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~6Cique ae Côte a/voire 'Union-Discipline-Travaii
:Ministère de I'Œnseignement Supérieure et de [a ~cnercne Scientifique
UFR des sciences de la nature Année universitaire 2013-2014 -
Biodiversité et Gestion Durable des Ecosystèmes(BioQDE)
Thème:
Evaluation d'une contamination microbiologique environnementale : cas de la lagune Ebrié
Présenté par
M. KOUDOU Amian Aristid
Soutenu publiquement le 16 février 2015
Devant le jury composé de :
• Prof. YEO Kolo Maître de Conférences Université Nangui Abrogoua Président
• Dr. KAKOU N'gazoa Solange Chargée de recherches Institut Pasteur Examinateur
• Dr. KONE N'golo Abdoulayc Assistant Université Nangui Abrogoua Encadreur
DEDICACE
Au DIEU tout puissant qui rend possible la réatisation de tous nos projets. Lui qui
W\ a accordé la santé) la force) l inte{(igence et la sagesse dans la réalisation de ce
travail.
A Mes parents biologiques : Mon père KOUDOU SAMUEL et à Ma Mère ZEBf
MARTHE pour tout le soutien qu'ils Mont apporté jusqu'ici
ParticulièreMent à deux de Mes grande sœurs biologiques ; j'ai noMMé KOUDOU
LUCIE épouse QUEMf et KOUDOU ROSALIE épouse KOBLI pour leur soutien Morale)
Matériel et surtout financier dont je bénéficie da.-,.s dérouleMent de Mes études.
REMERCIEMENTS
Mes remerciements vont d'abord à l'endroit des autorités de l'université NANGUI \BROGOllA . .I'ai nommé Prof TANOH YAO et Prof COULIBALY IACINA respectivement président et vice-président de ladite université, Prof TIRO SEYDOU en tant que doyen de l'UFR des sciences de la nature qui m'a recommandé à l'Instruit Pasteur de Côte d'Ivoire dans le cadre de la recherche de mon stage, Prof YEO KOLO pour tous les efforts consentis dans l'organisation des cours qui nous a permis d'avoir une période favorable au déroulement de mon stage mais pour tous ses conseils et directives en sa qualité de responsable de filière. Je remercie à leur suite mon directeur de mémoire, Dr KONE N'GOLO ABDOUIAYE pour toutes les instructions, les conseils, les orientations el l'attention particulière qu'il m'a accordé pour la réalisation de ce travail. j 'adrcssc mes sincères remerciements à Prof MIREil.LE DOSSO en sa qualité de directrice de l'Institut Pasteur de Côte d'Tvoire(IPCI) qui m'a accueilli pour mon stage. J'exprime également ma profonde gratitude à Dr SOLANGE KAKOU N'GAZOA (chargée de recherche à l 'IPCT et responsable de la plateforme de biologie moléculaire) qui a non seulement Iacilité l'obtention de mon stage et a Lous mis en œuvrc pour le meilleur déroulement de mes travaux au laboratoire. Enfin à Lous ceux qui ont participé de près ou de loin à la réalisation de ce travail, j'adresse mes sincères remerciements.
Résumé
La lagune Ebrié couvre une grande partie de la ville d'Abidjan. Cette lagune est devenue le
réceptacle de toutes sortes de déchets en provenance de diverses sources de production.
Toutefois, les études relatives aux estimations quantitative et qualitative de la communauté
bactérienne, qui constitue un volet fondamental dans l'étude de la qualité de cet écosystème
aquatique reste très peu fournies. Pour ce faire, un prélèvement d'échantillons
environnementaux hydriques a été fait à différents endroits soumis à diverses sources de
pollutions (Boribana, Carena, Adiopodoumé et la fusion de Locodjoro et Abobo-doumé), afin
d'en estimer la diversité microbienne et analyser la contamination microbienne de cette
lagune à travers des tests microbiologiques (culture sur gélose et tests biochimiques)
L'analyse des échantillons de Boribana, Carena, Adiopodoumé et la fusion de Locodjoro et
Abobo-doumé a révélée la présence des germes du genre Ecoli. Les germes du genre
Pseudomonas n'ont été retrouvés que dans les échantillons des sites de Boribana et de la
Carena. Cependant, même en l'absence de germes du genre Vibrio dans les échantillons. la
seule présence des germes du genre E. coli suffit à confirmer la contamination
rnicrobiologique d'origine fécale de cette lagune.
Mots clés
Lagune Ebrié, contamination microbienne, diversité microbienne, abondance bactérienne
germes pathogènes,.
Table des matières
Résumé i
LISTE DES ABREVIATIONS iv
LISTE DES TABLAUX V
LISTE DES FIGURES··············································································································· V
LISTE DES Pl--IOTOGRAPHŒS V
Introduction 1
T - Généralités 2
1 - Contamination microbiologique 2
2 -Quelques micro-organismes de notre environnement.. 2
3-Notion d'indicateur de contamination 3
4-Pouvoir néfaste des micro-organismes 4
5 - Sources de contamination microbienne des eaux urbaines 4
6 - Conditions de croissance des micro-organismes 5
7 - Devenir des micro-organismes d'origine fécale dans le milieu aquatique 6
8-Facteurs influençant la teneur microbienne globale 7
9-Impact de la contamination microbiologique sur le milieu aquatique 8
10-Impact de la contamination microbiologique sur la biodiversité aquatique 8
11-Impact de la contamination microbiologique sur la santé de la population 9
Il- Matériels et méthodes 10
1-Présentation de la zone d'étude 10
!-!-situation géographique et description de la lagune EBRIE !O
1-2-Choix de la lagune EBRIE en milieu urbain 11
1-3-Choix des sites de prélèvement 11
2-Matériels 14
2-2-Matériels de prélèvement. 14
ii
3-Méthodes 15
3- 1 - Méthode de prélèvement des échantillons 15
3-2-Méthode d'identification des germes 16
III - Résultats et discussion 21
l-Résultats 21
Discussion 27
Références bibliographiques 29
Conclusion 28
Perspectives de recherche 28
iii
LISTE DES ABREVIATIONS
CF: Coliformes Fécaux
DO: Disque d'Oxydase
DU : Déchets Urbains
EP A : Eau Peptonée Alcaline
EPT : Eau Peptonée Tamponnée
Glu : Glucose
GO : Gélose Ordinaire
H2S : Hydrogène de Soufre
IPCI : Institut Pasteur de Côte d'Ivoire
Lac : Lactose
LDA: Lysine Désaminase
LDC : Lysine Décarboxylase
OM : Ordures Ménagères
REC : Rapide Escherichia. Coli
STEP : Station d' Epuration
TBX : Tryptone Bile X-glucuronidase
TCBS : Thiosulfate Citrate Bile Saccharose
UCME : Unité de Chimie et de Microbiologie Environnementale
URIS : Uri Select
iv
LISTE DES TABELAUX
Tableau 1 : Enrichissement des prélèvements environnementaux
Tableau 2 : Ensemencement des échantillons sur des géloses spécifiques
Tableau 3 : Caractéristiques biochimiques d' E.coli et Vibrio
Tableau 4: Test positif de Pseudomonas aeruginosa
Tableau 5 : Présence ou absence de germes dans les différents sites
LISTE DES FIGURES
Figure l : Présentation de la lagune ebrie et les sites de prélèvements
Figure 2: Principales étapes de l'identification des germes
Figure 3 : Etapes de l'identification de Pseudomonas
Figure 4 : Etapes de l'identification de Vibrio
Figure 5 : Etapes de l'identification d' E.coli
LISTE DES PHOTOGRAPHIES
Photographie l : Site de prélèvement d' Abobo-doumé
Photographie 2 :Site de prélèvement de Locodjoro
Photographie 3 : Site de prélèvement de la Carena
Photographie 4 : Site de prélèvement de Boribana
Photographie 5 : Site de prélèvement d' Adiopodoumé (témoin)
Photographie 6 :Prélèvement d'eau à l'aide d'une bouteille de 250ml reliée à une corde
Photographie 7: Colonie d' E. Coli sur gélose URIS
Photographie 8 : Colonie de Pseudomonas sur gélose cétrimide
Photographie 9 : Colonie de Vibrio sur gélose TCBSPhotographie 10 : Test biochimique
positif d 'E. Coli
Photographie 11 : Test biochimique négatif de Vibrio
V
Introduction
La lagune Ebrié est le plus grand des systèmes lagunaires d'Afrique de l'Ouest. Sa forte
production en ressource halieutique est profitable à la population à travers la pêche de
poissons, crevettes et crabes (Bamba et al 2008). Cette lagune est devenue le réceptacle de
toutes sortes de déchets en provenance de diverses sources de production (ménages
industries, hôpitaux, animaux, activités commerciales à proximité, défécations ... ). Cela a
entrainé un changement de la couleur de cette lagune puis le dégagement d'une odeur
nauséabonde qui représente un potentiel risque de santé publique pour la population. Ces
changements observés sont tributaires des diverses contaminations auxquelles elle est soumise
et qui favorisent les activités microbiennes. Toutefois, les études se focalisant sur une
estimation quantitative et qualitative de la communauté bactérienne de cet écosystème
aquatique sont très peu fournies. Pourtant de telles études constituent un volet fondamental
dans l'étude de la qualité des écosystèmes aquatiques (Dosso et al 1988 ; Kouassi et al 1990).
En effet, la connaissance de l'importance bactériologique dans le fonctionnement des
écosystèmes aquatiques est nécessaire à la compréhension des interactions entre ceux-ci et
leur milieu environnant. L'identification et le dénombrement des densités bactériennes est un
maillon primordial dans le milieu aquatique du fait de la contamination des eaux qui assurent
un service d'approvisionnement aux populations riveraines et exposant celles-ci aux risques
sanitaires. En vue de connaître les différents microorganismes présents dans la lagune Ebrié
cette étude se propose d'évaluer la contamination microbiologique environnementale de la
lagune Ebrié. Spécifiquement, elle vise à rechercher les bactéries entériques dans la lagune
Ebrié et d'estimer leur diversité.
Dans ce mémoire, nous présenterons dans un premier temps, les généralités, puis le matériel
et le protocole expérimental de ce travail seront présentés. Enfin. les résultats obtenus seront
discutés, suivie d'une conclusion.
1
I - Généralités
1 - Contamination microbiologique
Les microorganismes représentent la plus grande partie de la diversité du monde vivant
(Harndi et Kaci 2008). La contamination est la modification d'un milieu (liquide, solide
gazeux) due à l'introduction d'une nouvelle matière ou substance. La contamination
microbiologique aquatique désigne donc l'état de l'eau caractérisée par la présence des micro
organismes pouvant induire un risque sanitaire plus ou moins grand {George, 2004). En effet
ces organismes se rencontrent dans divers types d'habitats (sol, eau, air) quelque soit les
paramètres climatiques qui s'y rencontre, ce qui leur confère le caractère ubiquitaire (George
2004). Seule la connaissance des relations entre changement environnementaux et
changements de la diversité des communautés des microorganismes peut permettre à terme. la
maîtrise des processus microbiens qui gouvernent le fonctionnement et la pérennité de notre
environnement (Hamdi et Kaci 2008).
1
2 -Quelques micro-organismes de notre environnement
Les staphylocoques sont des cellules sphériques dont la taille varie entre 0,5 et 25 µm.
Généralement regroupés en amas, ils sont immobiles et ne forment pas de spores. Ils sont
aérobies ou anaérobies facultatifs GRAM (+) et catalase (+). Ils fermentent les sucres en
produisant de l'acide lactique (Edberg et al 2000).
Les Pseudomonas: Ce sont des bactéries GRAM négatif, bacille droit et très mobile grâce à
a flagelle polaire. Ils apparaissent la plus part du temps isolés ou diplobacilles c'est-à-dire
doublé. Cette bactérie peut dans certaines conditions être pathogène. Très résistante, elle est
avec d'autre bactérie GRAM négatif de plus en plus souvent responsable des infections
nosocomiales. C'est l'une bactérie les plus difficile à être traité cliniquement. Les formes de
pathologies qu'elle engendre sont diverses: infection de l'œil, des plaies (surtout plaies de
brûlures et opérationnelles), infections intestinales, des urines, des poumons. Le taux de
mortalité atteint 50% chez les patients vulnérables. Germe ubiquitaire vivant dans le sol et
milieu humide. elle fait partie des germes couramment recherchés lorsque l'on procède à une
analyse microbiologique d'un échantillon d'eau (Edberg et al 2000).
Escherichia coli: également appelé colibacille, c'est une bactérie intestinale GRAM négatif
radio résistant très commune chez l'être humain (80% de la flore intestinale). Sa taille varie
en fonction des conditions de croissance entre 0.5 et 3µm C'est Lm coliforme fécal
généralement commensal. Cependant certaines souches d' E. coli peuvent être pathogènes
entrainant alors des gastro-entérites, des infections urinaires, méningites (Edberg et al 2000).
2
Vibrio : ou bacille virgule est une bactérie GRAM négatif en forme de bâtonnet incurvé,
mobile et responsable du choléra chez ! 'homme. Cette bactérie vit dans l'eau et a une grande
capacité de survie environnementale. Elle tolère bien la salinité mais ne se retrouve pas
vraiment en mer. Elle est plutôt rencontrée dans les estuaires, les rivières et les nappes
phréatiques et toutes les sources d'eau contaminées par des déjections humaines. Il semble
que certains crustacés notamment les crevettes jouent un rôle de vecteur grâce à des
récepteurs situés sur leurs carapaces dorsales (George, 2004).
Klebsiella: bactéries GRAM négatif présentes dans le tube digestif e dans l'appareil
respiratoire des hommes et des animaux en tant que bactéries commensales. Elles sont
fréquentes dans les selles et peuvent être un indicateur d'une contamination fécale. Elles sont
abondantes dans Je sol, les eaux et sont fixateurs de l'azote atmosphérique (George. 2004).
3-Notion d'indicateur de contamination
Différents groupes de bactéries sont utilisés comme indicateurs de contamination fécale dans
différents pays et sous différentes juridictions (Servais et al, 2009). Les coliformes totaux et
fécaux ont été très longtemps les principaux indicateurs de contamination fécale mais
aujourd'hui, Escherichia coli et les entérocoques intestinaux sont reconnus comme plus
appropriés pour évaluer le risque sanitaire associé aux diverses utilisation de l'eau (Edberg et
al. 2000;). Il est important de comprendre les potentialités et les limitations de ces différents
indicateurs. Quelques caractéristiques des indicateurs les plus couramment utilisés sont
présentées ci dessous :
• Coliformes Totaux (CT). La pertinence de ce groupe comme indicateur est aujourd'hui
fortement contestée du fait que toutes les espèces inclues dans les CT ne sont pas spécifiques
de la flore intestinale des animaux à sang chaud (Talion et al. 2005). En effet, certaines
espèces sont d'origine tellurique ou aquatique et sont capables de se développer dans
l'environnement aquatique.
-Coliformes Fécaux (CF) (aussi appelés Coliformes Thermo tolérants). Les CF constituent un
sous-groupe des CT capables de se développer à 44 °C. Les CF sont considérés comme pl us
appropriés que les CT comme indicateurs de contamination fécale. Ce groupe est
majoritairement constitué de Escherichia coti mais comprend aussi des Klebsiella, des
Enterobacter et desCitrobacter Certains auteurs ont rapporté la présence de ces dernières
espèces dans des eaux sans qu'aucune contamination fécale ne soit suspectée (Maclellan et al,
2001; Gauthier et Archibald, 2001 ).
3
E. coli. De nombreuses études ont montré que cette espèce était généralement associée à une
source fécale. Aujourd'hui E.coliest considéré comme le meilleur indicateur d'une
contamination récente du milieu aquatique par du matériel fécal humain ou d'animaux à sang
chaud (Edberg et al. 2000).
• Entérocoques Intestinaux. Ce groupe est aussi considéré comme un bon indicateur
spécifique de la contamination fécale. Plusieurs études ont montré que l'abondance des
entérocoques intestinaux était mieux corrélée à l'apparition de maladies gastro-intestinales
chez les baigneurs fréquentant des plages aux eaux contaminées que l'abondance des CT ou
CF (Ferley el al., 1989). Le fait que les entérocoques intestinaux survivent plus longtemps
dans le milieu naturel que les E. coli peut constituer un avantage de ce groupe si l'on cherche
à identifier une contamination fécale ancienne (Pornmepuy et al., 1992)
4-Pouvoir néfaste des micro-organismes
Les micro-organismes peuvent avoir un caractère pathogène ou non selon leur rapport avec
l'organisme humain. Le caractère pathogène est propre aux micro-organismes qui affectent la
santé humaine. Leur adsorption ou absorption par l'organisme humain provoque des maladies
chez celui-ci (Servais et al. 2009)
Les espèces considérées comme pathogènes à transmission hydrique sont reparties au sein de
quatre genres: Salmonella (bacille de la typhoïde, des paratyphoïdes A et B et de diverses
gastro-entérites), Shigella (bacille dysentérique), Escherichia (essentiellement E. coli ou
colibacille), parmi les entérobactéries et Vibrio (vibrion du choléra) parmi les vobrionacés
(Han1di et Kaci 2008)
Certaines espèces pathogènes des genres Klebsiel/a Enterobacter, Flavo -bacterium, Vibrio
(V parahemolyticus el V. vulnificus), Pseudomonas (P. aeruginosa) et Aeromonas (A.
hydrophi/a) sont également largement présentes dans la microflore habituelle des eaux et des
sols. Ces pathogènes opportunistes affectent essentiellement des sujets sensibles comme les
enfants, les personnes âgées ou les immunodéprimés (Hamdi et Kaci 2008).
Notons également que certaines bactéries pathogènes telles que les Salmonelles et des E. coli
toxiques sont aujourd'hui plus souvent transmises à l'homme par de la nourriture contaminée
lors de sa production, de sa préparation et de sa conservation que par l'eau.
5 - Sources de contamination microbienne des eaux urbaines
Les micro-organismes pathogènes entériques proviennent du tube digestif des hommes et des
animaux à sang chaud et sont amenés vers le milieu aquatique via les excréments (Servais et
4
al 2009). Les potentielles sources de contamination sont nombreuses. Elles incluent les rejets
d'eaux usées domestiques traitées au pas en station d'épuration (STEP), les rejets d'eaux
usées industrielles, les rejets d'eau de ruissellement urbain lorsque celles-ci sont collectées par
un réseau d'assainissement séparatif ou encore les rejets directs d'effluents d'élevage. En plus
des apports par les sources ponctuelles, le milieu naturel reçoit également des
microorganismes fécaux par des sources diffuses de contamination, difficilement localisables
dans l'espace et parfois très variables dans le temps (Servais et al 2009).
Les eaux usées domestiques contiennent des concentrations très importantes en micro
organismes d'origine fécale. Par exemple les concentrations en CF dans les eaux usées brutes
arrivant en STEP sont de l'ordre de 107à 108 CF/100 ml. L'objectif des traitements en STEP
est prioritairement d'éliminer les matières en suspension et la matière organique des effluents
et, pour les plus performantes d'entre elles, la pollution azotée et éventuellement phosphorée
(Servais et al 2009). Bien que les eaux usées transportent de nombreux microorganismes
parmi lesquels certains sont pathogènes, très peu de STEP sont équipés de traitements
spécifiquement conçus pour éliminer les microorganismes (traitement de désinfection).
6 - Conditions de croissance des micro-organismes
Tous les groupes des micro-organismes se développent aussi bien dans les eaux douces (le
plus souvent dans des zones stagnantes) qu'en eaux saumâtres (lagunes) et milieux marin(les
zones côtières). A 1' instar de tous les autres organismes, la croissance des micro-organismes
requiert des conditions favorables. En milieu aquatique, ils exigent des conditions
hydrodynamiques, des nutriments, de l'oxygène. de la lumière ... (Hamdi et Kaci 2008)
Une fois déversées dans les eaux, les microorganismes peuvent se présenter sous plusieurs
formes. Certains microbes se retrouvent sous la forme libre. Mais cette forme leur est
défavorable car ne permet pas la croissance de ceux-ci. La survie ne peut que modestement se
prolonger. La cellule se trouve ainsi dans une situation de carence cru· n'ayant rencontré aucun
support, ni refuge, reste donc vulnérable. L'impossibilité de leur reproduction, les conduit par
conséquence è une disparition (Servais et al 2009)
Il existe des bactéries qui vivent dans des habitats relativement stables, qui ne sont soumis à
des modifications physico-chimiques profondes. Tel est Je cas des bactéries pathogène
parasite ou saprophytes des organismes hôtes.
5
D'autres organismes au contraire résistent en s'adaptant à des habitats contrastés et survirent
dans un milieu hostile à des variations de température, de PH et à des carences nutritionnelles.
Les spores sont une forme de résistance et d'évolution que prennent certaines bactéries pour
sw·vivre dans des conditions hostiles et attendre des conditions plus propices afin qu'elles
puissent germer et donner de nouvelles cellules végétatives identiques aux cellules originelles
(Hamdi et Kaci 2008).
Les formes L représentent des états par lesquels toutes les bactéries peuvent passer un
moment de leur existence. Ces formes sont considérées comme des instantanés de la vie
microbienne en fonction de l'environnement. Par exemple salmonella et E. coli prennent une
forme inhabituelle de serpent et de poire en milieu marin légèrement enrichi en matières
organiques.
Les kystes : à l'instar des spores, ils appartiennent à une forme de résistance beaucoup pl us
pécifique aux parasites. C'est le cas des amibes par exemple.
7 - Devenir des micro-organismes d'origine fécale dans le milieu aquatique
La capacité des eaux de surface à éliminer progressivement les bactéries d'origine entérique
par un ensemble de processus naturels divers est un fait reconnu depuis longtemps. On
observe en effet qu'une fois rejetées dans les milieux aquatiques, ces bactéries disparaissent
relativement rapidement de la colonne d'eau. Les manières les plus courantes de caractériser
les vitesses de disparition des bactéries fécales sont, soit une constante de premier ordre (k
exprimée soit en h.1, soit en j") ou un T90, le temps nécessaire pour que 90 % de la
population initiale ait disparue. Les processus contrôlant la disparition des bactéries fécales
dans l'environnement peuvent être divisés en processus hydrodynamiques, processus
biotiques et processus physiologiques (Troussellier et al., 1998; Rozen et Belkin, 2001). Les
processus hydrodynamiques incluent la dilution dans le milieu aquatique récepteur,
La dispersion, la sédimentation et la resuspension: les deux premiers processus dépendent
uniquement de l'hydrodynamique du système tandis que les deux derniers sont conditionnés
par l'attachement des bactéries fécales à des matières en suspension. Les processus
physiologiques font référence à la réponse cellulaire de ces bactéries face aux conditions
stressantes rencontrées dans ce nouvel environnent. Les paramètres environnementaux
responsables des conditions de stress sont entre autres: la température de l'eau, la lumière
solaire, la carence en nutriments et la salinité (lorsque que le rejet a lieu dans des eaux
6
saumâtres ou marines). Soumises à des conditions de stress, les bactéries peuvent montrer des
changements dans leur composition, leur taille, leur hydrophobicité. Certains auteurs
suggèrent que l'entrée dans un stade VBNC ou ANC serait également une réponse à ces
conditions stressantes (Trousselier et al., 1998) Ainsi, le rayonnement solaire, qui est reconnu
depuis longtemps comme bactéricide, semble selon de nombreux auteurs provoquer l'entrée
des bactéries fécales dans Je stade VBNC ou ANC (Servais et al 2009).
8 - Facteurs influençant la teneur microbienne globale
La teneur microbienne des milieux aquatiques est influencée par plusieurs facteurs, au nombre
desquels : La dilution : elle intervient immédiatement après rejet. Elle est favorisée par le
mélange des eaux : courants, turbulence et actions des marées l'adsorption: c'est la fixation
des polluants sur les particules organiques et minérales en suspension dans Je milieu aquatique
(Rozen et Belkin 2001). C'est le phénomène bien connu par lequel les microbes s'accrochent
à des corpuscules dont ils suivent le sort. L'adsorption contribue donc à l'isolement des
germes la lumière : elle intervient sur la dispersion (dilution et adsorption) dans le sens où elle
conditionne les mouvements verticaux et horizontaux des masses planctoniques, des actions
bactéricides directe de la lumière ultra-violet est en principe admise mais est très modeste. La
température de l'eau; la décroissance des bactéries augmente avec la température de l'eau.
Ainsi en période estivale, celle-ci est un facteur majeur de l'épuration microbienne .. la
variation de pH: au plan microbiologique, les fluctuations naturelles du pH n'interviennent
pratiquement pas. Par contre elles jouent un rôle dans les mouvements de masse planctonique.
La salinité: les fortes variations de salinité d'un milieu à l'autre ont tendance à empêcher
l'accoutumance des bactéries allochtones à leur nouveau milieu. Quelque soit l'habitat
considéré, tous les organismes qui vivent interagissent. Cette interaction peut être gouvernée
par des facteurs abiotiques ou biotiques. Naturellement, il existe dans Je milieu aquatique
plusieurs types d'interactions entre les micro-organismes. Les processus biotiques sont: la
prédation par des protozoaires, la lyse induite par des bactériophages et la compétition avec
les flores autochtones. (Rozen et Belkin2001 ).
7
9 - Impact de la contamination microbiologique sur le milieu aquatique
L'augmentation de la teneur microbienne des milieux aquatiques est majoritairement causée
par les différents déchets (liquides, solides et gazeux) que reçoit ce milieu. Les déchets
arrivant au milieu aquatique sont également chargés de nutriments (Ramade, 1995). Les
nutriments concernés sont principalement l'azote et le phosphore qui proviennent
généralement des nitrates et phosphates agricoles et des eaux usées. Mais aussi des pollutions
automobiles. Par ailleurs des facteurs naturels peuvent produire des milieux plus ou moins
chargés de nutriments indépendamment de toute action humaine.
De toutes les manières, ce processus d'accumulation de nutriments va conduit à un
phénomène d'eutrophisation (Ramade. 1995). A travers ce phénomène. le milieu va
développer une forte croissance du phytoplancton que le zooplancton ne pourra totalement
consommer. Il s'en suivra le comblement du milieu avec apparition de végétaux (annexe 1 ).
La notion d'eutrcphisaticn décrit bien les réponses des écosystèmes concernés à l'apport de
nutriments supplémentaires. Ce qui conduit progressivement à leur disparition.
L'eutrophisation devient un problème écologique quand il y a déséquilibre entre un apport
(excessif) et la consommation naturelle de nutriments dans les écosystèmes Ramade, 1995).
10 - Impact de la contamination microbiologique sur la biodiversité aquatique
La nature, l'intensité et l'étendue de la pollution de tous les milieux continentaux et
océaniques menace non plus seulement la santé publique mais aussi et surtout la pérennité de
la biosphère toute entière.(Ramade, 1995)
En effet, la dégradation de plus en plus accentuée et étendue qui résulte de la contamination
ou la pollution des écosystèmes naturels compromet la vie des organismes qui s'y trouvent.
En effet, dans la nature, les agents polluants (chimique, thermique et biologique) n'agissent
uniquement pas sur les individus isolés mais surtout sur les .populations, les peuplements et
en définitive sur la biocénose toute entière (Ramade, 1995).
Les milieux aquatiques restent préférentiellement l'habitat d'un grand nombre d'invertébrés
notamment les mollusques, les crustacés et bien d'autres y compris les micro-organismes
(Ramade, 1995). Un déséquilibre de ce biotope du à la pollution peut influencer la diversité
biologique (en quantité et en qualité) qui s'y trouvent.
8
11 - Impact de la contamination microbiologique sur la santé de la population
Pour un niveau de contamination microbiologique donné, le risque sanitaire dépend de
l'emploi qui est fait de l'eau. Ses différents usages n'exposent évidemment pas aux mêmes
risques sanitaires. (Servais et al 2009). Les eaux douces et côtières polluées par des matières
fécales humaines et animales transportent divers microorganismes pathogènes pour l'homme
notamment des bactéries, des virus et des protozoaires. Ceux-ci sont le plus souvent transmis
par voie féco-orale, et la contamination de l'homme se réalise alors soit par consommation
d'eau de boisson, soit par consommation d'aliments contaminés par l'eau. soit encore lors d'un
bain ou d'un contact avec des eaux à usage récréatif. La contamination des eaux de surface par
des microorganismes d'origine fécale existe depuis longtemps, dès que l'eau a été utilisée
comme vecteur d'élimination des déchets. Avec le développement de l'urbanisation, les
problèmes d'hygiène et de santé publique liés à la contamination bactérienne de l'eau sont
devenus de plus en plus critiques. Au cours du J 9èmc siècle, les maladies d'origine hydrique
ont été responsables en Europe de vastes épidémies de dysenterie (Shigella dysenteriae)
fièvre typhoïdes paratyphoïde (Salmonella typhi et paratyphi), choléra (Vibrio cholerae), ...
(Servais et al 2009). A l'opposé de la situation dans les pays industrialisés, les chiffres publiés
par l'Organisation Mondiale de la Santé (OMS) en 2004 révèlent que, dans les pays en voie
de développement, chaque année 1,8 million de personnes dont 90 % d'enfants de moins de
cinq ans meurent de maladies diarrhéiques. Or. à l'échelle mondiale, près de 90 % des
maladies diarrhéiques sont imputables à la mauvaise qualité de l'eau de boisson et à un
assainissement insuffisant des eaux usées. L'eau est devenue aujourd'hui un enjeu stratégique
mondial dont la gestion doit impérativement s'intégrer dans une perspective politique de
développement durable. (Servais et al 2009)
9
II - Matériels et méthodes
1 - Présentation de la zone d'étude
1-1 - situation géographique et description de la lagune EBRIE.
La lagune Ebrie s'étend sur 130 km le long de la façade littorale entre 3°40' et 4°50'longitude
ouest et 5°20'et 5°10' latitude nord. Avec une superficie de 566 krrr', sa largeur n'excède pas
7km. Sa profondeur moyenne est de 4,8m. Elle présente quelques fosses profondes dépassant
20m dans la zone urbaine d'Abidjan. Elle est en communication directe avec l'océan
atlantique depuis l'ouverture en 1951 du canal de vridi. (Varlet 1978).Au niveau de la ville
d'Abidjan, la lagune Ebrie côtoie plusieurs communes, notamment Yopougon, Plateau,
Triechville, Marcory, Koumassi et Cocody. (Figure 1 ).
10
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- sites prélevements
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Figure 1 : présentation de la lagune~ et les sites de prélèvements
1-2 - Choix de la lagune EBRIE en milieu urbain
En côte d'ivoire, le mouvement des populations vers ies zones urbaines a pris de l'ampleur.
Cette tendance qui n'est malheureusement pas réversible augmente exagérément l'effectif de
la population dans en milieux urbains. Aujourd'hui Abidjan est le point le plus attractif car
regorge la quasi-totalité des activités économiques et administratives du pays. Les déchets y
sont produits non seulement en grande quantité et en qualité à cause de la diversité des
activités. La lagune EBRIE est le dépotoir de toute sorte de déchets (liquide, solide et gazeux)
qui sont en grande partie responsables de sa contamination microbiologique. Or ce milieu
aquatique rend d'énormes services éco systémiques à la population Abidjanaise.
1-3 - Choix des sites de prélèvement
Pour avoir un échantillon représentatif de notre zone d'étude en termes de composition
microbienne, il été choisi différents sites de la lagune EBRIE permanemment soumis à la
11
pollution des déchets ménagers, industriels et urbains. Ainsi cinq sites ont fait l'objet de
prélèvement in situ à savoir :
- Abobo-doume : site recevant les déchets de plusieurs activités telles que : la pêche. la
transformation du manioc, la vente du bois, la vente du charbon et d'autres activités
commerciales voir (photographiel )
Photographie 1 : le site de prélèvement d' Abobo-doumé
- Locodjoro : site recevant régulièrement les ordures ménagères (OM) et la matière fécale des
riverains voir (photographie2)
Photographie 2 : le site de prélèvement de Locodjoro
12
- , aréna: site recevant les eaux de ruissellement chargées de déchets urbains (DU) et aussi en
grande partie les effluents des bateaux voir (photographie3).
Photographie 3 : le site de prélèvement de la Caréna
- Boribana : site recevant les ordures ménagères (OM) et la matière fécale des riverains puis
connecté à un canal transportant les déchets urbains (DU) de toute nature voir (photographie4)
Photographie 4 : le site de prélèvement de Boribana
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- Adiopodoumé : site éloigné de la zone urbaine où la contamination est supposée atténuée.
Celui-ci est considéré comme site témoin voir (photographie5).
Photographie 5 : le site de prélèvement d' Adiopodoumé (témoin)
2 - Matériels
2-1 - Matériels biologique
Dans la réalisation de cette étude, il a été utilisé comme matériels biologiques:
Les bactéries entériques qui ont été les germes recherchés
2-2 - Matériels de prélèvement
Le prélèvement des échantillons d'eau a nécessité
;-Une blouse pour éviter le contact avec les germes ;
-5 fiches de prélèvement pour noter toutes les informations relatives à l'échantillonnage
réalisé ( annexe 7) ·
-un marqueur permanent pour étiqueter les flacons·
-50 ml d'éthanol dilué à 70% pour désinfecter les mains après chaque prélèvement·
-une petite glacière pour la conservation et le transport des échantillons d'eau·
-2 aspirateurs pour maintenir la température de la glacière afin d'éviter la dénaturation de
l'échantillon ·
-une paire de gants pour la protection des mains ·
-5 bouteilles de prélèvement stériles de 250 ml pour la prise d'eau dans la lagune ·
-5 bouteilles (Falcon) stériles de 50 ml recueillir la quantité d'eau prélevée ·
-un thermomètre pour la prise de la température de chaque site de prélèvement ·
14
2-3 - Matériels d'identification
L'identification des germes recherchés a nécessité plusieurs matériels dont:
- Des tubes coniques ayant servis de milieux d'enrichissement des échantillons, avec les
bouillons (EPT et EPA), Des pipettes pour le prélèvement des échantillons et des bouillons ;
-Des boîtes de pétris ayant servis de lieux d'ensemencement des germes :
-Des géloses (TCBS, cétrimide, URlS GO, King A et B) ayant servis de milieux de culture
pour les tests phénotypiques et biochimiques des germes,( annexe4) :
-Une pipette pasteur ayant servi à porter le semence sur la gélose ·
- Un bac benzène pour stériliser l'environnement de travail (annexes);
-Une étuve pour contrôler les températures de l'ensemencement,( annexe6) ;
- Un disque d'oxydase (DO) et eau distillée stérile pour le test d'oxydase·
- L'urée, le citrate, le réactif de Kovacs. Le Kligler Hajna, la LOC et LDA ont servi au test de
portoir réduit de LE MINOR
3 - Méthodes
3-1 - Méthode de prélèvement des échantillons
La méthode utilisée pour le prélèvement est celle de Manizan (2010) qui a été adaptée à
notre étude. L'échantillonnage a été réalisé sur un jour en raison d'une prise par site de
prélèvement. Les prélèvements d'eau en vue d'une analyse bactériologique ont été réalisés au
moyen de flacon en verre stérile de 250ml que pour le prélèvement d'eau sur chaque site, le
flacon (usage unique) relié à une corde est jeté dans l'eau. Jusqu'à une profondeur de 15 à
20cm (Photographie 6), ensuite la quantité d'eau puisée est transvasée dans des tubes stériles
de 50 ml puis fermées hermétiquement. Les tubes sont placés dans une glacière contenant des
aspirateurs.
15
,.
Photographie 6: Prélèvement d'eau à l'aide d'une bouteille reliée à une corde
Dans cette étude. les échantillons ont été séparément prélevés sur les différents sites.
Cependant, lors de leur transport au laboratoire, ceux des sites Abobo-doumé et Locodjoro ont
été accidentellement déversée dans la glacière. Ainsi fusionnés, les échantillons de ces deux
sites ont été considéré comme celui d'un seul site appelé « Locodjoro+ Abobo-dourné » dans nos différents tablaux.
3-2 - Méthode d'identification des germes
L'identification des germes a été réalisée à travers la méthode de culture bactérienne et des
tests biochimiques. La figure 1 présente les principales étapes de la méthode d'identification
des germes recherchés.
Prélèvement
environnementa Q/ Enrichissement / r\
des échantilJons Y Ensemencement u Identification
sur gélose n biochimique
Figure 1 : Les principales étapes de l'identification des germes
16
• Enrichissement
Après leur prélèvement, les germes environnementaux contenus dans les échantillons
se retrouvent dans des conditions non identiques à leur milieu naturel (température,
nutriments, oxygène ... ). Cela peut créer un état de stress. Afin de redonner la vigueur
aux germes, les échantillons ont été enrichir dans les bouillons qui sont des milieux
nutritifs des germes dans les proportions 9ml du bouillon et lm] de l'échantillon.
• Ensemencement
Vingt-quatre heures après leur enrichissement, les échantillons ont été répliqués sur
des géloses (milieu solide) à l'aide d'une pipette Pasteur puis placées à l'étuver. Dans
cette étude les trois genres de germes recherchés ( Pseudomonas, Vibrio et E. coli) ont
des géloses spécifiques.
17
• Identification biochimique
Pour la confirmation de l'identité des germes des tests biochimiques ont été réalisé sur
d'autres géloses tels que le citrate, King a et b, Kliggler Hagina, l'urée et l'indole pour
apprécier l'activité enzymatique des germes à travers la coloration des milieux
Dans le déroulement du processus d'identification, chaque germe recherché a connu des
traitements particuliers. Les figures ci-dessous présentent les étapes d'identification de Vibrio,
Pseudomonas et E.coli
Prélèvement environnemental Prélèvement environnemental
D D Enrichissement (bouillon EPA) Enrichissement (bouillon EPT)
D Ensemencement (gélose au cétrirnide) Ensemencement (gélose TCBS)
Ensemencement (gélose KINGA et B) Ensemencement (GO)
_[J_ Test d'oxydase (réactif de KOVACS)
D Test d'oxydase (réactif de KOVACS Figure
-CL figure2 : Etapes d'identification du Pseudomonas Portoir réduit de LEMINOR
Figure 3 : Etapes d'identification du Vibrio
18
Prélèvement environnemental
..[J_
Enrichissement (bouillon EP A)
Ensemencement (gélose URIS)
Purification (eau distillée)
..[J.. Nouvel ensemencement (gélose URIS)
Portoir réduit de LEMINPOR
Figure 4 : Etapes d'identification d' E. coli
L'enrichissement des échantillons a été fait dans un mélange de 9 ml du bouillon et 1ml de
l'échantillon d'eau. Les huit tubes (deux de chaque échantillon contenant les bouillons EPA
et EPT) ont été placés à 1 'étuve à 37°c durant 24h. Après l'ensemencement des germes sur
leur milieu de culture spécifique, les géloses ont été placées à l'étuve durant 24h à une
température donnée de 44°C pour E. coli et de 37°c pour Pseudomonas et Vibrio.
Pour E. coli, les colonies apparues ne sont pas nettement isolées à cause de la présence des
protéus qui représentent une sorte de germes opportunistes. Afin d'isoler ces colonies de
façon distincte, la purification de celles-ci a été nécessaire. Ainsi, une colonie prélevée sur la
gélose a été mise dans de l'eau distillée stérile pour la débarrasser des potéus. Après cela, un
nouvel ensemencement des germes nettoyés a été fait sur la gélose URIS. Les nouvelles
colonies ainsi obtenues ont été ensemencés au portoir réduit de LE MINOR. A cette étape les
caractères biochimiques des germes du genre E. Coli sont recherchés. Ceux-ci ont été
appréciés dans le Kligler Hajna, le citrate. l'urée et l'indole.
Un prélèvement sur une colonie souche des germes du genre E. Coli a été introduit dans
l'urée puis dans le Kligler Hajna pour y faire des stries à l'aide d'une pipette pasteur. Un
autre prélèvement sur la même colonie a été introduit dans le citrate pour y faire un trait sur la
pente. Les géloses ont été placées à ! 'étuve à 44°C durant 24h. Ensuite une goutte du réactif
de Kovacs a étét ajoutée à l'urée et l'indole (photographie 5 et 6)
19
Pour Pseudomonas, la deuxième étape de l'identification consiste à ensemencer une colonie
sur des King A et Ben vue de rechercher le type de Pseudomonas (Tableau 4)
La confirmation de l'identité du germe du genre E.co/i a nécessité un test d'oxydase. A
l'aide d'une pipette pasteur, une goutte d'eau distillée stérile a été déposée sur le disque
d'oxydase (DO) posé sur un papier essuie-tout. Ensuite un prélèvement de la colonie a été
déposé sur le DO. Lorsque le disque a viré au violet, le test d'oxydase est considéré comme
positif. Dans le cas contraire il est négatif.
Pour la confirmation de l'identité du germe du genre Pseudomonas, une colonie a été
répliquée sur une gélose ordinaire (GO)
Pour les germes du gène Vibrio, la deuxième partie de l'identification a consisté à ensemencer
les colonies obtenues sur GO en vue d'obtenir des colonies bien isolées. Ensuite. un test
d'oxydase a été réalisé.
L'identification des germes du genre vibrio s'est poursuivi jusqu'a l'ensemencement
des colonies au portoir réduit de LE MINOR. Ce test a consisté à prélever une colonie de
vibrio sur GO. Puis à leur introduire dans l'urée à l'aide d'une pipette Pasteur. La même
pipette a été introduite dans le Kligler Hajna pour faire des stries sur la gélose. Un autre
prélèvement est fait sur GO puis introduire dans le citrate pour faire un trait sur la pente de la
gélose. Pour! 'urée et l'indole, une goutte du réactif de Kovacs y a été ajoutée.
20
III - Résultats et discussion
1 - Résultats
- Enrichissement des échantillons
L'inoculation des échantillons dans les bouillons Eau Peptonée Alcaline (EPA) et Eau
Peptonée Tamponnée (EPT) a donné pour les quatre sites un aspect trouble signifiant un
résultat positif due à l'activité des germes qui s'y trouvent(voir tableau l ).
Tableau 1 : Enrichissement des prélèvements environnementaux
Sites boribana
Bouillons
carena locodjoro+
abobo-doumé
adiopodoumé
(témoin)
Eau peptonnée alcaline
(E.coli et pseudomonas) + + + +
Eau peptonnée tamponnée
(vibrio) + + + +
- Ensemencement des germes
L'ensemencement a conduit à la présence ou non de colonies de bactéries sur les géloses
solides. Les sites d'adiopodoume (témoin) et du mélange (Locodjoro+Abobo-doume) ne
présentent aucune colonie pour les germes du genre Vibrio et Pseudomonas. Par ailleurs, tous
les sites présentent des colonies pour du genre E. coli. (tableau 2)
Tableau 2 : Ensemencement des échantillons sur des géloses spécifiques
Géloses URIS TCBS cét:rimide
sites ( E.coli) ( vibrio) (pseudomonas)
borobana + + +
carena + + + locodjoro+abobodoume + adiopodoume (témoin) +
L'ensemencement a permis d'observer des colonies de bactéries avec des colorations
spécifiques. Dans cette étude les trois germes recherchés (E .coli, Pseudomonas et Vibrio).
21
iprésentent sur Leur milieu de culture respectif: des colonies rose-violacées, des pigments vert
fluorescent et des grosses colonies vertes ou jaunes( photographies 2, 3 et 4).
Photographie 7: colonie d'E.coli sur gélose URIS
Photographie 8 : Colonie de Pseudomonas sur gélose cétrimide
22
Photographie 9 : Colonie de Vibrio sur gélose TCBS
- Identification biochimique
Pour leur identification biochimique les germes du genre, Vibrio, et E.coli présentent des
caractéristiques spécifiques qui représentent des résultats positifs. Le tableau 3 présente
les résultats attendus de ces deux germes ..
Tableau 3 : caractéristiques biochimiques positives des germes du genre 'Ecoli et Vibrio
Géloses H2S Glucose Gaz Lactose Citrate Urée Indole
Germe -- E.coli Pas noir Jaune Décollement Jaune Vert Jaune Anneau rouge
+ + + - - + Vibrio Pas noir Jaune Décollement Jaune Bleu Jaune Pas d'anneau rouge
+ + + + - +
23
La réaction des milieux de cultures matérialisées par la coloration des géloses sont conformes
aux résultats attendus des germes du genre E.coli (selon tableau 3) pour les quatre sites de
prélèvement ( photographies 10).
Photographie 10 : Test biochimique positif des germes du genre E. coti pour les quatre sites
La réaction des milieux de cultures matérialisées par la coloration des géloses ne sont pas
conformes aux résultats attendus des germes du genre vibrio i (selon tableau 3) pour le site de
prélèvement de Borinana (voir photographie 6)
24
Photographie 11 : Test biochimique négatif des oermes du genree Vibrio pour le site de
Boribana
Parmi les quatre échantillons analysés, seulement ceux de boribana et carena ont révélé la
présence du germe du genre pseudomonas à l'étape de l'ensemencement. Ainsi, le test sur les
King a et b pour la confirmation de l'identité de ce germe a été réalisé avec les échantillons de
carena et boribana La réaction des milieux de culture matérialisée par la coloration des
géloses King a et b Pour l'identification biochimique du germe du genre Pseudomonas
aéruginosa a présenté un test positif sur les échantillons de boribana et carena, (Ttableau4)
Tableau 4 : Test positif de Pseudomonas aeruginosa pour les sites de boribana rt carena
Sites
Géloses Carena boribana
Kinga + +
Kingb + +
Les quatre échantillons analysés contiennent tous les germes du genre E. coli. Par contre le
germe du genre vibrio est absent dans tous les échantillons. Par ailleurs, présent dans les
25
échantillons de boribana et carena, Pseudomonas est absent dans les échantillons témoin
(adiopodoume) et et la fusion (locodjoro+abobo-doume) (tableau5)
Tableau 5 : Présence ou absence de germes dans les différents sites
Germes
Sites E.co/i Vibrio Pseudomonas
Boribana + + Carena + +
Loco + abobo d. + Adiopodoumé +
26
Discussion
L'analyse bactériologique des échantillons s'est faite en plusieurs étapes. pendant
l'enrichissement, les quatre échantillons ont présenté un aspect trouble signifiant un résultat
positif. Ce qui s'expliquerait par le fait que les germes contenus dans ces échantillons
rejettent dans leur milieu des déchets après leur nutrition et aussi à l'augmentation de leur
nombre à travers leur multiplication. A l'étape de l'ensemencement des échantillons des
différents sites. certaines géloses ont présenté des colonies après 24h par contre d'autres n'ont
pas présenté de colonies. En effet, les milieux de culture (géloses) présentent une composition
nutritive spécifique à la croissance à chaque bactérie. Cela signifie que les colonies de
bactéries ne se présentent que sur des géloses compatibles à leur croissance. Le nombre
d'étapes de l'identification des bactéries a varié selon le type de germe. Le processus
d'identification a permis d'observer des résultats positifs à certains stades. Toutefois, les tests
finaux n'ont pas permis de confirmer la bactérie en question. C'est le cas des germes du genre
vibrio dans les échantillons de Boribana et Carena, qui, au stade de l'ensemencement (Carena)
a montré la présence de germes du genre vibrio et un test négatif sur la gélose ordinaire. Par
contre avec l'échantillon de Boribana, c'est au stade du test du portoir que l'identité de la
bactérie n'a pas été confirmée. Pour ce même type de bactérie recherchée dans les deux sites
l'analyse qui a conduit à leur identification devrait connaître le même nombre d'étapes
jusqu'à la fin. Mais parfois un test positif au début qui n'est pas confirmé à la fin serait due à
une contamination de la gélose lors de la manipulation au laboratoire. D'autre part,
l'échantillon prélevé contiendrait des bactéries qui présentent sensiblement les mêmes
caractéristiques phénotypiques ou biochimiques que celles recherchées.
Le site témoin où la pollution de la lagune semble atténuée à cause des odeurs et de la couleur
qui sont moins désagréables présente peu de bactéries en termes de diversité. Par contre les
autres sites d'échantillonnage où la pollution est plus accentuée présentent plus de bactéries.
Cela s'expliquerait par le fait que la contamination rnicrobiologique de la lagune serait
tributaire du degré (intensité et nature) de pollution de celles-ci.
Certains sites sont sensiblement soumis aux mêmes types de pollutions (déchets ménagères
matières fécales) tels Boribana et la fusion Locodjoro Abobodoumé. n'ont pas présenté la
même diversité microbienne. Cela pourrait s'expliquer par le fait que les conditions
écologiques telles que l'interaction entre les différents genres de germes d'un milieu sont
différentes. Mais aussi des paramètres physico-chimiques de leur environnement (pH,
température, turbidité, turbulence et matière en suspension) selon Manizan 2010. Toutefois la
27
bactérie E. coli a été retrouvée dans tous les échantillons collectés. Cela pourrait s'expliquer
par le fait que la lagune Ebrié soit à tout endroit soumise à la contamination microbienne qui
est généralement associée à une source d'ordre fécale. En effet, la présence du germe du
genre 'E. coli est indicateur de la contamination fécale d'origine humaine ou animal à sang
chaud (Edberg et al. 2000, Servais et al 2009, Pommpuy 1998).
Conclusion
L'évaluation de la contamination microbienne de la lagune Ebrié a conduit à des prélèvements
hydriques à différents endroits soumis à diverses sources de pollutions (Boribana, Carena,
Adiopodoumé et la fusion de Locodjoro et Abobo-doumé), afin d'en estimer la diversité
microbienne. Trois germes (Vibrio, Pseudomonas et E.coli) ont été recherchés et identifiés
selon deux grandes étapes. à savoir l'enrichissement des échantillons et l'ensemencement des
germes sur des géloses spécifiques. L'analyse des échantillons de Boribana. Carena
diopodoumé et la fusion de Locodjoro et Abobo-doumé a révélée que la présence des
germes du genre E.coli. Les germes du genre Pseudomonas n'ont été retouvés que dans les
échantillons des sites de Boribana et de la Carena. Cependant, même en l'absence de germes
du genre Vibrio dans les échantillons, la seule présence des germes du genre E. coli suffit à
confirmer la contamination microbiologique d'origine fécale de cette lagune.
Perspectives de recherche
Le germe du genre vibrio est la cause du choléra. Or cette bactérie n'a pas été mise en
évidence dans cette étude. Cela est certainement du au déficit de prélèvement sur chaque site
Ainsi, dans la prochaine étude plusieurs prélèvements seront faits sur chaque site. Toute fois,
l'identification sera faite aves la méthode moléculaire pour une identification distincte des
bactéries. Aussi d'autres bactéries entériques seront récherchée afin de prévenir la population
des éventuels dangers. Par ailleurs les interactions entre les bactéries et leur biotope pourra
également faire l'objet d'étude. Cela pourra aider à contrôler la communauté des bactéries
dans cet écosystème aquatique pour sa gestion durable.
28
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Orstom 1-15.
30
ANNEXE
Annexel: la lagune EBRIE en voie de disparition {HUGUETTE AKPOUE 26 fév.2010. in WIKI LOVE
AFRICA)
Annexe2 : les services éco systémiques de la lagune EBRIE{source : WIKI LOVE AFRIKA)
Annexe3 : échantillons prélévés
Annexe4: ensemencement de germes sur gélose autour d'un bec benzène
Annexes : bouillons ayant servis à l'enrichissement des échantillons
Annexe 6: étuve pour le maintien de la température dans les boîtes de pétri
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