URFIST Rennes, Mars 20091 Maîtrise de linformation scientifique : « Les outils de gestion bibliographique » Ecoles Doctorales Rennes 2 / Rennes 1 Introduction

URFIST Rennes, Mars 2009 1

Maîtrise de l’information scientifique : « Les outils de gestion bibliographique »

Ecoles Doctorales Rennes 2 / Rennes 1

Introduction à l’utilisation des logiciels de bibliographie

personnelleMarie-Laure Malingre, URFIST de Rennes

5 mars 2009


Introduction / Outils de gestion bibliographique

Plan

1 - Contexte d’utilisation 2 - Définition et applications 3 - Panorama général 4 – Présentation de quelques outils

et méthodologie


Outils de gestion bibliographique 1 - Contexte

A la base de toute recherche : Le travail de citation

Confrontation aux énoncés et travaux précédents, concernant le même sujet de recherche ou des sujets connexes crédibilité scientifique

Réseau de citations intégrées dans la publication citations dans le texte notes de bas de page bibliographie



Les principales étapes Recherche documentaire et exploration

de la littérature scientifique sur le sujet de recherche Bases de données Recherche dans le web

Récupération et stockage de références bibliographiques Constitution d’un corpus de références Identification et description précises des

documents référencés



Les principales étapes (suite) : Exploitation des références

Citations dans le texte de la thèse et notes de bas de page

Élaboration de la bibliographie Réutilisation des références pour d’autres travaux

: communications à des congrès, articles de revues spécialisées …

Mise en forme des références En conformité avec des normes d’écriture et de

présentation


Outils de gestion bibliographique

1 - Contexte Les normes :

Normes ISO / AFNOR Norme ISO 690 (Norme AFNOR NF Z 44-005 de 1987

pour les publications imprimées, livres et publications en série, leurs parties composantes et les brevets)

Norme 690-2 (Norme AFNOR Z 44-005-2) de 1998, pour les documents électroniques

Protocoles spécifiques Style Harvard en Sciences exactes Recommandations de Vancouver en Médecine / Pharmacie Protocole APA (American Psychological Association) Protocole MLA (Modern Language Association of America)

Pratiques mises en œuvre par les universitaires et les étudiants dans leurs travaux

Usages mis en place par les éditeurs de livres et de revues



2 – Définition et applications

Qu’est-ce qu’un logiciel de gestion de références bibliographiques (LGR) ? Un outil spécialisé qui permet principalement :

de stocker des références issues d'une recherche documentaire (par saisie manuelle ou import automatisé)

d'organiser et de gérer ces références dans une base de données

de formater les références selon un style donné

de générer automatiquement dans une publication scientifique les citations et la bibliographie ainsi formatées.




Typologies des LGR :

Libres ou propriétaires Gratuits ou commerciaux En ligne ou à installer en local Outils individuels ou de partage Outils à forte intégration web ou outils à

orientation plus bibliographique Outils professionnels ou plus basiques


Outils de gestion bibliographique 2 – Définition et applications

Atouts des LGR Pour le stockage et la gestion des

références : facilités d’exploitation de gros corpus de références par

la structuration en base de données

Pour la publication : récupération des références lors de l’écriture d’un texte formatage automatique des références selon les normes

d’écriture en vigueur saisie unique des données et choix d’un format d’édition

Pour le suivi de la recherche documentaire : liens entre la recherche documentaire et la base

personnelle




Eléments constitutifs d’un logiciel bibliographique :

« Grilles de saisie » regroupant dans des zones

différenciées = champs, les éléments nécessaires à la description des documents cités description bibliographique mots clés sujet éventuellement notes de

lecture Exemple d’une grille JabRef




Eléments constitutifs d’un logiciel bibliographique (suite) :

Modules de récupération de références depuis des bases de données

Filtres Fichiers de connexion

Exemple des filtres Refworks





Gestion interne de la base Recherche dans la

base Tri des références Modification des

références …

Exemple de recherche EndNote





Modèles d’édition des références conformes aux normes de publication

Styles

Exemple des styles Zotero





Éléments complémentaires Gestion d’objets (images, graphiques, tableaux) Passerelles vers les traitements de texte Outils de partage des référence Aides à la saisie Lien vers le texte intégral Possibilités d’annotation, de notes de lecture Fonctionnalités d’export de la base de

références …



3 – Panorama des outils

Un grand nombre de produits

Développement permanent de nouveaux logiciels

Evolution et multiplication des fonctions Interfaçage avec les traitements de texte Orientation web …

Des outils multi-plateformes ou non




Quelques logiciels professionnels (commerciaux) connus et utilisés : EndNote EndNote Web (en ligne) ProCite Reference Manager

RefWorks

édités par Thomson ResearchSoft (ISI) de Thomson Corporation + WriteNotehttp://thomsonisiresearchsoft.com/

Logiciel en lignehttp://www.refworks.com




Il existe un grand nombre d’autres logiciels bibliographiques

Voir par exemple la liste proposée par Jean-Pierre Lardy (URFIST de Lyon, http://urfist.univ-lyon1.fr/ > Rubrique Ressources pédagogiques): Les logiciels personnels de gestion documen

taire

Quelques exemples de logiciels gratuits à télécharger ou à utiliser en ligne Voir diapo suivante


Outils de gestion bibliographique 3 – Panorama des outils

Outils gratuits (références et / ou signets web)

En ligne ConnoteaCiteUlikeBibsonomyWizFolio (version de base)HotReferenceBibMeWikindx (serveur local)

En local ZoteroJabRefBibus

Quelques logiciels de bibliographie personnelle


Outils de gestion bibliographique 3 – Panorama des outils

Critères de comparaison et de choix proposés par Sandrine Royer-Devaux de l’Institut Pasteur : Formats de références disponibles (et possibilité

d’en créer de nouveaux) Possibilité de générer une liste de références à

partir d’un traitement de texte Formats d’éditions fournis (et possibilité d’en

créer de nouveaux) Possibilité d’importer depuis différentes sources

bibliographiques Capacité de la base Outils de recherche et de tri dans les

bibliothèques de références Options



3 – Panorama des outils Evaluations comparatives

« Comparison of reference management software » sur Wikipedia

http://en.wikipedia.org/wiki/Comparison_of_reference_management_software

L’évaluation comparative de Francesco Dell’Orso : http://www.burioni.it/forum/ors-bfs/index.html

La page de ressources de Fourmi (URFIST de Paris) sur les logiciels de gestion de références bibliographiques http://www.ext.upmc.fr/urfist/fourmi/fourmibiblio.htm



4 - Présentation de quelques outils /méthodologie

Quelques outils : CiteUlike Connotea WizFolio Web 2.0

Zotero EndNote




CiteUlike



4 - Présentation de quelques outils / méthodologie

CiteUlike http://www.citeulike.org/

créé en 2004 + développements ultérieurs Gestion de références en ligne gratuite (sur inscription) Sauvegarde, recherche, et partage de références d’articles / STM Fils RSS pour mettre en place une veille sur un thème ou un tag Accès possible aux 13 480 revues auxquelles CiteUlike est abonné

Voir : Bibliographie collaborative avec Wikindx et CiteUlike, par Carole Giansily

http://pistlr.lirmm.fr/IMG/pdf/Giansily-Wikindx-CiteUlike-23-11-07.pdf



4 - Présentation de quelques outils / méthodologie

Intégration des références dans CiteUlike 3 modes d’intégration des références :

Intégration automatisée par la bookmarklet à intégrer dans le navigateur

Intégration automatisée à partir d’une liste de sommaires dans CiteUlike

Intégration manuelle Sources diverses :

Sites d’éditeurs commerciaux (ex: Elsevier, Springer) Agrégateurs (ex: Ingenta, JSTOR) Archives ouvertes (ex: ArXiv) Librairies (ex: Amazon)

Edition des références dans diverses normes :

Harvard, Nature, Elsevier…




Connotea




Connotea http://www.connotea.org/

Lancé en 2004 par la revue Nature (Nature Publishing Group)

Service en ligne gratuit Création, gestion, partage de sa bibliographie de

références en ligne gratuit / accès à l’ensemble des références partagées dans Connotea

Partage de signets dans le monde académique Annotation / Tags Extraction automatique de références bibliographiques Abonnement RSS aux listes des autres utilisateurs ou

tags spécifiques Export des références




Import automatique de références possible depuis :

Nature.com PubMed PubMed Central Science PloS BioMed Central Supported EPrints repositories Supported Highwire Press

publications Blackwell Synergy

Import par filtres d’import

Wiley Interscience Scitation arXiv.org Smithsonian/NASA

Astrophysics Data System

Amazon HubMed D-Lib Magazine + autres sources

compatibles…




WizFolio Web 2.0




WizFolio Web 2.0 https://home.wizfolio.com/

Outil de gestion de références en ligne Version de base gratuite = 100 mb ou 200 références Toutes les fonctionnalités propres à un logiciel de gestion

de références bibliographiques Récupération de références à la volée (référence par

référence) Localisation du texte intégral (PDF) Intégration avec Word / Windows 68 styles bibliographiques Partage des références Intégration des références d’une biliographie depuis le

traitement de texte (exportable ensuite au format RIS)




Zotero




Zotero

Depuis octobre 2006 Andrew W. Mellon Foundation Center for

History and New Media George Mason University

Extension du navigateur Firefox (à partir de la version 2.0)

Logiciel libre et gratuit, à télecharger à partir du site http://www.zotero.org

Projet de serveur Zotero (outil en ligne)




Principales fonctionnalités de Zotero Récupération de données et constitution

de la base personnelle Références multiples / Référence par référence Intégration dans les « collections » de la

bibliothèque personnelle Liste de sites compatibles (ScienceDirect, SUDOC,

Google Scholar, PubMed …) > voir sur la page http://www.zotero.org/index.php/translators

Capture de documents web (avec métadonnées) et lien au fichier web




Saisie manuelle de références

Gestion de la base personnelle Modification de références Recherche dans la base Tri des notices Ajout de notes de lecture Ajout de tags (marqueurs) Export de la bibliothèque de références Lien de deux notices

Création d’une bibliographie À partir d’une collection donnée Formatage dans une style donné (16 styles + page

Repository pour les styles : http://www.zotero.org/styles )




Passerelle avec les traitements de texte Avec Word et Open Office Choix d’un style Insertion de citations Création d’une bibliographie

L’interface de Zotero : en 3 panneaux La bibliothèque et ses collections La liste des références d’une collection donnée Le détail de la référence sélectionnée + la barre d’action et le panneau des marqueurs




présence d’une image

référence

Pour voir une référence dans un style donné

Nombre de références affichées sur nombre total

Groupes de références

EndNote




EndNote

Outil commercial, professionnel Outil en local (+ un module Web lié au Web of

Science) Édité par Thomson ResearchSoft (ISI) Site http://www.endnote.com Fournisseur français : Ritme,

http://www.ritme.com




Principales fonctionnalités d’EndNote Recherche documentaire et constitution

de la base : Connexion directe à des bases de données distantes Intégration automatique de références sous

EndNote à partir des interfaces de recherche de bases de données

Import des fichiers de résultats issus de bases de données via des filtres d’import

Récupération de bibliographies rédigées avec un traitement de texte

Récupération de bases élaborées sous d’autres logiciels bibliographiques




L’organisation et l’exploitation de la documentation personnelle : Gestion des fichiers de références bibliographiques

organisés au sein de bases de données, permettant : La saisie manuelle de références (aides à la saisie)

et l’intégration d’objets (tableaux, graphiques); l’import de références

Le lien au texte intégral La modification et la mise à jour des références La recherche dans les références Le formatage bibliographique des références L’export des données sous d’autres formats




La rédaction et la publication scientifiques : Interface directe avec le traitement de texte

Word permettant : de créer des citations dans le texte en cours de

rédaction de générer une bibliographie, soit à la suite de

l’article rédigé, soit indépendamment de tout texte (possibilité aussi de générer la liste des tableaux, etc.)

de choisir un format d’édition déterminé = style (correspondant aux normes de présentation bibliographique des revues scientifiques)




Rappel de la démarche et des étapes 1/ Créer et alimenter une base de références

par saisie manuelle (aidée le cas échéant par des listes de termes)

par import de références à partir de banques de données

Export automatique et direct des résultats de recherche depuis la base de donnée (bouton « Export citations » ou analogues)

recherche dans une banque de données, sauvegarde des résultats et utilisation de filtres d’import

connexion directe depuis le logiciel bibliographique à une base distante et rapatriement des références




2/ Editer des références formatées en utilisant des styles spécifiques respectant les

normes et conventions d’écritures exigées Format de la référence bibliographique Format de la citation dans le texte Format de la note de bas de page

Application Intégrer, depuis la base de références, des

citations et générer la bibliographie dans un traitement de texte (Word, OpenOffice …)

Générer une bibliographie indépendante

Documents

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