Système d'information génétique

Des exemples concrets de valorisation de données

(problèmes rencontrés,solutions trouvées, valeur ajoutée du service...)

L’accès aux données pour la recherche & innovation »

Workshop ACTA 8 Octobre 2015

FGE : Système d'Information Génétique

France Génétique Elevage : Système d’Information Génétique

Béatrice BALVAY (idele)


� 1966 : Loi sur l’élevage� Organise l’amélioration génétique des ruminants

� Très forte implication des pouvoirs publics :

� Contexte fortement réglementé avec monopoles de zones d’activité

� Financements publics abondants

� Collecte de données de terrain et transmission vers l’INRA pour Indexation

� Un Système d’Information à 2 niveaux : Régional - National� Organismes de terrain non informatisés

� Mutualisation informatique au Centre Régional Informatique (CRI)

� Transmission par vecteurs standard vers le centre national INRA (CTIG)

� Arrêté du 9 mai 1973 sur accès aux données zootechniques� Ont accès à toutes les données, pour leurs missions d’amélioration génétique :

� INRA, ITEB (ex idele), UPRas (ex Organismes de Sélection), US (ex entreprises de sélection)


Un peu d’histoire (1)

� Années 80 : Constitution de Bases de Données Régionales� Accords inter-organismes d’accès mutuels aux données

� Objectifs :� Consolider les données par une mise en cohérence entre métiers

� Maximiser les valorisations des données par tous les acteurs pour :� Inciter à la collecte en enrichissant les retours à l’éleveur

� Fiabiliser les données par la détection des erreurs

� Collecte de données de terrain et transmission vers l’INRA pour Indexation

� Années 90 : Conception du SIG� Un système intégrant niveau régional et national dans un outil unique

� Un SI dont l’ambition est d’être « la colonne vertébrale » du SI de l’élevage

Un Système d’Information conçu dans un monde très différent du monde actuel !


Un peu d’histoire (2)

Un outil collectif pour :

� Fiabiliser les données collectées sur le terrain

� Faire circuler les données entre les acteurs de l’amélioration génétique des bovins

� Mettre à leur disposition les données� à jour

� explicitement définies au niveau national et gérées selon des règles connues

� de façon simple : une seule source constitue la référence.

� Un Système d’Information constitué :� D’un NOYAU COMMUN NATIONAL� Inséré au cœur des applications spécifiques de chaque site

� Périmètre fonctionnel du SIG :� Identité des bovins, exploitations (= cheptels) et détenteurs� Mouvements des bovins� Événements de reproduction et filiations certifiées� Performances lait et viande� Pointages morphologiques et qualifications� Index

� 3 éléments constituent le noyau commun :� DONNEES : une base de donnée unique� TRAITEMENTS : un «catalogue» de FONCTIONS de mise à jour� ECHANGES : un système assurant la circulation entre sites


Qu’est-ce que le SIG ?


Circuit des principalesdonnées brutes

Institut del’Elevage

INRAGABI

ECELOBC

EDEMOCPB

EMPS EDEMOIPG

DonnéesBrutes pour indexation

ÉquipesT.E.

Laboratoiresanalyses

Donnéestaureaux

ES

OS

ApplicationsRégionales

BD - SIG+ Fonctions SIG

ApplicationsSpécifiques

BD - SIG+ Fonctions SIG

CTIG

CTIG

ARSOE

ARSOE

Perf. Laitet viande

Labo C.L.Taux C.L.

Parentéscertifiées

I.A. Pointagestestage lait Collectes

Mises en place

Identités :* Cheptels* animaux* détenteursMouvements

PointagesQualifications

Réf. GénétiquesCompatibilités Géné.

Toutes données

� Mécanisme de transferts inter-zone de dossiers complets :� Respect de la cohérence assuré

� Accès à l’information depuis chaque site

� Une BD complète au CTIG :� Plus d’animaux épurés

� Consultation possible


Forces du SIG

� Modèle de données unique sur tous les sites� Travail inter organismes facilité

� Pas d’équivoque sur la définition des données

� Application de mise à jour unique� Règles de gestion connues et identiques sur tout le territoire

� Mise en place des évolutions mieux maîtrisées

� 2 cibles complémentaires :� Les techniciens des organismes� Les éleveurs

� Des services collectifs pour tout le territoire� Indexation des reproducteurs� Travaux de recherche collective (génétique, alimentation…)� Calcul de résultats officiels (cumul lactation, Poids Age Type...)� Production de documents officiels (fiches vaches, bilans troupeau…)

� Des services métiers fournis par les organismes de terrain� Portails éleveurs� Logiciels techniciens de collecte données et d’appui technique� Voire technico-économique

� Une valorisation des données dépassant largement les objectifs initiaux (génétique)

Les services rendus avec les données SIG

En apport et mise à jour de données

� Possible exclusivement par l’application SIG :� Les sites s’interdisent tout accès direct à la BD-SIG en Mise à Jour

� Chaque site a organisé ses programmes régionaux en intégrant l’appel des fonctions SIG et le traitement de leur réponse

� Donnée SIG : donnée officielle� Seuls les organismes agréés peuvent mettre à jour la BD-SIG

� Notion d’habilitation

� Chaque organisme est référencé par un code unique

� Selon sa ou ses activités, il est HABILITÉ pour un ou plusieurs types d’apports pour une zone et une (ou plusieurs) races données

� Pour chaque fonction, l’appel est signé de l’organisme apporteur et le SIG vérifie que celui-ci est habilité à apporter ces données


Les accès aux donnéesdans le SIG

En lecture des données

� Les valorisations des données de la BD-SIG sont de la responsabilité de chaque utilisateur� Une charte « Droits et Devoirs » définit quelles valorisations chaque

famille d’organisme est autorisée à faire de chaque type de données� Complétée après 2007 d’un tableau des « Droits d’accès »

� L’accès en lecture à la BD-SIG (consultations, extractions, valorisations) est sous la responsabilité des instances décisionnelles du site dans le respect de la Charte puis du tableau



Périmètre de l’outil informatique collectif

� Une gestion « fermée » des apports de données� Pour garantir la traçabilité et la fiabilité des données

� Une gestion « ouverte » des lectures de données� Qui facilitait la multiplication des valorisations



� 2006 : Loi d’orientation agricole� Fin du monopole de zones pour la mise en place de l’IA� Création de l’interprofession France Génétique Elevage� Désengagement financier progressif de l’état� Arrêté SNIG du 12 septembre 2007

� Années 2000 : La donnée, nouvelle valeur montante� Restructuration des acteurs� La donnée est un enjeu commercial� Base du conseil en élevage (pour tous acteurs)

� Multiplication des sources possibles avecles nouveaux matériels (robots, capteurs…)

� Indexation GENOMIQUE

� 2014 : Ouverture à la concurrencedu Contrôle de Performances

� L’accès aux données devient un enjeu crucial !FGE : Système d'Information Génétique

Encore de l’histoire…Plus récente

� Une pression d’organismes extérieurs pour l’accès aux données

� Une demande forte des acteurs de renforcer la sécurité des données = gestion plus fermée des accès en lecture

� Une remise en cause de l’intérêt de la mutualisation du système d’information au niveau national

� Un mouvement « centrifuge »de privatisation des données� Renforcement des systèmes

d’informations d’entreprise

� Constitution de bases de donnéescomplémentaires, hors SIG

� Une évolution réglementaire importante :l’arrêté SNIG du 24 mars 2015 : obligation du consentement de l’éleveur FGE : Système d'Information Génétique

Les impacts du nouveau contexte sur le SIG

Business

changed

a lot…

I’d say

even more:

it evolved !

� Fourniture d’un service national de restitution automatique des données aux éleveurs : EDEL (depuis 2009)

� Définition d’une typologie de données selon plusieurs statuts :� Données SNIG réglementaires� Données SNIG communes par accord interprofessionnel� Données privatives

� Fourniture d’outils adaptés à la gestion des données privatives

� Notion de « Standard FGE » pour garantir l’interopérabilité des données et outils y compris privatifs

� Evolution technique des outils SIG : passage aux Web Service� Qui permettent d’implémenter la gestion des droits d’accès� D’abord de l’outil EDEL (aujourd’hui)� Puis l’outil de gestion des consentements des éleveurs (demain)� Enfin plus généralement pour accéder aux données SIG (après-demain)

Les adaptations du SIG

Une période charnière pour le Dispositif Génétique Français, son interprofession FGE et son système d’information le SIG.

� La restructuration des acteurs se poursuit, voire s’accélère dans un contexte très concurrentiel

� L’indexation génomique se généralise facilitant la production d’index (rapidité, plus besoin de testage)

� Un nouveau Règlement Zootechnique Européen (RZUE) est en cours de rédaction qui bouleverse l’organisation des métiers :� Fin du monopole INRA de l’évaluation des reproducteurs� Responsabilité confiée aux « Breed Societies UE » du contrôle de

performances et de l’évaluation

� Passage d’un dispositif réglementé à un dispositif contractuel

� Le marché du service à l’éleveur s’ouvre à de nouveaux acteurs y compris internationaux

Les perspectives

Les organisations professionnelles s’y préparent :

� Réflexion prospective de FGE : quel Dispositif Génétique Français demain ?

� Audit EASI (des systèmes d’information et d’évaluation génétique) commandé par la CNE pour définir les conditions du maintien du système mutualisé

Merci pour votre attention

Pour conclure

Documents

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