108
Laboratoires Equipes Agronomie et Environnement UMR INRA Ecole Nationale Supérieure d’Agronomie et des Industries Alimentaires Institut National Polytechnique de Lorraine Directeur : S. Plantureux Vandoeuvre-lés-Nancy Rhizosphère Responsable : Emile Benizri Biologie des Echanges entre Plantes et Bactéries de la Rhizosphère UMR163 CNRS/CEA/Université de la Méditerranée (Aix-Marseille II) Directrice : Wafa Achouak Saint-Paul-lez-Durance Biologie des Organismes Marins et Ecosystèmes UMR 5178 CNRS/MNHN/UPMC Directeur : Guy Boucher Paris Symbioses Bactériennes chez les Invertébrés Marins Responsable : Renata Boucher-Rodoni Biologie des Protistes UMR 6023 CNRS/Université Clermont II Directeur : Christian Amblard Clermont-Ferrand Biodiversité Microbienne et Fonctionnement des Ecosystèmes Aquatiques Responsable : Gérard Fonty Ecotoxicologie Microbienne Responsable : Jacques Bohatier Génomique Intégrée des Interactions Microbiennes Responsable : Pierre Peyret Equipe "Thérapeutiques cliniques et expérimentales des infections" EA 3826 - UFR Médecine Nantes Directeur : Professeur Gilles Potel Ecologie microbienne Responsable : Dr Marie France de La Cochetière (INSERM) Recherche clinique Responsable : Dr Christele Gras-Leguen (Pédiatre) BIOSOL Esitpa – Ecole d’Ingénieurs en Agriculture Directrice : Karine Laval Paris

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Laboratoires

Equipes

Agronomie et Environnement UMR INRA Ecole Nationale Supérieure

d’Agronomie et des Industries Alimentaires Institut National Polytechnique de Lorraine

Directeur : S. Plantureux Vandoeuvre-lés-Nancy

Rhizosphère

Responsable : Emile Benizri

Biologie des Echanges entre Plantes et

Bactéries de la Rhizosphère UMR163 CNRS/CEA/Université de la

Méditerranée (Aix-Marseille II) Directrice : Wafa Achouak Saint-Paul-lez-Durance

Biologie des Organismes Marins et

Ecosystèmes UMR 5178 CNRS/MNHN/UPMC

Directeur : Guy Boucher Paris

Symbioses Bactériennes chez les

Invertébrés Marins Responsable : Renata Boucher-Rodoni

Biologie des Protistes

UMR 6023 CNRS/Université Clermont II Directeur : Christian Amblard

Clermont-Ferrand

Biodiversité Microbienne et

Fonctionnement des Ecosystèmes Aquatiques

Responsable : Gérard Fonty

Ecotoxicologie Microbienne Responsable : Jacques Bohatier

Génomique Intégrée des Interactions

Microbiennes Responsable : Pierre Peyret

Equipe "Thérapeutiques cliniques et expérimentales des infections" EA 3826 - UFR Médecine Nantes Directeur : Professeur Gilles Potel

Ecologie microbienne

Responsable : Dr Marie France de La Cochetière (INSERM) Recherche clinique

Responsable : Dr Christele Gras-Leguen (Pédiatre)

BIOSOL Esitpa – Ecole d’Ingénieurs en Agriculture

Directrice : Karine Laval Paris

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Biotechnologie de l’Environnement INRA

Directeur : Jean-Philippe Delgenes Narbonne

Ecologie Microbienne

Responsable : Jean-Jacques Godon

CEMAGREF

Unité Recherche de la Qualité de l’Eau Directeur : P. Boistard

Lyon

Ecologie Microbienne des Systèmes

Anthropisés Responsable : Bernard Montuelle

Centre Alpin de Recherche sur les Réseaux

Trophiques des Ecosystèmes Limniques CARRTEL

UMR 042 INRA/Université de Savoie Responsable : J.M. Dorioz

Thonon

Microbiologie Aquatique

Responsable : Agnés Bouchez

Centre d’Ecologie Fonctionnelle et

Evolutive (CEFE)

UMR 5175 CNRS Directeur : Bernard Delay

Montpellier

Ecophysiologie Comparative du Système

Plante-Sol Responsable : Eric Garnier

CYROCO

IRD – UR 167 Directeur : Robert Arfi

Marseille

Dynamique de la biodiversité

UMR 5172 CNRS/Université P. Sabatier Responsable : Eric Chauvet

Toulouse

Diversité et fonction des communautés

riveraines Responsables : Eric Chauvet et E. Tabacchi

Ecologie alpine UMR 5553 CNRS/Université de Grenoble

Responsable : P. Taberlet Grenoble

Perturbations environnementales et

xénobiotiques Responsable : P. Ravanel

Ecologie des Hydrosystèmes

UMR CNRS 5177/Université Paul Sabatier Directeur : Jean-Luc Rols

Toulouse

Groupe Ecologie Microbienne Animateur : Frédéric Garabetian

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Ecologie des Systèmes Aquatiques

Université Libre de Bruxelles Directeurs : Christiane Lancelot & Pierre

Servais Bruxelles

Ecologie des Milieux Aquatiques Responsable : Christiane Lancelot

Microbiologie des Eaux Douces

Responsable : Pierre Servais

Ecologie Microbienne

UMR 5557 CNRS/Université Lyon 1 Directeur : René Bally

Lyon

Bactéries Pathogènes Opportunistes et

Environnement Responsable : Benoit Cournoyer

Groupes Fonctionnels Microbiens et Cycle

de l’Azote Responsable : Xavier Leroux

Rhizosphère

Responsable : Yvan Moënne-Loccoz

Symbiose Actinorhizienne Responsable : Philippe Normand

Symbiose Mycorhizienne

Responsable : Jean-Claude Debaud

Transfert de Gènes et Adaptation Responsable : Pascal Simonet

Ecologie Microbienne des Agrosystèmes Tropicaux

IRD –CentreIRD-ISRA de Bel Air, Dakar Directeur : Jean-Luc Chotte

Dakar

SeqBio

Responsable : Alain Brauman

Ecologie Microbienne des Insectes et

Interactions Hôte-Pathogène EMIP-UMR 1133 INRA/ Université Montpellier 2

Directeur : Noël Boemare Montpellier

Resssouces Biologiques et Génétiques de

Xenorhabdus et Photorhabdus Responsable : Patrick Tailliez

Génomique Fonctionnelle et Facteurs de

Virulence Responsable : Alain Givaudan

Ecologie Moléculaire EA 2535/Université de Pau et des Pays de

l’Adour Directeur : Pierre Caumette

Pau

Microbiologie de l’Environnement

Responsable : Pierre Caumette

Ecosystèmes Lagunaires

UMR 5119 CNRS/ Université Montpellier II Directeur : Marc Trousselier

Montpellier

Efflorescences toxiques, diversité algale Responsable : Yves Collos

Pathogènes et environnement Responsable : Patrick Monfort

Réseau microbien sous forçages

environnementaux Responsable : Behzad Mostajir

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Ecotoxicologie Environnementale CNRS UMR 7146/Université de Metz

Directrice : Paule Vasseur Metz

Microbiologie

Responsable : Pascale Bouda

Evolution et Diversité Biologique

UMR 5174 CNRS/Université P. Sabatier Directrice : Brigitte Crouau-Roy

Toulouse

Symbiose Mycorhizienne et Evolution des

Champignons Responsable : Monique Gardes

Génétique Moléculaire, Génomique et Microbiologie

UMR 7156 ULP - CNRS Directeur : Serge Potier

Ecophysiologie Moléculaire des Microorganismes

Responsable : Philippe Bertin

Génie et Microbiologie des Procédés

Alimentaires INA-PG

Directeur : G. Corrieu Thivernal-Grinon

Génomique et Protéomique des Interactions

Plante-Microbe-Environnement UMR INRA 1088/CNRS 5184/Université de

Bourgogne Directeur : Silvio Gianinazzi

Génoscope

Génomique métabolique UMR 8030 CNRS

Directeur : Jean Weissenbach Evry

Microbiologie

Responsable : Denis Le Paslier

Institut Agronomique et

Vétérinaire Hassan II Rabat

Biotransformation et valorisation de la

biomasse Responsable : My Mustapha Ismaili Alaoui

Institut des Sciences de la Mer Université du Quebec-Rimouski

Directeur : Serge Demers Rimouski

Ecologie Microbienne des Ecosystèmes en Haures Latitudes

Responsable : Karine Lemarchand

Institut Méditerranéen d’Ecologie et

Paléoécologie (IMEP) UMR 6116 CNRS/

Université Paul Cézanne (Aix-Marseille 3) Directeur : Thierry Tatoni

Marseille

Ecologie Microbienne Responsable : Gabrielle Vogt

Institut Méditerranéen de Recherche en

Ecologie Microbienne

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Nutrtion UMR CNRS A111/ Université Paul Cézanne

Marseille

Responsable : Michel Fons

Institut National des Sciences Appliquées et

de Technologie Tunis

Procédés Microbiologiques et Alimentaires

Responsable : Moktar Hamdi

Interactions Arbres-Microorganismes

UMR 1136 INRA/UHP Université H.Poincaré-Nancy 1

Directeur : Francis Martin Champenoux

Interaction Microorganismes Minéraux Matière Organique des Sols (LIMOS)

UMRCNRS 7137/Université H. Poincaré, Nancy1

Directrice : Corine Leyval Vandoeuvre-les-Nancy

Microbiologie – INRA Theix

Centre de Recherche Clermont-Ferrand Theix Directrice : Evelyne Forano Saint Genes Champanelle

Microbiologie des Ecosystèmes Digestifs

Responsable : Evelyne Forano

Microbiologie – IRD Marseille

IRD/Université de la Méditerrannée Directeur : Jean-Luc Tholozan

Directeur-Adjoint : Bernard Ollivier Marseille

UR 180 :Microbiologie et Biotechnologie

des Environnements Chauds Directeur : Jean-Luc Tholozan

Directeur-Adjoint : Bernard Ollivier

Microbiologie de l’Université de Neuchatel

Directeur : Michel Arago

Ecologie microbienne de la biosphère

Responsable : Jakob Zopfi

Microbiologie des Environnements

Extrêmes UMR 6197 CNRS/IFREMER/

Université de Bretagne Occidentale Directeur : Joël Querellou

Directeur-Adjoint : Daniel Prieur Plouzané

Ecologie Microbienne

Responsable : Daniel Prieur

Microbiologie et Géochimie des sols

UMR 1229 INRA/Université de Bourgogne Directeur : Philippe Lemanceau

Dijon

Dynamique des Interactions Plantes-

Microorganismes Responsable : Philippe Lemanceau

Ecologie microbienne des cycles couplés

du carbone et de l’azote Responsables : Laurent Philippot et

Jean-Claude Germon

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Impact des activités anthropiques sur la qualité biologique des sols

Responsable : Rémi Chaussod

Microbiologie Industrielle

Faculté des Sciences Pharmaceutiques de Toulouse

Directrice : Christine Roque Toulouse

Adhésion Bactériennes et Biofilms

Responsable : N. Marty

Microbiologie, Géochimie et Ecologie

Marines UMR 6117 CNRS/Université de la

Méditerranée Directeur : Richard SEMPERE

Marseille

Ecologie Microbienne-Flux, Interactions et

Diversité Fonctionnelle Responsible : Patricia Bonin

Morphodynamique Continentale et Côtière

UMR M2C CNRS 6143/Universités de Rouen/Caen

Directeur : P.Lesueur

Océanographie Biologique UMR 5805 CNRS/Université de Bordeaux

Station Marine d’Arcachon Directeur : Arcachon

Groupe : Ecologie Microbienne

Animatrice : Michèle Capdepuis

Océanographie Biologique

UMR 7621CNRS/Université P. & M.Curie, Paris 6

Laboratoire Arago Banyuls-sur-Mer

Directeur : Philippe Lebaron Banyuls-sur-Mer

Microbiologie Marine

Responsables : Ingrid Obernosterer & Philippe Lebaron

Recherche et Développement sur la

Détection des Pathogènes Société CHEMUNEX

Responsable : Julia Baudart

Pierre Fabre Dermo-Cosmétique Responsable : Muriel Bourrain

Recherche Fromagères INRA

Directrice : Marie-Christine Montel Aurillac

Sécurité et Qualité des Produits d’Origine

Végétale INRA/Université d’Avignon Directeur : N’Guyen Thê

Avignon

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Station Biologique de Roscoff UMR CNRS/Université de Bretagne

Occidentale Directeur : Bernard Kloareg

Roscoff

Plancton Océanique

Responsable : Daniel Vaulot

Symbioses Tropicales et Méditerranéeennes

IRD/CIRAD/INRA/AGRO-M Directeur : Bernard Dreyfus

Montpellier

Diversité des microorganismes

symbiotiques Responsable : Bernard Dreyfus

Tissus Animaux, Nutrition, Digestion, Ecosystème, Métabolisme

UMR 1289 TANDEM, INRA, INPT-ENSAT, ENVT,

Directeur : Xavier FERNANDEZ Castanet-Tolosan (Toulouse)

Nutrition et écosystème digestif (NED) Responsable : Thierry Gidenne

Laboratoires (équipes) impliqués en Ecologie Microbienne

(classement par ordre alphabétique)

AGRONOMIE ET ENVIRONNEMENT

UMR Agronomie et Environnement ENSAIA-INPL-INRA

Directeur : S. PLANTUREUX (Pr)

Organismes de rattachement Institut National Polytechnique de Lorraine (INPL-I NRA), Ecole Nationale Supérieure d’Agronomie et des Indus tries Alimentaires (ENSAIA)

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Adresse 2, avenue de la Forêt de Haye BP 172 54505 Vandoeuvre- lès-Nancy

Equipe : Rhizosphère

Responsable : Emile BENIZRI Les personnels Benizri Emile, (ENSAIA-INPL-INRA), [email protected] Nguyen Christophe, CR (INRA), [email protected] Piutti Séverine, MC (ENSAIA-INPL-INRA), [email protected] Robin Christophe, CR (INRA), [email protected] Slezack-Deschaumes Sophie, MC (ENSAIA-INPL-INRA), [email protected] Vong Phuy-Chhoy, IE (INPL-INRA), [email protected] Problématique générale de recherche Contrôle par l’écophysiologie de la plante de la quantité des composés organiques libérés par les racines Ecologie microbienne de la rhizosphère : rôle des composés organiques libérés par la plante sur la biodisponibilité de S (approche d’écologie fonctionnelle).

Microorganismes étudiés

Communautés bactériennes et fongiques telluriques impliquées dans la minéralisation du soufre Ecosystème Rhizosphère, parcelles agricoles et prairiales Echelle d’étude Isolats, populations; communautés Techniques mises en œuvre Biologie moléculaire : PCR-RFLP, RISA, Banques de clones, PCR quantitative Dosages enzymatiques, Biolog Marquages isotopiques de plantes (14C), mesures de flux (S), Biomasse microbienne soufrée (35S) Cycles biogéochimiques Soufre Minéralisation du soufre organique

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Interactions – biotiques Microorganismes-Végétaux : rôle des rhizodépôts sur les communautés bactériennes et fongiques fonctionnelles Informations complémentaires http://www.ensaia.inpl-nancy.fr/lae/

BIOLOGIE des ECHANGES entre PLANTES et BACTERIES de la RHIZOSPHERE UMR 163 CNRS-CEA

Directrice : Wafa ACHOUAK Organisme de rattachement CNRS – CEA – Université de la Méditerranée

Adresse CEA Cadarache 13108 Saint-Paul-lez-Durance Cedex

Les personnels

ACHOUAK Wafa CR1 CNRS : [email protected] BALESDENT Jerome DR2 INRA : [email protected] BARAKAT Mohamed IR2 CNRS : [email protected] BERGE Odile CR1 CNRS: [email protected] CHAPON Virginie CR CEA: [email protected] De LUCA Gilles IR2 CNRS : [email protected] HEULIN Thierry DR1 CNRS : [email protected] SANTAELLA Catherine CR1 CNRS : [email protected]

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Les thématiques générales de recherche

Axe I : Interactions moléculaires plantes-bactéries

- Traçage isotopique des échanges plantes-microorganismes dans le sol - Bactéries productrices d’exopolysaccharides dans la rhizosphère - Diversité fonctionnelle des bactéries de l’environnement - Dialogue moléculaire plantes-bactéries -

Axe II : Adaptation des bactéries aux environnements extrêmes - Cycle cellulaire de Ramlibacter tataouinensis et adaptation à la

dessiccation - Mécanismes de résistance aux stress abiotiques par l’approche

Metagénome Les mot-clés Plante (Arabidopsis thaliana, colza) ; Sol ; Bactéries (Pseudomonas, Rhizobium, Ramlibacter) ; Exsudation ; Biodisponibilité des métaux ; Co-localisation bactéries-polysaccharides ; Interactions plante-bactéries ; Variation de phase ; Géomicrobiologie ; Taxonomie ; Diversité bactérienne ; Métagénome ; Mécanisme de résistance aux métaux. Microorganismes étudiés Ramlibacter tataouinesnsis, Pseudomoas brassicacearum, Rhizobium sp., Stenotrophomonas maltophilia Deinococus deserti, Ecosystème Sol; sédiment (marin, eau douce), sable du Sahara Echelle d’étude Cellule; population; communauté Techniques mises en œuvre Traçage isotopique, DNA-SIP, metagénome, analyse de transcriptome, microscopie confocale à lazer Adaptation Métaux lourds (Cd, U, Se, Zn), nanoparticules manufacturées, irradiation gamma, dessiccation Cycles biogéochimiques Dynamique du carbone dans la rhizosphère Interactions – biotiques Microorganismes-Microorganismes (biofilms); Microorganismes-Végétaux ; Microbiologie évolutive et biodiversité Biodiversité fonctionnelle

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Bioinformatique : développement d’outils d’annotations de génomes bactériens Informations complémentaires ◆les applications/outils proposés en prestation ou collaboration dans le cadre de l’Association Analyse de transcriptome ; marquage istopique de plantes entières ; microscopie confocale à lazer ; génotypage bactérien (phylogénie du 16S, hybridation ADN-ADN, ARISA) ◆◆◆◆l’adresse web : http://www-dsv.cea.fr/lemir

BIOLOGIE des ORGANISMES MARINS et ECOSYSTEMES

UMR 5178

Directeur : Guy BOUCHER Organisme de rattachement CNRS/MNHN/UPMC

Adresse UMR 5178 BOME, DMPA Muséum National d’Histoire naturelle 55 rue Buffon 75005 PARIS

Responsable : Renata BOUCHER-RODONI

Les personnels PICHON Delphine : [email protected] PERNICE Mathieu : [email protected] DOMART-COULON Isabelle : [email protected] BOUCHER-RODONI Renata : [email protected]

Equipe : Symbioses Bactériennes

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Les thématiques générales de recherche Recherche et caractérisation des microorganismes associés aux Invertébrés marins (Céphalopodes,Spongiaires et Coraux) et de leurs implications dans certaines fonctions vitales. Les mot-clés

Microorganismes étudiés : microorganismes associées aux Invertébrés marins : beta-protéobactéries, gamma-protéobactéries, alpha-protéobactéries et spirochètes Ecosystème : Milieu marin Echelle d’étude :cellule, population Techniques mises en œuvre : Biologie moléculaire (PCR, Clonage, FISH), Culture cellulaire Adaptation : Température, pression, salinité Cycles biogéochimiques Azote Fonctions étudiées: dénitrification et nitrification Interactions – biotiques Microorganismes-Animaux Microbiologie évolutive et biodiversité

LABORATOIRE DE BIOLOGIE DES PROTISTES UMR 6023

Responsable : Christian AMBLARD

Organismes de rattachement CNRS – Université Clermont II

Adresse

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Université Blaise Pascal Campus des Cézeaux 24 , avenus des Landais 63177 Aubière Cédex

Equipe : Biodiversité Microbienne et

Fonctionnement des Ecosystèmes Aquatiques

Responsable : Gérard FONTY

Les personnels

Amblard Christian (DR) : [email protected] Carrias Jean-François (MC) : [email protected] Charpin Marie (MC) : [email protected] Bec Alexandre (MC) : [email protected] Bourdier Gilles (PR) [email protected] Debroas Didier (PR) : [email protected] Desvilettes Christian (MC) : [email protected] Devaux Jean (PR) : [email protected] Fonty Gérard (DR) : [email protected] Sean Kim (MC): [email protected] Sime-Ngando Télesphore (CR) : [email protected] Bardot Corinne (AI) : [email protected] Demeure Guy (IE) : [email protected] Romagoux Jean-Claude (IE) : [email protected] Sargos Denis ( AI) : [email protected] Les équipements spécifiques : - Microscope électronique à transmission - Cytomètre en flux - HPLC, CPG, ... - Compteur à scintillation liquide - Bateau, sondes multiparamètres, matériel de prélèvements d'échantillons aquatiques, etc .. Les thématiques générales de recherche : La thématique générale de l’équipe est l’étude de la diversité microbienne et le fonctionnement des écosystèmes lacustres. Les recherches portent plus particulièrement sur les points suivants : - Structure et fonctionnement des communautés microbiennes. Diversité

spécifique et fonctionnelle - Facteurs de régulation de la biodiversité (ressources, prédation, lyse virale,

interactions microbiennes) - Métabolismes microbiens dans les zones anaérobies

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- Transferts de carbone et d’énergie dans les réseaux trophiques. Suivi de marqueurs organiques (Acides Gras, Pigments)

Les mot-clés Microorganismes étudiés : virus , archaea, bactéries, protozoaires, phyto- et zoo-plancton Ecosystème : Colonne d’eau et sédiment (eau douce)

Echelles d’étude : cellule ; population ; communauté ; écosystème ; Approches écosystémiques et expérimentales Techniques mises en œuvre : - Biologie moléculaire : Hybridation in situ, PCR ,T-RFLP, TTGE, Clonage-

séquençage, etc … - Autres techniques : dénombrements des microorganismes en microscopie

inversée, à épifluorescence et électronique, Assimilation de substrats radiomarquées, Electrophorèse sur Gel en Champ pulsé, cultures des microorganismes en anaérobiose stricte, cultures continues, microscopie électronique à transmission, chromatographie phase gazeuse, HPLC, Cytométrie en flux, etc …

Adaptation : A l’anaérobiose, oligotrophie et psychrophilie Cycles biogéochimiques :

Carbone : production photosynthétique, processus fermentaires, méthanogénèse, oxydation anaérobie du méthane Soufre : sulfato-réduction Fer : réduction du fer Manganèse : réduction du manganèse

Interactions – biotiques :

Microorganismes - Microorganismes (réseaux trophiques microbiens) : compétition, prédation, lyse virale, suivi de marqueurs organiques

Interactions- environnement abiotique : Effets des facteurs abiotiques sur la diversité des communautés microbiennes

Equipe : Ecotoxicologie Microbienne

Responsable : Pr .Jacques BOHATIER

[email protected]

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Les personnels : BATISSON Isabelle MCU Isabelle.BATISSON@univ-b pclermont.fr FAJON Céline MCU Celine.FAJON@univ-bp clermont.fr LAFFOSSE Josée MCU jose.laffosse@univ- bpclermont.fr MALLET Clarisse MCU Clarisse.MALLET@univ- bpclermont.fr Les thématiques générales de recherche : Toxicologie environnementale.

- Impact de xénobiotiques (molécules organiques, métaux) sur la biodiversité microbienne (Bactéries, Protistes) de milieux aquatiques récepteurs (transferts sols-eau), au niveau structural et fonctionnel, en situations de sites naturels ou en situations expérimentales au laboratoire (microcosmes).

- Evaluation de la toxicité potentielle de xénobiotiques à l’aide de microbiotests. - Comportements des virus entériques dans les systèmes épuratoires.

Les mot-clés Microorganismes étudiés : Bactéries, Protistes, Virus entériques. Ecosystème : colonne d’eau (eau douce), sédiment, sol, stations d’épuration. . Echelle d’étude : cellule, population, communauté, écosystème. Techniques mises en œuvre : biologie moléculaire : sondes bactériennes phylogénétiques et/ou fonctionnelles ; TTGE, séquençage ; Marquage isotopique ; Enzymologie, Biochimie ; Cultures microbiennes.

Adaptation : Polluant(s) : phytosanitaires, métaux lourds.

Cycles biogéochimiques : carbone, azote, phosphore

Interactions – biotiques :

Microorganismes-Microorganismes : Boucle microbienne.

Pathogènes dans l’environnement : Entérovirus.

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Informations facultatives : Applications/outils disponibles en prestation ou co llaboration dans le cadre de l’Association : Microbiotests ; Pilotes de laboratoire représentatifs de systèmes épuratoires de type « Boues activées » ou « Lagunage naturel ». Equipe : Génomique Intégrée des Interactions Microb iennes (GIIM)

Responsable : Prof. Pierre PEYRET

Les personnels Nom, adresse électronique BONNET Muriel [email protected] DOSSAT Valérie [email protected] GAGNE Geneviève [email protected] GONÇALVES Olivier [email protected] PEYRET Pierre [email protected] PEYRETAILLADE Eric [email protected] VEISSEIRE Philippe [email protected] CHEBANCE Brigitte [email protected] MONE Anne [email protected] PETIT Corinne [email protected] BELKORCHIA Abdel [email protected] MILITON Cécile [email protected] MISSAOUI Mohiédine [email protected] BRUNELLIERE Jérôme [email protected] TERRAT Sébastien [email protected] Les équipements spécifiques Plateforme Biopuce (Bioanalyser Agilent, Stations d’hybridation Rosamix, Scanner MWG 428). Les thématiques Compréhension des mécanismes d’adaptation des populations microbiennes de sols pollués par des approches de génomique et de biopuces ADN. Les mot-clés Microorganismes étudiés (inclure les virus : approche fonctionnelle) Bactéries Ecosystème : Sol

Echelle d’étude : cellule; population; communauté

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Techniques mises en œuvre : Biologie moléculaire : extraction et caractérisation des acides nucléiques (ADN, ARN), séquençage systématique de génomes, PCR, clonage, constructions de banques, analyses de séquences, biopuces à ADN, Microbiologie : méthodes culturales, isolement, biofermentations Analytique Bioinformatique : développement de nouveaux algorithmes (biopuces ADN, reconstruction métabolique, filtrage de donées génétiques)

Adaptation : polluant(s) : hydrocarbures (HAP)

Cycles biogéochimiques Interactions biotiques Interactions environnement abiotique Microbiologie évolutive et biodiversité Microbiologie anaérobie Milieux extrêmes Pathogènes dans l’environnement Bioréhabilitation. Précisez le(s) polluant(s) et le site HAP collaboration Biobasic environnement (Clermont-Fd) Modélisation (précisez) Bioinformatique (précisez) développement de nouveaux algorithmes (biopuces ADN, reconstruction métabolique, filtrage de donées génétiques) Microorganismes et origine de la vie ◆le logo de votre institution

◆l’adresse web de votre site/site institutionnel ou autre lien approprié. http://www.protistes.univ-bpclermont.fr/Nouveau_site/E-Genomique/Frameset_genomique.htm

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EQUIPE "THERAPEUTIQUES CLINIQUES ET EXPERIMENTALES DES INFECTIONS" EA 3826

Directeur : Professeur Gilles Potel

UFR Médecine Nantes tel/Fax 33 (0)2 40 41 28 54

Ecologie Microbienne

Responsable : Dr Marie France de La Cochetière (INSERM)

Recherche Clinique

Responsable : Dr Christele Gras-Leguen (Pédiatre) Les personnels Marie-France de La Cochetière (CR), [email protected] Tony Durand (Tech), [email protected] Carole Rougé (Doctorant), [email protected] Les mot-clés

Microorganismes étudiés Flore dominante Sulfato-réducteur Ecosystème Ecosystème digestif humain Echelle d’étude Pédiatrie – Nutrition - Flore Techniques mises en œuvre Biologie moléculaire : PCR universelles, PCR spécifiques, électrophorèse dénaturante (TTGE), PCR quantitative.

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Adaptation Probiotiques Antibiotiques Interactions – biotiques Microorganismes – Humains Tube digestif : - Flore luminale

- Flore associée et/ou adhérente à la muqueuse Bioinformatique Utilisation du site RDPII Utilisation de différentes approches statistiques, recherche de corrélations (régression PLS)

BIOSOL

Impact des Pratiques Culturales et Ecologie Microbi enne

Directrice : Karine LAVAL

Organisme de rattachement : Esitpa – Ecole d’Ingénieurs en Agriculture APCA – Assemblée Permanente des Chambres d’Agricult ure , 9 avenue Georges V , 75008 Paris

Adresse 13,rue du Nord 76000 Rouen

Les personnels BAILLEUL Caroline @ CALBRIX Raphael@ DESAIRE Sylvie@ DREZE Anita@

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GANGNEUX Christophe@ GATTIN Isabelle@ LAVAL Karine@ [email protected] (02 35 07 72 69) LEGRAS Marc@ LLORENS Jean-Marc@ MOREAU Elisabeth@ SAUVAGE Hélène@ Les thématiques générales de recherche Impact des pratiques culturales sur : - la qualité et la dynamique des matières organiques des sols - la préservation de la qualité des sols et des eaux - les communautés microbiennes (bactériennes et fongiques) et la régulation de leurs activités biologiques - la qualité sanitaire des cultures et des produits d'origine agricole Les mot-clés

Microorganismes étudiés (Pseudomonas fluorescens, Fusarium spp. Aphanomyces euteiches) Ecosystème : Sols agricoles (forêts, prairies permanentes et temporaires, cultures traditionnelles et alternatives) Eaux de ruissellement Cultures (lin, pois) Echelle d’étude : population; communauté; écosystème à l’échelle de la parcelle Techniques mises en œuvre : Biologie moléculaire : Diversité bactérienne et fongique (PCRq, Cytométrie, tRFLP, RISA, Biolog) Biochimie : Activité enzymatique et profils protéiques Chimie analytique : Chromatographies (HPLC-DAD, CPG-FID) et Spectroscopies (GFAA) Adaptation : Amendements organiques (boues, composts, fumiers…) et calciques Cycles biogéochimiques Carbone, azote, éléments traces Modélisation : Elaboration d’un indice d’état microbiologique du sol -collaboration avec Phytopharmacie INRA Versailles et LMRS Université de Rouen Transfert d’éléments traces dans le sol et phytodisponibilité

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Informations complémentaires ◆Toutes les applications et techniques citées ci-dessus ◆le logo de votre institution

◆l’adresse web de votre site/site institutionnel ou autre lien approprié. http://www.esitpa.org

BIOTECHNOLOGIE de l’ENVIRONNEMENT

Directeur : Jean-Philippe DELGENES Organisme de rattachement INRA

Adresse Laboratoire de Biotechnologie de l’Environnement Avenue des Etangs 11100 Narbonne

Equipe : Ecologie microbienne

Responsable : Jean-Jacques GODON

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Les personnels

Dabert Patrick (CR1 INRA ) [email protected] Moletta Marina (thèse) [email protected] Zemb Olivier (thèse) [email protected] Bru Valérie (TR) [email protected] Wery Nathalie (CR2 INRA ) [email protected]

Les thématiques générales de recherche Microbiologie des procédés de dépollution Description des microbes actifs dans les procédés ; condition de survie des microbes rares (pathogènes, etc.) dans les procédés. Mécanismes liés à la genèse et au maintien de la diversité. Mécanismes associés à la diversité (résistance, résilience, stabilité, production). Les mot-clés

Ecosystème : Procédés de dépollution aérobies et anaérobies, boues d’épuration, compost, lisier Echelle d’étude écosystème; Techniques mises en œuvre Biologie moléculaire : séquençage ADNr 16S, SSCP, FISH, PCRq Adaptation salinité, oxygène, survie Cycles biogéochimiques Carbone, azote (nitrification) Interactions – biotiques Microorganismes-Microorganismes Pathogènes dans l’environnement Modélisation

Informations complémentaires ◆◆◆◆ http://www.montpellier.inra.fr/narbonne

Godon Jean-Jacques (DR2 INRA ) [email protected] Hamelin Jérôme (CR2 INRA ) , [email protected]

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CEMAGREF

Unité de Recherche QUALITE DES EAUX

Directeur : P.BOISTARD Organisme de rattachement Cemagref

Adresse Cemagref 3 Quai Chauveau CP 220 60336 Lyon Cedex 09

Equipe : Ecologie Microbienne des Hyrosystèmes Anth ropisés (EMHA)

Responsable : Bernard MONTUELLE

Les personnels de l’équipe

Boisson Jean Claude : [email protected] Volat Bernardette : [email protected] Roulier Jean-Louis : [email protected] Motte Bernard : [email protected] Lefranc Marie : [email protected] Montuelle Bernard : [email protected]

Les thématiques générales de recherche

Effet des polluants sur la dynamique des communautés microbiennes en milieu lotique :

- Processus microbiens en sédiment : dynamique et fonctions - Adaptation des communautés microbiennes périphytiques à des pressions

toxiques - Dynamique des populations nitrifiantes aquatiques à des rejets de station

d’épuration

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Les mot-clés

Microorganismes étudiés : Bactéries Ecosystème : Milieu lotiques d’eau douce, sédiment, biofilm Echelle d’étude : population; communauté; écosystème; Techniques mises en œuvre : Biologie moléculaire (PCR-DGGE) ; chromatographie phase gaz ; marquage FISH, BIOLOG, fluorimétrie, Adaptation : Polluants : matière organique, nutriments, toxiques (phytosanitaires, métaux) Cycles biogéochimiques Carbone (respiration, méthanisation), azote (nitrification, dénitrification) Dégradation de la matière organique Interactions – biotiques Microorganismes-Microorganismes (biofilms) Interactions environnement abiotique microorganisme – polluants

Informations complémentaires ◆les applications/outils proposés en prestation ou collaboration dans le cadre de l’Association : L’ensemble des ressources décrites ci dessus ◆le logo de l’institution

adresse web : http://www.cemagref.fr/index.asp

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CENTRE ALPIN DE RECHERCHE SUR LES RESEAUX TROPHIQUES DES ECOSYSTEMES LIMNIQUES

(CARRTEL)

UMR 042

Directeur : J.M. DORIOZ

Organisme de rattachement : INRA et Université de Savoie

Adresse UMR CARTEL Station d’Hydrobiologie Lacustre 75, avenue de Corzent BP 511 74203 Thonon Cedex

Equipe : Microbiologie aquatique (EMA)

Responsable : Agnès BOUCHEZ Les personnels

Agnès Bouchez (CR1), [email protected] Philippe Dufour (DR1 IRD), [email protected] Isabelle Domaizon (MCU2), [email protected] Ursula Dorigo (Thésarde), [email protected] Dominique Fontvieille, (PR1), [email protected] Jean-François Humbert (DR2), [email protected] Stephan Jacquet (CR2), [email protected] Christophe Leboulanger (CR1, actuellement détaché à l’IRD), [email protected] Laura Oberhaus (Thésarde), [email protected] Sébastien Personnic (Thésard), [email protected] Enora Briand (Thésarde), [email protected] Rémy Tadonleke (CR1), [email protected]

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Jean-Claude Druart, (IE1), [email protected] Les thématiques générales de recherche

Thème Cyanobactéries : Taxonomie moléculaire et diversité génétique de plusieurs genres de cyanobactéries (Microcystis, Planktothrix, Cylindrospermopsis) ; déterminisme des proliférations de cyanobactéries ; dynamique des populations de P. rubescens dans le lac du Bourget ; influence des paramètres environnementaux sur la production de toxines; capacités adaptatives des cyanobactéries. Thème Boucle Microbienne Structure et importance fonctionnelle comparées de la boucle microbienne dans les grands lacs alpins ; importance relative des contrôles par les ressources, la prédation et le parasitisme viral sur la dynamique du picoplancton lacustre. Thème Ecotoxicologie Microbienne Impact des pesticides sur la structure et le fonctionnement des communautés microbiennes aquatiques benthiques et pélagiques. Relation entre biodiversité microbienne et résistance et résilience de ces communautés. Les mot-clés

Microorganismes étudiés : bactériophages et cyanophages, bactéries, protistes, picocyanobactéries, cyanobactéries, microalgues. Ecosystème : Aquatiques : lacs alpins (Annecy , Bourget et Léman) ; rivières ; canaux artificiels. Echelle d’étude : des gènes aux écosystèmes. Techniques mises en œuvre : Biologie moléculaire (Clonage-séquençage et DGGE sur 16S et 18S rRNA, Real Time-PCR, FISH) ; Biochimie (Fluorimétrie, HPLC, compteur à scintillation) ; Cytométrie en flux ; Microscopie photonique (inversée et épifluorescence) et électronique (MEB) ; culture in vitro (salles et enceintes de cultures) ; microcosmes et mésocosmes ; suivis sur le terrain (spectrofluorimètre immergeable, sonde multiparamètre). Génomique (participation au séquençage du génome de Microcystis aeruginosa et étude de l'expression de certains gènes dans diverses conditions environnemenatles) en collaboration avec l'Unité des Cyanobactéries de l'Institut Pasteur de Paris (Dir : N. Tandeau de Marsac). Adaptation : Processus adaptatifs et conséquences sur la structure et le fonctionnement des communautés microbiennes aquatiques en réponse aux changements globaux (température, UV, quantité de nutriments, pesticides et notamment triazines et métaux lourds…).

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Cycles biogéochimiques Cycle de l’azote (nitrification et dénitrification) ; Cycle du carbone. Interactions – biotiques Microorganismes autotrophes -microorganismes hétérotrophes (biofilms et boucle microbienne); Prédation au sein de la boucle microbienne; Parasitisme viral ; « Guerre chimique » entre souches de cyanobactéries et, entre cyanobactéries et microalgues. Interactions environnement abiotique

Tous nos travaux se placent dans le contexte de la prise en compte des paramètres abiotiques des écosystèmes étudiés.

Microbiologie évolutive et biodiversité Biodiversité comparée des cyanophages et des bactéries dans les lacs alpins ; Phylogéographie et diversité génétique au sein de genres de cyanobactéries tels que Microcystis et Cylindrospermopsis ; Evolution de la biodiversité de communautés microbiennes soumises à des polluants de type pesticide. Evaluation de l’importance de la diversité initiale dans la capacité de ces communautés à résister à une perturbation par un polluant puis à se restaurer suite à cette perturbation. Modélisation Dynamique des populations de P. rubescens dans le lac du Bourget (en collaboration avec le CEREVE, ENPC Marne-la-Vallée).

Informations facultatives ◆

◆ www.thonon.inra.fr

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CENTRE D’ECOLOGIE FONCTIONNELLE ET EVOLUTIVE (CEFE)

UMR-CNRS 5175

Directeur : Bernard DELAY

Organisme de rattachement CNRS

Adresse Centre d’Ecologie Fonctionnelle et Evolutive CNRS 1919, route de Mende 34293 Montpellier Cedex 5

Equipe : Ecophysiologie comparative du système plan te-sol

Responsable : Eric Garnier Warembourg Fernand, ( DR1 ), [email protected]

Thème principal de recherche

Mon activité au cours de ces dernières années a été axée sur l'étude des interactions plante-micro-organismes dans la rhizos phère des plantes . Elles vont des relations lâches avec les micro-organismes libres du sol aux relations plus spécifiques comme les symbioses fixatrices d'azote et les associations mycorhiziennes. Ces interactions abordées sur le plan énergétique et nutritionnel impliquent une étude détaillée de la répartition des assimilats carbonés en relation avec la nutrition minérale et notamment azotée des plantes, elle-même contrôlée par la microflore.

L'importance de ce type d'association dans les processus de colonisation ou recolonisation, compétition et mutualisme, dans la dynamique des communautés végétales est encore mal connu mais suscite un net regain d’intérêt en écologie. En effet, la microflore rhizosphérique qui est à la fois plus nombreuse et différente de celle du reste du sol dépend directement de la photosynthèse des plantes vertes pour son substrat énergétique. Il s’agit des exsudats racinaires . En retour, par plus de minéralisation de la matière organique du sol dans la rhizosphère, la nutrition minérale des plantes est modifiée Les notions d'utilisation spatio-temporelle des ressources par les plantes, de place dans les successions et de rôle dans la genèse de leur propre environnement ne peuvent éluder ces processus. C'est dans cette

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voie que s'est orientée ma réflexion et dans le schéma d'organisation du laboratoire, cette activité constitue l'un des axes majeurs dans les préoccupations de l’équipe : Ecophysiologie comparative du système plante-sol. Elle pouvait aussi contribuer au travail d'autres équipes dans les départements : Dynamique des systèmes écologiques ou fonctionnement des écosystèmes. Méthodes La respiration des associations plante-sol

L'un des moyens actuels pour estimer l'activité des organismes dans la rhizosphère est de déterminer la fraction de l'assimilation nette des plantes qui leur est consacrée. Le carbone qui arrive aux racines est en effet, pour une part alloué à leur croissance et à leur entretien, pour une autre part non négligeable, libéré dans la rhizosphère sous forme d'exsudats. Ces exsudats servent de substrat à une microflore très abondante qui est située à proximité des racines. Il existe donc a court terme une consommation importante de carbone dans le métabolisme des racines et de leur microflore associée. Il en résulte un dégagement important de CO2. Sa mesure est donc l'un des moyens d'approcher l'activité de l'association et par la même d'en déduire son importance en fonction des variables biotiques et abiotiques de l'environnement. Les études consacrées à la mesure de ces flux ont souvent été entreprises à l'aide de marquage des plantes au 14CO2.

Exemples de programmes liés au thème principal de recherche Comparer le fonctionnement rhizosphérique des espèces le long d’un gradient successionnel

L'effet rhizosphère a été considéré comme un déterminant majeur des flux de carbone dans les sols sous graminées en raison des quantités importantes attribuées à l'exsudation. Chez les légumineuses, les recherches se sont souvent focalisées sur les coûts énergétiques de la fixation d'azote et par conséquent sur la symbiose, pratiquement pas sur les micro-organismes libres. Pour ce qui est des autres dicotylédones, peu d’études ont été faites. Les variations interspécifiques de l’allocation du C et de sa distribution dans la rhizosphère ont été étudiées sur des espèces de différentes familles, cycles de vie et caractéristiques d’une succession secondaire en région méditerranéenne. Coûts-bénéfices de l’investissement en C dans la rhizosphère Si l’effet rhizosphère, par la quantité de photoassimilats libérés dans le sol sous forme d’exsudats racinaires est une source d’énergie pour les microorganismes qui y vivent, quel est le retour pour la plante. Si la réponse a été déjà obtenue dans le cas des symbioses fixatrices d’azote, ce n’est pas le cas pour les associations avec les microorganismes libres. Y a-t-il plus de minéralisation et par conséquent une meilleure nutrition minérale ? Cela exacerbe-t-il la compétition entre plantes et microorganismes pour les mêmes éléments nutritifs ? De la même façon que précédemment peut-on distinguer des différences entre espèces, cycle de vie et place dans la succession ?

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CYROCO (Cyanobactéries-Rôle-Contrôle)

UR 167

Responsable : Robert ARFI Organisme de rattachement IRD

Adresse Station Marine d’Endoume Rue de la Batterie des Lions 13007 Marseille

BIEGALA Isabelle , [email protected]

DYNAMIQUE DE LA BIODIVERSITE

UMR 5172

Directeur : Eric CHAUVET Organisme de rattachement CNRS - Université Paul Sabatier

Adresse 29, rue Jeanne Marvig 31055 Toulouse Cedex

Equipe : Diversité et Fonction des communautés rive raines

Responsables : Eric CHAUVET & E. TABACCHI

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Les personnels (En « gras » : Les adhérents à l’Association Francop hone d’Ecologie Microbienne) Auda Yves IR CNRS Charcosset Jean-Yves CR CNRS [email protected] r Chauvet Eric DR CNRS [email protected] Décamps Henri DR CNRS Elger Arnaud MC UPS Fromard François CR CNRS Lambrigot Didier ADT UPS Lambs Luc CR CNRS Muller Etienne IR CNRS Pélissier Céline ADT UPS Planty-Tabacchi Anne-Marie MC UPS Roques Lydie IR CNRS Tabacchi Eric CR CNRS Les thématiques générales de recherche Ecologie des communautés végétales et microbiennes, riveraines et aquatiques Rôle de la biodiversité dans les fonctions écosystémiques Mots-clés : Végétation riveraine, mangrove, plantes envahissantes, macrophytes aquatiques, champignons, production, litière, décomposition, milieu aquatique Ecosystème : Interface terre-eau Echelle d’étude : population, communauté, écosystème Techniques mises en oeuvre : Relevé de terrain Expérimentation in situ et in vitro (micro- et mésocosmes) Microbiologie, biochimie Site web du laboratoire : http://www.ladybio.ups-tlse.fr/

UMR 5553 CNRS

Directeur : P. Taberlet

Organismes de rattachement

ECOLOGIE ALPINE

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CNRS/Université de Grenoble

Adresse Laboratoire d’Ecologie Alpine 2233, rue de la Piscine 38041 Grenoble Cedex 9

Equipe : Perturbations Environnementales et Xénobio tiques (EPEX)

Responsable : P. Ravanel

Giraud Frédéric, [email protected]

ECOLOGIE DES HYDROSYSTEMES

UMR CNRS 5177

Directeur : Jean-Luc ROLS

Organisme de rattachement CNRS – Université Paul Sabatier

Laboratoire d’Ecologie des Hydrosystémes UMR 5177 Université Paul Sabatier 118, route de Narbonne 31062 Toulouse Cedex

Equipe : CoDyBio

Responsable : Jean-Luc ROLS

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Groupe : Ecologie Microbienne

Animateur : Frédéric GARABETIAN Les personnels

Evelyne Buffan-Dubau (MCF), [email protected] Frédéric Garabétian (MCF), [email protected] Jean Luc Rols (Pr), [email protected] Loïc Ten-Hage (MCF), [email protected] Amaia Iribar (Doctorante), [email protected] Joséphine Leflaive, (Doctorante), [email protected] Emilie Lyautey (Doctorante), [email protected] Yvan Nicaise (AJT), [email protected] Les thématiques générales de recherche Le principal modèle d’étude retenu est le biofilm épilithique de rivière. Ce modèle constitue une association de micro-organismes autotrophes et hétérotrophes, eucaryotes et procaryotes qui interagissent au niveau des transformations de la matière, notamment de l’azote, en rivière. En s’appuyant sur des approches expérimentales (canaux de laboratoire, microcosmes) et sur un système atelier, la Garonne, deux volets sont développés : Volet 1 . Facteurs (autogènes et allogènes) de contrôle de la diversité bactérienne et relation diversité-fonction, notamment au niveau du cycle de l’Azote : quelle diversité sous-tend certaines fonctionnalités microbiennes du biofilm (dénitrification) ? Cette question est étendue au milieu hyporhéïque dans le cadre d’une interface nappe-rivière. Volet 2 . Interactions biotiques. Dans ce volet les interactions sont abordées entre organismes de même (allélopathie) et de différents (broutage/bioturbation) niveaux trophiques. problématique sont actuellement développées. dans les deux cas le mécanisme étudié constitue un facteur de structuration de l'agrégat ce qui motive les questions posées : quel rôle joue la guerre chimique entre souches dans la structuration et la dynamique des communautés d’organismes photo-autotrophes au sein des biofilms ? Quelle est l'impact de la meiofaune sur la diversité et le fonctionnement de ces biofilms ? Les mot-clés

Microorganismes étudiés Bactéries, Microphytes, Méiofaune

Ecosystème :

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Agrégats benthiques (rivières)

Echelle d’étude : Population; communauté; écosystème;

Techniques mises en œuvre : Biologie moléculaire (PCR-DGGE), Microscopie (photonique, épifluorescence, confocale), Pigments HPLC, Microélectrodes Cycles biogéochimiques Carbone Cycle de l’azote : dénitrification Interactions – biotiques Biofilms: allélopathie, grazing Interactions environnement abiotique Evolution de la biodiversité de communautés microbiennes (cyanobactéries) soumises à des polluants de type métaux lourds (coll. IRD) Modélisation Couplage modèle biogéochimique (dB/dt et d�N/dB) modèle hydrodynamique de la rivière

Informations facultatives

UNIVERSITE PAUL

SABATIER

Site web http//www.leh.ups-tlse.fr

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ECOLOGIE DES SYSTEMES AQUATIQUES (ULB)

Directeurs : Christiane LANCELOT et Pierre SERVAIS Organisme de rattachement Université Libre de Bruxelles, Belgique

Adresse Ecologie des Systèmes Aquatiques, ULB, Campus Plaine, CP 221, B 1050 Bruxelles, Belgique

Equipe : Ecologie des milieux marins

Responsable : Christiane LANCELOT Personnels Prof. Christiane Lancelot, Dr. Véronique Rousseau , Dr. Sylvie Becquevort, Dr. Véronique Schoemann, Bénédicte Pasquer (doctorante), Nathalie Gypens (doctorante) Rosa Astoreca (doctorante) Vincent Roubeix (doctorant) Isabelle Dumont (doctorante) Jean Yves Parent (technicien)

Les thématiques générales de recherche Etude et modélisation de la structure et du fonctionnement des systèmes aquatiques aux perturbations environnementales (naturelles et anthropiques).

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Les mots clés

Microorganismes étudiés Phytoplancton, bactéries, protozoaires Ecosystème

Zone côtière, Océan Antartique, Interface glace-eau de mer, estuaires Echelle d’étude Cellule; population; communauté; écosystème;

Techniques mises en œuvre Radioisotopes, Microscopie à épifluorescence et inversée couplée à l’analyse d’image, Cultures d’algues, biooptique, Anaylse des formes du carbone, biologie moléculaire (DGGE, FISH)

Cycles biogéochimiques Carbone, Azote, phosphore, silice Interactions – biotiques Phytoplancton -bactéries/ bactéries-nanozooplancton, phytoplancton-zooplancton

Equipe : Microbiologie des eaux douces

Responsable : Pierre SERVAIS Personnels Pierre Servais (Professeur) Tamara Garcia-Armisen (doctorante), Josué Prats (doctorant) Samuel Pirlot (doctorant) Adriana Anzil (technicienne) Mathieu Bauwens (technicien) Thomas Lequertier (étudiant maîtrise) Sophie Reis (étudiante maîtrise) Les thématiques générales de recherche

Ecologie bactérienne des systèmes aquatiques, Biogéochimie des systèmes aquatiques, Aspects sanitaires de la microbiologie de l’eau, Microbiologie du traitement et de la distribution des eaux potables Les mot-clés

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Microorganismes étudiés Bactéries, protozoaires, bactéries indicatrices de contamination fécale, biofilm Ecosystème Rivières (Seine , Meuse,..), Lacs (Tanganyika), Estuaires (Seine, Escaut) , Eaux de distribution,… Echelle d’étude Cellule; population; communauté; écosystème; Techniques mises en œuvre Microbiologie classique, Radioisotopes, Microscopie à épifluorescence à l’analyse d’image, Mesures enzymatiques, Analyse des formes du carbone, biologie moléculaire (DGGE, FISH) Cycles biogéochimiques Principalement carbone, Dégradation bactérienne de la matière organique Interactions – biotiques Bactéries libres-bactéries fixées (biofilm), Phytoplancton -bactéries/ bactéries-nanozooplancton,

ECOLOGIE MICROBIENNE UMR 5557

Responsable : René Bally

Organisme de rattachement CNRS – Université Lyon I

Adresse Laboratoire de Microbiologie Bâtiment Gregor Mendel Université de Lyon I 43 Boulevard du 11 Novembre 1918 69622 Villeurbanne Cedex

Equipe : Bactéries Pathogènes Opportunistes et Envi ronnement

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Responsable : Benoit COUNOYER Les personnels

Benoit Cournoyer (CR CNRS) – [email protected] Jacques Balandreau (DR CNRS) - [email protected] Patrick Boiron (PR - Pharma) - [email protected] Elisabeth Brothier (IE CNRS) - [email protected] Sabine Favre-Bonté (MCF – Bio) - [email protected] Frédéric Laurent (MCPH - Pharma) - [email protected] Claire Monnez (AI CNRS) - [email protected] Sylvie Nazaret (CR CNRS) - [email protected] Monique Porte (MCF - Pharma) Delphine Mouniée (AT - Pharma)[email protected] Votre problématique générale de recherche Ecologie et histoire évolutive des bactéries pathogènes opportunistes de l’Homme. Les mot-clés

Microorganismes étudiés Pseudomonas aeruginosa, Burkholderia cepacia complexe, et genre Nocardia Ecosystème - eaux : douces, minérales, usées, de ville, neige, etc (suivi des pathogènes opportunistes tout au long du cycle de l’eau – sauf milieu marin) - sols/composts - milieu hospitalier - Homme -

Echelle d’étude Cellule; population; communauté; écosystème Techniques mises en œuvre Biologie moléculaire : métagénome, analyses des mRNA/cDNA, mutagénèse insertionnelle; clonage d’ADN, typages moléculaires – PFGE, MLST, SSCP, etc… Enzymologie – mesure d’activités, taxonomie

Adaptation Température, toxiques séléniés, As, Hg, xénobiotiques, antibiotiques, bactériocines Cycles biogéochimiques Cycle du Soufre et sélénium (tellurium) : méthylation, intérêt pour l’As cycle de l’azote : fixation et dénitrification

Interactions – biotiques Microorganismes-Microorganismes : biofilms, antagonismes Bactéries- bactériophages

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Microorganismes-Végétaux Microorganismes-Animaux et Homme

Interactions environnement abiotique : ++

Microbiologie évolutive et biodiversité : ++++ Agents Pathogènes dans l’environnement : ++++ Bioréhabilitation. Intérêt pour les sites contenant de fortes doses de sélénium, As et mercure Bioinformatique : phylogénie moléculaire et MLST

Informations facultatives : ◆les applications/outils proposés en prestation ou collaboration dans le cadre de l’Association Observatoire Français des Nocardia : Service d’identification des actinomycètes (P. Boiron) Diversité des métagénomes - analyse des communautés microbiennes par analyse d’empreintes génétiques (S. Nazaret)

Bilan des germes pathogènes opportunistes d’environnements particuliers – Analyse des populations/ génotypage (B. Cournoyer)

Equipe : Groupes Fonctionnels Microbiens et Cycle d e l’Azote

Responsable : Xavier LE ROUX

Les personnels Equipe

PERMANENTS : Annie CLAYS-JOSSERAND, (Professor Assistant, University Lyon 1)

[email protected] Claire COMMEAUX, (Technician, CNRS) [email protected] Sonia CZARNES, (Professor Assistant, University Lyon 1) [email protected]

lyon1.fr Valérie DEGRANGE, (Professor Assistant, University Lyon 1)

[email protected] Nadine GUILLAUMAUD, (Technician, University Lyon 1) [email protected] Xavier LE ROUX, (Scientist, INRA - team leader) [email protected]

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Franck POLY, (Scientist, CNRS) [email protected] Patrick POTIER, (Professor, University Lyon 1) [email protected] Agnès RICHAUME, (Professor Assistant, University Lyon 1)

[email protected] Non permanents (hors Master)

Eleonore ATTARD, (PhD, 2004-2007) Sandrine COTTIN, (PhD, 2004-2007) Fabrice DASSONVILLE, (Post Doc CIRAD, Jan. 2004-June 2005) Delphine RAPP, (PhD, 2002-2005) Dad ROUX-MICHOLET, (PhD, 2003-2006) Sophie WERTZ, (PhD, 2002-2005) Les thématiques générales de recherche

L’équipe « Groupes Fonctionnels Microbiens et Cycle de l’Azote » étudie la physiologie et l’écologie des micro-organismes impliqués dans le cycle de l’azote. En pratique, les groupes fonctionnels étudiés sont les nitritants, nitratants, dénitrifiants et fixateurs libres. Les travaux portent en particulier sur la régulation par l'environnement des fonctions microbiennes associées, en prenant en compte l’effectif, l’activité et la diversité des communautés impliquées. Les objectifs sont (1) de parvenir à une meilleure compréhension des mécanismes de régulation de ces fonctions microbiennes dans l'environnement ; et (2) de déterminer le rôle de ces activités microbiennes dans le fonctionnement et la dynamique des écosystèmes. Les outils disponibles dans l’équipe autorisent l’évaluation des activités enzymatiques (CPG, tests biochimiques), des effectifs (MPN, sérologie, PCR quantitative en développement) et de la diversité (extraction d’ADN du sol, PCR-RFLP ou PCR-DGGE ciblant des gènes spécifiques) de chacun des groupes fonctionnels en environnement complexe. Les mot-clés

Microorganismes étudiés communautés microbiennes impliquées dans le cycle de l’azote : nitrifiants, dénitrifiants, fixateurs Ecosystème : Sol Echelle d’étude : population; communauté; écosystème Techniques mises en œuvre : activités enzymatiques, flux bruts, biologie moléculaire (PCR-RFLP et DGGE), dénombrements directs et indirects, protéomique, immuno-fluorescence Adaptation : Sources de carbone Modifications environnementales induites par différents modes de gestion des écosystèmes (ex : régimes de pâturage, apport de compost…)

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Cycles biogéochimiques Azote (en lien avec cycles du carbone et du fer) Nitrification, dénitrification et fixation Interactions – biotiques Microorganismes-Microorganismes, Microorganismes-Végétaux (prairie, forêt) et Microorganismes-Animaux (notamment gros herbivores) Interactions environnement abiotique Rôle des sources de carbone Effet de la présence d’oxydes de fer sur la dénitrification Modifications environnementales induites par différents modes de gestion (ex : régimes de pâturage, apport de compost…) Bioinformatique/Statistique Analyse multivariée (ACP, MDS…)

Informations facultatives : ◆pour toute information, demande de renseignement ou de collaboration, vous pouvez nous contacter ([email protected] )

◆le logo de votre institution ◆adresse web du site Equipe. http://www.microbial-ecology.org/index.php?equipe=a ctivites

Equipe : Rhizosphère

Responsable : Yvan MOËNNE-LOCCOZ

Les personnels

Yvan MOËNNE-LOCCOZ (Pr UCBL), [email protected] René BALLY (DR CNRS), [email protected] Gilles COMTE (Pr UCBL), [email protected] Jean-François GONNET (MdC UCBL), [email protected] Lucile JOCTEUR MONROZIER (CR CNRS),[email protected]

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Claire PRIGENT-COMBARET (CR CNRS), [email protected] René ROHR (Pr UCBL), [email protected] Florence WISNIEWSKI-DYÉ (MdC UCBL), [email protected]

Aline EFFOSSE (IE CNRS), [email protected]

Jacqueline HAURAT (T UCBL), [email protected] Marie-Andrée POIRIER (T CNRS), [email protected] Les thématiques générales de recherche Ecologie des bactéries PGPR (rhizobactéries phytobénéfiques) : diversité, adaptation à la plante, fonctionnement de la rhizosphère. Les mot-clés

Microorganismes étudiés Principalement les bactéries PGPR (Azospirillum, Pseudomonas), secondairement des pathogènes (phytopathogènes ou pathogènes de l’homme) dans le cadre de leurs interactions avec les PGPR dans la rhizosphère, et les bactéries actinorhiziennes (collaboration inter-équipes) Ecosystème Sol, rhizosphère Echelle d’étude Cellule; population; communauté; écosystème Techniques mises en œuvre Génétique (clonage, inactivation de gènes, gènes rapporteurs) ; Biologie moléculaire (PCR, RT PCR, puces à ADN) ; Phylogénie ; Biochimie (chromatographies liquides et gazeuses : CCM, MPLC, HPLC, CPG; techniques de couplages : GCMS, LCMS; Techniques spectroscopiques : UV, RMN 1D et 2D, SM, FTIR, ATR); Microphysique (fractionnement d’agrégats, colloïdes du sol) ; Microscopie (transmission, scanning de surface, AFM) ; Isotopie (marquage, abondance naturelle). Adaptation Aux hôtes eucaryotes, température, pression osmotique, oxygène, carence alimentaire, stress Cycles biogéochimiques Carbone (catabolisme des exsudats racinaires), azote (fixation libre) Interactions – biotiques Microorganismes-Microorganismes (biofilms, quorum sensing); Microorganismes-Végétaux (symbiose associative, antagonisme vis-à-vis de plantes parasites); Microorganismes-Animaux (antagonisme vis-à-vis de nématodes)

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Interactions environnement abiotique Rôle des argiles dans la régulation des interactions microorganismes/substrats et microorganismes/microorganismes ; intervention de la structuration physique à micro-échelle dans la régulation des activités microbiennes.

Microbiologie évolutive et biodiversité : Phylogénie des gènes bactériens phytobénéfiques, diversité des PGPR, diversité de la communauté bactérienne de la rhizosphère, influence du confinement sur la diversité chez Azospirillum. Pathogènes dans l’environnement Phytopathogènes et pathogènes de l’homme (en tant que cibles de PGPR antagonistes et/ou qu’inoculum en milieu prairial) ; dynamique des populations introduites. Bioréhabilitation Suivi de la diversité et de la structure des populations microbiennes dans la restauration des terres anthropisées par l’implantation de graminées. Bioinformatique Analyse de séquences ADN

Informations facultatives : ◆les applications/outils que vous seriez prêt à proposer en prestation ou collaboration dans le cadre de l’Association : Analyse de la diversité bactérienne par puces à ADN (en collaboration avec l’équipe Simonet de la même UMR)

Equipe : Symbiose actinorhizienne

Responsable : Philippe NORMAND

Les personnels Nicole ALLOISIO [email protected] Joelle MARECHAL [email protected] Maria FERNANDEZ [email protected] Philippe NORMAND [email protected] Cécile VILLENAVE [email protected] Pascale FOURNIER [email protected]

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Pierre PUJIC [email protected] Cedric BERTRAND [email protected] Celine LAVIRE [email protected] Les thématiques générales de recherche

Les mot-clés

Microorganismes étudiés actinomycète Frankia, communautés bactériennes Ecosystème : Sol, racine, glaciers Echelle d’étude : cellule; population; communauté Techniques mises en œuvre : Biologie moléculaire (PFGE, ARN, PCR, clonage, séquençage) ; Chimie : electrophorèse protéines Adaptation : Symbiose Cycles biogéochimiques Azote Interactions – biotiques Microorganismes-Végétaux Microbiologie évolutive et biodiversité

Informations facultatives : ◆les applications/outils proposés en prestation ou collaboration dans le cadre de l’Association Les techniques développées par l’équipe peuvent être appliquées à d'autres situations, à discuter avec le responsable (Normand) ◆l’adresse web de votre site/site institutionnel ou autre lien approprié. http://ecomicro.univ-lyon1.fr/default.htm

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Equipe : Symbiose mycorhizienne

Responsable : Jean-Claude DEBAUD

Les personnels

Jean-Claude DEBAUD, Pr, [email protected] (Pourriez-vous remplir une fiche individuelle, merci) Gilles GAY, Pr, [email protected] (fiche individuelle ?) Roland MARMEISSE, CR CNRS, [email protected] Laurence FRAISSINET-TACHET, MCF, [email protected] Delphine MELAYAH,MCF, [email protected] Colette RAFFIER, Tech., [email protected] Marie-Christine VERNER, Tech., [email protected] Julie BAILLY, Doctorante, [email protected] Chrisse NGARI, Doctorante, [email protected] Patrice ZURCHER, Master 2, [email protected]

Les thématiques générales de recherche Etude de la symbiose plante/champignon. Modèle Hebeloma cylindrosporum/Pin maritime

- Structure et dynamique des populations fongiques - Nutrition azotée. Régulation des gènes - Diversité fonctionnelle in situ - Etude des gènes fongiques indispensables à la symbiose - Métagénome des microorganismes eucaryotes du sol

Les mot-clés

Champignon. Symbiose. Mycorhizes. Pin maritime. Hebeloma cylindrosporum. Pinus pinaster. Populations. Sol. Forêt. Azote. Nitrate. Diversité fonctionnelle. Mutants non-mycorhiziens. Gènes symbiotiques. Métagénome. Microorganismes étudiés Hebeloma cylindrosporum ( champignon basidiomycète, Agaricales) et autres champignons symbiotiques Ecosystème : Sol sous Pin maritime. Habitat forestier dunaire. Forêt côtière des Landes de Gascogne

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Echelle d’étude : Gène, cellule; individu (sauvages et mutants), population; communauté; écosystème Techniques mises en œuvre : Techniques microbiologiques. Biologie moléculaire : Clonage de gènes, séquençage, amplification PCR, caractérisation par sondes spécifiques du polymorphisme inter – et intraspécifique,transformation génétique. Mutagénèse insertionnelle. Enzymologie. Microscopie optique et électronique. Adaptation : Carence alimentaire (azote) Cycles biogéochimiques Azote. Caractérisation génétique de la voie d’assimilation du nitrate du champignon. Régulation lors de la symbiose Interactions – biotiques Microorganismes-Microorganismes : entre champignons symbiotiques et bactéries de la rhizosphère Microorganismes-Végétaux : entre champignons symbiotiques et plante-hôte - métabolisme de l’azote - gènes indispensables à la symbiose Interactions environnement abiotique Interactions champignon/nitrate/ammonium/azote organique du sol

Equipe : Transfert de gènes et adaptation

Responsable : Pascal SIMONET

Les personnels Nom Fonction adresse électronique SIMONET Pascal DR, CNRS [email protected]

lyon1.fr BERTOLLA Franck Maître de Conférences, UCBL [email protected]

lyon1.fr GRUNDMANN Geneviève Maître de Conférences, UCBL [email protected]

lyon1.fr MAVINGUI Patrick Chargé de Recherche, CNRS [email protected]

lyon1.fr

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NAVARRO Isabelle Chargé de Recherche, IRD [email protected]

NESME Xavier Ingenieur de Recherche, INRA [email protected]

VOGEL Timothy M. Professeur, UCBL [email protected] BERNILLON Dominique Ingénieur d'Etude, CNRS [email protected]

lyon1.fr CHAPULLIOT David Technicien, INRA [email protected] LERONDELLE Catherine Ingenieur d' Etude, INRA [email protected]

lyon1.fr BOUBAKRI Hasna Thèse [email protected]

lyon1.fr COSTECHAREYRE Denis Thèse denis.costechareyre@univ-

lyon1.fr GINOLHAC Aurélien Thèse [email protected] HERRERA Aude Thèse [email protected]

lyon1.fr JARRIN Cyrille Thèse [email protected] LOMBARD Nathalie Thèse nathalie.lombard@univ-

lyon1.fr PONTIROLI Alessandra Thèse alessandra.pontiroli@univ-

lyon1.fr REMENANT Benoît Thèse benoit.remenant@univ-

lyon1.fr ZÜFLE Jann Thèse [email protected] RANCES Edwige Thèse [email protected] FALL Saliou contractuel [email protected] MONIER Jean-Michel contractuel [email protected] Van Tran VAN contractuel DEMANECHE sandrine contractuel sandrine.demaneche@univ-

lyon1.fr Les thématiques générales de recherche

Au sein du groupe « Transfert de gènes », les mécanismes bactériens moteurs de la biodiversité, de l’adaptation et de l’évolution bactérienne sont au centre de nos préoccupations. La comparaison des séquences nucléotidiques des génomes bactériens, l’identification des espèces et le typage des souches au niveau génomique sont en train de modifier radicalement notre façon d’apprécier l’évolution chez les procaryotes. En effet, une place de plus en plus importante est accordée aux changements erratiques du génome liés à l’acquisition de gènes exogènes (THG pour Transferts Horizontaux de Gènes).

En complément à ces travaux “ in silico ”, d’autres plus expérimentaux sont

nécessaires pour comprendre comment les bactéries échangent ou même acquièrent du matériel génétique dans leur environnement naturel et quelles en sont les conséquences pour la cellule, la population ou la communauté bactérienne.

A quelles fréquences et par quels mécanismes moléculaires les THG sont-ils

en mesure de se réaliser? Comment sont-ils régulés dans l’environnement, par des mécanismes endogènes à la cellule bactérienne, par les facteurs abiotiques du

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milieu, par une combinaison des 2 ? Ces échanges constituent-t-ils un atout évolutif ou une menace pour l’intégrité du génome et par quelles parades moléculaires la bactérie peut-elle en fait ajuster sa réponse ?

Une autre série de questions fondamentales a trait à l’évaluation des

conséquences des THG sur le potentiel évolutif et adaptatif des bactéries. Ces mécanismes sont-ils directement impliqués pour permettre aux procaryotes de réagir rapidement à des changements de leur environnement ? Leur permettent-ils de créer par exemple de nouvelles voies cataboliques permettant la dégradation des composés xénobiotiques issus des activités industrielles? Quelle est leur réelle implication chez les bactéries pathogènes des hommes, des animaux et des plantes tant dans l’évolution de la virulence que dans la dissémination des gènes de résistance aux agents thérapeutiques? Sont-ils également en mesure de permettre une dissémination des transgènes des plantes transgéniques vers les bactéries ?

Face à ces questions notre équipe :

1. /s’est fixée 2 objectifs principaux : - Déterminer les fréquences de réalisation des THG in situ en fonction

de paramètres biotiques et abiotiques et identifier les mécanismes régulateurs.

- Evaluer l’implication des THG dans les processus adaptatifs et évolutifs des microorganismes et leur impact sur la structure et la dynamique des populations bactériennes.

2. /a plus particulièrement ciblé deux mécanismes, la transformation génétique bactérienne et la conjugaison du fait de leur rôle potentiel dans des échanges entre organismes phylogénétiquement très éloignés.

3. /a défini quelques espèces bactériennes, Ralstonia solanacearum, Acinetobacter sp., Agrobacterium tumefaciens comme modèles d’étude pour réaliser les objectifs proposés et répondre aux questions posées ci-dessus.

Les mot-clés

Microorganismes étudiés Ralstonia solanacearum, Acinetobacter sp., Agrobacterium tumefaciens Ecosystème Sol; Echelle d’étude Cellule; population; communauté; écosystème; Techniques mises en œuvre Biologie moléculaire :Extraction ADN d’environnement complexe, Banque métagénomique, mutation insertionnelle Adaptation polluant(s) (le(s)quel(s)). Nickel, lindane

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Interactions – biotiques Microorganismes-Microorganismes Microorganismes-Végétaux ; Interactions environnement abiotique Sol anthropisé (ex nickel) Pathogènes dans l’environnement ; Agrobacterium tumefaciens , ralstonia solanacearum

Bioinformatique Analyse MLST

◆◆◆◆l’adresse web http://ecomicro.univ-lyon1.fr/

ECOLOGIE MICROBIENNE des AGROSYSTEMES TROPICAUX

UR Seqbio 083

Directeur : Jean-Luc CHOTTE

Organismes de rattachement IRD

Adresse Centre IRD-ISRA de Bel Air BP 1386 Dakar Sénégal

Equipe : SeqBio Dakar

Responsable : Alain BRAUMAN

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Les personnels

Chotte Jean-Luc ( DR2) [email protected] Brauman Alain (DR2 [email protected] Komi Assigbetse, IR2 : [email protected]

Baudoin Ezequiel (CR2), [email protected]

Villenave Cécille ( CR1), [email protected] Saidou Sall Saïdou, Docteur -Ingénieur: [email protected] Ndour Yacine : Post Doc ISRA : [email protected] Amadou Lamine Dieng, Assistant Ingénieur : [email protected] Mariama Gueye, Assistant Ingénieur : [email protected] Farma Ndiaye, Doctorante : [email protected] Mariama Diallo, Doctorante : [email protected] Diedhiou, Sire, Doctorante : [email protected]

Les thématiques générales de recherche

- Communauté microbienne et flux de Carbone dans les agrosystèmes tropicaux (stockage du C, émission de GES)

Thématique Spécifique - Interaction faune du sol microorganismes du tube digestifs et telluriques - Interactions MO (type-qualité) et communautés fonctionnelles du sol liées aux

GES - Impact des modes culturaux sur la relation activité-diversité des communautés

microbiennes liées au cycle de l’azote (nitrifiant-dénitrifiant) - Hétérogénéité spatiale du sol et activité microbienne - Impact des pollutions anthropiques (eaux usées) dans les zones de culture

maraîchères périurbaines sur l’activité et la diversité des communautés fonctionnelles liées au GES

Les mot-clés

Microorganismes étudiés Communauté bactérienne totale, actinomycètes, Pseudomonas Ecosystème Sol et tube digestif Echelle d’étude Communauté et écosystème Techniques mises en œuvre Biologie moléculaire (DGGE, clonage séquençage) ; isotopie 15N, mesures d’activités bactériennes (enzymologie), essai au champ et en pot Adaptation polluant(s) : nitrate des eaux usées

Localisation actuelle : Laboratoire d’Ecologie microbienne, UMR 5557

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Cycles biogéochimiques Carbone et azote Préciser la fonction étudiée . Cycle de l’azote : dénitrification et nitrification Interactions – biotiques Microorganismes-Végétaux et Microorganismes-Animaux Pathogènes dans l’environnement En association avec l’IFAN (Institut Fondamentale d’Afrique Noire) sur les zones maraîchères péri-urbaines Modélisation En association avec D. Masse (IR2) et C. Cambier (Paris VI) sur la modélisation de la répartition spatiale des bactéries dans le sol (modèle multi-agents) Bioinformatique : Utilisation de ARB (Université de Munich)

Informations facultatives : ◆les applications/outils que vous seriez prêt à proposer en prestation ou collaboration dans le cadre de l’Association et la personne ressource si elle est différente du responsable ci-dessus DGGE communauté totale du sol : Lamine Ndieng Mesure 15N : Fatou Gueye Mesure C et Norg et min : Patricia Moulin Profil enzymatique : Saidou Sall

◆ ◆◆◆◆l’adresse web : http://www.mpl.ird.fr/SeqBio/

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ECOLOGIE MICROBIENNE des INSECTES et

INTERACTIONS HÔTE-PATHOGENE

EMIP – UMR 1133

Directeur : Noël BOEMARE

Organisme de rattachement INRA – Université de Montpellier II

Adresse Ecologie Microbienne des Insectes et Interactions H ôte-Pathogène Université de Montpellier II Place Eugène Bataillon 34095 Montpellier Cedex 5

Equipe : Ressouces biologiques et génétique de Xenorhabdus et Photorhabdus

Responsable : Patrick TAILLIEZ

Equipe : Génomique fonctionnelle et facteurs de vir ulence

Responsable : Alain GIVAUDAN

En raison de nos modèles d’étude, ces deux équipes de l’EMIP sont présentées ensemble vu leur obligatoire complémentarité du point de vue de l’écologie microbienne telle que nous la

comprenons Les personnels BOEMARE Noël (DR1)* [email protected] BOYER Marie-Hélène (MC) [email protected] GAUDRIAULT Sophie (CR2) [email protected] GINIBRE Nadège (AJT) [email protected] GIVAUDAN Alain (CR1)* [email protected] LANOIS Anne (AI) [email protected] PAGES Sylvie (TR) [email protected] THALER Jacques-Olivier (MC) [email protected] ZUMBIHL Robert (MC) [email protected] TAILLIEZ Patrick (IR)* [email protected]

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Les thématiques générales de recherche La première équipe identifie et caractérise les nouvelles espèces et sous-espèces de Xenorhabdus et de Photorhabdus, bactéries entomopathogènes et symbiotiques des nématodes parasites d’insecte, Steinernema et Heterorhabditis respectivement, par la biochimie et la physiologie bactériennes et les techniques moléculaires. Il s’agit d’établir une phylogénie à partir des marqueurs neutres classiques et de la comparer à la distribution de gènes d'intérêt agronomique en vue de définir et d'exploiter des entomopathovars (cf. infra 2ème équipe). On veut approfondir la biosystématique résultante en vue de préciser des groupes fonctionnels et de les relier à la taxinomie des nématodes-hôtes. On cherche également à caractériser l'association symbiotique avec les nématodes hôtes dans le but de l'améliorer pour la lutte biologique avec les nématodes vecteurs. Enfin on cherche également à définir la biodiversité des molécules bio-actives (antibiotiques et toxines insecticides) produites par les deux genres selon la répartition des espèces et sous-espèces définie préalablement. De nouvelles espèces ont été décrites révélant un large spectre de pathogénicité vis-à-vis de nombreux ordres d'insectes ; d'autres sont en cours de définition. Les travaux récents ont identifié une correspondance fréquente entre la taxinomie de ces agents et celle de leurs hôtes nématodes. Par contre aucune spécificité n'a été reconnue vis-à-vis des insectes proies, chaque complexe némato-bactérien pouvant être pathogène pour plusieurs espèces voire plusieurs ordres d'insectes. Les gènes identifiés lors des travaux sur les facteurs de virulence et en génomique fonctionnelle (cf. infra 2ème équipe) sont recherchés dans l'ensemble des deux genres pour être confrontés à la phylogénie préalablement caractérisée. Ces travaux devraient établir des filiations et/ou l'occurrence de transferts horizontaux au cours de l'évolution. La deuxième équipe a pour objectifs de mettre évidence des gènes de virulence en construisant des mutants dont la pathogénicité est testée chez l’animal par injection et par ingestion. L’approche génétique classique est complétée par les données provenant de l’analyse in silico du génome total en vue de mieux comprendre les réseaux de régulation et les effecteurs impliqués dans la virulence. Les études en cours concernent des gènes de régulation globale (systèmes à deux composants, facteurs sigma), des protéines homologues à celles codées par le plasmide de virulence de Yersinia (système de sécrétion de type III), des entomotoxines et des cytotoxines-hémolysines. Par ailleurs des entomotoxines insecticides actives per os ont été mises en évidence. On cherche donc à caractériser les déterminants génétiques impliqués dans le pouvoir pathogène (virulence et action toxémique), la régulation de leur expression et l’effet de leurs produits sur la physiologie et sur l’immunité de l’insecte. Le séquençage du génome total de Photorhabdus luminescens a par ailleurs ouvert la voie vers une analyse globale du génome bactérien et de son expression génique (transcriptome et protéome). En vue d'identifier des facteurs bactériens permettant la colonisation de l'hôte (facteurs de virulence au sens large) et de les comparer avec ceux d'autres bactéries pathogènes, les informations issues du séquençage du génome de Photorhabdus sont analysées grâce à des stratégies de génomique fonctionnelle et de génomique comparative. Ainsi nous mettons au point des outils d'analyse post-génomique afin :

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- d'identifier des facteurs de colonisation de l'hôte (insecte) par des

stratégies de génomique fonctionnelle permettant le suivi de l'expression génique

bactérienne en condition d'infection et d'identifier des facteurs de virulence,

- d'établir une phylogénie de ces facteurs chez le genre Photorhabdus et, plus généralement, chez les bactéries pathogènes par des stratégies de génomique comparative au sein des populations de Photorhabdus (puces à ADN) et parmi les bactéries pathogènes (comparaison in silico des génomes) afin d'établir une phylogénie des facteurs de virulence.

Les mot-clés taxinomie, phylogénie, génomique, biochimie, physiologie, toxines, sécrétion de type III, mutants, hémolysines, transcriptome, protéome.

Microorganismes étudiés Entérobactéries entomopathogènes ; Xenorhabdus ; Photorhabdus. Ecosystème : Milieu intérieur des insectes, Tube digestif des nématodes entomopathogènes. Echelle d’étude : cellule et espèce. Techniques mises en œuvre : Biologie moléculaire, génétique moléculaire, séquençage, gène de l’ARNr 16S, analyse de données multivariées, puces ADN, PCR quantitative. Interactions – biotiques Microorganismes – Animaux. Biodiversité : Biosystématique, co-évolution, collection de germes types. Pathogènes : d’insectes. Bioinformatique : Génomique comparative.

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ECOLOGIE MOLECULAIRE

EA 2535

Directeur : Pierre CAUMETTE

Organisme de rattachement Université de Pau et des Pays de l’Adour

Adresse Université de Pau BP 1155, Av de l’Université 64013 PAU Cedex

Equipe : Equipe de Microbiologie de l’Environnement

Nom du responsable : Pierre CAUMETTE Les personnels Pierre Caumette ([email protected]) Cristiana Cravo-Laureau (MCU) ([email protected]) Robert Duran (Pr) ([email protected]) MariSol Goni (MCU)([email protected]) Philippe Goulas (Pr), ([email protected]) Regis Grimaud (MCU) ([email protected]) Remy Guyoneaud (MCU) ([email protected]) Michel Magot (Pr) ([email protected]) Jean-Claude Salvado (MCU) ([email protected]) Les thématiques générales de recherche

1. Biodiversité bactérienne dans des environnements contaminés par des

polluants organiques (hydrocarbures, pesticides) ou organo-métalliques 2. impacts des polluants sur les communautés bactériennes de divers

environnements (milieu côtier, lagunes, sols, sédiments de rivières ou d’estuaires

3. rôle des bactéries dans la biodégradation ou la biotransformation de ces polluants

4. rôle particulier des biofilms et des tapis microbiens dans la biorémédiation des sites contaminés par ces polluants

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Les mot-clés

Microorganismes étudiés : Bactéries marines et halophiles, bactéries hydrocarbonoclastes aérobies, bactéries sulfatoréductrices, bactéries photosynthétiques, bactéries fermentatives Ecosystème Sol; sédiment (marin, eau douce);colonne d’eau (eau douce, marine), milieux hypersalés, tapis microbiens Echelle d’étude Cellule; population; communauté; écosystème; Techniques mises en œuvre Biologie moléculaire (phylogénie, 16S rDNA, T-RFLP, ARDRA,gènes fonctionnels, oxygénases, puf (gènes des photosystèmes des bactéries phototrophes), sulfite-réductase) ; isotopie (isotopes stables des métaux étudiés), protéomique, enzymologie (enzymes de biodégradation ou de biotransformation des polluants étudiés), physiologie des anaérobies…. Adaptation Température, salinité, polluants (hydrocarbures, pétroles, métaux lourds, mercure, arsenic, tributylétain).. Cycles biogéochimiques soufre, : sulfato-réduction, sulfooxydation photosynthétique… Interactions – biotiques Microorganismes-Microorganismes : tapis microbiens, biofilms) Interactions environnement abiotique dépollu tion métaux lourds et pétroles en zones côtières

Microbiologie évolutive et biodiversité phylogénie et biodiversité moléculaire (T-RFLP) Bioréhabilitation pétroles en zone côtières, métaux lourds sur des sites industriels et dans les estuaires

Informations complémentaires ◆les applications/outils proposés en prestation ou collaboration dans le cadre de l’Association : Cultures bactériennes anaérobies, maintenance des anaérobies (Rémy Guyoneaud) ;

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Biodiversité moléculaire (Robert Duran) Protéomique (Régis Grimaud)

ECOSYSTEMES LAGUNAIRES (ECOLAG)

UMR 5119

Directeur : Marc Trousselier Organisme de rattachement CNRS/Université Montpellier II

Adresse UMR 5119 CNRS/Université Montpellier II Université Montpellier II 34095 Montpellier Cedex 05

Equipe : Efflorescences toxiques, diversité algale Nom du Responsable : Yves Collos

Equipe : Pathogènes et environnement

Nom du Responsable : Patrick Monfort

Equipe : Réseau microbien sous forçages environnementaux Nom du Responsable : Behzad Mostajir

Les personnels

Corinne Bouvier, [email protected] Thierry Bouvier, [email protected] Audrey Caro, [email protected] Emilie Le Floc’h, [email protected] Eric Fouilland, [email protected] Patrice Got, [email protected] Christophe Leboulanger, [email protected] Patrick Monfort, [email protected] Behzad Mostajir, [email protected] Rutger de Wit, [email protected] Marc Troussellier, [email protected] Francesca Vidussi, [email protected]

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Les thématiques générales de recherche Dynamique et facteurs de contrôle des populations et des communautés microbiennes pélagiques et benthiques Les mot-clés

Microorganismes étudiés (inclure les virus : approche fonctionnelle) Virus, bactéries hétérotrophes allochtones et autochtones, bactéries photosynthétiques, pico-, nano- et microphytoplancton, cyanobactéries, flagellés, ciliés, Ecosystème : Colonne d’eau (eau douce, saumâtre et marine); sédiment/biofilms (milieux marins côtiers) Echelle d’étude : Cellule; population; communauté; écosystème; Techniques mises en œuvre : Comptages et identifications microscopiques, cytométrie en flux et en image, FISH, DGGE, HPLC, microélectrodes, cultures, bioréacteurs, nanocosmes, microcosmes et mésocosmes, modélisation statistique et déterministe ; Adaptation : Température, salinité, oxygène,limitation nutritive, rayonnement solaire, PAR et UV-B, pesticides ; Cycles biogéochimiques Carbone : production primaire (autotrophie) et bactérienne, respiration, flux Azote : fixation de l’azote Soufre : oxydation de sulfure, réduction du sulfate et du soufre Calcium : précipitation de carbonate du Calcium Interactions – biotiques Microorganismes-Microorganismes (réseaux trophiques microbiens, tapis microbiens, biofilms, ); Microorganismes-Végétaux (phanérogames) ; Microorganismes-Animaux (organismes filtreurs) Interactions environnement abiotique Nutriments inorganiques et organiques, température, salinité, rayonnement

solaire, UV-B, hydrodynamique.

Biodiversité Communautés bactériennes Pathogènes dans l’environnement Salmonella, cyanobactéries, Vibrio, Aeromonas Modélisation

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Modèles statistiques et déterministes des interactions entre microorganismes et leur environnement. Microorganismes et origine de la vie Contribuer à la connaissance de l’actuel (tapis microbien + microbialites) pour comprendre le passé.

Informations facultatives : ◆les applications/outils proposés en collaboration dans le cadre de l’Association : Plate-forme expérimentale d’Ecologie Aquatique

ECOTOXICITE SANTE ENVIRONNEMENTALE

UMR 7146

Directrice: Paule VASSEUR

Organisme de rattachement CNRS-Université de Metz

Adresse Campus Bridoux rue du Général Delestraint 57070 Metz

Equipe : Microbiologie

Responsable : Pascale BOUDA Les personnels Bauda Pascale, [email protected] Billard Patrick, [email protected] Poupin Pascal, [email protected]

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Les thématiques générales de recherche

Les mot-clés

Microorganismes étudiés : bactéries (eaux continentales, sols, sédiments), mycobactéries Ecosystème : Sol; sédiment (eau douce);colonne d’eau (eau douce) Echelle d’étude : cellule; population; communauté; écosystème; Techniques mises en œuvre : Biologie moléculaire : techniques classiques, TGGE , métagénome Adaptation : polluant(s) : métaux, métalloïdes, HAPs Cycles biogéochimiques Arsenic Interactions – biotiques Microorganismes-Microorganismes (ex : tapis microbiens, biofilms) Interactions environnement abiotique Biodisponibilité des métaux/métalloïdes

Informations complémentaires: ◆◆◆◆Adresse web : www.univ-metz.fr/recherche/equipederecherche/agrono mie/ese/

EVOLUTION ET DIVERSITE BIOLOGIQUE

UMR5174

Directrice : Brigitte CROUAU-ROY Organisme de rattachement

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CNRS – Université Paul Sabatier

Adresse Université Paul Sabatier, Bât 4R3, porte b2 118, route de Narbonne 31062 Toulouse Cedex 4

Equipe : Symbiose Mycorhizienne et Evolution des ch ampignons

Responsable : Monique GARDES Les personnels : Gardes Monique (Pr), [email protected] Gryta Hervé ( MC), [email protected] Jargeat Patricia ( MC), [email protected]

Doctorants Carriconde Fabian, [email protected] Les thématiques générales de recherche Ecologie des interactions durables, diversité des champignons, rôle de la symbiose mycorhizienne Les mot-clés

Microorganismes étudiés : Champignons Ecosystème : Sol Echelle d’étude : communauté; population Techniques mises en œuvre : Typage moléculaire : PCR, ribotypage (ex : ITS-RFLP), RAPD, ISSR, puces à ADN, Séquençage Interactions – biotiques Symbioses mycorhiziennes

Informations complémentaires

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◆les applications/outils proposés en prestation ou collaboration dans le cadre de l’Association Expertise en techniques de typage moléculaire (voir ci-dessus) ◆l’adresse web : hptt://www.edb.ups-tlse.fr

GENETIQUE MOLECULAIRE, GENOMIQUE ET MICROBIOLOGIE

UMR 7156 ULP – CNRS

Responsable : Serge Potier Adresse 28 rue Goethe, 67000 Strasbourg

Equipe : Ecophysiologie Moléculaire des Microorganismes

Responsable : Pr. Philippe Bertin Les personnels Arsene Florence [email protected] Bertin Philippe [email protected] Koechler Sandrine [email protected] Lett Marie-Claire [email protected] Lièvremont Didier [email protected] Weiss Stéphanie [email protected] Les thématiques générales de recherche L’équipe s’intéresse à la diversité des mécanismes moléculaires impliqués dans la réponse des microorganismes aux contraintes environnementales, en particulier en présence de composés inorganiques toxiques. L’étude de ces processus repose sur l’utilisation des méthodes les plus récentes de la génomique et inclut le séquençage complet d’isolats naturels et l’examen global des perturbations physiologiques par analyse différentielle du protéome et du transcriptome Les mot-clés Microorganismes étudiés : Isolats naturels, en particulier bactéries métabolisant l’arsenic comme Herminiimonas arsenicoxydans, Thiomonas sp. ou Pseudomonas sp. Ecosystème : Sol et eau douce en milieux naturels et contaminés.

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Echelle d’étude : cellules et communautés microbiennes. Techniques mises en œuvre : Microbiologie, analyses de communautés, RT-PCR, séquençage, génomique fonctionnelle (protéome et transcriptome), métagénome/métaprotéome. Adaptation : Température, salinité, oxygène, polluants inorganiques (en particulier l’As). Cycles biogéochimiques : Métaux. Interactions biotiques : Microorganismes-microorganismes (essentiellement au niveau des biofilms) et microorganismes-végétaux au sein de la rhizosphère. Interactions environnement abiotique : Approche intégrée de l’effet des paramètres physico-chimiques sur la physiologie microbienne.

Microbiologie évolutive et biodiversité : Analyse comparative des processus biologiques à partir de collections de souches. Bioréhabilitation : Environnements contaminés par l’arsenic, site de Carnoulès (Gard).

Bioinformatique : Annotation de génomes, analyse statistiques de données protéomiques et transcriptomiques. Informations facultatives : Les applications/outils que vous seriez prêt à proposer en prestation ou collaboration dans le cadre de l’Association : analyse protéomique

GDR2909 – Métabolisme de l’Arsenic chez les Procaryotes http://gdr2909.u-strasbg.fr/

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GENIE et MICROBIOLOGIE des PROCEDES ALIMENTAIRES

Responsable : G. Corrieu

Organisme de rattachement INA – PG

Adresse LGMPA 78850 Thivernal-Grinon

SPINNER Henry-Eric

GENOMIQUE et PROTEOMIQUE des INTERACTIONS PLANTE-MICROBE-ENVIRONNEMENT

UMR INRA 1088/CNRS 5184/Université de Bourgogne

Directeur : Silvio GIANINAZZI

Organisme de rattachement UMR INRA 1088/CNRS 5184/Université de Bourgogne

Adresse INRA-CMSE BP 86510 21065 Dijon Cedex

Les personnels

Vivienne Gianinazzi-Pearson (CNRS, Dr , DR) [email protected] D. van Tuinen (INRA, Dr , CR ) ([email protected])

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Les thématiques générales de recherche en Ecologie microbienne au sein du laboratoire

Génomique fonctionnelle et programme cellulaire des mycorhizes à arbuscules ; Structure et fonction du génome des champignons mycorhizogènzes à arbuscules ;

Exploitation biotechnologique des mycorhizes en production végétale Les mot-clés

Microorganismes étudiés : Gloméromycètes Ecosystème : Sol, plante…. Echelle d’étude : Cellule; individu ; communauté Techniques mises en œuvre : Biologie et lecture moléculaire (transcriptomique, génomique, PCR) ; Biologie cellulaire (microscopie eléctronique, confocale) ; Culture biotrophique Adaptation : Sols pauvres, polluant(s) (métaux), génotypes végétaux Cycles biogéochimiques : Phosphore : exploitation de ressources limitées Interactions – biotiques Microorganismes-Végétaux (symbiose racinaire) ; Microorganismes-Activités anthropiques (structure et fonctionnement des communautés fongiques) Interactions environnement abiotique : Sols pollués, déchets agricoles, sols agricoles, substrats Bioinformatique : tout à voir avec l’exploitation des données

Informations facultatives ◆les applications/outils que vous seriez prêt à proposer en prestation ou collaboration dans le cadre de l’Association - microscopie éléctronique, immunocytochimie, détection moléculaire (racines, sol)

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◆le logo de votre institution ◆l’adresse web de votre site/site institutionnel ou autre lien approprié. http://www.dijon.inra.fr/units/pme.htm

GENOSCOPE GENOMIQUE METABOLIQUE

UMR 8030 CNRS

Directeur : Jean WEISSENBACH Organisme de rattachement CNRS et Université d’Evry Val d’Essonne

Adresse CNRS UMR 8030 - Genoscope 2, rue Gaston Crémieux 91057 Evry Cedex

Equipe : Microbiologie

Responsable : Denis LE PASLIER

Les personnels

Ganesan Akila, Post-Doc, [email protected] Guermazi Sonda, Doctorante, [email protected] Le Paslier Denis, DR, [email protected] Pelletier Eric, Chercheur, [email protected] Rivière Delphine, Doctorante, [email protected] Sghir Abdelghani, PR, [email protected] Weissenbach Jean, DR, [email protected]

Les thématiques générales de recherche Diversité microbienne, culture microbienne aérobie et anaérobie, génomique environnementale

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Les mot-clés

Microorganismes étudiés Bacteria, Archaea Ecosystème Station d’épuration des eaux domestiques à boues activées, Evry Digesteurs anaérobies Echelle d’étude cellule; population; communauté; écosystème; Techniques mises en œuvre Biologie moléculaire : séquençage ADNr 16S, banques métagénomiques Bioinformatique Analyse de séquences, assemblage, phylogénie, annotation de gènes et génomes…

Informations complémentaires ◆le logo de l’ institution

◆l’adresse web : http://www.genoscope.cns.fr

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INSTITUT AGRONOMIQUE et VETERINAIRE HASSAN II

Organisme de rattachement Institut Agronomique et Vétérinaire Hassan II

Adresse Institut Agronomique et Vétérinaire Hassan II BP 6202 Rabats Instituts Maroc

Equipe : Biotransformation et Valorisation de la Bi omasse

Responsable : My Mustapha ISMAILI ALAOUI

INSTITUT DES SCIENCES DE LA MER

Université du Québec

Directeur : Serge DEMERS Organisme de rattachement Université du Québec à Rimouski, Institut des scien ces de la mer de Rimouski

Adresse 310 allée des Ursulines CP 3300, Rimouski Québec Canada, G5L 3A1

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Equipe : Écologie microbienne des écosystèmes en ha utes latitudes

Responsable : Karine LEMARCHAND (Pr)

[email protected] Les thématiques générales de recherche Effets de l'eutrophisation sur la structure et la dynamique des communautés bactériennes endogènes des écosystèmes en hautes latitudes. Les mot-clés

Microorganismes étudiés Bactéries marines Ecosystème Estuaire maritime du Fleuve Saint-Laurent, zones littorales (marais salés) et subtidales, écosystèmes en hautes latitudes, zones maricoles Echelle d’étude Communautés bactériennes Techniques mises en œuvre Culture, FISH, PCR-DGGE, biopuces à ADN Interactions environnement abiotique Effets de la pollution anthropique sur la structure des communautés microbiennes endogènes Microbiologie évolutive et biodiversité Diversité des bactéries marines dans les écosystèmes sub-arctiques Pathogènes dans l’environnement Suivi des microorganismes pathogènes dans les élevages maricoles.

http// www.ismer.ca

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INSTITUT MEDITERRANEEN D’ECOLOGIE ET PALEOECOLOGIE

(IMEP)

UMR 6116 CNRS

Organisme de rattachement CNRS - Université Paul Cézanne (Aix-Marseille III) Département III : Processus fonctionnels et adaptat ifs

Adresse Université Paul Cézanne (Aix-Marseille III) Faculté des Sciences et Techniques de St-Jérôme IMEP UMR CNRS 6116, Laboratoire d’Ecologie microbie nne - Service 452 Avenue Escadrille Normandie-Niemen 13397 Marseille Cedex 20

Equipe : Ecologie microbienne

Responsable : Gabrielle VOGT Les personnels ALARCON-GUTIERREZ Enrique (Doctorant U3)- [email protected]

3mrs.fr ALBRECHT Remy (Doctorant -U3) – [email protected] CALVERT Virgile (Technicien U3) – [email protected] CIGNA Mireille (AI CNRS) – [email protected] COQUET Corinne (Doctorant -U3) – [email protected] CRIQUET Stéven (MC - U3)- [email protected] FARNET Anne-Marie (MC- Université de Provence) – [email protected] FERRE Elisée (MC- U3) – [email protected] GROS Raphaël (MC - U3) – [email protected] LE PETIT Jean (Pr Emérite - U3) – [email protected] NEBLE Sylvie (Doctorant U3) – [email protected] PERISSOL Claude (MC- U3) – [email protected] RUAUDEL Florence (Technicienne U3) – [email protected] VELASQUEZ-CERENO Marnyye (doctorant U3) – [email protected] VOGT Gabrielle (Pr - U3) – [email protected]

Directeur : Thierry TATONI

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TAGGER Simone (IE CNRS) – [email protected] Les thématiques générales de recherche

Dégradation de litières méditerranéennes par les bactéries et les champignons de la pourriture blanche, mécanismes de régulation enzymatique in situ, dynamiques microbiennes, respirométrie, réponse des communautés microbiennes aux perturbations d’origine naturelle ou anthropique, effets de xénobiotiques sur les processus fonctionnels des litières forestières, transformation de la matière organique dans les écosystèmes forestiers et les composts. Les mot-clés

Microorganismes étudiés : Bactéries et champignons (litière, sol et compost) Ecosystème : Sol-litières des forêts méditerranéennes Echelle d’étude : Cellule; population; communauté Techniques mises en œuvre : Enzymologie (phénoloxydases, cellulases, protéases, déshydrogénases, phosphatases), dénombrements microbiens, Biolog, biologie moléculaire (PCR-DGGE), microscopie épifluorescence, chromatographie Adaptation : Polluants : organochlorés, hydrocarbures Cycles biogéochimiques Carbone (biodégradation de cellulose, lignine, tannins), phosphore Interactions – biotiques Microorganismes-Microorganismes Interactions environnement abiotique Influence de facteurs abiotiques (pH, température, humidité,…) sur les communautés microbiennes et les activités enzymatiques du sol

Informations complémentaires Adresse web : http:// www.imep-cnrs.com

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INSTITUT MEDITERRANEEN de RECHERCHE en NUTRITION

UMR A1111

Organisme de rattachement CNRS – Université Paul Cézanne, Aix-Marseille III

Adresse Faculté des Sciences et Techniques de Saint-Jérôme Avenue Escadrille Normandie Niemen 13397 Marseille Cedex 20

Equipe : Ecologie Microbienne

Nom du responsable : Michel FONS

Les personnels Michel Fons : [email protected] Gwenola Simon : [email protected] Harivony Rakotoarivonina: [email protected] Emmanuelle Crost: [email protected]

Les thématiques générales de recherche Interactions bactéries/bactéries et bactéries/hôte dans l’écosystème digestif Les mot-clés

Bactéries commensales, systèmes à deux composants, bactériocines, enzymes mucinolytiques Microorganismes étudiés : Ruminococcus gnavus Ecosystème : Digestif Echelle d’étude : Cellule; population; communauté; écosystème;

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Techniques mises en œuvre : Biologie moléculaire (clonage, expression hétérologue, quantification de transcrits, régulation, identification 16S, …) Microbiologie anaérobie Biochimie (purification, relations structure/fonction) Enzymes digestives, substrats endogènes (mucus), alimentaires, stress oxydatif, systèmes à deux Adaptation : composants, activités antibactériennes Interactions – biotiques Microorganismes commensaux/homme/aliment Microorganismes commensaux/pathogènes Pathogènes dans l’environnement Clostridium pathogènes uniquement comme cibles d’effets protecteurs exercés par les commensales

INSTITUT NATIONAL des SCIENCES APPLIQUEES et de TECHNOLOGIE

Organisme de rattachement Institut National des Sciences Appliquées et de Tec hnologie

Adresse Université du 7 novembre à Carthage Institut National des Sciences Appliquées et de Tec hnologie BP 676 1080 Tunis Tunisie

Equipe : Procédés Microbiologiques et Alimentaires

Responsable : Moktar HAMDI

Les personnels 1 Pr, 1 MC, 5 MA, 4 A, 16 doctorants, 4 Mastères : Moktar HAMDI (Pr), [email protected]

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Problématique générale de recherche :

Ecosysèmes, Ressources microbiennes et Bioprocédés Les mot-clés

Microorganismes étudiés : microflore des aliments, microflore des écosystèmes et des bioréacteurs, microorganismes industriels ; Ecosystème : Sol (bactéries du pétrole); sédiment (BSR,); Tractus intestinal (probiotiques lactiques) ; Echelle d’étude : Cellule; population; boues Techniques mises en œuvre : Biologie moléculaire (sous traitance) ; Adaptation (applications): Température (méthanisation), salinité (biodéradation et fermentation des olives), carence alimentaire (réduction des boues), polluants (margines, hydrocarbures, textiles…) Cycles biogéochimiques Carbone (dépolution-minéralisation), azote (nitrification et dénitrification), soufre (phosphogypse, sources thermales, …) ; Interactions – biotiques Biofilms en hygiène alimentaire et en dépollution; Adhésion des probiotiques lactiques dans le tractus intestinal ; Bioréhabilitation. Biodégradation desmargines et des hydrocarbures dans le sol ; Modélisation : boues activées et biométhanisation

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INTERACTIONS ARBRES – MICROORGANISMES

UMR INRA-UHP 1136 Organisme de rattachement INRA

Adresse UMR INRA-UHP 1136 Centre INRA Nancy 54280 Champenoux

FREY-KLETT Pascale, [email protected]

INTERACTION MICROORGANISMES MINERAUX MATIERE ORGANIQUE des SOLS

(LIMOS)

UMR 7137

Directrice : Corine LEYVAL [email protected]

Organisme de rattachement CNRS – Université Henri Poincaré Nancy I

Adresse LIMOS Faculté des Sciences BP 239 54506 Vandoeuvre-les-Nancy Cedex

Les personnels (e-mail :pré[email protected])

Thierry Beguiristain Microbiologiste, biologiste moléculaire ; diversité microbienne dans la rhizosphère en relation avec le devenir des polluants.

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Jacques Berthelin Géomicrobiologiste Stéphanie Lawniczak Chimiste ; réduction bactérienne du fer Corinne Leyval Colette Munier-Lamy Géologue ; interactions organo-minérales et dégradation des matières organiques Christian Mustin Géomicrobiologiste Anne Poszwa Géologue ; altération biologique (microbienne et rhizosphérique) des minéraux Françoise Fons Pharmacienne ; études des métabolites secondaires des végétaux et leurs interactions avec le devenir des polluants dans la rhizosphère

Les thématiques générales de recherche Rôle des microorganismes dans la mobilité et la biodisponibilité d’éléments minéraux majeurs et en traces, et dans la disponibilité et la biodégradation des composés organiques d’origine naturelle et anthropique, dans les sols et les systèmes sol-plantes : mécanismes impliqués et diversité microbienne fonctionnelle

Microorganismes étudiés : bactéries, champignons, champignons mycorhiziens du sol et de la rhizosphère des plantes Ecosystème Sol; sédiment (eau douce) Echelle d’étude population; communauté; écosystème Techniques mises en œuvre Biologie moléculaire (PCR-TGGE, PCR en temps réel) ; Utilisation d’élements marqués (14C, 109Cd…) Microscopie confocale Dispositifs de culture à compartiments Adaptation

Les mot -clés

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Conditions d’oxydo-réduction, présence de polluant(s) (élements en traces métalliques comme Cd, Zn, Pb, Cs, Se,… et HAP) Cycles biogéochimiques soufre, fer, manganèse, couplage carbone/fer et conséquences sur la disponibilité des éléments en traces associés dynamique des éléments en traces et des polluants dans les sols anthropisés Interactions – biotiques Microorganismes-Végétaux-sol-solution Microorganismes-Minéraux-solution Bioréhabilitation HAP et éléments en traces métalliques –site d’Homécourt (atténuation naturelle avec des plantes)

UNITE de MICROBIOLOGIE – INRA Theix

Directrice : Evelyne FORANO Organisme de rattachement INRA

Adresse Unité de Microbiologie Centre de Recherche de Clermont-Ferrand-Theix 63122 Saint Genes Champanelle

Equipe : Microbiologie des Ecosystèmes digestifs

Responsables : Evelyne FORANO

Les personnels

I.T.A. DURAND Frédérique IR Société Privée [email protected]

Chercheurs

BERNALIER Annick FORANO Evelyne

MAILLET Christel MOSONI Pascale

CR1 DR2

CR2 CR2

[email protected] [email protected] [email protected] [email protected]

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RIEU-LESME Françoise RIBOT Yves ROUX Rémy ANDANT Gérard MASSEGLIA Sébastien

IE2 TRE TRE AJT AJT Société Privée

[email protected] [email protected] [email protected] [email protected] [email protected]

Etudiants DEL’HOMME Christophe CHASSARD Christophe

Post-doc Thèse

[email protected] [email protected]

Les thématiques générales de recherche

Ecologie du tube digestif de l’Homme et de l’Animal Etudes de fonctions principales dans les écosystèmes digestifs rumen et côlon Humain : dégradation des fibres – production et ré-utilisation des gaz. Effet de probiotiques sur ces fonctions. Les mot-clés

Microorganismes étudiés bactéries anaérobies strictes, protozoaires, Archaea Ecosystème : Ecosystèmes digestifs : Rumen et colon humain Echelle d’étude : Cellule (sur des espèces modèles), populations, écosystème entier. Techniques mises en œuvre : Suivi d’espèces : FISH, PCR en temps réel Analyse de biodiversité : en cours de mise au point, RISA, TTGE Etude du proteome étude du transcriptome par RT-PCR en temps réel Etude du métabolisme par RMN Animaux gnotobiotiques (agneaux à flore controlée, rats à flore humaine) Adaptation : Régime alimentaire Interactions – biotiques Microorganismes-Microorganismes : interactions nutritionnelles, transferts d’hydrogène, chaines trophiques Microorganismes-Végétaux : adhésion aux parois végétales, biofilms

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Pathogènes dans l’environnement Interaction pathogènes flore commensale du rumen

Informations facultatives ◆les applications/outils proposés en prestation ou collaboration dans le cadre de l’Association Animaux à flore contrôlée ◆l’adresse web http://www.inra.fr/

MICROBIOLOGIE – IRD Marseille

Directeur : Jean-Luc THOLOZAND Directeur adjoint : Bernard OLLIVIER

Organisme de rattachement IRD – Université de la Méditerranée

Adresse Laboratoire IRD de Microbiologie Université de Provence, CESB/ESIL, Case 925 163, Avenue de Luminy 13288 Marseille Cedex 09

UR 180 : Microbiologie et Biotechnologie des Enviro nnements Chauds

Responsable : J-L THOLOZAN

Responsable adjoint : B OLLIVIER

Les personnels

Bernard Ollivier, [email protected], DR IRD Marie-laure Fardeau, [email protected], IR IRD Guy fauque, [email protected], CR CNRS Yannick Combet-Blanc, [email protected], CR IRD

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Agnès Hirschler, [email protected], MC U3 Didier Alazard, [email protected], CR IRD Frederic Verhé, [email protected], TNR IRD Jean-Luc Tholozan, [email protected], DR IRD Jean-Luc Cayol, [email protected], MC U1 Claude Charpy-Roubaud, [email protected], CR IRD Hervé Macarie , [email protected], CR IRD` Laurence Casalot, [email protected], CR IRD Richard Auria, [email protected], DR IRD

Les thématiques générales de recherche

Microbiologie des réservoirs pétroliers, des systèmes hydrothermaux profonds et des sources hydrothermales terrestres (Taxonomie et physiologie des microorganismes anaérobies thermophiles et hyperthermophiles, particulièrement ceux impliqués dans la réduction des composés soufrés). Stress oxydatif et microaérophilie chez les microorganismes thermophiles et hyperthermophiles anaérobies. Dégradation aérobie et anaérobie des hydrocarbures. Les mot-clés

Bacteria, Archaea, Thermophile, halophile, anaérobi e, cycle du soufre, hydrocarbures Microorganismes étudiés Microorganismes anaérobies thermophiles ou halophiles Ecosystème : Environnements chauds ou salés terrestres ou subterrestres (réservoirs pétroliers, systèmes hydrothermaux profonds, etc…) Echelle d’étude : Cellule et communauté Techniques mises en œuvre : Taxonomie et écologie moléculaire basées sur l’analyse de séquences de gènes codant pour l’ARNr 16S Adaptation : Température, salinité Cycles biogéochimiques Carbone (fermentation et méthanogénèse), soufre (sulfo-, sulfato- et thiosulfato-réduction). Interactions – biotiques Microorganismes-Minéraux

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Bioréhabilitation : Dépollution des métaux lourds. Biodégradation des hydrocarbures. Microorganismes et origine de la vie Travaux sur les bactéries appartenant aux branches basses de l’arbre phylogénétique.

MICROBIOLOGIE de l’UNIVERSITE de NEUCHATEL (LAMUN)

Directeur : Michel Arago

Organisme de rattachement Université de Neuchâtel

Adresse Laboratoire de Microbiologie Université de Neuchâtel Rue, Emile-Argand 11 Case Postale 2 CH-2007 Nuechâtel Suisse

Equipe: Ecologie microbienne de la biosphère

Responsable : Jakob ZOPFI Personnel: Olivier Braissant: [email protected] Gilles Farron: [email protected] Dr. Jérôme Hamelin: [email protected] Dr. Daniel Job: [email protected] Maryline Jossi: [email protected] Nicolas Kuffer: [email protected] David Roesti [email protected] Ludovic Roussel-Delif: [email protected] Dr. Sonia Tarnawski: [email protected] Laure Weisskopf: [email protected] Dr. Jakob Zopfi: [email protected]

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Les thématiques générales de recherche

Le LAboratoire de Microbiologie de l’Université de Neuchâtel (LAMUN) est

consacré d’une part à l’enseignement en microbiologie générale et en biogéosciences, et d’autre part à la recherche fondamentale et appliquée en écologie microbienne.

Afin de répondre aux questions de recherche, des approches à la fois culturales et moléculaires sont utilisées en parallèle; incluant l’extraction d’ARN et d’ADN, (RT-)PCR, clonage-séquençage, profils de communautés (ex. DGGE), et l’utilisation d’outils statistiques pour la comparaison des communautés microbiennes. Trois thèmes majeurs de recherche sont actuellement menés en parallèle :

- L’écologie microbienne dans la rhizosphère (coordinateur: Prof. M. Aragno) : Réponse des communautés aux changements globaux, au type de plantes ou aux caractéristiques du sol. La présence et l’activité des populations ayant des propriétés favorisant la croissance des plantes (Plant Growth Promoting - PGP) attirent particulièrement notre attention : la fixation non-symbiotique d’azote, la dénitrification, la solubilisation des phosphates, la sécrétion de composés anti-fongiques.

- - La géomicrobiologie (coordinateur: Dr. J. Zopfi) : La microbiologie et la

biogéochimie de la transformation du fer et du soufre dans les sédiments et les colonnes d’eau des lacs stratifiés. La diversité et l’activité des microorganismes des aquifères non-pertubés et pollués. Le fractionnement isotopique du chloroethene durant la biodégradation aérobie, en cultures pures et dans les aquifères contaminés (en collaboration avec le centre d’hydrogéologie). Enfin, la biominéralisation du carbonate de calcium (CaCO3) (en collaboration avec l’institut de géologie).

- La mycologie (coordinateur Dr. D. Job): Le groupe travaille d’un part, sur l’accumulation de cadmium, de zinc et de sélénium, mesuré par des techniques de : AAS, ICP-MS, PIXE, EDAX, EELS, chez les Basidiomycètes supérieurs afin d’éclaircir les mécanismes d’accumulation et les influences des conditions du sol et trophiques sur ce phénomène dans les champignons. Et d’autre part il analyse l’impact de la gestion moderne des forêts et sur la composition et la distribution des espèces lignicoles en collaboration avec la Direction Fédérale des Forêts.

A l’avenir, la recherche de l’équipe va s’intégrer de manière croissante avec cette des équipes de géodynamique de la biosphère (prof. E. Verrecchia) et de pédologie biologique (prof. J.-M. Gobat), formant le groupe des « Biogéosciences » en charge d’un Master homonyme. Les mot-clés

Microorganismes étudiés: Pseudomonas, PGPR bactéries, oxalotrophes, basidiomycetes

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Ecosystème : Sol; rhizosphère; sédiment (eau douce); colonne d’eau (eau douce); tapis microbiens

Echelle d’étude : cellule; population; communauté; écosystème ; biogéosciences Techniques mises en œuvre : Biologie moléculaire (Extraction d'ARN et ADN du sol, PCR-DGGE, RT-PCR, FISH) ; techniques culturales aérobies et anaérobies; analyses statistiques, microélectrodes, cultures des champignons en milieu solide et liquide. Cycles biogéochimiques Carbone, azote, soufre, fer Cycle de l’azote : dénitrification et fixation du N2 dans la rhizosphère Interactions – biotiques Microorganismes-Microorganismes (tapis microbiens, biofilms) Microorganismes-Végétaux (propriétés PGP) Interactions environnement abiotique Biominéralisation du CaCO3

Microbiologie évolutive et biodiversité: Structure et évolution des communautés et populations microbiennes

Informations complémentaires ◆les applications/outils proposés en prestation ou collaboration dans le cadre de l’Association : - Extraction d'ADN et ARN du sol - DGGE - Techniques de mesure : AAS, ICP-MS, PIXE, EDAX, EELS - Traçage Biologique des Eaux Souterraines et de Surface à l'aide de Bactériophages ◆l’adresse web de votre site/site institutionnel ou autre lien approprié.: http://www.unine.ch/bota/lamun/ http://www.unine.ch/biogeosciences /

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MICROBIOLOGIE des ENVIRONNEMENTS EXTREMES

UMR 6197 CNRS/IREMER/UBO

Directeur : Joël QUERELLOU Directeur-adjoint : Daniel PRIEUR

Organisme de rattachement : CNRS – Ifremer – Université de Bretagne Occidentale

Adresse Ifremer, Centre de Brest

29280 Plouzané

et

IUEM, Université de Bretagne Occidentale

Technopôle Brest-Iroise

29280 Plouzané

Equipe : Ecologie microbienne

Responsable : Daniel PRIEUR

Chercheurs : Marie-Anne Cambon-Bonavita (Ifremer) : [email protected] Nicole Devauchelle (Ifremer) : [email protected] Claire Geslin (UBO) : [email protected]

Anne Godfroy (Ifremer) : [email protected] Christian Jeanthon (CNRS) : [email protected] Marc Le Romancer (UBO) : [email protected] Daniel Prieur (UBO) :[email protected]

Joël Querellou (Ifremer) : [email protected] ITA : Nadège Bienvenu (CDD/UBO) :nadege.bienvenu@univ-brest .fr Jean Louis Birrien (CNRS) :[email protected] Valérie Cueff (Ifremer) :[email protected] Françoise Lesongeur (Ifremer) : [email protected] Stéphane L’Haridon (UBO) :[email protected]

Les personnels

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Patricia Pignet (Ifremer) :[email protected]

Doctorants : Mélusine Gaillard : [email protected] Mathieu Gonnet :[email protected] Hélène Moussard :[email protected] Anne Postec :[email protected] Erwan Roussel :[email protected] Les thématiques générales de recherche

Ecologie microbienne des environnements extrêmes 1. Biodiversité des procaryotes des sources hydrothermales océaniques

(responsable : Anne Godfroy) 2. Interactions procaryotes/invertébrés/minéralisations (responsable : Marie

Anne Cambon- Bonavita) 3. Microbiologie des marges océaniques (responsable : Nicole Devauchelle) 4. Eléments génétiques des hyperthermophiles (responsables : Claire Geslin,

Marc Le Romancer) 5. Biosphère profonde (responsables : Daniel Prieur, Marie anne Cambon-

Bonavita) 6. Souchothèque de Bretagne (collection de micro-organismes, responsable :

Daniel Prieur) 7. Exobiologie (responsable : Daniel Prieur)

Les mot-clés

Température, pression, anaérobiose, extrêmophiles, hyperthermophiles, Archaea, éléments génétiques,

Cycles biogéochimiques à haute température Carbone, azote, soufre, fer,

Interactions – biotiques Microorganismes-Microorganismes (virus/archaébactéries); Microorganismes-invertébrés ; Interactions environnement abiotique : Microorganismes-minéraux, fossilisations expérimentales

Diversité métabolique et phylogénétique

Références terrestres pour la recherche de vie extra-terrestre

Informations complémentaires

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◆L’équipe est ouverte à tous types de collaborations ◆le logo de votre institution

MICROBIOLOGIE ET GEOCHIMIE DES SOLS

UMR 1229

Directeur : Philippe LEMANCEAU

Organisme de rattachement INRA – Université de Bourgogne

Adresse 17, rue de Sully BP 86510 21065 Dijon Cedex

Equipe :

Dynamique des Interactions Plantes – Microorganisme s

Responsable : Philipe LEMANCEAU Les personnels

CORBERAND Thérèse, TR [email protected] LEMANCEAU Philippe, DR [email protected] MAZURIER Sylvie, CR [email protected] MOUGEL Christophe, CR [email protected] OFFRE Pierre, Doctorant [email protected] PIVATO Barbara, Doctorant [email protected] ROBIN Agnès, Doctorant [email protected] SIBLOT Séverine, TR [email protected] VANSUYT Gérard, IE [email protected]

Les thématiques générales de recherche Ecologie de la rhizosphère – Interactions Plantes - Microorganismes Les mot-clés

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Microorganismes étudiés : Bactéries (Pseudomonas spp. en particulier) & Champignons. Ecosystème : Sol et Rhizosphère Echelle d’étude : Souche, population, communauté

Techniques mises en œuvre : Microbiologie pasteurienne Biologie moléculaire : (PCR – RFLP, RISA, génotypage, séquençage, mutagenèse…). Adaptation : Plante (différents génotypes) – sols (différents types). Cycles biogéochimiques Carbone : en relation avec la libération d’exsudats racinaires par la plante Fer : dynamique dans la rhizosphère et conséquences sur la croissance et la santé des plantes. Interactions – biotiques Microorganismes-Microorganismes : Antagonisme, signalisation. Microorganismes-Végétaux Signalisation, elicitation des réactions de défense de la plante, influence des microorganismes sur la santé et la croissance des plantes. Interactions environnement abiotique Influence du type de sol sur l’effet rhizosphère. Microbiologie évolutive et biodiversité Influence du génotype végétal sur la diversité microbienne dans la rhizosphère Co-évolution plantes – microorganismes. Pathogènes dans l’environnement Phytopathogènes d’origine tellurique.

Equipe : Ecologie microbienne des cycles couplés du carbone et de l’azote

Responsables : Laurent PHILIPPOT et Jean-Claude GERMONT

Les personnels

[email protected] (DR INRA) [email protected] (CR INRA) [email protected] (DR INRA) [email protected] (thesard)e [email protected] (thesard) [email protected] (IE INRA)

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[email protected] (IR INRA) [email protected] (IR INRA) [email protected] (IE INRA) [email protected] (thesarde) [email protected] (CR INRA) [email protected] (thesarde) Les thématiques générales de recherche Impact pratiques agricoles sur communautés fonctionnelles, cycle de l’azote Les mot-clés :

Denitrification, fixation symbiotique, Rhizobia, pesticides, atrazine Ecosystème : Sol Echelle d’étude : population; communauté; parcelle cultivée, microcosme Techniques mises en œuvre : Biologie moléculaire (clonage, sequencage, RT-PCR, real time PCR), CPG, HPLC, Mesure d'activité in situ …. Adaptation : anaérobiose, , polluant(s) (pesticides).. Cycles biogéochimiques Carbone, azote (denitrification, fixation symbiotique) Interactions – biotiques Microorganismes-Microorganismes; Microorganismes-Végétaux ; Bioréhabilitation Atrazine

Equipe : Impact des activités anthropiques sur la q ualité biologique

des sols

Responsable: Rémi CHAUSSOD Les personnels :

permanents : Alabouvette Claude (DR1) ; claude.alabouvette @ dijon.inra.fr

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Chaussod Rémi (DR2) ; remi.chaussod @ dijon.inra.fr Edel-Hermann Véronique (IE) ; veronique.edel @ dijon.inra.fr Fayolle léon (IE) ; leon.fayolle @ dijon.inra.fr Hartmann Alain (CR1) ; alain.hartmann @ dijon.inra.fr Nouaïm Rachida (IR / BT) ; rachida.nouaïm @ dijon.inra.fr Olivain Chantal (MC) ; chantal.olivain @ dijon.inra.fr

Ranjard Lionel (CR2) ; lionel.ranjard @ dijon.inra.fr Perrin Robert (DR2) ; robert.perrin @ dijon.inra.fr Steinberg Christian (CR1) ; christian.steinberg @ dijon.inra.fr Non permanents : Echairi Abdelwahad (doctorant) : echairi @ dijon.inra.fr Janvier Céline (doctorante) : celine.janvier @ dijon.inra.fr Lejon David (doctorant) : david.lejon @ dijon.inra.fr Lemunier Mélanie (doctorante) : melanie.lemunier @ u-bourgogne.fr Lharidon Floriane (doctorant) : lharidon @ dijon.inra.fr Bernard Laetitia (post-doctorante) : laetitia.bernard @ dijon.inra.fr Les thématiques générales de recherche Ecologie microbienne des sols cultivés ; caractérisation de la « qualité biologique » des sols. Effets des techniques culturales sur les communautés microbiennes ; fonctions et populations. Effets de la contamination des sols par les ETM sur les communautés microbiennes et le fonctionnement biologique des sols (indicateurs biologiques). Microflore phytopathogène dans le sol ; effets des paramètres abiotiques et biotiques (relations avec la flore non pathogène) Les mot-clés

Microorganismes étudiés : microflore globale ; communautés bactériennes ; communautés fongiques ; fonctions biologiques (cycles biogéochimiques) Ecosystème : Sols cultivés Echelle d’étude : population ; communauté ; écosystème. Techniques mises en œuvre : Biologie, Biochimie, Biologie Moléculaire (PCR RFLP, T-RFLP, RISA…). Adaptation : Elements-traces métalliques… Cycles biogéochimiques Carbone, azote, soufre : mesures d’activités Azote, phosphore : mesures d’activités et populations (fixateurs symbiotiques, endomycorhizes).

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Interactions – biotiques Microorganismes-Microorganismes (pathogènes / non-pathogènes) Interactions environnement abiotique Environnement « sol » (texture, structure, statut organique, statut acido-basiques, teneur en ETM…) Microbiologie évolutive et biodiversité Biodiversité pathogènes (Fusarium, Rhizoctonia) Bactéries résistantes au cuivre ; gènes de résistance Pathogènes dans l’environnement Pathogènes humains : Survie Listeria ; Pathogènes végétaux : Fusarium, Rhizoctonia.

MICROBIOLOGIE INDUSTRIELLE

EA 3036-IFR 31

Directeur : Pr Christine Roques Organisme de rattachement Faculté des Sciences Pharmaceutiques

Adresse 35, Chemin des Maraîchers 32062 Toulouse Cedex 04

Equipe : Adhésion Bactériennes et Biofilms

Responsable : N.Marty (Pr)

Les personnels

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Roques Christine (Pr) Vaugien L. (ATER), Occhialini A. (ATER)) Ingrassia Isabelle (IR) Maitre-Boube M. (IE) Ressault H. (ITARF), Signoles A. (IATOS)

Les thématiques générales de recherche Formation de biofilms sur support inerte Dynamique des écosystèmes Les mot-clés

Ecosystème : intestinal, cutané, bucco-dentaire humains, eau Techniques mises en œuvre : Modèle Biofilm, Microbiologie pasteurienne : culture de bactéries exigeantes, bactéries anaérobies strictes, cytométrie en flux, plate-forme culture cellulaire, Biologie Moléculaire : extraction –amplification ADN, ARN, PCR-Q, typage moléculaire : ARDRA, analyse électrophorèse capillaire des acides nucléiques (SSCP), protéines et sucres. Interactions – biotiques : Microorganismes-microorganismes, Microorganisme-Hôte

MICROBIOLOGIE, GEOCHIMIE et ECOLOGIE MARINES (LMGEM)

UMR 6117

Responsable : Richard SEMPERE

Organisme de rattachement : CNRS – Université de la Méditerranée

Adresse Campus de Luminy – Case 901 163 Avenue de Luminy 13288 Marseille Cedex 09

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Equipe : Ecologie microbienne-Flux, Interactions et Diversité Fonctionnelle

Responsable : Patricia BONIN

Les personnels :

ACQUAVIVA M. ( IR) : acquaviva @com.univ-mrs.fr BERTRAND JC. (PR) : [email protected]

BIANCHI M. (DR) : bianchi @com.univ-mrs.fr

BONIN P. (CR) pbonin @com.univ-mrs.fr DENIS M. (DR) : [email protected]

FAUQUE G. (CR) : [email protected]

GOREGUES C.(ATER) : [email protected] MIRALLES G.(Doctorant) : [email protected]

THYSSEN M. (Doctorante) : [email protected] LEFEVRE D. (CR) : [email protected] LIMA O.(IE) :[email protected] MARTY D. (CR) :[email protected] MICHOTEY V. (MC) :[email protected] MINJEAUD C. (Doctorante) :[email protected] RAGOT M. (MC) :[email protected] TAMBURINI C. (CR) :[email protected] VAN WAMBEKE F.(CR) :[email protected]

Les thématiques générales de recherche

Les travaux qui sont développés par l'équipe , visent à une meilleure compréhension du rôle des microorganismes dans les processus de transformation et de minéralisation de la matière organique. L’objectif global reste la quantification des processus microbiens qui interviennent lors de la biodégradation et l’étude des communautés microbiennes qui en sont responsables . Cet objectif nécessite une approche intégrée depuis l’écosystème dans son ensemble jusqu’au niveau cellulaire voire moléculaire. Les actions concernent plus particulièrement : - L’hydrolyse ectoenzymatique des polymères organiques (activités aminopeptidase, phosphatase, lipase...). - Les flux de production bactérienne - Les flux biologiques de nutriments, d’oxygène et de CO2 (respiration) d’oxyde d’azote (Cycle de l’azote), et de CH4 (Méthanogénèse) résultant des processus de minéralisation concomitants au flux de production microbienne. - L’efficacité de la biodégradation dont dépend la répartition des flux respectifs de production, de biomasse bactérienne et de minéralisation.

CUNY P. (MC) : [email protected]

GREGORI G. (CR) : [email protected]

GILEWICZ M. (MC) : [email protected]

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- L'étude des processus - La diversité des peuplements microbiens - La proportion des bactéries actives capables ou non de se diviser, - La proportion du peuplement microbien apte à réaliser la fonction d’intérêt - Les espèces bactériennes présentes en termes de diversité taxonomique et d'abondance relative. Ainsi, différents niveaux d'investigation sont envisagés dans la réalisation de ces recherches. Un intérêt particulier sera porté sur plusieurs points énoncés ci-dessous - L’évolution des paramètres structuraux des compartiments bactérien, phytoplanctonique, et zooplanctonique. - L’état physiologique (viabilité, certaines activités métaboliques) des individus au sein d’une communauté. - La dynamique et la structure spécifique des communautés bactériennes. - Les relations entre structure et fonction des communautés microbiennes intervenant dans la dégradation de la matière organique. Les mot-clés

Microorganismes étudiés : bactéries, micrphytoplanctons Ecosystème : sédiment marin, colonne d’eau : milieu marin, écosystèmes côtiers et hauturiers Echelle d’étude : cellule; population; communauté; écosystème; Echelle locale, régionale et globale Techniques mises en œuvre : Biologie moléculaire (PCR/ DGGE/RISA/ projet Fish) ; isotopie (marquage stable et radioactif : mesure des activités bactérienne , microélectrodes (oxygene) : biologie : respirométrie, cytométrie, échantillonneur hyperbarre, simulateur de pression Adaptation : Température, pression, salinité, oxygène, carence alimentaire, matière organique récalcitrante, polluant(s) (Hydrocarbures). Cycles biogéochimiques Carbone, azote, phosphore, fer, manganèse, silice Interactions – biotiques Microorganismes-Microorganismes (ex : tapis microbiens, biofilms, boucle microbienne..); Microorganismes-Animaux Interactions environnement abiotique Impact des facteurs abiotiques sur la transformation de la matière organique : photoxydation, effet des UV .. Bioréhabilitation. Sites pollués par les hydrocarbures pétroliers (à rajouter ?)

Modélisation :

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Les travaux de notre équipe ont deux objectifs principaux. Le premier consiste en l’élaboration de méthodes qui permettent de simplifier et clarifier l'information collectée sur le terrain. Cette approche implique des méthodes d'analyse de données fonctionnelles. Le deuxième objectif concerne le développement des modèles écologiques. Puisque ces modèles impliquent généralement un grand nombre de variables dans un ensemble d'équations agissantes les unes sur les autres, nous recherchons plus particulièrement des méthodes permettant une simplification des modèles d'une telle manière que les modèles simplifiés contiennent la dynamique essentielle des modèles initiaux complets. Nous essayons également d'analyser ces modèles afin d'obtenir leur dynamique complète.

En parallèle, nous développons des modèles mathématiques qui décrivent le couplage entre les communautés bactériennes et le cycle d'azote dans les sédiments. Ces modèles seront forcés par le modèle de bioturbation afin de mesurer notamment les effets des oscillations redox sur le cycle d'azote dans les sédiments marins. Des modèles couplant les métabolismes microbiens avec la matière organique disponible dans l'eau de colonne sont développés. Ils permettent, par exemple, une meilleure quantification des vitesses de dégradation de matière organique.

Nous étudions des modèles décrivant les effets des fluctuations environnementales, par exemple l'impact de la turbulence, sur la croissance de phytoplancton. Cette étude vise à fournir des hypothèses pour expliquer le paradoxe du plancton.

Bioinformatique : traitement des séquences et construction d’arbres phylogénétiques

UMR MORHODYNAMIQUE CONTINENTALE ET COTIERE

UMR M2C CNRS 6143

Directeur : P.Lesueur http://www.geos.unicaen.fr/laboratoire/labo.php

Organisme de rattachement Universités de Rouen/Caen

Adresse IRESE B UFR des Sciences et Techniques Place Emile Blondel

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Université de Rouen 76821 Mont-Saint-Aignan

Les personnels Barray Sylvie (Pr), [email protected] Berthe Thierry (MC) [email protected] Bodilis Josselin (MC) [email protected] Pawlak Barbara (MCU) [email protected] Petit Fabienne (Pr) [email protected] Quillet Laurent(MC) Laurent.quillet @univ-rouen.fr

Les thématiques générales de recherche : L’ UMR 6143 M2C ( Morphodynamique Continentale et Côtière) développe des recherches sur le domaine d’interface continent-côtier, qui associent les géosciences de la surface, la mécanique des fluides et la microbiologie environnementale. Les recherches en microbiologie de l’environnement (intégration dans l’UMR en 2008), reposent sur une démarche d’écologie moléculaire et ont pour objet (i) l’étude de la relation bactérie-métaux traces en milieu estuarien (communautés sulfurogènes et acquisition de gènes de résistances), (ii) le risque microbiologique, déterminisme et dynamique de la contamination des bactéries fécale et l’antibiorésistance bactérienne (flux de bactéries et flux de gènes dans l’environnement) (iii) sur l’adaptation des communautés microbiennes à leur environnement, particulièrement sur le groupe des Pseudomonas. Programmes internationaux (ECCOS, INTEREG IIIA RIMEW, INTERREG IIIB BRANCH, FLOCODS,MICSIPE) et dans des programmes nationaux (PNEC Baie de Seine, PNEC ART1 et ART7, LITEAU 2 et 3, PNETOX, GESSOL, PATOM…).

Les mot-clés : Taxonomie microbienne, évolution adaptative, diversité des bactéries telluriques, Interactions Microorganismes-Métaux, Microorganismes sulfato-réducteurs, Analyse du risque microbiologique (bactéries fécale et flux de gènes associé ,résistance aux antibiotiques).

OCEANOGRAPHIE BIOLOGIQUE STATION MARINE D'ARCACHON

UMR EPOC 5805

(ENVIRONNEMENTS ET PALEOENVIRONNEMENTS OCEANIQUES E T COTIERS)

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Organisme de rattachement CNRS – Université de Bordeaux I

Adresse Station Marine d’Arcachon 2 rue Professeur Jolyet 33120 ARCACHON

Groupe : Ecologie Microbienne

Animatrice : Michèle Capdepuy

Les personnels

Michèle CAPDEPUY (PR) ; [email protected] Florence JUDE (MCF) ; [email protected] Natalie RAYMOND (MCF) ; [email protected] Line BOURASSEAU (ADT) ; [email protected] Peggy BERGERON (doctorante) ; [email protected] Les thématiques générales de recherche

I) la qualité microbiologique sanitaire avec pour objectif l’étude du devenir des bactéries témoin de contamination fécale dans le milieu aquatique : a/ dans les eaux de baignade de BIARRITZ (Thèse de Peggy Bergeron) : Bourse CIFRE (en collaboration avec La Lyonnaise des Eaux-France) b/ dans les sédiments du Bassin d’Arcachon : Chantier PNEC Littoral Atlantique II) la pathologie des mollusques marins (PNEC-Action Transversale TAIPAMOR) III) la biomasse et la production bactérienne (Chantier PNEC Littoral Atlantique) Les mot-clés Ecosystème :

sédiments marins, colonne d’eau marine

Echelle d’étude cellule; population; communauté; écosystème; Techniques mises en œuvre :

Biologie moléculaire : FISH, PCR, RT-PCR, séquençage Microscopie à épifluorescence

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Adaptation : Température, salinité, oxygène, nutriments

Interactions – biotiques Microorganismes-Microorganismes (boucle microbienne) Microorganismes-Animaux : bactéries – parasites (trématodes digènes) – bivalves marins

Pathogènes dans l’environnement Escherichia coli ;Streptocoques fécaux

site web : http://www.epoc.u-bordeaux.fr/

OCEANOGRAPHIE BIOLOGIQUE

UMR 7621

Directeur : Antoine GREMARE Organisme de rattachement CNRS – Université Pierre et Marie Curie, Paris VI

Adresse

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Avenue Fontaulé BP44 66651 Banyuls-sur-Mer Cedex

Equipe : Diversité et fonctionnement des écosystème s pélagiques

Groupe : Microbiologie Marine

Responsables : Ingrid OBERNOSTERER et Philippe LEBARON Les personnels Obernosterer Ingrid (CR1) , [email protected] Lebaron Philippe (PR1), [email protected] Joux Fabien (MC), [email protected] Ghiglione Jean-francois (CR2), [email protected] Bourrain Muriel (Chercheur-PFDC), [email protected] Baudart Julia (Chercheur-Chemunex), [email protected] Catala philippe (AI), [email protected] Batailler Nicole (Tech.), [email protected] Intertaglia Laurent (Tech.Contractuel), [email protected] Parthuisot Nathalie (PhD), [email protected] Larcher Marièle (Post-doc), [email protected] West Nyree (Post.doc), [email protected] Urios Laurent (Post.doc), [email protected] Zemb Olivier (PhD), [email protected] Lami Raphael (PhD), [email protected] De Maistre Emmanuel (Stage Master M2), [email protected] Auffret Marc (Stage master M2), [email protected] Matallana Sabine (Stage master M2), [email protected] Denkwitz Lea (Stage master M2), [email protected] Les thématiques générales de recherche Biodiversité et fonctionnement des communautés microbiennes, fonctionnement du cycle du carbone, réponse des communautés bactériennes aux perturbations environnementales (naturelles et anthropiques). Microbiologie sanitaire. Les mot-clés Microorganismes étudiés Virus, bactéries, phytoplancton Ecosystème :

Colonne d’eau (cotier et hauturier), Interface air-eau, eaux douces (souterraines et surface)

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Echelle d’étude : cellule; population; communauté; écosystème; Techniques mises en œuvre : Biologie moléculaire (clonage-séquencage, FISH, CARD-FISH, SSCP, DGGE) ; Cytometrie (flux, microscopie, phase solide)

Adaptation : Radiations UV, salinité, gradients trophiques Cycles biogéochimiques Carbone et phosphore Dégradation de la matiere organique en général

Interactions – biotiques Bactéries-virus / bactéries-phytoplancton / bactéries-nanozooplancton Interactions environnement abiotique Microcouche de surface de l’eau de mer / bactéries-particules Microbiologie évolutive et biodiversité : diversité génétique, taxinomique et phénotypique Pathogènes dans l’environnement : E. coli / Salmonelles / protozoaires eau douce Informations complémentaires ◆les applications/outils proposés en prestation ou collaboration dans le cadre de l’Association : ◆Techniques de cytométrie, SSCP/DGGE, simulateur solaire ◆l’adresse web : http://www.obs-banyuls.fr/Microbiologie/index.htm

Groupe : Recherche et développement sur la détection des

pathogènes

Organisme de rattachement : Société CHEMUNEX CHEMUNEX Laboratoire d’Accueil 3 allée de la Seine Groupe de Microbiologie Mari ne

Responsable : Julia BAUDART

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Immeuble Paryseine UMR7621, CNRS, UPMC 94854 Ivry sur Seine Laboratoire d’Océanologie Bi ologique BP44

66651 Banyuls sur mer Cedex Les personnels Lebaron Philippe (PR1), [email protected] Baudart Julia (Chercheur-Chemunex), [email protected] Catala philippe (AI) , [email protected] Batailler Nicole (Tech.), [email protected] Parthuisot Nathalie (PhD), [email protected] Les thématiques générales de recherche Les micro-organismes pathogènes dans les environnements aquatiques Développement et mise en oeuvre de nouveaux outils de détection directe des pathogènes combinant viabilité et spécificité à l’échelle cellulaire Etude du devenir physiologique et de l’adaptation des pathogènes en zone littorale Les mot-clés Microorganismes étudiés Pathogènes bactériens et protozoaires: Entérobactéries, Escherichia coli, Salmonelles, Cryptosporidium, Giardia Ecosystème Environnements aquatiques côtiers, fluviatiles et réseaux de distribution d’eau potable, eaux de consommation.

Echelle d’étude Cellule, population

Techniques mise en oeuvre Sondes taxinomiques (FISH, immuno-fluorescence, activité enzymatique spécifique), Test de viabilité à l’échelle cellulaire, microscopie à épifluorescence, cytométrie scanner en phase solide, cytométrie en flux, développements instrumentaux. Adaptation Salinité, gradient trophique, oligotrophie, survie

Interactions environnement abiotique Bactéries-particules Microbiologie évolutive et biodiversité Adaptation à l’environnement Pathogènes dans l’environnement

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Escherichia coli, Enterobacteriaceae, Salmonelles, Cryptosporidium, Giardia. Développement de méthodes de détection en temps réel combinant spécificité et viabilité. Etude du devenir des bactéries entériques en milieu marin côtier (caractéristiques physiologiques) Informations complémentaires La société CHEMUNEX est une société de développement dans le domaine de la microbiologie rapide dont la vocation principale est le développement de tests rapides de détection et d’identification des micro-organismes pour de nombreux secteurs industriels (domaines pharmaceutiques, cosmétiques, agro-alimentaires, eaux potables). Ces développements s’accompagnent de mise au point d’outils de détection ultra sensibles comme le Chemscan RDI et de cytomètres en flux automatisés ou manuel (D-Count, BactiFlow respectivement) l’adresse web de votre site/site institutionnel ou autre lien approprié. http://www.obs-banyuls.fr/UMR7621/ http://www.obs-banyuls.fr/Microbiologie/index.htm http://www.chemunex.com/

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Equipe Mixte de Recherche PFDC (Pierre Fabre Dermo-Cosmétique) - Université P ierre et Marie

Curie – CNRS

Les personnels Lebaron Philippe (PR1, UPMC), [email protected] Bourrain Muriel (Chercheur-PFDC), [email protected] West Nyree (Post.doc), [email protected] Catala philippe (AI, CNRS), [email protected] Intertaglia Laurent (Tech.Contractuel), [email protected] De Maistre Emmanuel (Stage Master M2), [email protected] Les thématiques générales de recherche Biodiversité et fonctionnement des communautés microbiennes dans des écosystèmes aquatiques oligotrophes. Développement de méthodes d’isolement et constitution de collections de bactéries dans le but de leur caractérisation et d’un screening pharmacologique. Les mot-clés Microorganismes étudiés : Procaryotes, Eucaryotes Ecosystème : Colonne d’eau (cotier et hauturier), Interface air-eau, eaux douces (souterraines et surface).

Echelle d’étude : Cellule, population, communauté, écosystème

Techniques mise en œuvre Biologie moléculaire (clonage-séquencage, FISH, CARD-FISH, SSCP) ; Cytométrie en Flux , analyse protéomique (SDS PAGE, 2D), culture en dilution

Adaptation Salinité, gradient trophique, oligotrophie

Interactions environnement abiotique Micro-couche de surface Microbiologie évolutive et biodiversité : diversité génétique, taxinomique et phénotypique Informations complémentaires :

Responsable : Muriel BOURRAIN

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La société Pierre Fabre Dermo-Cosmétique (PFDC) est une société spécialisée dans la recherche, le développement, la fabrication et la commercialisation de produits dermo-cosmétiques. En juin 2002, après plusieurs années de collaboration, une équipe mixte de recherche rassemblant des personnels de l’Université, du CNRS et de la société PFDC a été créée. Cette équipe se consacre à l’étude de la biodiversité et du fonctionnement d’écosystèmes aquatiques dont la finalité est d’isoler des micro-organismes originaux pouvant produire des substances bio-actives à intérêt pharmacologique. l’adresse web de votre site/site institutionnel ou autre lien approprié. http://www.obs-banyuls.fr/UMR7621/ http://www.obs-banyuls.fr/Microbiologie/index.htm http://www.pierre-fabre.com/

RECHERCHE FROMAGERES

Directrice : Marie-Christine Montel Organismes de rattachement INRA

Adresse Laboratoire de Recherches Fromagères 36, rue de Salers 15000 Aurillac

Les personnels Montel Marie-Christine : [email protected] Delbès Céline : [email protected] Callon Cécile : callon @clermont.inra.fr Verdier Metz Isabelle : [email protected]

Les thématiques générales de recherche Les mot-clés

Micro-organismes étudiés : bactéries, levures, moisissures Ecosystème :

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Lait et fromages au lait cru Echelle d’étude : population ; communauté; écosystème; Techniques mises en œuvre : Biologie moléculaire (SSCP, inventaire par clonage-séquençage, PCR quantitative, typage par REP-PCR) ; microbiologie conventionnelle ; biochimie (HPLC)

Adaptation : acidité, température, salinité, potentiel redox Interactions – biotiques Microorganismes-Microorganismes (interactions pathogènes-autres populations) compétition nutritionnelle Interactions environnement abiotique : microorganismes-matrice fromagère Pathogènes dans l’environnement : Staphylococcus aureus et Listeria monocytogenes dans l’environnement de ferme et devenir dans le lait et le fromage Modélisation : Croissance microbienne en particulier Staphylococcus aureus ou Listeria monocytogenes dans des communautés microbiennes de composition complexe.

SECURITE et QUALITE des PRODUITS d’ORIGINE VEGETALE

UMR A408

Responsable : N’Guyen Thê

Organisme de rattachement INRA – Université d’Avignon

Adresse INRA Domaine St Paul Site Agroparc 84914 Avignon Cedex 9

SCHMITT Philippe , [email protected]

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STATION BIOLOGIQUE de ROSCOFF

Responsable : Bernard KLOAREC Organisme de rattachement : CNRS – Université de Bretagne Occidentale

Adresse Station Biologique de Roscoff BP 74 29682 Roscoff Cedex

Equipe : Plancton océanique

Responsable : Daniel VAULOT

Les personnels

SIMON Nathalie (MCU), [email protected]

SYMBIOSES TROPICALES et MEDITERRANEENNES

Directeur : Bernard DREYFUS

Organismes de rattachement IRD/CIRAD/INRA/AGRO-M

Adresse

LSTM, TA10/J Campus de Baillarguet

34898 Montpellier Cedex 5

Equipe : Diversité des microorganismes symbiotique s (rhizobia et mycorhizes)

TA 10/J

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Responsable : Bernard DREYFUS Les personnels Bernard Dreyfus (DR IRD) : [email protected] Eric Giraud (IR IRD): [email protected] Gilles Bena (CR IRD): [email protected] Fabienne.Cartieaux (CR IRD): [email protected] Lionel Moulin (CR IRD) : [email protected] Philippe De Lajudie (DR IRD) : [email protected] Yves Prin (chercheur CIRAD): [email protected] Marc Ducousso (chercheur CIRAD) : [email protected] Chritine Leroux (chercheur CIRAD) : [email protected] Jean-Claude Cleyet-Marel (DR INRA) : [email protected] Brigitte Brunel (professeur AGRO-M): [email protected] Pierre Beunard (chercheur CIRAD): [email protected] Philippe.Jourand (IR IRD) : [email protected] Antoine Galiana (chercheur CIRAD) : [email protected] Bruno Touraine (professeur UM2) : [email protected] Clémence.Chaintreuil (IR IRD) : [email protected] Guilhem Desbrosses (MC UM2) : [email protected] Robin Duponnois, [email protected]

Adresse actuelle : IRD.01 BP182.Ouagadougou ;Burkina Faso Les thématiques générales de recherche

- Diversité taxonomique et symbiotique, évolution et écologie des rhizobia et

mycorhizes - Utilisation des symbioses plantes-micoorganismes dans les zones tropicales

et méditerranéennes (agronomie, réhabilitation des sols - Ecologie, physiologie moléculaire des rhizobium photosynthétiques

Les mot-clés

Microorganismes étudiés hizobia, mycorhizes Ecosystème Sol Echelle d’étude Cellule; population; communauté; écosystème Techniques mises en œuvre Biologie moléculaire : séquençage, PCR quantitative, RFLP, RAPD, Southern, northern, western, puces ADN, SNP, hybridation suppressive soustractive

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Cycles biogéochimiques Carbone, azote, phosphore Préciser la fonction étudiée . fixation biologique de l’azote Interactions – biotiques Interactions microorganismes-végétaux (symbiose, effets stimulateurs, …) Microbiologie évolutive et biodiversité : bactéries symbiotiques et mycorhizes Bioinformatique Génomique comparative (génomes des rhizobia), annotation des génomes bactériens.

Logo du laboratoire :

Logos des instituts de l’UMR :

TISSUS ANIMAUX, NUTRITION, DIGESTION, ECOSYSTEME, METABOLISME

Directeur : Xavier Fernandez

Organismes de rattachement INRA + INP-ENSAT + ENV Toulouse

Adresse : INRA Toulouse, UMR 1289 TANDEM, BP 52627, 31326 Castanet-Tolosan

Equipe : Nutrition et écosystème digestif Directeur : Thierry Gidenne

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Les personnels Nom, adresse électronique Laurence Lamothe : [email protected], Sylvie Combes : [email protected] Laurent Cauquil : [email protected], Françis Enjalbert : [email protected], Annabelle Troegeler : [email protected], Corine Bayourthe : [email protected], Valérie Monteils : [email protected] Thierrry Gidenne: [email protected] Les équipements spécifiques

Utilisation de la plateforme génomique du centre IN RA de Toulouse : séquenceur et SSCP.

Les thématiques 2 thèmes principaux : 1- Etude comparative des biocénoses ruminale et caecale 2- Approche comparée du fonctionnement et de l'activité des écosystèmes ruminal et cæcal:

2-1 Contrôle nutritionnel de l'écosystème microbien digestif 2-2 Facteurs microbiens ou environnementaux de modulation de l'écosystème microbien digestif

Les mot-clés Microorganismes étudiés (inclure les virus : approche fonctionnelle) :

Surtout bactéries du système digestif, et levures Ecosystème :

Digestif : rumen (vache), caecum (lapin)

Echelle d’étude : écosystème; Techniques mises en œuvre :

Biologie moléculaire (préciser) : SSCP

Adaptation : conditions "nutritives" via l'alimentation de l'animal

Microbiologie évolutive et biodiversité

Microbiologie anaérobie Pathogènes dans l’environnement Modélisation Bioinformatique