Liste des analyses sous-traitées Page A1/A 12 · 2017-12-12 · Liste des analyses sous-traitées Page A1/A 12 L_Sous-traitance_V2 _0_08_2017.docx Accord Mis en vigueur Mis hors

Liste des analyses sous-traitées Page A1/A12

L_Sous-traitance_V2_0_08_2017.docx Accord Mis en vigueur Mis hors vigueur

Fait le Visa Visa Date Visa Date Visa Date

09.02.2017 LVA AJA 09.02.2017 RLI 09.02.2017

Mis à jour 24.11.2017 RL

Analyses Prélèvements Méthode Sous-traitant

Adénovirus

Autre que selles PCR LS1

Adénovirus (respiratoire)

Sérum Sérologie STOP

Amibes (Acanthamoeba spp)

Biopsie, grattage (eau physiol. stérile) Verre de contact, liquide de lentille

Examen direct Culture

BE1

Amibes (cf E.histolytica-

dispar)

Selles native BS1

« Anthrax » B.anthracis

Souche isolée (ou matériel)

PCR NANT

Antibiotiques Résistances

Souche Confirmation Selon type (LS4)

Antibiotiques rares Souche CMI Selon disponibilité

Antipneumolysines Sérum Sérologie LS4

Antistaphylolysines Sérum Sérologie STOP

Arbovirus

Sérum Sérologie NANT

Ascaridiose Sérum Sérologie BE4 ASLO Sérum Sérologie SRNJTS

Aspergillus invasif Dosage

galactomannane

Sérum +LBA

Sérologie LS3

Aspergillus invasif Dosage

1.3-beta-d-glucan

Sérum +LBA

Sérologie LS3

Aspergillus et autres

(poumon du fermier)

Sérum Précipitine GE4

Babesia spp Sang, plasma,… Moléculaire Unine

Bactéries Champignons

Souche Identification classique

ZH1

Bactéries Champignons

Souche Séquençage LS1

Bartonella henselae (B.quintana)

Biopsies, Pus, coupe histologique PCR LS1

BK polyomavirus (greffés rénaux)

Urine, plasma EDTA

PCR BS2

Bordetella pertussis Bordetella

parapertussis

Nez, gorge Frottis ou aspiration

PCR LS1

Borrelia miyamotoi Fièvre récurrente

Sang LCR PCR SION




09.02.2017 LVA AJA 09.02.2017 RLI 09.02.2017



Botulisme intoxication

Selles, sérum Nouveau-né et cas chronique adultes

Toxine PASTEUR

Brucella spp Souche Typage BE2

Campylobacter spp Souche Identification NENT

Campylobacter spp Sérum Fixation complément

SION

Candida spp Souche Antifongigramme

Candida invasif Dosage

1.3-beta-d-glucan

Sérum +LBA

Sérologie LS3

Candida spp Mannane et anti

mannane

STOP STOP STOP

Chlam. pneumoniae Prélèvements respiratoires PCR LS1

Chlam psitacci sérologie ZLM

C.trachomatis typages+

Sérovar LGV

Génital PCR LS1

Champignon Prélèvements bactériens PanFungal ZH1

Champignon Identification Séquençage LS1

Clostridium perfringens

(Détection de la toxine)

Souche PCR

Coccidioides immitis Sérum Sérologie ZH1

Coronavirus SRAS-SARS

Prélèvement respiratoire protocole OFSP !!

PCR GE1

Coxiella burnetti (fièvre Q)

LBA, Asp B, plasma Biopsie, liquide biologique

PCR confirmation et contrôle

SION1

Creutzfeld-Jakob prion protéine 14-3-

3

LCR réfrigéré ZH4

Cysticercose Sérum Sérologie BE4

Cytomégalovirus (CMV)

Sérum Avidité IgG LS3

Cytomégalovirus (CMV)

LCR (immunocompromis) LBA

Biopsie Urine du nouveau né <10j

PCR LS1

CMV Virémie Plasma

PCR

GE1




09.02.2017 LVA AJA 09.02.2017 RLI 09.02.2017



CMV Virémie (rare)

Sang EDTA complet

PCR

LS1

Dermatophytes Souche Identification et séquençage

ZH1

Diphtérie contrôle vaccination

Sérum Sérologie GE3

Echinococcus spp

Sérum Sérologie BE4

EHEC (VTEC) EIEC EPEC (gènes)

Souches à confirmer selon OFSP

Identification Confirmation

NENT

EHEC (VTEC) EIEC EPEC (gènes)

Selles à analyser selon demande PCR IMD

Encéphalite japonaise

LCR Sang EDTA

PCR ZLM

Encéphalite japonaise

Sérologie ZLM

Entamoeba histolytica

Selles, biopsie, ponction

Identification BS1

Entamoeba histolytica

Sérum URGENT Sérologie BS1

Enterovirus Biopsies, sang, LCR PCR GE1

Enterovirus (Echo-, Coxsackie,

Polio-)

Biopsies, liquide péricardique, sang, Séquençage si PCR positive

GE1 Recherche spéciale virus

Epstein-Barr virus (EBV)

≥0.5ml LCR natif indiquer: tél. + nom du médecin!!

PCR LS1

Epstein-Barr virus (EBV) chez les

hémodialysés, gréffés

Plasma Virémie PCR GE1

Eubacterial PCR PCR eubactérienne

Gène 16S direct (prélèvements

stériles)

Biopsie, ponctions stériles

PCR + séquençage

LS1

Fièvres hémorragiques

Sérum 1-2 ml .

Sérologie (CRIV) GE1

FSME LCR, sérum, plasma PCR SION1

Galactomannane cf Aspergillus invasif

Sérum Sérologie

Grippe Aviaire (H5N1)

Seulement si les critères remplis !! PCR multiplex (CRIV) GE1 Tél au labo !




09.02.2017 LVA AJA 09.02.2017 RLI 09.02.2017



Haemophilus ducreyi

Avec T.pallidum PCR duplex IMD

Haemophilus influenzae

Souche des hémocultures et LCR Typage BE1

H. influenzae (type B)

LCR PCR multiplex LS1

H. influenzae typeB (contrôle

vaccination)


Hantavirus (Puumala)

Sérum Sérologie ZLM

Helicobacter pylori Biopsie PCR IMD

Helminthiases tissulaires

Sérum Sérologie BS1

Hépatite A virémie Plasma PCR BE CTS

Hépatite B Plasma 1ml Résistances LS1

Hépatite B Plasma 1ml Génotypage LS1

Hépatite B Plasma Virémie GE1

HCV virémie

1.3 ml plasma

PCR quantitative GE1C

Hépatite C génotypage

Plasma 1ml

PCR et hybridation

GE1

Hépatite C résistances

Plasma EDTA PCR GE1B

Hépatites A, B, C

Sérum Sérologie SRNJTS

Hépatites D, E Sérum Sérologie GE1

Hépatite D virémie

Plasma PCR LS1

Hépatite E virémie

Plasma PCR LS1

Herpes simplex (HSV)

0.5ml LCR natif Frottis dans milieu transport

PCR LS1

Herpes simplex Sang EDTA Virémie BS2

HHV6 Sérum Sérologie GE1

HHV6 LCR PCR et q PCR LS1 ou GE1




09.02.2017 LVA AJA 09.02.2017 RLI 09.02.2017



HHV8 Sérum Sérologie BS 2

HHV8 Sang EDTA, LCR PCR LS1 (ou BS2)

Histoplasma capsulatum

Sérum Sérologie ZH1

HIV virémie

1.3 ml plasma

PCR quantitative GE1C

HIV spécialités HIV2 virémie

2 ml plasma tube en sérothèque!!

Virémie ZH2

HIV pédiatrie Etude CH

Plasma et sérum selon disponibilité ZH2B

HIV résistances 2 ml plasma garder un tube en sérothèque!!

PCR GE1C

HIV1, 2: dépistage Sérum Noter si facturation HJB

Sérologie SRNJTS

HIV1,2 AG p24 Sérum Sérologie ZH2

HTLV Sérum (dépistage + WB) Sérologie

GE1

HTLV Sang EDTA (PCR) PCR ZH2

IgE totaux Sérum sérologie GE4m

Influenza virus Confirmation PCR LS1

JC polyomavirus Urine, (plasma ou sang EDTA)

congelé express nuit

PCR BS2

JC polyomavirus (LCR)

0.5ml LCR natif indiquer: tél. + nom du médecin!!

PCR LS1

Kingella kingae Gorge (dépistage) Ponction, sang EDTA

PCR GE2

Legionella Souche sérotypage TI

Legionella Expectoration, LBA, Aspiration bronchique, (Urine)

PCR LS1

Leishmania spp


Leishmania spp Moëlle, biopsies, se garde à 4°C Express de nuit ! !

Culture BS1

Leptospira interrogans s.l.

Sérum Typage BE2 Labo Leptospira Pasteur Paris

Leptospira

interrogans s.l. Sang EDTA, plasma, sérum Urine et

autres PCR

typage CNR Pasteur Paris

Leptospires Sang Culture BE2 Lepto

Listeria monocytogenes

Souche bactérienne Typage Identification

NENT1




09.02.2017 LVA AJA 09.02.2017 RLI 09.02.2017



Listeria monocytogenes

LCR Liquide amniotique

PCR multiplex LS1

Mannane et anti mannane

STOP STOP STOP

Méningite bactérienne

LCR PCR multiplex LS1

MERS-CoV Cf Virus spéciaux

GE1

Microsporidies Selles fixées SAF Identification BE1

MRSA Etude CH

Souche

Typage LS6

Mycobactéries MTBC

Biopsie, LCR, par coursier Aspi Bronchique (pas LBA)

PCR LS1

MOTT rechercher et identifier

Souche PCR ZH1

Mycobactéries Souche

Typage Antibiogramme.

ZH1

Mycoplasma pneumoniae

Prélèvement respiratoire, LCR

PCR LS1

Neisseria meningitidis

Souche bactérienne Antibiogramme Typage

GE2B

Neisseria meningitidis

LCR

PCR Multiplex LS1 .

Neoehrlichia mikurensis

LCR Autres

PCR SION

Oreillons Sérum IgM BE1

Oreillons LCR congelé par express de nuit.

PCR ZLM

Oreillons Frottis de sténon, gorge, salive, urine MTV par courrier A

Culture GE1

Papilloma Virus (HPV) Typage

Cas spéciaux PCR LS1

Parainfluenza 1, 2, 3

Sécrétions naso-pharyngées ou frottis milieu de transport;

PCR LS1

Parasites

Selles, biopsies, ponctions. Sérum

Confirmation Sérologie

BS1

Parvovirus B19 Sang EDTA, sg cordon, courrier A Moelle osseuse, Synovie,

Liquide amniotique, par express de nuit

PCR ZLM

Pathogènes Sérologie, PCR CNRR




09.02.2017 LVA AJA 09.02.2017 RLI 09.02.2017



émergents

Plasmodium spp Frottis sanguin fixé et goutte épaisse ou sang sur EDTA

Confirmation PCR

BS1

Plasmodium spp


Pneumocoque Contrôle

vaccination


Pneumocoque invasif

Souche isolée Typage

BE3

Str. pneumoniae LCR

PCR multiplex LS1

Pneumocystis jirovecii

Biopsie, Expectoration Asp.Bronch, LBA

PCR LS1

Poliomyélite (contrôle de vaccination)

Sérum Sérologie

Poliomyélite Suspicion clinique

2x selles délai 24-48h Culture (PCR?) BS3

Rage Dosage IgG vaccination antirabique


Résistances aux Antibiotiques

BGN: Souche Carba R, ESBL, AmpC, …

CGP: Van-R, Tei-R, Dapto-R Strepto Peni-R

Identification NARA

Rickettsiose Sérum Sérologie SION1

Rickettsiose

Biopsie,… PCR SION1

Rougeole

Sténon, gorge PCR GE1

Rougeole IgM confirmation Sérologie GE1 Rubéole Sérum Avidité IgG DL

Rubéole Liquide amniotique 10 ml; LCR garder réfrigéré

(le lendemain: congeler à -80°C)

PCR ZLM

Salmonella spp Souche Identification NENT

Salmonelles WIDAL

Sérologie BE1

Séquençage

Souche LS1

Shigella spp Souche Identification NENT

TB SPOT sérologie BE1

Tétanos contrôle de vaccination





09.02.2017 LVA AJA 09.02.2017 RLI 09.02.2017



Toscana Virus

Sérum, Plasma Sérologie, PCR

Pasteur Paris Marseille

Toxines de Staphylocoque

(ex: Panton Valentin)

Etude CHUV-Romandie Souche LS6

Toxocara canis


Toxoplasma gondii Sérum ISAGA IgM, IgA IF IgM, IgG Aggl. IgG

Avidité

LS3

Toxoplasma gondii Sérum de la mère et celui du bébé en même temps

ELIFA LS3

Toxoplasma gondii Liquide amniotique ou LCR ou LBA natif par courrier A – coursier

PCR LS1

Treponema pallidum Ulcère. Sang, LCR pour confirmation PCR Chez nous (Contrôle ZH5)

Treponema pallidum Neurosyphilis Sérum et LCR

Sérologie ZH5

Trichomonas vaginalis

PCR IMD

Tropheryma whipplei

Salive, selles (dépistage) par courrier A Sang complet EDTA (pas plasma) et

LCR Biopsie, synovie, ponction moelle sur EDTA express de nuit

PCR ZH1

Trypanosomiases


Typage MRSA Souche 1/patient moléculaire LS6

Varicelle zoster Sérum IgA

BE1

Varicelle 0.5ml LCR natif par coursier ou courrier A

tél. + nom du médecin!!

PCR LS1

Vibrio spp Souche Confirmation NENT

Virus respiratoires Asp naso-pharyngé, LBA, Asp bronchique, brossage expecto

PCR semi-quantitatification

LS1

VIRUS spéciaux LCR généralement et Sang PCR Sérologie

GE1

West Nile Virus Sérum

Pas de PCR Sérologie GE1

Whipple (Maladie de)

Cf T.whipplei

Yersinia spp Sérum sérologie BE1

Yersinia spp Souche Sérotype NENT

Zika virus Urines, plasma ou sang EDTA PCR GE1

Remarques:




09.02.2017 LVA AJA 09.02.2017 RLI 09.02.2017


Code Adresse Contact

BE1 Institut de Microbiologie Clinique Université de Berne Friedbühlstrasse 51 Postfach 61 3010 Berne

Tél: 031 /632.32.65 Fax: 031/632 49.66 www.ifik.unibe.ch [email protected]

BE2 Institut de Bactériologie Vétérinaire Länggass-strasse 122 Case Postale 8466 3001 Berne

Tél: 031/631.24.35 Fax: 031/631.26.34 www.vbi.unibe.ch

BE2 Labo Lepto

Laboratoire des Leptospires Institut de Bactériologie Vétérinaire (ZOBA) Länggass-strasse 122 Case Postale 3350 3001 Berne

Dr Sabrina Rodriguez Tél: 031/631.24.38 Fax: 031/631.26.34 www.vbi.unibe.ch

BE3

Centre National des Pneumocoques Institut de Microbiologie Clinique 3010 Berne

Tél: 031/632.32.65 http://www.ifik.unibe.c h

BE4 Institut Vétérinaire de Parasitologie Länggass-Strasse 122 Case Postale 8466 3001 Berne

Tél: 031/631.24.18 Prof B.Gottstein www.vetmed.unibe.ch/ipa/

BE5 Intitut Vétérinaire de Virologie Länggass-Strasse 122 Case Postale 3001 Berne

Tél: 031/631.23.78 Fax: 031/631.25.34 Prof E.Peterhans www.cx.unibe.ch/ivv/

BE CTS Service de transfusion sanguine CRS Berne SA Laboratoire diagnostic Murtenstrasse 133 3008 Berne

Tél: 031/384.23.00 Fax: 031./384.23.01 [email protected]

BS1 Institut Tropical Suisse Case Postale 4002 Bâle

Tél: 061/284.82.56 Fax: 061/284.81.18 Dr Marti

BS2 (même feuille que BS1 mais adresse différente)

Institut für Medizinische Mikrobiologie Labo PCR Petersplatz 10 4003 Bâle

Tél: 061/ 267.32.62 Fax: 061/267.32.98

BS3 CNRR

Institut für Medizinische Mikrobiologie Petersplatz 10 4003 Bâle Centre National de Référence des Rickettsioses UMR 6020 Faculté de Médecine 27, boulevard Jean Moulin 13385 MARSEILLE Cedex 5 FRANCE

Tél: 061/ 267. 32.79 Fax: 061/267.32.98 [email protected] Tél : 00 33 4 91.32.43.75 Fax : 00 33 4 91.38.77.72 Prof D.Raoult

CNRT Coxiella Labo de Microbiologie CHUV Bugnon 48 1011 Lausanne

Tél: 021/ 314.41.11 Fax 021314.40.60 K.Jaton 021/314.40.76 Prof. PD Gilbert Greub




09.02.2017 LVA AJA 09.02.2017 RLI 09.02.2017



NANT Labo Spiez Austrasse 3700 Spiez

Tél: 033/228.14.01 Fax:033/228.14.02 [email protected] www.labor-spiez.ch

NENT Centre National des Bactéries Entéropathogènes: NENT Institut Für Lebensmittelsicherheit Universität Zürich Winterthurerstrtasse 272 8057 ZÜRICH

Tél : 044/635 86 71 Fax: 044/635.89.08 Dr H Haechler [email protected]

DL Dianalab Rue de la Colline 6 1205 Genève

Tél : 022/807.12.40 Fax: 022/807.12.44 Dr Stricker

GE1 GE1B GE1C

DMGL/Centre d'accueil des prélèvements BAT Lab local 8D-0-850.1 4, rue Gabrielle-Perret-Gentil 1211 Genève 14

Tél: 022/372.49.80 Fax: 022/ 372.18.35 www.hug-ge.ch/feuille-de-demande

GE2 (Bactériologie) GE2B (méningo)

DMGL/Centre d'accueil des prélèvements BAT C, niveau 5, local 7A-5-759 4, rue Gabrielle-Perret-Gentil 1211 Genève 14

Tél: 022/372.73.10 (bacté) Tél: 022/372.92.52 (méningo)

GE3 Laboratoire de Vaccinologie Bâtiment des laboratoires 4, rue Gabrielle-Perret-Gentil 1211 Genève 14

Tél: 079/553.46.70 Barbara.lemaî[email protected]

GE4 HUG, Service d'immunologie et d'allergologie Bâtiment A1, local 8D-4-876 4, rue Gabrielle-Perret-Gentil 1211 Genève 14

Tél: 022/372.93.73

IMD (ZH) Institut für medizinische und molekulare Diagnostik AG Falkenstrasse 14 8024 Zürich

Tél: 044/250.50.50 Fax: 044/250.50.51

LS1 (Diagn. Moléc.) LS1B

Labo de Diagnostic Moléculaire CHUV, Institut de Microbiologie DPML BH18-100 1011 Lausanne

Tél : 021/314.40.48 Fax: 021/314.40.60 K.Jaton 021/314.40.76 www.hospvd.ch/chuv/dml

LS2 (IAL)

Division d'Immunologie et Allergie CHUV DPML BH18-100 1011 Lausanne

Tél : 021/314.08.05 Fax:021/314.08.01

LS3 (Sérologie)

Labo de Sérologie CHUV, Institut de Microbiologie DPML BH18-100 1011 Lausanne

Tél. 021/314.40.69 ou 40.70 Dr Meylan 021/314.40.98




09.02.2017 LVA AJA 09.02.2017 RLI 09.02.2017



LS4 Service de biomédecine CHUV BH18-100 1011 Lausanne

Tél: 021/314.42.71 Fax: 021.314.80.98

LS6 (HH)

Hygiène hospitalière et épidémiologie Institut de Microbiologie Bugnon 44 1011 Lausanne

Tél 021/314.11.11 Dr Dominique Blanc .hpci.ch/hh_home/hh_dam_accueil.htm

NARA (dés mars 2017)

NARA (CNR des Résistances antibiotiques) Microbiologie Médicale et Moléculaire, Université de Fribourg, Rue Albert-Gockel 3, 1700 Fribourg

Prof P. Nordmann Labo: 026 300 95 83 Mail : [email protected]

PARIS1 Institut Pasteur CNR Leptospires 28, Rue Du Dr Roux 75724 Paris cedex 15

Dr Matthieu Picardeau Cf mail avec RetoL

PASTEUR

Institut Pasteur CNR Anaérobie et botulisme 28, Rue Du Dr Roux 75724 Paris cedex 15

Tél: 0033 1 45 68 83 10 http://www.pasteur.fr/externe

SION1 (sérologie) SION2 (bactério.)

ICHV Avenue Grand-Champsec 86 1951 Sion

Tél: 027/603.48.62

Dr Alexis Dumoulin www.ichv.ch

SRNJTS (CTS)

Service Régional Neuchâtelois et Jurassien de Transfusion Sanguine

Tél interne: 72044 (labo) Amira Saraj 72035

TI (CRL)

Centre de Référence des Légionelles Institut de Bactériologie Via Mirasole 22 6500 Bellinzona

Tél: 091/814.60.41 – 11 Fax: 091/814.60.29

ZH1 (IMMV)

Institut für Medizinische Mikrobiologie Gloriastrasse 30/32 8006 Zürich

Tél: 044/ 634.27.00 Fax: 044/ 634.49.06 www.imm.unizh.ch/

ZH2 (Rétrovirus) ZH2B (pédiatrie)

Centre National pour les Rétrovirus Winterthurerstrasse 190 8057 Zürich

Tél :044/634.38.08 Fax: 044/634.26.83 www.imm.unizh.ch/

ZH3 Institut für Medizinische Virologie Gloriastrasse 30/32 8006 Zürich

Tél :044/635.85.01 Fax:044/635.89.07 [email protected] http://www.unizh.ch/paras

ZH4 Institut für Neuropathologie Schmelzbergstrasse 12 8091 Zürich

Tél 044 255 2105 Fax 044 255 4402 www.neuropathologie.usz.ch




09.02.2017 LVA AJA 09.02.2017 RLI 09.02.2017



ZH5 Laboratorium Dermatologische Klinik UniversitätsSpital Zürich Gloriastrasse 31 8091 Zürich

Tél 044 255 3972 Fax 044 255 4418 [email protected] Dr Philipp Bosshard FAMH Syphilis et Dermatophyte

ZLM (ancien IKMI) (sérol.) ZLM1 (PCR)

Zentrum für Labormedizin Frohbergstrasse 3 9001 St. Gallen

Tél:071/494.37.00 Fax: 071/494.37.85 www.zlmsg.ch

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