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MASTER 1 BMC 2010-2011 MAITRISE DE L’INFORMATION SCIENTIFIQUE [email protected]

M1 BMC 2010-2011

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Support de cours de Maîtrise de l'information scientifique (MV401) pour les Master 1 Biologie moléculaire et cellulaire de l'UPMC.

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Page 1: M1 BMC 2010-2011

MASTER 1 BMC

2010-2011

MAITRISE DE

L’INFORMATION

SCIENTIFIQUE

[email protected]

Page 2: M1 BMC 2010-2011

Contenu de la formation

1 cours en salle info : 3h

1 examen : 1h

Formation à distance : vidéos, cours et exercices disponibles sur Jubil

Dates des examens:

Semaine du 13 décembre 2010.Notes des examens : les points au-dessus de 10 sont

divisés par deux et ajoutés à la note de l’oral de TP

Page 3: M1 BMC 2010-2011

Formation à distance

Pour préparer le cours, il vous est demandé d’avoir lu ce diaporama et regardé les tutoriels vidéo.

La mention « Tutoriel vidéo » en bas à gauche d’une diapositive indique qu’une vidéo est disponible sur le sujet.

Pour retrouver les cours et les vidéos : aller sur Jubil(http://jubil.upmc.fr), Guides de recherche > Formations et autoformations à la recherche de documentation > Masters > Supports de cours dans chaque discipline et Vidéos (tutoriels) en ligne

Alternative à Jubil : Slideshare pour les diaporamas http://www.slideshare.net/BUPMCformM/presentations

ITunes UPMC pour les vidéos (fonctionne avec le logiciel ITunes) :

http://deimos3.apple.com/WebObjects/Core.woa/Browse/upmc.fr.4263834776.04263834781

ou :

http://itunes.upmc.fr Cours>Tutoriels vidéo de la Bibliothèque de l’Université Pierre et Marie Curie (BUPMC)

Pour compléter, il est conseillé de lire les supports de cours spécialisés sur : Jubil ; PubMed ; Web of Science ; EndNote Web

Page 4: M1 BMC 2010-2011

Les tutoriels en ligne sur Jubil

http://jubil.upmc.fr

Rendez-vous dans la Rubrique « Guides

de Recherche » pour retrouver les cours

en ligne.

Page 5: M1 BMC 2010-2011

Plan du cours

1. Rechercher l’informationRessources papier et électronique ; veille

documentaire

2. Évaluer l’information Évaluer un site Internet ; principes de la bibliométrie

3. Présenter l’information Logiciels de gestion bibliographique

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RECHERCHER

L’INFORMATION

Page 7: M1 BMC 2010-2011

Le réflexe de tout le monde : chercher sur Google, Wikipédia

> recherche intuitive, Information non validée

Pour une information validée, suivre les étapes de la recherche documentaire méthodique

Définir le sujet et trouver les mots clés

Cibler les documents : les différents documents des bibliothèques

La recherche documentaire

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Limites de Google Avalanche de réponse, comment trier ?

Algorithme de recherche protégé par le secret commercial : pas de transparence sur les résultats de recherche

Le classement par popularité (PageRank) peut être facilement détourné : les « bombardements Google » (Google bombing)

Ne cherche pas dans le web invisible : bases de données, etc. = 70 à 75% du web total !

Page 9: M1 BMC 2010-2011

Google : mieux l’utiliser

Les guillemets (Expression exacte)

Chercher une définition define:

Limiter la recherche à un site site:

ou à un type de fichier filetype:

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WIKIPEDIA : une encyclopédie

collaborative

Une communauté d'auteurs : quelques erreurs mais une forte réactivité

Une liberté de rédaction : signature, structuration du document

Une information fiable ?

Prendre du recul : utiliser les onglets « historique » et « discussion ».

Page 11: M1 BMC 2010-2011

Une méthode : les étapes de la

recherche documentaire

1.Définir son sujet

2.Trouver ses mots-clés

3.Rechercher des livres ou des

articles sur le sujet

4.Localiser les documents

5.Établir une bibliographie

Du général

Au spécialisé

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DictionnairesEncyclopédies

ManuelsOuvrages

Articles

Une méthode : les étapes de la

recherche documentaire

Général

Spécialisé

Page 13: M1 BMC 2010-2011

Une recherche documentaire

efficace, c’est …

Cerner le

niveau

recherché

Définition

du sujet

Temps imparti à la

recherche documentaire

Page 14: M1 BMC 2010-2011

Objectif 1 :Déterminer le contexte général de votre recherche et le

situer dans son champ disciplinaire, chronologique,

géographique, etc.

Cette définition des limites du sujet doit vous aider à

élaborer une question, une problématique.

Objectif 2 : Trouver les mots qui serviront à interroger les outils

(moteurs de recherche, bases de données, etc.)

Pourquoi définir son sujet ?

Page 15: M1 BMC 2010-2011

Les mots clés

Ce travail de questionnement sur le sujet permet de trouver des mots, des expressions que l'on appelle des mots clés. Ces mots doivent être sans ambiguïté.

Exemple :

Pour un sujet sur la « bioéthique », on notera comme mots clés : bioéthique, clonage, droits des malades, éthique, éthique biomédicale, génétique, bioethics, cloning, …

Pour trouver ces mots on utilise une encyclopédie, un dictionnaire.

Page 16: M1 BMC 2010-2011

L'Encyclopædia universalis :http://www.universalis-edu.com/

Points faibles :

Mise à jour assez lente, pas d'indication de la date de

rédaction de l'article

Points forts :

Information validée par un comité scientifique et

publiée, auteur connu

Sommaire, article structuré

Bibliographie

Une piste solide pour définir son sujet

de recherche

Page 17: M1 BMC 2010-2011

http://www.granddictionnaire.com/

Grand dictionnaire terminologique

Dédié aux sciences et techniques

Bilingue : français/anglais

Définitions précises

Synonymes et expressions dérivées

Facile à utiliser

Gratuit

Pour trouver et traduire ses mots clés

Page 18: M1 BMC 2010-2011

Le dictionnaire TermSciences du CNRS

http://www.termsciences.fr/

site du CISMeF : catalogue et index des

sites médicaux francophones, onglet

« Terminologie »

http://www.cismef.org/

> À partir de fin 2010, devient le Portail

Terminologique de santé : http://pts.chu-

rouen.fr/

Trouver les traductions de mots-

clés

Page 19: M1 BMC 2010-2011

Vocabulaire spécialisé : MeSH - Mesh = Medical Subject Headings (descripteurs

médicaux)

- Thésaurus de mots-clés spécialisé en sciences

biomédicales

- Administré par la National library of Medicine

(NLM) et utilisé dans ses outils (PubMed, NLM

Gateway)

- Plus de 25 000 termes, hiérarchisés entre eux,

répartis en 16 grandes catégories

- Mise à jour annuelle

Traduction française par l’INSERM

Voir le support de cours sur PubMed

Page 20: M1 BMC 2010-2011

Après la définition : cibler des

documents

Définir le type d’information dont on a besoin

Donc définir le type de document utile au

travail en cours

Page 21: M1 BMC 2010-2011

Quels documents peut-on

trouver dans les

bibliothèques ?

Page 22: M1 BMC 2010-2011

Quels documents peut-on trouver

dans les bibliothèques ?

Livres (= monographies, ouvrages, etc.) :

contiennent des chapitres

Revues (= périodiques) : contiennent des

articles

Thèses : travail universitaire non publié

Cartes

Multimédia : CD-ROM, DVD, etc.

Bases de données bibliographiques

Tous ces types de documents peuvent exister sur papier ou en

numérique : e-books, revues en ligne, etc.

Page 23: M1 BMC 2010-2011

Rechercher des imprimés

Livres, revues, journaux papier

catalogue de la bibliothèque,

directement ou par le portail Jubil

http://jubil.upmc.fr

Permet la recherche et la localisation

Page 24: M1 BMC 2010-2011

Attention : seule la recherche par titre de revue est possible sur le catalogue.

Lire un état de collection :

vol. 1, n. 3 (1965) – …

vol. 1, n. 3 (1965) – vol. 10, n. 5 (1975)

vol. 1, n. 3 (1965) – vol. 10, n. 5 (1975) ; vol. 12, n. 1 (1977) – …

La cote : identification du livre dans la bibliothèque, son adresse.

Rechercher des articles

Page 25: M1 BMC 2010-2011

De plus en plus d’abonnements e-only

Des collections papier très riches

Vérifier la complémentarité des abonnements papier et online : Jubil.

Utiliser les bases de données bibliographiques pour obtenir les références des articles.

Rechercher des articles

Page 26: M1 BMC 2010-2011

Astuces de recherche

Opérateurs booléens (ou logiques)

- pour construire une équation de recherche

- fonctionnent selon un ordre de priorité :

( ) : associe deux termes et un opérateur

SAME : recherche dans la même phrase

NOT : exclusion

AND : intersection

OR : union

Page 27: M1 BMC 2010-2011

Astuces de recherche

Opérateurs booléens les plus courants

AND : intersection

OR : union

NOT : exclusion

Page 28: M1 BMC 2010-2011

Astuces de recherche

Troncature

? 1 caractère seulement

* 0 ou plusieurs caractères

$ 1 ou 0 caractères

Gene* >>> Genes, General, Generation

Dosto?evsk* >>> Dostoyevsky, Dostoievskii

Page 29: M1 BMC 2010-2011

Astuces de recherche

Sur Internet :

* : troncature

« maladie d’Alzheimer » : recherche une

expression

+Alzheimer -maladie: exclure un mot

+Alzheimer +maladie : imposer un mot

Page 30: M1 BMC 2010-2011

Veille documentaire

Pour rester informé des nouveautés dans un

domaine

Revues généralistes :

Nature, Science, Lab Times (gratuit, en ligne :

http://www.lab-times.org/)

Revues de référence :

Trends in… ; Annual reviews; Current topics in…

Outils : alertes, fils RSS

Page 31: M1 BMC 2010-2011

Les outils de la recherche

d’information :

le portail Jubil

Page 32: M1 BMC 2010-2011

Pourquoi un « portail » ?

Un point d’accès unique à la

documentation disponible à l’UPMC (papier

ou numérique)

Un ensemble d’outils de recherche pour

accéder à cette documentation

Un ensemble de services et d’informations

autour de cette documentation.

Page 33: M1 BMC 2010-2011

Accéder à Jubil :

http://jubil.upmc.fr

Par le portail

de l’UPMC ou

par Google en

cherchant jubil

(1er résultat)

Tutoriel vidéo

Page 34: M1 BMC 2010-2011

Jubil

Page 35: M1 BMC 2010-2011

Les Bibliothèques de Biologie de la

BUPMC

WIFI (canal IP-UPMC)

Biologie

Recherche

M – D –

Enseignants

ChercheursBiologie

Enseignement

L2-M1

Page 36: M1 BMC 2010-2011

Les Bibliothèques de Biologie de la

BUPMC

BE : Biologie Enseignement

Bât 31 - Rez-de-chaussée

Du lundi au vendredi de 9h à 19h

[email protected] – 01 44 27 43 68

BR : Biologie Recherche

Bâtiment C – 4e étage

Du lundi au vendredi de 9h à 18h

[email protected] – 01 44 27 53 48

Page 37: M1 BMC 2010-2011

Guides de recherche : tout sur la

recherche documentaire

Page 38: M1 BMC 2010-2011

Quelques ressources en

sciences de la vie

Page 39: M1 BMC 2010-2011

Essentiel : Recherche dans des bases de données

d’articles

PubMed : Medline et PubMed Central

http://www.pubmed.gov

http://www.pubmedcentral.nih.gov/

Web of Science http://www.isiknowledge.com/wos

Recherche dans les ressources du web

Intute http://www.intute.ac.uk/

Biology browser http://www.biologybrowser.org

Recherche web et bases de données

NLM Gateway http://gateway.nlm.nih.gov

Scirus http://www.scirus.com/

Page 40: M1 BMC 2010-2011

Tutoriel vidéo

Page 41: M1 BMC 2010-2011

MEDLINE (Medical Literature Analysis and

Retrieval System Online)

- Base de données bibliographique en

sciences biologiques et biomédicales. 19

millions d’articles, tirés de 5 000 revues,

depuis les années 1950.

- Base gérée et mise à jour par la bibliothèque

nationale de médecine des États-Unis (NLM)

-Intérêt de l’outil : exhaustif en sciences

biomédicales

PubMed

Tutoriel vidéo

Page 42: M1 BMC 2010-2011

Interroger PubMed

Pour avoir des résultats pertinents,rechercher en anglais

Les articles sont indexés avec un systèmede mots-clés hiérarchisés : le MeSH,Medical Subject Headings

Intérêt du MeSH : gère les synonymes(Trisomy 21 = Down Syndrome =Mongolism) et permet de réaliser desrecherches fines, en allant du général auparticulier

Tutoriel vidéo

Page 43: M1 BMC 2010-2011

PubMed Central

Tutoriel vidéo

Page 44: M1 BMC 2010-2011

PubMed Central

Notion d’archive ouverte : publications des

chercheurs financés par l’état américain.

Accès gratuit au plein texte. Barrière mobile.

Administré par le National Center for

Biotechnology Information (NCBI) de la NLM

Tutoriel vidéo

Page 45: M1 BMC 2010-2011

Web of Science

Tutoriel vidéo

Page 46: M1 BMC 2010-2011

Dépouillement de plus de 9200 revues

(depuis 1900) + Conference Proceedings

(depuis 2000).

Nouveaux enregistrements par semaine :

plus de 20 000

Nouvelles références citées chaque

semaine : + de 420 000

L'accès aux articles (texte intégral) des

revues dépouillées est possible via un

abonnement de l'Université

Web of Science

Tutoriel vidéo

Page 48: M1 BMC 2010-2011

Intute

Site alimenté par des membres de

l’éducation nationale du Royaume Uni

Une sélection de sites par discipline

Des présentations pour connaître et évaluer

l’information scientifique pour chaque

discipline (Tour/Discover/Judge/Success)

Page 49: M1 BMC 2010-2011

Biology Browser

Page 50: M1 BMC 2010-2011

Biology Browser

Moteur de recherche gratuit de l’éditeur

Thomson Reuters (Web of Science)

Possibilité de parcourir les sites par

organismes, thèmes et par lieu.

Recherche par public (étudiant, chercheur,

etc.)

Page 51: M1 BMC 2010-2011

NLM Gateway

Tutoriel vidéo

Page 52: M1 BMC 2010-2011

NLM Gateway

Portail d’accès aux ressources de la NLM

(Medline, PubMedCentral, encyclopédies,

etc.

Recherche MeSH

Gratuit

Tutoriel vidéo

Page 53: M1 BMC 2010-2011

Scirus

Tutoriel vidéo

Page 54: M1 BMC 2010-2011

Scirus

Moteur de recherche généraliste en sciences,

gratuit, d’Elsevier.

Cherche sur le web et dans des bases

spécifiques : bibliographiques comme

PubMed, d’articles comme ScienceDirect,

bases de brevets, thèses US, etc.

Possibilité d’affiner par base, par thème et

par format de document.

Tutoriel vidéo

Page 55: M1 BMC 2010-2011

Consultation de revues en ligne et

ebooks

à la bibliothèque ou à distance sur identification

ScienceDirect : éditeur Elsevier http://www.sciencedirect.com/

InterScience : éditeur Wiley-Blackwell http://www3.interscience.wiley.com/

SpringerLink : éditeur Springer http://www.springerlink.com/

Pour les autres éditeurs, vérifier si la bibliothèque est abonnée dans Jubil > Ressources en ligne > Revues de A à Z.

Page 56: M1 BMC 2010-2011

EVALUER

L’INFORMATION

Page 57: M1 BMC 2010-2011

Sur le Web :

Les deux étapes de l’évaluation

1. Identificationde l’organisation, du site

de l’auteur

de la nature du document et de l’information

2. Évaluationsource, auteur

contenu

structuration du site ou du document

accessibilité et aspects techniques

date de publication des informations

Tutoriel vidéo

Page 58: M1 BMC 2010-2011

Recherche et évaluation

d’information sur le Web

Une méthode intéressante : « DEBUSQUER

l’information »

Voir le site : http://www.educnet.education.fr/dossier/rechercher/fil-

conducteur/debusquer

Différents outils

Esprit critique

Bookmark organisé

Url significative

Syntaxe de recherche

Questions préalables

Utilisation réfléchie

Evaluation

Règles à respecter

Page 59: M1 BMC 2010-2011

Tutoriels vidéo :

- Conseils de l’INSA

- Grille d’analyse du réseau de

santé de Montréal

- NetScoring

Recherche et évaluation

d’information sur le Web

Page 60: M1 BMC 2010-2011

Quelques sites utiles

La page du guide de recherche documentaire Sapristi !de l'Insa de Lyon :

http://csidoc.insa-lyon.fr/sapristi/index.php?rub=1004

Comment évaluer de manière critiques les ressources Internet :http://users.skynet.be/ameurant/francinfo/validite/evaluer.html Guide clair et précis de la Commission "français et Informatique" de l'enseignement catholique belge (un peu ancien).

[sites consultés le 16/07/2010]

Page 61: M1 BMC 2010-2011

Évaluation de la littérature

scientifique

La validation par les pairs :

articles « peer-reviewed » : comité de

rédaction des revues

La bibliométrie : évaluation mathématique du

volume et de l’impact des publications

Outils : Scopus et Scimago ; Journal of Citation

Reports sur le Web of Knowledge

Page 62: M1 BMC 2010-2011

Les indicateurs de lecture :

Le facteur d’impact

nombre moyen de citation par article des deux dernières années dans les publications de l’année en étudiée

Ex. : Impact factor 2009 de Journal of cell biology

Citations 2009 d’articles de 2008 : 3454

2007 : 4235 = 7689

Articles publiés en 2008 : 393

2007 : 410 = 803

IF : 7689/803 = 9,575

Nombre de citations pour les années n-1 et n-2

----------------------------------------------------------------

Nombre d’articles publiés pour les années n-1 et n-2

I.F. année n =

Page 63: M1 BMC 2010-2011

Problèmes liés au facteur

d’impact

Le décalage temporel : paraît toujours une année après,

ne tient pas compte des évolutions récentes de la

politique éditoriale

Le lissage par revue et par citation : les chiffres sont

donnés pour l’ensemble de la revue, pas pour tel ou tel

article ; les citations négatives sont sur le même plan

que les positives et que les autocitations

La non prise en compte du degré de spécialisation : par

nature, les revues généralistes sont plus citées que les

revues très spécialisées, on peut difficilement les

comparer.

Page 64: M1 BMC 2010-2011

Autres indicateurs

L’indice d’immédiateté : rapidité de citation, présence dans l’actualité.

La demi-vie de citation : validité de l’information publiée à long-terme

Eigenfactor : enlève les autocitations et donne plus d’importance aux citations dans des revues très citées, sur le modèle du PageRank de Google.

Page 65: M1 BMC 2010-2011

PRESENTER

L’INFORMATION

Page 66: M1 BMC 2010-2011

Vos objectifs Honnêteté scientifique: mentionner les sources

exactes et vérifiables qui ont permis de faire votre travail.

Validation: permettre à la personne qui vous lit de vérifier ce que vous dites

Évaluation: montrer que vous avez étudié la question correctement

Élargissement: permettre à ceux qui lisent votre travail d’approfondir

Page 67: M1 BMC 2010-2011

Rédiger une bibliographie

Un principe général : uniformiser la présentation des références de façon cohérente.

Page 68: M1 BMC 2010-2011

Comment faire ?

Quel que soit le support (livre, article, site Web), donner toutes les informations permettant de le retrouver

Choisir une présentation: une norme, parfois imposée (prof, revue…)

Cohérence: plus important que le choix de la norme, le fait de s’y tenir

Diversité de sources et de types de documents (ouvrages, sites, articles…)

Page 69: M1 BMC 2010-2011

Rédiger une bibliographie

Informations nécessaires par type de document :

Livre : Nom de l’auteur, Titre, Edition, Lieu d’édition, Editeur, Nombre de pages, Année d’édition.

Article : Nom de l’auteur, Titre de l’article, Titre de la revue, Numéro de la revue, Pages de l’article, Date de parution.

Site Web : Auteur (personne ou organisme), Titre de la page, URL, Date de dernière consultation.

Page 70: M1 BMC 2010-2011

Rédiger une bibliographie

Les normes de présentation (ponctuation,

ordre des informations, etc.) varient en

fonction des revues, des enseignants.

Demander au commanditaire du travail quelle

norme il faut utiliser.

Page 71: M1 BMC 2010-2011

Les logiciels de gestion

bibliographique

Principes :

Importer facilement des références

Base de données

Extraire les enregistrement pour générer

des notes dans un article et des références

présentées d’une façon uniforme

Page 72: M1 BMC 2010-2011

Les logiciels de gestion

bibliographique

Quelques logiciels :

Zotero (gratuit, plugin Firefox)

JabRef (BibTex)

EndNote et EndNote Web (lié au Web of

Science, UPMC abonnée) Tutoriels vidéo

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Zotero

Plug-in Firefox, gratuit, open source et extensible

Stocker des références sur le disque dur et en lign (synchronisation)

Partager de références bibliographiques

Collecter de références bibliographiques depuis des catalogues de bibliothèques et des bases de données en ligne

Stocker et gérer :

des références bibliographiques

les documents qu’elles décrivent

des captures de pages Web et des annotations de pages Web

des liens vers des pages Web

Pour en savoir plus : voir le support de cours

Page 74: M1 BMC 2010-2011

À bientôt à la bibliothèque !

[email protected]