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Formulairedestage(SURUNEPAGEMAXIMUM)ParcoursM2BBRT2019-20
Laboratoire: CRCINA–U1232,ICOAngersN°d’équipe:12Nom-Prénomdel’encadrant:DanielPouliquen,OlivierCoqueretCourrieldel’encadrant:[email protected],[email protected]:Titredustage: Implication de la protéine S100A4 dans l’échappement à la sénescence. Résuméduprojetproposé: Nos travaux portent sur les mécanismes d’échappement à la sénescence, soit lorsqu’elle est induite par les oncogènes, soit en réponse à la chimiothérapie (Chemotherapy-Induced-Senescence ou CIS). Nous avons observé que certaines cellules échappent à la CIS, ces cellules persistantes sont plus transformées que les cellules parentales, elles présentent des capacités de croissance augmentées en agar et elles sont plus invasives. Dans des modèles murins, nous avons également observé que la présence de cellules sénescentes favorise la croissance tumorale et la prise métastatique pulmonaire. Nous avons montré que l’émergence repose sur des fonctions non canoniques de Bcl-xL et Mcl-1, activés lors de la CIS, en absence d’apoptose. Plus récemment, nous avons décrit l’importance des signalisations cdk4-EZH2 et de Akt dans la génération des cellules persistantes. Dans notre modèle, la CIS est donc incomplète, elle permet l’émergence d’une sous population plus transformée. Nous avons proposé que la CIS était par définition incomplète dans les cellules transformées. Elle est alors utilisée comme mécanisme d’adaptation par des clones spécifiques qu’il nous faut maintenant identifier. En utilisant comme levier des analyses protéomiques quantitatives de lignées et de tumeurs expérimentales de mésothéliome malin, qui diffèrent par leur degré d’invasivité, un premier listing de protéines potentiellement impliquées dans l’échappement a été établi. En croisant ces données avec celles d’autres analyses de lignées et de tumeurs provenant de patients atteintes de cancer du sein, il constitue une base de travail pour la recherche de nouveaux marqueurs du sécrétome associé à la sénescence et à la progression tumorale. Le projet vise à explorer en particulier le rôle de l’une de ces protéines solubles, S100A4, sur des lignées tumorales mammaires humaines, puis sur des organoïdes mammaires, en lien avec la dérégulation de certains facteurs de transcription tels que STAT3. Le rôle de cette protéine dans l’échappement à la sénescence sera évalué, ainsi que ses fonctions sur cette signalisation. Son implication dans le caractère agressif des clones émergents sera analysé, en particulier sur les paramètres de migration et d’invasion. L’étudiant sera formé sur des techniques classiques de culture cellulaire, inactivation de gènes, western blot, QPCR, cytométrie de flux. Pour plus détails sur les projets du laboratoire: Guillon et al., 2019, Le Duff et al. 2018 Optionàlaquelleestassociéeceprojet: Immunologie-Cancérologie
Formulaire de stage (SUR UNE PAGE MAXIMUM) Parcours M2 BBRT 2019-20
Laboratoire : CRCINA – U1232
N° d’équipe : 8 Nom-Prénom de l’encadrant : MAILLET Laurent Courriel de l’encadrant : [email protected] Candidat pressenti : Titre du stage : Etude de la mobilité intracellulaire de BCL-xL dans la réponse aux molécules BH3 mimétiques dans les cellules cancéreuses Résumé du projet proposé: L’une des stratégies thérapeutique en cancérologie repose sur le ciblage de protéines essentielles à la survie des cellules cancéreuses. Les protéines de la famille BCL-2 régulent la mort cellulaire par apoptose en contrôlant l’intégrité de la membrane mitochondriale. Des molécules BH3 mimétiques, dont certaines utilisées en clinique, ciblant les protéines anti-apoptotiques ont été développées pour libérer les facteurs pro-apoptotiques qu’elles séquestrent et déclencher l’apoptose dans les cellules cancéreuses. Nous étudions le réseau d’interactions entre les protéines de la famille BCL-2 dans des cellules entières et vivantes avec un outil BRET. Cet outil nous a permis de mettre en évidence la contribution de la dynamique intracellulaire de BCL-xL dans la résistance à la mort induite par les molécules BH3 mimétiques (Pécot et al, Cell report 2016 - doi: 10.1016/j.celrep.2016.11.064). Comprendre la régulation de la mobilité intracellulaire de BCL-xL pourrait être déterminante pour l’utilisation thérapeutique des molécules BH3 mimétiques. La dynamique intracellulaire de BCL-xL peut-être régulée par son interaction avec d’autres protéines (Vuillier et al, Embo Report 2018 - doi: 10.15252/embr.201744046). Nous cherchons à identifier ces facteurs, comprendre quelles sont les conséquences de ces interactions sur la stabilité des complexes formés par BCL-xL à la mitochondrie, et étudier leur impact sur la fonction anti-apoptotique de BCL-xL ainsi que la résistance aux molécules BH3 mimétiques. Des approches de biologie cellulaire (constructions de lignées cellulaires, imagerie cellulaire, analyse de l’apoptose, analyse d’interaction par BRET), ainsi que des approches de biochimie (immuno-précipitation, analyse spectrométrie de masse, fractionnement cellulaire) sont développées dans le cadre de ce projet. Option à laquelle est associée ce projet :
Biothérapies de l’appareil locomoteur Cardiovasculaire et Facteurs de Risque Immunologie-Cancérologie Immuno-Intervention, Transplantation et Auto-Immunité Maladies infectieuses Physiopathologies de l’axe cerveau-intestin
Formulaire de stage (SUR UNE PAGE MAXIMUM) Parcours M2 BBRT 2019-20
Laboratoire : CRCINA
N° d’équipe : Equipe 14 Nom-Prénom de l’encadrant : Pecqueur Claire Courriel de l’encadrant : [email protected] Candidat pressenti : Titre du stage : Reprogrammation métabolique des cellules de Glioblastome
Résumé du projet proposé: La reprogrammation métabolique est indispensable aux cellules tumorales pour subvenir à leurs besoins bioénergetiques et biosynthétiques tres importants. Cette reprogrammation métabolique peut affecter le metabolisme glycolytique et/ou oxydatif, en fonction de l’environnement vasculaire et des signatures moléculaires. Dans le glioblastome, nous avons montré que les cellules de signature CNP (Classique et Proneurale) sont exclusivement glycolytiques contrairement aux cellules mésenchymateuses présentant un métabolisme mixte (glutaminergique et glycolytique). De manière intéressante, la modulation du métabolisme, notamment au niveau mitochondrial, permet de sensibiliser les cellules à différents traitements (irradiation, etoposide) Le projet de Master 2 consistera à déterminer la place d’une voie métabolique particulière, la carboxylation réductive, dans les réponses des cellules de glioblastome aux traitements. L’inhibition de cette voie sera réalisée de manière pharmacologique (inhibiteurs) ou génétique (CRISPR-Cas9). A l’inverse, des études en hypoxie devraient permettre d’augmenter le flux de carboxylation réductive dans les cellules. Dans un 1er temps, des expériences d’analyse de flux au carbone 13 seront réalisées pour valider les modulations de cette voie dans les différentes conditions. Dans un 2ème temps, des études phénotypiques et moléculaires (Time-lapse, FACS, western...) seront réalisées pour déterminer l’impact de cette voie sur la prolifération et la réponse des cellules à différents stress (irradiation, etoposide). L’étudiant sera formé sur l ‘ensemble des technologies dans le but de devenir autonome au cours de son stage. Ce projet s’intègre au programme de recherche scientifique développé dans l’équipe ciblant le métabolisme des cellules tumorales pour à terme proposer de nouvelles approches thérapeutiques. Option à laquelle est associée ce projet :
Biothérapies de l’appareil locomoteur Cardiovasculaire et Facteurs de Risque Immunologie-Cancérologie Immuno-Intervention, Transplantation et Auto-Immunité Maladies infectieuses Physiopathologies de l’axe cerveau-intestin
Formulaire de stage (SUR UNE PAGE MAXIMUM) Parcours M2 BBRT 2019-20
Laboratoire : Laboratoire : INSERM U1232 (http://www.crcina.org/) N° d’équipe : Equipe 4 (http://www.crcina.org/recherche/departement-1-incit/equipe4/) Nom-Prénom de l’encadrant : Fonteneau Jean-Francois Courriel de l’encadrant : [email protected] Candidat pressenti : Titre du stage : Virothérapie anti-tumorale basée sur la souche vaccinale du virus de la rougeole
Résumé du projet proposé:
Notre équipe étudie l’immunothérapie oncolytique. Cette approche thérapeutique du cancer est basée sur l’utilisation de virus oncolytiques (OV) qui n'infectent et ne tuent que les cellules tumorales. Nous étudions plusieurs OV dont la souche vaccinale atténuée Schwarz du virus de la rougeole (MV), que nous avons breveté pour cette utilisation avec l'équipe du Dr Frédéric Tangy de l'Institut Pasteur. Nous avons montré que les cellules tumorales de mésothéliome et de mélanome sont sensibles à la lyse par le MV du fait de défauts dans leur capacité de réponse antivirale interféron de type I, alors que les cellules saines qui n'ont pas de défauts ne sont pas sensibles au virus. Nous avons aussi montré que lorsque le MV tue les cellules tumorales, il induit une forme de mort cellulaire immunogène qui favorise la réponse immunitaire anti-tumorale. Nous étudions actuellement les interactions entre le MV et les cellules saines présentes dans le microenvironnement tumoral (macrophages, cellules dendritiques ou fibroblastes). Nous allons caractériser l’effet du MV et des cellules tumorales infectées sur ces cellules saines, en particulier si le virus permet de stimuler leur fonction de présentation d’antigènes et d’induction de réponse T anti-tumorale. Nous déterminerons également si la présence de cellules saines réduit l’activité oncolytique du MV par leur production d’interféron de type I.
Ce projet qui aborde divers disciplines (immunologie, cancérologie et virologie) devrait permettre de mieux comprendre l’activité oncolytique du MV afin d’optimiser son utilisation. Option à laquelle est associé ce projet :
Biothérapies de l’appareil locomoteur Cardiovasculaire et Facteurs de Risque
X Immunologie-Cancérologie Immuno-Intervention, Transplantation et Auto-Immunité Maladies infectieuses Physiopathologies de l’axe cerveau-intestin
Formulaire de stage (SUR UNE PAGE MAXIMUM) Parcours M2 BBRT 2019-20
Laboratoire : CRCINA INSERM U1232
N° d’équipe : Equipe 9 Nom-Prénom de l’encadrant : Oliver Lisa Courriel de l’encadrant : [email protected] Candidat pressenti : Titre du stage : Reconstruction in vitro de Glioblastome par bioprinting 3D. Résumé du projet proposé: Plusieurs études ont montré que les cellules fibroblastiques du stroma tumorale (Cancer-associated fibroblasts, CAFs) peuvent moduler la résistance aux traitements dans de nombreuses tumeurs. Toutefois, il n’existe pas de données sur l’hétérogénéité de ces cellules dans les GBM et notamment s’il existe des populations de CAF spécifiques pour chaque sous types de GBM et si l’interaction CAF / GBM est déterminant pour la progression et la survie tumorale en réponse au traitement classique de ces tumeurs. Les objectifs de ce projet sont donc : 1) d'obtenir des CAF à partir des différents prélèvements tumoraux de différents sous types de GBM; d’établir des co-cultures entre les cellules cancéreuses et les CAF homologue (même sous type) ou hétérologue (différents sous types). Des primocultures de cellules cancéreuses des différents sous types de GBM sont, d’ores et déjà disponible au laboratoire. 2) d’étudier la réponse biologique in vitro à un traitement correspondant à la thérapie classique du GBM dite protocole de Stupp, une combinaison de chimiothérapie avec le TMZ et de l’irradiation. Nous établirons l’effet de CAF de la même origine ou non que la cellule cancéreuse sur la prolifération, la migration et la mort cellulaire. Les CAF procurent les métabolites essentiels pour la croissance tumorale et nous nous intéresserons plus particulièrement à l'effet de la co-culture sur le métabolisme des cellules. 3) configurer un bioprinting 3D en utilisant des primo-culture de cellules de glioblastome et CAF et un « bio-ink » représentant la matrice extracellulaire telle que nous pouvons analyser les interactions entre les cellules et la résistance de ces interactions se précipiter. Option à laquelle est associée ce projet :
Biothérapies de l’appareil locomoteur Cardiovasculaire et Facteurs de Risque
X Immunologie-Cancérologie Immuno-Intervention, Transplantation et Auto-Immunité Maladies infectieuses Physiopathologies de l’axe cerveau-intestin
Formulaire de stage (SUR UNE PAGE MAXIMUM) Parcours M2 BBRT 2019-20
Laboratoire : CRCINA
N° d’équipe : 1 Nom-Prénom de l’encadrant : Christelle Harly Courriel de l’encadrant : [email protected]
Candidat pressenti : Titre du stage : Programmation fonctionnelle de lymphocytes T intra-épithéliaux.
Résumé du projet proposé: Les lymphocytes T intra-épithéliaux (IEL) jouent des fonctions clé
dans le maintien de l’intégrité des barrières épithéliales comme la peau et les muqueuses, ainsi que dans l’immuno-surveillance des tumeurs épithéliales. La fonction des IEL nécessite notamment l’expression de molécules permettant la migration vers les tissus, ainsi qu’une adaptation métabolique a l’environnement tissulaire. Comprendre comment les caractéristiques fonctionnelles des IEL sont établies permettrait d’optimiser les approches immuno-thérapeutiques contre les tumeurs solides.
Nous avons identifié un facteur de transcription comme étant spécifiquement exprimé par diverses populations de IEL, et nos résultats préliminaires montrent que ce facteur joue un rôle important dans le développement de certaines populations IEL chez la souris. Lors de ce stage, l’étudiant explorera la possibilité que ce facteur est nécessaire, et suffisant, pour la programmation fonctionnelle de lymphocytes T en effecteurs intra-épithéliaux. Des approches de pertes et gains de fonctions seront utilisées pour caractériser le rôle de ce facteur au cours du développement naturel de populations IEL, ainsi que son potentiel dans la reprogrammation de populations de lymphocytes T non-épithéliaux en IEL.
L’étudiant sera formé pour être autonome sur la plupart des méthodes utilisées pour ce projet (préparation cellulaires, cytométrie en flux, préparation et analyse d’ARN, production et utilisation d’un vecteur d’expression viral), et sera accompagné sur les approches nécessitant une expertise préalable (tri cellulaire, expériences in vivo, analyses bio-informatiques).
Option à laquelle est associée ce projet :
Biothérapies de l’appareil locomoteur Cardiovasculaire et Facteurs de Risque Immunologie-Cancérologie Immuno-Intervention, Transplantation et Auto-Immunité Maladies infectieuses Physiopathologies de l’axe cerveau-intestin
Formulaire de stage
Parcours M2 BBRT 2019-2020
Laboratoire : CRCINA Inserm U1232 - Nantes
N° d’équipe : Equipe 16, IRS-2 "Mécanismes moléculaires de l'inflammation chronique dans les hémopathies"
Nom-Prénom de l’encadrant : Sylvie HERMOUET
Courriel de l’encadrant : [email protected]
Candidat pressenti :
Titre du stage : MGUS et myélomes liés à une stimulation antigénique chronique
Résumé du projet proposé :
Contexte: La stimulation antigénique chronique d’origine infectieuse est un mécanisme peu exploré en pathologie hématologique maligne. En cas d’infection chronique la réponse immunitaire peut se traduire par la présence dans le sang d’une immunoglobuline (Ig) monoclonale (Ig mc). Une réponse immune anormale au virus d’Epstein-Barr (EBV) est fréquemment observée chez les patients atteints de “monoclonal gammapathy of undeter- mined significance (MGUS) ou de myélome. L’Ig mc caractéristique de ces maladies reconnait spécifiquement le virus EBV dans un quart des cas (Feron et al. Analytical Biochem 2013; Bosseboeuf et al. J Clin Invest Insight 2017). Les Ig mc ciblent le plus souvent la protéine EBNA1 mais à ce jour, on ne connait qu’un seul épitope d’EBNA1 cible d’Ig mc. Il est donc important d’identifier les protéines et séquences virales associées aux MGUS et myélomes. Il est aussi nécessaire de comprendre les mécanismes d’activation du BCR par l’antigène viral ciblé par l’Ig mc du patient, dans l’objectif de proposer de nouvelles approches thérapeutiques (ex : éradication de l’infection, inhibition de la signalisation du BCR). Hypothèse et Objectifs : Nous proposons qu’une réponse anormale à certains virus (EBV, VHC) est une cause fréquente de MGUS et de myélome. Le projet de recherche de l’équipe vise à élucider la réponse immunitaire humorale envers l’EBV et le VHC dans le contexte des MGUS et du myélome, avec deux objectifs principaux : 1) Identifier les épitopes EBV et VHC reconnus par les Ig mc des MGUS et myélomes ; 2) Caractériser la fonction des Ig mc spécifiques d’antigènes et séquences peptidiques issus de l’EBV ou du VHC. Compétences requises : Compétences de base en biochimie, biologie cellulaire, cultures cellulaires ; Connaissances en immunologie et en virologie ; Rigueur et organisation ; Anglais. Option à laquelle est associée ce projet :
Biothérapies de l’appareil locomoteur Cardiovasculaire et Facteurs de Risque
X Immunologie-Cancérologie Immuno-Intervention, Transplantation et Auto-Immunité Maladies infectieuses Physiopathologies de l’axe cerveau-intestin
Formulaire de stage (SUR UNE PAGE MAXIMUM) Parcours M2 BBRT 2019-20
Laboratoire : CRCINA
N° d’équipe : 4 Nom-Prénom de l’encadrant : Fradin Delphine Courriel de l’encadrant : [email protected] Candidat pressenti : non Titre du stage : Identification d’une signature miARNs des exosomes tumoraux
Résumé du projet proposé: Les exosomes sont de petites vésicules extracellulaire (70-150nm) impliquées dans la communication et le transfert de matériels entre les cellules. Toutes les cellules sont capables de produire des exosomes, mais les cellules tumorales en sécrètent beaucoup plus, et surtout, leur contenu est différent de leurs homologues sains. Les exosomes sont enrichis en petits ARNs non codants, tels que les microARNs (miARNs). Les miARNs sont impliqués dans la régulation de l’expression des gènes, en ciblant principalement la région 3’UTR des ARNs messagers cibles. Les exosomes tumoraux, appelés TEXs, ont ainsi la capacité de réguler l’expression des gènes des cellules receveuses du microenvironnement tumoral. Le projet porte sur :
1) L’identification d’une signature miARNs commune à tous les exosomes tumoraux (mélanome, leucémie lymphoïde chronique, lymphome folliculaire, mesothéliome, sarcome, et cancer de la prostate). Nous postulons que ces miARNs communs sont impliqués dans les processus généraux de tumorigénèse : prolifération, dissémination, etc.
2) L’identification d’une signature miARNs propre à chaque type de tumeur, afin de fournir de nouveaux biomarqueurs facilement accessibles, puisque les exosomes tumoraux sont retrouvés dans tous les fluides corporels.
Les méthodes utilisées seront : culture cellulaire, purification d’exosome, extraction ARN, reverse transcription, qPCR, Taqman Option à laquelle est associée ce projet :
Biothérapies de l’appareil locomoteur Cardiovasculaire et Facteurs de Risque
x Immunologie-Cancérologie Immuno-Intervention, Transplantation et Auto-Immunité Maladies infectieuses Physiopathologies de l’axe cerveau-intestin
