PATHfinder

Bactéries et Parasites

Détection et quantification par PCR en temps réel

Le secteur alimentaire est, à l’échelle mondiale, un acteur déterminant dans les vies et la santé

de la population humaine et le consommateur y investit une confiance particulière.

Quand les maladies ou les épidémies d'origine alimentaire font la une des journaux, le publique

est naturellement perturbé et demande des règles plus serrées et une surveillance des produits

alimentaires plus efficace.

La détection traditionnelle des bactéries, culture-dépendante, est souvent longue et laborieuse et

reste en décalage avec les temps rapides d’exécution de l’industrie alimentaire moderne, en

considérant que souvent l’intervalle de temps de la ferme à l’assiette est de 24 heures seulement.

Les principaux avantages des méthodes basées sur la PCR sont la spécificité, l’information (par ex.

l'identification immédiate de la souche bactérienne), la sensibilité et la rapidité majeures par

rapport aux tests microbiologiques conventionnels. Bien qu’un passage de pré-enrichissement soit

souvent nécessaire, la simplicité et le gain de temps de la réaction de PCR la rendent une

méthode bien applicable à la détection des pathogènes bactériens, mais aussi des

microorganismes d’altération, dans les aliments et les boissons.

2

Les méthodes d’analyse basées sur les acides nucléiques et leur standardisation sont le cœur des

activités d’R&D et de vente chez Generon, car nous aspirons à devenir le partenaire idéal pour

l’industrie des aliments et des boissons en ce domaine.

PATHfinder est le portefeuille de produits développés par Generon afin d’exploiter au mieux la

PCR en temps réel et offrir au consommateur des protocoles optimisés et validés pour vérifier la

présence d’une large varieté de microorganismes pathogéniques ou d’altération en recherchant

leur ADN. La collection inclut:

• PATHfinder Assays: amorces et sondes développées sur la base de nombreux articles

scientifiques, revus après une confirmation approfondie in–silico et in-vitro des données

publiées et mélangées à une polymérase bien sélectionnée afin d’assurer une détection au

top.

• PATHfinder SureXtra: pellets bactériens inactivés par la chaleur à une compte cellulaire

connue, assurant un stricte contrôle de l’efficace du procès d’extraction de l’ADN;

• PATHfinder DigiCount: calibreurs innovants de ddPCR à concentration connue, pour obtenir la

meilleure précision de quantification en unités génomiques.

3

Le portefeuille PATHfinder est intégré avec les kits pour l’extraction des acides nucléiques à partir

des échantillons, produits développés par Generon ou par des partenaires techniquement

sélectionnés.

GENERlex 6% et GENERlex ION-Liquid Force le kit d’extraction rapide développé par l’équipe R&D

de Generon pour l’extraction d’ADN bactérien/fongique à partir du bouillon d’enrichissement.

Ion Spin DNA Prep One-for-All, développé par l’R&D Generon, est spécifiquement indiqué pour

l’extraction à partir de matrices “difficiles” (par ex. échantillons de chocolat). Il s’agit de la

meilleure solution aussi quand on veut extraire des bactéries Gram positifs, sporulées ou des

parasites, qui demandent des conditions d’extraction plus restrictives afin de pouvoir casser les

parois cellulaires.

Le kit Bio-Rad Aquadien™ est spécifiquement sélectionné pour l’extraction d’ADN bactérien à

partir de tout type d’échantillon d’eau.

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5

Figure 1 – Application de la PCR en temps réel en microbiologie

Filtration de

l’échantillon

Extraction de l’ADN

Quantitative

PCR en temps réel

Présence/Absence

PCR en temps réel

ID des Colonies

PCR en temps réel

Échantillons

Solides

Échantillons

Liquides

Colonies

Isolées

Enrichissement

de l’échantillon

L'approche expérimental le plus approprié pour répondre aux exigences analytiques devrait

considérer les matrices testées, les caractéristiques de la bactérie, la concentration attendue et

les limites technologiques. Generon vous assiste pour trouver la meilleure solution du tout début.

Les kits Generon incluent dans chaque réaction de PCR en temps réel un contrôle d’inhibition,

nommé Contrôle Interne d’Amplification (IAC), afin de démontrer que les éventuels inhibiteurs de

la PCR ou les impuretés interférentes avec l’ADN polymérase ne baissent pas l’efficience da la

réaction de PCR. IAC est une séquence d’ADN non-cible contenue dans le même tube que

l’échantillon (introduite avec la mastermix de test), qui est co-amplifiée simultanément à la

séquence cible. Dans une PCR contenante un IAC, un signal de contrôle devrait toujours être

produit, même si la séquence cible n’est pas présente.

Même si le IAC peut expliquer un éventuel échec de la réaction de PCR dû à la présence

d’inhibiteurs, il ne peut pas investiguer sur l’efficience des réactifs d’extraction utilisés. On a

démontré dans plusieurs articles scientifiques que pas tous les méthodes/kits d’extraction sont

pareils en termes de récupération de l’ADN et que leur performance est extrêmement affectée

par la matrice testée et par la cible microbienne testée (par exemple il y a des énormes

différences entre les bactéries gram positifs et gram négatifs). Certaines sociétés ont abordé le

problème en fournissant un ADN exogène pour surcharger les échantillons à détecter comme s‘il

était un IPC. La limite de cette solution est qu’elle ne considère ni l’influence du type de bactérie

testée ni l’effet de la matrice sur l’efficace de la lyse bactérienne.

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Cible

IAC

Échantillon positif Échantillon négatif Inhibition de la PCR

Figure 2 – Contrôle Interne d’Amplification

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PATHfinder sureXtra est la réponse développée par Generon pour résoudre le problème de

monitorer l’efficience d’extraction de l’ADN à partir des bouillons d’enrichissement microbien.

PATHfinder sureXtra sont des pellets inactivés à la chaleur à une compte cellulaire connue, qui

peuvent être dispersés dans le bouillon d’enrichissement contenant une matrice alimentaire

spécifique pour simuler l’environnement “réel” d’extraction avec toutes ses interférences. Cela

assure un stricte contrôle du procès expérimental de PCR en temps réel par entier, à partir de

l’extraction de l’ADN jusqu’à la détection de la séquence cible.

Décongeler le

pellet sureXtra

Resuspenser

en 1 ml

Apporter à la

concentration

cellulaire désirée

Amplifier votre

ADN sureXtra

Extraire l’ADN

comme pour un

échantillon inconnu

PATHfinder sureXtra sont manufacturés avec un stricte contrôle de la qualité qui inclut: compte

cellulaire, contrôle de stérilité (absence de colonies après l’inactivation par la chaleur);

amplifiabilité de l’ADN; reproductibilité au sein du lot.

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Salmonella

Le genre Salmonella est divisé en deux espèces, S. enterica et S. bongori. À présent, plus de 2500 sérovars de S.

enterica ont été identifiés et la plupart a la capacité d’infecter une large variété d’espèces animales et l’homme.

Salmonella est une bactérie mésophilique à gram-négatif capable de proliférer à des températures de réfrigération

(de 4 à 10°C), avec une prolifération rapide entre 25 et 43°C, bien qu’elle soit généralement sensible à des

températures au-dessus de 55°C. Salmonella pousse activement dans la plage de pH de 3.6 à 9.5 et optimalement à

des valeurs de pH presque neutres. Les infections de S. enterica continuent à être un important problème de santé

publique dans le monde entier malgré les nombreuses initiatives législatives et éducationnelles pour améliorer l’hygiène

alimentaire. À cause de son ubiquité dans l’environnement et de son habilité de colonisation des animaux de la

chaine alimentaire humaine, les infections causées par cette bactérie sont difficiles à éradiquer. Les aliments

communément contaminés et associés à l’infection de Salmonella chez l’homme incluent la volaille, les produits à

base de volaille, les œufs et les produits à base d’œufs, le porc, le bœuf, le lait et les produits à base de lait, les fruits de

mer, les fruits frais et les légumes.

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BR3578123 iQ-Check Salmonella 2 Kit 96 Reactions Kit 96 Réactions

PMB01R PATHfinder Salmonella spp DigiCount >120 000 GUs en 120 µl *

PMB01X PATHfinder Salmonella sureXtra 50 Flacons

Listeria

Le genre Listeria contient six espèces gram-positives: L. monocytogenes, L. innocua, L. seeligeri, L. welshimeri, L. ivanovii

et L. grayi. Seulement les espèces hémolytiques L. monocytogenes, L. ivanovii et L. seeligeri sont associées à une

pathogénicité chez l’homme, bien que L. monocytogenes soit jusqu’à présent la seule espèce impliquée dans des

épidémies de listériose d’origine alimentaire. Listeria prolifère à une vaste plage de températures (de −1.5 à 45–50°C)

et de pH (de 4.3 à 9.6), survit à la congélation et est relativement résistante à la chaleur et à l’acidité. La principale

source de contamination du produit alimentaire, avant le relâche au consommateur, est le milieu de traitement, inclus

l’équipement de remplissage et d’emballage, les transporteurs, les solutions de réfrigération, les trancheuses, les

déchiqueteuses et les mélangeurs. En outre, Listeria est capable de former des biofilms permettant aux cellules de

survivre aux agents de stress et de désinfection. La Listériose est associée aux produits à base de légumes, de lait, de

viande, de volaille, de poisson et de fruits de mer contaminés.

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BR3578113 iQ-Check Listeria spp. Kit 96 Reactions

PMB02A PATHfinder Listeria monocytogenes Assay Kit 100 Réactions

PMB02A-50 PATHfinder Listeria monocytogenes Assay Kit 50 Réactions

PMB02R PATHfinder Listeria monocytogenes DigiCount >120 000 GUs en 120 µl *

PMB02X PATHfinder Listeria monocytogenes sureXtra 50 Flacons

* En développement

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Escherichia coli

Escherichia coli est une bactérie anaérobique facultatif à gram-négatif, naturellement présents chez l’homme et les

animaux dans la microflore intestinale. Certaines souches sont, cependant, capables de causer des affections, à partir

de légères diarrhées jusqu’à des diarrhées telles que celles provoquées par le cholera et peuvent causer des

complications potentiellement fatales, comme par exemple la syndrome hémolytique et urémique (HUS).

Les E. Coli causant diarrhée plus importants sont classifiés en au moins six groupes distingués sur la base des

caractéristiques pathogéniques: E. coli entéropathogène (EPEC), E. coli entérotoxigène (ETEC), E. coli

entérohémorragique (EHEC), E. coli enteroinvasif (EIEC), E. coli à adhésion diffuse (DAEC) et E. coli entéroagrégatifs

(EAEC).

Le EHEC, également connu comme E. coli produisant les Shiga-toxines (VTEC ou STEC), est responsable pour une simple

diarrhée ou des graves infections chez l’homme, par exemple des colites hémorragiques et la HUS. Ces souches sont

connues pour leur capacité de produire la toxine Shiga 1 (Vtx1/Stx1) et la toxine Shiga 2 (Vtx2/Stx2). En plus, un autre

facteur associé à la virulence est le plasmide pO157, codant pour l’hemolysine et le locus d'effacement

des entérocytes contenant le gène intimine (eaeA). Bien que le sérotype O157:H7 soit le plus fréquemment impliqué

dans les toxi-infections alimentaires du monde entier, plus de 100 sérotypes STEC (par ex. des membres des sérogroupes

O26, O45, O103, O111, O121 et O145) sont connus pour causer des maladies chez l’homme comme la HUS. Plusieurs

infections de STEC chez l’humain ont été causées par la consommation d’aliments contaminés d’origine bovine

insuffisamment cuits, comme par exemple le bœuf haché et le lait cru. D’autres sources d’infection sont les légumes

contaminés par le fumier, le lait cru, certains produits laitiers, la mayonnaise, la charcuterie, l’agneau, le gibier, le cerf

séché, le salami fumé, l’eau contaminée, la contamination croisée et le contact direct.

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PMB14A PATHfinder E.coli (+ Shigella spp.) Assay Kit 100 Réactions

PMB14A-50 PATHfinder E.coli (+ Shigella spp.) Assay Kit 50 Réactions

PMB14R PATHfinder E.coli DigiCount >120 000 GUs en 120 µl *

PMB14X PATHfinder E.coli sureXtra 50 Flacons *

PMB10A PATHfinder E.coli VTEC stx1-stx2 & eae-IPC duplex assays Kit 100 Tests

PMB10A-50 PATHfinder E.coli VTEC stx1-stx2 & eae-IPC duplex assays Kit 50 Tests

PMB10A-V1 PATHfinder E.coli VTEC (stx1) Assay Kit 100 Réactions

PMB10A-V2 PATHfinder E.coli VTEC (stx2) Assay Kit 100 Réactions

PMB10A-VE PATHfinder E.coli VTEC (eae) Assay Kit 100 Réactions

PMB10A-H4 PATHfinder E.coli H:4 fliC Assay Kit 50 Réactions

PMB10A-H7 PATHfinder E.coli H:7 fliC Assay Kit 50 Réactions

PMB10A-P103 PATHfinder E.coli O:103 wzx Assay Kit 50 Réactions

PMB10A-P104 PATHfinder E.coli O:104 wzx Assay Kit 50 Réactions

PMB10A-P111 PATHfinder E.coli O:111 wbdL Assay Kit 50 Réactions

PMB10A-P145 PATHfinder E.coli O:145 ihp1 Assay Kit 50 Réactions

PMB10A-P157 PATHfinder E.coli O:157 rfbE Assay Kit 50 Réactions

PMB10A-P26 PATHfinder E.coli O:26 wzx Assay Kit 50 Réactions

Kit Spécial

PMB64A PATHfinder Top Pathogens Triplex Detection Assay § 100 Tests

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§ Chaque kit contient 100 réactions triplex détectant:

• MIX-1 Salmonella spp. (FAM), L. monocytogenes (HEX), IAC (Cy5)

• MIX-2 stx1-stx2 (FAM), eae (HEX), IAC (Cy5)

* En développement

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Campylobacter

Campylobacter spp. sont des bactéries à gram-négatif non sporulées. Les Campylobacters thermotolérants,

spécialement Campylobacter jejuni et C. coli, sont reconnus dans le monde entier comme une cause d’infections

humaines. Campylobacters ne sont pas capables de proliférer en dessous de 30°C, en dessous de pH 4.9 et à une

concentration de chlorure de sodium au 2%. En outre, ces bactéries sont très sensibles à la dessiccation et ne survivent

pas bien sur des surfaces sèches. L’homme peut être infecté en mangeant des produits à base de viande

insuffisamment cuite (volaille, porc et bœuf), en buvant le lait cru et l’eau polluée. C. jejuni a été isolé à partir d’une

plage de sources alimentaires, inclus la volaille, la viande rouge et le lait. Presque toutes les parties des carcasses de

volaille, frais, réfrigérés ou congelés, sont fréquemment contaminés avec C. jejuni. Le réservoir primaire pour C. coli est

le porc, alors que C. coli constitue une pourcentage minimale de Campylobacter isolé à partir du poulet ou du bovin.

Le PATHfinder Thermotolerant Campylobacter Detection and Quantification Assay a été développé en suivant un

protocole publique de PCR en temps réel (Hoorfar et al. 2006), validé à travers des essais comparatifs et collaboratifs

basés sur les recommandations du Nordic system for validation of alternative microbiological methods (NordVal). Le

test détecte tous les Campylobacters thermotolérants d’origine alimentaire (C. jejuni, C. coli et C. lari).

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BR3578135 iQ-Check Campylobacter Kit Kit 96 Réactions

PMB04R PATHfinder Thermotolerant Campylobacter coli DigiCount >120 000 GUs en 120 µl *

PMB04X PATHfinder Thermotolerant Campylobacter coli sureXtra 50 Flacons *

Clostridium perfringens

Clostridium perfringens est une bactérie à gram-positif, anaérobique, sporulée et classifiée en cinq toxinotypes (A, B, C,

D et E). Une petite fraction seulement (du 1 au 5%) de tous les C. perfringens isolés (principalement le type A), est

capable de causer une intoxication alimentaire. La bactérie prolifère à une plage de température de 15 jusqu’à 50°C,

avec un optimum de 37 jusqu’à 45°C et une croissance observée à des températures non inferieures à 6°C. La

capacité de former des spores résistantes à la chaleur et la vaste plage de température à laquelle C. perfringens peut

pousser sont des caractéristiques que permettent à la bactérie de se multiplier et de survivre dans plusieurs aliments.

Cet organisme est généralement présent dans les épices, sur les surfaces des produits végétaux, ainsi que dans

d’autres aliments crus et traités. C. perfringens est aussi fréquemment isolé dans les produits à base de viande et de

volaille, généralement à cause d’une contamination fécale des carcasses, d’une contamination à partir d’autres

ingrédients et/ou d’une contamination post-traitement.

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PMB06A PATHfinder Clostridium perfringens Assay Kit 100 Réactions

PMB06A-50 PATHfinder Clostridium perfringens Assay Kit 50 Réactions

PMB06R PATHfinder Clostridium perfringens DigiCount >120 000 GUs en 120 µl *

PMB06X PATHfinder Clostridium perfringens sureXtra 50 Flacons *

* En développement

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Vibrio

Le genre Vibrio comprend des espèces de bactéries à Gram-négatif indigènes des eaux marines et estuariennes. Trois

espèces sont considérées des importants pathogènes d’origine alimentaire chez l’humain - V. cholerae, V.

parahaemolyticus et V. vulnificus. V. cholerae est encore un important problème de santé dans certaines régions des

pays en développement. La contamination des fruits, des végétaux et d’autres aliments se passe généralement à

cause de l’irrigation avec des eaux polluées ou à travers la manipulation des aliments d’une personne infectée. V.

parahaemolyticus et V. vulnificus sont adaptés à des habitats d’eaux salées ou saumâtres et sont halophiles dans une

certaine mesure, étant incapables de pousser en absence de chlorure de sodium, donc ils sont plus fréquemment

associés à la consommation de fruits de mer crus ou insuffisamment cuits.

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PMB13A-C PATHfinder Vibrio cholerae Assay Kit 100 Réactions

PMB13A-C-50 PATHfinder Vibrio cholerae Assay Kit 50 Réactions

PMB13A-P PATHfinder Vibrio parahemolyticus Assay Kit 100 Réactions

PMB13A-P-50 PATHfinder Vibrio parahemolyticus Assay Kit 50 Réactions

PMB13A-V PATHfinder Vibrio vulnificus Assay Kit 100 Réactions

PMB13A-V-50 PATHfinder Vibrio vulnificus Assay Kit 50 Réactions

PMB13R PATHfinder Vibrio parahemolyticus DigiCount >120 000 GUs en 120 µl *

PMB13R-C PATHfinder Vibrio cholerae DigiCount >120 000 GUs en 120 µl *

PMB13R-V PATHfinder Vibrio vulnificus DigiCount >120 000 GUs en 120 µl *

PMB13X PATHfinder Vibrio parahemolyticus sureXtra 50 Flacons *

PMB13A-M PATHfinder Vibrio (Vp - Vv - Vc) Multiplex Assay Kit 100 Réactions

PMB13A-M-50 PATHfinder Vibrio (Vp - Vv - Vc) Multiplex Assay Kit 50 Réactions

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Kit de réactions Quadruplex pour la détection de Vibrio parahemolyticus (FAM), Vibrio vulnificus (Texas Red), Vibrio cholerae (Cy5) et

Contrôle Interne d’Amplification (HEX).

* En développement

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Staphylococcus aureus

S. aureus est une cause commune de toxinfection alimentaire dans le monde entier, causée par l'ingestion

d’enterotoxines thermostables produites dans les aliments par la bactérie enterotoxigène S. aureus. Il s’agit d’une

bactérie à gram-positif, qui pousse de 7 jusqu’à 47.8°C, dans une plage de pH 4.5-9.3; la bactérie est aussi tolérante à

des hautes concentrations de sel, résistante aux nitrates et capable de pousser à des basses valeurs de aw.

S. aureus est une bactérie ubiquitaire, étant un commensal humain et zoonotique. Les aliments incriminés dans la

toxinfection de staphylocoques incluent le bœuf, le jambon, le porc, les saucisses, le poulet, la dinde, les produits à

base d’œuf, le thon, la bisque de homard en boite; la salade de pommes de terre; les champignons en boîte, les

produits de boulangerie comme par exemple les pâtisseries à la crème, les tartes à la crème et les éclairs au chocolat;

les garnitures pour sandwich; le lait en poudre et d’autres produits laitiers. Ces éléments peuvent se contaminer

pendant la préparation et la toxine se forme s‘ils sont ensuite mal gérés avant la consommation.

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PMB11A PATHfinder Staphylococcus aureus Assay Kit 100 RéactionsPMB11A-50 PATHfinder Staphylococcus aureus Assay Kit 50 RéactionsPMB11R PATHfinder Staphylococcus aureus DigiCount >120 000 GUs en 120 µl *PMB11X PATHfinder Staphylococcus aureus sureXtra 50 Flacons

* En développement

Bacillus cereus

Bacillus cereus est une bactérie à gram-positif sporulée et souvent associée à deux formes d’intoxication alimentaire

chez l’humain, caractérisées l’une par diarrhée et douleurs abdominales et l’autre par nausée et vomissement. Une

caractéristique importante de B. cereus est sa capacité de survivre et pousser à des basses températures. On a aussi

observé la capacité de cet organisme de survivre et pousser à une plage de pH qui va de 4.3 à 9.3. Les endospores

permettent à la bactérie d’augmenter sa résistance à la chaleur humide, à la chaleur sèche, aux radiations, à la

dessiccation, aux valeurs extrêmes de pH, aux produits chimiques, aux enzymes et à l’haute pression. Cette résistance

pourrait permettre à la bactérie de survivre à la pasteurisation et au cuisson à température ambiante des aliments. B.

cereus a été détecté dans des aliments traités thermiquement ou cuisinés, comme par exemple le chocolat de

cuisson, le pain cuit, le riz cuit, les pâtes, les viandes, le lait et les produits laitiers et sa présence a été observée aussi

dans les épices, les légumes crus, la vinaigrette et les fruits de mer. En outre, une association a été remarquée entre les

aliments farinacés et les intoxications alimentaires liées aux cereulides.

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PMB09A PATHfinder Bacillus cereus Assay Kit 100 RéactionsPMB09A-50 PATHfinder Bacillus cereus Assay Kit 50 RéactionsPMB09R PATHfinder Bacillus cereus DigiCount >120 000 GUs en 120 µl *PMB09X PATHfinder Bacillus cereus sureXtra 50 Flacons

Cronobacter sakazakii

Cronobacter sakazakii est un bâtonnet à gram-négatif qui cause des graves maladies chez les nourrissons humains, y

incluse l’entérocolite nécrotique, la septicémie et la méningite. La plupart des cas frappe les bébés de moins de 28

jours, les prématurés et les nourrissons de faible poids à la naissance, particulièrement susceptibles probablement à

cause de leur système immunitaire déficient par rapport aux enfants à terme et aux adultes. Le lait maternisé en

poudre contaminé et commercialisé a été impliqué dans nombreux foyers et est le principal véhicule pour les infection

de C. sakazakii. Son habilité d’adhérer aux surfaces, comme le caoutchouc, le silicone, le polycarbonate et l’acier

inoxydable, explique la persistance de C. sakazakii dans l’équipement de préparation du lait maternisé et dans

l’environnement de fabrication alimentaire. Les standards de pasteurisation du lait sont plus que suffisants à inactiver C.

sakazakii, bien qu’il soit remarquablement résistant au stress osmotique et au séchage.

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BR3578137 iQ-Check Cronobacter spp. Kit 96 RéactionsPMB08A PATHfinder Cronobacter sakazakii Assay Kit 100 RéactionsPMB08A-50 PATHfinder Cronobacter sakazakii Assay Kit 50 RéactionsPMB08R PATHfinder Cronobacter sakazakii DigiCount >120 000 GUs en 120 µl *PMB08X PATHfinder Cronobacter sakazakii sureXtra 50 Flacons *

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Clostridium botulinum

Clostridium botulinum est une tige anaérobique, à gram-positif, sporulée, qui cause le botulisme. Le botulisme d’origine

alimentaire est une grave maladie neurologique qui frappe l’homme et les animaux et qui s’avère dans une paralyse

causée par une neurotoxine (BoNT). Sept sérotypes (de A à G) de C. botulinum ont été classifiés; pourtant les sérotypes

A, B, E et F représentent presque tous les cas de botulisme humain. La BoNT est produite aussi par des souches de

Clostridium baratii (type E) et de Clostridium butyricum (type F). Les BoNTs sont produites pendant le développement

anaérobique de C. botulinum (mais aussi par d’autres espèces de Clostridium) et ont une dose toxique d’ingestion

humaine estimée de 1 ng/kg de masse corporelle. Un aliment peut contenir des spores viables mais ne pas contenir

encore la BoNT, car la prolifération est nécessaire pour la production de la toxine. La BoNT est thermolabile et est

rapidement inactivée par la chaleur (à 85°C ou à des températures plus hautes pour au moins 5 min).

Le botulisme d’origine alimentaire est une maladie rare qui résulte de la consommation d’aliments contaminés avec la

BoNT préformée ou après la colonisation du trait gastro-intestinal des clostridies produisant la toxine botulique (BTPC) et

la successive sécrétion de la neurotoxine. Les symptômes apparaissent généralement de 18 à 36 heures après

l’ingestion de l’aliment contaminé et les personnes avec ces symptômes nécessitent d’un traitement spécialisé

immédiat.

La plupart des aliments contiennent probablement des spores de C. botulinum; par exemple, il a été isolé du poisson,

de la viande, des légumes, des fruits, du miel, des champignons, du fromage et des noix. Les spores résistantes à la

chaleur sont capables de survivre jusqu'à 2 heures à 100°C et peuvent survivre dans les aliments qui reçoivent un

traitement minimal ou mouvais à des conditions anaérobiques. Comme conséquence, la cause la plus commune de

boulisme est la consommation d’aliments en conserve fait à la maison préparés à des conditions inappropriées.

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PMB44A PATHfinderClostridium botulinum (BTPC) Assay Kit 100 Réactions

PMB44A-50 PATHfinder Clostridium botulinum (BTPC) Assay Kit 50 Réactions

PMB44R PATHfinder Clostridium botulinum DigiCount >120 000 GUs en 120 µl*

PMB44X PATHfinder Clostridium botulinum sureXtra 50 Flacons

PMB67A PATHfinderClostridium botulinum Assay (according to ISO-17919) Kit 100 Réactions

PMB67A-50 PATHfinder Clostridium botulinum Assay (according to ISO-17919) Kit 50 Réactions

PMB67X PATHfinder Clostridium botulinum sureXtra (amplicon according to ISO-17919) 50 Flacons

* En développement

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Yersinia

Les yersiniae sont des bactéries à gram-négatif appartenant à la famille des Enterobacteriaceae. Y. enterocolitica est

un pathogène d’origine alimentaire avec la capacité de pousser à des températures de réfrigération et survivre à des

cycles répétés de congélation et décongélation, ce qui pose un problème pour la sécurité alimentaire. La bactérie

prolifère à une plage de température généralement entre 4 et 42°C. Bien que le porc et les produits à base de porc

soient considérés comme les premiers véhicules des infections de Y. enterocolitica, l’eau potable et une variété

d’autres aliments, inclus le lait, les produits laitiers, le bœuf, l’agneau, les fruits de mer, le fromage, le tofu, les légumes

crus, les produits frais, sont aussi impliqués.

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PMB07A PATHfinder Yersinia enterocolitica Assay Kit 100 Réactions

PMB07A-50 PATHfinder Yersinia enterocolitica Assay Kit 50 Réactions

PMB07R PATHfinder Yersinia enterocolitica DigiCount >120 000 GUs en 120 µl *

PMB07X PATHfinder Yersinia enterocolitica sureXtra 50 Flacons *

PMB60A PATHfinder Yersinia pseudotubercolosis Assay Kit 100 Réactions

PMB60A-50 PATHfinder Yersinia pseudotubercolosis Assay Kit 50 Réactions

PMB60R PATHfinder Yersinia pseudotubercolosis Digicount >120 000 GUs en 120 µl *

PMB60X PATHfinder Yersinia pseudotubercolosis sureXtra 50 Flacons *

* En développement

Shigella

La dysenterie causée par les espèces de Shigella est une maladie infectieuse commune dans les pays en

développement et dans les pays tropicaux. Shigella est une bactérie à gram-négatif. Le genre est divisé en quatre

espèces ou sérotypes: S. dysenteriae, S. flexneri, S. boydii et S. sonnei, représentant les sous-groupes A, B, C et D,

respectivement. Shigella spp. peut survivre à des bas valeurs de pH pendant plusieurs heures et dans les aliments

acides pendant des longues périodes. Nombreuses shigelloses d’origine alimentaire ont été associées avec la

consommation de produits végétaux contaminés, du jus d’orange non pasteurisé, des salades et des sauces. En outre,

Shigella peut contaminer le lait, la volaille et certaines produits laitiers.

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PMB61A PATHfinder Shigella spp Assay Kit 100 Réactions

PMB61A-50 PATHfinder Shigella spp Assay Kit 50 Réactions

PMB61R PATHfinder Shigella flexneri DigiCount >120 000 GUs en 120 µl *

PMB61X PATHfinder Shigella flexneri sureXtra 50 Flacons *

PMB58A PATHfinder Shigella/E.coli Discrimination Assay Kit 100 Réactions

PMB58A-50 PATHfinder Shigella/E.coli Discrimination Assay Kit 50 Réactions

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Pseudomonas aeruginosa

Pseudomonas aeruginosa est une bactérie à gram-négatif généralement présent dans le sol et dans l’eau sous forme

de biofilms attachés à une surface ou un substrat. P. aeruginosa a des nécessités nutritionnelles très simples. Très

souvent, on l’a isolé à partir de l’eau distillée, prouvant ses nécessités nutritionnelles minimales. P. aeruginosa est

souvent observée dans l’eau potable et aussi dans l’eau minérale, étant une bactérie capable d’utiliser IPA, PCB et

PVC comme sources de carbone. P. aeruginosa est un pathogène opportuniste qui peut causer des maladies à la

peau, aux yeux, aux oreilles, aux reins et au trait gastrique, spécialement chez les patients hospitalisés et chez les

enfants. Remarquablement, P. aeruginosa est aussi résistante à plusieurs antibiotiques et désinfectants.

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PMB05A PATHfinder Pseudomonas aeruginosa Assay Kit 100 Réactions

PMB05A-50 PATHfinder Pseudomonas aeruginosa Assay Kit 50 Réactions

PMB05R PATHfinder Pseudomonas aeruginosa DigiCount >120 000 GUs en 120 µl *

PMB05X PATHfinder Pseudomonas aeruginosa sureXtra 50 Flacons *

Cryptosporidium

Cryptosporidium est un parasite protozoaire qui cause des maladies à origine hydrique. C. parvum et C. hominis sont

les espèces dominantes qui causent des maladies chez l’humain. Les infections de ces espèces sont aussi communes

chez les animaux d’élevage, spécialement les bovins et les moutons, bien que les porcs, les chèvres et les chevaux. Le

stade de transmission de C. parvum est l’oocyste que, quand présent dans les fèces, peut contaminer les eaux de

surface. Ce parasite protozoaire est un grave problème pour l’industrie des eaux et des produits frais, car la

contamination se produit à travers les eaux d’irrigation contaminées. Des foyers de cryptosporidiosis ont été associés à

différents aliments, entre lesquels le lait pasteurisé de façon inadéquate, le lait cru, le cidre de pomme, le basilic, les

oignons verts, la salade froide de poulet, les saucisses crues et la tripe.

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PMB42A PATHfinder Cryptosporidium Assay Kit 100 Réactions

PMB42A-50 PATHfinder Cryptosporidium Assay Kit 50 Réactions

PMB42R PATHfinder Cryptosporidium parvum DigiCount >120 000 GUs en 120 µl *

Giardia

Le protozoaire Giardia lamblia est un protozoaire flagellât qui s’alterne entre le stade trophique (feeding) et cystique

(resting). Giardia est un important pathogène humain, causant probablement l’infection parasitaire la plus commune

chez l’homme dans le monde entier. L’infection peut se produire après l’ingestion d’au moins 10 à 25 cistes à travers

l’eau ou les aliments contaminés, ou à travers le contact entre individus. Les cistes peuvent être isolées dans les

effluents des eaux usées, dans les eaux de surface et dans certains réseaux d'approvisionnement en eau potable. La

transmission à origine alimentaire peut se produire à travers l’ingestion d’aliments crus ou insuffisamment cuits. Les cas

d’épidémies d’origine alimentaire ont été associés à la consommation de saumon et trempette de fromage à la

crème, de salade de noodles froide et de salade de fruit contaminés par le cistes de Giardia.

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PMB41A PATHfinder Giardia Assay Kit 100 Réactions

PMB41A-50 PATHfinder Giardia Assay Kit 50 Réactions

PMB41R PATHfinder Giardia lamblia DigiCount >120 000 GUs en 120 µl *

* En développement

16

Legionella

Legionella est une bactérie pathogénique à gram-négatif, qui comprend des espèces provoquantes la légionellose.

Legionella est commune dans plusieurs environnements, avec au moins 50 espèces et 70 sérogroupes identifiés. L.

pneumophila est l'espèce pathogénique la plus commune, causant plus du 90% des cas de légionellose et le

sérogroup 1 est le sérotype prédominant (84.2%).

La transmission de Legionella se produit à travers les aérosols contenant la bactérie. Les sources les plus communes

incluent les tours de refroidissement, les piscines, les chauffe eau domestiques, les fontaines et les diffuseurs des

distributeurs publiques d’eau potable. Avec des conditions adéquates, L. pneumophila peut aussi survivre pendant des

longues périodes comme organisme libre, dans des milieux pauvres en nutriments. Le contrôle régularisé des sources

d’eau potentiellement contaminée est essentiel afin de prévenir les foyers de légionellose.

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BR3578103 iQ-Check Quanti Legionella pneumophila Kit 96 Réactions

BR3578105 iQ-Check Screen Legionella pneumophila Kit 96 Réactions

PMB15D-SG1 PATHfinder Legionella pneumophila Serogroup 1 Assay Kit 100 Réactions

PMB15D-SG1-50 PATHfinder Legionella pneumophila Serogroup 1 Assay Kit 50 Réactions

PMB15D-SG PATHfinder Legionella pneumophila ID Assay# Kit 100 Réactions

PMB15D-SG-50 PATHfinder Legionella pneumophila ID Assay# Kit 50 Réactions

PMB15R PATHfinder Legionella pneumophila DigiCount >120 000 GUs en 120 µl

PMB16A PATHfinder Legionella Dual Assay§ Kit 100 Réactions

PMB16A-50 PATHfinder Legionella Dual Assay§ Kit 50 Réactions

PMB16R PATHfinder Legionella pneumophila SG1 Amplicon DigiCount >120 000 GUs en 120 µl *

BR3578102 iQ-Check Quanti Legionella spp. Kit 96 Réactions

BR3578104 iQ-Check Screen Legionella spp. Kit 96 Réactions

PMB18R PATHfinder Legionella spp. Digicount >120 000 GUs en 120 µl

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# Le kit de réactions Duplex pour l’identification de colonies isolées de Legionella. Les isolées de Legionella pneumophila SG1 résultera

(FAM+/HEX+) Legionella pneumophila SG2-16 (FAM-/HEX+)

§ Kit de réactions Duplex pour la détection/identification de Legionella pneumophila (FAM+/HEX+) et d’autres Legionella spp. (FAM-

/HEX+)

* En développement

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Anisakis

L’anisakiase est l’infection humaine de nématodes plus communément associée aux maladies provoquées par la

consommation des fruits de mer. L’espèce la plus impliquée est Anisakis simplex, suivie par Pseudoterranova decipiens.

Le cycle de vie de ces nématodes comprends des stades larvaires avec plusieurs hôtes intermédiaires et le stade

adulte, pendant lequel le ver parasite l’estomac des animaux marines. L’homme peut être infecté en mangeant du

poisson cru ou insuffisamment cuit, ou des fruits de mer contenant des larves de A. simplex au troisième stade; cuisiner

ou congeler les produits à manger crus est utile à réduire la transmission du nématode. Pour congeler l’aliment, il doit

rester à une température core de <-20°C au moins 24 heures avant sa consommation.

Le PATHfinder Anisakis/Pseudoterranova Assay est le premier kit de PCR en temps réel sur le marché pour détecter ces

nématodes. Le kit a été validé à l’Université La Sapienza à Rome (Département de Santé Publique et Maladies

Infectives) et accrédité conformément à la ISO 17025 au Centre de Reference National Italien pour Anisakis (C.Re.N.A).

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PMB66A PATHfinder Anisakis/Pseudoterranova Assay 100 Réactions

PMB66A-50 PATHfinder Anisakis/Pseudoterranova Assay 50 Réactions

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Alicyclobacillus

Dans l’environnement extrêmement compétitif de nos jours, la sécurité au sein de l’Industrie Alimentaire et des Boissons

est une question de crédibilité et stabilité de la société. La définition de qualité alimentaire peut varier pour les

transformateurs et les consommateurs, mais généralement les caractéristiques organoleptiques, comme par exemple

le saveur, l’odeur et l’apparence, ainsi qu’une durée de validité prolongée sont parmi les caractéristiques les plus

importantes. L’altération des aliments causée par une contamination microbienne peut se produire au niveau de

chaque étape de la production, en altérant une ou toutes ces caractéristiques, rendant le produit inutilisable et

résultant en un dommage financier pour le manufacturier alimentaire.

L’industrie de jus de fruit fait face à d’importants défis d’altération de produits. La pasteurisation est une méthode de

contrôle effectif des microbes comme les levures, les moisissures et les bactéries lactiques qui tolèrent et se

développent dans les jus de fruit acides (pH < 4) à cause de leur faible résistance à la chaleur. En outre, les spores sont

des contaminants communes. Cependant, la plupart des spores bactériennes ratent la germination à des niveaux de

pH inferieurs à 4.1, donc l’altération du produit est limitée au petit nombre d’organismes capables de pousser à pH 3.8.

Depuis quelques années les consommateurs demandent et achètent des produits “naturels” plutôt que des produits

contenant des préservatives synthétisées chimiquement. Maintenir la sécurité, la qualité et une longue durée de

conservation de ces produits “naturels” est difficile. En même temps, l’émergence de nouveaux microbes sporulées et

résistants à la chaleur comme par exemple Alicyclobacillus spp, a ultérieurement compliqué la qualité du produit et les

problèmes de sécurité pour l’industrie des jus de fruit.

Le genre Alicyclobacillus est caractérisé par des bacilles à gram-positif, modérément thermophiliques, acidophiliques,

strictement aérobies et formant des endospores. Les bactéries habitent principalement le sol, mais peuvent aussi

infester les fruits et les cultures et certaines espèces peuvent causer l‘altération des boissons causé par la production

de gaïacol (A. acidoterrestris) ou de 2-méthyltetrahydrothiophèn-3-one (A. acidocaldarius) qui donnent un mouvais

goût particulier. Considérablement, cette fermentation se produit sans libération de CO2 (par conséquent les

conserves et les Tetra-briks ne montrent aucun gonflement) ni décoloration du produit causé par la bactérie. Donc les

consommateurs remarquent l’altération seulement après l’ouverture du produit. La croissance d’Alicyclobacillus dans

les boissons et dans les sauces de tomate peut provoquer des incidents d’altération à large échelle avec des sérieuses

conséquences pour les manufacturiers. Cela signifie que le contrôle de l’organisme dans le procès de manufacture est

essentiel, mais la résistance à la chaleur des spores (92°C pour 10 secondes) est un obstacle. Le dépistage des

ingrédients, spécialement des jus de fruit, pour des spores viables d’Alicyclobacillus, a donc devenu l’un des outils

essentiels pour prévenir l’altération. Le contrôle régulier des produits finis est important pour assurer que les contrôles

soient effectifs et pour détecter une altération potentielle à un stade précoce.

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PMB48A-AC PATHfinder Alicyclobacillus acidocaldarius Assay 100 RéactionsPMB48A-AT PATHfinder Alicyclobacillus acidoterrestris Assay 100 RéactionsPMB48A-M PATHfinder AlicyclobacillusMultiplex Assay* 100 RéactionsPMB48X-AC PATHfinder Alicyclobacillus acidocaldarius sureXtra 50 Flacons - 100000 CFU/flaconPMB48X-AT PATHfinder Alicyclobacillus acidoterrestris sureXtra 50 Flacons - 100000 CFU/flacon

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* Kit de réactions Duplex pour détecter A. acidoterrestris (FAM), A. acidocaldarius (HEX), Contrôle Interne d’Amplification (Texas Red).

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Brettanomyces

Dekkera bruxellensis (anamorphe Brettanomyces bruxellensis) est une levure d’altération d’intérêt pour l’industrie des

boissons, se trouvant dans les boissons gazeuses et dans les boissons alcooliques. Il est spécialement important pour

l'industrie du vin, car il produit des altérations phénoliques (4-ethylphenol [4EP] et 4-ethylguaiacol) et contribue à la

production des amines biogéniques dans le vin rouge. Les méthodes traditionnels pour identifier les levures d’altération

dans le vin s'appuient sur les méthodes de microbiologie classique. Dans le cas des espèces de Dekkera ou de

Brettanomyces, la culture implique habituellement des milieux sélectifs contenant cyclohéxamide et prend

typiquement de 1 à 2 semaines. La PCR en temps réel offre des avantages significatifs par rapport aux méthodes

traditionnels en termes de rapidité et d’habilité de quantification de la population microbienne cible. Chez Generon

nous avons développé un kit pour la détection et la quantification de D. bruxellensis dans le vin. Cette méthode

permet une détermination exhaustive de D. bruxellensis dans le vin, facilitant donc une meilleure compréhension de

ses origines dans les industries vinicoles e une évaluation rapide d’une potentielle altération de D. bruxellensis dans

différents jus et vins pendant la vinification.

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BR3548100 VINEO Extract DNA Kit 96 Réactions

BR3548101 VINEO Brettanomytest PCR Kit 96 Réactions

PMB65A PATHfinder Brettanomyces bruxellensis/anomalus Assay Kit 100 Réactions

PMB65A-50 PATHfinder Brettanomyces bruxellensis/anomalus Assay Kit 50 Réactions

PMB65R PATHfinder Brettanomyces DigiCount >120 000 GUs en 120 µl *

* En développement

Rev.2_17032017

Generon S.p.A.

Stradello Aggazzotti,104 – Modena - +39 059 8637161 +39 059 7353024

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