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PROPAGACIÓN: Reconstrucción filogenética espacial de la dinámica evolutiva Autores Filip Bielejec ( [email protected] ) Philippe Lemey ( [email protected] ) Andrew Rambaut ( [email protected] ) Marc Suchard ( [email protected] ) Contacto Filip Bielejec ( [email protected] ) Descargar Compilado, programa ejecutable se puede descargar desde:http://www.phylogeography.org/SPREAD.html Obtener el código fuente en GitHub: https://github.com/phylogeography/SPREAD . Puede descargar este proyecto en formatos ya sea zip o alquitrán. También puede clonar el proyecto con Git por correr : $ Git clone git: //github.com/phylogeography/SPREAD En este suplemento se da una descripción detallada de las funcionalidades del programa, describimos algunos análisis posible y dar pautas generales sobre la ejecución de PROPAGACIÓN. Se presenta un ejemplo para cada uno de los análisis posible. Los archivos de ejemplo utilizados en las visualizaciones se puede acceder desde http://www.phylogeography.org/SPREAD.html (Haga clic derecho y ' guardardestino como "). Tabla de Contenidos Sección 1: Recomendado plataforma, hardware y software para PROPAGACIÓN Sección 2: Visualización de la ubicación anotada MCC árbol

Spread Tutorial

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como manejar el programa filogeografico Spread

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Page 1: Spread Tutorial

PROPAGACIÓN: Reconstrucción filogenética espacial de la dinámica evolutivaAutores

Filip Bielejec ( [email protected] )

Philippe Lemey ( [email protected] )

Andrew Rambaut ( [email protected] )

Marc Suchard ( [email protected] )

Contacto

Filip Bielejec ( [email protected] )

Descargar

Compilado, programa ejecutable se puede descargar

desde:http://www.phylogeography.org/SPREAD.html

Obtener el código fuente en

GitHub: https://github.com/phylogeography/SPREAD. Puede descargar este proyecto en

formatos ya sea zip o alquitrán. También puede clonar el proyecto con Git por correr :

$ Git clone git: //github.com/phylogeography/SPREAD

  

En este suplemento se da una descripción detallada de las funcionalidades del

programa, describimos algunos análisis posible y dar pautas generales sobre la ejecución

de PROPAGACIÓN. Se presenta un ejemplo para cada uno de los análisis posible. Los

archivos de ejemplo utilizados en las visualizaciones se puede acceder

desde http://www.phylogeography.org/SPREAD.html (Haga clic derecho y ' guardardestino

como ").

Tabla de Contenidos

Sección 1: Recomendado plataforma, hardware y software para PROPAGACIÓN

Sección 2: Visualización de la ubicación anotada MCC árbol

Subsección: Cargando los datos

Subsección: Configuración de los atributos de visualización

Subsección: Generación de las visualizaciones

Page 2: Spread Tutorial

Sección 3: Identificación de los tipos bien apoyado utilizando Bayes factores de prueba

Subsección: Cargando los datos

Subsección: Configuración de los atributos de visualización

Subsección: Generación de las visualizaciones

Sección 4: Visualizar un árbol continuo MCC

Subsección: Cargando los datos

Subsección: Configuración de los atributos de visualización

Subsección: Generación de las visualizaciones

Sección 5: Resumiendo distribución posterior completa

Subsección: Cargando los datos

Subsección: Configuración de los atributos de visualización

Subsección: Generación de las visualizaciones

Sección 6: Consejos y trucos

1  plataforma recomendada, hardware y software para PROPAGACIÓNAnuncios por Med i awat c h V 1 home590Ad O p t i o n s

Spread se ejecutará en una variedad de plataformas, siempre y cuando un adecuadoestá

presente. Recomendada JRE incluye OpenJDK y Sun JRE, sin embargo aplicación

también se pueden ejecutar en otros entornos de ejecución. Spread ha sido probado en

sistemas operativos bien establecidos saber Debian GNU / Linux, X, Windows XP, así

como los esotéricos como Nokia Linux Maemo 5 y Linux MeeGo. Para la mayoría de las

plantillas siguiente hardware es suficiente:

CPU: Intel CPU de 600 MHz o superior

Memoria principal: 1 GB o superior

Runtime Environment: Sun Java Runtime Environment o OpenJDK

El análisis Tiempo Slicer es más recursos hambre y por lo tanto le recomendamos

ejecutarlo con los siguientes equipos :

Page 3: Spread Tutorial

CPU: Intel Core 2 Duo 2.0 Ghz o superior

Memoria principal: 3 GB o superior

Runtime Environment: Sun Java Runtime Environment o OpenJDK

2  Visualización de la ubicación anotada MCC árbolEste tutorial asume que el usuario ha generado la máxima credibilidad Clade (MCC) árbol

de ubicación anotada. Buen tutorial sobre hacer esto se puede encontrar en la sección

Resumen árbol de bestias tutorial wiki ( http://beast.bio.ed.ac.uk/Tree_summary).

El ejemplo del árbol de archivos y la ubicación coordenadas archivo para este

análisis se puede encontrar

aqu

íhttp://www.kuleuven.be/aidslab/phylogeography/SPREAD_files/H5N1_HA_discrete_MCC.

trey aquí http://www.kuleuven.be/aidslab/phylogeography/ SPREAD_files /

locationCoordinates_H5N1.txt . Este ejemplo considera la gripe A H5N1 difusión entre 7

lugares discretos. Vamos a visualizar estos datos utilizando propia Spread mapa y el

software mundo virtual.

Cargando los datos

Haga clic en la ficha Modelo Discreto, luego en el botón Cargar archivo de árbol y vaya a

la ubicación de su archivo de árbol de MCC para cargarlo.

Page 4: Spread Tutorial

Figura archivo árbol MCC 1 Cargando.

Page 5: Spread Tutorial

El PROPAGACIÓN ahora establecer el directorio de trabajo a la que contiene su

archivo. Esto significa que la producción KML generado por PROPAGACIÓN se guardará

en este directorio.Anuncios b y Medi una W un tc h V1H o me 5 90A d O p ti o n s

Figura 2 Mensaje en la Terminal.

Para ver el árbol de MCC en ella del contexto geográfico, tenemos que asociar cada

lugar con una latitud y longitud particular. Para este propósito, puede utilizar el editor

Page 6: Spread Tutorial

suministrado con PROPAGACIÓN y generar el archivo de entrada o cargar el archivo

delimitado por tabuladores previamente preparada incluyendo cada lugar, su latitud y

longitud. Para el ejemplo H5N1, el archivo debe tener este aspecto:

Fujian 25.917 118.283

113.483 22,87 Guangdong

Guangxi 23.6417 108.1

Hebei 39.3583 116.6417

Henan 33.875 113,5

22,3 HongKong 114.167

Hunan 27.383 111.517

Page 7: Spread Tutorial

Figura 3 Ubicación coordina editor.

Un d s b y Med i aWatchV 1 casa 5 9 0A d O p t i en s

Page 8: Spread Tutorial

Ve a la pestaña Discrete del modelo y haga clic en el botón Configuración de

ubicación coordina. Usted debe ver la lista de ubicaciones discretas analizados desde su

árbol. Haga clic en los campos correspondientes y llenarlos con coordenadas de latitud y

longitud. Después de que termine de editar el archivo de guardarlo y cargarlo haciendo

clic en el botón Hecho. Alternativamente, puede utilizar el botón Cargar y navegue hasta

el archivo para cargarlo Su ubicación previamente preparado coordina.

En cualquiera de los casos cuando se hace clic en el botón Hecho en la ficha

Terminal Usted debe mostrar el número de lugares discretos han sido leídos por

PROPAGACIÓN, con sus nombres y coordenadas de latitud y longitud

correspondientes. Si usted se olvidó de guardar el archivo editado todavía Usted puede

copiar y pegar esta salida.

Page 9: Spread Tutorial

Figura 4 Terminal de salida.

Configuración de los atributos de visualización

Page 10: Spread Tutorial

Ahora que se ha cargado sus datos, usted puede comenzar a configurar los atributos.

Lo más reciente fecha de muestreo (MRSD) se especifica en el formato AAAA-

MM-DD. Si Usted sabe sólo el año fijado para el último día del año anterior.Utilice

la ruleta para operar campos año, mes y día. También puede elegir si la fecha es

en nuestra época (AD), o no (BC).

Nombre del atributo State es el nombre de los nodos del árbol atribuyen lugares

discretos. Los nombres comunes incluyen el estado o estados . Especificar en

consecuencia, de lo contrario SPREAD sería incapaz de analizar los datos

correctamente. En caso de duda siempre se puede abrir su árbol en un editor de

texto y comprobar si el nombre del atributo. Análisis de H5N1 utiliza el nombre

predeterminado.

Ramas asignación de colores le permite configurar los colores mínimos y

máximos de las líneas trazadas. SPREAD asignará los valores heigth nodo del

árbol de MCC a los colores en entre el máximo y el límite especificado

mínimo.Ajuste ambas asignaciones para el mismo color si usted quiere ninguna

asignación asignada.

Ajuste el tamaño de las líneas que utilizan las Ramas ancho slider.

Círculos asignación de colores le permite configurar los colores mínimos y

máximos de los polígonos trazados circulares. Esos polígonos tendrán sus colores

asignan en consecuencia para el número de linajes que sujetan el estado discreto

en el tiempo dado (intervalo). Usted puede elegir el principio y los valores finales

de esas asignaciones de color, especificando los valores RGB, HSB opacidad y

brillo.

El radio de polígonos circulares representa el número de linajes que sujetan el

estado discreto en un momento dado. El valor por defecto de 100 veces la raíz

cuadrada del número de linajes se puede multiplicar por una constante elegida

usando círculos RADIUS multiplicador .

Número de intervalos especifica en cuántos intervalos de la escala de tiempo

árbol MCC (tiempo desde la raíz del árbol hasta la fecha de muestreo más

reciente) será cortado en. 100 intervalos es un buen valor por defecto para la

mayoría de aplicaciones.

Mapeo máxima altitud se refiere a la salida KML. PROPAGACIÓN asignará las

distancias geográficas entre lugares discretos a la altura de las líneas que los

unen, dando a altitudes más altas a los lejanos y altitudes inferiores a los que

Page 11: Spread Tutorial

mienten cerca uno del otro. El cambio de este atributo será modificar el límite

superior de la cartografía. Si lo ajusta a 0 todas las líneas serán plana.

Nombre KML campo le permite especificar el nombre del archivo de salida.

Page 12: Spread Tutorial

Figura 5 Color selector.

La generación de las visualizaciones

Page 13: Spread Tutorial

Un ds b y M ediaW un tchV1home590A d O pción s

Una vez que estés satisfecho con los atributos especificados haga clic en el botón

Generar KML para generar una salida para su visualización en el software mundo

virtual. Si todo ha ido bien Usted debe ver un mensaje en la pestaña Terminal indica

cuánto tiempo le tomó a PROPAGACIÓN para generar el archivo. Si algo salió mal

Spread también mostrará una advertencia o un mensaje de error ahí.

Figura 6 Mensaje en la Terminal.

Page 14: Spread Tutorial

La visualización se puede abrir para ver en Google Earth

(www.google.com/earth/ ). Una vez abierto en GE visualización tendrá un cursor que

indica el componente de tiempo del árbol. Al hacer clic en el botón de reproducción se

inicia una animación del tiempo throught difusión viral.

Haga clic en el botón de mapa en el menú Plot PROPAGACIÓN para ver la

visualización en el mapa PROPAGACIÓN interior.

Page 15: Spread Tutorial

Figura 7 Captura de pantalla de la salida PROPAGACIÓN.

Page 16: Spread Tutorial

3  Identificar los tipos bien apoyado utilizando Bayes Factores pruebaUn d s b y MediaWatc h V1ho m e5 9 0Ad O p t i o ns

Este tutorial asume que el usuario ha generado un archivo de registro BESTIA con

indicadores de tasas como se describe en bayesiano http://beast.bio.ed.ac.uk/BSSVS .La

prueba tiene como objetivo identificar las tasas invocado con frecuencia para explicar el

proceso de difusión y visualizarlas en el software mundo virtual o utilizando SEPARE

propio mapa.

El archivo de registro utilizado en este ejemplo se puede acceder desde

aqu

íhttp://www.kuleuven.be/aidslab/phylogeography/SPREAD_files/H5N1_HA_discrete_rateM

atrix.log, archivo puede ser accesado y descargar desde aquí las coordenadas de

ubicación//www.kuleuven: http .be / aidslab / filogeografía / SPREAD_files /

locationCoordinates_H5N1.txt .

Cargando los datos

Ve a la pestaña Indicador Tasa BF y cargar su registro con el botón adecuado y un

selector suministrado, para navegar hasta el directorio que contiene el archivo de registro.

Page 17: Spread Tutorial

Figura 8 Carga del archivo de registro.

Page 18: Spread Tutorial

Para analizar los resultados en el archivo de registro que necesitaremos un archivo

delimitado lengüeta con nombres de ubicación y sus coordenadas de latitud y

longitud. Por ejemplo el análisis de H5N1 este archivo debe ser similar a esto:

Fujian 25.917 118.283

113.483 22,87 Guangdong

Guangxi 23.6417 108.1

Hebei 39.3583 116.6417

Henan 33.875 113,5

22,3 HongKong 114.167

Hunan 27.383 111.517

Puede utilizar el editor de coordenadas de ubicación para prepararlo, o cargar un archivo

guardado previamente. En cualquiera de los casos cuando se hace clic en el botón Hecho

en la ficha Terminal Usted debe mostrar el número de lugares discretos han sido leídos

por PROPAGACIÓN, con sus nombres y coordenadas de latitud y longitud

correspondientes. Si usted se olvidó de guardar el archivo editado todavía Usted puede

copiar y pegar esta salida.

Page 19: Spread Tutorial

Figura 9 salida de la terminal.

Configuración de los atributos de visualización

Page 20: Spread Tutorial

Ahora que se ha cargado sus datos, usted puede comenzar a configurar los atributos.

Utilice Especifique burn-in control deslizante para establecer el número de

valores samped iniciales deben ser descartados del análisis. El valor por defecto

de 10% debería ser suficiente para la mayoría de los análisis.

Poisson media antes / desplazamiento especifica la media de la (truncado)

Poisson anterior (el valor predeterminado es log (2) salvo que se especifique lo

contrario) y el desplazamiento de la (truncado) Poisson anterior (el valor

predeterminado es el número de posiciones - 1 salvo que se especifique de lo

contrario).

Factor de Bayes corte especifica los valores del factor de Bayes anterior que

consideramos las tasas que esté bien soportado (sólo aquellas tarifas serán

visualizados). Para el análisis de H5N1 por defecto de corte de 3,0 es suficiente.

Asignación de colores tarifas le permite configurar los colores mínimos y

máximos de las líneas trazadas. PROPAGACIÓN asignará el registro de Bayes

factores valores a los colores entre el máximo especificado y límite mínimo.

Ajuste el tamaño de las líneas utilizando el ancho de Precios deslizador.

Número de intervalos es un atributo puramente técnico y especifica cuántos

segmentos de línea Sus líneas de tasas consistirán, el establecimiento de este

número demasiado pequeño puede dar lugar a líneas en busca de crudo. Le

sugerimos que deje el valor predeterminado de 100.

Mapeo máxima altitud se refiere a la salida KML. PROPAGACIÓN asignará las

distancias geográficas entre lugares discretos a la altura de las líneas que los

unen, dando a altitudes más altas a los lejanos y altitudes inferiores a los que

mienten cerca uno del otro. El cambio de este atributo será modificar el límite

superior de la cartografía. Si lo ajusta a 0 todas las líneas serán plana.

Nombre KML campo le permite especificar el nombre del archivo de salida.

La generación de las visualizaciones

Una vez que estés satisfecho con los atributos de trazado especificados, haga clic en el

botón Generar KML. Spread ahora la salida del archivo kml en su directorio de trabajo

actual, puede ver este archivo usando Google Earth o cualquier otro software capaz de

leer el formato. También puede ver la visualización utilizando Spreads propio mapa

haciendo clic en el botón Plot.

Page 21: Spread Tutorial

Figura 10 visualizaciones generadas.

Tanto archivo de salida kml conspirar y generar debería resultar en una lista con las

tarifas que producen un factor de Bayes encima del límite especificado que se impriman

Page 22: Spread Tutorial

en la pestaña terminal. Copia y pega este producto para su uso posterior. Las tarifas son

por defecto ordenados en orden ascendente.

Page 23: Spread Tutorial
Page 24: Spread Tutorial

Figura 11 Salida pestaña Terminal.

4  Visualizar un árbol continuo MCCEste tutorial asume que el usuario ha creado un análisis filogeográfica BESTIA en el

espacio continuo y generado una credibilidad Clade (MCC) árbol de máxima utilizando

TreeAnnotator. Buen tutorial sobre medidas neccessary se puede encontrar

enhttp://beast.bio.ed.ac.uk/Continuous_phylogeographic_analysis .

Esta visualización tiene como objetivo proyectar el árbol de MCC en la grilla de

coordenadas geográficas, con polígonos representating la incertidumbre en coordenadas

de ubicación y considera la difusión de la rabia mapache en el noreste de Estados Unidos.

El archivo de ejemplo árbol utilizado en el análisis presentado se puede acceder

desde

aqu

íhttp://www.kuleuven.be/aidslab/phylogeography/SPREAD_files/RacRABV_cont_0.8_MC

C_snyder.tre.

Cargando los datos

Haga clic en la ficha modelo continuo y cargar su árbol de MCC en PROPAGACIÓN. Si

ahora abre el PROPAGACIÓN pestaña Terminal mostrará el mensaje con la ruta a su

archivo, lo que indica que se ha fijado el directorio de trabajo a la que su archivo está en

(salida generada será putt allí).

Page 25: Spread Tutorial

Figura archivo árbol de 12 Cargando.

Configuración de los atributos de visualización

Lo más reciente fecha de muestreo (MRSD) se especifica en el formato AAAA-

MM-DD. Si Usted sabe sólo el año fijado para el último día del año anterior.Utilice

Page 26: Spread Tutorial

la ruleta para operar campos año, mes y día. También puede elegir si la fecha es

en nuestra época (AD), o no (BC).

Coordinar nombre de atributo es el nombre de los nodos del árbol de

coordenadas atributo. Nombres comunes incluyen ubicación o rasgo . Especificar

en consecuencia, de lo contrario SPREAD sería incapaz de analizar los datos

correctamente. En caso de duda siempre se puede abrir su árbol en un editor de

texto y comprobar si el nombre del atributo. Racoon árbol de la rabia

utilizaubicación como el nombre del atributo.

Ramas asignación de colores le permite configurar los valores mínimos y

máximos de color de las líneas trazadas. SPREAD asignará los valores heigth

nodo del árbol de MCC a los colores en entre el máximo y el límite mínimo

especificado lo que resulta en el gradiente de color continuo para esos valores.

Ajuste el tamaño de ramales utilizando las Ramas ancho slider.

Mapeo máxima altitud se refiere a la salida KML. PROPAGACIÓN asignará las

distancias geográficas entre lugares discretos a la altura de las líneas que los

unen, dando a altitudes más altas a los lejanos y altitudes inferiores a los que

mienten cerca uno del otro. El cambio de este atributo será modificar el límite

superior de la cartografía. Si lo ajusta a 0 todas las líneas serán plana.

Asignación de colores Polígonos le permite configurar los colores mínimos y

máximos de los polígonos trazados. Esos polígonos tendrán sus colores asignan

en consecuencia para el tiempo relativo de la dispersión pattern.You puede elegir

el principio y el final de esos valores asignaciones de color, mediante la

especificación de RGB, valores de opacidad y brillo HSB.

Número de intervalos especifica en cuántos intervalos de la escala de tiempo

(tiempo desde la raíz del árbol hasta la fecha de muestreo más reciente) debe ser

cortado en. 100 intervalos es un buen valor por defecto para la mayoría de

visualizaciones.

Nombre KML campo le permite especificar el nombre del archivo de salida.

La generación de las visualizaciones

Una vez que estés satisfecho con los atributos especificados haga clic en el botón

Generar KML para generar una salida para su visualización en el software mundo

virtual. Si todo ha ido bien Usted debe ver un mensaje en la pestaña Terminal indica

Page 27: Spread Tutorial

cuánto tiempo le tomó a PROPAGACIÓN para generar el archivo. La salida generada

ahora puede abrirse para su visualización en Google Earth ( www.google.com/earth/ ).Una

vez abierto en GE visualización tendrá un cursor que indica el componente de tiempo del

árbol. Al hacer clic en el botón de reproducción se inicia una animación de la difusión viral

a través del tiempo. Haga clic en el botón de mapa en el menú Plot PROPAGACIÓN para

ver la visualización en el mapa PROPAGACIÓN interior.

Page 28: Spread Tutorial

Figura 13 Captura de pantalla de la salida PROPAGACIÓN.

Page 29: Spread Tutorial

5  Resumiendo distribución posterior completaEste tutorial asume que el usuario ha creado un análisis filogeográfica BESTIA en el

espacio continuo y genera un archivo de árboles y un archivo árbol MCC usando

TreeAnnotator. Buen tutorial sobre medidas neccessary se puede encontrar en

(http://beast.bio.ed.ac.uk/Continuous_phylogeographic_analysis ).

Este análisis permite resumir y visualizar posterior distribución completa de los

árboles obtenidos en el análisis filogeográfica continua. Para lograr este PROPAGACIÓN

crea una línea de tiempo de acuerdo a la longitud del árbol de MCC, rebanadas a través

de cada filogenia en unos puntos determinados en el tiempo, imputa los lugares

descendientes no observados para esos momentos de la hora y los contoures mediante la

creación de polígonos, una representación natural de la incertidumbre en estos

inferencias. En esta plantilla también visualizar el árbol de MCC que dio lugar a los

intervalos de tiempo mediante la elaboración de sus ramas.

 

Desde la versión 1.0.2 Propagación usuario puede optar por suministrar alturas

rebanada personalizado en lugar de definir de forma automática de acuerdo con el árbol

de MCC. Esto se puede hacer por la elección de tipo de análisis correspondiente y luego

de cargar archivo de texto con las alturas rebanada personalizados, que se define en una

sola columna y en orden ascendente (consejos a la raíz de la filogenia).

Page 30: Spread Tutorial
Page 31: Spread Tutorial

Figura 14 Selección de tipo de análisis.

 

Vamos a utilizar los mismos datos de la rabia mapache como en la visualización del

árbol continuo. Los archivos de árboles utilizados en este análisis se pueden descargar

desd

ehttp://www.kuleuven.be/aidslab/phylogeography/SPREAD_files/RacRABV_cont_0.8_MC

C_snyder.tre, los árboles de archivos de aquí http://www.kuleuven.be/aidslab/

filogeografía / SPREAD_files / RacRABV_cont.trees .

Tenga en cuenta que este análisis es mucho más recursos hambre y Es posible que

desee aumentar el límite de memoria de espacio de almacenamiento dinámico para su

máquina virtual de Java. Esto se puede hacer partiendo extendido desde la línea de

comandos con el siguiente comando:

java -jar -Xmx2024m spread.jar

Cargando los datos

En primer lugar usted necesita para cargar el árbol de MCC que da origen a los intervalos

de tiempo. Haga esto con el botón archivo árbol de carga. Siguiente importación de

archivos de los árboles utilizando árboles de carga botón Archivo. Una vez que usted

haya terminado comenzar a configurar los atributos adecuados.

Configuración de los atributos de visualización

Ahora que se ha cargado sus datos, usted puede comenzar a configurar los atributos de

trazado. Plantilla Tiempo Slicer permite las siguientes opciones para especificar:

Lo más reciente fecha de muestreo (MRSD) se especi fi en formato AAAA-MM-

DD. Utilice la ruleta para operar campos año, mes y día. También puede elegir si

la fecha es en nuestra época (AD), o no (BC).

Coordinar nombre de atributo es el nombre de los nodos del árbol de

coordenadas atributo. Especifique correctamente, de lo contrario PROPAGACIÓN

sería incapaz de analizar los datos correctamente, lo que resulta en un mensaje de

error.

Ramas asignación de colores le permite configurar los valores mínimos y

máximos de color de las líneas trazadas. SPREAD asignará los valores heigth

nodo del árbol de MCC a los colores en entre el máximo y el límite mínimo

especificado lo que resulta en el gradiente de color continuo para esos valores.

Page 32: Spread Tutorial

Ramas anchura control deslizante permite ajustar el tamaño de las líneas de

ramificación.

Mapeo máxima altitud se refiere a la salida KML. PROPAGACIÓN asignará las

distancias geográficas entre lugares discretos a la altura de las líneas que los

unen, dando a altitudes más altas a los lejanos y altitudes inferiores a los que

mienten cerca uno del otro. El cambio de este atributo será modificar el límite

superior de la cartografía. Si lo ajusta a 0 todas las líneas serán plana.

Asignación de colores Polígonos le permite configurar los colores mínimos y

máximos de los polígonos trazados. Esos polígonos tendrán sus colores asignan

en consecuencia para el tiempo relativo de la dispersión pattern.You puede elegir

el principio y el final de esos valores asignaciones de color, mediante la

especificación de RGB, valores de opacidad y brillo HSB.

Usted puede optar por imputar los lugares ancestrales no observados para cada

rebanada en un punto particular de tiempo marcando la Imputar campo y utilizar

cierto ruido de campo si desea interpolar entre los lugares ya imputados. A

continuación, tiene que especificar el apropiado nombre de atributo

Rate yprecisión atributo de nombre , utilizando los campos de texto.

Especifique burn-in es el campo en el que dejaste la propagación sabe cuántos

árboles iniciales deben ser descartada del análisis.

Utilice más alta densidad posterior (HPD campo) para especificar el nivel de la

estimación de la densidad del núcleo. Los valores comunes son 0,8, 0,95 y 0,99.

Número de intervalos especifica en cuántos intervalos de la escala de tiempo

(tiempo desde la raíz del árbol hasta la fecha de muestreo más reciente) debe ser

cortado en. 100 intervalos es un buen valor por defecto para la mayoría de

visualizaciones.

El tamaño de cuadrícula control deslizante le permite ajustar el número de

puntos utilizados en el contorno. En general cuanto mayor sea el valor, más

suaves los polígonos generados serán, sin embargo, la visualización también se

vuelve más computacionalmente intensivas.

Nombre KML campo le permite especificar el nombre del archivo de salida.

La generación de las visualizaciones

Page 33: Spread Tutorial

Cuando esté satisfecho con los atributos especificados, haga clic en el botón Generar

KML para exportar los resultados a Keyhole Markup Language o el botón Plot para

visualizarlos en un mapa. Dependiendo del tamaño de sus árboles presentar el análisis

podría tomar algún tiempo. Puede observar el progreso de su análisis en la pestaña

Terminal.

Una vez propagación se realiza Puede abrir el archivo kml resultante en el software

mundo virtual y animar la difusión espacial en el tiempo.

Page 34: Spread Tutorial

Figura 15 salida generada.

6  Consejos y trucos

Page 35: Spread Tutorial

Para algunos usuarios de Mac Spread niega a generar una salida KML del Bayes factores

de prueba, a pesar de que afirma haber hecho en la salida de la terminal. Este problema

se puede solucionar a partir Spread con más availliable memoria. Para hacerlo así que

empieza Corre desde la línea de comandos con los siguientes argumentos:

java -jar -Xmx2024m spread.jar

Documento generado por eLyXer 1.2.2 (2011-06-12) en 2012-02-01T13: 18: 46.228409