Foire aux questions FAQ Jean-François Dufayard, Marilyne Summo, Felix Homa

Foire aux questions

FAQ

Jean-François Dufayard, Marilyne Summo, Felix Homa

Ajout de fichier

• Problème• Vous avez ajouté un fichier dont le format n’a pas été reconnu (roadmaps)

• Solution• (1) Cliquez sur le stylo et (2) changer le format (change data type new type)

2

1

Détection automatique de format de fichier

Liens cassés

• Problème• Un de mes fichiers Galaxy dont l’accès m’a été donné à partir des Librairies

partagées n’est plus accessible (bug à une exécution)

• Solution• Remettre le fichier déplacé ou supprimé à son emplacement d’origine • Supprimer et recréer un nouveau lien symbolique valide

• Explication• Le fichier correspond à un lien symbolique qui a été rompu

Taille limite de fichier

• Chaque processus est limité à 6 Go de RAM=> Limite de taille implicite pour les fichiers en entrées

• Pas de limite pour le stockage (pour l’instant)– Supprimez les historiques dont vous n’avez plus

besoin

Historiques

• Donner des noms explicites

• Plusieurs historiques peuvent avoir le même nom

Nommage des historiques

Fichiers cachés

• Les fichiers cachés apparaissent Lors de la suppression d’un fichier Après l’exécution d’un workflow

• Delete• Suppression réversible.

• Delete permanently• Suppression définitive

Suppression de l’historique courant

Suppression des historiques

Affichez les historiques supprimés

• Veuillez contacter le service bioinformatique

Copier les données de l’historique vers le server

Workflows

Si rien n’est coché tout est coché

Fichier de sortie

• Ne pas essayer de modifier le workflow• Contacter la plateforme bioinformatique

Briques manquantes

QCM pour un champion

Je commence par charger les fichiers dans un nouvel historique

Je dispose de données NGS sur mon pc que j’aimerais analyser via galaxy, que faire ?

J’attends que quelqu’un me contacte

Je contacte l’équipe IDJe contacte l’équipe ID

Je le partage immédiatement avec tout le monde

J’ai un workflow tellement génial que…

Je le partage uniquement avec mes amis/collègues

Je le garde que pour moi

Je le partage immédiatement avec tout le monde

Je le garde que pour moi

Je le partage uniquement avec mes amis/collègues

Tant pis, Je cherche un autre galaxy

J’ai besoin d’un outils qui n’est pas sur galaxy

Je me renseigne auprès de mes collègues et en cas de besoin, je contacte l’équipe Bioinformatique

Je brule un cierge et j’attends

Je me renseigne auprès de mes collègues et en cas de besoin, je contacte l’équipe Bioinformatique

Pas grave, je laisse les valeurs par défauts

J’utilise un outil que je ne connais pas du tout…

Allo les bioinfos…

Je me renseigne auprès de mes collègues

Je lis la documentation associée

Allo les bioinfos…

Je me renseigne auprès de mes collègues

Je lis la documentation associée

Classe, c’est la preuve que je m’investis beaucoup dans mon travail

J’ai plusieurs historiques de plus de 20Go

Je demande à archiver les fichiers essentiels avant de supprimer

Je suis courtois, je supprime pour faire de la place aux autres

Je demande à archiver les fichiers essentiels avant de supprimer