Cet ouvrage regroupe les items de la section IV du nouveau programme de 2010 de l’internat en pharmacie portant sur la bactériologie et la virologie.

Il se compose de deux parties complémentaires : 

- la première partie traite des différents syndromes infectieux en développant leur diagnostic clinico-biologique, leurs principales étiologies et la conduite à tenir selon lesdernières recommandations ;

- la seconde partie s’articule autour des différents germes, bactéries et virus au programme, en décrivant les caractéristiques utiles à leur identification, les facteurs depathogénicité et les traitements.

La construction de cet ouvrage permet donc d’aborder l’infectiologie selon deux approches,que l’on s’intéresse à un syndrome infectieux et aux principaux germes qui en sont respon-sables, ou à un germe en particulier pouvant lui-même provoquer différents syndromes infectieux cliniquement distincts.

En plus d’être destiné aux étudiants préparant l’internat en pharmacie, le large éventail depathologies et d’agents infectieux abordés fait de cet ouvrage un support intéressant pourles étudiants ou internes en médecine et en pharmacie qui souhaitent avoir une base solidedans le domaine de l’infectiologie.

Vincent Bianchi et Sarra El Anbassi ont étudié la pharmacie à la faculté de Lille 2 et sont maintenantinternes en biologie médicale à Paris (depuis novembre 2010).

Nicolas Duployez a étudié la pharmacie à la faculté de Lille 2 et il est aujourd’hui interne en biologiemédicale à Lille (depuis novembre 2010).

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ISBN : 978-2-8041-8179-6

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BactériologieVirologie

Vincent Bianchi | Sarra El Anbassi | Nicolas Duployez

BactériologieVirologie

© Groupe De Boeck supérieur s.a., 2013Fond Jean Pâques, 4B-1348 Louvain-la-Neuve

Tous droits réservés pour tous pays.

Il est interdit, sauf accord préalable et écrit de l’éditeur, de reproduire (notamment par photocopie) partiellement ou totalement le présent ouvrage, de le stocker dans une banque de données ou de le communiquer au public, sous quelque forme ou de quelque manière que ce soit.

Imprimé en Belgique

Dépôt légal :Bibliothèque nationale, Paris : septembre 2013Bibliothèque royale de Belgique : 2013/0074/171ISBN : 978-2-8041-8179-6

Pour toute information sur notre fonds et les nouveautés dans votre domaine de spécialisation, consultez notre site web :

www.deboeck.com

Remerciements

Nous remercions pour leur implication et leur disponibilité dans la réalisation de cet ouvrage :

• Dr Anne GOFFARD (Maître de conférences des universités – Praticien hospitalier, Pôle de biologie pathologie génétique, Service de Virologie, CHRU de Lille) qui a relu et corrigé la partie virologie ;

• Dr Vincent FIHMAN (Praticien hospitalier, Département de Microbiologie, Unité de bactériologie, Hôpital Henri-Mondor, Créteil) qui a relu et corrigé la partie bactériologie.

VII

Table des matièresPartie 1 – Syndromes . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1

Chapitre 1 Infections du système nerveux central . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 3

Chapitre 2 Bactériémies et endocardites . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 11

Chapitre 3 Infections urinaires . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 23

Chapitre 4 Infections du tube digestif . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 33

Chapitre 5 Infections ORL et bronchopulmonaires . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 43

Chapitre 6 Infections sexuellement transmissibles . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 61

Chapitre 7 Infections et grossesse . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 73

Chapitre 8 Infections virales hépatiques . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 83

Chapitre 9 Infections de l’immunodéprimé . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 91

Partie 2 – Bactéries et Virus . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 97

Chapitre 1 Bactéries . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 99Staphylococcus aureus . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 101Streptococcus pyogenes . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 103Neisseria gonorrhoeae (gonocoque) . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 105Chlamydia trachomatis . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 107Treponema pallidum . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 109Streptococcus agalactiae . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 112Listeria monocytogenes . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 114Neisseria meningitidis (méningocoque) . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 116Streptococcus pneumoniae (pneumocoque) . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 118Haemophilus influenzae (Bacille de Pfeiffer) . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 120Legionella pneumophila . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 122Mycobacterium tuberculosis (bacille de Koch) . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 124Escherichia coli (colibacille) . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 127Salmonelloses typhiques . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 129Salmonelloses non typhiques . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 131Shigella spp . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 133Clostridium difficile . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 135Campylobacter jejuni . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 137Helicobacter pylori . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 139Pseudomonas aeruginosa (bacille pyocyanique) . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 141

Chapitre 2 Virus . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 143Virus de l’herpès simplex (HSV) . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 145Cytomégalovirus (CMV) . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 148Entérovirus . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 151Rotavirus . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 153Papillomavirus (HPV) . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 155Virus de la grippe . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 157Virus de la rubéole . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 159Virus de l’hépatite A (VHA) . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 162Virus de l’hépatite B (VHB) . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 164Virus de l’hépatite C (VHC) . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 167Virus de l’immunodéficience humaine (VIH) . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 170

IX

Liste des abréviationsAAF : aéro-anaérobie facultatif

Ac : anticorps

AEG : altération de l’état général

AES : accident d’exposition au sang

Ag : antigène

ANC : acide nalidixique + colistine

API : aspergillose pulmonaire invasive

ATB : antibiotiques

ATCD : antécédents

ATU : autorisation temporaire d’utilisation

BAAR : bacille acido-alcoolo-résistant

BCG : bacille de Calmette et Guérin

BFP : barrière fœto-placentaire

BGN : bacilles à Gram négatif

BHE : barrière hémato-encéphalique

BK : bacille de Koch

BLSE : β-lactamase à spectre étendu

BMR : bactérie multi-résistante

BPCO : broncho-pneumopathie chronique obstructive

BU : bandelette urinaire

C1G, C2G ou C3G : Céphalosporines de 1re, 2e ou 3e génération

CHC : carcinome hépato-cellulaire

CI : contre-indication

CIN : cervical intraepithelial neoplasia

CIVD : coagulation intra-vasculaire disséminée

CLIN : comité de lutte contre les infections nosocomiales

CMI : concentration minimale inhibitrice

CPG/SM : chromatographie en phase gazeuse couplée à la spectrométrie de masse

CPM : colite pseudomembraneuse

CSH : cellules souches hématopoïétiques

CV : charge virale

DICS : déficit immunitaire combiné sévère

DICV : déficit immunitaire commun variable

DID : diabète insulinodépendant

DNID : diabète non insulinodépendant

DO : densité optique

EABC : exacerbation aiguë de bronchite chronique

EBV : virus d’Epstein-Barr

ECBC : examen cyto-bactériologique des crachats

ECBU : examen cyto-bactériologique des urines

ED : examen direct

EFR : épreuves fonctionnelles respiratoires

EI : endocardite infectieuse ou effets indésirables

EIA : enzyme immunoassay

ELISA : enzyme-linked immunosorbent assay

FCU : frottis cervico-utérin

FQ : Fluoroquinolones

FQAP : Fluoroquinolones anti-pneumococciques

FTA : fluorescent treponemal antibody

FV : facteur V

G-CSF : granulocyte colony-stimulating factor

GISA : Staphylococcus aureus de sensibilité intermédiaire aux Glycopeptides

GNA : glomérulonéphrite aiguë

GR : globules rouges

GvHD : « graft versus host disease » (réaction du greffon contre l’hôte)

HIC : hypertension intra-crânienne

HPV : papillomavirus humain

IA : index d’avidité

IBL : inhibiteur de β-lactamases

ICD : infection à Clostridium difficile

IDR : intradermo-réaction

IF : immunofluorescence

IFI : immunofluorescence indirecte

IFN : Interféron

Ig : immunoglobulines

IM : intra-musculaire

IMG : interruption médicale de grossesse

INTI : inhibiteur nucléosidique de la transcriptase inverse

INtTI : inhibiteur nucléotidique de la transcriptase inverse

INNTI : inhibiteur non nucléosidique de la transcriptase inverse

IP/r : inhibiteur de protéase boosté au Ritonavir

IPP : inhibiteur de pompe à protons

IRA : insuffisance rénale aiguë

IRB : infection respiratoire basse

IRC : insuffisance rénale chronique

IST : infection sexuellement transmissible

IU : infection urinaire

IV : intra-veineuse

X

Liste des abréviationsIVL : intra-veineuse lente

LBA : lavage broncho-alvéolaire

Lc : lymphocytes

LES : lupus érythémateux systémique

LGV : lymphogranulomatose vénérienne

LPS : lipopolysaccharide

MALT : mucosa-associated lymphoid tissue

MAT : micro-angiopathie thrombotique

Méti-R/S : résistant/sensible à la Méticilline

MGG : May-Grünwald Giemsa

MNI : mononucléose infectieuse

NNN : Novy-MacNeal-Nicolle

OMA : otite moyenne aiguë

OSM : otite séromuqueuse

PAC : pneumonie aiguë communautaire

PAD : pression artérielle diastolique

PAM : pression artérielle moyenne

PAR : polyarthrite rhumatoïde

PAS : pression artérielle systolique

PBH : ponction biopsie hépatique

PCT : procalcitonine

PFLA : pneumonie franche lobaire aiguë

PL : ponction lombaire

PLP : protéine liant les pénicillines

PO : per os

PSA : prostate specific antigen

PSDP : pneumocoque de sensibilité diminuée à la Pénicilline

PVD : pays en voie de développement

R : résistant

RAA : rhumatisme articulaire aigu

RCIU : retard de croissance intra-utérin

RMP : Rifampicine

ROR : rougeole-oreillons-rubéole

RPR : rapid plasma reagin

RVP : réponse virologique prolongée

S : sensible

SA : semaines d’aménorrhée

SAPL : syndrome des anti-phospholipides

SARM : Staphylococcus aureus résistant à la méticilline

SC : sous-cutané

SCN : Staphylocoques à coagulase négative

SDMV : syndrome de défaillance multiviscérale

SDRA : syndrome de défaillance respiratoire aiguë

SGA : Streptocoque du groupe A

SGB : Streptocoque du groupe B

SHU : syndrome hémolytique et urémique

SIADH : syndrome de sécrétion inappropriée d’hormone anti-diurétique

SIDA : syndrome d’immunodéficience acquise

SMA : sinusite maxillaire aiguë

SRO : soluté de réhydratation orale

SRAS : syndrome respiratoire aigu sévère

SRIS : syndrome de réponse inflammatoire systémique

TB : tuberculose

TDR : test de diagnostic rapide

TIAC : toxi-infection alimentaire collective

TK : thymidine kinase

TNT : tests non tréponémiques

TP : taux de prothrombine

TPHA : treponema pallidum hemagglutinations assay

TPPA : treponema pallidum particle agglutination assay

TRI : Tem résistante aux inhibiteurs

TT : tests tréponémiques

UCC : unité changeant la couleur

UFC : unité formant une colonie

UI : unités internationales

VCAT : Vancomycine + Colistine + Amphotéricine B + Triméthoprime

VCF : Vancomycine + Colistine + Fungizone

VCN : Vancomycine + Colistine + Nystatine

VDRL : venereal disease research laboratory

VO : voie orale

VRS : virus respiratoire syncytial

VS : vitesse de sédimentation

WB : western-blot

XI

Pseudomonas aeruginosaLegionella pneumophila

Entérobactéries :

Haemophilus influenzae

Listeria monocytogenes(Esculine +)

Bacilles Gram –

Aérobies strictes Aérobies anaérobies facultatifs

Besoins en facteurs X + VCroissance sur milieux ordinaires

Bacilles Gram +

Aérobies strictes Anaérobies strictes

Clostridium difficile

Escherichia coli (Glucose + / Lactose + / H2S –) Salmonella spp. (Glucose + / Lactose – / H2S +)

Shigella spp. (Glucose + / Lactose – / H2S –)

Staphylococcus aureus Streptococcus pneumoniae(Sensible à l’Optochine)

Streptococcus pyogenesStreptococcus agalactiae

Cocci Gram –

Diplocoques

Cocci Gram +

Amas Chainettes

Catalase +

Oxydase –

Neisseria menigitidis (Glucose + / Maltose +)Neisseria gonorrhoeae (Glucose + / Maltose –)

SporuléOxydase +

Oxydase –

Nitrate réductase +

Catalase –

Microaérophilie

Helicobacter pylori (Uréase +)Campylobacter jejuni (Hippurate +)

Autres bactéries (non ou faiblement colorées au Gram)

Intracellulaire obligatoire Chlamydia trachomatis

Spirochète Treponema pallidum

Bacille acido-alcoolo-résistant àla coloration de Ziehl-Nielsen

Mycobacterium tuberculosis

Bacilles

Cocci

Classification simplifiée des bactéries (limitée au programme de l’internat en pharmacie)

XII

Virus nus Virus enveloppés

Symétrie icosaédrique

Virus nus Virus enveloppés

Génome à ARN

Génome à ADN

Classification simplifiée des virus (limitée au programme de l’internat en pharmacie)

Herpesviridae :Virus de l’herpès simplex

Cytomégalovirus

Papillomaviridae :Papillomavirus

Hepadnaviridae :Virus de l’hépatite B

Picornaviridae :Virus de l’hépatite A

Entérovirus

Reoviridae :Rotavirus

ARN simple brin (+) ARN double brin segmenté

Symétrie icosaédrique Symétrie hélicoïdale

Orthomyxoviridae :Virus de la grippe

ARN simple brin (–) segmenté

ARN simple brin (+)

Togaviridae :Virus de la rubéole

2 copies ARN simple brin (+)

Retroviridae :Virus de l’immunodéficience

humaine

Flaviridae :Virus de l’hépatite C

Symétrie icosaédrique

ARN double brin circulaire

Symétrie icosaédrique

ARN double brin linéaireARN circulaire partiellement bicaténauire

Partie 1 Syndromes

Chapitre 1 Infections du système nerveux central

5méningites et encéphalitesUrgence diagnostique et thérapeutique

1. Physiopathologie : méningites et encéphalitesa) Contamination du liquide céphalo-rachidien (LCR) par un agent pathogène

ǻ Inoculation directe accidentelle (traumatisme) ou chirurgicale (neurochirurgie). ǻ Inoculation indirecte par voie hématogène (cas le plus fréquent) ou par contiguïté (brèche ostéoméningée : pneumo-coque +++) .

b) Réaction inflammatoire des méninges (méningite) ǻ Sécrétion de cytokines qui amplifient l’inflammation et favorisent la survenue d’un œdème cérébral, voire de lésions céré-brales pouvant engager le pronostic vital et être à l’origine de séquelles neurologiques.

ǻ Gravité des méningites bactériennes communautaires : - mortalité ≈ 20 % des cas (pneumocoque +++) ; - séquelles ≈ 30 % des cas (auditives +++).

c) Parfois, atteinte du parenchyme cérébral (encéphalite) ǻ Infectieuse : multiplication locale de l’agent infectieux (HSV +++). ǻ Ou postinfectieuse : réactions immunologiques locales (cas le plus fréquent).

2. Cliniquea) Méningites

ǻ Évoquer une méningite infectieuse devant les signes suivants : - syndrome infectieux : fièvre élevée, frissons, malaise général de survenue brutale ; - syndrome méningé : • céphalées : violentes, diffuses, en casque, rebelles aux antalgiques,• vomissements,• photophobie,• raideur de nuque (position en chien de fusil), signes de Kernig1 et de Brudzinski2 ;

- parfois purpura (évoquant en 1er lieu un méningocoque ; rarement un pneumocoque chez le sujet asplénique +++) ;

ǻ Recommandation : avant l’arrivée à l’hôpital, tout malade présentant un purpura fébrile ne s’effaçant pas à la vitro-pression et comportant au moins un élément nécrotique ou ecchymotique de diamètre ≥ 3 mm doit immédiatement recevoir une 1re dose d’un traitement antibiotique approprié aux infections à méningocoques, administrée si possible en IV (à défaut IM).

- chez le nourrisson : troubles du comportement (« cri méningitique »), fièvre ou hypothermie, fixité du regard, refus d’alimentation, absence de raideur de nuque (plutôt hypotonie), tension de la fontanelle. Tardivement : convulsions et troubles de conscience.

ǻ Étiologies : - le plus souvent, virale (entérovirus +++, bénigne) ; - plus rarement, bactérienne, de pronostic redoutable : pneumocoque, méningocoque +++ (mais aussi : H. influenzae, S. agalactiae, L. monocytogenes, M. tuberculosis) ;

- exceptionnellement, fongique (cryptocoque chez l’immunodéprimé). ǻ Différentes étiologies bactériennes à suspecter en fonction de l’âge et du contexte :

- nouveau-né et nourrisson < 3 mois : S. agalactiae, E. coli K1, L. monocytogenes ; - nourrisson > 3 mois et enfant : N. meningitidis, S. pneumoniae, H. influenzae (enfant non ou mal vacciné) ; - adolescent et adulte jeune : S. pneumoniae, N. meningitidis ; - adulte âgé ≥ 65 ans : S. pneumoniae, N. meningitidis, L. monocytogenes ; - sujets hospitalisés (méningites nosocomiales) : S. aureus, entérobactéries, P. aeruginosa, S. pneumoniae, anaérobies, etc. - post-traumatique : S. pneumoniae +++ .

1 Impossibilité de fléchir les cuisses sans fléchir les genoux.2 Flexion involontaire des membres inférieurs à la flexion de la nuque.

6 Méningites et encéphalites

b) Méningo-encéphalites ǻ Évoquer une méningo-encéphalite en cas d’association de troubles neurologiques aux signes précédents (troubles neu-rologiques en lien avec des lésions d’origine infectieuse par multiplication microbienne ou d’origine immune et inflamma-toire) : - troubles de la conscience (de l’obnubilation au coma profond) ; - crises convulsives focalisées ou généralisées ; - signes de localisation variés : déficits moteurs, troubles des fonctions supérieures, mouvements anormaux.

ǻ Étiologies : - penser systématiquement à : HSV1 et HSV2, VZV, L. monocytogenes, M. tuberculosis ; - dans certains contextes : VIH, P. falciparum, T. pallidum, Borrelia, Mycoplasma pneumoniae, Brucella, T. gondii, Chlamydia, Rickettsia, Coxiella, leptospires, etc.

3. Diagnostic biologiquea) Ponction lombaire (PL)

ǻ En urgence, indispensable au diagnostic, avant toute antibiothérapie (sauf purpura). ǻ Remarque : au moins une hémoculture en parallèle . ǻ Contre-indications à la PL :

- trouble de la coagulation (anomalie de l’hémostase connue ou suspectée, traitement anticoagulant efficace) ; - instabilité hémodynamique ; - risque élevé d’engagement cérébral (signes de localisation neurologique, troubles de vigilance : Glasgow ≤ 11, épilepsie) imagerie (TDM) pour exclure une cause d’hypertension intracrânienne (HIC)1 = CI à la PL.

ǻ Technique : - entre L4-L5 ou L5-S1, asepsie stricte, patient assis dos rond ou en chien de fusil ; - prélever 3 tubes de LCR (total : 2 à 5 ml soit 40 à 100 gouttes) ; - acheminement direct au laboratoire (fragilité du méningocoque, lyse rapide des polynucléaires neutrophiles, etc.).

b) Analyse du LCR X Aspect macroscopique du LCR

ǻ Clair (eau de roche) normal ou méningo-encéphalite (HSV, Listeria, BK, etc.). ǻ Légèrement trouble / trouble / purulent (eau de riz) méningite bactérienne +++. ǻ Citrin / xanthochromique / hémorragique hémorragie méningée (aussi dans certaines méningites), ponction trauma-tique.

X Analyse biochimique ǻ Centrifugation puis dosages dans le surnageant :

- protéinorachie normes LCR protéines : 0,15-0,30 g/l ; - glycorachie normes LCR glucose : 2,5-3,5 mmol/l ou 0,45-0,65 g/l (≈ 2/3 de la glycémie, prélevée en parallèle) ; - chlorurorachie normes LCR chlorure : 120-130 mmol/l .

X Analyse cytologique ǻ Numération en cellule de Malassez normes leucocytes < 5 éléments/mm3 (10-30 chez le nouveau-né). ǻ Méningite suspectée devant une hypercellularité (pléiocytose) > 20 éléments/mm3 . ǻ Formule leucocytaire après cytocentrifugation et coloration au MGG.

X Analyse microbiologique ǻ Examen direct : coloration de Gram après cytocentrifugation2 . ǻ Culture : gélose au sang cuit (chocolat) + Polyvitex sous CO2 à 37 °C :

- géloses au sang (Columbia) aérobie + anaérobie à 37 °C ; - bouillon d’enrichissement cœur-cervelle à 37 °C.

ǻ En cas de positivité : antibiogramme . ǻ En cas de méningite à pneumocoque ou méningocoque déterminer les CMI de la pénicilline G, de l’amoxicilline, du céfotaxime et de la ceftriaxone (Etest®).

1 L’HIC consécutive à une méningite grave n’est pas en elle-même une CI à la PL.2 Recommandations 2008 : en cas de positivité de l’ED, un antibiogramme doit être fait directement. En cas de suspicion à l’ED de pneumocoque, il est

recommandé de réaliser des CMI au moins pour le céfotaxime et la ceftriaxone. À refaire sur la culture dans tous les cas.

7Méningites et encéphalites

Aspect LCR Cytologie/mm3

Type cellulaire Glucose Protéines Chlorures

Normal Eau de roche < 5 éléments/mm3 2,5-3,5 mMGlcLCR/GlcSang > 0,5 0,15-0,30 g/l 120-130 mM

Bactérie Trouble, purulent

> 50 % PNN

GlcLCR/GlcSang < 0,35

> 2 g/l (adulte)

> 1,2 g/l (enfant)N

Listeria Clair à opalescent

Panaché ou Lc

GlcLCR/GlcSang < 0,35

> 2 g/l (adulte)

> 1,2 g/l (enfant)N

BK* Clair > 50 % Lc

GlcLCR/GlcSang < 0,35

souvent > 1 g/l

Virus Clair > 50 % Lc N

souvent < 1 g/l N

Cryptocoque Clair > 50 % Lc

souvent > 1 g/l N

* Souvent hyponatrémie par SIADH dans la méningite tuberculeuse.

c) Examens complémentaires ǻ Test immunochromatographique sur LCR : test Binax NOW® Streptococcus pneumoniae . ǻ Biologie moléculaire :

- PCR méningocoque, pneumocoque, entérovirus (RT-PCR), HSV sur LCR ; - PCR méningocoque sur sang (méningococcémie).

ǻ Biopsie cutanée si purpura PCR méningocoque, examen direct et culture. ǻ Biochimie :

- lactatorachie si < 3,2 mmol/l : méningite bactérienne très peu probable ; - PCT sérique si < 0,5 ng/ml : méningite bactérienne très peu probable.

ǻ Dosage de l’interféron α dans le LCR (marqueur de réplication virale) : - deux méthodes :• dosage immunologique ELISA, • dosage basé sur la protection d’une culture cellulaire vis-à-vis d’un virus d’épreuve (virus de la stomatite

vésiculeuse) +++ ; - taux d’IFNα ≥ 2 UI/ml dans le LCR en faveur d’une infection virale du SNC (interprétation en fonction du taux d’IFNα dans le sérum) ;

- permet de distinguer une encéphalite virale infectieuse (IFNα ≥ 2 UI/ml de LCR) d’une encéphalite virale postinfectieuse (IFNα < 2 UI/ml de LCR).

ǻ Électrophorèse des protéines du LCR : synthèse intrathécale d’immunoglobulines ? ǻ Agglutination d’Ag polysaccharidique d’origine capsulaire ou pariétale (S. pneumoniae ; N. meningitidis A, B, C, Y, W135 ; L. monocytogenes ; S. agalactiae ; E. coli K1) non recommandée (sensibilité et spécificité non satisfaisantes).

ǻ Selon le contexte : recherche de M. tuberculosis (BK) dans le LCR : - examen direct : coloration de Ziehl-Neelsen ; - culture : Löwenstein-Jensen ; - PCR sur LCR ; - évocateur : hyponatrémie (SIADH).

ǻ Selon le contexte : recherche de C. neoformans (cryptocoque) dans le LCR : - examen direct : coloration à l’encre de Chine ; - culture : Sabouraud sans actidione ; - agglutination d’Ag capsulaire (particules de latex sensibilisées).

ǻ Selon le contexte : TPHA-VDRL (sang, LCR), sérologie de borréliose de Lyme.

4. Traitement : antibiothérapie (consensus 2008)a) Urgence thérapeutique absolue

ǻ Le pronostic dépend de la précocité de mise en route du traitement ATB.

8 Méningites et encéphalites

ǻ Recommandation : l’antibiothérapie doit être instaurée au plus tard dans les 3 heures, idéalement dans l’heure qui suit l’arrivée à l’hôpital, quel que soit le temps déjà écoulé depuis le début présumé de la méningite.

ǻ L’antibiothérapie doit être débutée avant la PL dans 3 situations : - purpura fulminans (troubles sévères de la coagulation) ; - hospitalisation impossible dans les 90 min ; - CI à la réalisation de la PL (cf. supra) .

ǻ Dans ces situations : pratiquer une hémoculture (avant l’antibiothérapie). ǻ La PL sera réalisée dès que possible après correction des anomalies.

b) Traitement probabiliste ǻ En cas d’examen direct négatif (ou PL impossible) :

C3G en IV Céfotaxime 300 mg/kg/j ou ceftriaxone 100 mg/kg/j (doses efficaces sur le pneumocoque de sensibilité diminuée aux pénicillines, PSDP)

Si nourrisson < 3 mois + gentamicine 3 à 5 mg/kg/j en IV

Si arguments en faveur d’une méningo-encéphalite

ǻ Agir sur Listeria : + amoxicilline 200 mg/kg/j IV + gentamicine 3 à 5 mg/kg/j IV ǻ Agir sur HSV : + aciclovir 10 mg/kg/8 h en IV ǻ Éventuellement M. tuberculosis (cf. infra)

ǻ En cas d’examen direct positif :

Suspicion de pneumocoque (Cocci Gram +) Céfotaxime 300 mg/kg/j ou ceftriaxone 100 mg/kg/j en IV

Suspicion de méningocoque (Cocci Gram –) Céfotaxime 200 mg/kg/j ou ceftriaxone 75 mg/kg/j en IV

Suspicion de Listeria (Bacilles Gram +) résistante aux céphalosporines

Amoxicilline 200 mg/kg/j IV + gentamicine 3-5 mg/kg/j en IV

Suspicion de H. influenzae (Bacilles Gram –) Céfotaxime 200 mg/kg/j ou ceftriaxone 75 mg/kg/j en IV

Suspicion d’E. coli (Bacilles Gram –)

Céfotaxime 200 mg/kg/j ou ceftriaxone 75 mg/kg/j en IVSi nourrisson < 3 mois : + gentamicine 3-5 mg/kg/j en IV

c) Traitement adjuvant : dexaméthasone ǻ Traitement précoce par dexaméthasone associé à une diminution de la mortalité et des séquelles neurologiques (consé-quences délétères de l’inflammation méningée).

ǻ Recommandation : l’injection de dexaméthasone est recommandée avant ou au plus tard avec la 1re injection d’antibiotique.

ǻ Indications : méningites de l’adulte (à pneumocoque ou méningocoque) et de l’enfant (à pneumocoque ou Haemophilus) . À défaut, lors de la mise en place d’une antibiothérapie probabiliste.

ǻ Dose : 10 mg (adulte) ou 0,15 mg/kg (enfant)/6 h/4 j. ǻ Contre-indiqué en cas d’immunodépression.

9Méningites et encéphalites

d) Adaptation de l’antibiothérapie après documentation microbiologique

S. pneumoniae(durée : 10 à 14 j)

CMI amoxicilline < 0,1 mg/l amoxicilline ou maintien C3G

CMI amoxicilline ≥ 0,1 mg/l maintien C3G

Diminuer dose C3G si CMI C3G < 0,5 mg/l (céfotaxime 200 mg/kg/j ou ceftriaxone 75 mg/kg/j)

N. meningitidis(durée : 4 à 7 j)

CMI amoxicilline < 0,1 mg/l amoxicilline ou maintien C3G

CMI amoxicilline ≥ 0,1 mg/l maintien C3G

L. monocytogenes(durée : 21 j) Amoxicilline (+ gentamicine les 7 premiers jours)

S. agalactiae(durée : 14 à 21 j) Amoxicilline

E. coli(durée : 21 j) Maintien C3G (+ gentamicine les 2 premiers jours si nourrisson < 3 mois)

H. influenzae(durée : 7 j) Maintien C3G

ǻ En absence de documentation microbiologique : maintenir l’antibiothérapie initiale pendant 14 j. ǻ Cas des méningites à pneumocoque d’évolution clinique non favorable après 48-72 h de traitement : PL de contrôle + poursuite C3G à dose max +/- vancomycine ou rifampicine. La fosfomycine peut également être une solution. Dans tous les cas : choix en fonction de la sensibilité de la souche isolée.

ǻ Cas de la méningite tuberculeuse : quadrithérapie 2 mois (isoniazide 5 mg/kg/j, rifampicine 10 mg/kg/j, éthambutol 20 mg/kg/j, pyrazinamide 25 mg/kg/j), puis bithérapie (rifampicine, isoniazide) total : 12 mois.

ǻ Cas de la méningite virale à entérovirus : traitement uniquement symptomatique (antalgiques et antipyrétiques). Guéri-son spontanée en 3-5 j.

ǻ Cas de l’encéphalite herpétique : aciclovir 10 mg/kg/8 h en IV (21 j). ǻ Cas de la méningite fongique à C. neoformans : amphotéricine B 1 mg/kg/j en IV + flucytosine 100 mg/kg/j (15 j). Relais par fluconazole 400 mg/j sur 2 mois, puis 200 mg/j en prophylaxie secondaire.

e) Traitement symptomatique associé ǻ Traiter une hypertension intracrânienne :

- correction d’une pression artérielle basse : remplissage vasculaire +/- inotropes ; - réduction de la pression intracrânienne : surélévation de la tête de 20-30°, sédation, ventilation mécanique +/- mannitol en bolus unique (en situation immédiatement menaçante).

ǻ Traiter les convulsions . ǻ Lutter contre les désordres hydro-électrolytiques, la fièvre et l’hyperglycémie . ǻ Si foyer infectieux ORL identifié traiter (paracentèse si OMA).

5. Suivi ǻ Uniquement clinique . ǻ Pas de PL de contrôle, sauf dans les situations suivantes (après imagerie) :

- méningite à germe inhabituel ; - méningite à pneumocoque avec CMI C3G > 0,5 mg/l, à 48 h ; - évolution clinique non favorable après 48-72 h de traitement.

Dans ces cas : prélever un tube supplémentaire pour doser la C3G dans le LCR et rechercher un foyer infectieux non drainé (ORL +++ : sinusite relevant d’un drainage, otite nécessitant une paracentèse). ǻ Devant une méningite à pneumocoque (adulte ou enfant) ou à Haemophilus (adulte) : rechercher une brèche ostéodu-rale : - interrogatoire : antécédent de traumatisme crânien ou neurochirurgie ? - clinique : otorrhée, rhinorrhée de LCR ; - imagerie.

10 Méningites et encéphalites

En cas de brèche : la vaccination antipneumococcique est recommandée. Si la brèche ne se tarit pas spontanément, une fermeture est nécessaire. ǻ Dépister les séquelles : examen neurologique, suivi audiométrique (dépister le plus précocement une hypoacousie appareillage).

ǻ Explorations immunologiques en cas d’antécédents d’infections bactériennes sévères chez l’enfant ou dans sa fratrie, de méningites récidivantes ou de méningites à sérotype vaccinal chez un enfant vacciné ou d’infections à germes inhabituels (y compris sérogroupes rares de méningocoque : Y, W135, X et Z).

ǻ Recherche de pathologies prédisposantes chez l’adulte : diabète, éthylisme chronique, cancer, cirrhose, hémopathie, infection par le VIH.

6. Préventiona) Méningocoque

ǻ Déclaration obligatoire. ǻ Prophylaxie secondaire :

- chimioprophylaxie des sujets contacts (dans les 24-48 h après le diagnostic) pour éliminer un portage oropharyngé :• 1re intention : rifampicine PO 600 mg x 2/j pendant 2 j,• si allergie ou CI : ceftriaxone IV dose unique ou ciprofloxacine PO dose unique ;

- vaccination antiméningococcique des sujets contacts (le plus rapidement possible après la connaissance du sérogroupe, dans un délai maximum de 10 j après le début de l’hospitalisation du malade, parallèlement à la chimioprophylaxie) :• vaccin tétravalent (A/C/Y/W135) : Mencevax®,• vaccin antiméningococcique A+C,• vaccin antiméningococcique B : Bexsero®,• vaccin antiméningococcique C conjugué : Neisvac®, Meningitec® ;

ǻ Prophylaxie primaire : - calendrier vaccinal 2013 (recommandations générales chez le nourrisson) : 1 dose de vaccin antiméningococcique C conjugué à 12 mois (rattrapage jusqu’à 24 mois) ;

- vaccination recommandée lors de certains voyages.

b) Haemophilus ǻ Prophylaxie secondaire : chimioprophylaxie des sujets contacts : rifampicine 20-40 mg/kg/j pendant 4 j. ǻ Prophylaxie primaire : vaccin polyosidique d’H. influenzae type B conjugué. Calendrier vaccinal (recommandations générales chez le nourrisson) : primo-vaccination à 2 et 4 mois + rappel à 11 mois quasi-disparition des méningites à Haemophilus en France.

c) Pneumocoque ǻ Pas de prophylaxie secondaire. ǻ Prophylaxie primaire :

- vaccin antipneumococcique conjugué 13-valent (Prevenar 13®) chez l’enfant. Calendrier vaccinal (recommandations générales chez le nourrisson) : primo-vaccination à 2 et 4 mois + rappel à 11 mois ;

- vaccin polysaccharidique non conjugué (Pneumo 23®) dans les populations à risque (splénectomisé, VIH +, pathologies cardiorespiratoires chroniques).

d) Listeria ǻ Déclaration obligatoire. ǻ Pas de prophylaxie secondaire : pas de transmission interhumaine. ǻ Prophylaxie primaire :

- législation sur l’industrie alimentaire (stockage, conservation, etc.) ; - hygiène, éviction de certains aliments (charcuterie, fromages à pâte molle non pasteurisée) chez les sujets à risque (femmes enceintes, immunodéprimés).

Pour plus d’informations :Société de pathologie infectieuse de langue française (SPILF), Prise en charge des méningites bactériennes aiguës communautaires, nov . 2008 .

Chapitre 2 Bactériémies et endocardites

Bactériémies

13bactériémies1. Définitions et identification des états septiques

a) Bactériémie ǻ Définition : présence de germe(s) viable(s) dans le sang (hémocultures positives) . ǻ Une bactériémie peut être :

- soit asymptomatique ; - soit symptomatique avec 3 degrés de gravité du tableau clinique.

b) Sepsis (infection systémique) ǻ Définition : SRIS + infection définie. ǻ Mortalité : 10-15 %.

X Syndrome de réponse inflammatoire systémique (SRIS) ǻ Au moins 2 des signes suivants :

- hyperthermie > 38 °C ou hypothermie < 36 °C ; - hyperleucocytose > 12 g/l ou leucopénie < 4 g/l ou > 10 % de formes immatures ; - tachycardie : fréquence cardiaque > 90 bpm ; - tachypnée : fréquence respiratoire > 20/min (ou hyperventilation se traduisant par une pCO2 < 32 mmHg).

ǻ Étiologies : infection, polytraumatisme, maladie de système, pancréatite aiguë, etc. X Infection définie ou fortement suspectée

ǻ Arguments : - anamnèse : recherche de facteurs de risque (pathologie sous-jacente, immunodépression, toxicomanie IV, matériel étranger, antécédent de manœuvre invasive ou hospitalisation récente infection nosocomiale ?) ;

- clinique et imagerie (échographie, tomodensitométrie) : recherche d’une porte d’entrée et d’éventuels foyers secondaires (métastases septiques) ;

- biochimie : marqueurs inflammatoires (CRP, procalcitonine) ; - microbiologie : hémocultures positives + prélèvements de la porte d’entrée (ECBU, ECBC, PL, etc.) et des foyers secondaires si possible.

ǻ Portes d’entrée les plus fréquentes : respiratoire (50 %) et intra-abdominale (25 %).Mais aussi : urinaire, peau et tissus mous, intravasculaire (cathéter), endocarde, etc.

ǻ Germes à risque d’évolution vers un sepsis grave : infection à cocci Gram positif (Staphylococcus aureus) ou à bacilles Gram négatif aérobies (Pseudomonas aeruginosa) .

c) Sepsis grave ǻ Définition : sepsis + dysfonction d’organe et/ou hypoperfusion et/ou hypotension. ǻ Mortalité : 20-30 % .

d) Choc septique ǻ Définition : sepsis grave + hypotension persistante malgré remplissage vasculaire. ǻ La persistance de l’hypotension (PAS < 90 mmHg ou PAM < 65 mmHg) ou de signes francs d’hypoperfusion (hyperlactaté-mie, oligurie) malgré les manœuvres initiales de remplissage vasculaire au cours d’un sepsis grave ou d’emblée chez un malade ayant des signes d’infection définit le choc septique.

ǻ Mortalité : 40-50 % .

e) Syndrome de défaillance multiviscérale (SDMV) ǻ Définition : présence de plusieurs dysfonctions d’organes ne permettant plus de maintenir l’homéostasie sans mesures spécifiques.

X Défaillance cardio-circulatoire ǻ Hypotension : PAS/PAD < 90/40 mmHg. ǻ Mécanisme : hypovolémie (fuites capillaires) + vasoplégie ± défaillance myocardique (élévation de la troponine Ic, de la myoglobine et des CPK) .

ǻ Acidose lactique (hypoperfusion) : hyperlactatémie > 2 mmol/l (180 mg/l). ǻ Marbrures, extrémités froides et cyanosées.

X Défaillance rénale ǻ Oligo-anurie. ǻ IRA fonctionnelle puis IRA organique (nécrose tubulaire).

X Défaillance respiratoire ǻ Hypoxémie.

14 Bactériémies

ǻ Syndrome de détresse respiratoire aiguë (SDRA) : - œdème pulmonaire lésionnel (atteinte de la membrane alvéolo-capillaire) ; - radiographie : opacités alvéolaires diffuses bilatérales (« poumon blanc »).

X Défaillance neurologiqueEncéphalopathie aiguë, coma.

X Coagulopathie ǻ Activation de la coagulation : microthromboses dans la microcirculation. ǻ Thrombopénie ou coagulation intravasculaire disséminée (CIVD).

X Défaillance hépatiqueIctère cholestatique, cytolyse (foie de choc), voire insuffisance hépatocellulaire.

X Atteintes digestivesIschémie mésentérique translocations bactériennes.

2. Diagnostic d’une bactériémie : hémocultures ǻ Avant toute antibiothérapie (si possible) :

- si traitement urgent (choc septique) : 2 prélèvements simultanés (4 flacons). ǻ Prélèvement lors des pics fébriles ou frissons (décharge bactérienne) ; en cas de fièvre continue ou de suspicion d’endo-cardite (bactériémie continue) espacer les prélèvements d’au moins 1 h.

ǻ Par ponction veineuse : éviter les prélèvements sur cathéter, risque de contamination +++. ǻ Asepsie stricte : désinfection soigneuse de la peau et des opercules des flacons. ǻ Recueil : 20-30 ml (adulte) 1 flacon aérobie + 1 flacon anaérobie :

- flacons contenant : milieu de culture + anticoagulant + inhibiteur d’antibiotiques (charbon ou résine adsorbeuse de cations) ;

- éventuellement : flacons avec milieux spéciaux pour levures, mycobactéries ; - le sang est dilué au 1/10e dans le bouillon (dilution des substances antibactériennes du sang : complément, lysozyme, cellules phagocytaires, antibiotiques).

ǻ À répéter 2 fois /24 h sur différents sites 3 paires d’hémocultures/24 h . ǻ Transmission au laboratoire le plus vite possible :

- avec informations : si suspicion d’endocardite ou de germe à croissance lente. ǻ Incubation 35-37 °C ≈ 5 j (bactéries détectées au-delà = souvent contaminants) :

- délai prolongé pour les germes à croissance lente (HACCEK, Brucella, Legionella…) et dans certains contextes (endocardite). ǻ Détection de la croissance bactérienne par un système automatisé (ex. : BacT/Alert®) = mesures à intervalles réguliers du CO2 produit par les bactéries en phase de croissance.

ǻ Si signe de croissance positif : examen direct et subcultures sur milieux sélectifs pour identification et antibiogramme. ǻ Interprétation :

- critères de pathogénicité :• plusieurs hémocultures positives avec un même germe,• plusieurs hémocultures positives avec germes différents sur terrains particuliers : cirrhose, dysimmunité, foyer digestif

ou cutané (brûlés, etc.),• une hémoculture (ou plus) avec une levure ou une bactérie pathogène obligatoire : (S. aureus, Salmonella,

méningocoque, Listeria, Pseudomonas, Campylobacter, etc.) ; - contamination probable :• une hémoculture positive avec germe de la flore cutanée (staphylocoques à coagulase négative, corynébactéries,

etc.) ; - attention : hémocultures négatives pas d’élimination formelle du diagnostic :• bactériémie décapitée (traitement antibiotique),• bactériémie discontinue (prélèvement en dehors des pics fébriles),• culture lente ou impossible sur milieux usuels.

3. Prise en charge du choc septiqueToute bactériémie (ou fongémie) avec sepsis est une urgence. ǻ Le traitement doit être le plus précoce possible (risque d’évolution vers le choc septique, le SDMV et le décès) en urgence : prise en charge hémodynamique + contrôle de l’infection.

ǻ Surveillance : SaO2, pression artérielle, diurèse, lactatémie (signe d’hypoperfusion), dysfonctions d’organes. ǻ Prise en charge hémodynamique :

- remplissage (systématique, de façon précoce) bolus de cristalloïdes (ou équivalent de colloïdes), renouveler ; - vasopresseurs (en cas d’hypotension persistante malgré l’expansion volémique initiale = choc septique) noradrénaline (effet α1 vasoconstricteur) ;

15Bactériémies

- inotropes (en cas de défaillance myocardique) Dobutamine® (effet β1 cardiaque) ; - transfusions (en cas d’anémie).

ǻ Contrôle de l’infection : - antibiothérapie :• antibiothérapie probabiliste à large spectre IV (au maximum dans les 3 h),• choix de l’antibiothérapie en fonction du mode d’acquisition de l’infection (communautaire ou liée aux soins), du foyer

infectieux présumé (bactéries visées différentes), de l’épidémiologie générale et locale (milieu hospitalier),• en cas de purpura fulminans : antibiothérapie adaptée aux infections à méningocoque (C3G),• antibiothérapie réévaluée en fonction des résultats microbiologiques (identification et antibiogramme) ;

- recherche et éradication de foyer : drainage d’une collection suppurée, ablation d’un foyer ou d’un corps étranger infecté. ǻ Thérapeutiques adjuvantes :

- assistance respiratoire (intubation/ventilation + sédation) ; - corticothérapie substitutive à faible dose pour pallier l’insuffisance surrénalienne relative liée au choc ; - maintien de la glycémie ; - épuration extrarénale (hémofiltration) en cas de défaillance rénale.

Pour plus d’informations :Société de réanimation de langue française, Prise en charge des états septiques graves de l’adulte et de l’enfant, 2007 .

Endocardites

17endocarditesDiagnostic à évoquer chez tout sujet fébrile ayant un souffle valvulaire.Cependant ≈ 40 % des EI surviennent sur cœur apparemment sain (S. aureus +++) .

1. Différents types d’endocarditesa) Différenciées selon le mode évolutif

ǻ Endocardite subaiguë/lente (maladie d’Osler) : installation progressive des signes sur plusieurs semaines, voire plusieurs mois : - germes peu virulents (streptocoques viridans, staphylocoques à coagulase négative +++) .

ǻ Endocardite aiguë (gravité +++) : installation rapide en quelques jours d’un sepsis grave, avec complications (emboles septiques, lésions valvulaires) : - germes très virulents (S. aureus, champignons, P. aeruginosa et BGN +++) .

b) Différenciées selon la localisation ǻ Endocardite du cœur gauche (90 %) : atteinte valve mitrale, valve aortique. ǻ Endocardite du cœur droit (10 %) : atteinte valve tricuspide, valve pulmonaire.

c) Différenciées selon le type de valve ǻ Endocardite sur valve native . ǻ Endocardite sur valve prothétique (gravité +++) :

- précoce (< 1 an après la chirurgie) : acquisition peropératoire de l’EI +++ ; - tardive (> 1 an après la chirurgie).

2. Principaux agents infectieuxa) EI à hémocultures positives (≈ 90 % des cas d’EI)

X Streptocoques et entérocoques ǻ Streptocoques viridans d’origine bucco-dentaire . ǻ Streptococcus bovis (streptocoque D) d’origine digestive :

- sa présence doit faire rechercher polype/cancer colorectal coloscopie . ǻ Entérocoques d’origine digestive (et urinaire) .

X Staphylocoques ǻ Origine cutanée (toxicomanie IV, cathéter, plaies infectées, furoncles, brûlures…). ǻ S. aureus (≈ 80 % des staphylocoques isolés, très virulent EI aiguë sur valve saine +++). ǻ Staphylocoques à coagulase négative (surtout sur prothèse, beaucoup moins virulents EI subaiguë +++).

b) EI à hémocultures négatives ǻ Dans la majorité des cas : à cause d’une antibiothérapie préalable arrêt des ATB (si possible) et réalisation de nouvelles hémocultures.

ǻ Organismes exigeants (croissance difficile voire impossible) : - streptocoques déficients + pyridoxal ; - BGN du groupe HACCEK1 ; - levures (Candida) et moisissures (Aspergillus) ; - Coxiella burnetii, mycobactéries, Brucella, Bartonella, Legionella, Chlamydia, mycoplasmes, Tropheryma whipplei, etc.

Dans ces cas : techniques spéciales d’hémoculture (incubation prolongée, milieux enrichis), sérologies, culture cellulaire, amplification génique (PCR).

Cas du toxicomane IV

ǻ Endocardite du cœur droit (atteinte de la valve tricuspide ≈ 60 % des cas ; fréquence des atteintes plurivalvulaires). ǻ Fréquence des emboles septiques pulmonaires toux, dyspnée fébrile, hémoptysie, douleur thoracique… Défaillance cardiaque droite exceptionnelle.

ǻ Souvent associé à une immunodépression (VIH +) : CD4 < 200/mm3 . ǻ Germes : staphylocoques (60 %), streptocoques et entérocoques (20 %), P. aeruginosa et autres BGN (10 %), Candida (5 %), plurimicrobiens (5 %).

ǻ Récidives fréquentes (poursuite de la toxicomanie).

1 HACCEK : Haemophilus, Actinobacillus actinomycetemcomitans, Cardiobacterium hominis, Capnocytophaga, Eikenella corrodens, Kingella kingae .

18 Endocardites

3. Physiopathologie de l’endocardite infectieuse

Valve normale

Lésions endothéliales

Dépôts de fibrine etplaquettes Traumatisme mineur

Bactériémie continueFièvre > 38°C

Recolonisation permanentede la végétation

Proliférationbactérienne

Défenseslocales

Accès des ATB

Appositionde fibrine etplaquettes

S. aureus : emboles septiques +++- Coagulase (formation de microthrombi)- Staphylokinase (fibrinolyse → dissémination)

→ Capacités d’adhésion à l’endothélium lésé et sur surface inertes +++

Principalement Cocci Gram +- Streptocoques- Staphylocoques- Entérocoques

Procédure invasive :- voie veineuse- soins dentaires- urologie- hémodialyse

Acivités quotidiennes :- mastication- brossage de dents

Toxicomanie IV …

CardiopathieValve prothétiqueCardite rhumatismaleLésions dégénérativesToxicomanie IV (particules)Âge

Végétation « stérile »

Adhésion

Manifestations cliniques

Bactériémie

Végétation infectée

ǻ Symptômes généraux (bactériémie continue) : fièvre > 38 °C, altération de l’état général, amaigrissement, splénomégalie, infections métastatiques à distance.

ǻ Emboles septiques (Candida, S. aureus +++) phénomènes vasculaires : - anévrisme « mycotique », hémorragies viscérales, érythème de Janeway1 ; - emboles systémiques (SNC, rate, reins, tube digestif, os et articulations, extrémités) en cas d’endocardite du cœur gauche ; - emboles pulmonaires en cas d’endocardite du cœur droit (toxicomanes IV +++).

ǻ Phénomènes immunologiques : dépôts de complexes immuns circulants, lésions de vascularites (glomérulonéphrite, no-dules d’Osler2, purpura conjonctival ou tâches de Roth3), positivité du facteur rhumatoïde.

ǻ Complications locales : - lésions valvulaires insuffisance valvulaire, plus rarement, obstruction valvulaire apparition (ou majoration) d’un souffle, d’une insuffisance cardiaque ;

- extension possible aux structures voisines (myocardite, péricardite, abcès, arythmie…).

1 Placards érythémateux palmo-plantaires.2 Nodosités fugaces rouges ou violacées, surtout à la pulpe des doigts.3 Hémorragies associées à des exsudats blanchâtres au fond d’œil.

Cet ouvrage regroupe les items de la section IV du nouveau programme de 2010 de l’internat en pharmacie portant sur la bactériologie et la virologie.

Il se compose de deux parties complémentaires : 

- la première partie traite des différents syndromes infectieux en développant leur diagnostic clinico-biologique, leurs principales étiologies et la conduite à tenir selon lesdernières recommandations ;

- la seconde partie s’articule autour des différents germes, bactéries et virus au programme, en décrivant les caractéristiques utiles à leur identification, les facteurs depathogénicité et les traitements.

La construction de cet ouvrage permet donc d’aborder l’infectiologie selon deux approches,que l’on s’intéresse à un syndrome infectieux et aux principaux germes qui en sont respon-sables, ou à un germe en particulier pouvant lui-même provoquer différents syndromes infectieux cliniquement distincts.

En plus d’être destiné aux étudiants préparant l’internat en pharmacie, le large éventail depathologies et d’agents infectieux abordés fait de cet ouvrage un support intéressant pourles étudiants ou internes en médecine et en pharmacie qui souhaitent avoir une base solidedans le domaine de l’infectiologie.

Vincent Bianchi et Sarra El Anbassi ont étudié la pharmacie à la faculté de Lille 2 et sont maintenantinternes en biologie médicale à Paris (depuis novembre 2010).

Nicolas Duployez a étudié la pharmacie à la faculté de Lille 2 et il est aujourd’hui interne en biologiemédicale à Lille (depuis novembre 2010).

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ISBN : 978-2-8041-8179-6

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Réussirl’internat

en pharmacie

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