FACULTÉ DES SCIENCES

Guide de l’étudiant-e 2017-2018SECTION DE BIOLOGIE

Section de Biologie

PARTIE I : La Section

Ø La Section de Biologie en bref

Ø A qui s’adresser ?

Ø AEB (Association des Etudiants en Biologie)

Ø Mobilité

1

Section de biologie

Présidence Président : Professeur Didier PICARD

Sciences III – 1er -­ bureau 1013B T. 022.379.6813 + didier.picard@unige.ch

Vice-­présidente : Professeure Alicia SANCHEZ-­MAZAS Sciences III – 2ème -­ bureau 2002 T. 022.379.6656 + alicia.sanchez-­mazas@unige.ch

Administration Administratrice : Madame Silvia BELLAY

Sciences III -­ 2ème -­ bureau 2004D T.022.379.6664 + silvia.bellay@unige.ch

Secrétariat de l'administration : Madame Tania CADORET Sciences III -­ 2ème -­ bureau 2004A T. 022.379.6666 F. 022.379.6748 + tania.cadoret@unige.ch

Secrétariat des étudiants Secrétaire : Madame Sandra DIETHELM

Sciences III -­ 2ème -­ bureau 2004A T. 022.379.6665 + sandra.diethelm@unige.ch

2

Section de biologie

Site internet : http://biologie.unige.ch/ Sciences III, 30 quai Ernest-­Ansermet Enseignements pour l’obtention des titres suivants :

- Bachelor en biologie - Bachelor en biologie orientation préhistoire (cette orientation ne sera pas

disponible pour la rentrée académique 2017/2018 et aucune inscription ne sera prise)

-­ Master en biologie (avec plusieurs orientations possibles) -­ Masters et Certificats d’études avancées

-­ Doctorat ès sciences, mention biologie -­ Doctorat ès sciences, mention anthropologie

La liste complète des titres est affichée sur le site internet de la Section de biologie Les quatre départements de la Section :

Département de biologie moléculaire (BIMOL) (2ème et 3ème étages de Sciences III) Directeur : Professeur Robbie Loewith Secrétariat : 022 379 61 97 http://www.molbio.unige.ch Département de génétique et évolution (GENEV) (3ème et 4ème étages de Sciences III et 4ème étage de Sciences II) Directeur : Professeur Ivan Rodriguez Secrétariat : 022 379 67 85 http://genev.unige.ch Département de botanique et biologie végétale (BIVEG) (1er et 2ème étages de Sciences III) Directeur : Professeur Roman Ulm Secrétariat : 022 379 30 16 http://biveg.unige.ch Département de biologie cellulaire (BICEL) (1er et 2ème étages de Sciences III) Directrice : Professeure Françoise Stutz Secrétariat : 022 379 66 70 http://www.cellbio.unige.ch

3

A QUI S’ADRESSER ?

Secrétariat des étudiants Madame Sandra DIETHELM Sciences III -­ 2ème -­ bureau 2004A T. 022.379.6665 + sandra.diethelm@unige.ch

Accueil

-­ de lundi à jeudi: 8h à12h -­ lundi, mardi et jeudi après-­midi : 13h à 15h

Le secrétariat est fermé le vendredi

* Prises de rendez-­vous pour les étudiants avec la vice-­présidente de la Section * Informations sur les études en biologie * Inscriptions aux travaux pratiques à choix restreint de 3ème année * Inscriptions à la monographie * Inscriptions au master et ses orientations * Guide de l'étudiant et programme des cours de la Section, renseignements Informations complètes sur le site de la Section de biologie : http://biologie.unige.ch Les questions spécifiques à un cours donné sont à adresser aux enseignants respectifs

Conseil aux études & Coordination mobilité Pour toute question personnelle (orientations, équivalences, échecs, séjours mobilité, problèmes particuliers,…), veuillez contacter le secrétariat des étudiants de la Section de biologie pour prendre un rendez-­vous avec la vice-­présidente, en charge des étudiants.

NE RECOIT QUE SUR RENDEZ-­VOUS LE LUNDI MATIN DE 8h30 A 12h30

Conseil de l’office de liaison armée-­université Professeur Pascal KINDLER Section des sciences de la Terre et de l’environnement Maraîchers A -­ bureau 407 T. 022.379.6649 + pascal.kindler@unige.ch

Pour des renseignements complémentaires http://www.unige.ch/sciences/EspaceEtudiant/LiaisonArmeeUni.html

4

Immatriculations, conditions d’admission, renseignements pour les futurs étudiants

Service des admissions UNI DUFOUR -­ Bureau 222 (2ème étage) 24 rue du Général Dufour -­ 1211 Genève 4 T. 022.379.71.11 + immat@unige.ch

L'équipe des gestionnaires vous reçoit du lundi au vendredi de 9h à 13h

Consulter le site web du service des admissions pour plus d’information :

http://www.unige.ch/admissions/sinscrire/

Inscriptions aux cours et aux examens, changements de sections, relevés de notes

Secrétariat des étudiants de la Faculté des sciences Madame Jihane MOSER Sciences III -­ rez -­ bureau 003 T. 022.379.6661/62/63 + secretariat-­etudiants-­sciences@unige.ch

Réception tous les matins de 09h30 à 12h, ainsi que le mardi et jeudi après-­midi de 14h à 16h

Consulter le site web pour plus d’information : http://www.unige.ch/sciences/EspaceEtudiant.html

Conseil aux études de la Faculté des sciences

Dr. Xavier CHILLIER Sciences III -­ rez -­ bureau 001 T. 022.379.6715 + conseiller-­etudes-­sciences@unige.ch

Réception le lundi de 17 à 18h et le mardi de 10h à 12h

Pendant les vacances et les examens : uniquement sur rendez-­vous

Questions relatives à l’orientation à l'intérieur de la Faculté des sciences, aux admissions et examens pour étudiants sans maturité, aux maîtrises bi-­disciplinaires, aux équivalences pour l’enseignement secondaire, par exemple.

Décanat de la Faculté des sciences

Doyen Professeur Jérôme LACOUR Sciences II -­ bureau 124 T. 022.379.6062 + jerome.lacour@unige.ch Vice-­doyen en charge des étudiants Professeur Martin GANDER Acacias 2 (mathématiques) -­ bureau 611 2-­4 rue du Lièvre T. 022.379.1165 + martin.gander@unige.ch

5

A E B (Association des Etudiants en Biologie)

L'AEB est ouverte à tout(e) étudiant(e) inscrit(e) à la Section de biologie qui souhaite prendre une part active dans la vie estudiantine de la Faculté. Elle est notre moyen d'expression, afin que nous puissions construire notre parcours universitaire plutôt que de le subir. Ses statuts l'engagent à défendre les intérêts des étudiants(e)s, ainsi qu’à se faire le porte-­parole des problèmes estudiantins auprès de la Section. L’AEB permet aussi aux étudiant(e)s de se rencontrer dans un autre contexte que celui des cours et favorise l’échange de documents utiles pour la révision des examens (résumés de cours, anciennes questions d’examens, par exemple). Le Comité invite chaque semestre l’ensemble des étudiant(e)s en biologie à venir discuter des objectifs principaux de l’association lors de son Assemblée générale. Pour toutes vos questions : écrivez-­nous à l’adresse suivante : « aeb@unige.ch ». Dans l’attente de vous rencontrer prochainement, nous vous souhaitons le meilleur dans l’accomplissement de vos études universitaires.

Le Comité

Le Comité

E-­mail : aeb@unige.ch

Site internet : http://cms.unige.ch/asso-­etud/aeb/ Local : Sciences III, en bas des escaliers qui descendent depuis le hall, tout au fond à droite;; l’heure de la permanence est affichée dans la vitrine de l’AEB et sur la porte du local.

6

MOBILITE

Tout-­e étudiant-­e de la Section de biologie peut envisager d’effectuer une partie de ses études de bachelor ou de master dans une autre université, en Europe (séjours Swiss-­European Mobility Programme -­ SEMP) ou hors d’Europe (autres accords de mobilité). La durée d’un séjour peut être de 2 à 12 mois, et des bourses de mobilité peuvent être offertes par l’Université. Les enseignements ou stages pratiques effectués dans l’université d’accueil sont validés par un transfert d’ECTS si les examens sont réussis.

Les avantages d’un séjour de mobilité sont multiples :

-­ apprendre à maîtriser une autre langue dans un pays non francophone

-­ approcher certaines disciplines sous un angle différent

-­ suivre certains enseignements non dispensés à l’Université de Genève

-­ vivre une expérience personnelle hors-­murs,

et cela sans interrompre les études de biologie à l’Université de Genève. C’est donc une expérience enrichissante aussi bien sur le plan des études que sur le plan humain.

Pour les étudiant-­e-­s en biologie, le moment le plus propice pour un séjour de mobilité est la 3ème année du bachelor ou le master. La 3ème année complète du bachelor peut être validée si le séjour de mobilité effectué est de 2 semestres et si un plan d’études adéquat a été préalablement validé par la vice-­présidente de la Section. Dans le cadre du master, tout séjour de mobilité (par exemple un stage SEMP) doit faire l’objet d’un accord avec le directeur et/ou le responsable du master au sein de la Section de biologie.

Dans tous les cas, l’étudiant-­e doit se renseigner : 1) au Guichet mobilité à Unimail (bureau R055, ouvert tous les jours de 10h à 13h,

sauf l’été) 2) auprès de la vice-­présidente de la Section de biologie (en prenant rendez-­vous

auprès du secrétariat), en vérifiant bien les délais ! Attention, un séjour de mobilité doit être organisé au moins un an à l’avance, soit au début de la 2ème année du bachelor pour une possibilité de séjour pendant la 3ème année, et au début de la 3ème année pour une possibilité de séjour pendant le master. Le délai principal est le 1er décembre correspondant. Des informations détaillées concernant les séjours de mobilité peuvent être obtenues à l’adresse suivante :

https://www.unige-­exchange.ch/fr/

Section de Biologie

PARTIE II : Le bachelor

Ø Grilles horaires, cours* et monographie - Grilles horaires du bachelor en biologie - Liste et descriptifs des enseignements obligatoires - Liste des enseignements à choix libre & à choix restreint

- Dates des TP à choix restreint de 3ème année

- Règlement de la monographie *Pour les cours à choix, voir Partie IV

7

SC II & III : Sciences II & III, Quai Ernest-­Ansermet 30, GenèvePSI : Pavillon Sciences I, Bd d'Yvoy 16 au 3ème étage, Genève

EPA : Ecole de physique, Quai Ernest-­Ansermet 24, Genève

Horaires LUNDI MARDI MERCREDI JEUDI VENDREDI

08:15 Chimie Générale 11C101

Chimie Organique 11C103

Mathématiques générales11M000 TP intégrés

Biologie Fondamentale I 11B001

09:00SCII, salle A300 SCII, salle A300 SCII, salle A300 SCII, salle A150

09:15 Chimie Organique 11C103

10:00SCII, salle A300

10:15Biologie Fondamentale I

11B001 Physique générale B

11P085 Chimie Générale

11C101 Mathématiques générales

11M000Physique générale B

11P085

11:00 SCII, salle A150EPA SCII, salle A300 SCII, salle A300 EPA

11:15

12:00

12:15 Physique générale B 11P085

13:00 Répétitoire EPA

13:15 Biologie Fondamentale I 11C003 Biochimie I

Biologie Fondamentale I 11B001 Travaux pratiques

14:00 (méthodes)

SCII, salle A150Répétitoire

SCII, salle A100Chimie Générale

11C901

14:15 Travaux pratiques Travaux pratiques Travaux pratiques(groupe II)

Travaux pratiques

15:00 Chimie Générale 11C901 (groupe I)

Physique générale B 11P985

Biologie Fondamentale I11B001

SCII, labo E+F Physique générale B 11P985

15:15 SCII, labo E+ FPSI SCIII, salle 5050 PSI

16:00(mardi ou vendredi) (vendredi ou mardi)

16:15

17:00

17:15

18:00

Bachelor en BIOLOGIECOURS OBLIGATOIRES – 1ère année

Semestre d'automne

9

SC II & III : Sciences II & III, Quai Ernest-­Ansermet 30, GenèvePSI : Pavillon Sciences I, Bd d'Yvoy 16 au 3ème étage, Genève

EPA : Ecole de physique, Quai Ernest-­Ansermet 24, Genève

PA : Pavillon Ansermet, Quai Ernest-­Ansermet 24, Genève

Horaires LUNDI MARDI MERCREDI JEUDI VENDREDI

08:15 Chimie Organique 11C103

Biostatistiques I : Applications 11M904

Biologie Fondamentale III 11B003

09:00SCII, salle A300 PA, salle 119 au 1er étage SCII, salle A150

09:15 Chimie Organique 11C103

10:00SCII, salle A300

10:15Biologie Fondamentale II

11B002Physique générale B

11P086Biologie Fondamentale II

11B002Biostastiques I

11M004Physique générale B

11P086

11:00SCII, salle A150 EPA SCIII, salle 1S059 SCII, salle A300 EPA

11:15

12:00

12:15 Physique générale B 11P086

13:00 Répétitoire EPA

13:15 Biologie Fondamentale III 14B037P

Biotatistiques I répétitoire 11B800

14:00(Introduction à la Génétique)

SCII, salle A300SCII, salle A100

14:15 Biologie Fondamentale III 11B003 Travaux pratiques Travaux pratiques Travaux pratiques

15:00SCII, salle A150 Biologie Fondamentale II

11B002Biologie Fondamentale II

11B002Biologie Fondamentale II

11B002

15:15et/ou Biologie

Fondamentale III 11B903et/ou Biologie

Fondamentale III 11B903et/ou Biologie

Fondamentale III 11B903

16:00SCIII, salle 5050 SCIII, salle 5050 SCIII, salle 5050

16:15

17:00

17:15

18:00

Bachelor en BIOLOGIECOURS OBLIGATOIRES – 1ère année

Semestre de printemps

11

ENSEIGNEMENTS OBLIGATOIRES -­ PREMIERE ANNEE

11B001 BIOLOGIE FONDAMENTALE I Semestre automne Nbre d'heures par semaine 5 ECTS 9.5 (cours & TP intégrés) Nbre d'heures par année 65 Jours & lieux lundi 10h15-­12h

Sciences II, salle A150

lundi 13h15 – 14h (*11C003X1 Biochimie I – méthodes) Sciences II, salle A150 mardi 13h15 – 14h Répétitoire facultatif (4 séances min.) Sciences II, salle A100

vendredi 8h15-­10h00 Sciences II, salle A150

Mode d’évaluation Questionnaire à choix multiples (QCM) Sessions offertes janvier-­février + rattrapage août-­septembre Responsable Monsieur J. C. MARTINOU – 022.379.6443 – jean-­claude.martinou@unige.ch Enseignant(e)s Mesdames S. CITI (pas), F. STUTZ (po)

Messieurs J.-­C. MARTINOU (po), D. PICARD (po). Pour les enseignants du cours 11C003X1 Biochimie I, voir dans le programme des cours sur internet.

Divers * le cours 11C003X1 Biochimie I partie méthodes fait partie intégrante du

cours de Biologie Fondamentale I Contenu Origines de la vie ;; cellule unité vivante ;; métabolisme énergétique

(chloroplastes et mitochondries). Biologie moléculaire : ADN, réplication, transcription, traduction. Cellule animale : noyau, cytoplasme, membranes, compartiments, transport intracellulaire et sécrétion des protéines. Organisation des tissus et cytosquelette;; jonctions cellulaires. Cycle cellulaire;; mitose, méiose ;; transmission de signal.

Objectifs

1. Distinguer entre “vivant” et "non-­vivant”;; décrire les différences entre l’organisation (génomes et autres) des virus, bactéries et eucaryotes. 2. Définir les termes scientifiques de base (ex. gène, protéine, enzyme, hormone, etc). Acquérir les définitions du vocabulaire scientifique abordé dans le cours et listé dans un glossaire (ex: p53, actine, DNA polymérase, oxytocine, etc). 3. Utiliser et décrire les concepts et processus fondamentaux de biologie moléculaire et cellulaire (ex: transcription, traduction, cycle cellulaire, mitose, méiose, métabolisme énergétique, sécrétion, trafic, endocytose, exocytose, motilité, adhésion, barrière, signalisation, etc). 4. Décrire la composition, l’organisation, les propriétés, la fonction et les relations fonctionnelles dynamiques des structures cellulaires (ex. noyau, chromosomes, chromatine, ADN, ARN, membrane plasmique, compartiments membranaires, mitochondries, cytosquelette, jonctions, ribosomes, etc). 5. Comprendre et expliquer les méthodes de purification et d’analyse des acides nucléiques (ADN, ARN) et des protéines.

12

BIOLOGIE FONDAMENTALE I -­ Travaux pratiques intégrés

Semestres automne Nbre d'heures par semaine 4 Nbre d'heures par année 48 Jour & lieu mercredi 14h15 – 18h00

Sciences III, salle TP 5050

Responsables/ Enseignant(e)s

Mesdames F. MELLIFLUO et A. BELLIER : formation documentaire ;; E. DEMARSY (cc) : responsable de la salle des TP 5050. Messieurs P. ECHEVERRIA (ma) : coordinateur des travaux pratiques en laboratoire de recherches ;; F. KARCH (po) et J. MONTOYA (ce) : TP en salle 5050.

Mode d’évaluation Questions intégrées au questionnaire à choix multiples (QCM) du cours

correspondant Contenu Formation documentaire ;; bases de biologie moléculaire et cellulaire en

laboratoire de recherche ;; analyse informatique de séquences d’ADN. Microscopie : cellule animale et végétale, mitose, méiose, chromosomes spéciaux.

Objectifs Chercher et localiser des documents scientifiques ;; évaluer leur fiabilité et connaître les risques liés au plagiat. Utiliser des programmes d’analyse de séquences et consultation de bases de données. Appliquer les techniques de biologie moléculaire et cellulaire de base. Utiliser un microscope et observer les structures cellulaires. Synthétiser et présenter un sujet de recherche oralement.

13

11B002 BIOLOGIE FONDAMENTALE II Semestre printemps Nbre d’heures par semaine 4 ECTS 7.5 (cours & TP intégrés) Nbre d’heures par année 56 Jours & lieux lundi 10h15 -­ 12h00

Sciences II, salle A150 mercredi 10h15 -­ 12h00 Sciences III, salle 1S059

Mode d’évaluation questionnaire à choix multiples (QCM) Sessions offertes juin + rattrapage août-­septembre Responsable Madame E. DEMARSY – 022 379 36 52 – emilie.demarsy@unige.ch Enseignant(e)s Mesdames S. CITI (pas), E. DEMARSY (cc),

Messieurs D. DUBOULE (po), X. PERRET (mer), I. RODRIGUEZ (po). Contenu Microbiologie : diversité des microbes, taxonomie, structure et développement

des bactéries, génétique bactérienne, éléments de virologie et biotechnologies microbiennes. Organisme végétal : cycle de développement et alternance de générations (gamétophyte vs sporophyte), embryogenèse, rôle des méristèmes, croissance et organogenèse, contrôle du développement végétal par l’environnement. Organisme animal : gamétogenèse et fécondation ;; embryologie expérimentale, des oursins aux mammifères ;; biologie des tissus (épithéliaux, conjonctifs, musculaires et nerveux), des organes et des systèmes chez les mammifères, introduction à l’endocrinologie et l’immunologie ;; neurobiologie.

Objectifs Approcher la diversité et l’importance des microbes, reconnaître leurs particularités par rapport aux cellules eucaryotes. Connaître et distinguer les spécificités du développement animal et végétal. Décrire la structure et l’organisation des cellules dans les tissus et l’assemblage de différents types de tissus dans un organe. Expliquer l’intégration fonctionnelle entre différents organes. Maitriser les concepts de base en neurobiologie.

Travaux pratiques intégrés Semestre printemps Nbe d'heures par semaine 4 Nbe d'heures par année 56 Jours & lieu mardi et/ou mercredi et/ou jeudi 14h15 – 18h00 en alternance avec les

travaux pratiques de Biologie fondamentale III

Sciences III, salle TP 5050

Responsable P. SOULIE – 022.379.52.15 -­ priscilla.soulie@unige.ch Enseignant(e)s Mesdames P. SOULIE (cs), E. DEMARSY (cc),

Messieurs J. MONTOYA (ce), X. PERRET (mer), J. ZAKANY (mer). Mode d’évaluation Questions intégrées au questionnaire à choix multiples (QCM) du cours

correspondant et/ou rédaction d’un rapport Contenu Culture et transformation de bactéries, résistance aux antibiotiques et

coloration de gram ;; histologie et physiologie végétale ;; gamétogenèse, développement mosaïque et embryologie ;; histologie animale générale, anatomie comparative.

Objectifs Appliquer les techniques de base en bactériologie. Consolider les notions acquises dans les différentes parties du cours par des observations au microscope, des dissections et diverses manipulations.

14

11B003 BIOLOGIE FONDAMENTALE III Semestre printemps Nbre d’heures par semaine 4.5 ECTS 8 (cours & TP intégrés) Nbre d’heures par année 56 Jours & lieux lundi 13h15 – 14h00

(*14B037P Introduction à la Génétique : Partie génomique) Sciences II, salle A300

lundi 14h15 – 16h00 Sciences II, salle A150

vendredi 8h15-­10h00 Sciences II, salle A150

Mode d’évaluation Examen écrit de 4 heures comprenant des questions théoriques à

développer, des problèmes à résoudre et/ou des questions à choix multiples (QCM)

Sessions offertes juin + rattrapage août-­septembre Coordinateur Monsieur D. PAULI – 022 379 67 55 – daniel.pauli@unige.ch Enseignant(e)s Madame A. SANCHEZ-­MAZAS (po),

Messieurs D. PAULI (ce), J. MONTOYA (ce), M. MILINKOVITCH (po), A. LANGANEY (ph), B. IBELINGS (po).

Cours 14B037P Introduction à la Génétique: Partie génomique : Monsieur V. OSSIPOW (cc).

Divers * Le cours 14B037P Introduction à la Génétique : Partie génomique (6 heures) fait partie intégrante du cours de Biologie Fondamentale III

Contenu 1. Génétique des eucaryotes. -­ La transmission des gènes individuels. -­ La recombinaison par assortiment indépendant. -­ La recombinaison par crossing-­over et la cartographie des chromosomes. -­ La complémentation. -­ Les relations génotype-­phénotype. -­ Introduction aux différents types de mutations.

2. Evolution et Phylogénie. -­ Découverte des mécanismes de l’évolution : historique. -­ Spéciation. -­ Biologie de la conservation. -­ Introduction à la phylogénie. -­ Biodiversité. Arbre du vivant. -­ Evolution humaine. -­ Evolution des comportements.

3. Ecologie. -­ Introduction à l’écologie. -­ Conditions et ressources. -­ Individus, populations, communautés et écosystèmes -­ Questions appliquées en écologie.

Objectifs Les étudiants devront être capables de:

-­ définir, expliquer et utiliser les concepts principaux. -­ à partir d’un problème ou de la description d’une situation expérimentale simple, identifier les informations importantes et émettre une hypothèse ou effectuer les déductions. Proposer un moyen de tester cette hypothèse et prédire ce qu’on peut attendre de ce test.

15

Coordinateur Monsieur D. PAULI – 022 379 67 55 – daniel.pauli@unige.ch

BIOLOGIE FONDAMENTALE III -­ Travaux pratiques intégrés Semestre printemps Nbre d’heures par semaine 4 Nbre d’heures par année 56 Jours & lieu mardi ou /et mercredi ou /et jeudi 14h15 – 18h00 en alternance avec les

travaux pratiques de Biologie Fondamentale II Sciences III, salle TP 5050

Enseignant(e)s Mesdames A. TZIKA (ma) et E. DEMARSY (cc).

Messieurs D. PAULI (ce) et M. MILINKOVITCH (po). Mode d’évaluation Questions intégrées dans l’examen du cours Contenu Génétique

Evolution Biodiversité Phylogénie Génomique comparative

Objectifs Introduire les étudiants à divers aspects expérimentaux en lien avec certains chapitres du cours.

16

11M000 MATHEMATIQUES GENERALES Semestre automne Nbre d’heures par semaine 2 ECTS 4 (11M000 + TP -­ exercices)

voir « Divers » Nbre d’heures par année 28

Jour jeudi 10h15 -­ 12h00 Lieu Sciences II, salle A300 Mode d’évaluation examen écrit, 2h. Sessions offertes janvier-­février + rattrapage août-­septembre Responsable Monsieur S. SARDY – 022.379.1142 – sylvain.sardy@unige.ch Enseignant Monsieur S. SARDY (pas). Divers Le cours de mathématiques générales automne (11M000) et ses

exercices doivent être suivis dans leur intégralité pour obtenir les 4 ECTS.

Contenu 1. Analyse de fonctions univariées : graphe, limite, continuité, dérivation, intégration, Taylor. 2. Fonctions à plusieurs variables : graphes, limite, continuité, gradient, hessienne, Taylor. 3. Optimisation : concepts clefs, existence, unicité, convexité, algorithmes. 4. Algèbre linéaire : espace vectoriel, partie libre, partie génératrice, base, déterminant, norme, produit scalaire, produit vectoriel, matrice, vecteurs/valeurs propres. 5. Equations différentielles simples.

Objectifs Le but de ce cours est de dégager les idées du calcul différentiel et intégral à une ou plusieurs variables qui sont importantes pour la pratique scientifique. On introduira également des éléments de base d’algèbre linéaire et d’équation différentielle.

Exercices /travaux pratiques intégrés Semestre automne Nbre d’heures par semaine 2 Nbre d’heures par année 28 Jour jeudi 8h00 -­ 10h00 Lieu Sciences II, salle A300 Contenu Initiation au logiciel de calcul numérique et statistique R

17

11M004 BIOSTATISTIQUES I Cours Semestre printemps Nbre d’heures par semaine 2 ECTS 4 (11M004 + 11M904), voir « Divers » Nbre d’heures par année 28 Jour jeudi 10h15 – 12h00 Lieu Sciences II, salle A300 Mode d’évaluation un seul examen écrit de 2h pour les deux enseignements 11M004 et

11M904 Sessions offertes juin + rattrapage août-­septembre Responsable Monsieur S. SARDY – 022.379.1142 – sylvain.sardy@unige.ch Enseignant(e)s Monsieur S. SARDY (pas), et collaborateurs. Divers Le cours Biostatistiques I (11M004) doit être suivi avec les travaux

pratiques Biostatistiques I : Applications (11M904) au semestre de printemps pour l’obtention des 4 crédits ECTS.

Contenu 1. Analyse exploratoire (statistiques simples et analyse graphique) et utilisation du logiciel statistique R. 2. Calculs élémentaires de probabilités. 3. Variables aléatoires et distributions discrètes, leur espérance et variance. En particulier, distributions Bernoulli, Binomiale et Poisson. 4. Variables aléatoires et distributions continues, leur espérance et variance. En particulier, distributions Gaussienne et Student. 5. Introduction à la régression, au test statistique et estimateur.

Objectifs Apprendre les concepts-­clefs en statistiques et probabilités.

18

11M904 BIOSTATISTIQUES I : Applications Travaux pratiques Semestre printemps Nbre d’heures par semaine 2 ECTS 4 (11M004 + 11M904) Nbre d’heures par année 28 Jour & lieux jeudi 08h15 – 10h00 – Pavillon Ansermet, salle 119 au 1er étage

(et salle 0019 SCIII, en fonction du nombre d'étudiants) Mode d’évaluation un seul examen écrit de 2h pour les deux enseignements 11M004 et

11M904 Sessions offertes juin + rattrapage août-­septembre Responsable Madame E. POLONI -­ 022.379.6977 -­ estella.poloni@unige.ch Enseignant(e)s Madame E. POLONI (cc), Monsieur M. MOUTERDE (ass), et

collaborateurs. Divers Le cours Biostatistiques I (11M004, responsable Monsieur S. SARDY

(pas), doit être suivi avec les travaux pratiques Biostatistiques I : Applications (11M904) au semestre de printemps pour l’obtention des 4 crédits ECTS.

Contenu En coordination avec le cours de Biostatistiques I (11M004), les séances de ‘Biostatistiques I : Applications’ proposent une application à la biologie des concepts-­clés en probabilités et statistiques. Les deux heures hebdomadaires seront dédiées à contextualiser l’utilité et l’utilisation de ces concepts pour aborder des connaissances dans le domaine des sciences du vivant. Ceci s’effectuera à travers la résolution, par les étudiants-­es, de problèmes présentés sous forme d’exercices sur des exemples tirés exclusivement du domaine des sciences du vivant. Des corrections interactives (entre enseignants-­es et étudiants-­es) seront proposées. Le recours à l’utilisation du logiciel R sera aussi inclus dans les séances. Le programme comprend : 1. EDA: visualisation et représentation des données, échantillonnage(s) en biologie 2. Probabilités: lois de probabilités dans la génétique des familles et des populations, et lois de probabilités associées aux caractères à variation continue 3. Principes de l'inférence statistique de paramètres usuels en biologie, principe d’un test d’hypothèse et introduction aux tests usuels en biologie

Objectifs Permettre à l'étudiant-­e d’acquérir un degré d’autonomie suffisant pour pouvoir, à la fois : -­ s’orienter dans le choix de la littérature à consulter et les programmes statistiques à utiliser pour répondre à une question scientifique qu’elle/il pourra rencontrer dans le cadre de ses études ;; -­ porter un regard critique sur l’actualité scientifique dans le domaine de la biologie, à savoir être capable d’évaluer l’adéquation d'un plan expérimental pour répondre à une question scientifique donnée, la robustesse des résultats expérimentaux et la pertinence des conclusions qui en sont tirées. Ceci implique : -­ d’identifier des types de variables, leurs distributions de probabilité et

les paramètres de ces distributions ;; -­ d’estimer des paramètres usuels (médiane, quartiles, probabilité,

espérance, variance, covariance, corrélation) à partir de données expérimentales ;;

-­ de conduire un test d’hypothèse simple avec des données expérimentales ;;

-­ d’interpréter les résultats des estimations ou des tests dans le cadre d’un plan expérimental, et d’en tirer des conclusions.

19

11B800 BIOSTATISTIQUES I : Répétitoire Répétitoire Semestre printemps Nbre d’heures par semaine 1 Nbre d’heures par année 14 Jour mardi 13h15-­14h00 Lieu Sciences II, salle A100 Enseignante Madame E. POLONI (cc). Contenu Ce répétitoire complémente Biostatistiques I : Applications (11M904).

Les notions abordées sont reprises ici avec de nouveaux exemples tirés de la recherche en biologie.

Objectifs Les objectifs restent les mêmes : Permettre à l'étudiant-­e d’acquérir un degré d’autonomie suffisant pour pouvoir, à la fois : -­ s’orienter dans le choix de la littérature à consulter et les programmes statistiques à utiliser pour répondre à une question scientifique qu’elle/il pourra rencontrer dans le cadre de ses études ;; -­ porter un regard critique sur l’actualité scientifique dans le domaine de la biologie, à savoir être capable d’évaluer l’adéquation d'un plan expérimental pour répondre à une question scientifique donnée, la robustesse des résultats expérimentaux et la pertinence des conclusions qui en sont tirées. Ceci implique : -­ d’identifier des types de variables, leurs distributions de probabilité et

les paramètres de ces distributions ;; -­ d’estimer des paramètres usuels (médiane, quartiles, probabilité,

espérance, variance, covariance, corrélation) à partir de données expérimentales ;;

-­ de conduire un test d’hypothèse simple avec des données expérimentales ;;

-­ d’interpréter les résultats des estimations ou des tests dans le cadre d’un plan expérimental, et d’en tirer des conclusions.

20

11C101 CHIMIE GENERALE Semestre automne Nbre d’heures par semaine 4 Nbre d'heures par année 56 ECTS 5 (pour les biologistes)

Jours lundi 8h15-­10h00 & mercredi 10h15-­12h00 Lieu Sciences II, salle A300 Mode d’évaluation questionnaire à choix multiples (QCM) Sessions offertes janvier-­février + rattrapage août-­septembre Responsable Monsieur X. CHILLIER – 022.379.6715 – xavier.chillier@unige.ch Enseignant Monsieur X. CHILLIER (cc). Objectif Dispenser aux étudiant-­e-­s une culture de base en chimie et les

connaissances dont ils/elles auront besoin pour suivre ensuite des enseignements plus avancés.

Contenu 1. Historique et concepts de base

2. L’atome et l’électron : naissance de la mécanique quantique 3. Chimie structurale, molécules, liaisons et états de la matière 4. Equilibres physico-­chimiques 5. Equilibre et réactions chimiques 6. Cinétiques des réactions 7. Chimie nucléaire, isotopes, radiochimie et radioactivité

Documentation et bibliographie Polycopié (sur Chamilo) Brown et al. (2012) Chemistry : the central science, 12th Edition, (ISBN 978-­0-­321-­74983-­3) P.W. Atkins, L. Jones (1998). Chimie : Molécules, Matière, Métamorphoses. De Boeck Université. ISBN 10-­2-­7445-­0028-­3. Hill & Petrucci, Chimie générale (2002), Pearson Press, (ISBN 2-­84211-­199-­0) E-­learning : https://chamilo.unige.ch/

Les exercices sont intégrés dans le cours.

21

11C901 CHIMIE GENERALE Travaux pratiques Semestre automne (semaines 6-­14) Nbre d’heures par semaine 3 Nbre d'heures par année 36 ECTS 2 (pour les biologistes)

Jours lundi 14h15-­18h00 (groupe I)

jeudi 13h15-­17h00 (groupe II)

Lieu Sciences II, laboratoires E + F Mode d’évaluation contrôle continu Responsable Monsieur C. PIGUET – 022 379 60 34 -­ claude.piguet@unige.ch Enseignants Messieurs C. PIGUET (po), T. LATHION (as), H. NOZARY (Adj. S.). Contenu 1. Notions de base

2. La réaction chimique 3. Thermodynamique et équilibre 4. Structure atomique 5. Propriétés des solutions aqueuses 6. Réactions de transfert d’électrons 7. Chimie analytique Documentation et bibliographie : Polycopiés de Travaux Pratiques. P.W. Atkins, L. Jones (2011). Principes de Chimie. De Boeck Université. Bruxelles, ISBN 978-­2-­8041-­6317-­4. E-­learning : https://chamilo.unige.ch/

Objectif Introduction à la chimie pour les sciences de la vie et les sciences de la Terre.

22

11C103 CHIMIE ORGANIQUE Semestres automne/printemps Nbre d’heures par semaine 3 ECTS 8 Nbre d’heures par année 84 Jours mardi 9h15-­10h00

mercredi 8h15-­10h00 Lieu Sciences II, salle A300 Mode d’évaluation questionnaire à choix multiples (QCM) Sessions offertes juin + rattrapage août-­septembre Responsables Monsieur J. LACOUR – 022.379.6062 – jerome.lacour@unige.ch

Madame A. POBLADOR-­BAHAMONDE – 022.379.6155 Amalia.PobladorBahamonde@unige.ch

Enseignant(e)s Monsieur J. LACOUR (po),

Madame A. POBLADOR-­BAHAMONDE (ma). Objectif Cours de base obligatoire pour les étudiant-­e-­s de 1e année du Bsc en

biologie et du Bsc en sciences pharmaceutiques. Contenu Semestre d’automne (Prof. J. Lacour)

-­ Généralités (la liaison chimique) -­ Alcanes et cycloalcanes (hydrocarbures saturés) -­ Alcènes et alcynes (hydrocarbures insaturés) -­ Composés aromatiques (structure et réactivité) -­ Stéréoisomérie, chiralité, activité optique, énantiomérie, diastéréoisomérie -­ Halogénoalcanes (structure et réactivité) -­ Alcools, éthers et phénols (structure et réactivité) -­ Aldéhydes et cétones (structure et réactivité)

Semestre de printemps (Dr A. Poblador-­Bahamonde) -­ Acides carboxyliques et dérivés (esters, amides, nitriles) -­ Réactions de substitutions en a d’un carbonyle et réactions de condensation -­ Amines et dérivés azotés -­ Hétérocycles azotés et produits naturels apparentés -­ Composés difonctionnels et polyfonctionnels -­ Glucides -­ biomolécules naturelles, mono-­ et polysaccharides -­ Acides aminés, peptides et protéines : macromolécules et polymères naturels -­ Corps gras, stéroïdes, phospholipides et acides nucléiques : l’ADN et l’ARN

Documentation et bibliographie : • J. McMurry (2011). Fundamentals of Organic Chemistry, 7th edition.

Belmont: Brooks/Cole, 2011. ISBN 978-4390-49730.

• J. McMurry, E. Simanek (2007). Chimie Organique, les Grands Principes, 2e édition. Dunod, Paris. ISBN 978-­2100-­505470.

E-­learning : https://chamilo.unige.ch/

23

11P085/086 PHYSIQUE GENERALE B Semestres automne/printemps Nbre d’heures par semaine 4 ECTS 10 (cours + répétitoire pour les biologistes) Nbre d’heures par année 112 Jours mardi 10h15-­12h00

vendredi 10h15-­12h00

Lieu EPA, Ecole de physique Mode d’évaluation examens écrits Sessions offertes janvier-­février / juin + rattrapage août-­septembre Responsabl(e)s Madame P. PARUCH -­ 022.379.35.46 -­ patrycja.paruch@unige.ch (automne)

Monsieur T. GOLLING -­ 022.379.6274 -­ tobias.golling@unige.ch Madame T. MONTARULI -­ 022.379.3675-­ teresa.montaruli@unige.ch (printemps) Monsieur Ph. MERMOD-­ 022 379 62.13 -­ philippe.mermod@unige.ch

Enseignant(e)s Mesdames P. PARUCH (pa), T. MONTARULI (po), Messieurs Ph. MERMOD (past), T. GOLLING (pas)

Objectifs Le but du cours est de donner à l'étudiant les notions de base nécessaires à la compréhension des phénomènes physiques qui se passent dans la nature et dans le corps humain. L'objectif est atteint lorsque l'étudiant est capable de prévoir quantitativement les conséquences de ces phénomènes en utilisant aussi des outils mathématiques appropriés.

Divers Le cours de physique générale B (11P085/11P086) doit être suivi avec les travaux pratiques (11P985) pour l’obtention des 12 ECTS. Les séances d’exercices sont indispensables à la compréhension du cours. Les laboratoires qui accompagnent le cours doivent permettre à l’étudiant de se familiariser avec les méthodes de mesures utilisées pour déterminer une grandeur physique. Ils font partie du champ d’examen.

Contenu Semestre automne : (11P085) Introduction à la physique, cinématique, lois de Newton, dynamique, statique, gravitation, rotation, énergie mécanique, les solides, les fluides, oscillations et ondes mécaniques, le son, propriétés thermiques de la matière, chaleur et thermodynamique. Semestre printemps : (11P086) Electrostatique, courant continu, circuits, magnétisme, induction électromagnétique, courant alternatif, ondes électromagnétiques, propagation de la lumière, optique géométrique, optique ondulatoire, lasers, applications biomédicales, relativité restreinte, origines de la physique moderne, théorie quantique. https://chamilo.unige.ch/home/courses/11P085/?id_session=0

Ouvrages de référence :

-­ Physique, Eugène Hecht, DeBoeck Université ed. -­ Physique Générale, DC. Giancoli, 3 vols, De Boeck Université ed. -­ Fundamentals of Physics, D Halliday, 3 vols, R. Resnick, J. Walker, John Wiley & Sons, Inc.

Répétitoire Semestres automne/printemps Nbre d’heures par semaine 2 Nbre d’heures par année 56 Jour vendredi 12h15-­14h00 Lieu EPA, Ecole de physique Responsables Madame P. PARUCH -­ 022.379.3546 -­ patrycja.paruch@unige.ch (automne)

Madame T. MONTARULI -­ 022.379.3675 -­ teresa.montaruli@unige.ch (printemps)

Divers Les séances de répétitoire pendant lesquelles les exercices de physique distribués au cours sont corrigés sont fortement recommandées.

Contenu Une série d’exercices est distribuée chaque semaine.

24

11P985 PHYSIQUE GENERALE B – Laboratoires de physique Travaux pratiques Semestre automne Nbre d’heures par année 36 ECTS 3

2 (pour les biologistes)

Jour mardi ou vendredi 14h00 -­ 18h00 Lieu pavillon Sciences I, Bd d’Yvoy 16, 3ème étage Mode d’évaluation certificat (voir ci-­dessous) Responsable Madame A. TAMAI – 022.379.6215 – anna.tamai@unige.ch Divers Les laboratoires de physique, qui se déroulent en parallèle avec le premier

semestre du cours, permettent aux étudiants d’aborder un certain nombre de concepts de physique avec une approche plus expérimentale et, en conséquence, plus imagée. De plus, ces TP permettent aux étudiants de se familiariser avec des méthodes modernes de mesure et d’analyse des grandeurs physiques obtenues lors de ces expériences. Les étudiants doivent effectuer les 12 expériences prévues au programme pour obtenir le certificat.

25

SC II & III : Sciences II & III, Quai Ernest-­Ansermet 30, GenèveBaud-­Bovy : salle informatique, passage Baud-­Bovy, Genève

PA : Pavillon Ansermet, Quai Ernest-­Ansermet 24, Genève

Horaires LUNDI MARDI MERCREDI JEUDI VENDREDI

08:15Génétique

Génétique générale 12B017A

Physiologie animale12B014

GénétiqueGénétique générale 12B017A

Biochimie II 12C002A

09:00SCIII, salle 1S081 SCIII, salle 1S081 SCIII, salle 1S081 SCII, salle A300

09:15 Biochimie II 12C002A

Physiologie animale12B014

10:00SCII, salle A150 SCII, salle 223

10:15Systématique et

Biodiversité 12B018ATravaux pratiques

Programmation 12X020Systématique et

Biodiversité 12B018A

11:00SCIII, salle 1S081 (séance rattrapage)

Baud-­BovySCIII, salle 1S081

11:15

12:00

12:15Biologie et Société

12B010Programmation

12X020Travaux pratiques

Programmation 12X020

13:00SCII, salle A150 SCIII, salle A100 (séance rattrapage)

Baud-­Bovy

13:15

14:00

14:15 Travaux pratiques Travaux pratiquesBiostatistiques II

12B015 Travaux pratiques

15:00 Systématique et Biodiversité 12B018A

Physiologie animale12B914

SCIII, salle 1S059 GénétiqueGénétique générale 12B017A

15:15SCIII, salle 5050 SCIII, salle 5050 Travaux pratiques SCIII, salle 5050

16:00 Biostatistiques II12B015

16:15PA, salle 119 au 1er

étage

17:00

Bachelor en BIOLOGIECOURS OBLIGATOIRES – 2ème année

Semestre d'automne

27

SC II & III : Sciences II & III, Quai Ernest-­Ansermet 30, GenèvePA : Pavillon Ansermet, Quai Ernest-­Ansermet 24, Genève

Horaires LUNDI MARDI MERCREDI JEUDI VENDREDI

08:15 Génétique -­ Génétique moléculaire 12B017P

Développement animal 12B016

Développement animal 12B016

Génétique -­ Génétique moléculaire 12B017P

Bioinformatique 12B012

09:00SCIII, salle 1S081

SCIII, salle 1S081SCIII, salle 1S081 8:00 -­ 9:00 exercices et

9:00 -­ 10:00 coursPA, salle 119 au 1er

étage

09:15 Biochimie II Partie Méthodes 12C002P

Génétique -­ Génétique moléculaire 12B017P

SCIII, salle 1S081 Travaux pratiques Bioinformatique

10:00SCII, salle A150 SCIII, salle 1S081 PA, salle 119 au 1er

étage

10:15 Systématique et Biodiversité 12B018P

Développement végétal 12B019

Formation documentaire 12B801

11:00SCIII, salle 1S081 SCIII, salle 1S059 7.3.2018, introduction en

présentiel, SCIII salle 1S081

puis formation en ligne

11:1512:00

12:15 Biologie et Société 12B011

13:00 SCII, salle A150

13:15

14:00

14:15 Travaux pratiques Travaux pratiques Biologie végétale 12B013 Travaux pratiques Travaux pratiques

14:15 -­ 17:00

15:00 Systématique et Biodiversité 12B018P

Biologie végétale 12B013

SCIII, salle 1S059 Génétique -­ Génétique moléculaire 12B017P

Biologie végétale 12B013

15:15 SCIII, salle 5050SCIII, salle 0059

SCIII, salle 0035SCIII, salle 0059

EN COORDINATION

16:00(voir descriptif du cours)

16:15 Travaux pratiques 14:15 -­ 18:00

17:00Génétique -­ Génétique moléculaire 12B017P

17:15 SCIII, salle 0035 EN COORDINATION

18:00 (voir descriptif du cours)

Bachelor en BIOLOGIECOURS OBLIGATOIRES – 2ème année

Semestre de printemps

29

ENSEIGNEMENTS OBLIGATOIRES -­ DEUXIEME ANNEE

Biochimie pour biologistes Pour les biologistes, ce cours est composé de 2 parties :

• Le cours 12C002A « Biochimie II », au semestre d’automne, • Le cours n° 12C002PX « Biochimie II, partie Méthodes » (inclus dans le cours Biochimie II

printemps suivi par les chimistes et biochimistes) au semestre de printemps. Ces cours doivent êtres suivis dans leur intégralité pour obtenir les 5 ECTS. La note finale est la moyenne pondérée de deux notes : 1) la note de l’examen de Biochimie II du semestre d’automne (qui compte pour 75%), et 2) la note de l'examen de « Biochimie II, partie Méthodes » au semestre de printemps (qui compte pour 25%). 12C002A Biochimie II Semestre automne Nbre d’heures par semaine 3 Nbre d’heures par année 42

Jours & lieux lundi 9h15-­10h / Sciences II, salle A150 vendredi 8h15-­10h / Sciences II, salle A300

Mode d’évaluation examen écrit

Sessions offertes janvier-­février + rattrapage août-­septembre Responsable Monsieur H. RIEZMAN – 022.379.6469 – Howard.Riezman@unige.ch

Enseignant(e)s Messieurs F. BARJA (cc), J. GRUENBERG (po), V. OSSIPOW (ce),

H. RIEZMAN (po) Madame E. DEMARSY (cc).

Objectifs Ce cours introduit les principes de base de l'enzymologie et du métabolisme

Contenu -­ Enzymologie -­ Catabolisme et anabolisme -­ Photosynthèse -­ Glycolyse -­ Respiration cellulaire

Documentation et bibliographie

J. Berg, J.L. Tymoczko, L. Stryer (2006). Biochemistry, 6e edition, W.H. Freeman, New York. ISBN 10-­7167-­6766X. Compléments par des chapitres choisis.

E-­learning https://chamilo.unige.ch/home/courses/12C002/ 12C002PX Biochimie II – partie Méthodes Semestre printemps Nbre d’heures par semaine 1 Nbre d’heures par année 14

Jour & lieu lundi 9h15-­10h / Sciences II, salle A150

Mode d’évaluation Examen écrit

Sessions offertes Juin-­juillet + rattrapage août-­septembre

Responsable Monsieur A. ROUX – 022 379 3532 – aurelien.roux@unige.ch

Enseignants Messieurs Ch. BAUER (cc), J-­M. MATTER (mer), A. ROUX (pas),

Contenu -­ Imagerie cérébrale -­ Optogénétique -­ Microscopie optique -­ Microscopie électronique -­ Fractionnement cellulaire

Objectifs Ce cours est consacré à la description des méthodes utiles pour la caractérisation des concepts abordés au semestre d'automne.

E-­learning https://chamilo.unige.ch/home/courses/12C002/

30

12B012 BIOINFORMATIQUE Semestre printemps Nbre d’heures par semaine 1 ECTS 1.5 (cours et TP intégrés)

2 (mineure: biologie) Nbre d’heures par année 14

Jour vendredi 8h15 – 9h Lieu Pavillon Ansermet, salle 119 au 1er étage Mode d’évaluation examen écrit

Sessions offertes juin-­juillet + rattrapage août-­septembre Responsable Madame F. LISACEK – 022.379.5988 – frederique.lisacek@unige.ch Enseignant(e)s Madame F. LISACEK (mer) et intervenants, N.N

Objectifs Familiarisation avec les outils de bioinformatique les plus couramment utilisés en biologie moléculaire et leur utilisation raisonnée

Contenu

1. La place de la bioinformatique dans la biologie moderne et le rôle central de la notion de séquence (1h)

2. Base de données des séquences de gènes et génomes (2h) 3. Séquences protéiques et protéomes (1h) 4. Comparaison et recherche dans les bases de données (1h) 5. Alignement des séquences (1h) 6. Comparaison et classification (1h) 7. Données d’expression et de transcriptomes (2h) 8. Données métaboliques (1h) 9. Annotation fonctionnelle des gènes et des protéines (2h) 10. Données structurales et tridimensionnelles (2h)

Travaux pratiques intégrés Semestre printemps Nbre d’heures par semaine 1 Jour vendredi 9h15 – 10h Nbre d’heures par année 14 Lieu Pavillon Ansermet, salle 119 Responsable Madame F. LISACEK – 022.379.5988 – frederique.lisacek@unige.ch Enseignant(e)s Madame F. LISACEK (mer) et intervenants, N.N

Objectifs Compréhension et maîtrise des outils de bioinformatique les plus couramment utilisés en biologie moléculaire

Contenu • Navigation dans les serveurs génériques : NCBI, EBI

• Rechercher des informations dans les bases de données de gènes (par ex : GenBank)

• Utiliser les outils de visualisation des données de génomique (par ex : EnsEMBL)

• Rechercher des informations dans UniProtKB • Rechercher/identifier des séquences avec BLAST ;; comprendre

et interpréter les résultats • Utiliser les outils d’alignement de séquences (par ex : ClustalW) • Utiliser les ressources pour la classification des protéines (par

ex : Pfam) • Rechercher des informations dans les bases de données

d’expression (par ex : GEO) • Rechercher des informations dans les bases de données du

métabolisme (par ex : KEGG) • Utiliser des combinaisons de logiciels et bases de données pour

analyser des données de biologie moléculaire

31

12B010 BIOLOGIE ET SOCIETE I : Les enjeux actuels des sciences

de la vie Semestre automne Nbre d’heures par semaine 2 ECTS 2.5

Nbre d’heures par année 28

Jour mardi 12h15-­13h45 Lieu Sciences II, salle A150 Mode d’évaluation examen écrit

Sessions offertes janvier-­février + rattrapage août-­septembre

Responsables Messieurs B. STRASSER – 022.379.0712 -­ bruno.strasser@unige.ch & K. KAMPOURAKIS -­ kostas.kampourakis@unige.ch

Enseignant(e)s Messieurs B. STRASSER (po), K. KAMPOURAKIS (ce), et autres intervenants

Divers Biologie et Société I (semestre d’automne) donne accès au cours Biologie et Société II (semestre de printemps). Le cours 12B010 Biologie et société I : Les enjeux actuels des sciences de la vie du semestre d’automne et le cours 12B011 Biologie et Société II: Analyser les controverses scientifiques du semestre de printemps, doivent être suivis dans leur intégralité pour obtenir 5 ECTS.

La note finale est la moyenne des deux notes des semestres d’automne et de printemps.

Contenu La biologie soulève nombre d’enjeux sociaux, éthiques et politiques qui influencent profondément le développement de la discipline. Ce cours propose une réflexion critique et une mise en perspective de ces enjeux pour mieux comprendre leurs effets sur la biologie contemporaine et le métier de biologiste. Nous aborderons notamment les révolutions intellectuelles (darwinisme, génétique, biologie moléculaire), les concepts clés (l'individu, la population, l'espèce), les controverses publiques (les races humaines, l'eugénisme, la biodiversité, le génie génétique), les questions éthiques (l'expérimentation animale;; l'intégrité scientifique), et les pratiques des biologistes (la publication scientifique, le "DIY Biology").

Objectifs à Identifier des enjeux de société posés par la recherche en biologie à Argumenter sur des enjeux éthiques et sociaux de la recherche biomédicale à Analyser des éléments clés des pratiques de recherche en biologie

32

12B011 BIOLOGIE ET SOCIETE II : Analyser les controverses

scientifiques Semestre printemps Nbre d’heures par semaine 2 ECTS 2.5 Nbre d’heures par année 28 Jour mercredi 12h15-­13h45 Lieu Sciences II, salle A150 Mode d’évaluation travail de recherche et présentation orale et écrite d'une analyse de controverse

publique Sessions offertes juin-­juillet + rattrapage août-­septembre Responsables Messieurs B. STRASSER – 022.379.0712 -­ bruno.strasser@unige.ch &

K. KAMPOURAKIS -­ kostas.kampourakis@unige.ch Enseignant(e)s Messieurs B. STRASSER (po), K. KAMPOURAKIS (ce).

Divers Biologie et Société I semestre d’automne est un prérequis pour Biologie et Société II semestre de printemps. Le cours 12B010 Biologie et société I: Les enjeux actuels des sciences de la vie du semestre d’automne et le cours 12B011 Biologie et Société II : Analyser les controverses scientifiques du semestre de printemps, doivent être suivis dans leur intégralité pour obtenir 5 ECTS.

La note finale est la moyenne des deux notes des semestres d’automne et de printemps.

Contenu Les résultats scientifiques donnent souvent lieu à des controverses publiques impliquant des acteurs très divers. Les téléphones portables sont-­ils dommageables pour le cerveau? Les OGM présentent-­ils un risque pour la santé? Les analyses génétiques disponibles sur internet sont-­elles fiables? Dans ce cours, nous aborderons les différentes méthodes pour analyser ces controverses scientifiques et techniques. Nous discuterons les sources de l’incertitude dans ces controverses et leur place dans une “société du risque”. Les étudiant(e)s réaliseront un travail de recherche sur une controverse, l’analyseront dans un travail écrit et feront une présentation orale.

Objectifs àAnalyser des enjeux de société posés par la recherche en biologie àIdentifier et évaluer des sources d'informations sur des controverses publiques àMettre en relation les différents arguments avec les identités des acteurs àProduire une analyse argumentée originale et convaincante pour expliquer l’enjeu d’une controverse publique àCollaborer en groupe, répartir le travail et arriver à une conclusion commune àPrésenter une analyse et des arguments par oral et par écrit

33

12B013 BIOLOGIE VEGETALE Semestre printemps Nbre d’heures par semaine 2 ECTS 3.5 Nbre d’heures par année 28

Jour & lieu mercredi 14h15-­16h Sciences III, salle 1S059

Sessions offertes juin-­juillet + rattrapage août-­septembre

Mode d’évaluation examen écrit

Responsables Monsieur R. DEGLI AGOSTI -­ 022.379.0765 – robert.degliagosti@unige.ch Monsieur S. LOUBÉRY – 022.379.6568 -­ sylvain.loubery@unige.ch

Enseignants Messieurs R. DEGLI AGOSTI (cc) & S. LOUBERY(cc).

Divers Le cours de biologie végétale est structuré en deux parties (morphologie et physiologie). Le cours doit être suivi avec les TP dans leur intégralité pour obtenir 3.5 ECTS. La participation aux travaux pratiques intégrés est obligatoire pour se présenter à l’examen.

Contenu Partie morphologie et anatomie : • les parois des cellules végétales • les tissus végétaux : types cellulaires, organisation et fonction • les organes végétatifs : la racine, la tige et la feuille • croissance secondaire : le bois

Partie physiologie et biochimie : • transport de l’eau et des solutés dans les végétaux • la photosynthèse : aspects physiologiques et écologiques • perception et réponse à différentes qualités de lumière • les hormones végétales : auxine, gibbérellines, cytokinines, éthylène,

acide abscissique • stress biotique et abiotique

Objectifs Le but de ce cours est de permettre aux étudiant(e)s d’acquérir une vue

d'ensemble des concepts de morphologie et de physiologie végétale. La première partie vise à comprendre la composition et les caractéristiques des différents tissus végétaux. La seconde partie vise l’assimilation des bases de la physiologie végétale (notamment les principes du transport de l’eau, le métabolisme des plantes, la nature et les principaux rôles des hormones végétales et la réponse des plantes aux stress).

Travaux pratiques intégrés Semestre printemps Nbre d’heures par semaine 3 Nbre d’heures par année 15

Jour & lieu mardi et vendredi 14h15-­17h15 – salle TP 0059 (Sciences III) Morphologie : 27.04.2018, 04.05.2018, 08.05.2018, 15.05.2018, 22.05.2018, 29.05.2018

Physiologie : 27.02.2018, 02.03.2018, 06.03.2018, 09.03.2018, 10.04.2018, 13.04.2018, 17.04.2018, 20.04.2018

Ces séances ont lieu en coordination avec les travaux pratiques de Génétique moléculaire (12B017P). Se référer aux calendriers et aux groupes établis A et B lors du premier semestre.

Responsables Physiologie : Monsieur R. DEGLI AGOSTI – 022.379.0765 -­ robert.degliagosti@unige.ch Morphologie-­anatomie: Monsieur S. LOUBERY – 022.379.6568 -­ sylvain.loubery@unige.ch

Enseignants Monsieur R. DEGLI AGOSTI (cc), Monsieur S. LOUBERY (cc).

Divers La participation à ces travaux pratiques est obligatoire pour se présenter à l’examen.

Contenu Morphologie -­ anatomie végétale : 3 séances en rotation Physiologie végétale : 2 séances en rotation

34

12B015 BIOSTATISTIQUES II Semestre automne Nbre d’heures par semaine 1 ECTS 2 (cours et TP intégrés) Nbre d’heures par année 14 Jour mercredi 14h15-­15h Lieu Sciences III – salle 1S059 Mode d’évaluation Le mode d'évaluation sera présenté lors du 1er cours (contrôles continus

+ examen) Sessions offertes janvier-­février + rattrapage août-­septembre Responsable MonsieurJ.M. NUNES – 022.379.(3683)/(6967),

jose.deabreununes@unige.ch

Enseignant Monsieur J.M. NUNES (ce) Contenu Une approche pratique des statistiques où, à l'aide de R et dans des

contextes biologiques, seront abordés : + Types de variables, leurs distributions, leurs représentations et leur simulation + Modèles linéaires : variables et termes, paramètres et coefficients, ajustement et son interprétation, coefficient de détermination + Tests d'hypothèses, hypothèse nulle, taille d'effet, valeur de p + Validation du modèle et transformations de variables + Table d'analyse de variance + Tests classiques paramétriques et non paramétriques + Multicolinéarité et projection de variables

Objectifs + Identifier les principaux types de variables et les représenter de façon appropriée + Décrire la variabilité d'une variable, identifier des distributions (lois de probabilité) convenables et les simuler. + Formuler explicitement des modèles décrivant des relations entre variables et des hypothèses de recherche et hypothèses nulles associées + Valider un modèle linéaire + Rapporter le résultat d'un modèle linéaire et l'interpréter dans le contexte de l'analyse + Identifier et utiliser des modèles linéaires équivalents aux tests classiques + Comparer des modèles linéaires + Distinguer corrélation et causalité + Construire des modèles linéaires adressant les effets de la multicolinéarité + Présenter et commenter une analyse statistique

Travaux pratiques intégrés Semestre automne Nbre d’heures par semaine 1 Nbre d’heures par année 14 Jour mercredi 15h15-­17h

(2 groupes, une semaine sur deux, à convenir lors du 1er cours)

Lieu Pavillon Ansermet, salle 119 au 1er étage Enseignant Monsieur J.M. NUNES (ce) et assistants Contenu Ces sessions de travail sur ordinateur sont complètement intégrées au

cours de Biostatistiques II (12B015) et font partie de l'évaluation.

35

12B016 DEVELOPPEMENT ANIMAL Semestre printemps Nbre d’heures par semaine 3 ECTS 4 Nbre d’heures par année 42 Jours mardi 8h15 – 10h & mercredi 8h15 – 9h

Lieu Sciences III – salle 1S081

Mode d’évaluation examen écrit de 4 heures, aucun document autorisé. Sessions offertes juin-­juillet + rattrapage août-­septembre Responsable Monsieur I. RODRIGUEZ -­ 022.379.3101 -­ ivan.rodriguez@unige.ch

Enseignant (e)s Mesdames B. GALLIOT (pas), M. GOTTA (pas), E. NAGOSHI (pa)

Messieurs J. DAL COL (adj. sci.), P. HERRERA (pas), F. KARCH (po), I. RODRIGUEZ (po)

Contenu

Les grands principes dirigeant le développement d’invertébrés (mouche, hydre,…) et de vertébrés (des mammifères en particulier) seront discutés. Le cours couvre le développement précoce, embryonnaire, mais également celui de l’individu après la naissance. Un accent est mis sur les similitudes et les différences entre processus développementaux chez diverses espèces.

Objectifs En dehors de l'intégration des données brutes du cours, il est attendu que les étudiants acquièrent la capacité de proposer des expériences pour répondre à des questions précises liées au développement.

12B019 DEVELOPPEMENT VEGETAL Semestre printemps Nbre d’heures par semaine 2 ECTS 3 Nbre d’heures par année 28 Jour mardi 10h15 – 12h

Lieu Sciences III -­ salle 1S059 Mode d’évaluation examen écrit de 4 heures, aucun document autorisé. Sessions offertes juin-­juillet + rattrapage août-­septembre Responsable Monsieur L. LOPEZ-­MOLINA, -­ 022.379.3206 -­

Luis.LopezMolina@unige.ch

Enseignant (e)s L. LOPEZ-­MOLINA (pas), X. PERRET (mer). Contenu Objectifs

Le cours suivra le cycle de vie d’une plante : germination de la graine, croissance et maturation (racines, feuilles, plastes, tiges et fleurs), gamétogenèse, fertilisation et embryogenèse, menant à la formation d’une nouvelle graine. En dehors de l'intégration des données brutes du cours, il est attendu que les étudiants acquièrent la capacité de proposer des expériences pour répondre à des questions précises liées au développement.

36

12B017A GENETIQUE – Génétique générale Semestre automne Nbre d’heures par semaine 3 ECTS 11 (cours + TP + ex.), voir sous

« Divers » Nbre d’heures par année 42

Jours lundi 8h15 -­9h

jeudi 8h15 -­10h

Lieu Sciences III, salle 1S081 Mode d’évaluation examen écrit – la note finale est la moyenne des notes des examens de

Génétique automne (12B017A) et Génétique printemps (12B017P) examen écrit pour les deux sessions

Sessions offertes janvier-­février + rattrapage août-­septembre Responsable Monsieur D. PAULI – 022 379 67 55 – daniel.pauli@unige.ch Enseignant Monsieur D. PAULI (ce). Divers Le cours de génétique générale (12B017A) dispensé au semestre

d'automne est rattaché au cours de génétique moléculaire (12B017P) dispensé au semestre de printemps. Les cours 12B017A, 12B017P, les exercices et les TP doivent être suivis dans leur intégralité pour obtenir les 11 ECTS.

Contenu Approfondissement de l’analyse mendélienne Relation génotype-­phénotype. Interaction des gènes Liaison et cartographie des chromosomes eucaryotes Mécanisme et fonction des crossing-­over chez les eucaryotes Mutations Eléments transposables des eucaryotes Effets épigénétiques Détermination du sexe.

Objectifs Les étudiants devront être capables de: -­ définir, expliquer et utiliser les concepts principaux. -­ à partir d’un problème ou de la description d’une situation expérimentale simple, identifier les informations importantes et émettre une hypothèse ou effectuer les déductions. Proposer un moyen de tester cette hypothèse et prédire ce qu’on peut attendre de ce test.

Travaux pratiques intégrés Semestre automne Nbre d’heures par semaine 3 Nbre d’heures par année 30 Jour jeudi 14h15 -­17h Lieu Sciences III, salle de TP n° 5050 Mode d’évaluation intégré à l’examen du cours Responsable & Enseignant

Monsieur D. PAULI (ce).

Contenu Génétique et embryologie de la mouche Drosophila melanogaster.

37

12B017P GENETIQUE -­ Génétique moléculaire Semestre printemps Nbre d’heures par semaine 3 ECTS 11 (cours + TP + ex.), voir sous

« Divers » Nbre d’heures par année 42

Jours lundi 8h15 -­9h mercredi 9h15 -­10h jeudi 9h15 -­10h

Lieu Sciences III – salle 1S081 Mode d’évaluation examen écrit-­ la note finale est la moyenne des notes des examens de

Génétique générale (12B017A) et Génétique moléculaire (12B017P) examen oral pour la session de rattrapage

Sessions offertes juin + rattrapage août-­septembre Responsables Monsieur D. SHORE -­ 022.379.6183 -­ david.shore@unige.ch

Madame C. GABUS -­ 022 379 65 90 -­ caroline.gabus@unige.ch

Enseignants Messieurs D. BELIN (po), D. SHORE (po), F.STEINER (past) Divers Le cours de génétique moléculaire (12B017P) dispensé au semestre de

printemps est rattaché au cours de génétique générale (12B017A) dispensé au semestre d'automne. Les cours 12B017A, 12B017P, les exercices et les TP doivent être suivis dans leur intégralité pour obtenir les 11 ECTS.

Contenu Bactéries et virus -­ Mutation -­ Structure fine du gène -­ Code génétique -­ La réplication -­ Les plasmides -­ La conjugaison -­ La transduction -­ Génomes (D. Belin). Régulation transcriptionnelle chez la bactérie -­ Circuit de régulation du bactériophage lambda -­ Les levures : le cycle de vie et la génétique -­ La recombinaison – Génie-­génétique de la levure -­ Régulation transcriptionnelle des gènes GAL et du type conjuguant chez la levure (D. Shore).

Objectifs 1. Un phénotype observé peut être déterminé par des génotypes différents et par des environnements cellulaires différents.

2. Qu’est-­ce qu’un gène ? Comment le définir expérimentalement.

3. Comprendre la nature moléculaire, l’origine et le mécanisme des mutations.

4. Une mutation peut provoquer une perte ou un gain de fonction.

5. Les organismes modèles sont utiles pour planifier des expériences qui permettent de tester leurs prédictions.

6. Comprendre les mécanismes qui règlent la réplication de l’ADN.

7. Les propriétés de l’ADN ne sont pas uniformes le long de la séquence.

8. L’activité d’une séquence d’ADN est réglée par des facteurs diffusibles qui agissent en trans et par séquences régulatrices qui agissent en cis.

9. Comment passer de la génétique moléculaire à la génomique.

38

12B017P GENETIQUE -­ Génétique moléculaire Travaux pratiques intégrés Semestre printemps (6 séances) Nbre d’heures par semaine 4 Nbre d’heures par année 24 Jours Jeudi ou Vendredi 14h15 -­18h

1ère séance (8 et 9 mars 2018) 2ème séance (15 et 16 mars 2018) 3ème séance (22 et 23 mars 2018) Pause de Pâques 4ème séance (12 et 14 avril 2018) 5ème séance (19 et 20 avril 2018) 6ème séance (26 et 27 avril 2018)

Ces séances ont lieu en coordination avec les travaux pratiques de Biologie Végétale (12B013). Se référer aux calendriers et aux groupes A et B établis lors du premier semestre. Lieu Sciences III – salle de TP n° 0035 Mode d’évaluation examen écrit (avec examen écrit du cours)

1. La participation aux 6 séances de TP est obligatoire. Afin d’obtenir la signature nécessaire pour se présenter à l’examen de Génétique Moléculaire, tous les rapports exigés doivent être rédigés et 1 seul rapport insuffisant est toléré

2. Questions intégrées à l’examen écrit de Génétique moléculaire (12B017P)

Répondante Madame C. GABUS -­ 022 379 65 90 -­ caroline.gabus@unige.ch

Enseignant Monsieur F. STEINER (past)

Contenu Génétique microbienne et eucaryotique

Exercices Semestre printemps Nbre d’heures par semaine 1 Nbre d’heures par année 14 Jour jeudi 8h15 -­9h chaque semaine

Lieu Sciences III – salle 1S081

39

12B014 PHYSIOLOGIE ANIMALE Semestre automne Nbre d’heures par semaine 3 ECTS 4 Nbre d’heures par année 42 Jours et lieux mardi 8h15 -­10h -­ Sciences III – salle 1S081

mercredi 9h15 -­10h -­ Sciences II – salle 223

Sessions offertes janvier-­février + rattrapage août-­septembre Mode d’évaluation examen écrit – la note finale comprend aussi la partie sur les travaux

pratiques Responsable Madame M. FRIEDEN – 022.379.5198-­ maud.frieden@unige.ch

Enseignante Madame M. FRIEDEN (mer)

Contenu Etude des différents systèmes physiologiques principalement chez l’Homme. Les systèmes suivants seront étudiés : nerveux, musculaire, respiratoire, cardiovasculaire, digestif, excréteur, endocrinien. Quelques aspects de physiologie comparée seront aussi abordés.

Objectif L’objectif principal de ce cours est de donner aux étudiants une vue

d’ensemble de la physiologie animale, essentiellement humaine. Au terme de ce cours, les étudiants doivent être capables : -­ D’expliquer le fonctionnement des différents systèmes

physiologiques (respiration, circulation, digestion, excrétion…) à l’aide d’un vocabulaire adéquat et précis.

-­ D’expliquer l’importance des mécanismes du transport membranaire et de l’activité électrique des cellules dans tous les systèmes physiologiques.

-­ De mettre en relation le fonctionnement de différents organes qui participent à une fonction commune (ou à une régulation commune) comme par exemple la régulation de la pression artérielle ou le maintient du pH sanguin.

-­ D’expliquer et d’illustrer par des exemples concrets la notion d’homéostasie.

12B914 PHYSIOLOGIE ANIMALE – Histologie-­Physiologie animale Travaux pratiques Semestre automne Nbre d’heures par semaine 3 ECTS 1.5 Nbre d’heures par année 42

Jour & lieu mardi 14h15-­17h / Sciences III -­ salle de TP 5050 Responsable Madame P. SOULIE – 022.379.5215 – Priscilla.Soulie@unige.ch

Enseignant Madame P. SOULIE (CS)

Mode d’évaluation examen oral (qui aura lieu à la fin des TP), dont la note comptera dans la note finale de l’examen du cours de physiologie animale

Contenu Histologie animale et physiologie animale: 14 séances, dont examen oral. Les systèmes étudiés en histologie sont : systèmes nerveux, respiratoire, cardiovasculaire, digestif, urinaire, endocrinien et génital. Les séances de physiologie portent sur le transport membranaire et le muscle squelettique.

Objectif L’objectif principal de ces TP est de comprendre l’organisation et la composition tissulaires des différents organes, pour la partie « histologie » et d’illustrer quelques fonctions physiologiques, pour la partie « physiologie ». Au terme de ces TP les étudiants doivent être capables de : -­ Faire le diagnostic des différents organes -­ Intégrer les structures histologiques avec les fonctions physiologiques

40

12X020 PROGRAMMATION Semestre automne Nbre d’heures par semaine 1 ECTS 3.5 (cours et TP intégrés) Nbre d’heures par année 14 Jour mercredi 12h15-­13h Lieu Sciences III – salle A100 Mode d’évaluation examen écrit Sessions offertes janvier-­février + rattrapage août-­septembre Responsable Monsieur J.-­L. FALCONE -­ 022.379.0204 – jean-­luc.falcone@unige.ch Enseignant

Monsieur J.-­L. FALCONE (cs 2 et ce)

Divers Les évaluations du cours se déroulent sur machine dans les mêmes

conditions que les travaux pratiques. Tout matériel, papier ou informatique, est autorisé.

Contenu Ce cours offre une introduction à la programmation, en utilisant le langage Python 3. L’accent est porté sur la rédaction de petits programmes visant à automatiser les tâches répétitives liées au traitement de données scientifiques.

Objectif En suivant ce cours, les étudiant-­e-­s devront acquérir les compétences suivantes : (1) Ecrire de petits programmes scientifiques utiles en laboratoire ;; (2) Utiliser les structures de contrôles et les structures de donnée les plus courantes;; (3) Interagir et collaborer avec des informaticiens ;; (4) Apprendre plus rapidement un second langage de programmation.

Travaux pratiques intégrés Semestre automne Nbre d’heures par semaine 3 Nbre d’heures par année 42 Jours jeudi 10h-­11h (séance de rattrapage)

vendredi 12h-­14h (séance principale)

Lieu salle d’informatique au passage Baud-­Bovy Mode d’évaluation examens semestriels, voir plus haut Responsable Monsieur J.-­L. FALCONE -­ 022.379.0204 – jean-­luc.falcone@unige.ch Divers Les travaux pratiques ont lieu sur les ordinateurs à disposition des

étudiant-­e-­s et sont parfois précédés d'une courte introduction orale de la part des assistants. Les exercices consistent en une mise en œuvre des concepts vus en cours. La participation aux travaux pratiques n'est pas soumise à un contrôle, mais est très vivement recommandée, la programmation ne pouvant réellement être acquise que par la pratique. La séance principale a lieu le vendredi de 12h00 à 14h00;; la séance du jeudi est éventuellement utilisée pour les personnes n'ayant pas pu terminer le travail pratique le vendredi.

41

12B018A/12B018P SYSTEMATIQUE ET BIODIVERSITE Semestres automne/printemps Nbre d’heures par semaine 3 ECTS 11 (12B018A+12B018P+TP) Nbre d’heures par année 84 Jours semestre d’automne :

les lundis 10h15-­12h et vendredis 10h15 -­11h semestre de printemps : Le cours commence le lundi 19.2.2018 de 10h15 – 13h

Lieu Sciences III, salle 1S081 Mode d’évaluation examen écrit – la note finale est la moyenne des notes des deux cours

12B018A et 12B018P (parties animale et végétale) Sessions offertes janvier-­février + juin-­juillet -­ rattrapage août-­septembre Responsable Partie automne

Monsieur J. MONTOYA -­ 022.379.6786 -­ juan.montoya@unige.ch Partie printemps Madame M.J. PRICE 022.418.5148 – michelle.price@unige.ch

Enseignant(e)s Partie automne

Messieurs J. PAWLOWSKI (pas), J. MARIAUX (pt), J. MONTOYA (ce), L. MONOD (ce) Madame M. HOLZMANN (adj. scientifique) Partie printemps Madame M. PRICE (pt), Messieurs K. PERRON (ce), Ph. CLERC (cc)

Divers Participation obligatoire aux travaux pratiques.

Le cours de systématique et biodiversité est structuré en deux parties (animale et végétale). Le cours doit être suivi dans son intégralité (12B018A + 12B018P) avec les TP pour obtenir 11 ECTS.

Contenu La 1ère partie (semestre automne – 12B018A) comprend : Systématique phylogénétique, évolution et biodiversité des protistes et des animaux. Les bases de leur classification phylogénétique. Processus expliquant et décrivant la biodiversité (biogéographie). Interactions entre organismes comme la symbiose, le parasitisme. Notions en biologie de la conservation. La 2ème partie (semestre printemps – 12B018P) comprend : Systématique et évolution, des champignons, des bryophytes, des fougères, des gymnospermes et des plantes à fleurs. Pour les angiospermes (plantes à fleurs), un choix de familles à l'intérieur des principaux ordres sera présenté pour faire ressortir d'une manière concrète les caractéristiques de ces groupes, les applications possibles et la logique de leur classification. La biodiversité sera expliquée par des thèmes transversaux.

Objectifs 1: Connaître les fondamentaux de la taxonomie. 2: Identifier les grandes lignées phylogénétiques des eucaryotes. 3: Interpréter la morphologie de ces organismes. 4: Interpréter un arbre phylogénétique. 5: Identifier les principaux embranchements des animaux et familles de plantes. 6: Expliquer la biodiversité végétale et animale et comprendre son organisation dans le temps et dans l'espace (biogéographie).

42

Travaux pratiques intégrés Semestres automne/printemps Nbre d’heures par semaine 3 Nbre d’heures par année 84 Jour lundi 14h15-­17h Lieu Sciences III – salle de TP 5050 au 5ème étage

Mode d’évaluation rapport et examen de détermination. Répondant(e)s Partie automne

Monsieur J. MONTOYA -­ 022.379.6786 -­ juan.montoya@unige.ch Partie printemps Madame M.J. PRICE 022.418.5148 – michelle.price@unige.ch

Enseignant(e)s Semestre d’automne

Madame M. HOLZMANN (adj. scientifique) Messieurs J. PAWLOWSKI (pas), J. MARIAUX (pt), J. MONTOYA (ce), L. MONOD (ce) Semestre de printemps Madame M. PRICE (pt), Messieurs K. PERRON (ce), P. CLERC (cc)

Contenu Partie automne : Observation et étude des protistes, examen et

dissection d'animaux des principaux embranchements, morphologie comparée, utilisation de clés de détermination. Partie printemps : Etude de quelques exemples choisis de bactéries, de lichens, de champignons non lichénisés, de bryophytes, de fougères et de gymnospermes. Détermination et études des organes végétatifs, floraux et fructifères des espèces de plantes à fleurs appartenant aux principales familles de notre flore. 2 excursions prévues.

Objectif Reconnaître les caractères diagnostiques des grands groupes de protistes, d'animaux et des plantes. Savoir utiliser des clés de détermination. Connaître les principaux arbres (partie printemps).

43

12B801 FORMATION DOCUMENTAIRE Pratique, obligatoire pour les étudiant(e)s en 2ème année de bachelor en biologie Semestre printemps ECTS certificat 5 heures par année Lieu formation en ligne Dates introduction en présentiel (salle 1S081) :

mercredi 7 mars 2018 10h15-­11h Formation en ligne : 7 mars – 8 avril 2018

Mode d’évaluation QCM en ligne : 9 – 11 avril 2018

rattrapage : 2 – 4 mai 2018 Pré-­requis Réservé aux étudiant(e)s inscrit(e)s en 2ème année de bachelor en

biologie Responsables & Enseignantes

A. BELLIER 022.379.60.44 -­ audrey.bellier@unige.ch L. MELLIFLUO 022.379.64.41 -­ laure.mellifluo@unige.ch

Divers La participation à la séance d’introduction est indispensable : toutes les

informations pratiques sur le déroulement de la formation et de l’évaluation en ligne seront transmises lors de cette séance. La réussite de l’évaluation octroie un certificat nécessaire pour la réussite de la 2e année de bachelor en biologie.

Contenu Cette formation en ligne permet aux étudiants d’acquérir les compétences informationnelles nécessaires à la poursuite de leurs études universitaires en biologie. Après avoir suivi cette formation, ils devront être en mesure de :

-­ Préparer une recherche documentaire -­ Identifier les ressources disponibles pour mener à bien leurs recherches documentaires -­ Conduire des stratégies de recherche documentaire -­ Accéder à l’information -­ Evaluer la qualité et la pertinence de l’information -­ Organiser ses références et sa documentation -­ Communiquer efficacement -­ Eviter le plagiat -­ Citer ses sources et créer sa bibliographie

Objectif -­ Appliquer une méthode pour obtenir des informations scientifiques

pertinentes -­ Citer des références selon les normes et sans risque de plagiat

Plus 5 ECTS de cours à choix. Une liste de cours à choix vous est proposée.

COURS A CHOIX

Les étudiants de 2ème année doivent obtenir un minimum de 5 ECTS de cours à choix. Dans le plan d’études, 2 heures par semestre sont consacrées à ces cours à choix mais la répartition des heures peut être adaptée selon les cours choisis.

44

Suggestions de cours à choix de 2ème année

N° cours

Titre du cours

Semestres

ETCS

14B701 Anthropologie biologique et culturelle – séminaire automne 3

10A001 Astronomie générale

automne 3

13B003 Bioéthique

annuel 6

14B007 Biogéographie

printemps 3

14B008 Flore et végétation : Cartographie, analyse et indicateurs

printemps 2

14E150 FND Climatic Change

printemps 3

7414D Cognition comparée: aux origines de l'esprit

printemps 3

14B030 Evolution humaine: histoire des représentations…

printemps 3

14B033 Floristique : Chorologie. Histoire et connaissance de la flore

printemps 3

12T408 Géomatique

automne 3

14B041 Hydrobiologie microbienne : Environnement naturel et construit, aspects écologiques, hygiéniques et sanitaires

printemps 3

14B641 Hydrobiologie microbienne -­ Ecologie microbienne et écologie alpine

printemps 4

14B043 Introduction à la biologie du comportement

annuel 3

14B053 Microbiologie moléculaire des milieux hydriques : Détection et typage des microorganismes

automne 3

14B651 Sciences citoyennes : des amateurs naturalistes aux bio-­hackers

automne 3

14B668 Stage de botanique et Biogéographie Alpines printemps 2

Remarque: Il ne s'agit ici que de quelques suggestions de cours adaptés à votre niveau et plus ou moins compatibles avec votre horaire. Cependant, vous pouvez choisir librement parmi l'offre de l'ensemble de l'Université, pour autant que vous obteniez un total de ≥ 5 ECTS.

Pour consulter les informations relatives aux divers enseignements veuillez, vous référer au Programmes des cours sur internet.

45

SC II & III : Sciences II & III, Quai Ernest-­Ansermet 30, GenèveCMU : Centre Médical Universitaire, rue Michel-­Servet 1, Genève

Batelle : Route de Drize 9, Carouge

(*) à choix restreint : 2 travaux pratiques obligatoires. Une liste vous êtes proposée

Horaires LUNDI MARDI MERCREDI JEUDI VENDREDI

08:15 Ecologie 13B007

Biochimie III 13C008

Evolution 13B002

Biochimie III 13C003

Génétique moléculaire du développement 13B010

09:00Cours à choix restreint SCIII, salle 1S059

Cours à choix restreint Cours obligatoire SCIII, salle 1S059

Cours à choix restreint SCII, salle 1S059 Cours à choix restreint

09:15 automne : SCII, salle A50A printemps SCII, salle A150

Biologie moléculaire de la cellule 13B001

automne : SCIII, salle 0019

10:00 Cours obligatoire SCII, salle A150

printemps : SCIII, salle 1S081

10:15 Biologie moléculaire de la cellule 13B001

Microbiologie générale 13B011/14

Biologie humaine13B004/05

Physiologie végétale 13B012A/12P

10:30 Cours obligatoire SCIII, salle 1S059

Cours à choix restreint SCIII, salle 0019

Cours à choix restreint SCII, salle 457 Cours à choix restreint

Le système immunitaire 13B013

11:00automne : SCIII, salle 1S081 printemps : SCII, salle A50A

Cours à choix restreint CMU, salle D60

11:15

12:00(10:30-­12:30)

12:15 Bioéthique 13B003 SCIII, salle 0019

Modélisation et simulation de phénomènes naturels 14X015

13:00 Cours à choix restrient et/ou Cours à choix restreint

13:15 Eléments d'endocrinologie moléculaire 14C003

printemps : Batelle, salle 405-­407

14:00Cours à choix restrient SCIII, salle 1S081 (12:00-­16:00)

14:15 Travaux pratiques Travaux pratiques Travaux pratiques Travaux pratiques Travaux pratiques

15:00 à choix restreint (*) à choix restreint (*) à choix restreint (*) à choix restreint (*) à choix restreint (*)15:1516:0016:1517:0017:1518:00

18:15Comprendre la

complexité et la diversité biologiques

19:0014B024

19:15Cours à choix restreint SCIII, salle 4059

20:00

Bachelor en BIOLOGIECOURS OBLIGATOIRES ET A CHOIX RESTREINT – 3ème année

Semestre d'automne et de printemps

47

ENSEIGNEMENTS OBLIGATOIRES -­ TROISIEME ANNEE

13B001 BIOLOGIE MOLECULAIRE DE LA CELLULE Semestres automne/printemps ECTS 9 Nbre d’heures par semaine 3 Nbre d’heures par année 84 Jours & lieux lundi 10h15-­12h / Sciences III, salle 1S059 jeudi 09h15-­10h / Sciences II, salle A150

Mode d’évaluation examen écrit 4h

Sessions offertes juin + rattrapage août-­septembre

Responsable Monsieur T. HALAZONETIS -­ 022 379 6112 -­ thanos.halazonetis@unige.ch

Enseignants Messieurs J.-­C. MARTINOU (po), X. PERRET (mer), T. SCHALCH (pas), D. PICARD (po), R. ULM (po), T, HALAZONETIS (po), R. LOEWITH (po).

Divers Cours en français, documentation partiellement en anglais

Contenu Les cours BMC ont comme objectif l’acquisition par les étudiants des bases moléculaires du fonctionnement de la cellule, allant de la réplication et l’expression génétique, à la traduction et la transduction de signal. Ces concepts de base seront par la suite appliqués à l’étude de la carcinogenèse, l’apoptose, ainsi que la biologie des plantes. Les thèmes seront traités dans l’ordre suivant.

T. Halazonetis: Structure et expression du génome, réplication et réparation de l’ADN Les mécanismes qui régissent la réplication et la transcription procaryotes et eucaryotes, la réparation de l’ADN endommagé, les points de contrôle, les conflits entre réplication et transcription et les implications cancérigènes du stress réplicatif et de l’endommagement d’ADN.

T. Schalch: Biologie des ARNs : épissage, traduction et silencing Les mécanismes qui actionnent et régulent l'expression des gènes suivant la transcription (la structure et l’activité enzymatique des ARN, l’épissage, la maturation et les étapes de la traduction et la dégradation des ARN).

R. Loewith: Transduction de signaux Les principes de base de la transduction de signal (les récepteurs et ligands, les kinases, les seconds messagers, les effecteurs, et l’implication des voies de signalisation liées à TOR (Target Of Rapamycin) en santé et pathologie.

D. Picard: Cycle cellulaire et oncologie moléculaire L’épidémiologie et les types de cancer, les bases du cycle cellulaire et ses points de contôle, les oncogènes et suppresseurs de tumeurs, l’instabilité génomique, l’invasion, la métastase, les cellules souches de cancer, l’épigénétique et le cancer, et l’adaptation métabolique.

J.-­C. Martinou: Mécanismes moléculaires de l’apoptose Mécanismes moléculaires qui sous-­tendent la mort cellulaire appelée apoptose, qui implique un programme d'autodestruction sophistiqué, bien conservé au cours de l’évolution.

R. Ulm / X. Perret: Perception de -­ et réponse à -­ la lumière chez les plantes / Bases moléculaires des interactions entre plantes et bactéries Les mécanismes moléculaires permettant de distinguer les bactéries « ennemis » des « alliés » et les mécanismes de perception de -­ et réponse à -­ la lumière chez les plantes.

Objectif Connaissance approfondie des mécanismes moléculaires impliqués dans divers aspects de la biologie cellulaire chez les animaux et les plantes.

48

13B901 BIOLOGIE MOLECULAIRE DE LA CELLULE Travaux pratiques à choix restreint de 3ème année Semestres automne -­ 3 semaines ECTS 3 Nbre d’heures par jour 4 Nbre d’heures par année 60 Jours du 13 novembre au 1er décembre 2017 Lieu Sciences III, salle 0035 de 14h15 – 18h00 Pré-­requis participation au cours de biologie moléculaire de la cellule Mode d’évaluation participation active et présentation, certificat Responsable Monsieur T. HALAZONETIS -­ 022 379 6112 -­ thanos.halazonetis@unige.ch Enseignants Messieurs T. HALAZONETIS (po), R. LOEWITH (po), X. PERRET (mer),

R. ULM (po). Divers L'inscription aux travaux pratiques à choix restreint est obligatoire.

Le formulaire d'inscription est à télécharger sur le site internet de la Biologie et devra être remis au secrétariat de la Section de biologie, SCIII, 2ème étage, bureau 2004A, avant la fin avril de la deuxième année du bachelor. Cours en français, documentation, partiellement en anglais

Contenu Analyse moléculaire de différents systèmes expérimentaux choisis par les

enseignants

Objectif Réalisation et interprétation d’expériences de biologie moléculaire.

49

Plus 10 ECTS de cours à choix libre doivent être pris parmi les enseignements figurant dans le

guide de l’étudiant sur notre site internet de la biologie. Certains cours hors-­Section, voire hors Faculté, peuvent néanmoins être admis avec l’accord de la Section de biologie.

13B002 EVOLUTION Semestres automne/printemps ECTS 6 Nbre d’heures par jour 2 Nbre d’heures par année 56 Jours mercredi 8h00 -­10h00 Lieu Sciences III, salle 1S059 Mode d’évaluation examen écrit de 4h Sessions offertes juin + rattrapage août-­septembre Responsable Madame A. SANCHEZ-­MAZAS – 022.379.6984

alicia.sanchez-­mazas@unige.ch Enseignant(e)s Mesdames S. EKSTRÖM (cs), M. HOLZMANN (adj.sc), E. POLONI (cc),

A. SANCHEZ-­MAZAS (po), A. TZIKA (ma) Messieurs G. MEYNET (po), J. MONTOYA (ce), J. PAWLOWSKI (pas), M.CURRAT (mer), M. MILINKOVITCH (po).

Contenu Le cours est structuré selon le plan suivant:

• Introduction générale (A.Sanchez-­Mazas & M. Milinkovitch)

• Les racines cosmiques de la vie (G. Meynet, S. Ekström)

• Paléontologie et évolution des organismes et des environnements (J. Pawlowski, M. Holzmann)

• Evolution et développement (A. Tzika)

• Modèles et mécanismes de l'évolution génétique des espèces et des populations (A. Sanchez-­Mazas & M. Currat)

• Modèles et mécanismes de l’évolution moléculaire, évolution des génomes (E. Poloni)

• Reconstruction phylogénétique. (J. Montoya) Des séances d’exercices et des discussions sur des articles d’actualité en lien avec les thèmes abordés sont intégrées au cours.

Objectif Acquérir, d’une part, les connaissances essentielles sur l'évolution des êtres vivants et ses mécanismes et, d’autre part, les compétences méthodologiques nécessaires à la compréhension, à l'analyse des données et à la modélisation des processus évolutifs. Les diverses parties du cours aborderont l’ensemble des phénomènes naturels liés à l'origine de la vie et à l'évolution des organismes vivants, et permettront à l’étudiant-­e de comprendre de manière approfondie les multiples mécanismes gouvernant l’évolution des espèces, des populations au sein des espèces et des patrimoines génétiques. Dans ce but, l'étudiant-­e apprendra aussi à maîtriser les principales méthodes permettant d'analyser ces mécanismes et, le cas échéant, de les appliquer dans divers domaines fondamentaux de la biologie.

50

LISTE DES COURS ET TRAVAUX PRATIQUES

A CHOIX RESTREINT DE 3ème ANNEE DU BACHELOR EN BIOLOGIE

N° cours

Titre du cours

Semestres

ETCS

13C008A/08P Biochimie III annuel 6

13B003 Bioéthique

annuel 6

13B005 Biologie humaine printemps 3 13B007A/07P Ecologie I& II annuel 6 14C003 Eléments d’endocrinologie moléculaire annuel 6 13B010 Génétique moléculaire du développement annuel 6 13B011/14 Microbiologie générale I & II annuel 6 14X015 Modélisation et simulation de phénomènes

naturels printemps 6

13B012A/12P Physiologie végétale annuel 6 13B013 Système immunitaire (le) annuel 6 14B024 Comprendre la complexité et la diversité

biologiques printemps 3

Note : une fois les quatre cours à choix restreint choisis, d’autres cours à choix restreint peuvent aussi être pris en choix libre.

N° TP

Titre des travaux pratiques à choix restreint de 3ème année

Semestres

ETCS

13C908X Biochimie III automne 3

13B901 Biologie moléculaire de la cellule automne 3 13B907 Ecologie printemps 3 13B909 Génétique moléculaire du développement automne 3 13B911 Microbiologie générale printemps 3 13B906 Physiologie végétale printemps 3

Le formulaire d’inscription aux travaux pratiques à choix restreint de 3ème année est à télécharger sur le site internet de la Section de biologie. Il est à retourner au secrétariat des étudiants de la Section de biologie, Sciences III, 2ème étage, bureau 2004A, d'ici la fin avril de la deuxième année du bachelor, dernier délai.

29.08.17

DATES DES TRAVAUX PRATIQUES

A CHOIX RESTREINT DE 3ème ANNEE

APRES-­MIDI

Travaux pratiques

Dates

lieu

Responsable

13C908X Biochimie III

du 2 octobre au 20 octobre 2017

Sciences II, 1er étage,

labo 104A

M. Thierry Soldati

thierry.soldati@

unige.ch

13B901 Biologie moléculaire

de la cellule

du 13 novembre au 1er décembre 2017

Sciences III, salle 0035

M. Thanos Halazonetis

Thanos.halazonetis@unige.ch

13B909 Génétique moléculaire

du développement

du 4 décembre au 22 décembre 2017

Sciences III, salle 0059

M. François Karch

francois.karch@

unige.ch

13B911 Microbiologie générale

du 19 février au 09 mars 2018

Sciences III, salle 0016

M. François Barja

francois.barja@unige.ch

13B907 Ecologie

du 12 mars au 29 mars 2018

SCIII 0059

Atelier informatique,

Batelle bâtiment D,

2ème étage.

M. Bastiaan Ibelings

bastiaan.ibelings@unige.ch

13B906 Physiologie végétale

du 16 avril au 04 mai 2018

Sciences III laboratoires

Mme Em

ilie Demarsy

emilie.demarsy@unige.ch

Veuillez vous renseigner au début des travaux pratiques susmentionnés auprès des responsables pour obtenir des

renseignements plus précis.

51

53

MONOGRAPHIE DU BACHELOR EN BIOLOGIE La monographie du bachelor est un travail personnel écrit devant être effectué pendant la 3ème année (5 ECTS). Voir le règlement détaillé au verso. Le formulaire d’inscription de la monographie est à télécharger au format A4 et recto-­verso sur le site internet de la Section de biologie. Il est à retourner au secrétariat des étudiants de la Section de biologie : Sciences III -­ 2ème étage -­ bureau 2004A au plus tard fin novembre de la troisième année du bachelor. Co-­requis (formation documentaire) : L’étudiant doit s’inscrire aux séances obligatoires de « formation documentaire » à la Bibliothèque Ernst et Lucie Schmidheiny (BELS, Sciences II) qui ont lieu chaque année entre les mois d’octobre et de décembre. Cette formation est validée par un certificat que les étudiants devront obligatoirement joindre à leur travail de monographie au moment de rendre cette dernière au secrétariat de la Section de biologie.

54

REGLEMENT DE LA MONOGRAPHIE DU BACCALAUREAT UNIVERSITAIRE (BACHELOR) EN BIOLOGIE

Direction de la monographie :

La monographie du baccalauréat universitaire en biologie se fait sous la direction d’un professeur, chargé de cours, maître d’enseignement et de recherche, chargé d’enseignement, biologiste, collaborateur scientifique ou maître-­assistant de la Section de biologie.

C’est l’étudiant lui-­même qui prend contact avec des enseignants pour trouver un directeur de monographie selon son intérêt pour une discipline. Ces contacts se font dans le courant de la 2ème année ou au début de la 3ème année. L’inscription définitive se fait au plus tard le 15 novembre de la 3ème année.

Le directeur supervisant le travail peut aussi être choisi hors-­Section, mais l'étudiant doit alors trouver un professeur responsable au sein de la Section. La direction de monographie inclut la validation ou la proposition d’un sujet (voir ci-­dessous), une discussion préalable, la suggestion de lectures (chapitres de livres, articles de revue), la supervision régulière du travail si nécessaire, des propositions de modifications et de corrections, et l’évaluation (avec ou sans soutenance, selon le souhait du directeur).

L’évaluation (note sur 6) doit être validée par une attestation portant deux signatures (celles du directeur et d’un deuxième juré, choisi par le directeur), et communiquée à la Section par le directeur de monographie. La note sera enregistrée et les 5 ECTS validés dès que l’étudiant aura envoyé une copie électronique (pdf) de son travail à l'adresse e-­mail secretariat-­biologie@unige.ch et remis le certificat de la formation documentaire (voir ci-­dessous) au secrétariat de la Section. Le dernier délai de remise de la monographie est le jour précédant la rentrée d’automne, de manière à assurer sa validation pour l'année académique précédente.

Co-­requis (formation documentaire):

L’étudiant doit s’inscrire aux séances de « Formation documentaire » obligatoires à la Bibliothèque Ernst et Lucie Schmidheiny (BELS, Sciences II) qui ont lieu chaque année entre les mois d’octobre et de décembre. Cette formation est validée par un certificat que les étudiants devront obligatoirement joindre à leur travail de monographie au moment de rendre cette dernière au secrétariat de la Section de biologie. Objectif et contenu de la monographie:

La monographie du baccalauréat universitaire en biologie est un travail personnel basé sur une recherche bibliographique, sans travail pratique d'analyse ou d'expérimentation. Elle doit être présentée sous forme d'un mémoire écrit d’environ 4000 mots (6 à 8 pages) sans compter la page de titre, le résumé et la bibliographie. Elle représente un effort de 5 crédits ECTS, soit environ 150 heures de travail personnel, et peut être réalisée dès la 2ème année du baccalauréat universitaire en biologie. Présentation de la monographie:

La monographie peut se faire sous deux formes alternatives :

(A) sous forme d’un projet de recherche (sur un sujet proposé par le directeur de monographie), dont la structure est la suivante : Page de titre : Titre, nom de l’étudiant, nom du directeur et, le cas échéant, du répondant de la Section,

date. Résumé : Env. 250 mots Introduction : Etat de la recherche dans le domaine, et proposition d’un projet de recherche avec ses

objectifs : env. 2000 mots*. Plan de recherche : Etapes de réalisation du projet, incluant une description sommaire du protocole

expérimental et des méthodes : env. 1000 mots. Conclusion : Résultats attendus et perspectives scientifiques : env. 1000 mots Bibliographie : Références bibliographiques (par ordre alphabétique des auteurs).

* cependant, les étudiants en bachelor n'ayant que peu de contact avec l'expérimentation scientifique, l'introduction peut avoir un poids plus important par rapport au plan de recherche et à la conclusion.

(B) sous forme d’un état documenté de la recherche (sur un sujet proposé par le directeur de monographie), à la fin duquel seront soulevées les questions non encore résolues dans le domaine considéré. Le plan général du travail reste semblable au plan ci-­dessus.

L'étudiant choisit la forme (A) ou (B) d'entente avec le directeur de la monographie.

Dans tous les cas, les citations bibliographiques seront intégrées au texte et les références complètes présentées dans une bibliographie soignée tant dans son actualité que dans sa présentation.

Section de Biologie

PARTIE III : Le master

Ø Orientations du master en biologie :

- Orientation libre (OL) - Biodiversité et systématique (BDS) - Bioinformatique et analyse des données en biologie (BIADB) - Génétique, développement et évolution (GDE) - Sciences moléculaires du végétal (MPS)

Ø Liste des cours réservés au master en biologie

55

MASTER EN BIOLOGIE & ses orientations Voir l’Annexe 1 au règlement du master au verso. Les étudiants peuvent s'inscrire à l’une ou l’autre des 5 orientations de master suivantes :

- OL : Orientation Libre

- BDS : Biodiversité et Systématique

- BIADB : BioInformatique et Analyse des Données en Biologie

- GDE : Génétique, Développement et Evolution

- MPS : Sciences moléculaires du végétal / Molecular Plant Sciences

Les formulaires d’inscription au master en biologie & ses orientations sont à télécharger, recto-­verso, sur le site internet de la Section de biologie. ê Le formulaire d’inscription rempli est à retourner au secrétariat des étudiants de la Section de biologie (Sciences III -­ 2ème étage -­ bureau 2004A) au plus tard à la rentrée du semestre auquel le master débute. N’hésitez pas à consulter le site internet de la Section de biologie : Vous y trouverez des informations détaillées sur l’organisation, la rédaction et les délais du master.

56

ANNEXE 1 AU REGLEMENT DE MASTER EN BIOLOGIE

Inscription au master : L'inscription n'est possible qu'après avoir trouvé un directeur de travail de master. C’est l’étudiant lui-­même qui prend contact avec un potentiel directeur de master qui lui proposera un sujet selon son intérêt pour une discipline et les possibilités d’encadrement. Certaines places de master sont aussi proposées sur les sites web de la Section et des Départements. Le directeur du travail de master doit être un membre du corps professoral de la Section de biologie ou un MER. Les CC et CE titulaires d'un doctorat peuvent aussi être autorisés par le président de la Section de biologie à diriger des travaux de master ou à fonctionner en tant que répondants (voir ci-­dessous). Si le master se fait selon une orientation, le choix du directeur ou du répondant peut être restreint. La réalisation d’un travail de master en dehors de la Section de biologie est possible avec l’accord de la présidence de la Section. Elle requiert néanmoins la désignation d’un répondant, membre du corps professoral ou MER (ou CC/CE) de la Section de biologie, qui agit comme responsable. Le répondant de la Section s’assure du niveau académique de la structure d’accueil et de l’adéquation du sujet proposé aux exigences de la Section de biologie. Le répondant ou son département peuvent exiger la présentation d'un projet préalable par écrit. Le répondant vérifie et cosigne l’évaluation finale du travail de master. Le formulaire d'inscription au travail de master doit parvenir au secrétariat des étudiants de la Section de biologie avec toutes les signatures au plus tard à la rentrée du semestre auquel le master débute. Le formulaire est contrôlé au secrétariat des étudiants de la Section (crédits, cours en relation avec le travail de master, etc.) et signé par la présidence de la Section. Des copies seront retournées à l’étudiant, dont une pour le directeur et/ou le responsable du travail. Selon l'Art. 19c du "Règlement d'études général" de la Faculté des sciences, un minimum de 20 ECTS doivent être obtenus sur les deux premiers semestres du master. Si l'étudiant ne les a pas encore obtenus pour des cours, une attestation pourra être établie par le directeur du travail de master (et le responsable, s'il y a lieu) afin de valider une équivalence d'au moins 20 ECTS pour le travail de master pour cette période. Un formulaire ad hoc sera transmis à cette fin au terme de la 1ère année au directeur de travail par le Secrétariat des étudiants de la Section de biologie. But du travail de master : • Répondre à une question de biologie par l'expérimentation et/ou l’analyse de données.

• Se familiariser avec la démarche scientifique pratique et théorique.

• Acquérir des compétences expérimentales/analytiques par l'apprentissage d'un large éventail de techniques.

• Apprendre à rendre compte de résultats dans des séminaires de groupe et par écrit (mémoire de master).

Durée du travail de master : Le travail de master vaut 60 ECTS. Cela correspond à 45 semaines à plein temps (sans compter des vacances).

57

Rédaction du mémoire de master : Le travail de master devra être présenté sous forme d’un mémoire de master écrit. Voir les consignes dans le Guide de l'étudiant ou sur le site de la Section (http://www.unige.ch/sciences/biologie). Obtention du master en biologie : délais et conditions Pour obtenir le master en biologie, l’étudiant doit acquérir un total de 90 crédits ECTS: 60 ECTS pour le travail de master et 30 ECTS pour des cours de master. La durée réglementaire d’études est de 3 semestres, mais une prolongation est possible (maximum de 6 semestres au total). Pour plus d’information sur les délais et conditions, veuillez consulter le site web de la Section de biologie, lien Master en Biologie. Évaluation et dépôt du mémoire de master : Le travail de master est noté par deux évaluateurs, le directeur du master et un juré, selon les critères publiés sur le site de la Section de biologie. Pour les travaux dirigés par un professeur ne faisant pas partie de la Section, le répondant au sein de la Section agit comme juré. La note est transmise par le directeur de master, avec les deux signatures, au moyen du formulaire officiel de la Section de biologie. La note peut aussi être attribuée par le collège des professeurs du département concerné. Une fois que le travail de master a été accepté par le directeur du travail, le déroulement est le suivant: 1.) Une version pdf doit être transmise au secrétariat des étudiants de la Section de biologie

(p.ex. envoyée par e-­mail à secretariat-­biologie@unige.ch). 2.) Après validation du mémoire et réception de la note, le secrétariat enverra une confirmation

à l'étudiant par e-­mail. 3.) L'étudiant devra alors déposer le mémoire (en version électronique) dans l'Archive Ouverte

(http://archive-­ouverte.unige.ch) et envoyer la confirmation officielle (comprenant le lien) du dépôt dans l'Archive Ouverte au secrétariat des étudiants de la Section de biologie.

4.) Le secrétariat des étudiants de la Section de biologie transmettra la note à la Faculté. Pour que le master puisse être formellement accordé, il faut que ce processus aboutisse avant la fin de la session d'examens du 3ème semestre du master. Selon les modalités du département concerné, des copies en version papier peuvent aussi être requises pour le directeur (et répondant s'il y a lieu) et/ou le département.

58

MASTER IN BIOLOGY & its options Please see below the Annex to the bylaws of the master. The students may enroll in one of the five following options:

- OL : Free option

- BDS : Biodiversity and Systematics

- BIADB : BioInformatics and Data Analysis in Biology

- GDE : Genetics, Development and Evolution

- MPS : Molecular Plant Sciences

Registration forms for the master in biology and its orientations are downloadable on the Section of Biology’s website. ê Once filled, the form must be returned to the "Secrétariat des étudiants" of Biology (Sciences III -­ 2nd floor -­ office 2004A) before the academic start of the first term of the master

Detailed information on the organization, writing and deadlines of the master is available on the website of the Section

59

ANNEX 1 TO THE REGULATIONS OF THE MASTER IN BIOLOGY

Registration to the master: Registration to a master degree is possible only after having found a master work adviser. The student has to get in touch him/herself with a potential adviser according to his/her interest for a given discipline and the possibilities of supervision. Some master positions are also proposed on the websites of the Section of Biology and Departments. The master work adviser must be a professor or MER of the Section of Biology. CC and CE with PhD degree can also be authorized by the president to supervise or sponsor (see below) a master work. If the master in biology is done with a particular option, the choice of the thesis adviser or sponsor may be restricted. Students are allowed to perform their master work in a laboratory outside the Section of Biology with the agreement of the president. In that case, a sponsor acting as responsible for the Section of Biology has to be found. This sponsor must be a professor or MER (or CC or CE as indicated above) of the Section of Biology. The sponsor of the Section of Biology ensures both that the academic environment of the host laboratory is appropriate and that the subject proposed to the student for his/her master work fulfills the criteria of the Section of Biology. The sponsor or his/her Department can request a written project description before accepting the sponsorship. The sponsor checks and cosigns the final evaluation of the master thesis. The registration form for the master work must be brought to the Secretariat for students of the Section of Biology with all signatures by the official start of the 1st semester of the master, at the latest. The registration form is checked by the Secretariat for students (credits, courses in relation to the master work, etc) and signed by the presidency of the Section. Copies of the registration form are returned to the student, including one for the master adviser and/or sponsor. According to the Art. 19c of the "Règlement d'études général" of the Faculty of sciences, a minimum of 20 ECTS must be obtained for the first two semesters of the master's. If the student has not successfully obtained them yet with courses, the master's thesis adviser (and the sponsor, if required) can provide a certificate attesting that the student's work on the master's thesis is equivalent to at least 20 ECTS for this period. To this end, an official form will be sent to the master's thesis adviser at the end of the first year by the Secretariat for students of the Section of Biology. Objectives of the master work: To answer a question related to biology through experimentation. To become familiar with the practical and theoretical aspects of the scientific process. To acquire a wide range of experimental skills involving a variety of techniques. To learn how to present scientific results in group seminars and in a written form (e.g. master’s thesis). Time investment for the master work: The master work is credited 60 ECTS. This corresponds to 45 weeks of full-­time work (without counting vacation).

60

Writing the master’s thesis: The master work must be presented in the form of a written master’s thesis. See guidelines on the website of the Section of Biology (http://www.unige.ch/sciences/biologie). Duration and conditions for obtaining a Master degree in Biology To obtain a Master degree in Biology, students must achieve a total of 90 ECTS credits: 60 ECTS for the master work and 30 ECTS for master courses. The normal duration of the master studies is 3 semesters, but a prolongation can be obtained (maximum 6 semesters in total). For more information on deadlines and conditions, please visit the website of the Section of Biology, link Master in Biology. Evaluation and submission of the master’s thesis: The master’s thesis is evaluated by two examiners, the thesis supervisor and another member of the jury, according to the criteria published on the website of the Section of Biology. If the master work is performed in a laboratory outside the Section of Biology, the sponsor from the Section acts as the second examiner. The final grade is transmitted by the thesis director on the official form to the Secretariat for students of the Section of Biology, with the two signatures. The grade can also be given by the College of Teachers of the corresponding Department. Once the master’s thesis has been accepted by the master supervisor, the procedure is as follows: 1. A pdf version must be sent to the Secretariat for students of the Section of Biology (e.g. sent by e-­mail to secretariat-­biologie@unige.ch). 2) After validation of the thesis and reception of the exam grade, the Secretariat will send a confirmation to the student by e-­mail. 3) The student will then file an electronic copy of the master’s thesis in the Open Archive (http://archive-­ouverte.unige.ch) and send the official confirmation (including the link) from the Open Archive to the Secretariat for students of the Section of Biology. 4.) The Secretariat for students of the Section of Biology will forward the grade to the Faculty. In order for the master to be formally granted, this process must be completed before the end of the exam session of the 3rd semester of the master. According to the terms of the relevant department, additional paper copies may also be required for the director (and supervisor if applicable) and /or the department.

61

Master en biologie Orientation Libre (OL) Master in Biology Free option

Responsables / Persons in charge : Didier Picard (po) -­ didier.picard@unige.ch, président de la Section de biologie

Alicia Sanchez-­Mazas (po) -­ alicia.sanchez-­mazas@unige.ch, vice-­présidente Descriptif : Ce type de master offre la possibilité d'intégrer n’importe quel domaine de la biologie sans l’imposition d’une spécialisation particulière. Il permet à l'étudiant de choisir sa propre spécialisation à la carte ou de maintenir une formation large. L’orientation libre reste ouverte sur tous les débouchés après le master, y compris le Doctorat ès sciences. D'entente avec le responsable du travail de master, tous les cours sont à choix (30 ECTS) parmi les enseignements proposés dans le Guide de l’étudiant de la Section de biologie. D’autres cours (hors-­Section ou hors-­Université de Genève) peuvent également être choisis avec l'accord de la présidence de la Section. Le travail de master (60 ECTS) peut se faire dans n'importe quel laboratoire de la Section de biologie, notamment les laboratoires non proposés comme laboratoires d'accueil par les masters avec orientation, ainsi que dans des laboratoires hors-­Section (par exemple un laboratoire de la Faculté de médecine). Notez qu’un même sujet de master peut faire l’objet d’un master avec orientation libre ou d’un master avec orientation spécifique, selon recommandation ou accord du directeur de master. Pour trouver un sujet et une place de master (que ce soit pour l’orientation libre ou une orientation spécialisée), l’étudiant devra s’adresser lui-­même directement aux enseignants / chefs de groupes de recherche selon son intérêt pour une discipline. Il pourra aussi consulter le site web de la Section de biologie et les sites des différents départements. Description : This type of master gives access to any field of biology without any particular specialization being imposed. It allows the student either to choose his/her own specialization or to follow a broad orientation. The free orientation still allows all options after the master, including a PhD in Science. In agreement with the master work adviser, all courses (30 ECTS) can be chosen among those proposed in the Guide for Students. Other courses (outside the Section or outside the University of Geneva) can also be chosen in agreement with the presidency of the Section of biology. The master work (60 ECTS) can be performed in any laboratory of the Section of biology including laboratories not proposed as host laboratories for specific master options, as well as other laboratories outside the Section (e.g. laboratories of the Faculty of Medicine). Note that one and the same research topic can be chosen for a master with free option or for a master with specialized option, depending on the recommendation or with the agreement of the master advisor. To find a research topic and position for a master (either with free or specialized option), the student must contact himself/herself a possible adviser according to his/her research interests. He/she can also consult the web site of the Section of biology and those of the different Departments.

62

Master en biologie : Orientation Biodiversité et Systématique (BDS) Master in Biology : Option Biodiversity and Systematics (BDS)

http://www.unige.ch/bds Responsables / Persons in charge : Juan Montoya (ce) -­ juan.montoya@unige.ch, Département de génétique et évolution Jean Mariaux (pt) -­ jean.mariaux@unige.ch, Muséum d’Histoire Naturelle Michelle Price (pt) -­ michelle.price@ville-­ge.ch, Conservatoire et Jardin Botaniques ØCours obligatoires / Compulsory courses (15 ECTS)* : ECTS 14B005 Biodiversité: origine et évolution 3 14B013 Advanced studies in systematics 2 14B637 Génétique moléculaire des populations / Molecular Population Genetics 5 14B657 Phylogénie et évolution moléculaire / Phylogeny and molecular evolution 5

+ Cycle de conférences en biodiversité (CJB, MHN, GENEV, AGP) ØCours à choix à restreint / Courses with restricted choice (9-­15 ECTS)*: ECTS 14B016 Botanique tropicale 5 14B021 Exploitation des collections botaniques 5 14B033 Floristique 3 14B070 Systématique, phylogénie et écologie des lichens et des bryophytes 5 14B669 Stage de botanique tropicale 5 14B668 Stage de botanique alpine 2 14B951 Statistique appliquée 1 14B012 Scientific writing and communication 2 14B056 Parasitologie générale et systématique 5 14B642 Faune genevoise 4 14B667 Stage de biologie marine 6 14B701 Anthropologie biologique et culturelle 3 14B030 Evolution humaine -­ Histoire des représentations scientifiques des origines et de la diversité des humains

3

14F001 Elements of bioinformatics 5 14B672 Computer skills in biological research 3 14F006 Programming for bioinformatics 7 14B007 Biogéographie 3 14E150 Changements et impacts climatiques 3 14E159 Ecologie des systèmes fluviaux – stage 2 12T408 Géomatique I 3 14E074 Espace-­Ecologie: analyses spatiales en écologie 3 14E155 Menaces et conservation de la biodiversité 3

* Les cours dont l’intitulé est en anglais sont donnés en anglais, les autres en français. * Courses with English titles are taught in English, all other courses are taught in French ØCours à choix libre / Courses with free choice (0-­6 ECTS) :

A choisir dans la liste des cours à choix du Guide de l’étudiant ou en dehors de l’UNIGE, avec l’accord du directeur du travail de master et d'un responsable de l’orientation BDS.

To be chosen among the list of optional courses proposed in the Guide for students, or outside the University of Geneva, in agreement with the supervisor of the master's research project and one of the persons in charge of the option BDS.

63

Master en biologie :Orientation BioInformatique et Analyse des Données en Biologie (BIADB) Master in Biology : Option BioInformatics and Data Analysis in Biology (BIADB)

http://biadb.unige.ch Responsables / Academic contacts : Alicia Sanchez-­Mazas (po) – alicia.sanchez-­mazas@unige.ch, Département de génétique et évolution, Unité d’Anthropologie

Frédérique Lisacek (mer) – frederique.lisacek@isb-­sib.ch, Centre universitaire de bioinformatique. ØCours obligatoires / Compulsory courses (18 ECTS)* : ECTS

14F001 Elements of Bioinformatics 5 14B637 Molecular Population Genetics 5 14B057 Statistics and Probability 5 14B672 Computer Skills in Biological Research 3 ØCours à choix à restreint / Courses with restricted choice (6-­12 ECTS)* : ECTS

14F006 Programming for Bioinformatics 7 14B751 Méthodologie de la Recherche en Biologie 3 14F016 Data Mining for Protein Function Prediction 5 14F012 Elements of proteomics 3 14F004 Protein expression and interaction 4 14F015 Selected chapters in bioinformatics 3 14F018 Introduction to systems biology 3 14B657 Phylogénie et évolution moléculaire / Phylogeny and molecular evolution 5 UNIL Sequence a genome 3 UNIL Write a review 4 19H028 Structural bioinformatics and molecular modeling Period: Spring – n’aura pas lieu en 2017-­2018 / not given in 2017-­2018 Academic contact: Prof. L. Scapozza (pharmaceutical sciences)

2

* Les cours dont l’intitulé est en anglais sont donnés en anglais, les autres en français. * Courses with English titles are taught in English, other courses are taught in French ØCours à choix libre / Courses with free choice (0-­6 ECTS) :

A choisir dans la liste des cours à choix du Guide de l’étudiant ou en dehors de l’UNIGE, avec l’accord du responsable de l’orientation.

To be chosen among the list of optional courses proposed in the Guide for students, or outside the University of Geneva, in agreement with the professor in charge of this option.

64

Master en biologie : Orientation Génétique, Développement et Evolution (GDE) Master in Biology : Option Genetics, Development and Evolution (GDE)

http://gde.unige.ch Responsables / Academic contacts: Brigitte Galliot (pas) – brigitte.galliot@unige.ch, Département de génétique et évolution Marcos Gonzalez (po) – marcos.gonzalez@unige.ch, Département de biochimie ØCours obligatoires / Compulsory courses (13 ECTS)* : ECTS 14B017 Master course in Genetics, Development and Evolution 9 & at least one course of the series « Selected Chapters » 4 ØCours à choix à restreint / Courses with restricted choice (11-­17 ECTS)*: ECTS

14B038 Molecular Genetics in Development and Evolution « Selected Chapters » 4 14B034 Landmark Papers in Yeast Biology « Selected Chapters » 4 14B023 Milestones in Plant Molecular Biology « Selected Chapters » 4 14CB01 Currrent Topics in Chemical Biology and Biochemistry 8 14B010 Principles of Cellular and Molecular Biology 8 14C003 Elements of Molecular Endocrinology 6 14F001 Elements of Bioinformatics 5 14B637 Molecular Population Genetics / Génétique moléculaire des populations 5 14B657 Phylogeny and Molecular Evolution / Phylogénie et évolution moléculaire 5 14B063 Microscopy and Imaging Course 3 14B024 Understanding Biological Complexity and Diversity 3 13B010 Génétique Moléculaire du Développement – cours principal 6 13B909 Génétique Moléculaire du Développement – travaux pratiques 3 14B640 Histologie et imagerie des tissus 3 14B044 Travaux pratiques Microscopie générale module B : Microscopie électronique 5 14B020 Classiques de la Génétique Moléculaire (les) 5 14B951 Statistiques appliquées 1

* Les cours dont l’intitulé est en anglais sont donnés en anglais, les autres en français. * Courses with English titles are taught in English, other courses are taught in French ØCours à choix libre / Courses with free choice (0-­6 ECTS):

A choisir dans la liste des cours à choix du Guide de l’étudiant ou en dehors de l’UNIGE, avec l’accord du responsable de l’orientation.

To be chosen among the list of optional courses proposed in the Guide for students, or outside the University of Geneva in agreement with the professor in charge of this option.

65

Master en biologie : Orientation Sciences moléculaires du végétal (MPS) Master in Biology : Option Molecular Plant Sciences (MPS)

http://www.unige.ch/mps Responsables / Academic contacts: Département de botanique et biologie végétale Theresa Fitzpatrick (po) – theresa.fitzpatrick@unige.ch Roman Ulm (po) – roman.ulm@unige.ch

ØCours obligatoires / Compulsory courses (13 ECTS)* : ECTS

Cours de base / Basic courses : 14B035 Molecular Plant Sciences – Basic Research -­ alternately 14B037 14B037 Molecular Plant Sciences – Applied Aspects -­ alternately 14B035

4 4

At least one of these « Selected Chapters » courses: 14B023 Milestones in plant Molecular Genetics « Selected Chapters »

4

14B045 Introduction à la recherche en biologie moléculaire des végétaux 4 Research seminars of the Department : 14B648 Plant Science Symposium and Geneva Plant Seminars

1

ØCours à choix à restreint / Courses with restricted choice (9-­17 ECTS)* : ECTS

Biologie moléculaire et biologie cellulaire végétales / Plant Molecular and Cellular Biology : 14B059 Phytopathologie et lutte contre les maladies 3 14B023 Milestones in plant molecular genetics -­ Selected chapters 4 14B045 Introduction à la recherche en biologie moléculaire des végétaux 4

Physiologie végétale / Plant physiology 14B018 Chronobiologie 3 14B058 et 14B912 Physiomatique et TP Biologie des systèmes intégrés 6

Cours à options du Bachelor en Biologie / Free choice from Bachelor in Biology 13B012 Physiologie végétale (Fr.+ Engl.) 6 13B906 Physiologie végétale, travaux pratiques (Fr.+ Engl.) 3

Systématique et biodiversité / Systematics and Biodiversity 14B005 Biodiversité végétale 3 14B007 Biogéographie générale et écologie végétale I 3 14B008 Biogéographie générale et écologie végétale II 2

Cours à l’Université de Lausanne / Courses at the University of Lausanne (UNIL) See http://biveg.unige.ch/enseignement/master/program.html for the current list 1.5 (garder l’espace?)

Microscopie et imagerie / Microscopy and Imaging

14B640 Histologie et imagerie des tissus 3 14B044 Introduction à la microscopie électronique 5 14B063 Imaging workshop 3

Bioinformatique et statistiques / Bioinformatics and Statistics 14F001 Elements of bioinformatics 5 14B057 Statistics and probability 5 14B672 Computer skills for biological research 3 14B951 Statistique appliquée 1

Autres aptitudes / Other Skills 14B012 Scientific writing and communication 2 * Les cours dont l’intitulé est en anglais sont donnés en anglais, les autres en français. * Courses with English titles are taught in English, other courses are taught in French ØCours à choix libre / Courses with free choice (0-­8 ECTS) : A choisir dans la liste des cours à choix du Guide de l’étudiant ou en dehors de l’UNIGE, avec l’accord du responsable de l’orientation. Can be chosen among the list of optional courses proposed in the guide for students, or outside the University of Geneva, in agreement with the professor in charge of this option.

Liste des cours réservés au MASTER EN BIOLOGIE * List of courses reserved for the MASTER IN BIOLOGY * (sous réserve de modifications / Subject to modifications)

* Ouverts à d'autres étudiants avec accord des responsables / Open to other students upon agreement with professor in charge

67

N° cours

Titre du cours

Semestres

ECTS

14B013 Advanced Studies in systematics Autumn 2

14B005 Biodiversité : origine et évolution automne 3

14B047 Cell Biology Journal Club Autumn/ Spring 3

14B020 Classiques de la génétique moléculaire (les) printemps 5

14B672 Computer Skills for Biological research : an introduction to GNU/Linux and bash scripting Autumn 3

14CB01 Current Topics in Chemical Biology and Biochemistry Autumn 8

14F016 Data mining for protein function prediction Spring 5

14F001 Elements of Bioinformatics Spring 5

14F012 Elements of Proteomics and Metabolomics : Translation to human Diseases Autumn 3

14B028 Ethnoarchéologie automne 3

14B642 Faune Genevoise printemps 4

14B637 Génétique moléculaire des populations -­ stage / Molecular Population Genetics

janvier/ January 5

14B038 Génétique moléculaire du développement et de l'évolution -­ chapitres choisis

annuel tous les 15 jours

4

14B071 Introduction à l'Archéologie Islamique : Moyen-­Orient et Afrique automne 2

14B771 Introduction à l'Archéologie Islamique : Moyen-­Orient et Afrique -­ séminaire automne 1

14B045 Introduction à la recherche en biologie moléculaire des végétaux annuel 4

14B779 Introduction aux méthodes de recherche en digital humanites printemps 3

14B017 Master course in Genetics, Development and Evolution

Autumn/ Spring 9

14B778 Molecular Biology journal club and progress reports

Autumn/ Spring 5

68

14B035 Molecular Plant Sciences -­ Basic Research Autumn 4

14B037 Molecular Plant Sciences -­ Applied Aspects Autumn 4

7312D Neurobiologie de la représentation spatiale (la) printemps 3

14N12 Neurosciences : Chemical senses Autumn 3

14B062 Paléolithique et Néolithique de l'Afrique : des premiers outils à la mise en place des sociétés complexes

automne 6

14B657 Phylogénie et évolution moléculaire -­ stage annuel 5

14B648 Plant Science Symposium and Geneva Plant Seminars

Autumn/ Spring 1

24N01 Principles of neurobiology I Autumn 3

14N11 Principles of neurobiology II Autumn 3

14F006 Programming for bioinformatics Autumn 7

14B010 Principles of cellular and molecular biology -­ Biologie cellulaire et moléculaire approfondie

Autumn/ Spring 8

14B773 Progress report in Cell Biology -­ seminar Autumn/ Spring 3

14B048 Protohistoire de l'Afrique : de l'apparition du métal à la mise en place des grands empires automne 6

14B748 Protohistoire de l'Afrique : de l'apparition du métal à la mise en place des grands empires -­ séminaire

automne 3

14B012 Scientific writing and communication Spring 2

14B669 Stage de botanique tropicale 2 semaines en région tropicale

5

14B057 Statistics and probability Autumn 5

14B951 Statistiques appliquées -­ travaux pratiques printemps 1

14B067 Technologie préhistorique automne 3

14B767 Technologie préhistorique -­ séminaire automne 3

Pour consulter les informations relatives aux divers enseignements.

Veuillez, vous référer aux programmes des cours sur internet.

Section de Biologie

PARTIE IV : Les cours à choix

Ø Liste des enseignements à choix restreint et à choix libre pour le bachelor et le master en biologie

69

14B013 ADVANCED STUDIES IN SYSTEMATICS

Compulsory Master course for option « Biodiversity and Systematics » Cours obligatoire pour l’orientation « Biodiversité et systématique » du master Period Autumn No. of hours per day 8 ECTS 2 No. of hours per year 24 Day 25, 26, & 27 October 2017

8h-­12h, 13h-­17h

Place Conservatoire et Jardin botaniques, salle de séminaire de la Console

(192 rue de Lausanne, 1202) & Muséum d’Histoire Naturelle (1 Route de Malagnou, 1208)

Exam session Written report / rapport écrit Sessions offered January/February + catch-­up August-­September Responsible NACIRI Yamama – 022 418 5165 – yamama.naciri@ville-­ge.ch ou

yamama.naciri@unige.ch Lecturers Mrs : A. CIBOIS (chargée de recherche),

Y. NACIRI (cc), M. PRICE (cc),

Mr : J. PAWLOWSKI (pas), Ph. CLERC (cc), J. MARIAUX (pt), P. SCHUCHERT (chargé de recherche), M. PERRET (conservateur), A. SCHMITZ (chargé de recherche), F. STAUFFER (cc).

Miscellaneous This course is taught in English.

Please register with Yamama Naciri in early September 2017. The course is based on both theoretical lectures and applied exercises (visits, exercises, article reviews, etc…). Students should come with their own computers.

Contents This course covers the fundamentals of the science of systematics and allows students to familiarise themselves with the processes of and tools involved in modern taxonomy. The importance of taxonomy and systematics in the description and management of biodiversity is explored alongside new approaches to the description, definition, classification and understanding of life on Earth, and the processes that shaped it. The course addresses three main topics: (1) theoretical and practical aspects of taxonomy, systematics and nomenclature in plants, fungi and animals;; (2) the description, delimitation and classification of species with a special focus on molecular techniques;; (3) techniques in plant and animal systematics.

Objective Upon conclusion of the course, the students are expected to be able to -­understand the basics of naming and nomenclature -­use an identification key -­explore the definition of species and species concepts. -­have a critical understanding of species delimitation and be able to analyse species from a morphological and molecular perspective -­be aware of and explain the importance of modern taxonomy

70

14B701 ANTHROPOLOGIE BIOLOGIQUE ET CULTURELLE

séminaire Cours à choix de 2ème et 3ème années Semestre automne Nbre d’heures par semaine 2 ECTS 3 Nbre d’heures par année 28 Jour 1ère séance le vendredi 22 septembre 2017 à 11h15.

Puis horaire à déterminer avec les étudiants Lieu Sciences II, salle 449 Mode d’évaluation exposé oral et rapport écrit Responsables et enseignants

Madame A. SANCHEZ-­MAZAS (po) -­ 022.379.6984/67 alicia.sanchez-­mazas@unige.ch

Monsieur N. HUBERT Van BLYENBURGH (cc) ninian.hubert@unige.ch

Divers Une première séance d’information et d’organisation du séminaire aura

lieu le vendredi 22 septembre à 11h15 dans la salle 449, à Sciences II. Ce séminaire s’articule avec le cours 14B030 « Evolution humaine, histoire des représentations scientifiques des origines et de la diversité des humains ». Il propose de revenir plus longuement sur les textes historiques et actuels fondateurs de l’anthropologie biologique et culturelle. Il s’adresse aux étudiant-­e-­s l’ayant suivi comme à celles et ceux intéressé-­e-­s par l’anthropologie et sa construction.

Objectif Par la présentation et la discussion de textes scientifiques historiques importants et de documents représentatifs de l’évolution de la pensée dans ce champ disciplinaire, ce séminaire propose de développer la capacité de réflexion et d’analyse des participant-­e-­s sur les thématiques-­clés de l’anthropologie biologique et culturelle.

Contenu Les étudiant-­e-­s sont invités à choisir un ouvrage, un article ou un film

dans une liste d’auteurs historiques et contemporains importants comme Bensa, Buffon, Blumenbach, Darwin, Gobineau, Kropotkine, Latour, Leach, Lévi-­Strauss, Mucchielli, Rouch ou Rousseau. Au moyen d’une grille d’analyse proposée par les enseignant-­e-­s, le texte ou le document est analysé, puis présenté à l’ensemble des participant-­e-­s au séminaire.

Les premières séances seront consacrées au rappel et à la discussion de quelques concepts-­clefs en anthropologie biologique et culturelle. Pour développer certaines thématiques, des spécialistes d’un domaine pourront être invités à intervenir.

Par l’appropriation de textes fondateurs, le séminaire d’anthropologie biologique et culturelle développe une meilleure compréhension des enjeux fondamentaux d’une discipline ayant pour particularité d’avoir l’humain, son origine et sa diversité comme objets d’étude.

71

14B002 ARCHEOLOGIE ET HISTOIRE DE L'AFRIQUE (*) Cours obligatoire pour le bachelor ès Lettres mention Archéologie préhistorique et anthropologie Semestre automne Nbre d’heures par semaine 4 ECTS 6 Nbre d’heures par année 56 Jour jeudi 10h15 -­ 13h Lieu Sciences II, salle 449 Mode d’évaluation examen oral Sessions offertes janvier-­février + rattrapage août-­septembre Responsable Monsieur E. HUYSECOM -­ 022.379.6973/67 -­ eric.huysecom@unige.ch Enseignant(e)s Monsieur E. HUYSECOM (pas), et collaborateurs. Contenu Ce cours est une introduction générale à la géographie, à l'histoire et à la

pratique de la recherche archéologique en Afrique. La première partie traite des interactions Homme -­ Nature, soit des mécanismes climatiques et des principales variations environnementales ayant affecté le continent africain depuis le Pléistocène, de l’impact du climat sur le peuplement humain, des interventions humaines au cours de l'histoire visant à modifier ou maîtriser l'environnement, ainsi que des types économiques actuels tirant parti de la variété des milieux naturels. La deuxième partie du cours est consacrée aux sources à disposition des chercheurs pour reconstituer le passé africain, à l’histoire de la découverte du continent africain par les Européens et à l’évolution du regard et des relations entre Africains et Occidentaux, de l’Antiquité classique à nos jours. Ce volet traite également de la question du pillage archéologique, du marché de l’art et de la protection du patrimoine culturel en Afrique.

Objectif Acquisition des connaissances élémentaires dans le domaine de l’Archéologie et de l’Histoire de l’Afrique.

14B702 ARCHEOLOGIE ET HISTOIRE DE L'AFRIQUE Séminaire obligatoire pour le bachelor ès Lettres mention Archéologie préhistorique et anthropologie Semestre automne Nbre d’heures par semaine 2 ECTS 3 Nbre d’heures par année 28 Jour jeudi 15h -­17h Lieu Sciences II, salle 449

Mode d’évaluation présentation orale

Responsable Monsieur E. HUYSECOM -­ 022.379.6973/67 -­ eric.huysecom@unige.ch Enseignant(e)s Messieurs E. HUYSECOM (pas), J. AYMERIC (as),

Mesdames M. TRUFFA GIACHET (as), M. LORENZO MARTINEZ (as)

Contenu Sujets en relation avec le cours n° 14B002.

Objectif Acquisition des outils nécessaires à la conduite d’une recherche personnelle et à la rédaction d’une monographie.

* “ Archéologie et histoire africaine ” dans le plan d’Etudes

72

14T014 ARCHEOZOOLOGIE I

La chasse pendant la préhistoire Cours obligatoire pour le bachelor en biologie orientation préhistoire Semestre printemps Nbre d’heures par semaine 2 ECTS 3 Nbre d’heures par année 28 Jour mercredi 13h -­15h Lieu Muséum d’histoire naturelle, Malagnou Mode d’évaluation examen oral Sessions offertes juin + rattrapage août-­septembre Responsable Madame J. STUDER -­ 022 418.6361 -­ jacqueline.studer@ville-­ge.ch Enseignant(e)s Madame J. STUDER (cc), Monsieur J.-­C. CASTEL (chargé rech). Divers A LIEU TOUS LES DEUX ANS.

N'A PAS LIEU EN 2017/2018

Contenu Ce cours relate la chasse lorsque l'homme était encore chasseur-­

collecteur ou agriculteur-­éleveur, avec la présentation des animaux chassés et les différentes stratégies développées.

14T015 ARCHEOZOOLOGIE I : ostéologie comparée (*) Travaux pratiques I obligatoire pour le bachelor en biologie orientation préhistoire Semestre printemps Nbre d’heures par semaine 2 ECTS 2 Nbre d’heures par année 28 Jour mercredi 15h -­ 17h Lieu Muséum d’histoire naturelle, Malagnou Mode d’évaluation participation active aux séances Responsable Madame J. STUDER -­ 022 418.6361 -­ jacqueline.studer@ville-­ge.ch Enseignantes Mesdames J. STUDER (cc), P. CHIQUET (as),

Monsieur J.-­C. CASTEL (chargé rech) Divers A LIEU TOUS LES DEUX ANS.

N'A PAS LIEU EN 2017/2018

Contenu Apprentissage des critères morphologiques permettant la détermination des

mammifères les plus communs des sites archéologiques de nos régions. * « Ostéologie comparée (faune préhistorique) » dans le plan d’Etudes

73

14T010 ARCHEOZOOLOGIE II La domestication des animaux

Cours obligatoire -­ Master en archéologie préhistorique Semestre printemps Nbre d’heures par semaine 2 ECTS 3 Nbre d’heures par année 28 Jour lundi 13h-­15h Lieu Muséum d’histoire naturelle, Malagnou Mode d’évaluation examen oral Sessions offertes juin + rattrapage août-­septembre Responsable Madame J. STUDER -­ 022 418.6361 -­ jacqueline.studer@ville-­ge.ch Enseignant(e)s Madame J. STUDER (cc)

Monsieur J.-­C. CASTEL (chargé rech) Divers A LIEU TOUS LES DEUX ANS.

A LIEU EN 2017/2018.

Contenu Histoire des premiers élevages et présentation des processus qui ont permis à

certains animaux de passer du statut de gibier à celui d'animaux domestiques.

14T900 ARCHEOZOOLOGIE II Etude d’un ensemble faunique préhistorique

Travaux pratiques II obligatoire -­ Master en archéologie préhistorique Semestres automne/printemps Nbre d’heures par semaine 40 ECTS 3 Nbre d’heures par année 40 Jour une semaine à convenir Lieu Muséum d’histoire naturelle, Malagnou Mode d’évaluation participation active aux séances et remise d’un rapport Pré-­requis avoir suivi avec succès les travaux pratiques I : ostéologie comparée Responsable Madame J. STUDER 022 418.6361 -­ jacqueline.studer@ville-­ge.ch Enseignant(e)s Mesdames J. STUDER (cc), P. CHIQUET (as),

Monsieur J.-­C. CASTEL (chargé rech) Divers A LIEU TOUS LES DEUX ANS.

A LIEU EN 2017/2018.

Contenu Analyse d'un lot d'ossements provenant d'un site préhistorique (identifications,

traces, mesures, rédaction).

74

10A001 ASTRONOMIE GENERALE Cours à choix de 2ème année Semestres automne Nbre d’heures par semaine 1 ECTS 3

2 (biologie) Nbre d’heures par année 14

Jours & lieu mardi 17h45 – Sciences II, salle A300

Mode d’évaluation Travail de recherche

examen oral

Sessions offertes janvier/février + rattrapage août-­septembre Responsable Prof. C. CHARBONNEL -­ 022 379 5484 -­ corinne.charbonnel@unige.ch Enseignante Prof. C. CHARBONNEL (pas) Contenu Origines astrophysiques

Objectif La compréhension de la formation des objets célestes, planètes, étoiles,

galaxies, et de l’Univers dans son ensemble, est une question fondamentale pour l’astrophysique moderne. De très importants efforts, théoriques et observationnels, sont aujourd’hui déployés pour apporter des éléments de réponse sur leur naissance et leur évolution, alimentant la réflexion scientifique sur nos propres origines. Ce cours d’astrophysique générale fera l’état des lieux de nos connaissances sur le sujet. Il sera présenté par quatre chercheurs du Département d’Astronomie de l’Université de Genève, spécialistes des planètes (Prof. F.Bouchy), des étoiles (Prof. C.Charbonnel), des galaxies (Prof D.Schaerer), et de l’Univers dans son ensemble (Prof. S.Paltani). Le cours ne requiert pas de connaissances préalables en astronomie.

75

14B004 BACTERIOLOGIE GENERALE Semestre automne Nbre d’heures par semaine 4 ECTS 2 Nbre d’heures par année 18 Jours lundi 15h15 -­ 17h sur 5 semaines

vendredi 14h15 -­ 16h sur 4 semaines Lieux lundi, Sciences II, salle A300

vendredi, Sciences III, salle 1S059 Mode d’évaluation examen écrit d’une durée maximum de 2h (conjointement avec l’examen de

microbiologie pour les étudiants en pharmacie)

Sessions offertes janvier-­février + rattrapage août-­septembre pour les étudiants en biologie juin + rattrapage août-­septembre pour les étudiants en pharmacie

Responsable Monsieur Karl PERRON -­ 022.379.3127 – karl.perron@unige.ch

Enseignant Monsieur K. PERRON (ce). Divers Ce cours est obligatoire pour les étudiant(e)s du 3ème semestre en

pharmacie, mais est aussi proposé aux étudiant(e)s en biologie et du MUSE. Le polycopié est disponible sur Chamilo.

Contenu Quatre thèmes sont traités :

1° Connaissance des micro-­organismes (principaux groupes de bactéries, nutrition, paramètres physico-­chimiques de la croissance, régulation du métabolisme, croissance, estimation de la croissance, bactéries sans paroi, symbiose).

2° Notions d'asepsie (méthodes de stérilisation, désinfectants), tests d'antibiose.

3° Analyses et contrôles microbiologiques (analyse de l'eau, des denrées alimentaires, contrôle microbiologique des produits pharmaceutiques, efficacité de la conservation antimicrobienne).

4° Productions industrielles (principales productions microbiennes, bactéries lactiques, fermentation alcoolique, bactéries acétiques).

Objectif Acquérir les connaissances théoriques de bactériologie générale et les concepts de bactériologie liés aux tests microbiologiques préconisés par la pharmacopée. Comprendre et connaitre l’importance de la microbiologie dans les secteurs environnementaux, médicaux, humains, industriels.

76

14B904 BACTERIOLOGIE GENERALE – travaux pratiques Semestre automne Nbre d’heures par semaine 8 ECTS 6 Nbre d’heures par année 56 Jours mardi et jeudi 13h15 -­ 17h / 2 séries (7 semaines)

Lieux Sciences III, Topo salle A50A, puis TP salle 0016 Mode d’évaluation questionnaires et rapport Responsable Monsieur Karl PERRON -­ 022.379.3127 – karl.perron@unige.ch Enseignant(e)s Monsieur K. PERRON (ce), et collaborateur(trice)s. Divers Ces travaux pratiques sont prioritairement destinés aux étudiant(e)s du

3ème semestre en pharmacie. Les biologistes ne sont admis que s’il y a de la place. Le polycopié est disponible sur Chamilo. Cours donné en français.

Contenu Sécurité microbiologique, techniques de base en bactériologie (inoculations, colorations, observations), contamination, stérilisation, micro-­organismes de l'environnement, estimation de la croissance, identification, analyse de l'eau, contrôles microbiologiques selon la pharmacopée, tests d'antibiose, détermination de CMI, désinfectants, efficacité de la conservation antimicrobienne, immunofluorescence, démonstration de bactériologie médicale, phagothérapie, expériences de génétique et moléculaire.

Objectif Savoir manipuler des microorganismes selon des normes de sécurité appropriées. Pourvoir déterminer un germe bactérien. Etre capable d’effectuer des contrôles microbiologiques préconisés par la pharmacopée.

77

13C008A BIOCHIMIE III Cours à choix restreint de 3ème année Semestre automne Nbre d’heures par semaine 3 ECTS *6 (en choix restreint)

**9 (en choix libre) Nbre d’heures par année 42

Jours & lieux mardi 8h15 -­10h

Sciences II, salle A50A

jeudi 8h15 -­ 9h Sciences II, salle 1S059

Mode d’évaluation écrit;; l'examen de janvier-­février porte sur la partie de l'enseignement

dispensée en automne;; l'examen de juin porte sur celle dispensée au printemps.

Pré-­requis Biochimie II – automne (12C008A) et printemps (12C008P) Sessions offertes février + août-­septembre Responsable Monsieur Th. SOLDATI – 022.379.6496 -­ thierry.soldati@unige.ch Enseignant(e)s Messieurs Th. SOLDATI (pas), H. RIEZMAN (po), A. ROUX (pas),

Th. SCHALCH (past), B. WEHRLE-­ HALLER (pas), J. MONTOYA (ce), Madame M.-­C. BLATTER (ce).

Divers Préparation pour le BSc en biochimie, le BSc en biologie et le MSc en

sciences pharmaceutiques. Cours ex-­cathedra. **Etudiants en chimie/biochimie: 9 ECTS, acquis lorsque la moyenne des examens d'automne et de printemps est égale ou supérieure à 4.0 * Etudiants en biologie: 6 ECTS, acquis lorsque la moyenne des examens d'automne et de printemps est égale ou supérieure à 4.0.

Objectifs

Ce cours met l'accent sur les processus dynamiques de motilité, morphogénèse, traffic intracellulaire, communication et signalisation cellulaire;; il présente les concepts fondamentaux (cours du mardi) et les techniques associées (cours du jeudi).

Contenu -­ Cytosquelette -­ Transport cellulaire -­ Sécrétion -­ Endocytose -­ Techniques de biophysique et biologie cellulaire du cytosquelette, du transport cellulaire et de bioinformatique. Documentation et bibliographie : J. Berg, J.L. Tymoczko, L. Stryer (2006). Biochemistry, 6e édition, W.H. Freeman, New-­York. ISBN 10: 0-­7167-­8724-­5: Alberts et al. (2007). Molecular Biology of the Cell, 5e edition, Garland Press: ISBN.10 0-­8153-­4106-­7 E-­learning : https://chamilo.unige.ch/home/courses/13C008A/

78

13C008P BIOCHIMIE III Cours à choix restreint de 3ème année Semestre printemps Nbre d’heures par semaine 3 ECTS *6 (en choix restreint)

**9 (en choix libre) Nbre d’heures par année 42

Jours & lieux mardi 8h15 -­10h

Sciences II, salle A150

jeudi 8h15 -­ 9h Sciences II, salle 1S059

Mode d’évaluation écrit;; l'examen de janvier-­février porte sur la partie de l'enseignement

dispensée en automne;; l'examen de juin porte celle dispensée au printemps.

Pré-­requis Biochimie II – automne (12C008A) et printemps (12C008P) Sessions offertes juin + rattrapage août-­septembre Responsable Monsieur Th. SOLDATI – 022.379.6496 -­ thierry.soldati@unige.ch Enseignant(e)s Messieurs Th. SOLDATI (pas), M. BROCHET (past), M. GONZALEZ

GAITAN (po), R. LOEWITH (po), J.-­M. MATTER (mer), O. SCHAAD (ce), Th. SCHALCH (past),

Divers Préparation pour le BSc en biochimie, le BSc en biologie et le MSc en

sciences pharmaceutiques. Cours ex-­cathedra;; les heures d'enseignement du Prof. R. Loewith seront dispensées en anglais. **Etudiants en chimie/biochimie: 9 ECTS, acquis lorsque la moyenne des examens d'automne et de printemps est égale ou supérieure à 4.0 * Etudiants en biologie: 6 ECTS, acquis lorsque la moyenne des examens d'automne et de printemps est égale ou supérieure à 4.0.

Objectifs

Ce cours met l'accent sur les processus dynamiques de motilité, morphogénèse, traffic intracellulaire, communication et signalisation cellulaire;; il présente les concepts fondamentaux (cours du mardi) et les techniques associées (cours du jeudi).

Contenu -­ Communication cellulaire -­ Transduction du signal -­ Signalisation intercellulaire -­ Techniques de biologie structurale et de communication cellulaire Documentation et bibliographie : J. Berg, J.L. Tymoczko, L. Stryer (2006). Biochemistry, 6e édition, W.H. Freeman, New-­York. ISBN 10: 0-­7167-­8724-­5: Alberts et al. (2007). Molecular Biology of the Cell, 5e edition, Garland Press: ISBN.10 0-­8153-­4106-­7 E-­learning : https://chamilo.unige.ch/home/courses/13C008P/

79

13C908X BIOCHIMIE III Travaux pratiques à choix restreint de 3ème année

Semestre automne -­ 3 semaines Nbre d’heures par jour 4 ECTS 3 Nbre d’heures par année 60

Jours & lieu lundi au vendredi 13h30 -­ 17h30 du 2 octobre au 20 octobre 2017

Sciences II, 1er étage, labo 104E Mode d’évaluation rapports d'expériences -­ certifiés Pré-­requis Biochimie, 2ème année

Responsable Monsieur T. SOLDATI – 022.379.6496 -­ thierry.soldati@unige.ch Enseignant Monsieur T. SOLDATI (pas). Divers L'inscription aux travaux pratiques à choix restreint est obligatoire.

Le formulaire d'inscription est à télécharger sur le site Internet de Biologie et devra être remis au secrétariat de la Section de biologie, SCIII, 2ème étage, bureau 2004A, avant la fin avril de la deuxième année du bachelor. IMPORTANT : Les protocoles de Travaux Pratiques sont disponibles au Secrétariat du Département de biochimie (Sciences II, bureau 349, 3e étage) 1 semaine avant le début des Travaux Pratiques.

Contenu 1. Isolation de l’ADN génomique de Dictyostelium discoideum 2. Protéines membranaires I 3. Extraction des lipides et analyse CCM 4. Protéines membranaires II 5. Chromatographie d'affinité Documentation et bibliographie : Protocole de Travaux Pratiques (partiellement en anglais;; disponible sur Chamilo). E-­learning : https://chamilo.unige.ch/

Objectif Ces Travaux Pratiques enseignent les techniques expérimentales de base utilisées dans les laboratoires de biochimie et biologie.

80

14B005 BIODIVERSITE : origine et évolution Chapitres choisis Cours obligatoire pour l’orientation de master « Biodiversité et systématique»

Semestre automne Nbre d’heures par semaine 3-­6 ECTS 3 Nbre d’heures par année 28 Jours jeudi 14h15 -­ 17h, en novembre & décembre

mercredi 14h15 -­ 17h en décembre

Lieu Sciences III, salle 0019 Mode d’évaluation examen écrit, rapports Sessions offertes janvier-­février + rattrapage août-­septembre Responsables Monsieur M. PERRET -­ 022.418.5195 – mathieu.perret@ville-­ge.ch

Monsieur J. MONTOYA BURGOS -­ 022.379.67.86 juan.montoya@unige.ch Enseignant(e)s Mesdames A. CIBOIS (cr), Y. NACIRI (cc), A. SANCHEZ-­MAZAS (po),

Messieurs L. CAVIN (cons.), J. MONTOYA BURGOS (ce), M. PERRET (cons.), X. PERRET (mer), M. RUEDI (cons.).

Divers Inscription par e-­mail auprès des responsables du cours. Ce cours peut être suivi quelle que soit l'option du master choisie. Ce cours n'a lieu que s'il y a au moins 3 étudiants inscrits.

Contenu -­ Evolution de la biodiversité, vision paléontologique -­ Processus de spéciation, hybridation -­ Radiations évolutives, diversifications, évolution phénotypique -­ Phylogéographie, dynamique spatiale, refuges climatiques -­ Biogéographie historique, dispersion, vicariance -­ Mesure de biodiversité phylogénétique, hotspots de biodiversité -­ Biodiversité microbienne: coévolution, intégrité-­identité génomique, métagénomique -­ Menaces, conservation de la biodiversité.

Objectif Ce cours a pour but de former l'étudiant(e) de manière théorique et pratique aux divers thèmes de la biodiversité en tant que discipline des sciences biologiques. Il est orienté sur la compréhension des processus et mécanismes à l'origine de la diversité des organismes. Pour mieux appréhender les concepts théoriques, l'étudiant(e) apprendra à utiliser des outils bioinformatiques d'analyse au moyen d'exercices pratiques. Des présentations et discussions d'articles compléteront l'enseignement. Les capacités et compétences qui devront être acquises au terme de ce cours sont:

• Connaître les changements majeurs de biodiversité dans le temps géologique.

• Expliquer les processus menant à la formation des espèces et à la diversification des lignées.

• Interpréter des données de répartition des espèces dans un cadre de biogéographie historique.

• Proposer des hypothèses pouvant expliquer l'histoire de la diversification d'un groupe taxonomique au vu d'une série d'observations.

• Identifier le type et la quantité de données nécessaires pour évaluer la vraisemblance d'un processus de diversification ou de répartition spatiale.

• Identifier et utiliser la méthode d'analyse ou l'outil bioinformatique le plus approprié à un cas particulier.

81

13B003 BIOETHIQUE Cours à choix de 2ème année Cours à choix restreint de 3ème année Semestres automne/printemps Nbre d’heures par semaine 2 ECTS 6 Nbre d’heures par année 52 Jour jeudi 12h30 -­ 14h Lieu Sciences III, salle 0019 Mode d’évaluation examen écrit Sessions offertes juin + rattrapage août-­septembre Responsabl(e)s Madame S. HURST – samia.hurst@unige.ch -­ 022 379. 4601

Madame C. CLAVIEN -­ christine.clavien@unige.ch -­ 022 379.4609 Enseignant(e)s Mesdames S. HURST (pas), C. CLAVIEN (mer), C. MORET(as),

A. DALLE AVE (Cheffe de Clinique, Unil) Messieurs Ph. DUCOR (past), S. ROMAGNOLI (as), G. HESS (mer, Unil).

Contenu Semestre automne

-­ Origines de la bioéthique -­ Bases philosophiques -­ Objectivité morale -­ Éthique de la recherche sur l'être humain -­ Déontologie du chercheur -­ Expérimentation animale -­ Procréations médicalement assistées -­ Statut de l’embryon et de la personne -­ Génétique médicale -­ Thérapie cellulaire, cellules souches

Semestre printemps -­ Du naturel au moral -­ Impact des données scientifiques sur les moralistes -­ Altruisme biologique et psychologique -­ Explications évolutionnaires de nos facultés morales -­ Principe de précaution -­ Ethiques environnementales et éthique du développement durable

-­ Tragédie des communs -­ Transplantation -­ Fin de vie -­ Biobanques et protections des données -­ Justice, médicaments et allocation des ressources -­ Propriété intellectuelle

-­ Enhancement, neuroenhancement, dopage Objectif Ce cours a pour objectif de développer une réflexion critique sur les

implications éthiques de la recherche scientifique et des pratiques médicales. On y enseigne les outils conceptuels nécessaires pour

- aborder les questions de déontologie de la recherche en général et de la pratique médicale en particulier.

- traiter les problèmes éthiques engendrés par les progrès scientifiques.

- évaluer l’impact des données scientifiques (notamment issues de la biologie évolutionnaire et des neurosciences) pour une meilleure compréhension de la moralité humaine.

82

14B007 BIOGEOGRAPHIE Cours à choix de 2ème et 3ème années Semestre printemps Nbre d’heures par semaine 2 ECTS 3 Nbre d’heures par année 28 Jours Mardi 12h15-­14h Lieu Sciences III, salle 0019 Mode d’évaluation examen écrit

Sessions offertes Juin + rattrapage août-­septembre

Pré-­requis Notions de base en biologie. Responsable Enseignant

Monsieur M. PERRET – 022.7418.5195 – mathieu.perret@ville-­ge.ch Monsieur M. PERRET (cc) Conservatoire et Jardin botaniques de la Ville de Genève, 192 Chemin de l’Impératrice 1292 Chambésy

Contenu Facteurs abiotiques et biotiques déterminant la distribution des espèces. Stratégies et adaptations des plantes à leur environnements: type biologique, convergence, adaptation au stress et à la perturbation, mode de dispersion. Distribution des communautés: biomes, étages de végétation. Paléogéographie et paléoclimat de la terre au cours du Cénozoïque et son impact sur l’évolution de la végétation (origines des angiospermes, forêts tropicales, plantes C4, glaciation et refuges). Tectonique des plaques et échanges biotiques. Processus biogéographiques à l’origine de la biodiversité: vicariance, dispersion et extinction. Biogéographie historique: centre d’origine, méthodes phylogénétiques. Biogéographie des îles: relation espèces-­aire, théorie de l’équilibre. Géographie de la biodiversité: le gradient de biodiversité latitudinal et ses causes. Conservation et conséquences des activités humaines sur la biodiversité (hotspot mondial de biodiversité, modifications climatiques, déforestation, eutrophisation, invasions).

Objectif Comprendre les causes de la distribution actuelle des organismes, en particulier des végétaux. Connaître les formes de la biodiversité terrestre et comprendre leur origine et déterminisme. Connaître les méthodes permettant de reconstruire l’histoire des lignées. Prévoir les conséquences sur la biosphère des changements globaux résultant des activités humaines.

Divers Prière de s'inscrire au cours également par email : mathieu.perret@ville-­ge.ch Ce cours est ouvert au public

83

14B009 BIOGEOGRAPHIE GENERALE ET ECOLOGIE VEGETALE III.

Biogéographie des hautes montagnes Cours à choix de 2ème et 3ème années Semestre printemps ECTS 3 Nbre de jours par année 5 Jours stage en juin sur une semaine (à convenir) Lieu Région genevoise Mode d’évaluation rapport de stage Pré-­requis cours 14B008 Responsable Madame Michelle Price – 022.418.41.48 (CJB)

michelle.price@unige.ch Enseignant Monsieur P. Martin – 022.418.52.322 (CJB)

pascal.martin@ville-­ge.ch Conservatoire et Jardin botaniques de la Ville de Genève, 192 Chemin de l’Impératrice 1292 Chambésy

Divers N’AURA PAS LIEU EN 2017-­2018

Le stage est ouvert au public.

Contenu Concepts en écologie spatiale.

Structure et dynamique des formations végétales. Analyses de la végétation, de la biodiversité et des paysages. Espèces indicatrices et espèces invasives. Outils pour la conservation des espaces et des espèces

Objectif Comprendre l'organisation spatio-­temporelle des communautés végétales, leur agencement et leur dynamique. Utiliser des outils d’analyses et de suivi de la végétation.

84

14B912 BIOLOGIE DES SYSTEMES INTEGRES Travaux pratiques Semestre printemps -­ 10 jours Nbre d’heures par semaine 6 ECTS 5 Nbre d’heures par année 60 Jour & lieu à fixer Mode d’évaluation rapport écrit noté Pré-­requis suivre en parallèle le cours n° 14B058 Physiomatique Responsable Monsieur R. DEGLI AGOSTI – 022.379.0765 -­ robert.degliagosti@unige.ch Enseignants Messieurs R. DEGLI AGOSTI (cc) et collaborateurs. Divers Les travaux pratiques s'adressent à des étudiant(e)s de Biologie, de

physique ou de n'importe quel autre bachelor / master de la Faculté des sciences. L’enseignement est en français, des articles en anglais doivent pouvoir être étudiés. Le nombre d’étudiants est limité, une pré-­inscription par e-­mail est demandée : robert.degliagosti@unige.ch

Contenu Electrophysiologie végétale, fluorescence de la chlorophylle, méthodes biophysiques et modélisation des végétaux.

Objectif Ces travaux pratiques ont pour but d'initier des étudiants aux techniques de biophysique (bioélectricité, fluorescence de la chlorophylle etc..) chez les végétaux.

85

13B004 BIOLOGIE HUMAINE I-­ Diversité biologique des poulations humaines actuelles

Cours à choix restreint de 3ème année Semestre automne Responsable Madame A. SANCHEZ-­MAZAS -­ 022.379.6984/67

alicia.sanchez-­mazas@unige.ch

NE SERA PAS DONNE EN 2017/2018

86

13B005 BIOLOGIE HUMAINE -­ Diversité biologique et évolution du

genre humain, des origines à nos jours Cours à choix restreint de 3ème année Semestre printemps Nbre d’heures par semaine 2 ECTS 3 Nbre d’heures par année 28 Jour mercredi 10h15 -­ 12h Lieu Sciences II, salle 457 Mode d’évaluation examen écrit de 3h Sessions offertes juin + rattrapage août-­septembre Responsable Madame A. SANCHEZ-­MAZAS -­ 022.379.6984/67

alicia.sanchez-­mazas@unige.ch Enseignant(e)s Madame A. SANCHEZ-­MAZAS (po),

Messieurs N. HUBERT Van BLYENBURGH (cc), M. CURRAT (mer), T. GOEURY (as).

Divers Ce cours à choix restreint peut également être choisi comme cours à choix libre en 3ème année ou en master. Aura lieu au semestre de printemps 2018.

Contenu Ce cours fait le point des connaissances scientifiques actuelles sur la diversité biologique (phénotypique et moléculaire) et l’évolution de la lignée humaine depuis ses origines et sur l’histoire des premiers peuplements des continents par notre espèce. Ces thématiques sont abordées par une approche multi-­disciplinaire confrontant les résultats de la génétique et de divers domaines de l’anthropologie. Plan général du cours : Place de l’humain parmi les primates / Evolution biologique pré-­humaine et humaine d’après les données fossiles (avec TP) / Evolution d’Homo sapiens et ses liens avec d’autres humains aujourd’hui disparus (Neandertal, Denisova, ..) d’après les données de l’ADN ancien / Histoire planétaire des premiers peuplement des continents par les populations humaines modernes d’après des hypothèses basées sur des traits biologiques (diversité phénotypique et moléculaire) et culturels (diversité linguistique, vestiges archéologiques) et des adaptations aux environnements / Que peut-­on dire aujourd’hui sur la diversité humaine d’après les connaissances scientifiques.

Objectif L’objectif de cet enseignement est de permettre à l’étudiant-­e d’acquérir des

connaissances fondamentales sur l’évolution biologique de l’espèce humaine, et de l’initier à quelques autres disciplines, non biologiques, qui s’intéressent aussi à cette question. Au terme de cet enseignement, il-­elle saura lire les articles et ouvrages spécialisés dans le domaine de manière éclairée, tout en sachant identifier les limites de chaque approche et les pièges de l’inter-­disciplinarité. Il inclut également des aspects méthodologiques utiles à l’étude plus approfondie de cette thématique.

87

14P017 BIOPHOTONIQUE Semestre printemps Nbre d’heures par semaine 3 ECTS 4 Nbre d’heures par année 42 Jours cours mercredi 10h-­12h, exercices mercredi 9h-­10h Lieu Sciences I, salle 306 Mode d’évaluation examen oral Sessions offertes juin + rattrapage août-­septembre Responsable Monsieur L. BONACINA -­ 022.379.0508 – luigi.bonacina@unige.ch Enseignant Monsieur L. BONACINA (mer). Divers L’enseignement sera donné en français ou en anglais selon l’audience.

Contenu La biophotonique traite des interactions entre la lumière et la matière

biologique. Ce cours est ouvert aux étudiants de physique et de biologie qui ont un intérêt dans l'état de l'art de la photonique et ses applications aux sciences de la vie. Après une courte introduction de la physique moléculaire (mouvements électroniques, vibrationnels et rotationnels, l'approximation de Born-­Oppenheimer, le principe Frank-­Condon) la réponse optique des molécules à l'excitation optique dans différentes régions spectrales (ultraviolet, visible, infra-­rouge, therahertz) seront discutés. Ces bases nous permettront d'aborder différentes techniques d'imagerie incluant la microscopie en champ clair, la microscopie confocale, la microscopie non linéaire, les techniques de super résolution (PALM, STED, etc.), l'imagerie vibrationnelle (Raman), la tomographie en cohérence optique, etc. Le cours parcourra ensuite le champ de la nano-­photonique dans les sciences de la vie en décrivant des approches telles que les boites quantiques (quantum dots), les nanoparticules plasmoniques ainsi que leurs applications dans l'imagerie et la bio-­détection. Dans la dernière partie, après une présentation approfondie des propriétés optiques des tissus (absorption, diffusion, propriétés de polarisation) une sélection de techniques optiques biomédicales sera discutée. Les travaux dirigés prendront la forme d'un "journal club" sur la littérature spécialisée. Ainsi, les présentations réalisées par les étudiants seront suivies d'une discussion critique.

Objectif Connaissance approfondie des techniques actuelles d’imagerie, détection et diagnostic optique. Développement des instruments pour la compréhension et la lecture critique des écrits scientifiques dans ces domaines.

88

14B015 BOTANIQUE SYSTEMATIQUE ET PHARMACEUTIQUE Semestre automne Nbre d’heures par semaine 3 ECTS 4 (3 pour pharmaciens) Nbre d’heures par année 42 Jours & lieux lundi 10h15 -­ 12h

Sciences II, salle A100

vendredi 8h15 -­ 10h Sciences III, salle 1S081 un vendredi sur deux

Mode d’évaluation examen écrit Sessions offertes juin + rattrapage août-­septembre Responsable Monsieur P.-­A. LOIZEAU – 022.418.5100 pierre-­andre.loizeau@unige.ch Enseignant(e)s Messieurs P.-­A. LOIZEAU (cc), Ph. CLERC (cc),

à désigner (ass/etu).

Divers Ce cours est destiné aux étudiant(e)s en pharmacie et biologie.

Contenu Ce cours est articulé en 2 parties. 1) les cryptogames (dont les Champignons) (par Ph. Clerc) 2) Les phanérogames. Les grandes étapes évolutives sont présentées comme cadre d'une systématique moderne. Cette seconde partie s'attache à la morphologie de la fleur et des inflorescences (A. Cano) avant de développer plus longuement la systématique des familles présentant un intérêt pharmaceutique par le nombre ou l’importance de leurs représentants fournissant la matière médicinale: plantes sources de médicaments et plantes médicinales (P.-­A. Loizeau). Les familles tropicales sont mentionnées, mais une place particulière est donnée aux plantes de notre région. Ouvrage de référence : SPICHIGER, R. & al. (2016) : Botanique systématique des plantes à fleurs (éd. 4). Ed. PPUR, Lausanne.

Objectif Donner les bases de la classification phylogénétique des végétaux et des plantes à fleurs. Comprendre la systématique de ces dernières et permettre la reconnaissance des grandes familles de plantes, notamment celles renfermant des plantes médicinales importantes. Savoir utiliser des clés de détermination afin d’être capable d’identifier des spécimens.

14B915 BOTANIQUE SYSTEMATIQUE ET PHARMACEUTIQUE Travaux pratiques / excursions Semestre printemps Nbre d’heures par semaine 4 ECTS 2 + 2 excursions dont une d’une

journée (8h) Nbre d’heures par année 36

Jour vendredi 14h -­ 18h sur la deuxième moitié du semestre Lieu Sciences III, salle TP 5050

Mode d’évaluation Attestation de présence et évaluation des rapports de travaux pratiques Responsable Monsieur P.-­A. LOIZEAU – 022.418.5100 – pierre-­andre.loizeau@unige.ch Enseignant(e)s Monsieur P.-­A LOIZEAU (cc),

A désigner (ass/etu).

Divers Ces travaux pratiques sont obligatoires pour les étudiant(e)s en pharmacie. Plus 2 excursions dont une d’une journée (8h).

Objectif Compléter les connaissances de botanique du cours par l'observation et l'analyse de plantes fraîches, par des exercices de détermination et par des excursions sur le terrain.

89

14B016 BOTANIQUE TROPICALE Semestre printemps Nbre d’heures par semaine 5 jours + 1 répétitoire facultatif ECTS 5 Nbre d’heures par année 40 Jour une semaine pleine, début juillet (la semaine qui suit les examens) Lieu Conservatoire et Jardin Botaniques Mode d’évaluation examen écrit

L'examen écrit porte pour 2/3 sur la partie systématique: les étudiants doivent reconnaître les familles tropicales enseignées sur la base d'images;; ils ont droit à une documentation sommaire (une feuille A4). Le 1/3 restant est une question à développer qui porte sur la partie végétation ou sur les conférences données dans le cadre du cours.

Pré-­requis Systématique et Biodiversité de 2ème année ou équivalent Sessions offertes août-­septembre + rattrapage janvier Responsable Monsieur L. GAUTIER -­ 022.418.5147 – laurent.gautier@ville-­ge.ch Enseignants Monsieur L. GAUTIER (cc) et collaborateur(trice)s. Contenu Etude des familles de plantes tropicales les plus importantes avec effort

principal sur l’identification dans le terrain. Présentation des principaux types de végétation de la zone intertropicale, illustrés par des conférences données par des spécialistes. Un travail pratique en botanique tropicale est donné par le biais du cours « exploitation des collections botaniques (14B021) ».

Objectif Etre à même de déterminer les familles des plantes de la zone tropicale et de reconnaître les principaux types de végétation.

90

13T513 CAMP DE GEOLOGIE Stage terrain Semestre printemps ECTS 5 (3 ECTS pour les biologistes) Jour 12 jours Lieu Le stage a lieu alternativement dans le bassin de Sorbas (Sud Espagne),

dans les Apennins et Elbe (Italie), et dans le bassin de Tremp-­Graus (Nord Espagne). Contacter le responsable pour plus d’informations.

Mode d’évaluation rapport Responsable Monsieur S. CASTELLTORT – 022 379 6616

sebastien.castelltort@unige.ch Enseignant(e)s Messieurs S. CASTELLTORT (pas), K. KOUZMANOV (cc),

A. MOSCARIELLO (po), L. CARICCHI (pas). Contenu Le camp a lieu chaque année au semestre de printemps dans une zone

d’intérêt géologique fondamental et appliqué, et qui est étudiée à travers les différentes disciplines abordées pendant les cours de Bachelor STE (ressources minérales, minéralogie, pétrologie, sédimentologie, stratigraphie, etc…), permettant aux participants d’avoir une vision globale sur les processus géologiques fondamentaux. Les lieux habituellement visités incluent la chaîne des Apennins (Italie), les Pyrénées (Espagne), la zone d’Almeria et le bassin de Sorbas (Espagne).

91

14B047 CELL BIOLOGY JOURNAL CLUB Seminar Periods Autunm/Spring hours per week 1 ECTS 3 hours per year 28 Day Thursdays 9h Place Sciences III, room 2024 Evaluation mode presentation of a publication and questions for department members;;

presentation of a publication with questions or oral exam for external students

Exam session June Person in charge S. CITI -­ 022.379.6182 – sandra.citi@unige.ch Teachers S. CITI (pas), J.-­C. MARTINOU (po), D. PICARD (po), F. STUTZ (po),

P. GUICHARD (past). Miscellaneous This course is intended for fourth-­year Master students, graduate

students and postdocs in the Cell Biology Department. Others interested please contact Dr. S. Citi. The course consists of presentations and discussion of publications by Master and graduate students, post-­docs and other members of the department. The course is given in English.

Contents Current subjects of the literature in cell biology.

Objective The objective of the course is to develop and demonstrate the ability to read, understand, critically analyze and present journal articles published in the field of cell biology.

92

14B018 CHRONOBIOLOGIE Semestres automne/printemps Nbre d’heures par semaine 1 ECTS 3 Nbre d’heures par année 28

Jour mardi 12h15 -­ 13h Lieu Sciences II, salle A100 Mode d’évaluation examen oral Sessions offertes juin + rattrapage août-­septembre Responsable Monsieur R. DEGLI AGOSTI -­ 022.379.0765 -­ robert.degliagosti@unige.ch Enseignants Messieurs R. DEGLI AGOSTI (cc), P. SIMON (cc). Divers L’enseignement est en français, des publications en anglais peuvent être

utilisées. Attention : La première séance d’information du cours aura lieu le mardi 19 septembre 2017 à 12h15 salle A100 Sciences II.

Contenu Rythmes biologiques et mesure du temps chez les êtres vivants – aspects historiques, théoriques, biologiques et moléculaires.

Objectif Appréhender l’organisation des êtres vivants dans le temps.

93

14T003 CIVILISATIONS PREHISTORIQUES : Introduction aux

civilisations préhistoriques Cours obligatoire ou à choix selon la filière pour le bachelor en Archéologie préhistorique et anthropologie Semestre printemps Nbre d’heures par semaine 3 Nbre d’heures par année 42 ECTS 4 Jour à fixer Lieu Uni Carl Vogt Mode d’évaluation présentation orale Sessions offertes juin + rattrapage août-­septembre et février Enseignant(e)s Madame M. BESSE (pas) et collab. Divers Ce cours n’a pas lieu en 2017-­2018. Aura lieu en 2018-­2019.

Contenu Cet enseignement de niveau bachelor vise à donner une introduction

générale à l'étude de sites préhistoriques, des débuts de la fouille archéologique à sa publication. Ce cours s’inscrit dans les projets de recherche dirigés par la Professeure Marie Besse et ses collaborateurs autour de plusieurs fouilles archéologiques en cours (Albanie, Bulgarie, France, Italie, Koweit, Suisse…). Des visites de sites archéologiques sont également organisées.

94

14B020 CLASSIQUES DE LA GENETIQUE MOLECULAIRE (LES) Semestre printemps Nbre d’heures par semaine 3 Nbre d’heures par année 42 ECTS 5 Jour jeudi, horaire à préciser, 2h pleines entre 14 et 20 heures Lieu CMU, salle D02.1754 Mode d’évaluation participation continue et exercices, ou examen oral Sessions offertes juin + rattrapage août-­septembre Répondant Département de biologie moléculaire -­ 022.379.6197 Enseignant Monsieur D. BELIN (po) -­ 022 3795 769. Divers Ce cours est principalement destiné aux étudiant(e)s en biologie et en

biochimie de master, aux étudiant(e)s du master de neurosciences et aux étudiant(e)s en médecine (options du bachelor). Le cours est donné en français, ou en anglais si les participants le désirent (étudiants Erasmus/ étrangers). Inscription avant la rentrée de printemps: dominique.belin@unige.ch Un sondage Doodle sera organisé avant la rentrée pour choisir la tranche horaire qui convient au plus grand nombre.

Contenu La relation gènes-­enzymes L'ADN comme matériel génétique Origine des mutations Les mutants conditionnels Définition moléculaire du gène Le code génétique Mutations et suppresseurs Mutations conditionnelles : génomes et développement Régulations négative (opéron lactose) et positive (régulon arabinose) de l'expression des gènes. Les PDF des articles sont sur le site Chamilo du cours

Objectif découvrir des articles classiques qui ont fondé la biologie moléculaire.

Exercices liés au cours

95

7414D COGNITION COMPAREE: AUX ORIGINES DE L'ESPRIT Cours à choix de 2ème et 3ème années Cours dispensé par la Faculté de psychologie et des sciences de l'éducation Semestre printemps Nbre d’heures par semaine 2 ECTS 3 Nbre d’heures par année 28 Jour mercredi 8h15-­9h45 Lieu Uni Mail, salle 1160 (sous réserve: voir site du cours, indiqué ci-­dessous) Mode d’évaluation examen oral Sessions offertes juin + rattrapage août-­septembre Responsable Monsieur R. MAURER -­ 022.379.9120 -­ roland.maurer@unige.ch Enseignant Monsieur R. MAURER (mer). Divers La page web http://ethologie.unige.ch donne accès aux ressources du

cours et aux informations pratiques.

Contenu Le cours explorera les similitudes et différences entre cognition humaine et infra-­humaine. Pour cela, une première partie du cours résumera l'évolution des cerveaux depuis les débuts de l'évolution jusqu'à nos jours. La seconde partie du cours montrera, au travers de compétences de base en orientation spatiale, l'analogie de traitement qui existe même entre arthropodes (notamment insectes hyménoptères) et vertébrés (dont l'être humain);; chez les uns et les autres, le traitement du mouvement propre, lors des trajets d'exploration, est un élément crucial de la construction des représentations spatiales, comme il l'était chez les marins lors de la navigation à l'estime. La troisième partie du cours, la plus importante, mettra l'accent sur la comparaison entre l'être humain et les primates non humains, que ce soit en ce qui concerne la compréhension du monde physique (théorie de la causalité physique), la compréhension du monde social (théorie de l'esprit), ou le traitement symbolique (langage). L'évolution des hominidés et de leurs compétences, telles que l'on peut se les représenter, sera également abordée dans le même chapitre.

Objectif Pouvoir situer le traitement de l'information chez l'humain dans la continuité de ce qu'il est chez l'animal. Mieux comprendre les mécanismes cognitifs humains à la lumière de ce qu'ils sont chez l'animal.

96

10S010 COMMUNICATION SCIENTIFIQUE ET MEDICALE :

acteurs et moyens Semestre printemps Nbre d’heures par semaine 2 ECTS 3 Nbre d’heures par année 28 Jour mardi 8h15 -­ 10h Lieu Uni Mail, salle 3220 Mode d’évaluation examen oral Sessions offertes juin + rattrapage août-­septembre Pré-­requis 2ème année universitaire Responsable Madame B. PELLEGRINI -­ 079.201.83.50 -­ beatrice.pellegrini@ville-­ge.ch Enseignante Madame B. PELLEGRINI (cc). Contenu L’objectif du cours est de familiariser les étudiants aux enjeux et à la

pratique de la communication scientifique et médicale. L’essentiel du cours sera basé sur une description concrète des interactions qui lient -­ ou séparent -­ les différents acteurs de la communication scientifique, les trois principaux étant : les chercheurs, le médiateurs et les publics. Les canaux de diffusion de la communication scientifique seront ensuite détaillés : l’écrit, le parler, l’image, ainsi que des combinaisons de ces trois moyens (médias, musées, Internet, méthodes participatives, événementiels, etc.). Enfin, nous choisirons des thèmes qui ont été traités par différents canaux pour comparer les approches et les influences des acteurs.

Objectif Le but de ce cours est de favoriser soit une entrée sur un terrain d’étude (futurs chercheurs dans ce domaine), soit une entrée dans le monde professionnel de la communication scientifique.

97

14B024 COMPRENDRE LA COMPLEXITE ET LA DIVERSITE

BIOLOGIQUES Cours à choix restreint 3ème année Semestre printemps Nbre d’heures par semaine 2 ECTS 3 Nbre d’heures par année 28 Jour mardi 18h15 -­ 20h Lieu Sciences III, salle 4059 Mode d’évaluation Examen oral Responsables M. Michel MILINKOVITCH -­ 022.379.33 38-­ michel.milinkovitch@unige.ch Enseignant(e)s M. Michel MILINKOVITCH (po), A. TZIKA (ma). Divers S’annoncer par email au responsable est demandé, indépendamment

de l’inscription officielle. Le cours est ouvert aux 3èmes années en biochimie, ou en physique comme cours à choix, et pour les étudiants de master et étudiants diplômés.

Contenu La cellule, l’embryon en développement, le cerveau, les colonies

d’organismes, et les écosystèmes sont quelques exemples de « systèmes complexes adaptatifs » : ils comportent de nombreux éléments qui interagissent de manière non-­linéaire et ils ont la capacité de calculer et d’apprendre. Nous discuterons les concepts majeurs responsables de l’émergence de l’ordre, de la complexité et de la diversité dans les systèmes biologiques : théorie de l’information, mécanique statistique, thermodynamique, paysages adaptatifs, algorithmes génétiques, auto-­organisation, intelligence distribuée, modularité, etc. Nous discuterons aussi des outils utilisés pour étudier ces concepts : modélisation mathématique, simulations numériques, vie artificielle, etc

Objectif Faire prendre conscience aux étudiants de l’importance centrale des processus auto-­organisationnels dans l’émergence de la complexité et de la diversité du vivant.

98

14B672 COMPUTER SKILLS FOR BIOLOGICAL RESEARCH :

an introduction to GNU/Linux and bash scripting Compulsory cours for the option « BioInformatics and Data Analysis in Biology» of the master Period Autumn Nber of hours per weeks 24 ECTS 3 ECTS

(PhD: 2 ECTS) Nber of hours per year 24

Day August 28 to 31, 2018 Place Anthropology Unit, Sciences II, room 4-­419,

30 quai Ernest Ansermet, 1205 Genève Requirements Written report + oral examination on the basis of the exercises. Persons in charge M. CURRAT (mer) -­ 022.379.69.79/67, mathias.currat@unige.ch

J.M. NUNES (ce) – 022.379.36.83/ 67, jose.deabreununes@unige.ch Teachers M. CURRAT (mer), J.M. NUNES (ce),

J. RIO (as), T. GOEURY (as), M. MOUTERDE (as).

Miscellaneous This course is given in english. The number of places is limited (max. 20) Please register by sending an e-­mail to: mathias.currat@unige.ch

Contents This course intends to present useful computer tools and techniques for

young researchers in biology that substantially extend basic computer knowledge acquired at undergraduate levels. The course concentrates on GNU/Linux environment and tools because it is powerful, free and easy to install in any kind of computer. Moreover, most of the computer clusters available for scientists run Linux. The course is intended for beginners and for more advanced people, its level of complexity increasing through the four days. Basic knowledge in computing and programming is a plus but is not mandatory. The first part of the course will consist in learning the basic of GNU/Linux: installation of the environment, useful shell commands to work with text files, simple command lines and the use of regular expressions, pipes, and short scripts. The second part will consist in developing more complex scripts, as well as exercises using a computer cluster. The training will provide a minimal theoretical basis in each of the topics listed below and concentrate on practical aspects through numerous applications. It will confer a working autonomy to solve problems while handling data and conducting data analyses pertinent to the researcher in biology.

Topics: 1.GNU/Linux workstation, shell and command line utilities 2. Programming in the shell 3. Regular expressions 4. Working with computer clusters

Objectif Upon conclusion of the course the attendees are expected to be able to: -­ use comfortably GNU/Linux workstations environments -­ work with shells and write shell scripts, -­ manipulate data files and perform file format conversions, -­ be able to read and write simple regular expressions, -­ use GNU/Linux computer clusters.

99

14CB01 CURRENT TOPICS IN CHEMICAL BIOLOGY AND BIOCHEMISTRY

Compulsory lecture and article discussion course for the master in Chemical Biology

Period Autumn Nber of hours per week 6 ECTS 8 Nber of hours per semester 84 Day & place Monday 13:15 -­15:00 – Sciences II, salle 352

Wednesday 13:15 -­ 15:00 -­ Sciences II, salle 174 Evaluation mode Oral exam in Geneva. Grades will be assessed based on the quality of

the oral paper presentations as well as the discussion related to the papers.

Coordinator

Ph. SIMITSEK – 022 379 64 07 -­ Phaedra.Simitsek@unige.ch

Person in charge R. LOEWITH – 022 379 61 16 -­ robbie.Loewith@unige.ch M. GONZALEZ GAITAN -­ 022 379 6461 marcos.gonzalez@unige.ch

Teachers Experts in Chemical Biology and Biochemistry from the Lemanic area Objectives In this lecture and article discussion course, lecturers will share with

students the cutting edge ideas and technologies being developed in the fields of Chemical Biology and Biochemistry.

Contents -­ Biochemistry of biological membranes -­ Membrane biogenesis and composition -­ Small molecule and other library screening approaches -­ Quantitative mass spectrometry -­ Quantitative and Physical Cell Biology -­ Chemical Probes and tags -­ Super resolution microscopy The courses are given in EnglishE-­Learning: https://chamilo.unige.ch/home/courses/14CB01

100

14F016 DATA MINING FOR PROTEIN FUNCTION PREDICTION Stage short course + practical work Period Spring ECTS 5 Days / Place Please contact lydie.lane@isb-­sib.ch Prerequisites Elements of Bioinformatics (14F001) is obligatory Evaluation mode Written exam

The students will write a report detailing what they did in terms of analysis tools and resources mined, and summarizing their findings on their assigned protein. Due date of the report: end of May.

Persons in charge A. BAIROCH -­ 022.379.5860 – amos.bairoch@unige.ch

L. LANE – 022.379.58.41 -­ lydie.lane@isb-­sib.ch Teachers A. BAIROCH (po), L. Lane (suppl. collab. Sc.)

Objective The students will be each assigned a human protein sequence entry from

neXtProt with no functional characterization and no trivial way to predict its function from its sequence. The goal of the assignment is to use both sequence analysis tools and on-­line resources to predict and extract as much clues as possible that could help unravel the function of these proteins.

Contents -­ Use of a wide palette of sequence analysis tools to predict sequence features as well as secondary and 3D structure elements. -­ Use of data mining predictive tools (co-­expression analysis, STRING, etc). -­ Extraction of information from repositories (micro-­array, proteomics, protein/protein interaction, etc). -­ As we will select proteins that are conserved more or less deeply in evolution, it will also be useful to look up different model organism databases (MODs) to find information pertinent to the orthologs or paralogs of these proteins.

101

74144 ECO-­ETHOLOGIE : EVOLUTION PHYLOGENETIQUE DES

COMPORTEMENTS Cours dispensé par la Faculté de psychologie et des sciences de l'éducation Semestre automne Nbre d’heures par semaine 2 ECTS 3 Nbre d’heures par année 28 Jour mercredi 8h15 -­ 9h45 Lieu Uni Dufour, U600 (sous réserve: voir site du cours, indiqué ci-­dessous) Mode d’évaluation examen oral Sessions offertes janvier + rattrapage août-­septembre (et juin si le règlement d'études de

l'étudiant le permet) Responsable Monsieur R. MAURER -­ 022.379.9120 -­ roland.maurer@unige.ch Enseignant Monsieur R. MAURER (mer). Divers La page web http://ethologie.unige.ch donne accès aux ressources du

cours et aux informations pratiques.

Contenu D'où viennent nos comportements? Sont-­ils uniquement dus aux influences socioculturelles à l'œuvre durant le développement de l'individu? Ou sont-­ils aussi colorés par la biologie de l'être humain? Le cours apporte en réponse des éléments généraux de biologie du comportement (animal et humain), mais son accent principal porte sur l'éco-­éthologie (étude de l'influence du milieu, en particulier du milieu social, sur l'évolution du comportement). Il y sera question de sélection naturelle, de sélection sexuelle (pourquoi certains oiseaux ont-­ils des comportements de cour si complexes? et quel lien avec certaines préférences des humains lorsqu'il s'agit de trouver un partenaire?), de stratégies reproductrices (certains singes pratiquent l'infanticide: est-­ce une pathologie? et quel lien avec la maltraitance dans nos sociétés?), d'égoïsme et d'altruisme… On y verra donc quels sont les mécanismes qui ont agi sur les comportements lors de l'évolution (darwinienne) des espèces, mécanismes dont les effets persistent à ce jour, même chez l'être humain. La compréhension de ces mécanismes chez l'animal nous donnera au passage les clés nécessaires pour aborder, chez l'humain, les mécanismes qui sont l'objet d'étude de la psychologie évolutionniste.

Objectif Comprendre d'où viennent les comportements et les cerveaux qui les permettent. Maîtriser suffisamment les concepts de base de l'évolution biologique pour comprendre la raison d'être de certains comportements chez l'animal et l'humain.

102

13B007A ECOLOGIE I Cours à choix restreint de 3ème année Semestres automne Nbre d’heures par semaine 2 ECTS 3 (3ème année bachelor en biologie) Nbre d’heures par année 28 Jour & lieu lundi 8h15 – 10h

Sciences III, salle 1S059 Mode d’évaluation examen écrit Sessions offertes Janvier-­février + rattrapage août-­septembre Responsable Monsieur B. IBELINGS –022.379.0313 – bastiaan.ibelings@unige.ch Enseignants Messieurs B. IBELINGS (po), E. CASTELLA (mer), A. LEHMANN (pas),

N. RAY (cc), P.VENAIL (ma) Divers Etudiants en biologie.

Egalement pour les étudiants en sciences de la Terre et de l’environnement bachelor 3e année. Le cours pris par les étudiants en biologie comme cours à choix restreint de 3ème année, doit être suivi dans son intégralité (semestre d’automne et de printemps) pour obtenir 6 ECTS. La note finale est alors la moyenne des deux notes des semestres d’automne et de printemps.

Contenu Introduction -­ Qu’est-­ce que l’écologie ? (écologie = écologisme) -­ Concepts clés: niche, habitat, écosystème etc.

Conditions et ressources -­ Disponibilité des ressources -­ Compétition -­ Espace géographique, distribution des espèces

Individus, populations, communautés et écosystèmes -­ Naissance et mort, reproduction -­ Compétition interspécifique -­ Prédation, broutage et parasitisme -­ Dynamique des populations -­ Succession -­ Réseau trophique -­ Biodiversité (gènes, espèces, traits, écosystèmes)

Questions appliquées en écologie -­ Développement durable -­ Transitions critiques -­ Pertes de diversité -­ Changements globaux -­ Dégradation des habitats -­ Services écosystémiques -­ Conservation de la nature

Objectif Le but de ce cours est l’enseignement des bases théoriques de l’écologie.

103

13B007P ECOLOGIE II Cours à choix restreint de 3ème année Semestres printemps Nbre d’heures par semaine 2 ECTS 3 (3ème année bachelor biologie) Nbre d’heures par année 28 Jour & lieu lundi 8h15 – 10h

Sciences III, salle 1S059 Mode d’évaluation examen écrit Sessions offertes juin + rattrapage août-­septembre Responsable Monsieur B. IBELINGS –022.379.0313 – bastiaan.ibelings@unige.ch Enseignants Messieurs B. IBELINGS (po), E. CASTELLA (mer), A. LEHMANN (pas),

N. RAY (cc), P. VENAIL (ma) Divers Le cours pris par les étudiants en biologie comme cours à choix

restreint de 3ème année, doit être suivi dans son intégralité (semestre d’automne et de printemps) pour obtenir 6 ECTS. La note finale est alors la moyenne des deux notes des semestres d’automne et de printemps.

Contenu Conditions, ressources et les communautés du monde -­ Biomes terrestres -­ Environnements aquatiques

Naissance, mort et mouvement -­ Cycles de vie -­ Compétition intraspécifique -­ Migration et dispersions -­ Connectivité dans la nature

Compétition interspécifique -­ Principe d`exclusion compétitive -­ Coexistence -­ Niche fondamental vs réalisée -­ Lotka Volterra -­ Structure spatiale

Prédation -­ Consommateurs -­ Symbiose -­ Prédateurs, brouteurs, parasites -­ Largeur du régime alimentaire -­ Cycles prédateurs -­ proies -­ Metapopulations

Objectif Le but de ce cours est l’enseignement des bases théoriques de l’écologie, avancé par rapport à Ecologie 1

104

13B907 ECOLOGIE Travaux pratiques à choix restreint de 3ème année

Semestre printemps -­ 3 semaines Nbre d’heures par jour 4 ECTS 3 Nbre d’heures par année 60 Jours 12 mars au 29 mars 2018 Lieu Sciences III, salle 0059 et Atelier informatique – Bâtiment Carl Vogt, 66

Blvd Carl Vogt, Genève Mode d’évaluation Présentations orales durant les TP et rapport de stage Pré-­requis Suivre le cours d’écologie (13B007) Responsable Monsieur B. IBELINGS -­ 022 379 0313 Bastiaan.Ibelings@unige.ch Enseignants Messieurs B. IBELINGS (po), A. LEHMANN (pa), N. RAY (cc),

E. CASTELLA (mer), D. McCRAE (att rec), P. VENAIL (ma) Divers L'inscription aux travaux pratiques à choix restreint est obligatoire.

Le formulaire d'inscription est à téléchargé sur le site internet de Biologie et devra être remis au secrétariat de la Section de biologie, SCIII, 2ème étage, bureau 2004A, avant la fin avril de la deuxième année du bachelor.

Contenu Chacune des trois semaines correspond à une thématique différente, permettant de prolonger par la pratique certains aspects développés dans le cours: Thème 1 (responsable B. Ibelings) : Evolution et diversité biologique. Nous démontrerons la capacité de l'évolution à engendrer de la diversité biologique à partir d'un point de départ homogène. L'évolution en action devant vos yeux! Des expériences d'évolution expérimentale seront menées à partir de la bactérie Pseudomonas fluorescent. Ces expériences permettent de visualiser le rôle de concepts clefs (niche, exclusion compétitive, hétérogénéité environnementale) dans le maintien de la diversité. Elles permettent également d'enseigner aux étudiants les bases d'études microbiologiques. Thème 2 (responsables A. Lehmann & N. Ray) : L'écologie et la modélisation sur ordinateurs Nous nous pencherons sur l'analyse spatiale des données écologiques qui permet d'appréhender sous forme de cartes les grands enjeux de l'écologie. Nous explorons la source et les enjeux autour des données biotiques et abiotiques à différentes échelles, puis comment nous pouvons modéliser la distribution potentielle des espèces, pour enfin informer les décideurs sur les meilleurs sites à mettre en protection pour préserver la biodiversité. Thème 3 (responsable E. Castella) : Des relevés de terrain à l'évaluation écologique Ce thème sert à illustrer deux notions importantes en écologie des communautés : -­ les relations entre la composition d’une communauté, son habitat et les ressources trophiques disponibles, -­ la diversité des mesures de diversité. Les communautés d’invertébrés aquatiques sont étudiées dans deux stations appartenant à deux cours d’eau du bassin genevois. Quelques techniques d’analyse de données appliquées à l'écologie sont également introduites.

105

14E159 ECOLOGIE DES SYSTEMES FLUVIAUX Travaux pratiques Semestre printemps -­ 5 jours Nbre d’heures par semaine 40 ECTS 3 Nbre d’heures par année 40 Jours 9-­13 ou 16-­20 avril 2018. A préciser Lieu Maison des Isles du Rhône, Brégnier-­Cordon (France) Mode d’évaluation rapport de stage noté Responsable Monsieur E. CASTELLA -­ 022.379.0485 -­ emmanuel.castella@unige.ch Enseignant(e)s Messieurs E. CASTELLA (mer), D. McCRAE (as tech.), P. MARLE (ass). Divers L'inscription obligatoire auprès de E. CASTELLA est à faire

avant la mi-­mars. Une participation de 130 CHF (transport, hébergement, nourriture) est demandée.

Contenu Ces travaux pratiques se déroulent sous la forme d’un stage de 5 jours dans la plaine du Rhône à Brégnier-­Cordon (France). Ils proposent l’étude des écosystèmes aquatiques associés à un grand fleuve dans sa plaine alluviale ainsi qu’une découverte des techniques de restauration hydrologique et écologique d’un grand fleuve (Programme décennal de restauration du Rhône français). Pour des milieux aquatiques alluviaux présentant différents degrés de connexion au fleuve, sont effectués : une description de la structure de l’habitat et des relevés de végétation aquatique, des prélèvements d’invertébrés et leur détermination, des analyses physico-­chimiques de l'eau, l’analyse et l’interprétation des données en comparaison avec des données anciennes, la discussion des modifications par l’homme du système fluvial (impacts anciens, restauration, propagation des espèces invasives).

106

14B026 ECOLOGIE MOLECULAIRE MICROBIENNE Chapitres choisis Semestre printemps Nbre d’heures par semaine 40 ECTS 4 Nbre d’heures par année 40 Jours 5 jours à fixer Lieu Centre de Biologie Alpine de Piora Mode d’évaluation rapport de stage Responsables Monsieur M.TONOLLA – 091.814.60.74 -­ mauro.tonolla@supsi.ch

Monsieur R. PEDUZZI – 079.201.9642 -­ raffaele.peduzzi@cadagno.ch Enseignant(e)s R. PEDUZZI (pas -­retraité),

M. TONOLLA (cc). Divers N’A PAS LIEU EN 2017/2018

Contenu Les progrès récents de la biologie mettent l’accent sur le rôle central des

microorganismes, aussi bien dans la structuration passée et présente des environnements, que dans la nature de nombre de phénomènes biologiques. Le programme peut être actualisé selon les pôles de recherche des scientifiques intervenant comme enseignants. Par exemple, des thèmes qui ont été présentés était « Biologie de l’extrême : milieu alpin et milieu marin » et « Milieux alpins et changement global ».

Objectif Approfondissements de thèmes choisis d’écologie microbienne, en particulier au travers des outils de la biologie moléculaire.

107

14E187 ECOSYSTEMS SERVICES : A NEW TOOL FOR

SUSTAINABLE DEVELOPMENT Semestre automne Nbre d’heures par semaine 2 ECTS 3 Nbre d’heures par année 28 Jours Jeudi 14h15 – 16h Lieu Sciences II, salle 457 Mode d’évaluation Nombreux petits quizzes, travaux, présentations. Responsable Monsieur M. SCHLAEPFER – 022 379 0801 – martin.schlaepfer@unige.ch Enseignant(e)s Messieurs A. LEHMANN (pas), M. SCHLAEPFER (cc)

Madame J. FALL (po) Contenu Ecosystem Services: a tool for sustainable development is a Master-­level

course open to all students of the University of Geneva. Ecosystem services are a way of thinking about -­ and evaluating -­ the goods and services provided by nature that contribute to the well-­being of humans. Examples include marketable goods such as timber and fish, as well as non-­market services like the natural purification of water by wetlands, the inherent value of species, and cultural value of traditional landscapes. In the last decade there has been a surge of interest in managing natural resources according to what is now called the ecosystem services approach. Two significant benefits of this approach include the ability to formally integrate non-­market values into cost-­benefit analyses, and to predict how services will be affected under future management. Numerous organizations and governments (including Switzerland's) are exploring this approach as a way to reduce negative externalities and promote intra-­ and intergenerational fairness. This course seeks to provide an introduction of the ecosystem services method through a mixture of theory and applied case-­studies.

Objectif Students who diligently read assigned articles, complete assignments, and participate in laboratory exercises will be able to: 1. Put into practice the ecosystem services approach, including the ability to identify and value the ecosystem services associated with a given perimeter;; 2. Appreciate the socio-­historic context from which this method emerged, as well as the strengths and limitations of the method;; 3. Analyse and translate information pertaining to ecosystem services into a Geographical Information System (GIS) platform;; and 4. Identify situations in which the ecosystem services method is likely to provide added-­value to current management approaches.

108

14C003 ELEMENTS D’ENDOCRINOLOGIE MOLECULAIRE Cours à choix restreint de 3ème année Semestres automne/printemps Nbre d’heures par semaine 2 ECTS 6 Nbre d’heures par année 50 Jour jeudi 12h30 -­ 14h Lieu Sciences III, salle 1S081 Mode d’évaluation examen oral Niveau cours à option pour biochimistes de 3ème année et de master

cours à choix restreint pour biologistes de 3ème année et de master cours à option pour médecins de 2ème et 3ème années

Sessions offertes juin + rattrapage août-­septembre Responsables M. Michel ROSSIER -­ 027.603.48.20 – michel.rossier@hopitalvs.ch

(Fac. Sciences) Mme Ariane DE AGOSTINI – 022.372.49.10 Ariane.Deagostini@unige.ch (Fac. Médecine)

Enseignant(e)s Mesdames Ariane DE AGOSTINI (pd), Valérie SCHWITZGEBEL (pas),

Laurence BAYER (ma), Charna DIBNER (ma), Marie COHEN (pas),

Messieurs Michel ROSSIER (pd), Serge NEF (pas), Serge FERRARI (pas), Michelangelo FOTI (mer), Serge RUDAZ (pas)

Objectifs Ce cours traite de la biochimie des hormones, de leur biosynthèse, de

leur métabolisme, de leur régulation et de leur mode d’action au niveau des récepteurs et des messagers intracellulaires. Si l’accent est mis sur les aspects biochimiques et moléculaires de l’action des hormones, ce cours traite également des aspects généraux de l’endocrinologie et des techniques couramment utilisées en hormonologie. Les divers systèmes endocriniens sont présentés systématiquement, et différents contextes physiologiques et physiopathologiques sont discutés. Par exemple, les conséquences de certaines mutations génétiques responsables de pathologies endocriniennes sont traitées et les phénotypes associés chez l’homme ou l’animal sont discutés.

Contenu Les chapitres suivants sont traités dans le cours: -­ Les bases générales de l’endocrinologie et de l’hormonologie -­ Les récepteurs hormonaux et la signalisation intracellulaire -­ La structure et la biosynthèse des hormones stéroïdes et peptidiques -­ Le contrôle hormonal de la reproduction et la différentiation sexuelle -­ La fonction thyroïdienne -­ Les surrénales et l’homéostasie de l’eau et des électrolytes -­ Le contrôle hormonal du métabolisme phosphocalcique -­ Le contrôle hormonal du métabolisme du glucose et des lipides -­ Le contrôle neuroendocrine du métabolisme énergétique -­ Les perturbateurs endocriniens -­ La chronobiologie des hormones et le comportement -­ Le contrôle du dopage

Documentation and bibliography: Syllabus. E-­learning : https://chamilo.unige.ch/

109

14F001 ELEMENTS OF BIOINFORMATICS Compulsory course for the option « Bioinformatics and Data Analysis in Biology» of the master Period Autumn Nber of hours per week +

1h exercises 3

ECTS 5 Nber of hours per year 56 Day Monday 8:15 – 12:00 Place CMU – room > please see the website to get information :

https://chamilo.unige.ch/home/courses/14F001/ Evaluation mode Oral exam Exam sessions January-­February, June + August-­September Persons in charge A. BAIROCH -­ 022.379.5860 – amos.bairoch@unige.ch

M.-­C. BLATTER -­ 022.379.4931 -­ marie-­claude.blatter@isb-­sib.ch Teachers M.-­C. BLATTER (coll. scientifique),

A. BAIROCH (po), and collab. Miscellaneous Course given in English.

The purpose of this course is to give an overview of the principal bioinformatic tools and databases which are used in genomics, transcriptomics and proteomics. A special emphasis will be given to biological databases and in silico protein sequence analysis (theory and practical work).

Contents Biological databases. Introduction to genomics and transcriptomics. Gene prediction. Protein primary sequence analysis. Domain detection: patterns and profiles. Post-­translational modifications: description and prediction. Similarity searches (pairwise alignment, BLAST). Multiple sequence alignments. Introduction to 3D structure analysis. Introduction to system biology.

110

14F012 ELEMENTS OF PROTEOMICS AND METABOLOMICS :

Translation to human Diseases

Period Autumn Nber of hours per week 2 ECTS 3 Nber of hours per year 28 Day Thursday 14:15 – 16:00 Place CMU – room E09.2753.a Evaluation mode Oral exam Exam sessions January-­February + catching August-­September Person in charge J.-­C. SANCHEZ -­ 022.379.5486 – Jean-­Charles.Sanchez@unige.ch

Teacher J.-­C. SANCHEZ (pas) and collaborators. Miscellaneous Course given in English.

The purpose of this course is to give an overview of the principal tools, which are used in proteomics and metabolics. A special emphasis will be given to methods to discover new disease biomarkers as well as applications of proteomics and metabolomics to unravel multifactorial diseases.

Contents Electrophoretic separation SDS-­PAGE, IEF, 2-­DE, CE Chromatograpic separation compled to mass spectrometry Protein detection and quantitation MS-­based and gel-­based methods Mass spectrometry profilin, identification and imaging How to decrease complexity, Sub-­cellular and Protein fractionation Different diseases will exemplified (Diabetes, Neurodegenerative Diseases, Stroke).

111

14B028 ETHNOARCHEOLOGIE Cours obligatoire pour le master en archéologie préhistorique Semestre automne Nbre d’heures par semaine 2 ECTS 3 Nbre d’heures par année 28 Jour lundi 10h – 12h

Lieu Sciences II, salle 457

Mode d’évaluation examen oral Sessions offertes janvier-­février + rattrapage août-­septembre Responsable Madame A. MAYOR – 022 379 69 49 – anne.mayor@unige.ch Enseignant(e)s Madame A. MAYOR (cc),

Monsieur E. HUYSECOM (pas).

Divers A LIEU TOUS LES DEUX ANS.

A LIEU AU SEMESTRE D’AUTOMNE 2017

Contenu L’ethnoarchéologie est une stratégie expérimentale de compréhension des faits archéologiques qui repose sur l’analyse de ces faits dans des cultures vivantes et qui permet, grâce au concept d’analogie comportementale, de résoudre certains problèmes d’interprétation. Ce cours comprend une première partie théorique présentant un historique du comparatisme ethnographique et l'évolution de la démarche interprétative en archéologie, les mécanismes de l'interprétation et l'opposition entre scénarios, mécanismes et régularités permettant d’articuler l’approche du général et du particulier. La seconde partie présente des études de cas illustrant la méthode, tels que l'interprétation de la métallurgie du fer, des habitats palafittiques, de la céramique tournée ou de l'art rupestre. La dernière partie détaille à titre d'exemple les recherches de l'équipe africaniste du Laboratoire Archéologie et Peuplement de l’Afrique (APA) sur les relations entre traditions céramiques et identités au Mali.

Objectif L’objectif du cours vise à familiariser les étudiants à la démarche ethnoarchéologique et à la question de l’interprétation en archéologie, à l’aide de présentations théoriques et méthodologiques et d’illustrations à l’aide d’études exemplaires dans le domaine.

14B728 ETHNOARCHEOLOGIE -­ séminaire Semestre automne Nbre d’heures par semaine 2 ECTS 3 Nbre d’heures par année 28 Jour lundi 12h00 – 13h00 + 1h consacrée à du travail personnel Lieu Sciences II, salle 457

Responsable Madame A. MAYOR – 022 379 69 49 – anne.mayor@unige.ch Enseignant(e)s Madame A. MAYOR (cc)

Monsieur Th. PELMOINE (as) Divers A LIEU TOUS LES DEUX ANS.

A LIEU AU SEMESTRE D’AUTOMNE 2017

Contenu Les sujets traités sont en relation avec le cours n°14B028.

Objectif L’objectif est de mettre en pratique les bases méthodologiques présentées au cours par l’étude d’objets, de documentation de terrain ou de données bibliographiques. Le thème de cette année sera centré sur l’étude de l’architecture.

112

14B029 ETHNOLOGIE Cours obligatoire pour le bachelor en biologie orientation préhistoire Semestre automne Nbre d’heures par semaine 2 ECTS 3 Nbre d’heures par année 28 Jour lundi 10h15 – 12h Lieu Sciences II, salle 457 Mode d’évaluation examen oral Sessions offertes janvier-­février + rattrapage août-­septembre Responsable Madame A. MAYOR – 022 379 69 49 – anne.mayor@unige.ch Enseignant(e)s Madame A. MAYOR (cc), Monsieur N. HUBERT Van BLYENBURGH (cc),

et intervenants extérieurs. Divers Ce cours est destiné aux étudiants de biologie et d'archéologie et ouvert

aux étudiants d’autres facultés. A LIEU TOUS LES DEUX ANS. N’A PAS LIEU AU SEMESTRE D’AUTOMNE 2017

Contenu Cet enseignement constitue une introduction à l'anthropologie culturelle. Il introduit les courants généraux de l’anthropologie culturelle, l’histoire de leur élaboration, ainsi que ses principaux acteurs et domaines d’étude (le social, le politique, l’économique, le religieux, le symbolique, le technique, etc.). Il propose une analyse critique de concepts tels que la race et l’ethnie et développe la relation complexe entre cultures matérielles et identités. Il introduit enfin l’enquête de terrain, qu’il illustre à l’aide de plusieurs exemples concrets.

Objectif L’objectif du cours est d’offrir aux étudiants de tous horizons une initiation aux concepts, aux courants de pensée et aux grands domaines de l’ethnologie.

14B729 ETHNOLOGIE Séminaire Semestre automne Nbre d’heures par semaine 2 ECTS 3 Nbre d’heures par année 28 Mode d’évaluation travail personnel Responsable Madame A. MAYOR – 022 379 69 49 – anne.mayor@unige.ch Enseignant(e)s Madame A. MAYOR (cc), et collaborateurs. Divers Contacter la responsable pour définir un sujet.

A LIEU TOUS LES DEUX ANS. N’A PAS LIEU AU SEMESTRE D’AUTOMNE 2017

Contenu Travail personnel sur un sujet en relation avec le cours.

Objectif L’objectif du séminaire est d’offrir la possibilité aux étudiants d’approfondir un sujet choisi en accord avec les enseignants par un travail personnel.

113

14B030 EVOLUTION HUMAINE : histoire des représentations

scientifiques des origines et de la diversité des humains

Cours à choix de 2ème et 3ème année Semestre printemps Nbre d’heures par semaine 2 ECTS 3 Nbre d’heures par année 28 Jour vendredi 10h15 -­12h Lieu Sciences II, salle 449 Mode d’évaluation examen oral, répondre de manière structurée et synthétique à une

question d’ordre général portant sur des aspects conceptuels fondamentaux de l’ensemble du cours.

Sessions offertes juin-­juillet + rattrapage août-­septembre Responsable Monsieur N. HUBERT Van BLYENBURGH -­ 022.379.6978

ninian.hubert@unige.ch Enseignant Monsieur N. HUBERT Van BLYENBURGH (cc). Divers Ce cours ne nécessite pas de niveau préalable en biologie ou

mathématiques. Il est ouvert au public.

Objectifs Comprendre la construction des connaissances scientifiques actuelles sur l’origine et la diversité biologique et culturelle de notre espèce. Identifier les conceptions-­clé de l’anthropologie biologique et culturelle. Comprendre la place des conceptions scientifiques, et plus particulièrement celles de la biologie, dans l’élaboration des connaissances de base sur notre propre espèce. Comprendre les enjeux de société de ces connaissances et leur influence sur l’élaboration des représentations collectives à propos de notre espèce.

Contenu Cet enseignement propose à la fois un parcours historique et un état des lieux de la construction de la connaissance scientifique sur notre espèce, ses origines, sa spécificité et sa diversité. Il discute les obstacles épistémologiques, préceptes « moraux » et préjugés qu’il a fallu dépasser pour que s’opère la prise de distance nécessaire à une compréhension scientifique du phénomène humain. Oragnisé en septs chapitres, il propose un inventaire des conceptions-­clefs produits par des disciplines comme la paléontologie, la génétique des populations, la neurobiologie, la psychologie sociale et l’anthropologie culturelle qui définissent notre espèce. Il montre qui si certaines de ces conceptions ont parfois été proposées il y a longtemps déjà par des philosophes et/ou scientifiques clairvoyants, elles sont encore souvent mal acceptées ou mal comprises parce qu’elles heurtent le sens commun. C’est pourquoi elles devraient faire partie de toute culture générale. Le cours « Evolution humaine, histoire des représentations » montre également que de tous les sujets qui ont fait l’objet d’un questionnement scientifique, l’étude de notre propre espèce est certainement celui qui a connu les controverses les plus violentes et les dérives les plus inquiétantes. Il est à ce titre un des champs disciplinaires les plus démonstratifs de la soumission de la pensée aux préjugés, dogmes et mythes anciens ou récents. Pour cette raison, l’étude de la diversité et des origines des humains est aussi exemplaire de la manière dont le savoir scientifique se construit.

114

14B021 EXPLOITATION DES COLLECTIONS BOTANIQUES

Semestres automne/printemps Nbre d’heures par semaine 4 ECTS 5 Nbre d’heures par année 80 Jour travail individuel, horaire à fixer avec l’étudiant(e) Lieu Conservatoire et jardin botaniques Mode d’évaluation rapport Pré-­requis Systématique de 2ème année Responsables Messieurs

Ph. CLERC (cryptogames) -­ 022 418 51 28 -­ philippe.clerc@cjb.ville-­ge.ch et L. GAUTIER (phanérogames) -­ 022 418 51 47 -­ laurent.gautier@cjb.ville-­ge.ch

Enseignant(e)s Madame M. PRICE (cc),

Messieurs Ph. CLERC (cc), L. GAUTIER (cc), F. STAUFFER (cc). Contenu Identification, détermination et gestion des plantes et des champignons

conservés en herbier. Approche pratique dans le domaine de la flore suisse, méditerranéenne et tropicale, à déterminer en accord avec les enseignants.

Objectif Apprendre à extraire et utiliser les données contenues dans un herbier.

115

14B642 FAUNE GENEVOISE

Semestre printemps Nbre d’heures par semaine 45 ECTS 4 Nbre d’heures par année 45 Jour bloc, du 14 au 18 mai 2018 (y compris une soirée) Lieu Muséum d’histoire naturelle et extérieur Mode d’évaluation rapport écrit Pré-­requis cours « 14B005 Biodiversité » (recommandé) Responsables Monsieur M. RUEDI -­ 022 418 6320 – manuel.ruedi@ville-­ge.ch &

Monsieur J. MARIAUX -­ 022 418 6343 – jean.mariaux@unige.ch Enseignants M. RUEDI (cc) et collaborateurs du Muséum Divers Inscription par email auprès des enseignants requise au plus tard

le 30 octobre 2017. Le nombre de places est limité à 10. La priorité sera donnée aux étudiants qui sont inscrits en Master orientation Biodiversité et Systématique et qui ont suivi le cours 14B005 Biodiversité. Le cours n’est organisé que si une participation minimale de 4 étudiants est atteinte le 30.10.2017.

Contenu Introduction à la biodiversité régionale -­ des méthodes d’échantillonnage et la détermination jusqu’à l’incorporation de spécimens dans les collections du Muséum -­ à travers l’étude de quelques grands groupes zoologiques représentatifs de la faune locale qui correspondent aux spécialités des enseignants (p.ex. arachnides, hémiptères, papillons de nuits, poissons, coléoptères, micromammifères). Une importante partie du cours sera donnée sur le terrain. L’enseignement sera donné en français ou en anglais.

Objectif Initiation à la systématique de la faune locale. Initiation à la rédaction d’un article scientifique.

116

14B008 FLORE ET VÉGÉTATION : Cartographie, analyses et indicateurs

Cours à choix de 2ème et 3ème années Semestre printemps ECTS 2 Nbre de jours par semaine 3 Nbre d’heures par année 23 Jours mercredi 2 mai, 16h15-­19h

mercredi 9 mai, 16h15-­19h mercredi 16 mai, 16h15-­19h mercredi 23 mai, 16h15-­19h mercredi 30 mai : 16h15-­19h Une journée d'excursion entre mai et juin, date à convenir.

Lieu Conservatoire et Jardin botaniques de la Ville de Genève, salle de séminaire de la Console (192 rue de Lausanne à Genève)

Mode d’évaluation rendu de travaux écrits + évaluation continue Responsable Madame Michelle Price – 022.418.41.48 (CJB)

michelle.price@unige.ch Enseignant Monsieur P. Martin (Adj sc) – 022.418.52.322 (CJB)

pascal.martin@ville-­ge.ch Conservatoire et Jardin botaniques de la Ville de Genève, 192 Chemin de l’Impératrice 1292 Chambésy

Contenu Concepts en écologie spatiale.

Structure et dynamique des formations végétales. Analyses de la végétation, de la biodiversité et des paysages. Espèces indicatrices et espèces invasives. Outils pour la conservation des espaces et des espèces.

Objectif Comprendre l'organisation spatio-­temporelle des communautés végétales, leur agencement et leur dynamique. Utiliser des outils d’analyses et de suivi de la végétation.

Divers Prière de s'inscrire au cours également par email : pascal.martin@ville-­ge.ch Ce cours est ouvert au public.

117

14B033 FLORISTIQUE : Chorologie. Histoire et connaissance de la flore Cours à choix de 2ème et 3ème années Semestres printemps Nbre d’heures par semaine 3.5 ECTS 3 Nbre d’heures par année 48 Jour les lundis 19 et 26 février, 5, 12, 19 et 26 mars de 8h30 à 12h Lieu Conservatoire et Jardin botaniques,

salle de séminaire de La Console (192 rue de Lausanne 1202) Mode d’évaluation Examen oral et présentation d’articles Sessions offertes juin + rattrapage août-­septembre Responsable Madame Y. NACIRI -­ 022.418.5165 – yamama.naciri@unige.ch et

yamama.naciri@ville-­ge.ch Enseignant(e)s Madame Y. NACIRI (cc).

Monsieur L. NUSBAUMER (Conservateur CJBG) Divers S’annoncer par email à la responsable, indépendamment de

l’inscription officielle. Cinq excursions sont prévues en dehors des heures de cours listées ci-­dessus durant le semestre de printemps. Les dates des excursions sont fixées d’entente avec les étudiant(e)s.

Contenu Ce cours comprend les bases théoriques de la floristique. Il aborde les thèmes suivants :

-­aires, cortèges floristiques, histoire de la flore -­éléments de floristique suisse et alpine -­problématique des néophytes en Suisse -­notions de spéciation -­apports de la caryogéographie et la phylogéographie pour l’histoire de la flore

Ce cours illustre les éléments théoriques au moyen d’exemples pratiques généralement tirés de la flore suisse (présentation d’articles, excursions et travaux pratiques de reconnaissance d’espèces).

Objectif Savoir reconnaître les principales espèces de la flore régionale et

comprendre leur signification écologique et historique.

118

14E150 FND CLIMATIC CHANGE Cours à choix de 2ème et 3ème années Period Autumn Nbre d’heures par semaine 9 ECTS 3 Nbre d’heures par année 28 Day & Place lundi 6 novembre et jeudi 9 novembre 2017 de 14h-­17h,

les mardis 28 novembre, 5 décembre, 12 décembre 2017 de 8h-­10h mercredi 20 décembre et jeudi 21 décembre 2017 de 8h-­12h et 14h-­17h Uni Carl-­Vogt, salle CV001

Evaluation mode examen écrit -­ 2 heures, pas de matériel / livres / documents à disposition Pré-­requis de bonnes bases en mathématiques et en physique sont nécessaires Exam sessions juin + rattrapage août-­septembre Personne in charge Madame Catherine CORNUT -­ 022.379.0797 -­ catherine.cornut@unige.ch Responsable Monsieur M. STOFFEL -­ 022.379.0689 – markus.stoffel@unige.ch Teachers Messieurs M. STOFFEL(po), S. GUILLET (sc I & II). Contents The course will cover the following topics :

• Governing mechanisms of the climate system • Natural causes of climatic change, including internal modes of

variability (e.g., El Niño) • Anthropogenic causes of climatic change: the enhanced greenhouse

effect. • Paleoclimate: indicators of natural climate variability • Observed climate, from the global to the regional scales • Introduction to climate models: functioning, possibilities and limits • Climate projections into the future as a function of greenhouse gas

emissions • Problems of regional climate predictions and solutions • Anthropogenic causes of climatic change: the enhanced greenhouse

effect. • Paleoclimate: indicators of natural climate variability • Observed climate, from the global to the regional scales • Introduction to climate models: functioning, possibilities and limits • Climate projections into the future as a function of greenhouse gas

emissions • Problems of regional climate predictions and solutions

Objective This course will enter into one of the major environmental topics of the

21st century. Issues of climatic change will be addressed through a survey of natural climate variability and global warming resulting from the enhanced greenhouse effect. Different types of models capable of simulating the evolution of the climate system at various spatial and time scales will be introduced.

Miscellaneous Good basic background in physics and mathematics, although the course is in principal accessible to non-­specialists

119

14E156 FONCTIONS ET MESURES DE LA DIVERSITE Semestre printemps -­ 5 jours ECTS 3 Nbre d’heures par année 20 Jours Cours bloc, semaine 1 à 7: mardi 14h15-­18h Lieu Uni Carl Vogt salle B004 Mode d’évaluation rapport individuel Responsable Monsieur E. CASTELLA -­ 022.379.0485 -­ emmanuel.castella@unige.ch Enseignant Monsieur E. CASTELLA (mer). Contenu Ce cours et les exercices associés abordent l'analyse de la diversité

biologique et des notions associées à partir d'exemples concrets (jeux de données) et de procédures d'analyse. Il est destiné à fournir des outils de description et de mesure de la diversité des communautés vivantes. Le cours est construit sur un certain nombre de choix préalables : -­ C'est la diversité spécifique (diversité des espèces au sein

d'assemblages) qui est abordée. -­ Le logiciel R est employé comme outil de base dans les analyses.

Objectif -­ Acquérir la pratique de techniques d'exploration, de description et d'analyse de la diversité d'assemblages d'espèces

-­ à différentes échelles spatiales (diversités alpha, beta, gamma) -­ en intégrant la notion de diversité fonctionnelle -­ Utiliser des informations relatives à la biologie et l'écologie des espèces

afin de mener une analyse fonctionnelle de la diversité 13T601 FOUILLES ARCHEOLOGIQUES, stage d’initiation Stage obligatoire pour le bachelor en Archéologie préhistorique et anthropologie Semestre printemps (4 semaines) ECTS 6 Mode d’évaluation participation active et rapport de stage Responsable Madame M. BESSE -­ 022.379.6915 -­ marie.besse@unige.ch Enseignant(e)s Mesdames M. BESSE (pas). J. DESIDERI (cc),

Messieurs J. ANASTASSOV (ce), P.-­Y. NICOD (cs). Contenu Cet enseignement, de niveau bachelor, se déroule pendant 4 semaines

dans une « fouille-­école » où un encadrement spécifique est destiné aux étudiants débutants. Il s'agit en effet de les initier à la pratique de la fouille archéologique : comprendre les différentes étapes à mener sur le terrain, les techniques de fouilles et d'enregistrement des données, le traitement des objets, des sédiments et de la documentation (fiches, dessins, photographies). Il est demandé à l'étudiant un rapport de stage présentant le site archéologique, les raisons de la fouille et les activités qu'il a effectuées. Il s'agit d'une phase d'apprentissage de la fouille archéologique sur un site en cours d'étude.

120

14B635 FOUILLES ARCHEOLOGIQUES Stage -­ obligatoire -­ Master en archéologie préhistorique Semestre automne (4 semaines) ECTS 6 Jour & lieu janvier-­mars / Afrique (Sénégal, Ghana, Côte d’Ivoire) Mode d’évaluation rapport de stage Responsable Monsieur E. HUYSECOM -­ 022.379.6973/67 -­ eric.huysecom@unige.ch Enseignant(e)s Messieurs E. HUYSECOM (pas) et D. GENEQUAND (cc),

Mesdames A. MAYOR (cc), K. DOUZE (AdjSc3) et M. LORENZO MARTINEZ (as).

Contenu Fouilles archéologiques sur un site africain en cours d’étude et /ou

participation à des recherches ethnoarchéologiques.

Objectif Apprentissage du terrain africain.

121

14B637 GENETIQUE MOLECULAIRE DES POPULATIONS -­

MOLECULAR POPULATION GENETICS Cours obligatoire pour le master en biologie orientations « bioinformatique et analyse des données en biologie» et « biodiversité et systématique » Compulsory course for the master in biology options « bioinformatics and data analysis in biology » and « biodiversity and systematics » Semestre/Period printemps/Spring ECTS 5 (3 pour les doctorants / 3 for PhD students) Jour/Day une semaine à plein temps, du mercredi 10 au mardi 16 janvier 2018

inclus One week full time, from Wednesday 10 to Tuesday 16 January 2018

Lieu/Place Sciences II, 4ème étage, Unité d’anthropologie salle 419 Mode d’évaluation Evaluation mode

rapport de stage écrit et présentation orale training course report and oral presentation

Pré-­requis Prerequisite

3ème année de biologie acquise / 3rd year of bachelor acquired Stage ouvert aux doctorants, notamment dans le cadre du programme doctoral en Ecologie et Biologie évolutive de la CUSO. Training course open to PhD students, namely students following the doctoral program in ecology and evolution of the CUSO.

Responsable Person in charge

Madame A. SANCHEZ-­MAZAS – 022.379.6984/67 alicia.sanchez-­mazas@unige.ch

Enseignants Teachers

Mesdames E. POLONI (cc), A. SANCHEZ-­MAZAS (po), Messieurs M. CURRAT (mer), D.DI (ma), T. GOEURY (as), M. MOUTERDE (as), J.M. NUNES (ce), J. RIO (as)

Divers Miscellaneous

Cours donné en anglais Course given in English Pré-­inscription par e-­mail à alicia.sanchez-­mazas@unige.ch avant Noël 2017 Please register to alicia.sanchez-­mazas@unige.ch before Christmas break 2017

Contenu Contents

Ce stage permet aux étudiant(e)s d’acquérir les connaissances de base en génétique des populations par l’analyse sur ordinateur de jeux de données moléculaires fournis par les enseignants. Le travail pratique consiste à effectuer les diverses étapes d’une étude de la structure génétique des populations: manipulation des données, analyses à l'aide des logiciels couramment utilisés en génétique des populations, interprétation des résultats. Les notions théoriques sont introduites au début de chaque séance et approfondies au cours du travail pratique. Plusieurs conférences sont également données pendant le stage par des chercheurs invités. Le stage est destiné aux étudiants du master en biologie et aux doctorants (cet enseignement est inscrit au programme doctoral inter-­universitaire en Ecologie et Biologie évolutive de la CUSO http://biologie.cuso.ch/ecologie-­evolution).

This training course provides students with basic knowledge in population genetics through computer-­assisted analyses of different molecular datasets provided by the teachers. The practical work consists in carrying out the different steps of a study aiming at defining the genetic structure of populations: data management, data analysis using usual computer programs in population genetics, interpretation of the results. The theoretical concepts are introduced at the beginning of each course and trained during the practical sessions. Several scientific conferences are also given by invited speakers. This training course is for students following the master in biology but also for PhD students (it is part of the doctoral program in Ecology and Evolution of the CUSO -­ http://biologie.cuso.ch/ecologie-­evolution).

122

13B010 GENETIQUE MOLECULAIRE DU DEVELOPPEMENT Cours à choix restreint de 3ème année Semestres automne/printemps Nbre d’heures par semaine 2 ECTS 6 Nbre d’heures par année 56 Jours & lieux vendredi 8h15 -­ 10h -­ Sciences III, salle 0019 automne

vendredi 8h15 -­ 10h -­ Sciences III, auditoire 1S081 printemps

Mode d’évaluation examen écrit de 4h / contrôles continus Sessions offertes juin + rattrapage août-­septembre Responsable Monsieur F. KARCH -­ 022.379.6331 -­ francois.karch@unige.ch Enseignant(e)s Madame B. GALLIOT (pas),

Messieurs, F. KARCH (po), J. ZAKANY (mer). Contenu Comme son nom l’indique, la Génétique Moléculaire du Développement

(GMD) étudie les processus complexes qui gouvernent le développement des organismes multicellulaires en associant intimement trois disciplines : l’embryologie, la génétique et la biologie moléculaire. La GMD a pris son envol à partir du milieu des années 70, lors de l’émergence des techniques de l’ADN recombinant. La drosophile a joué un rôle prépondérant dans cet essor car non seulement son développement embryonnaire est bien connu mais en plus les généticiens, depuis le début du 20ème siècle, ont identifié de nombreuses mutations qui interrompent ou perturbent ce développement. Grâce à la biologie moléculaire, il est devenu possible d’isoler les gènes du développement et d’identifier les processus moléculaires qu’ils contrôlent. Vers le début des années 80, l’observation selon laquelle bon nombre de ces gènes du développement sont conservés au cours de l’évolution, a donné un point d’entrée pour étudier les processus similaires chez d'autres invertébrés ainsi que chez les vertébrés et mammifères. Cette conservation des molécules (mais pas nécessairement des processus) permet également de corréler l’évolution et le développement, une nouvelle discipline intitulée « évo-­dévo ». La première partie du cours sera consacrée à la drosophile avec François Karch. Dans la deuxième partie, Brigitte Galliot abordera les méthodes moléculaires utilisées en évo-­dévo et les bases moléculaires et cellulaires de la régénération, en prenant l'hydre, la planaire, le triton et le poisson-­zèbre comme modèles. Finalement dans la troisième partie, Jozsef Zakany abordera la biologie du développement chez la souris avec l’exposé des techniques qui permettent d’inactiver des gènes spécifiques par recombinaison homologue.

Objectif Le but du cours est de faire comprendre aux étudiants les mécanismes moléculaires et cellulaires qui permettent à un organisme de se développer harmonieusement. Pour atteindre ce but, les étudiants doivent connaître et comprendre les principales techniques de biologie cellulaire et moléculaire appliquées aux processus de développement. La pédagogie et l’évaluation sont centrées sur l’analyse et la compréhension de contextes expérimentaux. A partir d’une situation expérimentale donnée, les étudiants doivent être capables d’identifier et d’analyser les informations importantes, d’effectuer des déductions sur les mécanismes impliqués dans le ou les processus biologiques en cause, éventuellement de proposer une stratégie pour confirmer ou compléter la compréhension du processus en cause.

123

13B909 GENETIQUE MOLECULAIRE DU DEVELOPPEMENT Travaux pratiques à choix restreint de 3ème année Semestre automne -­ 3 semaines Nbre d’heures par jour 4 ECTS 3 Nbre d’heures par année 60 Jours 4 décembre au 22 décembre 2017 Lieu Sciences III – salle 0059 Pré-­requis suivre en parallèle le cours Génétique moléculaire du développement (13B010) Mode d’évaluation obtention d’un certificat Responsable Monsieur F. KARCH -­ 022.379.6331 -­ francois.karch@unige.ch Enseignants Messieurs F. KARCH (po), R. MAEDA (coll. sci). Divers L'inscription aux travaux pratiques à choix restreint est obligatoire.

Le formulaire d'inscription est à téléchargé sur le site internet de Biologie et devra être remis au secrétariat de la Section de biologie, SCIII, 2ème étage, bureau 2004A, avant la fin avril de la deuxième année du bachelor.

Contenu L'analyse d'individus mosaïques, c'est-­à-­dire formés de cellules génétiquement différentes est une méthode très performante pour l'étude du développement d'un organisme. Ces travaux pratiques abordent les techniques de génétique moléculaire qui permettent de produire des individus mosaïques chez la drosophile, soit en éliminant soit en activant l'expression de différents gènes d'identité cellulaire (gènes sélecteurs) ou de signalisation intercellulaire dans un petit nombre de cellules ("analyse clonale"). Les clones de cellules mutantes seront induits à différents stades du développement et leurs effets sur la morphogenèse (ailes, pattes, segments etc) seront ensuite évalués par inspection des drosophiles adultes. Les effets sur l'expression au cours du développement de différents gènes seront également mis en évidence par immunohistologie et observation au microscope (en fonds clair et fluorescence).

124

14B038 GENETIQUE MOLECULAIRE DU DEVELOPPEMENT ET DE L’EVOLUTION : CHAPITRES CHOISIS

Semestres automne/printemps -­ tous les 15 jours Nbre d’heures par semaine 2 ECTS 4 Nbre d’heures par année

+ 2h travaux à la maison 28

Jour mercredi 17h15 – 19h Lieu Sciences III, salle 4059 Mode d’évaluation examen oral / contrôles continus Sessions offertes juin + rattrapage août-­septembre Pré-­requis bachelor en biologie ou biochimie Responsable Monsieur J. ZAKANY -­ 022.379.6788 -­ jozsef.zakany@unige.ch Enseignant(e)s Mesdames B. GALLIOT (pas), A. TZIKA (ma),

Messieurs F. KARCH (po), R. KOCH (cs), D. PAULI (ce), I. RODRIGUEZ (po), J. ZAKANY (mer).

Divers Ce cours traite de chapitres spécialisés dans le domaine de la génétique

moléculaire du développement. Il est réservé aux étudiant(e)s de master et est basé sur l'étude de publications récentes dans ce domaine. Ce cours nécessite donc une bonne connaissance de l'anglais permettant d’analyser des publications scientifiques et de les présenter oralement.

125

11T003 GEOLOGIE Cours obligatoire pour le bachelor en biologie orientation préhistoire Semestre automne Nbre d’heures par semaine 3 ECTS 5.5 Nbre d’heures par année 84 Jours mardi 10h -­ 12h et vendredi 14h – 16h Lieu salle 001, Sciences de la Terre, 13 rue des Maraîchers Mode d’évaluation examen écrit (examen oral ou écrit au rattrapage) Sessions offertes janvier-­février + rattrapage août-­septembre Responsable Monsieur A. MOSCARIELLO – 022.379.6610

andrea.moscariello@unige.ch Section des sciences de la Terre et de l’environnement

Enseignant Monsieur A. MOSCARIELLO (po). Contenu Le système Terre: formation, minéraux, roches ignées, roches

sédimentaires et roches métamorphiques. Processus de surface: mouvements de terrain, cycle hydrologique, eaux souterraines, rivières, vent, déserts, glaciers, océans et évolution des paysages. Processus internes et effets externes: volcanisme, tremblements de terre, tectonique des plaques, déformations de la croûte. Préserver le système Terre: ressources énergétiques et minérales, systèmes et cycles terrestres. Cours en polycopié et slides en format digitale disponibles sur Chamilo.

11T903 GEOLOGIE Travaux pratiques obligatoires pour le bachelor en biologie orientation préhistoire Semestre automne Nbre d’heures par semaine 2 ECTS 1.5 (2.5 pour l’orientation préhistoire) Nbre d’heures par année 28 Jour lundi 10h00 -­ 12h00 Lieu salle 201, Sciences de la Terre, 13 rue des Maraîchers Mode d’évaluation examen pratique/certificat Sessions offertes janvier-­février + rattrapage août-­septembre Responsable Monsieur A. MOSCARIELLO – 022.379.6610

andrea.moscariello@unige.ch Section des sciences de la Terre et de l’environnement

Enseignant Monsieur M. CHIARADIA (mer). Contenu Reconnaissance à vue des principaux minéraux et roches magmatiques,

sédimentaires et métamorphiques, avec références au cours de Géologie. Les étudiants du bachelor en biologie orientation préhistoire doivent faire un rapport supplémentaire afin d’obtenir 1 ECTS de plus.

126

12T408 GEOMATIQUE I Cours à choix de 2ème et 3ème années Semestre automne Nbre d’heures par semaine 3 ECTS 3 (cours + TP intégrés) Nbre d’heures par année 40 Jour vendredi après-­midi (10x)

(à partir du 20 octobre 2017)

Lieu 13h15-­14h Cours : Sc. III, salle 1S059

14h15-­17h TP : Carl Vogt, salles info

Mode d’évaluation examen écrit Sessions offertes janvier-­février + rattrapage août-­septembre Responsable Monsieur A. LEHMANN – anthony.lehmann@unige.ch

Uni Carl Vogt Enseignants Messieurs A. LEHMANN (pas), H. DAO (ptit), Y. GUIGOZ (CE) Contenu Le cours s’articule autour des chapitres suivants :

• Introduction : de l’Erudit de Séville, au Capitaine Cook,… à Google Earth • Modéliser notre monde : mode vecteur ou raster ? • Type et qualité des données, topologie • Sources de données, géoréférençage et projection • Métainformation : l’information sur la donnée • Analyses en mode vecteur : base de données et réseaux • Analyses en mode raster : analyses locales et focales • Introduction à la télédétection : la Terre vue de l’espace ! • Logiciels disponibles: open sources or not ?

Objectif Introduction aux systèmes d’information géographique (SIG) en tant qu’outils d’analyse de l’environnement à diverses échelles, du bassin versant à la planète entière.

Travaux pratiques intégrés Contenu Le cours et les travaux pratiques associés visent à transmettre les bases

théoriques et pratiques aux étudiants en suscitant leur curiosité afin qu’ils puissent commencer à utiliser les SIG et/ou la télédétection dans leurs travaux de diplôme et de thèse. Les travaux pratiques sont réalisés avec ArcGIS 10.3 de ESRI (www.esri.com).

127

14B640 HISTOLOGIE ET IMAGERIE DES TISSUS Cours et stage pratique Semestre printemps Nbre d’heures par jour 4 ECTS 3 Nbre d’heures par année 40 Lieu Dates

Sciences III, Salle TP 0016 Plusieurs créneaux (40h de cours au total) répartis entre le 9 et le 20 avril 2018

Pré requis Ce cours est destiné aux étudiants de troisième année de bachelor et de

master. Mode d’évaluation rapport noté Responsable Monsieur S. LOUBÉRY (cc) – 022.379.65.68 sylvain.loubery@unige.ch Enseignant Monsieur S. LOUBÉRY (cc) Divers Modalités et date limite d’inscription : par e-­mail à l’adresse

sylvain.loubery@unige.ch, avant le 8 décembre 2017. Le nombre de participants étant limité à 10, il est demandé de joindre une lettre de motivation à la demande d’inscription. S’il y a des participants non francophones au cours, la partie théorique du cours pourra être donnée en anglais ;; la partie pratique, elle, sera principalement données en français.

Contenu Quelles méthodes peut-­on utiliser pour analyser l’organisation d’un tissu ? Et pour y étudier la localisation d’une protéine ou d’un ARN ? En se basant sur quelques exemples concrets, le cours présente des techniques couramment utilisées en biologie pour l’imagerie des tissus. Le cours est centré autour des méthodes d’histologie classiques : préparation des échantillons en vue de la réalisation de coupes, microtomie, colorations histochimiques des différents composants cellulaires, hybridation in situ, immuno-­localisation. L’histologie classique sera comparée aux autres moyens usuels permettant l’imagerie des tissus (microscopie à transmission et à fluorescence à champ large et microscopie confocale). Pour chacun de ces types d’imagerie les étudiants vont recevoir des rappels théoriques, préparer des échantillons et les observer en petits groupes au microscope.

Objectifs Les objectifs sont les suivants :

• connaître les différentes méthodes de préparation et de coupe des échantillons en histologie et expliquer leurs caractéristiques

• apprécier les avantages et les limites de chaque méthode, ainsi que les difficultés relatives à leur mise en œuvre en pratique

• comparer les avantages de coupes histologiques classiques et de coupes optiques issues de diverses méthodes de microscopie à fluorescence

• étant donné un nouvel échantillon à étudier, pouvoir proposer un projet d’histologie/imagerie adapté en fonction des caractéristiques du tissu d’intérêt

128

14B041 HYDROBIOLOGIE MICROBIENNE :

Environnement naturel et construit, aspects écologiques, hygiéniques et sanitaires

Cours à choix de 2ème et 3ème années Semestre printemps Nbre d’heures par jour 8 ECTS 3 Nbre d’heures par année 28 Jour à fixer : juin – juillet 2018 Lieu Centre de Biologie Alpine de Piora Mode d’évaluation rapport Responsables Monsieur M. TONOLLA – 058.666.62.69 – mobile 079.380.69.96

mauro.tonolla@unige.ch et mauro.tonolla@supsi.ch Ecologie microbienne, Unité de microbiologie, Dép. Biologie végétale, Université de Genève, 30 Quai Ernest-­Ansermet, 1211 Genève 4, Suisse et Laboratory of applied microbiology, University of Applied Sciences (SUPSI), Via Mirasole 22A,6500 Bellinzona Monsieur R. PEDUZZI – phone 091.935.00.45;; mobile 079.201.9642 raffaele.peduzzi@cadagno.ch Antenna -­ Laboratorio microbiologia applicata (LMA), via al Castello, CH-­6952 Canobbio

Enseignant(e)s Madame A. DEMARTA (coll),

Messieurs R. PEDUZZI (pas) -­retraité), M. TONOLLA (cc). Divers Ce cours sera donné en annexe au stage14B641 au Centre de Biologie

Alpine du val Piora dans le Massif du Saint-­Gothard aux bords du Lac de Cadagno (www.cadagno.ch). Enseignement en français et anglais.

Contenu Le cours traite les microbes, l'eau et la santé dans une perspective globale, depuis les agents pathogènes d'origine hydrique (Legionella, Aeromonas, Yersinia, Pseudomonas, ..) jusqu’à la problématique des résistances aux antibiotiques induite par la présence de micropolluants. Des sujets réels liés à l'hygiène de l'eau, au traitement des eaux usées et à la biosécurité dans l'environnement naturel et construit seront traités ainsi que la problématique de l'eau en milieu urbain et la présence de vecteurs d'agents pathogènes. En particulier, le problème de la transmission de virus dangereux (Dengue, Chikungunya, West Nile ou Zika) par les moustiques (par exemple moustique tigre) vivant dans l'eau des zones urbanisées, ainsi que leur monitorage et contrôle en utilisant d’agents biologiques, sera discuté sur la base des expériences concrètes acquises pendant 30 ans d’activité en Suisse

Objectif Transmettre les bases pour la compréhension des connexions entre

environnement, microorganismes et santé sur la bases d’examples concrets.

129

14B641 HYDROBIOLOGIE MICROBIENNE : Ecologie microbienne et écologie alpine

Cours à choix de 2ème et 3ème années Semestre printemps -­ 5 jours Nbre d’heures par jour 8 ECTS 4 Nbre d’heures par année 40 Jours à fixer juin -­ juillet 2018 Lieu ce stage a lieu en été au Centre de Biologie Alpine du val Piora dans le

massif du Saint-­Gothard au bord du lac de Cadagno (www.cadagno.ch). Mode d’évaluation rapport de stage Responsable Monsieur M. TONOLLA -­ 058 666 62 69

mauro.tonolla@unige.ch et mauro.tonolla@supsi.ch

Ecologie microbienne, Unité de microbiologie, Dép. Biologie végétale, Université de Genève, 30 Quai Ernest-­Ansermet, 1211 Genève 4, Suisse, et Laboratory of applied microbiology, University of Applied Sciences Southern Switzerland (SUPSI), Via Mirasole 22A, 6500 Bellinzona

Enseignant(e)s Madame A. DEMARTA (coll),

Messieurs M. TONOLLA (cc), R. PEDUZZI (pas) -­retraité) et X. PERRET (mer).

Divers Enseignement en français/anglais. Contenu Excursions sur le terrain et prélèvements d’échantillons de divers

écosystèmes alpins (lacs, marais, sols). Analyses physico-­chimiques et application de méthodes classiques et moléculaires pour la détection et le typage des microorganismes. Ecologie microbienne du lac de Cadagno : Relations chimisme de l’eau et populations microbiennes, pollutions, écologie, biodiversité microbienne. Travail sur le lac et analyse des échantillons. Le cours donne un aperçu sur les mécanismes de base soutenant la vie des microbes dans des environnements hydriques (les lacs, les cours d'eau, la neige, ...), en particulier dans la zone alpine, et sur les interactions entre les communautés microbiennes et entre microbes et organismes supérieurs (par exemple les symbioses dans les racines des plantes). Les exemples sont choisis sur le site.

Objectif Acquisition des techniques de travail sur le terrain, échantillonnages dans des milieux hydriques et terrestres. Compréhension des approches moléculaires pour l’analyse de la structure de la communauté microbienne et de sa fonction. Compréhension du rôle de la vie microbienne dans les cycles biogéochimiques. Etude des dynamiques des populations microbiennes lacustres des interactions abiotiques et biotiques au sein des communautés microbiennes.

130

14B071 INTRODUCTION A L’ARCHEOLOGIE ISLAMIQUE :

MOYEN-­ORIENT ET AFRIQUE Cours de master en archéologie préhistorique Semestre automne Nbre d’heures par semaine 1 1 ECTS 2 Nbre d’heures par année 14 Jour mercredi 14h00 – 15h00 Lieu Sciences II, salle 447 Mode d’évaluation examen oral Sessions offertes janvier-­février + rattrapage août-­septembre Responsable & enseignant

Monsieur D. GENEQUAND (cc) 022/379 69 67 denis.genequand@unige.ch

Contenu Ce cours de master porte sur l’archéologie de la période islamique et des

groupes humains ayant adopté l’Islam comme religion principale au Moyen-­Orient et en Afrique. Né dans la Péninsule Arabique au 7e siècle de l’ère chrétienne, l’Islam a connu une expansion rapide au Moyen-­Orient et en Afrique du Nord, puis plus lente en direction de l’Afrique subsaharienne, et a induit des changements importants dans les sociétés concernées. Ce cours est conçu comme une introduction à un domaine de l’archéologie encore peu connu et rarement enseigné, mais bénéficiant d’un fort potentiel de développement. Ce sont en particulier les processus d’islamisation et l’impact de l’Islam sur les formes de peuplement qui seront examinés. Les nouvelles formes d’établissements, les lieux de culte, la culture matérielle et le développement de relations commerciales à longue distance seront également présentés à la lumière des connaissances archéologiques.

14B771 INTRODUCTION A L’ARCHEOLOGIE ISLAMIQUE : MOYEN-­ORIENT ET AFRIQUE -­ séminaire

Séminaire du master en archéologie préhistorique Semestre automne Nbre d’heures par semaine 1 ECTS 1 Nbre d’heures par année 14 Jour mercredi 15h00 – 16h00 Lieu Sciences II, salle 447

Mode d’évaluation travail écrit Sessions offertes janvier-­février + rattrapage août-­septembre Responsable & enseignant

Monsieur D. GENEQUAND (cc) -­ 022/379 69 67 denis.genequand@unige.ch

Divers Le séminaire permet aux étudiants de mener et de présenter des travaux

personnels. Contenu Les sujets traités sont en relation avec le cours n° 14B071

131

10S003 INTRODUCTION A L’HISTOIRE ET A LA PHILOSOPHIE DES

SCIENCES Semestres automne/printemps Nbre d’heures par semaine 2 ECTS 6 Nbre d’heures par année 56

Jour jeudi 16h15 -­ 18h

Lieu Sciences III – salle 1S059 Mode d’évaluation examen oral Sessions offertes juin + rattrapage août-­septembre Responsable Monsieur J. LACKI – 022.379.6385 – jan.lacki@unige.ch

Enseignant Monsieur J. LACKI (pt). Contenu La nécessité de préciser les cadres théoriques et pratiques de l’activité

scientifique a attiré l’attention des savants de toutes les périodes. Depuis l’avènement de la science moderne au XVIIe siècle, jusqu’aux révolutions de la théorie de la relativité et de la théorie quantique du XXe siècle, en passant par la théorie de l’évolution et les problèmes spécifiques posés pas les sciences de la vie, on examinera comment la science s’est constituée pour devenir cette grande aventure de l’humanité que nous connaissons aujourd’hui. Le cours discutera aussi comment, tout en se construisant, la Science a modifié nos conceptions philosophiques de ce qu’est la réalité et comment l’homme peut la connaître. S’appuyant sur des épisodes remarquables de l’histoire des sciences, il servira ainsi d’introduction aux grands problèmes de la philosophie des sciences en montrant comment ces derniers trouvent leur racine directement dans la pratique scientifique. Le cours, qui évoque aussi bien les problèmes internes à la science, que ceux touchant sa place dans la société et dans la culture, s’adresse non seulement aux étudiants de la Faculté des Sciences mais aussi à ceux de la Faculté des Lettres, de Sciences Economique et Sociales, de Droit, etc. Le matériel didactique épaulant chaque séance est disponible sous forme électronique sur la plateforme Chamilo de l’Université.

132

12C902X INTRODUCTION A LA BIOINFORMATIQUE POUR

BIOLOGISTES Travaux pratiques Semestre printemps Nbre d’heures par semaine 20 ECTS 1

Jours 13h30 -­17h30 du 30 avril 2018 au 4 mai 2018

Lieu salle définie selon disponibilité (annonce dans le fascicule de protocoles des TP)

Mode d’évaluation rapport d’expériences, certifié Responsable Monsieur Th. SOLDATI – 022.379.6496 -­ thierry.soldati@unige.ch

Enseignant Madame M.-­C. BLATTER (ce) Divers Liaison avec d'autres cours : Biochimie II (12C002)

Préparation pour Biochimie III (13C008) et les Travaux Pratiques de Biochimie III pour biologistes (13C908X), ainsi que pour le BSc en biologie Remarques : L'inscription à ces Travaux Pratiques à option est à effectuer obligatoirement avant fin février, auprès du responsable (thierry.soldati@unige.ch) et du Secrétariat du Département de biochimie (cecile.heymans@unige.ch). Le nombre de participants pour ces Travaux Pratiques est limité.

Contenu La semaine de Travaux Pratiques est dédiée à l'introduction aux outils de la bioinformatique;; elle est dispensée dans le cadre des Travaux Pratiques de biochimie pour biochimistes de 2ème année. Protocole de Travaux Pratiques (partiellement en anglais;; disponible sur Chamilo ou auprès de l'enseignant (Marie-­Claude.Blatter@isb-­sib.ch))

Objectif Ces Travaux Pratiques enseignent les techniques bioinformatiques majeures ainsi que l’interrogation des bases de données utilisées dans les laboratoire de biochimie et biologie.

133

14B043 INTRODUCTION A LA BIOLOGIE DU COMPORTEMENT Cours à choix de 2ème et 3ème années Semestres automne/printemps

(12 séances le jeudi, selon calendrier donné à la rentrée + mémoire écrit)

Nbre d’heures par semaine Nbre d’heures par année

2 28

ECTS 3 Jour jeudi 10h15 -­ 11h50 dès le jeudi 28.9.2017

(puis, 4 dates d’octobre à décembre 2017 et 7 dates de février à juin 2018, calendriers donnés à la rentrée et à la fin du semestre d’automne).

Lieu Semestre automne : Sciences III, salle 1S059

Semestre printemps : Sciences III, salle 1S081 Mode d’évaluation examen écrit, 2h + mémoire interactif. Sessions offertes juin + rattrapage août-­septembre Responsable Monsieur A. LANGANEY -­ 022.379.69.68 /67 -­ andre.langaney@unige.ch Enseignants Messieurs A. LANGANEY (ph), D. ROESSLI (coll. sci). Divers Ce cours d'initiation destiné aux étudiant(e)s en Biologie et en Psychologie est

ouvert aux étudiants des autres Facultés et au public. Contenu Ce cours a pour objectif de comprendre les principaux mécanismes qui

déterminent les comportements animaux (humains compris) et de reconstituer les étapes de leur apparition et de leur différenciation au cours de l’histoire du monde vivant. Un intérêt particulier est porté aux interactions entre des facteurs génétiques et la mise en œuvre physiologique du comportement et les apprentissages éventuels. L’émergence des comportements humains et les limites de leurs spécificités sont évoquées ou abordées au cours des chapitres successifs.

1. Les comportements animaux dans l’histoire du monde vivant, 2. Les mécanismes de l’évolution animale, implications pour les

comportements ;; 3. Genèse d’un comportement animal ;; 4. Génétique, sexe et comportement ;; 5. La mise en œuvre physiologique des comportements : 6. Les comportements dits « innés » ;; 7. L’apprentissage, dans la nature et en expérimentation ;; 8. Comportement, territoires, structures sociales ;; 9. Les comportements des primates ;; 10. Les spécificités humaines 11. Biologie du comportement humain 12. Répétitoire.

Objectif Sensibiliser les étudiants en biologie, en psychologie et les autres auditeurs à

l’importance des comportements dans l’histoire de la vie et à celle de la biologie, dans leur histoire comme dans leur réalisation. Montrer comment la plupart des comportements humains sont issus d’une longue histoire du vivant et non des seules particularités de notre espèce. Mettre en valeur ce que l’histoire du monde animal nous apprend sur notre vie et notre quotidien.

134

14B037P INTRODUCTION A LA GENETIQUE Semestre printemps Nbre d’heures par semaine 3 Nbre d’heures par année 42 ECTS *8 ECTS (chimistes + biochimistes) *5 ECTS (pharmaciens)

Jours & lieux lundi 13h15 -­14h / Sciences II, A300 mardi 14h15 -­16h / Sciences II, A300

Mode d’évaluation examen écrit (4h) Sessions offertes juin + rattrapage août-­septembre Responsable Monsieur D. PAULI -­ 022.379 67 55 – daniel.pauli@unige.ch Enseignants Monsieur D. PAULI (ce), V. OSSIPOW (ce) Divers * Etudiants en chimie/biochimie: 8 ECTS, acquis lorsque la moyenne des

enseignements 11C003 (Biochimie I -­ Automne) et 14B037P (Introduction à la génétique / Biochimie I -­ Printemps) est égale ou supérieure à 4.0 * Etudiants en sciences pharmaceutiques: 5 ECTS, acquis lorsque la moyenne des enseignements 11C003 et 14B037P est égale ou supérieure à 4.0

Contenu La génétique : -­ Introduction et historique -­ Cycle cellulaire, mitose, méiose -­ Génétique mendélienne -­ Recombinaison -­ Interaction des gènes -­ Types et mécanismes de mutations -­ Régulation de l'expression génique -­ Régulation de la prolifération cellulaire et cancer -­ Les bases génétiques du développement -­ Génétique des populations et évolution

Bibliographie Griffiths, Gelbart, Miller, Lewontin (2001). Analyse génétique moderne. De Boeck Université.

135

14B045 INTRODUCTION A LA RECHERCHE EN

BIOLOGIE MOLECULAIRE DES VEGETAUX Cours à choix pour les étudiants de 3ème année de Biologie et de Biochimie. Cours obligatoire pour l’orientation “Sciences moléculaires du végétal” du master. Semestres

automne/printemps Nbre d’heures par semaine 2

ECTS 4 Nbre d’heures par année 28 Jour & lieu Ce cours sera donné une semaine sur deux

Une séance d’information sera fixée à la rentrée, contacter : michael.hothorn@unige.ch

Mode d’évaluation examen oral Sessions offertes juin + rattrapage août-­septembre Pré-­requis 13B012A physiologie végétale (pourra être suivi en parallèle) Responsable M. HOTHORN -­ 022 37 93013 -­ michael.hothorn@unige.ch Enseignants Messieurs R. ULM (po), M. HOTHORN (pas), L. LOPEZ MOLINA (pas),

M. MOULIN (ma). Divers Ce cours est destiné aux étudiant(e)s en biologie et en biochimie de 3ème

ou 4ème année et en master de biologie. Cours en français et en anglais;; documentation en anglais.

Contenu Ce cours à choix propose des lectures et discussions en rapport avec des

problèmes actuels en biologie moléculaire végétale.

Objectif Exercer une lecture critique de la littérature scientifique contemporaine. Etudier des développements récents dans le domaine de la biologie moléculaire végétale. Comprendre des nouvelles technologies et méthodes expérimentales. Apprendre comment concevoir un projet de recherche. Développer des aptitudes pour la présentation orale de sujets scientifiques.

136

14T019 INTRODUCTION AU DESSIN ARCHEOLOGIQUE Travaux pratiques à choix pour le bachelor en Archéologie préhistorique et anthropologie Semestre printemps Nbre d’heures par semaine 4 ECTS 3 Nbre d’heures par année 56 Jour mardi 8h15 – 12h Lieu Uni Carl Vogt Mode d’évaluation travail personnel Responsable Madame M. BESSE -­ 022.379.6915 -­ marie.besse@unige.ch Enseignant(e)s Mesdames M. BESSE (pas), E. GUTSCHER (dess.). Divers Ce cours a lieu tous les ans.

Contenu Cet enseignement a pour objectif un apprentissage des bases pratiques et

théoriques du dessin archéologique : dessins d’objets et dessins de structure, plans/stratigraphies avec les outils adaptés. Le cours permettra à l’étudiant.e d’apprendre et de faire l’expérience du dessin archéologique. Mise en pratique de l’illustration traditionnelle : relevé et mise au net de dessins d’objets ainsi que la réalisation de dessins plans/stratigraphies avec l’apprentissage du logiciel Illustrator.

137

14B779 INTRODUCTION AUX METHODES DE RECHERCHE EN DIGITAL

HUMANITIES Semestre printemps

ECTS 3 Nbre d’heures par semaine 2 Nbre d’heures par année 28 Jour jeudi 12h15-­14h Lieu Uni Bastions, aile Jura, salle A214 Mode d’évaluation Compte-­rendu écrit d’un travail de recherche publié sur un carnet de recherche en

ligne ouvert spécialement pour le cours Sessions offertes juin + rattrapage août-­septembre Responsables Madame E. TANCOIGNE – 022.379.3390 -­ elise.tancoigne@unige.ch Monsieur

J. BAUDRY – 022.379.3375 -­ jerome.baudry@unige.ch Monsieur R. SUCIU 022.379 72 77 -­ radu.suciu@unige.ch Monsieur B. STRASSER – 022.379.0712 -­ bruno.strasser@unige.ch

Enseignant(e)s Madame E. TANCOIGNE (postdoc),

Messieurs J. BAUDRY (postdoc);; R. SUCIU (cs);; B. J. STRASSER (po);; intervenants externes

Divers N’AURA PAS LIEU EN 2017-­2018

Ce cours s’adresse principalement aux étudiants en master ou en doctorat en sciences naturelles, humaines ou sociales, ainsi qu’aux chercheurs.

Contenu & objectif L’objectif de ce séminaire est d’explorer les nouvelles méthodes de recherche en

“Digital Humanities”, en particulier pour la recherche sociologique et historique. La production croissante de sources numériques (blogs, tweets, forums, emails) et la numérisation extensive de corpus anciens (Gallica, Digital Public Library of America, Venice Time Machine) présente des opportunités et des défis nouveaux pour les chercheurs. L’analyse thématique de larges corpus de textes (“topic modeling”), l’utilisation de médias sociaux comme sources historiques, le recours aux infographies géolocalisées, ou la production collective de textes représentent autant de pratiques susceptibles de transformer le métier de chercheur.

138

14F018 INTRODUCTION TO SYSTEMS BIOLOGY Course and exercises Period Spring ECTS 3 Nber of hours per year 40 Day / Place Monday 9h30-­11h30

Information : https://chamilo.unige.ch/home/courses/14F018/ Please contact Frederique.Lisacek@unige.ch for further details.

Evaluation mode Oral exam Exam sessions June + catching August-­September Person in charge F. LISACEK – 022.379.5988 – frederique.lisacek@unige.ch Teacher F. LISACEK (mer) Objectif

This course gives an overview of issues in bioinformatics applied to the analysis and integration of -­omics data. It also covers basics in underlying modelling approaches, illustrated with some applications and highlighting recent trends.

Contents 1.Background -­ The origin(s) of systems biology -­ The -­omics landscape 2.Methods and tools -­ Network biology -­ Network analysis -­ Standards for data representation 3.Examples of modelling and simulation -­ Classical examples -­ Towards synthetic biology

139

223O305 LA GENETIQUE DANS LA PRATIQUE MEDICALE AU

QUOTIDIEN : DU LABORATOIRE AU CHEVET DU PATIENT Semestre automne Nbre d’heures par semaine 2 ECTS 3 Nbre d’heures par année 28

Jour & lieu jeudi 14h -­ 16h CMU, salle à confirmer

Mode d’évaluation examen écrit Session offerte décembre Responsables Monsieur J.-­L. BLOUIN -­ 022 379.5692 -­ jean-­louis.blouin@hcuge.ch

Madame F. SLOAN-­BENA -­ 079 553 4172 -­ frederique.bena@hcuge.ch Monsieur M. GUIPPONI -­ 022 379 5809 -­ Michel.guipponi@unige.ch

Département de Médecine Génétique et Développement, CMU (9ème étage)

Enseignant(e)s Monsieur J.-­L. BLOUIN (PhD, privat-­docent, FAMH génétique médicale), Madame F. SLOAN-­BENA (PhD, privat-­docent, FAMH génétique médicale), Monsieur M. GUIPPONI (PhD, Privat-­docent) et collaborateur(trice)s.

Divers Inscription auprès du secrétariat des étudiants de la Faculté de

Médecine. Contenu Proposé dans les cours à option des la faculté de Médecine, ce cours

est également ouvert aux étudiants de la faculté des Sciences et des autres facultés.

La médecine génétique (génétique humaine et médicale) et ses outils technologiques connaissent un développement fulgurant ces dernières années. Les nouvelles possibilités diagnostiques transportent désormais les biologistes, les médecins et les patients vers les nouveaux défis de la médecine personnalisée.

La médecine génétique interagit avec toutes les spécialités médicales pour aider au diagnostic de maladies fréquentes ou rares permettant d’améliorer la surveillance médicale et le traitement des patients.

Ce cours à option se propose de fournir les outils indispensables pour la compréhension de la médecine génétique au quotidien. Les diverses approches cliniques et analytiques illustrant la pratique courante seront ainsi présentées à travers de situations concrètes

Des spécialistes dans différents domaines (oncologie, neurologie, cardiologie et hémostase) viendront présenter leur expérience et l’apport grandissant de la génétique dans la prise en charge de leur patient

140

223O321 LA GENETIQUE DANS LA PRATIQUE MEDICALE DE

DEMAIN: DE LA RECHERCHE VERS LES NOUVEAUX CONCEPTS DE DIAGNOSTIC niveau avancé

Semestre printemps Nbre d’heures par semaine 2 ECTS 2 Nbre d’heures par année 14

Jour & lieu jeudi 14h-­16h CMU, salle à confirmer

Mode d’évaluation examen écrit Session offerte juin Responsables Monsieur J.-­L. BLOUIN -­ 022 379.5692 -­ jean-­louis.blouin@hcuge.ch

Madame F. SLOAN-­BENA -­ 079 553 4172 -­ frederique.bena@hcuge.ch Monsieur M. GUIPPONI -­ 022 379 5809 -­ Michel.guipponi@unige.ch

Département de Médecine Génétique et Développement, CMU (9ème étage)

Enseignant(e)s Monsieur J.-­L. BLOUIN (PhD, privat-­docent, FAMH génétique médicale), Madame F. SLOAN-­BENA (PhD, privat-­docent, FAMH génétique médicale), Monsieur M. GUIPPONI (PhD, Privat-­docent) et collaborateur(trice)s.

Divers Inscription auprès du secrétariat des étudiants de la Faculté de

Médecine. Pour des raisons d’organisation le cours ne sera pas donné si le nombre d’inscriptions est inférieur à 10 étudiants (date limite d’inscription 15 décembre).

Contenu Proposé dans les cours à option des la faculté de Médecine, ce cours

est également ouvert aux étudiants de la faculté des Sciences et des autres facultés.

Ce cours, qui suit et complète le cours de médecine génétique proposé lors de la session d’automne (223O305, La génétique dans la pratique médicale de demain : de laboratoire au chevet du patient) propose une revue des concepts les plus avancés dans le décryptage de l’exome, du génome, et des mécanismes liés à sa régulation ou au maintien de son intégrité. Les dernières stratégies et leurs applications en diagnostic pour isoler les mutations pathogènes à partir des données de séquençage massif, les mécanismes épigénétiques, et de réparation de l’ADN y seront aussi discutés. Quelques cours spécifiques seront dispensés en langue anglaise.

141

14B034 LANDMARK PAPERS IN YEAST BIOLOGY –

SELECTED CHAPTERS Period Autumn Nbrer of hours per week 2 ECTS 4 Nbrer of hours per year 28 Day To fix Place Sciences III, room 3079 Evaluation mode « Contrôle continu » and written exam Exam sessions January-­February + make-­up August-­September Person in charge D. SHORE – 022 379 6183-­ david.shore@unige.ch Teachers F. STUTZ (po),

D. SHORE (po), R. LOEWITH (po). Miscellaneous Interested students must contact Prof D. SHORE david.shore@unige.ch,

before the start of the course. Course given in English, cours donné en anglais, open to 3rd year Biology students (cours à choix), master students and graduate students

Content Students will present and discuss landmark papers in yeast biology. Studies carried out over the past 50 years using either budding or fission yeast, simple unicellular eukaryotes, have had an enormous impact on our understanding of many basic aspects of molecular, cellular and developmental biology. This course will cover over a dozen specific areas where research on yeast was of particular importance, through detailed reading and discussion of key papers from the primary literature. Reference textbook : Landmark papers in yeast biology. Edited By Patrick Linder, David Shore, Michael N. Hall. Cold Spring Harbor Laboratory Press.

142

14B017 MASTER COURSE IN GENETICS, DEVELOPMENT AND EVOLUTION

Compulsory course for the master in biology option «Genetics, Development and Evolution» Periods Autumn/Spring Nber of hours per week 3 ECTS 9 Nber of hours per year 84 Day Thursdays, from 9.15 to 12.00 Place Sciences III, Room 4059 Evaluation mode Written exam Exam sessions June + catching August-­September Persons in charge B. GALLIOT – 022 379 67 74 – brigitte.galliot@unige.ch M. GONZALEZ GAITAN – 022 379 64 61 – marcos.gonzalez@unige.ch

Teachers L BECCARI (ma), B. GALLIOT (pas), M. GONZALEZ GAITAN (po), F. KARCH (po), R. LOEWITH (po), M. MILINKOVITCH (po), E. NAGOSHI (pas), R. PILLAI (po), I. RODRIGUEZ (po), A. SANCHEZ-­MAZAS (po), D. SHORE (po), F. STEINER (past), T. HALAZONETIS (po), J. ZAKANY (mer).

Miscellaneous Course given in English, open to 3rd year Biology or Biochemistry students (« cours à choix »), master students and graduate students.

Contents The research group leaders (PI) offering master projects in the Genetics, Development and Evolution Master program give 6 hours teaching in two successive sessions. In the first session each of them provides an introduction to his/her field of research and in the second the students will organize a mini-­symposium to discuss a central paper of the field. For the written exam students will have to answer a series of short questions related to the reference document given by each PI.

143

223O122 MEDECINS ET SCIENTIFIQUES AU CINEMA Semestres printemps Nbre d’heures par semaine 2 ECTS 3 Nbre d’heures par année 28 Jour jeudi 14h15 – 16h

(exceptionnellement jusqu’à 18h selon projections de films) Lieu CMU Mode d’évaluation rédaction d’un dossier de présentation d’un film (données factuelles,

synopsis, analyse thématique et formelle, appréciation personnelle) Responsables Monsieur A. WENGER – 022.379.4602 – alexandre.wenger@unige.ch

Monsieur B. STRASSER – 022.379.0712 -­ bruno.strasser@unige.ch Enseignants Messieurs A. WENGER (pas), Bruno J. STRASSER (po) et intervenants

invités. Divers N’EST PAS DONNE EN 2017-­2018

Ce séminaire est ouvert aux étudiants de 2ème et 3ème années. Important: le nombre de places pour le séminaire étant limité, une pré-­inscription par e-­mail est demandée : alexandre.wenger@unige.ch

Contenu Ce séminaire propose une réflexion sur la représentation des figures du médecin et du scientifique dans le cinéma de fiction. L'évolution des représentations du scientifique et du médecin reflète le changement des conditions dans lesquelles s’exercent leurs activités. Elle témoigne également des espoirs et des craintes associées au progrès scientifique et médical. Au cours du 20e siècle, le cinéma a étoffé le répertoire identitaire à partir duquel s'est construit l’image du médecin et du scientifique contemporains. C’est en repérant les différentes figures de ce répertoire, dans leurs contextes historiques, que l’on peut comprendre la recomposition actuelle des identités du médecin et du scientifique dans la société. Thèmes abordés : Figures du médecin (le médecin humanitaire ;; le grand patron ;; l’expérimentateur fou ;; etc.). Figures du scientifique (scientifique fou, diabolique, génial, sacrifié, etc.) Genres cinématographiques (fiction, documentaire, caricature, pamphlet, etc.) Modalités des représentations cinématographiques du progrès des connaissances scientifiques et médicales au long du 20e siècle. Liens entre les représentations cinématographiques et le contexte historique (progrès, découvertes et/ou émergence de nouvelles disciplines scientifiques ;; période de guerre ;; etc.) Construction d’une mémoire collective des disciplines médicales et scientifiques à travers la biographie de grands hommes ou de figures emblématiques.

Objectif Savoir analyser une séquence de film. Savoir identifier les différents composants des figures de scientifiques et du médecin. Savoir remettre les représentations cinématographiques dans leurs contextes historiques, scientifiques et médicaux.

144

14E155 MENACES ET CONSERVATION DE LA BIODIVERSITE Semestre automne Nbre d’heures par année 7x4, 28 ECTS 3 Jour Cours en bloc, 7 après-­midis, mardi 14h – 17h

7 novembre, 14 novembre, 21 novembre, 28 novembre, 5 décembre, 12 décembre et le 19 décembre 2017

Lieu Uni Carl Vogt Mode d’évaluation examen écrit Pré-­requis aucun Sessions offertes janvier + rattrapage juin Responsable Monsieur A. LEHMANN -­ 022.379.0021 – anthony.lehmann@unige.ch Enseignant Monsieur A. LEHMANN (pas). Objectif Ce cours est organisé autour de présentations d'intervenants externes

pour illustrer les menaces et les mesures de conservations à différentes échelles (UNEP, IUCN, WWF, Pro Natura, Services cantonaux, Services Fédéraux,...).

Contenu Sept thèmes principaux sont abordés : -­ Impacts des changements climatiques sur la biodiversité -­ Fragmentation du territoire et réseaux écologiques -­ Espèces envahissantes -­ Espèces menacées et listes rouges -­ Renaturation des écosystèmes et réintroduction d’espèces -­ Agriculture et organismes génétiquement modifiés -­ Services écosystémiques Finalement, des lectures d'articles scientifiques sont proposées afin d'accompagner le cours.

145

14T004 METHODOLOGIE DE LA RECHERCHE EN ARCHEOLOGIE

PREHISTORIQUE Cours obligatoire pour le bachelor en Archéologie préhistorique et anthropologie Semestres automne/printemps Nbre d’heures par semaine 2 ECTS 6 Nbre d’heures par année 56 Jour mardi 8h15 – 10h Lieu Uni Carl Vogt Mode d’évaluation examen oral Sessions offertes juin + rattrapage août-­septembre et février Responsable Madame M. BESSE -­ 022.379.6915 -­ marie.besse@unige.ch. Enseignant(e)s T. STEIMER (ce) et collab. Divers A LIEU TOUS LES DEUX ANS.

Ce cours n’a pas lieu en 2017-­2018. Aura lieu en 2018-­2019.

Contenu Cet enseignement de niveau bachelor présente les procédés de l'analyse

archéologique, de la planification d'une fouille à la publication des résultats scientifiques à travers la mise en forme de l'information recueillie. Nous présentons un tour d'horizon des domaines de recherches (sciences naturelles, physiques et chimiques) mis à contribution à différents moments et niveaux de la démarche (stratigraphique, étude spatiale, sériation typologique, environnement, sédimentologie, etc.). Le cours est largement illustré par des cas concrets.

14T005 METHODOLOGIE DE LA RECHERCHE EN ARCHEOLOGIE PREHISTORIQUE

Travaux pratiques obligatoires pour le bachelor en Archéologie préhistorique et anthropologie Semestres automne/printemps Nbre d’heures par semaine 4 ECTS 6 Nbre d’heures par année 112 Jour vendredi 8h00 -­ 12h00 Lieu Uni Carl Vogt Mode d’évaluation recherche personnelle et rapport écrit Responsable Madame M. BESSE -­ 022.379.6915 -­ marie.besse@unige.ch Enseignant Monsieur J. ANASTASSOV (ce). Divers A LIEU TOUS LES DEUX ANS.

Ce cours n’a pas lieu en 2017-­2018. Aura lieu en 2018-­2019.

Contenu Cet enseignement de niveau bachelor offre aux étudiant.e.s l'opportunité

d'analyser une collection d'objets préhistoriques et de les interpréter dans leur contexte archéologique.

146

14B068 METHODOLOGIE DE LA RECHERCHE EN ARCHEOLOGIE

PREHISTORIQUE : CARTOGRAPHIE, TOPOGRAPHIE ET STATISTIQUE

Obligatoire pour le bachelor ès Lettres mention Archéologie préhistorique et anthropologie Semestre automne ECTS 2 Nbre d’heures par année 18 Jour à fixer (cours en bloc) Lieu Sciences II, salle 449 Mode d’évaluation examen oral Sessions offertes janvier/février + rattrapage août-­septembre Responsable Monsieur E. HUYSECOM -­ 022.379.6973/67 -­ eric.huysecom@unige.ch Enseignant(e)s Messieurs E. HUYSECOM (pas), J.-­M. NUNES (ce),

Madame A. SANCHEZ-­MAZAS (po), et collaborateurs. Divers A LIEU TOUS LES DEUX ANS.

A LIEU AU SEMESTRE D’AUTOMNE 2018

Contenu Méthodes de cartographie en archéologie, éléments de topographie et de

planimétrie, introduction aux méthodes statistiques en Préhistoire.

Objectif Acquisition des notions élémentaires de cartographie, de topographie et de statistique dans le domaine de la Préhistoire ;; maîtrise du maniement des instruments topographiques

147

14B751 METHODOLOGIE DE LA RECHERCHE EN BIOLOGIE Semestre printemps Nbre d’heures par semaine 2 ECTS 3 Nbre d’heures par année 28 Jour jeudi 10h -­ 12h Lieu Sciences II, salle 449 Mode d’évaluation exposés oraux Pré-­requis niveau minimum 2ème année de biologie acquise Responsable en 2017-­2018

Monsieur D. DI – 022.379.6964/67 da.di@unige.ch

Enseignant(e)s Mesdames E. POLONI (cc), A. SANCHEZ-­MAZAS (po)

Messieurs M. CURRAT, D. DI (ma), T. GOEURY (as), M. MOUTERDE (as), J.M. NUNES (ce), J. RIO (as).

Divers Important: le nombre de places pour le séminaire étant limité, une

pré-­inscription par e-­mail est demandée : di.da@unige.ch Lectures d’articles en anglais. Enseignement en français (étudiants : possibilité de présentations en anglais)

Objectif -­ Contenu Ce séminaire consiste en une présentation critique par les étudiant(e)s de

travaux de recherche publiés dans la littérature scientifique. Les étudiants doivent se mettre dans la peau des experts scientifiques qui évaluent les articles soumis pour publication! Les exemples sont choisis par les enseignants de manière à illustrer toutes les démarches qui conduisent de l’idée d’une recherche à sa publication, à savoir: construction d'hypothèses, plan d'expérience, analyse de données , rédaction et mise en forme. Les domaines de recherches abordés concernent la biologie générale et humaine, l'évolution, la biologie du comportement et d'autres sujets d’intérêt choisis en concertation avec les participant(e)s. Ce séminaire est une initiation fondamentale à la lecture scientifique et au développement d’un esprit critique, indispensables à la recherche (déjà au niveau du travail de monographie de bachelor et du travail de master).

148

22H002 MICROBIOLOGIE Semestres automne/printemps Nbre d’heures par semaine 4 puis 2 ECTS 5 Nbre d’heures par année 56 Jours & lieux début du cours le vendredi 20 octobre 2017

Enseignement le vendredi et le lundi du 20 octobre au 17 novembre 2017 pendant 4 semaines puis uniquement le vendredi à partir du 24 novembre 2017. lundi 15h15 -­ 17h – CMU vendredi 14h15 -­ 16h – CMU Semestre de printemps : le vendredi, du 23 février au premier juin.

Mode d’évaluation examen écrit (pour les étudiants en sciences pharmaceutiques:

examen conjoint avec le cours de bactériologie 14B004)

Sessions offertes juin + rattrapage août-­septembre Responsable Professeur P. LINDER -­ 022 379 5484 – patrick.linder@unige.ch Enseignant(e)s Messieurs P. LINDER (po), L. FANTAO, L. KAISER (po)

Mesdames C. TAPPAREL (past), M BROCHET (PAST), C.-­A. SIEGRIST (po). Divers Cours obligatoire pour le baccalauréat universitaire en sciences

pharmaceutiques 2ème année. Acquérir des connaissances de base des principaux agents infectieux, de leurs mécanismes de pathogénicité et de moyens de lutte à disposition (antibiotiques, agents chimiothérapeutiques, vaccin, etc.)

Contenu Microbiologie générale : structure de la cellule bactérienne, des champignons et des virus ;; génétique, génie génétique, thérapie génique ;; antibiotiques, antifongiques, antiviraux (modes d’action et résistance). Microbiologie médicale : relations hôte-­parasite bactéries, virus, champignons, parasites.

Bibliographie • Brock: Biologie des micro-­organismes;; M. Madigan et J. Martinko,

11ème édition • Fundamentals of Molecular Virology, N.H. Acheson • Virology Molecular Biology and Pathogenesis, L.C. Norkin • Flint Principles of Virology 3rd ed 2009 • Polycopié, diapositives et articles de référence sur Chamilo

149

13B011 MICROBIOLOGIE GENERALE I – automne Cours à choix restreint de 3ème année (1er semestre) Semestre automne Nbre d’heures par semaine 2 ECTS 3 Nbre d’heures par année 28

Jour mardi 10h15-­12h Lieu Sciences III, salle 0019 Mode d’évaluation examen écrit de 2 heures

Sessions offertes janvier-­février + rattrapage août-­septembre

Responsable Monsieur F. BARJA -­ 022.379.3754 -­ francois.barja@unige.ch Enseignant(e)s Messieurs F. BARJA (cc), M. TONOLLA (cc), R. BEFFA (cc),

Madame C. TAPPAREL (pa). Divers Le cours de microbiologie générale est structuré en deux parties ;;

l'une au semestre d'automne (13B011) et l’autre au semestre de printemps (13B014). La note annuelle est la moyenne des 2 notes obtenues. Le cours doit être suivi dans son intégralité (semestres d’automne et de printemps) pour obtenir 6 ECTS. Il n’est pas possible de prendre uniquement un semestre comme cours à choix libre.

Contenu Présentation des micro-­organismes du point de vue de leur structure, physiologie, écologie, fonctions et applications industrielles. Bactéries (physiologie et fonctions). Facteurs exogènes et croissance microbienne. Méthodes classiques et moléculaires d’analyse des micro-­organismes. Notions de phylogénie, taxonomie et typage des procaryotes. Métabolismes énergétiques des et changements de voies métaboliques selon la source de carbone. Biotechnologie : généralités sur les fermentations, biotransformations, microorganismes impliqués. Lecture et analyse critique d’articles en relation avec les sujets spécifiques choisis pour une présentation orale. Mycologie (moisissures, levures, champignons filamenteux et oomycètes). Les virus, ses particularités et ses fonctions.

Objectif Distinguer et comparer les différents microorganismes Décrire, reconnaître et expliquer le rôle des facteurs exogènes sur la croissance microbienne, ainsi que les concepts de phylogénie, taxonomie, typage et les métabolismes des procaryotes. Faire ressortir l’importance et les fonctions des microorganismes impliqués dans les fermentations. Développer et intégrer leur rôle socio-­économique. Concevoir une présentation orale et écrite en intégrant les données de la littérature. Développer et argumenter le rapport écrit et la présentation orale. Argumenter, articuler et critiquer l’implication des fermentations bactériennes dans les secteurs environnementaux et industriels. Nommer et identifier les différents types de virus. Argumenter et faire ressortir leur fonctions et leur pathogénicité.

150

13B014 MICROBIOLOGIE GENERALE II -­ printemps Cours à choix restreint de 3ème année (2ème semestre) Semestre printemps Nbre d’heures par semaine 2 ECTS 3 Nbre d’heures par année 28

Jour mardi 10h15 -­ 12h Lieu Sciences III, salle 0019

Mode d’évaluation examen écrit de 2 heures

Sessions offertes juin + rattrapage août-­septembre

Responsable Monsieur F. BARJA -­ 022.379.3754 -­ francois.barja@unige.ch Enseignant(e)s Madame F.STUTZ (po),

Messieurs R. BEFFA (cc), J. PAWLOWSKI (pas), K. PERRON (ce). Divers Le cours de microbiologie générale est structuré en deux parties;; l'une

au semestre d'automne (13B011) et l’autre au semestre de printemps (13B014). La note annuelle est la moyenne des 2 notes obtenues. Le cours doit être suivi dans son intégralité (semestres d’automne et de printemps) pour obtenir 6 ECTS. Il n’est pas possible de prendre uniquement un semestre comme cours à choix libre.

Contenu Mécanismes moléculaires de la croissance et reproduction des levures utiles et pathogènes. Ecologie moléculaire des protistes. Lecture, analyse et présentation orale d’articles. Bactéries (antibiotiques, bactériophage, communication bactérienne, bactériologie médicale). Lecture et analyse d’articles Documentation et bibliographie sur Chamilo.unige.ch

Objectifs Enumérer, illustrer et comparer les modèles théoriques de mécanismes moléculaires de croissance et de reproduction des microorganismes. Nommer et identifier les différents types de bactéries. Développer et argumenter l’importance de la microbiologie dans les secteurs : environnementaux, médicaux, humains.

151

13B911 MICROBIOLOGIE GENERALE Travaux pratiques à choix restreint de 3ème année

Semestre printemps -­ 3 semaines Nbre d’heures par jour 4 ECTS 3 Nbre d’heures par

année 60

Jours 19 février au 09 mars 2018 Horaire 14h15 – 18h Lieu Sciences III – salle 0016 Mode d’évaluation Présence obligatoire avec une participation active aux séances.

Rapports notés (exposé oral ou rapport écrit). Co-­requis Suivre en parallèle le cours de Microbiologie générale (13B011 semestre

d'automne et 13B014 semestre de printemps). Répondant Monsieur F. BARJA -­ 022.379.3754 -­ francois.barja@unige.ch Enseignant(e)s Mesdames F. STUTZ (po), M. HOLZMANN (adj-­sc)

Messieurs F. BARJA (cc), J. PAWLOWSKI (pas) K. PERRON (ce) et collaborateur(trice)s.

Divers Nombre de participants : minimum 5 -­ maximum 20.

L'inscription aux travaux pratiques à choix restreint est obligatoire. Le formulaire d'inscription est à téléchargé sur le site internet de Biologie et devra être remis au secrétariat de la Section de biologie, SCIII, 2ème étage, bureau 2004A, avant la fin avril de la deuxième année du bachelor.

Contenu Yeast two-­hybrid, une méthode pour chercher des partenaires moléculaires. Fermentation acétique (bactéries acétiques -­ production de vinaigre). Suivi des paramètres physico-­chimique de la fermentation, détermination de la biomasse totale et du nombre de bactéries viables/non viables et cultivables, extraction des acides nucléiques de ces bactéries. Production de cellulose par les bactéries acétiques dans différentes conditions de culture. Analyse microbiologique de l’eau, antibiogramme, détermination de bactéries. L'ADN environnemental et la diversité des protistes. Protocoles, diapositives et articles de référence disponibles sur Chamilo.unige.ch

Objectifs Illustrer, découvrir et d’explorer certaines méthodes moléculaires et d’analyses microbiologiques, ainsi que déterminer, mesurer, calculer et illustrer les différents paramètres physico-­chimiques indispensables pour effectuer une fermentation microbienne en interprétant les données et tirer les conclusions des expériences. Concevoir et planifier les protocoles expérimentaux. Expliquer les changements de métabolisme des bactéries selon leur source de Carbonne.

152

14B053 MICROBIOLOGIE MOLECULAIRE DES MILIEUX

HYDRIQUES : Détection et typage des microorganismes

Cours à choix de 2ème et 3ème années Semestre automne ECTS 3 Nbre d’heures par année 28 Jour 3 jours consécutifs pause inter-­semestres Lieu A déterminer Mode d’évaluation rapport écrit Responsable Monsieur M. TONOLLA -­ 058 666 62 69– mauro.tonolla@unige.ch

mauro.tonolla@supsi.ch

Ecologie microbienne, Unité de microbiologie, Dép. Biologie végétale, Université de Genève, 30 Quai Ernest-­Ansermet, 1211 Genève 4, Suisse et Laboratory of applied microbiology, University of Applied Sciences Southern Switzerland (SUPSI), Via Mirasole 22A, 6500 Bellinzona

Enseignant Monsieur M. TONOLLA (cc). Divers Enseignement en français/anglais.

Contenu Utilisation des méthodes moléculaires pour la détection et le typage des

microorganismes, applications dans les domaines de l’écologie microbienne, microbiologie médicale et biosécurité. Phylogénie et étude de la biodiversité microbienne, structure et dynamique des populations microbiennes dans l'environnement, des activités biologiques et des interactions. Caractéristiques et dynamiques des écosystèmes hydriques stratifiés en relation avec les communautés microbiennes. Interactions entre conditions physico-­chimiques du milieu et les populations microbiennes et entre ces dernières et les autres organismes. Site internet : https://chamilo.unige.ch/ La page internet permet l'accès au polycopié de base du cours et de communiquer avec l'enseignant. Lors des leçons, des commentaires complémentaires seront donnés ainsi qu'un fascicule.

Objectif Compréhension du rôle de la vie microbienne dans l'évolution et l'écologie de la biosphère. Application des concepts écologiques classiques aux populations et communautés microbiennes. Principes sous-­jacents qui conduisent à la structure de la population microbienne. La dynamique de la communauté à la fois au niveau moléculaire et de l’organismique. Interactions abiotiques et biotiques au sein des communautés microbiennes. Métabolismes microbiens et cycles biogéochimiques. Approches moléculaires pour examiner la structure de la communauté microbienne et sa fonction.

153

14B063A MICROSCOPY AND IMAGING COURSE – PhD-­students Intermediate level course with priority for PhD students and post-­docs Period Autumn Nb of hours / week 30 ECTS 3 (2 for PhD students) Nb of hours / year 30 Day Workshop over five days Place Sciences II, room 245

16. October -­20. October 2017

Requirements Interest in microscopy Examen sessions February + catching August-­September Person in charge Christoph BAUER -­ 022.379.66.32 – christoph.bauer@unige.ch Teacher Ch. BAUER (cc). Miscellaneous Course given in English, « cours à choix » open to 3rd year Biology or

Biochemistry or Pharmacy students. In order to be accepted students interested to take this course need to send a letter of motivation (by e-­mail) at least six weeks before its start. The course gives priority to PhD students and post-­docs.

Contents a) Physical basis of microscopy, b) Bright field microscopy, c) Fluorescence microscopy, d) Confocal microscopy, e) Imaging of live samples, f) Advanced methods (FRAP, FRET, super-­resolution) g) Qualitative and quantitative image analysis. h) ImageJ theoretical and practical (hands-­on) sessions

Objective The objective of this course combining theory and hands-­on is to give

students a theoretical and practical introduction into different microscopes and microscopical techniques. At the end of this course students should have an overview and broadened knowledge on using microscopy for their research projects.

154

14B063P MICROSCOPY AND IMAGING COURSE– Master-­students Beginners level course with priority for master students

Period Spring Nb of hours / week 30 ECTS 3 (2 for PhD students) Nb of hours / year 30 Day Workshop over five days Place Sciences II, room 245

23. April – 27. April 2018

Requirements Interest in microscopy Examen sessions June + catching August-­September Person in charge Christoph BAUER -­ 022.379.66.32 – christoph.bauer@unige.ch Teacher Ch. BAUER (cc). Miscellaneous Course given in English, « cours à choix » open to 3rd year Biology,

Biochemistry Chemistry or Pharmacy master students. In order to be accepted students interested to take this course need to send a letter of motivation (by e-­mail) at least six weeks before its start.

Contents a) Physical basis of microscopy, b) Bright field microscopy, c) Fluorescence microscopy, d) Confocal microscopy, e) Imaging of live samples, f) Advanced methods (FRAP, FRET, super-­resolution) g) Qualitative and quantitative image analysis. h) ImageJ theoretical and practical (hands-­on) sessions

Objective The objective of this hands-­on course is that students get a practical

introduction into different microscopes and microscopical techniques. A practical approach to specimen preparation, image analysis and interpretation of results will give students a base for using microscopy as a tool for their research.

155

14B023 MILESTONES IN PLANT MOLECULAR GENETICS

SELECTED CHAPTERS Open to 3rd year Biology and Biochemistry students, and to Master students. Periods Autumn/Spring Nbre d’heures par semaine 2 ECTS 4 Nbre d’heures par année 28 Time The course is scheduled every other week

An initial meeting will be scheduled at the beginning of the autumn semester, please contact : michael.hothorn@unige.ch

Place Sciences III, room 2063 Evaluation mode Certificate, continuous evaluation, active participation in the course Person in charge M. HOTHORN -­ 022 37 93013 -­ michael.hothorn@unige.ch Teachers M. HOTHORN (pas), L. LOPEZ MOLINA (pas), M. MOULIN (ma),

R. ULM (po). Miscellaneous Course given in English, open to 3rd year Biology or Biochemistry students

(cours à choix), master students and graduate students Contents Students read, present and discuss important classical papers describing

significant breakthroughs in plant genetics and plant molecular biology. Objectives Understand how different fields of plant biological research have developed

and evolved. Exercise critical reading of the scientific literature. Understand experimental methods and the importance of technical innovations. Develop oral presentation skills.

156

14X015 MODELISATION ET SIMULATION DE PHENOMENES

NATURELS Cours à choix restreint de biologie 3ème année Semestre printemps Nbre d’heures par semaine 4 ECTS 4 (6 pour les biologistes)

Nbre d’heures par année 56

Jour vendredi 12h -­ 16h Lieu Batelle 405-­407, Carouge Mode d’évaluation examen oral + travaux pratiques Responsable Monsieur B. CHOPARD – 022 379 02 19 – bastien.chopard@unige.ch Enseignants Messieurs B. CHOPARD (po), J.-­L FALCONE (col. Scientifique I & II),

J. LATT (mer), O. MALASPINAS (post-­doc).

Objectif Introduction à des méthodes de modélisation et de simulations de phénomènes naturels et de systèmes complexes. Mise en oeuvre informatique de modèles qui illustrent le cours en utilisant le langage python.

Contenu Concepts de modélisation informatique de processus naturels Les systèmes dynamiques La dynamique moléculaire et méthode de Monte-­Carlo Les simulations à événements discrets Systèmes multi-­agents Les Automates Cellulaires La méthode de Boltzmann sur réseau Les réseaux complexes

157

14B778 MOLECULAR BIOLOGY JOURNAL CLUB AND PROGRESS

REPORTS Seminar for PhD students and postdocs Periods Autumn/Spring No of hours per day 1 ECTS 5 No of hours per year 32 Day Friday 11:00 – 12:00 Place Sciences III, room 3079 Prerequisites Master in Biology or equivalent Persons in charge

HALAZONETIS Thanos – 022.379.6112 – thanos.halazonetis@unige.ch SCHALCH Thomas – 022.379.6127 – thomas.schalch@unige.ch

Coordinators HALAZONETIS Thanos (po) – SCHALCH Thomas (past) Other The language of the seminars is English.

Contents This course consists of a series of seminars presented by the PhD

students and post-­doctoral fellows of the Department of Molecular Biology In the Autumn semester, each PhD student presents a research paper, chosen in agreement with one of the course coordinators. In the Spring semester, the PhD students present a progress report on their research project. Once per year, the postdoctoral fellows present a progress report.

158

14B035 MOLECULAR PLANT SCIENCES -­ Basic Research Compulsory course for the option « Molecular Plant Sciences» of the master Period autumn No of hours per week 2 ECTS 4 No of hours per semester 28 Day Friday 11:15 – 13:00 Place Sciences III, room 0019 Evaluation mode Oral exam Exam sessions February + catch-­up/repeat August-­September Persons in charge FITZPATRICK Teresa -­ 022.379.3016 -­ theresa.fitzpatrick@unige.ch

ULM Roman – 022.379.3650 -­ roman.ulm@unige.ch Teachers T. FITZPATRICK (po), Y. NACIRI (cc), M. HOTHORN (pas),

L. LOPEZ-­MOLINA (pas), X. PERRET (mer), R. ULM (po). Miscellaneous

Course taught in English (will take place in 2017) The course Molecular Plant Sciences is taught every Autumn alternating between Basic Research (this course) in one year and Applied Aspects (14B037) the other year. Detailed information on the program can be found under: http://www.unige.ch/sciences/biologie/biveg/enseignement/master/program.html.

Contents All life on earth depends on plants. The courses being offered in “Molecular Plant Sciences – Basic Research” and “Molecular Plant Sciences – Applied Aspects” are designed to provide a broad understanding into the rapid advances that are occurring in the field of plant biology at the molecular level. The individual courses are taught on alternating years. “Molecular Plant Sciences” will showcase selected basic research programmes currently being conducted in the Department of Botany and Plant Biology. Topics include light perception and signalling, chloroplast biogenesis and light acclimation, signal perception and transduction by membrane-­integral receptor proteins, vitamin metabolism and environmental stress responses, control of seed germination, and symbiotic nitrogen fixation. In the first of two sessions, each research group leader provides an introduction to his/her field of research. In the second session, the research group leader discusses in more detail his/her current research and the students present papers related to the field.

Objectives Understand plant science at the molecular level through an integrative approach combining developmental processes, genetics, cell biology, biochemistry, physiology and the response to environmental factors as well as learn how to orally present research findings. Leads to improvement of fundamental skills for scientific work in the modern field of plant science and its related areas.

159

14B037 MOLECULAR PLANT SCIENCES – Applied Aspects Compulsory course for the option « Molecular Plant Sciences» of the master Period Autumn No of hours per week

+ readings + visits 2

ECTS 4 No of hours per semester 28 Day Friday 11:15 – 13:00 Place Sciences III, room 0019 Evaluation mode Research work Exam sessions February + catch-­up/repeat August-­September Persons in charge

FITZPATRICK Teresa -­ 022.379.3016 -­ theresa.fitzpatrick@unige.ch ULM Roman – 022.379.3650 -­ roman.ulm@unige.ch

Teachers T. FITZPATRICK (po),

J.-­L. WOLFENDER (po), invited speakers from industry. Miscellaneous

Course taught in English (will take place in 2018) The course Molecular Plant Sciences is taught every Autumn alternating between Basic Research (14B035) in one year and Applied Aspects (this course) the other year. Detailed information on the programme can be found under : http://www.unige.ch/sciences/biologie/biveg/enseignement/master/program.html.

Contents All life on earth depends on plants. The courses being offered in “Molecular Plant Sciences – Basic Research” and “Molecular Plant Sciences – Applied Aspects” are designed to provide a broad understanding into the rapid advances that are occurring in the field of plant biology at the molecular level. The individual courses are taught on alternating years. “Molecular Plant Sciences – Applied Aspects” is designed to highlight current applied aspects of plant biology, agronomy and biotechnology. Lectures will be presented by members of Swiss agricultural research stations as well as major players from the industrial sector. Site visits to research stations or companies will also form part of the program. The course also includes presentations by the students of current topics in applied plant sciences.

Objectives Understand the application of molecular aspects of different agronomical and biotechnological plant science research. Examples and emphasis is placed on players from the Swiss industrial sector and agricultural research stations and provides insight into the real working requirements of applied research.

160

14B054 MORPHOLOGIE ET ANATOMIE VEGETALES

Semestre automne Nbre d’heures par semaine 2 ECTS 4 (cours et travaux pratiques intégrés) Nbre d’heures par année 18 Jour lundi 15h15 – 17h (début du cours le 18 septembre) Lieu Sciences II, salle A150 Mode d’évaluation examen écrit Sessions offertes juin + rattrapage août-­septembre Responsable Monsieur F. STAUFFER – 022. 418.5178 -­ fred.stauffer@ville-­ge.ch Enseignant Monsieur F. STAUFFER (cc). Divers Cet enseignement est destiné aux étudiant(e)s de pharmacie. (1ère année du

bachelor). Il est ouvert aux biologistes. L’examen du cours aura lieu en juin.

Contenu La matière de l'enseignement porte principalement sur la morphologie et

anatomie des organes des appareils végétatifs et reproductifs des angiospermes (racines, tiges, feuilles, fleurs, fruits), sur leur fonctionnement ainsi que sur les différents types cellulaires et tissus de ces organes. La relation entre morphologie et anatomie des appareils végétatifs et reproductifs et son environnement, en particulier la lumière et la disponibilité en eau, ainsi que des méthodes de production de plantes sont également abordés. Un intérêt spécial est porté sur les plantes médicinales et utilitaires

Objectif Ce cours a comme objectif la description des organes végétatifs et reproductifs chez les plantes Angiospermes ;; leurs caractéristiques morphologiques et anatomiques seront détaillées, notamment celles qui ont un lien avec des aspects utilitaires ou influencées par les facteurs environnementaux

Travaux pratiques intégrés Semestre printemps -­ 5 séances (février/mars) Nbre d’heures par semaine 4 Nbre d’heures par année 20 Jour vendredi 14h – 17h Lieu Sciences III, salle TP 5050 Mode d’évaluation certificat (rapport avec appréciation à chaque séance) Divers La présence à ces travaux pratiques est obligatoire pour les étudiant(e)s en

pharmacie pour l’obtention du crédit ECTS et pour l’inscription à l’examen du cours 14B054 en juin. Ces travaux pratiques sont complémentaires au cours.

Contenu Au cours de ces travaux pratiques, les étudiants apprennent à identifier la morphologie générale et les différents tissus des angiospermes et à reconnaître leur organisation dans les racines, les tiges, les feuilles, les fleurs et les fruits. Pour atteindre ces objectifs ils reçoivent soit des coupes montées et colorées, soit des coupes fraîches qu’ils colorent eux mêmes. Des organes végétatifs et reproductifs de différentes plantes sont également fournis en vue de leur description.

161

7312D NEUROBIOLOGIE DE LA REPRESENTATION SPATIALE

(LA) Cours dispensé par la Faculté de psychologie et des sciences de l’éducation. Semestre printemps Nbre d’heures par semaine 2 ECTS 3 Nbre d’heures par année 28 Jour lundi 12h15 – 13h45 Lieu Uni Mail, salle R070 (sour réserve: voir site du cours, indiqué ci-­dessous) Mode d’évaluation travaux évalués en cours de semestre Responsable Monsieur R. MAURER – 022.379.9120 – roland.maurer@unige.ch Enseignant Monsieur R. MAURER (mer). Divers A lieu tous les deux ans

aura lieu cette année (2017-­2018) La page web http://ethologie.unige.ch donne accès aux ressources du cours et aux informations pratiques.

Contenu En 1971, on découvrait dans l'hippocampe du rat (une structure du lobe

temporal profond impliquée dans la mémoire) des cellules de lieu : des neurones qui déchargent quand l'animal est en un certain point de sa surface de locomotion, indépendamment de l'orientation dans laquelle il se trouve;; en 1984, on découvrait près de l'hippocampe des cellules de direction de la tête, qui déchargent en fonction de l'orientation de l'animal dans le plan, indépendamment de sa position sur celui-­ci. Position et orientation sont les primitives de la représentation spatiale : on avait donc identifié, au niveau neuronal, des éléments constitutifs de cette représentation. Plus récemment, les cellules "de grille" du cortex entorhinal sont venues compléter ce tableau, en y ajoutant les mécanismes liés à la prise en compte des déplacements. Ces découvertes ont généré une fructueuse ligne de recherche en neurosciences cognitives, chez le rongeur (cf. prix Nobel de physiologie ou médecine 2014) mais aussi chez les primates non humains et à un niveau plus macroscopique, chez l'humain, qui a permis une analyse à tous les niveaux, du comportemental (au travers des paradigmes spatiaux actuels les plus importants comme l'open-­field, le labyrinthe radial ou la "piscine" de Morris) au neuronal (p.ex. cellules de direction de la tête du thalamus, cellules de lieu de l'hippocampe), d'une fonction cognitive essentielle et complexe. Le cours (donné une année sur deux) passe ces travaux en revue, jusqu'aux plus récents, et abordera la question plus générale des mécanismes neuronaux de la mémoire et du lien entre mémoire spatiale et mémoire épisodique.

Objectif Comprendre les mécanismes et représentations (jusqu'au niveau neuronal) sous-­jacents à l'orientation spatiale, une fonction cognitive de première importance présente chez toutes les espèces mobiles et cruciale pour les humains, bien que peu décrite dans les manuels de psychologie cognitive.

162

14N12 NEUROSCIENCES : CHEMICAL SENSES Period Autumn No of hours per week 2 ECTS 3 No of hours per year 28 Day Tuesday 17 :15 – 19 :00 Place Sciences III, room 4059 Evaluation mode Written exam Person in charge I. RODRIGUEZ – 022.379.3101 – ivan.rodriguez@unige.ch Teachers M.C. BROILLET (mer)

A. CARLETON (pas), S. LACROIX (pas), B. LANDIS (phd), J. DAL COL (adj. Sci). C. MARGOT (cc), R. MAURER (mer),I. RODRIGUEZ (po).

Miscellaneous N’AURA PAS LIEU EN 2017/2018

Course taught in english.

Contents -­ odors and pheromones

-­ mammalian olfactory subsystems -­ taste -­ chemosensory signal transduction -­ integration of olfactory signals -­ from chemistry to perfumery -­ smell versus sight in rodents -­ olfaction and reproduction -­ olfaction in insects -­ parosmias, phantosmias, anosmias... human olfactory pathologies

163

14P021 OPTIQUE ET LASER Semestre automne Nbre d’heures par semaine 2 +1 ECTS 5 Nbre d’heures par année 42 Jour jeudi 14h -­ 17h Lieu salle 306 à Sciences I Mode d’évaluation examen oral Sessions offertes janvier-­février + rattrapage août-­septembre Responsable Monsieur H. ZBINDEN -­ 022.379.0504 – hugo.zbinden@unige.ch Enseignant Monsieur H. ZBINDEN (pas). Contenu L'optique est appliquée aujourd'hui dans presque tous les laboratoires

scientifiques. Ce cours s'adresse aux étudiants de 3ème et 4ème années, qui souhaitent apprendre les bases de l'optique. Le cours devrait aider l'étudiant à appliquer l'optique et les instruments d'optique au laboratoire. Il y a une heure d’exercices et de démonstrations dans le laboratoire. A la fin du cours des examens oraux auront lieu. · Polarisation, biréfringence, sphère de Poincaré · Interférence, cohérence, interféromètre de Mach-­Zehnder, Sagnac et Fabry-­Perot · Diffraction de Frauenhofer, diffraction de Fresnel, monochromateur à réseau. · Le mode, loi de Planck, amplification optique · Le résonateur, le faisceau gaussien · Le laser · Les fibres optiques · Quelques expériences de l'optique quantique

164

14T018 PALEOANTHROPOLOGIE I Semestres automne/printemps Nbre d’heures par semaine 4 ECTS 6 Nbre d’heures par année 112 Jour mercredi 13h15 -­ 17h Lieu Uni Carl Vogt Mode d’évaluation évaluation écrite en cours d’année et rapport écrit Responsable Madame J. DESIDERI (cc).-­ 022.379.79.47 -­ jocelyne.desideri@unige.ch Enseignante Madame J. DESIDERI (cc). Contenu Cet enseignement de niveau bachelor vise

- un apprentissage approfondi de l’ostéologie humaine (adultes et immatures) - une acquisition des méthodes de détermination de l’identité biologique

(diagnose sexuelle et estimation de l’âge-au-décès des adultes et estimation de l’âge-au-décès des immatures)

- une introduction à l’étude des populations (recrutement funéraire, NMI, morphoscopie, morphométrie)

Une application concrète à travers l’étude d’une série archéologique sera réalisée au cours des TP

165

11T007 PALEOBIOLOGIE ET PALEONTOLOGIE Semestres automne/printemps Nbre d’heures par semaine 2 ECTS 5 Nbre d’heures par année 56 Jour Lieu

automne: mercredi 13h15 -­ 15h printemps: jeudi 13h15 -­ 15h Sciences de la Terre et de l’environnement, 13 rue des Maraîchers, salle 203

Mode d’évaluation examen oral Sessions offertes juin + rattrapage août-­septembre Responsable Madame R. MARTINI -­ 022.379.6612 – rossana.martini@unige.ch Enseignante Madame R. MARTINI (pas). Contenu Le but de ce cours est de mettre en évidence que l’étude de l’histoire

géologique et paléontologique de la Terre ne peut, en aucun cas, faire abstraction de la compréhension des milieux actuels. C’est en se basant sur l’observation et l’étude des communautés vivantes que nous pouvons, dans le cadre de la paléobiologie, expliquer le mode de vie des invertébrés marins du passé et comprendre leur évolution. Le cours se propose également de souligner le rôle géologique du fossile dans les datations des roches (biostratigraphie), ainsi que dans les reconstitutions paléoenvironnementales et paléoclimatiques. Le cours s’articule en deux parties :

1. La Paléobiologie : Principales subdivisions du monde organique, systématique et taxonomie, Théorie de l’évolution, Biostratigraphie, Modes de vie des divers organismes, Traces fossiles. 2. La Paléontologie systématique : Étude des phyla suivants : Eponges, Archaeocyathes, Cnidaires, Brachiopodes, Bryozoaires, Arthropodes, Mollusques, Gastéropodes, Céphalopodes, Echinodermes. De chaque groupe seront examinées : l’anatomie, les caractéristiques morphologiques, les stratégies évolutives, la distribution stratigraphique et leur signification paléoécologique.

166

11T907 PALEOBIOLOGIE ET PALEONTOLOGIE Travaux pratiques Semestres automne/printemps Nbre d’heures par semaine 2 ECTS 2 Nbre d’heures par année 56 Jour Lieu

automne: mercredi 15h15 -­ 17h printemps: jeudi 15h15 -­ 17h Sciences de la Terre et de l’environnement, 13 rue des Maraîchers, salle 203

Mode d’évaluation contrôles oraux (à la fin de chaque semestre) Sessions offertes en décembre et en mai, dans le cadre du cours Enseignante Madame R. MARTINI (pas). Contenu Les travaux pratiques seront consacrés à la description et à la

reconnaissance des restes fossiles, des phyla traités dans le cours, c’est-­à-­dire : Eponges, Archaeocyathes, Cnidaires, Brachiopodes, Bryozoaires, Arthropodes, Mollusques, Gastéropodes, Céphalopodes, Echinodermes.

11T507 PALEOBIOLOGIE ET PALEONTOLOGIE Camp Semestre printemps – 2 jours ECTS 0.5 Mode d’évaluation certificat Sessions offertes aucune Enseignante Madame R. MARTINI (pas). Contenu Ces travaux auront pour but d’apprendre aux étudiants les bases du travail

sur le terrain, depuis les observations géologiques, sédimentologistes et biostratigraphiques, jusqu’à l’échantillonnage des roches. Des affleurements remarquables du point de vue de la fossilisation seront également visités.

167

14B062 PALEOLITHIQUE ET NEOLITHIQUE DE L'AFRIQUE :

des premiers outils à la mise en place des sociétés complexes

Cours obligatoire du master en archéologie préhistorique Semestre automne Nbre d’heures par semaine 4 ECTS 6 Nbre d’heures par année 56 Jour mercredi 10h -­ 13h Lieu Sciences II, salle 449 Mode d’évaluation examen oral Sessions offertes janvier-­février + rattrapage août-­septembre Responsable Monsieur E. HUYSECOM -­ 022.379.6973/67 -­ eric.huysecom@unige.ch Enseignant(e)s Messieurs E. HUYSECOM (pas), et collaborateurs. Divers A LIEU TOUS LES DEUX ANS.

AURA LIEU AU SEMESTRE D’AUTOMNE 2017 Contenu Ce cours aborde les grands mouvements de populations liés aux

variations climatiques pléistocènes et holocènes, et les interactions entre l’Homme et son environnement. Dans une première partie, nous exposerons l’état actuel de nos connaissances concernant les origines du peuplement sur le continent africain et régions avoisinantes, la naissance de l’outil, et les principales industries du Paléolithique. Dans une seconde partie, nous discuterons du concept de «néolithisation africaine» et de l’apparition de l’élevage et de l’agriculture, et présenterons un panorama des différentes cultures néolithiques africaines à la lueur des découvertes récentes. Les recherches archéologiques de l’équipe du Laboratoire Archéologie et Peuplement de l’Afrique (APA) sur le gisement d’Ounjougou, au Mali, et dans la vallée de la Falémé, au Sénégal, seront détaillées à titre d’illustration.

Objectif Acquisition des principales connaissances dans le domaine concerné.

14B762 PALEOLITHIQUE ET NEOLITHIQUE DE L'AFRIQUE : des premiers outils à la mise en place des sociétés complexes

Séminaire Semestre automne Nbre d’heures par semaine 2 ECTS 3 Nbre d’heures par année 28 Jour mercredi 15h -­ 17h Lieu Sciences II, salle 449 Mode d’évaluation présentation orale et travail écrit Responsable Monsieur E. HUYSECOM -­ 022.379.6973/67 -­ eric.huysecom@unige.ch Enseignant(e)s Monsieur E. HUYSECOM (pas), et

Mesdames M. LORENZO MARTINEZ (as), K. DOUZE (AdjSc3).

Divers A LIEU TOUS LES DEUX ANS.

AURA LIEU AU SEMESTRE D’AUTOMNE 2017

Contenu Sujets en relation avec le cours n° 14B062.

Ojectif Approfondir certains sujets abordés dans le cours n° 14B062, notamment au travers d’un travail personnel.

168

14B056 PARASITOLOGIE GENERALE ET SYSTEMATIQUE Semestre printemps Nbre d’heures par semaine 3 ECTS 5 Nbre d’heures par année 42 Jour mercredi 14h15 -­ 17h Lieu Sciences II, 2ème étage, salle 229 Mode d’évaluation Examen oral Sessions offertes juin + rattrapage août-­septembre Responsable Monsieur J. MARIAUX – 022.418.6343 – jean.mariaux@unige.ch Enseignant Monsieur J. MARIAUX (pt). Divers Une inscription par email est souhaitée dès le semestre d’automne si

possible et jusqu’au 19.2.2018 au plus tard. NB : Le cours est donné à partir de 3 participants. Cours en français (examen en anglais possible)

Contenu 1) Parasitologie : principes et définitions, associations hétérospécifiques, cycles parasitaires, vecteurs ;;

2) Diversité des parasites ;; 3) Principaux parasites humains et animaux : sporozoaires, flagellés,

monogènes, digènes, cestodes, acanthocéphales, nématodes, arthropodes ;;

4) Parasitoses humaines importantes : amibiases, malarias, schistosomiases, echinococcoses, filarioses ;; Notions de diagnostic parasitaire ;;

5) Ecologie des parasites, biologie évolutive des parasites. 6) Chapitres choisis Démonstrations et travaux pratiques inclus.

Objectif Apprécier la diversité et le rôle des parasites dans les écosystèmes et leur impact sur leurs hôtes Connaître et reconnaître les principaux groupes de parasites animaux Connaître les principaux parasites humains, leur mode de transmission et leur impact.

169

14B650 PENSER LES SCIENCES :

Nouvelles Perspectives de la Recherche

Semestre printemps Nbre d’heures par semaine 2 ECTS 3 Nbre d’heures par année 28 Jour jeudi 12h15 – 14h Lieu Uni Carl-­Vogt, C308 Mode d’évaluation examen oral ou travail de recherche écrit /

Oral exam or written research paper Sessions offertes juin + rattrapage août-­septembre Responsable Monsieur B. STRASSER -­ bruno.strasser@unige.ch Enseignant Monsieur B. STRASSER (po). Divers Ce séminaire de recherche est en principe enseigné en français sauf

demande contraire des participants. Il s’adresse aussi bien aux étudiants avancés en sciences naturelles, qu’en sciences humaines et sociales, et à toute personne intéressée, notamment doctorants et chercheurs. Il ne requiert aucune connaissance préalable en science, en histoire, en sociologie ou en anthropologie, mais la lecture de l’anglais est nécessaire.

************** This course is open to all advanced students in the natural, social, and human sciences, as well as any interested person, such as doctoral students and researchers. It does not require any specific knowledge in science, history, sociology, or anthropology, but reading skills in English are necessary.

Contenu L‘objectif de ce séminaire est d’identifier les nouvelles perspectives de recherche dans l’étude des sciences (“science studies”). Ces dernières années, de nouveaux thèmes de recherches ont émergé, notamment dans le champ de l'histoire de l'environnement, de l'histoire globale, de l'histoire des catégories épistémologiques, de la sociologie de l'expertise, de la sociologie de la participation publique, et de l'anthropologie des sciences de la vie. Pour identifier et développer un regard critique sur ces développements, les participants discuteront plusieurs ouvrages récents en histoire, sociologie et anthropologie des sciences, ainsi que les dernières publications des revues dans le domaine. Le programme des lectures sera déterminé en fonction des intérêts spécifiques des participants.

************** The purpose of this course is to identify new research perspectives in science studies. In the last few years, new research themes have emerged, for example in environmental history, global history, historical epistemology, the sociology of expertise and public participation, and the anthropology of the life sciences. In order to identify and gain a critical understanding of these themes, participants will discuss several recent books and survey the current literature in the field. The exact readings list will be determined depending on the specific interests of the participants.

170

14B657

PHYLOGENIE ET EVOLUTION MOLECULAIRE / PHYLOGENY AND MOLECULAR EVOLUTION

Stage (cours + travaux pratiques) Cours obligatoire pour l’orientation « Biodiversité et systématique» du master Semestres automne/printemps Nbre d’heures par semaine 40 ECTS 5 (doctorants 3) Nbre d’heures par année 40 Jours contacter le responsable Mode d’évaluation rapport Responsable Monsieur J. MONTOYA – 022.379.6786– juan.montoya@unige.ch Enseignant(e)s Messieurs J. MONTOYA et collaborateur(trice)s. Divers Inscription par e-­mail à Juan MONTOYA: juan.montoya@unige.ch.

Les places sont limitées. Ce cours est donné en anglais et a pour but de comprendre comment évoluent l’ADN et les protéines et comment cette information est utilisée pour reconstruire les relations phylogénétiques entre organismes. Le cours comporte une partie théorique et une partie pratique destinée à familiariser les étudiants avec les programmes d’analyse phylogénétique.

Contenu Modèles d’évolution de l’ADN. Modes de sélection moléculaire. Taux d’évolution et horloge moléculaire. Méthodes de reconstruction phylogénétique: distance et probabiliste. Application des phylogénies moléculaires dans la reconstruction de l’arbre du vivant, l’étude de la biodiversité, l’étude de la spéciation et la phylogéographie. Phylogénies multigéniques et phylogénomique. Test de comparaison d'hypothèses évolutives alternatives. La partie pratique comporte une présentation des bases de données, alignement des séquences nucléotidiques et protéiques, utilisation des programmes d’analyse phylogénétique (MrBayes, Phyml, RaxML, Paml,...), tests statistiques appliqués aux reconstructions phylogénétiques, estimations des temps de divergence.

171

13B012A PHYSIOLOGIE VEGETALE -­ automne

Perception moléculaire de l’environnement chez les plantes

Cours à choix restreint de 3ème année Semestre automne Nbre d’heures par semaine 2 ECTS 3 Nbre d’heures par année 28 Jour jeudi 10h15 -­ 12h Lieu Sciences III, salle 1S081 Mode d’évaluation examen écrit (3h) Pré-­requis notions de biologie végétale acquises durant les deux premières années

(en particulier : 12B019 Développement végétal). Sessions offertes janvier-­février + rattrapage août-­septembre Responsable Madame T. FITZPATRICK – 022.379.3016 – theresa.fitzpatrick@unige.ch Enseignant(e)s Madame T. FITZPATRICK (PO),

Messieurs R. ULM (PO), M. MOULIN (MA), L. LOPEZ-­MOLINA (PAS). Divers Le cours de physiologie végétale est structuré en deux parties;; l'une

au semestre d'automne (13B012A) et l’autre au semestre de printemps (13B012P). La note annuelle est la moyenne des 2 notes obtenues. Le cours doit être suivi dans son intégralité (semestres d’automne et de printemps) pour obtenir 6 ECTS. Cours en français et en anglais.

Contenu Plantes modèles, méthodes expérimentales (Exemple de I’utilisation

d’Agrobacterium tumefaciens) (R. Ulm). La photosynthèse et sa régulation, l’adaptation à la lumière (M. Moulin). Les hormones des plantes (R. Ulm et L. Lopez-­Molina). Les stress abiotiques (salinité, sécheresse, inondation, température (T. Fitzpatrick).

Objectifs En tant qu’organismes sessiles, les plantes doivent être en mesure de percevoir les conditions environnementales défavorables pour leur survie et d’y apporter une réponse appropriée. La compréhension de ces processus a des implications importantes pour améliorer la croissance et le rendement des plantes cultivées. Dans ce cours, vous allez développer une connaissance approfondie des mécanismes moléculaires impliqués dans divers aspects de la perception de l’environnement par les plantes.

172

13B012P PHYSIOLOGIE VEGETALE -­ printemps

Perception moléculaire de l’environnement chez les plantes

Cours à choix restreint de 3ème année Semestre printemps Nbre d’heures par semaine 2 ECTS 3 Nbre d’heures par année 28 Jour jeudi 10h15 -­ 12h Lieu Sciences II, salle A50A Mode d’évaluation examen écrit (3h) Pré-­requis notions de biologie végétale acquises durant les deux premières années

(en particulier : 12B019 Développement végétal). Sessions offertes Juin + rattrapage août-­septembre Responsable Madame T. FITZPATRICK – 022.379.3016 – theresa.fitzpatrick@unige.ch Enseignant(e)s Madame T. FITZPATRICK (po),

Messieurs M. HOTHORN (pas), T. TURLINGS Université de Neuchâtel (po), M. ERB Université de Bern (pas).

Divers Le cours de physiologie végétale est structuré en deux parties;; l'une

au semestre d'automne (13B012A) et l’autre au semestre de printemps (13B012P). La note annuelle est la moyenne des 2 notes obtenues. Le cours doit être suivi dans son intégralité (semestres d’automne et de printemps) pour obtenir 6 ECTS. Cours en français et en anglais.

Contenu Objectifs

La nutrition des plantes (T. Fitzpatrick). Aspects du stress biotique et aspects structuraux de la perception moléculaire (M. Hothorn). Les réponses aux insectes (M. Erb et T. Turlings). En tant qu’organismes sessiles, les plantes doivent être en mesure de percevoir les conditions environnementales défavorables pour leur survie et d’y apporter une réponse appropriée. La compréhension de ces processus a des implications importantes pour améliorer la croissance et le rendement des plantes cultivées. Dans ce cours, vous allez développer une connaissance approfondie des mécanismes moléculaires impliqués dans divers aspects de la perception de l’environnement par les plantes.

173

13B906 PHYSIOLOGIE VEGETALE Travaux pratiques à choix restreint de 3ème année Semestre printemps -­ 3 semaines Nbre d’heures par jour 4 ECTS 3 Nbre d’heures par année 60 Jours 16 avril au 04 mai 2018 Lieu Sciences III, laboratoires Mode d’évaluation participation active et présentation orale, certificat Pré-­requis Avoir suivi ou suivre en parallèle le cours de Physiologie végétale

(13B012A & 13B012P)

Responsable Madame DEMARSY E. – 022 379 36 52 – emilie.demarsy@unige.ch Enseignant(e)s Madame T. FITZPATRICK (po),

Messieurs M. HOTHORN (pas), LOPEZ MOLINA (pas), R. ULM (po) et assistant(e)s.

Divers L'inscription aux travaux pratiques à choix restreint est obligatoire.

Le formulaire d'inscription est à téléchargé sur le site Internet de Biologie et devra être remis au secrétariat de la Section de biologie, SCIII, 2ème étage, bureau 2004A, avant la fin avril de la deuxième année du bachelor.

Contenu Les étudiants, par groupes de 2 et sous la direction d’un assistant, mènent au sein d’un des 5 laboratoires du département un projet de recherche actuelle liée à la thématique du laboratoire d’accueil. Les thèmes de recherche des différents laboratoires sont décrits sur les sites web respectifs présentés sur le site du département de Botanique et Biologie végétale : http://www.unige.ch/sciences/biologie/biveg/labs.html

Objectif Se familiariser en situation réelle avec les techniques et les outils utilisés dans un laboratoire de recherche. Décrire le projet et les résultats obtenus dans une présentation orale.

174

14B058 PHYSIOMATIQUE Semestre printemps Nbre d’heures par semaine 1 ECTS 3 Nbre d’heures par année 28 Jour & lieu prendre contact avec le responsable Mode d’évaluation rapport écrit Co-­requis suivre en parallèle le TP n° 14B912 Biologie des systèmes intégrés

Responsable Monsieur R. DEGLI AGOSTI – 022 379.0765 – robert.degliagosti@unige.ch Enseignants Messieurs R. DEGLI AGOSTI (cc), H. GREPPIN (ph). Divers Une pré-­inscription par e-­mail est demandée : robert.degliagosti@unige.ch

Le cours est intégré aux TP Biologie des systèmes intégrés (no 14B912). Il est donné en français, mais des publications en anglais peuvent être utilisées.

Contenu Ce cours traite d'approches intégrées dans le domaine de la biologie

végétale. Notions d’écophysiologie végétale, méthodes d'analyses non invasives chez les végétaux, acquisition des données -­ senseurs -­ traitements des données, modélisation et simulation, électrophysiologie végétale, fluorescence de la chlorophylle.

Objectif Introduction de base aux techniques de biophysique (bioélectricité, fluorescence de la chlorophylle etc..) chez les végétaux.

175

14B059 PHYTOPATHOLOGIE ET SYSTEMES CULTURAUX Semestre printemps Nbre d’heures par semaine 2 ECTS 3 Nbre d’heures par année 28 Jour & lieu mardi 14h-­16h, salle à déterminer Mode d’évaluation examen oral Sessions offertes juin + rattrapage août-­septembre Co-­requis suivre le cours de Microbiologie générale I et II #13B011 et #13B014 Répondant Monsieur F. BARJA -­ 022.379.3754 – francois.barja@unige.ch Enseignant Monsieur R. BEFFA (cc) – roland.beffa@unige.ch Divers Ce cours s'adresse aux étudiant(e)s de 3ème et 4ème années. Contenu Le cours est une introduction aux maladies causées par les micro-­

organismes (Virus / Bactéries / Champignons) et les méthodes de contrôles du développement de ces organismes pathogènes. Le cours abordera les mécanismes d’infection des plantes, les réactions de l’hôte, les techniques de lutte contre les maladies (utilisation de composés antifongiques, sélection variétale, biotechnologies, rotation des cultures, travail des sols, etc.) et les méthodes de diagnostics. Dans une seconde partie le développement épidémiologique des maladies au niveau du champ sera traité ainsi que le rôle de différents vecteurs comme les mauvaises herbes ou les insectes. Dans une troisième partie les principes caractérisant les systèmes de production agricoles modernes seront discutés dans une perspective de développement sur le long terme. Le cours abordera les principes de bases des différents sujets traités et donnera à l’étudiant les éléments nécessaires pour approfondir ses connaissances par des lectures personnelles recommandées. Le cours de Microbiologie offre de bonnes bases pour suivre le cours de « Phytopathologie et Systèmes Culturaux ».

Objectif Identifier et reconnaître les maladies des plantes causées par les micro-­organismes. Associer les processus d’infection et les réactions de l’hôte. Déterminer et explorer le développement épidémiologique ainsi que les principaux principes de luttes contre les maladies. Articuler et argumenter la gestion des systèmes culturaux.

176

14B648 PLANT SCIENCE SYMPOSIUM (PSS) AND GENEVA

PLANT SEMINARS (GPS)

Compulsory course for the option « Molecular Plant Sciences» of the master

Periods Autumn/Spring 60 hours per year ECTS 1 Language : English Day & place Autumn semester

PSS: Every Monday 13:00 – 14:00 / Sciences III, room 1S081 GPS: Wednesdays 11:15 – 13:00 / Sciences III, room 1S059 (see bioseminars.unige.ch for schedule and content)

Spring semester PSS: Every Monday 13:00 – 14:00 / Sciences III, room 1S081 GPS: Wednesdays 12:15 – 14:00 / Sciences III, room 1S059 (see bioseminars.unige.ch for schedule and content)

Prerequisite Bachelor in Biology or Biochemistry or equivalent Evaluation mode No examination. Participation is mandatory for students of the Master in

Biology, option Molecular Plant Sciences. Persons in charge T. FITZPATRICK – 022 379 3016 -­ theresa.fitzpatrick@unige.ch

R. ULM – 022 379 3650 -­ roman.ulm@unige.ch Teachers T. FITZPATRICK (po), M. HOTHORN (pas), L. LOPEZ-­MOLINA (pas),

X. PERRET (mer), R. ULM (po), MSc students, PhD students and postdocs, invited researchers.

Contents The Plant Science Symposium seminars (PSS) are presented by the

MSc students, PhD students and postdocs of the Department of Botany and Plant Biology, who give progress reports on their own research activities. The PSS are organized on a weekly basis (Mondays at 13:00). The Geneva Plant Seminars (GPS) feature invited speakers and cover all aspects of current research in Plant Biology. They are organized on a case-­by-­case basis, usually on Wednesday at either 11.15 or 12:15 (please refer to the announcements on bioseminars.unige.ch for schedule and content). Please note some are in the context of the Life Science Seminar Series (LSSS) and take place on Tuesdays 16:15.

Objective Learn about the most-­up-­to-­date scientific questions and methods in

Plant Biology. Be able to transfer this knowledge to the benefit of your own research, if appropriate.

177

11T009 PREHISTOIRE GENERALE Cours obligatoire pour le bachelor en Archéologie préhistorique et anthropologie Semestres automne/printemps Nbre d’heures par semaine 2 ECTS 6 Nbre d’heures par année 56 Jour mardi 16h15 -­ 18h Lieu Uni Carl Vogt Mode d’évaluation examen écrit Sessions offertes juin + rattrapage août-­septembre et

février

Responsables Madame M. BESSE -­ 022.379.6915 -­ marie.besse@unige.ch Monsieur E. HUYSECOM – 022.379.6973/67 – eric.huysecom@unige.ch

Enseignant(e)s Mesdames M. BESSE (pas), P. CHIQUET (cs), J. DESIDERI (cc),

L. MARTIN (post-­doc), A. SANCHEZ-­MAZAS (po), T. STEIMER (ce suppl)

Messieurs N. HUBERT VAN BLYENBURGH (cc), E. HUYSECOM (pas), P.-­Y. NICOD (cs).

Divers Ce cours est destiné aux étudiant(e)s en biologie orientation préhistoire

comme cours obligatoire et aux étudiant(e)s en biologie et d'autres formations comme cours à choix libre.

Contenu Cet enseignement de niveau bachelor présente l’évolution humaine du point de vue de son mode de vie, de son organisation sociale, de ses réalisations techniques et de ses peuplements sur la base des vestiges archéologiques découverts dans les différents continents. L’aventure culturelle humaine est ainsi racontée depuis ses origines jusqu’à l’aube de l’urbanisation. Ce cours se propose de répondre aux questions : qui sommes-­nous ? d’où venons-­nous ? quelles en ont été les étapes et à quels moments ? comment pouvons-­nous mettre cela en évidence ? Cet enseignement peut être complété par des travaux pratiques.

11T909 PREHISTOIRE GENERALE Travaux pratiques obligatoires pour le bachelor Archéologie préhistorique et anthropologie Semestres automne/printemps Nbre d’heures par semaine 3 ECTS 3 Nbre d’heures par année 84 Jour mardi 13h15 -­ 16h Lieu Uni Carl Vogt Mode d’évaluation examen oral Responsable Madame M. BESSE -­ 022.379.6915 -­ marie.besse@unige.ch Enseignant(e)s Madame T. STEIMER (ce) et collab. Contenu Ces travaux pratiques de niveau bachelor permettent aux étudiant.e.s de

voir et de manipuler le matériel archéologique. Il s'agit d'apprendre à reconnaître les matières premières, les techniques de taille et de façonnage utilisées dans la fabrication des objets préhistoriques. Des visites de sites archéologiques sont également prévues.

178

14T006 PREHISTOIRE REGIONALE Cours obligatoire pour le bachelor en Archéologie préhistorique et anthropologie Semestres automne/printemps Nbre d’heures par semaine 2 ECTS 6 Nbre d’heures par année 56 Jour jeudi 15h -­ 17h Lieu Uni Carl Vogt Mode d’évaluation examen oral Sessions offertes juin + rattrapage août-­septembre et

février

Responsable Monsieur J. ANASTASSOV (ce) -­ 022.379.6976

jordan.anastassov@unige.ch Enseignant Monsieur J. ANASTASSOV (ce) et collab. Divers A LIEU TOUS LES DEUX ANS

Ce cours a lieu en 2017-­2018. N’aura pas lieu en 2018-­2019.

Contenu Cet enseignement de niveau bachelor présente la préhistoire du Plateau

suisse et des régions avoisinantes, des derniers chasseurs à l'aube de l'histoire. Plusieurs aspects sont abordés : paléo-­environnements, peuplements, habitats, économie, technologie, typologie et chronologie des productions matérielles. Il s'agit ici d'offrir une vision diachronique de l'évolution des sociétés humaines préhistoriques d'une région singulière.

14T016 PREHISTOIRE REGIONALE Travaux pratiques pour le bachelor en Archéologie préhistorique et anthropologie Semestres automne/printemps Nbre d’heures par semaine 4 ECTS 6 Nbre d’heures par année 112 Jours vendredi 8h15 – 12h00 + une semaine de voyage d'études Lieu Uni Carl Vogt Responsable Madame M. BESSE -­ 022.379.6915 -­ marie.besse@unige.ch Enseignants Monsieur A : AL QADI (postdoc)

Mesdames T. STEIMER (ce) et M. BESSE (pas) Divers A LIEU TOUS LES DEUX ANS

Ce cours a lieu en 2017-­2018. N’aura pas lieu en 2018-­2019.

Contenu Pendant cet enseignement de niveau bachelor, les étudiantes et les

étudiants mèneront une recherche sur une thématique de la préhistoire régionale. Un voyage d'étude sera organisé par les étudiant.e.s. Toutes les contributions seront rassemblées dans un volume qui servira de guide scientifique pendant le voyage d'étude.

179

14T017 PREHISTOIRE REGIONALE Séminaire obligatoire le bachelor en Archéologie préhistorique et anthropologie Semestres printemps Nbre d’heures par semaine 2 ECTS 3 Nbre d’heures par année 28 Jour à fixer Lieu Uni Carl Vogt

Mode d’évaluation présentation orale Responsables Monsieur Lionel PERNET (cc)

Contact: Marie BESSE -­ 022.379.6915 -­ marie.besse@unige.ch Enseignant Monsieur J. ANASTASSOV (postdoc) Divers A LIEU TOUS LES DEUX ANS

Ce cours a lieu en 2017-­2018. N’aura pas lieu en 2018-­2019.

Contenu Cet enseignement de niveau bachelor offre à l'étudiant la possibilité

d'étudier un site préhistorique du Plateau suisse et des régions avoisinantes. Il s'agit d'analyser le contexte de sa découverte, les méthodes de fouilles mobilisées et les résultats interprétatifs proposés.

180

24N01 PRINCIPLES OF NEUROBIOLOGY I Period Automn hours per week 2 ECTS 3 (lectures) hours per year 28 Day Tuesday 16:15 – 18:00

Place Auditorium C150, CMU Evaluation mode Written test Time of exams January 2017. Resit examination in September 2017 Person in charge J.-­M. MATTER – 022 379.6195 – jean-­marc.matter@unige.ch Teachers J.-­M. MATTER (mer) and other teachers of the Medical School. Description This course covers the principles of the central nervous system

organization, the mechanisms involved in the development of cortical circuits and functional specificities of the major anatomical regions of the brain. Basic knowledge in neurobiology is required to attend this course. Students are advised to take the joint course “Principles of Neurobiology II”. Supplementary information on the module can be found in the courses program of the University of Geneva or on Dokeos https://dokeos.unige.ch/home/courses/24N01/.

14N11 PRINCIPLES OF NEUROBIOLGY II Period Autumn Hours per week 2 ECTS 3 (lectures) Hours per year 28 Day Wednesday 16:15 – 18:00 Place Auditorium C150, CMU Evaluation mode Written test Time of exams January 2017. Resit examination in September 2017 Person in charge D. HUBER – 022 379.5347 – daniel.huber@unige.ch Teachers D. HUBER (prof) and other teachers of the Medical School. Contenu This course addresses the main aspects of the functioning of a neuron and

ion channels, the synaptic transmission and the network activity, and puts into perspective the role of these properties as part of the major functions of our brain. Basic knowledge in neurobiology is required to attend this course. Students are advised to take the joint course “Principles of Neurobiology I”. Supplementary information on the module can be found in the courses program of the University of Geneva or on Dokeos https://dokeos.unige.ch/home/courses/24N01/.

181

14F006 PROGRAMMING FOR BIOINFORMATICS Course -­ Practicals Period Automn No of hours per day 2+4 ECTS 6 (7 for biologists) No of hours per year 28+56 Day / Place Thursday 10:15 to 12:00 / Batelle, bâtiment A 319-­321, Carouge TP Thursday 14:00 to 18:00 / CMU Library Evaluation mode Written exam + Pratical works Person in charge B. CHOPARD – 022 379 02 19 – bastien.chopard@unige.ch Divers N’A PAS LIEU EN 2017-­2018 Teacher B. CHOPARD (po).

Objective To present the basic concepts of programming and algorithms through the

Python language. Python is frequently used in bioinformatics and allows implementing important data structure and algorithms.

Contents Practical works and exercises will consist of implementing in Python programs which illustrate the notions seen in the course.

182

12T019 PRINCIPES DE SEDIMENTOLOGIE Cours obligatoire pour le bachelor en biologie orientation préhistoire 3ème année Semestre automne

ECTS 2.5 (4.5 bachelor en biologie orientation préhistoire)

Nbre d’heures par année 33

Jour & lieu CONTACTER OBLIGATOIREMENT LE RESPONSABLE AVANT LE

DEBUT DES COURS POUR SIGNALER VOTRE PARTICIPATION. Mode d’évaluation examen écrit Sessions offertes janvier-­février + rattrapage août-­septembre Responsable Monsieur S. CASTELLTORT – 022 379 6616

sebastien.castelltort@unige.ch Département des sciences de la Terre

Enseignant S. CASTELLTORT (pas). Contenu Principales lois physiques intervenant dans la sédimentation. Structures

sédimentaires érosives, dépositionnelles et liées à l'activité biologique. Description des principaux modèles sédimentaires siliciclastiques et des différentes séquences de dépôt qui les caractérisent (cônes alluviaux, dépôts éoliens, rivières en tresse et méandriformes, deltas, dépôts littoraux, cordons littoraux, estuaires, cônes turbiditiques, contourites). Un stage de terrain relatif à ce cours a lieu en 3ème année (13T513, camp de géologie).

183

14B010

PRINCIPLES OF CELLULAR AND MOLECULAR BIOLOGY Biologie cellulaire et moléculaire approfondie

Periods Autumn/Spring (2h class + 1h exercise) No of hours per week 3 ECTS 8 No of hours per year 84 Time Wednesday 10:15 -­ 12:00 Place Sciences III, room 0019 Evaluation Oral exam: Presentation of a publication selected by the teachers

(10 min) followed by questions (2 x 15 min). The publications will be communicated three weeks before the exam. Note: Active participation is compulsory for this class. To obtain the credits, students have to present a minimal number of publications as set by the course organizer (usually 3-­4). Attendance for 1 semester: minimal number of publications: 2.

Requirements No mandatory requirements. However, a basic knowledge in molecular

and cellular biology is necessary to follow the course. For local students: Biologie moléculaire de la cellule (13B001) and/or Biochimie II (13C008) are highly recommended.

Exam sessions Primary session: June;; secondary session: August-­September.

An additional session in February is possible for Erasmus students. Person in charge F. STUTZ -­ 022.379.6729 – Francoise.Stutz@unige.ch Teachers S. CITI (pas), M. KAKSONEN (po), J. C. MARTINOU (po),

D. PICARD (po), P. GUICHARD (past), T. SOLDATI (pas), F. STUTZ (po).

Miscellaneous The course is intended for students preparing a master in biology or

biochemistry. The teachers will present their classes in English. The students have the choice between English and French for the presentation of the publications and for the exam. The aim of this course is to acquire a deeper knowledge of the molecular mechanisms governing cellular functions. The teachers will give short overviews on recent developments in the fields specified below. The students will present and discuss selected publications chosen by the teachers. The class includes two hours of teaching/presentation and 1 hour of individual reading and preparation of publications by the students per week.

Topics Cell structure and function: Membrane biogenesis and vesicular transport;; intracellular pathogen interference with membrane trafficking pathways. Signaling mechanisms: Cell-­cell junctions in tissue physiology, differentiation and signaling;; cellular stress responses. Cell division, centrosome and cilia. Mechanisms of regulation of gene expression: Chromatin biology and epigenetics;; mRNA biogenesis and quality control;; small RNAs, mitochondrial RNA metabolism.

Objective

Learn how to read, interpret and present scientific publications. Learn how to ask questions and discuss science with colleagues and teachers. Acquire in-­depth understanding of molecular mechanisms controlling cell function as well as of the experimental approaches used to study these fundamental processes.

184

14B773 PROGRESS REPORT IN CELL BIOLOGY Seminar Periods Autunm/Spring hours per week 1 ECTS 3 hours per year 28 Day and Place Thursdays 10:00 / Sciences III, room 2024 Evaluation Oral presentation Time of exams June Persons in charge S. CITI -­ 022.379.6182 – sandra.citi@unige.ch Teachers S. CITI (pas), J.-­C. MARTINOU (po), D. PICARD (po), F. STUTZ (po),

P. GUICHARD (past). Miscellaneous This course is intended for fourth-­year Master students and graduate

students in the Department of Cell Biology. Other interested students please contact Dr. S. Citi. The course consists of presentations of current research (Progress Report) and literature survey (Journal Club) by Master and graduate students, post-­docs and other members of the Department. The course is given in English.

Objective The objective of the course is to develop and demonstrate the ability of students to a) read, understand, critically analyze and present journal articles published in the field of cell and molecular biology;; b) present the results of their own experimental work clearly, logically and critically, in an oral presentation.

185

14F004 PROTEIN EXPRESSION AND INTERACTION Course and exercises Period Autumn ECTS 4 No of hours per year 40 Day Friday 14:15 – 17:00 Place CMU (see https://chamilo.unige.ch/home/courses/14F004/ for details) Evaluation mode Oral exam Exam sessions January-­February + catching August-­September Persons in charge O. HARTLEY -­ 022.379.5475 – Oliver.Hartley@unige.ch

F. LISACEK – 022.379.5988 -­ Frederique.Lisacek@unige.ch

Teachers O. HARTLEY (pas), F. LISACEK (mer). Contents 1. Protein Expression:

-­ Prokaryotic expression systems -­ Eukaryotic expression systems -­ Isolation and characterization of recombinant proteins

2. Antibody production and engineering: -­ Hybridoma technology -­ Surface display technologies -­ Antibody engineering

3. Protein/peptide chemical synthesis 4. Protein arrays 5. Protein Interactome -­ Methodology -­ Protein-­protein interactions -­ Protein-­polynucleotide interactions -­ Interaction with other biomolecules

6. Mapping the interactome : -­ High throughput methods -­ Example : yeast interactome

7. Interactome databases: -­ Interaction databases -­ Database query and information extraction

8. Introduction to network biology -­ Basic principles -­ Visualisation tools

9. Interaction prediction and curation

186

14B048 PROTOHISTOIRE DE L’AFRIQUE :

de l’apparition du métal à la mise en place des grands empires

Cours obligatoire du master en archéologie préhistorique Semestre automne Nbre d’heures par semaine 4 ECTS 6 Nbre d’heures par année 56 Jour mercredi 10h -­ 13h Lieu Sciences II, salle 449 Mode d’évaluation

examen oral

Sessions offertes janvier-­février + rattrapage août-­septembre Responsable Monsieur E. HUYSECOM -­ 022.379.6973/67 -­ eric.huysecom@unige.ch Enseignant(e)s Monsieur E. HUYSECOM (pas),

Madame A. MAYOR (cc) et collaborateurs. Divers A LIEU TOUS LES DEUX ANS.

AURA LIEU AU SEMESTRE D’AUTOMNE 2018

Contenu Ce cours est consacré, dans une première partie, au développement de la

métallurgie. Il aborde les questions historiques, telles que l’apparition des métaux dans la vallée du Nil et les relations avec le Proche-­Orient, les contacts entre l’Afrique du nord et la péninsule Ibérique, et l’invention de la métallurgie du fer en Afrique subsaharienne. La seconde partie du cours présente le développement des grands royaumes ouest-­africains, les échanges commerciaux à longue distance, notamment le commerce entre l’Afrique et l’Asie et l’essor des cités swahili ou de Great Zimbabwe, ainsi que l’émergence de l’islam et ses conséquences socio-­économiques à l’époque précoloniale. Certaines recherches archéologiques de l’équipe du Laboratoire Archéologie et Peuplement de l’Afrique (APA), menées en Afrique de l’Ouest, seront détaillées à titre d’illustration.

Objectif Acquisition des principales connaissances dans le domaine concerné.

187

14B748 PROTOHISTOIRE DE L’AFRIQUE :

de l’apparition du métal à la mise en place des grands empires

Séminaire Semestre automne Nbre d’heures par semaine 2 ECTS 3 Nbre d’heures par année 28 Jour mercredi 15h -­ 17h Lieu Sciences II, salle 449 Mode d’évaluation présentation orale et travail écrit Responsable Monsieur E. HUYSECOM -­ 022.379.6973/67 -­ eric.huysecom@unige.ch Enseignant(e)s Monsieur E. HUYSECOM (pas),

Madame M. TRUFFA GIACHET (as) et collaborateurs. Divers A LIEU TOUS LES DEUX ANS.

AURA LIEU AU SEMESTRE D’AUTOMNE 2018

Contenu Sujets en relation avec le cours n° 14B048.

Objectif Approfondir certains sujets abordés dans le cours n° 14B048, notamment

au travers d’un travail personnel

188

14T080 RESSOURCES NATURELLES Semestre printemps Nbre d’heures par semaine 2 ECTS 3 Nbre d’heures par année 28 Jour lundi 14h15 -­ 16h, début des cours 19 février 2018 Lieu Sciences de la Terre, salle 001

Rue des Maraîchers 13

Mode d’évaluation examen écrit et présentation d’un séminaire Sessions offertes juin + rattrapage août-­septembre Responsable Monsieur R. MORITZ – 022 379 6633 – robert.moritz@unige.ch

Département des sciences de la Terre Enseignant(e)s Monsieur R. MORITZ (pas) et collaborateur(trice)s. Contenu Inventaire des principales ressources naturelles, problèmes posés par leur

exploration, exploitation et leur traitement : cycles de vie et écobilan, ressources énergétiques et minérales, gemmes, matériaux industriels, ressources en eau et en espace.

189

14B651 SCIENCES CITOYENNES: DES AMATEURS NATURALISTES

AUX BIO-­HACKERS Cours à choix de 2ème et 3ème années Semestre automne Nbre d’heures par semaine 2 ECTS 3 Nbre d’heures par année 28 Jour Jeudi 12h15 – 14h Lieu Uni Carl Vogt, salle C308 Mode d’évaluation Travail de recherche écrit et présentation orale. Les étudiant(e)s seront

évalués sur leur capacité à analyser des projets de science citoyenne contemporains, à les replacer dans leurs contextes scientifiques et historiques, et à utiliser la littérature sur le sujet.

Sessions offertes janvier-­février + rattrapage août-­septembre Responsable Monsieur B. STRASSER – 022.379.0712 -­ bruno.strasser@unige.ch Enseignant Monsieur B. STRASSER (po). Divers Ce séminaire de recherche est en principe enseigné en français sauf demande

contraire des participants. Ce séminaire de recherche s’adresse aux étudiants en bachelor et en master en sciences naturelles, humaines ou sociales, ainsi qu’aux doctorants et aux chercheurs. Il ne requiert aucune connaissance préalable en science ou en histoire.

Contenu L’essor des “sciences citoyennes” à la fin du XXe siècle constitue une transformation majeure dans les relations entre les sciences et le public. De la biologie de garage (“DIY-­bio”) à l’analyse de signaux extraterrestres sur des ordinateurs personnels (“crowdsourcing”) ou la création de cartes urbaines de qualité de l’air, les sciences citoyennes offrent des possibilités variées aux amateurs de contribuer à des projets scientifiques. Alors que les amateurs ont été longtemps associés à des délibérations sur l’impact des connaissances scientifiques et technologiques, les sciences citoyennes promettent de les associer à la production de nouvelles connaissances. Ce séminaire explore l’histoire de la participation publique aux sciences, des amateurs naturalistes victoriens aux bio-­hackers contemporains, afin de mieux comprendre l’originalité des sciences citoyennes. Nous tenterons de situer les sciences citoyennes dans un mouvement historique plus large: l’importance croissante des amateurs dans la production culturelle et intellectuelle. Nous examinerons également le rôle des technologies (internet, smartphones, et médias sociaux) dans la participation publique à la recherche scientifique. Finalement, nous interrogerons les notions d’ “amateur” et d’ “expert”, de “scientifique” et de “citoyen”, et évaluerons ce que les sciences citoyennes peuvent apporter à la démocratisation des sciences.

Objectifs • Analyser les enjeux de société posés par les sciences citoyennes. • Situer les sciences citoyennes dans leur contexte historique de la participation publique.

• Identifier et évaluer des sources d'informations et les mettre en relation avec la littérature.

• Produire une analyse argumentée originale et convaincante pour situer un projet actuel de science citoyenne dans son contexte scientifique et historique.

190

14E139 SCIENCES DE L’ATMOSPHERE Semestre automne Nbre d'heures par semaine 2 ECTS 3 Nbre d'heures par année 28 Jour & lieu jeudis de 10h15 – 12h;; ISE – Carl-­Vogt -­ salle 2 Mode d’évaluation examen écrit Sessions offertes février + rattrapage août-­septembre Pré-­requis de bonnes bases en mathématiques et en physique sont nécessaires Responsable Monsieur S. GOYETTE – 022.379.0757 – stephane.goyette@unige.ch Enseignant Monsieur S. GOYETTE (mer). Contenu Ce cours est une approche scientifique nécessaire à la compréhension, à

l’analyse et à la modélisation des phénomènes dynamiques et physiques se manifestant dans l’atmosphère de notre planète. Le cours aborde les sujets suivants : -­ Structure de l'atmosphère -­ Dynamique de l'atmosphère -­ La thermodynamique en air sec et en présence d'humidité -­ La turbulence -­ Les échanges entre la surface et l’atmosphère -­ La circulation atmosphérique à différentes échelles spatio-­temporelle -­ Techniques de prévisions numériques du temps et du climat

Objectif Poser les bases scientifiques de la mécanique des fluides, de la thermodynamique, des changements de phase de l’eau, et des échanges radiatifs qui explique un bon nombre de processus atmosphériques. On y analyse plusieurs éléments de l'atmosphère à des échelles spatio-­temporelles variables, depuis la turbulence jusqu'à la circulation générale planétaire. On aborde aussi quelques notions de la prévision numérique du temps et du climat.

191

14B012 SCIENTIFIC WRITING AND COMMUNICATION Period Spring No of hours per week 4 ECTS 2 No of hours per year 20 Day Thursday afternoon : 15 February, 1, 8, 15, 22 March 2018 Place Conservatoire et Jardin botaniques Evaluation mode Evaluation of the exercises completed. Exam sessions June + catching August-­September Person in charge M. PRICE -­ 022.418.5148 -­ michelle.price@ville-­ge.ch Teacher M. PRICE (cc). Miscellaneous Course given in English.

Number of participants: minimum 5 -­ maximum 12. Complete an official registration and contact the lecturer directly by email.

Contents This course provides an introduction to the practice and processes involved in scientific writing and communication in biology. It is aimed at Masters or motivated third-­year Bachelors students. The course will cover the following topics: 1) the planning, structuring and writing of scientific articles and scientific or Masters projects, 2) the preparation of scientific posters, 3) giving oral presentations at conferences, and 4) the preparation and submission of scientific research proposals. Students will participate in a poster session, a proposal review panel and a conference during the course as well as in group discussions on each of the topics covered.

Objective Acquisition of fundamental skills in scientific writing and communication.

192

14F015 SELECTED CHAPTERS IN BIOINFORMATICS Course and exercises Period Spring ECTS 3 No of hours per year 40 Day Monday 14h15 – 17h00 Place Information : https://chamilo.unige.ch/home/courses/14F015/

Please contact Frederique.Lisacek@unige.ch for further details Evaluation mode Oral exam Exam sessions June + catching August-­September Person in charge F. LISACEK – 022.379.5988 – frederique.lisacek@unige.ch Teacher F. LISACEK (mer).

Objective

This course will give an overview of the most representative algorithms and methods commonly applied in bioinformatics.

Contents 1. Introduction to algorithms (complexity, recursivity, sorting, trees and graphs)

2. Alignment: -­ dynamic programming -­ scoring matrices -­ application to sequences, mass spectra, etc.

3. Optimisation and search methods for bioinformatics: -­ classification -­ data mining -­ pattern matching -­ examples of implementation

193

14T020 SEMIOLOGIE GRAPHIQUE EN ARCHEOLOGIE Travaux pratiques à choix pour le master en Archéologie préhistorique et anthropologie Semestre automne Nbre d’heures par semaine 3 j ECTS 1 Nbre d’heures par année 18 Jour à fixer (3 jours) Lieu Uni Carl Vogt Mode d’évaluation travail personnel Responsable Madame M. BESSE -­ 022.379.6915 -­ marie.besse@unige.ch Enseignant(e)s Mesdames E. GUTSCHER (dess.), M. BESSE (pas), Divers Prérequis Contenu

Ce cours a lieu tous les ans. Prérequis : connaissances de bases en Illustrator. Pour celles et ceux qui n’ont aucune connaissance d’Illustrator, une mise à niveau est exigée. Contacter Eva Gutscher (eva.gutscher@unige.ch) Cet enseignement a pour objectif un apprentissage des bases pratiques et théoriques de la sémiologie graphique. Durant les Travaux pratiques, l’étudiant.e. créera différentes variantes, conceptions et réalisations d’illustrations, ainsi qu’un travail de mise en pages en lien avec la communication (mise en scène graphique, hiérarchisation des informations, introduction théorique pour la construction et la réalisation d’illustrations avec des thématiques différentes).

194

14E142 SPACE-­CLIMATE : Analyses données climatiques et

météorologiques Semestre printemps Nbre d’heures par semaine 4x8 ECTS 3 Nbre d’heures par année 32 Jour cours-­bloc, jeudi 9h -­17h

22 mars, 29 mars, 12 avril 19 avril 2018

Lieu Mode d’évaluation

Uni Carl Vogt, salle informatique examen écrit, exercices associés aux 4 thèmes proposés.

Pré-­requis Connaissances géomatique et statistique bienvenues Sessions offertes juin + rattrapage août-­septembre Responsable Monsieur A. LEHMANN – anthony.lehmann@unige.ch Enseignants Messieurs A. LEHMANN (pas), S. GOYETTE (mer)., G. GIULIANI (ce) Contenu Introduction aux Analyses Spatiales des Environnements Complexes :

-­ Pyramide de l'information -­ Changements globaux Analyse de données météorologiques : -­ Extraction de données des stations météo -­ Analyse de séries temporelles -­ Représentations graphiques des tendances moyennes et des extrêmes Interpolation spatiale: -­ Inverse distance weighting -­ Trends -­ Krieging Analyse des données des modèles climatiques globaux et régionaux : -­ Le format NetCDF -­ Outils de visualisation et d'extraction des données -­ Le NetCDF dans les SIG Analyses de bassins versants avec SWAT : -­ Délimitation des bassins versants -­ Définition des « Hydrological Response Units » -­ Insertion des données climatiques -­ Modélisation de la quantité et de la qualité des eaux des rivières

Objectif

Le cours et les travaux pratiques associés visent à transmettre les idées générales derrière les méthodes modernes utilisées pour l'analyse spatiale de l'environnement. Ils visent à susciter la curiosité des étudiants afin qu'ils puissent commencer à utiliser les analyses spatiales dans leurs travaux de diplôme et de thèse.

195

14E075 SPACE-­ECOLOGY : ANALYSES SPATIALES EN

ECOLOGIE Semestre printemps Nbre d’heures par semaine 4x8 ECTS 3 Nbre d’heures par année 32 Jour cours-­bloc, jeudi 9h-­17h

26 avril, 3 mai, 10 mai et 17 mai 2018

Lieu Uni Carl Vogt Mode d’évaluation examen écrit, exercices associés aux 4 thèmes proposés. Pré-­requis Connaissances géomatique et statistique bienvenues Sessions offertes juin + rattrapage août-­septembre Responsable Monsieur A. LEHMANN -­ anthony.lehmann@unige.ch Enseignants Messieurs A. LEHMANN (pas), N. RAY (ce). Contenu -­ Introduction aux Analyses Spatiales des Environnements Complexes

-­ GRASP : Generalized Regression Analyses and Spatial Predictions -­ prédire la distribution potentielle des espèces -­ DOMAINS : Classification du territoire en domaines environnementaux par analyse de clustering -­ SWAT : Soil and Water Assessment Tool -­ modélisation hydrologique de bassins versants -­ CORRIDOR : Analyse des corridors écologiques pour le déplacement de la faune.

Objectif Introduction aux analyses spatiales en tant qu'outils d'étude et de représentation de la complexité de l'environnement.

196

14E183 SPACE-­WATER: Hydological modeling with SWAT Semestre printemps Nbre d’heures par semaine 4x8 ECTS 3 Nbre d’heures par année 32 Jour cours-­bloc, jeudi 9h-­ 17h

22 février, 1er mars, 8 mars et 15 mars 2018

Lieu Mode d’évaluation

Uni Carl Vogt examen écrit, exercices associés aux 4 thèmes proposés.

Pré-­requis Connaissances et géomatique de statistique bienvenues Sessions offertes juin + rattrapage août-­septembre Responsable Monsieur A. LEHMANN -­ 022 379 00 21-­ anthony.lehmann@unige.ch Enseignant Monsieur A. LEHMANN (pas) Contenu Le cours se déroule selon le programme général suivant :

1. Introduction à la modélisation hydrologique 2. Construction du modèle SWAT dans ArcGIS 3. Analyses de sensitivité et calibration des paramètres du modèle 4. Validation du modèle et scénarios de changement 5. Interprétation et visualisation des résultats de SWAT Le cours est organisé avec de brève séance d'introduction théorique au début de chaque session puis des exercices pratiques sur ordinateur.

Objectif

Ce cours (en anglais) a pour objectif de présenter les différentes étapes de la modélisation hydrologique avec l'outil Soil and Water Assessment Tool (SWAT).

197

14B667 STAGE DE BIOLOGIE MARINE

Semestre

Printemps -­ 14 jours

Nbre d’heures par jour

8 ECTS 6 Nbre d’heures par année 80 Mode d’évaluation rapport écrit Pré-­requis cours de systématique et biodiversité

conditions préalables : avoir suivi le cours et avoir réussi l'examen de systématique.

Responsable Monsieur J. PAWLOWSKI -­ 022.379.3069-­ jan.pawlowski@unige.ch Coordinatice M. HOLZMANN -­ 022 379 30 84 -­ maria.holzmann@unige.ch Enseignant(e)s Madame M. HOLZMANN (adj sci.) -­ maria.holzmann@unige.ch

Monsieur R. COVAIN (adj. sci.) -­ raphael.covain@ville-­ge.ch Divers A LIEU TOUS LES DEUX ANS

LE STAGE N’AURA PAS LIEU EN 2018

Ce stage a habituellement lieu en juillet/août, pendant 14 jours dont 3 de cours théoriques dispensés à Genève. Il traite de l'étude systématique des communautés animales de divers milieux marins;; ce stage est un complément au cours obligatoire de Systématique animale. Pour tout renseignement vous pouvez contacter les enseignants pendant le premier trimestre du semestre de printemps. Le nombre de places est restreint à 16 participants.

Contenu Ce stage aborde des notions théoriques diverses liées à l’écologie, à la diversité du milieu marin côtier et au traitement de données biologiques. Les collectes sur le terrain (sorties en mer, excursions,…) permettront de se familiariser avec divers aspects méthodologiques de la recherche en biologie: collectes sur différents faciès en se centrant sur certains groupes d’intérêt, prises de données environnementales, identification des spécimens et prise de données biologiques, analyses statistiques des données. L’ensemble de la formation sera centré sur un projet personnel qui fera l’objet d’un rapport scientifique écrit.

Objectif Acquérir une expérience de terrain dans le domaine de la systématique animale et biologie marine.

-­ Savoir mettre en œuvre sur le terrain les connaissances théoriques acquises (prospection, identification, prises de données…).

-­ Savoir analyser les données récoltées (maîtrise des bases statistiques et logiciels nécessaires).

-­ Savoir synthétiser et présenter ses résultats face à un auditoire. -­ Savoir rédiger un rapport scientifique.

198

14B668 STAGE DE BOTANIQUE ET DE BIOGEOGRAPHIE ALPINES Stage à choix de 2ème et 3ème années Semestre printemps ECTS 2 Nbre de jours par année 5 Jour 8 au 13 juillet 2018 Lieu Champex-­Lac (VS) et région

Excursions incluant des rappels théoriques à partir du lieu d’hébergement Centre alpien de Phytogéographie, Fondation J.-­M. Aubert, 1938 Champex-­Lac

Mode d’évaluation examen oral de 15 minutes sur le terrain directement à la suite du stage;;

reconnaissance d'une vingtaine de plantes;; si examen à une autre session: reconnaissance de plantes sur diapositives et matériel d'herbier

Responsable Madame Y. NACIRI -­ 022.418.5165 – yamama.naciri@unige.ch et

yamama.naciri@ville-­ge.ch Enseignant(e)s Madame Y. NACIRI (cc).

Monsieur L. NUSBAUMER (Conservateur CJBG) Contenu Connaissance de la flore et de la végétation alpines au moyen d'excursions en

montagne réalisées à partir du jardin botanique alpin de Champex-­Lac.

Objectif Apprendre à : -­reconnaître les principales espèces de la flore alpine et comprendre leur signification écologique -­connaître les caractéristiques du milieu alpin et comprendre son fonctionnement -­ connaître l'organisation de la végétation en fonction de l'altitude -­comprendre l'importance des hautes montagnes pour la biodiversité

Divers Nombre de participants : minimum 5 -­ maximum 14.

Prière de s'inscrire au cours également par email : yamama.naciri@unige.ch ou yamama.naciri@ville-­ge.ch

14B669 STAGE DE BOTANIQUE TROPICALE

Semestre 2 semaines Nbre d’heures par jour 6 ECTS 5 Nbre d’heures par année 56 Mode d’évaluation rapport Pré-­requis Cours 14B016 de botanique tropicale Responsable Monsieur L. GAUTIER -­ 022.418.5147 – laurent.gautier@ville-­ge.ch Enseignant(e)s Monsieur L. GAUTIER (cc) et collaborateur(trice)s. Divers Le stage a lieu en région tropicale. Il est réservé aux étudiant(e)s inscrit(e)s à

un master en botanique tropicale et s’effectue dans le cadre de leur travail de terrain.

Objectif Familiarisation avec les techniques de terrain, mise en pratiques de notions acquises au cours.

199

14B670 STAGE DE LABORATOIRE

ECTS Variables selon le stage effectué Descriptif Tout-­e étudiant-­e inscrit-­e au bachelor ou au master de biologie peut

réaliser des stages de laboratoire de durée variable, dont les ECTS peuvent être validés par la Section.

C’est à l’étudiant-­e d’entreprendre les démarches nécessaires auprès des professeurs ou chercheurs de la Section, ou hors Section (Faculté de médecine, autre institution, entreprise privée), pour trouver une possibilité de stage (par exemple pendant les vacances).

Un stage de laboratoire peut être validé selon les règles suivantes :

-­ un seul stage par titre (bachelor, master) peut être validé ;;

-­ au niveau master, l’accord préalable du directeur de master ou du responsable de l’orientation est exigé ;;

-­ la demande de validation de crédits ECTS doit être adressée au secrétariat de la Section de biologie AVANT le début du stage (un formulaire ad hoc de « pré-­attestation » de stage est à télécharger sur le site Internet de la Section de biologie);;

-­ APRES le stage, la validation de crédits ECTS nécessite une attestation écrite du responsable du stage contenant un descriptif sommaire du travail effectué, une appréciation du travail de l’étudiant-­e, et l’indication du volume réel de travail investi (dates de début et fin de stage et nombre d’heures total).

Le calcul des ECTS se fait par la présidence de la Section sur la base de 6 ECTS pour un stage d’un mois à plein temps (160 à 180 heures). Ces crédits peuvent être pris en compte dans les crédits des cours à choix libre du bachelor ou du master en biologie.

Toutefois, la Section attribue un maximum de 6 ECTS par stage, même si la durée du stage se prolonge au-­delà d’un mois.

Attention : les enseignants ou chercheurs de la Section de biologie ne sont pas tenus d’offrir des places de stage.

200

13T040 STAGE EN ARCHEOLOGIE, première approche métier Enseignement à choix pour le bachelor orientation préhistoire 2ème et 3ème années et autres étudiants en archéologie Semestre 4 semaines, à fixer ECTS 6 Mode d’évaluation participation active Responsables Mesdames M. BESSE -­ 022.379.6915 -­ marie.besse@unige.ch et

J. DESIDERI (cc) -­ 022 379 69 47 -­ jocelyne.desideri@unige.ch Enseignant(e)s Mesdames M. BESSE (pas). J. DESIDERI (cc),

et collab. Contenu Il est parfois possible d'intégrer une équipe de recherche ou une

institution (Musée, Université, Service d'archéologie, bureau d'archéologie...) pour une durée de 4 semaines afin de découvrir et d'exercer les premières facettes du métier d'archéologue. Il s'agit de valider un stage qui initie une première approche du métier d'archéologue.

201

14B057 STATISTICS AND PROBABILITY Compulsory Master course for option « BioInformatics and Data Analysis in Biology» and for Neuroscience Period Autumn Nber of hours per week 3+1.5 ECTS 5 (3 for Neuroscience) Nber of hours per year 39+18 Day Monday 14:15 – 17:00

Office hours, 1.5 hours each week, to be fixed during the first course)

Place Sciences III, salles 0019 et Pavillon Ansermet, salle 119 Evaluation mode To be presented during the first course. Exam sessions January-­February + catching in August-­September Person in charge J. M. NUNES -­ 022.379 3683 - Jose.deAbreuNunes@unige.ch Teacher J. M. NUNES (ce).

Miscellaneous Course given in English.

This course provides a refresher on basic biostatistics and gives an overview of common methods used to analyse biological data, with emphasis on applications to biology relevant to genetics and genomics, but also to population genetics and other domains that require statistical data analysis. Besides the statistical theory, the course is an introduction to the statistical computing language R.

Contents (Subject to change) – A refresher in statistics, including an overview of: Descriptive Statistics Probability and Probability Distributions CLT, Confidence Intervals, Hypothesis Testing Estimation: bias, mean squared error, least squares, method of moments – Basic techniques, emphasising modeling, such as: Correlation and Regression Analysis of Variance Linear Models Non Parametric Tests Bootstrap and Resampling Multivariate analysis – Selected topics in statistics, such as: Survival analysis Maximum Likelihood Methods Case studies

Objectives Upon successful conclusion, the students are expected to be able to perform and to comment on statistical analyses using basic and intermediate statistical methods. In particular, they should be able to use statistical modelling to describe and analyse data sets including interactions between variables and models ranging from simple linear models to generalised linear (logistic) and survival analysis models. The students should be able to comment on the appropriateness of an experiment and its statistical analyses from a technical point of view and about the relevance of the statistical results for the question of interest, i.e., they should become critical users of statistics.

202

14B951 STATISTIQUES APPLIQUEES/ APPLIED STATISTICS Travaux pratiques Semestre printemps Nbre d’heures par semaine 20 ECTS 1 Nbre d’heures par année 20 Jour TP bloc sur deux jours et demi sur ordinateur personnel

Mercredi 30 mai 2018 à 13h au vendredi 1er juin 2018 à 17h

Lieu Conservatoire et Jardin botaniques, salle de séminaire de La

Console (192 rue de Lausanne 1202) Mode d’évaluation Rapport sur la base des exercices effectués durant les travaux pratiques Responsable Madame Y. NACIRI -­ 022.418.5165 – yamama.naciri@unige.ch et

yamama.naciri@ville-­ge.ch Enseignante Madame Y. NACIRI (cc). Divers Nombre d’étudiants plafonné à 15.

S’annoncer à l’enseignante indépendamment de l’inscription officielle. Les étudiants sont vivement incités à proposer leurs jeux de données.

Contenu Analyses univariées (liste non exhaustive):

-­Tests paramétriques (test-­T, F, Khi-­2, Fmax...) et conditions d’utilisation (normalité, homoscédasticité, etc). -­Tests non paramétriques appliqués à différents cas de figure.-­Analyses de variance (simples, hiérarchiques, croisées) et conditions d’utilisation, méthodes alternatives. -­Régressions simples et multiples. -­Analyses de fréquences.

Analyses multivariées (liste non exhaustive):

-­Analyses en Composantes Principales -­Analyse Factorielle des Correspondances -­Analyses discriminantes

Objectif Ce module est orienté vers la pratique. Il est entièrement bâti sur des jeux de données fournis par l’enseignante ou les étudiants, et nécessite que les participants travaillent sur leur ordinateur personnel. Le but de ce module est de donner aux étudiants les moyens et les connaissances de base pour leur permettre de poser des hypothèses claires puis de s’aiguiller vers les analyses statistiques univariées et multivariées adaptées à leurs questions, tout en évitant les erreurs les plus grossières. Les ressources d’internet, d’Excel et du logiciel R sont utilisées.

203

14B070 SYSTEMATIQUE ET ECOLOGIE DES LICHENS ET DES

BRYOPHYTES Semestre printemps Nbre d’heures par année 56 ECTS 5 Jour juin 2018 (Lu-­ve : 5 journées dont une d’excursion). Dates à fixer d’un

commun accord avec les étudiants intéressés

Lieu Conservatoire et Jardin botaniques de la Ville de Genève

Ch. de l’Impératrice 1, 1292 Chambésy/GE Mode d’évaluation sous la forme d’une présentation orale d'un article dans le cadre d'un

séminaire et d’un rapport final à rendre après le cours Responsables Monsieur Ph. CLERC -­ 022.418.5128 -­ philippe.clerc@unige.ch

Madame M. J. PRICE -­ 022.418.5148 -­ michelle.price@ville-­ge.ch Enseignant(e)s Monsieur Ph. CLERC (cc), Madame M. J. PRICE (cc). Divers Inscription avant la fin mars par e-­mail : philippe.clerc@unige.ch

Ouvert aux publics.

Contenu Les lichens et les bryophytes (mousses au sens large) vivent souvent dans des endroits ou des régions où les plantes à fleurs atteignent leurs limites physiologiques et n'exercent que peu de pression compétitive. Organismes poïkilohydriques doués de reviviscence, ils ne sont physiologiquement actifs que lorsqu'ils sont hydratés, ce qui leur permet de survivre à des conditions environnementales extrêmes. D'autre part, ces organismes sont parmi les premiers à avoir colonisé la terre ferme et sont donc d'un intérêt tout particulier pour comprendre l'évolution des plantes terrestres. Nous aborderons principalement l’identification des espèces de lichens et de bryophytes du bassin lémanique. Au travers de l'observation au microscope, de séminaires, de lectures et du terrain, nous nous proposons d'étudier la morphologie et l'écologie de ces organismes.

Excursions Des excursions dans le canton introduiront à l'étude sur le terrain, à la récolte et à l'identification des espèces de lichens et de bryophytes.

Objectif Acquérir les connaissances taxonomiques nécessaires permettant d’identifier et de placer dans l’arbre de la vie les principaux groupes de bryophytes et de lichens. Acquérir les connaissances physiologiques et écologiques nécessaires permettant de comprendre l’adaptation et la réussite des bryophytes et des lichens dans leurs habitats respectifs. Acquérir les connaissances morphologiques et anatomiques nécessaires permettant d’identifier les bryophytes et les lichens les plus communs.

204

13B013 SYSTEME IMMUNITAIRE (LE) Cours à choix restreint de 3ème année Semestres automne/printemps Nbre d’heures par semaine 2 ECTS 6 Nbre d’heures par année 50 Jour vendredi 10h30 -­ 12h30 Lieu CMU, salle D60 Mode d’évaluation contrôle continu écrit début novembre/fin décembre/mai

choix des questions français/anglais examen oral (en juin pour remplacement contrôle continu, en septembre pour rattrapage)

Responsables Mesdames Pascale ROUX-­LOMBARD – 022 372 94 10

pascale.roux-­lombard@hcuge.ch Stéphanie HUGUES – 022 379 58 93 -­ stephanie.hugues@unige.ch

Enseignant(e)s Mesdames, P. ROUX-­LOMBARD (pas), S. HUGUES (pas)

A. SANCHEZ-­MAZAS (po), M. GANNAGE (pas), I. GARCIA-­GABAY (pas), V. DUTOIT (ma), M.-­L. SANTIAGO-­RABER (cs), Messieurs, C. CHIZZOLINI (po), P. EIGENMANN (pas), T. McKEE (pd), J. BERTRAND (pas), W. REITH (po), J. SEEBACH (po), J. VILLARD (pas), P. WALKER (mer), P. LALIVE (pas), C. GABAY (po), O. HARTLEY (pas).

Contenu Comment nous défendons-­nous contre les incessantes infections des

pathogènes qui nous entourent? Grâce à notre système immunitaire! Notre système immunitaire nous permet en effet de résister aux virus et bactéries environnants grâce à un mode d’action d’une étonnante spécificité. Dans la première partie du cours, nous détaillerons les différents composants moléculaires et cellulaires du système immunitaire. Ensuite, nous décrirons les phases d’activation et de régulation du système immunitaire. Enfin, dans une dernière partie, nous étudierons les pathologies associées à un mauvais fonctionnement du système immunitaire. Nous verrons ainsi les mécanismes impliqués dans les réactions auto-­immunes, les allergies et les immunodéficiences. La transplantation et la possibilité de réaliser un vaccin contre le cancer seront également abordées dans cette partie. Ce cours est dispensé en français.

Objectif Connaître les composants du système immunitaire. Comprendre les mécanismes essentiels de fonctionnement physiologique du système immunitaire (au repos, infections, vaccins). Comprendre les conséquences d’un dysfonctionnement du système immunitaire au cours de différentes pathologies (immunodéficiences, allergie, auto-­immunité).

205

14B067 TECHNOLOGIE PREHISTORIQUE Cours obligatoire du master en archéologie préhistorique

Semestre automne Nbre d’heures par semaine 2 ECTS 3 Nbre d’heures par année 28

Jour mardi 13h15 – 15h

Lieu Sciences II, salle 449

Pré-­requis suivre le séminaire 14B767 Technologie préhistorique Mode d’évaluation examen oral Sessions offertes janvier-­février + rattrapage août-­septembre Responsable Madame A. MAYOR – 022 379 69 49 – anne.mayor@unige.ch Enseignant(e)s Madame A. MAYOR (cc), et intervenants extérieurs. Divers Ce cours est destiné aux étudiants de biologie et d'archéologie et ouvert

aux étudiants d’autres facultés. A LIEU TOUS LES DEUX ANS. N’A PAS LIEU AU SEMESTRE D’AUTOMNE 2017

Contenu Les approches actualistes montrent que les techniques sont des éléments

de la culture particulièrement révélateurs de l’identité et l’histoire des producteurs. Ce cours propose d’aborder de façon approfondie les techniques et modalités de fabrication des objets préhistoriques. L’accent sera mis sur les chaînes opératoires dans le domaine des industries lithiques, céramiques et métalliques. Les référentiels seront tirés tant des observations ethnographiques que des expérimentations.

Objectif L’objectif du cours vise à donner les bases théoriques et méthodologiques nécessaires pour aborder un travail de recherche dans le domaine de la technologie en archéologie préhistorique.

14B767 TECHNOLOGIE PREHISTORIQUE Séminaire obligatoire du master en archéologie préhistorique Semestre automne Nbre d’heures par semaine 2 ECTS 3 Nbre d’heures par année 28 Jour mardi 15h15 – 17h

Lieu Sciences II, salle 449

Pré-­requis suivre le cours 14B067 Technologie préhistorique Mode d’évaluation Présentation orale et travail écrit Responsable Madame A. MAYOR – 022 379 69 49 – anne.mayor@unige.ch Enseignante Madame A. MAYOR (cc), et intervenants extérieurs.

Divers A LIEU TOUS LES DEUX ANS.

N’A PAS LIEU AU SEMESTRE D’AUTOMNE 2017

Contenu Approfondissement du cours par des exercices pratiques, expérimentations, visites de collections ou labos, et travaux personnels.

Objectif L’objectif du séminaire vise à mettre en pratique les bases données au cours à partir de l’observation de matériel et d’analyse critique d’articles.

206

14B044 TRAVAUX PRATIQUES DE MICROSCOPIE GENERALE

MODULE B : MICROSCOPIE ELECTRONIQUE Cours et stage pratique Semestre printemps – 7 jours Nbre d’heures par jour 7 ECTS 5 Nbre d’heures par année 56 Lieu des TP Sciences III, salle TP 0016 Dates 19 au 28 mars 2018 (toute la journée) Mode d’évaluation examen oral (présentation des résultats) Pré-­requis Ce cours est destiné aux étudiant(e)s en 3ème année de bachelor, master,

doctorat, et aux chercheurs qui auront préalablement suivi le cours de « Microscopie générale 14B080 » (ou une formation jugée équivalente)

Responsable Monsieur F. BARJA -­ 022.379.3754 -­ francois.barja@unige.ch Enseignant(e)s Monsieur F. BARJA (cc), et collaborateur (trice)s

Madame R. MARTINI (pas) (partie MEB) Divers Inscription : du 30 août au 15 décembre de chaque année.

Le nombre de participants étant limité à 10, merci de joindre une lettre de motivation. Inscription obligatoire : francois.barja@unige.ch Pour toute information, veuillez contacter Monsieur F. Barja, Département de Botanique et Biologie Végétale, Unité de Microbiologie, à l’adresse de courrier électronique suivante : Francois.barja@unige.ch

Contenu La partie pratique est consacrée à : l’ultramicrotomie, la coloration de coupes, la cytochimie des polysaccharides, l’immunomarquage à l’or, la préparation d’échantillons pour la microscopie à balayage et l’observation au microscope électronique à transmission et à balayage. Bibliographie et documents seront sur Chamilo.unige.ch

Objectif L’objectif de ces travaux pratiques est que chaque étudiant acquière des connaissances sur les méthodes de préparation et coupes de différents types d’échantillons (tissu végétal, animal et micro-­organismes), ainsi que la manipulation du microscope électronique à transmission.

207

14B077 VULNERABILITE DU SYSTEME NERVEUX CENTRAL LIEE

A L’AGE ET AUX DEMENCES NEURODEGENERATIVES : Fondements Moléculaires Vulnerability of the central nervous system in aging and in neurodegenerative dementia : molecular basis

Semestre automne Nbre d’heures par semaine 2 ECTS 3 Nbre d’heures par année 28 Jour vendredi 12h15 -­ 14h Lieu Sciences II, salle A150 Mode d’évaluation examen écrit, en anglais et en français, 2 heures Pré-­requis formation de base en biologie et biochimie Sessions offertes janvier-­février + rattrapage août-­septembre Responsable Monsieur A. SAVIOZ -­ 022.305.5310 -­ armand.savioz@hcuge.ch

Département de Psychiatrie Enseignant Monsieur A. SAVIOZ (pd). Divers Ce cours est destiné aux étudiant(e)s en biologie, en biochimie et

neurosciences de 3ème et 4ème années. Le cours est ouvert aux étudiants des autres Facultés et au public. L'enseignement sera dispensé en anglais.

Contenu Le cours aborde sous l’angle du vieillissement et des maladies

neurodégénératives du système nerveux central, dont la démence vasculaire, la maladie d’Alzheimer, les démences fronto-­temporales et les démences à corps de Lewy, le fonctionnement et le dysfonctionnement des cellules neurales et des réseaux neuronaux. Bibliographie Distribution de schémas en anglais + Livre: Savioz et coll. 2010, Introduction aux réseaux neuronaux: de la synapse à la psyché, De Boeck, Bruxelles.

Objectif Acquisition de connaissances en neurobiologie du système nerveux central et plus particulièrement en neurobiologie du vieillissement et des démences.

Section de Biologie

PARTIE V : Les formations rattachées

Ø Autres masters ouverts aux titulaires du bachelor en biologie

Ø Formation approfondie et formation continue Ø Ecoles et programmes doctoraux

209

AUTRES MASTERS OUVERTS AUX TITULAIRES DU BACHELOR EN BIOLOGIE

(en plus du master en biologie)

MASTER EN ARCHEOLOGIE PREHISTORIQUE Ce master de la Faculté des sciences présente une spécificité dans le paysage universitaire suisse et européen, notamment par le caractère scientifique des enseignements qui font largement appel à des disciplines appartenant au domaine de la biologie, des sciences de la Terre et de l'environnement. Il offre un programme d’enseignements original, mêlant cours méthodologiques et cours thématiques, portant aussi bien sur la préhistoire en général, et plus particulièrement sur celle de l'Europe et de l'Afrique. Une part importante est réservée au terrain, avec l’apprentissage de la fouille archéologique. Enfin, le plan d’étude de ce master laisse aussi à l’étudiant une certaine souplesse, avec la possibilité de s’orienter vers de nombreux domaines de la préhistoire, comme la paléoanthropologie, l’archéozoologie ou l’ethnoarchéologie. Durée 4 semestres (120 crédits ECTS) au minimum et 8 au maximum

Plan d'études Le programme d’études du master en archéologie préhistorique

comporte deux axes. Un axe d’enseignements obligatoires et à choix (60 crédits ECTS) et un travail de recherche (60 crédits ECTS).

Responsables

Madame Marie BESSE – 022.379.6915 marie.besse@unige.ch Monsieur Eric HUYSECOM – 022.379.6973/67 eric.huysecom@unige.ch

Pour plus d’information, veuillez consulter le site internet de l’UNIGE du Master en archéologie préhistorique

MASTER EN SCIENCES DE L'ENVIRONNEMENT (MUSE)

Le Master en Sciences de l’Environnement (MUSE) est proposé dans le cadre de l’Institut des sciences de l’environnement (ISE) de l’Université de Genève par la Faculté des sciences, la Faculté des sciences de la société et la Faculté d’économie et de management. Cette formation universitaire a pour vocation l’enseignement et la recherche interdisciplinaires dans les domaines très actuels et porteurs de l’environnement que sont le climat, l’énergie, l’eau, la biodiversité, l’écologie humaine, l’urbanisme et la gouvernance, ou encore la santé. La volonté de bâtir des passerelles entre ces domaines est à la base du cursus MUSE qui propose aux candidats se destinant aux métiers de l’environnement ou à la formation approfondie une approche interdisciplinaire des sciences de l’environnement basée sur les sciences naturelles et les sciences économiques et sociales. Au terme du MUSE, les étudiants sont capables de traiter des problèmes environnementaux dans un contexte interdisciplinaire loin de l’approche sectorielle habituelle. Cette large compréhension des disciplines des sciences naturelles et des sciences économiques et sociales impliquées dans la gestion de l’environnement est une offre unique en Suisse.

Durée 4 semestres (max. 6 semestres) 120 crédits

Plan d'études Interdisciplinarité et immersion 16 crédits

Fondamentaux 18 crédits Méthodes 8 crédits Enseignements spécialisés 27 crédits Enseignements à choix 18 crédits Travail de fin d’études 33 crédits

Renseignements Mme Catherine Cornut 022 379.07.97 -­ catherine.cornut@unige.ch (secrétariat étudiants) – UNI CARL VOGT Mme Nicole Efrancey-­Dao 022 379.08.76 -­ nicole.efrancey@unige.ch (conseillère aux études) – UNI CARL VOGT

Pour plus d’information, veuillez consulter le site internet du MUSE de l’UNIGE.

210

MASTER IN NEUROSCIENCE The Master in Neuroscience is an interdisciplinary neuroscience program awarded jointly by three faculties from the University of Geneva (Sciences, Psychology and Educational Sciences and Medicine). The master program placed under the responsibility of the Geneva Neuroscience Center will provide students with: a) a broad theoretical knowledge in the domain of neuroscience as well as technical skills specific to this field;; b) a research training c) an introduction to scientific communication. The master is intended for students with a bachelor degree in Sciences, Medical Sciences, Psychology or any other equivalent degree, willing to pursue a career in neuroscience through research or/and education bodies at the university or the hospital. The degree gives access to the Lemanic Doctoral School in Neuroscience as well as other advanced studies at the associated faculties (subject to the acquisition of the prerequisite of the chosen faculty).

Study duration A minimum of 90 credits must be obtained for the master degree. The minimum study duration is three semesters and the maximum is five semesters.

Language No French exam is required for the master in neuroscience admission. All the compulsory courses and half of the optional courses are given in English.

Admission requirements The student can be enrolled in the master if she/he fulfills two

conditions: 1. The student holds a bachelor of Sciences, Medical Sciences, Psychology or any other degree considered equivalent by the faculties and the GNC committee. Information regarding the equivalence cannot be obtained before the documents submission to the student administrative center. 2. The student is accepted by a research lab for the master project before the beginning of the master. 3. The student has been selected based on the quality of his/her application.

Contact Director of the Centre: Monsieur D. JABAUDON –022.379.5387

denis.jabaudon@unige.ch Information: Madame D. JOCHAUT – 022 379.0893 delphine.jochaut@unige.ch Biologist Member of the Committee : Madame E. NAGOSHI -­ 022.379.6346 emi.nagoshi@unige.ch

For more information veuillez consulter le site internet de l’UNIGE Master in Neuroscience

211

MASTER BI-­DISCIPLINAIRE EN SCIENCES (pour l’enseignement)

Le Master bi-­disciplinaire en sciences offre la possibilité aux étudiants ayant effectué leur bachelor en mathématiques, informatique, physique, chimie, biochimie, biologie ou sciences de la terre et de l’environnement, de poursuivre leur cursus dans une autre branche d’étude (la mineure) que celle choisie lors du bachelor (la majeure). L’objectif visé est d’adapter le cursus d’études aux besoins croissants de la recherche scientifique qui touche souvent à plusieurs domaines et nécessite des compétences élargies. L’obtention du master bi-­disciplinaire en sciences donne en principe accès à l’Institut Universitaire de Formation des Enseignants du secondaire genevois (IUFE).

Durée 3 semestres (max. 6 semestres) 90 crédits ECTS ou 4 semestres (max. 8 semestres) 120 crédits ECTS en fonction du plan d’études de la mineures considérée.

Plan d'études Ce cursus se déroule sur 3 semestres (90 ECTS) ou 4 semestres (120 ECTS), mais ce délai peut être prolongé jusqu’à 6 semestres, respectivement à 8 semestres. Le programme comprend des enseignements obligatoires, des enseignements à option, des travaux pratiques et un travail de recherche à réaliser dans la discipline majeure en tenant compte des différentes notions abordées dans la mineure.

Renseignements Directeur Xavier CHILLIER – 022.379.6715 -­ xavier.chillier@unige.ch

Pour plus d’information, veuillez consulter le site internet de l’UNIGE du Master Bi-­disciplinaire en Sciences

FORMATION APPROFONDIE ET FORMATION CONTINUE

Les programmes universitaires de formation approfondie et de formation continue permettent de mettre à jour et d’acquérir de nouvelles connaissances, afin d’obtenir des qualifications supplémentaires. Ils ouvrent de nouvelles perspectives professionnelles ou accompagnent le développement personnel. MASTER D’ETUDES AVANCEES (MAS) EN MICROBIOLOGIE Ce programme d’études offre une formation à caractère professionnalisant et permet d’acquérir des compétences pratiques et théoriques de haut niveau dans des domaines de la microbiologie médicale, industrielle et environnementale. Il offre l’occasion de se familiariser avec des thématiques aussi diverses que les méthodes d’isolement et d’identification des bactéries de l’environnement, les processus de fermentation, les mécanismes de résistance croisée entre métaux lourds et antibiotiques, les bases moléculaires des interactions entre humains et micro-­organismes pathogènes ou plantes et bactéries fixatrices d’azote, en étant complètement intégré à des laboratoires de recherche accrédités, ou encore d’approfondir ses connaissances, par exemple avant une thèse de doctorat. Renseignements Monsieur F. BARJA -­ francois.barja@unige.ch -­ 022.379 37 54

Pour plus d’information, veuillez consulter le site internet de l’UNIGE MAS en microbiologie FORMATION CONTINUE (MAS) IN TOXICOLOGY Provide specialist education and training in toxicological sciences and risk assessment with a focus on human toxicology, leading to a recognized academic qualification. Fulfill the educational requirements of national and international professional bodies towards registration as a toxicologist. Renseignements Dr Marc Fathi & Dr Caroline Samer, Department of Anesthesiology,

Pharmacology and intensive Care Faculty of Medicine/Geneva University 022.372 9947 -­ mas-­toxicology@unige.ch

Pour plus d’information veuillez consulter le site internet de l’UNIGE MAS in Toxicology

212

CERTIFICAT COMPLEMENTAIRE EN GEOMATIQUE Durée 2 semestres

30 crédits ECTS (18 en cours et TP, 12 en travail de recherche personnel).

Modes d’évaluation : examens (session de juin et septembre) et mémoire avec soutenance Ce certificat permet d’approfondir des connaissances de base en géomatique du point de vue théorique et pratique. Il est organisé de la manière suivante : -­ un enseignement obligatoire introductif sur les géodonnées, les sources de données et les

géotraitements (3 ECTS) ;; -­ trois enseignements méthodologiques à choisir parmi cinq proposés : télédétection et

traitement d’images ;; modélisation de bases de données spatiales ;; méthodes statistiques et géostatistiques appliquées à la géomatique ;; automatisation des géotraitements ;; infrastructures de données spatiales (3 x 3 = 9 ECTS) ;;

-­ deux enseignements spécialisés à choisir parmi dix proposés : application de la géomatique en géologie, géographie humaine, urbanisme, aménagement, gestion des risques, climatologie, énergie, géo-­énergie (à confirmer), écologie (2 x 3 = 6 ECTS) ;;

-­ un travail de mémoire -­ éventuellement réalisé dans le cadre d’un stage -­ qui fait l’objet d’une soutenance orale (12 ECTS).

Admission : sur dossier. Tout titulaire d’un bachelor ou d’un master, prioritairement de Sciences ou de Sciences de la Société, motivé à se former dans ce domaine de spécialisation, peut être candidat. Toutefois, sont considérés comme prioritaires les étudiants en cours de formation de master désireux de se donner une formation complémentaire en géomatique. Pré-­requis : les étudiants ayant déjà suivi un cours d’introduction aux SIG dans leur cursus seront préférés en cas de sélection nécessaire. Prestations requises : 6 examens + 1 mémoire réussis Directeur du programme : Pr Hy DAO – hy.dao@unige.ch Comité de direction (autres membres) : Pr Bernard DEBARBIEUX, Pr Andrea MOSCARIELLO, Pr Anthony LEHMANN, Pr Hy DAO

Pour plus d’information, veuillez consulter le site internet de l’UNIGE certificat complémentaire en géomatique CERTIFICATE IN INDUSTRIAL LIFE SCIENCES Academics from the Faculty of Science, Life Sciences employers and the Career Center of the University of Geneva (Uni-­Emploi) have put together the Certificate in Industrial Life Sciences (CILS). This Certificate aims at improving the employability of graduates who hold a university degree in Life Sciences and the program has been designed to bridge the gap between Academic and Industrial Life Sciences (ILS)

Renseignements : Dr. Xavier CHILLIER Sciences III, office 0001 Office hours: Mondays from 5 p.m. to 6 p.m. and Tuesdays from 10 a.m. to 12, or by appointment. Tel: ++41 22 37 96715 -­ Academic-­Advisor-­Sciences@unige.ch Pour plus d’information, veuillez consulter le site internet de l’UNIGE Certificate in Industrial Life Sciences

213

ECOLES ET PROGRAMMES DOCTORAUX

UNIVERSITY OF GENEVA INTERNATIONAL PHD PROGRAM IN LIFE SCIENCES Internet site of the PhD program

19B001 LIFE SCIENCES PHD COURSE

Periods Autumn/Spring No of hours per week 3 ECTS 12 No of hours per year

(30 weeks) 90

Day Every Monday morning (starts at 9.15 : 2-­3 hours depending on activity) from

the beginning of October to the beginning of June. Place Sciences III, seminar room 3079 Evaluation • Continuous course attendance is compulsory. Students who miss a course

must inform the course coordinator (ahead of time when absence can be anticipated) and the current teacher if they have an assignment.

• Knowledge and skills will be implicitly examined at the end of the first year through the qualifying exam.

Person in charge D. PICARD (po) -­ 022.379.6813 -­ didier.picard@unige.ch Contents This course is for the students enrolled in the "University of Geneva

International PhD program in Life Sciences". It is taught by PIs participating in the program. Teaching modules consist in scientific lectures (objective 1 ;; see below) and sessions addressing the other teaching objectives (2-­4). The latter will include two sessions on the ethical conduct of science and sessions with paper discussions. It could also include the following types of topics : designing and assessing a project ;; judging and reviewing papers ;; writing/structuring a manuscript/poster/grant application ;; basic teaching skills ;; statistics refresher ;; academic and non-­academic career pathways ;; emerging technologies ;; presentation of local platforms and services. Students can start the class twice a year, either in October or in March (see detailed program for exact dates), and just need to make sure that they complete one full cycle.

Objectives & Miscellaneous

(1) Get a sense of the local scientific environment with a focus on concepts, methods, knowledge frontiers and gaps. (2) Introduce available platforms and services. (3) Complement scientific knowledge with additional skills. (4) Forge a class and a sense of belonging to a common program.

214

BIOLOGIE-­MEDECINE L’école doctorale Biologie-­Médecine encadre et forme les étudiants qui préparent une thèse de doctorat ès sciences, mention biologie, au sein de la Faculté de médecine et qui ne sont pas inscrits dans une autre école doctorale admise par la Section de biologie. Renseignements Section de biologie, biomed@unige.ch Lieu UNIGE -­ CMU et HUG Pour plus d’information, veuillez consulter le site internet de la Section de biologie du programme Biologie-­Médecine NEUROSCIENCES LEMANIQUES The Lemanic Neuroscience Doctoral School (LNDS) organizes student training both in theoretical and experimental aspects of neuroscience. Research projects take place at affiliated laboratories in Geneva and Lausanne. About 130 PhD students receive their training through comprehensive coursework within the LN Program and by attending seminars, journal clubs and workshops. They are also encouraged, and often sponsored, to present their research at national and international neuroscience conferences. Facilitating interaction between students and senior researchers helps the students build a network for future collaboration and employment. Our graduates have successful careers in a variety of areas including academia, teaching, research foundations, industry and scientific editing.

Renseignements : Monsieur A. HOLTMAAT -­ anthony.holtmaat@unige.ch Monsieur J.-­P. HORNUNG -­ jean-­pierre.hornung@unil.ch Lieu : UNIGE, UNIL, EPFL. Pour plus d’information, veuillez consulter le site internet Lemanic Neurosciences Doctoral School

215

DOCTORAL PROGRAM IN ECOLOGY AND EVOLUTION Programme doctoral en Ecologie et Biologie évolutive des Universités de Berne, Fribourg, Genève, Lausanne et Neuchâtel Coordinatrice Dr Caroline BETTO-­COLLIARD

ecologie-­evolution@cuso.ch Tél. : +41 21 692 41 88 Fax : +41 21 692 41 65

Bâtiment Biophore Université de Lausanne CH-­1015 Lausanne Suisse

Informations et directives sur le site internet de CUSO Répondante à l’UNIGE : Madame A. Sanchez-­Mazas – 022.379.6984 alicia.sanchez-­mazas@unige.ch Ä COURS DONNES CHAQUE ANNEE DANS LE CADRE DE CE PROGRAMME

A L’UNIVERSITE DE GENEVE :

Pour consulter les informations relatives aux divers enseignements.

Veuillez, vous référer aux programmes des cours sur internet.

14B672 COMPUTER SKILLS FOR BIOLOGICAL RESEARCH :

an introduction to GNU/Linux and bash scripting Stage (cours + travaux pratiques) Responsables Messieurs M. CURRAT (mer) -­ 022.379.69.79/67, mathias.currat@unige.ch &

J.M. NUNES – 022.379.36.83/ 67, jose.deabreununes@unige.ch 14B637 MOLECULAR POPULATION GENETICS Stage (cours + travaux pratiques + conférences) Responsable Madame A. SANCHEZ-­MAZAS – 022.379.6984/67

alicia.sanchez-­mazas@unige.ch 14B657 PHYLOGENY AND MOLECULAR EVOLUTION Stage (cours + travaux pratiques) Responsable

Monsieur J. MONTOYA – 022.379.6786– juan.montoya@unige.ch

Section de Biologie

PARTIE VI : Les index

Ø Index alphabétique des cours

Ø Table des matières

INDEX ALPHABETIQUE DES COURS

* enseignements obligatoires de 1ère / 2ème / 3ème année /enseignements à choix / à choix restreint

N° T I T R E D U C O U R S Type * ECTS Semestres Répondant(e)s / Responsables Pages

14B013 Advance studies in Systematicsà choix master & master oblig. orient. BDS

2 automne Mme Naciri Y. 69

14B701 Anthropologie biologique et culturelle -­ séminaire

à choix 3 automne Mme & M.

Sanchez-­Mazas A. & Hubert Van Blyenburgh N. 70

14B002 Archéologie et histoire de l'afrique bachelor préhist 2/3ème 6 automne M. Huysecom E. 71

14B702 Archéologie et histoire de l'Afrique -­ séminaire à choix 3 automne M. Huysecom E. 71

14T014 Archéozoologie I : La chasse pendant la préhistoire

bachelor préhist. 2/3ème 3 printemps Mme Studer J. 72

14T015 Archéozoologie I : ostéologie comparée bachelor préhist 2/3ème 2 printemps Mme Studer J. 72

14T900 Archéozoologie II Etude d'un ensemble fuanique préhistorique

master préhist. 3 annuel Mme Studer J. 73

14T010 Archéozoologie II La domestication des animaux

master préhist. 3 printemps Mme Studer J. 73

10A001 Astronomie générale à choix 2ème 2 automne Mme Charbonnel C. 74

14B004 Bactériologie générale à choix 2 automne M. Perron K. 75

14B904 Bactériologie générale -­ travaux pratiques à choix 6 automne M. Perron K. 76

12C002A Biochimie II -­ Biochimie pour biologistes 2ème 4 automne M. Riezman H. 29

12C00PX Biochimie II -­ Méthodes 2ème 1 printemps M. Roux A. 29

13C008A/08P Biochimie III à choix 9 annuel M. Soldati T. 77/78

13C008A Biochimie III à choix r. 3 automne M. Soldati T. 77

13C008P Biochimie III à choix r. 3 printemps M. Soldati T. 78

13C908X Biochimie III -­ Travaux pratiques à choix r. 3 automne M. Soldati T. 79

14B005 Biodiversité : origine et évolutionà choix master & master oblig. orient. BDS

3 automne Mrs Perret M. & Montoya J. 80

13B003 Bioéthique à choix r. 6 annuel Mmes Hurst S. & Clavien C. 81

14B007 Biogéographie à choix 3 pritnemps M. Perret M. 82

14B009 Biogéographie générale et écologie végétale III. Biogéographie des hautes montagnes

à choix 3 printemps Mme Price M. 83

14F013 Bioinformatics for Mass Spectrometry Data Analysis

à choix r. 3 printemps Mmes & M.

Lisacek F., Palagi P. & Müller M.

12B012 Bioinformatique + travaux pratiques intégrés 2ème 1.5 printemps Mme F. Lisacek 30

14B912 Biologie des systèmes intégrés -­ travaux pratiques

à choix 5 printemps 10 jours M. Degli-­Agosti R. 84

12B010 Biologie et société I : Les enjeux actuels des sciences de la vie

2ème 2.5 automne Mrs Strasser B. & Kampourakis K. 31

12B011 Biologie et société II : Analyser les controverses scientifiques

2ème 2.5 printemps Mrs Strasser B. & Kampourakis K. 32

INDEX ALPHABETIQUE DES COURS

* enseignements obligatoires de 1ère / 2ème / 3ème année /enseignements à choix / à choix restreint

N° T I T R E D U C O U R S Type * ECTS Semestres Répondant(e)s / Responsables Pages

11B001 Biologie fondamentale I & travaux pratiques intégrés

1ère 9.5 automne M. Martinou J.-­C. 11

11B002 Biologie fondamentale II & travaux pratiques intégrés

1ère 7.5 printemps Mme Demarsy E. 13

11B003 Biologie fondamentale III & travaux pratiques intégrés

1ère 8 printemps M. Pauli D. 14

13B004 Biologie humaine I : Diversité biologique des populations humaines actuelles

à choix r. 3 automne Mme Sanchez-­Mazas A. 85

13B005Biologie humaine : Diversité biologique et évolution du genre humain, des origines à nos jours

à choix r. & master 3 printemps Mme Sanchez-­Mazas A. 86

13B001 Biologie moléculaire de la cellule 3ème 9 annuel M. T. Halazonetis 47

13B901 Biologie moléculaire de la cellule -­ travaux pratiques à choix restreint de 3ème année

à choix r. 3 automne M. T. Halazonetis 48

12B013 Biologie végétale + travaux pratiques intégrés 2ème 3.5 printemps MM. R. Degli Agosti S. Loubéry 33

14P017 Biophotonique à choix 4 printemps M. Bonacina L. 87

11M004 Biostatistiques I 1ère 4 printemps M. Sardy S. 17

11M904 Biostatistiques I : Applications 1ère printemps Mme Poloni E. 18

11B800 Biostatistiques I : Répétitoire 1ère printemps Mme Poloni E. 19

12B015 Biostatistiques II + TP intégrés 2ème 1.5 automne M. Nunes J. M. 34

14B015 Botanique systématique et pharmaceutique à choix 4 automne M. Loizeau P.-­A. 88

14B915 Botanique systématique et pharmaceutique travaux pratiques/excursions

à choix 2 printemps M. Loizeau P.-­A. 88

14B016 Botanique tropicale à choix 5 printemps M. Gautier L. 89

13T513 Camp de géologie à choix 3 printemps M. Castelltort S. 90

14B047 Cell Biology Journal Club à choix master 3 annuel M. Citi S. 91

14 E150 Changements et impacts climatiques à choix 3 printemps M. Beniston M.

11C101 Chimie générale 1ère 5 automne M. Chillier X. 20

11C901 Chimie générale -­ travaux pratiques 1ère 2 automne M. Piguet C. 21

11C103 Chimie organique 1ère 8 annuel M. & Mme

Lacour J. & Poblador-­Bahamonde A. 22

14B018 Chronobiologie à choix 3 annuel M. Degli-­Agosti R. 92

14T003 Civilisations préhistoriques : Introduction aux civilisations préhistoriques

à choix 4 printemps Mme Besse M. 93

14B020 Classiques de la génétique moléculaire (les) à choix master 5 printemps M. Belin D. 94

7414D Cognition comparée: aux origines de l'esprit à choix 3 printemps M. Maurer R. 95

INDEX ALPHABETIQUE DES COURS

* enseignements obligatoires de 1ère / 2ème / 3ème année /enseignements à choix / à choix restreint

N° T I T R E D U C O U R S Type * ECTS Semestres Répondant(e)s / Responsables Pages

10S010 Communication scientifique et médicale : acteurs et moyens

à choix 3 printemps Mme Pellegrini B. 96

14B024 Comprendre la compléxité et la diversité biologiques

à choix 3 printemps M. Milinkovitch M. 97

14B672 Computer Skills for Biological researchà choix master & master oblig. orient. BIADB

3 automne Mrs Currat M. & Nunes J.M. 98

14B672 Computer Skills for Biological research -­ doctorants

doctorat 2 automne Mrs Currat M. & Nunes J.M.

14CB01 Current Topics in Chemical Biology and Biochemistry

à choix master 8 automne Mme Simitsek Ph. 99

14F016 Data mining for protein function prediction à choix master 5 printemps M. & Mme Bairoch A. & Lane L. 100

12B016 Développement animal 2ème 4 printemps M. Rodriguez I. 35

12B019 Développement végétal 2ème 3 printemps M. Lopez-­Molina L. 35

74144 Eco-­Ethologie : Evolution phylogénetique des comportements

à choix 3 automne M. Maurer R. 101

13B907 Ecologie -­ travaux pratiques à choix r. 3 printemps M. Ibelings B. 104

14 E159 Ecologie des systèmes fluviaux -­ travaux pratiques

à choix 3 printemps M. Castella E. 105

13B007A Ecologie I à choix r. 3 automne M. Ibelings B. 102

13B007P Ecologie II à choix r. 3 printemps M. Ibelings B. 103

14B026 Ecologie moléculaire microbienne à choix 4 printemps Mrs Tonolla M. & Peduzzi R. 106

14 E187 Ecosystems services : A new tool for sustainable development

à choix 3 automne M. Schlaepfer M. 107

14C003 Eléments d'endocrinologie moléculaire à choix r. 6 annuel M. & Mme

Rossier M. & De Agostini A. 108

14F001 Elements of Bioinformaticsà choix master & master oblig. orient. BIADB

5 automne M. & Mme Bairoch A. & Blatter M.-­C. 109

14F012 Elements of proteomics and Metabolomics : Translation to human Diseases

à choix master 3 automne M. Sanchez J.-­C. 110

14B028 Ethnoarchéologie master préhist. 3 automne Mme Mayor A. 111

14B728 Ethnoarchéologie -­ séminaire à choix 3 automne Mme Mayor A. 111

14B029 Ethnologie bachelor préhist 2/3ème 3 automne Mme Mayor A. 112

14B729 Ethnologie -­ séminaire bachelor préhist 2/3ème 3 automne Mme Mayor A. 112

13B002 Evolution 3ème 6 annuel Mme Sanchez-­Mazas A. 49

14B030Evolution humaine : histoire des représentations scientifiques des origines et de la diversité des humains

à choix 3 printemps M. Hubert Van Blyenburgh N. 113

14B021 Exploitation des collections botaniques à choix 5 annuel Mrs Clerc Ph. & Gautier L. 114

14B642 Faune Genevoise à choix master 4 printemps Mrs Ruedi M. & Mariaux J. 115

INDEX ALPHABETIQUE DES COURS

* enseignements obligatoires de 1ère / 2ème / 3ème année /enseignements à choix / à choix restreint

N° T I T R E D U C O U R S Type * ECTS Semestres Répondant(e)s / Responsables Pages

14B008Flore et végétation :Cartographie, analyses et indicateurs à choix 2 printemps Mme Price M. 116

14B033 Floristique : Chorologie. Histoire et connaissance de la flore

à choix 3 printemps Mme Naciri Y. 117

14 E150 FND climatic change à choix 3 printemps M. Stoffel M. 118

14 E156 Fonctions et mesures de la diversité à choix 3 printemps M. Castella E. 119

12B801 Formation documentaire 2ème printemps Mmes Bellier A. & Mellifluo L. 43

14B635 Fouilles archéologiques bachelor & master préhist. 6 automne M. Huysecom E. 120

13T601 Fouilles archéologiques, stage d'initiation bachelor 2/3ème 6 printemps Mme Besse M. 119

12B017A Génétique -­ génétique générale + travaux pratiques intégrés

2ème 11 automne M. Pauli D. 36

12B017P Génétique -­ génétique moléculaire + travaux pratiques intégrés

2ème 11 automne Mrs Shore D. & Belin D. 37/38

14B637 Génétique moléculaire des populations / Molecular Population Genetics

à choix master & master oblig. orient. BDS & BIADB

5 annuel Mme Sanchez-­Mazas A. 121

14B637 Génétique moléculaire des populations / Molecular Population Genetics

doctorat 3 annuel Mme Sanchez-­Mazas A. 121

13B010 Génétique moléculaire du développement à choix r. 6 annuel M. Karch F. 122

13B909 Génétique moléculaire du développement -­ travaux pratiques

à choix r. 3 automne M. Karch F. 123

14B038 Génétique moléculaire du développement et de l'évolution -­ chapitres choisis

à choix master 4 annuel M. Zakany J. 124

11T003 Géologie bachelor préhist 2ème année 5.5 automne M. Moscariello A. 125

11T903 Géologie -­ travaux pratiques bachelor préhist 2ème année 2.5 automne M. Moscariello A. 125

12T408 Géomatique I à choix 3 automne M. Lehmann A. 126

14B640 Histologie et imagerie des tissus à choix 3 printemps M. Loubéry S. 127

14B641 Hydrobiologie microbienne -­ Ecologie microbienne et écologie alpine

à choix 4 printemps 5 jours M. Tonolla M. 129

14B041Hydrobiologie microbienne : Environnement naturel et construit, aspects écologiques, hygiéniques et sanitaires

à choix 3 printemps Mrs Peduzzi R. & Tonolla M. 128

14B071 Introduction à l'Archéologie Islamique : Moyen-­Orient et Afrique

à choix master 2 automne M. Genequand D. 130

14B771 Introduction à l'Archéologie Islamique : Moyen-­Orient et Afrique -­ séminaire

à choix master 1 automne M. Genequand D. 130

10S003 Introduction à l'histoire et à la philosophie des Sciences

à choix 6 annuel M. Lacki J. 131

12C902X Introduction à la bioinformatique pour biologistes -­ travaux pratiques

à choix 1 printemps M. Soldati T. 132

14B043 Introduction à la biologie du comportement à choix 3 annuel M. Langaney A. 133

14B037P Introduction à la génétique à choix printemps M. Pauli D. 134

INDEX ALPHABETIQUE DES COURS

* enseignements obligatoires de 1ère / 2ème / 3ème année /enseignements à choix / à choix restreint

N° T I T R E D U C O U R S Type * ECTS Semestres Répondant(e)s / Responsables Pages

14B045 Introduction à la recherche en biologie moléculaire des végétaux

à choix master & master oblig. orient. MPS

4 annuel M. Hothorn M. 135

14T019 Introduction au dessin archéologique à choix 3 printemps Mme Besse M. 136

14B779 Introduction aux méthodes de recherche en digital humanities

à choix master & doctorat 3 printemps Mrs Strasser B. & Suciu R. 137

14F018 Introduction to systems biology à choix 3 printemps Mme Lisacek F. 138

223O305 La génétique dans la pratique médicale au quatidien : du laboratoire au chevet du patient

à choix 3 automne M. & Mme

Blouin J.-­L. & Guipponi M. & Sloan-­Bena F. 139

223O321La génétique dans la pratique médicale de demain : de la recherche vers les nouveaux concepts de diagnostic

à choix 2 printemps M. & Mme

Blouin J.-­L. & Guipponi M. & Sloan-­Bena F. 140

14B034 Landmark Papers in Yeast Biology – Selected Chapters

à choix 4 automne M. Shore D. 141

19B001 Life Sciences doctorales 12 annuel M. Picard D. 213

14B017 Master course in Genetics, Development and Evolution

à choix master & master oblig. orient. GDE

9 annuel Mme & M.

Galliot B. & Gonzalez Gaitan M. 142

11M000 Mathématiques générales 1ère 4 automne M. Sardy S. 16

223O122 Médecins et scientifiques au cinéma à choix, 2ème & 3ème 3 printemps Mrs Wenger A. & Strasser B. 143

14 E155 Menaces et conservation de la biodiversité à choix 3 automne M. Lehmann A. 144

14T004 Méthodologie de la recherche en archéologie préhistorique

bachelor préhist. 2/3ème 6 annuel Mme Besse M. 145

14T005 Méthodologie de la recherche en archéologie préhistorique -­ travaux pratiques

bachelor préhist 2/3ème 6 annuel Mme Besse M. 145

14B068Méthodologie de la recherche en archéologie préhistorique : cartographie, topographie et statistique

bachelor préhist en lettre 2 automne M. Huysecom E. 146

14B751 Méthodologie de la recherche en biologie -­ séminaire

bachelor préhist 2/3ème & à choix 3 printemps M. Di D. 147

22H002 Microbiologie à choix 5 annuel M. Linder P. 148

13B911 Microbiologie générale -­ travaux pratiques à choix r. 3 printemps M. Barja F. 151

13B011 Microbiologie générale I à choix r. 3 automne M. Barja F. 149

13B014 Microbiologie générale II à choix r. 3 printemps M. Barja F. 150

14B053 Microbiologie moléculaire des milieux hydriques : Détection et typage des microorganismes

à choix 3 automne M. Tonolla M. 152

14B063P Microscopy and Imaging Course à choix/master 3 printemps M. Bauer Ch. 154

14B063A Microscopy and Imaging Course PhD 2 automne M. Bauer Ch. 153

14B023 Milestones in Plant Molecular Genetics -­ selected Chapters

à choix 4 annuel M. Hothorn M. 155

14X015 Modélisation et simulation de phénomènes naturels

à choix r. 6 printemps M. Chopard B. 156

14B778 Molecular Biology journal club and progress reports

à choix master & doctorat 5 annuel Mrs Halazonetis T. & Schalch

T. 157

INDEX ALPHABETIQUE DES COURS

* enseignements obligatoires de 1ère / 2ème / 3ème année /enseignements à choix / à choix restreint

N° T I T R E D U C O U R S Type * ECTS Semestres Répondant(e)s / Responsables Pages

14B037 Molecular Plant Sciences -­ Applied Aspectsà choix master & master oblig. orient. MPS

4 automne Mme & M. Fitzpatrick T. & Ulm R. 159

14B035 Molecular Plant Sciences -­ Basic Researchà choix master & master oblig. orient. MPS

4 automne Mme & M. Fitzpatrick T. & Ulm R. 158

14B054 Morphologie et anatomie végétales à choix 4 automne M. Stauffer F. 160

14B054 Morphologie et anatomie végétales -­ travaux pratiques intégrés

à choix printemps M. Stauffer F. 160

7312D Neurobiologie de la représentation spatiale (la) à choix master 3 printemps M. Maurer R. 161

14N12 Neurosciences : Chemical senses à choix master 3 automne M. Rodriguez I. 162

14P021 Optique et laser à choix 5 automne M. Zbinden H. 163

14T018 Paléoanthropologie I à choix 6 annuel Mme Desideri J. 164

11T007 Paléobiologie et paléontologie à choix 5 annuel Mme Martini R. 165

11T507 Paléobiologie et paléontologie -­ camp à choix 0.5 printemps 2 jours Mme Martini R. 166

11T907 Paléobiologie et paléontologie -­ travaux pratiques

à choix 2 annuel Mme Martini R. 166

14B062Paléolithique et Néolithique de l'Afrique : des premiers outils à la mise en place des sociétés complexes

master préhist. 6 automne M. Huysecom E. 167

14B762Paléolithique et Néolithique de l'Afrique : des premiers outils à la mise en place des sociétés complexes -­ séminaire

à choix 3 automne M. Huysecom E. 167

14B056 Parasitologie générale et systématique à choix 5 printemps M. Mariaux J. 168

14B650 Penser les Sciences : Nouvelles Perspectives de la Recherche

à choix 3 printemps M. Strasser B. 169

14B657 Phylogénie et évolution moléculaire -­ stageà choix master & master oblig. orient. BDS

5 annuel M. Montoya J. 170

14B657 Phylogénie et évolution moléculaire -­ stage doctorat 3 annuel M. Montoya J. 170

12B014 Physiologie animale 2ème 4 automne Mme Frieden M. 39

12B914 Physiologie animale -­ histologie-­Physiologie animale -­ travaux pratiques

2ème 1.5 automne Mme Soulié P. 39

13B012P Physiologie végétale -­ Perception moléculaire de l’environnement chez les plantes

à choix r. 3 printemps Mme Fitzpatrick T. 172

13B906 Physiologie végétale -­ travaux pratiques à choix r. 3 printemps Mme Demarsy E. 173

13B012A Physiologie végétale Perception moléculaire de l’environnement chez les plantes

à choix r. 3 automne Mme Fitzpatrick T. 171

14B058 Physiomatique à choix 3 printemps M. Degli-­Agosti R. 174

11P085/86 Physique générale B 1ère 10 annuel Mmes Paruch P. & Montaruli T. 23

11P985 Physique générale B -­ travaux pratiques 1ère 2 automne Mme Tamai A. 24

14B059 Phytopathologie et systèmes culturaux à choix 3 printemps M. Barja F. 175

INDEX ALPHABETIQUE DES COURS

* enseignements obligatoires de 1ère / 2ème / 3ème année /enseignements à choix / à choix restreint

N° T I T R E D U C O U R S Type * ECTS Semestres Répondant(e)s / Responsables Pages

14B648 Plant Science Symposium and Geneva Plant Seminars

à choix master 1 annuel Mme & M. Fitzpatrick T. & Ulm R. 176

11T009 Préhistoire générale bachelor préhist en lettre 6 annuel Mme

& M. Besse M. & Huysecom E. 177

11T909 Préhistoire générale -­ travaux pratiques bachelor préhist 1er année 3 annuel Mme Besse M. 177

14T006 Préhistoire régionale bachelor préhist 2/3ème 6 annuel M. Anastassov J. 178

14T017 Préhistoire régionale -­ séminaire bachelor préhist 2/3ème 3 printemps Mme Besse M. 179

14T016 Préhistoire régionale -­ travaux pratiques bachelor préhist 2/3ème 6 annuel Mme Besse M. 178

12T019 Principes de Sédimentologie bachelor préhist 3ème année 4.5 automne M. Castelltort S. 182

14B010 Principles of cellular and molecular -­ Biology Biologie cellulaire et moléculaire approfondie

à choix master 8 annuel Mme Stutz F. 183

24N01 Principles of neurobiology I à choix master 3 automne M. Matter J.-­M. 180

14N11 Principles of neurobiology II à choix master 3 automne M. Huber D. 180

12X020 Programmation + TP intégrés 2ème 3.5 automne M. Falcone J.-­L. 40

14F006 Programming for bioinformatics à choix master 7 automne M. Chopard B. 181

14B773 Progress report in Cell Biology -­ seminar à choix master 3 annuel Mme Citi S. 184

14F004 Protein expression and interaction à choix 4 automne M. & Mme Hartley O. & Lisacek F. 185

14B048 Protohistoire de l'Afrique : de l'appartition du métal à la mise en place des grands empires

à choix master 6 automne M. Huysecom E. 186

14B748Protohistoire de l'Afrique : de l'appartition du métal à la mise en place des grands empires -­ séminaire

à choix master 3 automne M. Huysecom E. 187

14T080 Ressources naturelles à choix 3 printemps M. Moritz R. 188

14B651 Sciences citoyennes : des amateurs naturalistes aux bio-­hackers

à choix 3 automne M. Strasser B. 189

14 E139 Sciences de l’Atmosphère à choix 3 automne Mr Goyette S. 190

14B012 Scientific writing and communication à choix master 2 printemps Mme Price M. 191

14F015 Selected chapters in bioinformatics à choix 3 printemps Mme Lisacek F. 199

14T020 Sémiologie graphique en archéologie à choix 1 automne Mme Besse M. 193

14 E142 SPACE-­Climate : Analyses données climatiques et météorologiques

à choix 3 printemps M. Lehmann A. 194

14 E075 SPACE-­Ecologie : Analyses spatiales en écologie

à choix 3 printemps M. Lehmann A. 195

14 E183 SPACE-­Water : Hydological modeling with SWAT

à choix 3 printemps M. Lehmann A. 196

14B667 Stage de biologie marine à choix 6 printemps M. Pawlowski J. 197

INDEX ALPHABETIQUE DES COURS

* enseignements obligatoires de 1ère / 2ème / 3ème année /enseignements à choix / à choix restreint

N° T I T R E D U C O U R S Type * ECTS Semestres Répondant(e)s / Responsables Pages

14B668 Stage de botanique alpine à choix 2 printemps Mme Naciri Y. 198

14B669 Stage de botanique tropicale à choix master 5 2 semaines M. Gautier L. 198

14B670 Stage de laboratoire bachelor & master annuel Mme Sanchez-­Mazas A. 199

13T040 Stage en archéologie, première approche métier

bachelor préhist 2/3ème 6 4 semaines Mmes Besse M. & Desideri J. 200

14B057 Statistics and probabilityà choix master & master oblig. orient. BIADB

5 automne M. Nunes J.M. 201

14B951 Statistiques appliquées -­ travaux pratiques à choix master 1 printemps Mme Naciri Y. 202

12B018A/12B018P

Systématique et biodiversité+ travaux pratiques intégrés + TP intégrés

2ème 11 annuel Mrs Pawlowski J., Montoya J. & Loizeau P.-­A. 41

14B070 Systématique et écologie des lichens et des bryophytes

à choix 5 printemps Mme & M.Price M. J. & M. Clerc Ph. 203

13B013 Système immunitaire (le) à choix r. 6 annuel Mmes Roux-­Lombard P. & Hugues S. 204

14B067 Technologie préhistorique -­ cours master préhist. 3 automne Mme Mayor A. 205

14B767 Technologie préhistorique -­ séminaire master préhist. 3 automne Mme Mayor A. 205

14B044 Travaux pratiques de Microscopie générale module B : Microscopie électronique

à choix 5 printemps M. Barja F. 206

14B077Vulnérabilité du système nerveux central liée à l'âge et aux démences neurodégénératives : Fondements Moléculaires / Vulnerability of the

à choix 3 automne M. Savioz A. 207

TABLE DES MATIERES SECTION DE BIOLOGIE PARTIE I : La Section La Section de Biologie en bref 1 -­ 2 A qui s’adresser ? 3 -­ 4 AEB (Association des Etudiants en biologie) 5 Mobilité 6 PARTIE II : Le bachelor

Grilles horaires & cours

-­ Grilles horaires de la 1ère année 7-­ 10 -­ Descriptifs des enseignements 1ère année 11 -­ 24

-­ Grilles horaires 2ème année 25 -­ 28 -­ Descriptifs des enseignements 2ème année 29 – 44 -­ Liste des cours à choix de 2ème année

-­ Grille horaire 3ème année 45 -­ 46 -­ Descriptifs des enseignements 3ème année 47 -­ 49 -­ Liste des enseignements à choix restreint 50 -­ Dates des TP à choix restreint de 3ème année 51

Monographie

-­ Règlement de la monographie 53 -­ 54 PARTIE III : Le master

Orientations du master en biologie & l’Annexe 1 au règlement 55 -­ 60

-­ Orientation libre (OL) 61 -­ Biodiversité et systématique (BDS) 62 -­ Bioinformatique et analyse des données en biologie (BIADB) 63 -­ Génétique, développement et évolution (GDE) 64 -­ Sciences moléculaires du végétal (MPS) 65

Liste des cours réservés au master en biologie 67 -­ 68 PARTIE IV : Les cours à choix Liste des enseignements à choix restreint et à choix libre pour le bachelor en biologie et le master en biologie 69 -­ 208 PARTIE V : Les formations rattachées Autres masters ouverts aux titulaires du bachelor en biologie 209 -­ 211 Formation approfondie et formation continue 211 -­ 212 Ecoles et programmes doctoraux 213 -­ 215 PARTIE VI : Les index