Ordre du jour

Ordre du jour

• 10h45 Tour de table

• 11h00 Actions transversales de CIMENT

• 11h30 Nomination de nouveaux experts – 11h45-13h30 repas au Magellan

• 13h30 Présentations scientifiques des 6 projets

• 16h00 Questions au conseil scientifique

• 16h30 Délibération du Conseil

Ordre du jour







Contexte général calcul

• Partenariat avec le CEA– financement 2000-2006 (Région - CEA) 7MF– redéfinition et renforcement du partenariat dans le contexte du

déménagement vers Paris du centre de calcul du CEA

• Utilisation des centres de calculs nationaux– IDRIS, CINES

• Développement de projets « calcul » mésoscopiques au sein des universités de Grenoble

Équipement pour le calcul

• Financement – Appel à projet national de Guy René Perrin, Nov 98 : 2MF– CPER 2000/2006 : 15MF– Compléments CNRS, IMAG, INPG, INRIA, etc.

• Projets– Observatoire, MIRAGE, Grappe de PC, Chimie calculatoire (CECIC),

BioIMAGe, PhyNum– Formation transversale au niveau des écoles doctorales

Coordination du projet• Comité de pilotage du projet : définit les grandes orientations

• Participation à la journée CINES-IDRIS de l’automne 1999 et de l’automne 2000 (26 octobre), CEA (Visualisation, hier)

• Mise en place d’un séminaire trimestriel (2000) http://ujf-grenoble.fr/CIMENT

• Structuration des projets de calcul au niveau des universités Grenobloises par des regroupements de projets :

– “ Couplage modélisation hydrologique et météorologique ” inclus dans MIRAGE.

– Génétique, bio-informatique et imagerie médicale (BIoIMAGe).

– Création du CECIC :Centre d ’Expérimentation du Calcul Intensif en Chimie.

– Le projet PhyNum pourrait s’associer au SCCIOG.

• Recrutement d’un Ingénieur de Recherche UJF pour le projet MIRAGE : Laurence Viry (mais manque encore d’ingénieurs sur nos projets)

• Accès prioritaire aux réseaux rapides au niveau du campus

Evolution réseau

• Le cas du Campus – Etat actuel

– Etat en Q1-2002

• Le Man Grenoblois– Etat actuel

– Etat en Q4-2002

[email protected] Centre de Ressources Informatiques de Proximité - UJF

CIMENT Campus Cœur Giga/Eth100 (en production)Bâtiment OBS Bâtiment IRIGM

Mirage Mécanique

Mirage LMC

Mirage Biologie

Mirage Glaciologie

Sortie Campus Imag

Secu-UJF

Ethernet 100Ethernet 1000Memory ChannelEthernet 100 (projet)

FermeOsug

LPG

Pôle Santé

CIMENT Campus Cœur Giga/Eth100 (Evolution Q1-2002)Bâtiment OBS Bâtiment IRIGM

Mirage Mécanique

Mirage LMC

Mirage Biologie

Mirage Glaciologie

Sortie Campus Imag

Secu-UJF

Ethernet 100Ethernet 1000Memory ChannelEthernet 1000 (projet)

FermeOsug

LPG

Pôle Santé

Le réseau métropolitain GrenobloisMetroNet phase 1 -> Q4-2000/Q3-2002

Vers Paris (NIO2 RENATER)

NRD

622 Mb vers Lyon,Puis 2,5Gb vers Paris

Plaque métro

60 Mb

Campus100 Mb

Inria100 Mb

Viallet

100 Mb

CEA

100 Mb

CNRS

Technologie IP / Ethernet 100 commuté

Technologie IP / ATM

Le réseau métropolitain GrenobloisMetroNet phase 2 à compter de Q4-2002

Vers Paris

NRD

622 Mb

Plaque métro

100 Mb

Campus1000 Mb

Inria1000 Mb

Viallet

1000 Mb

CNRS

1000 Mb

CEA

Technologie IP / Ethernet 1000 commuté

Collaborations autour du projet– Scientifique

• Thèses entre Observatoire et TIMC, ID et LMC, ID et Observatoire, Obs et PhyNum, …

– Algorithmes d'ordonnancements optimaux en temps et en memoire : Etude de cas sur des problemes en mecanique quantique. These de N. Maillard, co-encadree par P. Valiron (LAOG) et J-L. Roch (ID).

– une these coencadrées depuis 2 ans par le LGIT et le LPM2C : Renaud Hennino : il fera la partie presentation scientifique. (phynum - obs)

• Collaborations inter-projets

– Simulations de la propagationdes ondes sismiques dans la croÛte terrestre (B. Van Tiggelen (LPMMC), M. Campillo (LGIT))

– Analyse génétique et localisation spatiale: Stéphanie Manel et Françoise Berthoud (BioIMAGe et PhyNum):

Collaborations autour du projet– Technique• Partage des expertises

– Séminaires, liste de diffusion, ingénieurs (bureau partagé au LMC), rapprochement du projet PhyNum de celui de l’Observatoire. Ex :

» Portage de l'interface de programmation parallele Athapascan, developpee au laboratoire ID, sur les machines SMP de l'Observatoire.

» Participation croisée à des commissions techniques d’appel d’offre pour gappes (ID-BioIMAGe)

» collaboration technique entre Françoise Bertout (phynum) et Francoise Roch (obs) : une journée par semaine depuis 1 an.

• Expérimentation du calcul hétérogène – projet Data Grid (participation de ID, expérimentation de globus)– Chimie quantique sur un serveur et une grappe de PC (Obs.)

• Expérimentation de l’administration et du calcul sur grappes distribuées

– Projet MRCT CNRS de Philippe Augerat (ID) « administration grappe de PC distribuée ». Partenariat (ID, LPMMC, LEGI-CORIOLIS, Observatoire de Grenoble, PRISM, TIMC)

Formation doctorale

– Un projet de formation au Calcul Haute Performance transversale aux écoles doctorales => Formation accompagnée de TP (janvier 2002)

• Toutes les écoles doctorales relatives à CIMENT (Math applis et Info, Chimie, Physique, EDIV,…) participent.

• Accueil des cours et des TP au sein de l ’UFR IMA (mise en place des TP possible sur les pôles si c’est plus simple).

Formation doctorale

– sous la forme de deux modules• Introduction au calcul réparti

– Introduction au parallélisme et au calcul intensif

– Formation à l’optimisation de code, à MPI et à OPEN MP

– Utilisation de bibliothèques de calcul scientifique (ScaLaPack, …)

• Modélisation numérique et calcul intensif – Différents problèmes apportés par les communautés

utilisatrices, leur modélisation et leur résolution sur une grappe de PC, formeront les TP (MIRAGE, BioIMAGe, PhyNum,…)

– Devra évoluer en cohérence avec le projets de formation doctorale de PhyNum prévu pour 2002-2003

Observatoire de Grenoble P.Valiron et F. Roch

LAOG, LGIT, SGEP du LIS• Projet : calcul intensif en astrophysique et géophysique.

• Solution retenue : IBM (SMP 16 procs 375MHz, 16Go, 24Gflops crête et 2 Quadri-Pro, SMP, 4 Go). Solution centralisée.

• Financement : 500kF COMI CNRS +165kF quadriennal UJF ; 600kF Ministère (CIMENT) + 495 KF quadriennal UJF (soutien du ministère quadriennal 400kF/an)

• État d’avancement : fin de mise en place juillet 2000 (coût 1,76MF)

• Projets scientifiques (une vingtaine de thésards) : évolution stellaire, disque proto-planétaire, astrochimie quantique : dynamiques microphysique, simulation numérique MHD et hautes énergies, propagation des ondes sismiques, reconstruction en

sismologie, champs magnétique terrestre, modélisation de l ’ionosphère dans les zones polaires, Interactions cinétiques soleil/terre, ...

Plate forme Mirage E. Blayo, L.Viry

LMC, LEGI, LTHE, LGGE, LEA • Projet : modélisation, calcul, visualisation dans les problèmes

d’environnement et climat.

• Solution retenue : 7 DS20 (bi-pro alpha EV67, 7x2,5Go, Memory Channel) 7 DS20 (bi-pro alpha EV67, 7x2,5Go, Memory Channel) et 3x100Go DD ; LSF et TotalView. Solution répartie sur 3 sites.et 3x100Go DD ; LSF et TotalView. Solution répartie sur 3 sites.

• État d’avancement : En exploitation depuis janvier 2000 (1,5MF)

• FinancementFinancement : 1,75MF : 1,75MF [ 600kF MENRT, 650kF COMI CNRS, 100kF BQR INPG, 60kF CNES, 200kF des laboratoires ] + 200kF INRIA, soutien du ministère (quadriennal 60kF/an)

• Projets scientifiques (une quinzaine de thésard) : modélisation des calottes polaires, couplage glace-atmosphère, Modélisation océanique, assimilation de données océaniques, modélisation interface sol-végétation atmosphère, hidrologie en zone montagneuse, assimilation de données avec Méso-NH.

Pôle de chimie calculatoireS.Perez et P.Vatton

LEDSS, CERMAV, Cristallographie, LEOPR, DPM

• Projet : création du CECIC : Centre d ’Expérimentation du Calcul Intensif en Chimie

• Solution : Une machine IBM SP (3 quadri Pro Power III 3x8Go) + une machine SGI 0200 quadri pro,4Go (logiciels de modélisation moléculaire)

• Avancement : En cours de démarrage.• Financement : 1.5MF dans le cadre du CPER + 0,5MF CNRS +

462kF sur fonds propres labo• Projets scientifiques (une dizaine de thésards) : Chimie quantique,

Mécanique/Dynamique Moléculaires, Etat condensé, Recherches des Conformations Bio-Actives, Bases de données

Grappe de PCB.Plateau, P. Augerat

ID, SIRAC et ReMaP (ENS L)• Projet : expérimentation des systèmes et du calcul distribué sur

une grappe de PC.

• Solution envisagée : 100 PC (bi-pro, 1Go) disposant d’un réseau rapide de technologie myrinet. Solution massivement distribuée.

• État d’avancement : expérimentation locale le i-cluster (225 PIII en réseau ethernet : no=385 du TOP 500/81,6Gflops). Un appel d’offre infructueux en cours de réactualisation. Simplification vers une solution grappe très intégrée

• Financement : 5MF (0,8MF MENRT, 0,3MF ENSL + CPER : 2,5MF INRIA et 1,2MF Région)

• Projets scientifiques (une dizaine de thésards) : outils d’exploitation et méthodes de programmation (projet RNTL : CLIC Bull, Mandrake,UJF distribution linux pour cluster incluant MPI/OPEN MP,…, athapascan).

• Projet : Imagerie et modélisation biomécanique médicales Biologie informatique et analyse génétique spatialisée.

• Solution : modifiée au printemps 2001 pour migrer d ’une solution à base d ’alpha vers une grappe de PC bi-pro, 2Go, en réseau ethernet.

• Avancement : lié à grappe de PC.

• Financement : deux tranches CPER 800kF 2001, 1MF 2002(?) • Projets scientifiques (une quinzaine de thésards) : reconstruction rapide

en imagerie 3D, atténuation et diffusion en imagerie nucléaire (quantification),IRMfonctionnelle 3D, modélisation biomécanique d ’organes, Equations de Maxwell pour la modélisation de neurones, pôle bio-informatique (étude des structures génétiques spatiales, identification de matrices d ’interaction génique, modélisation du génome,…)

Projet BIOIMAGE L. Desbat G. Bourrel

TIMC-IMAG, Unité INSERM 438, RMN Bioclinique, Laboratoire de Biologie des Populations d'Altitude

Projet PHYNUMA. Pasturel et F. Berthoud

IPMC (Louis Néel, Basses Températures et Physique Numérique)

• Solution envisagée : centralisée, 16 à 32 proc, 16 à 32 Go mais évolution possible vers une grappe de PC

• Avancement : 2002, couplage envisagé avec l’Observatoire.• Financement : Dans le cadre du CPER (1,5MF 2002)• Projet scientifiques (une quinzaine de thésards)

– Simulations de la propagation des ondes sismiques dans la croûte terrestre- Etude de la diffusion multiple de la lumière en milieu complexe- Supraconductivité dans des systèmes de dimension réduite- Transport thermique dans un conducteur mésoscopique- Manipulation des états quantiques dans des nanocircuits supraconducteurs- Elasticité de la croissance cristalline et auto-organisation de nanostructures- Structures d'équilibre et dynamique réactionnelle de surfaces- Thermodynamique et Transition de Phases.- ...

Perspectives

• Maturation des grappes de PC (matériel et logiciel) => solutions économiques du calcul intensif => Plus grande diffusion

• Nécessité de former les étudiants aux techniques de calcul intensif

• Renforcement des actions transversales– Projet d’administration centralisée de grappes de PC

distribuées (Philippe Augerat)

– Formation transversale au niveau des écoles doctorales

Perspectives• Projet ACI Grilles

– Proposition CIMENT en avril 2001• 2 postes de CDD

• 50kF de fonctionnement sur 2 ans

– Octobre 2001 (?)• Dans le cadre de CIMENT, pas de demande de crédit

d’équipement, mais CDD (éventuellement fonctionnement).

• Coordonnés par « grappe de PC »

• Accompagnement/prolongement du projet MRCT CNRS de Philippe Augerat d’administration à distance de grappe par un soutien aux utilisateurs aux techniques de calcul réparti

Financement dans le cadre du CPERProjets 2001 2002 2004 2005-2006

Grappe de PC 3,7Chimie calculatoire 1,5

Physique numérique 1,5BIoIMAGe 0,8 1

Soutien à la formation 0,4Jouvences

SCCIOG 2MIRAGE 1,5

Autres Jouvences 2,6Total 8,9 6,1

=> Besoin de postes d’ingénieurs pour soutenir les projets• BioIMAGe : + AFIP CNRS pour un AI (TIMC)• Grappe de PC : +/- départ à mi-temps de P.Augerat

=> Financement 2002 = Agglo et Ville de Grenoble

Ordre du jour







Pilotage et évaluation du Projet• Comité de pilotage du projet

– Les responsables des projets (réunion en gros trimestrielle)

• Conseil scientifique :– Un expert extérieur par projet– Un expert du parallélisme (président d’ORAP)– Les représentants des institutions et des

établissements (CNRS, MENRT, IMAG, INPG, INRIA, UJF)

– Les responsables des projets– Une réunion annuelle (28/09/2000, 27/09/2001)

Pilotage et évaluation du Projet• Conseil scientifique :

– Un expert extérieur par projet => Trois nouveaux experts

• CECIC

• BioIMAGe

• PhyNum

Ordre du jour



• 11h30 Nomination de nouveaux experts

– 11h45-13h30 repas au Magellan




Ordre du jour







Grappe de PC

Denis Trystram et Philippe Augerat

13h30 - 14h00

MIRAGE

Eric Blayo et Laurence Viry

14h00 - 14h30

SCSI

Pierre Valiron et Françoise Roch

14h30 - 15h00

CECIC

Serge Perez et Pierre Vatton

15h00 - 15h20

BioIMAGe

Laurent Desbat et Guy Bourrel

15h20 - 15h40

PhyNum

Alain Pasturel et Françoise Berthoud

15h40 - 16h00

Ordre du jour







Question 1

• Formation

– Intérêts des universités ?

– Soutiens ?

– Ouverture, partenariat ?

Question 2

• Projet scientifique

– Point sur visualisation

– du partage d’expertise technologique vers les collaborations scientifiques

Question 3

• Grappe de PC ou SMP IBM ???

Ordre du jour







FIN

Merci

et

Bon retour

Plate forme Mirage E. Blayo, L.Viry

LMC, LEGI, LTHE, LGGE, LEA • Les financements Mirage 2001 : 50 KF d'autofinancement sur

des contrats, 200 KF de la part de l'Inria (qui ont permis le debut de l'upgrade : passage en OS 5.1 + qq achats de disque et matos reseau pour un meilleur aspect "true cluster")

• Prevu en 2002 : 500 KF Inria pour fin de l'upgrade (essentiellement upgrade des procs)

Pôle de chimie calculatoireS.Perez et P.Vatton

LEDSS, CERMAV, Cristallographie, LEOPR, DPM

• Financement :CIMENT 1500 kf ( 1250 + 250) , Labos 462 kf , CNRS 250 kf (500 kf sur 2 ans) dont provisions pour logiciels 250 kf

• Travaux et équipement salle machine 100 kfEquipement réseaux 60 kfMatériel SGI et IBM 1745 kf Logiciels et Exploitation 57 kfSeptembre : réunion inaugurale du conseil de Gestion du CECIC

Documents

Ordre du jour