Unix : introduction et méthodes

DU-Bii 2020

Hélène Chiapello, Pierre Poulain

https://du-bii.github.io/module-1-Environnement-Unix/

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L’équipe

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Hélène Chiapello Benoist Laurent Jacques van Helden

Julien Seiler Hubert Santuz Pierre PoulainSandra Dérozier

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Le planning

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Jour Horaire Description

2 mars 14h30 - 17h30

Unix 1 : Premiers pasPierre Poulain, Hélène Chiapello, Benoist Laurent, Hubert SantuzManipuler des fichiers et des répertoiresManipuler les données d’un fichier. Éditeur de texte. Bonnes pratiques en bioinfo.

3 mars 14h30 - 17h30Unix 2 : Gestion de flux et extraction de donnéesHélène Chiapello, Benoist Laurent, Sandra Dérozier, Pierre PoulainEnchainement de commandes, compression et archivage

5 mars 9h00 - 12h00

Unix 3 : Utilisation des ressources de calcul IFBJulien Seiler, Pierre Poulain, Hélène Chiapello, Benoist Laurent, Jacques van HeldenPrésentation et utilisation du cluster IFB. Utilisation de SLURM. Transfert de données (ssh et scp)

10 mars 9h30 - 12h30Unix 4 : AutomatisationBenoist Laurent, Hélène Chiapello, Pierre PoulainNotion de variable, programmation Bash, calcul distribué

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Gestion des données et des logiciels

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Gestion des données

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Source : PhD Comics

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Gestion des données : git / GitHub

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- Garder une mémoire des modifications de fichiers

- Travailler collaborativement- Partager des fichiers

- Git est un logiciel- GitHub est un site internet

(une plateforme d’échange)

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Gestion des données : git / GitHub

7Sandve, PLOS Comput Biol, 2013DOI 10.1371/journal.pcbi.1003285

J. Perkel, Nature Index, 2018

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Gestion des données : git / GitHub

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https://www.youtube.com/watch?v=hPfgekYUKgkLa capsule, 2017

Débuter avec Git et Github en 30 min D’autres ressources :- https://cupnet.net/git-github/- https://swcarpentry.github.io/git-novice/

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Gestion des logiciels

9Torsten Seemann, SlideShare, 2018

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Gestion des logiciels : (bio)conda !

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Gestion des logiciels : conda

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Unix !

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Le shell

Une interface de commandes

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Une interface de commandes

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Une interface de commandes

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À vous ! Prise de contact avec les machines de l'université :

1. Obtenez votre login et votre mot de passe.2. Ouvrez votre session.3. Lancez un shell via l'application terminal.4. Changez votre mot de passe avec la commande yppasswd (avec 2 p et 2 s).5. Fermez votre session puis reconnectez-vous.6. Lancez un navigateur internet et ouvrez la page https://huit.re/dubii-m1

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Une interface de commandesActivités préparatoires sur DataCamp

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Activité WooClap

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Tutoriels

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