Notions de microbiologie

générale

Journée des correspondants en hygiène débutants du 20-11-2015

Dr J GAGNAIRE-Unité d’hygiène inter-hospitalière-Service des Maladies infectieuses

Différents agents infectieux

• les bactéries

• les virus

• les champignons

• les parasites

• (Les prions=ATNC=Agents Transmissibles Non

Conventionnels )

Notions de microbiologie et d’échelle

Structure d’une bactérie

Formes des bactéries

cocci bacille Forme spiralée

Cocci à Gram +

en amas

(staphylocoques)

Cocci à Gram -

en diplocoques, en grains de café

(Neisseria spp.)

Cocci à Gram +

en chainette

(streptocoques)

Cocci à Gram +

en diplocoques

(pneumocoque

= streptocoque)

Coloration différentielle: coloration de Gram

bactéries Gram + colorées en violet

bactéries Gram - en rose

EXAMEN

DIRECT

Au total

• Cocci Gram +

-Ex : staphylocoque, streptocoque, pneumocoque etc…

• Cocci Gram –

-Ex : méningocoque, gonocoque etc…

• Bacille Gram +

-Ex : corynebacterie, clostridium, bacillus, listeria, etc…

• Bacille Gram

-Ex : entérobactéries, pseudomonas etc…

• Autres bactéries :

-Ex : mycobactéries (Mycobacterium tuberculosis)-bactéries atypiques :

mycoplasme, chlamydia…-

Les bactéries multi résistantes aux ATB =BMR

Les bactéries émergentes hautement résistantes

aux ATB=BHRe

BMR les + fréquentes, résistantes par différents

mécanismes + ou – transférables entre bactéries,

résistances aux ATB acquises (≠naturelles) :

• SARM = BMR

• Entérobactéries résistantes aux C3G

(production de BLSE) = BMR

• Entérobactéries résistantes aux carbapénèmes

(production de carbapénémases)= BHRe

• Entérocoques résistants à la vancomycine (ERV) =

BHRe

ER+PCC chez

patients avec FR

d’acquisition de

BHRe

(rapatriement,

hospitalisation

étranger dans les

6 mois…)

Structure d’un virus

et « mode de vie »

-Génome : ARN ou ADN

-Capside protéique : cubique ou hélicoidale

-Enveloppe CLASSIFICATION

1 virus = 1 génome avec une protection, dans le milieu extérieur

Le virus nécessite pour son développement un parasitisme

intracellulaire absolu

Absence de croissance, structure définitivement organisée

Principaux virus rencontrés

A- Virus respiratoire

Grippe, VRS (virus respiratoire syncytial),

Varicelle, Oreillons, Rubéole, Rougeole...

B- Virus entériques

Rotavirus, Adenovirus, Entérovirus, Hépatite A…

C- virus cutanés

Herpes, Varicelle …

D- Virus du sang et des tissus

Hépatite B, Hépatite C, HIV…

Différentes techniques de diagnostic

microbiologique pour les agents

infectieux

• Cultures : ++ bactéries

• Recherche d’antigène (ex : recherche Ag

streptocoque A)

• Recherche d’anticorps = sérologies

• Mise en évidence du génome (ex : PCR )

Culture bactériennes(besoins en nutriments, en oxygène ou non

(aérobie/anaérobie-…), facteurs de croissance, 37°C ou 30°C…)

Autres agents infectieux

• les champignons : microscopiques (levures : candida, moissures : aspergillus, penicillium…)

• les parasites : ectoparasites et endoparasites

• (Les prions) : conversion d’une protéine ?

Flore microbienne (=microbiote)

Ensemble des micro-organismes présents en un

site donné. Essentiellement des bactéries et

champignons.

La contamination par des agents infectieux peut

être limitée par cette flore

Distinction selon l’habitat

• Micro-organismes commensaux : (latin mensa : table) résidents habituels de la peau et des muqueuses des animaux et des êtres humains = flore humaine.

• Micro-organismes saprophytes : (grec sapros : fumier) résidents habituels de l’environnement(terre, eau) se nourrissent de la matièreorganique en décomposition = floreenvironnementale

=notion de flore transitoire (floreenvironnementale + d’autres individus)

1014 bactéries versus 1013 cellules dans le corps humain !

/g de selles

/cm2 de peau

La flore cutanée

• Répartition hétérogène sur la peau :

- Bactéries aérobies : couches superficielles. (Genres

staphylococcus, corynebacterium

- Bactéries anaérobies : follicules pileux, glandes sébacées

(Propionibactérium acnes

• Répartition hétérogène dans la population :

- Staphylococcus aureus : 19 à 40% de la population.

La flore du tube digestif

• Estomac : acidité +++ (pH=2), peu de germes.

• Intestin : présence ++ à partir de l’iléon

terminal, environ 400 espèces différentes,

variation liée à l’alimentation.

• Entérobactéries +++, Anaérobies strictes ++ …

• Fonctions majeures : métabolisme, barrière

contre les autres pathogènes

• La flore nasale

• La flore buccale

• La flore vaginale

• La flore des voies aériennes

Mais aussi…

Distinction selon la pathogènicité

Bactéries pathogène spécifiques : à l’origine

d’une maladie infectieuse bien déterminée

• Virulence+++

• Contagiosité+++

• communautaire>>nosocomiale

Bactéries : tuberculose, typhoide

Virus : grippe, hépatite, rotavirus

Distinction selon la pathogènicité

Bactéries pathogène opportunistes : (= non

pathogènes), normalenent présentes dans la

flore humaine mais qui lors d’une

immunodépression deviennent pathogènes.

Pathogènes commensaux

opportunistes

• Réservoir : flores humaines

• Virulence variable (Staphylocoque doré >>staphylocoque blanc)

• Non contagieux mais transmission possible entre individus (manuportée ++)

• Origine : nosocomiale>>communautaire

• Microorganismes :

Bactérie : staphylocoque doré, pneumocoque, colibacille…

Champignon : candida

Pathogènes saprophytes opportunistes

• Réservoir : environnement : eau/air

• Virulence faible

• Non contagieux mais transmission possible par contamination par l’environnement

• Origine : nosocomiale>communautaire (rare)

• Microorganismes :

Bactérie : légionnelle

Champignon : aspergillus

� Niveau d’agressivité du micro-organisme.

� Fragilité du patient

� Pénétration par la bonne porte d’entrée(ex : le virus de la grippe = porte d’entrée aérienne, si

on mange le virus on ne craint rien).

� Quantité de microorganismes (inoculum)

Notion de pathogénie pour l’homme

Chaîne de transmission épidémiologique

Réservoirs :

• Humain

• Environnement

Transmission :

• Contact

•Aérien :

•Gouttelettes

•Aéroporté

Hôte

récepteur

• l'homme

• l'animal

• l'environnement (eau, air, surfaces)

d’où notions origines « endogène » ou

« exogène »

Réservoirs des agents infectieux

Modes de transmission

• par contact (directs

ou indirects)

• par voie aérienne

(gouttelettes,

aérosols)

• par l'intermédiaire

de vecteurs (ex :

insectes)

MERCI DE VOTRE ATTENTION