Upload
eloy-capelle
View
107
Download
1
Embed Size (px)
Citation preview
Documentation Médicale
Comment interroger la base de données Pubmed?
Ludovic Carron / documentaliste CIRD
Objectifs
Consulter la base de données Pubmed de façon autonome
Connaître les principes de base de l’utilisation d’un langage documentaire
Réutilisation de ces principes avec d’autres bases de données
Plan de la présentation
Présentation globale de Pubmed Effectuer une recherche par sujet Fonctions avancées de Pubmed
Présentation
Pubmed est une base de données bibliographique porté sur les ressources documentaires biomédicales.
Pubmed est un service de l’US National Library of Medicine.
Possibilités de Pubmed
Recherche par sujet Recherche par auteur Recherche par périodique
Pubmed peut aussi permettre d’accéder au texte intégral de l’article.
Visite rapide de l’interface
Hinari Hinari permet d’accéder en texte
intégral à de nombreux périodiques scientifiques.
Se connecter à Pubmed à partir de Hinari permet de faciliter l’accès à ces ressources (lien vers le texte intégral des articles)
http://who.int/hinari/fr
Rechercher des articles avec Pubmed
Effectuer une recherche par sujet
Exemple de recherche : Je recherche des informations sur
la prévention du paludisme par les antibiotiques.
Mots-clefs : prévention; paludisme; antibiotique;
Terminologie Cismef
Le site Terminologie Cismef permet de traduire les termes médicaux utilisés dans le Mesh, le thésaurus de Pubmed.
http://terminologiecismef.chu-rouen.fr/
Prenons l’exemple du terme paludisme
malaria
Langues et langages documentaires…
Pubmed est une base de données américaine. Il convient de traduire en langue anglaise les termes employés pour notre recherche.
Prévention => prevention Paludism => malaria Antibiotique => Anti-Bacterial
Agents
Opérateurs booléens ET / AND : Il permet de rechercher des
documents contenant obligatoirement plusieurs termes à la fois
OU / OR : Il permet de rechercher des documents contenant soit le premier terme, soit le second, soit les deux à la fois
SAUF / NOT : Il permet de rechercher des documents contenant un terme mais pas un autre
Opérateurs booléens
En vert : prevention SAUF malaria
Sujet a Sujet b
En rouge : prevention ET malaria
Ensemble : prevention OU malaria
Première équation de recherche dans Pubmed
En recherche simple Malaria AND Prevention AND Anti-
Bacterial Agents 354 résultats de recherche à
l’équation.
Utilisation du Thésaurus de Pubmed, le MeSh Le MeSh permet d’utiliser une liste
organisée de termes, qui sont unifiés et organisés hiérarchiquement.
Pour trouver un terme du MeSH, il suffit de sélectionner la base de donnée MeSh et d’y entrer le terme recherché.
Avant cela, vous pouvez avoir besoin de traduire le terme recherché.
Prenons l’exemple du terme paludisme.
Vers une nouvelle équation de recherche
Paludisme => malaria Prevention => Prevention and
control (à ajouter en tant que sous sujet (subheading) du terme « malaria »)
Anti-Bacterial Agents
Malaria
Mesh
Vers une nouvelle équation de recherche
Elaborer une nouvelle équation de recherche
Prevention and control
Search box with AND
Send to
Malaria
Malaria/prevention and control[mesh]
Hierarchisation des termes dans le MeSH
Terme Générique (TG)
Terme Spécifique (TS)Descripteur
Elaborer une nouvelle équation de recherche
Anti-bacterial Agents
Malaria/prevention and control[mesh] AND Anti-bacterial Agents[mesh]
Send to
Search box with AND
Equation de recherche
Lancer la recherche en cliquant sur “Search Pubmed”
"Malaria/prevention and control"[Mesh] AND "Anti-Bacterial Agents"[Mesh]
52 résultats trouvés
Opérateurs [mh] = [mesh] , descripteur meSH [majr] , descripteur meSH qui est thème
principal du document [mh:noexp] , descripteur meSH qui ne
prend pas en compte les spécifiques du descripteur
[majr:noexp] , descripteur meSH thème principal du document, ne prend pas en compte les spécifiques du descripteur
Equation de recherche
On souhaite que Malaria/prevention and control soit thème principal des articles recherchés.
"Malaria/prevention and control"[Majr] AND "Anti-Bacterial Agents"[Mesh]
25 documents trouvés
Affichage des notices
Plusieurs modes d’affichages des notices sont possibles. Affichage sommaire, résumé, nombre
d’articles affichés par page, etc. Il est aussi possible de modifier
l’ordre d’affichage des articles (par date, par auteur, etc.)
Lire la notice d’un document La notice apporte plusieurs
informations. Résumé, noms des auteurs, titre
de l’article, périodique de publication
Le champs descripteur apporte de l’information sur le contenu de l’article, et peut permettre de savoir très rapidement sur quoi porte l’article.
Accès aux documents Sélectionnez l’article qui vous intéresse. Cliquez sur l’icône qui apparaît en haut
à droite de la fenêtre et qui permet d’accéder au document.
Les documents qui ne sont pas accessibles peuvent être consultés par commande via Refdoc Vérifiez tout de même que le périodique
n’est pas accessible en texte intégral => parfois Pubmed ne donne pas le lien vers le périodique en ligne.
Exemple d’accès au document Dans le cas de cet exemple, le
document est accessible via la base de données Science Direct.
Le périodique concerné est consultable par les utilisateurs.
Lien : http://www3.interscience.wiley.com/cgi-bin/fulltext/120747099/PDFSTART
Exemple d’accès au document
Limitations à la recherche
On souhaite que les documents trouvés soient rédigés en français, ou que ceux-ci soient disponible en texte intégral.
Pour ces otions, il faut utiliser l’option « limits » de Pubmed
Equation de recherche
L’équation de recherche reste la même
Documents en français : 2 résultats
Disponible en texte intégral : 14 résultats
Documents disponible en français ET en texte intégral : 0 résultat
Exercice (Application)
Votre patient, un adolescent alcoolique, souffre de malnutrition. Vous désirez vous renseigner afin de mieux le soigner. Quelle sera votre démarche afin de trouver de l’information à ce sujet?
Effectuez cette même recherche sans utiliser les descripteurs MeSh.
Équation utilisée Il s’agit ici d’une équation possible.
Cependant, d’autres équations de recherche sont possible pour répondre à cette question.
"Malnutrition"[Majr] AND "Alcoholism"[Majr] (Limits: Adolescent: 13-18 years)
14 résultats
Recherche d’une référence précise
Il faut utiliser l’onglet « Single citation Matcher », remplir les champs sélectionnés et lancer la recherche
Exemple : Trouvez tous les articles de M.Stefanov dans le périodique « Folia Medica »
Recherche d’une référence précise
Recherche d’une référence précise
Sauvegarde d’une recherche et veille thématique
Si un thème ou les travaux d’un chercheur qui travaille dans le même domaine que vous, vous intéresse, il est possible de connaître, via votre boîte e-mail, les nouveaux articles publiés et indexés dans Pubmed d’un auteur.
Pour cela, il faut s’inscrire sur le site de Pubmed.
Sauvegarde d’une recherche et veille thématique
Sauvegarde d’une recherche et veille thématique
Une fois cette opération effectuée, vous pouvez sauvegarder vos recherches.
Il est possible de recevoir des e-mails vous indiquant les nouveaux articles répondants à votre équation de recherche.
Libre accès / Open access
Les publications en libre accès sont des publications qui sont publiés selon un modèle économique différent de la publication traditionnel.
Les articles publiés dans les revues éditant selon ce modèle de publication sont disponibles librement sur Internet.
Libre accès / Open access
Pubmed permet de rechercher uniquement les références éditées dans des revues en libre accès.
Pour cela, il faut sélectionner la base PMC à la place de la base Pubmed.
Libre accès / Open access
Conclusion
Utiliser les fonctions avancées de Pumed peut vous permettre de rechercher de l’information pertinente plus aisément.
Questions, remarques?
A consulter REPERE : Ressources Electroniques,
Pour les Etudiants, la Recherche et l’enseignement
http://issuu.com/elisaformist/docs/repere2008
Liste (exhaustive) de bases de données en langue française en sciences médicales :
http://doccismef.chu-rouen.fr/servlets/Logique?Mot=base%20de%20donnees.tr&aff=4&tri=100&datt=2&debut=0
A consulter Tutorial de Pubmed en langue
française http://urfist.u-strasbg.fr/supports/b
ddbi_co/pubmed/m1001.html Recherche d'informations
médicales sur Internet http://www.sfmg.org/Publication/ai
de_publication/biblio_internet/index.htm
Merci de votre attention