Division de l’information scientifique
Lydie Echernier, Floriane Muller Mai 2020
PUBLIER SES DONNÉES DERECHERCHE AVEC
PLAN
1. Pourquoi diffuser ses données de recherche ?
2. Où partager ses données ?
3. Quelles sont les exigences des financeurs ?
4. Déposer ses données dans Yareta
5. Signaler ses données
6. L'essentiel en bref
2
1. POURQUOI DIFFUSER SES DONNÉES ?3
Hole, Brian. The Journal of Open Archaeology Data and PRIME: Incentivising Open Data Archiving [Internet]. 18 Jan 2013 [cited 28 Nov 2016]. Available: http://www.slideshare.net/brianhole/the-journal-of-open-archaeology-data-and-prime-incentivising-open-data-archiving
EXIGENCES DE PARTAGE DE DONNÉES
Funders
Institution
Journals
EXEMPLE: EXIGENCES DU FNS5
Aussi appelés:Data repository
EXEMPLES DE JEUX DE DONNÉES
Moser, D. A.; Suardi, F.; Rossignol, A. S.; Vital, M.; Manini, A.; Serpa, S. R.; Schechter, D. S. Parental Reflective Functioningcorrelates to brain activation in response to video-stimuli of mother–child dyads: Links to maternal trauma history and PTSD. Psychiatry Research: Neuroimaging Volume 293, 2019, 110985. DOI: 10.1016/j.pscychresns.2019.09.005
Sy, B.; Frischknecht, C.; Dao, H.; Consuegra, D.; Giuliani, G. Reconstituting past flood events: the contribution of citizenscience. Hydrology and Earth System Sciences 24, 2020, pp. 61-74. DOI: 10.5194/hess-24-61-2020
6
1 2
2. OÙ PARTAGER SES DONNÉES ?7
générique / multi-disciplinaire(ex. Zenodo) disciplinaire (ex. GenBank) institutionnel
service (suppl. files)proposé par une revue
serveur d’un projet ougroupe, site personnel
CC-CY By Nithinan Tatah, TH
REPOSITORY
TROUVER UN REPOSITORY8
Répertoire de data repositories, cherchables par• Nom• Sujet• Type de données• Pays• et de nombreux autres critères
A VOUS DE JOUER !
Dans re3data, cherchez un repository dont vous avez entenduparler ou dans votre discipline.
À vous de jouer !
3. QUELLES SONT LES EXIGENCES DESFINANCEURS ?
La plupart des organes de financement ont désormais des exigences quant à la gestion des données de recherche et leur partage.
Par exemple,
10
Principes FAIRRepository géré par un organisme à but non-lucratif, pour financement complémentaire
Principes FAIR
DONNÉES FAIR
identifiant pérenne métadonnées
enrichies cherchables et
trouvables en ligne
récupérables en lignepar des protocols standardisés
restrictions si nécessaire
dans un repository qui stocke les données de manière sécurisée
formats et standards communs
vocabulaires contrôlés
afin qu'elles puissent être intégrées avec d'autres données, applications et processus
documentées(pex. avec un fichierREADME)
licence et information de provenance claires
afin qu'elles soientinterprétées correctement
Image by Patrick HochstenbachCC0: https://book.fosteropenscience.eu/
TROUVER UN REPOSITORY FAIR
Au moins une icônebleue est présente
Présence d'une icône cadenas orange
L'icône standardsest un plus
Présence d'une icônelicence
NON-PROFIT
Le FNS permet de demander au maximum 10’000.- CHF en plus pour :
- Préparation et validation des données
- Chargement (upload) des données sur un repository FAIR non-commercial
Créé dans le cadre du projet
Repository pour les chercheurs genevois
Serveurs (original et copie) en Suisse
Répond aux principes FAIR
Gratuit jusqu'à 50 Go puis CHF 100.-/To/an
https://yareta.unige.ch
4.DÉPOSER DANS
How to get a preservation space to archive your data?
Prepare your requestAccording to your needs, the preservation space maycorrespond to your project, your laboratory or yourresearch team. You will be asked the followinginformation: A meaningful name for your preservation space The person in charge of managing the space The duration data will be retained (in years) The volume of data to preserve (Gb, Tb or Pb)
2 |
Ask for a preservation spaceAs a UNIGE researcher through Support-SIAs a researcher from other Higher EducationInstitutions in Geneva (e.g. University of AppliedSciences, the Graduate Institute) through a requestformGo to catalogue-si.unige.ch/yareta
3 |RegisterConnect a first time to the Yareta Portal atyareta.unige.ch to automatically register your namethrough your institutional account
1 |
Get startedOnce you get the confirmation email for theattribution of your preservation space, connect toYareta and attribute roles to your team
4 |
1|Enregistrez-vous une 1ère
fois
2 | Préparez votre
demande d’espace
3 | Demandez votre
espace de préservation
4 | Donnez accès à votre
équipe
1|Enregistrez-vous une 1ère
fois
2 | Préparez votre
demande d’espace
3 | Demandez votre
espace de préservation
4 | Donnez accès à votre
équipe
À vous de jouer !16
Attention: ce qui entre dans Yareta est préservé pour plusieurs années !
Serveur de test, pour les formations:https://e-research-test.unige.ch/(pour aujourd’hui)
Serveur: https://yareta.unige.ch/
DISPOSER D’UN ESPACE DANS17
Espace de préservation:• Permet d’archiver/de diffuser les données d’un projet, département,
laboratoire ou groupe de recherche, équipe, etc… • Pas de directive institutionnelle stricte sur la création des espaces• Dans Yareta, ils sont ensuite appelés «unités organisationnelles»
1|Enregistrez-vous une 1ère
fois
2 | Préparez votre
demande d’espace
3 | Demandez votre
espace de préservation
4 | Donnez accès à votre
équipe
Vous seront demandés: Un nom significatif pour l’espace La personne en charge de la gestion de l’espace La durée de conservation (en années) Le volume des données à preserver (Gb, Tb or Pb)
DEMANDER UN ESPACE DANS18
https://catalogue-si.unige.ch/yareta
1|Enregistrez-vous une 1ère
fois
2 | Préparez votre
demande d’espace
3 | Demandez votre
espace de préservation
4 | Donnez accès à votre
équipe
DONNER ACCÈS À SON ESPACE19
Le nom de votre espace
1|Enregistrez-vous une 1ère
fois
2 | Préparez votre
demande d’espace
3 | Demandez votre
espace de préservation
4 | Donnez accès à votre
équipe
GÉRER LES ACCÈS À SON ESPACE20
Hugues Cazeaux. From storage to preservation of research data: the Yareta Data Repository, UNIGE, 19 nov. 2019. https://rdm-forum.unige.ch/t/yareta-at-the-department-of-quantum-matter-physics/139
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1. Se connecter sur Yareta version de test: https://e-research-test.unige.ch
2. Choisir le menu «Dépôts» et créer un nouveau dépôt
3. Lister toutes vos questions / interrogations dans le chat
À vous de jouer !
CRÉER UN DÉPÔT22
CRÉER UN DÉPÔT23
Données sous licence/contrat ?
Présence de données personnelles ou sensibles ?
Usage commercial potentiel ?
Réutilisation libre possible ?
Publier vos données avec une licence CC0 ou CC-BY
non
non
non
oui
ouiRespect du contrat/licenceContacter Unitec
ouiVérifier l’anonymisationContacter la Biblio
ouiContacterUnitec
nonContacterBibliothèque
Voir aussi : https://creativecommons.org/choose/
QUELLE LICENCE CHOISIR ?
NIVEAU D’ACCÈS AUX DONNÉES DÉPOSÉES
Pour assurer de la flexibilité, différents niveaux d’accès sont possibles dans Yareta
1. Public > libre accès à tous2. Accès restreint > accessible aux
membres de l’équipe (i.e. unité organisationnelle)
3. Fermé > un nombre de personnes restreint de l’équipe
• Attribuer un embargo permet de repousser l’ouverture des données à une date future
Public
Restreint
Fermé
Traduit et adapté de : Caroline Wilhem. From storage to preservation of research data: the Yareta Data Repository, UNIGE, 19 nov. 2019. https://rdm-forum.unige.ch/t/yareta-at-the-department-of-quantum-matter-physics/139
AJOUTER DES FICHIERS27
AJOUTER DES FICHIERS28
AJOUTER DES FICHIERS29
AJOUTER DES FICHIERS30
AJOUTER DES MÉTADONNÉES31
CRÉER UNE COLLECTION32
TYPES DE DONNÉES DE RECHERCHE
observationnelles
expérimentales
simulées /modélisées
dérivées /compilées
de références
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AUTOMATIC ASSESSMENT OF FILE FORMATA. THE DATA LEVEL COMPLIANCE
☆☆☆
No assessment
★★☆ ★★★
• File size
• Media type (MIME type)
• Format file (PUID)
• Golden Format
★☆☆
PUID = PRONOM Unique Identifiers(The National Archive, UK)https://www.nationalarchives.gov.uk/PRONOM
Golden Format = recommended format for long term preservation(Library of Congress, USA) https://www.loc.gov/preservation/resources/rfs/
Hugues Cazeaux. From storage to preservation of research data: the Yareta Data Repository, UNIGE, 19 nov. 2019. https://rdm-forum.unige.ch/t/yareta-at-the-department-of-quantum-matter-physics/139
._.DS_Store (120.0 B) 03.03.2020 Excluded file ★★☆
._Graphics alias (120.0 B) 03.03.2020 Excluded file ★★☆
virus.txt 03.03.2020 In error ↺ -
data.zzz 03.03.2020 Ignored file ✓ ★★☆
Graphics.pdf (578.4 KB) 03.03.2020 Ready ★★★
▽ Filename Upload date ▼
✚ Add primary data ✚ Add secondary data ✚ Upload zip file
You can use the filter to retrieve files by their status
File filtering automatically excludes aliases and file types that are normally hidden by your operating system
Some file types require your ✓confirmation
Files in error prevent validation of your deposit, check their ⓘ file infoand history, and ↺ resume the file treatment if necessary
AUTOMATIC ASSESSMENT OF FILE FORMATB. FILE FILTERING
STEP 1
STEP 2
STEP 3
STEP 4
STEP 5
Share your data (optional)
Search for your data
(DOI)
Upload your data
for preservation
Grant access to your team
members
Get your preservation
space
RESEARCHER JOURNEY
5. SIGNALER SES DONNÉES
Les repositories FAIR attribuent un DOI au jeu de données permettant de
• faire un lien depuis un article
• le citer dans une bibliographie ou autre
• l'indiquer dans l'Archive ouverte UNIGE
Fonctionnalité «Reserve a DOI» dans Yareta: permet de connaître le DOI même si le dépôt n’est pas encore finalisé
37
DANS UN ARTICLE
https://doi.org/10.26037/yareta:fp326563trgt3gp3l3ofsyfiem
38
6. L'ESSENTIEL EN BREF
Utilisez le repository utilisé par votre communauté de chercheurs
S'il n'y en a pas, choisissez une solution institutionnelle
Préparez vos données afin de permettre leur réutilisation : métadonnées, licence, formats non-propriétaires, etc.
Utilisez un identifiant unique (DOI) pour citer vos données
Voir ou revoir une démo: https://mediaserver.unige.ch/play/122118
40
WWW.UNIGE.CH/RESEARCHDATA41
Soutien Informatique Yareta
• Soutien technique Yareta et créationd’accès > support-si.unige.ch
• Intrégration avec vos systèmes de laboratoire
• Contact our IT team >[email protected]
• DLCM integration guide >https://yareta.unige.ch/docs/DLCM-IntegrationGuide.html
Soutien Données de recherche
• Formations et aide > www.unige.ch/rd• DMP • Organisation des fichiers, nommages, formats• Exigences des financeurs• Préparer vos données pour l’archivage• Aspects à prendre de compte (éthiques,
juridiques,…)• Dissémination et partage des données
• Contact [email protected] • Vos contacts données de recherche sur les
sites Arve > [email protected] > [email protected] > [email protected] > [email protected]
EN CAS DE BESOIN
Division de l’information scientifique
MERCI BEAUCOUP
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Illustrations : CC BY Jørgen Stamp, http://digitalbevaring.dkCC0 by Patrick Hochstenbach https://www.fosteropenscience.eu/trainers-materials
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