Marqueurs moléculaires pour les études génétiques et taxonomiques

chez les végétaux

 

Spécificité des études génétiques chez

les plantes • Hermaphrodisme (fréquent)

• Clonage possible (bouturage, greffage, in vitro, etc…)

• Croisements interspécifiques fréquents

• Systèmes d’auto-incompatibilité

• Dispersion du pollen, flux de gènes sauvage/cultivé

• Chez les plantes pérennes (arbre, vigne) Longueur des périodes juvéniles, des générations, des programmes d’hybridation

Identification variétale

à l’aide de microsatellites chez

les pêchers et les cerisiers

Etude du polymorphisme et calcul du pouvoir discriminant

PD No. d’alleles PD No. d’alleles PD No. d’alleles PD

BPPCT 001BPPCT 002BPPCT 004BPPCT 005BPPCT 006 BPPCT 007BPPCT 008BPPCT 009BPPCT 010BPPCT 011BPPCT 012BPPCT 013BPPCT 014BPPCT 015BPPCT 016BPPCT 017BPPCT 018BPPCT 019BPPCT 020BPPCT 021BPPCT 022BPPCT 023BPPCT 024BPPCT 025BPPCT 026BPPCT 027BPPCT 028

BPPCT 001

BPPCT 004

BPPCT 007

BPPCT 011

BPPCT 015

BPPCT 018BPPCT 019

BPPCT 022

BPPCT 025BPPCT 026

BPPCT 028

8531648

m.p.242

m.p.49453

m.p.4

m.p.4539323

8

31648

m.p.242

m.p.49453

m.p.

m.p.4539323

0.850.270.400.000.660.730.69

-0.260.660.27

-0.670.890.730.760.76

-0.78

-0.490.670.210.700.690.070.58

0.270.400.000.660.730.69

-0.260.660.27

-0.670.890.730.760.76

-0.78

-0.490.670.210.700.690.070.58

N42612

m.p.m.p.

2N4

m.p.3

m.p.N11

m.p.N

m.p.1N1N613

N42612

m.p.m.p.

2N4

m.p.3

m.p.N11

m.p.N

m.p.1N1N613

N0.710.570.790.000.48

--

0.48N

0.64-

0.6-N

0.000.00

-N-

0.00N

0.00N

0.850.000.63

N0.710.57

0.00

--

0.48N

-0.6-N

0.000.00

-N-

0.00N

0.00N

0.850.000.63

Pêcher CerisierNo. d’alleles

Jalo

usia

Fan

tasi

a

Jalo

usia

x F

anta

sia

hyb.

Bel

le d

e M

onte

limar

- S

3055

Fer

bar -

S40

30

Rob

in -

S39

30

Zain

ara

- S42

03

Roy

ale

de B

arsa

c - S

16

Sib

elle

- S

5555

May

gold

-S19

91

Red

have

n - S

3288

2175

GN

22

Mer

isie

r - M

108

Mer

isie

r - M

109

Mer

isie

r - M

226

Mer

isie

r - M

343

Piv

ovka

- M

cze

1

Bur

lat-

V37

0

Fer

acid

a - V

603

Big

arre

au N

apol

éon

- V80

4

Gro

sse

Sch

war

zkor

pel -

V14

06

Witz

enha

usen

er F

rühe

- V

.A.

190

180

170

160

150

140

BPPCT 028

PêcherPrunier Myrobolan

Merisier Cerisier

Amandier x pêcher

(UDP96018)

(UDP98022)

(UDP98406)(UDP98410)

(UDP98416)

(UDP96010)

(UDP98415)

(UDP96015)

(PS12e2)

Carte de référence Prunus : Amandier ‘Texas ‘ x pêcher ‘Earlygold’

Cartographie des microsatellites

Résultats : Pêcher

UDP 98022 70.821CPPCT 029 60.691

BPPCT 001 90.852UDP 98025 50.812

BPPCT 007 70.733CPPCT 002 20.633

BPPCT 015 130.894CPPCT 005 40.774

BPPCT 038 100.755BPPCT 017 80.765

BPPCT 025 100.706UDP 98407 60.826

CPPCT 017 60.697UDP 98408 20.607

UDP 96015 80.828

Nbr d'allelePDchr

BPPCT 006 80.668

Total 111

7 BPPCT4 CPPCT5 UDP

Sélection des microsatellites pour le pêcher

• 283 variétés (12 variétés en commun : INRA, Ctifl, IRTA)- 4 variétés de référence ( Redhaven, Fantasia, Snow Queen,Julie)- 3 prélèvements sur le même arbre pour 3 variétés- 2 arbres différents pour 3 variétés

Résultats : Pêcher

• Résultats sur 68 variétés analysées avec les 16 microsatellites (111 allèles)

toutes distinguées avec seulement 6 microsatellites (46 allèles)

BPPCT001, BPPCT015, BPPCT017, BPPCT025UDP98025, UDP98407

BPPCT025

BPPCT001

Pêchers

Pratt's Compact Redhaven

Bradember Summergrand

Zairupe Andrus

Esja Fantasia

Flavortop Ferjalou Fuzador

Harko Valandine

Clio Redhaven

Snow Queen Anita

Zainara Minastar

Nectared 9 RoyalGold

Julie Zaifer

Babiole Fairhaven Michelini

Summergold 783

Flavorcrest Ferradine

Harbrite Harken

Grabelle Redtop

Maygold Sibelle

Symphonie Sundance

Desertgold Nectarine Cerise

Semis de roussanne Millecoton de la toussaint

Tardive du mont d‘or Klamt

Merriam Baladin

Madame Guilloux Sanguine vineuse

Belle impériale Incomparable Guilloux

Madame Gired Senateur Cazeneuve

Charles Roux Madeleine Blanche

Galande Belle de Montelimar

Angevine rouge Royale de Barsac

Tardive valla Colomba

Robin Genadix 7

Amsden Meystar

Esgin Sensation

Granbo Babygold 5

Nemared

Coefficient de similarité

0.03 0.30 0.56 0.83 1.09

68 PECHERS 16 microsatellites111 allèlesNei UPGMA

Brugnon jaune

Pavie jaune

Pêche blanche

Pêche jaune

Pêche rouge

Nectarine blanche

Nectarine jaune

obtenus à partir des 283 variétés, analysées avec les 6 microsatellites distinguant les 68 variétés : BPPCT-001, -015, -017, -025 ; UDP98-025, -407

Résultats

▶ Mêmes profils obtenus pour les 12 variétés analysées indépendamment à l’INRA et au Ctifl

▶ 268 (95%) sont distinguées les unes des autres

•Mutants distingués: Redhaven , Compact Redhaven et Clio

▶ 15 variétés non distinguées:

•6 groupes de 2, 1 groupe de 3 et un groupe de 5

•Mutants non distingués:

-Royal Gold, Springtime

-Summer Lady, Mercil O. Henry, Snow Queen

▶ Analyse des 6 microsatellites sur l’ensemble des variétés

▶ Discrimination des variétés non distinguées par des microsatellites supplémentaires parmi les 10 microsatellites sélectionnés restant

⇒Jusqu’à leur distinction

▶ Base de données

Microsatellite 1 Microsatellite n

Variété 1 Taille allèle 1Taille allèle 2

Taille allele1Taille allele2

Variété 2 Taille allèle 1Taille allèle 2

Taille allele1Taille allele2

Variété n Taille allèle 1Taille allele 2

Taille allele1Taille allele2

Résultats

Mise en place d’une stratégie pour l’identification des variétés de Pêcher