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$ L'OBTENTION D'UNE CORE COLLECTION DE CAFÉIERS. DÉFINITION DES GROUPES D'ÉCHANTILLONNAGE ET MÉTHODOLOGIE M. NOIROT, S. HAMON, F. ANTHONY * Laboratoire de Ressources GBnBtiques et d'Am6lioration des Plantes Tropicales, ORSTOM, BP 5045,34032 MontpellierCedex 1, France * CATIE, Apartado 59,7170 Tunialba, Costa Rica Vavilov (1935) f i t dans les premiers à montrer l'importance des ressources génétiques pour l'amélioration des plantes cultivées, L'évaluation de la diversité des populationsne f i t entreprise cependant que quelques décen- nies plus tard sous I'impulsion notamment de Harlan (1970), de Frankel et Bennet (1970) et de Pemès (1984). La collecte systématique d'échantillons ne tarda pas à poser des problèmes de gestion et de conservation. La plupart des collections devinrent trop grandes, difficilement régénérables, peu manipulables et par conséquent peu utilisées en amélioration. Frankel et Brown (1984) hrent les premiers à mettre en exergue le besoin de disposer d'une collection de référence et proposèrent la notion de "Core collection". Mettre en place une core collection consiste selon ces auteurs à obtenir un sous-échantillon de la collection de base présentant un maximum de diversité. Avec 10% d'une collection, il est possible de conserver 75 % de la diversité allélique (Brown, 1989). Chez les caféiers, les prospections réalisées de 1966 à 1987 en Afrique tropicale et équatoriale (Ethiopie, Kenya, Tanzanie, Centrafrique, Cameroun, Congo, Côte d'Ivoire et Guinée) amenèrent aussi un A u x important de génotypes actuellement conservés en champs]. Trois pays - Côte-d'Ivoire, Ethiopie et Madagascar - ont à leur charge la conservation respective des collections de caféiers diploides africains, de C. arabica et des caféiers de la région malgache. A titre d'exemple, la collection entretenue par le Centre des Ressources Génétiques caféières de Côte-d'Ivoire comprend à elle seule 7800 génotypes appartenant à une vingtaine de taxons différents (Anthony, 1992). Le maintien à long terme de ces trois collections de base et leur circûlation entre les continentsjustifient la création d'une core collection de caféiers. Le problème est alors de choisir la méthodologie de prélèvement et les caractères qui expriment la diversité. C'est ce que nous nous proposons d'étudier dans cette communication. i y i i ' ' 1 LE CHOIX DE LA PROCEDURE D'ECHANTILLONNAGE Les collections présentent souvent un polymorphisme polymodal. La présence d'une telle structure, mais aussi son évaluation va conditionner le choix de la procédure d'échantillonnage (stratifié ou non). L'effectif retenu et le type de prélèvement (aléatoire ou non) sont aussi des caractéristiquesimportantes de la procédure. 1Les semences de caféiers sont récalcitrantes A la conservation en chambre froide

L'obtention d'une core collection de caféiers : définition des groupes

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L'OBTENTION D'UNE CORE COLLECTION DE CAFÉIERS. DÉFINITION DES GROUPES D'ÉCHANTILLONNAGE ET MÉTHODOLOGIE

M. NOIROT, S. HAMON, F. ANTHONY * Laboratoire de Ressources GBnBtiques et d'Am6lioration des Plantes Tropicales, ORSTOM,

BP 5045,34032 Montpellier Cedex 1, France * CATIE, Apartado 59,7170 Tunialba, Costa Rica

Vavilov (1935) f i t dans les premiers à montrer l'importance des ressources génétiques pour l'amélioration des plantes cultivées, L'évaluation de la diversité des populationsne fi t entreprise cependant que quelques décen- nies plus tard sous I'impulsion notamment de Harlan (1970), de Frankel et Bennet (1970) et de Pemès (1984). La collecte systématique d'échantillons ne tarda pas à poser des problèmes de gestion et de conservation. La plupart des collections devinrent trop grandes, difficilement régénérables, peu manipulables et par conséquent peu utilisées en amélioration. Frankel et Brown (1984) hrent les premiers à mettre en exergue le besoin de disposer d'une collection de référence et proposèrent la notion de "Core collection". Mettre en place une core collection consiste selon ces auteurs à obtenir un sous-échantillon de la collection de base présentant un maximum de diversité. Avec 10% d'une collection, il est possible de conserver 75 % de la diversité allélique (Brown, 1989).

Chez les caféiers, les prospections réalisées de 1966 à 1987 en Afrique tropicale et équatoriale (Ethiopie, Kenya, Tanzanie, Centrafrique, Cameroun, Congo, Côte d'Ivoire et Guinée) amenèrent aussi un A u x important de génotypes actuellement conservés en champs]. Trois pays - Côte-d'Ivoire, Ethiopie et Madagascar - ont à leur charge la conservation respective des collections de caféiers diploides africains, de C. arabica et des caféiers de la région malgache. A titre d'exemple, la collection entretenue par le Centre des Ressources Génétiques caféières de Côte-d'Ivoire comprend à elle seule 7800 génotypes appartenant à une vingtaine de taxons différents (Anthony, 1992). Le maintien à long terme de ces trois collections de base et leur circûlation entre les continents justifient la création d'une core collection de caféiers.

Le problème est alors de choisir la méthodologie de prélèvement et les caractères qui expriment la diversité. C'est ce que nous nous proposons d'étudier dans cette communication.

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1

LE CHOIX DE LA PROCEDURE D'ECHANTILLONNAGE

Les collections présentent souvent un polymorphisme polymodal. La présence d'une telle structure, mais aussi son évaluation va conditionner le choix de la procédure d'échantillonnage (stratifié ou non). L'effectif retenu et le type de prélèvement (aléatoire ou non) sont aussi des caractéristiques importantes de la procédure.

1Les semences de caféiers sont récalcitrantes A la conservation en chambre froide

La sirat@cation de I'échaniillorinage d'après l'organisation des individus en groupes Lorsque les données existent, le choix des accessions doit se faire après leur structuration en groupes

(Frankel et Brown, 1984). D'après ces auteurs, la construction des groupes fait intervenir dans l'ordre suivant: l'origine, la systématique, les isozymes (c.a.d. les marqueurs génétiques), puis les caractères qualitatifs et quantita- tifs et enfin, l'information bioclimatique et biogéographique.

11 nous semble important de mettre en première position la structure génétique des populations, telle qu'elle est définie par les barrières à la reproduction, pour la création des groupes d'échantillonnage. Lorsque ces données sont manquantes, la systématique devrait servir de référence. L'information bioclimatique et biogéographique doit ensuite permettre d'affiner la structure en établissant des sous-groupes auxquels correspond une différenciation (sous-espèces, écotypes).

Chez les caféiers diploïdes africains et dans l'état actuel de nos connaissances sur l'hybridation interspécifique (Louarn, 1992) et la systématique (Chevallier, 1947; Leroy, 1980; Bridson et Verdcourt, 1988), ces critères permettent d'identifier 24 groupes principaux correspondant à 15 taxons botaniquement décrits: C. affini:, C. brevipes, C. canephora, C. congemis, C. eugenioides, C. fadenii, C. humilìs, C. hapukata, C. liberica var. liberica, C. liberica var, dewevrei, C. pseudozanguebariae, C. racemosa, C. salvatrix, C. sessilijlora, C. stenophylla, auxquels se rajoutent 9 taxons indéterminés. Pour certains taxons qui sont répartis sur une zone géographique importante (C. canephora), il est possible de créer des sous-groupes d'échantillonnage (guinéens et congolais [Berthaud, 19861). Ceci s'applique aussi aux taxons avec populations isolées géographiquement comme C. stenophylIa (Berthaud, 1986) .

L'effectif échantillonné La taille d'une core collection a longtemps été sujet à discussion (Frankel et Brown, 1984). Néanmoins,

s'appuyant sur le modèle d'allèles neutres (Kimura et Crow, 1964) et la théorie d'échantillonnage, Brown (1989) montre qu'avec 10% de la collection de base, 80% des allèles peuvent être échantillonnés au risque statistique de 5%. Ces résultats ne sont pas influencés par la forme de la distribution de fréquences des allèles à chaque locus.

La taille de chaque sous-échantillon à l'intérieur de la core collection a aussi été étudiée (Brown, 1989). Trois méthodes ont été proposées: 1) le même nombre d'accessions dans chaque groupe; 2) un nombre proportio; nel à la taille du groupe et 3) un nombre proportionnel au logarithme de la taille du groupe. D'après Brown, cette troisième solution constitue un bon compromis. Prélever un effectif différent selon les groupes et qui suit une tion logarithmique nous paraît à première vue acceptable. Néanmoins, cette option suppose une relation l'effectif et la diversité génétique du sous-groupe. I1 arrive que de petits groupes (C. se.ssili3ora) soient plus v bles que d'autres beaucoup plus grands (C. arabica). L'application de la solution préconisée par Brown ab alors un biais important par rapport à notre but qui est, ne l'oublions pas, de réunir le maximum de diversit fait, il nous semble préférable de définir l'effectif des sous-groupes par rapport à leur propre variabilité.

Le type de prélèvement Traditionnellement, le prélèvement des individus destinés à Ia core collection se fait de manière aléat

soit sur l'ensemble de la collection (cas où l'organisation en groupes est inconnue ou absente) soit dans chacun groupes préalablement définis. Un tel échantillon a pour avantage d'être représentatif au sens statistique de la lection de base, ce qui n'implique pas qu'il soit représentatif de la population prospectée. Pour cela, il faut que collection de base soit elle-même un échantillon aléatoire et simple des populations initiales. Ce biais inférent existe déjà très souvent de maniere implicite dans la méthode de prospection pour les populations naturelles et manière évidente pour les espèces cultivées.

En fait, pour la grande majorité des utilisateurs d'une core-collection, le principal problème est d'éviter redondances de génotypes (doublons). La présence de tels doublons est liée au mode de reproduction. Rares c 184

4--

Agronomie

les allogames, ils sont très fréquents chez les autogames et deviennent la règle chez les espèces apomictiques ou muliiplication végétative.

Sur ces considérations, Hamon, Noirot et Anthony (1993) ont proposé une autre méthodologie dont le but est effectivement de maximiser la diversité de l'échantillon. Le principe en est simple et Ia méthode s'applique à tout ensemble d'individus caractérisés par plusieurs variables quantitatives. Dans une première étape, elle consiste à effectuer une analyse en composantes principales des données afin d'obtenir de nouvelles variables indépendantes (les facteurs) et d'éliminer la variabilité résiduelle (les facteurs d'inertie inférieure à 1). Dans une seconde étape, chacune des composantes retenues est pondérée par sa variabilité (en l'occurrence par la racine carrée de sa valeur propre) afin qu'elles aient le même impact dans le calcul des distances entre individus. Nous remarquerons que ces deux premières étapes permettent d'éliminer la colinearite des variables initiales. La troisième étape consiste à pré- lever les individus qui contribuent le plus à la variabilité.de la core collection (la variabilité est mesurée sur ces composantes centrées et réduites). Ceci revient à prélever les individus situés à la périphérie du nuage de variabi- lité.

Pour être efficace, cette méthode suppose une influence modeste du milieu sur les caractères pris en consi- dération. Dans le cas contraire, le prélèvement peut être considéré comme quasi-aléatoire vis-à-vis des allèles qui interviennent dans l'élaboration du phénotype.

La méthode repose aussi sur un postulat d'additivité généralisée. Elle implique en effet que tous les indivi- dus intermédiaires puissent être réobtenus par croisement. Pour cela, la structure génétique doit être connue et les niveaux des barrières à la reproduction doivent avoir été estimés.

Enfin, il est possible d'y appliquer les règles qui défmissent l'effectif du prélèvement, c'est à dire retenir par exemple 10% de la collection de base. Dans tous les cas, la variabilité de la core collection sera supérieure ou égale à celle issue d'un échantillonnage aléatoire est simple. I1 est aussi possible de définir d'autres critères de décision pour l'arrêt des prdèvements. CeIui-ci peut être décidé par exemple d'après I'évolution de la variabilité prélevée au fur et à mesure des tirages.

La principale objection à l'utilisation de cette méthode résulte du fait que la core collection n'est pas repré- sentative de la collection de base au sens statistique du terme, ni de la population prospectée. Mais était-ce déjà le cas pour cette dernière ?

Cette méthode a déjà été testée sur le taxon C. Ziberica. (Hamon, Noirot et Anthony, 1993). Elle va être appliquée aux autres taxons de cafiéiers et pourrait aussi être étendue aux variables qualitatives. Ceci nécessite seulement un changement de métrique dans le calcul des distances et de méthode réductionnelle multivariée (Analyse factorielle des correspondances à la place de l'analyse en composantes principales, ou encore analyse en coordonnées principales).

LE CHOM DES CARACTERES

Dans le paragraphe précédent, nous avons évoqué les caractères qui permettent de structurer la variabilité en groupes comme la fertilité des hybrides, ainsi que les données écologiques et climatiques qui conduisent à diffé- rexier les écotypes. Il existe un autre groupe de caractères utilisés pour la création d'une core collection: ceux qui Servent à mesurer la diversité de ces groupes.

Pour évaluer la diversité, Franke1 (1974) fait la distinction entre 1) les caractères à déterminisme connu Pour lesquels l'identification du genotype à partir du phénotype est relativement simple (caractères souvent mono- géniques ou oligogéniques, tels que les résistances aux maladies et les colorations anthocyanées) et 2) les caractè-

au déterminisme génétique inconnu et pour lesquels les croisements entre phénotypes ne permettent pas facile- nt d'établir le génotype (caractères polygéniques, sujets aux variations environnementdes). Les premiers sont

ouvent considérés comme de bons marqueurs d'identification, et certains, comme les résistances aux. maladies,

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I !

montrent un intérêt indéniable en amélioration génétique. A l'inverse, les caractères quantitatifs, comme le rende- ment par exemple, se caractérisent souvent par un intérêt économique (Frankel et Brown, 1984).

Les isozymes appartiennent au premier groupe et ont souvent été utilisés dès les années 1980 dans I'estima- tion de la diversité et la création d'une core collection. Brown (1989) distingue 4 types d'allèles: - les allèles communs et largement dispersés; ils seront inclus dans la core collection même avec un échantillonnage de 10%; - les allèles rares et iocalisés; leur inclusion est très aléatoire; - les allèles rares et largement dispersés; leur insertion dans la core collection dépend de la taille de la core collec- tion; - les allèles communs et localisés; la prise en compte des critères bioclimatiques et biogéographiques dans la struc- turation des groupes avant I'échantillonnage doit aboutir à leur prélèvement.

Néanmoins, l'utilisation des marqueurs isozymiques dans l'estimation de la diversité est sujet à discussion: 1) cette diversité n'est pas nécessairement corrélée à la diversité morphologique; 2) elle reflète plus la phylogénie que l'adaptation; 3) son intérêt économique est souvent moins important (Davis et Gilmatin, 1985), 4) la divergence morphologique peut précéder la divergence enzymatique (Crawford, 1985) et ceci est le cas chez C. arabica par exemple. Enfin, dans de nombreux cas, les seules données dont on dispose sont des données d'évaluation quantita- tives.

Les données quantitatives présentent en revanche, comme Frankel l'a signalé, le désavantage de mesurer la diversité phénotypique, c'est à dire la diversité ghétique et celle du milieu. Néanmoins, ces caractères soumis à la sélection naturelle montrent un polymorphisme dont l'intensité reflète la diversité des conditions dans lesquelles ils ont été sélectionnés. De ce fait, ils constituent un intérêt indéniable lors de l'utilisation des ressources génétiques.

EXEMPLE D'OBTENTION D'UNE CORE-COLLECTION A L'rNTElUEUR DU GROUPE c. LIBERICA VAR. LIBERICA

Pour tester notre modèle, nous avons appliqué la procédure de sélection à l'ensemble des 338 génotypes de C. liberica originaires d'Afì-ique centrale. Maintenus dans une collection au champ à Divo (Côte-d'Ivoire), ils ont été caractérisés par 12 descripteurs quantitatifs concernant la morphologie, la technologie, la fertilité, la biochimie et l'agronomie (tableau 1).

Tableau 1: Descripteurs utilisés pour la création de la core collection de C. liberica DESCRIPTEURS CODE Moyenne CV (%) Dissymétrie Applatissement

0,o . 0 3 ,

0 2

0,6

3,3

0 3

Remplissage des censes (%) T E M 71,8 13,l 0.0

Sauf pour la teneur en caféine, les descripteurs ont une distribution symétrique, Le coefficient de variation est généralement inférieur à 10% excepté pour les caractères liés à la production de café. L'analyse en composantes

Longueur de la feuille (cm) Largeur de la feuille (cm) Diamètre du tronc, 6 années après plantation (cm) Hauteur de la première ramification (cm) Diamètre maximum de la jupe Hauteur totale de l'arbre Production de cerises matures (kg) Poids de 100 grains à 12% d'humidité (gr) Rendement en café marchand (%) Teneur en caféine des grains ("YO) Taux de caracoli (%)

LOFE 21,8 10,2

LAFE 10,4 13,l

CCOL 30,4 16.5

HF'LA 493 21,Q JUPE 9,6 20,o

HAUT 10,5 28,l

PROD 31,4 533 Pl00 14,4 20,3 a

TKDM 15,7 15.5

CAFE 1 2 21,7 TCAR 28.7 50,3

Agronomie

principales indique que 3 facteurs principaux doivent être utilisés. Ils ont les significations suivantes : axe 1 (30 %) port' de la plante et vigueur, axe 2 (15 %) fertilité de la plante et axe 3 (12 %) polymorphisme des feuilles (tableau 2). La distribution des génotypes le long des axes ne révèle pas visuellement la présence de sous-groupes. Les méthodes de classification, suivies par l'analyse discriminante, confirment l'absence de sous-groupes et valide l'hypothèse d'un seul groupe de diversité. Tableau 2: Contributions relatives des variables sur les 3 premières composantes'principales.

Axe/Descrip. LOFE LAFE DCOL CCOL HAUT JUPE HPLA PlOO TRDM TREM TCAR CAFE PROD 1(29.9%) 0,90 0,12 0,64 0,70 0,66 0,36 0,11 0,20 0,25 0,23 0,11 0,OO 0,39 2(15.2%) 0,lO 0,Ol 0,15 0.16 0.03 0.10 0.02 0.03 0.32 0,558 055 0,02 0,OO 3 (12.8%) 0171 0170 O123 0;OO 0;OO Or00 0:Ol 0;OO O102 0,OZ 0,04 0,lO 0,02

Total(3 axes) 0 3 1 0,83 032 0,86 0,69 0,46 0,14 0,23 0,59 0,83 0,70 0,12 0,41

La cinétique de sélection de la variabilité est présentée sur la figure 1. La courbe (a) montre que la sélection de 10 % des génotypes (les plus variables) correspond à 30 % de l'inertie (équivalent à une somme des carrés généralisée). Le niveau 50 % d'inertie est atteint avec 25 % des génotypes. Nous observons aussi que l'inertie sélectionnée par cette méthode est plus grande que dans le cas d'un prélèvement strictement aléatoire (courbe b).

O 20 40 a 80 100

€&?cfici pr6levk5 (%)

Figure 1: Evolution de l'inertie prélevée en fonction de la taille de I'échantillon

PROPOSITIONS POUR UNE CORE COLLECTION DE CAFEIERS

Pour l'ensemble des collections de caféiers, nous proposons 88 groupes de diversités (tableau 3). Ceux-ci peuvent être classés en 3 types principaux: 1) L'espèce C. arabica, la plus importante commercialement, renferme trois sous-groupes de diversité. Amphiploïde, autogame et de domestication récente, cette espèce montre un polymorphisme isozymique particu- lièrement faible. Dans la plupart des collections existent des formes génétiquement apparentées. L'identification de ious les mutants et variants originaux doit précéder la création de la core collection. II devient urgent d'éliminer aussi la redondance des génotypes présents dans la collection de base. L'emploi de marqueurs moléculaires dis- criminants par IWPD (Lashermes et al., 1993; Cros et al., 1993) devrait précéder I'échantillonnage. 2) Un grand nombre d'espèce sauvages n'ont toujours pas été étudiées et certaines restent encore non-décrites botaniquement. Ces espèces, diploïdes et autoincompatibles, sont fortement hétérozygotes. Pour ces groupes, la stratégie aléatoire de Brown convient bien. La duplication des génotypes retenus peut se faire soit par bouturage ou greffage, soit par multiplication in vitro pertrand-Desbrunais ef al. 1991). Une procédure alternative pourrait être

187 la réalisation d'un lot de graines obtenues en fécondation libre par une seule récolte sur tous les génotypes.

Tableau 3 : Main diversity groups with the core of Cofea Afrique (38 groupes) C arabica (3 groupes)(l *) C. arabica (F.A.0 1964- ORSTOM 1966"- Mt Marsabit) Groupes simples. botaniauement décrits (5 groupes) (4*) C. fadenii - C. humilis* - C. pseiidozanguebariae* - C. racemosa* - C. salvatrix* Groupes simples. non décrits botaniauement (8 groupes) (7*) C. sp. F * - C. sp. "3akossiff* - C, sp. ffNgongo2'f *- C. sp. "Ngong03"* - C. q. "Congo"* - C. sp. "Mayombe"* - C. sp. "Nkounibala"* - C. sp. "Song-Mong" Groupes comdexes (22 groupes) (19*) C. brevipes C. canephora C. corrgensis C. eugenioides C. kapakata C. liberiea C. sessiliflora C. stenophylla C. sp. ''IMoloundou I'

Madagascar (50 groupes) C. andrantbovatensis - C. arenesiana -C. augagneuri - C. bertrundi - C. boiviniana -C. buxifolia - C. dolichophylla - C. dubardi - C. fàrafanganensis - C. heimii - C. humblotiana - (Iles Comores) - C. homollei - C. jirmellei - C. kianjavatensis - C. lancvolia - C. mangoroeitsis - C. mauriíiana @le de la Réunion) - C. millotii - C. mogeneti - C. perrieri - C. pervilleana - C. resinosa - C. richardii - C. sahafariensis - C. sakarahae - C. tefragona - C. tsiranaitae - C. vatovavyensis - C. vaughanii - C, vianneyi - C. ind. (20 taxons non décrits). LRgende: Les groupes de diversité avec un astérisque constituent actuellement la core collection du genre Coflea

Dans ce cas, les copies de la core collection qui vont être distribuées auront le même fond génétique, mais des accessions différentes. 3) Pour les espèces bien étudiées, comme C. canephora, C. liberica, C. eongensis, etc ... et caractérisées par des données quantitatives (Anthony, 1992), nous suggérons l'utilisation de notre méthodologie. Le concept est simple

sûr d'avoir affaire à un seul groupe de diversité à l'intérieur duquel I'interfertilité des génotypes est totale.

- Mt Cameroun* - Kumba-Loum* - var. heferocalyx* - guinean* - congolian* - cameroonese* - Nana* - centrafrican" - cameroonese* - congolian* - kenyan - var. kivuensis - tanzanian - "brésilian" - guinean* - congolian* - Koto* - Shimba* - JGtulangalo* - Assabli* - Ira* - Moloundou* - Souanké*

b

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et facile à appliquer avec un micro-ordinateur. Le principal problème reste, comme pour les autres méthodes, d'être i i

CONCLUSIONS La conservation efficace et l'utilisation effective des ressources génétiques des caféiers en Afrique doit allier

simultanément la maintenance des trois principales collections de base (Jimma-Ethiopie, Divo et Man-Côte d'Ivoire, flaka-Est et Kianjavata- Madagascar) et la constitution de core collections.

Aujourd'hui, une large part de la biodiversité du genre Coffea a été collectée et au moins partiellement caractérisée. Nous disposons donc d'un ensemble "ressources génétiques-évaluation-procédure d'échantillonnage" tout à fait suffisant pour que la core collection passe du modèle à la réalité.

I1 appartient aux chercheurs (généticiens, phytopathologistes, agronomes, etc.) et aux sélectionneurs d'affi- cher clairement leurs priorités. L'émergence récente du réseau interafricain RECA sous I'égide de I'OIAC, le rôle coordonnateur de I'IBPGR, les efforts conjoints des Institutions des pays du Sud et du Nord sont autant d'atouts qui permettent d'être optimistes

5

RES= , I ?

%

L'augmentation constante des effectifs des collections de plantes constituées pour conserver la diversité génétique et développer des programmes de sélection accroît les problèmes de gestion (espace, coût, etc.). D'oÙ

188

Agronomie

l'idée apparue à la fin des années 80 (Brown, 1989) de créer une collection réduite, la core-collection, susceptible de rcnfermer 80% de la variabilité rassemblée. C'est elle qui est multipliée à l'attention des utilisateurs.

L'obtention d'une "Core collection" de caféiers comprend deux étapes. La première consiste à définir les groupes d'échantillonnage d'après l'organisation génétique du matériel végétal étudié; les principaux critères utilisés sont la biogéographie, la présence de barrières reproductives et la taxonomie numérique. La deuxième étape con- siste à prélever dans chacun de ces groupes un échantillon dont l'effectif ne dépasse pas 10% de la population ini- tiale. Habituellement, ce tirage est aléatoire. A l'inverse, nous proposons ici une méthode qui maximise la diversité échantillonnée. Elle fonctionne actuellement avec des caractères quantitatifs, mais pourrait être adaptée aux carac- tères qualitatifs. Un exemple est donné pour différentes populations de Coffea liberica évalués en collections avec des données quantitatives. L'application aux collections de caféiers cultivés (C. arabica et C. canephora) devrait être facile.

ABSTRACT

Constant increasing in size of germplasm leads to management problems (space, cost, etc.). At the end of the eighties, Brown (1989) suggested to develop reduced collections, (i.e. core collection), that would include 80% of the collected diversity. This core collection would be multiplied for the users.

Development of a Coffee core collection presents two steps. The first one is to define sampling groups from the genetical organization of the species complex; the main criteria are biogeography, presence of reproductive barriers and numerical taxonomy. The second step is to constitute for each group a sample with a size inferior to 10% of the initiate population. Usually, a random sampling is applied. By contrast, we propose a method that maximalizes the sampled diversity. The method has been applied using quantitative traits, but could be easily adap- ted to qualitative data. An example is given for the different populations of Coffea liberica, that were evaluated in collection using quantitative data. Applications of such method to C. arabica and C. canephora should be easy.

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I

190

ISBN 2-90021 2-14-6

Montpellier, 6-1 1 juin 1993

Volume I

2 O JANl 1994

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