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Plateforme Biopuces de la Génopole Plateforme Biopuces de la Génopole Toulouse Midi-PyrénéesToulouse Midi-Pyrénées
Structure de service et de Structure de service et de développement développement
INSA - 135, Avenue de Rangueil – 31077 Toulouse
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PLAN
Plateforme BiopucesCréée 01/09/99, opérationnelle 2000Créée 01/09/99, opérationnelle 2000
Service
Expertises et conseils
Production
Analyses
DéveloppementPuces à Protéines et à sucres
Biomathématique
Chimie de greffage
Nanobiotechnologie
2 missionsPLAN
En procédure de démarche qualité
Iso9001vs2000
(pour accreditation Juillet 2008)
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Les acteurs du service
Dr. Serguei Sokol, IR-INRA;
Biostat/Biomath
Céline Declercq, IE, CDI SAIC
Webmaster, communication, suivi Qualité-traçabilité.
Véronique le Berre, CR1-CNRS: responsable technique
Lidwine Trouilh, IE, CDI-SAIC,
service Biopuces
Pr. Jean Marie François, Directeur
Delphine Labourdette, I.E.; CDI-SAIC;
oligos design,Adm System, Analyse
d’images
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supports
- Agilent 2100 Bioanalyzer pour le Control/Qualité RNA- Nanodrop pour le contrôle des marquages des cDNA ou cRNA
Hybridization: Discovery/Ventana, agilent, cassettes Telechem
Scanners :Axon GenePix 4000A et 4000B,
Innocan 700, Phosphoimager
Commercial Software : XDotsReader Cose, GenePix Pro Axon, Mapix, ImageMasterArray Amersham
Bioinformatic software : Bioplot in house, Bioclust in house, GeneSpring, SiliconGenetics
Quantifier les acides nucléiques Fluoroskan
spotters: ChipWriter Pro/BioradQarray mini / Genetix
Equipements disponibles
PLAN
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Bilan - depuis 2000
PLAN
Répartition thématique
40%
25%
27%
8%
Microbiologie santé animale
santé humaine Agrobiosciences
Repartition public/privé
80%
20%
Public
Privé
Repartition géographique
45%
22%
33%
Regionale nationale internationale• Site web:
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Projets: Projets: démarche et suivi des expériencesdémarche et suivi des expériences
PLANDemande du client
Réponse du client
Expertise – Plan expérimental et cahier des
charges
Fiche RecueilBesoin Client
Devis Fiche Projet
Facturation
Fiche‘Projet’ signée
avec Laboratoire
Public et privé
Processus Réalisation selon le cahier des charges
Rapport (données d’expression brutes)
Contratlaboratoire
Privé(Juriste Saic)
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Spotting
Marquage
Hybridation
Scan
Image analysis
Contrôle ARNFournis par le client
Eta
pes
réal
isée
s pa
r la
pla
tefo
rme
Analyse statistique: logiciel Bioplot – Bioclust ou autre
Bio
logi
stes
Dépôt avec le spotteur Q-array mini/Genetix ou microarrays prêtes pour l’utilisation .
Bioanalyzer/Agilent (microfluidic Lab-on-a-Chip technologie) 28S/18S ratio >1.7
Les ARN sont reverse transcrits avec le kit pronto/promega direct labelling kit et marqués en cy3 et cy5 ou autre technique appropriée au type de lame. Vérification de l’incorporation des dye avec le Nanodrop
machine automatique Discovery/Ventana ou four agilent ou encore hybridation manuelle en chambre corning
Scan: Scanner Gene Pix 4000A or 4000B – Innoscan 700. Génèrent des fichiers .tif
Gene Pix Pro 6.01 - Mapix - Feature extraction
InterprétationsBiologiques
Procédure expérimentale et contrôle qualité
Plateforme BiopucesPlateforme Biopuces Genopole Toulouse Midi-pyrénéesGenopole Toulouse Midi-pyrénées
du Génome à la Fonction
Laboratoire d'Analyses et d'Architecture des Sytèmes
(LAAS-CNRS)
Développement d'un robot spotteur
Développement bioinformatique
Bioplot, Bioclust,
Base de données
(LAAS-CNRS)
Développement Biosenseurs
Support au choix
Dendrislide
Laboratoire de Chimie de Coordination (LCC-CNRS)
Development de la chimie de surface
Nouvelles acquisitions
PLAN
Innoscan 700 3m Innoscan 900 1m
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Agilent
Lame Agilent
Chambre
d’hybridationfour
Feature extraction
Gaskets slide (joints)
PLAN
Acquisitions Futures
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Combimatrix:Combimatrix: Puces dédiées
SynthétiseurJusqu’à 50 mers (idéal 35 mers)
Formats disponibles:4x2K (4 arrays, 2240 probes/arrays)
12K 1 array, 12000 probes
90K 1 array, 90000 probes
Chambre d’hybridation
Lecteur Détection électrochimique
Expression Variability
Affymetrix
DNA RNA
1.28cm
1.28cm
Sequence Variability
ContactContact
Infos sur le site:
http://biopuce.insa-toulouse.fr
Contact:
Celine Declercq:
celine.declercq@ insa-toulouse.frtel 05 61 55 96 87
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