Caen

- Etude de la régulation du métabolisme du maltose et des maltodextrines chez Enterococcus faecalis. - Rôle de HIF-2 et de la III-tubuline dans les glioblastomes : nouvelles cibles d'intérêt pour limiter le

développement de la tumeur et réduire la résistance aux traitements ?- Méthylation de l'histone H3K27 : régulation et rôle dans le cartilage articulaire.   - Membranes biomimétiques pour la caractérisation de nouveaux agents thérapeutiques, application à la maladie

d'Alzheimer.- Effet de la stimulation vestibulaire sur les rythmes biologiques et l’humeur. Utilisation de la stimulation

vestibulaire par application de courant continu ou par rotations de la tête à des fins de réhabilitation dans des populations présentant des troubles des rythmes biologiques.

- Risque de chute et de démence consécutif à la prise chronique d’anticholinergiques   ? - Rôle de l’activateur tissulaire du plasminogène dans les processus de corticogenèse et de synaptogenèse dans le

système nerveux central.- Effet de la co-modulation de 3 cibles d’intérêt (récepteurs sérotoninergiques 5-HT4, 5-HT6 et acétylcholinesterase)

dans le traitement des troubles cognitifs associés à la maladie d’Alzheimer.- Caractérisation d’un nouveau marqueur somatique de l’état émotionnel – Intérêt en psychiatrie - Etude du comportement des individus en matière de dépistage des cancers. Apports de l’analyse croisée des

approches économique et psychologique.- Caractérisation des profils d’adduits à l’ADN pour l’évaluation de la génotoxicité des aldéhydes chez l’Homme

dans une approche d’exposome.- Implication des longs ARNs non-codants (lncRNAs) dans la chimiorésistance des cancers de l’ovaire - Rôle des biofilms microphytobenthiques en tant que réservoir de pathogènes et influence de l’érosion estuarienne

pour expliquer les interactions bivalve-virus, les transferts épidémiologiques et les mortalités estivales de naissains d’huîtres Crassostrea gigas .

- Mécanismes d’action des estrogènes et de xénoestrogènes tels que le Bisphénol A dans les cellules testiculaires et les spermatozoïdes de mammifères

Rouen

- Congélation et maturation in vitro du tissu testiculaire de rat et de garçon pré-pubères .- Analyse de la réponse physiologique et génétique de Pseudomonas aeruginosa et Enterococcus faecalis envers

l’épinéphrine, et identification des senseurs putatifs.- Etude du rôle des immunoglobulines réagissant avec les hormones de la faim et de la satiété dans la signalisation

dopaminergique du plaisir alimentaire.- Etude des voies de N-glycosylation chez la microalgue verte Chlamydomonas reinhardtii et la diatomée

Phaeodactylum tricornutum.- Effet du sulfate de magnésium sur le réseau microvasculaire cérébral et l’intégration des oligodendrocytes de la

substance blanche dans un modèle murin de lésion excitotoxique périnatale.- Rôle de la sélénoprotéine T dans la maladie de Parkinson .- Réactivation d’une protéine neuro-développementale, la Filamine A, dans les gliomes de haut-grade : Contrôle de

la signalisation membranaire dans l’invasion et la transition mésenchymateuse . - Stress du Réticulum Endoplasmique (SRE) et glucotoxicité: Impact de la déficience génétique en Protéine

Tyrosine Phosphatase 1B dans le choc septique.- Etude du rôle des ROS et du calcium dans la modification de la paroi au cours de la germination du grain de

pollen et la croissance du tube pollinique chez Arabidopsis thaliana . - Rôle de la mitochondrie dans les effets cardiovasculaires et respiratoires liés aux particules atmosphériques:

Approche in vitro sur un modèle alveolo-capillaire en culture.- Modélisation de la répartition des Odonates le long de la Trame Verte et Bleue en Normandie (France)   : étude de la

dispersion et du suivi des initiatives de gestion des zones humides.

Unité de recherche Unité de Recherche Risques Microbiens, Equipe Stress et Virulence – EA 4655

Université de CaenSujet de thèse Etude de la régulation du métabolisme du maltose et des maltodextrines chez

Enterococcus faecalis

Axel Hartkeaxel.hartke@unicaen.fr

Tél. : 02 31 56 54 04

Les Entérocoques sont des bactéries Gram positives retrouvées couramment dans les voies gastro-intestinales des humains. Au cours des vingt dernières années, ces bactéries, et en particulier les espèces E. faecalis et E. faecium, sont apparues comme des agents pathogènes cliniques d'importance majeure. L’étape précoce de l'infection par ces entérocoques consiste en la colonisation des patients. Ainsi, la compréhension des mécanismes permettant cette prolifération est importante pour le développement de nouvelles stratégies de prévention des infections par ces agents pathogènes opportunistes. Le laboratoire a montré dans une étude récente que les gènes codant pour un transporteur de type ABC spécifique des maltodextrines étaient fortement exprimés lors d’une infection en modèle murin. D’autres résultats préliminaires ont montrés qu’un opéron constitué de trois gènes situé en amont de l’ABC transporteur code des enzymes hydrolysant les maltodextrines en maltose (glucosidases). Le maltose est ensuite hydrolysé en glucose par les enzymes issues d’un troisième opéron, l’opéron maltose. Le métabolisme du maltose est important pour la formation de biofilm, une caractéristique cruciale pour la virulence, et dans la capacité à coloniser l’intestin par E. faecalis. Bien qu’un régulateur transcriptionnel nommé MalR soit présent dans l’opéron maltose, la régulation de cet opéron ainsi que de ceux des maltodextrines reste actuellement inconnue chez E. faecalis. Une protéine de régulation des opérons maltodextrines, MdxR, a bien été identifiée chez d’autres pathogènes tels que L. monocytogenes et E. faecium mais aucun homologue à celle-ci n’a été retrouvé chez E. faecalis. Cela suggère un mode de régulation complètement différent de ce qui a pu être montré jusqu’à présent. Les objectifs de cette thèse seront donc de comprendre le lien fonctionnel qui existe entre ces différents opérons ainsi que d’identifier et de caractériser le(s) régulateur(s) contrôlant leur expression.

Enterococci are Gram-positive bacteria commonly found in the gastrointestinal tract of humans. Over the last twenty years, these bacteria, especially E. faecalis and E. faecium, have been identified as clinical pathogens of major importance. The early stage of infection by these enterococci involves the colonization of patients. Therefore, understanding the mechanisms for colonization is important for the development of new strategies to control infection by these opportunistic pathogens. Our laboratory evidenced recently that genes encoding a specific maltodextrins ABC transporter were highly expressed during infection in a mouse model. Furthermore we showed that an operon consisting of three genes located upstream of the ABC transporter encodes for enzymes hydrolyzing maltodextrins into maltose (glycosylhydrolases/glucosidases). Maltose is then hydrolyzed to glucose by the enzymes derived from a third operon, the maltose operon. Maltose metabolism is important for biofilm formation, a crucial feature for virulence, and the ability to colonize the intestine by E. faecalis. Although a transcriptional regulator named MalR, is present in the operon maltose, regulation of this operon and of those for maltodextrins remains currently unknown in E. faecalis. Indeed, a regulatory protein for maltodextrins operons, MdxR, has been identified in other pathogens such as L. monocytogenes and E. faecium but no homologous have been found in E. faecalis. This suggests a mode of regulation different from what has been shown so far. The objectives of this thesis will be to understand the functional relationship between these operons and to identify and characterize the regulator(s) controlling their expression.

Candidat : Le candidat, titulaire d’un M2R, devra posséder une bonne expérience pratique dans les domaines de la microbiologie et de la biologie moléculaire. La maîtrise des techniques de PCR, de clonage, de mutagenèse, d’extraction d’acides nucléiques et d’analyse de la physiologie bactérienne est indispensable. En outre, des connaissances en exploitation d’analyses globales en génomique et en transcriptomique seraient un réel atout.

Candidate: The applicant, holder of a M2R, must have good experience in the fields of microbiology and molecular biology. Strong skills in techniques such as PCR, cloning, mutagenesis, nucleic acids extraction and bacterial physiology are essential. In addition, knowledge in genomic and transcriptomic analyses would be greatly appreciated.

Unité de recherche UMR 6301 ISTCT « Imagerie et Stratégies Thérapeutiques des Pathologies Cérébrales et Tumorales »Université de Caen

Sujet de thèse Rôle de HIF-2 et de la III-tubuline dans les glioblastomes : nouvelles cibles d'intérêt pour limiter le développement de la tumeur et réduire la résistance aux traitements ?

COLLOC’H Nathalie et BORDJI Karimcolloch@cyceron.fr ; bordji@cyceron.fr

Tél. : 02.31.47.01.32 02.31.47.01.08

L’hypoxie est un facteur de mauvais pronostic pour les glioblastomes (GB) (Spence et al., 2008). Elle induit notamment une résistance aux traitements de chimio- et de radiothérapie. La médiane de survie des patients atteints de GB est d’environ 15 mois (Porter et al., 2010). La III-tubuline (III-t) est une sous-unité des microtubules présente essentiellement dans les neurones. Cependant, plusieurs travaux ont mis en évidence une augmentation de l’expression de la III-t dans les gliomes et un lien étroit semble exister entre l’hypoxie et son expression (Katsetos et al., 2009). Récemment, nous avons mis en évidence l’implication du facteur de transcription HIF-2 (Hypoxia-Inducible Factor-2 dans l’induction de la III-t par l’hypoxie dans des lignées humaines de GB alors que HIF-1 ne semble pas impliqué (Bordji et al., 2014). Des expériences préliminaires montre qu’une inhibition de HIF-2 ou de la III-t entraine une diminution de la prolifération cellulaire. Ces données suggèrent que HIF-2 et la III-t pourraient constituer des cibles moléculaires intéressantes pour inhiber le développement des GB.Ce projet vise à explorer les conséquences d’une extinction de la III-t sur le développement des GB. Ce travail sera d’abord réalisé in vitro en étudiant les effets sur la prolifération, la migration et l’invasion de lignées humaines de GB. Les effets sensibilisateurs potentiels d’une extinction de la III-t dans des cellules traitées à la chimiothérapie et/ou à la radiothérapie seront évalués. Ces effets seront également étudiés in vivo sur des modèles orthotopiques de GB. En parallèle, nous chercherons à étudier la pertinence d’une stratégie anti-HIF-2 pour inhiber les effets délétères induit par l’hypoxie, en concevant et en optimisant un antagoniste sélectif de HIF-2 . Cet antagoniste, issu d’un criblage virtuel d’une chimiothèque, sera optimisé par différentes pharmacomodulations et validé in vitro puis in vivo sur des modèles de GB.

In glioblastoma (GB), hypoxia is a poor prognosis factor (Spence et al., 2008), inducing resistance to chemo- and radiotherapies. The mean survival for patients with GB is around 15 months (Porter et al., 2010). III-tubulin (III-t) is a micro-tubulin subunit which is mainly expressed in neurons. Several studies have evidenced an overexpression of III-t in gliomas related to hypoxia (Katsetos et al., 2009). We recently evidenced the involvement of HIF-2 Hypoxia-Inducible Factor-2 ), but not HIF-1 , in III-t induction in human GB cells. Preliminary experiments revealed that III-t inhibition or HIF-2 inhibition lead to a significant reduction of cellular proliferation. These results suggest that III-t and HIF-2 could constitute interesting cellular targets to inhibit the tumoral development of GB.We aim to explore the consequences of an extinction of III-t on the development of GB. This investigation will be first realized in vitro by studying the effects on proliferation, migration and invasion of human GB cells. Next, we will evaluate the putative sensitizing effects of an extinction of III-t on cells treated with chemotherapies or irradiated with X-rays. The results of this extinction will also be studied in vivo on orthotopic models of GB.In parallel, we aim to investigate the pertinence of an anti-HIF-2 strategy to inhibit the deleterious effects induced by hypoxia, by developing and optimizing a selective antagonist of HIF-2 . This antagonist, which derives from a virtual screening of a chemobank, will be optimized with different pharmacomodulations and validated on both in vitro and in vivo GB models

Candidat : Une connaissance de la pathologie des tumeurs cérébrales, des traitements de chimiothérapie et/ou radiothérapie et des modèles animaux ainsi qu’une expérience en culture cellulaire, immunocytochimie, immunohistochimie, biologie moléculaire, biologie structurale et en drug design seront appréciées.

Candidate : Knowledge of brain tumor pathophysiology, chemotherapy and/or radiotherapy treatments and preclinical models in addition to technical skills in cell culture, immunocytochemistry, immunohistochesmistry, molecular biology, structural biology and in drug design will be appreciated.

Unité de recherche Microenvironnement Cellulaire et Pathologies-Equipe BioConnect -EA 4652Université de Caen

Sujet de thèse Méthylation de l'histone H3K27 : régulation et rôle dans le cartilage articulaire 

BAUGE Catherine et BOUMEDIENE Karimcatherine.baugé@unicaen.fr et karim.boumediene@unicaen.fr

Tél. : 02 31 06 82 18

Le projet EpiCart consiste à étudier finement la régulation et le rôle de l’épigénétique dans le cartilage en développement et au cours du processus arthrosique. L’objectif est d'approfondir les connaissances sur l’épigénétique dans le domaine de la rhumatologie, et de déterminer si ce processus pourrait devenir une cible potentielle dans le traitement de l'arthrose ou pour améliorer les protocoles actuels d'ingénierie tissulaire du cartilage. L’épigénétique est une notion récente, dont l’implication dans de nombreuses pathologies émerge depuis le début des années 2000. Dans le contexte de la rhumatologie, l’épigénétique est encore très mal connue. Quelques études publiées au cours de ces trois dernières années ont pourtant montré l’implication de ce processus dans le développement du cartilage ou de certaines pathologies articulaires. Pour ce projet de thèse, nous nous intéresserons à une marque particulière, la méthylation de l’histone H3 sur la lysine 27 (H3K27) qui est connue pour jouer un rôle clé dans de nombreux processus cellulaires (développement, tumeur, sénescence…). Par des approches in vitro et in vivo, nous évaluerons son importance dans le cartilage. Nous étudierons également le rôle et la régulation des enzymes (méthylases et déméthylases) régulant cette marque épigénétique dans le contexte de la chondrogenèse aussi bien que du vieillissement et du développement de l’arthrose. Une partie de ce projet sera réalisé en collaboration avec le Dr R. Bosselut (Laboratory of Immune Cell Biology, NIH, Bethesda, USA), notamment pour l’obtention de souris knock-out et la réalisation d’expériences de Chip-Seq. L’étudiant recruté sera amené à réaliser des séjours dans ce laboratoire pendant sa thèse.La part fonctionnement de ce projet est financé par un programme « Jeunes Chercheuses et Jeunes Chercheurs » de l’ANR, appel d’offre national très compétitif visant à soutenir pendant cinq ans les équipes de recherche proposant un projet particulièrement innovant.

The Epicart Project, developed in Bioconnect Team and leaded by Dr Catherine Baugé, aims to investigate the regulation and the role of epigenetics during cartilage development and osteoarthritis (OA). The goal is to deepen our knowledge on epigenetics in rheumatology and to determine whether it could represent a putative target for OA treatment as well as to improve existing protocols of tissular engineering of cartilage. Epigenetics is a recent notion and its involvement in numerous disease arose since the beginning of 2000. In rheumatology field, epigenetics is still poorly known. Some few studies were published during the last three years that enlighten the role of epigenetics during cartilage development as well as in the etiology of several articular diseases. In this PhD project, we will investigate the role of the trimethylation on the lysine 27 of Histone 3 (H3K27). Indeed, this mark was reviewed as involved in gene regulation and therefore in several cancers. By using in vitro and in vivo approaches, we will evaluate its importance in ageing and cartilage physiopathology. A part of this project will be performed in collaboration with Dr Rémy Bosselut, in laboratory of Immune Cell Biology, especially for knock-out mice and RNA-seq. Hence, the candidate will spend some time in this lab during his PhD. The project is already funded for consumables by a grant from ANR that aims to accompany this innovative approach.

Candidat : Le candidat devra être titulaire d’un master de Biologie Cellulaire ou Moléculaire, et avoir des notions de bases sur l’épigénétique. Il devra maîtriser les techniques classiques de biologie cellulaire, biochimie, et biologie moléculaire. Le candidat devra présenter une aptitude au travail en équipe, et s’intégrer dans le cadre d’un projet faisant appel à diverses collaborations internationales et multidisciplinaires. Il sera notamment amené à travailler sur des modèles animaux. Des connaissances sur la biologie du cartilage serait un plus.

Candidate : The candidate must hold a Master degree in Molecular or Cell Biology. He/she must master the basics of epigenetics. He/she should be able to rapidly take-ready technics of cell biology, biochemistry and molecular biology. Applicant must have a good aptitude for teamwork, since he/she will be integrated into the framework of a project using various multidisciplinary collaborations. He/she will especially have to work on animal models. Knowledge in cartilage biology would be an advantage for the candidate.

Unité de recherche Centre d’Etudes et de Recherches sur le Médicament de Normandie (CERMN)Université de Caen

Sujet de thèse Membranes biomimétiques pour la caractérisation de nouveaux agents thérapeutiques, application à la maladie d'Alzheimer

MALZERT-FREON Aurélieaurelie.malzert-freon@unicaen.fr

Tél. : 02 31 56 68 19

L’étude des interactions moléculaires au niveau des membranes biologiques est un enjeu capital pour le développement et le screening de nouvelles molécules médicamenteuses. Les effets thérapeutiques et toxiques des substances actives sont en effet largement influencés par leur affinité pour les lipides. Compte tenu de la complexité des membranes biologiques, différents systèmes modèles ont été proposés parmi lesquels les liposomes. Ces modèles polyvalents permettent d’étudier les capacités d’interaction de substances actives avec les membranes mais également d’évaluer l’effet de l’environnement lipidique sur le comportement de molécules, peptidiques en particulier.

Dans le cadre de cette thèse, de telles membranes biomimétiques seront développées et utilisées comme plateforme de caractérisation de nouveaux composés d’intérêt thérapeutique, anti-Alzheimer en particulier.Elles permettront la détermination expérimentale de l’affinité relative pour l’eau et les lipides des molécules synthétisées au CERMN. Les Kp obtenus à partir de liposomes de compositions différentes seront comparés aux valeurs de logD déterminées par UPLC pour mettre en évidence le type d’interactions (hydrophobes et ioniques) qui peuvent se produire entre molécules et membranes. Par une méthode sensible de quenching de fluorescence, il sera possible d’obtenir des informations plus précises quant à la localisation des molécules à l’intérieur des liposomes.En outre, l’intérêt des molécules synthétisées à inhiber l’agrégation des peptides beta-amyloïdes impliqués dans la maladie d’Alzheimer sera évalué en absence et en présence de liposomes de compositions différentes (phospholipides neutres ou chargés, cholestérol,…) pour établir une corrélation entre l’efficacité des molécules, la toxicité des peptides et la rupture des membranes.

Le but de ce travail est de proposer un outil précis et complet pour caractériser de nouveaux composés et mettre en évidence leur intérêt pour la maladie d’Alzheimer.

The study of the molecular interactions at the level of biological membranes is a capital challenge for the development and the screening of new therapeutic compounds. The therapeutic and the toxic effects of active pharmaceutical ingredients (API) are widely influenced by their affinity for lipids. Considering the complexity of the biological membranes, various models have been proposed including liposomes. These versatile models allow to study interactions of APIs with membranes but also to evaluate the effects of the lipid environment on the behavior of molecules, peptides in particular.

In the present thesis, such biomimetic membranes will be developed and used as platform of characterization of new compounds of therapeutic interest, for Alzheimer's disease treatment in particular.They will permit the experimental determination of the relative affinity for water and for lipids of molecules synthesized in CERMN. Kp defined from liposomes of various compositions will be compared with the values of log D determined by UPLC to highlight the type of interactions (hydrophobic and ionic) which can occur between molecules and membranes. By a sensitive method of quenching of fluorescence, it will be possible to obtain more precise information as for the localization of molecules inside liposomesMoreover, the interest of synthesized molecules to inhibit aggregation of the beta-amyloïd peptides implied in Alzheimer's disease will be estimated in absence and in presence of liposomes of different compositions (neutral or charged phospholipids, cholesterol) to establish a correlation between the efficiency of molecules, the toxicity of peptides and the rupture of membranes.

The objective of this work is to propose a precise and complete tool to characterize new compounds and highlight their interest for Alzheimer's disease.

Candidat : Le candidat devra être titulaire d’un master de drug design et/ou de physico-chimie et/ou de biochimie. Sont requises de bonnes connaissances des méthodes analytiques inhérentes à la caractérisation physico-chimique de nouveaux actifs (HPLC, UPLC, spectrophotométrie UV-visible-florescence) ainsi qu’une bonne appréhension des systèmes biomimétiques (formulation et caractérisation).

Candidate : The candidate will have to be titular of a master degree in drug design, and/or in physic-chemistry and/or in biochemistry. He must have a good knowledge of the analytical methods reliable to the physico-chemical characterization of new active compounds (HPLC, UPLC, UV-visible-florescence spectrophotometry) as well as a good apprehension of the biomimetic systems (formulation and characterization).

Unité de recherche Laboratoire COMETE – U INSERM 1075Université de Caen

Sujet de thèse Effet de la stimulation vestibulaire sur les rythmes biologiques et l’humeur. Utilisation de la stimulation vestibulaire par application de courant continu ou par rotations de la tête à des fins de réhabilitation dans des populations présentant des troubles des rythmes biologiques.

Gaëlle Quarck et Pierre Denisegaelle.quarck@unicaen.fr ; pierre.denise@unicaen.fr

Tél. : 02 31 06 82 14

Ce projet de thèse s’inscrit dans le cadre d’un projet transversal « chronovest » multidisciplinaire (chronobiologie, physiologie vestibulaire, expérimentation chez l’animal et recherche clinique) développé au laboratoire depuis quatre ans. Ce projet « chronovest » soutenu par la région (voir point 9) a déjà permis de montrer que la perturbation de la fonction vestibulaire (lésion chez l’animal ou pathologie chez l’Homme) entrainait une dégradation de la rythmicité biologique, indiquant que la fonction vestibulaire joue un rôle dans la synchronisation et l'amplitude des rythmes biologiques. Ces résultats en recherche fondamentale ouvrent de nombreuses perspectives thérapeutiques chez les personnes dont la rythmicité biologique est désynchronisée (vieillissement, syndrome du décalage horaire, pathologies du sommeil…). Ce travail de thèse est proposé dans la continuité du travail amorcé dans « chronovest » et porte sur la réadaptation des rythmes biologiques et de son impact sur l’humeur chez l’Homme au moyen de la stimulation vestibulaire soit par l’utilisation de courant continu (stimulation galvanique des afférences vestibulaires) soit par application d’accélérations angulaires de la tête (stimulations naturelles du système vestibulaire appliquées au moyen d’un fauteuil rotatoire).Ce travail de thèse est constitué de deux parties principales: (i) la première testera pour la première fois chez l’Homme l’impact de la stimulation par courant continu des afférences vestibulaires et par accélérations répétées de la tête sur les rythmes biologiques & l’humeur dans des populations exemptes de pathologies mais qui présentent des rythmes biologiques aplatis (jeunes sédentaires & personnes vieillissantes). (ii) la seconde partie s’attachera à la mise au point et l’évaluation d’un programme de réhabilitation des rythmes biologiques et de son impact sur l’humeur chez des personnes présentant des altérations majeures de ces derniers (personnes vieillissantes et/ou personnes présentant des troubles du sommeil).

This PhD project is part of a multidisciplinary project named "chronovest" (chronobiology, vestibular physiology, animal experimentation and clinical research) developed in the laboratory for four years. The project "chronovest" supported by the region (see point 9) has shown that alteration of the vestibular function (lesion in animals or pathology in humans) caused a degradation of biological rhythmicity, indicating that the vestibular function plays a role in the synchronization of biological rhythms. These results in basic research opens many therapeutic perspectives in people whose biological rhythmicity is desynchronized (aging, jet lag, sleep disorders ...). This thesis proposes the continuation of work begun in "chronovest" and deals with rehabilitation of biological rhythms and it’s impact on mood in humans through vestibular stimulation by the use of direct current (galvanic vestibular stimulation of afferents) or by application of angular accelerations of the head (natural stimulation of the vestibular system applied by using a rotary chair).This work consists of two main parts: (i) the first part will test for the first time in humans the impact of vestibular afferences stimulation using DC or repeated accelerations of the head on biological rhythmicity & mood in populations free of disease but who have low amplitude biological rhythms (young & sedentary older people). (ii) Once the protocol will be adjusted, a rehabilitation program will be developed and applied for people having troubles with their biological rhythms (aged people and/or people with sleep disorders).

Candidat : Le (la) candidat(e) devra organiser et conduire une recherche clinique. Il (elle) devra également participer à l’acquisition et au traitement des données. Ses compétences attendues sont une grande autonomie, un intérêt pour la physiologie intégrative et les sciences du comportement. Une expérience concernant un protocole de recherche réalisé chez l’Homme serait la bienvenue.

Candidate: The candidate will organize and conduct clinical research. He (she) will also participate in the acquisition and processing of data. His (her) expected skills are a great autonomy, an interest in integrative physiology and in behavioral sciences. An experience on a research protocol performed in humans would be welcome.

Unité de recherche Laboratoire COMETE – U INSERM 1075Université de Caen

Sujet de thèse Risque de chute et de démence consécutif à la prise chronique d’anticholinergiques ?

Chantal Chavoixchavoix-c@phycog.org

Tél. : 02 31 56 81 31

Le vieillissement de la population est un phénomène mondial qui s’accompagne d’une augmentation quasi-inévitable de la prescription médicamenteuse. Parmi ces médicaments, ceux dotés de propriétés anticholinergiques muscariniques, communément prescrits pour traiter diverses pathologies, ont de nombreux effets indésirables. Leur consommation à long terme induirait un déclin cognitif et augmenterait la densité des plaques amyloïdes et des dégénérescences neurofibrillaires dans le cerveau des patients parkinsoniens. Leur effet sur le risque de chute a été moins étudié. L’étude prospective proposée ici vise à déterminer le lien entre la prise chronique d’antimuscariniques et le risque de survenue de chute et de démence, notamment de type d’Alzheimer. Les données obtenus au temps T0 chez 166 participants de 55 ans et plus, dans le cadre d’un PHRC, montrent que ceux prenant des antimuscariniques (près de 50%) perturbent à la fois les performances cognitives et celles de marche, et rares sont ceux qui ont arrêté leur traitement antimuscarinique 2 ans plus tard.L’étude sera proposée, 4 ans après leur inclusion (fin 2016) à tous les sujets inclus dans le PHRC. La charge anticholinergique muscarinique consommée sera déterminée par l’échelle des médicaments anticholinergiques (ADS) de Carnahan et al. (2006). L’évaluation cognitive permettra d’identifier les sujets ayant développé des troubles cognitifs légers (MCI) et ceux ayant évolué vers une démence. Le nombre de chutes depuis l’inclusion sera recueilli, et les tests de marche (en situation de marche simple et de double-tâche) seront en partie réalisés dans le centre de réalité virtuelle de l’UCBN (CIREVE), permettant une évaluation en toute sécurité. Des analyses corrélationnelles, de régression multiple et des courbes ROC seront ensuite réalisées.Cette étude devrait permettre de mieux prévenir les chutes et les démences, notamment en alertant les prescripteurs sur les risques liés à la prise chronique d’antimuscariniques.

Population ageing is a worldwide phenomenon that is associated with an almost inevitable increase in prescription drugs. Among these drugs, those with antimuscarinic properties, which are commonly prescribed for various pathologies, have numerous side effects. Chronic use of antimuscarinic drugs would lead to cognitive decline. Moreover, amyloid plaque and neurofibrillary tangle densities were found to be higher in patients with Parkinson’s disease treated with antimuscarinic medication in the long term. Little attention has been given to consequences of long term use of antimuscarinic drugs on fall risk. The present prospective study aim at investigating links between long term use of these cholinergic drugs and the risk of falling and dementia, especially of Alzheimer’s type. Our data obtained at time T0 in 166 participants aged 55 years and over, as part of a PHRC, indicate that those consuming antimuscarinic drugs (ie, about 50%) show decrease in both cognitive and gait performance, and rarely will they stop consuming anticholinergic drugs two years later.The prospective study will be proposed to all participants in the PHRC 4 years (i.e., as soon as by the end of 2016) after their inclusion. Drug-related anticholinergic burden will be measured by the Anticholinergic Drug Scale (ADS) (Carnahan et al., 2006). Cognitive assessment will allow identification of participants who developed mild cognitive impairment (MCI) or dementia. The number of falls will be collected, and gait assessment (in simple and dual-task condition) will be partly performed in the virtual reality center of UCBN (CIREVE), which will provide assessment in complete safety despite potential fall risk. Statistical analyses will include correlational analyses, univariate and multivariate logistic regressions, and ROC curves.This study should help preventing falls and dementia, especially by alerting prescribers on the high risk associated to chronic use of muscarinic drugs.

Candidat : La/le candidat(e) devra avoir une formation en neurosciences ou sciences cognitives ainsi que des connaissances en pharmacologie, neurosciences intégrées (si possible sur les interactions cognition-équilibre/marche) et en neurologie (vieillissement et maladies neurodégénératives). Le candidat devra si possible avoir une expérience en clinique ou du moins avoir des qualités relationnelles et de psychologue pour travailler avec des personnes âgées. Diverses autres qualités seront fort appréciées dont des qualités d’analyse et d’écriture, une rigueur de travail et de bonnes connaissances de l’anglais écrit.

Candidate: Applicants must have a training in neurosciences or cognitive science, and good knowledge in pharmacology, integrated neurosciences (regarding cognition-balance/gait interactions if possible) and neurology (aging and neurodegenerative diseases). Applicants should have clinical experience or at least relational and psychologist skills so as to work with older persons. Other qualities would be most welcome, in particular analysis and writing qualities, rigour in her/his work and good written English knowledge.

Unité de recherche Sérine Protéases et Physiopathologie de l’Unité neurovasculaire (SP2U) – U INSERM 919Université de Caen

Sujet de thèse Rôle de l’activateur tissulaire du plasminogène dans les processus de corticogenèse et de synaptogenèse dans le système nerveux central

AGIN Véroniqueagin@cyceron.fr

Tél. : 02 31 47 01 63 (02 31 47 01 60)

La migration neuronale est une étape critique du développement cérébral. Les personnes souffrant d’épilepsie, d’autisme, de schizophrénie, de dyslexie ou de troubles d’apprentissage présentent des défaillances dans la genèse des neurones ou dans la capacité de ceux-ci à migrer et à intégrer un réseau spécifique du cerveau. L’activateur tissulaire du plasminogène (tPA) est une sérine protéase dont l’expression augmente lors du développement cérébral. De nombreuses études ont déjà montré l’implication du tPA dans différents processus tels que la pousse neuritique ou la migration des neurones du cervelet. Récemment, l’implication du tPA dans la corticogenèse a été montrée au sein de l’UMR-S INSERM U919 : les souris déficientes en tPA présentent en effet un retard de la migration des neurones corticaux lors du développement cérébral. Le but de cette thèse est de permettre une meilleure compréhension du rôle du tPA neuronal lors de la corticogenèse et de la synaptogenèse et de décrire les mécanismes moléculaires sous-jacents. Pour cela, le gène du tPA sera invalidé, in vivo, au niveau du cortex d’embryons de souris tPAflox à E14 via l’électroporation in utero d’un vecteur codant pour la recombinase Cre couplé à la GFP. Par la suite, la distribution et la différentiation des précurseurs neuronaux à différents stades de développement et chez l’adulte seront évaluées par imagerie confocale. Le gène du tPA sera invalidé en parallèle dans des cultures primaires de neurones issues des souris tPAflox. Des expériences de « rescue » (tPA sauvage ou tPA mutants) seront également menées in vitro et in vivo à l’aide d’approches pharmacologiques dans le but de mettre en évidence les mécanismes moléculaires impliqués. Des modifications de la corticogenèse et de la synaptogenèse pouvant potentiellement impacter sur le comportement des animaux, des tests visant à évaluer les cognitions spatiale et sociale ainsi que certains états émotionnels seront réalisés chez des souris adultes.

Neuronal migration is a critical step in the developing brain. Epilepsy, autism, schizophrenia, dyslexia or learning deficiencies are most likely the consequences of failures during brain development, either due to defects in neuronal genesis or in the ability of neurons to migrate and to form specific neuronal networks. Tissue Plasminogen Activator (tPA) is a serine protease of which expression increase during central nervous system development. Several studies have already described the involvement of tPA in different processes including neurite outgrowth and neuronal migration in the cerebellum. Recently, a role of tPA in corticogenesis was discovered in the UMR-S INSERM U919 Unit: tPA deficient mice exhibit a delayed migration of cortical neurons during brain development. The program of this thesis is to better understand the contribution of neuronal tPA during corticogenesis and synaptogenesis, and to decipher the underlying mechanisms. To address these questions, tPA will be knocked-out, in vivo, in the cortex of tPAflox embryos at E14 through the expression of a cre-recombinase coupled with a green fluorescent reporter after in utero electroporation. Then, the distribution and differentiation of neuronal precursors at various developmental stages will be estimated by confocal imaging. In parallel, tPA will be invalidated in vitro in primary neuronal cultures from tPAflox mice. Both in vivo and in vitro rescue experiments (wild type tPA-RFP or tPA mutants) will be performed in parallel with pharmacological approaches in order to dissect the molecular mechanisms involved in these processes. Since the disruption of corticogenesis and synaptogenesis could impact on animals’ behaviors, additional tests will be performed in order to evaluate spatial and social cognitions, as well as emotional states, in adult mice.

Candidat : Le candidat devra posséder des compétences en physiologie, pharmacologie in vivo, biologie moléculaire (extractions ADN et ARN, RT-PCR, qPCR, zymographie, western blot, immunohistologie) et en analyses comportementales chez le rongeur (souris, rats). Des connaissances en neuroanatomie chez les rongeurs, en microscopie confocale et en statistiques sont également requises. Dans le cadre de l’étude de la migration des précurseurs neuronaux, le candidat devra en outre maîtriser la technique de transfection in utero chez la souris.

Candidate : The candidate must possess skills in physiology, in vivo pharmacology, molecular biology (DNA and RNA extraction, RT-PCR, qPCR, zymography, western blotting, immunohistology) and behavioral analysis in rodents. Knowledge of neuroanatomy in rodents, in confocal microscopy and statistics is also required. In the framework of the study of neuronal precursors’ migration, the candidate will also master in utero transfection technique.

Unité de recherche GMPc - EA4259Université de Caen

Sujet de thèse Effet de la co-modulation de 3 cibles d’intérêt (récepteurs sérotoninergiques 5-HT4, 5-HT6 et acétylcholinesterase) dans le traitement des troubles cognitifs associés à la maladie d’Alzheimer.

Michel Boulouard / Thomas Freretmichel.boulouard@unicaen.fr

thomas.freret@unicaen.frTél. : 02 31 56 68 76 / 02 31 56 68 77

En raison de l'aspect multidimensionnel de la maladie d'Alzheimer (MA), aucun médicament idéal n’existe à ce jour. Cependant, un intérêt croissant se porte actuellement sur des ligands capables d’interagir avec des cibles multiples (MTDL) comme le donecopride, que nous avons décrit récemment. Ce candidat-médicament est doué d’une activité inhibitrice vis-à-vis de l’acétylcholinesterase (AChEI) couplée à un effet agoniste vis à vis du récepteur 5-HT4. Un autre récepteur sérotoninergique, le récepteur 5-HT6 apparaît aussi comme une cible thérapeutique d’intérêt dans la correction des troubles cognitifs associés à la MA. L’intérêt à visée thérapeutique du blocage des récepteurs 5-HT6 est souligné par le développement du dérivé AE58054 actuellement en phase 3 des essais cliniques pour le traitement de la MA. Le mécanisme sous-jacent de ses effets bénéfiques est mal connu, même si une modulation de la libération centrale de neurotransmetteurs (notamment une augmentation de la libération d'acétylcholine et de glutamate) est avancée. De manière intéressante, les effets prometteurs observés du AE58054 implique toutefois une association avec le donépezil (AChEI actuellement sur le marché), suggérant une synergie d’action de ces deux composés. Dès lors notre programme de recherche s’attachera à démontrer l’intérêt thérapeutique du développement de nouveaux MTDL ayant une triple activité d’action : à la fois comme agent curatif « disease modifier » (agonistes des récepteurs 5-HT4 et antagonistes des récepteurs 5-HT6) et comme traitement symptomatique (agonistes 5-HT4R, antagonistes 5-HT6R, AChEI) ; et à en étudier les mécanismes neurobiologiques associés. L’apport d’une preuve de concept préclinique de l’intérêt d’une co-modulation de ces trois cibles pourrait, à l’instar du donecopride, ouvrir la voie au développement de nouveaux candidat-médicaments.

Because of the multidimensional aspect of the Alzheimer's disease (AD), no ideal medication exists so far. However, ligands capable of interacting with multiple targets (MTDL), such as donecopride a drug-candidate we recently developed has gather an increasing interest. Having both an acetylcholinesterase inhibitory activity (AChEI), and an agonistic activity toward 5-HT4 receptor, it offers potential interest in the field of AD. Another serotoninergic receptor, the 5-HT6 receptor also appears as a therapeutic target of interest against cognitive disorders associated to AD. A valuable example of the beneficial effect of 5-HT6R blockage is AE58054, which is currently in phase 3 of clinical trials for AD treatment. The underlying mechanism of its beneficial effects is poorly known. It is thought to be mediated through a modulation of neurotransmitters’ release (notably an increase of the release of acetylcholine and glutamate). In an interesting way, the observed beneficial effect of the AE58054 implies nevertheless an association with donepezil (AChEI currently over the market) suggesting a synergy of action of these two compounds. Thus, our research program will aim to demonstrate the therapeutic interest of new MTDLs, against three targets to gather a curative or "disease modifying" activity (5-HT4R agonist and 5-HT6R antagonist) and a symptomatic treatment (5-HT4R agonist, 5-HT6R antagonist, AChEI), as well as deciphering the underlying neurobiological mechanisms. Such a proof of preclinical concept of the co-modulation of those 3 targets, as for donecopride, allows major breakthroughs to the design of more efficient drug-candidates

Candidat : Le candidat devra posséder des compétences en expérimentation animale, notamment dans la conduite de tests comportementaux d’ordre mnésique (modèles d’étude de la mémoire) et la pharmacologie. Une expérience en histologie est également souhaitable (cryomicrotome, histochimie métabolique, immunohistochimie). Une formation en Neurosciences (incluant plus particulièrement la neurobiologie et pharmacologie de la mémoire) est demandée.

Candidate: The applicant must be competent in animal experimentation, particularly for behavioural mnesic and pharmacological studies. Expertise in histology (cryosection, metabolic histochemistry, immunohistochemistry) is required.The applicants profile should include a training in Neuroscience (a background in the neurophysiological and neuropharmacological bases of learning and memory would be appreciated).

Unité de recherche UMR 6301 ISTCT « Imagerie et Stratégies Thérapeutiques des Pathologies Cérébrales et Tumorales »Université de Caen

Sujet de thèse Caractérisation d’un nouveau marqueur somatique de l’état émotionnel – Intérêt en psychiatrie

ETARD Olivierolivier.etard@unicaen.fr

Tél. : 02 31 06 45 26

Pour une meilleure compréhension de certaines maladies psychiatriques, il existe un intérêt à mieux explorer le lien entre l’état émotionnel et la variabilité cardiaque globale (fréquence cardiaque et pression artérielle). Cependant, il n’existe pas de moyen simple et non invasif d’évaluer la variabilité de la pression artérielle en lien avec des modifications de l’état émotionnel. Nous souhaitons développer un nouveau marqueur somatique basé sur la mesure des bruits du coeur. Compte tenu de la relation qu’il existe entre ce signal et l’inotropisme cardiaque, nous faisons l’hypothèse qu’il est envisageable d’utiliser ce marqueur dans l’étude des différents états émotionnels de façon complémentaire à l’utilisation de fréquence cardiaque dans les pathologies psychiatriques. Le travail de thèse comprendra deux axes : (i) La caractérisation de la reproductibilité et de la sensibilité de ce marqueur somatique dans un modèle préclinique développé dans l’équipe. A l’aide d’une libraire de fonctions Matlab® en cours de développement au sein de l’équipe, il étudiera les relations entre les différentes caractéristiques des bruits du coeur et les paramètres cardiovasculaires induits par des agents pharmacologiques inotropes et chronotropes. Cette partie sera couplée à des acquisitions IRM en contraste de phase permettant d’encoder la vitesse du flux sanguin des troncs supraortiques. (ii) L’étude des liens chez l’homme entre ce marqueur somatique, la variabilité de la fréquence cardiaque et les différents états émotionnels. Le candidat s’appuiera sur plusieurs protocoles qui débutent ou qui vont débuter dans l’année et qui portent sur des patients souffrant de schizophrénie et sur des patients souffrant de troubles obsessionnels compulsifs pour lesquels le niveaud’anxiété est mesuré et l’état émotionnel est caractérisé et pour lesquels, il est également prévu d’acquérir des données chez des sujets contrôles.

For a better understanding of some psychiatric diseases, there is an interest to further explore the link between emotional state and overall heart rate variability (heart rate and blood pressure). However, there is no simple, non-invasive way to assess the variability of blood pressure related to changes in the emotional state. We want to develop a new somatic marker based on measuring heart sounds. Given the relationship that exists between this signal and cardiac strength, we assume that it is possible to use this marker in the study of different emotional states, and that could be complementary to the use of heart frequency in some psychiatric pathologies. The thesis will include two parts: (i) the characterization of the reproducibility and sensitivity of the somatic marker in a preclinical model developed in the team. Using a Matlab® library functions under development within the team, he will study the relationship between various cardiovascular settings induced by pharmacological agents inotropic and chronotropic and the characteristics of the heart's sounds. This part will be combined with MRI acquisitions in phase contrast for encoding the speed of the blood flow of the supraortic trunks ; (ii) The study, in humans, of the relationship between this somatic marker, the variability of heart rate and the different emotional states. The studies will be based on several protocols that start or will begin within the year and relate to patients with schizophrenia and patients with obsessive compulsive disorder where the anxiety level is measured and emotional state is characterized and for which it is also planned to acquire normative data in controls.

Candidat : Le candidat devra organiser et réaliser les tests pré cliniques. Il devra également participer aux acquisitions lors des études cliniques. Ensuite, il devra mettre en place les procédures d’analyse en lien avec ce nouveau marqueur somatique. Pour cela, le candidat s’appuiera sur une librairie de fonctions Matlab® développée au sein de l’équipe. Ses compétences attendues sont une grande autonomie, une appétence à l’expérimentation animale et clinique ainsi que des connaissances de programmation et si possible une connaissance du langage Matlab®.

Candidate: The candidate will organize and carry out the preclinical tests. He will also participate in the acquisitions in clinical studies. Then it will have to implement the analysis related to the new somatic marker. For this, the candidate will base his works on a Matlab® library developed in our team. Its expected skills are: great autonomy, ability to drive preclinical and clinical studies and programming knowledge and if possible a knowledge of Matlab® language.

Unité de recherche Cancers & Préventions - U Inserm 1086 Université de Caen

Sujet de thèse Etude du comportement des individus en matière de dépistage des cancers. Apports de l’analyse croisée des approches économique et psychologique.

BERCHI Céliacelia.berchi@unicaen.fr

Tél. : 02 31 45 86 22

En France, l’amélioration de la participation de la population aux dépistages organisés des cancers et plus particulièrement au dépistage du cancer colorectal constitue un enjeu majeur de santé publique. Afin de mieux connaître les comportements de la population en matière de participation au dépistage des cancers, notre équipe a mené plusieurs études de révélation des préférences de la population basées sur la méthode des choix discrets. Cette méthode économique permet d’identifier les caractéristiques des dépistages (efficacité, effets délétères, nature des tests ou encore coûts) qui influent le plus sur la décision individuelle de participer. Elle présente l’avantage d’un fort pouvoir prédictif mais s’avère aussi en partie réductrice car elle repose sur une rationalité très forte. Or, il arrive que la décision individuelle s’écarte de la rationalité telle qu’elle est entendue par les experts de la discipline (médecins et chercheurs). Ainsi, la méthode permet difficilement d’appréhender les notions de sur-diagnostic et de sur-traitement induits par un dépistage qui constituent des effets délétères du point de vue de l’expert mais ne semble pas toujours constituer un frein pour les individus. Cette difficulté plaide en faveur de l’approfondissement de la connaissance du processus décisionnel en intégrant les éléments subjectifs de la décision. L’objectif de cette thèse serait de proposer une modélisation plus fine des comportements des individus en matière de dépistage des cancers en étudiant les apports d’une formalisation psychologique. Le travail serait organisé en deux parties. La première partie consisterait en une analyse conceptuelle des travaux fondamentaux du domaine de la psychologie sur la nature des motivations, sur les attitudes et sur les effets du contexte sur le choix. La seconde partie méthodologique tenterait d’intégrer ces éléments dans des modèles de choix discrets appliqués au dépistage des cancers et estimés sur la base d’échantillons de population générale.

Improving public participation in organized screening of cancers and especially in colorectal cancer screening is a major public health challenge in France. In order to better understand the behavior of the population in terms of participation in cancer screening, our team has conducted several studies revealing the preferences of the population based on the discrete choice method. This economical method allows to identify the characteristics of screening (efficacy, adverse effects, nature of the tests or costs) that most affect the individual decision to participate. This method allows a strong predictive power but it is also partly reductive since it supposes a strong rationality of actors. It happens that the individual decision differs from rationality supposed by the experts of the discipline (physicians and researchers). Thus, the method makes it difficult to grasp the concepts of over-diagnosis and over-treatment induced by screening that are harmful effects from the perspective of the expert but do not always seem to be a barrier for individuals. This challenge calls for deepening the knowledge of decision-making by incorporating the subjective elements of the decision. The objective of this thesis is to provide a more detailed modeling of individuals behavior in cancer screening by studying the contributions of psychological formalization. The work will be organized in two parts. The first part will study the fundamental works in the field of psychology about the nature of motivations, attitudes and the effects of the environment on the choice. The second methodological part will attempt to incorporate previous elements in discrete choice models applied to cancer screening and estimated on the basis of general population samples.

Candidat : Le candidat pourra être titulaire d’un master 2 en économie de la santé ou santé publique ou psychologie de la santé ou statistiques appliquées à la santé. Si le candidat est économiste, une expérience de la méthode des choix discrets serait appréciée. Si le candidat est psychologue, une bonne connaissance des théories de la motivation serait souhaitée. Quel que soit son cursus, le candidat devra posséder de solides connaissances théoriques et appliquées en statistiques. La connaissance du français et de l’anglais (écrit) est indispensable.

Candidate: Applicant should hold a master 2 in health economics or public health or health psychology or statistics applied to health. If the candidate is economist, experience in discrete choice experiment would be appreciated. If the candidate is a psychologist, a good knowledge of theories of motivation would be desired. Whatever the student’s specialty, a strong knowledge of theoretical and applied statistics is required. Knowledge of French and English (written) is essential.

Unité de recherche Unité Aliments Bioprocédés Toxicologie Environnements – EA4651Université de Caen

Sujet de thèse Caractérisation des profils d’adduits à l’ADN pour l’évaluation de la génotoxicité des aldéhydes chez l’Homme dans une approche d’exposome.

DELEPEE RaphaëlRaphael.Delepee@unicaen.fr

Tél. : 02 31 45 51 13

Les aldéhydes sont des polluants ubiquitaires dont certains sont des composés CMR avérés (formaldéhyde, groupe 1 du CIRC), d’autres sont classés 2A (acétaldéhyde) et d’autres pour lesquels trop peu de données sont disponibles (acroléine et crotonaldéhyde, groupe 3). Compte tenu des concentrations détectées dans les gaz d’échappement et dans l’air intérieur, la question de leur toxicité pour l’homme et l’environnement est cruciale. Les adduits de l’ADN sont des biomarqueurs de génotoxicité à la fois d’exposition et d’effet très précoce. Les travaux visant à étudier les adduits aux aldéhydes sont souvent contradictoires. En effet, seuls un ou deux adduits aux aldéhydes sont généralement recherchés. Ces adduits étant également endogènes, issus de la peroxydation lipidique, leur niveau basal peut varier notamment en fonction du stress oxydant. Nous proposons donc d’intégrer cette variabilité au dosage global des adduits aux aldéhydes. L’objectif de ce projet est d’évaluer la génotoxicité des principaux aldéhydes seuls ou en mélanges par une étude métabolomique ciblée sur leurs adduits à l’ADN.Pour ce faire les modifications du profil métabolique des adduits des aldéhydes à l’ADN seront étudiées en fonction d’un stress oxydant et/ou d’une exposition aux aldéhydes. Ces études permettront d’obtenir des informations pertinentes sur le rôle de la peroxydation lipidique dans la cancérogénèse en termes d’exposome endogène mais également d’effet synergique avec une exposition environnementale (effets de mélanges). Afin d’obtenir un modèle pertinent d’identification de l’exposition aux aldéhydes, les profils normaux, en fonction d’un stress oxydant et/ou de l’exposition aux aldéhydes seront déterminés par des approches in vitro et ex vivo dans le cadre de l’étude PACATox financée par le PNR EST. Le doctorant aura en charge la synthèse des standards analytiques, la mise au point et la validation d’une méthode de dosage simultané de ces adduits et de réaliser les essais in vitro.

Aldehydes are ubiquitous pollutants, some of which are proven to be CMR compounds (formaldehyde, group 1 IARC), others are classified 2A (acetaldehyde) and others for which insufficient data are available (acrolein and crotonaldehyde, Group 3 ). Given the concentrations detected in the exhaust gas and indoor air, the question of their toxicity to humans and the environment is crucial. DNA adducts are biomarkers of genotoxicity both for exposure and precocious effects. Studies to evaluate adducts with aldehydes are often contradictory. Indeed, only one or two adducts are generally tested. These adducts are also endogenous, resulting from lipid peroxidation, their basal level may vary particularly depending on the oxidative stress. Therefore, we propose to incorporate this variability to the global aldehydes adducts determination. The objective of this project is to evaluate the genotoxicity of the main aldehydes alone or in mixtures with a targeted metabolomics study of their DNA adducts.Therefore, the changes of the metabolic profile of DNA adducts to aldehydes will be studied as a function of oxidative stress and / or exposure to aldehydes. These studies will provide relevant information on the role of lipid peroxidation in carcinogenesis in terms of endogenous exposome but also synergistic with environmental exposure (mixtures effects). In order to obtain a relevant model for the identification of exposure to aldehydes, normal profiles and submitted to an oxidative stress and / or exposure to aldehydes will be determined by in vitro and ex vivo approaches in the PACATox study funded by the PNR EST.The PhD student will have the burden of the synthesis of analytical standards, the development and validation of a method for the simultaneous determination of these adducts and perform in vitro assays.

Candidat : Ce sujet de thèse pluridisciplinaire fait appel des connaissances en chimie analytique, culture cellulaire et toxicologie. Le candidat recherché devra donc posséder une formation initiale en pharmacie, chimie, biochimie ou biologie. Il sera titulaire d’un master de chimie analytique, de toxicologie ou de biochimie avec de préférence un stage de recherche en lien avec la toxicologie ou la chimie analytique. Le doctorant aura à sa disposition un environnement favorable constitué notamment d’un laboratoire de chimie analytique équipé d’une chaîne UHPLC-MS/MS et d’une salle de culture cellulaire. Il sera intégré dans une équipe lui permettant de bénéficier d’un encadrement de qualité dans toutes les disciplines abordées.

Candidate: This multidisciplinary thesis uses knowledge in analytical chemistry, toxicology and cell culture. The candidate should possess an initial training in pharmacy, chemistry, biochemistry or biology. He/She will hold a master in analytical chemistry, toxicology or biochemistry preferably with research internship related to toxicology or analytical chemistry. The PhD student will benefit of an environment consisting in an analytical chemistry laboratory equipped with an UHPLC-MS/MS and a cell culture room. He/She will be integrated in a team allowing him/her to benefit from quality training in all addressed disciplines.

Unité de recherche Biologie et Thérapies Innovantes des Cancers Localement Agressifs - Inserm U1199Université de Caen

Sujet de thèse Implication des longs ARNs non-codants (lncRNAs) dans la chimiorésistance des cancers de l’ovaire

DENOYELLE Christophec.denoyelle@baclesse.unicancer.fr

Tél. : 02-31-45-51-71

La chimiorésistance des cancers de l’ovaire reste le principal obstacle à l’amélioration d’une survie à 5 ans inférieure à 40%. Ainsi, la définition de nouvelles approches thérapeutiques et d’outils prédictifs de la réponse au traitement sont aujourd’hui une priorité. La découverte récente des lncRNAs et de leurs rôles en cancérologie a ouvert un nouveau champ d’études. Ils présentent des rôles d’oncogènes ou de suppresseurs de tumeurs et leur expression est fréquemment dérégulée dans les cancers, y compris ovariens, bien que leurs rôles dans cette pathologie restent encore peu étudiés. L’étude de l’implication de lncRNAs dans la chimiorésistance des cancers de l’ovaire constitue un projet émergent du laboratoire. Nous avons identifié 5 lncRNAs différentiellement exprimés entre une lignée sensible au cisplatine et sa contrepartie résistante. Parmi ces 5 lncRNAs, UCA1 est un acteur important de la chimiorésistance puisque son inhibition conduit à une sensibilisation au cisplatine. La caractérisation des rôles d’UCA1 dans la chimiorésistance est actuellement en cours dans le cadre du stage de master 2 de la candidate. Le présent projet se place dans la continuité de ces travaux et comprend 4 parties : (i) l’identification des gènes dont d’UCA1 régule l’expression, (ii) l’identification des mécanismes d’action d’UCA1, (iii) la mise en évidence d’autres lncRNAs impliqués dans la chimiorésistance de cellules cancéreuses ovariennes et (iv) l’évaluation de l’intérêt des lncRNAs identifiés comme marqueurs prédictifs de la réponse au traitement. Outre l’intérêt fondamental de ce projet, la compréhension détaillée des mécanismes d’action d’UCA1 pourrait faire émerger de nouvelles cibles thérapeutiques potentielles. En outre, l’identification de lncRNAs comme marqueurs prédictifs de la réponse au traitement pourrait s’avérer déterminant pour la mise en place de traitements personnalisés.

The chemoresistance of ovarian cancers remains the main obstacle for the improvement of a 5-year survival which is below 40%. The development of new therapeutic strategies and tools to predict response to treatment are thus a priority.The recent discovery of lncRNAs roles in the field of cancer has opened broad new research opportunities. LncRNAs can act like oncogenes or tumor suppressors, and their expression is often deregulated in cancers, including ovarian carcinoma, although they have been less explored in this pathology. The study of the involvement of lncRNAs in the chemoresistance of ovarian cancer is an emerging topic in our group. We identified 5 lncRNAs that are differentially expressed between a chemotherapy-sensitive cell line and its resistant counterpart. Among those 5, UCA1 is a major player of the chemoresistance, as its downregulation sensitizes resistant cells to cisplatin. The characterization of UCA1 roles in chemoresistance is ongoing in our lab as part of the master’s degree training of the candidate.Our project follows on from this work and includes 4 parts: (i) identification of genes regulated by UCA1, (ii) characterization of UCA1 mechanisms of action, (iii) identification of other lncRNAs involved in the chemoresistance of ovarian cancer cells, and (iv) evaluation of UCA1 and other identified lncRNAs as potential biomarkers predictive of the response to treatment. In addition to the fundamental aspects of this project, we could identify new potential therapeutic targets through the precise understanding of UCA1 modes of action in chemoresistance. In addition, the identification of some of our lncRNA candidates as predictive markers for response to treatment could be a significant contribution for the development of personalized medicine.

Candidat : Le candidat devra être titulaire d’un master 2 couvrant les disciplines de la Biologie Cellulaire et Moléculaire et de la Cancérologie. De bonnes connaissances relatives aux ARNs non codants et à l’épigénétique sont également souhaitables. Il devra maîtriser si possible et/ou être capable de prendre en mains rapidement les méthodologies de base en biologie moléculaire et cellulaire (culture cellulaire, transfection, extraction de protéines et acides nucléiques, western blot, RT et qPCR). En outre, une bonne connaissance théorique et pratique des méthodologies couramment utilisées pour l’analyse des effets de lncRNAs est souhaitable (RIP, ChIP). Le candidat devra présenter de bonnes aptitudes d’intégration et au travail en équipe, y compris dans le cadre de collaborations multidisciplinaires.

Candidate: The candidate should hold a master’s degree in the field of molecular and cellular biology and oncology. Solid knowledge relative to noncoding RNAs and epigenetics is also desired. The candidate should already, or take quickly charge of basic methodologies for cellular and molecular biology experiments (cell culture, transfection, protein and nucleic acid extraction, western blot, RT and qPCR). Also, a solid theoretical and practical knowledge of methodologies commonly used to analyse lncRNAs biology is (RIP, ChIP) is desirable. The candidate should be able to quickly integrate and work in a team, as well as in the context of multidisciplinary collaborations.

Unité de recherche Biologie des Organismes et des Ecosystèmes Aquatiques – UMR CNRS 7208Université de Caen

Sujet de thèse Rôle des biofilms microphytobenthiques en tant que réservoir de pathogènes et influence de l’érosion estuarienne pour expliquer les interactions bivalve-virus, les transferts épidémiologiques et les mortalités estivales de naissains d’huîtres Crassostrea gigas.

ORVAIN Francisfrancis.orvain@unicaen.fr

Tél. : 02 31 56 51 16

Les virus en milieu marin peuvent infecter une large gamme d’hôtes spécifiques tels que les métazoaires. Les infections virales sont fréquemment suivies de la mort de leur hôte avec un relargage de particules virales dans l’environnement, les virus étant les organismes les plus abondants des écosystèmes marins et surtout dans les sédiments.Les virus dans le compartiment benthique des écosystèmes côtiers sont considérés comme une boite noire et leur rôle écologique doit être approfondi pour mieux anticiper la vulnérabilité des écosystèmes estuariens aux risques environnementaux et sanitaires. Tout comme les activités bactériennes, le viriobenthos est stimulé par le statut trophique de l’environnement et par la prolifération algale des sédiments. Les sédiments côtiers marins forment un habitat favorable à la survie et au développement des microorganismes pathogènes. Les virus pathogènes de la macrofaune sont aussi susceptibles de se trouver en abondance à la surface des sédiments et des biofilms microphytobenthiques stimulée par l’activité de biodéposition et de bioturbation de ces filtreurs grâce à des substances exopolymériques produites par les microalgues.L’approche innovante de cette thèse consiste à étudier le viriobenthos en tant que réservoir de pathogène pour améliorer les connaissances sur le rôle des processus physiques et benthiques dans les transferts épidémiologiques de pathogènes de type OS-HV1 (Ostreid Herpes Virus) responsable d’une épizootie des naissains d’huître creuse au niveau national.L’objectif de cette thèse est d’étudier par une approche intégrée (observation - expérimentation - modélisation) les agents pathogènes impliqués dans les mortalités estivales de bivalves et d’étudier finement les interactions entre habitat sédimentaire, biofilms microphytobenthiques et transfert épidémiologique des pathogènes.

Virus in marine system can infect a wide range of specific hosts, such as metazoa. The viral infections usually lead to the death of their hosts followed by a massive release of viral particles in their environment. The virus are the most widespread and abundant organisms in the marine systems, and this is especially the case at sediment surface. The virus in the benthic ecosystems are not well studied and their ecological roles must be investigated to better assess the vulnerability of estuaries to sanitary and environmental risks. As well as bacterial production, the viriobenthos is stimulated by the trophic status of the ecosystem and the presence of microalgal biofilms over the sediment surface. The coastal ecosystems create habitats, which can improve the survival and growth of pathogens. The density of pathogenic virus infecting macrofauna at the sediment surface and microphytobenthic biofilms is stimulated by suspension-feeder behavior and bioturbation and/or biodepostion activities, but also by the production of exopolymeric Substances (EPS) by microphytobenthic microalgae at the surface of the fecal and pseudofecal biodeposits produced of bivalves.This PhD research project proposes an innovative approach by studying bivalve-virus interaction though the viriobenthos as pathogen reservoirs to improve the knowledges and bridge the gap between physical processes regarding sediment transport in estuaries and epidemiological transfers of Ostreid Herpes Virus Os-HV1 responsible for an epizootic crisis affecting shellfish juveniles of Crassostrea gigas at a national scale. The goal of this PhD project is to evaluate the epidemiologic transfers by an integrated approach (lab experiments, field observation and numerical models) of virus and bacteria implied in the massive summer mortality of bivalves by investigating the mechanisms and interacting processes between sediment habitats, microphytobenthic biofilms, animal behavior when affected by pathogens

Candidat : Nous recherchons un ou une candidate qui puisse mener des recherches en biologie des organismes, des populations et des écosystèmes marins en maîtrisant le traitement numérique des données (Biostatistiques, cartographie, modélisation) mais aussi des techniques analytiques de laboratoire en microbiologie environnementale et biologie moléculaire (PCR, DGGE).

Candidate: The candidate must have skills to lead a research project in organism biology by integrating marine population and ecosystem studies and numerical ecology (Biostatistics, Geostatistics, modelling). The candidate must also have analytical skills in environmental microbiology and molecular tools (PCR, DGGE).

Unité de recherche Œstrogènes Reproduction Cancer – EA2608Université de Caen

Sujet de thèse Mécanismes d’action des estrogènes et de xénoestrogènes tels que le Bisphénol A dans les cellules testiculaires et les spermatozoïdes de mammifères

Christelle Delalandechristelle.delalande@unicaen.fr

Tél. : 0231565117

Les objectifs de la thèse sont de poursuivre l’étude des effets des estrogènes sur la production des spermatozoïdes lors de la spermatogenèse et sur les spermatozoïdes lors des maturations post-testiculaires. En lien direct avec cette étude, les effets de xenoestrogènes tels que le bisphénol A (BPA) seront analysés. En effet, nos travaux récents ont permis de montrer une différence de sensibilité des rongeurs à ces deux molécules en fonction du stade de développement testiculaire et des effets du BPA différents ou similaires à l’estradiol en fonction des évènements ciblés ; il en est de même quant à leurs effets sur des évènements de maturation des spermatozoïdes humains nécessaires à l’acquisition de la capacité de fécondance. Nous nous proposons d’identifier les récepteurs aux estrogènes et voies de signalisation impliquées dans les effets des estrogènes au cours de l’initiation de la spermatogenèse chez le rat. Ces mécanismes seront étudiés par des expériences de cultures ou co-cultures in vitro des différents types de cellules testiculaires de rat en présence ou en absence d’estradiol et en inactivant ou stimulant spécifiquement les différents récepteurs aux estrogènes et voies de signalisation associées. Ces mêmes approches seront utilisées afin d’appréhender les effets différentiels ou similaires du BPA et déterminer notamment par quels autres récepteurs le BPA pourrait agir. Sur le spermatozoïde, les voies de signalisation associées à l’activation non génomique des récepteurs seront étudiées ainsi que leur mobilisation dans le contrôle des maturations post-testiculaires. Les expériences conduites à partir des spermatozoïdes humains seront réalisées en collaboration avec le service de biologie de la reproduction du CHU de Caen. La signalisation calcique jouant un rôle déterminant dans le spermatozoïde, il est proposé d’étudier sa régulation par l’estradiol et le bisphénol A en collaboration avec le laboratoire de Fatima Silva (Florianopolis, Brésil).

The aims of the thesis are to determine the mechanisms involved in the effects of estrogens on the production of spermatozoa during spermatogenesis and on the functions of spermatozoa during post-testicular maturations. In direct link with this study, the effects of xenoestrogenic endocrine disruptors like bisphenol A (BPA) will be analyzed. In fact, our recent data showed a difference in rodents’ sensitivity to these two molecules according to the testis development stage and some effects of BPA could be different or similar to estradiol according to targeted events; it is the same thing for their effects on the maturation events of human spermatozoa necessary for the acquisition of fertilization capacity. We propose to identify the estrogen receptor(s) and signaling pathways involved in the effects of estrogens particularly during the initiation of spermatogenesis in rats. These mechanisms will be studied in vitro in cultures or co-cultures of different rat testicular cells in the presence or absence of estradiol, and by specifically inactivation or stimulation of the different estrogen receptors and associated signaling pathways. These same approaches will be used to study the effects of BPA relative to estradiol and to determine whether BPA effects could be mediated by other receptors. On spermatozoa, signaling pathways associated to non-genomic activation of receptors will be studied together with their mobilization in the control of post-testicular maturations. Experiments conducted with human sperm will be carried out in collaboration with the department of reproductive medicine of Caen University Hospital. Calcium signaling plays an important role in sperm, thus it is planned to study its regulation by estradiol and bisphenol A in collaboration with the laboratory of Fatima Silva (Florianopolis, Brazil).

Candidat : Le candidat devra posséder des compétences théoriques et techniques en biochimie, biologie cellulaire et biologie moléculaire et avoir acquis des compétences en culture cellulaire. Il devra avoir suivi des enseignements en reproduction au cours de sa formation. Des compétences en reprotoxicité peuvent constituer un plus.

Candidate: The candidate must have theoretical and technical competences in biochemistry, cellular biology and molecular biology and have acquired some competences in cell cultures. He must have followed courses in reproduction during his formation. Some competences in reprotoxicity could constitute an additional positive point.

Unité de recherche Gamétogenèse et qualité du gamète - EA4308Université de Rouen

Sujet de thèse Congélation et maturation in vitro du tissu testiculaire de rat et de garçon pré-pubères

Nathalie RIVESnathalie.rives@chu-rouen.fr ; Tél. : 02 32 88 82 25

Les cellules germinales souches sont les cibles de thérapeutiques toxiques, comme la chimiothérapie ou la radiothérapie. La préservation de ces cellules peut s’effectuer par congélation du tissu testiculaire proposée chez le garçon pré-pubère. Le tissu testiculaire décongelé pourra subir une maturation in vitro afin d’obtenir des spermatozoïdes. Cependant, le développement de modèles animaux est un préalable indispensable en vue d’une application humaine. La congélation lente ou la vitrification du tissu testiculaire pré-pubère de souris ont été développées au sein de notre équipe de recherche et les résultats récents ont permis d’identifier des conditions de culture optimales afin d’obtenir après culture organotypique en matrice 3D des spermatozoïdes à partir de ce tissu décongelé. Cependant, il apparaît indispensable de valider les conditions de congélation et de maturation in vitro sur un modèle animal dont la durée de la spermatogenèse est plus proche de celle de l’homme. Nous souhaitons assurer non seulement la validation des protocoles de congélation et de vitrification de tissu testiculaire chez le rat pré-pubère mais aussi utiliser les conditions de maturation in vitro (matrice, milieu de culture) récemment développées dans notre équipe sur ce même modèle. En parallèle, les premiers essais sur tissus testiculaires de garçons pré-pubères seront réalisés.Les objectifs de notre étude seront donc (i) d’évaluer l’impact de la congélation lente ou de la vitrification sur l’architecture des tubes séminifères et la fonctionnalité du tissu testiculaire de rat pré-pubère après décongélation en utilisant la culture organotypique en interphase gaz-liquide avec supplémentation des milieux de culture par le rétinol, des facteurs de croissance et des antioxydants (milieu en développement au sein de l’EA 4308), (ii) d’évaluer si les conditions de culture permettent de générer des cellules germinales haploïdes jusqu’au stade de spermatozoïdes, (iii) de réaliser les premiers essais de maturation in vitro de tissu testiculaire congelé de garçons pré-pubères à partir des échantillons issus du protocole de recherche Prosperma.Chez le rat, nous comparerons nos résultats obtenus à partir du tissu testiculaire congelé avec ceux obtenus à partir du tissu frais. Nous complèterons également cette analyse par comparaison avec les conditions in vivo.

Germinal stem cells are the target of gonadotoxic treatment, such as chemotherapy or radiotherapy. Germ cell preservation should be organized. Therefore, for young boys, testicular tissue freezing might be proposed for germinal stem cell preservation. Frozen-thawed testicular tissue can be used for in vitro maturation. The development of animal models of pre-pubertal testicular tissue slow freezing and vitrification in combination with in vitro spermatogenesis is a major prerequisite before a human application. Recently, our laboratory has developed an organ culture system in 3D matrix and obtained spermatozoa from pre-pubertal mouse testicular tissue. However, it seems necessary to study not solely the effectiveness of the freezing procedures (slow freezing and vitrification) but also of in vitro maturation using an animal model whose duration of spermatogenesis is closer to humans. Therefore we propose, firstly, to explore the effectiveness of our slow freezing, vitrification and in vitro culture procedures using pre-pubertal rat testis and secondly to apply for the first time our procedures to pre-pubertal boy testicular tissue samples obtained from the Prosperma research project.

The objectives of this work are therefore (i) to assess the impact of slow freezing and vitrification on the architecture of the seminiferous tubules and the functionality of frozen/thawed rat pre-pubertal testicular tissue using our organ culture system at a gas-liquid interphase and by supplementing the culture media with retinol, growth factors and antioxidants (culture media developed within the EA 4308), (ii) to assess whether the culture conditions allow the generation of haploid germ cells and more specifically of spermatozoa, (iii) to carry out the first in vitro maturation experiments using frozen testicular tissue of pre-pubescent boys.In rats, we will compare the results obtained with the frozen testicular tissues with those obtained with fresh tissues. We will also complete this analysis by comparing our data to in vivo conditions.

Candidat : Le candidat devra avoir validé une licence et un master 1 en biologie ou physiologie cellulaire, incluant éventuellement une ou plusieurs unités d’enseignement en Biologie ou Physiologie de la Reproduction. Le candidat devra avoir validé un master 2 recherche issu de l’Université de Rouen ou de toute autre université. Une expérience dans le domaine de la culture cellulaire, de l'immunocytochimie et de la biologie moléculaire serait souhaitable.

Candidate : The candidate should have validated a license and a master in biology or cell physiology, including possibly one or more teaching units on Biology or Physiology of Reproduction. The candidate should have a master 2 research degree enabled from the University of Rouen or any other university. Experience in the field of cell culture, immunocytochemistry and molecular biology would be preferable

Unité de recherche Laboratoire de Microbiologie Signaux et Microenvironnement (LMSM) EA 4312Université de Rouen

Sujet de thèse Analyse de la réponse physiologique et génétique de Pseudomonas aeruginosa et Enterococcus faecalis envers l’épinéphrine, et identification des senseurs putatifs

CONNIL Nathalienathalie.connil@univ-rouen.fr

Tél. : 06-13-82-53-50

La communication bactérie opportunistes-hôte est déterminante dans la transition d’un état commensal à pathogène et dans le processus infectieux. Pour dialoguer avec l’eucaryote, les bactéries utilisent des systèmes senseurs qui leur permettent de détecter les modifications de leur environnement, de s’adapter rapidement et stimuler leur virulence1,2. Les catécholamines (épinéphrine et norépinéphrine) produites par l’hôte font partie des premières neurohormones identifiées pour leur capacité à moduler la croissance et/ou la pathogénicité de germes à gram négatif3 et positif4. Le stress est connu pour son impact sur le système endocrinien et la production locale de neurohormones est suspectée pour sa capacité à moduler l’équilibre du microbiote intestinal5 comme du microbiote cutané6. Cependant, l’effet des catécholamines sur des pathogènes opportunistes majeurs tels que Pseudomonas aeruginosa et Enterococcus faecalis est encore à explorer. Ce projet vise donc à caractériser la réponse globale de P. aeruginosa et E. faecalis envers l’épinéphrine et son implication dans la virulence bactérienne, en utilisant des tests physiologiques (adhésion, invasion, cytotoxicité, biofilms…) et des approches transcriptomiques et protéomiques. Les senseurs adrénergiques putatifs permettant à ces bactéries de percevoir l’épinéphrine seront également recherchés. Une meilleure connaissance des systèmes senseurs impliqués dans la reconnaissance de l’hôte et la virulence de P. aeruginosa et E. faecalis pourrait permettre à plus long terme de faciliter le développement de nouveaux antibactériens.

Communication between opportunist bacterial pathogens and their eukaryotic hosts is a determinant factor in the transition from a commensal to a pathogenic behaviour and infection outcome. Bacteria have developed molecular sensors to detect changes in their niche and adapt their virulence1,2. Catecholamines (epinephrine and norepinephrine) produced by the host are some of the first identified neurohormones identified for their potential to promote the growth and/or pathogenicity of gram negative3 and positive4 germs. Stress is known for its broad impact on the endocrine system and the local production of neurohormones is suspected to modulate the equilibrium of the intestinal5 and cutaneous6

microbiotes. However, the effect of catecholamines on major opportunistic pathogens such as Pseudomonas aeruginosa and Enterococcus faecalis remains unknown. This study aims to determine the global effect of epinephrine on P. aeruginosa and E. faecalis and its role in virulence, using physiological tests (adhesion, invasion, cytotoxicity, biofilms), transcriptomic and proteomic analysis. Putative sensors will also be searched. A better knowledge of the P. aeruginosa and E. faecalis sensor system(s) implicated in host perception and virulence may provide novel avenues for antimicrobial development.

Candidat : Le candidat devra avoir une double formation en Biologie Cellulaire et Microbiologie et des bases solides en Biologie Moléculaire. L'autonomie, la capacité d'investissement personnel et un bon esprit d'équipe seront des paramètres essentiels. Une bonne connaissance en pharmacologie serait un plus.

Candidate : The candidate should have a strong background in Eukaryotic cells, Microbiology and Molecular Biology. Autonomy, personal investment and excellent communication skills. Pharmacology knowledge would be a plus.

Unité de recherche Nutrition, inflammation intestinale et dysfonction de l’axe intestin-cerveau - U INSERM 1073Université de Rouen

Sujet de thèse Etude du rôle des immunoglobulines réagissant avec les hormones de la faim et de la satiété dans la signalisation dopaminergique du plaisir alimentaire.

Serguei FetissovSerguei.Fetissov@univ-rouen.fr

Tél. : 02 35 14 82 55

Un trouble du plaisir alimentaire (PA), pouvant aller jusqu’à son absence ou anhédonie, est souvent présent au cours des troubles du comportement alimentaire (TCA). Les mécanismes du PA impliquent la sécrétion de dopamine dans le système mesolimbique comme dans le noyau accumbens (NAc) et l’aire hypothalamique latérale (LHA). Les mécanismes d’altération du PA aux cours des TCA restent méconnus. Pourtant, la ghréline, une principale hormone de la faim, est connue pour son effet d’activateur des neurones dopaminergiques (1). Nous avons récemment montré que l’hormone melanotrophe (-MSH), un neuropeptide anorexigène, est aussi capable de stimuler la sécrétion de la dopamine dans LHA et contribue à la satiété hédonique (2). Il est donc probable que des modifications d’action de la ghréline et de l’-MSH sur la sécrétion de la dopamine peuvent altérer le mécanisme du PA.Nous avons récemment démontré que des immunoglobulines (IgG) plasmatiques sont capables de se lier avec une affinité micromolaire à la ghréline et à l’-MSH et de modifier leurs actions (3,4). Ainsi, il est possible que les IgG réagissant avec la ghréline et l’-MSH soient impliquées dans la libération exagérée ou insuffisante de dopamine au cours de la prise alimentaire, contribuant à la perturbation du PA. Pour tester cette hypothèse dans ce projet, nous étudierons la libération de dopamine dans le NAc et LHA par la technique de microdialyse intracérébrale chez le Rat, ainsi que la prise alimentaire de ces animaux, consécutivement à l’administration périphérique de ghréline ou d’-MSH seules, ou co-injectées avec les IgG provenant de patients souffrant de différents types de TCA et de sujets contrôles. Ce projet doit contribuer à la meilleure compréhension des mécanismes moléculaires des TCA.

Altered feeding reward sensation, in particular its absence or anhedonia, is often present in subjects with eating disorders (ED). The mechanisms of feeding reward involve secretion of dopamine in the mesolimbic system including the nucleus accumbens (NAc) and the lateral hypothalamic area (LHA). However, the mechanisms underlying altered feeding reward in ED are unknown. Nevertheless, it has been shown that ghrelin, the main hunger hormone, can activate dopamine neurons (1). Furthermore, we have recently shown that -melanocyte-stimulating hormone (-MSH), an anorexigenic neuropeptide, is able to stimulate dopamine release in the LHA and participate in hedonic satiety (2). It is, hence, possible that modified action of ghrelin and -MSH on dopamine release may contribute to the alteration of feeding reward.We have recently found that plasmatic immunoglobulins (IgG) are able to bind -MSH and ghrelin with micromolar affinity and to modify their actions (3, 4). It suggests that -MSH- and ghrelin-reactive IgG can be involved in the insufficient or exaggerated dopamine release during food intake contributing to alteration of feeding reward. To test this hypothesis, in this project we will study dopamine release in the NAc and LHA using an intracerebral microdialysis and food intake in rats after peripheral injections of -MSH and ghrelin alone or together with IgG from ED patients. These results will be compared with effects of IgG from control subjects. The IgG will be extracted from plasma samples of ED patients and controls. This project should help to better understand the molecular mechanisms of ED.

Candidat : Expérimentation animale, comportement alimentaire chez les rongeurs, chirurgie stéréotaxique, HPLC, formation en neurosciences.

Candidate : Animal experimentation, feeding behavior in rodents, stereotactic surgery, HPLC, neuroscience training.

Unité de recherche Glyco-MEV - EA 4358Université de Rouen

Sujet de thèse Etude des voies de N-glycosylation chez la microalgue verte Chlamydomonas reinhardtii et la diatomée Phaeodactylum tricornutum.

Muriel BARDORmuriel.bardor@univ-rouen.fr

Tél. : 02 35 14 67 51

La diatomée P. tricornutum et la microalgue verte C. reinhardtii possèdent deux voies de N-glycosylation très distinctes. Ces voies dépendent respectivement de la présence (P. tricornutum) ou de l’absence (C. reinhardtii) d’une enzyme clé appelée GnT I pour N-acétylglucosaminyltransférase I. Dans ce projet, nous proposons de compléter les connaissances sur les voies de N-glycosylation de nos microalgues modèles en caractérisant la fonctionnalité des autres acteurs golgiens impliqués dans les voies de N-glycosylation (glycosyltransférases, glycosidases et transporteurs de nucléotides sucres). Ceci sera mené par complémentation in vivo chez des mutants (CHO, Arabidopsis thaliana) affectés dans différentes étapes de la voie de N-glycosylation. Par exemple, les gènes codant pour des α-mannosidase I, α-mannosidase II, N-acétylhexosaminidases de P. tricornutum seront exprimés dans différents mutants (CHO, HEK, A. thaliana…) L’analyse structurale des N-glycannes des différents transformants permettront d’évaluer l’impact de la complémentation. Si l’approche in vivo n’est pas couronnée de succès, les enzymes étiquetées seront purifiées par chromatographie d’affinité afin de caractériser in vitro leur activité enzymatique.Parallèlement, différentes approches (inhibiteurs, sucres fluorés, TALEN…) seront utilisées pour bloquer des étapes spécifiques de la voie de N-glycosylation au niveau du réticulum endoplasmique et de l’appareil de Golgi. Après traitements, les profils glycanniques seront déterminés et l’effet du traitement sur la physiologie et le phénotype des microalgues seront évaluées. Des approches d’ingénierie par surexpression des acteurs de la voie de N-glycosylation pourront aussi être utilisées. L’ensemble de ces données nous permattra de comprendre parfaitement les processus de N-glycosylation chez C. reinhardtii et P. tricornutum ainsi que d’amorçer les connaissances sur les rôles physiologiques des N-glycannes chez les microalgues.

The diatom P. tricornutum and the green microalga C. reinhardtii exhibit two distinct N-glycosylation pathways which are respectively dependent or not of a key enzyme called GnT I for N-acetylglucosaminyltransférase I. In this project, we propose to further investigate the N-glycosylation pathways of the two microalgae by functionally characterizing the Golgi actors (glycosyltransferases, glycosidases and sugar transporters) using in vivo complementation of mutants (CHO, Arabidopsis thaliana). For example, genes encoding putative α-mannosidase I, α-mannosidase II, N-acetylhexosaminidases from P. tricornutum will be expressed in CHO, human embryonic kidney (HEK) or Arabidopsis thaliana mutants. The structural analysis of the N-glycans in the respective transformants will be performed for the evaluation of the complementation efficiency. If no complementation is observed in these in vivo assays, the corresponding flag and/or His-tagged enzymes will be purified by affinity chromatography. Then, their activity will be assayed in vitro using different acceptors and substrates. N-glycosylation inhibitors, fluoronylated sugars as well as knock out strategies (TALEN) will also be used to interfere with specific steps of the N-glycosylation and N-glycan processing in the ER or in the Golgi apparatus. After treatments, N-glycan profiles of proteins will be determined by structural analyses. The effect of the treatment on the physiology and phenotype of the microalgae cells will also be investigated. In parallel, glyco-engineering through heterologous expression of glycoenzymes in the microalgae models will be investigated. Indeed, it would be interesting to evaluate the physiological impact of the remodeling of the N-glycosylation pathway by over-expressing heterologous glycoenzymes or actors of the N-glycosylation pathway. Altogether, this will help deciphering the protein N-glycosylation pathways in C. reinhardtii and P. tricornutum as well as unraveling the N-glycans biological function in microalgae.

Candidat : Le candidat devra posséder de bonnes connaissances de phycologie et notamment des modèles microalgues (physiologie, culture cellulaire…). Des compétences additionnelles en biochimie et glycobiologie seront appréciées et nécessaires pour mener à bien le projet de thèse proposé.

Candidate: The applicant should have good knowledge in phycology, especially regarding the physiology and culture of microalgae. Additionnal competences in biochemistry and glycobiology would be required to develop the proposed research program.

Unité de recherche Endothélium Microvasculaire et Lésions Cérébrales Néonatales – ERI 28Université de Rouen

Sujet de thèse Effet du sulfate de magnésium sur le réseau microvasculaire cérébral et l’intégration des oligodendrocytes de la substance blanche dans un modèle murin de lésion excitotoxique périnatale

Carine CLERENcarine.cleren@univ-rouen.fr

Tél. : 02.35.14.83.41

Situation. La paralysie cérébrale (PC) est une atteinte développementale extrêmement sévère. En France, 900 enfants/an nés très grands prématurés (TGP) développent une PC, avec une plus forte susceptibilité des garçons. Le seul traitement connu avec bénéfice avéré est l’administration anténatale de sulfate de magnésium (MgSO4). Toutefois, les mécanismes protecteurs impliqués restent à élucider avant d'envisager une administration systématique. Les lésions cérébrales acquises des TGP se traduisent par des atteintes préférentielles de la substance blanche et une mortalité des pré-oligodendrocytes. De plus, un article récent démontre l’importance du réseau vasculaire dans l’intégration corticale des oligodendrocytes (OL) (Tsai et al., Science, 2016).Hypothèse. Des travaux du laboratoire ont démontré une expression de récepteurs NMDA (R-NMDA) fonctionnels par les microvaisseaux cérébraux immatures (Henry et al., Neurobiol Dis., 2013). Le Mg2+

étant un bloqueur physiologique du R-NMDA, nous émettons l’hypothèse que les effets protecteurs du MgSO4 sur les OL impliquent, au moins en partie, une contribution vasculaire via le R-NMDA endothélial. Objectifs et mise en œuvre. Les objectifs de ce projet de thèse sont triples : 1- Caractériser les effets du MgSO4 sur la différenciation et l’intégration à court et long termes des OL dans un contexte neurodéveloppemental (effet propre) et lésionnel (excitotoxicité), 2-Rechercher l’implication du R-NMDA endothélial dans les effets du MgSO4 sur les OL via des souris VE-cadhérine-Cre X NR1 (Grin1flox) er 3-Evaluer par des approches transcriptomique et fonctionnelle, l’impact du MgSO4 sur le microvaisseau cérébral immature.Les études seront menées en discriminant systématiquement souris femelles et mâles.Attendus. Ce projet s’inscrit dans un programme de médecine translationnelle incluant un suivi de cohorte international (AMICABLE) visant à valider l’administration systématique du MgSO4 chez la femme enceinte en menace d’accouchement prématuré.

Situation. Cerebral palsy (CP) is an extremely severe developmental alteration. In France, 900 extremely preterm newborns per year develop CP, with a higher susceptibility in boys. The unique known treatment with proven benefit is the antenatal administration of magnesium sulphate (MgSO4). However, the implied protective mechanisms remain to be elucidated before considering a systematic administration. Acquired brain lesions in extremely preterm newborns preferentially induce white matter alterations and pre-oligodendrocytes death. Moreover, a recent publication demonstrates the importance of the vascular network in oligodendrocytes cortical integration (OL; Tsai et al., Science, 2016). Hypothesis. Studies from the lab demonstrated that immature cerebral microvessels express functional NMDA receptor (R-NMDA; Henry et al., Neurobiol Dis., 2013). Since Mg2+ is a physiological R-NMDA blocker, we put forward the hypothesis that the protective effect of MgSO4 on OL implies, at least in part, a vascular contribution through the endothelial R-NMDA. Objectives and implementation. The objectives of this thesis project are triple: - To characterize the effects of MgSO4 on OL differentiation and integration, at short and long terms, in a neurodevelopmental (proper effect) and a lesional (excitotoxicity) context.- To investigate the implication of the endothelial R-NMDA in MgSO4 effects on OL using VE-cadherine-Cre X NR1 (Grin1flox) mice.- To evaluate by transcriptomic and functional approaches, the impact of MgSO4 on the immature cerebral microvessel.The studies will be performed while systematically discriminating male versus female mice. Expectations. This project is part of a program of translational medicine including an international cohort follow-up (AMICABLE), aiming at validating the systematic administration of MgSO4 in women at risk of preterm delivery.

Candidat : Le (la) candidat(e) devra être titulaire d’un M2 Neurosciences. Des acquis concernant plus particulièrement le développement cérébral seront appréciés. Des connaissances théoriques et pratiques en: biologie moléculaire, histologie, immunohistochimie et/ou hybridation in situ et microscopie à fluorescence seront requises, de même qu'une initiation à l’expérimentation chez le rongeur. Des connaissances des approches neurochimiques sont souhaitées.Le (la) candidat(e) devra également posséder les compétences nécessaires au traitement statistique des résultats.

Candidate: The applicant must have completed a Master 2 in the field of Neurosciences. A background on cerebral development would be appreciated. Theoretical and practical knowledge in: molecular biology, histology, immunohistochemistry and/or in situ hybridization will be required, as well as an initiation to experimental studies in rodents. Knowledge in the field of neurochemistry is desired.The applicant should have skills allowing statistical treatment of the data

Unité de recherche Différenciation et Communication Neuronale et Neuroendocrine - INSERM U 982Université de Rouen

Sujet de thèse Rôle de la sélénoprotéine T dans la maladie de Parkinson

Youssef Anouar et Laurent Yonyoussef.anouar@univ-rouen.fr/laurent.yon@univ-rouen.fr

Tél. : 02 35 14 66 61/02 35 14 70 99

Le stress oxydatif et l’agrégation des protéines sont des processus clés dans la pathogenèse de la maladie de Parkinson. Toutefois, les mécanismes physiopathologiques qui sont à la base de ces processus ne sont pas encore élucidés. Ces deux phénomènes interagissent de façon complexe et bidirectionnelle et impliquent des dysfonctionnements au niveau du réticulum endoplasmique (RE) et des mitochondries. Nous avons récemment identifié une nouvelle enzyme stimulée par le neuropeptide PACAP, la sélénoprotéine T (SelT), capable de promouvoir la survie des neurones dopaminergiques et de prévenir l’apparition rapide d’un stress oxydatif et de symptômes moteurs dans des modèles de la maladie de Parkinson chez la souris. D’autre part, nous avons observé que les mécanismes de biosynthèse de la SelT qui est adressée au RE, provoquent également une augmentation de la mitochondriogenèse. L’objectif de ce projet de thèse est d’élucider les mécanismes d’action de la SelT dans la régulation du stress oxydatif et de l’agrégation des protéines dans le contexte de la maladie de Parkinson. Nous utiliserons des souris invalidées pour la SelT spécifiquement dans le cerveau et même uniquement dans les neurones dopaminergiques afin de déterminer son rôle dans : 1) les mécanismes du stress du réticulum endoplasmique, 2) dans la malconformation et l’agrégation des protéines, 3) dans les interactions entre le RE et les mitochondries et 4) dans la régulation et la fonction de gènes clés de l’équilibre redox (gène DJ-1) ou de la dégradation des protéines malconformées (PARK1 et PINK) qui sont mutés et responsables de formes autosomiques de la maladie de Parkinson. Ce projet de thèse permettra de mieux comprendre le rôle de la SelT dans la physiopathologie de la maladie de Parkinson afin d’envisager un traitement potentiel de cette maladie en ciblant la SelT.

Oxidative stress and protein aggregation are key to the pathogenesis of Parkinson’s disease. However, the pathophysiological mechanisms underlying these processes are not fully elucidated. These two phenomena interact in a complex and bidirectional manner and involve the dysfunction of the endoplasmic reticulum (ER) and mitochondria. We have recently identified a new enzyme stimulated by the neuropeptide PACAP, selenoprotein T (SelT), which promotes dopaminergic neuron survival and prevents rapid-onset oxidative stress and motor impairments in mouse models of Parkinson’s disease. Besides, we observed that the mechanisms of biosynthesis of SelT, which is targeted to the ER, also stimulate mitochondriogenesis. The aim of this project is to elucidate the mechanisms of action of SelT in the control of oxidative stress and protein malconformation in the context of Parkinson’s disease. We will use animals with SelT gene knockout in the brain or only in dopaminergic neurons in order to determine its role in: 1) the mechanisms of ER stress, 2) the aggregation of proteins, 3) the interactions between the ER and mitochondria and 4) the control and function of key genes of redox equilibrium (DJ-1) or malconformed protein degradation (PARK1 and PINK) which are mutated and responsible for autosomal forms of Parkinson’s disease. This project will allow a better understanding of the role of SelT in the pathophysiology of Parkinson’s disease with the scope of developing a potential treatment of this disease by targeting SelT.

Candidat : Le candidat devra avoir des connaissances solides en physiologie et physiopathologie des neurones dopaminergiques. D’un point de vue technique, le candidat devra présenter une expérience théorique et pratique en biologie cellulaire ainsi qu’en biochimie. Il devra aussi avoir des connaissances en expérimentation animale.

Candidate: The candidate should have a strong knowledge in the physiology and pathophysiology of dopaminergic neurons. From a technical standpoint, the candidate must have a theoretical and practical experience in cell biology as well as biochemistry. A knowledge in animal use is also necessary.

Unité de recherche Différenciation et Communication Neuronale et Neuroendocrine - INSERM U 982Université de Rouen

Sujet de thèse Réactivation d’une protéine neuro-développementale, la Filamine A, dans les gliomes de haut-grade : Contrôle de la signalisation membranaire dans l’invasion et la transition mésenchymateuse.

Hélène Castel et Laurent Prézeau (IGF de Montpellier)Courriel : helene.castel@univ-rouen.fr; laurent.prezeau@igf.cnrs.fr

Tél. : 02-35-14-66-30 et Tél. : 04-34-35-92-96

Malgré les améliorations thérapeutiques, le pronostic sombre (médiane de survie de 15 mois) des patients atteints d’un glioblastome est lié en partie au caractère invasif des cellules tumorales gliomales associé à l’acquisition d’un phénotype mésenchymateux. Le projet de recherche consistera à déterminer l’expression d’une protéine neuro-développementale, de type « plate-forme » ancrée au réseau d’actine, la Filamine A (FlnA), sur l’activation de récepteurs couplés aux protéines G de chimiokines (Chimio-GPCRs) tels que le récepteur de l’urotensine II (UT), du SDF-1 (CXCR4) ou du sphingosine-1-phosphate (S1PR), au cours du développement des gliomes malins. Les objectifs sont de i) caractériser les niveaux de ré-expression de la FlnA ainsi que des variants d’épissage dans des lignées humaines de gliomes ainsi que des biopsies de gliomes de différents grades (Pr A. Laquerrière, Tumorothèque, CHU de Rouen), et de les corréler avec ceux de Chimio-GPCRs. Des analyses bio-informatiques (coll. Dr L. Mouchard et C. Bérard, LITIS) à partir des bases de données du Cancer Genome Atlas associées à des validations par PCR-quantitative sur des biopsies congelées de tumeurs permettront d’établir les niveaux d’expression en fonction des sous-types de gliomes selon la nouvelle classification moléculaire OMS (2016), ii) vérifier à partir de lignées de gliomes sur-exprimant ou déplétées de FlnA, son rôle dans les processus de dimérisation/oligomérisation des chimio-GPCR, l’interaction de ces récepteurs avec la FlnA par les méthodes de BRET et co-immunoprécipitation, ainsi que les mécanismes de couplage aux protéines G/internalisation par les techniques BRET et FRET-HTRF (Co-direction Dr L. Prézeau), et enfin iii) mettre en évidence que l’interaction FlnA-Chimio-GPCR joue un rôle majeur dans les mécanismes de progression tumorale agressive vers la transition et le phénotype mésenchymateux caractérisé par l’acquisition de capacités d’invasion/adhésion cellulaire (points focaux d’adhésion, paxilline-GFP; Intégrine), l’activation des facteurs transcription de type STAT-3 et C-EBP, et la résistance aux chimiothérapies in vitro. La caractérisation du rôle de la FlnA dans le contrôle des récepteurs chimiokines, dont la fonction émerge dans le domaine du cancer, permettrait d’envisager de nouvelles pistes thérapeutiques dirigées contre l’invasion et la récidive tumorale.

Despite improvements in therapy, the prognosis (median survival of 15 months) of patients with glioblastoma is mainly related to the invasiveness of glioma cells associated with the acquisition of a mesenchymal phenotype. The research project will consist in the study of the expression levels of a neurodevelopmental platform protein anchoring the actin network, Filamin A (FlnA), and its role on activation mechanisms of chemokine G protein-coupled receptors (chemo-GPCRs) including urotensin II (UT), SDF-1 (CXCR4) or sphingosine-1-phosphate (S1PR) receptors, during the development of malignant gliomas. The objectives of the thesis project are to i) characterize the re-expression of FlnA and its splice variants in human glioma cell lines as well as in glioma biopsies of different grades (Pr A. Laquerrière, Biobank, Rouen University Hospital), and to correlate with those of chemo-GPCRs. Bioinformatic analyzes (coll. Dr. L. Mouchard and C. Bérard, LITIS) from the Cancer Genome Atlas databases associated with quantitative-PCR validations from frozen tumor biopsies will establish different FlnA expression levels based on glioma molecular signature and/or subtypes in reference to the novel WHO molecular classification (2016), ii) evaluate from glioma cell lines FlnA-overexpressing or depleted, its role in dimerization/oligomerization of chemo-GPCR, the interaction of these receptors with the FlnA by BRET and co-immunoprecipitation methods and coupling mechanisms of G proteins/internalisation by BRET and HTRF-FRET (Co-supervisor, Dr. L. Prézeau), and iii) to highlight that FlnA-Chemo-GPCR interactions play a major role in aggressive tumor progression mechanisms involving mesenchymal phenotype transition characterized by the acquisition 4/10

of invasion/cell adhesion capacity (focal adhesion points, paxilline-GFP; Integrin), activation of STAT-3 and C-EBP transcription factor types, and resistance to chemotherapy in vitro. The characterization of the role of the FlnA in the control of chemokine receptors whose key function is emerging in the field of cancer, would allow reconsideration of therapeutic approaches directed against glioma invasion and recurrence.

Candidat : Les compétences du candidat portent sur les champs de la biologie moléculaire et cellulaire appliquée au domaine du cancer. Dans ce contexte, le candidat doit être formé à la biologie moléculaire (clonage), cellulaire (cultures, transfections, mesures de survie/prolifération, migration/adhésion), ainsi qu’aux techniques d’imagerie (microscopie confocale,

Candidate: The candidate should have competences in the fields of molecular and cell biology applied to cancer research. In this context, the candidate must be trained in molecular biology (cloning), in cell biology (culture, transfections, evaluation of cell survival/proliferation, migration/adhesion), as well as in imaging techniques (confocal microscopy, time-lapse

time-lapse vidéo microscopie. Le candidat doit être mobile pour développer ses compétences en signalisation moléculaire par les techniques BRET et FRET-HTRF à Montpellier sous la responsabilité du Dr L. Prézeau. Le candidat sera amené à appréhender/maîtriser la recherche dans les bases de données mutationnelles (Cosmic, http://cancer.sanger.ac.uk/cosmic) et de transcriptomique (TCGA, cancer genome atlas, http://cancergenome.nih.gov/) et utiliser les outils bio-informatiques de type « R », en collaboration.

video microscopy). The candidate must be mobile to develop specific skills in the field of molecular signalings by BRET and HTRF-FRET technologies at Montpellier under the supervision Dr. L. Prézeau. In addition, the candidate should understand research from mutational (Cosmic, http://cancer.sanger.ac.uk/cosmic) and transcriptional (TCGA, cancer genome atlas, http: // cancergenome. nih.gov/) databases and will have to use various type “R” bioinformatic tools; in collaboration.

Unité de recherche UINSERM 1096 - Nouvelles cibles pharmacologiques de la protection endothéliale et de l'insuffisance cardiaqueUniversité de Rouen

Sujet de thèse Stress du Réticulum Endoplasmique (SRE) et glucotoxicité: Impact de la déficience génétique en Protéine Tyrosine Phosphatase 1B dans le choc septique.

Tamion Fabiennefabienne.tamion@chu-rouen.fr

Tél. : 0235148368

Le sepsis, problème majeur de santé publique, représente la première cause de mortalité dans les services de réanimation. L'objectif des recherches actuelles portent sur l'identification de nouvelles cibles « carrefours », au centre de plusieurs voies affectées par l’inflammation. La protéine tyrosine phosphatase 1B (PTP1B) est apparue ces dernières années comme une de ces cibles. Nos travaux ont montré l'impact bénéfique de l'inhibition de la PTP1B dans l’insuffisance cardiaque via une modulation de la production de NO. Les résultats sur l'amélioration des dysfonctions cardiovasculaires sont tout aussi prometteurs dans un modèle de sepsis (Coquerel et coll. 2014). Chez les patients atteints de sepsis sévère, il existe des désordres métaboliques associés aux dysfonctions cardio-vasculaires. L'hyperglycémie et l'insulino-résistance sont corrélées au pronostic des patients. Outre les modifications de la voie de signalisation de l’insuline, il existe des mécanismes dits de glucotoxicité dépendant de l’hyperglycémie. Nos travaux récents ont permis de mettre en évidence le rôle bénéfique de la PTP1B dans les mécanismes d'insulino-résistance. Enfin plus récemment, la PTP1B a été impliquée dans la modulation du Stress du Réticulum Endoplasmique (SRE) observé dans le processus inflammatoire et le stress oxydatif, et des données préliminaires obtenues dans l’unité suggèrent qu’une telle régulation existe au niveau de l’endothélium. L’hypothèse de notre projet est le suivant : l'hyperglycémie via l'insulino-résistance au cours du sepsis sévère (injection de LPS ou « coecal ligation and puncture ») induit une dysfonction endothéliale impliquant le SRE. L’inhibition de la PTP1B en modulant le SRE serait une nouvelle cible thérapeutique pour limiter la dysfonction endothéliale induite par les désordres métaboliques et conduisant à une réduction de la réponse inflammatoire et de ses conséquences en termes de désordres métaboliques et de défaillances cardio-vasculaires.

Sepsis is a public health problem and is the major cause of mortality in intensive care units. Current research focuses on the identification of new targets, interacting with several inflammatory pathways. Protein tyrosine phosphatase 1B (PTP1B) has emerged in recent years as a potential attractive therapeutic target. Several experimental studies from our laboratory have shown the beneficial effect of the inhibition of PTP1B on cardiovascular dysfunction in heart failure models where PTP1B has been identified as a negative regulator of the production of NO by the modification phosphorylation of eNOS. The results on the improvement of cardiovascular dysfunctions are also observed in a sepsis model (Coquerel et al. 2014) In patients with severe sepsis, there are metabolic severe disorders associated with cardiovascular dysfunction. Hyperglycemia and insulin resistance are correlated with patient prognosis. Beside changes of the insulin signaling pathway and insulino-resistance, there are specific mechanisms of glucotoxicity dependent to hyperglycemia. We demonstrated the role of PTP1B in insulin resistance mechanisms in experimental sepsis model. Furthermore, more recently, PTP1B has been implicated in the modulation of the endoplasmic reticulum stress (ERS) observed in the inflammatory process and oxidative stress, and preliminary data obtained in our group suggest that such a regulation also exists in the endothelium. The hypothesis of our project is that hyperglycemia linked to insulin resistance during severe sepsis (experimental model of lipopolysaccharides or coecal ligation and puncture) induce endothelial dysfunction via ERS. The inhibition of PTP1B by modulating the ERS would be a novel therapeutic target to limit the endothelial dysfunction. Thus, PTP1B inhibition may be a new therapeutic target in the treatment of the inflammatory process, and their consequences in terms of metabolic disorders and cardiovascular failure

Candidat : Expérience théorique: le candidat devrait avoir des connaissances en physiologie intégrée, spécifiquement autour du système cardiovasculaire. Il devrait pouvoir maîtriser des notions sur la signalisation cellulaire, la physiopathologie du sepsis et la régulation métabolique.Expérience pratique   : le candidat devrait posséder des notions d’évaluation in vivo chez le petit animal (de préférence dans le domaine cardiovasculaire), ainsi que des connaissances des techniques d’histologie et de biologie moléculaire

Candidate: Theoretical knowledge: the candidate should have basic knowledge in integrated physiology, especially cardiac function and vascular cell biology. The candidate should also have good notions of cellular signaling, sepsis physiopathology and metabolic pathway.Practical skills: the candidate should be familiar with in vivo experiments in small animals (preferably in the cardiovascular field), as well as in histology, and molecular biology.

Unité de recherche Glyco-MEV – EA 4358Université de Rouen

Sujet de thèse Etude du rôle des ROS et du calcium dans la modification de la paroi au cours de la germination du grain de pollen et la croissance du tube pollinique chez Arabidopsis thaliana.

Jean Claude MOLLETjean-claude.mollet@univ-rouen.fr

Tél. : 02 35 14 66 89

La germination et la croissance du tube sont deux étapes clés de la reproduction chez les plantes aboutissant à la production de graines. Ces étapes nécessitent de profonds changements des propriétés mécaniques de la paroi du grain de pollen pendant la germination, puis une importante synthèse de composés pariétaux dont les pectines afin d’assurer la croissance du tube. Le remodelage et le contrôle de la plasticité de la paroi sont dépendants de systèmes enzymatiques (Pectines MéthylEstérases, polygalacturonases, pectate lyases) et d’ions comme le Ca2+. Depuis peu, on considère que les espèces actives de l’oxygène (ROS) et le NO pourraient aussi intervenir directement ou indirectement comme signal dans la germination du grain de pollen, la croissance polarisée du tube pollinique et dans la modulation des propriétés mécaniques de la paroi. Ce projet de thèse aura pour objectifs de préciser l’implication des ROS, NO, calcium et des enzymes de remodelage des pectines au cours de la germination du grain de pollen et de la croissance du tube pollinique chez la plante modèle Arabidopsis thaliana. Des approches multi-disciplinaires seront entreprises incluant (1) des analyses phénotypiques de grains de pollen en germination traités avec des bloqueurs de canaux (lanthane), inhibiteurs (DPI et L-NNA), piègeurs ou antagonistes (benzoate de sodium, salicylate de sodium et Carboxy-PTIO) et inducteurs (méthylviologène et sodium nitroprusside) de ROS, NO et Ca2+, (2) d’imagerie en utilisant des sondes spécifiques pour détecter les ROS (CM-H2DCF-DA et NBT) et le NO (DAF-FM-DA), le Ca2+ (lignée exprimant la protéine caméléon) et des anticorps dirigés contre les polymères de la paroi visualisables par microscopie confocale (PRIMACEN), (3) des approches transcriptomiques par qRT-PCR pour le suivi de l’expression des gènes codant pour des enzymes de remodelage de la paroi (collaboration BIOPI, Univ Amiens) et (4) biochimiques pour les analyses de la composition pariétale (GC-MS, FT-IR et MALDI-TOF MS) et le dosage des ROS et NO par résonance paramagnétique électronique (BOSS).

Pollen germination and pollen tube growth are two key steps during plant reproduction. These steps require major changes in the mechanical properties of the cell wall of the pollen grain during germination and an important synthesis of cell wall polymers to ensure the growth of the tube. The remodeling and the control of the plasticity of the cell wall are dependent of numerous enzymes (Pectines MethylEsterases, polygalacturonases, pectate lyases) and ions such as Ca2+. It is now considered that the reactive oxygen species (ROS) and NO can also play directly or indirectly a role in pollen grain germination signaling, the polarized growth of pollen tubes and in the modulation of the mechanical properties of the cell wall. This PhD proposal will aim to clarify the involvement of ROS, NO, calcium and pectin-modifying enzymes during pollen grain germination and pollen tube growth in the model plant Arabidopsis thaliana. Multi-disciplinary approaches will be used including (1) phenotypic analyses of germinating pollen grains treated with channel blockers (lanthanum), inhibitors (DPI and L-NNA), scavengers or antagonists (sodium benzoate, sodium salicylate and carboxy-PTIO) and inducers (methylviologen and sodium nitroprusside) de ROS, NO et Ca2+, (2) cell imaging using specific probes to detect ROS (CM-H2DCF-DA et NBT) and NO (DAF-FM-DA), calcium (line expressing the cameleon protein) and antibodies directed against cell wall polymer epitopes that can be followed by confocal microscopy (PRIMACEN), (3) transcriptomic approach by qRT-PCR to follow the expression of genes coding for cell wall remodeling enzymes (collaboration BIOPI, Univ Amiens) and (4) biochemistry for the cell wall composition (GC-MS, FT-IR and MALDI-TOF MS) and quantification of ROS and NO by electronic paramagnetic resonance (BOSS).

Candidat : Le(a) candidat(e) devra posséder les connaissances théoriques en Physiologie et Biochimie végétales et en particulier sur la paroi cellulaire végétale. La maîtrise des techniques d’imagerie cellulaire (immuno-localisation) par microscopie confocale, de biochimie (analyse de polymères pariétaux) et de biologie moléculaire est fortement souhaitée. Une expérience des méthodes culturales in vitro des tubes polliniques serait un atout non négligeable pour le(a) candidat(e). Finalement, le(a) candidat(e) devra avoir des qualités d’organisation, de synthèse, de rigueur et de communication. Un bon niveau en anglais est aussi souhaité.

Candidate: The candidate must possess the theoretical background in Plant Physiology and Biochemistry especially concerning the plant cell wall. Cell imaging (immuno-localization) by confocal microscopy, biochemistry (cell wall polymer analyses) and molecular biology are strongly recommended. An experience with the specific techniques of in vitro culture of pollen tubes would be an asset for the candidate. Finally, the applicant must have excellent organization, synthesis, thoroughness and communication skills. A good level in English is also required.

Unité de recherche Unité Aliments Bioprocédés Toxicologie Environnements (ABTE)Université de Rouen

Sujet de thèse Rôle de la mitochondrie dans les effets cardiovasculaires et respiratoires liés aux particules atmosphériques: Approche in vitro sur un modèle alveolo-capillaire en culture

MONTEIL Christellechristelle.monteil@univ-rouen.fr

Tél. : 02 35 14 84 75

La qualité de l’air est aujourd’hui devenue un enjeu majeur de santé publique et une préoccupation grandissante. Outre des effets cancérogènes, la pollution atmosphérique est responsable de diverses pathologies cardio-respiratoires. Les particules sont considérées comme étant majoritairement responsables des effets sanitaires, en particulier les particules ultrafines issues de combustion incomplète, mais les mécanismes d’action sont encore peu connus. Il est souvent admis que le stress oxydant cellulaire qui représente un mécanisme de toxicité souvent retrouvé, s’accompagne d’une production excessive d’espèces réactives de l’oxygène (EROs) pouvant cibler la mitochondrie, un organite clé dans la régulation de nombreux processus cellulaires et source majeure d’EROs. Cette hypothèse suggère que la mitochondrie représente une cible, qui, lorsqu’elle est altérée, contribue à l’installation d’un cercle vicieux majorant le stress oxydant. Toutefois, le rôle d’une dysfonction mitochondriale dans le développement de pathologies liées à la pollution de l’air est méconnu. Des travaux de notre laboratoire, montrent qu’une exposition à des polluants aériens entraine une surproduction d’EROs mitochondriales et des perturbations fonctionnelles, indépendamment d’un stress oxydant cellulaire. Ces modifications pourraient représenter un élément déclenchant dans le processus d’initiation d’un stress oxydant cellulaire ou, au contraire, être le reflet d’un phénomène d’adaptation. Dans ce contexte, l’objectif de ce travail sera de clarifier le rôle de la mitochondrie dans un contexte d’exposition à des particules atmosphériques en utilisant une approche originale in vitro, représentative d’une exposition par inhalation.Ce travail conduira à de nouvelles perspectives d’études mécanistiques dans la compréhension des effets sanitaires liés à la pollution de l'air.

The air quality is now a major public health issue and a growing concern. Besides carcinogenic effects, air pollution is responsible for various cardio-respiratory diseases. The particles are considered largely responsible for the health effects, especially the ultrafine particles from incomplete combustion, but the mechanisms are still poorly understood. It is often assumed that the cellular oxidative stress which represents a mechanism of toxicity is frequently accompanied by excessive production of reactive oxygen species (ROS) that can target the mitochondrion, a key organelle in the regulation of many cellular processes and a major source of ROS. This hypothesis suggests that the mitochondrion represents a target, which, when altered, contributes to the installation of a vicious circle increasing the oxidative stress. However, the role of mitochondrial dysfunction in the development of diseases related to air pollution is unknown. Work from our laboratory show that exposure to air pollutants leads to an overproduction of ROS and mitochondrial functional disturbances, independent of cellular oxidative stress. These changes could represent a triggering element in the initiation process of cellular oxidative stress or, conversely, be a reflection of a phenomenon of adaptation.In this context, the objective of this work will clarify the role of mitochondria in the context of exposure to airborne particles using a novel in vitro approach, representative of inhalation exposure.This work will allow a better understanding the role of mitochondria in the toxic effects of air particles and lead to novel perspective to the cardio-respiratory effects of air pollution.

Candidat : Ce sujet fait appel à des connaissances en biologie cellulaire, biologie moléculaire et biochimie. Le doctorant aura à sa disposition les équipements disponibles au laboratoire ou sur des plateformes et bénéficiera d’un encadrement de qualité dans les thèmes et techniques utilisées.

Candidate: This topic needs knowledge in cell biology, molecular biology and biochemistry. The PhD student will have access to the equipment available in the laboratory or on platforms and receive quality training in themes and techniques.

Unité de recherche ECODIV – EA1293Université de Rouen

Sujet de thèse Modélisation de la répartition des Odonates le long de la Trame Verte et Bleue en Normandie (France) : étude de la dispersion et du suivi des initiatives de gestion des zones humides

Michaël AUBERTmichael.aubert@univ-rouen.fr

Tél. : 02 32 76 94 47

Le concept de Trame Verte et Bleue (TVB) a été mis en place afin de maintenir la connectivité entre les populations dans des environnements de plus en plus sujets à l'anthropisation. Néanmoins, des connaissances préalables sur les espèces biologiques en présence, sur les habitats ayant un potentiel écologique suffisant et sur les connexions existantes ou possibles sont indispensables. Un modèle de la dynamique des populations d’odonates le long de cette TVB en Haute-Normandie est en cours d'élaboration suite au projet ROAD financé par l’Agence de l’Eau Seine-Normandie (AESN). De façon novatrice, il allie des données environnementales, génétiques, de dispersion et du paysage.Suite à la demande de l’AESN, le projet de thèse vise à répondre à 2 objectifs principaux. Le premier est d'améliorer le modèle déjà proposé. Pour cela, il sera transposé à une espèce d'Odonate ayant une capacité de dispersion plus importante et la variabilité génomique inter-individuelle qu'il peut exister face à des perturbations anthropiques sera intégrée. Pour cela, l'étude de l'effet de la qualité de l'environnement et du "stress" subis par les Odonates permettront d'affiner les modalités de la présence et de maintien des populations.Le deuxième objectif est de tester le modèle afin d'en faire un réel outil pour la gestion et le maintien de la TVB. Pour cela, dans le cadre de différentes actions proposées par le modèle pour la réhabilitation et la création de nouvelles mares, les processus de la colonisation par les Odonates seront évalués.D’un point de vue scientifique, ce travail sera novateur de part les méthodologies employées telles que la télémétrie et les techniques de génétique permettant de quantifier la réponse des individus à leur environnement via des marqueurs génomiques. D’un point de vue régional, il permettra d’éprouver et d’améliorer un outil de gestion de la TVB, et plus spécifiquement des zones humides, pouvant être diffusé et utilisé par des gestionnaires.

Greenways and blueways are wildlife corridors (ecological networks) implemented for nature protection and biodiversity management in an increasing anthropogenic pressure context. Such a conservation planning requires knowledge in species biology, characterizing suitable habitats that can receive individuals, and estimating the connectivity function of the landscape between habitats. A previous study financed by the Seine-Normandy Water Agency (AESN) is developing an ecological network to model connectivity for odonate species inhabiting ponds from dispersal, gene flow, habitat, and landscape data at the Upper-Normandy scale. In order to validate this model for the management of freshwater ecosystems, and as the recommended by the AESN, we propose this PhD thesis project that has two main objectives. The first objective is to improve the already proposed model. To do this, it will be transposed to another odonate species with greater dispersal ability. Moreover inter-individual genomic variability due to human disturbances will be considered. To do this, stress tolerance of organisms living in different landscape contexts will be studied to determine the processes that affect presence and maintaining of populations. The second objective is to test the proposed model to make it a real tool for the management and maintenance of the TVB. To do this, processes of colonization by odonates after rehabilitation and creation of new ponds will be evaluated.From a scientific point of view, this work will use innovative methods such as telemetry and genetic techniques (genomic markers) to quantify the response of individuals to their environment. From a regional perspective, it will help to improve the TVB management and more specifically wetlands, and it can be used by managers.

Candidat : Issu(e) d’une formation en écologie, le ou la candidat(e) devra avoir une formation de base en écologie et des connaissances solides en génétique. Il/elle devra maîtriser des outils statistiques sous R (i.e., analyses univariées et multivariées), des outils d'analyses génétiques des flux de gènes, une excellente capacité rédactionnelle et orale en Anglais. Des compétences de base en modélisation et sur l’utilisation de l’outil SIG seront un avantage supplémentaire. Une aptitude au travail de terrain et une capacité d'autonomie seront également nécessaires pour réaliser la thèse proposée. Il/elle devra être titulaire du permis B.

Candidate: Qualified candidate should possess a MSc degree in Ecology and an experience with molecular biological techniques, preferably also with population genetic analyses. He/she should have skills in statistical analyses using R (i.e., univariate and multivariate data analyses). He/she should have excellent written and oral communication skills and should be fluent in English. Knowledge in ecological modelling and GIS is advantageous. The successful candidate will be expected to conduct independently field work as well as working in the laboratory. A full driving licence is essential.