RAPPORT D’ACTIVITES DU LMI PATHO-BIOSpatho-bios.com/images/Compte_rendu/Comite suivi/Rapport Activites... · -Rapport d’Activités-2ème comité de suivi du LMI Patho-Bios, Kamboinsé

-Rapport d’Activités-2ème comité de suivi du LMI Patho-Bios, Kamboinsé les 29 et 30 Janvier 2015

1

RAPPORT D’ACTIVITES DU LMI PATHO-BIOS

Janvier 2014-Décembre 2014

2ème Comité de suivi du LMI Patho-Bios, Kamboinsé les 29 et 30 Janvier 2015

SOMMAIRE


2

SOMMAIRE

1-Création et Objectifs du LMI p 3

2- Organisation et aménagement du LMI (www.patho-bios.com) p 4

3-Participation IRD et INERA p 5

4-Financement et appels d’offres p 6

5- Sciences et prospectives : axes de recherches, tableau des différents projets –plateforme du LMI p 11

6- Formation p 12

7- Communication p 16

8-Publications p 21

9-Les Productions du LMI p 21

10–Recommandations du comité de suivi et des invités p 22


3

1-Création et Objectifs du LMI

Le LMI Patho-Bios « Observatoire des agents phytopathogènes en Afrique de l’Ouest : Biodiversité et Biosécurité » (www.patho-bios.com) a été créé le 4 avril 2013. Il a été formellement ouvert avec l’arrivée de deux expatriés, Christophe Brugidou (DR-IRD) et Martine Bangratz (IE-IRD) au Burkina Faso en septembre 2013. Le premier comité de suivi et l’inauguration du LMI ont eu lieu le 31 janvier 2014. Le LMI a été créé sur une proposition de deux partenaires, l’IRD et l’INERA. Le projet, bien que centré sur le Burkina Faso avec deux sites de l’INERA, ( à Ouagadougou et à Bobo-Dioulasso) a une vocation régionale avec les organismes de recherche nationaux de la sous-région (Université de Lomé au Togo, CNRA et Universités Cocody et Abobo-Adjamé en Côte d’Ivoire, l’Université de Bamako (FAST) Mali, l’IER Mali, AfricaRice Center Bénin Sénégal et Tanzanie, le CSIR-CRI au Ghana et ITRAD au Tchad. De plus, il est associé aux deux LMI impliqués dans les interactions de la Plante avec son environnement. Ils sont localisés au Sénégal: LAPSE et IESOL. L’association avec les Universités de Ouagadougou (Pr N Barrot), St Thomas d’Aquin (Pr J Simporé), les Universités Polytechniques de Dédougou et de BoboDioulasso (Pr I Somda) est en cours au travers de conventions entre le LMI et ces Universités. Au cours de l’année 2014, le LMI s’est agrandit en s’associant à d’autres laboratoires de l’INERA de Kamboinsé : le laboratoire de Phytopathologie (E Zida/P Sérémé), le laboratoire d’entomologie (N Souleymane) et le laboratoire de génétique /amélioration variétale des plantes à tubercules (S Koussao) Annexe1.

Le Directeur du LMI est le Dr Oumar Traoré et le co-Directeur Christophe Brugidou. L’organigramme du LMI est présenté en annexe 1, la liste des personnes permanentes en annexe 2, et la liste des étudiants en accueil sur les plateformes du LMI est présentée dans l’annexe 3.

L’objectif du projet est de mettre en place un observatoire des agents phytopathogènes en Afrique de l’Ouest en développant dans un premier temps, sur le riz, l’expertise et les outils nécessaires aux domaines de la virologie, bactériologie, nématologie, entomologie et de renforcer la formation du personnel dans les domaines suivants: phytopathologie, épidémiologie moléculaire, résistance, contournement des résistances, et bioinformatique. De façon plus spécifique, l’objectif du LMI vise à caractériser et à étudier la diversité des pathogènes, et la biosurveillance des agents pathogènes en relation avec les changements globaux notamment climatiques. Par ailleurs, ce projet associé au laboratoire régional de biosécurité financé par l’UEMOA (en cours d’installation sur le même site de Kamboinsé) permettra de développer des synergies en recherche et formation dans les domaines des OGM (Biosécurité) et de la biosurveillance des pathogènes. Enfin, ce LMI sera un élément dynamique dans l’exploration des applications en Biotechnologie à partir des connaissances acquises sur les pathogènes.

La composition des comités de tutelle, de suivi et de Direction du LMI ainsi que les invités de ce deuxième comité de suivi sont présentés en Annexe 2. Le choix des personnes invitées a été fait pour mettre en avant d’une part le réseau des LMI au niveau national avec le LMI LAMIVECT et au niveau régional avec les LMIs LAPSE et IEOSOL et d’autre part nos collaborations actuelles et futures du LMI au niveau régional avec le CNRA et l’université Félix Houphouët-Boigny de Côte d’Ivoire et l’Université de Bamako au Mali.


4

2- Organisation et aménagement du LMI (www.patho-bios.com)

Au cours de cette première année, nous avons porté notre effort sur le réaménagement et les travaux des deux laboratoires qui accueillent le LMI, à savoir le laboratoire de Virologie et de Biotechnologies Végétales à Kamboinsé et le laboratoire de la Protection Végétale de Bobo-Dioulasso.

Au Laboratoire de Virologie et de Biotechnologies Végétales de l’INERA de Kamboinsé, pour travailler dans de bonnes conditions et assurer un bon accueil au sein du LMI, nous avons :

- installé un polytank et un suppresseur pour assurer la disponibilité de l’eau dans les laboratoires au 1er étage. - demandé à ce que le centre de l’INERA prenne en charge la réparation du groupe électrogène défectueux pour faire face aux coupures de courant - transformé un bureau en une salle dite « de révélation » avec une chambre noire (construction de paillasses, installation d’un évier, cloison…..) - transféré les expérimentations avec le bromure d’éthidium (CMR) dans la salle de révélation. - réaménagé les laboratoires du rez-de-chaussée avec la construction de nouvelles paillasses. - réaménagé la salle d’accueil des étudiants/partenaires : installation de nouveaux bureaux - assuré le rafraîchissement des locaux : peinture intérieure (laboratoires et bureaux) et peinture extérieure de tout le bâtiment - assuré la réparation des équipements défectueux (centrifugeuse, étuve, bain-marie) - financé l’achat de nouveaux équipements : machine PCR et pipettes.

A Bobo-Dioulasso, l’acquisition d’un nouveau laboratoire a permis un redéploiement des activités et une meilleure organisation.

Ainsi, nous avons aujourd’hui des plateformes fonctionnelles:

A Kamboinsé : une plateforme Biologie Moléculaire – Diagnostique (virus / champignons) et une plateforme de production et d’analyse des protéines

A Bobo-Dioulasso : une autre plateforme de Biologie Moléculaire - Diagnostique (bactéries / nématodes)

L’INERA a apporté son soutien au LMI, notamment en réalisant un nouveau forage sur le site de Kamboinsé pour assurer l’approvisionnement en eau de la station. Il reste pour le LMI à réaliser la connexion avec ce forage. Aussi, le groupe électrogène a été réparé, il est en cours de raccordement avec le laboratoire LVBV de Kamboinsé. Enfin, une expertise a été demandée à la DSI de l’IRD via la représentation de l’IRD à Ouagadougou pour améliorer la connexion et le débit internet qui est défectueux sur la station de Kamboinsé.

La représentation de l’IRD de Ouagadougou nous a mis à disposition deux salles pour accueillir des chercheurs et des étudiants, organiser des rencontres, des réunions. Une convention d’accueil entre l’INERA, le LMI et l’IRD est signée (304700/00). De même, elle a mis à disposition une voiture dédiée aux activités du LMI et des 4X4 seront disponibles à Bobo-Dioulasso et à Ouagadougou pour réaliser les missions sur le terrain (prospections).

Pour 2015, nous porterons plus particulièrement nos efforts sur le réaménagement des serres, et des parcelles d’expérimentation à Kamboinsé.


5

3-Participation IRD et INERA

IRD Participation de l’IRD au LMI patho-Bios

2 (DR et IE) IPME expatriés

3 MLD IPME (3X2 mois, CR et IE)

1VI IPME (8 mois)

1 IR Contrat local IRD

Montpellier IPME (4,2 ETP) et DIADE (0,8 ETP)

• 2 ETP

• 0,6 ETP

• 0,8 ETP

• 1 ETP

• 5 ETP Total : 9,4 ETP

Représentation IRD Burkina Faso

Accueil du LMI Convention d’accueil IRD-INERA du 19/01/2015

Locaux IRD Ouagadougou Surface en m2 : 60 m2

Locaux IRD Bobo-Dioulasso Salle des partenaires

Voiture Ouagadougou Service Garage: 4X4 Mitsubishi

Sur demande 4X4 Toyota (prospections)

Voiture Bobo-Dioulasso Service Garage sur demande 4X4 Toyota (prospections)

Administration Service voyage – Service comptabilité- Service informatique : Visio Conférence, salle de réunion, salle des partenaires.

Internet Service informatique – Charte informatique IRD


6

4-Financement et appels d’offres

• Budget du LMI 2014 (ressources) • IRD

INERA Participation de l’INERA au LMI patho-Bios

INERA Kamboinsé et BoboDioulasso

Chercheurs : 12

IT: 7

19 ETP

Laboratoire d’accueil LVBV Labo Surface: 600 M2, Bureau 350 m2 accueil 2 chercheurs IRD : 16 m2 , fluide, Internet,

Laboratoire d’accueil de la PV

Labo Surface:350 m2

Serres et Parcelles d’expérimentation du CREAF de Kamboinsé

Surface serres : 600 m2

Surface parcelles : 881 m2 x3

Parcelles d’études de l'INERA

Liste des parcelles :

Parcelle d’étude Banfora : 250 m2

Parcelle d’étude Karfiguéla : 250 m2

Parcelles d’étude à Kindi, Nadjala, Léo et Ipendo (centre Ouest) (48 paysans x 600 m2)

Parcelles d’étude à Bani au sahel (16 paysans x 600 m2

Parcelles d’étude à Loumbila et Zorgho (26 paysans x 800 m2)

Parcelles d’étude à Diapendou Fada (Est) (42 paysans x 600 m2) Parcelles d’étude à You, Titao (Nord) 38 paysans x 800 m2)

Moyens techniques et logistique : Deux techniciens s’occupent des essais parcelle d’études dont un à Banfora et l’autre à Karfiguela

Administration Service comptabilité,salle de réunion, navette


7

Enveloppe Origine Description Montant (Euros)

HC186F-1R186-IPPN-LMI Budget IRD Récurrent 40 000 €

HC186I-1R186-IPPN-AI3BF AI3 Action Incitative-IRD Les pathogènes du riz 5 000 €

HC210I-1R210-NV00-SRECDS SREC-IRD Actions Structurantes SREC/ Programme de Recherche

7 000 €

Total 52 000 €

• INERA

Projet Responsable Origine Montant

Projet regional CORAF (Feed the Future)

I Ouedraogo USAID-CORAF 377909 €

Projet PEERS O Traoré/JM LETT AIRD 50000 €

Accueil Regis Longue O Traoré SCAC /Bangui 1829 €

Accueil Innocent Zinga et Mobilité Koala Moustapha

O Traoré PARAAF- PROVEG 3196 €

Projet WACCI E Traoré Université Ghana/WACCI

4800 €

Projet OFAB F Tiendrébéogo OFAB 36000 €

Projet Européen E Zida/J Neya CEE 45734 €/an

Projet FONRID E Zida/J Neya FONRID 15244 €/an

Projet PARRAF O Traoré PARRAF _

• Dépenses Budget IRD


8

Répartition des dépenses du LMI Patho-Bios en 2014

Financement IRD LMI HC186F-1R186-IPPN-LMI et action incitative HC186I-1R186-IPPN-AI3BF AI3

- Missions : Ateliers, organisation, invitation Comité de suivi et Prospections - Aménagements: serres, laboratoires - Fonctionnement: papeterie, produits chimiques, petits consommables, séquençage - Equipements : Pipettes, PCR, lampe UV, bureaux

Pour le financement PPR HC210I-1R210-NV00-SRECDS

- Organisation d’ateliers nationaux (Koudougou et Banfora) - Participation à des rencontres d’échanges avec la fondation BMGF et BecA-ILRI Hub

à Nairobi au Kenya et avec AfricaRice à Cotonou au Benin - Achat de consommables bureautiques : rames de papiers, imprimante etc.

• Appels d’offres (soumis) Actions incitatives-IRD

-Production et évaluation de la forme recombinante de la protéine salivaire Tsgf1 comme biomarqueur commun d’exposition de l’homme et du bovin à la mouche tsé-tsé. Projet déposé dans le cadre des Interactions Plante – Santé à travers la collaboration de deux LMI situés au Burkina Faso: les LMIs Patho-Bios et LAMIVECT (8 000); -Importance du silencing dans la réplication différentielle des segments viraux de phytovirus à génome segmenté: le modèle Nanovirus-Niébé (4 500);

-Equipement Renforcement Plateforme au Sud: Chromatographie pour purification des protéines recombinantes au LMI Patho-Bios. Projet déposé dans le cadre de la plateforme du LMI Patho-Bios pour la production de protéines recombinantes (25 000).

Ambassade du Burkina Faso (SCAC)

Ecole thématique régionale en Bioinformatique Appliquée à la Génomique et Phylogénie - Demande d’une subvention SCAC par les LMI Patho-Bios et Lamivect (4 allers-retours Montpellier/Ougadougou)

Menergep 2

Projet en cours avec les partenaires AfricaRice-IRD-CIRAD et INERA. Proposition pour les collectes de souches de pathogènes, ainsi que dans d’autres activités telles que l’épidémiologie ou les études de terrain sur l’évaluation de la résistance (contournement). Aussi, sur les stratégies de lutte contre les pathogènes du riz, mettant en avant la caractérisation génétique des populations de pathogènes dans le but de déployer des résistances appropriées et durables. Les alternatives à la résistance (gestion de la maladie au champ), ainsi que l’intérêt de développer les études épidémiologiques multi-pathogènes (sans oublier le vecteur) seront aussi abordées.


9

Fondation International pour la Science (IFS)

Etiologie et aspects épidémiologiques des maladies virales de l’oignon, de l’ail et du poireau au Burkina Faso – P. NIKIEMA Evaluation de la stabilité de nouvelles sources de résistances aux Xanthomonas oryzae, agents pathogènes de la bactériose vasculaire et à stries foliaires translucides du riz au Burkina Faso – S ZOUNGRANA Caractérisation et gestion du virus de la nécrose à rayure du riz, un nouveau virus émergent en Afrique de l’Ouest - A. DOUAMBA Identification de composts à effet suppressif des bactéries pathogènes telluriques de la tomate au Burkina Faso - I. DAO

• Appels d’offres soumis et acceptés SREC

Action structurante SREC/Pilier programme de recherche (D Sérémé):

Sustainable improvement of rice production in West Africa by integrated viruses management using innovating technology in climate change context.

Agropolis–Capes (France – Brésil et Burkina Faso)

Developpement of plant biorectors and amplicon /VIGS technology in Monocots (Rice and Maize) S Lacombe/M Fatima/D Sérémé

Agropolis-Open Science

-PAthogen-Informed sustainable resistance of cassava against Xanthomonas, PAIX (B Szurek (IPME), I Wonni)

-VIRUS-Bacteria Interactions in African Rice Fields (VIRBIARF): Insights into molecular mechanisms and evolutionary consequences of within-plant multiple infections, Within-plant virus-bacteria interactions (C Tollenaere (IPME) D Sérémé et I Wonni) -Sustainability of Rice resistance to RYMV (Rice yellow mottle virus), SURvEY (L Albar (DIADE), D Sérémé , E Traoré ,O Traoré) International training network for tropical plant health management Plant health training network-Pr Poussier Stéphane, Pr Claire Neema, BGPI, Université de la Réunion- Open Sciences » training and higher Education » - “Training and higher Education »International Master in Tropical Biotechnology, IMTP-Open Sciences » ( A Le Quéré LSTM).

Agropolis Pré-projet Etendard

Monitoring and predicting plant epidemics to improve epidemiosurveillance networks Plant epidemiosurveillance" (Claire Neema-BGPI).

IRD Action Incitative Les pathogènes du riz, prospections et mise en place des parcelles d’étude


10

Bill and Melinda Gates (BMGF)

West African Virus Epidemiology (WAVE) for Root and Tuber Crops -Fidèle Tiendrébéogo coordonnateur national de WAVE Burkina Faso. Le projet « West African Virus Epidemiology (WAVE) for Root and Tuber Crops » est un projet régional regroupant plusieurs pays d’Afrique de l’Ouest (Côte d’Ivoire, Nigéria, Ghana, Burkina Faso, Bénin et le Togo) avec des partenaires du Royaume Uni et des Etats Unis (Rothamsted Research, University of Cambridge et Pennsylvania State University). Ce projet est retenu pour être financé par la Fondation Bill et Melinda Gates (BMGF). Dr. Fidèle Tiendrébéogo, coordonnateur national de WAVE Burkina Faso, est bénéficiaire de ce projet.

WAAPP

Prospection et collecte d’échantillons de manguiers attaqués par la bactériose (Xanthomonas citri pv. Manguiferae indicae) dans 5 pays membres du PPAAO/WAAPP (L Ouedraogo, I Wonni).

Agence Internationale de l’Energie Atomique (AIEA)

Use of nuclear techniques for improvement of rice yield and quality for sustainable rice production under abiotic and biotic conditions (seconde étape en cours) (D Sérémé).

Ambassade du Burkina Faso (SCAC) Prise en charge de 2 invitations pour le Comité de suivi du LMI (Pr O Koita Université de Bamako, Mali) et Pr D Koné (Université Felix Houphouët Boigny, Côte d’Ivoire).

• Bourses Moustapha KOALA : Le virus de la panachure jaune du chiendent (IYMV): caractérisation pathogénique, moléculaire et aspects épidémiologiques. Mission Octobre – Décembre 2014 dans l’équipe IPPS sous la direction de Florence Vignols. Cette mission s’inscrivait dans le cadre d'un projet visant à identifier des partenaires recrutés par des effecteurs de nématodes et de virus chez le riz, l'équipe IPPS associée au LMI Patho-Bios a accueilli à partir du 1er Octobre 2014 dans les locaux de l'IRD de Montpellier, Mr Moustapha Koala, doctorant à l'INERA, pour une formation de 3 mois en biologie moléculaire et interactomique (double hybride dans la levure). Cette formation, financée en grande partie par le consortium Capes (Brésil)/Fondation Agropolis (France), reçoit également le soutien financier de l'Ambassade de France au Burkina Faso via l'attribution d'une bourse SCAC à Mr KOALA. Un deuxième séjour de Mr KOALA à Montpellier est prévu en 2015. M. Alassane OUATTARA est lauréat de la bourse AIRD-CIRAD/Doctorant du Sud 2014. Son projet de thèse intitulé « Epidémiologie moléculaire des bégomovirus responsables de maladies émergentes sur les cultures maraîchères au Burkina Faso » se déroulera en cotutelle entre l’Université de Ouagadougou (Burkina Faso) et l’Université de La Réunion (île de La Réunion, France). F Tiendrébéogo, JM Lett, C Brugidou, P Lefeuvre, F Chiroleu, O Traoré. Résumé du projet : La plupart des pays du sahel ont adopté une politique d'intensification des cultures de contre saison pour faire face à la situation d’insécurité alimentaire devenue récurrente dans un contexte de changement climatique. Les plantes maraîchères représentent la majorité de ces cultures de saison sèche et offrent des produits contribuant à l'équilibre alimentaire, et à la génération de revenus pour de nombreux petits producteurs. Depuis plusieurs années, des cultures maraîchères sont affectées par de nombreuses maladies virales émergentes liées


11

aux populations de mouches blanches vectrices de virus dont le genre des bégomovirus. L’objectif de ce projet de thèse est de comprendre les aspects épidémiologiques majeurs de ces maladies afin de proposer des méthodes de gestion durable. Un corpus représentatif d’isolats viraux collectés sur les principales cultures maraîchères que sont le gombo (Abelmoshus esculentus), les piments (Capsicum annuum et Capsicum frutescens), la tomate (Lycopersicon esculentus), les aubergines (Solanum melongena et Solanum nigrum) et sur des plantes adventices sera constitué pour une caractérisation pathogénique et moléculaire. Parallèlement, les principales données épidémiologiques (incidence, sources d’infection, distribution spatio-temporelle, biotypes de vecteurs, impact sur le rendement, sources de résistance/tolérance) seront déterminées. Ce projet permettra de décrire la diversité génétique des bégomovirus impliqués, et de générer des connaissances utiles pour (1) dégager des recommandations de lutte à court terme, et (2) développer à long terme des moyens durables de lutte intégrée.

• Soutien du LMI pour ses étudiants

Participation à Thiès de Gilles Thio à la formation Génomique et amélioration des plantes: phénotypage à grande échelle et utilisation des nouvelles technologies de séquençages (NGS) pour l’analyse génétique et la sélection (du 24 Novembre au 05 Décembre 2014).

5- Sciences et prospectives : axes de recherches, tableau des différents projets –plateforme du LMI

Les activités de recherches du LMI sont divisées en 6 grands axes, l’axe portant sur

Riz associé au programme Riz de l’INERA est l’axe qui regroupe le plus grand nombre de projets. C’est aussi cet axe qui a été à l’origine de la création du LMI Patho-bios. Les projets qui font l’objet d’une présentation orale apparaissent surlignés en gris (voir les résumés scientifiques en annexe 5, les étudiants travaillant sur les plateformes du LMI annexe 4, et annexe 3). Axe 1: Recherches sur les Céréales Traditionnelles

• Sorgho/champignon/ E Zida, Z Nitiéma –Université ACRA/AGRA/LMI • Sorgho/Striga D Yonli, Catherine-Melinda B & Gates (en cours)/LMI • Maïs/virus: IYMV/D Sérémé, M Koala, O Traoré/ SCAC, PARRAF, LMI, WAAPP

Axe 2: Recherches sur leRiz et la riziculture

• Virus: RYMV (Diversité, cartographie des souches RYMV au Burkina Faso, résistance, durabilité, Gestion RYMV, transmission RYMV par les semences)/ CORAF, Open sciences), RSNV (diversité/ vecteur polymyxa graminis(un étudiant master en cours) E Traoré (AGRA), D Sérémé (PEARLS en cours, Projet AIEA dont la note conceptuelle a été acceptée et le full Project est soumis, C Brugidou, S Lacombe, M Bangratz, O Traoré, R Longue, I Ouédraogo

• Bactériologie : BLB, BLS, Bulkholderia /I Wonni/ L Ouédraogo Agropolis Open sciences -LMI

• Pyriculariose: I Ouédraogo- A Kassankogno-SCAC-CIRAD-AfricaRice-Menergep2-LMI • Nématologie: A Konaté –SCAC- • Entomologie: phénotypage/ insectes ravageurs// insectes vecteurs (aspects

épidémiologiques) S Nacro


12

• Multipathogènes, Parcelles d’Etude: C Tollenaere, C Brugidou, I. Ouédraogo, D Sérémé/ Agropolis open sciences-Menergep2.

Axe 3: Recherches sur les Cultures maraîchères, fruitières, et à tubercules

• Géminivirus, Bégomovirus (F Tiendrébéogo, E Traoré, A Ouattara, E Tibiri, K Somé (AGRA), O Traoré): tomate, poivron, patate douce, manioc- Bill et Melinda Gates, bourse thèse CIRAD. Projet de recherche stratégique, Gestion intégrée des nuisibles de la tomate (CNS-FL/WAAPP)

• Xanthomonas, Ralstonia (I Wonni, L Ouédraogo) • Fusarium spp, champignons responsables de la déformation de la mangue (I.

Ouédraogo/ CNS-FL/WAAPP)

Axe 4 : Recherches sur les Cultures des oléagineux

• Virus/niébé: J Neya, P Essowe, O Traoré (CIRAD-SCAC-LMI) AIEA (virus Voandzou –Niébé-/ développement et transformation du niébé en Afrique de l’Ouest Mali et Bénin.

• Champignons/niébé/sésame: E Zida, I Thio (amélioration de la culture phytosanitaire du sésame au Burkina Faso) –LMI-Résistance variétale du Niébé (Thio, bourse WAAPP).

Axe 5 : Recherches Biotechnologiques

• Protéines recombinantes : 1. Production d’enzymes de laboratoire, cas de la Taq Patho-Bios (M Bangratz) 2. Production d’anticorps (M Bangratz, JP Brizard) 3. Protéines d’intérêt : cas protéine salivaire/THA, AI-IRD- protéines insecticides (D Sérémé, M Bangratz, JP Brizard, S Lacombe) / Agropolis -Capes-Brésil- 4. Vecteurs viraux (D Sérémé, C Brugidou, S Lacombe, M Bangratz)-Agropolis-Capes

• Diagnostic : FONRID et UEMOA (en cours de préparation pour 2015) 1. Tests bandelettes (M Bangratz) 2. Tests multiplex-PCR (C Tollenaere, M Bangratz, D Sérémé), Développement de PCR multiplex pour le diagnostic des principaux virus infectant la tomate (Sujet de Master soumis au CNS FL/WAAPP)

• Résistance RNAi (en cours pour 2015, Projet de Doctorat en Biotechnologie

soumis au CNS-FL/WAAPP) Cibles : les virus du riz, tomate, patate douce et manioc

Axe 6 : Formation et Animation Scientifique

• Modules de master en sécurité alimentaire-Universités de Bobo-Dioulasso et Ouagadougou (voir pré-projet formation) C. Brugidou

• Ateliers TP et TD au LMI Patho-Bios (voir pré-projet formation) (C Brugidou et M Bangratz, MLD)

• Atelier Diagnostic /réseau PARRAF (E Traoré-O Traoré)

6- Formation

• Les Ateliers du LMI (www.patho-bios.com)


13

Depuis son ouverture, le LMI a organisé plusieurs ateliers, avec des effectifs variables d’étudiants, de techniciens, et de chercheurs de Ouagadougou, Dédougou et Bobo-Dioulasso. Tous les ateliers ont rencontré un franc succès. Une attestation a été chaque fois délivrée à l’issue du stage par les formateurs du LMI.

Formation SIG « Initiation au Système d’Information Géographique » a été assurée par Dr Emmanuel BONNET, enseignant-chercheur en accueil à l’ UMI RESILIENCES 236 à Ouagadougou. Les chercheurs de l’INERA de Ouagadougou (11), de Bobo-Dioulasso (5), de l’Université de Ouagadougou (5) et des chercheurs IRD (2) ont pu s’initier à la cartographie à l’aide du logiciel ArcGIS10.1. Ainsi des données (identification de pathogènes, population, isolat, race etc..) concernant les pathogènes seront géoréférencées sur le terrain, lors des activités de prospections et de collectes.

Formation « Analyse des protéines » au LVBV à Kamboinsé du 31 Mars au 3 Avril 2014 et du 24 au 27 Novembre 2014 (dizaine de personnes). L’objectif de la formation était de fournir les connaissances de base sur les techniques d’analyse des protéines et de ses applications notamment pour le diagnostic. Formateurs : JP Brizard IE IRD en MLD et M Bangratz IE-IRD.

Formation en Biologie Moléculaire au LVBV à Kamboinsé tenue du 17 au 21 Novembre 2014 (quinzaine de personnes). Objectifs : -Approfondir les connaissances des techniques de Biologie moléculaire applicables au diagnostic (notamment la technique PCR) - de sensibiliser les stagiaires à la rigueur et aux bonnes pratiques de laboratoire. La partie théorique est complétée par des travaux pratiques et des exercices. Formateurs : M Bangratz IE-IRD et S Lacombe CR2-IRD, MLD. Atelier « Répondre aux appels d’offres » du 8 et 9 juillet à Kamboinsé (tous les chercheurs du LMI). Atelier du LMI Patho-Bios sur nos capacités à répondre aux appels à projets des institutions et fondations. Les institutions visées sont: UEMOA, CORAF, FONRID, et La fondation BILL et MELINDA GATES. L’objectif était d’améliorer nos chances de réussite en réponse aux appels à projet à travers des projets bien ciblés.

Atelier « Parcelles d’étude » à Farako-Bâ, le 14 Juillet 2014 (quinzaine de personnes) L’objet de cet atelier était d’échanger sur le concept des ‘parcelles d’étude’ et de leur mise en œuvre. Ces parcelles d’étude sont prévues dans le cadre des activités du Laboratoire Mixte International (LMI) Patho-Bios. Formation d’un Ingénieur de l’IRD-Bobo : Mr Douanio Manaka a suivi une formation d’un mois au laboratoire de la Protection des Végétaux à Bobo-Dioulasso en Bactériologie et biologie moléculaire. Une demande de formation de deux mois a été soumise cette année pour une formation en virologie moléculaire et biotechnologies. En 2015, nous pensons faire deux sessions pour les formations en Analyses de Protéines et en Biologie moléculaire, une au printemps et l’autre à l’automne en fonction de la présence des formateurs (affectation et MLDs). Aussi nos ateliers seront ouverts aux chercheurs, techniciens des Laboratoire National de Santé Publique et Laboratoire de Biologie Moléculaire et de Génétique LABIOGENE. Il est prévu aussi avec le réseau PARRAF Proveg d’organiser un atelier Diagnostic.

Nous souhaiterions aussi, avec le LMI LAMIVECT organiser une Ecole régionale en Bioinformatique Appliquée à la Génomique et la phylogénie, demande de financement en cours (SCAC, IRD, autres).


14

• Les Enseignements

Cette partie est en cours de construction, nous sommes en train de finaliser les conventions entre le LMI et les Universités de Ouagadougou et de Bobo-Dioulasso et aussi, St Thomas d’Aquin (Coordinateurs F Tiendrébéogo et C Brugidou). Nous réfléchissons avec nos partenaires à un enseignement ou à un renforcement de modules existant dans les domaines de la phytopathologie, amélioration des plantes, bioinformatique et des biotechnologies. Nous proposons à ce que nos ateliers LMI soient intégrés dans des modules d’enseignement comme TP et TD.

Nous participons aussi comme les deux autres LMI (IEOSOL et LAPSE) à la mise en place d’un Master « sécurité alimentaire » en Afrique de l’Ouest avec l’ex AIRD.

Enseignement Pédagogique

COURS NIVEAU/BENEFICIAIRES VOLUME HORAIRE

CHERCHEUR - ENSEIGNANT

Conservation des produits agricoles

Ingénieurs – Collège Agricole Polyvalent de Matourkou/ Bobo-Dioulasso

30 h OUEDRAOGO Ibrahima

Génomique & Biotechnologies Ingéniorat et Master II Université Polytechnique Bobo Dioulasso

40h SEREME Drissa

Biotechnologie Générale Master I– Centre Universitaire Polytechnique de Dédougou

30h SEREME Drissa

Biotechnologies Agricoles Master II– Centre Universitaire Polytechnique de Dédougou

48h SEREME Drissa

Introduction à la bioinformatique

Université Catholique d’Afrique de l’Ouest (UCAO)

10h TRAORE Oumar

Introduction à la bioinformatique

Université de Ouagadougou, UFR/SVT

24h TRAORE Oumar

Traitements antiviraux Université Catholique d’Afrique de l’Ouest (UCAO)

36h TRAORE Oumar

Traitements antiviraux Université Catholique d’Afrique de l’Ouest (UCAO)

36h TRAORE Oumar

Méthodes générales de lutte contre les insectes ravageurs: lutte culturale, résistance variétale et lutte intégrée

Master I- Professionnel -Université de Ouagadougou

NR NACRO Souleymane

Stratégies de gestion intégrée des insectes ravageurs des cultures

Master II-Professionnel- Université de Ouagadougou

NR NACRO Souleymane

Entomologie appliquée: cas du riz

Master II-Professionnel- Université de Ouagadougou

NR NACRO Souleymane


15

Introduction à la bio-informatique

Master II-Université de Ouagadougou-

12h TIENDREBEOGO Fidèle

Biologie moléculaire Master II-Université de Ouagadougou-


Virologie générale L3-Université de Ouagadougou-


Bactériologie végétale Master 2-Université de Ouagadougou

NR OUEDRAOGO Léonard

Bactériologie végétale DEA, Université Polytechnique de Bobo-Dioulasso


Phytopathologie Ingénieur d’Agriculture-CAP Matourkou


Conservation et production des produits maraîchers et tubercules

Master CELCOSE-Université de Ouagadougou-

10h SOME Koussao

Techniques d’amélioration des tubercules (pas encore débuté donc en prévision)

Master-Université de Ouagadougou-

NR SOME Koussao

NR : Non Renseigné

Encadrement des étudiants (Mémoires)

Niveau Nom de l’étudiant Encadreurs LMI

01 Ingénieur/IDR- UPB Adjessi Videre Mokpokpo

OUEDRAOGO Ibrahima

01 Ingénieur/CUPD-Dédougou Douamba Arnaud SEREME Drissa 01 Doctorat- RABIOTECH-Université Ouagadougou

Koala Moustapha SEREME Drissa/TRAORE Oumar

01 Master-Université de Ouagadougou Bamogo Kader SEREME Drissa/LACOMBE Sévérine

01 Doctorat- Université de Lomé Palanga Essowè NEYA Bouma James 01 Doctorat-Université de Bangui, RCA Regis Longué TRAORE Oumar 01 Doctorat-Université de Ouagadougou Ouattara Alassane TRAORE Oumar 01 Doctorat-Université de Ouagadougou Zara Nitiema ZIDA Elisabeth /SEREME P 01 Doctorat-Université de Ouagadougou Thio Gilles ZIDA Elisabeth /SEREME P

03 Ingénieur d’agriculture- Centre Agricole Polyvalent (CAP) Matourkou

Boro Fousseni Zemba Raymond Sanogo Lamoussa

WONNI Issa/ OUEDRAOGO Léonard

02 Master 2-Université de Dédougou Zougrana Sylvain Dao Issouf

WONNI Issa/OUEDRAOGO Léonard WONNI Issa/OUEDRAOGO Ibrahima

01 doctorant-Université de Ouagadougou Zombré Cyrille OUEDRAOGO Léonard

02 Master- Université de Ouagadougou Ouada Nébié Gmakouba Junior

SOME Koussao

02-Ingenieur –CAP de Matourkou Koala Zimba

SOME Koussao

Formations


16

Bénéficiaires

Demandeur (structure) Thèmes de formation Dates de

formation Chercheurs

Producteurs PIGEPE Production et Maladies de la patate douce

12/2013 Koussao SOME Edgar TRAORE

Producteurs CIPE Maladies de la patate douce 02/2014 Fidèle TIENDREBEOGO

Producteurs CIPE Production de la patate douce

01/2015 Koussao SOME

Producteurs CORAF/FtF Reconnaissance des maladies du riz

10/2014 Issa WONNI/Léonard OUEDRAOGO

Ingénieur : Manaka Douanio

IRD Biologie Moléculaire 08/2014 Issa WONNI

Etudiant Master 2 : Touré Howelé Michaelle

Université Félix Houphouët Boigny

Caractérisation des Xanthomonas axonopodis pv. manihotis, bactérie responsable de la bactériose du manioc

10/2014 Issa WONNI/Léonard OUEDRAOGO

Producteurs U-E Alba

le traitement des semences avec des extraits botaniques à Diapangou , Ipendo, Kindi, Nadiala, Bani et You dans le cadre du projet UE- alba.

8/2014 NEYA B. James /ZIDA P. Elisabeth

Producteurs ODE

sur les techniques de production de grain et de semences de niébé

5/2014 NEYA B. James /ZIDA P. Elisabeth

Inspecteurs des semences

Ministère de l’agriculture

Les maladies du niébé transmises par graines : Diagnostique et méthodes de lutte

20-25 01/14

NEYA B. James /ZIDA P. Elisabeth

7- Communication

Nous avons mis la priorité pour la création du site Web du LMI (www.patho-bios.com), outil indispensable pour nous faire connaître et montrer aux bailleurs de fond nos activités et nos équipements. Ce site est pour l’instant en Français, il y aura prochainement une version simplifiée en Anglais. Ce site a été créé et animé bénévolement par Bruno Reyser. Nous avons aussi édité une plaquette en anglais et réalisé un power point simplifié de présentation du LMI en anglais pour que chacun puisse dans ses déplacements faire connaître le LMI. Des cartes de visite pour les différents chercheurs sont en cours de fabrication.

• Les séminaires du LMI

Le mardi matin est réservé pour les séminaires lesquels font l’objet d’une large diffusion au sein de la communauté scientifique (INERA, Universités). Les étudiants, chercheurs, invités présentent leurs travaux 30-45 minutes suivis d’une discussion avec l’assistance. Le responsable de l’organisation des séminaires est D Sérémé.

16 janvier 2014 : WAONGO Antoine, doctorant a présenté son sujet de Thèse intitulé «Etude bioécologique de Rhyzopertha dominica (Coléoptère: Bostrichidae) et son impact dans les stocks de sorgho au Burkina Faso».


17

23 janvier 2014 : TRAORE Fousséni, doctorant a fait une pré-soutenance de sa Thèse intitulée « Etude de la bioécologie de Maruca vitrata Fabricius (Lepidoptera : Crambidae), foreuse des gousses de niébé (Vigna unguiculata (L.) WALP.) à l’ouest du Burkina Faso».

28 janvier 2014 : ZIDA W.F.M. Serge, étudiant en Master a présenté son sujet de Mémoire intitulé : « Identification de marqueurs moléculaires liés au gène de résistance à la race 1 de Striga gesnérioides (will.) Vatke. chez le niébé (Vigna Unguiculata(L walp.) »

18 mars 2014 : Zara Soutonnoma Nikiema, étudiant en Thèse au Labo de Phytopathologie, a présenté son projet de recherche intitulé : « Amélioration génétique du Sorghum bicolor (L.) Moench pour la résistance à Colletotrichum sublineolum (P.) Henn (anthracnose du sorgho) au Burkina Faso ».

25 Mars 2014 : THIO Gilles, doctorant en Génétique et Amélioration des Plantes au Labo de Phytopathologie de Kamboinsé, a présenté son protocole de recherche intitulé : « Amélioration génétique de la résistance du niébé (Vigna unguiculata (L.) Walp) à la maladie des taches brunes (Colletotrichum capsici) au Burkina Faso».

8 Avril 2014 : TRAORE Valentin Edgar, doctorant en Génétique et Amélioration des Plantes au Labo de Virologie et de Biotechnologies Végétales de l’INERA-Kamboinsé, à fait une pré-soutenance de sa Thèse de Doctorat intitulée : « Marker assisted selection for rice yellow mottle virus resistance in farmers ‘preferred rice varieties in Burkina Faso».

21 Mai 2014 : Dans le cadre de la coopération entre le Burkina Faso et l'Agence Internationale de l'Energie Atomique, Dr Soeranto, chercheur au Center for Application of Isotopes & Radiation-National Nuclear Energy Agency (BATAN) en Indonésie, effectue une visite scientifique à l'INERA du 19-23 mai 2014. A cette occasion, il a donné une conférence intitulée: «Use of nuclear energy in Agriculture: Sorghum Mutation Breeding and Development».

27 Mai 2014 : Dans le cadre de la collaboration entre l’INERA et l’Université de Bangui, Dr Innocent ZINGA, enseignant-chercheur au laboratoire des sciences biologiques et agronomiques pour le Développement (LASBAD), effectue une visite scientifique au Labo de virologie et de biotechnologies végétales. A cette occasion il a présenté les activités de recherche du LASBAD «Axe de recherches du LASBAD: Projets et expertises».

21 octobre 2014 : Monsieur OUATTARA Alassane: «Caractérisation moléculaire de bégomovirus responsables de maladies émergentes chez les cultures maraîchères au Burkina Faso».

30 octobre 2014 : Dr Jean-Michel LETT (CIRAD - UMR PVBMT) «Diversité, Évolution et Émergence des phytovirus à transmission vectorielle: La chronique des géminivirus».

11 novembre 2014: Dr Séverine Lacombe (CR2-IRD): «La course aux armements défense / contre-défense entre le riz et ses virus pathogènes : cas du gène silencing et de sa suppression».

• Invitation, Congrés, Workshop, Visites et Média


18

Invitation, Congrés, Workshop

C. Brugidou-Présentation du LMI Patho-Bios aux Journées du LAPSE (18-19 Février) Dakar.

C. Brugidou-Réunion SREC LMI Patho-Bios, IEOSOL, LAPSE (20 Février) à Dakar : Organisation d’un réseau LMI (Patho-bios, IEOSOL, LAPSE) sur les relations plantes –environnement et productivité.

Conférence dispensée par Dr Christophe Brugidou le 6 mars 2014 à l’Université de Ouagadougou sur « l’Application des biotechnologies dans la gestion des pathogènes de plantes et production de protéines d'intérêts ». Déjeuner-débat organisé par l’OFAB-Burkina Faso (Institut de l'Environnement et de Recherches Agricoles (INERA) et la Fondation Africaine pour les Technologies Agricoles (AATF). Conférence dispensée par Dr. Edgar TRAORE à l’INERA de Kamboinsé le 27 août 2014 sur l’utilisation des biotechnologies dans l'amélioration variétale du riz au Burkina Faso ''Marker Assisted Selection for resistance to rice yellow mottle virus in farmers' preferred rice varieties in Burkina Faso". Déjeuner – débat organisé par l’OFAB-Burkina. Dr Drissa Sérémé du 25-26 Février 2014 ,Addis Abéba, the United Nations Economic Commission for Africa a invité D Sérémé pour le Workshop “on Agricultural Biotechnology for Africa”, organisé en collaboration avec African Science Academies (NASAC), the African Union Commission, the European Academies Science Advisory Council and the German National Academy of Sciences Leopoldina, et avec le financement du Ministère Allemand de l’ Education et la Recherche. Il a présenté sa contribution intitulée : “Issues for regulation of agricultural biotechnology in Burkina Faso”. Dr. Drissa Sérémé du 18-21 Mars a été invité par la FAO pour participer au premier congrès Africain: “Conservation Agriculture” organise par the African Conservation Tillage Network (ACT) en relation avec les partenaires de Lusaka, Zambia. This congress was held under the theme “Conservation Agriculture (CA): Building entrepreneur ship and resilient farming systems”. Dr Fidèle Tiendrébéogo a été invité à participer à l’atelier international sur la surveillance et le contrôle des maladies du manioc en Afrique. Cet atelier s’est tenu au Pôle de Protection des Plantes (3P) à Saint Pierre, Île de La Réunion du 10 au 13 juin 2014. Cet atelier a été organisé sous l’égide du Partenariat Global Manioc pour le 21ième siècle, le CIRAD et l’IRD, membres de la Fondation Agropolis et du CRP-RTB. Dr. Drissa Sérémé du 27 au 28 Octobre 2014 a participé en tant qu’expert en biotechnologies agricoles à un workshop international organisé par le réseau africain des académies des Sciences (NASAC, Network of African Science Academies) en collaboration avec l’académie Allemande des sciences Leopoldina et financé par le Ministère fédéral de l’éducation et de la recherche d’Allemagne. Dr Drissa Sérémé a été invité à participer (financement SREC pour la préparation du projet) du 10 au 21 Juin au Workshop Program for Emerging Agricultural Research Leader» (PEARLS) organisé par la fondation Bill & Melinda Gates Foundation (BMGF) and the Biosciences east and central Africa - International Livestock Research Institute Hub (BecA-ILRI Hub) in Nairobi, Kenya. Dr Edgar Traoré a été invité au workshop « Improving epidemiology and disease diagnosis for sustainable management » (GRISP) à Montpellier (CIRAD). Cet atelier financé par le


19

GRISP a connu la participation des principaux acteurs du monde de la recherche sur les pathogènes du riz tels que : CIAT, CIRAD, IRD, IRRI, JIRCA, AfricaRice, des universités américaines (CSU, USA ; UARK, USA) et plusieurs instituts nationaux de recherches agricoles ou NARS (INERA, FOFIFA, ITRA, Rwanda). Cette mission a contribué très positivement au renforcement de la collaboration entre chercheurs Nord-Sud et d’ouvrir des perspectives en terme de partenariat de recherches dans le cadre de projets futurs.

Média

Interview de Christophe Brugidou : Radio Pulsar 94.8 FM Ouagadougou : le LMI Patho-Bios et son rôle pour le développement du Burkina Faso. Campus Mag LR: Présentation du LMI Patho-Bios (Moustapha Koala, Doctorant) : http://plus.franceculture.fr/partenaires/pres-sud-de-france/campus-mag-lr-presentation-du-laboratoire-mixte-international-

Les Visiteurs du LMI - Visite MLD Janvier à Mars (mission longue durée IRD) de Jean Paul Brizard IE –IRD. La mission a consisté à mettre en place la plate-forme « Analyse des Protéines » sur Kamboinsé.Un atelier sur l’analyse des protéines a été organisé , une mission à Bobo-Dioulasso au LMI Lamivect a permis d’établir les bases pour une activité transversale Plante – Santé sur la détection de la protéines salivaire Tsgf1 et son utilisation comme biomarqueur. -Visite des représentants (Sénégal, Cameroun, Mali, Burkina Faso, Bénin, Niger) de l’IRD en Afrique de l’Ouest à Kamboinsé le 16 Mai. Discussion autour du rôle du SREC, des LMI et du Coordonateur de l’Afrique de l’Ouest dans le dispositif de l’aide au développement de l’IRD en Afrique de l’Ouest. - Visite de Valérie Verdier, de l’UMR IPME du 20-23 Juin. Discussion autour des possibilités de collaboration avec le MALI (O Koita, Université de Bamako). -Visite de la DG du CIRAD conduite par M Eddy le 21 Juin La délégation du CIRAD a visité le Laboratoire à cette occasion nous avons discuté des possibilités de rapprochement entre le LMI et le CIRAD. -Visite de Drissa Silué d’AfricaRice le 2 Octobre à Kamboinsé Réunion AfricaRice/LMI Patho-Bios Projet MENERGEP : cette réunion avait pour but d’informer les membres du LMI et de l’INERA sur les activités conduites dans le cadre du projet MENERGEP et d’initier des collaborations, que ce soit dans le cadre de MENERGEP2 ou plus largement.

La réunion a commencé par une présentation du projet MENERGEP par Drissa Silué, qui a exposé le contexte, les objectifs, le calendrier pour la poursuite du projet en 2015-2016. Il a ensuite détaillé la partie sur les collections de pathogènes. Oumar Traoré a proposé que l’INERA s’implique dans les collectes de souches de pathogènes, ainsi que dans d’autres activités telles que l’épidémiologie ou les études de terrain sur l’évaluation de la résistance (contournement). Les discussions ont ensuite porté sur les stratégies de lutte contre les pathogènes du riz, mettant en avant la caractérisation génétique des populations de pathogènes dans le but de déployer des résistances appropriées et durables. Les alternatives


20

à la résistance (gestion de la maladie au champ), ainsi que l’intérêt de développer les études épidémiologiques multi-pathogènes (sans oublier le vecteur) ont aussi été abordés. Tous ont souligné l’importance de travailler en réseau, et ont salué la pertinence des discussions et la dynamique positive de l’ensemble des participants.

-Visite de Charlotte Tollenaere (CR2-IRD) du 30 septembre au 9 octobre 2014. La mission a inclus 1) la visite des laboratoires du LMI Patho-Bios à Kamboinsé et à Bobo-Dioulasso, 2) la visite des parcelles expérimentales à Farako-Ba et à Banfora, 3) de nombreuses discussions avec les partenaires burkinabé dans le cadre des projets en cours et futurs, et 4) la collecte de pathogènes du riz autour de Bobo-Dioulasso (Banfora, Karfiguéla, Banzon et Vallée du Kou). Des parcelles infectées par plusieurs pathogènes (bactériens et viraux notamment) ont été observées, renforçant l’objectif de mieux comprendre les interactions possibles entre espèces de pathogènes d’une même culture.

-Visite de JM Lett du CIRAD - UMR PVBMT le 29 Octobre Entomo-Phytovirologue en poste au CIRAD, UMR PVBMT, Saint Pierre, Ile de La Réunion, a effectué une visite au Burkina Faso. Cette visite s’inscrivait dans le cadre du projet PEERS EMEB sur l’épidémiologie des maladies émergentes à bégomovirus au Burkina Faso et la validation du plan d’échantillonnage pour la future thèse de Monsieur Alassane OUATTARA, Doctorant en accueil au LMI Patho-Bios. -Visite du SCAC (Mr Alain Demaison et Adrien Laroze) le 14 Novembre. Visite du Laboratoire et Discussion entre le SCAC et les chercheurs du LMI sur les possibilités de financement (bourse de stage, invitation et mission). -Visite de Jean–Paul Brizard (IE –IRD) et Séverine Lacombe (CR2-IRD), MLD de Octobre à Décembre. Un des projets clé du LMI consiste en la mise en place d’une plateforme biotechnologique de production de protéines d’intérêts au Burkina Faso. Les objectifs de ce projet sont de développer des protocoles de production, d’extraction et de purification de protéines d’intérêt majeurs pour le Burkina Faso et la sous-région comme la production de Taq polymérase , des enzymes de restriction de base pour la biologie moléculaire, ainsi que le développement de production de vaccin ou de biomolécules dans le cadre des collaborations plante-santé (CIRDES-UMR/Intertrip/Mivegec P Solano/B Sicard), comme par exemple la production de la protéine PSA (Promastigote Surface Antigen) immunoprotectrice de la Leishmaniose. Une publication concernant les travaux menés dans ce contexte est en cours de soumission (Optimized production of anti-leishmanial vaccine in Nicotiana benthamiana. Lacombe S, Bangratz M, Brizard JP, Sérémé D, Lemesre JL, Brugidou C. Soumission à BMC Biotechnology).

D’autre part, ce projet fait partie du programme trilatéral France-Brésil-Burkina Faso « Viral-based plant biotech in monocots » soutenu par Agropolis Fondation – CAPES (octobre 2013 – décembre 2015). Ce programme implique le laboratoire de génétique et Biotechnologie de l’Embrapa-Brésil, le laboratoire de Virologie et Biotechnologie végétale l’INERA-Burkina Faso et notre équipe Effecteurs-Cibles de l’IRD.

Durant leur séjour ils ont organisé un atelier Biologie moléculaire et un atelier « Analyse des protéines ».


21

8-Publications

Lett JM, Delatte H, Robène I, Brugidou C, Duval MF, Roux-Cuvelier M, Poussier S, Brouchoud H, Jouen E, Verdier V, Reynaud B, Fauquet C. A French team joins the fight on Cassava Diseases in Africa. Soumis.

Sérémé D, Neya BJ, Bangratz M, Brugidou C, Ouedraogo I. First report of Rice stripe necrosis virus infecting rice in Burkina Faso. Plant Disease, 98, 1451. http://apsjournals.apsnet.org/doi/abs/10.1094/PDIS-06-14-0626-PDN

Wonni I, Ouedraogo L, Dao S, Tekete C, Koita O, Taghouti G, Portier P, Szurek B, Verdier V. First report of Cassava Bacterial blight caused by xanthomonas axonopodis pv. Manihotis in Burkina Faso. Plant Disease, http://apsjournals.apsnet.org/doi/abs/10.1094/PDIS-03-14-0302-PDN

Wonni, I., Cottyn, B., Detemmerman, L., Dao, S., Ouedraogo, L., Sarra,S., Tekete, C., Poussier, S., Corral, R., Triplett, L., Koita, O., Koebnik, R., Leach, J., Szurek, B., Maes, M., and Verdier, V. (2014). Analysis of Xanthomonas oryzae pv. oryzicola population in Mali and Burkina Faso reveals a high level of genetic and pathogenic diversity. Phytopathology 104:520-531.

9- Les Productions du LMI

Taq Polymérase : Université de Bamako, CIRDES AfricaRice , LAMIVECT.

Fiche technique : Etiologie du RSNV (en cours de préparation en collaboration avec AfricaRice)


22

10–Recommandations du comité de suivi et des invités (liste des participants annexe 2)

Tout d’abord, le comité de suivi de façon unanime félicite l‘équipe du LMI Patho-Bios pour le travail accompli en 2014 et de ses premiers succès notamment sur les résultats scientifiques obtenus, les accueils des stagiaires, ses réponses à des appels d’offres, ses formations sous forme d’atelier, et sur la mise en place des plateformes qui sont aujourd’hui fonctionnelles. Enfin, le comité de suivi félicite le LMI pour la prise en compte des recommandations du premier comité de suivi.

Le comité de suivi nous adresse les recommandations suivantes :

PROJETS :

Mieux définir le rayon d’action des activités du LMI, définir les projets à court terme et à long terme. Continuer à définir les priorités et les réflexions dans ce sens.

Continuer les efforts pour développer les activités sur les champignons et les nématodes.

Développer notre partenariat avec le secteur Privé.

PARCELLES D’ETUDES :

Mieux définir les activités et les objectifs concernant les parcelles d’étude et associer les climatologues dans nos activités. BASES DE DONNEES : Le LMI doit mettre en place une procédure de sécurisation (back-up) pour les collections et le matériel biologique sensible.

Un effort doit être fait sur la mise en place des bases de données indispensables pour les activités de l’observatoire.

BIOINFORMATIQUE :

Le LMI doit d’abord mener une réflexion sur ses besoins en bioinformatique.

Renforcer la formation en bioinformatique adaptée aux besoins qui peut être mutualisée avec les autres initiatives de la sous-région. A plus long terme un Master en Bioinformatique avec les Universités pourrait être mis en place.

Utiliser les Bourses BEST pour former en bioinformatique un chercheur ou un ingénieur sur les plateformes localisées à Montpellier.

Le LMI peut se rapprocher de la plateforme South-Green (Plateau Bioinformatique CIRAD-Montpellier) et discuter avec le responsable de la bioinformatique Alexis Derepeer de l’UMR IPME.

Aussi, le LMI peut contacter le Pôle Bioinformatique à Baillarguet (UMR BGPI), car une nouvelle dynamique se met en place au niveau de la phytopathologie.


23

Réfléchir à la mise en place d’un serveur avec les outils d’analyses de séquences. Le LMI peut se rapprocher du CIRDES notamment dans le cadre de l’initiative H3 Africa avec l’accueil d’un serveur au CIRDES. Il y a une possibilité de l’ouvrir à l’extérieur et de discuter pour une mutualisation avec le LMI.

BUDGET :

Afficher clairement la contribution financière de l’INERA et de l’IRD dans le LMI. Faire un tableau complet avec le personnel en équivalent EOTP, les fluides, locaux, internet, voitures, visio-conférence, investissement etc….

Mettre en place un budget commun.

Il faut être vigilant à la pérennisation des financements du LMI, nécessité de répondre à des projets Européens, de renforcer la collaboration inter-LMI (avec l’aide du Département DER de l’IRD), mutualiser les compétences, les équipements et les formations. Mettre aussi en place des JEAI, projet PEERS…

Demande des étudiants du LMI pour une aide financière et technique (la rédaction) à la publication.

PRODUCTIONS :

Continuer nos efforts pour les publications de fiches techniques accessibles pour les producteurs, améliorer notre communication dans ce sens. Aller sur le terrain rencontrer les responsables des plaines, les associations et coopératives de producteurs.

Mesurer l’impact de nos activités (faire appel aux Sciences sociales)

FORMATIONS :

Continuer les efforts sur la mise en place d’un Master sécurité alimentaire en Afrique de l’Ouest.

Elargir les formations aux techniciens, aux jeunes chercheurs et aux personnes en accueils sur la plateforme.

Se rapprocher des activités de la clinique des plantes de l’UPB (Pr Irénée Somda)

PLATEFORME :

Essayer de faire labéliser le laboratoire LVBV qui abrite le LMI comme laboratoire d’excellence par l’UEMOA et répondre à des appels d’offres de l’UEMOA, le CORAF.

Aller vers une certification /accréditation de nos plateformes

Améliorer les investissements au niveau de l’eau et de l’électricité pour le Labo de la PV à Bobo-Dioulasso


24

Les demandes du LMI que nous adressons aux tutelles :

Demande à l’INERA:

• Continuer les efforts pour la sécurisation pour l’alimentation en eau, surtout en période sèche.

• Recrutement de technicien pour les plateformes • Branchement du laboratoire au groupe électrogène du Centre de Kamboinsé pour

sécuriser nos activités et le matériel biologique. Faire aussi les réparations pour le groupe électrogène de la PV à BoboDioulasso.

• Amélioration du réseau Internet avec l’aide de l’IRD (département DSI)- en cours.

Demandes à la représentation IRD:

• Aide à la gestion du LMI • Dans la mesure du possible, aide à la prise en charge de prestataires pour les

plateformes et les serres • Participation à l’achat d’un -80°C localisé à la représentation de Ouagadougou pour

sécuriser nos échantillons.

Demandes adressées aux UMR IPME et DIADE

• Demande de soutien pour la communication du LMI et avec la Bioinformatique de Montpellier IPME-CIRAD ; Le LMI demande une aide pour une expertise sur nos besoins, bases de données…

• Demande de soutien pour la Gestion du LMI. • Demande pour faciliter la mobilité des chercheurs IPME-DIADE pour le LMI

notamment aide financière pour des missions de courte durée (enseignements, encadrements, mise en place de projets).

___________________________________________________________________________

Documents

RAPPORT D’ACTIVITES DU LMI PATHO-BIOSpatho-bios.com/images/Compte_rendu/Comite suivi/Rapport Activites... · -Rapport d’Activités-2ème comité de suivi du LMI Patho-Bios, Kamboinsé