Bio-informaticien (DESS 2001)Docteur en Biochimie (PhD 1995)

Né le 12 septembre 1964 42 rue Emile Lalanneà Montbéliard (25-France) 33140 Villenave d'OrnonMarié, 3 enfants noel.magnin@free.fr

tél +33 5 56 87 09 83mobile +33 6 87 33 47 02

EXPÉRIENCE PROFESSIONNELLE

Depuis Fév. 2005 Ingénieur en Biologie moléculaire et Bio-informatiqueCHU Bordeaux et Université Bordeaux 2 – Laboratoire de virologie

Mise en place d'un système d'intégration de données biologiques dans une base relationnelle associée à un système d'analyse de séquences pour l'exploitation de données VIH. Assistance à l'installation et l'exploitation d'un système COBAS Ampliprep-Taqman (Roche – quantification VIH) au sein du service hospitalier virologie. Résolution de problèmes de PCR / séquençage ADN.

Oct. 2001- Oct. 2004 Ingénieur - Université Bordeaux 2 – Centre de Bio-informatique Exploitation bio-informatique des données de séquences biologiques. SGBDR, Perl, PHP, HTML.

Expert pour la Commission des Communautés Européennes (mars-avril 2004)

Sept. 2000-Sept. 2001 DESS Bio-informatique - Université Bordeaux I (Formation continue) Stage effectué au sein de l’unité M.I.G. de l’I.N.R.A. de Versailles: Développement d’une base de données relationnelle pour la banque Swissprot. "Parser" détaillé (langage Perl) de la banque protéique , insertion automatique des données, interface d'accès aux données.

Déc.1999-Août 2000 Enseignant-Chercheur (A.T.E.R.) - Université Bordeaux I. Enseignements en Biologie, Biochimie et Biologie moléculaire (DEUG, Licence, Maîtrise) .Développements Bio-Informatiques au sein du laboratoire de rattachement.

Oct. à Déc. 1999 Stage informatique dans le cadre de la formation continue, Univ. Bordeaux I.

Juin 1997-Sept.1998 Post-doctorant - Université d'Odense, Institut de Biochimie, Danemark.Juin 1995-Juin 1997 Post-doctorant – Univ. de Floride, Dept de Botanique, Etats-Unis.Juin 1991-Déc. 1995 Doctorat (PhD) – Univ. de Londres, Royal Holloway College, G.-B.Sept 1988 - Sept 1989 DEA – Laboratoire des Herbicides – INRA Dijon.

FORMATION 2001 DESS Bio-informatique – Université Bordeaux I. 1995 Doctorat (PhD) - Université de Londres, Grande-Bretagne. 1989 DEA de biologie fondamentale et appliquée, Université de Besançon. 1988 Maîtrise Biologie des Organismes, Université de Besançon.

Double compétenceSuite à une acquisition de compétences à l'international en recherche en biologie d'un point de vue

technique -biochimie des protéines, biologie moléculaire- et théorique, il m'est apparu évident que les projets de recherche devaient de plus en plus inclure des composantes informatiques notamment dans les domaines du stockage des données (bases de données relationnelles) et du traitement informatique des données biologiques.

Ainsi, j'ai eu l'opportunité de suivre une formation en (bio)informatique qui m'a apporté d'une part une bonne connaissance des systèmes d'exploitation dont le système Linux, des logiciels informatiques couramment utilisés (serveur Apache, SGBDR PostgreSQL, MySQL, langages HTML, XML, PHP), de bonnes bases des langages de programmation interprétés, Perl, Python ... . J'ai également acquis une connaissance des langages compilés (C, Java) qui me permettent d'installer et paramétrer les logiciels écrits dans ces langages, ainsi que de "débugger" et/ou adapter des logiciels à un environnement particulier. Je préconise une utilisation des logiciels "open-source" tout en n'ayant aucune hostilité vis à vis des systèmes propriétaires.

En résumé : expertise des problématiques des projets de recherche en biologie bonne connaissance des outils informatiques et bioinformatiques interlocuteur entre biologistes et informaticiens

Curriculum vitae - Noël Magnin - 25/01/2007

Noël Magnin

DOMAINES DE COMPÉTENCE

Biologie• Physiologie des eucaryotes, • Biochimie des protéines (purification, enzymo-

logie) - expérience approfondie • Biologie moléculaire (ADN, ARN) - techniques

classiques• Génomique / Transcriptomique / Protéomique

Bio-informatique• Systèmes d’interrogation : SRS, Entrez• Logiciels spécialisés d'analyse de séquences,

protéomique, micro-array ...• Logiciels bio-informatiques : EMBOSS, Pise,

Clustal, Blast, Phylip, SwissPDBviewer …• Modules de programmation spécialisés : BioPerl,

BioPython • Sélection / Installation / Adaptation de logiciels

spécialisés (C, Java, ...).• Pilotage d'appareils robotisés.• Veille technologique.

InformatiqueTravail sur PC (Windows, Linux) et MacIntosh• Installation/Maintenance de systèmes

d'exploitation : Windows (9x / 2k / XP), MacOS X, Linux (Slackware / Mandrake / Suse / Ubuntu).

• Utilisation/Installation et paramétrage de logiciels MS-Office, OpenOffice, Gimp,...

Logiciels FTP, VNC, vmware, ssh ... • Langages de programmation interprétés

PHP, HTML, XML, Shell, Perl, Python, SQL, R …• Bases de données relationnelles (SGBDR)

PostgreSQL, MySQL.• Installation/Maintenance système LAMP• Notions d'algorithmique et data-mining• Compétences Hardware / BIOS

LANGUES Français : langue maternelle Anglais : courant Allemand : notions Espagnol : later…

Publications

A Deshpande, V Jauvin, N Magnin, P Pinson, M Faure, B Masquelier, V Aurillac-Lavignolle and HJ Fleury (2006) Resistance mutations in subtype C HIV-1 isolates from Indian patients of Mumbai receiving NRTIs plus NNRTIs and experiencing a treatment failure. AIDS Research and Human Retroviruses (to appear).

Rao SK, Magnin NC, Reiskind JB, Bowes G. Photosynthetic and other phosphoenolpyruvate carboxylase isoforms in the single-cell, facultative C(4) system of Hydrilla verticillata. Plant Physiol. 2002 Oct;130(2):876-86. PMID: 12376652 [PubMed - indexed for MEDLINE].

Magnin NC, Cooley BA, Reiskind JB, Bowes G. Regulation and Localization of Key Enzymes during the Induction of Kranz-Less, C4-Type Photosynthesis in Hydrilla verticillata. Plant Physiol. 1997 Dec;115(4):1681-1689. PMID: 12223888 [PubMed - as supplied by publisher].

Varsano R, Matringe M, Magnin N, Mornet R, Scalla R. Competitive interaction of three peroxidizing herbicides with the binding of [3H]acifluorfen to corn etioplast membranes. FEBS Lett. 1990 Oct 15;272(1-2):106-8. PMID: 2146157 [PubMed - indexed for MEDLINE].

Communications [Orales : O – Poster : P]O- Magnin N and Fleury H (2006) Base de données VIH Bordeaux. Groupe de travail "résistance",

ANRS-AC12P- N. Magnin, F. Bringaud, T. Baltz et A. de Daruvar (2002) Stratégie In Silico pour la recherche de

cibles thérapeutiques. "In silico strategy for therapeutic targets discovery".JOBIM (10-12 june 2002 à St. Malo).

O-P- Magnin N, Cox RP, Miller M. (1999) Cloning of genes involved in the biosynthesis of bacteriochlorophyll and heme in Chlorobium tepidum. Photosynthesis: Mechanisms and Effects, Garab G, ed., Dordrecht, Kluwer Academic Publications, 1999: 2865-2868.

P- Magnin N, Reiskind JB and Bowes G (1997) A unique and ancient C4-type photosynthetic mechanism. Plant Physiol. (S)114(3) pp.212 [abstract nr. 1068].

P- Magnin N, Reiskind JB and Bowes G (1996) Identification of PEPC isoforms from an aquatic monocot with inducible C4-type photosynthesis. Plant Physiol. (S) 111(2) pp. 72 [abstract nr. 214].

P- Magnin N, Hunt A, Camilleri R, Thomas P, Ridley S and Bowyer J (1995) Purification and characterisation of the carboxy-terminal D1 processing protease from pea. Proceedings of the Xth International Congress on Photosynthesis 'Photosynthesis : from light to biosphere', P. Mathis (ed), Vol. III, 831-834.

P- Magnin N and Bowyer J (1992) Preliminary steps in the purification of the photosystem II D1 protein processing protease from maize. Research in Photosynthesis, N. Murata (ed), Vol. II, 211-214.

PhD-thesis - University of London (1995)

Curriculum vitae - Noël Magnin - 25/01/2007

EXPERIENCES SCIENTIFIQUES

Bio-informatique :

Laboratoire de Virologie – CHU Pellegrin et Université Bordeaux 2 –depuis février 2005Ma première mission dans le cadre d’un contrat CHU Bordeaux de février à août 2005 a consisté en une assistance à l’installation et l’utilisation d’un système COBAS-Taqman (société Roche), automate d’extraction d’acides nucléiques et de PCR temps-réel pour le suivi des charge virales (VIH) des patients. Par ailleurs, j'ai également mis mon expertise en biologie moléculaire (PCR et séquençage) au service des Assistants hospitaliers et techniciens du laboratoire afin d'optimiser les méthodes de détection des virus (PCR temps-réel) ainsi que les problèmes associés au séquençage. Ce contrat m'a également permis d'initier la collecte et le formatage de données à partir de la base de données hospitalière en vue d'une intégration dans une base plus adaptée aux besoins des virologistes (application VIH – IDNS - Smartgene). Depuis septembre 2005, je bénéficie d'un contrat ANRS qui m'a permis d'une part de réaliser l'intégration des données dans la base (CHU et Recherche), d'encadrer les technicien(ne)s qui alimentent la base en routine (CHU) et d'autre part d'effectuer les analyses des séquences produites dans le cadre du suivi des patients (CHU) ainsi que dans le cadre de collaborations avec divers pays (Inde, VietNam, Côte d'Ivoire, ...). J'ai mis en place et je gère au sein du laboratoire de virologie divers logiciels associés à des études de phylogénie (Phylip, Bootscanning ...) ainsi qu'un système permettant la génération de contigs à partir des séquences brutes.

A Deshpande, V Jauvin, N Magnin, P Pinson, M Faure, B Masquelier, V Aurillac-Lavignolle and HJ Fleury (2006) Resistance mutations in subtype C HIV-1 isolates from Indian patients of Mumbai receiving NRTIs plus NNRTIs and experiencing a treatment failure. AIDS Research and Human Retroviruses (to appear).

Magnin N and Fleury H (2006) Base de données VIH Bordeaux. Groupe de travail "résistance", ANRS-AC12

Centre de Bio-Informatique [Université Bordeaux 2] oct 2001 à oct 2003Plusieurs projets ont été développés dans le cadre de mon contrat « Région Aquitaine » :

(1) un projet en collaboration directe avec des laboratoires de biologie pour lesquels j’ai réalisé :- des développements informatiques permettant une analyse personnalisée de lots de séquences

protéiques soit sur un serveur local (Linux / Apache / PostgreSQL) soit par soumission à un serveur distant par LWP (ex : cbs.dtu.dk) puis récupération des résultats, parsing et affichage synthétique des résultats finaux sous la forme de pages web, [recherche de « clusters » d’acides aminés Cystéine, de segments trans-membranaires, … sur les séquences génomiques de Trypanosoma brucéi]

- des analyses de données de protéomique, en collaboration avec l’équipe de protéomique de la plateforme génomique fonctionnelle de Bordeaux (Prof M. Bonneu).

(2) un projet d'analyse bio-informatique de séquences de type aptamères (siRNA) en collaboration avec l’équipe de Dr JJ Toulmé. Les biologistes de l’équipe ont utilisé la méthode SELEX pour déterminer des séquences susceptibles d’interagir et mon rôle a été de déterminer in silico les correspondances entre les séquences en utilisant les programmes de la suite logicielle EMBOSS (needle et water), puis formatage des résultats pour consultation par les biologistes sur logiciel de type « tableur ». Par la suite, la localisation et la visualisation sur les chromosomes de la levure de ces « aptamères » a été initiée en formatant les résultats sous la forme de fichiers « gff » compatibles avec le logiciel Artemis.

(3) un projet de bio-informatique " pure ", j'ai initié une étude des données bibliographiques de Medline associées aux données de la base BRENDA dans le but d'obtenir des informations de cibles des molécules pesticides.

Le premier projet a évolué vers le développement d'un "pipeline" modulaire d'analyse des séquences protéiques, ce qui permet de sélectionner facilement les différents traitements à appliquer aux lots de séquences ainsi que d'ajouter facilement de nouvelles applications en fonction des besoins des biologistes (travail réalisé en partie par un stagiaire ingénieur informatique que j'ai encadré d'avril à septembre 2003).

N. Magnin, F. Bringaud, T. Baltz et A. de Daruvar (2002) Stratégie In Silico pour la recherche de cibles thérapeutiques. "In silico strategy for therapeutic targets discovery".JOBIM (10-12 june 2002 à St. Malo).

Stage DESS Bio-info [Unité M.I.G - INRA de Versailles] Avril - Sept 2000Dans le cadre du développement d'un environnement automatique d'annotation des séquences biologiques initié par plusieurs chercheurs de l'unité MIG, j'ai réalisé les développements informatiques visant (1) à une analyse syntaxique (parsing) détaillée des données de la banque Swissprot (2) à l'intégration automatique des données dans une base relationnelle (PostgreSQL). Une interface d'interrogation de la base a également été initiée. La version actuelle peut être consultée sur le site http://genome.jouy.inra.fr/prose/

Magnin, N. (2001). Développement d'une base de données relationnelle pour la banque de protéines SwissProt. Master's thesis, DESS d'Informatique des Systèmes Complexes Biologiques et Industriels, Université de Bordeaux I.

Curriculum vitae - Noël Magnin - 25/01/2007

Biochimie / Biologie moléculaire :

Danemark [Biochemistry Institute - Odense University] Juin 1997- Sept 1998J'ai rejoint le groupe de recherche sur la Photosynthèse de l'Université d'Odense dans le cadre d'un programme européen (TMR Network) consacré à l'étude biophysique du transfert de l'énergie au niveau de l'appareil photosynthétique des bactéries anaérobiques de type Chlorobium. J'ai introduit les techniques de biologie moléculaire et la bio-informatique (analyse de séquences, visualisation structures 3D) à des fins de clonage et de mutagénèse dirigée de protéines. J'ai participé à l'encadrement de stagiaires en Master et PhD dans divers projets de clonage, expression hétérologue de protéines, expériences de Maldi-TOF.

Magnin N, Cox RP, Miller M. (1999) Cloning of genes involved in the biosynthesis of bacteriochlorophyll and heme in Chlorobium tepidum. Photosynthesis: Mechanisms and Effects, Garab G, ed., Dordrecht, Kluwer Academic Publications, 1999: 2865-2868.

Etats-Unis [Botany Department - University of Florida] Juin 1995 - Mai 1997Mes travaux sur la plante Hydrilla verticillata ont montré la plasticité physiologique de cette plante aquatique. Depuis, d'autres cas similaires ont été démontré. J'ai prouvé l'induction d'un système photosynthétique de type C4, plus performant que le type C3 "commun" en termes d'assimilation du CO2. Des expériences probantes de biochimie (activités enzymatiques, détection immunologique) associées à des expériences de biologie moléculaire (clonage partiel d'isoformes) ont permis d'une part d'appréhender les mécanismes moléculaires mis en jeu et d'autre part de sécuriser l'apport de crédits de recherche pour la poursuite du projet (financement NSF obtenu en 96 en collaboration avec Prof G. Bowes). J'ai également initié une collaboration avec un laboratoire Argentin et encadré une étudiante en PhD

Rao SK, Magnin NC, Reiskind JB, Bowes G. Photosynthetic and other phosphoenolpyruvate carboxylase isoforms in the single-cell, facultative C(4) system of Hydrilla verticillata. Plant Physiol. 2002 Oct;130(2):876-86.

Magnin NC, Cooley BA, Reiskind JB, Bowes G. Regulation and Localization of Key Enzymes during the Induction of Kranz-Less, C4-Type Photosynthesis in Hydrilla verticillata. Plant Physiol. 1997 Dec;115(4):1681-1689.

Magnin N, Reiskind JB and Bowes G (1997) A unique and ancient C4-type photosynthetic mechanism. Plant Physiol. (S)114(3) pp.212 [abstract nr. 1068].

Magnin N, Reiskind JB and Bowes G (1996) Identification of PEPC isoforms from an aquatic monocot with inducible C4-type photosynthesis. Plant Physiol. (S) 111(2) pp. 72 [abstract nr. 214].

PhD Grande-Bretagne [Royal Holloway College Univ. of London] Juin 1991-Mai 1995Mon travail de thèse a porté sur la purification et la caractérisation d'une protéase impliquée dans le processus de maturation du photosystème II des plantes supérieures. J'ai pu approfondir particulièrement les techniques chromatographiques de purification de protéines (précipitation, affinité, échanges d'ions, interactions hydrophobes ...) ainsi que les techniques électrophorétiques associées (PAGE, Western blotting...). Grâce à mes travaux précis sur l'essai enzymatique de la protéase, j'ai pu établir un protocole de purification reproductible avec quantification de l'activité récupérée après chaque étape de purification. J'ai pu également établir que notre essai enzymatique nécessitait la présence d'une protéine additionnelle à la protéase C-terminale afin d'obtenir des activités optimales.

Magnin N, Hunt A, Camilleri R, Thomas P, Ridley S and Bowyer J (1995) Purification and characterisation of the carboxy-terminal D1 processing protease from pea. Proceedings of the Xth International Congress on Photosynthesis 'Photosynthesis : from light to biosphere', P. Mathis (ed), Vol. III, 831-834.

Magnin N and Bowyer J (1992) Preliminary steps in the purification of the photosystem II D1 protein processing protease from maize. Research in Photosynthesis, N. Murata (ed), Vol. II, 211-214.

PhD-thesis - University of London (1995)

DEA [Laboratoire des Herbicides - INRA Dijon] 1989L'étude sur le mode d'action des herbicides de type Diphényl-éther que j'ai entreprise pour mon stage de DEA sous la direction de Dr M. Matringe (Laboratoire des Herbicides - INRA Dijon) m'a permis d'obtenir une expérience en enzymologie. Mes travaux ont montré le type d'inhibition qu'exercent ces molécules herbicides sur leur cible, l'enzyme protoporphyrinogène oxidase impliquée dans la voie de biosynthèse des hèmes et chlorophylles, et ont abouti à une publication dans FEBS Letters.

Varsano R, Matringe M, Magnin N, Mornet R, Scalla R. Competitive interaction of three peroxidizing herbicides with the binding of [3H]acifluorfen to corn etioplast membranes. FEBS Lett. 1990 Oct 15;272(1-2):106-8.

Expériences de financement de projets de rechercheCo-auteur de projets de recherche lors de mon post-doctorat aux Etats-Unis – USDA, DOE, NSF –

Projet NSF obtenu en 1996 avec Prof G BowesExpertise de projets soumis à la CCE, 6eme PCRD - "food quality and safety", évaluation de projets

intégrés (mars-avril 2004)

Curriculum vitae - Noël Magnin - 25/01/2007