GLOSSAIRE DE MICROBIOLOGIE - …alexandre.fradagrada.free.fr/QIAB/Glossaire.pdf · Glossaire de microbiologie – TS1QIAB – FRADAGRADA – Version 1.0 - 1 - GLOSSAIRE DE MICROBIOLOGIE

Glossaire de microbiologie – TS1QIAB – FRADAGRADA – Version 1.0

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GLOSSAIRE DE MICROBIOLOGIE Cours 1 : La diversité du monde microbien Bacille Cellule Commensalisme Ecosystème Eucaryote Germe Macromolécule Microbiologie Microorganisme Parasitisme Pasteurisation Procaryote Protiste Saprophyte Stérillisation Symbiose Virus

Bactérie en forme de bâtonnet. Unité structurale, fonctionnelle et reproductrice constituant tout ou partie d'un être vivant. Du latin co-, « avec » et mensa, « table », e.g. « compagnon de table », le commensalisme est un type d’interaction biologique naturelle entre deux êtres vivants dans laquelle l'hôte fournit une partie de sa propre nourriture au commensal : il n’obtient en revanche aucune contrepartie évidente de ce dernier Communauté biologique locale et ses interactions avec son environnement. Désigne les organismes dont la ou les cellules sont dotées d'un noyau contenant l'information génétique (du Grec : Eu- "Véritable" et -caryon "Noyau") Voir microorganisme Assemblage (en général par polymérisation) d'un très grand nombre de molécules engendrant une molécule ayant un poids moléculaire élevé. Etude des micro-organismes. Organisme qui ne peut être vu qu’au microscope (trop petit pour être vu à l’oeil nu). Les microorganismes englobent les bactéries, les protozoaires, les algues et les champignons microscopiques. Bien que les virus ne soient pas considérés comme des organismes vivants, on les classe parfois parmi les microorganismes. Mode de relation déséquilibrée au cours duquel l’un des partenaires tire un profit certain tandis que l’autre n’en a aucun bénéfice et peut, au contraire, en souffrir. Mode de conservation des produits consistant à leur appliquer un traitement thermique léger (un certain temps à une certaine température) Cette valeur pasteurisatrice est fixée pour être juste suffisante pour détruire les microbes pathogènes, sans trop dénaturer le produit. Désigne un organisme (du Grec Pro "Avant") dépourvu de noyau. Eucaryotes unicellulaires(du Grec Protos = premier). Plus sophistiqués que les bactéries et autres procaryotes, sans être pour autant véritablement végétaux ou animaux, ils peuvent avoir des affinités animales (protozoaires) ou végétales (protophytes). Désigne la vie sur des matières organiques en décomposition. Application à un produit d’un traitement approprié de façon à détruire tous les microorganismes qu’il contient ; c’est un procédé de conservation par la chaleur. Englobe tous les types de relations entre micro-organismes et hôte, utiles et nuisibles. Plus communément pour désigner le mode de co-existence au cours duquel les deux partenaires tirent un bénéfice de leur association (mutualisme). Entité biologique qui nécessite une cellule hôte, dont il utilise les constituants pour se multiplier.


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Cours 2 : Nutrition et croissance des bactéries Anti-métabolite Assimilation Auxanogramme Autotrophe Auxotrophe Chimiotrophe Colonies satellites Croissance Facteur de croissance Galerie bactérienne Hétérotrophe Inhibiteur Lithotrophe Macroéléments Métabolite essentiel Milieu de conservation Milieu de culture Milieu électif Milieu empirique Milieu d’identification Milieu minimum Milieu sélectif Milieu semi-synthétique

Analogue structural d'un facteur de croissance, capable d'entrer en compétition avec ce dernier et d'inhiber la croissance d'une souche auxotrophe. Transformation d’un élément conduisant à son incorporation dans les biomolécules. Permet de caractériser l'aptitude à la croissance d'une bactérie ou d'autres micro-organismes en milieu synthétique supplémenté avec divers substrats, sources uniques de carbone et d'énergie. Parmi les chimiotrophes, les autotrophes utilisent comme source de carbone pour synthétiser leurs molécules du dioxyde de carbone. Nécessite, en plus des éléments nécessaires à la croissance d’un prototrophe, un ou plusieurs facteurs de croissance. Tirent leur énergie de composés chimiques, par oxydation de composés réduits. Colonie de bactérie auxotrophe se développant au voisinage de la bactérie productrice du facteur de croissance. Augmentation des constituants cellulaires (volume, masse). Peut se traduire en microbiologie par une augmentation du nombre des microorganismes. Substance organique indispensable à la croissance de la bactérie mais que celle-ci est incapable de synthétiser. Ensemble des milieux permettant l'identification d'une bactérie Parmi les chimiotrophes, les hétérotophes utilisent comme source de carbone pour synthétiser leurs molécules du carbone organique (alcools, acides organiques, sucres simples ou complexes). Molécule permettant de sélectionner dans un ensemble de microorganisme, un sous-ensemble intéressant le diagnostic. La source d’électron de la réaction d’oxydation utilisée pour la production d’énergie est minérale. Eléments constituants majeurs de la cellule (C, O, H, N, S, P). Substance indispensable à la croissance de la bactérie, que celle-ci est capable de synthétiser. Milieu pauvre qui maintient les bactéries dans un état de vie ralentie. Support qui permet la culture de cellules, de bactéries, de levures, de moisissures afin de permettre leur étude. Milieu sur lequel on observe une culture abondante et rapide de certaines bactéries alors que la plupart des autres espèces s'y développent peu et lentement. Milieu dont on ne connaît pas exactement la composition. Milieu permettant l’étude de certaines propriétés biochimiques. Milieu ne contenant que ce qui est absolument nécessaire au microorganisme. Milieu contenant des molécules empêchant la culture de certains microorganismes. Milieu dont la composition exacte n’est connue que pour certains composants.


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Milieu synthétique Milieu usuel (de base) Organotrophe Peptone Phototrophe Prototrophe Type trophique Vitamine

Milieu dont on connaît exactement la composition chimique, tant d'un point de vue qualitatif que quantitatif. Milieu permettent la culture d'une variété de bactéries aussi grande que possible. La source d’électron de la réaction d’oxydation utilisée pour la production d’énergie est organique. Produit d'une réaction d'hydrolyse de protéines. Tirent leur énergie du soleil. Organisme capable de croître en présence d'eau, d'une source d'énergie, d'une source de carbone, d'une source azote et d'éléments minéraux. Spécifie la manière dont un organisme constitue sa propre matière organique. Facteur organique nutritif requis par les cellules pour leur croissance ou leur maintenance cellulaire, servant de coenzyme ou de précurseur de coenzyme.

Cours 3 : Evaluation de la population microbienne Aérosols Coliforme Colonie Cytométrie Cytométrie de flux Déchet DEFT Enrichir Ensemenceur spiral Fluorochrome Gestion préventive Homogénéisation

Particules liquides ou non en suspension dans l’air et porteuses de germes. Bactérie Gram négative, aérobie facultative, non sporulante, qui fermente le lactose avec production de gaz dans un délai de 48h à 35°C. Après division bactérienne, ensemble de l'ordre de 106 - 107 bactéries identiques à la surface d'un milieu de culture gélosé, le plus souvent visible à l'oeil nu. L'obtention d'une colonie est la base de la purification des bactéries. Analyse du nombre de cellules. Etude d'éléments cellulaires associant l'informatique et le marquage des substances cellulaires à l'aide de faisceaux laser. Tout matériel contaminé tel produit pathologique, flacon d'hémoculture, boîte de Pétri, galerie APIsystem® Direct Epifluorescence Filter Technique. Méthode d’évaluation de la population microbienne basée sur l’utilisation d’un fluorochrome, l’acridine. Augmenter la représentation (proportion) d’un sous-groupe de micro-organismes dans un ensemble plus vaste Système semi-automatique qui consiste à déposer l’inoculum par l’intermédiaire d’un stylet creux, au centre de la boite contenant le milieu gélosé puis à déplacer en spirale ce stylet Exposé à une lumière UV de longueur d'onde donnée, le colorant (acridine ou fluorescéine par exemple) émet une lumière visible d'une longueur d'onde spécifique. Toutes les étapes du processus de production (de la réception des ingrédients à l’emballage et l’étiquetage du produit fini) sont contrôlées et on minimise les risques de contamination en prenant des précautions et des mesures adéquates. Mise en suspension homogène des microorganismes présents sur ou dans le produit analysé en évitant cependant toute contamination externe ou une inactivation des germes par des conditions trop drastiques


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Inoculum Nez électronique NPP PCR PSM (hotte à flux laminaire) Turbidité

Terme générique qui désigne tout élément d'un microorganisme pathogène ou bénéfique capable respectivement 1) d'infecter l'hôte ou 2) d'améliorer sa croissance et sa santé. Groupes de détecteurs de produits chimiques destinés à analyser les métabolites volatiles présents dans l’air. Nombre le plus probable - Le NPP est une estimation statistique du nombre de bactéries par unité de volume. On le détermine à partir du nombre de tubes de fermentation dont les résultats sont positifs, dans une série de tubes. Réaction de polymérisation en chaîne (polymerase chain reaction). C'est une technique d'amplification enzymatique qui permet à partir d'un fragment d'ADN, d'obtenir un grand nombre (plusieurs millions) de copies identiques de ce même fragment. Cette réaction est réalisée in vitro . Poste de sécurité microbiologique. Enceinte ventilée destinée à assurer une protection du manipulateur et de l’environnement et, le cas échéant, du produit manipulé vis-à-vis de substances biologiquement dangereuses. Réduction de la clarté de l'eau due à la présence de matières en suspension.

Cours 4 : Physiologie de la croissance microbienne Acidophile Activité de l’eau Aérobie Aéro-anaérobie Anaérobie Basophile Capacité tampon Conservateur Croissance synchrone Croissance asynchrone Croissance cryptique Diauxie Mésophile Micro-aérophile

Se dit d’une espèce qui profite de conditions acides pour se développer. Rapport des pressions de vapeur d’eau de l’aliment sur la pression de vapeur de l’eau pure Se dit des micro-organismes qui ne peuvent se développer qu'en présence d'air ou d'oxygène Se dit des micro-organismes pour lesquels la présence ou l'absence d'oxygène est indifférente au développement Se dit des micro-organismes qui ne peuvent se développer qu'en l'absence d'air ou d'oxygène Se dit d’une espèce qui profite de conditions alcalines pour se développer. Capacité à résister aux changements de pH. Substance anti-bactérienne additionnée au produit afin d'éviter la prolifération bactérienne. Se dit d’une croissance au cours de laquelle les individus se divisent au même moment. Se dit d’une croissance au cours de laquelle on peut observer un décalage aléatoire dans la division des cellules constituant la population étudiée. Au cours de la phase de déclin, la destruction des cellules permet un nouvel apport de nutriments propice au développement d’une partie de la population microbienne. Croissance en deux phases lorsque les bactéries métabolisent complétement une source de carbone avant d’en attaquer une deuxième/ Se dit des organismes pour lesquels les températures moyennes sont favorables (optimal 30-45°C). Se dit d’un microorganisme croissance préférentiellement en milieu contenant O2 à faible concentration, vers 1-5% de la concentration saturante de l’oxygène dissous.


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Potentiel redox Psychrophile Psychrotrophe Temps de génération Thermophile Vitesse spécifique de croissance Zone de danger

Mesure de la facilité avec laquelle une substance donnera ou gagnera des électrons (en mV). Se dit des organismes pour lesquels les températures froides sont favorables (optimal 12-15°C). Se dit des organismes pour lesquels les températures froides sont favorables (optimal 25-30°C). Correspond au temps nécessaire au doublement de la population bactérienne. Se dit des organismes pour lesquels les températures élevées sont favorables (optimal 55- 75°C). Vitesse exprimée en unité de biomasse/unité de volume/unité de temps, dépendant du germe et des conditions de culture. Zone de température comprise entre 4°C et 60°C. Dans cette zone, les bactéries prolifèrent et d'autres microorganismes pathogènes survivent.

Cours 5 : Introduction au métabolisme bactérien Anoxybiontique Catalase Fermentation Méthanogène Nitrification Oxybiontique Oxydation Oxygénique (photosynthèse) Péroxydase Réaction anabolique Réaction catabolique Réaction endergonique Réaction exergonique

Se dit d’une bactérie ne pouvant pas utiliser l’oxygène à des fins énergétiques. Enzyme capable de décomposer l'eau oxygénée (H2O2) en entraînant un dégagement d'O2 (présence de bulles). Caractère d'orientation recherché pour certains groupes bactériens (coques Gram +). Oxydation cellulaire d’un substrat organique où une formation d’ATP a lieu par couplage direct au niveau d’une ou plusieurs réactions sans passer par la formation intermédiaire d’un potentiel électrochimique membranaire. L’accepteur d’électrons est le plus souvent un produit de dégradation du substrat et chaque fermentation se caractérise par le rejet abondant d’un ou plusieurs produits incomplètement transformés. La fermentation s’oppose à la respiration. L’anaérobiose favorise les fermentations toutes les fois qu’une respiration ne peut avoir lieu mais n’est pas un critère obligatoire. Organisme produisant du méthane (CH4). Tous les méthanogènes connues sont des archéobactéries et sont, généralement, anaérobies. Oxydation productrice d’énergie des composés minéraux réduits de l’azote, effectuée par des bactéries chimio-lithotrophes du genre Nitrosomonas ou Nitrobacter. Se dit d’une bactérie utilisant l’oxygène à des fins énergétiques. Réaction impliquant une perte d’hydrogène et /ou d’électrons. Génératrice d’oxygène moléculaire. Enzyme oxydant des substrats variés à l’aide de H2O2 qui est réduit en H2O. Réaction de « synthèse », nécessitant de l’énergie. Réaction de « destruction », libérant de l’énergie. Qui nécessite de l’énergie (non spontanée). Qui libère de l’énergie (peut s’observer spontanément).


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Réduction Respiration Respiration anaérobie

Réaction impliquant un gain d’hydrogène et /ou d’électrons. Transferts d’électrons s’effectuant au niveau de la membrane plasmique à partir d’un substrat donneur jusqu’à un accepteur, qui s’accompagne d’une translocation unidirectionnelle de protons vers la face externe, contribuant de cette façon à la formation d’un potentiel électrochimique membranaire (force protomotrice). Respiration où l’accepteur est autre que l’oxygène.

Cours 6 : Métabolisme glucidique et protidique Ammonification Bactéroïde Décarboxylase Dénitrification Désaminase Dissimilation Effet Crabtree Effet Pasteur Force protomotrice Gélatinase Nitrate réductase Nitrogénase Protéase Transaminase Zymogramme

Production d’ions ammonium par dégradation des matières organiques. Par extension, production d’ammonium après réduction des composés minéraux de l’azote comme les nitrates. Caractérise un micro-organisme qui a la forme d'une bactérie, qu'il s'agisse d'un bacille (forme de bâtonnet), d'une coque (forme sphérique) ou d'une spirille (filament spiralé). Enzyme catalysant une décarboxylation, perte d’une fonction carboxylate –COO- sous forme de CO2 (+ H+). Réduction des ions nitrate par un métabolisme respiratoire qui n’est généralement activé qu’en anaérobiose, conduisant à la formation intermédiaire de nitrite et des gaz où prédominent N2 et N2O. Enzyme catalysant une désamination, perte d’une fonction -NH3

+. Utilisation d’un substrat comme accepteur d’électrons pour une production d’énergie (exemple : dissimilation du nitrate dans la dénitrification). L'effet Crabtree a été décrit comme l'inhibition de la respiration en présence de glucose, même en présence d’oxygène. En aérobiose, on provoque une augmentation du développement des levures, et une diminution de la production d'alcool par la fermentation alcoolique. Energie potentielle mesurée en mV engendrée par la dyssimétrie électrochimique entre les deux faces de la membrane, et tendant à faire passer à travers celle-ci un courant de protons. La gélatinase ou collagénase est une protéase qui hydrolyse le collagène en acides aminés ou en peptides. Enzyme réduisant le nitrate en nitrite, soit comme réaction terminale d’une chaîne respiratoire (dissimilatrice), soit comme première étape de transformation du nitrate en ammonium (assimilatrice). Enzyme réduisant l’azote diatomique N2 en NH3. Enzyme hydrolysant les liaisons peptidiques d’une protéine. Enzymes capables d’activer l’échange du groupement amine (-NH2) d’un acide aminé contre la fonction cétone (CO) d’un acide cétonique. Méthode d’étude de la fermentation des glucides.


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Cours 7 : La cellule bactérienne Capsule Chimiotactisme Conjugaison Diffusion facilitée Diffusion simple Endotoxine Flagelles Germination Gradient électrochimique Hopanoïde Lipopolysaccharide (LPS) Mycoplasmes Paroi Peptidoglycane Périplasme Pili communs Pili sexuels Porine

Couche gélatineuse nettement définie qui entoure la paroi de certaines espèces bactériennes. Propriété de certaines bactéries, capables de se mouvoir, qui sont attirées par les nutriments (sucres, acides aminés) et repoussées par des substances toxiques ou nuisibles. Mécanisme sexuel de transfert de matériel génétique caractérisé par la nécessité d'un contact entre bactéries (accouplement), la notion de polarité du transfert (il y a une bactérie donatrice mâle et une bactérie réceptrice femelle), et le caractère de fertilité (caractère mâle) responsable du transfert porté par un plasmide particulier appelé plasmide sexuel. Mode de transport passif faisant intervenir un transporteur. Mode de transport passif à travers la membrane plasmique des molécules hydrophobes et des petites molécules polaires non chargées. Toxine liée à la surface cellulaire, en général des LPS de la membrane externe des bactéries Gram- ayant des effets toxiques dans le monde animal. Longs et fins (10 µm, 10-20 nm diamètre) filaments fixés au niveau de la membrane plasmique et qui permet à la bactérie de se déplacer. Phénomène de différenciation qui conduit de la spore à la forme végétative. Consiste en l'inégale répartition d'une espèce chimique chargée donnée de part et d'autre d'une membrane biologique. Il se traduit physiquement par l'existence d'une différence de potentiel électrique et chimique pour cette espèce. Stérol pentacyclique stabilisant la membrane cytoplasmique. Molécules complexes de la membrane externe des bactéries Gram-, renfermant notamment des acides gras et une chaîne glucidique. Souvent responsable du pouvoir pathogène, se comporte chez de nombreuses espèces comme une endotoxine. Bactéries dépourvues de paroi, à morphologie variable, aérobies ou anaérobies, parasites ou commensales. Certaines formes sont pathogènes. Partie de l’enveloppe cellulaire située à l’extérieur de la membrane cytoplasmique. Polymère complexe caractéristique de la paroi des bactéries, constitué par un maillage de polysaccharides fait d’acide N-acétylmuramique et de N-acétylglucosamine, liés de façon covalente à des oligopeptides comportant des acides aminés appartenant à la fois aux séries D et L. Espace situé entre les deux membranes (externe et interne) de l’enveloppe des bactéries Gram-. Le périplasme est aussi en contact avec la couche de peptidoglycane. Structures protéiques filamenteuses permettant la fixation sur les muqueuses, ce qui conditionne le pouvoir pathogène. Structures protéiques filamenteuses intervenant au cours de la conjugaison. Protéine caractéristique de la membrane externe des bactéries Gram -, organisée de façon à ménager dans celle-ci des canaux permettant le passage de molécules et d’ions de petite taille.


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Plasmide Pression osmotique Ribosome S Scissiparité Spore Sporulation Transport actif Transport passif Ultrastructure

Éléments génétiques extrachromosomiques, capables de se répliquer de manière autonome, et portant des gènes conférant un avantage sélectif. Pression empêchant un solvant de passer au travers d'une membrane semi-perméable. Complexe constitué de protéines et d'acides nucléiques permettant la traduction de l’ARNm protéine. Svedberg, unité de mesure du taux de sédimentation. = fission. Mode division faisant intervenir la formation d’une paroi transversale sans rétrécissement. Structure reproductrice se développant dans certains bactéries et mycètes qui est fortement résistante aux influences environnementales mais qui deviendra active dans des conditions appropriées. Phénomène de différenciation qui conduit de la forme végétative à la spore. Mode de transport qui permet le transport contre un gradient de concentration. Il nécessite de l'énergie. Mode de transport ne nécessitant pas d’énergie pour fonctionner. On donne le nom d'ultrastructures aux éléments de l'architecture cellulaire que l'on ne peut observer qu'au microscope électronique.

Cours 8 : Les levures Arthrospore Ascospore Asque Baside Basidiospore Blastèse Blastospore Chlamydospore Chitine Flaveur Hétérothallique

Cellule isolée obtenue par fission de mycélium. Spore formée sur un asque. Chacune des cellules, généralement allongées, à l'intérieur desquelles se forment les spores des Ascomycètes. Cellule reproductrice, le plus souvent en forme de massue, à l'extrémité de laquelle sont produites les spores des Basidiomycètes. Spore formée sur une baside. Chez Candida albicans, émission d’un filament de 15-30 µm à partir d’une blastospore. Sur un pseudomycélium formation de spores pouvant rester en amas accrochées au filament. Spore de multiplication végétative, formée en chaîne par l'épaississement de la paroi de certains hyphes. Polymère de N-acétyl-glucosamine (2-acétamido-2-déoxyglucose) dont les unités sont liées entre elles par des ponts b-(1,4) glycosidiques. La chitine est le deuxième composé du vivant le plus représenté à la surface de la Terre, après la cellulose. Présente dans les parois bactériennes, on la trouve également chez les levures et dans la paroi fongique. Ensemble des sensations perçues à la fois par le nez et par la bouche (goût et bouquet). Se dit d’une souche dont le type conjugant est stable dans la descendance


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Homothallique Hyphe Levure Mélasse Mycète Mycologie Osmophile Polyol Pseudomycélium Répression catabolique

cellulaire (autofécondation impossible). Se dit d’une souche dont le type conjugant est instable dans la descendance cellulaire (autofécondation possible). Cellule en forme de filaments continus ou cloisonnés, constituant la structure de base des champignons. Champignon unicellulaire se reproduisant par bourgeonnement ou fission. Sous produit de l'industrie sucrière ; - Utilisée comme source de carbone dans les fermentations. Terme collectif utilisé pour désigner tout champignon, qu'il soit macroscopique comme les russules, morilles ou bolets, ou bien microscopique comme les levures et les moisissures. Science de l’étude des champignons. Se dit d’un microorganisme se développant dans des milieux fortes concentrations salines ou sucrées (saumures et jus de fruits). = polyalcool = glycol = composé chimique organique caractérisé par un certain nombre de groupes –OH. « Pseudo » est un préfixe dont le sens incorpore l'idée de « faux » et de « qui ressemble à ». Ex.: pseudomycélium signifie « Qui n'est pas un vrai mycélium mais qui y ressemble ». Désigne la répression de la synthèse enzymatique par des oses facilement métabolisés (glucose, fructose, mannose).

Cours 9 : Les moisissures Aleuriospore Apex Apothécie Article Baside Caryogamie Coenocytique Columelle Conidie Cryptogame Evanescent Mycotoxine

Conidie formée directement sur un filament - spore thallique solitaire. Extrémité terminale d'un filament. Organe de reproduction sexué en forme de coupe. Elément d'un filament limité par 2 septa. Cellule des Basidiomycètes où se font la caryogamie et la méiose. Fusion de 2 noyaux pour former un zygote diploïde. Qualifie le thalle unicellulaire de certaines algues, comprenant de nombreux noyaux mais pas de paroi. Partie terminale et renflée du sporangiophore situé dans le sporange chez les Zygomycètes. Spore de reproduction asexuée. Se caractérise par des organes reproducteurs cachés ou peu apparents. Qui s'autodétruit (asque à paroi évanescente se détruit pour libérer les ascospores). Produit toxique secrété par le champignon pouvant contaminer des aliments ou du fourrage.


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Pédoncule Périthèce Phialide Plasmogamie Protoplasme Rhizoïdes Septum Stérigmate Sporange Thalle Thallophyte Zygospore

Tige de petite taille sur laquelle se forme la spore. Organe de fructification sexuée en forme d'urne ou de bouteille présentant à son sommet une ouverture. Article mycélien fertile en forme de bouteille formant successivement des conidies. Mise en commun des cytoplasmes de cellules haploïdes. Ensemble du cytoplasme, du noyau et des organites vivants de la cellule. Filaments en forme de racine qui permettent la fixation du champignon sur un substrat. Cloison entre deux cellules fongiques (pluriel : septa). appendice de forme allongée - mot usité pour désigner la partie de l'organe de fructification des Aspergillus, il s'agit d'une formation allongée stérile sur laquelle est formée la phialide qui elle, est fertile. Organe de fructification en forme de sac arrondi, contient des endospores, est caractéristique des Zygomycètes. Appareil végétatif de certains «végétaux», défini comme ne comportant ni racine, ni tige, ni feuille véritables. Les algues sont dépourvues de tiges, feuilles, racine; leur appareil végétatif est un thalle. Famille d’organismes qui n'ont ni feuilles, ni racine, ni tige (bactérie, champignon, algue etc…). Spore de grande taille résultant de la reproduction sexuée des Zygomycètes. Les 2 filaments peuvent être issus du même thalle (homothallique) ou de 2 thalles différents (hétérothallique).

Cours 10 : Les algues Agar-agar Alginate Aquaculture Astaxanthine Caroténoïdes Cénobe Chlorophylle Diatomée Endosymbiote Frustrule

Produit gélifiant obtenu à partir d'algues rouges. Polysaccharides obtenus à partir d'une famille d'algues brunes Culture d’organismes aquatiques, incluant les poissons, les mollusques, les crustacés et les plantes aquatiques. Pigment de la famille des caroténoïdes. Pigments jaunes–orangés-rouges. Outre leur effet positif sur le système immunitaire, les caroténoïdes possèdent des propriétés antioxydantes : ils luttent contre l’action néfaste des radicaux libres, qui dégradent les composants cellulaires. Colonie de cellules issues les unes des autres par divisions et maintenues ensemble par un mucilage. Pigment vert, synthétisé dans les chloroplastes. Elle joue un rôle essentiel dans la photosynthèse, notamment en absorbant la lumière solaire. Algue unicellulaire microscopique dont l'enveloppe siliceuse se compose de 2 valves emboîtées. Partenaire interne dans une symbiose. Coque siliceuse entourant certaines Diatomées.


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Lichen Mucilage Mytiliculture Plancton Phytoplancton Pyrénoïde Stigma Zooplancton

Organisme symbiotique résultant de l'association d'algues vertes microscopiques ou de cyanobactéries avec des champignons filamenteux. Production végétale liquide à base de glucides très divers susceptible de gonfler au contact de l’eau. Elevage des moules. Ensemble des êtres microscopiques ou de petite taille en suspension dans l'eau. Plancton végétal (algues unicellulaire, diatomées...). Structure autour de laquelle se regroupent les réserves glucidiques. Organite sensible à la lumière. Plancton d'origine animale (protozoaires, cœlentérés, larves de crustacés...), différent de phytoplancton d'origine végétale.

Cours 11 : Le Règne des Archéobactéries Bactériorhodopsine Biotype Lysotype Pathotype Sérotype Taxonomie Toxotype

Protéine capable de convertir de l'énergie lumineuse en énergie chimique. Ensemble de caractères biochimiques variant au sein d'une même espèce bactérienne permettant une individualisation des souches d'une même espèce. Profil de sensibilité aux phages. Classification d’un pathogène distingué des autres espèces sur la base de sa pathogénicité dans un (des) hôte(s) spécifique(s). (= sérovar) désigne une propriété antigénique permettant d'identifier une cellule ou un virus par des méthodes sérologiques. Science de la classification des êtres vivants. Classification selon les toxines sécrétées.

Cours 12 : Sélection et conservation des souches Bactériocine Congélation Degré Dornic Hétérofermentaire Homofermentaire Innocuité Infection abortive

Petite protéine produite par des bactéries pouvant tuer d'autres bactéries. Consiste à abaisser la température du produit et à la maintenir en dessous de la température de fusion de la glace afin de supprimer toute activité biologique, voire chimique et enzymatique. Un degré Dornic correspond à l’acidité apportée par la présence de 0,1 g d’acide lactique dans un litre de lait. Un lait frais a une acidité comprise entre 15 et 18 °D. Désigne des bactéries lactiques dont le métabolisme produit de l’acide lactique et d’autres molécules organiques (CO2, éthanol…) après fermentation (lactique). Désigne des bactéries lactiques dont le métabolisme produit uniquement de l’acide lactique après fermentation (lactique). Qualité d’une chose qui n’est pas nuisible. L’infection à sa phase précoce peut rester limitée par un état réfractaire du sujet


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Lyophilisation Prébiotique Probiotique Restriction/modification

(immun) ou par une pathogénicité limitée du virus, et aboutir, à moyen terme, à la disparition/destruction du germe sans manifestations cliniques apparentes. Procédé qui permet de retirer l'eau contenue dans un aliment ou un produit afin de le rendre stable à la température ambiante et ainsi faciliter sa conservation. Ingrédient alimentaire non digestible qui exerce une action bénéfique sur la santé en stimulant sélectivement la croissance et/ou l’activité métabolique d’une ou d’un nombre limité de bactéries de l'intestin Microorganismes ingérés vivants dont on considère qu'ils sont capables d'avoir un effet bénéfique sur l'hôte en ayant une action sur la flore intestinale. Système de défense des bactéries vis-à-vis des phages, incluant des enzymes de restriction (restriction) pour digérer l’ADN parasite et des enzymes de méthylation (modification) pour protéger l’ADN de la bactérie.

Cours 13 : Pouvoir pathogène Bactériémie Biofilm Diacytose Hémolysine Infection Infectivité Inflammation Invasion LD50 Mimétisme moléculaire Opportuniste Phagocytose Pouvoir pathogène Quorum sensing Sessile Sidérophore

Passage éphémère de bactéries dans le sang. Communauté de microorganismes adhérant entre eux, fixée à une surface, et caractérisée par la sécrétion d'une matrice adhésive et protectrice. Perforation de la membrane de la cellule hôte. Substance susceptible de causer une hémolyse, c'est-à-dire une destruction des globules rouges. Persistance ou multiplication d'un microorganisme pathogène à la surface ou à l'intérieur d'un hôte. Capacité à coloniser un hôte. Processus de défense de l'organisme en réaction à une agression, comporte des phénomènes vasomoteurs puis cellulaires et enfin tissulaires. Capacité d'un microorganisme à pénétrer dans un tissu après avoir adhéré à sa surface. Dose létale 50%. Quantité de micro-organismes qui tue 50% des animaux inoculés dans un intervalle de temps déterminé. Capacité d’un parasite à ressembler à son hôte pour assurer sa survie et échapper aux défenses de l’hôte. Germe habituellement commensal ou non pathogène qui le devient chez un individu dont les défenses immunitaires sont diminuées. Processus par lequel les particules étrangères envahissant le corps sont ingérées et décomposées par des cellules spécialisées. Ensemble des propriétés biologiques d'un microorganisme qui lui permettent de provoquer la maladie dans un hôte déterminé. Détection de la densité des cellules grâce à des signaux de cellule-à-cellule dépendant de la taille de la population. Organisme fixé sur le substrat. Elément secrété par les micro-organismes et capable de chélater le fer.


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Septicémie Tropisme

Développement et multiplication des microorganismes dans la circulation sanguine. Réaction d’orientation ou de locomotion orientée d’un organisme.

Virulence Infectivité et gravité de la maladie. Cours 14 : Les toxines Anatoxine Choc septique Endémie Epidémie Foyer infectieux Pandémie Toxine Toxoïde

Toxine détoxifiée artificiellement. Réponse inflammatoire à l’infection, le choc septique est défini par la présence d’un état infectieux grave (dysfonctions d’organes). On emploie parfois comme terme synonyme « choc toxique » qui est en fait réservé à une maladie infectieuse rare et aiguë potentiellement létale causée par une toxine qui pénètre dans la circulation sanguine suite à une infection par un agent pathogène. Cette toxine, appelée TSST-1, est un des nombreux facteurs de virulence associé à Staphylococcus aureus. Persistance dans une région d'une maladie particulière. Elle peut y régner constamment, ou revenir à des époques déterminées. Augmentation dans l’espace et dans le temps des cas d’une maladie. Zone où se trouve une concentration importante de bactéries pathogènes Épidémie qui atteint un nombre très important de personnes dans une zone géographique très large. Agent soluble capable en petites quantités de provoquer la mort d’un organisme vivant (homme, animal, végétal) ou d’endommager (réversible ou irréversible) des organes, tissus ou cellules. Molécules naturelles détoxifiées.

Cours 15 : Maladies alimentaires d’origine bactérienne Amine biogène Asthénie Dysenterie Epidémiologie Infection Intoxication Intoxination Porteur sain Prophylaxie

Bases organiques dotées d’activité biologique. Proviennent pour l’essentiel de la transformation des acides aminés libres par certaines souches bactériennes (histamine, tyramine, putrescine, cadavérine). Affaiblissement de l'état général Maladie infectieuse due à l'inflammation du gros intestin et provoquant de violentes coliques, des évacuations fréquentes de glaires sanguinolentes et entraînant une déshydratation. Science qui étudie les facteurs responsables de l'apparition, de l'évolution et de la transmission des maladies dans les populations. Elle s'intéresse aux vecteurs, aux hôtes intermédiaires et aux réservoirs animaux. Ingestion de bactéries (ou virus) qui se multiplient in vivo. Aliment dégradé, par des bactéries, en catabolites toxiques. Ingestion de toxine bactérienne (la bactérie pouvant être tuée). Individu avec un parasitisme latent et qui ne présente aucun signe clinique. Il représente une source de contamination importante. Processus actif ou passif ayant pour but de contrecarrer l'apparition ou la


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Symptôme TIAC Toxi-infection Vecteur Zoonose

propagation d'une maladie. Trouble fonctionnel (essoufflement, douleur…) dont se plaint une personne malade ou mis en évidence par l'interrogatoire du médecin. Toxi-infection alimentaire collective définie par l'apparition d'au moins deux cas groupés similaires d'une symptomatologie, en général gastro-intestinale, dont on peut rapporter la cause à une même origine alimentaire. Ingestion massive de bactéries et de toxines dans l'aliment. Organisme qui sert d'hôte à un agent pathogène et qui est susceptible de le transmettre à un autre organisme. Maladie infectieuse naturellement transmissible des animaux vertébrés à l'homme et inversement

Cours 16 : Les antibiotiques Abaque Antagonisme Antibiotique Bactéricide Bactériostatique CMB CMI Concentration critique inférieure Concentration critique supérieure Synergie

Graphique permettant de trouver, sans avoir à effectuer un calcul, une valeur numérique résultant de plusieurs données. Effet d'opposition entre deux produits se traduisant par une efficacité de leur mélange inférieure à celle qui devrait résulter de l'addition de leur efficacité individuelle. Toute substance chimique produite par les microorganismes capable d’inhiber le développement ou de détruire les bactéries. Qui détruit les bactéries. Capable d'inhiber la multiplication d'une bactérie, mais pas de la détruire. Concentration Minimale Bactéricide : la plus faible concentration d’antibiotique (en mg/L) laissant moins de 0,01% de survivants de l’inoculum initial après 18h de culture à 37°C. Concentration Minimale Inhibitrice : la plus faible concentration d’antibiotique (en mg/L) inhibant toute culture visible après 18h de culture à 37°C. Taux sanguin moyen obtenu aux posologies habituelles. Taux sanguin maximal obtenu aux posologies habituelles. Accroissement de la somme des effets individuels de plusieurs substances appliquées simultanément.

Travaux dirigés : applications microbiologiques des microorganismes Affinage Anthocyane Arôme

Toutes les étapes au cours desquelles la pâte se transforme et acquiert sa texture, ses arômes et ses saveurs. Température, humidité et entreposage y jouent des rôles essentiels. L’affinage peut se faire « en surface » (Camembert), « dans la masse » (Cheddar), parfois même les deux. Polyphénols contenus dans la pellicule de la baie. Ces pigments donnent leur couleur aux vins rouges jeunes. C’est l’ensemble des principes odorants qui comportent les arômes primaires –


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Brassage Broyage Caillé Cépage Coagulation Croûte Croûte fleurie (fleur) Croûte lavée Cuvaison Drêche Egouttage Fermentation basse Fermentation haute Fermentation malolactique Fournil Garde Gluten Houblon Macération

ceux qu’apportent les cépages utilisés – et les arômes secondaires – ceux que produisent les levures au cours de la fermentation. Il se développe des arômes tertiaires (appelés aussi "bouquet") au cours du vieillissement. Opération consistant à transformer la farine de malt en moût sucré par addition d'eau. Opération de mouture qui consiste à détacher les enveloppes de l'amande et à la réduire en farine par passages successifs. Masse solide obtenue par coagulation du lait. C’est le caillé qui va subir les diverses opérations et transformations d’affinage pour donner lieu au fromage. C’est une variété de plant de vigne. La première étape de la fabrication du fromage, au cours de laquelle les solides du lait se séparent du lactosérum ou « petit-lait ». La couche protectrice extérieure du fromage qui se forme naturellement. Elle est comestible la plupart du temps. Duvet blanc à la surface des pâtes molles comme le Brie et le Camembert. Elle est obtenue en saupoudrant sur le fromage le caillé d’une culture de pénicillium. Parfaitement comestible, elle ajoute à la texture et aux saveurs. La croûte de certains fromages est lavée périodiquement pendant l’affinage, ce qui explique les nuances cuivrées ou beiges. Le terme désigne l’ensemble des phénomènes qui se passent au cours de la vinification en rouges et rosés : fermentation, macération avec extraction des matières colorantes et des tanins. La durée de cuvaison peut varier de quelques heures (vins rosés) à quelques semaines (vin de garde). Résidu solide de l'orge après soutirage et filtration du moût. Utilisée pour nourrir le bétail. Au cours de cette étape, le lactosérum est évacué avant que le caillé passe à celle du pressage. Fermentation qui a lieu à basse température (entre 1 et 10°C), avec des levures qui descendent au fond de la cuve en fin de fermentation. C'est le procédé le plus répandu parmi les brasseurs industriels. Fermentation qui a lieu à température ambiante (entre 15 et 25°C), avec des levures qui montent à la surface du liquide en fin de fermentation. C'est le procédé le plus répandu parmi les brasseurs artisanaux, car le plus facile à mettre en œuvre et le moins onéreux. C'est la transformation de l'acide malique du vin en acide lactique sous l'action des levures. L'acide lactique étant moins acide que l'acide malique, il s'opère ainsi une diminution de l'acidité du vin. Lieu de travail du boulanger où sont installés le pétrin et le four. Période pendant laquelle la bière subit une bonification, avant la mise en bouteilles et une éventuelle refermentation dans celles-ci. Partie protéique de la farine de blé. Seules les fleurs femelles sont utilisées en brasserie. La récolte des fleurs a lieu à la fin de l'été. C'est le houblon qui aromatise et/ou amérise la bière. Les anthocyanes, les tanins et les arômes se diffusent dans le jus (appelé le moût) à


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Maltage Polyphénols Orge Pâte molle Pâte persillée Présure Rafle spp Tanins Vin

l'intérieur de la cuve. La macération est plus ou moins longue (de une à quatre semaines environ) selon les vins. Dans la cuve, au-dessus du jus, se forme un chapeau de marc, formé par les particules solides de la pulpe et de la pellicule. Procédé de germination des grains d'orge. Produits organiques, dont le nom traduit la structure chimique composée de plusieurs phénols localisés dans la partie solide de la grappe de raisin. Céréale constituant le malt. Sa teneur en azote convient parfaitement pour la fabrication de la bière, tout comme sa pellicule protectrice qui l'empêche de pourrir lors du maltage. Pâte fermentée puis affinée qui n’est ni cuite ni pressée (Brie, Camembert). Pâte des fromages de type « bleu » veinée de marbrures bleues ou violettes produites par l’ensemencement de pénicillium dans la masse. Enzyme utilisée pour accélérer la coagulation du lait. Partie ligneuse ramifiée, supportant les grains. Elle constituée d'eau, de fibres, de tanins et de matières minérales. Cela indique qu'il s'agit de plusieurs espèces non déterminées. Molécules contenues dans la pellicule mais aussi dans le pépin et dans la rafle. Ils donnent leur charpente aux vins et peuvent leur conférer une certaine astringence (impression d’assèchement en bouche) qui disparaît avec le vieillissement. Ils peuvent être soyeux, ronds, fins, ou au contraire verts, herbacés… Produit de la fermentation du jus de la baie de la vigne.

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GLOSSAIRE DE MICROBIOLOGIE - …alexandre.fradagrada.free.fr/QIAB/Glossaire.pdf · Glossaire de microbiologie – TS1QIAB – FRADAGRADA – Version 1.0 - 1 - GLOSSAIRE DE MICROBIOLOGIE