagne - volet 3.5 projet pilote - innovation. La Réunion souhaite être retenue comme une des deux zones pilotes.

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Rapport d'activité 2010 74 Délégation océan Indien

première campagne de prospection réalisée par la Délégation (en maintenant les mêmes protocoles, dates, techniques de pêche…),

- réaliser un bilan des rendements sur toutes les zones potentielles autour de La Réunion (par la réalisation de campagnes expérimentales, et par analyses de données du SIH),

- réaliser une première estimation des abondances relatives des espèces (les unes par rapport aux autres), au moins au niveau des captures (données SIH et panel de pêcheurs motivés),

- tester de nouvelles techniques plus sélectives, au moins sur la taille des captures (nasses à poissons, tailles des hameçons…),

- élaborer des aides à la décision pour la mise en place de nouvelles procédures réglementaires de suivi administratif et de contrôle,

- valoriser les données du SIH.

Ce dossier, déposé fin décembre 2010, passera devant la COREPAM Réunion début 2011 (obligatoire pour l’attribution de fonds FEP), l’objectif étant que les campagnes à la mer puissent commencer en avril 2011. Un cofinancement est également demandé au Conseil Régional de La Réunion.

Les autres volets du projet ANCRE seront développés courant 2011, pour un lancement en 2012.

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Rapport d'activité 2010 75 Délégation océan Indien

4.10 Les projets dans le domaine de la pisciculture tropicale

La Délégation ne dispose pas aujourd’hui de compétence en matière d’aquaculture, mais l’Ifremer, grâce à ses laboratoires métropolitains, ou implantés dans d’autres DOM ou TOM, contribue à des projets de R&D dans l'océan Indien, en collaboration avec l’ARDA (Association Réunionnaise pour le Développement de l’Aquaculture) et avec AQUAMAY (Association pour le développement de l’aquaculture à Mayotte), l’objectif central étant développer/fiabiliser localement l’activité aquacole. Les projets conduits en 2010 ont principalement porté :

- sur la biologie au sens large des espèces en élevage afin de contribuer à définir et consolider les référentiels d’élevage, depuis la ponte des géniteurs jusqu’à la production d’animaux ayant atteint la taille de vente (projets Ombrigen, Génodom et Trident)

- et sur la fiabilisation des structures d’élevage elles mêmes (cages, circuits fermés… ; projets Aquaoffshore 1 & 2).

A Mayotte, le projet de centre de R&D aquacole porté par Aquamay a été validé par les pouvoirs publics, et le tour de table finalisé. Les premières études de projet ont été conduites et le site d’implantation retenu (hajangua). Les travaux de construction de la Station de R&D débuteront en 2011, sous maîtrise d’ouvrage d’Aquamay, l’Ifremer de Palavas les flots (J. Denis) assurant la mission d’assistance à maîtrise d’ouvrage. La réception des travaux et la mise en eau de la station sont programmées pour le dernier semestre 2012.

L’Ifremer y détachera alors 3 agents spécialistes d’aquaculture, un cadre, un technicien et un VSC, dans le cadre d’un projet scientifique qui reste aujourd’hui à définir, et qui associera d’autres partenaires, scientifiques et producteurs en zone intertropicale, dont l’Arda à La Réunion.

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Rapport d'activité 2010 76 Délégation océan Indien

4.11 Achèvement de la mise sous assurance qualité du laboratoire d’analyses génétiques

La compétence en génétique des populations est une des spécificités de la Délégation et représente l'une des contributions attendues de l'Institut au sein du futur Pôle Scientifique Mer Océan Indien (PSMOI). Cette compétence, développée depuis plusieurs années, nous permet de conduire des projets de recherche sur l’identification des stocks ou populations de poissons, tortues… et sur l’évaluation des échanges inter populations à l’échelle de tout ou partie de l’océan Indien (études de connectivité inter îles, contribution potentielle à l’optimisation du positionnement en réseau de réserves marines…).

L’outil de génétique des populations est actuellement utilisé dans 3 des projets contractualisés de la Délégation (IOSSS-Espadon, CAMP et Plan de conservation des tortues) et nous sommes sollicités par un nombre croissant de partenaires pour cette compétence :

- projet Polarun : projet Arda visant à évaluer si des secteurs de la RNMR sont plus « productifs » que d’autres en post-larves de poissons récifaux, et sont donc à protéger en priorité. La contribution attendue de la Délégation porte sur la réalisation de 150 analyses génétiques sur des post-larves de 3 espèces récifales, les mêmes que celles ciblées dans le cadre de CAMP.

- expertise « braconnage de tortues aux Seychelles » : les autorités Seychelloises nous ont à nouveau demandé en 2010 de réaliser des analyses génétiques sur des échantillons de chair suite à une saisie afin de démontrer qu’il s’agit de chair de tortue (5 analyses). Ce dossier est toujours en cours.

- Etude génétique des cétacés de la Réunion (projet porté par l’association Globice en charge du suivi et de l’étude des cétacés à La Réunion et dans le SOOI) : Ce projet vise à réaliser la caractérisation génétique des baleines à bosse se reproduisant à La Réunion ainsi que celle de la population résidente de Grands Dauphins. Dans le cadre de ce projet qui débutera en 2011, l’Ifremer est sous-traitant de la partie analytique (120 échantillons, 2 marqueurs moléculaires par espèce).

- Emirat Wildfife Society et WWF : nous avons été sollicités par ces 2 ONG pour réaliser la caractérisation génétique des populations de tortues imbriquées nidifiant dans les pays de la région du Golfe (Qatar, Oman, Iran et UAE21). La demande en cours porte sur 100-200 échantillons de tissu.

- IRD – Nous avons été sollicité par l’IRD pour faire partie du projet « Phylogéographie comparée de la faune marine des Iles Eparses françaises dans un contexte Indo-Pacifique » validé dans le cadre de l’Appel à Manifestation d’Intérêt (AMI) 2011 des TAAF. Nous ne réaliserons pas d’analyses de laboratoire dans le cadre de ce projet, mais nous interviendrons dans la partie analyses des résultats.

Du fait du lancement des 3 projets Espadon, Tortues et Camp fin 2008 et de l’importance des résultats d’analyse en terme de mesures de gestion associées (notamment pour le projet Espadon), ainsi que de la mission qui nous est confiée par nos partenaires du futur Pôle Scientifique

21 UAE = United Arab Emirates

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Rapport d'activité 2010 77 Délégation océan Indien

Mer pour le développement de cette compétence spécifique, une démarche de mise sous Assurance Qualité du laboratoire d’analyses génétiques a été initiée. L’objectif de cette mise sous assurance qualité du laboratoire de génétique était de standardiser l’ensemble de nos protocoles et procédures, de doubler tous nos matériels critiques dans le process analytique (sur co-financement du projet Run Sea Sciences22), d’habiliter les analystes de l’équipe, et enfin de sécuriser les bases de stockage des résultats produits, et ce afin d’être à même de garantir la fiabilité et la traçabilité de l’ensemble de nos analyses.

Un système documentaire « Qualité » complet a donc été rédigé avec le soutien du Responsable Qualité Réseaux de l’Institut (Pierre Masselin). Il comprend notamment le « Manuel Qualité » qui synthétise l’ensemble de la démarche et un « Plan Qualité » qui définit précisément les protocoles et modes opératoires à respecter (7 procédures), depuis la prise de l’échantillon jusqu’à la production finale du résultat d’analyse.

Le système Qualité du laboratoire d’analyses génétiques est entré officiellement en application le 21 septembre 2010. La documentation Qualité ainsi que tous les enregistrements sont consultables à la Délégation Ifremer océan Indien, Station de La Réunion.

22 Run Sea Sciences est la première action conjointe menée par les membres du Pôle Scientifique Mer (sous coordination de l’IRD Réunion). Il s’agit d’un projet de développement de capacités scientifiques qui a bénéficié d’un financement du fonds européen RegPot d’un million d’euros sur la période 2009-2012. Ce financement a notamment permis l’embauche de 6 post-doctorants sur 17 mois, la co-organisation du colloque WIOMSA Réunion en 2009 (500 participants), et la réalisation d’investissements scientifiques. La Délégation a bénéficié de la mise à disposition d’un des post-doctorants (Delphine Muths, responsable des analyses génétiques des projets Espadon et Camp), et de 50 00 euros en investissement pour son laboratoire d’analyses génétiques.

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Rapport d'activité 2010 78 Délégation océan Indien

4.12 Le site WEB de la Délégation

Le site Web de la Délégation a été ré-ouvert en 2009 et tenu à jour tout au long de l’année 2010. Adresse : http://wwz.ifremer.fr/lareunion

Sur l’année 2010, nous enregistrons en moyenne 830 visiteurs différents par mois, pour 1090 contacts et 2620 pages lues (Tableau 21).

Tableau 21 : consultations mensuelles du site Web en 2010

moisnombre de visiteurs différents

nombre de visites

Nombre de pages visitées

janvier 851 1087 2979février 844 1044 2322mars 980 1185 2728avril 819 1000 2476mai 894 1066 2146juin 798 982 2309juillet 601 756 1700août 657 994 2363septembre 875 1277 3493octobre 920 1327 2886novembre 1163 1611 3457décembre 577 761 2655total 2010 9979 13090 31514moyenne 832 1091 2626

La mise en ligne d’une version en anglais, qui faisait partie des objectifs pour l’année 2010, n’aura lieu qu’en 2011.

4.13 Autres projets, autres activités

L’équipe de la Délégation a été amenée en 2010 à participer à de nombreuses réunions relatives aux projets pilotes qui se développent à La Réunion dans le domaine des Energies Marines Renouvelables. Nous sommes en particulier membre du conseil scientifique du projet ETM (énergie thermique des mers) mené par DCNS.

L’équipe a également participé aux rencontres/réunions qui se sont tenues dans le cadre du livre Bleu océan Indien, du Conseil maritime Ultra Marin, du Comité de Bassin, du conseil scientifique de la Réserve Marine, de Qualitropic (pôle de compétitivité réunionnais), de la création du cluster maritime, de la Corépam…etc.

Enfin, 5 campagnes à la mer de longues durées (> 15 jours) et 7 sorties "à la journée" ont été réalisées par les agents de la Délégation en 2010, ce qui a représenté au total 171 jours de mer.

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Rapport d'activité 2010 79 Délégation océan Indien

5 AVIS ET ASSISTANCE A L’ADMINISTRATION ET AUX PARTENAIRES

REGIONAUX

Nature des avis - objet des réunions

réunions avec les administrations ; participation à des groupes de travail ou réunion inter-services Nombre d'avis écrits émis

AssainissementFilières de traitement, réseaux, points de rejets 2 1Epandage de boues

Installations Classées et rejetsrejets urbains 1rejets industrielsrejets agricoles et plans d'épandagepiscicultures marines 1

Rejets de dragage, dévasement des baies et portsExtraction/recherche de matériaux marins

sables et graviersrecherches d'hydrocarbures

Salubrité des zones côtièresavis sur les schémas des tructuresavis sur les établissements de cultures marines

Aménagement régionalPOSSDAGE et SAGES 6SMVM et contrats de baieouvrages côtiers (dont route du littoral) 1 1ports (création-agrandissement)marais et zones humidesnatura 2000 et ZPS

HalieutiqueCOREPAM 7 1CTOI 1DPMA 5 (par mail)DRAM (Réunion et Mayotte) 1 1CRPM (commissions thématiques) 4

Biodiversité, AMP, Réserves Marines, Parcs marins 8Divers

prises d'eauprofils de vulnérabilitédéveloppement d'algues et de cyanobactériesGrenelle de la mer 1Conseils Maritimes Ultra Marins 2Livre Bleu de l'océan Indien 2Energies Marines Renouvelables 2SIE-SinpMer 3Coordination GT DCE 6Qualitropic (pôle de compétitivité) 3piste aéroport de Mayotte 1 (audio-conférence)total 52 9

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Rapport d'activité 2010 80 Délégation océan Indien

6 PERSPECTIVES 2011

En 2011, la Délégation poursuivra la conduite de l’ensemble des projets et réseaux précités.

Les priorités en matière de maintien et/ou de développement de nouvelles activités et compétences sont :

- le maintien de la compétence en analyses génétiques afin de parachever les analyses contractualisées dans le cadre des nouveaux projets Polarun et Cétacés, et de respecter nos engagements en matière de contribution au Pôle Scientifique mer océan indien,

- la poursuite du développement de la compétence « environnement » afin de répondre aux attentes de nos partenaires institutionnels (DEAL notamment), mais également de nos partenaires du PSMOI : ces contributions sont attendues au sein de l’observatoire océan Indien en cours de définition/organisation avec notamment la mise à disposition de deux plates-formes Sextant océan Indien, l’une pour les partenaires scientifiques et l’autre intégralement dédiée aux services de l’Etat afin qu’ils puissent mettre en commun l’ensemble de leurs données géoréférencées en inter services entre La Réunion, Mayotte et les Taaf. Il s’agira également de poursuivre le développement de la plate-forme HYDRORUN, et d’intégrer le modèle Mars 2D du lagon de Mayotte, en cours de développement par le BRGM,

- le développement de notre rôle d’interface dans le domaine des énergies marines renouvelables entre les opérateurs des pilotes réunionnais, les services publics régionaux, et la plate-forme brestoise IEED/EMR,

- le lancement des volets Démersaux et DCP du projet Ancre de façon à contribuer au développement durable de la petite pêche côtière réunionnaise,

- la réalisation d’une mission à Mayotte afin d’évaluer les attentes en matière d’implication de l’Institut dans les domaines de l’environnement (DCE notamment) et de l’halieutique (SIH, parc de DCP ancrés, développement d’une flottille de petits long liners…), la poursuite de l’accompagnement de nos partenaires d’Aquamay dans la phase de construction de leur station de R&D aquacole étant aujourd’hui parfaitement définie. Il restera par contre à rédiger le projet aquacole à mener sur la période 2012-2015, socle de notre engagement aux côtés d’Aquamay, et en collaboration avec l’Arda ainsi que d’autres implantations de R&D aquacoles ou d’autres producteurs de la zone intertropicale française.

- la poursuite de notre contribution à la démarche Livre Bleu de l’Océan Indien, coordonnée par le Préfet de La Réunion, et visant à définir la politique maritime de la France en océan Indien (La Réunion, Mayotte, les îles et terres australes et Eparses, ainsi que leurs ZEE, et les coopérations internationales),

- et la poursuite des réflexions/réunions de travail pour la définition des missions prioritaires (dont fonction « Observatoire/aide à la gestion des espaces, espèces, patrimoines, activités et usages maritimes », et fonction R&D) et de l’organisation nécessaire à la création du PSMOI.

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Rapport d'activité 2010 81 Délégation océan Indien

7 RAPPORTS, PUBLICATIONS, COLLOQUES, CAMPAGNES A LA MER.

7.1 Publications à comité de Lecture

Ballorain K., Ciccione S., Bourjea J., Grizel H. and Georges J.Y (2010) Habitat use of a multispecific seagrass meadow by green turtles Chelonia mydas at Mayotte Island, Marine Biology DOI 10.1007/s00227-010-1520-7

Bryan P. Wallace, Andrew D. DiMatteo, Brendan J. Hurley, Elena M. Finkbeiner, Alan B. Bolten, Milani Y. Chaloupka, Brian J. Hutchinson, F. Alberto Abreu-Grobois, Diego Amorocho, Karen A. Bjorndal, Jerome Bourjea, Brian W. Bowen, Raquel Brisen˜o Duen˜ as, Paolo Casale, B. C. Choudhury, Alice Costa, Peter H. Dutton, Alejandro Fallabrino, Alexandre Girard, Marc Girondot, Matthew H. Godfrey, Mark Hamann, Milagros Lo´ pez- Mendilaharsu, Maria Angela Marcovaldi, Jeanne A. Mortimer, John A. Musick, Ronel Nel, Nicolas J. Pilcher, Jeffrey A. Seminoff, Sebastian Troeng, Blair Witherington, Roderic B. Mast (2010) Regional Management Units for Marine Turtles : A Novel Framework for Prioritizing Conservation and Research across Multiple Scales. PLoS ONE 5(12): e15465. doi : 10.1371 /journal.pone.0015565

Bradman H., Grewe P., Bourjea J. Muths D. et Appleton B. (2010) Characterisation of 22 polymorphic microsatellite loci for the Broadbill Swordfish, Xiphias gladius. Conservation Genet. Resour. Doi 10.1007/s12686-010-9337-8

Lauret-Stepler M., Ciccione S. & Bourjea J. (2010) Monitoring of marine turtles reproductive activities in Juan de Nova, Eparses Islands, South Western Indian Ocean, based on tracks count and width. Indian Ocean Marine Turtle Newletter 11: 18-24

Jean J., Talma E. Ballorain K. Bourjea J. (2010) Photo-identification method for green and hawksbill turtles - First results from Reunion. Indian Ocean Marine Turtle Newletter 11: 2-4

Ciccione S. & Bourjea J. (2010) Nesting beach revegetation and its influence on green turtle (Chelonia mydas) conservation in Réunion Island. Indian Ocean Marine Turtle Newletter 11: 50-52

Ciccione S. & Bourjea J. (2010) Discovering behaviour of open sea stages of sea turtles: working flipper on hand with fishermen in Réunion. Indian Ocean Marine Turtle Newletter 11: 50-52.

F. Lartaud, M. de Rafelis, M. Ropert, L. Emmanuel, P. Geairon et M. Renard. (2010) Mn labelling of living oysters: Artificial and natural cathodoluminescence analyses as a tool for age and growth rate determination of C. gigas (Thunberg, 1793) shells. Aquaculture, 300 (1-4). 206-217

7.2 Posters scientifiques

A. Gangnery, A. Lemsanni, M. Ropert. A GIS-based tool for managing shellfish systems in the Normandy region (France). Aquaculture Europe 2010, International Conference "Seafarming tomorrow" (EAS) Porto, Portugal, 5-8 octobre 2010.

Mazurié J., J.F. Bouget, A. Langlade, J.Y. Stanisière, P.G. Fleury, E. Bedier, F. Andrieux, X. Philippon, R. Kerouel, A. Youenou, J. Moal, C. Seguineau, A. Perhirin, C. Quéré, A. Azandegbé, M.J. Garet-Delmas, G.

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Rapport d'activité 2010 82 Délégation océan Indien

Thouzeau, E. Amice & J.L. Nicolas, 2010. What makes oysters die in the bay of Quiberon ?. Colloque Isobay, Brest, 4-6 mai 2010.

Ballorain K., Bourjea J., Ciccione S., Grizel H., Enstipp M., Georges JY (2010) Rôle des tortues vertes Chelonia mydas Linnaeus, 1758 (Testudines : Cheloniidae) dans le maintien des herbiers marins plurispécifiques de l’île de Mayotte. Colloque « Les tortues marines en France métropolitaine et d’outres mer : Bilan et perspectives des programmes de recherche et de conservation – 20-22 janvier 2010, MNHN, Paris

Jacob T., O’Brian S., Ciccione S. et Bourjea J. (2010). Tromelin : Facteurs influençant la température d’incubation et les caractéristiques reproductives de Chelonia mydas dans un contexte de changement climatique. Colloque « Les tortues marines en France métropolitaine et d’outres mer : Bilan et perspectives des programmes de recherche et de conservation – 20-22 janvier 2010, MNHN, Paris

Dalleau M., Benhamou S., Ciccione S., Lajoie G., Georges JY, et Bourjea J. (2010) Modelling Spatial population dynamics of green turtle (Chelonia mydas) in the south west Indian Ocean. 30th Sea Turtle Symposium on Biology and Conservation, Goa (Inde), 27-29 Avril 2010.

Ballorain K., Bourjea J., Ciccione S., Grizel H., Enstipp M., Georges JY (2010) Green turtles as multispecific seagrass meadow’s engineers. 30th Sea Turtle Symposium on Biology and Conservation, Goa (Inde), 27-29 Avril 2010.

Jean C., Ciccione S., Talmak E., Ballorain K., et Bourjea J. (2010) Scuba divers contribution to marine turtle monitoring using photo-ID method. 30th Sea Turtle Symposium on Biology and Conservation, Goa (Inde), 27-29 Avril 2010.

7.3 Rapport Scientifiques et techniques ou rapports de conventions

Bourjea J., Le Couls S. Muths D. et Evano H. (2010) IOSSS – Espadon, étude de la structure du stock d’espadon de l’Océan Indien : Synthèse de la première année (Novembre 2008 – Décembre 2009). RST Délégation Réunion/2010-01. 44p

Mouquet P., Quod J.P., Spectrhabent OI : acquisition et analyse de la librairie spectrales sous marine. Rapport de synthèse. RST Délégation Réunion/2010-02-1. (Vol.1) 95p.

Mouquet P., Quod J.P., Spectrhabent OI : acquisition et analyse de la librairie spectrales sous marine. Document annexe : fiches par type. RST Délégation Réunion/2010-02-2. (Vol.2) 50p.

Le Couls S. et Bourjea J. (2010) Bilan de l’état des stocks d’espadon Xiphias gladius dans les océans Atlantique, Pacifique, Indien et en mer méditerranée – Revue Bibliographique. RST Délégation Réunion/2010-03. 41p

Fleury P.G. & Cadet C., 2010. Analyse des données de pêches à pied traditionnelles et de chasse sous-marine, pratiquées en 2008 et 2009 dans la Réserve Naturelle Marine de La Réunion. Rapport Ifremer RST-Délégation-Réunion-2010-04 . 23 p.

R. Le goff, M. Ropert, P. Scolan, J. Garric, J.B. Nicet, H. Cambert, J. Turquet. Nov. 2010. Projet "Bon état" : Définition du bon état chimique et écologique des eaux littorales réunionnaises au regard de la

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Rapport d'activité 2010 83 Délégation océan Indien

Directive Cadre sur l’Eau et proposition d’indicateurs associés. Délégation Ifremer Océan Indien, Le Port. RST-DOIRUN/2010-05. 149 p.

Muths D. et Bourjea J. 2010 Rapport intermédiaire CAMP- Connectivité des aires marines protégées. mai 2010. RST Délégation Réunion/2010-06. 17p.

Bourjea, J., Mouquet, P., Quod, JP. & Ciccione S. (2010) Expédition pluridisciplinaire « Iles Eparses » 2010. RST-DOI/2010-07. 47p

Bourjea J., Mouquet P., Quod J.P., et Ciccione S. 2010, Expédition pluridisciplinaire « Iles Eparses », Europa & Juan de Nova, 14 mai-7 juin 2010. Délégation Ifremer Océan Indien-RST.DOI/2010-07, sept.2010, 47p.

Le Goff R., Bourjea J., Le Rû L., Fleury P. G., Evano H., Ropert M., Scolan P., Garric J. et Perrine A. : Rapport d’activité 2009 de la Délégation Ifremer océan Indien. RST-DOI/2010-08 ; Sept 2010, 51p.

R. Le goff, M. Ropert, P. Scolan, J. Garric, Sept 2010. Projet Bioindication à La Reunion : rapport d’activité 2009. Délégation Ifremer Océan Indien, Le Port. RST-RUN/2010-09. 21 p.

Bourjea J., Le Couls S. Muths D. et Evano H. (2010) IOSSS – Espadon, étude de la structure du stock d’espadon de l’Océan Indien : rapport intermédiaire N°2 (Novembre 2008 – Octobre 2010). Rapport Scientifique et Technique Ifremer DOI/2010-10. 46p

Renaud Pianet R., Evano H. et Bourjea J. (2010) Rapport National UE-France 2008-2009 ; Comité scientifique de la CTOI.

Chavance P., Chassot E., Bourjea J. Evano H., Le ru L., Bach P., Marsac F., Dagorn L. et Pianet R. (2010) Rapport National UE-France 2009-2010 ; Comité scientifique de la CTOI. 25p.

Bourjea, J. (2010) SWIOFP C5 Sea Turtle Training Course, 31st August to 2nd September 2010. Rapport de formation; Kélonia, La Réunion, du 31 août au 2 septembre. 14p.

Gouws G., Bourjea J., Muths D., Mwale M., Gon O., Mwaluma J., Mwandya A. et Lugendo B. (2010) A molecular consideration of Western Indian Ocean marine fish connectivity and differentiation at multiple spatial and temporal scales and its implications for conservation and resource management. Progress report on the Western Indian Ocean Marine Science Association – Marine Science for Management (WIOMSA – MASMA) funded project. 33 p.

Gouws G., Bourjea J., Mwale M. et Muths D. (2010) A Molecular Consideration of Western Indian Ocean Marine Fish Connectivity and Regional Differentiation at Multiple Spatial and Temporal Scales and Its Implications for Conservation and Resource Management” and subsequent genetic training workshop. Rapport de l’atelier de travail sur le projet de recherché WIOMSA-MASMA, 16-18 aout 2010, la Réunion. 47 p.

Ifremer SIH (2010), Bourjea J. : Guide de mensuration des poissons, mollusques, crustacés, reptiles et mammifères marins en halieutique, V1.4 – 2 avril 2010. Volet mensuration Reptiles. 17p.

Tessier E., Fleury P.G., Chabanet P., Bigot L., Thomassin A., Bissery C., Lemoigne V., Quod C., Loiseau N., 2010. Rapport intermédiaire du projet PAMPA pour le site de La Réunion. 55 p.

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Rapport d'activité 2010 84 Délégation océan Indien

7.4 Rapports de missions

Fleury P.G., 2010. Rapport de mission d'étude sur les DCP ancrés de la Guadeloupe avec le CRPM de La Réunion (21-27 février 2010). Rapport interne du laboratoire RH La Réunion. 8 p.

Le Couls S., Sharp A. et Bourjea J. (2010) Compte rendu de la troisième campagne scientifique IOSSS-ESAPDON (Mai-juillet 2010). Document élaboré dans le cadre du projet IOSSS-ESPADON. 11p.

Evano H., Sharp A. et Bourjea J. (2010) Compte rendu de la quatrième campagne scientifique IOSSS-ESAPDON (octobre 2010). Document élaboré dans le cadre du projet IOSSS-ESPADON. 10p

Bourjea J. (2010) 3ème réunion de travail des Coordinateurs Nationaux de la Composante 5 – CNC5 «Mainstreaming Biodiversity » du SWIOFP – 2011 – 2012 Workplan workshop, Maurice, 18- 19 août 2010. Rapport de mission. 13p

Bourjea J. (2010) 2ème réunion de travail des Coordinateurs Nationaux de la Composante 5 – CNC5 «Mainstreaming Biodiversity » du SWIOFP – 2010 Workplan workshop, Maurice, 18- 19 aout 2010. Rapport de mission. 10p

Bourjea J. (2010) 3ème réunion de travail des Coordinateurs Nationaux de la Composante 5 – CNC5 «Mainstreaming Biodiversity » du SWIOFP – 2011 – 2012 Workplan workshop, Maurice, 18- 19 aout 2010. Rapport de mission. 13p

Le Couls S. (2010) : Compte rendu de la mission en Thaîlande du 23 au 30 mars 2010 : formation du personnel de l’AFRDEC (L’Andaman Sea Fisheries Research and Development Center) aux méthodes d’échantillonnage biologique des espadons. Document élaboré dans le cadre du projet IOSSS-ESPADON. 5p

7.5 Exposés scientifiques à l’occasion de colloques, symposium…

Bourjea J. (2010) Les îles éparses, 20 ans de recherche sur les tortues marines. Colloque « Les tortues marines en France métropolitaine et d’outres mer : Bilan et perspectives des programmes de recherche et de conservation – 20-22 janvier 2010, MNHN, Paris

Bourjea J. (2010) From molecular to satellite tools: scientific approaches for marine species management ANR Atelier de Réflexion “Fisheries Management and Ecosystem Modelling in a Changing Ocean” Mayotte, 21 – 22 juin 2010

Bourjea (2010) Sea turtle research and conservation initiatives at the South West Indian Ocean scale: where are we and where we go? II Workshop on sea turtle conservation in Mozambique; “Towards the consolidation of marine turtle conservation in Mozambique and regional integration”. Maputo 22-23 November 2010.

Bourjea J. (2010) Sea turtle Country overview: Indian Ocean French Over seas territories. II Workshop on sea turtle conservation in Mozambique; “Towards the consolidation of marine turtle conservation in Mozambique and regional integration”. Maputo 22-23 November 2010.

Gouws G., Bourjea J, Mwaluma J, Mwale M., Muths D., Mwandya A., Gon O. et Lugendo B. (2010) A molecular consideration of WIO marine fish connectivity and differentiation at multiple spatial and temporal scales and its implications for conservation and resource management. The Ninth

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Rapport d'activité 2010 85 Délégation océan Indien

Meeting of the Marine Science for Management (MASMA) Grantees: Monitoring the Performance of the Approved Projects 29-31 October, 2010 Mombasa, Kenya.

Ballorain K., Bourjea J., Ciccione S. Kato A., Hanuise N., Grizel H., Enstipp, et Georges JY. (2010) Daily and seasonal feeding rhythm of green turtles in a multispecific seagrass meadow at Mayotte. 30th Sea Turtle Symposium on Biology and Conservation, Goa (Inde), 27-29 Avril 2010.

Jean C., Ciccione S., Conruyt N., Pennober G., Stoia M et Bourjea J. (2010) Standardization of long series data enabled comparing sanctuary and inhabited nesting sites of marines turtles in the south west Indian Ocean. 30th Sea Turtle Symposium on Biology and Conservation, Goa (Inde), 27-29 Avril 2010.

7.6 Interventions à l’occasion de réunions ou colloques organisés par l’Etat, les collectivités ou les professionnels

P.G. Fleury a réalisé 3 réunions de présentation du projet « petite pêche/volet démersaux » devant le CRPM en 2010.

Bourjea J. (2010) Les îles éparses, 20 ans de recherche sur les tortues marines. Visite de TARA Ocean, 12 Mai 2010, Siège des TAAF.

Bourjea J. (2010) Présentation de la mission MADANOVA ; ouverture de l’exposition MADANOVA à Kélonia, 15 juin 2010.

Ropert M., Scolan P. et Le Goff R. coordination des Groupes de Travail DCE. Réunions du GT "Benthos de Substrats Durs" les 23/04/2010 (15 pers.) et 18/06/2010 (9 pers. ; PARETO, ARVAM, GIP RNMR, ECOMAR, DIREN, AAMP…). Réunion du GT « benthos de substrat meuble » le 22/04/2010 (8 pers.). Réunion du GT « chimie » le 02/03/2010 (9 pers. ; DIREN, PARETO, ARVAM) et le 05/03/2010 (9 pers.). Réunion du GT "Hydrologie, physico-chimie et phytoplancton" le 23/04/2010 (9 pers. ; DIREN, ECOMAR, ARVAM).

7.7 Notes internes

Ropert M. (Aout 2010). Bilan des actions DCE mises en œuvre depuis 2009 à la Réunion. Note Interne pour le rapport annuel 2010 de la surveillance. 4p.

7.8 participation/contribution à des comités pérennes de gestion, suivi, coordination…

M. Ropert est membre du groupe de travail Eau et Assainissement de la RNMR (2 réunions en 2010 pour l’élaboration du Plan de gestion) et du comité de suivi scientifique pour la construction de la STEP de St Paul (2 réunions en 2010).

P.G. Fleury est membre de la COREPAM Réunion (7 réunions en 2010), membre associé de la commission DCP du CRPM (2 réunions en 2010), membre du GT « plan de gestion » de la RNMR (3 réunions en 2010) et du GT pêches traditionnelles (2 réunions en 2010). Il représente l’Ifremer au sein du CA de Qualitropic (3 réunions en 2010).

J. Bourjea est co-président du Groupe des Spécialistes Tortues Marines de l’IUCN « Species Survival Commission » pour la Zone Est Afrique/Sud ouest de l’Océan Indien. Il est le Coordinateur français de la Composante 5 du SWIOFP (South West Indian Ocean Fishery Project ; 2 réunions en 2010), membre du Comité Scientifique de la WIOMSA,

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Rapport d'activité 2010 86 Délégation océan Indien

membre du groupe de travail sur les poissons Porte Epées de la CTOI (1 réunion), responsable du Working Package 5 (échange d’expertise) du projet Européen RunSeaScience (Reg-Pot du FP7 ; 2 réunions).

R. Le Goff est membre du Comité de Bassin de la Réunion (5 réunions en 2010), des groupes de rédaction « plan orsec » (2 réunions) et « Livre Bleu océan Indien » (2 réunions), membre des Conseils Maritimes Ultra Marins de La Réunion et de Mayotte (1 réunion de chaque CMUM en 2010) du Comité scientifique de la CTOI, du CA de « Sciences Réunion » (2 réunions), du conseil scientifique de la RNMR (3 réunions), du conseil scientifique du Parc Marin de Mayotte, du comité scientifique de suivi du projet ETM/DCNS (2 réunions), et du Comité de Suivi du projet d’agrandissement de la piste aéroportuaire de Mayotte (2 visioconférences).

7.9 Organisation ou contribution à des sessions de formation

Bourjea J. (2010) : The French Eparses islands: 25 years of research. SWIOFP C5 Sea Turtle Training Course 31st August to 2nd September 2010 KELONIA, l’observatoire des tortues marines, La Réunion.

Bourjea J. (2010) : Population Genetics : What for and how to collect and preserve samples of marine turtles. SWIOFP C5 Sea Turtle Training Course 31st August to 2nd September 2010 KELONIA, l’observatoire des tortues marines, La Réunion.

Bourjea J. (2010) Movement of sea turtle between nesting sites and feeding grounds in the South West Indian Ocean: regional migratory knowledge and interaction with open sea fisheries for management issues. SWIOFP C5 Sea Turtle Training Course 31st August to 2nd September 2010 KELONIA, l’observatoire des tortues marines, La Réunion.

Gauthier E. et Ropert M. : Formation Quadrige² "saisie & extraction". 5-6 octobre 2010. Participants: ECOMAR, ARVAM, GIP RNMR, GLOBICE, DAF, DDE, KELONIA (11 pers.).

Evano H., Le Couls S., Le Rû L. et Bourjea J. : Formation théorique des observateurs des Taaf à l’identification des requins et des tortues marines, et formation pratique à l’échantillonnage biologique des espadons. Le 18 février 2010, station Ifremer Reunión.

Le Couls S., et Evano H. : Formation pratique et théorique des observateurs de la COI : identification des espèces accessoires des senneurs et des palangriers, échantillonnage biologique des espadons. Le 1er décembre et le 6 décembre 2010, Taaf.

7.10 Documents techniques :

Rédaction du système documentaire Qualité du laboratoire d’analyses génétiques :

Le Couls S. (2010), Manuel Qualité de la Délégation Ifremer Réunion (DOIMQa), 16 p.

Le Couls S. (2010), Plan Qualité Analyses Génétiques (DOIPQ-Aga), 12p.

Muths D. (2010), Procédure d’extraction d’ADN au Chelex (DOIPR-AG1), 3p.

Muths D. (2010), Procédure d’extraction d’ADN avec les kits QIAGEN (DOIPR-AG2), 3p.

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Rapport d'activité 2010 87 Délégation océan Indien

Muths D. (2010), Procédure d’amplification de l’ADN par PCR (DOIPR-AG3), 3p.

Muths D. (2010), Procédure de vérification d’amplification d’ADN par électrophorèse sur gel d’agarose (DOIPR-AG4), 8p.

Muths D. (2010), Procédure de génotypage microsatellites sur séquenceur à capillaires (DOIPR-AG5) 5p.

Muths D. (2010), Procédure de séquençage (DOIPR-AG6), 3p.

Le Couls S. (2010), Procédure de traçabilité des analyses génétiques (DOIPR-AG7), 3p.

7.11 Encadrements d’étudiants

Stéphanie Le Bonniec. Stage de Master II en « Génie Urbain et Environnement » ; Université de La Réunion (Le Tampon) Projet PAMPA ; encadrée par P.G. Fleury. 19 avril – 19 septembre 2010

Mayeul Dalleau, Thèse Tortue Marine (2009-2012) à l’Université de La Réunion/Kélonia est co-encadré par J. Bourjea.

7.12 Activité de Referee ; relecture/correction de manuscrits

J. Bourjea a été relecteur d’un article pour les revues “Marine Ecological Progress Series» et « Chelonian Conservation and Biology ».

7.13 Autres publications :

Fête de La Science St-Denis 17-20 novembre ; élaboration de 11 posters : Délégation océan Indien, IOSSS-Espadon (existence d’un ou plusieurs stocks d’espadon à l’échelle de l’océan Indien), CAMP (étude de la Connectivité des Aires Marines Protégées du sud ouest de l’océan Indien/génétique des populations), PAMPA (élaboration d’indicateurs de Performance des Aires Marines Protégées), PechTrad (suivi des activités de petite pêche traditionnelle) ; Hydrorun (plate-forme de modélisation hydrodynamique) ; Specthabent (2 posters ; cartographie des habitats benthiques coralliens à partir d’images hyperspectrales et d’imagerie laser), poster de synthèse des projets Tortues ; SIH (système d’informations halieutiques) et DCE (Directive Cadre européenne sur l’Eau).

7.14 Synthèse des indicateurs de production

Indicateurs Nombre

Publications dans des revues à comité de lecture 8 Autres publications et rapports 18 Participations à des colloques, communications orales, posters 16 Rapports de missions et de campagnes à la mer 7 encadrements d'étudiants 2 Activité d'expertise (nationale et internationale ; documents écrits) 9 Activité de relecteur ("referee") 1

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Rapport d'activité 2010 88 Délégation océan Indien

8 TABLE DES FIGURES :

Figure 1 : aire d’activité de la Délégation océan Indien (ZEE en bleu) .......................................................... 3 Figure 2 : temps agent 2010 consacré aux différentes grandes thématiques d’activité de la

Délégation (soutien Dynéco compris). ................................................................................. 6 Figure 3 : répartition du temps agent sur les différents projets en 2010. ....................................................... 7 Figure 4 : évolution du nombre d’enquêtes et d’observations annuelles réalisées depuis 2005,

date de mise en place du SIH à La Réunion...................................................................... 10 Figure 5 : Distribution des tailles des espadons échantillonnés en 2010 ....................................... 13 Figure 6 : Bilan de l’échantillonnage du projet IOSSS................................................................................. 16 Figure 7 : représentation schématique du principe d'imbrication et de couplage des différents

modèles développés dans le cadre du projet HYDRORUN................................................ 19 Figure 8 : Bathymétrie de référence utilisée dans le cadre du projet HYDRORUN (données

notamment issues des Campagnes ERODER et FOREVER,2006) ................................... 20 Figure 9 : trajectoires court terme des bouées WOCE Drogue lâchées en zone côtière autour de

La Réunion fin 2010, et récupérées moins de 72 heures après leur largage. ..................... 22 Figure 10 : trajectoires long terme (et vitesses de dérive) de deux bouées WOCE Drogue

lâchées fin 2010 et non récupérées afin de disposer de données au large. ....................... 23 Figure 11 : emprises des différents modèles NEMO et MARS d’HYDRORUN............................................ 24 Figure 12 : Moyennes annuelles des courants et températures de surface issues des résultats

du modèle NEMO-SWOI12 et des observations (source LOCEAN)................................... 25 Figure 13 : Délimitations des 6 modèles locaux HYDRORUN selon les critères retenus............................. 26 Figure 14 : positionnement des stations du réseau Chimie de la DCE eaux littorales ................................. 31 Figure 15 : Carte des stations du réseau DCE "Benthos de substrats meubles" dans les masses

d’eau côtières de La Réunion. En rouge, stations du contrôle de surveillance, et en vert (étoiles), stations du contrôle opérationnel ; les stations en zones portuaires seront positionnées mi 2011. ............................................................................ 33

Figure 16 : Description des différentes fiches constituant l’atlas de métadonnées. ..................................... 35 Figure 17: Représentation schématique d'une image hyperspectrale en trois dimensions (x,y,

longueur d'onde)................................................................................................................ 41 Figure 18 : La réflectance est la fraction de la lumière incidente réfléchie par la cible (en haut à

gauche) ............................................................................................................................. 42 Figure 19 : Signatures spectrales des différentes formes coralliennes. Les coraux appartiennent

à l’une ou l’autre des deux formes spectrales brune ou bleue. La forme brune, la plus fréquente, est caractérisée par une réflectance faible entre 400 et 550 nm, suivie de trois pics (ou « épaulements », c’est-à-dire des maximums peu marqués) vers 575, 600 et 650 nm (générés par la présence des pigments photosynthétiques contenus dans les zooxanthelles symbiotiques). Chez la forme bleue, le premier pic à 575 nm est généralement absent, laissant un plateau de réflectance entre 600 et 650 nm. La disparition de ce pic serait due à l’action d’une protéine contenue dans le corail hôte, dont le pic d’absorption se situe autour de 560 nm...................................................................................................... 45

Figure 20 : Spectre de formes coralliennes et d’algues. La comparaison des spectres des formes coralliennes avec des spectres algaux (BMA, RMA) met en évidence des différences significatives entre les coraux et les algues. Grâce à leurs compositions pigmentaires spécifiques, ces deux types de « cibles » peuvent toujours être discriminés par les caractéristiques des figures d’absorption et notamment par les positions et largeurs des pics de réflectance........................................ 46

Figure 21 : Génération de MNT à partir de sonde Lidar .............................................................................. 47 Figure 22 : Zone pilote de la passe de l'Ermitage en fausses couleurs. La profondeur est partout

supérieure à 2,30 m. A gauche, l'image en réflectance brute. A droite, l'image en réflectance corrigée par la méthode de Hedley et al [2005]........................................... 48

Figure 23 : Lagon de la Passe de l'Ermitage (fausses couleurs). A gauche, image en réflectance sans aucune correction. A droite, image en réflectance après correction de l’absorption de la colonne d’eau......................................................................................... 49

Figure 24 : répartition des échantillons génétiques analysés dans le cadre de la révision de la structure des populations de tortue verte dans le SOOI ; chiffres entre parenthèses = nombre d’échantillons ................................................................................ 52

Figure 25 : représentation graphique de la fréquence des 3 principales clades dans les populations de tortues vertes échantillonnées. .................................................................. 52

Figure 26 : Trajets migratoires de tortues vertes entre leurs sites de ponte et leurs aires d’alimentation. ................................................................................................................... 54

Figure 27 : Répartition moyenne des profondeurs de plongée des tortues caouannes marquées au moyen de balises Argos dotées de capteurs de profondeur.......................................... 55

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Rapport d'activité 2010 89 Délégation océan Indien

Figure 28 : trajets des tortues caouannes capturées accidentellement par les palangriers réunionnais et relâchées après marquage Argos. .............................................................. 56

Figure 29 : posters de synthèse édités dans le cadre du sous projet TORSOOI ......................................... 58 Figure 30 : la technique du « boat jumping »............................................................................................... 58 Figure 31 : Relation taille/poids pour les tortues vertes et imbriquées capturées à Europa (bilan

des données 2006-2010) et Juan de nova (données 2007-2010)....................................... 59 Figure 32 : répartition géographique des échantillons génétiques collectés pour le projet CAMP................ 62 Figure 33 : répartition géographique des échantillons génétiques de M. Berndti collectés pour le

projet CAMP. ..................................................................................................................... 63 Figure 34 : Réseaux d‘haplotypes dans les océans Pacifique et Indien....................................................... 63 Figure 35 : indicateur « fréquentation pêches traditionnelles » au sein de la RNMR ; nombre de

pêcheurs par ha sur les 5 secteurs les plus fréquentés, et statut (niveau) de protection des secteurs ...................................................................................................... 66

Figure 36 : CPUE comparées des différentes pêches traditionnelles exercées dans la RNMR ................... 70 Figure 37 : schéma organisationnel de la Base de données PechTrad. ...................................................... 70 Figure 38 : état du parc de DCP de La Réunion fin 2010 (données CRPMEM). .......................................... 72

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Rapport d'activité 2010 90 Délégation océan Indien

9 TABLE DES TABLEAUX

Tableau 1 : Formations reçues en 2010 ....................................................................................................... 7 Tableau 2 : Répartition des dépenses de la Délégation en 2010 (k€ HT)...................................................... 8 Tableau 3 : Caractérisation de la flottille réunionnaise................................................................................ 11 Tableau 4 : Caractéristiques techniques du navire moyen à La Réunion .................................................... 11 Tableau 5 : Évolution de la flottille de pêche de 1998 à 2009 ..................................................................... 11 Tableau 6 : Nombre de mensurations effectuées par la Délégation en 2010 .............................................. 13 Tableau 7 : nombre d’échantillons collectés pour la réalisation d’analyses génétiques en 2009

et 2010 .............................................................................................................................. 15 Tableau 8 : nombre d’échantillons de gonades, d’estomacs, d’otolithes, de parasites, et pour la

réalisation d’analyses isotopiques, collectés en 2009 et 2010............................................ 16 Tableau 9 : Caractéristiques des 20 marqueurs microsatellites testés et/ou développés, et

retenus. ............................................................................................................................. 17 Tableau 10 : Sources de données déjà existantes de houle/courant utiles au calage des

modèles locaux. ................................................................................................................ 21 Tableau 11 : composition des 4 groupes de travail thématiques DCE Réunion........................................... 30 Tableau 12 : Evaluation de la qualité des masses d’eau réunionnaises au moyen de l’indicateur

chlorophylle a. Application des 5 grilles chlorophylle développées en Manche/Atlantique, en Méditerranée ou à La Martinique aux données RNO hydro Réunion et RHLR extraites de Q². La grille retenue est la même que celle qui est utilisée dans les eaux Corses.Toutes les masses d’eau réunionnaises appartiennent à la classe « très bonne qualité » selon ce paramètre. ................................ 32

Tableau 13: données hydrologiques déjà bancarisées sous Q² .................................................................. 36 Tableau 14 : Etat d’avancement de la DCE à La Réunion fin 2010 : quelles données, quels

indicateurs, quels suivis, et que reste-t-il à faire pour pouvoir initier les réseaux du contrôle de surveillance. ............................................................................................... 37

Tableau 15 : liste des développements/traitements à développer et à tester .............................................. 44 Tableau 16 : nombre d’échantillons collectés pour la réalisation d’analyses génétiques entre

2009 et 2010 ..................................................................................................................... 61 Tableau 17 : Valeur de différentiation par paire de populations Фst entre les 10 échantillons de

M. berndti (valeur de Фst en dessous de la diagonale et probabilités associées au dessus : en gras p < 0.05) ............................................................................................ 64

Tableau 18 : indicateurs de fréquentation de la partie côtière de la RNMR, exprimés en nombre moyen total de pratiquants sur l’ensemble de la réserve (colonne Nb total RNMR), et en nombre de pratiquants par ha sur les 5 zones les plus fréquentées (colonnes suivantes). PMT = Palmes, Masque et Tuba. Le code couleur correspond aux niveaux de protection : rouge = Z1 zone protégée, orange = Z2 protection partielle et jaune = Z3 sans protection).......................................... 66

Tableau 19 : schématisation des différentes classes d’appréciation du tableau de bord « maintien et développement d’usages durables au sein de la RNMR ». Les indicateurs sont aujourd’hui définis, mais les jeux de données disponibles ne présentent pas encore assez de recul dans le temps pour permettre d’établir les valeurs seuils entre les différentes classes. ....................................................................... 68

Tableau 20 : Données comparées des différents types de pêche traditionnelle sur le récif corallien de La Réunion (CPUE = Capture par Unité d’Effort) ; données collectées par les éco-gardes de la RNMR. ....................................................................... 69

Tableau 21 : consultations mensuelles du site Web en 2010...................................................................... 78

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Rapport d'activité 2010 91 Délégation océan Indien

Annexe 1 : références bibliographiques du paragraph e « Spectrhabent OI et Bio Indication volet 2 » (para graphe 4.4.4) :

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Rapport d'activité 2010 92 Délégation océan Indien

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Rapport d'activité 2010 93 Délégation océan Indien

Annexe 2 : références bibliographiques du paragraph e Hydrorun (paragraphe 4.3)

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