Corinne ARPIN
LABORATOIRE MICROBIOLOGIE FONDAMENTALE ET
PATHOGENICITE
Université Bordeaux / UMR-CNRS 5234
Initiation à l’analyse d’article
scientifique
UER Microbiologie Générale 2
Partie 1 : ThéorieI – Recherche d’articles sur PUBMED II – Bibliométrie
Impact factor, nombre de citations, index H, Ordre des auteurs, ‘’corresponding’’ auteurs
III – Comment rédiger un article scientifique
IV – Comment présenter à l’oral un article scientifique
Partie 2 : Exemple d’une analyse d’article
Initiation à l’analyse d’article
Exemples de bases de données scientifiques
I – Recherche d’articles sur PUBMED
I – Recherche d’articles sur PUBMED
La plus utilisée en biologie/santé :
PubMed : 30 millions de citations (2021)
Avantages :
- Informations validées d’un point de vue scientifique
(Reviewers, Editor)
- Information indexée => bons ‘’mots-clefs’’
- Vocabulaire ‘’contrôlé’’ : MeSH (Medical Subject Heading =
dictionnaire en ligne)
MOTEUR DE RECHERCHE : PubMed
Saisie des termes de la
recherche (anglais)
https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/
MOT CLEF recherche trop vaste
html
html
Certaines publications ont des fichiers additionnels (‘’supplemental data’’ / information) : lien indiqué au début ou à la fin (dans le text : souvent noté S)
II – Bibliométrie
La bibliométrie : largement utilisée dans de nombreuses disciplines pour
l'évaluation des individus ou des institutions.
L'outil bibliométrique = simplicité d'utilisation
Mais ne remplace pas : l'évaluation qualitative par les pairs
Les principaux indicateurs à partir de bases de données :
Ceux qui classent un journal = facteur d’impact
Ceux qui se rapportent aux citations des articles (H index,
auteur)
Evaluation d’un article scientifiqueCalcul de l’impact factor (facteur d’impact) d’une revue scientifique
Le facteur d'impact (ou IF pour impact factor) est calculé sur une période de trois ans.
Ex : IF de 2019, disponible en Juin 2020.
Exemple, IF de 2019 de la revue ‘’NATURE’’ :
IF2019 ‘’Nature’’ = Nb de citations pour les années n-2 (2017) + n-1 (2018)
Nb total d’articles publiés pour les années n-2 (2017) + n-1 (2018)
• ISI Web of Knowledge est une base de données bibliographiques en ligne fournie par l'Institute for Scientific Information (ISI).
• Elle permet l'accès à de nombreuses bases de données et ressources : Web of Science (dont Science Citation Index (SCI), ISI Proceedings, Current Contents Connect, Medline, ISI Essential Science Indicators, …
• Sciences de la vie : ISI ne comptabilise que les articles originaux.
• ISI Web of Knowledge est utilisée par des institutions telles que les universités et les départements de recherches de grandes entreprises.
Page d’accueil du journal (dernier IF et son classement dans la discipline)
Journal citation report (JCR) fourni par ISI Web of knowledge
Où trouver les IF d’une revue scientifique
Evaluation d’un article scientifique
IF2020 = Editée en juin 2021
https://impactfactorforjournal.com/journal-impact-factor-list-2019/
Publications dans journaux avec IF élevé = fonction de la nouveauté et l’importance scientifique impliquant une percée conceptuelle Nature = Journal + généraliste intéresse une communauté scientifique plus large => plus de citations
Différentes catégories (3 à 5 selon les comités d’évaluation) :IF < 1 : très moyen 3>IF<5 : bon1>IF<3 : moyen 5>IF<10 : très bon
IF > 10 : excellent
• Certaines disciplines plus spécifiques : journaux mieux ‘’côtés’’ que d’autres (ex : immunologie >>> Pharmacologie)
• Autres index du journal (Moins utilisé) :• Immediacy index (indice ‘’d'immédiateté’’) d’un journal (nb de citations /nb d’articles de l’année en cours
• Cited half-life (½ vie) : temps au bout duquel la moitié (ou >) des articles ne sera plus cités
Valeur de l’impact facteur d’une revue scientifique
*corresponding author
L’ordre des auteurs
1, 2, et dernier auteurs +++
Evaluation des auteurs de publication
Signature des publications et l’identité
numérique = rôle important dans l’analyse
et l’observation de l’activité scientifique
Calcul de l’index h :
Nb d’articles publiés avec un nb de citations au moins
égal au Nb d’articles publiés
=> Un chercheur a un indice de h a publié n articles qui
ont été cités h fois
Index h : évaluation d’un auteur de la publication
Evaluation des auteurs de publication
Index h : évaluation d’un auteur de la publication
Evaluation des auteurs de publication
Scopus ou Web of Science
Scopus
Index h : évaluation d’un auteur de la publication
Evaluation des auteurs de publication
ORCID, Open Researcher and Contributor ID,
Les différentes sections d’un article scientifique (‘’full paper’’)
Choix de la revue selon l’originalité des données et résultats : incombe à l’auteur/aux auteursAvant de rédiger : lire attentivement la Note aux auteurs de la revue choisie
Certains articles : Mixte Résultats et discussion
III – Comment rédiger un article scientifique
Différent types d’articles : voir sur PUBMED (Limits)Revue, cas cliniques, Note, ‘’brief report’’ ; lettre à l’éditeur …
INTRODUCTION
MATERIEL ET METHODES
RESULTATS
and
DISCUSSION
INTRODUCTION
Elle comprend en général trois parties
Première partie : aspect général du sujet
Deuxième partie : aspect particulier du problème
Troisième partie : but du travail
Cette troisième partie = importante (phrases clefs).
Elle pose une question qui doit appeler une réponse.
Cette phrase peut servir à bâtir le résumé
III – Comment rédiger un article scientifique
MATERIEL ET METHODES
Savoir identifier quel est le ‘’matériel ‘’ de l’étude (souches, malades…)
Bien comprendre les méthodes utilisées Sont-elles bien cohérentes avec les résultats obtenus?
III – Comment rédiger un article scientifique
RESULTATS
Section = que des résultats
+ tableaux et/ou figures : adéquation avec les résultats ?
Cohérence avec le but du travail, méthodes utilisées ?
Objectivité et critique des résultats
III – Comment rédiger un article scientifique
Construction => réponse à plusieurs objectifs :
1/ Répondre à la question posée2/ Qualité du travail et la validité des résultats3/ Comparer les résultats avec ceux de la littérature et montrer l’originalité de l’étude
DISCUSSION
CONCLUSION GENERALERésumé des principaux résultats obtenus (avec éventuellement) des perspectives
III – Comment rédiger un article scientifique
REFERENCES BIBLIOGRAPHIQUESStyle différent selon journal (voir note aux auteurs)Adaptées à l’étude
(logiciel gratuit zotero pour formater la biblio dans un texte, relier au logiciel de traitement de texte Word)
III – Comment rédiger un article scientifique
+ AUTRES (remerciements, conflits d’intérêt …)
EN DERNIER :
TITRE : doit être informatif et représenté le contenu de l’articleCaractère informatif, bons mots-clés
RESUMEEn général 150 à 250 mots maxClarté, concision, expliqué clairement le
contenu de l’étude
III – Comment rédiger un article scientifique
IV – Présentation orale d’un article scientifique
Ne pas dépasser le temps : si 20 min = ~ 20 diapos
Adapter le vocabulaire et la présentation à l’auditoire
Faire des diapos claires (pas de phrases, mots-clefs =
fil conducteur)
Taille des caractères assez grande (min = 18)
Pas trop d’abréviations (sauf si connues, ex ADN, PCR …)
Si possible : données sous forme de figures ou tableaux
=> plus synthétique
4.1 - Quelques rappels de base :
Nb de diapositives
Contenu de la diapo Commentaires
1 Titre, auteur
1 à 3 Introductionou Contexte de l’étude
Rappels des données de base pour bien comprendre l’étude
1 But du sujet Clairement énoncé
Mat et Méth
Matériel
Méthodes
Peut se faire sous forme de tableau
Sous forme de tableaux, schémas, figures, si possible.
Ex : différentes souches et/ou caractéristiques de patients…
Une ou 2 Méthodes ‘’clefs’’ de l’article peu(ven)t être plus détaillée(s).
4.2 - Quelques éléments de structuration :
Suite
Résultats et conclusions
Textes, mais si possible tableaux, figures
Si différents de ceux donnés dans la publi, avec effort de simplification ou au contraire de précision = +++
Discussion Brève, nécessite une connaissance approfondie du sujet
Conclusion générale
Rappels des principales conclusions de l’article
Critiques de l’article
Pas nécessaire, mais souhaité (nécessite souvent une connaissance approfondie du sujet)
4.2 - Quelques éléments de structuration :
Exemple : article distribué à l’UER MG2 en 2020
Acquisition d’entérobactéries productrices de
céphalosporinase plasmidique au retour d’un
voyage en zone tropicale
Florian Lorme, Naouale Maataoui, Emilie Rondinaud, Marina Esposito-Farèse,
Olivier Clermont, Etienne Ruppe, Guillaume Arlet, Nathalie Genel, the VOYAG-R
study group, Sophie Matheron, Antoine Andremont, Laurence Armand-Lefevre
PLOS ONE, 2018
Tinévez Claire
20 à 25 min = 23 DIAPOS
Introduction :
Les entérobactéries
Définition :
• BGN non exigeants
• Oxydase négative
• Nitrate réductase positive (réduction des nitrates en nitrites)
• Fermentant le glucose
• Aéro-anaérobie facultatifs
Escherichia coli, Klebsiella spp, Enterobacter spp, Serratia spp, Proteus spp, Salmonella spp, Shigella spp, Yersinia spp,
Citrobacter spp
Introduction : Les entérobactéries
Mécanismes de résistance :
– Naturelles : Pénicillines G et M, acide fusidique, Glycopeptides, Oxazolidinone
- -lactamase chromosomique (ordre de Enterobacterales):
Mécanismes de résistance acquis :
Détoxification enzymatique : production de -lactamases +++
Classe A Sérines--lactamases
Classe B Métallo--lactamases
Classe C Céphalosporinases
Classe DOxacillinases
Chromosomiques Pénicillinases
AmpC non inductibles
AmpC inductiblesAmpC déréprimées
Eléments génétiques mobiles
transférables(Plasmides ou Transposons)
Pénicillinases (TEM, SHV)
BLSE (TEM, SHV, CTX-M)Carbapénémases (KPC)
Carbapénémases(VIM, IMP, NDM)
AmpC plasmidiquesBLSE
Carbapénémases(OXA 48)
Introduction : Résistance des entérobactéries aux -lactamines
• Classification des AmpC plasmidiques issue de la phylogénie (selon progéniteurs) :
H. alvei
ACC
M. morganii
DHA
C. freundiiCMY-like-
2/LAT
Enterobacter sp
ACT/MIR
Aeromonascaviae
FOX
Aeromonashydrophyla
CMY-1-like/MOX
Introduction : Résistance des entérobactéries aux -lactamines
+ variants
Céphalosporinases plasmidiques : AmpC
Résistance à amoxicilline + acide clavulanique
Céphalosporines : C1G, Céfoxitine, C3G, Monobactame.
• Transmission horizontale : acquisition de matériel génétique plasmidique par conjugaison gènes bla
Introduction : Résistance des entérobactéries aux -lactamines
Introduction : Résistance des entérobactéries aux -lactamines
• Augmentation de la résistance des entérobactéries aux -lactamines
• Pays en développement fortement touchés
• Haut risque d’acquisition d’entérobactérie multirésistante au retour d’un voyage (BLSE-E)
=> selon études 80% au retour d’Inde
resistancemap.cddep.org
Introduction : Problématique : • Absence d’étude de la prévalence du portage d’entérobactéries
productrices d’une AmpC plasmidique (pAmpC-E) au retour de voyage vs EBLS-E
Objectif : étude VOYAG-R (MRE, MultiResistant entérobactéries productrices de BLSE, pAmpC et Carbapénémase)
- Déterminer la prévalence du portage pAmpC-E au retourdes tropiques.
- Comparer aux autres MRE- Recherche des facteurs de risque- Analyser le support génétique des résistance- Evaluer sa persistance
Matériel et Méthodes :
• Cohorte et Sélection des souches : Etude VOYAG-R : 824 participants - Centres Vaccination Internationaux
Fev 2012 à Avr 2013 :
=> Selles de 574 voyageurs au retour des tropiques
Absence de MRE
Au retour Si MRE + : M1, M2, M3, M6 et M12….
Age, sexeDate et type de voyage
Diarrhée au retourAntibiothérapie
MRE = BLSE-E, pAmpC-E, CPE
• Ensemencement des selles sur milieux + C3G (cefotaxime)
• Antibiogrammes selon recommandations de l’EUCAST/CA-SFM
Diffusion gélose :
CMI : E-Test
• Inclusion des souches résistantes au C3G
• Suspicion AmpC : céfoxitine R, résistance à amoxicilline + acide clavulanique (pas d’image de synergie (phénotype de résistance
• Exclusion des espèces + AmpC chromosomique
Matériel et Méthodes :
• Typage du support génétique : Identification des plasmides : replicons and relaxases plasmidiques par PCR = PRaseT (plasmid relaxase gene typing) Classification des souches d’E. coli (A, B1, B2, C, D, E, F et Escherichia cryptic clade I)
• Identification de la persistance d’une même souche au cours du temps par méthode de typage rep-PCR
Matériel et Méthodes : Recherche AmpC plasmidique par PCR : blaCMY-2 like, blaDHA, blaMOX, blaACC
Matériel et Méthodes :
• Amplification par PCR ciblant des séquences d’ADN répétées = Repetitive sequence-based PCR
Typage génotypique des souches
Analyse avec une seule amorce de séquence répétées = multilocus
Semi-automatisée (Diversilab) : Puces microfluidiques
Similarité génétique : Analyse du dendogramme avec cut-off fixé à 95%
Technique de typage par rep-PCR :
Résultats :
574 selles49 voyageurs
+ pAmpC-E
34 associées à une autre MRE
33 EBLSE associée
1 EBLSE + Carbapénémase
15 pAmpC-E isolée
• Parmi les 526 MRE identifiées : 57 (10,8%) pAmC-E
Taux d'acquisition des MRE
8,5% (49/574)
• pAmC-E
Résultats :
Répartition selon les zones
5,1% en Afrique, 7,7% en Amérique latine et 12,8% en Asie
Facteurs de risques associés à l’acquisition d’une pAmp-C-E
Pas de différence pour l’âge, le sexe, le
type de voyage et la durée du séjour.
Résultats :
• Voyageurs :
- 61 % entre 18 et 34 ans
- 61% de femmes
Facteurs de risque :
Diarrhées pendant le voyage
Asie : région la plus à risque
Antibiothérapie durant le voyage
Etude des entérobactérie + pAmp-C
• Antibiorésistance :
- 77% fluoroquinolones
- 75% tetracycline
- 53% cotrimoxazole
• Enzymes :
- 96,5% CMY-2-like (55/57) toutes retrouvées chez E. coli
- 3,5% DHA enzymes (2/57) toutes chez K. pneumoniae
Molécules actives :
- aminosides (R 5 et 19% amikacine et gentamicine)
- fosfomycine (R 11%)
Résultats :
* 2 nouvelles variantes : CMY-2m (CMY-2, G234R) et CMY-42m (CMY-42, (S309N)
*
*
CMI vis-à-vis C3G et C4G plus élevées chez E. coli producteurs de CMY-42 vs CMY-2
Résultats :
Etude des entérobactérie + pAmp-C
CMY-42 : spectre plus large de cette enzyme pourrait être une explication de son taux qui augmente
Résultats :
Etude du support génétique de gènes blaAmpC
Plasmides : Inc (Incompatibilité types )
49 selles pAmp-C-E +
37 - à M1 3 + à M1
1 + à M2
0 + à M3
9 n’ont pas fourni de selles
à M1
Souches persistantes : E. coli
Rep-PCR : pas de différence entre les isolats à M1 et M2
Résultats :
Persistance des entérobactéries + pAmpC
Portage de pAmpC-E : diminution rapide après le retour (92,5% des voyageurs colonisés négatifs à un mois).
Conclusion-Discussion :
• Colonisation par les MRE (Entérobactéries multi-R) au retour : 8,5% pAmpC-E vs 48% EBLSE
• Majorité de souches appartenant aux phylogroupes non-virulent (A, B1 and C) SAUF les souches persistantes : B2 et D extra-intestinales virulentes
Clairance naturelle : intérêt d’une détection précoce vs M1 ?
• Support génétique :
IncI 1 : CMY-2-like 29/55 (dont 10/12 CMY-42)
vs CTX-M des BLSE : IncF (4 seulement)
Moindre capacité de dissémination ?
Moins répandu dans l’environnement ?
• Mesures isolement ?
Retour Zone endémie EBLSE Précautions contact et dépistage EBLSE x 3Idem pAmpC-E ?
Avantage des milieux chromogènes avec CefpodoximeMAIS risque d’être faussement rassuré sur le risque
épidémique en cas d’identification Céphalosporinase vs BLSE
Conclusion-Discussion :
• Forces :
- pertinence de la sélection des sujets : retour zone tropicale
- prospectif, longitudinal
- sur selles fraiches > écouvillon rectal
• Faiblesses :
- exclusion des AmpC-E chromosomiques
- pas de détections des gènes blaACT/MIR ni blaFOX
- manque de puissance pour la détection des facteurs
de risques associés à l’acquisition d’une p-AmpC-E et pour la
persistance
Sous estimation des pAmpC-E ?
Conclusion-Discussion :
• Accroissement de l’antibiorésistance
• Souches BMR communautaires
• Voyages dans certaines zones du monde = Facteur de risque majeur +++
• Détection précoce dans les services hospitaliers : éviter épidémies
Différencier Amp-C hyperproduites/déréprimées vs plasmidiques
Conclusion-Discussion :