JCR IFSI 2011-09 1

Principes de l’investigation d’une épidémie

Adapté de :

Desenclos JC, Vaillant V, Delarocque Astagneau E, Campèse C, Che D,Coignard B, et al. Les principes de l’investigation d’une épidémie dans unefinalité de santé publique. Med Mal Inf 2007;37:77-94

JC. REVEIL, N. TOUSSAINT, V. PIGEOT, O. PICHENOT

CH Charleville-Mézières

JCR IFSI 2011-09 2

Epidémie : survenue en excès de cas, par rapport à la situation habituelle, d’une maladie donnée, en un lieu et une période de temps donnés.

• connaître le niveau de base habituel de l’incidence de la maladie• définir la période et le lieu• définir la nature de la maladie : définition des cas

Définition d’une épidémie

NB : cas en excès = pas obligatoirement d’origine infectieuse (carences, intoxications, intentionnelles, sociogéniques…)

JCR IFSI 2011-09 3

Epidémies d’origine infectieuses : 2 situations

• Epidémies par transmission de personne à personne : grippe, SRASS, rougeole, SARM…

Chercher et maîtriser les facteurs qui favorise le passage d’une personne à l’autre : isolement, mesures barrières, hygiène des mains, prophylaxie par antiinfectieux ou vaccination…

• Epidémies de source commune contaminée : aliment, aérosol…

Identifier la source et le véhicule de transmission : retrait et arrêt de production d’un aliment, d’un produit de santé…

Ces deux modalités impliquent des analyses et des mesures de maîtrise différentes mais elle peuvent être associées ou se succéder…

JCR IFSI 2011-09 4

Modes de transmission des agents infectieux

Transmission : interaction entre l’agent infectieux, l’environnement et l’hôte

• Transmission directe : transfert de l’agent infectieux, sans élément intermédiaire, d’un hôte infectieux à une porte d’entrée d’un hôte sensible(toucher, gouttelettes pharyngées, rapport sexuel…)

• Transmission indirecte : intervention d’un élément intermédiaire au niveau duquel l’agent se multiplie ou pas.

- véhicule contaminé : eau, aliment, main, matériel, produit biologique..

- vecteur vivant : transport mécanique simple ou cycle plus ou moins complexe de maturation (parasites)

• Transmission aérienne : acquisition le plus souvent par voie respiratoire.

- partie sèche, après évaporation, des gouttelettes de Pflügge (BK)

- poussières environnementales (spores fongiques, virus Puumala)

JCR IFSI 2011-09 5

Approche méthodologique

Trois directions complémentaires et interactive : enquête épidémiologique, enquête environnementale, enquête microbiologique

Etapes de l’investigation :

1. Confirmer l’existence de l’épidémie (puis Alerter)2. Définir la maladie (définition des cas)3. Répertorier les cas4. Décrire les cas en termes de temps, lieux, personnes (courbe

épidémique)5. Etablir des hypothèses quant au mode de survenue6. Tester ces hypothèses7. Conduire une enquête environnementale adaptée8. Mettre en œuvre les analyses microbiologiques nécessaires9. Mettre en œuvre les mesures de contrôle et de prévention10.Rédiger un rapport d’investigation (REX)

Démarche évolutive et déductive, ordre des étapes variable

JCR IFSI 2011-09 6

Confirmer l’existence d’une épidémie

Précocité +++, signalements +++, outils de surveillances

Exemple de détection statistique, CNR Salmonelles, 1993-96

JCR IFSI 2011-09 7

Comparaisons des taux des indicateurs épidémiologiques

A.b. multiR en Réanimation Mars à Décembre 2002

A.b. multiR en Court SéjourMars à Décembre 2002

A.b. multiR sur le total CHMars 2002 à Décembre 2003

SARM acquis en Court Séjourau cours de l ’année 2003

Taux d ’attaque/100 ED

Taux d ’incidence/1000 JH

6,1 4,2

0,03 0,06

0,05 0,07

0,25 0,44

JCR IFSI 2011-09 8

Détection de 2 épidémies distinctes et concomitantes de listérioses par typage moléculaire avec véhicules alimentaires différents : - épidémie 1 = rillettes - épidémie 2 = langue de porc en gelée

CNR Listeria, 1999-2000

Confirmer l’existence d’une épidémie

JCR IFSI 2011-09 9

Définir la maladie épidémique

Caractéristiques cliniques, biologiques, de lieu, de temps, de personne

Souvent définition des cas avec trois niveaux de sensibilité et spécificité : - cas possible – cas probable – cas confirmé - important pour prendre rapidement des mesures sans attendre la confirmation des cas (ex: SRASS)Prendre en compte les formes asymptomatiques : dépistage (BMR, HVC, HVA)

Rechercher les cas

Dépend de la nature de la maladie et du lieu de survenue :

- revue de dossiers, contacts avec les soignants, ville, pays, instituts de surveillance nationaux et internationaux (ex : legionelles) - échantillonnage, réseaux sentinelles - enquêtes séro-épidémiologiques

JCR IFSI 2011-09 10

Décrire les cas

Étape essentielle et indispensable :

- décrire la population touchée - estimer le taux d’attaque - permet de repérer les variations selon les caractéristiques démographiques et de lieu - permet d’orienter les investigations ultérieures et les mesures de maîtrise à mettre en œuvre - permet de générer des hypothèses sur la survenue et le développement e l’épidémie

Parfois cette étape est suffisante pour identifier le mode de transmission et contrôler l’épidémie

JCR IFSI 2011-09 11

Caractéristiques de temps

Source commune prolongée et intermittente : légionelloses dans le Pas-de-Calais à partir d’une tour aéro-réfrigérante industrielle, Nov 2003-Jan 2004

JCR IFSI 2011-09 12

Caractéristiques de temps

Source commune ponctuelle : TIAC à norovirus.Distribution des cas selon la période d’incubation

JCR IFSI 2011-09 13

Caractéristiques de temps

SRASS : cas à l’hôpital français de Hanoï, février-mars 2003La courbe épidémique permet d’estimer la période d’incubation médiane( 1er pic : 3 à 10 j après hospitalisation du cas index, médiane 7j)

JCR IFSI 2011-09 14

Caractéristiques de temps

Source alimentaire commune prolongée : salmonellose Paratyphi B (lysoype 1 var 3) France, juillet-décembre 1993Pas d’augmentation des autres sous-types (intérêt du lysotypage)

JCR IFSI 2011-09 15

Caractéristiques de temps

Transmission de personne à personne : gastroentérites, SSR

Distribution irrégulière sur une période bien supérieure à la période d’incubation, recrudescences limitées de cas sur des périodes de 2 à 3 jours (incubation des GEI virales)

JCR IFSI 2011-09 16

Caractéristiques de temps

Épidémie nosocomiale d’hépatite C par transmission manuportée de patient à patient prolongée par le personnel soignant dans une unité d’hémodialyse

Intérêt de la surveillance et du signalement

JCR IFSI 2011-09 17

Caractéristiques de temps

Source commune ponctuelle : épidémie d’hépatites A liée à la fréquentation d’une pataugeoire.Les cas ont fréquenté la pataugeoire avec le patient source qui était contagieux (signes cliniques le lendemain)

JCR IFSI 2011-09 18

NOMBRE MENSUEL DE PATIENTS PORTEURS D'E. AEROGENES MULTIRESISTANTS

ANNEES 1999-2000-2001-2002-2003-2004-2005

0

2

4

6

8

10

12

14

Exemple d ’évolution dans le temps

JCR IFSI 2011-09 19

Exemple d ’évolution dans le temps

PATIENTS AYANT ACQUIS UN SAMR EN COURT SEJOUR

0

20

40

60

80

100

120

140

année1998

année1999

année2000

année2001

année2002

année2003

année2004

année2005

année2006

année2007

année2008

année2009

année2010

0,00

0,10

0,20

0,30

0,40

0,50

0,60

0,70

nombre SAMR acquis en MCO

pour 1000 jours d'hospitalisation

pour 100 entrées directes

JCR IFSI 2011-09 20

Caractéristiques de lieu

Épidémie communautaire de légionellose : représentation géographique des cas selon la zone de résidence, de travail ou de déplacement. Rennes 2000

JCR IFSI 2011-09 21

Répartition géographique des cas de légionellose lors de l’épidémie de Harnes (Pas -de-Calais)

JCR IFSI 2011-09 22

Épidémie d’infections et de colonisations à A. baumannii BLSE dans la région NORD PAS de CALAIS en 2001 et 2003

Alerte diffusée par le C-CLIN Paris Nord en octobre 2003

Alerte diffusée au niveau national par l’InVS via les 5 C-CLIN

Etablissements ayant signalé des cas d’A. baumannii multirésistant d’avril à octobre 03

11/2003 : 19 établissements

Epidémie d ’Acinetobacter baumanii BLSE

JCR IFSI 2011-09 23

Le clone A.baumannii bla VEB-1 était déjà présent au CH de ……..lors de l’épidémie de 2002 à partir du service de Réanimation.

0

1

2

3

4

5

6

7

8

janv-02

févr-02

mars-02

avr-02

mai-02

juin-02

juil-02

août-

sept-02

oct-02

nov-02

déc-02

janv-03

févr-03

mars-03

avr-03

mai-03

juin-03

juil-03

août-

sept-03

oct-03

nov-03

déc-03

VEB-1 +

VEB-1 -

Epidémie d ’Acinetobacter baumanii BLSEEpidémie d ’Acinetobacter baumanii BLSE

JCR IFSI 2011-09 24

Discussion (3) : Répartition des pulsotypesen fonction des servicesHôpital Manchester

18

1945

46

47

7

8

39

9

40 41

50 42

49

30

31

3411

28

29

10 4835

36

37UAU ChA ChB ChC ChE Réa Pneu Néph Gér Gastro Méd G Péd

Hôpital Corvisart

12

13

23

14

15

24

16

1725 22

M. infectieuses Hématologie C. Neurologie Psychologie Maison de retraite

Centre de Santé

1 4 43 38

2 20 44 32

3 21 33

5 27

6 26

Soins de suite Soins de longue durée

UAU : urgences Néph : néphrologie - pulsotype A ChA : chirurgie A Gér : gériatrie - pulsotype BChB : chirurgie B Gastro : gastroentérologie - pulsotype CChC : chirurgie C Méd G : médecine générale - pulsotype DChE : chirurgie E Péd : pédiatrie - pulsotype ERéa : réanimation M. infectieuses : maladies infectieusesPneu : pneumologie

Epidémie de SARM dans un établissement

JCR IFSI 2011-09 25

Caractéristiques de lieu

Épidémie de GEI dans une maison de retraite : progression dans le temps de chambre à chambre suggérant une transmission de personne à personne par le personnel soignant

Épidémie de Fièvre Q, vallée de Chamonix 2002 : taux d’attaque plus élevé dans les lieux ou quartiers fréquentés par des élevages de moutons ou sur le trajet de la transhumance (élevages contaminés par Coxiella burnetti)

Épidémies d’origine alimentaire : la répartition géographique des cas oriente vers un source à distribution locale, régionale , nationale ou internationale…

JCR IFSI 2011-09 26

Caractéristiques de personne

Épidémie de méningites à méningocoque W135, après le pèlerinage à La Mecque, France, 2000.Diffusion limitée dans la population, d’abord auprès des contact, puis extinction de l’épidémie.

Épidémie de fièvre typhoïde à Paris, 2004 : employé d’une boulangerie servant sandwichs et salades porteur chronique de Salmonella typhi

JCR IFSI 2011-09 27

Epidémie communautaire de GEI à rotavirus et surveillance des cas nosocomiaux

Surveillance des IN à rotavirus

0

5

10

15

20

25

S3 S4 S5 S6 S7 S8 S9 S10 S11 S12 S13 S14 S15

infections communautaires à rotavirus

infections nosocomiales à rotavirus

patients

semaines 2006

Répartition temporelle des cas d’infections communautaires et nosocomiales à rotavirus en 2006

JCR IFSI 2011-09 28

Établir des hypothèses et les tester

Enquête cas-témoins lors d’une épidémie de trichinellose : Cas et témoins selon la consommation de viande dans les 3 semaines avant le début de la maladie.Charente-Maritime, décembre 1993

L’hypothèse « cheval » n’avait pas été jugée crédible initialement par les parasitologues

JCR IFSI 2011-09 29

Établir des hypothèses et les tester

Enquête de cohorte rétrospective lors d’une TIAC : Taux d’attaque de GEI selon la consommation d’huitres provenant d’un lieu spécifique, dans une maison de retraite, Paris, décembre 2002.

JCR IFSI 2011-09 30

Enquête environnementale, analyse microbiologique et typage de l’agent

responsable

• vérifier chaine alimentaire, conditions de conservation, traçabilité, nécessité de compétences spécifiques (services vétérinaires).

• ex : poudre de lait pour nourrissons contaminée par Enterobacter sakasakii, épidémie de syndrome hémolytique et urémique lié à des steacks hachés contaminés à E.coli O157

• recherche d’une source de légionelles, modélisation de la diffusion de l’agent (>6km dans l’épidémie du Pas-de-Calais !)

• établir la clonalité d’une épidémie, typages moléculaires (bactéries), parfois approches phylogéniques et séquençage (HVC)

JCR IFSI 2011-09 31

Réa Réa Réa Réa Réa Réa Réa MG Pne Ger Réa Réa

Epidémie de SARM dans un service : identité des pulsotypes

JCR IFSI 2011-09 32

Mesures de contrôle et de prévention

• prendre en compte de manière réactive et régulière les résultats de l’enquête

• importance des relations entre équipe investigatrice et les décideurs de l’organisation avec les interfaces institutionnelles : à l’hôpital, prévenir le chef de service, de pôle, le président du Clin, le Directeur, le Directeur des soins. Prévoir une éventuelle cellule de crise.

• information des patients (obligatoire si épidémie nosocomiale), du public si risque alimentaire

• établir des recommandations (ex : double filtre au niveau des capteurs de pression en hémodialyse, double nettoyage des endoscopes)

JCR IFSI 2011-09 33

Les contraintes lors de l’investigation d’une épidémie

• souvent contexte difficile, environnement social, institutionnel, médiatique et politique, il faut « faire avec »

• pressions plus ou moins importantes des multiples intervenants, professionnels de santé, responsables d’établissement, autorités sanitaires

• une épidémie est souvent révélatrice de dysfonctionnements anciens…ce qui peut susciter des controverses….

• nécessité d’une approche rigoureuse, d’un personnel légitime au plan institutionnel, et d’une communication transparente et mesurée vers les professionnels et le public

• difficultés liées à la nature rétrospective de l’enquête : les informations ont été recueillies dans les dossiers à des fins cliniques et non épidémiologiques, mais il faut cependant conduire l’investigation dans l’espoir d’en tirer un bénéfice.

JCR IFSI 2011-09 34

Importance de la surveillance et de sa capacité de détection

Dans la situation 1 de détection et réponse tardives, l’impact est limitéDans la situation 2 de détection et réponse précoce, l’impact est important

Situation 1 Situation 2

JCR IFSI 2011-09 35

Autres exemples d’épidémies

JCR IFSI 2011-09 36

Épidémie d’hépatite A dans les Côtes d’Armor

• le 21-08-2007 : CIRE Ouest alertée par la Ddass 22 de 8 cas d’hépatite A déclarés depuis mi-août.

• à la date du 13-09 : 84 cas confirmés, résidant ou ayant résidé dans le département depuis début juillet. 46 : autre département; 3 : étranger

• lieu de résidence ou de séjour : secteur Lannion-Paimpol

• 42 hommes, 39 femmes ; âges : 4-82, médiane : 42

• symptômes : du 27-07-au 04-09; pic : 06 au 12-08

• source de contamination ponctuelle : du 4 au 21-07

• ictère dans 73 cas sur 80 documentés, 25 hospitalisés, évolution favorable pour tous

JCR IFSI 2011-09 37

• Investigation épidémio sur 81 cas : absence de séjour hors métropole, de contact avec collectivité d’enfant, de restaurant et de zones de baignade communs. Contamination par eau de distribution exclue.

• Conso d’au moins une espèce de coquillage pour 99% des cas; 83% des coquillages crus (huîtres, amandes, palourdes, praires), 77% des huîtres et 51% des moules.

• Sur les 26 touristes interrogés : 100% des huîtres et 58% des moules

• Coquillages consommés au domicile ou au restaurant mais origine commune probable des huîtres (en cours)

• 2 cas avec début des signes après le 03-09 considérés comme secondaires

Conclusion provisoire : épidémie liée à la consommation de coquillages entre le 4 et le 21 juillet, en particulier d’huîtres provenant de la baie de Paimpol

JCR IFSI 2011-09 38

Distribution hebdomadaire des cas d’hépatite A par date de début des signesCôtes d’Armor, juillet-septembre 2007

N=81

JCR IFSI 2011-09 39

FHSR : le point de l’InVS au 07-09-2007

2007 : nombre des cas légèrement supérieur à celui des années non épidémiques. 66 cas identifiés , 53 hommes, âges : 18-69 ans médiane : 35,5Afssa : pas augmentation de la population des campagnols roussâtres dans les Ardennes pendant l’hiver 2006-2007

JCR IFSI 2011-09 40

JCR IFSI 2011-09 41

JCR IFSI 2011-09 42

Epidémie de Choléra au Sénégal

Incidence/semaine, district de ToubaNovembre 2004 - 25 Avril 2005

JCR IFSI 2011-09 43

Cas cumulés notifiés de choléra au Sénégal de Octobre 2004 au 12 Avril 2005

JCR IFSI 2011-09 44

Epidémie de Salmonelloses en France à S.agona Janvier-Avril 2005

JCR IFSI 2011-09 45

Cas de diarrhée à S.agona en fonction du département de résidence

JCR IFSI 2011-09 46

JCR IFSI 2011-09 47

JCR IFSI 2011-09 48

Diarrhées aiguës France entière

JCR IFSI 2011-09 49

Diarrhées aiguës, France fin 2010-début 2011

S 2010-51

S 2010-48 S 2010-49 S 2010-50

S 2010-52

JCR IFSI 2011-09 50

Diarrhées aiguës France entière

JCR IFSI 2011-09 51

Grippe 2010-2011

JCR IFSI 2011-09 52

Grippe 2010-2011

JCR IFSI 2011-09 53

Syndromes grippaux, France fin 2010-début 2011

S 2010-48

S 2010-49 S 2010-50

S 2010-51S 2010-52

JCR IFSI 2011-09 54

Conclusion

• amélioration des connaissances scientifiques (ex : légionelles Pas-de-calais)

• champ large de méthodes incluant la dimension clinique, épidémiologique, environnementale, microbiologique et comportementale.

• le terme « épidémie » est parfois employé par excès pour caractériser un problème infectieux pas nécessairement menaçant s’il est géré de manière réactive et rationnelle.

• constante évolution des agents infectieux et de leurs interactions avec l’homme : il y a toujours à apprendre !

• anticiper et gérer les risques par la veille et la surveillance épidémiologique, mais aussi par l’investigation approfondie des épidémies.