Plateformes - CLARA - 1er sem. 2014

1er sem.

2014

Annuaire des plateformes

FINANCEMENT CLARA

Annuaire des Plateformes – CLARA – 1er sem. 2014 Cancéropôle Lyon Auvergne Rhône-Alpes http://www.canceropole-clara.com

Centre Hygée Centre Hygée - Centre régional de prévention des cancers

Domaine d’expertise

Prévention, recherche, éducation, réduction des

inégalités sociales

Réseau

Institut de cancérologie Lucien Neuwirth

Labellisation :

Effectif :

Responsable

Franck Chauvin

[email protected]

Situation 108 bis avenue Albert Raymond 42270 Saint-Priest en Jarez

Site web http://www.centrehygee.fr/

Le développement des activités du centre est guidé par deux objectifs :

1. Développer une ingénierie de prévention des cancers

Le thème général développé peut-être résumé ainsi : le cancer : du fléau social à la maîtrise individuelle des risques. Cette approche

concerne les 3 temps de prévention (primaire, secondaire, tertiaire).

2. Porter une dynamique inter-régionale de promotion de la recherche en prévention

• La réduction des inégalités sociales de santé

• Le Centre Hygée est un Centre Ressources d’informations validées

• Le Centre Hygée est un fédérateur des acteurs régionaux de prévention des cancers

Offre de services

Le Centre Hygée est organisé autour de 2 pôles fonctionnels

considérés comme des laboratoires d’usage (living lab) dont

la conception et l’évaluation scientifique des nouvelles

approches préventives développées sont assurées par une

équipe de Recherche Mixte (santé publique, sciences

humaines et sociales, sciences de l’éducation).

1. Un pôle Espace Prévention

2. Un pôle Patient / Proches

Conditions d’accès

Scolaires et jeunes adultes / Patients et leurs proches.

Equipements

1. Le pôle Espace Prévention comprend un parcours

pédagogique interactif, utilisant largement les NTIC, à

destination des scolaires et des jeunes adultes. Il vise à

développer une prévention fondée sur l’éducation.

2. Le pôle Patient / Proches permet aux patients et à leurs

familles de bénéficier d’une information adaptée, d’une

prise en charge coordonnée orientée et des programmes

d’éducation thérapeutique conçus par les chercheurs et

éducateurs soignants du centre. L’objectif de cette

plateforme expérimentale et unique en France est de

développer le mouvement de l’autonomisation des

patients recommandé dans la prise en charges des

maladies chroniques (prévention primaire).

Dans la mythologie grecque, Panacée et Hygée sont les

deux filles d'Asclépios, ou Esculape chez les Romains, dieu

de la médecine. Hygée est la déesse de la prévention

tandis que Panacée est la déesse de la thérapeutique.

Hygée a donné son nom à hygiène.

Description

http://www.canceropole-clara.com/


GAIA Plateforme d'imagerie nucléaire


Oncologie, métabolisme, neuroscience, cardiologie,

imagerie TEP, imagerie SPECT, imagerie CT,

échographie

Réseau

France Life Imaging

Labellisation : IbiSa

Effectif :

Responsable

Catherine GHEZZI

[email protected]

Situation CHU Grenoble Rond point de la Chantourne 38100 Grenoble

Site web http://www.imagerie-grenoble.fr/

GAIA est localisé au sein de l'UMR 1039 qui regroupe le Laboratoire Radiopharmaceutique Biocliniques (LRB) et la clinique de

Médecine Nucléaire du CHU de Grenoble. Cette unité développe depuis plus de 25 ans des radiopharmaceutiques, molécules

marquées par des atomes radioactifs et utilisées pour le diagnostic et la thérapie. Les compétences développées sur la plateforme

vont du marquage radioactif de composés aux études précliniques et cliniques.

Offre de services

Radiomarquage de divers composés (molécules organiques,

protéines, anticorps, sucres, peptides, bactéries, ADN, ARN,

cellules,…)

Evaluation in vivo de la pharmacocinétique et de la

biodistribution d'une molécule d'intérêt pharmaceutique

Evaluation de l'efficacité thérapeutique de composés

d'intérêt (tumeur, ischémie, métabolisme,...)

Etude de phénommènes biologiques chez l'animal en

utilisant des radiotraceurs existants (suivi de croissance

tumorale, mesures de perfusion cérébrale ou cardiaque, ou

encore études métaboliques)

Validation de modèles animaux


Prestations de services, mise à disposition d'équipements,

conseils/expertise, collaborations de recherche

académiques / industrielles

Equipements

Caméra SPECT/CT Bioscan

Caméra PET/CT Bioscan

Caméra Cliniques SPECT et TEP

Echographe Vevo

Autoradiographie

Moyens biologiques

Infrastructures spécifiques

Plateforme animalerie : petits et gros animaux, animalerie

agrémentée, microchirurgie

Radiochimie : radio-HPLC, radio-CCM, activimètres,

compteurs Gamma et Bêta

Description



ISA-CRMN Centre Européen de Résonance Magnétique Nucléaire

à Très Hauts Champs


Profilage métabolique, Métabonomique, Biologie

Structurale, Cristallographie et Chimie des

Matériaux

Réseau

RALF-NMR : Rhône-Alpes Large-Scale Facility for high-

field NMR

Labellisation :

Effectif :

Responsable

Bénédicte ELENA-HERRMANN

[email protected]

Situation Institut des Sciences Analytiques - 5 rue de la Doua 69100

Villeurbanne

Site web http://www.ens-lyon.fr/crmn/crmn/index.html

Le Centre de RMN à Très Hauts Champs de l'Institut des Sciences Analytiques (ISA, unité mixte CNRS/ ENS Lyon / UCB Lyon 1) a

pour mission de fournir l’environnement nécessaire à des développements méthodologiques et technologiques de pointe en RMN

et à l’application de cette spectroscopie, en phase liquide comme en phase solide, à l’étude de problèmes clés dans les domaines

de la biologie, de la médecine et des matériaux. Son infrastructure intégrée de recherche est ouverte à la communauté nationale

et internationale des utilisateurs de RMN.

Offre de services

Les axes de recherche prioritaires sont :

• La développement de la métabolomique par RMN pour la

cancérologie, notamment pour le diagnostic précoce sur

biofluides ou tissus biologiques, la biologie médicale et la

génomique fonctionnelle ;

• Les applications analytiques en chimique et en biologie,

notamment en biologie structurale et en science des

matériaux ;

• L’instrumentation et les développements techniques,

incluant la chimie moléculaire et, notamment, l’approche

structurale des matériaux bio-organiques solides et liquides.


•Accès pour les utilisateurs français aux spectromètres 800

MHz et plus par le biais du programme CNRS IR-RMN

(Grande Infrastructure de Recherche pour la RMN Très

Hauts Champs)

• Accès possible pour les industriels via un partenariat de

recherche permettant la publication des données obtenues.

• Accès pour les utilisateurs européens dans le cadre du

programme Bio-NMR (projet I3 FP7)

Equipements

La plate-forme du CRMN est constituée :

• d’un spectromètre 1000 MHz SB Bruker (liquide cryo et

solide). Il est le seul spectromètre 1 GHz au monde;

• d’un spectromètre 800 MHz SB Bruker (liquide, solide et

HR-MAS, équipé pour le haut debit en solution);

• d’un spectromètre 800 MHz WB Bruker équipé d’un

gyrotron à 527 GHz pour les études de DNP (polarisation

dynamique nucléaire).

• d’un spectromètre 700 SB Bruker (liquide, solide et HR-

MAS) ;

• d’un spectromètre 600 SB Bruker (liquide) avec

cryosonde et équipé pour le haut débit ;

• d’un spectromètre 500 WB Bruker (solide) ;

• d’un spectromètre 400 MHz, avec gyrotron pour la DNP.

Moyens biologiques


1 Laboratoire de chimie et 2 laboratoires de biologie pour

la préparation des échantillons RMN

Description



EDyP Service Etude de la Dynamique des Protéomes


spectrométrie de masse, bioinformatique,

identification et charactérisation de protéines,

quantification

Réseau

ProFI (Proteomics French Infrastructure)

Labellisation : IbiSa, ISO9001

Effectif : 41

Responsable

Christophe BRULEY

[email protected]

Situation 17 avenue des Martyrs 38000 Grenoble

Site web www.edyp.fr

Fort d’une expertise de plus de 10 ans dans le domaine de la protéomique, l’équipe EDyP met à disposition de la communauté

scientifique un ensemble de technologies de pointe. Sa plate-forme de services labellisée IBISA est destinées à la caractérisation à

haut-débit des protéines et des protéomes.

Offre de services

Entre autres, nous vous proposons :

- Identification de protéines

- Caractérisation de complexes protéiques

- Caractérisation de modifications post-traductionnelles

(phosphorylations, acétylations, ponts disulfures)

- Quantification relative de protéines

- Quantification absolue de protéines

- Analyse bioinformatique des données


EDyP-Service accepte des demandes d'analyses

protéomiques émanant de laboratoires académiques et

industriels.

Le traitement de vos projets par la plate-forme EDyP-Service

peut s'effectuer selon plusieurs modalités.

Equipements

nLC, OrbiTrap VELOS

nLC, QExactive

nLC, LTQ-FT

nLC, OrbiTrap XL

nLC, QTrap 4000

nLC, QTrap 5500

Robot Préparation EVO 150

Moyens biologiques


Description



EpiMed Plateforme Epigénétique Médicale


Analyses genome-wide par les approches NGS,

découverte/validation de marqueurs et de cibles

épigénétiques dans les cancers

Réseau

INSERM-Université Grenoble U823

Labellisation :

Effectif : 4

Responsable

Sophie ROUSSEAUX

[email protected]

Situation Institut Albert Bonniot Rond point de la Chantourne 38700 La

Tronche

Site web http://www-iab.ujf-grenoble.fr/plf_d.php?b=2&c=23&i=64

EpiMed a pour vocation de faciliter une recherche translationnelle dans le domaine de l’épigénétique entre les équipes de

recherche fondamentale et les équipes médicales dans le cadre de collaborations nationales et internationales entre académiques

et industriels.

Un projet important mené au sein d’EpiMed concerne le domaine de la cancérologie. Il consiste à utiliser les expressions dérégulées

« hors contexte » de gènes dans les tumeurs pour une utilisation comme marqueurs et/ou cibles thérapeutiques.

Offre de services

EpiMed a pour but de promouvoir recherche

translationnelle dans le domaine de l'épigénétique et à ce

titre intervient de deux manières: i/ en facilitant

l'établissement de projets translationnels basés sur de

nouveaux concepts et idées émergeant des équipes de

recherche fondamentale ii/ en apportant un soutien

technique soit biologique pour la validation de tests ou de

nouvelles approches thérapeutiques, soit une aide

bioinformatique pour des analyses pangénomiques

(transcriptomiques, NGS...).


Les porteurs de projets doivent prendre contact avec les

responsables de la plateforme afin d'examiner la

pertinence, la faisabilité et les modalités d'intégration d'un

nouveau projet.

Equipements

L’activité d’EpiMed repose largement sur ses capacités

d’analyse des données à grande échelle.Une cellule

d’analyse bioinformatique a été constituée et dotée des

moyens nécessaires (ordinateurs, logiciels...). La

plateforme apporte aussi un soutien pour la validation

biologique utilisant notamment les acquisitions en

matériel faites avec le soutien du CLARA (PCR quantitative

Stratagene, Bioruptor, culture cellulaire...)

Moyens biologiques

Dans le cadre des collaborations déjà établies, la

plateforme a un accès à des tumorothèques, ainsi qu'à

des données cliniques et moléculaires à grande échelle.

Elle a aussi accès à certaines classes de drogues

épigénétiques, à des modèles cellulaires et des modèles

animaux (xénogreffes).


EpiMed fonctionne au sein de l'équipe 6 dirigée par Saadi

Khochbin dans le CR UJF-INSERM U823 (Institut Albert

Bonniot à Grenoble) et bénéficie de l'infrastructure de

cette équipe et du CRI.

Description



GINA Plate-forme de Génotypage à Haut Débit GINA


oncogénétique, cancer hormono-dépendants, sein,

prostate, ovaire

Réseau

GIS IBiSA

Labellisation : Certification ISO9001 renouvelée en

octobre 2013

Effectif : 5

Responsable

Yannick BIDET

[email protected]

Situation Département d'Oncogénétique du Centre Jean Perrin

58 Rue Montalembert 63000 Clermont-Ferrand

Site web http://www.clermont-universite.fr/GINA-Sequencage-haut-debit

La plateforme GINA de séquençage à haut débit compose, avec l’unité de génotypage GENAP de l’INRA, la structure GENTYANE.

La structure GENTYANE rassemble donc deux palteforme l’une travaillant sur l’Humain (GINA) et l’autre dans le domaine végétal (GENAP). Les plateaux GINA et GENAP proposent des outils de séquençage et d’analyse complémentaire et, fortes de leur spécificité et complémentarité thématique, ces deux portes d’entrées accueillent de nombreux projets de séquençage portés par des chercheurs ou des industriels. Après analyse du besoin, GENTYANE oriente le projet de séquençage vers l’un ou l’autre des plateaux techniques disposant des ressources les plus appropriées pour le traitement et l’analyse. Les deux plateaux GINA et GENAP peuvent donc être amenés à réaliser des prestations hors de leur thématique d’origine et à élargir leurs champs d’activité respectifs.

La plateforme GINA est une unité fonctionnelle du département d'Oncologie Moléculaire du Centre Jean Perrin. À ce titre, elle est donc fortement connectée à la fois au laboratoire d'oncogénétique moléculaire (LOM) et au laboratoire de diagnostic médical du Centre Jean Perrin (OncoGénAuvergne). Concernant les projets de Cancérologie, la plateforme est spécialisée sur les cancers hormono-dépendants et en particulier sur l’oncogénétique du sein.

Offre de services

Les prestations se négocient et vont de la production simple de données à la collaboration de recherche, incluant l’analyse.

GINA est adaptée au séquençage de petits génomes ou de fractions de génomes complexes. Les logiciels fournis permettent l’assemblage et l’orientation des contigs de novo. Ils permettent également de comparer les séquences assemblées à une séquence de référence, et ainsi de détecter des polymorphismes. La combinaison des longues lectures (6 à 800 nucléotides) et de l’approche « paired ends » permet une traversée efficace des régions répétées et donc une meilleure construction de la structure des génomes non annotés.

D’autres logiciels de la plateforme autorisent le séquençage simultané d’un grand nombre de produits PCR afin d’analyser un grand nombre de petites régions d’intérêt et/ou d’échantillons. Cela peut être utile en génétique humaine à visée diagnostique, pour la recherche d’hétérogénéité dans une population d’individus (cellules d’un tissu, bactéries, virus...), en métagénomique... Le séquençage d’amplicons est l’un des domaines d'expertise de la plateforme GINA.

L’approche « Deep Sequencing » permet d’augmenter la couverture de l’échantillon afin de déceler des mutations présentes dans moins de 1% de l’ADN de l’échantillon. Cette approche est privilégiée pour la détection de mutations somatiques dans les tumeurs.

Tout type d’acides nucléiques, issu de tout type de traitement, peut être séquencé sur la plateforme. Les études de méthylation, d’ARN non codants ou le séquençage de produits d’immuno-précipitation sont

Equipements

Outils de quantification et de qualification des acides

nucléiques (Lecteur Tecan Infinite200, BioAnalyzer 2100

Agilent).

Robotique de pipetage (Tecan evo100 pré-PCR, Beckman

BioMek FXP post-PCR).

Thermocycleurs (14 blocs pour plaques 96 puits).

Pyroséquenceur GS-FLX+ (Jusqu’à 1 million de lectures

indépendantes par run, 600 à 800 nucléotides par lecture,

Séparation physique des échantillons en 2, 4, 8 ou 16

zones, Multiplexage jusqu’à 1536 échantillons)

Pyroséquenceur GS-Junior (Jusqu’à 100 000 de lectures

indépendantes par run, 600 à 800 nucléotides par lecture,

Multiplexage jusqu’à 96 échantillons)

Moyens biologiques

La tumorothèque à disposition est axée sur les cancers

hormono-dépendants (sein, ovaire, prostate). La

tumorothèque du Centre Jean Perrin est labellisée par le

Ministère de la recherche et est en cours de certification.


Description



ImmunAlp Plateforme d'immunomonitoring


monitorage immunologique, ELISA, PCR, SPR

Réseau

Centre de Recherche INSERM-UJF U823, Institut A

Bonniot

Labellisation :

Effectif : 2

Responsable

Patrice MARCHE

[email protected]

Situation Rond point de la Chantourne 38700 La Tronche

Site web www.immunalp.com

L’équipe INSERM/UJF de P. Marche ont mis en place des méthodes innovantes pour l’analyse des paramètres du système

immunitaire. En outre, des outils originaux issus d’innovations technologiques et couverts par des brevets y sont développés puis

validés dans des applications bio-médicales. Il s’agit en particulier de l’évaluation des réponses immunes par l’analyse des anticorps

(profilage de spécificité, analyse quantitative et qualitative) et de la recherche de marqueurs circulants sériques par desdes

systèmes miniaturisés comme des puces peptide-protéines utilisant une détection en temps réel par imagerie de de la résonnance

de surface (iSPR).

Offre de services

Mesures de la réponses anticorps à partir du sang ou de

fluides biologiques : quantification, paramètres cinétiques.

Evaluation de la toxicité et des effets inflammatoires de

composés, en paticuliers de nano matériaux dans le cadre

de développement de nano particules thérapeutiques.


Collaboration ou prestation de service.

Equipements

Les instruments sont installés dans le Centre de Recherche

INSERM-UJF U823, soit dans le bâtiment Institut Albert

Bonniot.

Omnigrid Micro (Genomic Solutions® OmniGrid) piloté par

le logiciel AxSysTM

Imageur de Surface Plasmon Resonance (SPRi-PLEX, et

SPRiLab, GenOptics)

Robot pour ELISA (Evolis, BioRad)

Moyens biologiques


Laboratoire P2.

Description



IRMaGe Plateforme spécialisée en IRM et neurophysiologie


IRM, neuroimagerie, explorations fonctionnelles

(EEG, TMS, NIRS) et métaboliques, imagerie

fonctionnelle de la vascularisation

Réseau

France Life Imaging


Effectif :

Responsable

Chantal REMY

[email protected]

Situation Bâtiment Edmond J. Safra, Université Joseph Fourier - Site

Santé, Chemin Fortuné Ferrini 38700 La Tronche

Site web https://irmage.ujf-grenoble.fr/accueil?destination=node/850

Spécialisée en neuroimagerie et explorations fonctionnelles associées, IRMaGe est le partenaire idéal pour accompagner des

projets de recherche sur petit animal et primate non humain, des projets de recherche à visée clinique ou cognitive, mais également

pour le développement méthodologique d'imagerie et de spectroscopie RMN ou neurophysiologie.

Dans le contexte de la cancérologie, peuvent être réalisés, pour des études pharmacologiques, des suivis longitudinaux du volume

tumoral, des œdèmes, du métabolisme, de la vascularisation et de l'angiogenèse sur des modèles orthotopiques ou sous-cutanés

(rat ou souris) ou chez l'homme.

Offre de services

Développement méthodologiques (animal, homme)

Phénotypage de souris transgéniques

Suivi de l'évolution de pathologies (animal, homme)

Études pharmacologiques (animal, homme)

Evaluation de l'efficacité de nouveaux traitements (animal,

homme)

Imagerie cellulaire et moléculaire (animal)

Évaluation de nouveaux agents de contraste (animal)

Recherche cognitive (homme)

Exploration fonctionnelles cérébrales (homme)

Evaluation de la compatibilité RMN de matériaux

Etude d'échantillons tissulaires à haute résolution


Prestations de services, mise à disposition d'équipements,

conseils, collaborations de recherche académiques /

industrielles

Equipements

3 IRMs petit animal : 4,7 T, 7,0 T et 9,4 T (rat, souris) - monitoring physiologique

2 IRMs corps entier : 3T

3 EEGs (électro-encéphalographie) haute résolution, compatibles TMS et IRM

TMS (stimulation magnétique transcrânienne) neuronaviguée et robotisée

Appareil de spectroscopie proche infra-rouge (NIRS)

Enregistrements multi-unitaires

Coordination possible pour imagerie multimodale (IRM, optique, nucléaire)

Moyens biologiques

Modèles de tumeurs cérébrales


Accès à une plateforme d'animalerie :

Souris, rats, primates

Animalerie agréée ISO9001

Salles de microchirurgie

Lemasson B et al., NMR in Biomedicine 2011; 24:473-482.

Lux F et al., Angewandte Chemie int Ed Engl, 2011, 50: 12299 –12303.

Coquery N et al., PLoS ONE, 2012; 7:e40567

Lemasson B et al, Radiology. 2012; 265:743-752.

Bouchet et al., Radiother Oncol. 2013; 108:143-148.

Description



ProfileXpert Plateforme de Génomique & MicroGénomique


séquençage haut débit, microgénomique, acides

nucléiques, microarray, microdissection laser,

oncologie, infectiologie, neurosciences

Réseau

GIS IBiSA, Intergroupe francophone du myélome

Labellisation : Certification ISO 9001, Habilitation «

Micro-organismes pathogènes et toxines – MOT »

Effectif : 15

Responsable

Joel LACHUER

[email protected] ou [email protected]

Situation Faculté de Médecine et de Pharmacie Rockefeller

8 avenue Rockefeller, Aile 3B et 2C

69008 Lyon

Site web http://www.profilexpert.fr

La plateforme ProfileXpert de génomique et microgénomique est dédiée à l'analyse de l'ADN, à l'analyse de l'expression génique

et à l'analyse de la régulation des gènes . ProfileXpert-LCMT est spécialisé dans l'analyse de petite quantité d'acides nucléiques

provenant de cellules isolées (microgénomique).

Les activités de ProfileXpert-LCMT sont centralisées autour de trois missions principales :

• une activité de service à destinée de l’ensemble des laboratoires académiques et privés de la région Rhône-Alpes: transcriptome,

génome, épigénome, régulome

• une activité de formation à ces nouvelles technologies,

• une activité de Recherche & Développement (R&D) au sein de programmes de R&D nécessitant ces nouvelles approches de

génomique à haut débit: identification de biomarqueurs (3 brevets, > 100 publications), développement technologique (protocoles

de microgénomique et bases de données)

Offre de services

ProfileXpert fournit des services suivants: • Analyse du Transcriptome, (cRNA et ncRNA, variants d'épissage, nouveaux transcrits, petits ARN (sn, miRNA) • Analyse du génome (Séquençage de novo, reséquençage, amplicons, génotypage et analyse de CNV, LOH, SNP) • Analyse de l’Epigénome et du Régulome (ChIPchip, ChIPseq, MeDIPchip, MeDIPseq, BS, RRBS, beadarrays après traitement bisulfite) • Séquençage de Génomes et Métagénomes Associés à ces services, ProfileXpert fournit également des services support de: • Microdissection laser par CLM • Etablissement de lignées lymphoïdes • Préparation des échantillons • Capture et Enrichissement de régions : exons, groupe de gènes spécifiques, génomes viraux. • Aqcuisition et traitement des données (analyses bioinformatiques, biostatistiques, modélisation, réseaux d'interaction, base de données)


La plateforme ProfileXpert est ouverte à l'ensemble des chercheurs et industriels de l'inter-région Auvergne Rhône-Alpes, voire à des équipes extérieures qui seraient associées à des projets scientifiques

Equipements PREPARATION D'ECHANTILLONS acides nucléiques et librairies: bioanalyzer 2100, Nanodrop, Fluorometer Qubit, Qiacube, Fastprep, Tissue lyser, NucliSENS easyMAG + Experion, thermocyclers (4), sonicateur bioruptor (Diagenode) DECOUVERTE DE BIOMARQUEURS Puces : Station iScan/beadarray (Illumina), Plate-forme Agilent pour étude des puces d’expression et de CGH-arrays, Station GeneChip® Fluidics Station 450 (Affymetrix), Scanner GeneChip® Scanner 3000 7G (résolution des puces SNP array 6.0 et tiling) (Affymetrix, Inc), Access array (fluidigm) Sequenceur NGS : Séquenceur Hiseq 2500 Illumina et Séquenceur MiSeq illumina, MICRODISSECTION LASER Microdissecteur laser Arcturus pixcell II + cryostat VALIDATION DE DONNEES PCR en temps réel et PCR en multiplex : QRT-PCR Lightcycler (Roche), TLDA 7900 Applied microfluidique (Applied Biosystem), CFX 96 Real time PCR biorad, Luminex Flexmap 3D ANALYSE DE DONNEES Logiciels: GeneSpring, Ingenuity IPA, dCHIP, Genotyping console, TAS, Pathway studio, Partek + Serveur HP 48To mémoire 8 coeurs Moyens biologiques Infrastructures spécifiques

Description



PARCC-ARA Plateforme d’Aide à la Recherche Clinique en

Cancérologie en Auvergne Rhône-Alpes


Méthodologie des essais cliniques, conception,

analyse statistique, gestion de données, qualité des

études cliniques

Réseau

Labellisation : Ligue Nationale Contre le Cancer

Effectif : 0

Responsable

David PEROL

[email protected]

Situation 28 rue Laënnec 69373 Lyon Cedex 8

Site web http://www.parcc-plateforme-lncc.fr/

La PARCC est une structure multi-institutionnelle dont la finalité est de soutenir la recherche clinique en Cancérologie des régions

Auvergne et Rhône-Alpes.

Fondée en 2004, grâce au soutien de la Ligue Nationale Contre le Cancer, la PARCC :

• a établi un partenariat inter-régional réunissant toutes les structures concernées par la recherche clinique en cancérologie en

Auvergne & Rhône-Alpes

• anime l'axe de recherche clinique du Cancéropôle Lyon Auvergne et Rhône-Alpes (CLARA)

• dispose de ressources humaines et d'une expertise méthodologique et logistique qu’elle met à disposition des porteurs de projets

de recherche clinique des régions Auvergne et Rhône-Alpes.

Offre de services

• Soutien méthodologique, statistique et logistique pour la

recherche clinique en cancérologie à des institutions

partenaires

• Aide à la soumission des projets aux différents Appels

d'Offres nationaux (PHRC-K, PRME-K, INCa, LNCC, ARC...)

• Aide à la formation en recherche clinique et à la

promotion de manifestations scientifiques

• Aide à la valorisation et à la publication des essais

cliniques (traduction, medical writing)


Investigateurs :

•des différentes institutions prenant en charge le cancer

•du secteur public ou du secteur privé

•des régions Auvergne & Rhône-Alpes

Equipements

La PARCC a été labellisée en tant que Centre de

Traitement des Données par l'INCa en 2007 ; elle met ainsi

à la disposition des porteurs de projets des solutions

techniques et logistiques en termes de gestion des

données cliniques et biologiques, et d'analyse statistique.

Moyens biologiques

NA


NA

L’activité opérationnelle de la PARCC est structurée autour

de deux entités opérationnelles : le Comité de Pilotage et

le Comité Méthodologique, soutenu par des experts

cliniciens si besoin, au service des investigateurs des

structures partenaires (à noter que la PARCC n’est pas

promoteur des études cliniques au sens de la loi ; les

centres partenaires sont les promoteurs).

Description



EUCAN Observatoire Européen du Cancer


épidémiologie, incidence, mortalité, prévalence,

cancers, Europe

Réseau

Organisation Mondiale de la Santé (OMS)

Labellisation :

Effectif :

Responsable

Jacques FERLAY

[email protected]

Situation Centre International de Recherche sur le Cancer - 150 Cours

Albert Thomas 69372 Lyon CEDEX 08

Site web http://eco.iarc.fr/EUCAN/Default.aspx

Le but d’EUCAN est de diffuser l'information sur l’impact du cancer dans chaque pays européen à l'aide d'un site Internet fac ile à

utiliser et en langue Française. EUCAN présente les estimations nationales de l'incidence, de la mortalité et de la prévalence par

types de cancer et par pays d'Europe depuis 2006. La première version du site EUCAN a été lancée en mai 2009 avec le soutien du

CLARA et la Commission européenne. Elle regroupait les estimations pour l'année 2008. La dernière mise à jour du site web

présente les dernières estimation pour l'année 2012. Ces estimations sont effectuées à l'aide des données d'incidence collectées

par les registres du cancer en Europe membres du "Reseau européen des registres du cancer" (ENCR) et en utilisant les données

de mortalité nationales disponibles à l’OMS à Genève. Le site web http://eco.iarc.fr/EUCAN/Default.aspx est administré par le

Centre international de Recherche sur le Cancer.

Offre de services

Les estimations nationales pour l'année 2012 par type de

données (incidence, mortalité, prévalence) par sexe

(homme, femme, deux sexes confondus) par cancer (25

types de cancers) ou par pays (40 pays d'Europe) sont

disponibles sur le site web sous forme d'histogrammes, de

camemberts, de tableaux ou cartes avec données

exportables. Le nombre de nouveaux cas de cancer

(incidence), de décès par cancer (mortalité) ou de cas

prévalent à un, trois ou cinq années ainsi que des taux

standardisés sont présentés soit par type de cancer (fiches

cancer), soit par pays (fiches pays). Enfin, un glossaire, un

guide utilisateur et des liens vers les sources de données

sont également disponibles sur le site.


Site internet avec accès gratuit

Equipements

Le site Internet est hébergé et administré par le Centre

international de Recherche sur le Cancer (CiRC) au sein du

service des technologies de l’information. Les estimations

sont effectuées au sein de la section "données du cancer".

La méthodologie et les résutats sont publiés dans des

revues scientifiques (European Journal of Cancer).

Moyens biologiques


EUCAN est une des composantes du site "European Cancer

Observatory" (http://eco.iarc.fr), qui présente également

les données collectées par les registres du cancer en

Europe (EUREG), ce qui améliore encore la visibilité des

estimations nationales effectuées grâce au soutien du

Clara.

Description



Plateforme de cytométrie de flux


cytométrie de flux, tri cellulaire, cytokine,

immunomonitoring

Réseau

Accord de fonctionnement avec la plate-forme de

microscopie photonique et Imagerie cellulaire de

l'IAB

Labellisation : Labellisation IBISA

Effectif : 0

Responsable

Christian VILLIERS

[email protected]

Situation Institut Albert Bonniot, INSERM/UJF/U823 Rond point de la

Chantourne 38700 La Tronche


La plate-forme de cytométrie du CR Inserm/UJF (U823) est dédiée à l’analyse et au tri de populations cellulaires sur des critères de

taille, granulométrie et fluorescence. La coordination du plateau est assurée par Christian Villiers, soutenu par Mylène Pezet

(responsable technique). Un comité de pilotage formé de membres des équipes utilisatrices se réunit au moins une fois par an pour

analyser le fonctionnement et l'évolution de la plate-forme. Des exposés scientifiques sont réalisés au cours de ces réunions afin

de promouvoir les avancées scientifiques permises par ces équipements.

Offre de services

La plateforme assure les prestations suivantes :

Détection de molécules de surface et intra-cellulaires

Analyse du cycle cellulaire.

Quantification de la prolifération cellulaire

Détection de l'apoptose/nécrose

Détection de cytokines intra-cellulaires

Quantification des cytokines dans les surnageants de culture

(Cytometric Bead Array )

Numération cellulaire

Le service assure également les missions suivantes :

Gestion de l’utilisation des équipements

Formation des utilisateurs, assistance et conseils sur

l’utilisation des appareils

Diffusion du savoir-faire, formation théorique et pratique


sur rendez-vous pour les personnes non formées à

l'utilisation des appareils et via un planing informatisé pour

les autres. La plate-forme est ouverte aux utilisateurs

extérieurs à l'Institut.

Equipements

1 analyseur C6 (BD-Accuri)

1 FACS Aria (BD)

1 LSRII (BD)

Moyens biologiques


Description



Plateforme Détection moléculaire in situ


immunohistochimie, FISH, CISH, extraction

ADN/ARN, immunomarquages, extraction

nucléotides, investigations des banques de tumeurs

Réseau

INSERM U823 Centre de recherche Albert Bonniot ;

CHU Albert Michallon Departement DACP

Labellisation : INSERM, IBISA

Effectif : 0

Responsable

Elisabeth BRAMBILLA

[email protected]

Situation Rond point de la Chantourne 38700 La Tronche


Cette plateforme technologique a pour objectif spécifique la détection des protéines in situ par immunohistochimie, des acides

nucléiques (ARN, ADN) par FISH, (hybridation in situ fluorescente), CISH (hybridation in situ chromogénique) et SISH.

La plateforme dispose également des outils nécessaires pour l’extraction ADN, ARN, miRNA à partir de coupes tissulaires macro-

disséquée ou non et des équipements pour contrôler la quantité et la qualité des extraits tissulaires obtenus.

Offre de services

Cette plateforme technologique a été optimisée pour

l'analyse immunohistochimique de plus de 500 protéines

différentes et représente sur le site la seule plateforme

d'investigation de nouvelles molécules anticorps proposées

par les laboratoires privés ou publics incluant les équipes du

CR-IAB. Cette plateforme représente un continuum de

fonctionnement entre soins et patients, validation et

détection de nouveaux biomarqueurs. La totalité de la mise

en évidence des protéines à visée diagnostique,

thérapeutique ou dépendante des signatures moléculaires

qui font partie des voies de signalisation étudiées par les

équipes du CR-IAB sont investiguées et validées sur cette

plateforme.


Equipements

1 Automate Ventana Discovery et, 3 Modules Ventana

Benchmark XT permettant la réalisation de technique IHC

et CISH automatisée,

1 hybridizer,

4 Cryostats,

1 Automate Pathos d’inclusion rapide à effet micro-ondes,

1 Tissu arrayeur de type Beetcher destiné à la préparation

des tissus microarrays,

1 magnalyser (broyeur de tissu pour extraction ADN

/ARN),

1 thermomixer, accès à un nanaodrop et bioanalyser

Agilent

Moyens biologiques

La plateforme est adossée a une tumorothéque labellisée

de tumeurs pulmonaires, cérébrales et lymphomes Elle

est chargée des evaluations tissulaires sur ces

prélévements.


La plateforme opére l'analyse des tissus de modéles

murins dans le cadre de l'INSERM (Institut Albert Bonniot).

Description



PROMETHEE Plateforme de protéomique Prométhée


protéomique, phosphoprotéome, acétylome,

identification de biomarqueurs

Réseau


Effectif : 10

Responsable

Michel SEVE

[email protected]

Situation Institut de Biologie et Pathologie, CHU Grenoble, CS 10217 0

Grenoble

Site web www.proteomique.fr

PROMETHEE est une plateforme de protéomique médicale localisée au cœur du pôle Santé, dans l'enceinte du CHU de Grenoble.

La plateforme est également rattachée à l'Institut Albert Bonniot (UJF / INSERM U 823) spécialisé dans la recherche sur le cancer

du poumon. La plateforme a développé son expertise dans la maitrise des techniques innovantes en protéomique tels que le

fractionnement peptidique par OFF-GEL et la quantification par iTRAQ, ainsi que dans la recherche de biomarqueurs et des

mécanismes fondamentaux biologiques à travers l'analyse protéique de liquides biologiques (plasma, lavage bronchique,...) ou de

cellules.

Offre de services

Nous vous proposons des prestations répondant à vos

besoins, de la vérification de l'identité d'une protéine

purifiée à l'analyse de l'effet de drogues sur le contenu

protéique de vos cellules. De nombreuses applications sont

possibles, tels que:

Contrôle de l'identité de protéines,

Etude de modifications post-traductionnelles

(principalement phosphorylation et acétylation),

Caractérisation de protéines,

Identification de biomarqueurs à partir d'échantillons

cliniques,

Cartographie protéique,

Analyse différentielle et quantitative,

Investigation de mécanismes pathologiques,

Analyse et intégration des données en vue d'une approche

systémique


Evaluation de la faisabilité sur demande

Equipements

LC préparative U3000 Dionex

Robot pour la préparation d'échantillons et la digestion

tryptique (EVO 150, Tecan)

3 NanoHPLC U3000 (Dionex)

Robot spotter pour plaques MALDI (Probot, Dionex)

Spectromètre de masse MALDI-TOF/TOF 4800 (AB Sciex)

Spectromètre de masse ESI-QTRAP 4000 (AB Sciex)

Systèmes informatiques et programmes bioinformatiques

Moyens biologiques


Description



OPTIMAL Plateforme d'imagerie optique du petit animal


Oncologie, thérapie ciblée du cancer, drug delivery,

nanoparticules, angiogénèse

Réseau

France Life Imaging


Effectif : 4

Responsable

Veronique JOSSERAND

[email protected]

Situation Institut Albert Bonniot, BP170 La Tronche

38042 Grenoble cedex 9

38042 Grenoble cedex 9

Site web http://www.imagerie-grenoble.fr/

Au sein de l’équipe «Thérapie ciblée, diagnostic précoce et imagerie du cancer» dirigée par le Dr Jean Luc Coll de l’INSERM U823,

l’équipe OPTIMAL s’est développée sous la direction du Dr Véronique Josserand pour promouvoir l’innovation technologique et

méthodologique dans le domaine de l’imagerie optique du petit animal.

OPTIMAL permet à l'ensemble des chercheurs du monde académique ou industriel d'avoir accès à des méthodes d'imagerie

sophistiquées, sous la forme de projet collaboratifs ou de prestations de service prises en charge par du personnel hautement

spécialisé.

Offre de services

Etudes pharmacocinétiques de biodistribution in vivo

Nombreuses lignées cancéreuses bioluminescentes

Développement à façon de lignées cancéreuses

bioluminescentes

Nombreux modèles in vivo pour l’oncologie

Evaluation de l’efficacité thérapeutique de candidats

anticancéreux

Imagerie de l’angiogénèse in vivo

Imagerie per opératoire en fluorescence temps réel

Evaluation de vecteurs pour la thérapie génique in vivo

Suivi d’infections bactériennes, virales ou fongiques in vivo


Prestations de services personnalisées, mise à disposition

d'équipements, conseils, collaborations de recherche

académiques / industrielles

Equipements Imagerie de bioluminescence in vivo Imagerie de fluorescence 2D in vivo en temps réel aux longueurs d’ondes de 480 à 800 nm Imagerie FRET in vivo Imagerie de Fluorescence 3D in vivo Imagerie de Fluorescence macroscopique à capacité de zoom de 1 à 1600x aux longueurs d’ondes de 360 à 750 nm Systèmes portatifs d’imagerie de fluorescence pour l’imagerie per opératoire des petits et gros animaux Imagerie microCT à haute résolution (<14 µm) Tous nos instruments sont équipés de systèmes d’anesthésie gazeuse et de maintien de température Moyens biologiques Nombreuses lignées cellulaires cancéreuses murines ou humaines exprimant la luciférase de façon stable. Nombreux modèles animaux de cancers murins ou humains implantés en sous cutané ou sur leur site naturel (orthotopique) ou sur leur site métastatique : Cancer primaire du poumon Cancer primaire mammaire métastasant au poumon, au cerveau, aux os Cancer primaire colorectal métastasant au foie Glioblastome Cancer primaire de la prostate Carcinose péritonéale (cancer ovarien) Mélanome Cancer du pancréas Infrastructures spécifiques Animalerie agréée pour l'hébergement des souris (y compris nudes et transgéniques) et des rats Laboratoire de culture cellulaire

Description


Health & Medicine

Plateformes - CLARA - 1er sem. 2014