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DESCRIPTION
Présentation rapide des fonctions avancées de PubMed (nouvelle interface 2009)
Citation preview
www.upmc.fr
Université Pierre-
et-Marie-Curie
Formation_Bu_Medecine
(at)scd.upmc.fr
Fonctions avancées
Trouver des revues en ligne : liste AZ
3
Accès distant pour accéder de l’extérieur
4
PubMed / MedLine : présentation
- MEDLINE (Medical Literature Analysis and
Retrieval System Online)
- Base de données bibliographiques
(= références d’articles ≠ texte des articles) en
sciences biologiques et biomédicales
- Base gérée et mise à jour par la bibliothèque
nationale de médecine des États-Unis (NLM)
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PubMed / MedLine : contenu
- MedLine = le contenu (base de données)
≠ PubMed = le contenant (accès à MedLine +
autres bases)
- 21 millions de références d’articles, tirés de
5 000 revues, depuis les années 1950
- Une centaine de titres français
- Liste des revues : http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/citmatch_help.html#JournalLists
6
PubMed via JUBIL
PubMed est accessible gratuitement sur
Internet mais si on passe par JUBIL pour
s’y connecter :
On garde l’interface classique
+ lien vers texte intégral si nos
bibliothèques sont abonnées
7
PubMed via JUBIL
Accès distant possible, quand on se connecte
depuis chez soi ou dans son service ! 9
Interroger PubMed
• Pour avoir des résultats pertinents, rechercher en anglais
• Les articles sont indexés avec un système de mots-clefs hiérarchisés : le MeSH
• MeSH pour Medical Subject Headings
• Intérêt du MeSH : gère les synonymes (Trisomy 21 = Down Syndrome = Mongolism)
+ permet de chercher sur le sujet seulement des articles : exemple de la revue Cell ou du docteur Cell
+ permet de réaliser des recherches fines, en allant du général au particulier
11
Qu’est-ce que le MeSH ?
- Plus de 25 000 termes, hiérarchisés entre eux,
répartis en 16 grandes catégories
- Mise à jour annuelle
- Traduction française
par l’INSERM
12
Le MeSH est accessible via PubMed
13
Recherche en anglais
Ex. de recherche sur le noyau tegmental
pédonculopontin
En anglais : Pedunculopontine tegmental
nucleus
14
On cherche le terme dans le MeSH
15
Détail d’un terme MeSH
AB AD AE AG AA AN AH AI BI BS BL CF CS CI CH CL CO CN CT CY DF DI DU DH DE DT EC ED
Abnormalities Administration and Dosage Adverse Effects Agonists Analogs and Derivatives Analysis Anatomy and Histology Antagonists and Inhibitors Biosynthesis Blood Supply Blood Cerebrospinal Fluid Chemical Synthesis Chemically Induced Chemistry Classification Complications Congenital Contraindications Cytology Deficiency Diagnosis Diagnostic Use Diet Therapy Drug Effects Drug Therapy Economics Education
EM EN EP ES EH ET GE GD HI IM IN IR IS IP LJ MA ME MT MI MO NU OG PS PY PA PK PD PH
Embryology Enzymology Epidemiology Ethics Ethnology Etiology Genetics Growth and Development History Immunology Injuries Innervation Instrumentation Isolation and Purification Legislation and Jurisprudence Manpower Metabolism Methods Microbiology Mortality Nursing Organization and Administration Parasitology Pathogenicity Pathology Pharmacokinetics Pharmacology Physiology
PP PO PC PX RE RA RI RT RH SC SE ST SN SD SU TU TH TO TM TR TD US UL UR UT VE VI
Physiopathology Poisoning Prevention and Control Psychology Radiation Effects Radiography Radionuclide Imaging Radiotherapy Rehabilitation Secondary Secretion Standards Statistics and Numerical Data Supply and Distribution Surgery Therapeutic Use Therapy Toxicity Transmission Transplantation Trends Ultrasonography Ultrastructure Urine Utilization Veterinary Virology
Le MeSH comprend 83 qualificatifs
Chaque mot-clef du MeSH ne peut être associé
qu’avec certains qualificatifs
Les qualificatifs du MeSH
17
Un même terme peut appartenir à
plusieurs arborescences
18
Choix du qualificatif et
construction de la requête
19
Termes majeurs / Explosion
20
Combinaison avec un autre terme
21
22
23
Utilisation optimale documentation
médicale
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PubMed : stopwords
Mots courants non indexés :
Pourquoi utiliser le MeSH ?
• Recherche dans PubMed
– Avec « moelle épinière » : 85 articles seulement
– Avec « moelle spinale » : 1 article seulement
– Avec « spinal cord » (directement) :
plus de 145 000 articles
– Avec « spinal cord [MeSH] » : 73 000 articles
– Avec un qualificatif « "Spinal Cord/surgery"[Mesh] » :
2 600 articles
25
Chercher à partir du français
Étape 1 : trouver le mot-clef de départ en français
• On détermine un mot-clef intéressant en
français
• On cherche l’équivalent de ce mot-clef dans le
MeSH français
• Le site du CISMeF propose la traduction
française du vocabulaire MeSH
26
Équivalent du mot-clef dans le MeSH
français : http://pts.chu-rouen.fr
27
Exemple : moelle épinière
28
Place du terme dans l’arborescence MeSH
29
Étape 2 : choix des qualificatifs
30
Étape 3 : on lance la recherche depuis CISMeF
31
Intérêt du CISMeF : les articles récents
• Ex. de recherche sur le noyau tegmental pédonculopontin
• Terme Mesh : Pedunculopontine tegmental nucleus
• Formule de recherche standard :
• "pedunculopontine tegmental nucleus"[MH]
• CISMeF : ("pedunculopontine tegmental nucleus"[MH] OR
((("nucleus tegmentalis pedunculopontinus"[TIAB] OR "nucleus,
pedunculopontine tegmental"[TIAB] OR "peduncular pontine
nucleus"[TIAB] OR "tegmental nucleus,
pedunculopontine"[TIAB] OR "pedunculopontine tegmental
nucleus"[TIAB] OR "pedunculopontine nucleus"[TIAB])) NOT
(MEDLINE[SB] OR oldmedline[sb])) OR
(("pedonculopontin"[TIAB] AND "tegmental"[TIAB] AND
"noyau"[TIAB]) NOT (MEDLINE[SB] OR oldmedline[sb])))
32
Sans CISMeF
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Avec CISMeF
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Recherches très spécifiques avec
des termes absents du MeSH
• Ex. : dose intégrale en radiothérapie :
« integral dose »
• "integral dose" [TIAB] : 312 résultats
• "integral dose" [TIAB] AND radiosurgery
[MH] : 23 résultats
35
PubMed : Mapping
Termes recherchés directement, sans guillemets et sans passer par le MeSH
= PubMed vérifie, dans l’ordre
– dans le MeSH
– dans les revues
– dans les expressions (Phrase List)
– dans les auteurs
Correspondance automatique des termes
(ATM = Automatic Term Mapping)
36
Liste de résultats dans PubMed
37
Consulter les articles trouvés
• Sur papier dans les bibliothèques (JUBIL)
• En ligne, sur les postes des bibliothèques
• Et maintenant de chez vous, via l’accès
distant
38
Lien direct vers le PDF ?
• Quand on est sur un ordinateur de l’université
• OU connecté en accès distant via JUBIL
• ET SI l’université est abonnée aux revues en
ligne où est paru l’article recherché
• Alors icône pour accès direct au PDF
39
Exemple d’article accessible
40
Changer d’affichage
• Par défaut : Summary
= auteurs + titre +
PMID + niveau
d’indexation
• Abstract : résumé +
lien vers PDF
• MEDLINE : export
vers bibliographie
(EndNote, Zotero…)
41
Affichage Abstract : liens vers PDF
42
Les limites…
43
Limiter le nombre de résultats (par langue, type de
document, population…)
44
Recherche avancée
45
Search Builder
• On choisit le champ de recherche à gauche
• L’index s’affiche avec le nombre de références correspondantes
• On sélectionne les termes et on clique sur « add to search box » avec un booléen pour envoyer vers la fenêtre de recherche
46
Chercher un auteur • Rentrer son nom et l’initiale de son prénom
• PubMed comprend qu’on cherche une personne
47
« Single Citation Matcher »
• Recherche par auteur / revue / date
• Pour retrouver une référence d’article précise
Utilisation optimale documentation
médicale
49
« Single Citation Matcher »
• Recherche par auteur / revue / date
• Pour retrouver une référence d’article précise
49
Alertes et historiques
• Fil RSS sur une recherche
• Historique automatique, conservé 8 heures,
accessible via la recherche avancée
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Création de compte gratuit : My NCBI
Intérêts :
– Sauvegarder ses résultats
– Sauvegarder ses recherches habituelles
– Créer des alertes (RSS ou courriel)
– Appliquer des filtres automatiques sur les
résultats
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Création de compte gratuit : My NCBI
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Création de compte gratuit : My NCBI
53
Création de filtres pour les recherches
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On choisit PubMed dans la liste…
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On cherche le filtre JUBIL
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Les résultats sont triés
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Les résultats sont triés
• JUBIL : articles parus dans des revues accessibles en ligne via JUBIL (7 000 revues)
• ifrhplib : articles parus dans des revues accessibles via l’APHP (300 revues)
• ifrbinslib: articles parus dans des articles accessibles sur biblioInserm
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Liens vers les PDF Ne fonctionnera que si vous êtes sur un ordinateur de l’université
ou de l’APHP (de l’extérieur repasser par l’accès distant JUBIL)
59
FIN Merci de votre attention
