3 R – Décembre 2015

VARUME, un observatoire de la

variabilité génétique

C. Danchin-Burge

Institut de l’Elevage

coralie.danchin@idele.fr

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Inventaire des situations en ruminants

3 R– Décembre 2015

Projet CASDAR: VARiabilité génétique

des RUMinants et des Equidés

Création d’un observatoire de la variabilité génétique basé

sur les généalogies

• Opérationnel en juin 2015 pour les ruminants

• Des indicateurs:

consultables librement sur idele.fr (données agglomérées par

race) – Onglet Domaines Techniques/Améliorer le troupeau

/Ressources Génétiques

mise à jour annuelle

valorisation de bases de données déjà existantes et maintenues

pour d’autres usages

3 R– Décembre 2015

Indicateurs de variabilité génétiquecalculés à partir des généalogies

3 R– Décembre 2015

Ce que permettent de décrire les

généalogies…

• La transmission des gènes de génération en génération :

Importance relative des différents ancêtres

=> repérage des « goulets d’étranglement »

• L’utilisation qui est faite des reproducteurs :

=> Calcul des tailles de descendance

• Les liens génétiques entre animaux : parenté

Un animal est consanguin si ses 2 parents sont apparentés entre eux

3 R– Décembre 2015

“Contrôle qualité” vérifié à partir de l’analyse de la profondeur des généalogies

Une race connue sur 10 générations aura des indicateurs plus fiables qu’une race connue sur 2 générations

=> La comparaison entre races ne peut se faire quesi elles ont la même profondeur de généalogies

Quelle est la fiabilité des indicateurs ?

3 R– Décembre 2015

Les races étudiées

9 Bovins Lait

7 petits ruminants laitiers

22 petits ruminants viande

9 Bovins Viande

17 races à petits effectifs (> 1 000 et <

5 000 femelles analysées)

20 races à très petits effectifs (< 1 000 femelles

analysées)

3 R– Décembre 2015

Indicateurs utilisés pour l’analyse

de la variabilité génétique

• Goulets d’étranglement: d’où proviennent les allèles portés par un individu ?

=> Indicateur Ae : nombre d’ancêtres efficaces

• Consanguinité: les allèles portés par un individu sont-ils identiques(= homozygotes) ?

=> Indicateur Ne: taille efficace de la population

• Qualité des généalogies

Pour cette étude, en moyenne la qualité de généalogies est supérieure à 5 générations: bonne qualité des indicateurs

3 R– Décembre 2015

Ancêtres efficaces par filière(= goulet d’étranglement)

0

20

40

60

80

100

120

140

160

180

Races TPE Bovins lait Petitsruminants lait

Races PE Petitsruminants

viande

Bovinsallaitant

Moyenne Min Max

3 R– Décembre 2015

0

100

200

300

400

500

600

700

800

Races TPE Bovins Lait Races PE Petitsruminants

Lait

Petitsruminants

Viande

Bovinsallaitant

Moyenne Min Max

9

Taille efficace par filière(= accroissement consanguinité)

3 R– Décembre 2015

Enseignements majeurs

Les indicateurs de variabilité génétique sont le reflet de plusieurs facteurs :

Organisation programme sélection

Pouvoir diffusion IA

Taille population

Gestion génétique

3 R– Décembre 2015

Application: définition d’une « race

menacée d’abandon par l’agriculture »

Avec l’aide d’E. Verrier, AgroParisTech

3 R– Décembre 2015

La MAE « Protection des races

Menacées »

Une aide financière européenne directe aux éleveurs

des races animales locales « menacées d’abandon

pour l’agriculture »

L’effectif ainsi que l’état de danger dans lequel se

trouve la race concernée doivent être «certifiés par

un organisme scientifique reconnu»

12

3 R– Décembre 2015

Une approche multicritère

1. Nombre de femelles reproductrices

2. Evolution démographique récente

3. Proportion de femelles ne se reproduisant pas en

race pure

4. Taille efficace de la population (Ne)

5. Organisation des éleveurs, gestion génétique, appui

technique

6. Contexte social et économique

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3 R– Décembre 2015

La taille efficace (Ne)

Deux situations• Races avec suffisamment d’information généalogique

=> Ne « Cervantes »

• Races avec uniquement de l’information démographique

=> Ne « FAO », moins précis

Notion de 10eme de vie :D1/10 = nombre de générations nécessaires pour perdre 1/10 de la

variabilité génétique

Note de 5 (risque maximal) à 0

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Ne45 95 145 195 245

5 4 3 2 1 0

3 R– Décembre 2015

C’est à vous d’interpréter

vos indicateurs !

Pour vous aider:

Un guide et un document annoté disponible

sur le site

Une formation annuelle (17/11/2016)

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3 R– Décembre 2015

Et vous, comment allez-vous

utiliser ces indicateurs pour

gérer vos races ?

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3 R– Décembre 2015

Application: quelle utilisation des

données de VARUME par les

gestionnaires de races

Intervention de P. Martin, CAPGENES