1

Rapport annuel d'activité, année 2016

Laboratoire National de Référence

Résistance antimicrobienne

Nom du responsable du LNR

Agnès Perrin

Nom du laboratoire où l'activité du LNR est mise en œuvre, le cas échéant les noms

des laboratoires associés au LNR

Anses, Laboratoire de Fougères ; Anses, Laboratoire de sécurité des aliments, site de

Maisons-Alfort ; Anses, Laboratoire de Ploufragan-Plouzané

Nom de l'unité où l'activité du LNR est mise en œuvre, le cas échéant les noms des

unités associées au LNR

Unité Antibiotiques Biocides Résidus Résistances ; Mission Antibiorésistance ; Unité

Mycoplasmologie Bactériologie

2

Nombre de laboratoires agréés et/ou reconnus dans le réseau

8

Dangers sanitaires de catégories 1 et 2 couverts par le mandat

La surveillance européenne de la résistance aux antimicrobiens chez les bactéries

zoonotiques et commensales est règlementée par la directive 2003/99/CE. La décision

2013/652/UE complète ce dispositif, dans l’objectif d’harmoniser les systèmes de

surveillance entre états membres et de les rendre comparables dans un cadre technique

équivalent. Elle définit les couples espèces bactériennes/espèces animales à surveiller, les

stratégies d’échantillonnage, les agents antimicrobiens à inclure dans la surveillance, les

plages de concentrations à utiliser pour l’antibiogramme et les dispositions concernant la

présentation des données. En France, la Direction Générale de l’Alimentation (DGAl), met

en place des plans de surveillance annuels qui font intervenir les services vétérinaires pour

les prélèvements à l’abattoir et à la distribution, des laboratoires agréés pour l’isolement et

l’identification des espèces bactériennes cibles. Dans le cas particulier de la surveillance

des salmonelles en filières aviaires, les bactéries sont collectées via le programme de

contrôle et d'éradication des salmonelles (Règlement (CE) n° 2160/2003). Le LNR

Résistance Antimicrobienne réalise les analyses officielles et le transfert des données à

l’EFSA. Le LNR Résistance Antimicrobienne, nommé par arrêté du 29 décembre 2009 (JO

du 7 janvier 2010), est constitué de plusieurs laboratoires de l’Anses, dont la responsabilité

est portée par l’Anses Fougères. Les activités du LNR Résistance Antimicrobienne sont

intégrées au Pôle Antibiorésistance de l’Anses. Ce Pôle ABR rassemble et coordonne

l’ensemble des actions de l’Agence en matière d’antibiorésistance. Il est piloté par le

laboratoire de Lyon, sous la direction de Jean-Yves Madec.

Les faits marquants de l'année

Tous les laboratoires du réseau participant à la surveillance de la résistance aux

antibiotiques ont reçu une extension d'agrément pour la recherche sélective des E. coli

BLSE/AmpC/carbapénémase suite à leur participation à l'essai d'aptitude organisé après le

transfert de la méthode.

Le LNR Résistance Antimicrobienne a émis une fiche signal en décembre 2016 après la

détection du gène transférable optrA, conférant une résistance à la fois au linézolide

(antibiotique d'importance critique) et au chloramphénicol, chez une souche d’Enterococcus

faecium isolée en 2010 chez le porc.

Le LNR poursuit ses recherches d'investigation sur la détection et la caractérisation de la

résistance à la colistine chez les souches isolées des plans de surveillance.

La journée Anses "Antibiorésistance en santé animale et dans l'environnement" s'est tenue

le 16 novembre 2016 à l'OIE ( Paris, 17eme).

3

https://www.anses.fr/fr/content/antibior%C3%A9sistance-en-sant%C3%A9-animale-et-dans-

lenvironnement

Au cours de cette journée, Le LNR a présenté les résultats des plans de surveillance 2015.

https://www.anses.fr/fr/system/files/RSC-Co-161116Perrin.pdf

1. Méthodes développées ou révisées

Nombre de méthodes développées ou révisées proposées à l’autorité compétente

0

Nombre de méthodes développées ou révisées qui sont susceptibles d’être prêtes

pour être proposées à l’autorité compétente au cours de l’année 2017

0

Nombre total de méthodes transférées par le LNR dans l'année

0

2. Matériels biologiques ou chimiques, échantillons et souches

d'intérêt

Information disponible auprès du LNR

3. Activités d'analyse

3.1. Analyses officielles de première intention

Nombre d'analyses officielles de première intention réalisées dans l'année (de

biotypage, sérotypage, caractérisation moléculaire...)

1423

Détail par type d'analyse de première intention

Les analyses officielles dans le cadre des plans de surveillance de la résistance

antimicrobienne correspondent à la mesure des concentrations minimales inhibitrices (CMI)

d'antibiotiques en milieu liquide.

4

- E. coli commensales : 369 analyses CMI effectuées à ce jour

- E. coli BLSE/AmpC/carbapénémase : 874 analyses CMI effectuées à ce jour

- Salmonelles : 180 analyses CMI effectuées à ce jour.

3.2. Analyses officielles de confirmation

Nombre d'analyses officielles de seconde intention réalisées dans l'année (de

biotypage, sérotypage, caractérisation moléculaire...)

0

Détail par type d'analyse de confirmation

sans objet

Taux de confirmation par type d'analyse (= nombre de résultats confirmés / nombre

d'analyses officielles de seconde intention réalisées)

sans objet

3.3. Autres analyses

Nombre estimé d'autres analyses (non officielles) réalisées dans l'année en lien avec

le mandat de LNR

228

Détail par type d'autres analyses

Les gènes de résistance transférables aux fluoroquinolones, aux céphalosporines, à la

colistine et au linézolide ont été recherchés par PCR chez les E. coli commensaux de la

flore dominante (collection 2015) et les entérocoques (collection 2007-2012) présentant une

résistance phénotypique à ces molécules. A ce jour, l'ADN de 51 souches a été extrait et a

donné lieu à 98 PCR pour la recherche des gènes cibles.

Le nombre de souches de E. coli porteuses d'une résistance transférable aux

fluoroquinolones (qnrS exclusivement) reste très rare chez le porc. L'année 2015 étant la

1ère année de surveillance règlementaire chez le veau, aucune évolution de tendance ne

peut être décrite à ce jour.

Le gène blaCTX-M1 (confirmé par une puce à ADN) est le gène le plus fréquemment

retrouvé par PCR chez les souches E. coli commensales de la flore dominante résistantes

aux céphalosporines, quelle que soit l'espèce animale d'origine et quelle que soit l'année de

surveillance.

5

Sur 23 souches de E. coli présentant un phénotype de résistance à la colistine isolées dans

le cadre de la surveillance 2015 chez le veau, seulement 12 souches étaient porteuses du

gène transférable mcr-1. La recherche du nouveau gène de résistance transférable mcr-2,

identifié en milieu d'année 2016 par une équipe belge, est en cours d'analyse chez les

souches ne contenant pas mcr-1.

En 2015, une équipe chinoise identifie pour la première fois chez des entérocoques, un

nouveau gène de résistance transférable aux oxazolidinones et aux phénicolés, le gène

optrA (oxazolidinone phenicol transferable resistance). Ce gène confère aux souches

isolées aussi bien chez l’homme que chez l’animal (porcs et poulets) une résistance élevée

au linézolide et au tedizolide, antibiotiques d’importance critique. Face à cette émergence, le

LNR Résistance Antimicrobienne a effectué à partir de sa collection de souches

d’entérocoques isolés dans le cadre des plans de surveillance de la résistance aux

antibiotiques chez les animaux à l’abattoir, le criblage des phénotypes répondant à une

résistance à la fois au linézolide et au chloramphénicol.

Entre 2007 et 2012, 2 souches d’entérocoques sur les 1934 analysées en CMI répondaient

à ce critère : 1 Enterococcus faecalis isolé du poulet en 2009 et 1 Enterococcus faecium

isolé du porc en 2010 (CMI linézolide > 8 mg/L et CMI chloramphénicol = 64 mg/L). La

présence du gène optrA a été confirmée par PCR chez la souche d’Enterococcus faecium

isolée en 2010 chez le porc. Ce résultat sera confirmé par le séquençage de la souche qui

est actuellement en cours d'analyse.

Cette détection a fait l'objet d'une fiche signal en décembre 2016.

D'autre part, depuis février 2015, Le LNR Résistance antimicrobienne est sollicité pour

caractériser les souches de Salmonella Kentucky reçue par le Réseau Salmonella afin

d'identifier la dissémination éventuelle sur le territoire français de Salmonella Kentucky CIP-

R / ST198. Dans ce cadre, 130 antibiogrammes en milieu gélosés ont été effectués en

2016. Aucune Salmonella Kentucky CIP-R / ST198 n'a été détectée dans les élevages de

production française.

4. Activités de production et de contrôle de matériaux de référence

et de réactifs biologiques

Le LNR produit des réactifs à usage interne

Non

Le LNR produit des réactifs à usage du réseau

Non

Le LNR produit des matériaux de référence à usage interne

Non

6

Le LNR produit des matériaux de référence à usage du réseau

Non

Le LNR réalise des contrôles de réactifs commerciaux

Non

5. Activités d'expertise scientifique et technique

5.1. Demandes d’expertise scientifique et technique des ministères

(de l’agriculture, de la santé, etc…) ou d’instances européennes ou

internationales qui concernent le domaine de compétence du LNR

Nombre de rapports d'EST rendus dans l'année

1

Détail des demandes d'EST et noms des mandataires de ces demandes

Une fiche de synthèse a été élaborée en 2016 par le LNR résistance antimicrobienne pour

le rapport d'activités 2015 des plans de surveillance et plans de contrôle de la surveillance

sanitaire des denrées animales et végétales de la DGAL.

http://agriculture.gouv.fr/plans-de-surveillance-et-de-controle

5.2. Autres expertises

Les membres de l'équipe du LNR peuvent avoir des activités d'expertise (internes:

CES, GT ou externe: EFSA...) ou des activités auprès de commissions de

normalisation (Afnor...). Détail de ces activités et estimation du temps consacré.

La DG Santé et sécurité alimentaire a initié en 2016 des audits sur la mise en place de la

décision 2013/652/UE par les Etats membres. L'objectif est d’évaluer la surveillance et la

notification de la résistance aux antimicrobiens dans les bactéries zoonotiques et

commensales présentes chez certaines populations d’animaux producteurs d’aliments et

dans certaines denrées alimentaires. Lors de chacun de ces audits, un expert national est

désigné pour accompagner l'équipe de la Commission Européenne.

Ainsi en 2016, le LNR résistance antimicrobienne français (Sophie Granier) a participé à

l'Audit de la Slovaquie.

http://ec.europa.eu/food/audits-analysis/audit_reports/details.cfm?rep_id=3643

A titre d'information, la France devrait être auditée en 2018.

7

5.3. Dossiers de demande d'agrément

Nombre de dossiers de demande d'agrément étudiés dans l'année

8

Détail de ces activités et estimation du temps consacré

Les laboratoires du réseau ont été évalués sur leur capacité à mettre en œuvre une

nouvelle méthode de détection des E. coli BLSE/AmpC/Carba dans le muscle. Cette

évaluation a été réalisée par le LNR sous forme d'un essai interlaboratoires. Les

laboratoires dont les performances étaient satisfaisantes donnait lieu à une extension

d'agrément.

Le LNR a consacré à l'organisation et à l'exploitation des données de cet EILA d'agrément

une trentaine d'heures environ.

5.4. Activités de conseil aux professionnels

Détail de ces activités et estimation du temps consacré

Sans objet

6. Animation du réseau de laboratoires agréés ou reconnus

6.1. Organisation d'EILA

Nombre d'EILA organisés par le LNR au cours de l’année

1

Nom de l'EILA

Détection des E. coli BLSE/AmpC/Carba dans le muscle

L'EILA est-il réalisé sous accréditation "17043"?

Non

Nombre de laboratoires participants

8

8

Nombre de laboratoires agréés participants (Na)

8

Le LNR a-t-il participé à l'EILA?

Non

Nombre de laboratoires participants en cours de demande d'agrément

0

Nombre d'autres laboratoires participants

0

Nombre de laboratoires ayant obtenu des résultats défavorables

0

Nombre de laboratoires agréés non conformes (Nc)

0

Taux de non conformités Nc/Na

0

Evolution du réseau dans le temps

Sans objet

Nombre d'EIL (hors EILA - dont EILV en lien avec méthodes en cours de validation

telles que précisées dans le paragraphe 1) organisés par le LNR au cours de l’année

0

9

6.2 Autres actions visant à vérifier l'aptitude des laboratoires

Actions mises en œuvre

Sans objet

6.3. Formation, organisation d'ateliers

Nombre de journées d'échange et de restitution rassemblant les laboratoires agréés

du réseau, organisées dans l'année

0

Nombre de sessions de formation des personnels des laboratoires agréés aux

méthodes utilisées pour les contrôles officiels, organisées dans l'année

0

Autres formations dans le cadre des activités du LNR

Sans objet

6.4. EILA auxquels le LNR a participé dans l'année

Détail des EILA auxquels le LNR a participé dans l'année, dans le cadre : National; UE

(en particulier les EILA organisés par le LRUE); International

Organisateur : LRUE-AR (DTU, Danemark)

External Quality Assurance System (EQAS) - Antimicrobial susceptibility testing :

- EQAS E. coli/Enterococci

- EQAS Salmonella

- EQAS Matrix

- EQAS Campylobacter

7. Surveillance, alertes

7.1 Surveillance programmée mise en œuvre par l'autorité sanitaire,

notamment PS/PC

L'autorité sanitaire a-t-elle mis en œuvre un ou plusieurs PS/PC dans le champ du

LNR?

Oui

10

Lesquelles?

Plan de surveillance de la résistance aux antibiotiques de certaines bactéries sentinelles et

zoonotiques chez les poulets de chair et les dindes pour l'année 2016 (DGAL/SDSPA/2015-

1007)

Plan de surveillance de la contamination des viandes fraiches de poulets de chair par E. coli

productrices de BLSE, AmpC ou carbapénémase au stade de la distribution - 2016

(DGAL/SDSSA/2015-1106)

Plan de surveillance de la contamination des viandes fraiches de volaille par Salmonella

spp. au stade de l'abattoir et de la résistance aux antibiotiques des souches isolées - 2016

(DGAL/SDSSA/2015-1165).

Programme de contrôle et d'éradication des salmonelles chez les poules pondeuses, poulet

de chair et dindes d'engraissement (Règlement CE 2160/2003). Au sein de cette collection

exhaustive, 170 isolats (ou autant que disponible) sont tirés au sort par le LNR Salmonella

pour être transmis au LNR Résistance antimicrobienne comme décrit dans la décision

2013/652/UE.

7.2 Autres activités de surveillance

7.2.1 Dispositif(s) de surveillance hors surveillance programmée

par l'autorité sanitaire

Le LNR est intégré à un (ou des) dispositif(s) de surveillance

Non

7.3 Fiches d'alerte ou de signal

Le LNR a émis des fiches d'alerte ou de signal dans l'année

oui

Nombre de fiches émises dans l'année:

1

11

8. Activités de recherche en lien avec l’activité de référence

8.1. Recherches méthodologiques pour la référence

Recherches méthodologiques réalisées dans l'année : objectifs, partenariats, apports

du LNR, projets retenus dans le cadre d'appels à projets...

Laboratoire de l'Anses Fougères :

Projet européen Effort “Ecology from Farm to Fork Of microbial drug Resistance and

Transmission” - Work Package 1 : détection phénotypique de la résistance aux antibiotiques

chez des souches d’E. coli isolées à partir de différentes espèces animales (porc, poulet,

dinde, veau) au cours d’une étude d’épidémiologie descriptive harmonisée. - Work Package

6 : étude de l’impact de stratégies d’intervention en élevages de volailles et de porcs sur

l’évolution de l’antibiorésistance Projet d'intégration des problématiques de pharmacologie

humaine et vétérinaire pour préserver l’efficacité de la colistine et prévenir l’émergence des

résistances : évaluation et quantification de la diffusion de la résistance à la colistine à l’aide

de modèles d’exposition à la colistine in vitro et in vivo (porc et rat à flore intestinale

humaine). Projet sur Intégration des problématiques de pharmacologie humaine et

vétérinaire pour préserver l’efficacité de la colistine et prévenir l’émergence des résistances

(thèse)

Laboratoire de l'Anses Ploufragan :

Plusieurs projets sur l’antibiorésistance de souches isolées de poissons et leur

environnement

Caractérisation de souches de E. coli résistantes à la colistine

Caractérisation de plasmides de résistance aux céphalosporines de troisième génération

Impact de pratiques (traitements antibiotiques, probiotiques, prébiotiques) sur la résistance

de la flore commensale du porc ou de volailles

Laboratoire de l'Anses Maisons-Alfort :

En 2016, l'activité principale a été l'amélioration des méthodes de détection, caractérisation

et confirmation de la résistance à la colistine chez les entérobactéries. Ces travaux se

poursuivront en 2017. L'équipe a également pris part au projet européen Effort “Ecology

from Farm to Fork Of microbial drug Resistance and Transmission” en prenant en charge la

collecte et la préparation des échantillons de viandes à la distribution dans le cadre du Work

Package 1.

8.2. Recherches associées

Recherches associées auxquelles le LNR a participé dans l'année: participations à des

études cliniques, études d'incidences, modèles d'infections expérimentales, études

toxicologiques, essais vaccinaux...

sans objet

12

9. Relations avec le CNR

Existence d'un CNR dont le mandat recouvre au moins en partie celui du LNR

Oui

Intitulé du CNR

CNR Résistance aux antibiotiques

Organisme porteur du CNR

Laboratoire de Bactériologie du Pr Plésiat (CHRU de Besançon)

Rencontre organisée dans l'année avec le CNR

oui

Collaboration avec le CNR dans le cadre de la surveillance

sans objet

Collaboration avec le CNR dans le cadre de projets de recherche

sans objet

Autres collaborations avec le CNR, le cas échéant

sans objet

10. Autres mandats

Le LNR détient d'autres mandats de référence dans le même domaine de compétences

Non

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Annexes

- Publications de l'année destinées aux professionnels (Les publications qui figureront

dans le rapport doivent être sous presse ou publiées.)

Marault, M., Itié-Hafez, S., Morel, V., Berta-Vanrullen, I., Granier, S.A., Born, C., and Danan, C. (2016). Surveillance programmée de la contamination par Salmonella spp. des viandes fraîches de volaille au stade de l’abattoir et de la résistance aux antibiotiques des souches isolées en 2014. Bulletin épidémiologique, Santé animale - Alimentation http://bulletinepidemiologique.mag.anses.fr/.

- Publications scientifiques internationales de l'année (Les publications qui figureront

dans le rapport doivent être sous presse ou publiées.) Perrin-Guyomard, A., M. Bruneau, P. Houee, K. Deleurme, P. Legrandois, C. Poirier,

C. Soumet, and P. Sanders. 2016. "Prevalence of mcr-1 in commensal

Escherichia coli from French livestock, 2007 to 2014." Euro Surveill 21 (6).

doi: 10.2807/1560-7917.ES.2016.21.6.30135.

- Communications nationales de l'année (Les publications qui figureront dans le rapport

doivent être sous presse ou publiées.)

Granier, Sophie A., Sabine Itié-Hafez, Claire Yvon, Emeline Cherchame, Muriel

Marault, Agnès Chamoin, David Albert, Corinne Danan, and Agnès Perrin-

Guyomard. 2016. "1er Plan de surveillance français sur la présence d'E. coli

BLSE/AmpC/carba dans les viandes bovines et porcines." 36ème RICAI

(Réunion Interdisciplinaire de Chimiothérapie Anti-Infectieuse), Paris (France),

12-13 décembre 2016.

- Communications internationales de l'année (Les publications qui figureront dans le

rapport doivent être sous presse ou publiées.)

- Conférences sur invitation dans l'année (Les publications qui figureront dans le

rapport doivent être sous presse ou publiées.)

Granier, Sophie A. 2016a. "The emergence of mcr-1 in Salmonella and E. coli." Oral Workshop EURL Antimicrobial Resistance Lyngby, Danemark, April 2016.

Granier, Sophie A. 2016b. "Update on colistin resistance " 6th AMR meeting of the Scientific Network for Zoonoses Monitoring Data, EFSA, Parma, Italy, 11 november 2016.

Kempf, Isabelle. 2016. "Antibiorésistance de Campylobacter en filières avicoles et

porcines. " Journée d’information et d’échanges sur Campylobacter (ISPAIA,

Ploufragan, France), 22 novembre 2016

Kempf, Isabelle., Jouy, Eric, Baron, Sandrine. 2016. Transmission of antimicrobial

resistance in animals and in the environment. Résistance aux antibiotiques :

une approche intégrée de l'environnement à l'Homme (Romainville ,France,

Adebiotech), 16-17 mars 2016.

14

Perrin-Guyomard, A. (2016). "Surveillance européenne de la résistance aux

antibiotiques chez les animaux de rente : résultats de la France en 2015".

Journée Anses- Antibiorésistance en santé animale et dans l'environnement,

16/11/2016, Organisation mondiale de la santé animale (OIE), Paris, France.

https://www.anses.fr/fr/system/files/RSC-Co-161116Perrin.pdf