Résistance aux antibiotiques - ADEBIOTECH · - 1 - Colloque Adebiotech Résistance aux antibiotiques : une approche intégrée de l'environnement à l'Homme 16 et 17 mars 2016 Biocitech,

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Colloque Adebiotech

Résistance aux antibiotiques :

une approche intégrée de l'environnement

à l'Homme

16 et 17 mars 2016

Biocitech, Cité des entreprises de santé et de biotechnologies, Romainville

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Table des matières

Préface ............................................................................................................................. 5

Programme détaillé .......................................................................................................... 6

Résumés des Conférences ............................................................................................... 11

JEAN CARLET - WAAAR ................................................................................................................................................................... 11 ANTOINE ANDREMONT - HÔPITAL BICHAT-CLAUDE BERNARD ......................................................................................................... 11 GILLES PIPIEN - MEEM .................................................................................................................................................................... 12 SERGE MORAND - CNRS-CIRAD ....................................................................................................................................................... 13 JEAN-YVES MADEC – ANSES ............................................................................................................................................................ 14 PATRICE COURVALIN - INSTITUT PASTEUR ....................................................................................................................................... 15 MARIE-HÉLÈNE NICOLAS-CHANOINE - INSERM, HÔPITAL BEAUJON .................................................................................................. 15 DIDIER GUILLEMOT - INSTITUT PASTEUR ......................................................................................................................................... 16 ISABELLE KEMPF - ANSES ................................................................................................................................................................ 17 FRÉDÉRIC LAURENT - HOSPICES CIVILS DE LYON - UNIVERSITÉ DE LYON ............................................................................................ 17 SOPHIE COURTOIS - SUEZ ENVIRONNEMENT ................................................................................................................................... 18 FABIENNE PETIT - UNIV. ROUEN ...................................................................................................................................................... 19

Résumés des posters ....................................................................................................... 21

ELODIE AUBERTHEAU - IC2MP UMR 7285 ........................................................................................................................................ 21 MARIE-JOELLE VIROLLE - UNIVERSITÉ PARIS SACLAY ........................................................................................................................ 22 AMOKRANE REGHAL - ATLANGRAM ................................................................................................................................................ 23 MICHÈLE BAUDY-FLOC'H - UMR CNRS 6226 ..................................................................................................................................... 23 BIANCA JOHANSEN - SETUBIO ......................................................................................................................................................... 24 DELPHINE CALY - INSTITUT CHARLES VIOLLETTE .............................................................................................................................. 25 HERVÉ VOLLAND - COMMISSARIAT À L'ÉNERGIE ATOMIQUE ET AUX ÉNERGIES ALTERNATIVES ......................................................... 25 MARINA MOLETTA-DENAT - INRA TRANSFERT ENVIRONNEMENT .................................................................................................... 26 LAURENT BOITARD - MILLIDROP ..................................................................................................................................................... 27 FLORENCE CASTELLI - CEA ............................................................................................................................................................... 27 ISABELLE BROUTIN - CNRS, UNIVERSITÉ PARIS DESCARTES............................................................................................................... 28 GUSTAVO MARTOS - LABORATOIRE NATIONAL DE METROLOGIE (LNE) ............................................................................................. 29 OLIVIER BIANNIC - OLMIX ............................................................................................................................................................... 29 LIONEL RIGOTTIER-GOIS - UMR MICALIS, INRA, AGROPARISTECH, JOUY-EN-JOSAS ........................................................................... 30 OLIVIER BIANNIC - OLMIX ............................................................................................................................................................... 31 BIANCA JOHANSEN - SETUBIO ......................................................................................................................................................... 31 MARWAN ABDALLAH - PROBIOGEM ............................................................................................................................................... 32

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Parcours des intervenants et des membres des comités ................................................. 33

HERVÉ AFFAGARD .......................................................................................................................................................................... 33 ANTOINE ANDREMONT .................................................................................................................................................................. 33 MARC BONNEVILLE......................................................................................................................................................................... 33 PHILIPPE BULET .............................................................................................................................................................................. 33 CHRISTIAN BRUN-BUISSON ............................................................................................................................................................. 34 PHILIPPE CARENCO ......................................................................................................................................................................... 34 JEAN CARLET .................................................................................................................................................................................. 34 PHILIPPE CLEUZIAT ......................................................................................................................................................................... 35 SOPHIE COURTOIS .......................................................................................................................................................................... 35 PATRICE COURVALIN ....................................................................................................................................................................... 35 CHRISTOPHE DAGOT ....................................................................................................................................................................... 36 JOËL DORÉ...................................................................................................................................................................................... 36 DJAMEL DRIDER ............................................................................................................................................................................. 36 XAVIER DUPORTET.......................................................................................................................................................................... 36 JÉRÔME GABARD ........................................................................................................................................................................... 37 MANUEL GEA ................................................................................................................................................................................. 37 MARIE-FRANÇOISE GROS ................................................................................................................................................................ 37 DIDIER GUILLEMOT ......................................................................................................................................................................... 37 PHILIPPE HARTEMANN ................................................................................................................................................................... 38 ISABELLE KEMPF ............................................................................................................................................................................. 38 DANIELLE LANDO ............................................................................................................................................................................ 38 FRÉDÉRIC LAURENT ........................................................................................................................................................................ 38 DOMINIQUE LE BELLER ................................................................................................................................................................... 38 FRÉDÉRIC LEGROS ........................................................................................................................................................................... 39 MARC LEMONNIER ......................................................................................................................................................................... 39 JEAN-CHRISTOPHE LUCET ................................................................................................................................................................ 39 JEAN-YVES MADEC ......................................................................................................................................................................... 39 JEAN-LUC MAINARDI ...................................................................................................................................................................... 40 SERGE MORAND ............................................................................................................................................................................. 40 MICHAEL MOUREZ ......................................................................................................................................................................... 40 THIERRY NAAS ................................................................................................................................................................................ 40 MARIE-HÉLÈNE NICOLAS-CHANOINE ............................................................................................................................................... 41 FABIENNE PETIT .............................................................................................................................................................................. 41 GILLES PIPIEN ................................................................................................................................................................................. 41 MARIE-CÉCILE PLOY ........................................................................................................................................................................ 42 ETIENNE RUPPÉ .............................................................................................................................................................................. 42 FLORENCE SÉJOURNÉ ...................................................................................................................................................................... 42 PHILIP SUPPLY ................................................................................................................................................................................ 42 ANDRÉ TORDEUX ........................................................................................................................................................................... 43 CLARISSE TOITOT ............................................................................................................................................................................ 43 JAVIER YUGUEROS-MARCO ............................................................................................................................................................. 43

Liste des Participants ...................................................................................................... 45

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Préface

Adebiotech est ravie de vous accueillir au colloque Résistance aux antibiotiques : une approche in-

tégrée de l'environnement à l'Homme.

L’utilisation massive des antibiotiques a conduit à l’apparition de bactéries multirésistantes aux anti-

biotiques. Ces résistances sont devenues préoccupantes devenant un véritable fléau pour la santé

humaine et animale.

En France, plus de 12 500 personnes meurent d’infections bactériennes chaque année, cela repré-

sente aussi un coût économique considérable. Devant cette impasse thérapeutique, plusieurs initia-

tives françaises et internationales ont été mises en place pour coordonner les actions.

De nombreux plans et des campagnes de sensibilisation ont été entrepris dans le monde et aussi en

France avec le soutien des Pouvoirs Publics. Les principaux acteurs de ces actions seront présents et

sont membres du comité scientifique de notre colloque. Nous les remercions vivement pour leur

implication dans la réalisation de ce colloque et en particulier Jean Carlet, Antoine Andremont et

Gilles Pipien.

Adebiotech a souhaité apporter sa contribution à cette action ambitieuse mais nécessaire pour nous

tous.

En effet, l’objectif d’Adebiotech est de permettre à tous de s’exprimer, de décloisonner les disci-

plines, de favoriser les interfaces et les collaborations entre le secteur public et l’industrie.

Adebiotech réunit durant ces deux jours, des représentants de structures publiques (CNRS, INRA,

INSERM, AP-HP, Institut Pasteur, universités…), des industriels (TPE, PME et grands groupes) et tous

les secteurs d’application (santé humaine et animale, environnement, diagnostics), des représen-

tants des Académies Scientifiques, Nationales, des représentants de Ministères et des représentants

d’associations scientifiques et professionnelles.

Nous tenons à adresser nos remerciements aux Ministères qui nous ont accordé leur patronage (Mi-

nistère de l’Education nationale, de l’Enseignement supérieur et de la Recherche ; Ministère des Af-

faires sociales et de la Santé).

Grâce à tous les participants et les discussions fructueuses attendues, nous proposerons des actions

collectives pour apporter notre contribution à l’effort général de lutte contre la résistance aux anti-

biotiques.

Nous souhaitons à tous un excellent colloque riche en discussions fructueuses.

Danielle LANDO Manuel GEA Vice-Présidente Président

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Programme détaillé

Mercredi 16 Mars 2016

8h30 Accueil café

9h20 Bienvenue, Manuel GEA, Adebiotech

9h30 Conférence introductive, Jean CARLET, WAAAR Résistance aux antibiotiques : un problème majeur de santé publique

10h00 Conférence plénière, Antoine ANDREMONT, Hôpital Bichat-Claude Bernard La complexification croissante de la question de l’antibiorésistance

10h30 Gilles PIPIEN, MEEM Perspectives et enjeux

10h50 Serge MORAND, CNRS-CIRAD Antimicrobial resistance, zoonotic infectious diseases, pandemics: Why Southeast and East Asia?

11h05 Echanges avec l’ensemble des participants

11h15 Pause café/Posters/Exposition

11h45-12h15 Panorama sur les sources et réservoirs des bactéries résistantes

Jean-Yves MADEC, Anses

12h15-13h15 Session 1 - Origines et dissémination de la résistance

Coordinateur : Patrice COURVALIN, Institut Pasteur

Patrice COURVALIN, Institut Pasteur Origin and mechanisms of dissemination of resistance

Marie-Hélène NICOLAS-CHANOINE, Inserm, Hôpital Beaujon Impact épidémiologique de la résistance aux antibiotiques

13h15-14h30 Buffet/Posters/Exposition

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14h30-16h00 Session 2 - Vecteurs et transmission de l’antibiorésistance

Coordinateurs : Jean-Christophe LUCET, Hôpital Bichat-Claude Bernard et Djamel DRIDER, Probiogem Univ. Lille1

o Alimentation & Environnement o Animal-Homme o Homme-Homme

Didier GUILLEMOT, Institut Pasteur Visualizing the hidden path of nosocomial Methicillin Resistant Staphylococcus aureus transmission

Isabelle KEMPF, Anses Transmission of antimicrobial resistance in animals and in the environment

Frédéric LAURENT, Hospices Civils de Lyon - Université de Lyon Staphylocoques et résistances : de l’Animal à l’Homme … et vice versa !

Table ronde avec tous les intervenants et Jean-Yves MADEC, Anses

16h00-16h30 Pause café/Posters/Exposition

16h30-18h00 Session 3 – Table ronde : Nouveaux antibiotiques : nouvelles stratégies de recherche, enjeux économiques et politiques

Coordinateur : André TORDEUX, Genoscreen

Xavier DUPORTET, Eligo Bioscience Dominique LE BELLER, Deinobiotics Marc LEMONNIER, Antabio Jean-Luc MAINARDI, Hôpital Européen Georges Pompidou Michael MOUREZ, Sanofi Thierry NAAS, Hôpital de Bicêtre

18h00-19h00 Session Flash Posters

Session 1

18h00 Elodie AUBERTHEAU, IC2MP UMR 7285 Incidence des rejets de stations de traitement des eaux usées urbaines sur la dissémination des médicaments et de l’antibiorésistance en rivière

Session 3

18h06 Delphine CALY, Institut Charles Viollette Characterisation of DD14, an enteroccin produced by Enterococcus faecalis with anti-Clostridium perfringens activity

18h12 Amokrane REGHAL, ATLANGRAM Lipid Nanoparticles for Reviving Antibiotics: Efficacy of a Gel of Daptomycin in a Methicillin-Resistant Staphylococcus aureus Rabbit Osteomyelitis Model

18h18 Marie-Joelle VIROLLE, Université Paris Saclay Découverte de nouveaux antibiotiques: Nouvelle stratégie pour faire exprimer les nombreuses voies de biosynthèse cryptiques présentes dans les génomes des Actinomycètes

Session 4

18h24 Laurent BOITARD, MilliDrop The MilliDrop Analyzer, a new highly accurate system for measuring MIC in Antibiotic Susceptibility Testing using microdroplets

18h30 Hervé VOLLAND, Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives Strip test for antibiotics resistance

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Session 5

18h36 Olivier BIANNIC, Olmix Activités antibacterienne et immunomodulatrice d'un extrait d'algue verte riche en polysaccharides sulfatés

18h42 Bianca JOHANSEN, SETUBIO Nouvel actif contre les bactéries Gram positif sauvages et résistantes, issu d’une microalgue

18h48 Gustavo MARTOS, Laboratoire National de Metrologie (LNE) Novel materials and methods for the detection, traceable monitoring and evaluation of antimicrobial resistance

18h54 Lionel RIGOTTIER-GOIS, UMR Micalis, INRA, AgroParisTech, Jouy-en-Josas Effect of probiotic strains on intestinal carriage of vancomycin-resistant Enterococcus faecalis

19h00 Cocktail/Posters/Exposition

Jeudi 17 Mars 2016 8h30 Accueil café

9h00-12h00 Session 4 - Apport des outils diagnostics dans la gestion de l’antibiorésistance dans l’environnement, nouvelles perspectives

Coordinateurs : Marie-Cécile PLOY, INSERM et Christophe DAGOT, Univ. Limoges

A - Conférences Sophie COURTOIS, SUEZ environnement Caractérisation et élimination des bactéries antibiorésistantes dans les effluents urbains

Fabienne PETIT, Univ. Rouen Factors influencing the occurrence and the fate of E. coli population in aquatic environment


B - Table ronde : Stratégies de contrôle et élimination de l’antibiorésistance dans un contexte environnemental Enjeux industriels, indicateurs de bactéries résistantes, solutions industrielles, normes, réglementation… Avec les intervenants et les coordinateurs

12h00-14h00 Buffet/Posters/Exposition

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14h00-17h00 Session 5 - Alternatives innovantes pour lutter contre l'antibiorésistance

Coordinateur : Marc BONNEVILLE, Institut Mérieux

3 tables rondes

14h00-15h00 Table ronde 1 : Avancées récentes dans le domaine diagnostique microbiologique et impact sur la gestion de l'antibiorésistance dans le domaine clinique, industriel et environnemental Coordinateur : Marc BONNEVILLE, Institut Mérieux

a - Développement des techniques de séquençage de nouvelle génération (NGS) dans le diagnostic de l’antibiorésistance b - Décentralisation du diagnostic microbiologique et développement des tests "Point of Care" c - Technologies de l’information et gestion des métadonnées Philippe CLEUZIAT, bioMérieux Manuel GEA, Bio-Modeling Systems Etienne RUPPÉ, Hôpitaux Universitaires de Genève Philip SUPPLY, CNRS, Genoscreen Javier YUGUEROS-MARCOS, bioMérieux

15h00-16h00 Table ronde 2 : Traitements innovants et ciblage, alternatives aux antibiotiques Coordinatrice : Florence SÉJOURNÉ, Da Volterra Phages, peptides antibactériens, transplantation microbiote, vaccins…

Hervé AFFAGARD, MaaT Pharma Philippe BULET, IAB, UGA, INSERM Joël DORÉ, INRA

Jérôme GABARD, Pherecydes Pharma Frédéric LEGROS, Valneva Florence SÉJOURNÉ, Da Volterra


16h30-17h30 Table ronde 3 : Nouvelles stratégies de lutte contre l'antibiorésistance dans l'environnement Coordinateur : Djamel DRIDER, Probiogem Univ. Lille1 Alternatives aux biocides (désinfectants, détergents), procédés mécaniques, nouvelles stratégies de lutte contre les biofilms

Philippe CARENCO, COMET, CH Hyères Djamel DRIDER, Probiogem Univ. Lille1 Philippe HARTEMANN, Univ. Lorraine

17h30-18h00 Bilan et Perspectives

Christian BRUN-BUISSON, AP-HP, délégué à l'antibiorésistance auprès de la Direction Générale de la Santé

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Résumés des Conférences

Résistance aux antibiotiques : un problème majeur de santé publique

Jean CARLET - World Alliance Against Antibiotic Resistance (WAAAR)

Président de l’alliance contre le développement des bactéries multi-résistantes (ACdeBMR/WAAAR) Président du groupe de travail spécial sur la préservation des antibiotiques

La résistance aux antibiotiques ne cesse d’augmenter depuis une quinzaine d’années. Le problème est grave dans notre pays, et dramatique dans certains pays, parfois très proches de nous. Certaines bactéries sont maintenant hautement résistantes (sensibles à seulement un antibiotique) ou pan-résistantes (aucun antibiotique actif).Ceci menace directement notre système de santé, et risque de faire perdre toutes les avancées récentes sur de nombreuses pathologies.

Des actes comme la greffe d’organe, les médicaments immunosuppresseurs, la réanimation, la néonatologie, la chirurgie lourde pourraient devenir impossible à réaliser, car trop risqués sans antibiotiques efficaces. Parallèlement, très peu de nouveaux antibiotiques ont été mis sur le marché dans les 20 dernières années, et peu sont attendus dans un avenir proche. Nous sommes ainsi en train d’entrer dans une impasse thérapeutique. La cause principale de cette résistance aux antibiotiques est la surconsommation chronique de ces derniers, chez l’homme comme chez l’animal.

En Europe, seuls deux pays (Grèce et Roumanie) consomment plus d’antibiotiques que nous. La France consomme 30 % de plus que la moyenne européenne, et 3 fois plus que les pays les plus vertueux. Il est plus que temps de réagir. La ministre de la santé a récemment mis en place un groupe de travail spécial qui a fait un certain nombre de propositions concrètes.

La complexification croissante de la question de l’antibiorésistance

Antoine ANDREMONT - Hôpital Bichat-Claude Bernard

La question de la résistance des bactéries aux antibiotiques s’est posée dès les premières utilisations de ces médicaments en médecine humaine. Pendant longtemps, elle n’a été qu’un problème concernant les médecins hospitaliers et leurs patients. Progressivement, le problème s’est complexifié par couches successives. Dans les années 80, il devenu clair que la flore intestinale des sujets aussi bien hospitalisés que sains et vivant dans la communauté était un acteur majeur de la dynamique de la résistance.

Ensuite, c’est le rôle des transports internationaux qui a dû être pris en compte. Après le rôle des animaux d’élevage et de la chaîne alimentaire a fait émerger au premier plan le concept de One Health. Ce rôle est considéré comme majeur depuis le début des années 2000. On découvre désormais en outre que les écosystèmes environnement sont très impliqués dans la dynamique et l’évolution de la résistance. Enfin très récemment, l’accent a été mis sur l’impact de l’antibiorésistance sur les flores des animaux sauvages et leur possible rôle de vecteurs.

Il est devenu clair que l’antibiorésistance ne pourra être contrôlée que par une approcha holistique et Trans sectorielle synergisant les actions de chacun des intervenants de façon concertée.

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Perspectives et enjeux

Gilles PIPIEN - MEEM

L’article 1 de la Charte de l’environnement, désormais incluse dans la Constitution, stipule que chacun a droit à un environnement sain.

L’antibiorésistance est née dans les salles d’opérations, notamment du fait d’approches d’antibiothérapies lourdes, par précaution, mais aussi de manque de pratiques courantes d’hygiène, par... manque de précaution.

Mais aujourd’hui le patient entre à l’hôpital, porteur d’antibiorésistances. C’est donc « ailleurs », qu’il a hérité de cette « qualité », c’est-à-dire dans « l’environnement ». L’antibiorésistance est sortie l’hôpital.

Mais, de quel environnement parle-t-on ?

On a d’abord pensé, et c’est un fait indéniable, à la sur-prescription. Puis on s’est interrogé sur les résidus d’antibiotiques (comme de médicaments) au moment de la fabrication, dans nos déchets, à commencer par l’eau, issue de l’assainissement.

Dès lors, on s’est aussi intéressé aux déchets des animaux domestiques soignés par antibiothérapie. Très vite, les quantités utilisées dans l’élevage intensif ont attiré l’attention.

Dans les deux cas, la préconisation principale et prioritaire est donc la même : maîtriser la prescription, limiter l’usage.

Et les recherches se sont aussi orientées vers la compréhension de la dissémination : dans les eaux, dans les sols. Et l’on s’interroge aussi sur les techniques d’assainissement.

On parle donc ici de la dissémination des antibiotiques dans notre environnement.

Mais, à l’occasion de ces recherches, les chercheurs ont donc exploré la présence d’antibiorésistance dans les eaux, les sols, mais aussi dans la faune sauvage, dans le passage de l’antibiorésistance de ces milieux, mais aussi des animaux domestiques à l’homme. Quelle persistance, quelle dilution, quels mécanismes de transmission, etc. ?

Deux découvertes ont attiré mon attention :

- (i) l’usage d’antibiotique reste à spectre tellement large, que les cibles pathogènes ne sont pas les seules à résister, mais aussi toutes les autres bactéries non pathogènes : c’est le cas dans le microbiote intestinal. On généralise l’antibiorésistance. L’environnement est … en nous ! Le microbiote est un écosystème, et fonctionne comme tel ;

- (ii), plus inquiétant, la découverte de la « résistance croisée » : des agressions diverses des milieux naturels (sols, eaux, faune sauvage), par des métaux lourds, par des biocides (pesticides, désinfectants, produits « anti-bactériens ») créent des résistances, et ces résistances sont aussi contre les antibiotiques. Les gènes de résistances mobilisés seraient les mêmes.

On constate dès lors que la dégradation/pollution de l’environnement ajouterait de l’antibiorésistance.

Dès lors, on change d’échelle. On ne parle plus seulement de maîtriser l’usage de 70 tonnes d’antibiotiques par an en médecine humaine, ou de 700 tonnes par an en médecine vétérinaire, et de leur dissémination dans l’environnement, mais on parle aussi de milliers, de dizaines de milliers de tonnes de produits, dont les résidus sont propagés dans l’environnement. On touche ici également à l’industrie et à des produits d’usage courant.

On sort de la médecine, ou de la médecine vétérinaire, et de leur lien avec l’environnement, pour entrer dans le domaine de la préservation de notre santé au regard de la qualité de notre environnement.

Et donc, les cibles sont totalement différentes : l’enjeu de la maîtrise de la prescription n’est pas

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l’unique priorité. Toute la population mérite alerte, les pratiques de chacun, mais aussi les processus et produits industriels doivent être interrogés, etc.

Et la recherche doit évidemment être approfondie : quels produits, quels processus sont-ils les plus impactant (i.e. produisent le plus d’antibiorésistance) ? Où se situent les risques (cartographie, chaînes de transmission, etc.) ? Quelles alternatives ?

Je citerai l’expérience exemplaire des établissements de santé de Hyères, que vous présentera le docteur Carenco : le remplacement du nettoyage des locaux qui se faisait à base de désinfectants, par un nettoyage mécanique et à la vapeur, aurait diminué l’apparition d’antibiorésistance. Si ceci se fait à l’hôpital, pourquoi ne pas le faire ailleurs ? L’enjeu est de taille.... Je citerai aussi l’excellente initiative des professionnels de santé de l’ASEF (Association Santé Environnement France) avec ses petits guides du « bioménage » (voir : http://www.asef-asso.fr/telecharger-nos-guides).

L’antiorésistance n’est donc pas uniquement un sujet de santé publique (i.e. de politiques de santé publique), mais devient un sujet majeur d’environnement (i.e. de politiques environnementales). En fait, un sujet interdisciplinaire (i.e. interministériel).

Par conséquent, il est indispensable d’avoir une approche interministérielle.

Mais, qu’entend-on par-là ?

L’exemple de la sécurité routière est très éclairant : en 1976, constatant plus de 16 000 morts sur les route chaque année, le gouvernement a mis en place une délégation interministérielle (la DSCR), et un comité interministériel dédié : j’évoquerai rapidement cette expérience, qui a mobilisé des forces de polices, des constructeurs et gestionnaires de voiries, des constructeurs d’automobiles, des médecins, pompiers et urgentistes, des usagers, etc. aujourd’hui, nous sommes en dessous de 4 000 morts par an.

Antimicrobial resistance, zoonotic infectious diseases, pandemics: Why Southeast and East Asia?

Serge MORAND - CNRS-CIRAD

CNRS-CIRAD, Centre d'Infectiologie Christophe Mérieux du Laos Faculty of Tropical Medicine, Mahidol University, Thailand

The recent emergence of a unique mcr1 colistin-resistance gene in China in 2015, already detected few years ago in non-patients in rural areas of northern Laos and Thailand, followed by its dissemination in Europe by travelers, but also by global trade of meat and vegetables, raises questions, and among them: why East and Southeast Asia? Why the global emergence of antimicrobial resistance (AMR) occurs in similar socio-ecosystems than those of global emerging zoonotic diseases such as avian flu or swine flu?

The outbreak of AMR, very similar to outbreaks of zoonotic diseases, is an ecological problem that results from both farming intensification and global trade. The level of farming intensification and the associated increasing number of animals raised are far beyond the ecological capacities of local ecosystems. Moreover, the farming intensification needs to convert more lands to animal feed crops with increasing uses of fertilizers and pesticides on one hand, and overuse of antibiotics to face the diseases and stresses occasioned by crowded animals often in poor conditions, on the other hand. Although the farming intensification impacts the socio-ecoystems locally, the origins and purposes of the farming intensification is a consequence of the globalization. The control of AMR cannot be tackle independently by each country or even by regional political entities, but needs radical actions at both local and global levels. More specifically, we show how the rise of AMR is ecologically and locally contextualized but economically and politically disseminated worldwide. We advocate that the global emergence of AMR is a by-product direct consequence of the increasing fragility of our socio-ecoystems. To be able to tackle the AMR, we need to think in terms of ecology, evolution, animal

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welfare and socio-ecoystem resilience.

References Morand S, Dujardin J-P, Lefait-Rollin R, Apiwathnasorn C (eds) (2015) Socio-ecological dimensions of infectious diseases in Southeast Asia.

Springer Singapore. Morand S, Figué M (eds) 2016. Émergence de maladies infectieuses. Risques et enjeux de société. Quae, Versailles. Olaitan AO, Chabou S, Okdah L, Morand S, Rolain JM (2016) Dissemination of the mcr-1 colistin resistance gene. Lancet Infectious

Diseases 16: 147–149. Olaitan AO, Morand S, Rolain JM (2016) Emergence of colistin-resistant bacteria in humans without colistin usage: a new worry and cause

for vigilance. Int. J. Antimicrob. Agents 47: 1-3. Olaitan A, Thongmalayvong B, Akkhavong K, Somphavong S, Paboriboune P, Khounsy S, Morand S, Rolain J-M (2015) Clonal transmission

of a colistin-resistant Escherichia coli from a domesticated pig to human in Laos. J. Antimicrob. Chemoth [ahead] doi: 10.1093/jac/dkv252

Panorama sur les sources et réservoirs des bactéries résistantes

Jean-Yves MADEC – Anses

Antimicrobial resistance is an old phenomenon. Indeed, genes conferring resistance to antibiotics have been recovered from ancient and wild environments long before antibiotics have been used in human and veterinary medicine. This situation refers to the so-called intrinsic resistance as a consequence of several microorganisms in the natural microbiota producing antibiotics and possessing the corresponding resistance genes. Moreover, resistance genes can play other valuable roles in the metabolism of bacteria than conferring resistance to antibiotics. All this should make us consider that antimicrobial resistance will never be eradicated contrary to what has been globally achieved for various major human or animal diseases.

In parallel however, antimicrobial resistance has reached the top agendas worldwide because previously susceptible bacteria - and notably those of clinical importance in humans – newly acquired resistance determinants in dramatic proportions. This was the case for Staphylococcus aureus isolates carrying the mecA gene (so-called Meticillin Resistant S. aureus or MRSA) subsequently becoming resistant to all beta-lactams. Later in the 80’s, Enterobacteriaceae resistant to broad-spectrum cephalosporins and/or carbapenems also became of very high public health concern. Numerous data now demonstrate that acquired resistance to antibiotics is by far not restricted to the clinical field but is present in many - if not all - sectors, including domestic and wild animals and most areas in the environment. In this global context, the massive use and misuse of antibiotics plays a major role in the selection of resistance but other factors also contribute to its spread, such as poor hygiene, international travels or food and food producing-animals trades.

All reservoirs of resistant bacteria are interlinked, and this is of course an important point. Some pathways of interspecies transmission of antimicrobial resistance were particularly highlighted. For instance, occupational exposure is at risk for humans to acquire MRSA from the food animals they take care of. On the contrary, most MRSA found in companion animals are of human origin. However, many uncertainties are obviously still there, particularly when considering antimicrobial resistance in Escherichia coli, a widespread bacterium in all ecosystems. Plasmid-mediated resistance is abundant in Enterobacteriaceae and plasmids are a crucial driving force for the spread of resistance genes between individuals. To this respect, recent data on a plasmid-mediated resistance mechanism to colistin (the mcr-1 gene) has drawn a new light on this important topic. Not all reservoirs are equally loaded with antimicrobial resistance at a world scale, yet certain countries or continents are dramatically concerned. In all, human and animal reservoirs are not solely contributing to the spread of resistance and one of the most striking issues in this global view is that quantitative and reliable figures of antimicrobial resistance in the environment are largely lacking. In particular, global indicators of the overall pollution with acquired resistance in the environment would surely help in prioritizing intervention actions in this sector.

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Origin and mechanisms of dissemination of resistance

Patrice COURVALIN - Institut Pasteur

Antibiotics are grouped in classes on the basis of their chemical structure. As a consequence, members of a given class are closely related molecules, generally share the same target of action, and are, therefore, subject to cross-resistance. Thus, the reasoning in resistance should be in terms of drug classes rather than in isolated molecules. Bacteria have developed four major mechanisms of resistance : (i) modification of the target which leads to decreased affinity of the drug for its target; (ii) production of an enzyme that will detoxify the drug; (iii) impermeability; and (iv) efflux of antibiotics outside the cells by energy-dependent pumps.

The bacterial genome is composed of the chromosome and of accessory mobile genetic elements. The chromosome contains the genetic information required for the life cycle of the bacterium whereas, as their name indicates, accessory genetic elements carry genes that are dispensable although they can provide major advantages for the survival of the host, such as antibiotic resistance. The chromosome is inherited vertically by the progeny of the cell whereas genetic elements can also be transmitted to other bacteria. As a result, resistance can be endogenous resulting from mutations in structural or regulatory chromosomal genes and is generally not infectious from bacteria to bacteria. In contrast, exogenous resistance is due to horizontal transfer of genetic information amongst bacteria. There are three levels of resistance dissemination depending upon the vector: bacteria (clonal spread), replicons (plasmid epidemics) or genes (transposon epidemics). These various levels, which account for the extraordinary rise in antibiotic resistance, are not only infectious but also exponential as each is associated with DNA duplication.

Acquisition of resistance corresponds to a gain of function and is thus, generally, associated with a biological cost; resistant derivatives have a lower degree of fitness than the parental strain. The biological cost determines the stability and potential reversibility of resistance. A compensatory evolution could occur, thereby reducing the biological cost and leading to stabilization of the resistant bacteria in a natural population. As dissemination of resistance is closely linked to the magnitude of the selective pressure, the only hope is to delay this dissemination. This leaves us with a single recommendation: antibiotics should be used cautiously.

Impact épidémiologique de la résistance aux antibiotiques

Marie-Hélène NICOLAS-CHANOINE - Inserm, Hôpital Beaujon

L’histoire montre que la résistance (R) acquise aux antibiotiques suit rapidement l’utilisation thérapeutique des antibiotiques. L’émergence une fois établie, se pose la question de l’impact épidémiologique de telle ou telle résistance acquise. Répondre à cette question requiert de mesurer « le volume » de R au sein des bactéries pathogènes et d’en surveiller l’évolution.

La mesure du volume est représentée par différents taux (pourcentage de souches R au sein de l’espèce, incidence à l’hôpital pour 100 patients admis ou pour 1000 jours d’hospitalisation, et incidence en ville pour 100 000 habitants en ville) et faite via des enquêtes transversales (un jour donné) ou longitudinales (période de temps). La fiabilité des études longitudinales, exige que les doublons tant au numérateur (souches R) qu’au dénominateur soient éliminés. L’absence d’élimination des doublons au dénominateur quand il est constitué de la totalité des souches de l’espèce étudiée amène à une sous-estimation la prévalence des souches R.

Quels couples espèce bactérienne/antibiotique sont à surveiller. Concernant l’espèce, la surveillance (exemple pris chez l’homme) porte essentiellement sur les pathogènes opportunistes les plus fréquents (les Entérobactéries dont Escherichia coli et Klebsiella pneumoniae, Staphyloccus aureus) ou déjà naturellement R à une batterie d’antibiotiques (Pseudomonas aeruginosa). Elle porte

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aussi sur les pathogènes strictes (Mycobacterium tuberculosis, Salmonella Typhi, gonocoque etc). Au regard de ces différents groupes de pathogènes, les antibiotiques dont la R est surveillée sont, d’une part, ceux classiquement employés pour traiter les différentes infections que ces bactéries causent, et d’autre part, les antibiotiques de dernier recours quand le taux de R aux antibiotiques habituellement utilisés est notable.

Quel quel type de surveillance appliqué: surveillance passive et/ou surveillance active ? La surveillance active sert à mesurer l’impact de mesures appliquées pour diminuer la R aux antibiotiques chez un groupe bactérien donné (incitation pour diminuer la consommation des antibiotiques, mesures d’hygiène pour diminuer la transmission des bactéries résistantes).

S aureus R à la méticilline (SARM). Dès la commercialisation (1961) de la méticilline (pénicilline anti staphylococcique) des souches de SARM ont été identifiées. Au Danemark, les SARM représentaient 20 % des S. aureus en 1967-69 mais n’en représentaient plus que 0,6 % en 1989 (baisse de 40 %) (1). Dans les hôpitaux de l’Assistance-Publique Hôpitaux de Paris, le taux de SARM est passé de 39,4 % en1993 à 13,6 % en 2011 (baisse de 75 %) (2). Ces baisses sont liées à des mesures de contrôle de la dissémination des SARM.

E. coli producteur de β-lactamase à spectre étendu (BLSE) hôpital/ville. Au sein de 90 148 isolats cliniques de E. coli récoltés prospectivement de novembre 2011 à avril 2012 par 71 laboratoires principalement hospitaliers et répartis sur toute la France, 5,1 % étaient producteurs de BLSE (3). Une étude rétrospective menée en 2013 par 499 laboratoires de ville répartis sur toute la France a montré qu’au sein de 51 463 E. coli urinaires de ville 3,3 %, variant de 3 % chez les femmes à 4,8 % chez les hommes (p<0,001) étaient producteurs de BLSE (4). Pour les 908 patients vivant dans des maisons de retraite médicalisées, la prévalence était de 12,1 % (14 % chez les hommes/11,7 % chez les femmes p=0,5).

E. coli et K. pneumoniae R aux carbapénèmes. L’étude de Robert et coll (3) a montré que 0,07 % des isolats cliniques de E. coli étaient R aux carbapénèmes, et ce 1 fois sur 7 par production de carbapénémases alors que 1,1 K. pneumoniae l’étaient avec 1 fois sur 4 la production d’une carbapénémase.

En conclusion, les exemples cités montrent que la surveillance de la R est une pierre angulaire pour la définition des stratégies à mettre en place pour lutter contre la R.

Références 1. Rosdahl VT, Knudsen AM. The decline of methicillin resistance among Danish Staphylococcus aureus strains. Infect Control Hosp Epidemiol. 1991, 12:83-8. 2. Jarlier V, Trystram D, Brun-Buisson C et al. Curbing methicillin-resistant Staphylococcus aureus in 38 French hospitals through a 15-year institutional control program. Arch Intern Med. 2010, 170:552-9 3. Robert J, Pantel A, Merens A, et al. Incidence rates of carbapenemase-producing Enterobacteriaceae clinical isolates in France: a prospective nationwide study in 2011-12. J Antimicrob Chemother 2014, 69: 2706-12. 4. Martin D, Fougnot S, Grobost F, et al. Prevalence of extended-spectrum beta-lactamase producing Escherichia coli in community-onset urinary tract infections in France in 2013. J Infection 2015; Dec 15. pii: S0163-4453(15)00374-6 [Epub ahead of print].

Visualizing the hidden path of nosocomial Methicillin Resistant Staphylococcus aureus transmission

Didier GUILLEMOT - Institut Pasteur

Efforts to reduce epidemic nosocomial infections largely revolve around the prevention of person–to–person transmission and the identification of transmission events. These include the identification of contacts with an individual infected or colonized by a pathogen and also to be as accurate as possible in identifying paths of the pathogen between–persons.

Indeed, when facing either endemic transmission or an outbreak of pathogens, two crucial issues arise: detemine “who can transmit and has transmitted the disease to whom" and also « who can acquire or has acquired the pathogen from another person». Finding an answer to these questions

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would make it possible (i) to increase the precision with which the “contacts” are identified and, thus, to implement more effective isolation measures and (ii) to identify potential « super–spreaders », i.e. those individuals providing the greatest contribution to the transmission of the pathogen.

The identification of transmission chains would also be a major advance of particular importance both for the detection of possible concealed reservoirs.

We report here an experiment hold in a rehabilitation hospital, which has led to reveal potential paths of Meticillin Resistant Staphylococcus aureus transmission and we will discuss further direction for the use of technologies of information and communication in the control of nosocomial pathogen dissemination.

Transmission of antimicrobial resistance in animals and in the environment

Isabelle KEMPF - Anses

Isabelle Kempfa,b, Eric Jouya,b and Sandrine Barona,b a ANSES, Ploufragan Laboratory, 22440 Ploufragan, France b European University of Brittany, 35000 Rennes, France

The presentation will illustrate, through experimental studies, field observations or published papers, the different levels of transmission of antimicrobial resistance in animals and in the environment.

First, antimicrobial resistance genes can be transferred from resistant bacteria to susceptible ones belonging or not to the same species or genera. This transmission can be observed in the absence of antimicrobial selective pressure, but is usually favored by antimicrobial treatments. For example, resistance plasmids can be acquired by susceptible bacterial strains by conjugation within the intestinal microbiota. Such transmission can occur between commensal and/or pathogenic strains.

Transmission of resistant strains is also frequent between animals and the diffusion parameters of a resistant strain may be equivalent to the diffusion parameter of a susceptible one. Thus considering the breeding conditions, transmission of resistant isolates, strains or clones between animals present on the same pen may be very rapid, either for intestinal or for respiratory bacteria. In mammals as well as in birds, resistant strains may also be transmitted from animal breeders to their progeny. And due to international extensive trade, once they have emerged, the resistances can be disseminated to multiple countries particularly when the top of some production pyramids is contaminated. Resistant bacteria can also be transmitted from animals to farmers or humans by direct or indirect contact. Finally the presence of resistant bacteria in the animal gut is worrisome for the consumer, because of possible contamination of carcasses at slaughterhouse.

Manure from animals contains resistant bacteria, resistance genes and sometimes antibiotics and their metabolites. When they are spread on the field, these different contaminants may pollute the soils or environmental water. Many studies report the presence of resistant bacteria, resistance genes or antimicrobials in the environment, but the actual impact on animal or human health needs further risk assessment.

Staphylocoques et résistances : de l’Animal à l’Homme … et vice versa !

Frédéric LAURENT - Hospices Civils de Lyon - Université de Lyon

Résumé non parvenu

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Caractérisation et élimination des bactéries antibiorésistantes dans les effluents urbains

Sophie COURTOIS - SUEZ environnement

Sophie Courtois*, Sébastien Bonot, Ywann Penru* et Adriana Gonzales Ospina* *SUEZ

Au cours de la dernière décennie, la médecine humaine et vétérinaire a assisté à une recrudescence de souches de bactéries pathogènes résistantes à de nombreux antibiotiques. Le principal réservoir de bactéries résistantes aux antibiotiques est l’intestin de l’homme et des animaux, en particulier chez les sujets sous traitement antibiotique. Cependant, l’eau, l’environnement et les aliments contaminés par des bactéries résistantes peuvent contribuer à la propagation de ces bactéries transmissibles à l’homme ou aux animaux et font par conséquent l’objet d’une surveillance accrue. Comprendre le rôle du portage des matières fécales pourrait être un élément clé pour maîtriser l’augmentation du nombre de souches de bactéries résistantes.

Les stations d’épuration possédant une étape de traitement biologique associent densité cellulaire bactérienne élevée, résidus antibiotiques et bactéries résistantes provenant des eaux usées. Elles peuvent être considérées comme des « hotspots » potentiels de propagation, dans lesquels les échanges de matériel génétique seraient favorisés par la forte densité microbienne, et qui contribueraient à la propagation de bactéries résistantes aux antibiotiques dans l’environnement. De par leur position à l’interface entre les activités humaines et l’environnement, les stations d’épuration constituent donc un point de maîtrise possible pour limiter la dissémination de ces bactéries résistantes dans l’environnement.

Conscient de l’impact que pourrait engendrer la dissémination de cette pollution génétique, Suez a engagé plusieurs projets de recherche visant à valider les procédés et conditions associées aux stations de traitement des eaux usées qui permettraient de limiter la présence des bactéries antibiorésistantes dans les effluents urbains. L’élimination par les procédés conventionnels par traitement biologique a ainsi été caractérisée. Il a aussi été montré que des technologies d’oxydation à base d’ozonation sont très efficaces pour limiter la propagation des résistances aux antibiotiques en : (1) limitant le nombre de bactéries résistantes aux antibiotiques dans l’effluent final et (2) en limitant la concentration de résidus antibiotiques afin que la pression de sélection s’en trouve réduite.

Les transferts horizontaux de gènes de résistance aux antibiotiques étant un volet à ne pas négliger pour la maitrise de la propagation des caractères d’antibiorésistance, les paramètres environnementaux influant sur la stabilité et le transfert d’un élément génétique modèle (plasmide pB10) ont également été étudiés pour les procédés conventionnels de traitement biologique. Les résultats ont démontré que l’aération et les actions mécaniques de mélange étaient des paramètres clés qui limitaient le transfert horizontal de gènes de résistance aux antibiotiques alors que des concentrations sub-inhibitrices en antibiotiques pouvaient participer à la dissémination des gènes de résistance aux antibiotiques, notamment en milieu fixé ou statique (biofilms, sédiments).

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Factors influencing the occurrence and the fate of E. coli population in aquatic environment

Fabienne PETIT - Univ. Rouen

1 Fabienne Petit, 1 Thierry Berthe, 2 Erick Denamur, 2 Olivier Clermont, 1 Nicolas Massei, 1 Jean-Paul Dupont, 1 Julien Deloffre 1 CNRS, UMR M2C SFR SCALE, Normandie Université, Rouen, France 2 UMR IAME INSERM Université Paris Diderot, Sorbonne Paris Cité, Paris, France

The assessment of the microbial quality in water environment, including the spread of antibiotic-resistant fecal bacteria and their corresponding genes, will be one of the major challenges of the next decades. A multidisciplinary study, associating hydrogeologists, clinical and environmental microbiologists, was carried out in order to determine the vulnerability of environmental water to contamination by fecal bacterial indicator - Escherichia coli (E. coli), including antibio-resistants strains.

The fate of Escherichia coli (distribution of phylogenetic groups, antibiotic resistance, occurrence of class 1,2 and 3 integrons) was analyzed in water (i) along a medical center – WWTP – river – estuary continuum, during a high epidemiologic period in the North west of France, (ii) in a small karst system belonging to the French national observatory network on karst (INSU/CNRS), karst aquifers supplying 33 % of the freshwater resources of the French population.

Along the continuum, occurrence of antibiotic-resistant E. coli and those harboring a class 1 integrons decreased significantly (p-value < 0.001) and a lower survival of most of the E. coli isolates, multiresistant to antibiotics, was observed in water microcosm experiment (< 2days). Once in the estuary, E. coli and the corresponding antibiotic-resistance genes are submitted to the particle dynamics and are deposited on mudflats. In karst aquifer, after a rainfall event, the increase of contamination by fecal bacteria, could be associated by an input of a population of culturable E. coli resistant to antibiotics, depending on the land use.

In conclusion, we proposed here some key parameters to predict the fate of antibiotic resistant strains and their corresponding genes in the environment, and to assess the microbiological risk due to the spread of antibiotic resistant bacteria, according to the DPSIR (Driving forces - Pressure- State- Impact- Response) concept.

Laroche et al, 2010, Ratajczak et al, 2010, Oberlé et al., Env. sci. Technol., 2012, Berthe et al, 2013, Ribeiro et al, 2014.

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Résumés des posters

POSTER #15 - SESSION 1

Incidence des rejets de stations de traitement des eaux usées urbaines sur la dissémination des médicaments et de l’antibiorésistance en rivière

Elodie AUBERTHEAU - IC2MP UMR 7285

E.AUBERTHEAU, T.STALDER, L.MONDAMERT, M.C.PLOY, C.DAGOT, J.LABANOWSKI

Les stations de traitement des eaux usées urbaines (STEU) ont été identifiées comme étant l’une des principales sources de médicaments dans l’environnement. Différentes classes thérapeutiques sont ainsi régulièrement retrouvées dans les eaux de surface à des concentrations allant de quelques ng/L jusqu’à plusieurs dizaines de µg/L. L’élimination de ces molécules par les STEU est généralement incomplète et dépend du procédé de traitement employé, des conditions opératoires, ainsi que des propriétés de chaque médicament. Cette contamination pose des questions quant à l’évaluation et la gestion des risques pour la santé humaine par les autorités sanitaires, notamment l’évolution de l’antibiorésistance dans l’environnement. En effet, la présence de médicaments a été mise en évidence dans les biofilms de rivière (ie. la biomasse microbienne). L’exposition constante des biofilms à un résiduel de médicaments pourrait participer au maintien et au transfert de gènes de résistance aux antibiotiques dans les communautés microbiennes.

Cette étude porte sur la comparaison de la contamination de biofilms prélevés en aval de STEU (13 STEU sélectionnées au long de la Vienne dans une zone principalement rurale et faiblement anthropisée) ayant différents types de procédés (boues activées, lit planté de roseaux et stations combinant ces deux procédés) et différentes capacités de traitement (1200 à 285000 équivalent-habitants). L’impact des STEU a été évalué par le biais des changements de composition des biofilms (en comparaison de biofilms prélevés en amont de chaque STEU), en termes de concentrations en médicaments (12 donc 4 antibiotiques) et gènes de résistance aux antibiotiques (intégrons de résistance).

5 à 11 médicaments ont été quantifiés dans l’ensemble des biofilms prélevés en aval de STEU. Un enrichissement des biofilms en médicaments est constatée jusqu’à 100 m en aval des STEU (par rapport à la référence prélevée en amont). Cet enrichissement est accompagnée par un enrichissement en intégrons de résistance de classe 1 (jusqu’à un facteur 30) et 3 (jusqu’à un facteur 360). Cependant, le phénomène d’enrichissement semble contenu aux premiers mètres en aval des STEU. Les procédés employés ainsi que les capacités des STEU ne semblent pas avoir d’influence sur les profils de contamination en médicaments et d’intégrons de résistance.

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Découverte de nouveaux antibiotiques : Nouvelle stratégie pour faire expri-mer les nombreuses voies de biosynthèse cryptiques présentes dans les gé-nomes des Actinomycètes

Marie-Joelle VIROLLE - Université Paris Saclay

Ahmed Askoura, Nicolas Seghezzi, Catherine Esnault et Marie-Joelle Virolle

La découverte de nouveaux antibiotiques devient une nécessité urgente pour faire face à la menace que constitue pour la santé humaine, le développement de bactéries pathogènes résistantes à la plupart des antibiotiques connus. Les Streptomyces, bactéries filamenteuses du sol à Gram+, fournissent déjà les 2/3 des antibiotiques utilisés actuellement. Chaque espèce est connue pour produire 2 à 4 molécules bio-actives différentes mais l'analyse de la séquence du génome de plusieurs dizaines de membres de ce genre a révélé que chacune contenait de 20 à 40 voies de biosynthèse susceptibles de diriger la synthèse de métabolites secondaires potentiellement bio-actifs. Ceci indique que seulement 10 % de la grande diversité métabolique de ce genre bactérien est exploité car la plupart des voies de biosynthèse détectées in silico sont en fait peu ou pas exprimées (cryptiques) dans les conditions habituelles de laboratoire. Afin d'accéder à cette grande diversité métabolique et découvrir de nouveaux antibiotiques, il est nécessaire de concevoir et mettre en oeuvre des stratégies innovantes visant à augmenter l'expression de ces voies de biosynthèse cryptiques afin de pouvoir caractériser le métabolite produit.

Dans ce contexte le groupe "Métabolisme Energétique des Streptomyces" (MES) de l'Université Paris Saclay a démontré l'existence d’une corrélation inverse entre la capacité des souches à produire des antibiotiques et leur contenu en lipides de réserve de la famille des TriAcylGlycérols. Ces deux types de molécules sont en effet en compétition pour des précurseurs communs, l'acétyl/malonylCoA. Un métabolisme de type glycolytique soutient logiquement l'accumulation de TAG alors que la production d'antibiotiques corrèle avec un métabolisme de type oxydatif. Le groupe MES a démontré que la transition d'un métabolisme glycolytique à un métabolisme oxydatif est lié à un stress énergétique qui généralement accompagne une limitation en phosphate.

En effet, un métabolisme oxydatif caractérisé par une forte activation du cycle de Krebs couplé à la chaine respiratoire est plus performant que la glycolyse pour rétablir la balance énergétique. Fort de cette démonstration, le groupe MES a construit un outil capable de créer un déficit artificiel en ATP (dépôt de brevet en cours). L'introduction de cet outil chez des souches non productrices d'antibiotiques ayant un contenu en TAG élevé (telle que S. lividans) conduit à une très forte induction de l'expression des voies de biosynthèse de métabolites secondaires cryptiques permettant la détection de métabolites secondaires précédemment trop faiblement produits pour être détectés. Le groupe MES envisage donc d'introduire cet outil dans de nombreuses espèces de Streptomyces ayant un contenu en TAG élevé afin de faire exprimer les nombreuses voies de biosynthèse silencieuses présentes dans le génome de ces bactéries et découvrir de nouvelles molécules bio-actives potentiellement utiles à la santé humaine.

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Lipid Nanoparticles for Reviving Antibiotics: Efficacy of a Gel of Daptomycin in a Methicillin-Resistant Staphylococcus aureus Rabbit Osteomyelitis Model

Amokrane REGHAL - ATLANGRAM

C. Jacqueline, A. Reghal, K. Asehnoune, G. Potel, J. Caillon ATLANGRAM, Nantes, France

Background: Daptomycin (DAP) is a bactericidal antibiotic with activity against Gram-positive organisms, including methicillin-resistant Staphylococcus aureus (MRSA) isolates, but its administration is exclusively by IV route. Lipid Nano-Capsules (LNCs) are known to vehicle medicines and could offer new therapeutic options. The efficacy of LNC-daptomycin (LNC-DAP) formulated in a gel was compared with that of other antistaphylococcal drugs in a MRSA osteomyelitis rabbit model.

Methods: Femoral trepanation of rabbits was performed, followed by injection of 108 CFU S. aureus suspension into the knee cavity. A surgical debridement of the infected tissues was performed 3 days later and animals were randomly assigned to: no treatment (controls), LNC-DAP [one application of 50 mg (Low Dose) or 200 mg (High Dose)], linezolid (LZO, simulating a human-equivalent dose of 10mg/kg/12h), or vancomycin (VAN, constant IV infusion to reach a 20xMIC serum steady-state concentration), or daptomycin (DAP, simulating a human-equivalent dose of 6 mg/kg). Surviving bacteria were counted in bone marrow (BM) and bone (BO) at day 3 and at the end of 4-days treatment (day 7).

Results: The nanotechnology manufacturing process of daptomycin was demonstrated with an entrapment efficiency of 100 %. The minimum inhibitory and bactericidal concentrations (MIC/MBC) of the free antibiotic DAP and the LNC-encapsulated DAP (LNC-DAP) against the MRSA strain were equivalent (0.5 mg/L). One topic dose of the gel formulation of LNC-DAP versus four days of IV standard antibiotics (LZO, DAP, VAN) showed significant decrease of the bacterial burdens in both BO and BM compartments as compared to IV antibiotic regimens.

Conclusions: In this model, a gel of lipid nano-encapsulated daptomycin (LNC-DAP) showed significant in vivo activity after ONE topic application in comparison with 4 days of IV anti-staphylococcal drugs. The use of LNCs for local delivery of antibiotics is a promising approach to revive old antibiotics or to develop new antibacterial agents.


Potent pseudopeptide antibiotics derived from a s. aureus toxic peptide

Michèle BAUDY-FLOC'H - UMR CNRS 6226

Olivia Solecki, Irène Nicolas, Amor Mosbah, Brice Felden, Michèle Baudy Floc'h

A series of short, cyclic pseudopeptides inspired from a 30-residue toxic Staphylococcus aureus peptide were designed and incrementally modified. The antibacterial activity against Gram-positive and negative bacteria was enhanced while removing human cell toxicity. Four pseudopeptides exhibit considerable potential for antimicrobial agent development, eliciting a 120 therapeutic index. Based on permeabilization assays and electron microscopy, Pseudopeptide antimicrobial activity does not rely on bacterial membrane disruption, as for the parental PepA1 peptide. In vivo tests are under progressed.

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Plateforme de criblage polyvalente et originale pour la recherche de nou-veaux antimicrobiens seuls ou en combinaison

Bianca JOHANSEN - SETUBIO

Johansen Bianca, Sergere Jean-Christophe SETUBIO SA – Bioparc Vichy– 03270 Hauterive- France

Contexte

Face à l’augmentation croissante de résistances microbiennes aux antibiotiques, la nécessité d’une nouvelle génération de plateformes capables d’identifier rapidement et efficacement de nouvelles molécules actives prend tout son sens. SETUBIO a développé une plateforme haut débit de nouvelle génération capable de cribler un large éventail de candidats (extraits naturels, molécules isolées/synthétiques…) sur une grande variété d’espèces microbiologiques. Cet outil permet d’identifier rapidement les activités d’intérêt pour des marchés variés.

Plateforme HTS innovante

Il s’agit d’une méthode performante permettant d’analyser jusqu’à 1700 échantillons par jour, de manière automatisée et intégrée. Un logiciel propriétaire permet d’optimiser l’interprétation et de présenter précisément les différents effets observés : stimulation, inhibition, retard, effet dose…

Grâce au développement de tests en atmosphère contrôlée, SETUBIO peut étudier au plus proche de l’in vivo l’impact sur les souches naturellement anaérobies ou encore en micro-aérophiles. La plateforme de crible a été développée de manière à être la dernière étape avant les tests in vivo.

Modèles et marchés

La plateforme HTS permet d’étudier une large gamme d’espèces, même les plus fastidieuses. Plus de 70 espèces (dont ABR) sont d’ores et déjà intégrées au crible, permettant l’identification précise des spectres d’activités de nouveaux principes actifs. L’ensemble de ces espèces couvrant différentes applications permet d’orienter le développement du produit vers un usage vétérinaire ou humain, en santé, hygiène, dermocosmétique, nutraceutique, agriculture…

Stratégie

L’association visant l’activation ou la réactivation de principes actifs connus et un moyen souvent employé pour faire face à l’émergence de résistance. La plateforme de crible est un moyen efficace pour tester de nombreuses associations sur une classe ou une famille d’organismes.

Enfin, parce que l’on recherche de plus en plus de principes actifs spécifiques aux pathogènes visés, SEUTUBIO étudie l’impact sur le microbiote et plus précisément sur la flore bénéfique impliquée dans l’application du produit. C’est l’évaluation de ces effets collatéraux qui permet bien souvent de prévenir des effets néfastes et de prédire ou d’expliquer certaines observations des tests in vivo.

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Characterisation of DD14, an enteroccin produced by Enterococcus faecalis with anti-Clostridium perfringens activity

Delphine CALY - Institut Charles Viollette

Delphine L. Caly1, M. Chevalier1, C. Flahaut1, B. Cudennec1, A. K. Al Atya1, R. D’Inca2, E. Auclair2 and D. Drider1 1 Institut Charles Viollette, Université Lille 1 Sciences et Technologies, Villeneuve d'Ascq, France 2 Société Industrielle Lesaffre, Phileo Lesaffre Animal Care, Marcq-en-Baroeul, France

Since the European ban on the preventive use of antibiotics, the incidence of necrotic enteritis (NE) has increased in broiler chickens. Clostridium perfringens type A strains are responsible for this disease, which causes important mortality and dramatic economical losses. There is therefore an urgent need to find anti-C. perfringens alternatives to antibiotics as preventive treatments against NE[1]. We have showed that a strain of Enterococcus faecalis, previsously isolated from meconium and characterised [2], was active against four Clostridium perfringens isolates when co-cultures on agar plates. The anti-Clostridium activity was mainly ascribed to production of extracellular proteinacious peptide named enteroccin DD14. Afterwards enterocin DD14 was purified using cation exchange exchange and size exclusion chromatography and the minimal inhibitory concentration (MIC) of DD14 against three collection and one clinical C. perfringens strain was determined at 50 µg/ml. Further, using the intestinal epithelial cell line IPEC-1, we showed that the E. faecalis strain was not cytototoxic after 24 hours of contact and we observed no cytotoxicity when IPEC-1 cells were incubated with the purified enteroccin for 4 hours. Enteroccin DD14 was characterised using mass spectrometry and consisted of two small proteins of 5206 and 5210 Da, respectively. Both peptides were active separately but also had synergistic activity, which classifies DD14 a class IId learderless bacteriocin [3]. The genes encoding for DD14A and DD14B were sequenced and were shown to be identical to other previously described enteroccins MR10A and MR10B [4].


Strip test for antibiotics resistance

Hervé VOLLAND - Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives

H Boutal1, T Naas2, K Devilliers1, L Dortet2, S Oueslati2, M Plaisance1, S Simon1, H Volland1 1 CEA Saclay, Institute of Biology and Technologies of Saclay, Laboratory for immunoanalytical researches, Gif sur Yvette, France 2 EA7361, UPSUD, Hôpital de Bicêtre, APHP. Le Kremlin-Bicêtre France

Antibiotics are for years the main treatment against bacterial diseases. Their use as therapeutic tools put a selective pressure on bacteria and consequently development of bacterial resistances occurred. Beta-lactams are the most prescribed antibiotics, and more and more powerful drugs were administered to tackle the resistances. One way to fight beta-lactams activity for microorganisms is to produce enzymes called beta-lactamases. In the 80s, extended spectrum beta-lactamases (ESBL) like CTX-Ms emerged and spread worldwide, becoming a major public health concern. Within the beta-lactam family, carbapenems are relatively resistant to hydrolysis by beta-lactamases. Moreover, they have the widest spectrum of activity and the greatest potency against Gram-negative and Gram-positive bacteria. Considering that, they are often used as antibiotics when patients are in treatment failure and suspected to carry resistant bacteria. As a consequence, enzymes able to hydrolyze carbapenems emerged (NDM, OXA and KPC like for example) and an increase of multidrug resistant (MDR) strains can clearly be observed, leaving the medical community in a therapeutic impasse.

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Enterobacteriaceae are commensal or pathogenic bacteria lying mainly in gut, and are often involved in nosocomial or community infections. They are showing more and more resistances that are highly transmissible from one strain to another. A patient can thus represent a reservoir of resistant enterobacteriaceae. Therefore it is crucial to early detect and identify resistant strains after patient’s admission to hospital, in order to prevent inappropriate treatments and the spread out of resistance genes. Some tests are already commercially available like antibiograms, RT PCR/PCR, selective media. Unfortunately all of them necessitate a preliminary 12 to 48 hours culture step. This delay is not compatible with an efficient patient management.In collaboration with Thierry Naas’ team, at Kremlin Bicêtre Hospital, we develop rapid immunodiagnostic tests (lateral flow formats) for the four beta-lactamases mostly encountered in France (CTX-M-15, NDM-1, OXA-48 and KPC-1)and for IMP et VIM. The prerequisites of these tests are i) the production of monoclonal antibodies against the four beta-lactamases and ii) the development of an extraction method of the enzymes for their fast detection in clinical samples such as urine, feces, blood, and sputum.

The ultimate goal is to develop a multiplex detection test for the main beta-lactamases. This test usable in a hospital field would be helpful to allow patient stratification and permit a more appropriate use of antibiotics and take of decisions.


Nouveaux services de prestations de microbiologie moléculaire : un appui ‘sur mesure’ au monitoring microbiologique

Marina MOLETTA-DENAT - INRA Transfert Environnement

La lutte contre l’antibiorésistance est au cœur des préoccupations de santé publique. Aujourd’hui les différents moyens de lutte impliquent une meilleure connaissance de leur détection environnementale. Cette détection nécessite des outils de pointe en matière de microbiologie moléculaire environnementale et la mise en œuvre d’indicateurs globaux.

Les nouveaux outils moléculaires développés depuis 30 ans sont maintenant à l’heure du haut débit et disponibles pour le plus grand nombre grâce aux structures spécialisées.

Centre de ressources et de transfert dans le domaine des biotechnologies, INRA Transfert Environnement, propose des prestations de microbiologie moléculaire. Ces prestations sont issues des compétences scientifiques et techniques du Laboratoire de Biotechnologies de l’Environnement en termes de management des écosystèmes microbiens. Les compétences analytiques d’INRA Transfert Environnement s’étendent notamment à l’eau, à l’air, aux surfaces, aux bioprocédés, aux matériaux, aux sites et sols pollués et aux matrices agroalimentaires. Elles regroupent des analyses quantitatives et qualitatives du microbiome et permettent notamment d’apporter des réponses ‘sur mesure’ aux questions concrètes pouvant être posées par les demandeurs.

Ces prestations s’appuient sur les moyens techniques de la plateforme de microbiologie moléculaire du LBE regroupant des outils de PCR, PCRq et RT-PCRq qui permettent la quantification de groupes microbiens et de gènes de fonction spécifiques comme les gènes de résistances aux antibiotiques. Plusieurs gènes sont actuellement suivis dans l’environnement et dans les procédés biologiques de traitement des pollutions. Des outils qualitatifs, empreintes moléculaires et séquençage haut débit sont également utilisés. INRA Transfert Environnement propose également des services d’analyses de bioinformatique et de gestion des méta-données, tels que la construction de bases de données spécifiques et la définition d’indicateurs d’intérêt, via un pipeline dédié.

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The MilliDrop Analyzer, a new highly accurate system for measuring MIC in Antibiotic Susceptibility Testing using microdroplets

Laurent BOITARD - MilliDrop

L.Boitard, P.Broyer, L.Jiang, P.Mahé, M.Tournoud, P.Bourne-Branchu, A.C. Chareire, C.Franceschi, G.Zambardi, J.Baudry, J.Bibette

We present a droplet-based millifluidic system for Digital Antimicrobial Susceptibility Testing (Digital-AST), which enables the determination of precise and accurate minimum inhibitory concentration (MIC). The MilliDrop Analyzer was optimized by comparing to standard methodology and conducting reproducibility studies. It was further validated by testing the susceptibility of gentamicin, chloramphenicol and nalidixic acid against reference strain Escherichia coli ATCC 25922. Finally, we measured the susceptibility of Staphylococcus aureus to vancomycin, including vancomycin-intermediate (VISA), heterogeneous vancomycin-intermediate (hVISA) and vancomycin-sensitive strains.

The MIC values obtained were in agreement with standard broth microdilution testing and revealed a much higher accuracy that enabled us to reliably discriminate between the sensitive and hVISA strains. These findings should be confirmed in a broader strains collection for MIC accuracy. The minimum required incubation time for a correct estimation of MIC value correlated with reference MIC range must be assessed.


Annotation du métabolome de Staphylococcus aureus par l’utilisation de la chromatographie liquide couplée à la spectrométrie de masse à haute résolu-tion et application à l’étude de la résistance à la méticilline

Florence CASTELLI - CEA

Sandrine AROS-CALT (1,2), Florence A. CASTELLI (1), Patricia LAMOURETTE (1), Bruno H. MULLER (2), Gaspard GERVASI (2), Christophe JUNOT (1), François FENAILLE (1) (1) Commissariat à l’Energie Atomique, DSV / IBiTec-S / SPI, Laboratoire d’Etude du Métabolisme du Médicament, 91191 Gif-sur-Yvette, France (2) bioMérieux S.A, Unité Innovation, Chemin de l'Orme, 69280, Marcy l'Etoile, France

Le taux de mortalité associé aux infections par le S. aureus résistant à la méticilline (SARM) est le plus élevé parmi les infections staphylococciques. Le SARM est aussi une des plus fréquente bactéries multi-résistantes qui plaçe le médecin en situation d’impasse thérapeutique. Dans ce contexte, ce travail a pour vocation de démontrer l’intérêt d’utiliser la métabolomique pour éclaircir un certain nombre de questions encore en suspens sur les mécanismes cellulaires de résistance aux antibiotiques chez S. aureus. Pour répondre à cette problématique, nous avons développé une plateforme de métabolomique bactérienne impliquant la mise place d’un protocole de préparation d’échantillon spécifique, multi-étapes et comprenant plusieurs méthodes de chromatographie liquide couplée à la spectrométrie de masse à haute résolution (LC/HRMS). Ce travail a également nécessité l’implémentation d’une base de données spectrales dédiée.

Ces développements ont permis d’obtenir la plus large couverture métabolique de S. aureus obtenue à ce jour, avec 210 métabolites intracellulaires caractérisés. L’utilisation de cette plateforme a permis de différencier les profils métaboliques de 10 souches cliniques de S. aureus résistantes et

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sensibles à la méticilline sans exposition aux antibiotiques en tenant compte d’un certain nombre de paramètres physiologiques comme le stade et la vitesse de croissance. Après optimisation rigoureuse des conditions de culture, l’étude approfondie de ces 10 souches cliniques nous a permis de dégager une première signature métabolique du phénotype de la résistance à la méticilline, signant notamment l’implication des voies de biosynthèse de la paroi et de la capsule bactérienne.

Cette preuve de concept souligne l’intérêt et le potentiel de l’utilisation d’approches métabolomiques pour mieux comprendre les systèmes de régulation et la physiologie de S. aureus ou d’autres bactéries.


Structural and functional insights in OprM mediated Pseudomonas aerugino-sa efflux pumps involved in antibiotic resistance

Isabelle BROUTIN - CNRS, Université Paris Descartes

Yvette Ntsogo1, Laura Monlezun2, Gilles Phan1 et Isabelle Broutin1 1 Laboratoire de Cristallographie et RMN Biologiques, CNRS-UMR 8015, Faculté de Pharmacie, Université Paris Descartes, USPC, Paris, France. 2 Division of Molecular Microbiology, College of Life Sciences, University of Dundee, Dow Street, Dundee DD1 5EH, U.K

Bacterial infections remain a major public concern due to the accelerated increase in the appearance of antibiotic resistance. In Gram-negative bacteria this phenomena involves several systems. Our studies focus on one of them, the use of efflux pumps to overcome toxic effects of antibiotics. Those efflux pumps, spanning both the inner and outer membrane, are tripartite systems composed of an inner membrane transporter from the RND family, a periplasmic fusion protein anchored in the inner membrane from the MFP family, and a channel inserted in the outer membrane from the OMF family. We are investigating the steps involved in the whole pump assembly of two MFP-RND-OMF efflux pumps from Pseudomonas aeruginosa, namely MexAB-OprM and MexXY/OprM. We want to study the structure and the function of the whole pumps and of their individual components using biophysical approaches such as x-ray crystallography combined with in vivo analysis. In order to better understand the OprM opening mechanism we investigated the role of several clue residues located at its periplasmic extremity. We solved the crystallographic structure of a forceful opened OprM mutant and analysed their resistance characteristics in vivo by complementation experiments performed on deleted strains. As an alternative to the classical approach targeting the inner membrane transporter, the understanding of the mechanisms involved in the whole pump assembly and function will facilitate the design of new drugs targeting the conformational modifications involved in the opening and/or the formation of the edifice.

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Novel materials and methods for the detection, traceable monitoring and evaluation of antimicrobial resistance

Gustavo MARTOS - Laboratoire National de Metrologie (LNE)

The AntiMicroResist consortium. Gustavo Martos presenting on behalf of the consortium

The AntiMicroResist consortium has been established following the 2015 health projects call of the European Association of National Metrology (Euramet). The overall objective of AntiMicroResist is to develop the underpinning metrology to support the detection, monitoring and evaluation of antimicrobial resistance associated with infectious disease. Infectious diseases are a major burden on national healthcare systems with wider implications that are not always apparent in areas such as surgery, cancer treatment and neonatal medicine. The potential impact of such infections is now being re-emphasised by the spread of antimicrobial resistance, which is acknowledged globally as one of the most prominent potential threats to human health.

A key, and achievable, area for stopping this threat is by advancing the accuracy and reproducibility of the clinical testing required to enable doctors to determine the correct antimicrobial therapy to use. Such considerations will not only improve current routine testing, but will assist in the implementation of novel techniques that are required to combat the threats posed by the latest array of complex resistance mechanisms that are enabling organisms to avoid the most advanced antibiotics. An established metrological framework is needed to support the management of the patient to confront what is essentially an arms race between the pathogens that infect us and our tools to counter them.

The AntiMicroResist consortium will focus on the methodologies involved in the clinical testing for detection, monitoring and evaluation of antimicrobial resistance. It will improve the comparability of existing and emerging measurements by developing advanced high accuracy procedures for their evaluation. It will ensure efficient implementation by working with external quality assessment (EQA), or proficiency testing (PT), providers and clinical microbiology laboratories to demonstrate how these can be applied to both improve the quality of existing testing methods and be translated to the more technologically advanced technologies including Point of Care. Additionally the metrology communities will form a network of excellence to ensure the foundations established by AntiMicroResist are continued after the project is complete.


Impact de la distribution de complexes algaux sur les performances tech-niques et économiques de poulets de chair

Olivier BIANNIC - Olmix

Frédérick Bussy, Pi Nyvall Collen, Matthieu Le Goff OLMIX - ZA du Haut du Bois - 56580 BREHAN

Durant les deux premières semaines de vie, les poussins voient leur immunité maternelle diminuer progressivement. Dans ce contexte, deux complexes algaux visant à réduire les effets négatifs du stress au démarrage et de l’immunodépression ont été développés. L’objectif de la présente étude était de mesurer les effets bénéfiques de la distribution de ces deux complexes algaux via l’eau de

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boisson dans des élevages commerciaux. L’étude a été réalisée sur plus de 450 000 poulets répartis dans seize bâtiments : 1 contrôle (prophylaxie comprenant des antibiotiques) et 1 test (prophylaxie « algues » sans utilisation d’antibiotiques) dans chacun des huit élevages participant à l’essai. Le groupe test a reçu le premier complexe algal entre 24 et 36 heures à la mise en place et le deuxième complexe algal le jour précédant et les deux jours suivant la vaccination contre le virus de la maladie de Gumboro, faite autour du quinzième jour. La prise vaccinale a été évaluée à l’aide des titres d’anticorps anti Gumboro titré à 1 puis à 35 jours d’âge. Une évaluation de l’impact économique de la prophylaxie « algues » a été réalisée. L’essai a permis de mettre en évidence une diminution non significative du taux de mortalité en faveur du groupe test (4.36 % contre 3.39 %, p=0,14, pour les groupes contrôle et test) ainsi que du taux de saisie à l’abattoir (0.65 % contre 0.56 %, p=0,19, pour les groupes contrôle et test). Aucune différence n’a été observée pour l’indice de consommation et le gain moyen quotidien. Seul 6 élevages ont pu être pris en compte dans l’analyse de la prise vaccinale. 3 des 6 élevages montrent une diminution significative


Effect of probiotic strains on intestinal carriage of vancomycin-resistant Ente-rococcus faecalis

Lionel RIGOTTIER-GOIS - UMR Micalis, INRA, AgroParisTech, Jouy-en-Josas

Crouzet L. 1, Derrien M. 2, Cherbuy C. 1, Chalin B. 1, Langella P. 1, Grompone G. 2, Rigottier-Gois L. 1, Serror P. 1 1 UMR Micalis, INRA, AgroParisTech, F-78350 Jouy-en-Josas 2 Danone-Research, F-91120 Palaiseau

Among intestinal pathobionts, enterococci, in particular vancomycin-resistant enterococci (VRE), are a leading cause in critically ill, elderly and immunocompromised patients of health-care associated and community-acquired infections with life threatening issues. Promoting intestinal resistance against enterococcal overgrowth after antibiotic treatments could reduce the risk of VRE infections. In this study, we investigated the effects of two Lactobacillus strains on intestinal VRE to evaluate the use of probiotic strains to prevent VRE infections.

We used an intestinal colonization mouse model based on a microbiota dysbiosis induced by clindamycin to mimic enterococci overgrowth and VRE establishment. Each probiotic was administered daily to mice starting one week before antibiotic treatment until two weeks after antibiotic and VRE inoculation. Enterococci increased transiently with clindamycin treatment and reached the highest level one day after stopping the antibiotic. Inoculated E. faecalis VRE evolved concomitantly to indigenous enterococci and persisted up to 11 days post-inoculation. No significant difference of VRE level was observed in Lactobacillus rhamnosus CNCM I-3690 treated mice compared to the control. Remarkably, administration of Lactobacillus paracasei CNCM I-3689 significantly decreased VRE level in the gut microbiota. Absence of growth inhibition of L. paracasei CNCM I-3689 on the VRE strain in vitro suggests an indirect effect on the gut microbiota or on the host. Transcriptomic analysis on a selection of host genes and whole microbiota analysis are underway to understand how L. paracasei CNCM I-3689 favors intestinal colonization resistance against VRE. Sequencing of 16S rDNA of the microbiota suggests that L. paracasei CNCM I-3689 increased recovery of Bacteroidetes phylum compared to control group. Ultimately, this work will contribute to propose non-antibiotic prophylactic strategies against opportunistic enterococci after antibiotic dysbiosis.

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Activités antibacterienne et immunomodulatrice d'un extrait d'algue verte riche en polysaccharides sulfatés

Olivier BIANNIC - Olmix

Frédérick Bussy, Matthieu Le Goff, Pi Nyvall Collen Olmix ZA du Haut du Bois 56580 Bréhan, France

Antibiotics have been used for a long time in pig production to protect animals against pathogens. However, EU policy has been adopted to implement a sustainable production without adding antibiotics as growth promoters. Marine algae contain in their cell wall water‐soluble sulfated polysaccharides with potential biological activities such as anticoagulant, antiviral, antibacterial and immunomodulating activities that are being explored to be used as an effective alternative to antibiotics. A crude extract containing sulfated polysaccharides was prepared from the green algae Ulva armoricana harvested in Brittany region (France) and tested for its antibacterial activity against five strains of bacterial pathogens: Salmonella Typhimurium, Staphylococcus aureus, Listeria monocytogenes, E. coli O78 and E. coli K88. The obtained results showed that this extract was more effective in inhibiting the growth of S. aureus than those of L. monocytogenes, E. coli K88 and E. coli O78. Furthermore, the ability of the extract to stimulate the expression of the immune response mediators was evaluated using an in vitro system of porcine differentiated intestinal epithelial cells

IPEC‐1. Analysis by RT‐qPCR showed increased expression of several cytokines including TNFα, IL‐1

α, IL‐6, IL‐8 and CCL20. This stimulation of immune response factor expression involved the activation of TLR4 receptor. These results suggest that this extract could be used as a new prophylactic strategy to stimulate the immune response of animals and to protect mucosal tissues against pathogens.


Nouvel actif contre les bactéries Gram positif sauvages et résistantes, issu d’une microalgue

Bianca JOHANSEN - SETUBIO

Bianca Johansen1,2, Raphaël E. Duval2, Jean-Christophe Sergere1 1SETUBIO SA – Bioparc Vichy– 03270 Hauterive- France 2UMR 7565, SRSMC, CNRS-Université de Lorraine, Nancy, F-54001, France

Contexte

La biodiversité marine et ses ressources présentent aujourd’hui un grand intérêt pour des domaines d’applications très divers, et sont aujourd’hui une véritable source innovante de molécules aux propriétés variées. SETUBIO possède une collection propriétaire de 140 microalgues d’eau douce et de mer, régulièrement testée sur de nouveaux modèles microbiens à la recherche de nouvelles propriétés antimicrobiennes ou prébiotiques.

Savoir faire

La culture des microalgues nécessite un environnement adapté dont la température, l’hydrométrie et la luminosité sont contrôlées. C’est en travaillant sur différents stades de croissance que l’ont peut dévoiler l’ensemble des secrets de ces organismes. Un crible haut débit de la collection propriétaire de SETUBIO a permis de mettre en évidence une activité antibactérienne, issue d’une molécule inconnue excrétée par une microalgue dans son milieu de culture. Par la suite, les tests ont été menés

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sur le milieu de culture de cette microalgue (brevet FR2977799B1).

Etude de l’activité

La concentration minimale inhibitrice et bactéricide de l’actif (CMI/B) a été étudiée sur 30 espèces bactériennes Gram positif, 22 Gram négatif, et 5 champignons. Les résultats montrent une activité inhibitrice, bactéricide et anti-biofilm, spécifique des bactéries pathogènes Gram positif, sans affecter la croissance des bactéries bénéfiques (Lactobacilles, Bifidobactéries). De plus, l’étude de l’actif sur des lignée primaires fibroblastiques humaines a permis de démontrer son innocuité.

L’activité de l’actif a été étudiée sur 11 souches cliniques : 10 souches de S. aureus résistantes et multi-résistantes, et 1 souche de S. epidermidis multi-résistante. Les résultats obtenus démontrent l’efficacité de l’actif sur les bactéries ayant une ou plusieurs résistances aux antibiotiques de la classe des betalactames (methicilline, pénicilline G), aminosides, groupe de MLS (macrolides et lincosamides), tétracyclines, acide fusidique, fluoroquinolones, rifampicines, et de l’association des sulfamides et trimetoprime.

Poursuite

Des travaux complémentaires sont actuellement en cours, afin d’élargir le spectre d’activité de l’actif sur souches cliniques, ainsi que pour évaluer ses capacités d’éradication de biofilm et de time-kill, et enfin de la prédisposition des bactéries à y développer une résistance.


Effet des conditions environnementales sur la formation des biofilms et la résistance des bifofilms aux traitements biocides

Marwan ABDALLAH - ProBioGem

Marwan Abdallah(ab), Corinne Benoliel(b), Pascal Dhulster(a), Nour-Eddine Chihib(a) (a) Laboratoire de Procédés Biologiques, Génie Enzymatique et Microbien (ProBioGem) IUT A/Polytech’Lille, Université de Lille Science

et Technologies Avenue Langevin 59655 Villeneuve d’Ascq Cedex (b) Laboratoire SCIENTIS Parc Biocitech 102 Avenue Gaston Roussel 93230 Romainville

La contamination des surfaces, dans le secteur hospitalier et alimentaire, par des biofilms est à l’origine soit d’intoxications alimentaires, soit d’infections nosocomiales. Pour lutter contre ces infections, nos travaux ont concerné l’étude et la caractérisation de l’influence des conditions environnementales sur la formation de biofilms chez Pseudomonas aeruginosa et Staphylococcus aureus et sur la résistance aux produits biocides.

Afin de maîtriser la formation du biofilm reproductible de P. aeruginosa et S. aureus, les propriétés de surfaces des bactéries et des supports ont été caractérisées. L’adsorption des bactéries et la colonisation des supports ont été suivies par microscopie à épifluorescence et confocale. L’effet antibactérien de détergents/désinfectants, utilisés dans les secteurs alimentaire et hospitalier, a été évalué sur les biofilms de P. aeruginosa et de S. aureus installés sous différents conditions. De plus, l’effet de ces conditions environnementales sur les constituants majeurs de la matrice des biofilms, et sur la fluidité membranaire, a été aussi étudié pour comprendre les mécanismes de résistance aux détergents/désinfectants.

Les résultats obtenus montrent que l’historique écologique des bactéries présente une influence sur la formation des biofilms et sur la résistance aux traitements biocides. Cette étude montre que la résistance des bactéries, structurées en biofilm, n’est pas liée uniquement à la perméabilité de la matrice au principe actif, mais aussi, aux modifications qui peuvent avoir lieu au niveau cellulaire, notamment celles concernant la fluidité membranaire.

Mots clés : Biofilm, conditions environnementales, détergents, désinfectants, résistance

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Parcours des intervenants et

des membres des comités

Hervé AFFAGARD Co-founder and CEO Hervé Affagard is the CEO of MaaT Pharma, a company specialised in the treatment of intestinal microbiota dysbiosis secondary to medical treatments. MaaT Pharma is developing a safe and standardized process for autologous fecal microbiota transplant aiming at preventing and treating dysbiosis associated to certain infectious diseases in patients receiving massive dose of antibiotics. MaaT Pharma benefits from INRA know-how, a worldwide leader in the intestinal microbiota knowledge, which helps in the research of medical applications based on its work.

Hervé Affagard leads the MaaT Pharma project since its inception in December 2014. Hervé worked previously as an entrepreneur in residence for venture capital firms with regards to their investments in the Healthcare field. In parallel, he also used to work as a consultant for biotechnology companies where he led transformation programs. He was previously an executive director leading a multidisciplinary team at Biomnis, specialist in medical testing. Combined with his previous experience at Bio-Rad which serves life science research and clinical diagnostics customers, he brings to MaaT Pharma a strong track record of operational leadership in the health sector and the capacity to translate into a concrete plan medical notions.

Hervé is an Engineer, Executive MBA, and holds a certificate “Exploring your Microbiome”.

Antoine ANDREMONT Antoine Andremont obtained his M.D. at the University of Tours in 1976 and his Ph.D. at the University of Paris-South in 1986. Initially trained in pediatrics, microbiology, and tropical medicine in France, the United States, and Madagascar, he is currently a Full Professor of Microbiology at the University of Paris 7 Medical School and Head of the Bacteriology Laboratory of Bichat-Claude Bernard University Hospital in Paris (France). He specializes on the impact of antibiotics on the dynamics of bacterial resistance in the intestinal microbiota and has conducted numerous studies in this field in various parts of the world.

Marc BONNEVILLE Marc Bonneville, D.V.M. and CNRS research director, is currently vice-president in charge of the scientific and medical affairs of Institut Merieux, a holding dedicated to the development of diagnostic and therapeutic tools in the fields of infectious diseases, cancer and food safety. He was formerly the director of the INSERM Cancer Research Center Nantes/Angers (France). Marc Bonneville started to work in 1983 on transplantation immunology in Nantes (France), and then switched from 1987 to 1989 to upstream immunological issues dealing with mouse cellular immune responses during his postdoctoral training in S. Tonegawa’s laboratory (MIT, Boston). From 1990 to 2013, he has been heading a research group working on human cellular immune responses in various physiopathological contexts, with a main focus on so-called « transitional immunity » mediated by γδ and NKT cells on the one hand, and virus-specific conventional T cell responses on the other hand. Together with 5 other scientists, he founded in 1999 a biotech company (Innate Pharma SA) which implements new immunotherapeutic approaches targeting innate lymphocytes and their receptors in the field of infectiology and oncology. Marc Bonneville has authored around 200 scientific papers and 8 patents. He has received several awards and prizes (Bronze and Silver CNRS medal, Halpern and LNCC prizes, …). He has been involved in around 30 scientific councils and committees and has been the advisor of the INSERM General Director in the field of immunology and biotherapies from 2000 to 2007.

Philippe BULET Dr Philippe Bulet, PhD Research Director at CNRS, Université Joseph Fourier, AGIM CNRS FRE3405 at Grenoble (France), and Operating Manager of Platform BioPark of Archamps (France) since 2008. He obtained his PhD in Animal Biology and Physiology and Biochemistry in 1984 from the University of Lille (France). Between 1990-2002, he had a progressive position as team manager at the laboratory of the Nobel Prize 2011 in Medicine or Physiology, Pr JA Hoffmann (Strasbourg, France). After more than 24 years dedicated to insect immunity and to the development of refined methodologies he discovered

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several hundreds of immune defense molecules. Following this academic period he was appointed as Chief Scientist Officer of a Swiss Biotech company specialised in bioactive peptides from venoms and mass spectrometry (2002-2008).

In 2008, he moved back to an academic research centre in Grenoble (Université Joseph Fourier, France) where he was elected in 2011 as director of a research laboratory (72 collaborators, 2011-12). Due to his double experience in managing research & development in private and academic environments, he was also appointed as Chief Operating Officer of a Technological platform located in the French Geneva area (Archamps, 74, France). Between 2009 and 2015, his activity was divided between scientific research and administration of research with a special interest on the search for biomarkers in oncology, pathologies associated with aging and infectious diseases in different models (plants, animals and Human). For developing his research planes he used mass spectrometry (MS) and especially molecular imaging tools. His second activity was to administer his research laboratory at Grenoble and opening a technical platform dedicated to Life Sciences on the French Genevois (Archamps).

Since 2009 he is coordinator or partner of national and international projects [FUI OptimAbs, ANSES TOTEM, FranceAgriMer HematoBeeTest, Cellular Hepatocarcinoma (ARC1 Santé, LCC, ANRS]. His current research interests include: innate immunity, inflammation, oncology, therapeutics, molecular imaging and marker discovery. In these areas, he has published over 145 papers in international peer-reviewed journals, including 21 book chapters and reviews. He has been invited speaker and tutorialist in several international conferences and workshops and is co-founder of the Natural Peptide To Drug (NP2D) international congress Co-author of 13 patents in the fields of innovative antibiotics, he is co-founder of two Biotech companies (Funzyme Biotechs, in Geneva, Entomed SA in Strasbourg) and member of the scientific board of biotech companies and of two research institutions. He owns a consultancy services company in life science projects since 2011 with a special focus on bioactive peptides.

Christian BRUN-BUISSON Médecin réanimateur et professeur à l’université Paris-Est Créteil, il a effectué l’essentiel de sa carrière au CHU Henri Mondor de Créteil, où il a dirigé le service de réanimation médicale de 2001 à 2016, et été responsable de l’unité d’hygiène et prévention de l’infection. Il a contribué aux travaux du groupe de travail des anti-infectieux à l’Agence du médicament, à la commission des anti-infectieux de l’AP-HP, et préside la commission des anti-infectieux de l’hôpital Henri Mondor. Il a présidé le CLIN Central de l’AP-HP pendant une dizaine d’années, et a participé aux travaux du CTIN et du CSHPF, puis a été coordonnateur de la commission de suivi du programme national de lutte contre les infections nosocomiales (le Propin) et de la commission chargée du suivi du programme de lutte des infections nosocomiales et associées aux soins (la Cospin), pour enfin conduire l’élaboration du récent Propias, qui réunit les 3 secteurs de soins en médecine humaine dans une démarche commune de prévention. Il a coordonné un projet intégré Européen consacré aux bactéries multirésistantes dans le cadre du FP-6, et est l’auteur de près de 400 publications, dont la moitié est consacrée aux pathologies infectieuses, à l’antibiorésistance et à leur prise en charge. En février 2016, il a été nommé délégué ministériel à l’antibiorésistance pour coordonner les travaux du comité interministériel dédié à ce problème dans le cadre du comité interministériel pour la santé, selon l’une des préconisations du rapport Carlet remis à la ministre de la santé en septembre 2015.

Philippe CARENCO Praticien hospitalier en hygiène hospitalière depuis 1998, il développe une action constante en vue d’étudier et de limiter l’impact environnemental des établissements de santé. Son activité se déploie dans les différents axes de développement durable. Ainsi, il conduit des actions régionales inscrites aux deux premiers plans régionaux Santé-environnement de la région PACA visant à l’utilisation raisonnée des produits d’entretien et de désinfection permettant de réduire notablement la quantité de produits rejetés. Cette action vise à prévenir la résistance bactérienne aux antibiotiques induite par l’usage inconsidéré des biocides et à préserver la biodiversité menacée par leur mésusage. Membre de la Commission Développement Durable de la Société française d’Hygiène hospitalière, du Conseil départemental de l’Environnement, des Risques Sanitaires et Technologiques, attaché d’enseignement à la Faculté de Médecine de Nice, il consacre une part importante de ses activités à l’enseignement auprès des professionnels de santé dans les domaines de l’hygiène et de la santé environnementale.

Jean CARLET Jean Carlet, médecin, a entièrement consacré sa carrière à la réanimation médicale et à l’infectiologie. Il a été chef de service en réanimation polyvalente à l’hôpital St Joseph de 1980 à 2008. Il a été Président de la Société Européenne de réanimation (ESICM) de 1996 à 1998. Il s’est particulièrement intéressé à l’infectiologie : infections graves et chocs septiques, infections nosocomiales, antibiothérapie et résistance aux antibiotiques. Il a été président du CLIN de l’hôpital pendant de nombreuses années, président du Comité Technique National des Infections Nosocomiales (CTIN) de 1992 à 2004, et vice- président de la Société de Pathologie Infectieuse de Langue Française. De janvier 2015 à Juin 2015, il a été président du groupe de travail spécial pour la préservation des antibiotiques, nommé par la ministre de la santé, Marisol Touraine. Depuis 2011, il est président de l’Alliance Contre le développement des Bactéries Multi-Résistantes (ACdeBMR), qui est une alliance mondiale regroupant 740 membres.

L’autre point d’intérêt est la qualité et la qualité des soins, dont l’infection nosocomiale est un exemple. Il a été directeur médical de la direction « qualité et sécurité des soins » à la haute Autorité de Santé (HAS), de février 2008 à décembre 2009.

Depuis 2009, il est consultant, avec le statut de micro-entrepreneur.

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Philippe CLEUZIAT With more than 25 years of experience in biotechnology and diagnostic industries, Dr. Philippe Cleuziat’s main focus is on strategic programs and innovation.

He manages research programs dedicated to the development of new technologies for improved and faster diagnosis of infectious diseases and microbe-related pathologies. Programs leverage on external collaborations and partnerships to promote emergence and transfer of innovative and breakthrough concepts of products, systems and services in the area of pathogen detection and identification, as well as characterization of host-microbe interactions.

From 2011 to 2015, he contributed to the foundation and launch of BIOASTER, a new Technology Institute dedicated to collaborative research and public-private partnerships in Infectious Diseases and Microbiology. As Director of Research Programs, he initiated and led the first wave of research projects and collaborations with academic and industrial partners.

He was previously Innovation Programs Senior Director at Institut Mérieux, a group of companies in the area of industrial biology, serving the medical and public health sectors across the globe. He assembled, coordinated and operated personalized medicine transversal programs in the fields of infectious diseases, cancer, and rare genetic disorders.

He has held various senior positions in the R&D Department of companies, including SMEs and public-private joint laboratories. He led development and acquisition of technology portfolios with international partners.

Philippe is co-author of 20 scientific publications and communications and filed more than18 patent application.

He holds a PhD in Molecular Microbiology from Claude Bernard University of Lyon and a Master of Science in Biochemistry from the INSA Engineering School of Lyon, France.

Sophie COURTOIS Sophie COURTOIS a effectué une thèse de doctorat en écologie microbienne (Université Lyon I) sur les premières applications des approches de métagénomique. Après un Post-doctorat d’un an dans l’industrie pharmaceutique (Aventis Pharma, Vitry-Alfortville & Cambridge Genomic Center, MA, USA), elle a rejoint en 2001 le Centre de Recherche sur l’Eau et l’Environnement (CIRSEE) de SUEZ.

Depuis 2005, elle est responsable des projets de recherche en biologie moléculaire et microbiologie menés par le groupe. Ses principales activités de recherche portent sur le développement et l’implantation des nouveaux outils de biologie moléculaire pour les métiers de SUEZ (traitement de l’eau potable et des eaux résiduaires, bioremédiation et valorisation des déchets, surveillance environnementale).

Sophie Courtois a participé et coordonné différents projets en partenariat académique (thèses CIFRE, projets ANR, projets européens). Elle a également coanimé le groupe de travail sur les Waterborne Pathogens du GWRC (Global Water Research Coalition), regroupant les principaux centres de recherche mondiaux sur l’eau.

Patrice COURVALIN Patrice Courvalin, M.D., is Professor Emeritus de Classe Exceptionnelle at the Institut Pasteur in the Antibacterial Agents Unit. He and his collaborators are experts in the genetics and biochemistry of antibiotic resistance. In particular, he first described and then elucidated vancomycin resistance in Enterococcus. His research has led to a revision of the dogma describing natural dissemination of antibiotic resistance genes. He and his colleagues demonstrated that a wide variety of pathogenic bacteria can promiscuously exchange the genetic material conferring antibiotic resistance, proved that conjugation could account for dissemination of resistance determinants between phylogenetically remote bacterial genera, elucidated the transposition mechanism of conjugative transposons from Gram-positive cocci, and more recently, has obtained direct gene and protein transfer from bacteria to mammalian cells. His work is reported in more than 330 publications in international scientific journals.

Dr Courvalin received master’s degrees in Sciences and in Human Biology from the University of Science in Paris, his Doctorate in Medical Sciences cum laude from the Medical School in Paris, and was a medical resident at the Hopital de l’Institut Pasteur. Since 1970, he has held many positions at the Institut Pasteur where he served as Chairman of the Department of Fundamental and Medical Microbiology (2002-2003). He was a Research Associate at the University of Wisconsin–Madison (1974-1977) and was Visiting Scholar in the Department of Biology, University of California-San Diego (1989-1990). Prof. P. Courvalin is Doctor honoris causa of the University of El Bosque, Bogota, of the University of Mons, Hainaut, Belgium, of the Technical University of Denmark, and of the University of Zurich, Switzerland. He is the recipient of the Thérèse Lebrasseur (1983), Jacques Monod (1989), and Jean Valade (2007) awards of the Fondation de France, the Louis Garrod award of the British Society for Antimicrobial Chemotherapy (1994), the Hamao Umezawa award of the International Society for Chemotherapy (1995), the Hoechst Marion Roussel (1997) and BD Research in Clinical Microbiology (2012) awards of the American Society for Microbiology, the gold medal of the International Union of Biochemistry and Molecular Biology (2013), the ISI Award « French Microbiologist Citation Laureate » (1991-1998 and 2004), the ESCMID award for Excellence in Clinical Microbiology and Infectious Diseases (2001), and the AGF Grand Prix of the French National Academy of Sciences (2004). Dr Courvalin is a Fellow of the American Academy of Microbiology, of the French National Academy of Technologies, of the European Academy of Clinical Microbiology and Infectious Diseases, of the Royal Academy of Medecine, Sarragossa, of the Royal College of Physicians, London, and an honorary Fellow of the Australian Society for Antimicrobials. He serves in the editorial board of several international journals in microbiology and infectious diseases.

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Christophe DAGOT Christophe DAGOT is Professor at the University of Limoges in the National School of Engineering of Limoges (France) since 1994. He is currently deputy head of this institute and head of the department Water and Environment. He is in charge of lectures on wastewater treatment and chemical engineering. He is a researcher in the laboratory of the Research Group on Water Soil and Environment (GRESE) of the University of Limoges in charge of International collaborations and of the Axe B of the lab: Interactions between purifying biomass and anthropogenic or natural micropollutants and their environmental consequences. He supervised about 22 PhD, 20 masters and 6 Post-Doc working on biological sludge reduction by physical or oxidative pretreatments, interaction between metals and (biological) organic matter in processes, fate of antibiotibiotics in processes and environment and the problematic of antibioresistant bacteria, and, usually, industrial and urban water treatment by biological or advanced processes. He is a member of scientific councils on water or on meat industry. He has published about 50 international articles in international journals. He was coordinator of a national program of the environmental impact of meat industry (ANR – ECOTEC – DEFIViande) and is involved in European research programs (INTERREG PILLS, INTERREG NoPILLS in water, COST DARE, COST NEREUS) on the treatment on pharmaceutical products. He is expert for national agencies (National Agency French Agency for Food, Environmental and Occupational Health & Safety , National Council For Universities, Scientific Council…).

Joël DORÉ Directeur de Recherche INRA, Joël est directeur scientifique de MetaGenoPolis (www.mgps.eu), une unité de l’Institut Micalis “Microbiologie de l’Alimentation au Service de la Santé”. Entré à l’INRA en 1983, Joël a reçu son PhD de l’Université d’Illinois à Urbana-Champaign, USA, en 1988. Joël a développé une expertise unique sur le microbiote intestinal. Son objectif : contribuer à une meilleure compréhension de la symbiose hôte-microbiote afin d’étayer des choix thérapeutiques dans le domaine médical ainsi que des recommandations basées sur la connaissance dans le domaine de la nutrition-santé.

Joël anime un panel d’expert qui renseigne le volet scientifique et clinique du site internet www.gutmicrobiotaforhealth.com.

Joël construit la vision actuelle du métagénome intestinal humain et particulièrement de la "Symbiose Homme-Microbiote". Il fait ressortir la reconnaissance toute nouvelle de son importance pour la nutrition, la santé et tout particulièrement les maladies chroniques inflammatoires et métaboliques. Il présente une extension du concept de dysbiose qui place la symbiose hôte-microbiote au centre avec des implications en nutrition-santé et pour la recherche translationnelle, et place l’impact des antibiotiques dans une perspective nouvelle.

Djamel DRIDER Djamel DRIDER est Professeur de microbiologie à l'Université de Lille 1 Sciences et Technologies. Il est affilié pour ses activités d'enseignement au département Génie Biologique de l'IUT "A" et ses activités de recherche au laboratoire régional de recherche en agroalimentaire et biotechnologies : Institut Charles Viollette

Djamel DRIDER est membre du directoire de l'Institut Charles Viollette (ICV), directeur de l'équipe qualité et sécurité des aliments de cet institut et directeur scientifique du laboratoire international associé, récemment signé entre l'INAF (Québec, Canada) et l'ICV (Lille)

Djamel DRIDER a fait ses études doctorales dans l'académie de Montpellier où il a obtenu un doctorat en sciences agroalimentaires (Microbiologie). Il a effectué sa formation postdoctorale en biologie moléculaire au CIB-CSIC (Madrid, Espagne) et Mount Sinai School of Medicine of New York University (USA). Djamel DRIDER a exercé comme maitre de conférences à l'Ecole nationale vétérinaire, agroalimentaire et de l'alimentation de Nantes avant d'être nommé Professeur des universités à Lille.

Djamel DRIDER développe des activités de recherche le criblage, la caractérisation et valorisation des peptides antimicrobiens, notamment ceux produits par les bactéries à Gram positif. Dans le domaine, il apporte une contribution dans les études afférentes aux synergies entre ces peptides antimicrobiens et les antibiotiques plus particulièrement les polymyxines. Djamel DRIDER est membre cofondateur de la société Française des peptides antimicrobiens, membre du comité de pilotage du GDR MufoPAM (Multifonction des peptides antimicrobiens). Il codirigé un ouvrage intitulé : Prokaryotic antimicrobial peptides: from genes to applications. Springer (NY, USA) 2011.

Xavier DUPORTET Xavier Duportet, 28 ans, est le CEO et cofondateur de Eligo Bioscience. Après une formation d’ingénieur à AgroParisTech, if effectue doctorat en biologie de synthèse entre le MIT et l’INRIA. Elu Innovateur Français de l’année par la MIT Technology Review, il installe sa société Eligo Bioscience à l’Institut Pasteur, une startup qui développe des antibiotiques intelligents, les éligobiotiques. Cette nouvelle génération d’antibiotiques de séquences dont le mécanisme est basé sur le système CRISPR/Cas, permet d’éradiquer de façon extrêmement ciblée les bactéries pathogènes et/ou résistantes aux antibiotiques sans impacter le reste du microbiome. A la suite de deux publications dans Nature Biotechnology, Eligo Bioscience devient lauréate du Concours Mondial de l’Innovation puis réalise une levée de fondes de 2.5M€ auprès de Seventure en Juillet 2015. Eligo compte désormais 7 personnes et développe des programmes précliniques pour diverses indications thérapeutiques humaines et animales.

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Jérôme GABARD Président du Directoire (depuis 2009) : Pherecydes Pharma SA - Développement de produits de diagnostic et de médecine à base de bactériophages, destinés à la lutte contre les infections bactériennes pathogènes résistantes aux antibiotiques

Directeur de département (2005-2009) : The MarkeTech Group - Marketing opérationnel et stratégique dans les domaines des biotechnologies et de l’industrie pharmaceutique

CEO (2001-2004) : Euroclide SA - Criblage de candidats médicaments sur les cibles thérapeutiques de la famille des récepteurs couplés aux protéines-G

Business Developer (2000) : Qualicon - Diagnostic agro-alimentaire pour la détection des OGM et des bactéries pathogènes

Chef de département de R&D (1993-99) : DuPont de Nemours SA - Développement de produits phytopharmaceutiques et de nouvelles variétés végétales

Post Doc (1989-1993): DuPont de Nemours Inc. (USA) - Responsable de programme de recherche en biotechnologies végétales

Manuel GEA Manuel Gea has a long experience in innovation and business. Is Co-founder & C.E.O & VP R&D Information Systems Bio-Modeling Systems, President of the Supervisory board of Pherecydes Pharma and founding-Administrator of the computing firm Formitel.

Previously to his current positions, Manuel Gea served as CEO of Hemispherx Biopharma Europe, McKinsey executive, creator of Practice Pharma services in France, division Managing Director with Boehringer-Ingelheim France, international business manager Colgate-Palmolive Company (US), and product manager and Industrial/logistic manager Colgate-Palmolive France,

Manuel Gea’s main domain of interest is focused on how to create and sustain the best environment to generate and develop disruptive innovations in the field of life sciences. His professional and associative live are supporting and implementing his vision.

For this objective, Manuel Gea is fully involved in professional associations and organizations to explain and implement his vision. He is founder and President of Centrale-Santé; co-founder and Vice President of the Biotech Committee of the Pharma industry association in France (Leem); member of the R&D committee and executive board of Medicen Paris-Region; the World class biocluster of Paris region; vice-president Adebiotech; co-founder and committee member of Paris Biotech (leading biotech incubator). Member of BiO US; co-leader of the Prospective group of the MEDEF (French Business Confederation) life sciences and healthcare committee.

Because any vision needs proof of concept to be valid, a group of scientist, met inside Centrale-Santé Think Tank, created in 2004 Bio-Modeling Systems, the first company applying their disruptive innovation principles. Today their company, a leading integrative systems biology company that delivers is recognized as a successful pioneer in terms of research and business model and has already created disruptive innovative spin-offs form his research.

For more information: www.bmsystems.net / www.centrale-sante.net.

Marie-Françoise GROS Affiliation bioMérieux

Marie-Françoise Gros has a primary degree in Medicine (Grenoble University) and a MBA (Lyon Business School).

After a first experience as a physician, both in hospital and in private practice (as a General Practitioner), she joined the in vitro diagnostics industry : Abbott Diagnostics where she was in charge of blood banks, and then bioMerieux.

After an experience in strategic marketing (molecular diagnostics/ DNA chip technology), she took the responsibility of Corporate Director of Medical Affairs and Communications.

As Head of Medical Affairs, she is managing a team that is in charge of clinical trials, assessment of medical value of new product opportunities, medical & scientific communication, Medical Scientific Liaison, product safety/ patient risk management and Global Health.

Her primary focus and interest is antimicrobial resistance: she coordinates the AMR initiatives within the company.

Didier GUILLEMOT Didier Guillemot (MD, PhD) is Professor of Public Health and epidemiology, Versailles Saint Quentin University, France. As a physician he is basically specialist in Internal Medicine, Infectious Diseases and Epidemiology, and he works at the Raymond Poincaré Hospital, APHP, Garches, France as a Public Health practitioner. In past he was researcher at the Institut Pasteur. He also co-directed the Department of Public Health of the Inserm.

He actually leads the Inserm research unit U1181 “Biostatistic, Biomathematic, Pharmacoepidemiology and Infectious Diseases wich is also affiliated to the Institut Pasteur and the University of Versailles Saint Quentin. His main research fields are focusing the Public Heath impact of antiinfectives use and the better understanding anti-infective evasion (antibiotics, antifungi, vaccines…).

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Philippe HARTEMANN Né le 13 Juin 1949, le Pr. Philippe Hartemann a effectué un parcours universitaire lui permettant d’acquérir une double compétence scientifique et médicale :

Maîtrise es Sciences (M.Sc Chimie - Biochimie), Université de STRASBOURG, 1970

Doctorat (Ph.D Biochimie), Université de NANCY, 1974

Doctorat en Médecine (M.D.), Université de NANCY, 1977

Certificat de Santé Publique, Université de NANCY, 1979

Certificat de Microbiologie, Institut Pasteur de PARIS, 1982

Il a été nommé Professeur de Santé Publique (Epidémiologie, Economie de la Santé et Prévention), spécialisé en Hygiène et relations Santé- Environnement, à la Faculté de Médecine de NANCY, Université H. Poincaré en 1985 où il a exercé jusqu’au 1/09/2015. Il est professeur émérite depuis cette date. Il a simultanément exercé les fonctions de Chef du Service d'Hygiène Hospitalière depuis 1982 et de responsable du laboratoire de Biologie Environnementale au Centre Hospitalier Régional Universitaire de NANCY, jusqu’à sa retraite le 1/09/2015.

Il est actuellement Chairman of the European Scientific Committee on Emerging and Newly Identified Health Risks (Commission Européenne, D.G. SANTE, Bruxelles) et Membre du Haut Conseil de la Santé Publique (Commission Santé Environnement–Ministère de la Santé) ainsi que du Comité Scientifique Biocides de l'Agence Française de Sécurité Sanitaire des Aliments au sein desquels les dossiers relatifs à la résistance aux antibiotiques et aux biocides sont fréquemment abordés.

Il est par ailleurs membre de l'Académie de l'Eau et des Conseils Scientifiques des Agences de l’Eau Rhin-Meuse et Rhône-Méditerranée-Corse et a participé comme consultant à de nombreux groupes de travail nationaux et internationaux sur les thématiques liées à l’eau, aux biocides et à la sécurité sanitaire.

Ses domaines d’expertise sont la qualité de l'eau et de l'air (microbiologie et chimie), analyse et contrôles de pollution, l’analyse des expositions (étude des dangers, métrologie des expositions) et évaluation des risques en santé-environnement, l’épidémiologie environnementale en santé publique, la fixation de valeurs de référence pour la santé environnementale (norme de potabilité, bruit, champs électromagnétiques, qualité de l'environnement hospitalier, eaux, air, déchets) et la prévention des actions de bioterrorisme.

Isabelle KEMPF Isabelle Kempf est docteur vétérinaire (ENV Lyon 1983), et titulaire d’un doctorat de l’université de Rennes 1 en sciences biologiques, option biologie et génétique moléculaire, d’un certificat de thérapeutique anti-infectieuse (Faculté de Médecine de Rennes, 1998) et d’une HDR (Université de Rennes 1). Elle a également été reconnue de facto Spécialiste de pathologie aviaire (European College of Poultry Veterinary Science) en 2013.

Isabelle Kempf a été recrutée au Laboratoire National de Pathologie Aviaire (Ploufragan, Côtes d’Armor, France), en 1983, afin de mener des recherches sur les mycoplasmoses aviaires. Cette activité s’est poursuivie à partir de 1996 dans l’Unité Mycoplasmologie Bactériologie (UMB). Progressivement depuis 2000, ses travaux se sont orientés vers l’antibiorésistance des bactéries isolées des porcs, des volailles et de leur environnement. Isabelle Kempf est directeur de recherche et chef de l’UMB de l’Anses (Agence nationale de sécurité sanitaire de l’alimentation de l’environnement et de la santé au travail) à Ploufragan depuis le 01/10/2009.

Danielle LANDO Danielle Lando est titulaire d'un doctorat d'état obtenu à l'Institut Pasteur pour la recherche en virologie. Elle a effectué sa carrière dans l'industrie pharmaceutique ou elle a exercé des fonctions de chercheur en pharmacologie cellulaire et moléculaire avant de prendre la responsabilité des biotechnologies au sein de Roussel Claf devenu Aventis. Elle a œuvré pour des rapprochements entre son entreprise et le secteur académique en soutenant des projets collaboratifs. Elle a été membre nommé au Comité National du CNRS de 1995 à 2000.

Depuis 2001, elle exerce des activités scientifiques bénévoles au sein du comité Adebiotech et est actuellement Vice-présidente de Adebiotech.

Frédéric LAURENT Frederic Laurent is currently Professor in microbiology at the University of Lyon and deputy head of the bacteriology department of Croix Rousse Hospital in Hospices Civils de Lyon (France). He is also the co-director of the National Reference Centre for Staphylococci.

His research is focused, in part, on the mechanisms of resistance in Staphylococcus spp, the epidemiology of these mechanisms, their ways of acquisition or selection as well as the diagnostoc approaches.

Dominique LE BELLER Dominique Le Beller est Directeur général et scientifique de Deinobiotics entièrement dédiée à la recherche et au développement de nouveaux antibiotiques actifs contre les bactéries résistantes. La société a été créée en juin 2012 comme spin-off de Deinove ; elle est financée par Truffle.

Dominique est gérant de sa société Le Beller Consulting créée en Oct. 2011 ; il est membre des écoles doctorales de l’UTC et de l’EPHE.

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Il a été l’un des fondateurs de Novexel où il a occupé le poste de Directeur des Opération/Gestion de Projets après avoir passé huit ans chez Aventis comme Responsable de la Biochimie du Groupe Maladies Infectieuses. Auparavant, Dominique a passé 10 ans en tant que Responsable de Laboratoire dans le Département de Biotechnologie de Hoeschst-Marion-Roussel. Il a rejoint les Anti-infectieux pour mettre en oeuvre une stratégie de nouvelles cibles pour la découverte d’antibiotiques, interagissant durablement sur de nombreuses relations avec des équipes académiques. Il a collaboré d’un point de vue scientifique et technologique aux développements du Ketek ®, de l’Avibactam et du NXL 201. Il a participé activement à la création et à la mise en place de la thématique Infectiologie du Pôle Medicen où il a lancé le 1er projet « Chimiothèque ».

Dominique est ingénieur en Génie Biologique et PhD. en Microbiologie, Bioconversions et Enzymologie de l’Université de Technologie de Compiègne.

Frédéric LEGROS Frédéric LEGROS is Vice President and Corporate Head of Business Development of Valneva SE, a biotechnology company that commercializes IXIARO® and Dukoral® vaccines and develops vaccine candidates against Pseudomonas aeruginosa, Clostridium difficile and Lyme Borreliosis.

Prior to joining Valneva in 2008, he was licensing Director at the Institut Pasteur (Paris) where he was in charge of the licensing vaccine candidates and overseeing all strategic partnerships.

Frédéric Legros is biologist by training, received his PhD in 2002 at the University of Paris 7 and received a Specialized Master in Management of Biotechs at Neoma Business School in 2003.

He is a member of the Board of Directors for Blink Biomedical (Lyon, France).

Marc LEMONNIER Marc Lemonnier est co-fondateur et Président d’ANTABIO SAS, une société biopharmaceutique spécialisée dans le développement de traitements innovants contre les infections sévères et multi-résistantes causées par les pathogènes à Gram-négatif. Titulaire d’un doctorat en microbiologie moléculaire de l’Université Paul Sabatier-Toulouse III, Marc a exercé ses recherches sur la résistance et la virulence bactériennes dans divers organismes de recherche publique en France (CNRS, Inserm) et dans le monde (CSIC Madrid, Emory University Atlanta) avant de fonder ANTABIO en 2009. Sous sa présidence, ANTABIO a développé un portefeuille de programmes de développement de petites molécules ciblant des besoins médicaux majeurs, tels que les infections causées par les entérobactéries productrices de carbapénémases (EPC) et les infections chroniques à Pseudomonas chez les patients atteints de mucoviscidose. ANTABIO est lauréat du Concours Mondial de l’Innovation (2014), double lauréat du Wellcome Trust Seeding Drug Discovery Award (2013 et 2015), membre du réseau Bpifrance Excellence depuis 2014, et membre fondateur de l’alliance BEAM intégrant les sociétés biopharmaceutiques européennes spécialisées dans la lutte contre l’antibio-résistance. ANTABIO a levé plus de 12 millions d’euros à ce jour en utilisant diverses sources de financement incluant Bpifrance, la Région Midi-Pyrénées et des investisseurs privés. ANTABIO est également la première biotech au monde à avoir réussi un tour de table complet via une opération de finance participative (« crowdfunding »), assurant la sortie avec plus-value de ses investisseurs « crowdfunders », une première mondiale dans la finance participative. La société est basée à Labège (31) et possède également une filiale au Royaume-Uni, ANTABIO Ltd.

Jean-Christophe LUCET Jean-Christophe LUCET est Professeur de Microbiologie et d’Hygiène Hospitalière à l’université Denis Diderot Paris 7. Il est chef de l’unité d’Hygiène et de lutte contre l’infection nosocomiale (UHLIN) de l’hôpital Bichat – Claude Bernard, à Paris 75018.

Ses travaux de recherche portent sur l’épidémiologie et le contrôle des bactéries multirésistantes en milieu hospitalier, SARM entérobactéries BLSE et bactéries hautement résistantes. Ses autres axes de recherche incluent les nouvelles techniques de mesure du risque infectieux et les interactions entre les patients et les professionnels de santé ; les aspects méthodologiques de la surveillance et du reporting des infections du site opératoire ; et la prévention des infections associées aux soins en milieu de réanimation, notamment les infections de cathéters et les pneumonies sous ventilation mécanique.

Jean-Christophe Lucet participe aussi activement aux groupes d’experts et groupes de travail nationaux et européens dans le domaine de la prévention des IAS : indicateurs de qualité à diffusion publique, définition et surveillance des IAS, recommandations de prévention de différents types d’infections.

Jean-Yves MADEC Directeur de Recherches, Chef du pôle Antibiorésistance de l’Anses

Jean-Yves MADEC est ancien élève de l’Ecole Normale Supérieure, Agrégé de Biologie, Docteur Vétérinaire, Docteur d’Université, titulaire de l’Habilitation à Diriger des Recherches et du Diplôme Universitaire Antibiotiques et Antibiothérapie (Paris VIII). Après dix ans de recherche dans le domaine des maladies à prions au sein du Laboratoire National de Référence sur les Encéphalopathies Spongiformes Transmissibles Animales (Encéphalopathie Spongiforme Bovine (ESB) et tremblante), il est actuellement Directeur de recherches et Chef de l’unité Antibiorésistance et virulence bactériennes à l’Anses, site de Lyon. Ses activités sont centrées sur la surveillance de la résistance aux antibiotiques chez l’animal (et notamment, la coordination du réseau français Résapath de surveillance de l’antibiorésistance des bactéries pathogènes animales), et la conduction d’activités de recherche sur la caractérisation des mécanismes moléculaires de la résistance aux antibiotiques et de la virulence bactériennes chez l’animal, et dans la relation animal-Homme. Dans ce cadre, il collabore avec de nombreux

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partenaires scientifiques académiques, nationaux et internationaux.

Membre du Conseil scientifique de l’Observatoire National de l’Epidémiologie de la Résistance Bactérienne aux Antibiotiques (ONERBA), Président du Comité Vétérinaire de l’Antibiogramme de la Société Française de Microbiologie et membre de plusieurs groupes d’experts nationaux et européens sur l’antibiorésistance, il est, depuis 2015, Chef du pôle Antibiorésistance de l’Anses, qui assure la coordination de l’ensemble des activités de surveillance, de référence et de recherche en matière d’antibiorésistance. Il est également très impliqué dans les différentes actions stratégiques en cours par le Ministère de l’Agriculture, de l’Agroalimentaire et de la Forêt visant la réduction de l’antibiorésistance animale et la maîtrise de l’utilisation des antibiotiques en médecine vétérinaire en France (plan EcoAntibio). Il a également participé aux travaux récents (2015) du Groupe de travail spécial pour la préservation des antibiotiques (Ministère des Affaires Sociales, de la Santé et du Droit des Femmes) piloté par le Professeur Jean Carlet.

Jean-Luc MAINARDI Jean-Luc Mainardi, 54 ans, est Professeur en Médecine à l’Hôpital Européen Georges Pompidou, Université Paris Descartes et dirige le service de Microbiologie depuis septembre 2015. De formation clinique avec une spécialisation en Médecine Interne et en Maladies Infectieuses, il a ensuite acquis une compétence en Microbiologie avec une spécialisation en Bactériologie. A l’hôpital, il a développé une activité transversale de conseil en antibiothérapie pour le bon usage des antibiotiques et la lutte contre la résistance. En recherche fondamentale, il a une expérience de plus de 20 ans dans le domaine de la résistance aux antibiotiques, en particulier sur ceux agissant sur la synthèse de la paroi bactérienne. Ses travaux de recherche sont réalisés au sein de l’unité INSERM UMR S 1138 (Equipe 12 du Centre de Recherche des Cordeliers, LRMA dirigé par M. Arthur, Paris).

Durant les 15 derniers années, il a particulièrement étudié une nouvelle classe de transpeptidases, les L,D-transpeptidases et leur inhibition par les bêta-lactamines. Il est l’auteur de 158 publications, et a participé à 7 consortiums nationaux (3), européen (3), et international (1).

Serge MORAND Serge Morand est chercheur au CNRS et au CIRAD. Ecologiste et parasitologue de terrain, il conduit des recherches sur les liens entre biodiversité, conservation et maladies infectieuses liées à la faune sauvage en Asie du Sud-est, où il est accueilli au Centre d’Infectiologie Christophe Mérieux du Laos. Il est également Professeur Invité à la Faculté de Médecine Tropicale de l’Université de Mahidol et Professeur Associé à la Faculté Technologique Vétérinaire de l'Université de Kasetsart en Thaïlande.

Récemment, il s'est intéressé à la circulation des gènes d'antibiorésistance aux interfaces environnement, animal domestique et populations humaines au nord Thaïlande et Laos.

Il est l’auteur de nombreuses publications sur l’écologie parasitaire et l'écologie de la transmission, et le co-éditeur d’une dizaine d’ouvrages et de numéros spéciaux sur l’écologie évolutive du parasitisme et les liens entre santé animale et humaine, biodiversité, et dynamiques des socio-écosystèmes. Son prochain ouvrage en co-direction à paraître aux Editions Quae portera sur les enjeux de sociétés face aux maladies infectieuses émergentes.

Michael MOUREZ Michael Mourez, PhD - Head of Anti-Bacterial Research - Infectious Diseases Therapeutic Strategic Unit - Sanofi R&D - Marcy l’Etoile, France

Dr Michael Mourez obtained his PhD in Bacteriology at the Institut Pasteur in Paris in 1998 and performed postdoctoral training at Harvard Medical School in Boston, training in the fields of Gram-negative bacteria envelope physiology and Bacillus anthracis toxins.

In 2003, he joined the department of microbiology, school of veterinary medicine in university of Montreal as an assistant and then tenured professor. His research program focused on multifunctional adhesins of Escherichia coli. In 2011 he joined the Infectious Diseases Unit of Sanofi R&D where he is in charge of programs to fight severe bacterial infections.

Thierry NAAS Thierry Naas dirige l’EA7361 et est MCU-PH à la faculté de Médecine, Université Paris Sud, où il est responsable de l’enseignement de la Microbiologie Médicale. Il a plus de 20 ans d’expérience dans le domaine de la résistance aux antibiotiques, et plus particulièrement sur des BGN résistantes aux carbapénèmes. De plus, de part son activité clinique dans le service de Bactériologie du CHU Bicêtre et de son implication dans le centre national de référence aux antibiotiques, situé également à l’hôpital Bicêtre, il est confronté aux problèmes de l’antibio-résistance clinique au quotidien. Il a contribué à la caractérisation des carbapénémases les plus importantes en clinique d’un point de vue biochimique, épidémiologique et génétique. Régulièrement sollicité pour expertiser des projets de recherche et des publications internationales soumis pour publication. Ses compétences en Microbiologie, Purification de ß-lactamases, Antiobio-Résistances et ses connaissances cliniques lui permettent de coordonner plusieurs WPs dans des projets européens (FP6 and FP7) et coordonne actuellement un JPIAMR (ANR international JPIAMR (2015-2018), projets européens, classé 1/130). Thierry Naas a publié plus de 190 publications dans des revues internationales à comité de lecture, 8831 citations sans auto-citations, Indice moyen de citation de 49.18, et un facteur H de 51 (Source ISI Web of Sciences, sept 2015).

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Marie-Hélène NICOLAS-CHANOINE Marie-Hélène Nicolas-Chanoine, M.D., Ph.D. est Professeur de microbiologie à la Faculté de Médecine D. Diderot, Université Paris VII et chef du service de microbiologie à l’hôpital Beaujon du groupe hospitalier HUPNVS de l’AP-HP. Son activité de recherche se focalise depuis les années 1980 sur la résistance aux β-lactamines chez les entérobactéries, avec, d’une part, l’analyse de la régulation et de l’expression de β-lactamases tant chromosomiques (Enterobacter cloacae, Klebsiella oxytoca et Raoultella spp) que plasmidiques (TEM, IRT et β-lastamase à spectre étendu), et, d’autre part, l’épidémiologie moléculaire des entérobactéries multirésistantes aux antibiotiques. C’est dans ce contexte, qu’elle a décrit pour la première fois, fin 2007, le clone Escherichia coli ST131 qui circule dans le monde entier, et a produit une revue sur ce même clone en 2014. Marie-Hélène Nicolas- Chanoine a été partie prenante de la création en 1997 de l’Observatoire National de l’Epidémiologie de la Résistance Bactérienne aux Antibiotiques (ONERBA) et a successivement été membre du conseil scientifique, du conseil d’administratif et présidente de l’ONERBA. Elle est membre du Comité de l’antibiogramme de la Société Française de microbiologie (CASFM/EUCAST) depuis 2000 et codirige à l’Institut Pasteur le cours de bactériologie médicale consacré depuis deux ans à la résistance aux antibiotiques.

Fabienne PETIT Professeur classe exceptionnelle Age 56ans - Ecologie microbienne, Directrice de la FR 3137 CNRS SCALE (https://scale.univ-rouen.fr/fr) - UMR M2C CNRS 6143, IRESE B, Université Rouen Place Emile Blondel 76821 Mont Saint Aignan cedex http//www.geos.unicaen.fr

Membre du conseil scientifique de l’Ifremer

Vice-présidente du conseil scientifique de l’estuaire de Seine

Membre du Comité d’Expert Scientifiques Eaux CES EAUX de l’ANSES

Membre du réseau FIGURE

Professeur de Microbiologie à l’Université de Rouen depuis 2000, co-responsable du parcours microbiologie du master 1 biologie santé jusque 2013, enseignante de microbiologie en filière SVET dans les trois cycles à l’UFR des Sciences, après avoir participé à la création du département de Biologie Appliquée de l’IUT d’Evreux, comme maître de conférences (13 ans). Après une thèse en virologie sur le Chilo Iridescent virus, une première conversion thématique en microbiologie sur les Myxobactéries, ma recherche concerne la microbiologie des environnements aquatiques depuis 1996. Responsable du groupe de recherche «biodiversité et environnement » du LMDF EA2123 jusqu'à son intégration dans l’UMR M2C 6143 en 2007, responsable de la thématique «Risque microbiologique» du programme de recherche Seine - Aval (2000- 2008).

Au sein de l’UMR M2C, le groupe de microbiologie, compétence transversale de l’UMR M2C, mène une recherche d’interface entre la microbiologie et les géosciences, qui relève de l’éco(toxico)logie microbienne, de l’hydrologie et de la sédimentologie. Etude de la vulnérabilité et de la résilience des hydrosystèmes (karst/rivière/estuaire) à la pression anthropique exercée sur son bassin versant : (i) adaptation des communautés microbiennes à la contamination chimique (métaux traces/contaminants organiques/résidus médicamenteux), (ii) devenir et dynamique de transfert des bactéries pathogènes (structure des populations, antibiorésistance), avec un intérêt particulier sur la relation entre les communautés microbiennes le biote et la dynamique particulaire. Ces recherches s’appuient sur des observations in situ dont le suivi à long terme du SO Karst (INSU), et des expérimentations en laboratoire. Elles se déclinent à différentes échelles : du gène aux communautés microbiennes, de la particule - biofilm/flocs - hydrosytème-bassin versant ; de l’actuel à l’analyse d’archives sédimentaires datant de 50 dernières années.

Gilles PIPIEN Chevalier de la Légion d’Honneur

ingénieur général des Ponts, des Eaux et Forêts, inspecteur général de l’environnement et du développement durable auprès du ministère de l'Environnement, de l’Énergie et de la Mer

récemment, conseiller environnement et développement durable en Méditerranée à la Banque Mondiale (2004-2012)

ancien directeur de cabinet de la ministre de l’Ecologie et du Développement Durable (2002-2003)

Au sein de l’inspection générale (CGEDD), il se mobilise sur des audits de mise en œuvre des politiques publiques en matière d’eau et de biodiversité, et de prévention des risques majeurs. Il a participé à l’évaluation du 2ème Plan National Santé Environnement (PNSE2).

Co-directeur de la publication de l’ouvrage «notre santé et la biodiversité» (Buchet Chaste, 2013), organisateur du colloque national «notre santé dépend-elle de la biodiversité ?» (VetAgro Sup, Lyon, 2014 : http://sante-biodiversite.vetagro-sup.fr/), et co-animateur du sous-groupe «antibiorésistance et environnement», du rapport «Carlet» à la ministre de la santé («tous ensemble, sauvons les antibiotiques» septembre 2015).

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Marie-Cécile PLOY Marie-Cécile Ploy, 48 year-old, is PharmD, PhD at the University of Limoges in France. She is professor of Microbiology at the University of Limoges since 2005. She is head of the microbiology department at the Limoges university-hospital since 2008. She is director of the Inserm unit U1092 since 2012. Her research interests focus on antibiotic resistance and more specifically on resistance integrons, which are genetic elements involved in the dissemination of resistance. Her main research topics are i) the role of the SOS response in antibiotic resistance acquisition and ii) the use of integrons as biomarkers of antibiotic resistance in clinical and environmental settings. She is also involved in many clinical trials from academic or industrial partners in infectiology and critical care. She is also involved in different scientific committees or advisory boards.

Etienne RUPPÉ Etienne Ruppé (PharmD, PhD) est bactériologiste clinique. Après avoir suivi des études de Pharmacie puis Biologie Médicale dans les Universités de Tours et Paris 5, il travaille au développement d'un automate de détection des principaux gènes de résistance aux antibiotiques dans le microbiote intestinal au sein du laboratoire de bactériologie de l'hôpital Bichat-Claude Bernard (Pr Antoine Andremont) à Paris, dans le cadre du projet NOSOBIO (financé en partie par la banque d'investissement OSEO). Puis il a effectué son assistanat hospitalo-universitaire dans le laboratoire de bactériologie de l'hôpital Bichat-Claude Bernard (Pr Antoine Andremont) à Paris. Il y effectue son travail de thèse d'université autour de l'épidémiologie du commensalisme à entérobactéries multirésistantes. Il part ensuite effectuer un premier post-doc dans le démonstrateur pré-industriel MetaGenoPolis créé par les Pr Dusko Ehrlich et Joël Doré de l'INRA de Jouy-en-Josas. Dans le cadre du projet européen EvoTAR, il travaille à l'identification des gènes de résistance aux antibiotiques dans le microbiote intestinal et à leur dynamique lors de diverses expositions aux antibiotiques. Puis il part effectuer un second post-doc dans le laboratoire de recherche génomique des Hôpitaux Universitaires de Genève (Pr Jacques Schrenzel) dans lequel il travaille au développement de la métagénomique clinique. Son domaine d'expertise est la résistance aux antibiotiques dans une approche globale.

Florence SÉJOURNÉ Florence dirige Da Volterra depuis 2008, une société de biotechnologies située à Paris et centrée sur le développement de produits innovants dans le domaine des maladies infectieuses et de la lutte contre l’antibiorésistance. Da Volterra développe notamment un produit très nouveau et à mécanisme d’action unique, DAV132, qui est co-administré avec les traitements antibiotiques oraux ou iv pour éviter leurs effets délétères sur la flore intestinale. DAV132 vise la protection du microbiote pendant les traitements antibiotiques donc la prévention des diarrhées graves à Clostridium difficile, qui arrivent plus fréquemment chez les personnes âgées et fragiles. Plusieurs essais cliniques ont d’ores et déjà démontré la preuve de concept de DAV132 chez l’homme.

Florence est entrepreneur dans le secteur des biotechnologies diplômée de Mines Paritech et de l’Université de l’Illinois. Avant de prendre la direction de Da Volterra, elle a fait partie des co-fondateurs de Genfit (Euronext GNFT), société leader dans le domaine des maladies métaboliques et inflammatoires, où elle a été membre du directoire, VP en charge des Opérations, du Business Development et Alliance & Grant Manager pendant 10 ans.

En Avril 2015, Florence a par ailleurs initié l'Alliance BEAM, qui regroupe 43 sociétés de biotechnologies de 11 pays européens impliquées dans le développement de produits innovants pour lutter contre la résistance aux antibiotiques. L’objectif de l'Alliance BEAM est de représenter avec une voix unique les petites et moyennes entreprises d’innovation en Europe de ce domaine, afin de proposer des incitations au soutien de la R&D contre l’antibiorésistance aux acteurs politiques et institutionnels impliqués sur ces questions majeures.

Philip SUPPLY Philip Supply is a CNRS research director at the Center for Infection and Immunity (CIIL), at the Institut Pasteur de Lille, and a scientific consultant for Genoscreen. After having obtained his PhD in Bioengineering at University of Louvain (Belgium), he started his research on the genomics and evolution of the major pathogen Mycobacterium tuberculosis. Based on identification of specific genetic markers, he developed a powerful genotyping approach for molecular tracing of M. tuberculosis strains, which is used as an international standard e.g. by the US CDC and ECDC for molecular-guided epidemiological surveillance of tuberculosis (TB). This approach is complemented by whole genome sequencing for studying TB strain lineages with high or low epidemiological success from worldwide. He and his collaborators recently reconstituted the evolutionary history of a major M. tuberculosis lineage called Beijing, frequently associated with drug resistance in Eurasia, and identified the origins of two major, epidemic multi-drug resistant clones (Nature Genetics, 2015). Based on results from a collaborative analysis of > 3,600 TB strain genomes (Lancet Infectious Diseases, 2015), he developed in collaboration with Genoscreen a new next-generation sequencing-based diagnostics for predicting M. tuberculosis drug resistance. Dr Supply authored about 100 articles in international scientific journals. He is a member of scientific advisory boards of large international projects lead by e.g. the US Agency for International Development (USAID), and chairs the steering committee of the « Comprehensive Resistance Prediction for Tuberculosis: an International Consortium » project, lead by University of Oxford (Prof. Crook), with the US and Chinese CDC, and main European, African and Indian TB reference centers.

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André TORDEUX André Tordeux est avant tout un entrepreneur. Sa carrière professionnelle, au départ celle d'un universitaire, est jalonnée d'intitiaves, toutes orientées vers le développement. En 1985 il crée un centre de recherche en économie régionale, le CRESC. Peu de temps après, il crée le premier Centre de Valorisation et de Transfert de Technologies intégré à une université (Le CEFE), puis un cabinet Conseil pour le redressement d'entreprises en difficulté (ADRYADE). C'est tout naturellement qu'il deviendra responsable du pôle entrepreneuriat de l'EDHEC en 1996. En créant la société Genoscreen en 2001, André Tordeux quitte son habit de Directeur de Recherche en sciences de gestion pour se lancer dans l'aventure de la génomique. Cet engagement à la direction d'une Biotech, qui figure aujourd'hui parmi les leaders du marché de la biologie moléculaire, en France, lui vaut de sièger au sein des Comités Scientifiques et Conseils de Pôles de compétitivité NSL et AQUIMER et d'être administrateur d'institutions vouées à l'innovation et au développement comme EURASANTE, le CETI (Centre Européen des Textiles Innovants) et ADEBIOTECH.

Clarisse TOITOT Clarisse TOITOT est issue d’une formation universitaire classique, licence master et doctorat, entre les universités de Reims, Lille et l’UTC Compiègne, et est spécialisée dans les biotechnologies végétales. En 2005, elle intègre le laboratoire UMR/INRA 1281 « Stress Abiotiques et Différenciation des Végétaux Cultivés » à l’université de Lille 1 (Nouvellement Institut Charles Violette, université Lille 1) où elle travaille sur le séquençage d’une banque de données de lin, puis sur l’acclimatation du pois au froid (Estrées Mons, institut Pasteur de Lille). Elle se spécialise alors dans la technologie de biopuces à ADN (puces à façon et puces à oligonucléotides). En 2009, elle intègre le laboratoire Génie Enzymatique et Cellulaire où elle fait la rencontre du Professeur Daniel Thomas qui lui enseignera les grands principes des biotechnologies et sa vision de la Bioraffinerie. Ainsi, en 2012, elle participe au colloque Adebiotech « Bioraffinerie des sous-produits de l’industrie et de l’environnement » en tant que rédactrice du compte rendu de cet évènement. En 2014, ayant les mêmes centres d’intérêts pour la valorisation des filières biotechnologiques et désirant encourager les actions d’Adebiotech, elle intègre l’Association en tant que Chargée de mission. Sa mission est de créer des liens entre les industriels et académiques pour développer et créer de nouvelles filières dans les biotechnologies.

Javier YUGUEROS-MARCO Vétérinaire de formation (Université de Leon, Espagne), il a obtenu son degré de Docteur Sciences Vétérinaires en 2001, après ses travaux sur de nouvelles méthodes de biologie moléculaire pour l’identification et la détection de staphylocoques. Il a rejoint bioMérieux en 2003, ayant ainsi travaillé jusqu’à 2010 au sein des équipes de recherche et développement de nouveau tests de diagnostic de maladies ou syndromes infectieux, dont le sepsis. En 2011, il rejoint le Département de Diagnostic Médical, focalisant ses travaux sur la validation de biomarqueurs innovants pour améliorer la prise en charge de malades en conditions critiques (i.e. patient aux urgences, en unité de soins intensifs ou en unité d’hématologie/oncologie). Responsable aujourd’hui d’un laboratoire de recherche d’environ 12 personnes, il est en charge de la coordination d’un portfolio de projets qui visent, entre autres, à valider de nouveaux concepts qui permettraient une prescription d’antimicrobiens plus appropriée. «infection virale ou bactérienne ?», «quel est le statut et fonctionnalité du système immunitaire ?», sont de questions que ses équipes essaient d’adresser.

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Liste des Participants

Hervé ........................... AFFAGARD ............................................... MAAT PHARMA

Philippe ........................ AGOSTINI ................................................. MINGCORE

Marion ......................... ALLAOUA ................................................. LABORATOIRE PHODÉ

Antoine ........................ ANDREMONT .......................................... HÔPITAL BICHAT-CLAUDE BERNARD

Jozsef ........................... ASZODI .................................................... DEINOBIOTICS

Elodie ........................... AUBERTHEAU .......................................... IC2MP

Eric ............................... AUCLAIR .................................................. SI LESAFFRE / PHILEO

Nathalie ....................... BALLET..................................................... LESAFFRE INTERNATIONAL

Marie-Anne ................. BARTHÉLÉMY .......................................... SIMV

Alexandre .................... BATCH ...................................................... INSTITUT PASTEUR

Michèle ........................ BAUDY-FLOC'H ........................................ CNRS

Brigitte ......................... BEGUE ..................................................... SANTÉ ESANTÉ

Lise .............................. BELTZUNG ............................................... ANDREW LLOYD & ASSOCIATES

Corinne ........................ BENOLIEL ................................................. SCIENTIS

Caroline ....................... BENSOUSSAN .......................................... MSD FRANCE

Daphnée ...................... BERNARD ................................................ MSD FRANCE

Pierre ........................... BERNARD-SAVARY ................................... CLUB DE CCM & CHROMACIM

Thierry ......................... BERNARDI ............................................... BIOFILM CONTROL

Thierry ......................... BERTHE .................................................... UNIVERSITÉ DE ROUEN

Laetitia ........................ BETELLI .................................................... UMR 1347 AGROÉCOLOGIE

Olivier .......................... BIANNIC................................................... OLMIX GROUP

Laurent ........................ BOITARD .................................................. MILLIDROP

Marc ............................ BONNEVILLE ............................................ INSTITUT MÉRIEUX

Laurence ...................... BOUGNERES-VERMONT .......................... AURIGA PARTNERS

Alain ............................ BOUSQUET-MELOU ................................. E.N. VÉTÉRINAIRE DE TOULOUSE

Thérèse ........................ BOUVERET ............................................... EXPRESSION BIOTECH SAS

Isabelle ........................ BROUTIN ................................................. UNIVERSITÉ PARIS DESCARTES

Christian ...................... BRUN-BUISSON ....................................... AP-HP

Jean-Michel ................. BRUNEAU ................................................ MUTABILIS

Philippe ........................ BULET ...................................................... BIOPARK

Alain ............................ CALVO ...................................................... SOCIÉTÉ NG BIOTECH

Delphine ...................... CALY ........................................................ INSTITUT CHARLES VIOLLETTE

Isabelle ........................ CANIAUX ................................................. BIOMERIEUX

Audrey ......................... CARAVANO .............................................. MUTABILIS

Philippe ........................ CARENCO................................................. HOPITAUX DE HYÈRE

Jean ............................. CARLET .................................................... WAAAR

Florence ....................... CASTELLI .................................................. CEA

Ismail ........................... CEYLAN .................................................... ADVANCED BIODESIGN

Matthieu ...................... CHAREYRE ............................................... SOCOSUR CHEM.

Philippe ........................ CLEUZIAT ................................................. BIOMÉRIEUX

Barbara ....................... CORELLI ................................................... INSTITUT PASTEUR

Sophie .......................... COURTOIS ................................................ SUEZ ENVIRONNEMENT

Patrice ......................... COURVALIN ............................................. INSTITUT PASTEUR

Delphine ...................... CROISIER.................................................. VIVEXIA

Sandra ......................... DA RE ...................................................... FACULTÉ DE MÉDECINE ET PHARMACIE DE LIMOGES

Christophe ................... DAGOT ..................................................... UNIVERSITÉ DE LIMOGES

Alex .............................. DAJKOVIC ................................................ INRA

Marie Christine ............ DEGIVRY .................................................. DANONE RESEARCH

Dominique ................... DELBRAYELLE ........................................... MINAKEM RECHERCHE

Jean ............................. DELEFORGE ............................................. VETOQUINOL

Alexis ........................... DENIS ...................................................... GLAXOSMITHKLINE

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Florian ......................... DENIS ...................................................... AURIGA PARTNERS

Florie............................ DESRIAC ................................................... INSTITUT CHARLES VIOLETTE

Christophe ................... DINI ......................................................... OROXCELL

Patrick ......................... DOLCE ...................................................... CSSS

Michaël ........................ DONABEDIAN .......................................... VETOQUINOL

Joël .............................. DORÉ ....................................................... INRA

Juliette ......................... DOS SANTOS ............................................ ANDREW LLOYD & ASSOCIATES

Djamel ......................... DRIDER .................................................... PROBIOGEM UNIV. LILLE1

Johan ........................... DRUELLE .................................................. ASTRAZENECA

Xavier........................... DUPORTET ............................................... ELIGO BIOSCIENCE

Raphaël ....................... DUVAL ..................................................... UNIVERSITÉ DE LORRAINE

Dominique ................... DUVAUCHELLE ......................................... METABOLIUM

Farid ............................ EL GARCH ................................................ VETOQUINOL

Sonia ............................ ESCAICH ................................................... ESE CONSEIL

François ....................... FENAILLE ................................................. CEA

Stéphanie ..................... FERREIRA ................................................. GENOSCREEN

Eugénie ........................ FONTI ...................................................... BD

Jérôme ......................... GABARD .................................................. PHERECYDES PHARMA

Peggy ........................... GARAULT ................................................. DANONE NUTRICIA

Nathalie ....................... GARREC ................................................... CSTB

Cyril ............................. GAUDIN ................................................... GENOSCREEN

Manuel ........................ GEA ......................................................... BIO-MODELING SYSTEMS

Nathalie ....................... GHÉRARDI ............................................... MSD FRANCE

Anthony ....................... GOLDGEWICHT ........................................ MSD FRANCE

Golriz ........................... GRUMEL .................................................. MSD FRANCE

Didier ........................... GUILLEMOT ............................................. INSTITUT PASTEUR

Philippe ........................ HARTEMANN ........................................... UNIV. LORRAINE

Alain ............................ HARTMANN ............................................. UMR 1347 AGROÉCOLOGIE

Karim ........................... HELMI ...................................................... VEOLIA

Lionel ........................... HUANG .................................................... EURO ENGINEERING

Gérard ......................... JACQUIN .................................................. INRA TRANSFERT

Bianca .......................... JOHANSEN ............................................... SETUBIO

Evelyne ........................ JOUVIN-MARCHE..................................... I3M INSERM AVIESAN

Manette ....................... JUVIN....................................................... BIO-RAD

Isabelle ........................ KEMPF ..................................................... ANSES

Guillaume .................... L'HERMITE ............................................... PRIMADIAG

Jérôme ......................... LABANOWSKI .......................................... IC2MP

Patricia ........................ LAMOURETTE .......................................... CEA

Danielle ....................... LANDO ..................................................... ADEBIOTECH

Gilles ............................ LASSERRE ................................................ ESSEC SANTE

Frédéric ........................ LAURENT ................................................. HOSPICES CIVILS DE LYON

Karine .......................... LAVENUS ................................................. CCI SEINE SAINT DENIS

Dominique ................... LE BELLER ................................................ DEINOBIOTICS

Rozenn ......................... LE BERRE ................................................. CHRU DE BREST

Hervé ........................... LE DEIT .................................................... SATT OUEST VALORISATION

Françoise ..................... LEBLANC JOUFFRE ................................... CEVA SANTÉ ANIMALE LIBOURNE

Florence ....................... LEDERER .................................................. CNRS

Frédéric ........................ LEGROS .................................................... VALNEVA

Soraya ......................... LEMAIRE .................................................. PARLEMENT EUROPEEN

Marc ............................ LEMONNIER ............................................ ANTABIO

Nicolas ......................... LEROY ...................................................... KEYRUS BIOPHARMA

Premavathy ................. LEVASSEUR .............................................. DEINOBIOTICS

Anne ............................ LIAUBET ................................................... ROCHE DIAGNOSTICS

Jean-Christophe ........... LUCET ...................................................... HÔPITAL BICHAT-CLAUDE BERNARD

Jean-Yves ..................... MADEC .................................................... ANSES

Vanessa ....................... MAGIN..................................................... CSTB

Jean-Luc ....................... MAINARDI ............................................... HÔPITAL GEORGES POMPIDOU

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Gustavo ....................... MARTOS .................................................. LNE

Christine ...................... MIOSSEC .................................................. VETOQUINOL

Marina ......................... MOLETTA-DENAT ..................................... INRA TRANSFERT

Claude ......................... MONNERET ............................................. AC. NAT. DE PHARMACIE

Serge ........................... MORAND ................................................. CNRS-CIRAD

Michael ........................ MOUREZ .................................................. SANOFI

Cédric........................... MULLER ................................................... SMALTIS

Thierry ......................... NAAS ....................................................... HÔPITAL BICÊTRE

Marie-Hélène ............... NICOLAS-CHANOINE ................................ INSERM, HÔPITAL BEAUJON

Kenny ........................... OBERLE .................................................... QALIAN

Pierre ........................... OUGEN .................................................... SUP'BIOTECH

Fabienne ...................... PETIT ....................................................... UNIVERSITÉ DE ROUEN

Alain ............................ PHILIPPON ............................................... ACADÉMIE VÉTÉRINAIRE DE FRANCE

Gilles ............................ PIPIEN ...................................................... MEDDE

Marie-Cécile ................ PLOY ........................................................ INSERM

Christian ...................... PROVOT ................................................... BIOFILM CONTROL

Gaëlle .......................... QUÉRÉ ..................................................... DANONE RESEARCH

Marie-Hélène ............... QUERNIN ................................................. MUTABILIS

Jérôme ......................... QUINONÉRO ............................................ LEADS TO DEVELOPMENT

Amokrane .................... REGHAL ................................................... ATLANGRAM

Lionel ........................... RIGOTTIER - GOIS .................................... INRA

Murielle ....................... ROCHELET ............................................... UMR 1347 AGROÉCOLOGIE

Khadidja ...................... ROMARI ................................................... METABOLIUM

Etienne ........................ RUPPÉ ..................................................... HÔPITAUX DE GENÈVE

Florence ....................... SÉJOURNÉ ............................................... DA VOLTERRA

Jean-Christophe ........... SERGERE .................................................. SETUBIO

Laure ........................... SEYDOUX ................................................. LCB FOOD SAFETY

Pascal .......................... SIMONET ................................................. CNRS-ECL

Sylvie ........................... SORDELLO ............................................... VIBIOSPHEN

Laetitia ........................ STEFFEN .................................................. SIMV

Sylvie ........................... STEPHAN ................................................. LABORATOIRE PHODÉ

Philip ............................ SUPPLY .................................................... GENOSCREEN

Bruno ........................... TETART .................................................... BIOMÉRIEUX

Goulven ....................... THEZE ...................................................... STATITEC

Vincent ........................ THOMAS .................................................. BIOASTER

Clarisse ........................ TOITOT .................................................... ADEBIOTECH

Géraldine ..................... TOITOT .................................................... CENTRE HOSPITALIER DE LAON

André ........................... TORDEUX ................................................. GENOSCREEN

François ....................... TREMOLIERES .......................................... HOPITAL F QUESNAY

Nataliya ....................... URTIKOVA ................................................ BD

Karine .......................... VALEILLE .................................................. MEDICEN PARIS REGION

Margaret ..................... VARKADOS-LEMARECHAL........................ EXPRESSION BIOTECH SAS

François ....................... VILLEVAL .................................................. BIOMÉRIEUX

Marie-Joelle ................. VIROLLE ................................................... UNIVERSITÉ PARIS-SUD

Hervé ........................... VOLLAND ................................................. CEA

Fanny ........................... WACQUET................................................ INRA TRANSFERT

Javier ........................... YUGUEROS-MARCO ................................. BIOMÉRIEUX

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Documents

Résistance aux antibiotiques - ADEBIOTECH · - 1 - Colloque Adebiotech Résistance aux antibiotiques : une approche intégrée de l'environnement à l'Homme 16 et 17 mars 2016 Biocitech,